Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397730.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1029.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 2925 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4142 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3630--8988 Score: 2931
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* * * * * *
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* * ** * * ** *
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* ** * *
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* * * * *
3973 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGATAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** * ** *
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65 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCAT--TCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
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128 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
4487 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAAAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
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66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
4617 TATAGTCACCCATACCATCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTA
130 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * ** * * *
4658 TATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTCTT-GTTAAAACGG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAG
* *** * * *
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126 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
4830 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTATTTAAAAAATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * ** * * *
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65 TTATAATTGAATGT-TTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** ** *
4959 TTTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTTACTTTA
128 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * * * *
5002 AATAGTTTTATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTTTACCTTGTTGGTTAAAACAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
** * *** * * *
5067 TAGGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
5132 TATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
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* * ** * * * *
5173 AATGATTTTGTAATGC-CATAATTGATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAT
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* ** *** * * ** * * * *
5237 ATTATAATTAAATGTCGACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGTAAACAAAACTTCT
64 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
5302 TTTACAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
128 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * * * *
5345 AACGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTTAACA-TTTTCGATTAAAAAAGG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* ** * * * * * * * *
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65 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCC
* ** **
5472 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTA
127 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ** * * * * * * *
5515 GATGGTTTTATAAAGTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTATACATTTTTGGTTAAAATAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* ** * * * * * *
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* *
5645 TATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTA
130 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * ** *
5686 AATGATTTTATAATGTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * *
5751 TATAATTGAATGTTTTCCTGGGGAATCGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
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* * *
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* * * * * * *
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * ** * * * * * **
5923 TAAAATTGAATATCGACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCCAGAATAGTTAATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
5988 TATAGTCACCCATTTCTTTC-AAAGACTTACTACTCACTTTA
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* * * * * *
6029 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGAC
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* * * ** * *
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* ** * * *
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* * * *
6200 AATAGTTTTATAAACTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
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* * * * **** * * *
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65 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
6329 TTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
129 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
6371 AATGATTTTGTAATGC-AATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAG
1 AATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
********************* ** * * * *
6435 ATTATAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTTAACAAAACTTCT
64 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
6500 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
128 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * * * * *
6543 AATGGTTTCATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTGACCTTTTTGGCTAGAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
6608 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-ATGAAAAAGGTATTCATTGG-ATAG-AAAGTCCAG
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
*
6670 TTATAGTTACCCAATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 TTATAGTCACCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * *
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * * * * *
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65 TTATAATTGAATGTTTACCTTG-GGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTC
* ** **
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126 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * * * * * *
6883 AATGGTTTTATAAAGTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTATACATTTTTGGTTAAAACCGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * **
6948 TAGAATTGAACGTCTGCCTTGAGAAACCTGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
7013 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
