Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402041.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5135.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4682
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 1193 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1058 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 773--1188 Score: 546
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
763 NNNNNNNNNN
* * * *
773 AAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGCGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCGCTGGATAT
1 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGCTAGATAT
* * * * *******
838 CATTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTACTTATTTTAATCAAACATNNNNNNN
66 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATTACTTATTTTAACCAAAAATTTTAAAA
*** * *
903 NNNTCAACTTAAAGTCCATTGTTAGATTATAAAAACAATTA
131 AAATCAACTTAAAATCCATTGTTAAATTATAAAAACAATTA
* *
944 AAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGCTCGATAT
1 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGCTAGATAT
* *
1009 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCACACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATTTTAAAA
66 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATTACTTATTTTAACCAAAAATTTTAAAA
*
1074 AAATCAACTTAAAATCCATTGTTAAATTATAAAAATAATTA
131 AAATCAACTTAAAATCCATTGTTAAATTATAAAAACAATTA
* * * * *
1115 AAGCGAGTAA-AAAGCATTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCACTAGATA
1 AAGCGAGTAATAAAGC-TTTTGAAGGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGCTAGATA
1179 TCTTTTTCTT
65 TCTTTTTCTT
1189 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 31, Indels: 2
0.87 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 209 0.98
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGCTAGATAT
CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCACACATTCAATTATTACTTATTTTAACCAAAAATTTTAAAA
AAATCAACTTAAAATCCATTGTTAAATTATAAAAACAATTA
Found at i:3263 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2712--4682 Score: 1528
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 170
2702 NNNNNNNNNN
* * * * *
2712 AATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * **********
2777 AAGAAACATAAAG-AAAAGATATCCAGTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAATNNNNNNNNNNTTCA
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
2841 AAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTTTTTATAATCTCAT
131 AAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
2881 AATTGATTTTAAATTTAATTTTTT-TACGTGTTTTATTAAAACT-TATAATTATTAAATGTTTGC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATA--TTTTTTGTTAAAA-TAGATAATAATTGAATGTCTAC
********** * *
2944 CTC-AGGAAACATGAAGANNNNNNNNNNCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATGCC
63 CTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
3008 TTCAAAAGGCC-TTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCAC
127 TTCAAAA-GCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* ********* * *
3052 AATGGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACTT
1 AATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
3117 GGGGAAACGTTAAGAAAAAGATATCTAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC
65 CGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
3182 AAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTAAC
130 AAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
3223 AATGGATTTTAAGTTGAATATTTTTAAATTTTTGGTTAAAATA-AGTAATTATTGAACGTCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACC
* ** ** * ********
3287 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAGCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCNNNNNNNN
64 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
**
3352 NNAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTT-TAATCTCAT
129 CAAAAGCCTTT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * * * * ** * * *
3392 AGTTGATTTTAAATTGAATTTTTTGATGTGTTTCATTAAAACT-GATAATTATTGAATCTCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTGTTAAAA-TAGATAATAATTGAATGTCTACC
********** * *
3456 TC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGTCT
64 TCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
3520 TTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTAT
128 TCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * **
3563 AATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATATTTT-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * ***
3627 CAAGAAAC-TAGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAACAAAAGTCCATCTATAGTCAACCATATTTT
65 CGAGAAACAT-GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * **
3691 CTAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
129 CAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * ** * *
3733 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGAAAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACT
1 AATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT
* * * * ** * * * * *
3798 CGGGAAACGTGACGAAAAAGGTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTCATATTCACCTATGTCTTC
65 CGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
3863 AAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTAT
130 AAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* ** * *
3904 AATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAAT-GTATTATAATTGTATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAG-ATAATAATTGAATGTCTACC
* *
3968 TCGATAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
64 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * *
4033 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
129 CAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * * *
4075 ATTTGA-TTTAAGTTCAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * **
4139 -TAGAAAATATGAAGAAAAAGATATTTATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCACACCTT
65 CGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * *
4202 CAAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAATATTTTTATAATCTTAT
129 CAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * * * *
4244 AATGGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCAT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * ** * *
4308 AGAAAAACAGGAAGAAAATGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTGACCCACGCCTTC
65 CGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*
4373 AAAAGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
130 AAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * *
4414 AATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT
* * *
4479 TGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCAGTGGC-----AAG---A--TA-A-TCACCCATGCCTTC
65 CGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *
4532 AAAAG-CTTTATTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCAT
130 AAAAGCCTTT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * *
4573 AATTGATTTTATA-TTGAATTTTTT-TACGTGTTTCATTAAAACT-GATAATTATTAAATGTTTG
1 AATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTATA--TTTTTTGTTAAAA-TAGATAATAATTGAATGTCTA
*
4635 CCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
62 CCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Statistics
Matches: 1429, Mismatches: 320, Indels: 107
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 2 0.00
158 11 0.01
159 113 0.08
160 3 0.00
161 2 0.00
163 1 0.00
164 3 0.00
166 3 0.00
167 1 0.00
168 8 0.01
169 264 0.18
170 361 0.25
171 647 0.45
172 8 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTC
GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
Found at i:4047 original size:681 final size:675
Alignment explanation
Indices: 3089--4682 Score: 1685
Period size: 681 Copynumber: 2.4 Consensus size: 675
3079 ATTTTTTGTT
* * * *
3089 AAAATAAATAATAATTGAATGTCT-ACTTGGGGAAACGTTAAGAAAAAGATATCTAGTGGCAAGA
1 AAAATAAATAATAATTGAATGTCTAAC-TCGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCA-T-GTAAGA
* * * *
3153 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAAT
63 AAAGT-CA-TTATA-TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAT
* * * * ** *
3218 CTAACAATGGATTTTAAGTTGAATATTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAAGTA-ATTATTGAACGT
125 CTAATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAAT--GTATATTATTGAATGT
* ** * * ***
3282 CTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAGCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCNNN
188 CTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
******* * *
3347 NNNNNNNAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTT-TAATCTCATAGTTGATTTTAAATT-GA
253 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGA-TTTAAATTCAA
* * * * *
3409 ATTTTTTGATGTGTTTCATTAAAACTGATAATTATTGAATCTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
317 ATTTTTT-ATATGTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAA
********* * *** * *
3474 AAGATATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGTCTTTAAAAGCCCTATTACTCG
381 AAGATAT-TTATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCCTATTACTAG
* * *
3539 CTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TGTTTATATATTTT-TTAAA
445 CTTGAAATATTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAAGTTAAATTAT-TTTACAT-TTTTGTTAAA
** * *
3602 ACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACTA-GAAGAAAAAGATATCCATTCGCAACAAA
508 ACAGATAATAATTGAATGTCTACAT-AGAAAAAC-AGGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAACAAA
* ** * * *
3665 AGTCCATCTATAGTCAACCATATTTTCTAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCT
571 AGTCCATCTATAGTCAACCACACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCT
*
3730 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGAA
636 CATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTAGAA
* * *
3770 AAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCGGGAAACGTGACGAAAAAGGTATCCATTGATAAGAA
1 AAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCA-TG-TAAGAA
* *
3835 AAGTCTATTCATATTCACCTATGTCTTCAAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
64 AAGTC-ATT-ATA-TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
* * * * * * *
3900 TTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAATGTATTATAATTGTATGTCT
126 TAATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAATGTA-TATTATTGAATGTCT
* * * *
3965 ACCTCGATAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
190 GCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
4030 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTAAGTTCAAATT
255 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTAAATTCAAATT
* * * * * *
4095 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGA
320 TTTTATATGTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGA
* * *
4160 TATTTATTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTGA
385 TATTTATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCCTATTACTAGCTTGA
* *
4225 AATATTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGTTAAAATAGATA
450 AATATTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGTTAAAACAGATA
* * * * * ** *
4290 ATAATTGAATGTCTGCATAGAAAAACAGGAAGAAAATGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTT
515 ATAATTGAATGTCTACATAGAAAAACAGGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAACAAAAGTCCATCT
* * * * *
4355 ATAGTGACCCACGCCTTCAAAAGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA
580 ATAGTCAACCACACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA
* **
4420 TTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTAGTT
645 TTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTAGAA
* * * * * **
4451 AAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA-GT--GGCAA
1 AAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGTAAGAAAA
* * * * *
4513 G--A-TA-ATCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCATA
66 GTCATTATATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTAATA
* ** * * *
4574 ATTGATTTTATATTGAATTTTTTTACGTGTTTCATTAAAACTG-ATAATTATTAAATGTTTGCCT
131 ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAA-TGTAT-ATTATTGAATGTCTGCCT
4638 C-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
194 CGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 143, Indels: 44
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
668 2 0.00
669 136 0.18
670 3 0.00
671 1 0.00
672 1 0.00
673 1 0.00
676 4 0.01
678 1 0.00
679 4 0.01
680 10 0.01
681 502 0.67
682 67 0.09
683 22 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (675 bp):
AAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGTAAGAAAA
GTCATTATATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTAATA
ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAATGTATATTATTGAATGTCTGCCTCG
AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTAAATTCAAATTTTTTAT
ATGTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATCTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTTA
TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCCTATTACTAGCTTGAAATATT
TTTATAATCTTATAATGGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGTTAAAACAGATAATAATT
GAATGTCTACATAGAAAAACAGGAAGAAAAAGATATCCATTCGCAACAAAAGTCCATCTATAGTC
AACCACACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTCAAATTTTTTTACATTTTTAGAA
Found at i:4504 original size:510 final size:506
Alignment explanation
Indices: 2716--4682 Score: 1613
Period size: 510 Copynumber: 3.9 Consensus size: 506
2706 NNNNNNAATT
* * * * * **
2716 GATTTTAAG-TCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAAT-AATAATAATTGAATGTCTGCATCGAG
* * * * * **********
2780 AAACATAAAG-AAAAGATATCCAGTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAATNNNNNNNNNNTTCAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCACGCCTTCAAA
* * * * *
2843 AGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTAC
129 AG-CTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAT
* * * * * * **********
