Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402005.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5101.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4602
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Warning! 49 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4599 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 166--4602 Score: 3874
Period size: 171 Copynumber: 26.0 Consensus size: 171
156 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * * * *
231 ATATGTTTTGCTTCATGTTTCCCT-TGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAA
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* * * * *
295 AAATAAAATGCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTA
130 AAA-AAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
********** *
338 TTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGC-TTGGATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAAT
** * *
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64 GAATATCTTTTTCTTCA-CGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
* * * *
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1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** ** * * * * * * *
573 AATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAACA-
65 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* *********
637 AAAAAAGTTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTNNNNNNNNN
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * * * * * *
679 NTTAAAGCAAGTAATAGGGC-TTTGAAAGGC-TCGAGTAACTATAAATAGG-CTTTTGTTGCTAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATAG-GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAA
** * * * * * * *
741 TGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTTCTTAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTGT-ATCCAAAAA
63 TGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAA
* * * * *
805 TGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAT-TA
127 TATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATT-ATAAATCCA
* * * * * * *
850 TTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAAGTATAGGTCACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAACGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * * * * *
915 ATGGCATTTTCTTCATGTTTCAC-AAGGAAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAAATGT
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* *
979 AAAAAAATTCAACTTGAAA-TCAATTATGAGATTGTGAAA-CCG
130 AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCA
* * * * * * * *
1021 TTTAAAACAAGAAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * *
1086 ATGGCTTGTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGGCAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* *
1151 AAAAAATTCAACTTCAAA-TTAATTAT-AGGATTATGAAA-CTA
131 AAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGA-GATTAT-AAATCCA
* * * * *
1192 TTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TTGCGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAAT
** * * * * * * * * *
1255 GAATGGCTTTTTCTTAAGGTTTCCTTAGGCAAACATTCAACTATAATATTTTTTAACAAAAAATG
64 GAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-
* *
1320 A-AAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT-AA
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCA
* ** *
1363 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTGTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * *
1428 ATATCTTTTTCTTTACATTT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * * *
1492 AAAAAACTTAAACTTCAAA-TCAATTATGAGACTATAAAACTA
130 AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * *
1534 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-GGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * * * * * *
1598 AATGGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAACAAATA-
65 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
** *
1662 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCGTTTATGAGATTATAAAAT-TA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCA
* * * * *
1704 TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * *
1769 ATATCTTTTTTTTCACCTTTCCCAATGTAGACATTCGATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* * *
1834 AAAAAATTTAACTTCCAA-TC-ATTATGAGATTATAAA-ACA
131 AAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * *
1873 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTACAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATG
** * * * * * * * * * *
1937 AATGGCTTTTGCTACAGGTTTCTTTATGTAGACATTCAACTGTAATATGTTTTAACTAAAAAA-G
65 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATA
* * * *
2001 TAATAAAATTCCACTTGAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCA
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * * * *
2044 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGCACTCTTCTTGCCAATAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** * * * * *
2109 ATAACTTTTTCTTCTTGTTTCCTGAGATAGACATTTAATTATAATCGGTTTTAATCAAAAATGA-
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-AT
** **
2173 AAAAGCATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA-AAAAACA
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* * * *
2214 TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAGGAGACTATGAATGGAATTTTCTTGCCAATA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * *
2278 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAATAGAGATTTAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATAT
65 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* *
2342 AAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGACATTATAAAACCA
130 AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
** ** * * * * *
2384 TTTAAAGCGAGTAATAAACCTTGGGAAGCCTTAGGTGACTATAAATAGG-CTTCTCTTGTCAATA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATG
** * * * * * * * * * ** * *
2448 AATGGCCTTTTCTTGAGGTTTACTTAGGCAAATATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGT
65 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
2513 AAAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTGTGGGATTATAAAACCA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * * * * * * *
2555 TTTAAAGTGCA-TAATAAAGTTTTTAAAGGCATAGGTGAGTATAAGTGAACTTTTCTTGTCAATG
1 TTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * ** *
2619 AATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
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* ** *
2683 TAAAAATATTCAACTTCAAA-TCAATTATGACTTTATAAAACCA
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* * * * * * *
2726 TTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGACATGGGTGAATATAAACGGACTTTTTTTGACAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * * * * * *
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* * * *
2855 CAAAAAAATTTC-ACTTCAAA-TTAATTATGAGATTAAAAATCCT
129 TAAAAAAA-TTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * *
2898 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * *
2963 ATATCTTTTTATTCAAGTTTCTTGACGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGA-
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-AT
* * *
3027 AAAAATACTCAACTGAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT-CA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCA
* * * ** * *
3069 TTTAAAACGACTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAAATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * *
3134 ATATCTTTTTCTTTATGGTTT-TTGATGTACAGATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATAC
66 ATATCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * *
3198 AAAAAAAATCAACTGAAAGTCAGTTATGAGATTATAAATCCA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * **
3240 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** * * * * * *
3305 ATATCTTTTTCCTCTTGTGTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAAT-TAATTTTAATCAAAAATAG
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
3369 AAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAAAAAACTA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * * * * *
3411 TTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTGGAAGACATAGGTTACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
3476 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAAA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
3541 AAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAA-CCA
131 AAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * * * * *
3581 TTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGG-CTTTTCTTGCCAGTG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * * *
3645 AATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCATTAGGTAGACATTGAACTGTATTCTATTTTAATCAAAAATG
65 AAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* *
3709 TAAAAAAAGATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAAT-CA
129 T-AAAAAA-ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA-TAAATCCA
* * * * * * *
3753 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTACTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * ** **
3817 ATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCTGAGCTAGGCATTCAATTATAATCTAATTTAATAAAAAATGC
66 ATATCTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * *
3882 AAAGAAA-TCAACTTTAAA-TCAATTATGAGATTAAAAATCTA
130 AAAAAAATTCAAC-TTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * *
3923 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAACTGTACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** * * * * ** *
3988 TTCGCTTTTCCATCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTAATTTAATAAAAAAT-TT
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* *
4052 TAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
131 AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* ** * * * *
4093 ATTAAAGTAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * **
4158 ATATCTTTTTGC-TCTTGTTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATAGGTTTTAA-ACAAAAA-A
66 ATATCTTTTT-CTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATA
* * ***
4220 GAAAAAACATTCAACTTAAAGACAATTATGAGATTATAAAAATA
129 TAAAAAA-ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* ** * *
4264 TTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTCGGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
4329 ATAT-TTTTT-TT-ATGTTTTCTAACGTAGAGATTCAATTATCATCTGTTTAAATAAAAAATGTA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-
4391 AAAAAAATT-AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
* * * *
4432 TTTAAAGCAAGGAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
4497 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAATGTAGAGATTCAATTATAATTTGTTTAAATAAAAAATATA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
4562 AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
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Statistics
Matches: 3487, Mismatches: 668, Indels: 221
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 131 0.04
169 187 0.05
170 916 0.26
171 1888 0.54
172 354 0.10
173 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCA
Done.