130 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * *
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* * * *********
7183 TTATAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNN
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*****************************************************************
7234 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
***************************** * * *
7299 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAATAGTCAATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
7364 TATAGTCACCCATTCCTTCCAAAGCCTTAGTACTCACTTTA
130 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ********** * * **
7405 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * ** * *
7470 TATAATTGAATGTCTT-CCTTGGGGAACATGAAGTAAATGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGT-TTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
7534 TTATAGT----CA---C-TC--AAGCCTTATTACTTAGTGTA
129 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * ***********
7566 AATAGTTTTATAAACTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-NNNNNNNNNNN
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
******************** *
7629 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--G-AA---G-A-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
65 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** **
7686 TATAGTCACCTAGACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
130 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * ** * * * * * *
7727 AATGATTTTGTAATGC-CATTTTTTATTTAAATTTGAA-TTCTTTGCATATATTTAGTTAAAATA
1 AATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T-TTTAGTTAAAACA
* ** *** * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * *
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
7964 TATAATTGAATGTCTACCTTGCGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-ACAGAAAAGTCCAG
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* * *
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* * * ** * * * * *
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * * * * * * * * * * * *
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65 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCC
* ** ** *
8197 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTGA
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** * * * * * *
8240 AATGGTTTTATAAAGTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTATACATTTTTGGTTAAAACATAC
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* * * * * * * *
8305 TAAAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACCTAAAGAGAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
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* * * ** *
8411 AATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
8476 TATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAATCATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAGGAAAAGTCTATT
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* * * *
8541 TATAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTA
130 TATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * * *
8583 AATGGCTTTAAAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTTGTTAGAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* ** * ** * * *
8648 TATAATTGAATATCGACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAATAGTCAATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
8713 TATAGTCACCCATTCCTTTC-AAAGCCTTACTACTCACTTTA
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* * * * * **
8754 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * ** * *
8819 TATAATTGAATGTCTT-CCTTGGGAAACGTGAAGTAAACGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCCAT
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* ** * * *
8883 TTATAGTCACTCAAACCTTCAAAACCCTTATTACTTAGTTTA
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* * * * *
8925 AATAGTTTTATAAACTAAGAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
8989 CTAGAATTAN
Statistics
Matches: 3843, Mismatches: 1214, Indels: 261
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
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154 1 0.00
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179 14 0.00
180 45 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
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ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:4503 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3634--7216 Score: 2699
Period size: 343 Copynumber: 10.5 Consensus size: 340
3624 NNNNNNAATG
* * * **
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1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *
3699 -ATTATAATGTCTACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGGAAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
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*
3762 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * *
3827 TTTAAATTTGAATTGTTTGTACATTATTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACA
192 TTTTAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * ** * ** *
3892 AAGGTGAAGAGAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTGTTTTAAAAG
256 AACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
3957 CCTT-CTACTCACTTTAAATG
320 CCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * * * * *
3977 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGATAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
4042 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAATCGTGAAGAAAGAAGCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AA-AATCTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
4106 AGTCACCCATACCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATT
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * *
4171 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATAT-AATGTCTACCTTAAGA
194 TTAAGTTGAATT-TTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
4235 AACAT-ATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
256 AACGTGA-AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
4298 AGCCTCATTACTCACTTTAAATA
318 AGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * *
4321 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTGTTTGTGCATTATTGGTTAAAGCAGA-TAT
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * ** *
4385 AATTGAATGTCTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAAATGCTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAT-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * * *
