Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402006.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5102.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 963
Length: 1605
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.12, T:0.32
Warning! 219 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:320 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2--1029 Score: 1006
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
1 A
* * ** * *
2 TTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTTAATAAATGCTTTTTTCA-TCACGTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-ATTCACGTT
* * * * * * *
66 TCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACGATTGAACTTAAAGT
65 TCT-AAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * **
131 TAGTTATCATATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAAGCC
128 TAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGCC
* * *
173 TTCTT-AAGGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTATTCACGTT
1 TT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACGTT
** * * * *
237 TCTTGGGATAGACCTTCAATTATTGTCTGATTTAACCAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTCAAAT
65 TCTAAGG-TAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
302 CT-GATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
128 -TAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGCC
* * * *
344 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCCTTTTTTCTTAATGGT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTATTCA-CGT
* * *
409 TT-TAAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAA
64 TTCT-AAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATAT--AAAAAATTCAACTTAAA
* *
473 ATTAGTTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGCT
126 ATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGCC
* * * * * *
517 TTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAAT-CTCTTTTTTTTTAAGTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTATTCACGTT
* * * * **
581 TCTCGAGGTAGACATTCTATTATATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAA
65 TCT-AAGGTAGACATTCAATTAT-T-GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAA
* * *
646 ATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGCC
126 ATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGCC
* * * * * *
690 TTTTAAAGTAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACGTTT
* * ** *
755 CCCAAGGTACACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAATAAAAATATACAAAAATTCAACCTAAAATT
66 -CTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATT
* * *
820 AGTTACGAGATTGTAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCC
129 AGTTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGCC
* ** * * *
861 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACGTTT
* * * ** * * * * * *
926 CTCAAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTGAAACATTTGAACTTTAAATC
66 CT-AAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATT
* * * * *
991 AATTAGGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
129 AGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAG
1030 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 116, Indels: 48
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.02
171 375 0.52
172 88 0.12
173 222 0.31
174 21 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCACGTTT
CTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAG
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGCC
Done.