Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397732.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1030.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21942
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Warning! 2597 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:416 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2--4044 Score: 1742
Period size: 171 Copynumber: 23.7 Consensus size: 169
1 T
* * * *
2 AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAATTTTCATTTATAGTCACACATGCCTTC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-TTT
* * * *
131 TTAGAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AATTGTCTACCTC
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCGA-CTC
* * * * *
174 AAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTC-CCTCATTCCGTC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-CATGCCTTC
* * *
238 GAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTA-TTTAGGTTGAATCTTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTT
* * *
302 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGACTGTTCGACTC
129 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACTC
* * * * * *
344 AACAAGACATGAAGATAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTATATTTATGGTCACCCATGCC-CC
1 AAGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
408 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
65 -AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * *
473 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTGCCTT
129 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACTC
* * * * * * *
515 GAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAGGAAATGTCTATTTATAGTAATCCATGCCTTCA
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
580 AAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTCGATTGAATATTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTT
*** * * * **
645 ACATTTTTTCATAAAAAATATAATAATT-AGATGTTTACCTC
130 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCGA-CTC
* ** * * * *
686 GAGAAATGTGAAGAAAAA-CTTATTCATTGATAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATACCTTC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * ***
750 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCACATAATTGATTTTATACTGAATTTTCT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-T
* * ** **
815 TATATCTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTAC-C
129 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACTC
* * * * * * *
855 TAGGGAAACGTGAAGAAACAGCCATTCATTTGTA-AA-AAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCT
1 -A-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
918 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
62 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
** * * * * *
983 TCTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTGTCTG
127 T-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACTC
* * * * * * *
1028 AAAAAACATGAAGGAAAAA-ACATTGATTGATAAGAAATGT-TCATTTATAGTAACTCATGCCTT
1 AAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * * ****
1091 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG--------------ATTT
*******************************************************
1156 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
115 TAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACTC
******************************* * * ** * * ** *
1211 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGACAAGAAATATCCATTTA-T-AGTCA-CCC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAG-TCTAT--TTATAGTCACCCATGCC
* * * * * *
1273 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACACCCTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAGGTT
62 -T-TC---AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* * * * *
1337 GAATATTTATTGA-ATTTTTAGTT-AGACTAGATTATAATTGACTATCTGCCTC
121 GAAT-TTT-TT-ACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTC-GACTC
** * * * *
1389 AAGAAATGTAAAG-AAAAGACCATTCATTGACAA-AAAATATCCATTTATACTCACCCATGCCTT
1 AAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
* ** ***************************
1452 TAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AA-A-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TTT
64 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * * ***
1508 TATATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTTACTGTTTTC-C
129 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACTC
* * * * * *
1548 TAGGTAAA-ATGTGAAGATAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATATATTTATGGTCACCCATGCC
1 -AAG-AAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* *
1612 -TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTTGAATT
62 TTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
** * * * * * * *
1676 TTTTGACATTTTTGCCTAAAATATATAATAATTAAATGTTCTATAGTT
126 TTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TC--GACTC
** ** ** * *
1724 ACCCATTCATTGTTGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTTACCCATGCC
1 A-AGAAACA-TGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
1787 TTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-GAGTTGATTT
62 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGA--A
* * * *
1851 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TAGCTTG
124 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGA-C-TC
** * * * * *
1898 GGGAAACGTGAA-AAAAATGCCATTTATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAG-CA--CATTCCTT
1 AAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
*
1958 CATAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT
64 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT
* * *
2022 CTTACATTTTTGGTTAAAATAGTTTATAATTGAGTGTCTG-CATC
128 -TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-GAC-TC
* * ** * *
2066 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTTATACCTTT
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* ** * * * * *
2130 GAAAGATTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
** * * * *
2195 ATGTTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTGAATTTCTACTTT
130 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGAC-TC
* * * * * * * *
2236 GAGAAACGTAAAGAAAAAG-TAGTTCATTGATAAGAAATGTCCA-TTATAGTCATCCATGCCTTC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * **
2299 GAAAGACTTAATACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACATTGAAATTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTG-AA-TTT
* ** * * * *
2363 TTTAGATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTT
127 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGA-CTC
* ** * * * **
2407 GAGAAACGCGAAGAAAAAACCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCA
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** * * *
2472 AAAGCTTTATTACTTGCTTGAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGA--TT---TT--A--TTTTA
66 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA
* *** * * * *
2528 CATTTTTGATTAAAATTTATTATCATTGAATGCCTGCCTT
131 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACTC
* * * * * * ** *
2568 GAGAAACGTGAAGCAAAA-CCA-TCAATTGGCGTA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * *
2630 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTT
64 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTT
* * * * *
2695 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCCGTCTTG
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGAC-TC
* * * *
2739 AA-AAACATGAA-AGAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGT-TCATTTATACTCACCCATTCCTT
1 AAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * *
2801 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
64 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-T
* * *** * * * *
2866 TTATATTTTTGGTCAAAATTTATTATCATTGAATATCTACCTT
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGA-CTC
* ** * * * **
2909 GAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGCACA-AAAAGTCTATTTATAGTCATCCATATCTT
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * ** * *
2972 TGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
64 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * ** * *
3037 TATATCTTTGGTTAAAACAGATTCCAATTGAATGTCTACCTT
129 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGA-CTC
* * * * * * * * **
3079 GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCAATTTATAGTAACTTATGCCTTCG
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-
* * * * * * **
3144 ATAA-TCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAATTTGAATTGTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-TTT
* * * *
3208 TTGA-ATTTTTGTTTAAAAGAGATTATAACT-AACTGTCTGCCTC
128 TT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTC-GACTC
* * * * * **