4450 AGTTACCCATTGTTTTAACAGCCTT-CTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * * * * *** *
4514 TTAGGTTAAATGTTTT-TATATTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAT
194 TTAAGTTGAAT-TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * *
4578 CGTGAATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATCAAAAGCC
258 CGTGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
4643 TTATTAGTCACTTTATATA
322 TTATTACTCACTTTAAATA
* * * * **
4662 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTCTT-GTTAAAACGGTTTA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTT-TTGGTTAAAACAGACTA
* * *
4726 TAATAT-AATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGAAAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
64 TAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAA-AAATCTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
4789 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
126 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * * **
4854 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTATTTAAAAAATACTATAATTGAATGTATTCCTCGGG
191 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * ** * * * ** **
4919 GAATGTGAAGCGAAAACCAACCATTGGTACGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAA
255 AAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
4984 GCCTTATTACTTACTTTAAATA
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *
5006 GTTTTATAAACT-AATAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTT-TACCTTGTTGGTTAAAACAGACTA
1 GTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTAAAGTTGAAT-TTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
** * *
5069 GGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT-TTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
64 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA--ATCTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
5133 ATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTGTAATGC-CATAATT
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAAT-CTCAAAATT
** * * * * *
5196 GATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCGACCTCAA
190 GATTTTAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * ** * * * * * *
5261 GAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGTAAACAAAACTTCTTTTACAGTCACCTATTCTTTCAAA
254 GAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* **
5326 AGCCTTATTACTTACTTTAAACG
318 AGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * * *
5349 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTT-AACATTTTCGATTAAAAAAGGCTAT
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
** * * * * * * ** * * *
5413 AATTGAACATCTACCTTGGGGAACGTGAA-ACATAAGCCTACTTTTGACATA-AATAGTCCATTT
65 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAATCT-C-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT
* ** ** * * **
5476 ATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAAAGT-AATAATTG
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTG
* * * * * * * ** * **
5539 ATTTTAAGTTCAATTCTTATACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAACATCTGCCTTGAGA
191 ATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
5604 AACCTAAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
256 AACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
5669 ACTTATTACTCACTTTAAAT-
320 CCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * ** * * *
5689 GATTTTATAATGTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTAT
1 G-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * *
5754 AATTGAATGTTTTCCTGGGGAATCGTGAAGAAAAAGGTAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA--AATCTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
5818 TAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
128 TAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * *
5883 TTTTAGGTTGAACTTTTTG-ACATTTTTTGTTAGAACATATTAAAATTGAATATCGACCTTAGGA
192 TTTTAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * * *
5947 AATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCCAGAATAGTTAATTTATAGTCACCCATTTCTTTC-AAA
256 AACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAA
* *
6011 GACTTACTACTCACTTTAAATA
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATA
* *
6033 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
6097 AATTGAATGTCTTCCTTGAGGAACATGAAGTAAACACCAA-C-CATTGGTATGAAAAGTCCATTT
65 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAA-A-AAATCTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * * *
6160 ATAGTCACTCAACCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTAGTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATT-
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTG
* * *
6223 ATTTTTAAGTTGAATATTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTACCTCAA
191 A-TTTTAAGTTGAAT-TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * * *
6287 TAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAA
254 GAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
6352 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-
318 AGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *
6374 GATTTTGTAAT-GCAATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
1 G-TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
********************* * ** * * * *
6438 ATAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGAAAAAGGCAT-TCATTGTTAACAAAACTTCTTT
63 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA--AATCTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
6502 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATAACCTCATAATTG
126 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * * * *
6567 ATTTTAGGTTAAATATTTTG-ACCTTTTTGGCTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
191 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
6631 AAACAT-ATGAAAAAGGTATTCATTGG-ATAG-AAAGTCCAGTTATAGTTACCCAATT-CTTCAA
255 AAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCAA
**
6692 AAGCCTTATTACTCACTTTAAACG
317 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *
6716 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTT-TACATTTTTGATTAAAAAAGGCTAT
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * ** * *
6780 AATTGAATGTTTACCTTGAGGAAA-GTGAA-ACAGAAGCCTACTTTTGACACA-AAAAGTCCATT
65 AATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAAATCT-C-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* ** ** * **
