Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402008.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5104.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 886
Length: 1478
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Warning! 315 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:867 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 560--1477 Score: 869
Period size: 170 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
550 NNNNNNNNNN
* * * *
560 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTT-AATATTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
624 GTTTTAGTTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTAC-ATTAAGAAACACGAAGAAAAAGGCATTCA
66 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CTATCAAAAAACA-GAAG-AAAAGGCATTCA
* * **
688 CTT-GCAAGAAAAATCCATTTAGAGTCATTCATTCCTTCAAAA
128 -TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
730 GCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
795 TGTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTCTATCAAAAAATATGAAGAAAACGAATTCGTT
66 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCTATCAAAAAACA-GAAGAAAAGGCATTCATT
* *
860 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAA
130 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
900 GGCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
** * *
965 TTTTTAG-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-T-GGAAAACATGTAGAAAAAGCCATTC
66 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT--CTATCAAAAAACA-GAAG-AAAAGGCATTC
* *
1027 ATTTG--A-AAAA-TCCATATATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
127 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
1066 GCCTCATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAG-TCAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * ** * *
1130 TTATTGGTTAAAACAGATTATAATTG-A-----CTGTC---AACCTCAAGAAAAGGGATTCAGT-
66 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCTATCAAAAAACAGAAGAAAAGGCATTCATTA
* *
1185 GAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
131 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
1225 ACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* ** * ** *
1289 ATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAACATCTACCTA-GAGAAACTCA-AAGAAAAAGGTATT
65 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT--CTATCA-AAAAACAGAAG-AAAAGGCATT
* * * *
1352 AACTAGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAT
126 CATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
1396 TCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1461 TTTTTAGTTAAAACAGA
66 TTTTTAGTTAAAACAGA
1478 T
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 99, Indels: 63
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
154 1 0.00
155 11 0.02
156 2 0.00
157 4 0.01
158 6 0.01
159 73 0.12
160 32 0.05
161 1 0.00
165 18 0.03
166 86 0.14
167 4 0.01
168 3 0.00
169 35 0.06
170 169 0.27
171 168 0.27
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCTATCAAAAAACAGAAGAAAAGGCATTCATTA
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
Done.