3251 AAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATATATTTATGGTCACCCATACCCCCA
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
3316 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTCTT
66 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TT
* * *** *
3381 ACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTG
130 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACTC
* * * * * *
3422 AGGAAACATGAA-AGAAAAGCTATTCATTCGTA-AAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTT
1 AAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
* ** ** *
3484 TCAAAAGTCTTATTACTCTTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
63 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT
* * * * *
3549 CTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTATCTTG
128 -TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGA-C-TC
* * * * * **
3594 AA-AAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGTAATGTCCATTTATAGTCACCC-TACCTTTG
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
3657 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATA
66 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA
* * * * *
3722 TATTTTTGGTTAAAACAAATTCTAATTGAATGTCTGCCTT
131 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACTC
* * * * * *
3762 AGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCTTTGACAAGAAATA-TCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
3826 GAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTGTCT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTT
* * *
3890 TACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATT-AAGCGTCTGCCTT
129 TACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAA-TGTC-GACTC
* * * ** **
3932 AAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGGTATA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTC
1 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* ** * *
3996 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATT
65 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
4045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2897, Mismatches: 793, Indels: 363
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 80 0.03
161 81 0.03
162 61 0.02
163 10 0.00
164 1 0.00
165 3 0.00
167 7 0.00
168 75 0.03
169 248 0.09
170 609 0.21
171 1107 0.38
172 388 0.13
173 12 0.00
174 6 0.00
175 97 0.03
176 40 0.01
177 8 0.00
178 1 0.00
183 2 0.00
184 6 0.00
185 7 0.00
186 2 0.00
187 3 0.00
188 1 0.00
189 39 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACTC
Found at i:966 original size:342 final size:332
Alignment explanation
Indices: 5--4044 Score: 1493
Period size: 341 Copynumber: 11.8 Consensus size: 332
1 TAAG
* * * *
5 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAATTTTCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAAA-GTT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * *
69 AGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTA
62 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAA-T-TTTTTA
* * * *
134 GAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATT--AATTGTCTACCTCA-AGAAATATGAAGAAAAAGCCA
124 -TATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAAT-T-TACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
196 TTCATTG-ACAAGAAATGTCCATTTATAGTCC-CTCATTCCGTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTT
185 TTCATTGTA-AA-AAATGTCTATTTATAG-CCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
259 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTTA-TTTAGGTTGAATCTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAG
247 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTA--TAAAAAAG
* *
322 ATTGTAATTGACTGTTCGACTC-AA
309 ATTATAATTGACTGTT-TACTCGAA
* * * * *
346 CAAGACATGAAGATAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTATATTTATGGTCACCCATGCC-CCTA
1 -AA-ACATGAAGA-AAA-ACATTCATTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTC-A
*
410 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
60 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTA
* ** * * * *
475 TATTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTC
124 TA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
** ** * * * *
540 ATTGATAGGAAATGTCTATTTATAGTAATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATG
188 ATTG-TAAAAAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
605 GTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTCGATTGAATATTTTTACATTTTTTCATAAAAAATATAATA
252 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTT-ATAAAAAAGATTATA
*
670 ATTAGA-TGTTTACCTCGAG
315 ATT-GACTGTTTA-CTCGAA
** * * *
689 AAATGTGAAGAAAAACTTATTCATTGATAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATACCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAC--ATTCATTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
754 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCACATAATTGATTTTATACTGAATTTTCTTATA
63 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTT-TTATA
* * *
819 TCTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGGGAAACGTGAAGAAACAGCCATTCAT
126 T-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-
* * * *
884 TTGTAAAAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
189 TTGTAAAAAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
949 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
254 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTTTA-TAAAAAAGATTATAAT
*
1014 TGACTGTTT-GTCTGAAA
317 TGACTGTTTACTC-G-AA
* * * * **
1031 AAACATGAAGGAAAAAACATTGATTGATAAGAAATGTTCATTTATAGTAACTCATGCCTTTGAAA
1 AAACATGAA-G-AAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* *
1096 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG----------------------A
*****************************************************************
1161 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
106 TTTTAATTGAATTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACA
*************** * * * * *
1226 NNNNNNNNNNNNNNNT-ATTG-ACAAGAAATATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
171 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGTA-AA-AAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
1289 TATTACACCCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAGGTTGAATATTTATTGA-A-T
234 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTT-TT-ACATT
* ** * **
1352 TTTTAGTTAGACTAGATTATAATTGACTATCTGCCTC-AA
296 TTTTA--TAAAAAAGATTATAATTGACTGT-TTACTCGAA
* * * *
1391 GAA-ATGTAAAGAAAAGACCATTCATTGACAA-AAAA-TATCCATTTATACTCACCCATGCCTTT
1 AAACATG--AAGAAAA-A-CATTCATTGATAAGAAAAGT-T--ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *************************** *
1453 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATA
59 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTA
* * * *** * * *
1512 T-TTTTGATTAAAAAAGATTATAATTTACTGTTTTCCTAG-GTAAA-ATGTGAAGATAAAGCTAT
124 TATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAG-AAACA--TGAAGAAAAAGCCAT
** * * * * *
1574 TCATTG-ACAAGAAAAATATATTTATGGTCACCCATGCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
186 TCATTGTA-AA-AAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ** * *
1637 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTTGAATTTTTTGACATTTTTGCCTAAAATATAT
248 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-TATAAAAAAGAT
* * * * *
1702 AATAATTAAATGTTCTA-TAGTTACCC
311 TATAATTGACTGTT-TACTCG--A--A
** ** ** *
1728 ATTCATTGTTGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTTACCCATGCCTTCAA
1 AAACA-TGAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAAAGT--TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
1792 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTT
61 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGA--ATTTTTT
* * * * * * *
1857 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG--AATGTTAGCTTGGGGAAACGTGAA-AAAAATGCC
123 ATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAAT-TTA-CCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-GCC
* * *
1919 ATTTATTGGCAAAGAAA-GTCCATTTATAG-CA--CATTCCTTC-ATAAGCCTTATTACTCACTT
184 ATTCATT-GTAAA-AAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTT
* *
1979 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGT-TAAAATA
246 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTT--TATAAAAAA
* * * * *
2043 GTTTATAATTGAGTGTCTGCATC-AGG
308 GATTATAATTGACTGTTTAC-TCGA-A
* * ** * **
2069 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTTATACCTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAA-AGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
** * *
2133 AGATTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTATG
62 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTAT-
* * * * * * * *