6842 TATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAGT-AATAATT
126 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATT
* * * * * * * * **
6906 GATTTTAAGTTGAATTCTTATACATTTTTGGTTAAAACCGACTAGAATTGAACGTCTGCCTTGAG
190 GATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* *
6971 AAACCTGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
255 AAACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
7036 GCCTTATTACTTACTTTAAAT-
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * * * *
7057 GATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAGCAGATTAT
1 G-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * ** * *
7122 AATTGAATGTTTGCCTTGGGAATA-GTGAAGAAAAACGTATACATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCGAGAA-ACATGAAGAAAAAAATCT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
7186 TAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTA
128 TAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTA
7217 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2546, Mismatches: 591, Indels: 206
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 8 0.00
340 150 0.06
341 459 0.18
342 665 0.26
343 969 0.38
344 274 0.11
345 20 0.01
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Consensus pattern (340 bp):
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
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TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
GAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATA
Found at i:4601 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3634--7216 Score: 3041
Period size: 514 Copynumber: 7.0 Consensus size: 509
3624 NNNNNNAATG
3634 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTAT
1 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAA-TTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTAT
*
3699 -ATTATAATGTCTACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
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* *
3763 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
129 TAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * *
3828 TTAAATTTGAATTGTTTGTACATTATTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAA
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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4148 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTGTTAAAACAGGTTA
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*
4213 TAA-TATAATGTCTACCTTAAGAAACATATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
64 TAATTA-AATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
*
4277 ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
128 ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * *
4342 TTTAAATTTGAATTGTTTGTGCATTATTGGTTAAAGCAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCGACA
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* *
4406 AACGTGAAGAAAAAAATGCTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTGTTTTAACAG
257 AACGTGAAGAAAAAAA-GCTCATTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATTGTTTCAA-AG
* * *
4471 CCTT-CTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATAT
319 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACAT
* * * * *
4535 TTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAATCGTGAATAAAAAAGCATTCATT
383 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * *
4600 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTATATA
448 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* *
4662 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTCTTGTTAAAAC-GGTTTA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGG-TTA
* * * *
4726 TAA-TATAATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
64 TAATTA-AATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
*
4790 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
128 ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * ** * * * * * * *
4855 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTATTTAAAAAATACTATAATTGAATGTATTCCTCGGGG
193 TTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
* * * * * * **
4920 AATGTGAAGCGAAAACCAA-C-CATTGGTACGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTGGA
257 AACGTGAA--GAAAA-AAAGCTCATTGATAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACCCATTG--TTTCA
* * * * *
4982 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTTTA
316 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTA
* * * * ** * * *** * *
5047 CCTTGTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTT
380 CATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* *
5112 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-
445 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * **
5176 GATTTTGTAATGC-CATAATTGATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATATATT
1 G-TTTTATAAT-CTCAAAATTAATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGTT
* ** * * ** * *
5240 ATAATTAAATGTCGACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGTAAACAAAACTTCT-TT
63 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATT
* * * ** *
5304 TACAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGCTTTATAATCTCAAAATTG
127 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * ** ** * *
5369 ATTTCAAGTTAAACTTTTT-AACATTTTCGATTAAAAAAGGCTATAATTGAACATCTACCTTGGG
192 ATTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * * * * * * * *
5433 GAACGTG-A-AACATAAGCCTACTTTTGACATA-AATAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTC
256 AAACGTGAAGAAAAAAAG-CT-C-ATTGATA-AGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATTG-TTTC
** * ** * * *
5494 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAAAGTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTAT
315 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
* * * * ** * * * * *
5559 ACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAACATCTGCCTTGAGAAACCTAAAGAGAAAAGCATT
379 ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * *
5624 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT
444 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
5689 -
509 A
* * ** * ** * ** * * *
5689 GATTTTATAATGTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTAT
1 G-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTAT
* * * *** * * *
5754 AATTGAATGTTTTCCTGGGGAATCGTGA-AGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