2908 GTGTTTTATTAAAACTTATAATTATTAAATGTTTGCC-TCAGGAAACATGAAGANNNNNNNNNNC
193 AT-TTTTATTAAAA-TTATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* *
2972 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCCTT-TTACTCGCTTT-AAT
255 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ********* * * *
3035 TGTTTTTATAATCTCACAATGGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTTGTTAAAATAAATAA
319 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTA
* * ** * *
3100 TAATTGAATGTCTA-CTTGGGGAAACGTTAAGAAAAAGATATCTAGTGGCAAGAAAAGTCCATTT
381 TAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAATATGAAGAAAAAGATATCTA-TTGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
3164 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTAACAATG
444 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATG
* * * * *
3227 GATTTTAAGTTGAA-TATTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAAGTAATTATTGAACGTCTGCCTCGA
1 GATTTTAAGTTGAATTA-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAA-TAATAATTGAATGTCTGCATCGA
** * **********
3291 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAGCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCG-CCNNNNNNNNNNA
64 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT-GACCCACGCCTTCAA
* * *
3355 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTT-TAATCTCATAGTTGATTTTAAATTGAATTTTTTGA
128 AAGCTTT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTA
* * * * * * * *
3418 TGTGTTTCATTAAAACTGATAATTATTGAATCTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATN
192 TAT-TTTTATTAAAA-TTATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATC
********* * * * *
3482 NNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGTCTTTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAAT
254 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
3547 ATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATATTTTTTAAAACAGATTGTA
319 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTTTTAAAACAGATTATA
* * * * *
3612 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTA-GAAGAAAAAGATATCCATTCGCAACAAAAGTCCATCTAT
383 ATTGAATGTCTACCT-TAGAAAATATGAAGAAAAAGATATCTATT-GCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * * *
3676 AGTCAACCATATTTTCTAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATT
446 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACT-AGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATG
* * ** * *
3737 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGAAAAAATAAATAATAATTGAATGTCT-AACTCGG
1 GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAAT-AATAATAATTGAATGTCTGCA-TCGA
* * * * * * * * *
3801 GAAACGTGACGAAAAAGGTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTCATATTCACCTATGTCTTCAAG
64 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCACGCCTTCAAA
* * * *
3866 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAT
129 AG-CTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAT
* * * * * *
3931 ATTTTTTAATAAAATGTATTATAATTGTATGTCTACCTCGATAAACATGAAGAAAATGATATCCA
193 A-TTTTTATTAAAAT-TATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
*
3996 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
*
4061 TTTTATAATCTCATATTTGA-TTTAAGTTCAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
321 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAA
* *
4125 TTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGATATTTATTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
384 TTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
4190 CACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTGAAATATTTTTATAATCTTATAATG
449 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATG
* *
4248 GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCATAGAA
1 GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATA-ATAATAATTGAATGTCTGCATCGAG
* * ** *
4312 AAACAG-GAAGAAAATGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTGACCCACGCCTTCAAA
65 AAAC-GTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCACGCCTTCAAA
* *
4376 AGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTAT
129 AG-CTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAT
*
4441 ATTTTTAGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA
193 ATTTTTA-TTAAAAT-TATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
4506 GTGGC-----AAG---A--TA-A-TCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTCTAAATAT
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* ** * *
4559 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAATTTTTT-TACGTGTTTCATTAAAACTGATAAT
321 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTATA--T-TTTTTTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * * *
4622 TATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
382 AATTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGATATCTATT-GCAAGAAAAGTCCAT
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 248, Indels: 87
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
497 2 0.00
498 63 0.05
499 56 0.05
500 19 0.02
502 1 0.00
505 3 0.00
509 8 0.01
510 398 0.34
511 304 0.26
512 256 0.22
513 59 0.05
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAATAATAATTGAATGTCTGCATCGAGA
AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCACGCCTTCAAAAG
CTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATT
TTTATTAAAATTATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
ACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATG
Found at i:4653 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 4361--4673 Score: 393
Period size: 159 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
4351 ATTTATAGTG
* *
4361 ACCCACGCCTTCAAAAGACTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCACGCCTTCAAAAGACTTTTTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
4426 GTCAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAA
66 GTCAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATAA
4491 AGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGATAATC
131 AGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGATAATC
*
4520 ACCCATGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCACGCCTTCAAAAGACTTT-TTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * *
4584 TA-TTGAATTTTTTTACGTGTTTCA-TTAAAACT-GATAATTATTAAATGTTTGCCTCAG-GAAA
65 -AGTCAAATTTTTTTACAT-TTTCAGTTAAAA-TAGATAATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAA
* * *
4645 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGA
126 CATAAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGA
4674 AAAGTCCAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 17, Indels: 10
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.03
159 121 0.92
160 7 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
ACCCACGCCTTCAAAAGACTTTTTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTCAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATAA
AGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGATAATC
Done.