2198 TTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTG-AATTTCTACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG-TAGTTC
125 ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATT-TACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTC
* * * * * * * *
2261 ATTGATAAGAAATGTCCA-TTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGACTTAATACGCACTTTAAATG
188 ATTG-TAAAAAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
** * * *
2325 GTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACATTGAAATTTTTTTAGATTTTTCATTAAAATAGATTA
252 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTG-AA-TTTTTTACATTTTTTA-TAAAAAAGATTA
* * *
2389 TAATTGACTGTCTACCTTGAG
313 TAATTGACTGTTTA-CTCGAA
** * **
2410 AAACGCGAAGAAAAAACCATTCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAA
1 AAACATGAAG-AAAAA-CATTCATTGAT-AAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * **
2474 AGCTTTATTACTTGCTTGAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGA--TT--TT--ATTTTACAT-T
62 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTATAT
* *** * **** * * * *
2532 TTTGATTAAAATTTATTATCATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAA-CCA-TCAATT
127 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT
* * ** **
2595 GGCGT-AAAAA-GTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
191 ---GTAAAAAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
2658 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATA
253 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTA--TAAAAAAGATTATA
* ** *
2722 ATTGAATGCCCGT-CTTGAA
315 ATTGACTG--TTTACTCGAA
* * * * *
2741 AAACATGAAAGAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAA
1 AAACATG-AAGAAAA-ACATTCATTGATAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * *
2806 GCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATA
63 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTT-TTTATA
* *** * * * * ** * *
2871 TTTTTGGTCAAAATTTATTATCATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
126 -TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * **
2936 TAGCACAAAAA-GTCTATTTATAGTCATCCATAT-CTTTGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATG
190 T-GTA-AAAAATGTCTATTTATAGCCACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * **
2999 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATCTTTGGT-TAAAACAGATTCCA
252 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACAT-TTT-TTATAAAAAAGATTATA
* * * *
3063 ATTGAATGTCTACCTTGAG
315 ATTGACTGTTTA-CTCGAA
* * * * * * * ** *
3082 AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCAATTTATAGTAACTTATGCCTTCGATA
1 AAACATGAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAA
* * *
3147 A-TCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAATTTGAATTGTTTT-T
62 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATT-TTTTAT
* * * * * *
3210 GAATTTTTGTTTAAAAGAGATTATAACT--AACTGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGATAAAGCC
125 --A-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAAT-T-TACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
** * * * * ** * *
3272 ATTCATTG-ACAAGAAAAATATATTTATGGTCACCCATACCCCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
184 ATTCATTGTA-AA-AAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
3336 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTCTTACA-TTCTTAGTTAAAACAG
247 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTTTA--TAAAAAAG
* * *
3400 ATTATAATTGAATGTTTTC-CTGAGG
309 ATTATAATTGACTGTTTACTC-GA-A
* * * * *
3425 AAACATGAAAGAAAAGCTATTCATTCG-TAA-AGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAA
1 AAACATG-AAGAAAAAC-ATTCATT-GATAAGA-AAAGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* ** *
3488 AAGTCTTATTACTCTTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTA
61 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTT-TTA
* * * *** * * * * *
3553 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTATCTTGAAAAACATTAAGAAAAAGCCATTC
124 TA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * * *
3618 ATTG-ACAAGTAATGTCCATTTATAGTCACCC-TACCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT
188 ATTGTA-AA-AAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
3681 AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATATATTTTTGGT-TAAAACAA-ATTC
251 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTT--TATAAAA-AAGATTA
* * * * *
3744 TAATTGAATGTCTGC-CTTAGG
313 TAATTGACTGTTTACTC-GA-A
* * * * * *
3765 AAACATAAAGAAAAAGTCATTCTTTGACAAGAAATA-TCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAA-AGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * ** * *
3829 AGCCTTATTACGCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTGTCTTAC
62 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATT-TTTTAT
** * * * *
3893 ATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATT-AAGCGTCTGCCTTA-AGAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
125 A-TTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAA-AATTTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** **
3955 TCATAGGTATAAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
186 TCAT-TGTA-AAAAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
4019 ATGGTTTTACAATCTCATAATTGATT
249 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
4045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2788, Mismatches: 690, Indels: 442
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
330 8 0.00
331 128 0.05
332 118 0.04
333 39 0.01
334 97 0.03
335 1 0.00
336 5 0.00
337 68 0.02
338 68 0.02
339 127 0.05
340 314 0.11
341 603 0.22
342 598 0.21
343 228 0.08
344 115 0.04
345 6 0.00
346 13 0.00
347 22 0.01
348 34 0.01
349 2 0.00
358 1 0.00
359 13 0.00
360 93 0.03
361 83 0.03
362 2 0.00
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
AAACATGAAGAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTATATTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAAAATTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAA
AAATGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTATAAAAAAGATTATAATTGACTGTTT
ACTCGAA
Found at i:2364 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1561--4044 Score: 2181
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 169
1551 GTAAAATGTG
* * * ** * * *
1561 AAGATAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATATATTTATGGTCACCCATGCC-TCTAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-GAAAGCCTTA
*
1625 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTTTTGACATTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT-ACATTTTT
** * * * ** * ** * *
1689 GCCTAAAATATATAATAATTAAATGTTCTATAGTT-ACCCATTCATTG
127 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TCTA-CCTTGA--GAAAC-GTA
** * * * * * *
1736 TTGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAACCTTA
1 AAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * *
1800 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTTACATTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTT
* * *
1865 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TAGCTTGGGGAAACGTGA
127 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGT-A
* * * *
1909 AA-AAAATGCCATTTATTGGCAAAGAAAGTCCATTTATAG-CA--CATTCCTTC-ATAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA-AAGCCTTA
* * *
1969 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTG
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTG
* * * * * * *
2034 GTTAAAATAGTTTATAATTGAGTGTCT-GCATCAGGAAACATG
128 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTA
* ** * ** *
2076 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCACTTATACCTTTGAAAGATTTAC
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* **
2141 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTATGTTTTTGGT
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
2206 TAAAACAGATTCTAATTGAATTTCTACTTTGAGAAACGTA
130 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * * * *
2246 AAGAAAAAG-TAGTTCATTGATAAGAAATGTCCA-TTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGACTTA
1 AAGAAAAAGCCA-TTCATTGACAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
2309 ATACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACA-TTGAAATTTTTTTAGATTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA-AGTTG-AA-TTTTTTACATTT
** * **
2372 TTCATTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACGCG
125 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * * * *
2417 AAGAAAAAACCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCTTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
2482 TACTTGCTTGAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGA--TT---TT--A--TTTTACATTTTTGAT
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
** * * * *
2538 TAAAATTTATTATCATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGTG
130 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * **
2578 AAGCAAAA-CCA-TCAATTGGCGTAA-AAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGCCT
1 AAGAAAAAGCCATTC-ATTGAC--AAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCT
* *
2639 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTT
62 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTT
* * *** * *
2704 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCCGTCTTGAAAAACATGA
126 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-A
* * * * * *
2749 AAG-AAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
2813 TACTCACTTTAAAGGGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGG
* ** * * * *
2878 TCAAAATTTATTATCATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTG
129 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * * * * * *
2919 AAGCAAAAGCCATCCATTAGCACAA-AAAGTCTATTTATAGTCATCCATATCTTTGAAATCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * *
2983 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATCTTTGG
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGG
* **
3048 TTAAAACAGATTCCAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
129 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * * * * ** * *
3089 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCAATTTATAGTAACTTATGCCTTCGATAA-TCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA-AAGCCTTA
* * *
3153 TTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAATTTGAATTGTTTTTGA-ATTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTT-ACATTTT
* * * * ** * *
3217 TGTTTAAAAGAGATTATAACT-AACTGTCTGCCTCAAGAAACATG
126 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * ** * ** *
3261 AAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATATATTTATGGTCACCCATACCCCCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
3326 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTCTTACATTCTTAG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGG
* * * *
3391 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TGAGGAAACATGA
129 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGT-A
* * * * * *
3433 AAG-AAAAGCTATTCATTCGTA-AAGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
** * *
3496 TTACTCTTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTA
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTG
* * * * *
3561 GTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTATCTTGAAAAACATT
128 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * *
3603 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGTAATGTCCATTTATAGTCACCC-TACCTTTGAAAGTCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
3667 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATATATTTTTGGT
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
3732 TAAAACAAATTCTAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATA
130 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTA
* * * * *
3772 AAGAAAAAGTCATTCTTTGACAAGAAATATCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** *
3837 TACGCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTGTCTTACATTTTTGG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGG
* * * *
3901 TTAAAACATG-TTATAATT-AAGCGTCTGCCTTAAGAAACGTA
129 TTAAAATA-GATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTA
* * * *
3942 AAGAAAAAGCCATTCATAGGTATAA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCAT-TG-ACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
* *
4006 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
4045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1885, Mismatches: 341, Indels: 170
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 74 0.04
161 53 0.03
162 4 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
167 15 0.01
168 74 0.04
169 240 0.13
170 458 0.24
171 582 0.31
172 235 0.12
173 13 0.01
174 3 0.00
175 91 0.05
176 31 0.02
177 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT
AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA
Found at i:2459 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2417--2459 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
2407 GAGAAACGCG
*
2417 AAGAAAAAACCATTCATTGTC
1 AAGAAAAAACCATTCATAGTC
** *
2438 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAAACCATTCATAGTC
2459 A
1 A
2460 CCCAAACCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.16, G:0.12, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAACCATTCATAGTC
Found at i:2498 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1616--4044 Score: 2192
Period size: 341 Copynumber: 7.1 Consensus size: 341
1606 CATGCCTCTA
*
1616 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* ** * * * * ** ** ** **
1680 GACATTTTTGCCTAAAATATATAATAATTAAATGTTCTATAGTT-ACCCATTCATTGTTGAAAAA
65 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTA-CCTTGA-GGAAACA-TGAAGAAAAA
* * * *
1744 -CTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGC
126 GC-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
1808 TTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
190 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
1873 TAGATTATAATTGAATGT-TAGCTTGGGGAAACGTGAAA-AAAATGCCATTTATTGGCA-AAGAA
253 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATT-GCACAAGAA
*
1935 AGTCCATTTATAG-CA-CATTCCTTC-
315 AGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCG
* * * *
1959 ATAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCT
1 A-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
2024 TACATTTTTGGTTAAAATAGTTTATAATTGAGTGTCT-GCATCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
65 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
** * ** ** *
2088 TTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTTATACCTTTGAAAGATTTACTACTCGCTTTA
130 TTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ** *
2152 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATT
194 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * *
2217 CTAATTGAATTTCTACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG-TAGTTCATTG-ATAAGAAATGTCCA-
259 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCA-TTCATTGCACAAGAAA-GTCCAT
*
2279 TTATAGTCATCCATGCCTTCG
322 TTATAGTCA-CCATACCTTCG
* * * *
2300 AAAGACTTAATACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACA-TTGAAATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA-AGTTG-AATTTT
* * * * ** *
2363 TTTAGATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGA-GAAACGCGAAGAAAAAAC
63 TTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGAAAAAGC
* ** * * *
2427 CATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTG
128 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * **
2492 AAATGGTCTTATAATCTCATAATTGA--TT---TT--A--TTTTACATTTTTGATTAAAATTTAT
193 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * **
2548 TATCATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAA-CCA-TCAATTGGCGTAA-AAAGTCCA
258 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GCACAAGAAAGTCCA
*
2610 TTTATAGTCA-CTTAAGCCTTCG
321 TTTATAGTCACCAT-A-CCTTCG
* * *
2632 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *** * *
2697 ACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCCGTCTTGA-AAAACATGAA-AGAAAAGGC
66 ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGA-AAAAGCC
* * * * *
2759 ATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * **
2824 AAGGGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTCAAAATTTAT
194 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * * *
2889 TATCATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCACAA-AAAGTCTAT
258 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-GCACAAGAAAGTCCAT
* *
2953 TTATAGTCATCCATATCTTTG
322 TTATAGTCA-CCATACCTTCG
* *
2974 AAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * *
3038 ATATCTTTGGTTAAAACAGATTCCAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * ** * * *
3102 TCATTGAGAAAAAAAATCAATTTATAGTAACTTATGCCTTCGATAA-TCTTATTACTCGCTATAA
131 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
3166 ATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAATTTGAATTGTTTTTGA-ATTTTTGTTTAAAAGAGA
195 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * ** * * * * **
3230 TTATAACT-AACTGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTG-ACAAGAAAAATAT
257 TTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGCACAAG-AAAGTCC
* ** *
3293 ATTTATGGTCACCCATACCCCCA
320 ATTTATAGTCA-CCATACCTTCG
* * *
3316 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTCTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
3381 ACATTCTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TGAGGAAACATGAA-AGAAAAGCT
66 ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGA-AAAAGCC
* * * * **