65 AATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAT-ATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
5818 TAGTCACGC-ATTGCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTG
129 TAGTCAC-CTATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * * * *
5882 ATTTTAGGTTGAACTTTTTG-ACATTTTTTGTTAGAACATATTAAAATTGAATATCGACCT-TAG
192 ATTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-
* * * *** * *
5945 GAAATGTGAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCCAGAATAGTTAATTTATAGTCACCCATTTCTTTCA
255 GAAACGTGAAGAAAAAAAG--CTCATTGATAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACCCA-TTGTTTCA
* * * * *
6009 AAGACTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
316 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA
* * * * * * *
6074 CATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGG-AACATGAAGTAAACACCAA
380 CATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTG-GGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * * * *
6137 CCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ACCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTAGTTTAA
443 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
6201 ATA
507 ATA
* * * * * **
6204 GTTTTATAAACT-AATAATTATTTTTAAGTTGAATATTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
1 GTTTTATAATCTCAA-AATTAATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTA
* * * * * * *
6267 GAATTAAATGTCTACCTCAATAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
64 TAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *
6332 TAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTGTAAT-GCAATAATTG
129 TAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAA-AATTG
* * * ****************
6395 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTNNNNNNNNNNNNNNNN
192 ATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
***** * * * * * *
6460 NNNNNTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGTTAACAAAACTTCTTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA
256 AAACGTGAAGAAAAAAAGC--TCATTGATAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACCCATTGTTTC-AA
* * * * *
6524 AGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTGAC
317 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAC
* * * * * * * * *
6589 CTTTTTGGCTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-ATGAAAAAGGTATTCA
381 ATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * *
6653 TTGG-ATAG-AAAGTCCAGTTATAGTTACCCA-ATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAC
446 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*
6715 G
509 A
* * * * * * *
6716 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTT-TACA-TTTTTGATTAAAAAAGGCTA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAA-TTTTTGTACATTTTTTG-TTAAAACAGGTTA
* * ** * * * * * * *
6779 TAATTGAATGTTTACCTTGAGGAA-A-GT-GAAACA-GAAGCCTACTTTTGACACA-AAAAGTCC
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** ** * **
6839 ATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAGT-AAT
124 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-
* * * * * * * *
6902 AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTATACATTTTTGGTTAAAACCGACTAGAATTGAACGTCTGCCT
187 AATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * ** **
6967 TGAGAAACCTGAAG-AGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTT
252 CGAGAAACGTGAAGAAAAAAAGC--TCATTGATAAGAAAAG-TTATTTATAGTCACCCATTGTTT
* * * * *
7031 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTTT
314 C-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTT
* * * * *
7096 TTACATTTTTAGTTAGAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAATA-GTGAAGAAAAACGT
377 TTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAA-ACATGAAGAAAAAAGC
* * * * * *
7160 ATACATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTA
441 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTA
7217 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
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GTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
AAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
TGAAGAAAAAAAGCTCATTGATAAGAAAAGTTATTTATAGTCACCCATTGTTTCAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTT
AGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
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3624 NNNNNNAATG
* * * * * *
3634 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTAT
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* * *** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* ** ** ** * ** *
3890 CAAAGGTGAAGAGAAAA-ACATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTGTTTTAA
250 GAAACATGAAGA-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
3954 AAGCCTT-CTACTCACTTTAAAT
313 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * * **
3976 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGATAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTAT
1 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
* * ** *
4041 AATTGAATGT-TTGCCTTGGGAATCGTGAAGAAAGAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
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* * ** * * * * *
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125 ATAGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTG
* ** * * * * *
4168 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATAT-AATGTCTACCTTA
188 ATTTTAGGTTGAATT-TTTG-ACA-TTTTTGGTTAGAACAGATTATAAT-TGAATGTCGACCTTG
* *
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*
4296 AAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT
312 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * ** *
4320 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTGTTTGTGCATTATTGGTTAAAGCA-GATA
1 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTA
* * ** * * **
4384 TAATTGAATGTCTACCTCGACAAACGTGAAGAAAA--AAATGCTCATTGATAAGAAAAGTCTATT
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* * * * * *
4447 TATAGTTACCCATTG-TTTTAACAGCCTT-CTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
124 TATAGTCACTCATTGCTTTCAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATT
* * * * * * *
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187 GATTTTAGGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATG-TCGACCTTGA
* * * * * * *
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250 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
4639 AGCCTTATTAGTCACTTTATAT
314 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** * * *
4661 AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTCTT-GTT-AAAACGGTT
1 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTT-TTGGTTAAAAAAGG-C
*** * * * *
4724 TATAATAT-AATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAG-AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
61 TATAAT-TGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCAA-CCATTGGC-AGAAAAGTCTA
* * * * * *
4787 TTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
122 TTTATAGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAA
* * ** * * * * *** *
4851 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTATTTAAAAAATACTATAATTGAATGTATTCCTC
185 TTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTT
* * ** * ** ** * * * ** *
4916 GGGGAATGTGAAGCGAAAA-CCAACCATTGGTACGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTG
248 GAGAAACATGAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
4980 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
311 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
5005 AGTTTTATAAACT-AATAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTTTACCTTGTTGGTTAAAACAGACTA
1 -GTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTA
** * *** * *** *
5069 GGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
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* * * **
5133 ATAGTCAC-C-TATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAA-TGCCATAAT
125 ATAGTCACTCAT-TGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAACT--CATAAT
** ** * * * * * **
5195 TGATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCGACCTCA
186 TGATTTTAGGTTGAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTG
** * * ** * * * * * *
5260 AGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGTAAACAAAACTTCTTTTACAGTCACCTATTCTTTCAA
249 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA-GTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
5325 AAGCCTTATTACTTACTTTAAACG
313 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-T
* * * * * *
5349 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTTAACATTTTCGATTAAAAAAGGCTATA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATA
** * * * * ** * * *
5414 ATTGAACATCTACCTTGGGGAACGTGAA-ACATAAGCCTACTTTTGACATAAATAGTCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAGA-A-AAGCCAACCATTGGCAGAAA-AGTCTATTTAT
* * * * * *
5478 AGTCACTCA-AGCCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAAAGTAATAATTGATT
127 AGTCACTCATTGCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTGATT
* * * * * * **
5542 TTAAGTTCAATTCTTAT-ACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAACATCTG-CCTTGAGAA
191 TTAGGTTGAATT-TT-TGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCTTGAGAA
* * * *
5605 ACCTAAAGAGAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
253 ACATGAAGA-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
5669 ACTTATTACTCACTTTAAAT
316 CCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * ** * * * **
5689 GATTTTATAATGTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTAT
1 G-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
* * * * ** **
5754 AATTGAATGTTTTCCTGGGGAATCGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
64 AATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCAACCATTGGC-AGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
5819 AGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAT
127 AGTCACTCATTGCTTTCAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTGAT
* * * *
5884 TTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTTGTTAGAACATATTAAAATTGAATATCGACCTT-AGGAA
190 TTTAGGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGA-GAA
** * * * *
5948 ATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCCAGAATAGTTAATTTATAGTCACCCATTTCTTTC-AAAG
253 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAG
* *
6012 ACTTACTACTCACTTTAAAT
316 CCTTATTACTCACTTTAAAT
*
6032 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAT
1 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
* *
6097 AATTGAATGTCTTCCTTGAGG-AACATGAAGTAAACA-CCAACCATTGGTATGAAAAGTCCATTT
64 AATTGAATGTCTTCCTTG-GGAAACATGAAG-AAA-AGCCAACCATTGGCA-GAAAAGTCTATTT
** * * * * *
6160 ATAGTCACTCA-ACCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTAG-TTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATT
125 ATAGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATT
* * * * * * * * **
6223 -ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTACCTCAA
187 GA-TTTTAGGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGA
* * * * * * *
6287 TAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAA
250 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
6352 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
314 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * **
6374 GATTTTGTAAT-GCAATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
1 G-TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAAAAGGCT
********************* * ** ** * *
6438 ATAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTTAACAAAACTTCT-TT
62 ATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCAACCATTG-GCAGAAAA-GTCTATT
* ** * *
6502 TATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATAACCTCATAATT
124 TATAGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATT
* * * * *
6566 GATTTTAGGTTAAATATTTTGACCTTTTTGGCTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AG
187 GATTTTAGGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGA-
* * *
6630 GAAACAT-ATGAAAAAGGTATTCATTGG-ATAG-AAAGTCCAGTTATAGTTACCCAATT-CTTCA
250 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA-AGAAAAGT-CATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCA
*
6691 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAACG
312 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-T
* * * *
6716 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGGCTATA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATA
* * ** * * *
6781 ATTGAATGT-TTACCTTGAGGAAA-GTGAA-ACAGAAGCCTACTTTTGACACAAAAAGTCCATTT
65 ATTGAATGTCTT-CCTTG-GGAAACATGAAGA-A-AAGCCAACCATTGGCA-GAAAAGTCTATTT
* * * * *
6843 ATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTAATAATTG
125 ATAGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTG
* * * * * *
6907 ATTTTAAGTTGAATTCTTAT-ACATTTTTGGTTAAAACCGACTAGAATTGAACGTCTG-CCTTGA
188 ATTTTAGGTTGAATT-TT-TGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCTTGA
* * *
6970 GAAACCTGAAGAGAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
250 GAAACATGAAGA-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
7034 AAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
313 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * ** **
7057 GATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAGCAGATTAT
1 G-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
* * *
7122 AATTGAATGT-TTGCCTTGGGAATA-GTGAAGAAAAACGTATA-CATTGGCAAGAAAAGTCTATT
64 AATTGAATGTCTT-CCTTGGGAA-ACATGAAGAAAAGC-CA-ACCATTGGC-AGAAAAGTCTATT
* **********************
7184 TATAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
124 TATAGTCACTCATTGCTTTCAAA-GCCTTATTA----------CTCGCTTTAAATGGTTTTAAAA
*****************************************************************
7249 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
178 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCG
************** *
7314 NNNNNNNNNNNNNNGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAATAGTCAATTTATAGTCACCCATTC
243 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTC
* *
7379 CTTCCAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAT
307 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*********
7408 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
1 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
* * * *
7473 AATTGAATGTCTTCCTTGGGGAACATGAAGTAAATGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCCATTTAT
64 AATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCAACCATTGGCA-GAAAAGTCTATTTAT
* * * *
7538 AG----TCA---C--TC-AAGCCTTATTACTTAG-TGTAAATAGTTTTATAAACTAATAATT-AT
127 AGTCACTCATTGCTTTCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTGA-
* * *******************************
7591 TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--G--
189 TTTTAGGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAA
** * **
7651 A-A-G-A-AAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGACCTTCAAAAGC
253 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
**
7711 CTTATTACTTGCTTTAAAT
317 CTTATTACTCACTTTAAAT
* *** * * * * * * * **
7730 GATTTTGTAATGC-CATTTTTTATTTAAATTTGAATTCTTTGCATATATTTAGTTAAAATAGATT
1 G-TTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-T-TTTGGTTAAAAAAGGCT
* ** *** * * ** * *
7794 ATAATTAAATGTCGACCTCACGAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCCACAAAACTTCT-TT
62 ATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAA-GAAAAGCCAACCATTGG-CAGAAAA-GTCTATT
** * *
7858 TATAGTCACTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATT
124 TATAGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATT
* * * * *
7922 GATTTTAGGTTGAATAATTTGACCTTTTTGGCTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGCG
187 GATTTTAGGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAG
* ** * *
7987 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-ACAGAAAAGTCCAGCTATAGTTACCCAATT-CATCAA
251 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA-AGAAAAGT-CATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCAA
*
8050 AAGCCTTATTACTCACTTTAAACG
313 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-T
* ** * * *
8074 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTCCAAGTTAAACTTTTTTACATTTTCGATTAAAAAAGGCTATA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATA
* * * * * * ** *
8139 ATTAAATATCTACCTTGGGGAACATGAA-ACATAATCCTACTTTTGGCACAAATAGTCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAGA-A-AAGCCAACCATTGGCAGAAA-AGTCTATTTAT
* * * * * *
8203 AGTCACTCA-AGCCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAAAGTAATAATTGATT
127 AGTCACTCATTGCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTGATT
* * * * *
8267 TTAAGTTGAATTCTTAT-ACATTTTTGGTTAAAACATACTAAAATTGAATGTCTG-CCTTGAGAA
191 TTAGGTTGAATT-TT-TGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCTTGAGAA
* *
8330 ACCTAAAGAGAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
253 ACATGAAGA-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
8394 CCTTATTACTCACTTTAAAT
316 CCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** * * * **
8414 GATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTA
1 G-TTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTA
* ** ** *
8478 TAATTGAATGT-TTGCCTTGGGAATCATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAGGAAAAGTCTATTT
63 TAATTGAATGTCTT-CCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCAACCATTGGCA-GAAAAGTCTATTT
* * *
8542 ATAGTCACGCATTGCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAAAATCTCATAATTT
125 ATAGTCACTCATTGCTTTCAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAA-CTCATAATTG
* * *
8607 ATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTTGTTAGAATAGATTATAATTGAATATCGACCTT-AGG
188 ATTTTAGGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGA-G
* *
8671 AAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAATAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTC-AA
251 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAA
*
8735 AGCCTTACTACTCACTTTAAAT
314 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT
8757 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
1 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
* * * *
8822 AATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACGTGAAGTAAACGCCAACCATTGGTATGAAAAGTCCATTTAT
64 AATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCAACCATTGGCA-GAAAAGTCTATTTAT
** * * * * * *
8887 AGTCACTCA-AACCTTCAAAACCCTTATTACTTAG-TTTAAATAGTTTTATAAACTAAGAATT-A
127 AGTCACTCATTGCTTTC-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTA-AAACTCATAATTGA
* * * *
8949 TTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
189 -TTTTAGGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGA
8989 CTAGAATTAN
Statistics
Matches: 3772, Mismatches: 1009, Indels: 463
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
321 6 0.00
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325 1 0.00
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Consensus pattern (335 bp):
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAA
TTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAGCCAACCATTGGCAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACTCATTGCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAACTCATAATTGATTTTAGG
TTGAATTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAG
AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAAT
Done.