3443 ATTCATTCGTA-AAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCTTTT
129 ATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3506 TAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAG
192 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * *
3571 ATTATAATTGAGTGTCTATCTTGAAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTG-ACAAGTAATGTCC
256 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGCACAAG-AAAGTCC
* *
3635 ATTTATAGTCACCCTACCTTTG
320 ATTTATAGTCACCATACCTTCG
* * * *
3657 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
3721 ATATTTTTGGTTAAAACAAATTCTAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGTCAT
66 ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
3785 TCTTTGACAAGAAATA-TCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCACTTTAA
131 TCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * *
3849 ATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTGTCTTACATTTTTGGTTAAAACATG-T
195 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GAT
* * * * * * *
3912 TATAATT-AAGCGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGGTATAA-AAAGTCTA
258 TATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAT-TGCACAAGAAAGTCCA
*
3975 TTTATAGTCACCCACACCTTCG
321 TTTATAGTCA-CCATACCTTCG
* *
3997 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
4045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1701, Mismatches: 310, Indels: 153
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 6 0.00
331 140 0.08
332 117 0.07
333 6 0.00
334 1 0.00
336 5 0.00
337 17 0.01
338 62 0.04
339 114 0.07
340 309 0.18
341 396 0.23
342 302 0.18
343 135 0.08
344 89 0.05
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGCACAAGAAAGTCCATTTAT
AGTCACCATACCTTCG
Found at i:4707 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4397--4964 Score: 626
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
4387 NNNNNNNNNT
* * * **
4397 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTACGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
* ** * * * * * * *
4462 AGCGACTATAAATGGACTTTTGATATCACTGGATGGCTTTTGTTTCACGTTTCTTAAGGT-GAAT
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGA-GTCAAAT
* *
4526 ATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAGTTC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAA-TAAAAAAATTC
* * *
4568 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGACTT-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
* * * *
4632 AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGCTTTTCTTCATATTTCCTGAGTCAAAC
66 A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTCCTGAGTCAAAT
* *
4697 ATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-ATAAAAAAATTC
* *
4739 AA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
1 AACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
* * *
4803 GAGTGACTATAAATGAACTTTGCTTATCAATGAATGGCTTGTTCTTCATGTTT-CTCGAGACAAA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT-TTCTTCATGTTTCCT-GAGTCAAA
* * **
4867 TAGTCAATTATAATCTATTTTAA-CTATAAATCTAAAAAAACTT-
128 TATTCAATTATAATATATTTTAATC-A-AAAAATAAAAAAA-TTC
* * * * *
4910 AACATAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAAGCTTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
4965 CAAAGGCATA
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 49, Indels: 24
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.04
171 310 0.92
172 14 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTGAGTCAAATAT
TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAATAAAAAAATTC
Found at i:5199 original size:279 final size:279
Alignment explanation
Indices: 4695--5223 Score: 678
Period size: 279 Copynumber: 1.9 Consensus size: 279
4685 CCTGAGTCAA
* *
4695 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGA
* *
4760 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTG
66 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTG
* *
4825 CTTATCAATGAATGGCTTGTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAATAGTCAATTATAATCTATTTTAA
131 CTTACCAATGAATGGCTTGTTCTTCACGTTTCTCGAGACAAATAGTCAATTATAATCTATTTTAA
* *
4890 CTATAAATCTAAAAAAACTTAACATAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTA
196 CCATAAATCTAAAAAAACTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTA
4955 ATAAAGCTTTCAAAGGCAT
261 ATAAAGCTTTCAAAGGCAT
* *
4974 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGT-AAAAATATAAAAGAATTC-ATCTTGAAATCAATTATAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATAA
* * * * * *
5037 GGTTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATAAGTGAGTATAAATGCACA
64 GATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAAC-
* * * * ** * * *
5101 TTT-CTTACCCATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT-TCCTAGGTAGATATTCAATTATAATCTGT
127 TTTGCTTACCAATGAATGGCTTGTTCTTCACGTTTCT-CGAGACAAATAGTCAATTATAATCTAT
* * *
5164 TTTAACCA-AATATGTAAGAAAA-TTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
191 TTTAACCATAA-ATCTAAAAAAACTT-AA-CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
5224 CAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 28, Indels: 16
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
278 9 0.04
279 200 0.93
280 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (279 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGA
TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTG
CTTACCAATGAATGGCTTGTTCTTCACGTTTCTCGAGACAAATAGTCAATTATAATCTATTTTAA
CCATAAATCTAAAAAAACTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTA
ATAAAGCTTTCAAAGGCAT
Found at i:5266 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4968--5618 Score: 664
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
4958 AAGCTTTCAA
* * * * *
4968 AGGCATACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAGAATTCATCTTGAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAA-AATTCAACATAAAATCAATT
* * * * ** * *
5033 ATAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATAAGTGAGTATAAATGC
65 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAATTGGTGACTATAAATGG
* * * * *
5098 ACATTTCTTACCCATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCCT
129 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCT
* * * * * *
5139 AGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAGAAAATTCAATC-TAAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAA-AAAATTCAA-CATAAAATCAAT
* *
5203 TATGAGATTATAAAA-TCATTTCAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAAT
64 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATTGGTGACTATAAAT
* * *
5267 GGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCA
127 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCT
* * * *
5310 AGACAAACATACAATTATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTTAAC-TCAAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATAT-AAAAAATTCAACAT-AAAATCAAT
* * * *
5374 TATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAGGTGGCTATAAATG
64 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATT-GGTGACTATAAATG
* * ** * *
5439 GGCTTTTCTTGCTAAAAAATGGATTTTTCTTCAC-TTTTTTT
128 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCT
* * *
5480 GAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT-AGCAAAAATGTACAACAATTCAACATAAAATCAAT
1 -AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATA-AAAAATTCAACATAAAATCAAT
* * * * * * *
5544 TATGAAATTATAAAACCACTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAACACATGGGTGACTATAAATG
64 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-ATTGGTGACTATAAATG
* *
5609 TAGTTTTCTT
128 GACTTTTCTT
5619 CTCATAAAAT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 73, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 98 0.25
171 290 0.73
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATTGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCT
Found at i:5606 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4968--5709 Score: 636
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
4958 AAGCTTTCAA
* ** * * * *
4968 AGGCATACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAGAATTCATCTTGAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATT
* * * * * * *
5033 ATAAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGA-ATAAGTGAGTATAAATG
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGACATAGGTGACTATAAATG
** * * ** ** ** **
5097 CACATTTCTTACCCATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCCT-
129 GGCTTTTCTTGCTAAAAAATGGATTTTTCTTCAC-TTTTTTTG
* * * * *
5139 AGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAGAAAATTCAATCTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATT
* * * *
5204 ATGAGATTATAAAATCATTTCAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGA-ATTGGTGACTATAAATG
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATAGGTGACTATAAATG
* * * ** * **
5268 GACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTTCA
129 GGCTTTTCTTGCTAAAAAATGGATTTTTCTTCACT-TTTTTTG
* * ** * *
5310 AGACAAACATACAATTATAATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATT
* * * * *
5375 ATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAGGTGGCTATAAATGG
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGTGACTATAAATGG
5440 GCTTTTCTTGCTAAAAAATGGATTTTTCTTCACTTTTTTTG
130 GCTTTTCTTGCTAAAAAATGGATTTTTCTTCACTTTTTTTG
* * * *
5481 AGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT-AGCAAAAATGTACAACAATTCAACATAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATT
* * * * * *
5545 ATGAAATTATAAAACCACTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAACACATGGGTGACTATAAATGT
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGTGACTATAAATG-
* * * * *
5610 AG-TTTTCTT-CTCATAAAATGGCA-TTTTGTTCACATTATTTG
129 GGCTTTTCTTGCT-AAAAAATGG-ATTTTTCTTCACTTTTTTTG
* * * ** * *
5651 AGGTAGACAGTCAAACATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAA
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAA
5710 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 92, Indels: 26
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 140 0.30
171 320 0.69
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGTGACTATAAATGGG
CTTTTCTTGCTAAAAAATGGATTTTTCTTCACTTTTTTTG
Found at i:6367 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6180--6957 Score: 481
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
6170 GGACATTTTG
* * * *
6180 TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGATATCCAATTATAATATATTTTAATA
1 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGAAAT-CAATTATAATATGTTTTAATA
* *
6245 AAAAATATAAAAAAATTTTAAACTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAA
65 AAAAATATAAAAAAA-TTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAA
*********** *
6310 TAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACAATAAAT-AGACTTTTCT
129 TAAGGCTTTAGAAGAAATCGGTAACAATAAATGA-ACTTTTCT
* ** * * * **
6352 TATCAATGAATGGCTTTTTCTAGACGTTTCTCGAGGCAGACAATTAATTATAATCTGTTTTAACC
1 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGA-AATCAATTATAATATGTTTTAATA
* * ** * * * * * * *
6417 AAAATTGTATGAAACTTGAACCTAAAATCAATTATAAGTTTATAAATCCATTTAAAGTGAGCAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
6482 TAGACTTTAGAAGAAATCGGTAACTATAAATGAACTTTTCT
130 AAGGCTTTAGAAGAAATCGGTAACAATAAATGAACTTTTCT
* * * * * *
6523 TGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTA-AACATTCAATTATATTTTGTTTTAA
1 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAGAA-A-TCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
6586 TAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAATCCATTTAAAACGAGTA
63 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTA
** * * *
6651 ATAAGGCTTTTA-AAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTCTT-T
128 ATAAGGC-TTTAGAAGAAATCG-GTAACAATAAATGAACTT-TTCT
** * * * * * * * **
6694 TGTCAAAGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAAGTAGTCAATTATAATCTATTTTAACC
1 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AGAAATCAATTATAATATGTTTTAATA
* * * * ********** *
6759 AAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATCATAAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCAAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * *
6824 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GCGTGACTATAAATGGACTTTTTT
130 AAGGCTTTAGAAGAAATCG-GTAACAATAAATGAACTTTTCT
** * * * * * * * * **
6865 TGTCGATGAATGGCTTTGTATTCACATTTCCCATGGCAAAAAGTCAATTATAATCTGTTTTAACC
1 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGAAA-TCAATTATAATATGTTTTAATA
* *
6930 AAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
6958 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 117, Indels: 29
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 11 0.02
171 391 0.82
172 69 0.15
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGAAATCAATTATAATATGTTTTAATAA
AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTAGAAGAAATCGGTAACAATAAATGAACTTTTCT
Found at i:8068 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 7669--9243 Score: 620
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 167
7659 ATGTAAAATT
* * * *
7669 AAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAACGCTTGGGTGAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* ** * *
7734 TATAAATAGGCTTTTCTTGACAATGAATGATTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAAACATTCAATT
65 TATAAATAGACTTTTAATGACAATGAATGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAGAAACATTCAATT
** **
7799 ATATTCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAACCTG
130 ATAACCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAACCAA
* * * * * *
7837 AAATCATTTATGAGATTGTAAAGCGATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* **
7902 TATAAATAGACTTTTAAT-ACCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTC-CTAAGGCAGATGC-TT
65 TATAAATAGACTTTTAATGA-CAATGAATGA-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AA-G-AGAAACATT
* *
7964 -AATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCAA
125 CAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATCAACCAA
* * *
8008 AAATCAATTATGATATTATAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* ********************************** *
8073 ATAAATGGAC-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--ATATTCAATT
66 ATAAATAGACTTTTAAT-GACAATGAATGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAGAAACATTCAATT
* * * * **
8131 AGAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTA
130 ATAACCTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAATCAACCAA
* * * * * * * *
8170 AAATTAGTTATGATACTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGTA-GGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * * *
8234 TATAAATGGAC-ATTACTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTCAA
65 TATAAATAGACTTTTA-ATGACAATGAAT-GATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAGAAACATTCAA
* * * * * **
8298 TTATAATCTATTTTAACTAAAAAGGTAAGAAAATTCAACTTA
128 TTATAACCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATCAACCAA
* * * * * * *
8340 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * *
8405 TATAAATGGACTTTCT--TTACGAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCCCCAAG-CAAGCATTC
65 TATAAATAGACTTT-TAATGAC-AATGAAT-GATTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGAGAAACATTC
* * * * * * *
8466 AATTATAATCTATTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTTAA-TATA
126 AATTATAACCT-GTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATCAACCA-A
* * * * *
8511 AAAGCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
** ** * * *
8576 TATAAACGGACTTTTCTTG-CTAATGAATAAGTTTTTCTTTACGTTTCTC--GACGTAAACATTT
65 TATAAATAGACTTTTAATGAC-AATGAATGA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA-G-AAACATTC
* ** * * ** ***
8638 AATTATTATATATTTTAAGCAAAAATATAAAAACTTCAAGTTA
126 AATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAATCAACCAA
* * * **
8681 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAGGGGCATAAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGGGTGA
* * * ** * * * * * * * *
8745 CCATAAACATACTTTTCTTGTTC-ATGAATGGCTTTATCTTTATGTTTTGTCGAG-GCAAACAGT
64 CTATAAATAGACTTTTAATG-ACAATGAAT-GATTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGAG-AAACATT
* * * * ** *
8808 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTGAAACATTTCAACCTA
125 CAATTATAACCTGTTTTAACCAAAA-ATAAAAAAAATCAACCAA
*
8852 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * ** *
8917 TATAATTGGACATTTCTTAT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGAG-GCAGACAGTT
65 TATAAATAGAC-TTT-TAATGACAATGAAT-GATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAG-AAACA-TT
* * * * * ***
8979 -AATTATAATCTCTTTTAAACAAAAGTTCAAAAATAATTCAAATTA
125 CAATTATAACCTGTTTTAACCAAAA-AT-AAAAA-AAATCAACCAA
* * * * * *
9024 AAATCAGTTATGACATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-GCATAGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * *
9088 TATAAATGGACATTTCTTAT--CAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGGAGACAGTCA
65 TATAAATAGAC-TTT-TAATGACAATGAAT-GATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAGAAACATTCA
* * * * * * * *
9151 ACTATAATCTATTTTAACTAAAACTTAATAAACAATTCAATCTA
127 ATTATAACCTGTTTTAACCAAAA-ATAA-AAA-AAATCAACCAA
*
9195 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
9244 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 263, Indels: 115
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 48 0.04
163 54 0.05
165 2 0.00
167 3 0.00
168 79 0.07
169 70 0.06
170 276 0.25
171 461 0.42
172 86 0.08
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
ATAAATAGACTTTTAATGACAATGAATGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAGAAACATTCAATTA
TAACCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAACCAA
Found at i:8521 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8123--9245 Score: 1007
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
8113 NNNNNNNGAT
* * * * * * *
8123 ATTCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGATACT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
8187 ATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGTA-GGGTGACTATAAATGGACATTACT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCT
* *
8251 TGT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGATAAAC
130 T-TACAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTTCGAAG-CAAAC
* *
8292 ACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAGGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
8357 ATAAAACCGTTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGGCTATAAATGGAC-TTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCT
* * * *
8421 TTACGAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCCCCAAGCAAGC
130 TTAC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCGAAGCAAAC
* * * *
8462 ATTCAATTATAATCTATTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTTAATATAAAAGCAATTATAAGGT
1 ATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAAT-TAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
8527 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTC
* * * * *
8592 -TTGCTAATGAATAAG-TTTTTCTTTACGTTTCTCGACGTAAAC
129 TTTAC-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTT-TCGAAGCAAAC
* * * * * *
8634 ATTTAATTATTATATATTTTAAGC-AAAAATATAA-AAACTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAGAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *** *
8697 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AGGGGCATAAGTGACCATAAACATACTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTT
* * * * *
8761 CTTGTTC-ATGAATGGCTTTATCTTTATGTTTTGTCGAGGCAAAC
128 CTT-TACAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTT-TCGAAGCAAAC
* * * *
8805 AGTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATGT--GAAACATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAA-A-TTCAA-TTAAAATCAATTATGAGA
** * *
8867 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACATTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTT
* * * *
8932 C-TTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGAGGCAGAC
128 CTTTA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTTCGAAGCAAAC
* * * *
8975 AGTT-AATTATAATCTCTTTTAAAC-AAAAGT-TCAAAAATAATTCAAATTAAAATCAGTTATGA
1 A-TTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGT-AAGAA-AATTC-AATTAAAATCAATTATGA
* * *
9037 CATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-GCAT-AGGTGACTATAAATGGACA
61 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACA
* * * *
9100 TTTC-TTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACG-TTTCTTAAGGGAGAC
125 TTTCTTTA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-GAA-GCAAAC
* * * * *
9146 AGTCAACTATAATCTATTTTAACTAAAACT-TAATAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGG
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-GAA-AATTCAAT-TAAAATCAATTATGAGA
9210 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
63 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
9246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 128, Indels: 76
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 42 0.05
170 230 0.29
171 421 0.53
172 88 0.11
173 5 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTT
TACAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCGAAGCAAAC
Found at i:8688 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 8125--9243 Score: 1107
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 335
8115 NNNNNGATAT
* * * * * * ***
8125 TCAATTAGAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA-AAAATTCAA-CTTAAAATTAGTTATGATACTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTTAATC-TAAAATCAATTATGAGGTTA
* * * * *
8188 TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGTA-GGGTGACTATAAATGGACATTACTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTT
* *
8252 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGATAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACT
130 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAAG-TAAACACTTAATTATAATCTATTTTAAC-
* * * *
8316 AAAAAGGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGGGAGTAAT
193 AAAAA-TTAA-AAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
8381 AAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGGCTATAAATGGAC-TTTCTTTACGAATGAATGGCTTTTTTTCA
256 AAGGCTTTTGAAAGCAT-AGTGACTATAAATGGACATTTCTTTAC-AATGAATGGCTTTTTTT-A
*
8445 TGTTTCCCCAAGCAAGCAT
318 TGTTT-CCCAAGCAAGCAG
* * *
8464 TCAATTATAATCTATTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTTAATATAAAAGCAATTATAAGGTTA
1 TCAATTATAATCTA-TTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTTAATCTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * * *
8529 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTT
* * * * * * *
8594 G-CTAATGAATAAG-TTTTTCTTTACGTTTCTCGACGTAAACATTTAATTATTATATATTTTAAG
130 GTC-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAAGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAA-
* * *
8657 CAAAAATATAAAAACTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
192 CAAAAAT-TAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * *** * *
8722 AAGGCTTTT-AGGGGCATAAGTGACCATAAACATACTTTTCTTGTTC-ATGAATGGCTTTATCTT
256 AAGGCTTTTGA-AAGCAT-AGTGACTATAAATGGACATTTCTT-TACAATGAATGGCTTT-T-TT
* * * *
8785 TATGTTTTGTCGAGGCAAACAG
316 TATG-TTT-CCCAAGCAAGCAG
* * * *
8807 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATGT--GAAACATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAA-ATTT-AATCTAAAATCAATTATGAGGTT
* *
8869 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACATTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCT
* * * * * * * *
8934 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGAGGCAGACAGTTAATTATAATCTCTTTTAAAC
129 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAAGTAAACACTTAATTATAATCTATTTT-AAC
* * * *
8999 AAAAGTTCAAAAATAATTCAAATTAAAATCAGTTATGACATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAA
193 AAAAATT--AAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
9064 TAAGACTTTTG-AAGCATAGGTGACTATAAATGGACATTTC-TTATCAATGAATGGCTTTTTCTT
255 TAAGGCTTTTGAAAGCATA-GTGACTATAAATGGACATTTCTTTA-CAATGAATGGC-TTTT-TT
* ** **
9127 TACGTTTCTTAAGGGAGACAG
316 TATGTTTCCCAAGCAAG-CAG
* * * *
9148 TCAACTATAATCTATTTTAACTAAAACT-TAATAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGGTT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-GAA-AATTTAATCTAAAATCAATTATGAGGTT
9212 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
9244 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 111, Indels: 64
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 16 0.03
340 28 0.04
341 304 0.48
342 139 0.22
343 142 0.22
344 5 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (335 bp):
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTTAATCTAAAATCAATTATGAGGTTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTG
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAAGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAACAAA
AATTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAAGCATAGTGACTATAAATGGACATTTCTTTACAATGAATGGCTTTTTTTATGTTTCCC
AAGCAAGCAG
Found at i:10261 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9928--10464 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
9918 AAATGCAAAA
* * * **
9928 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTTTAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTG
* * * * * ** *
9993 ACTATAAATGAACTTTTCTTGACAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCATTGCAGACAGTCA
66 ACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAGGGCAGAAAGTCA
*
10058 ATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAAATTAAA-T
131 ATTACAATCTATTTTAACAAAAAA-CT--AAAAAATTAAACT
* * * *
10099 CTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGCA-TAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGG
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGG
* * *
10163 TGACTAT-AATGGACATTTCTTGTCAATGAACTA-CTTTTTCTTTACATTTCTCAGGGTAGAAAT
64 TGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAA-TAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAGGGCAGAAAG
* *
10226 TCAATTACAATCTGTTTTAATC-AAAAACATAAAAAATTCAACT
128 TCAATTACAATCTATTTTAA-CAAAAAAC-TAAAAAATTAAACT
* * * * *
10269 TAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTG
* * ** ** * *
10334 ACTATAAATGGATATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTTCATGTTTC-CAGATACAGACACT
66 ACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTT-CTTCACATTTCTCAG-GGCAGAAAGT
* * * * *
10398 CAATTATATTCTATTTTAACTAAAAA-TGGAAGAAAATTCAACC
129 CAATTACAATCTATTTTAACAAAAAACT--AA-AAAATTAAACT
10441 TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
10465 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 48, Indels: 28
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 71 0.23
170 34 0.11
171 102 0.34
172 94 0.31
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTG
ACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAGGGCAGAAAGTCA
ATTACAATCTATTTTAACAAAAAACTAAAAAATTAAACT
Found at i:10463 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 9928--10464 Score: 550
Period size: 172 Copynumber: 3.1 Consensus size: 167
9918 AAATGCAAAA
* * * **
9928 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTTTAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTG
* * * * *
9993 ACTATAAATGAACT-TTTCTTGACAATGAATAG-TTTTTTCTTCACGTTTCTCA-TTGCAGACAG
66 ACTATAAATGGA-TATTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCCTTCA-GTTTCTCAGAT-CAGACAC
* *
10055 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAAATTAAATC
127 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAA--T--AAAAAATTCAACC
* * * *
10100 TAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGCA-TAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGT
* * * * * *
10164 GACTAT-AATGGACATTTCTTGTCAATGAACTACTTTTTCTTTACA-TTTCTCAGGGT-AGAAAT
65 GACTATAAATGGATATTTCTTGTCAATGAA-TGCTTTTTCCTT-CAGTTTCTCA-GATCAGACAC
* * *
10226 TCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAACATAAAAAATTCAACT
127 TCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAATTCAACC
* * * * *
10269 TAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTG
10334 ACTATAAATGGATATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTTCATGTTTC-CAGATACAGACACT
66 ACTATAAATGGATATTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCCTTCA-GTTTCTCAGAT-CAGACACT
* *
10398 CAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATGGAAGAAAATTCAACC
128 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT--AA-AAAATTCAACC
10441 TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
10465 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 45, Indels: 38
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 76 0.25
170 38 0.13
171 76 0.25
172 105 0.35
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTG
ACTATAAATGGATATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTCCTTCAGTTTCTCAGATCAGACACTCAA
TTATAATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAATTCAACC
Found at i:12642 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12250--13219 Score: 977
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 169
12240 AACAGTCGAT
* * *
12250 TATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *** * * * *
12314 TTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAAAATGAGTGACTATAAAAGGACCTTTCTTGTCAA
66 -CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGACAA
* * * *
12379 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATTATA
130 TGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCA-A
* * *
12421 TATAATCTATTTTAACCAAAAATCTAATAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
12486 CATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT-ACTATAAATGGACATTTCTTGACAAT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGACAAT
* * **
12550 GAATGGCTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGGAGACGGTCAA
131 GAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCAA
* * *
12589 CTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAA
1 -TATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *
12653 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCATCGGTTACTATAAATGGACATTTCCT-AT
63 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGA-
* * * *
12717 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTATCAAGTCAGACAATCAA
127 CAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCAA
* * *
12761 TTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 -TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
12825 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTGTGCCA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCT-TGACA
* * * * *
12889 ATGGATTGATTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAA
129 ATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCAA
** * * * *
12931 TGATAATAAATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAA
1 T-ATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *** * * * ** *
12996 ACCCTTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAATAAATAGGTAAGTATAAATAAACTTTTCTT-ATC
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGA-C
** * * * *
13060 AATGAATACCTTTTCTTTCATGTTT-TTCAAGACGGGCATTCAA
128 AATGAATGGCTTTTC-TTCATGTTTCTT-AAGGCAGACAATCAA
* * * *
13103 TTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAA
1 -TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * *
13168 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTAT-AATGGAC
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
13220 TTTTTGTGCC
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 112, Indels: 39
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 59 0.09
170 227 0.34
171 199 0.30
172 175 0.26
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGACAAT
GAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCAA
Found at i:13925 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13364--13928 Score: 512
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
13354 ATTTAATTTG
* ** * * * *
13364 AATCTATTTTAACCAAAAACATAA-AAGATTAAACCTAAAATGAATTGTGAGATTATAAAACCAT
1 AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * *
13428 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACATTTCTTGTCAATCAA
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTT-TCAATGAA
* * * * * **
13493 TGACTTTTTCTTCACGTTTTTAAGACAAACA-CTCAATTAT
129 TAAATTTTTCTTCAC-ATTCTCAGGTAAACATCTCAATTAT
** *
13533 AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAACACAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCAT
1 AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
13598 TTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTCTTTACAAACGAA
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTCTTT-C-AATGAA
** * *
13663 TAGTTTTTTCTTCACGTTTCCTCAGGTAAATAT-TCAATTAT
129 TAAATTTTTCTTCAC-ATT-CTCAGGTAAACATCTCAATTAT
* * * * * * * * *
13704 AATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAGAAAATTTAGCATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCGT
1 AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * *
13769 TTAAAGTTAGTAACAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAACGAACTTTTCTTATCAATGAA
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTT-TCAATGAA
13834 TAAATTTTTCTTCACAATTCTCGAGGTAAACATCT-AATTAGT
129 TAAATTTTTCTTCAC-ATTCTC-AGGTAAACATCTCAATTA-T
* * * *
13876 -ATATATTTTAAGAAAAAATGTAA-AACTATTCAATCTAAAATTAATTATGAGAT
1 AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAGAA-AATTCAACCTAAAATTAATTATGAGAT
13929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 69, Indels: 20
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 28 0.09
170 98 0.31
171 179 0.57
172 9 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTCTTTCAATGAATA
AATTTTTCTTCACATTCTCAGGTAAACATCTCAATTAT
Found at i:14915 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 14654--14982 Score: 304
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
14644 ATTATGAGGT
* ** * * ** * *
14654 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGACATTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGAACATTTT
* * * *
14719 CTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTATCAAGGCAAACAATCAATTAGAATC-TATTTTAA
66 CTACCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTATCAAGGCAAACAATCAATGAGAA-CAAATTTTAA
*
14783 CCAAAAATAT-AAAACATTCAACTTAAAATCA
130 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
14814 NNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCGTGGGTAACTATAAA
1 ----------TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAA
* * * * * * * * *
14879 TGAACTTTTTGTGCCAATGGATGGA-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATGATAA
56 TGAACATTTTCTACCAATGAAT-GACTTTTGCTTCACGTTTATCAAGGCAAACAATCAATGAGAA
*
14943 CAAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
120 CAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
14983 GAATTATGAG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 25, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 110 0.84
171 20 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGAACATTTT
CTACCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTATCAAGGCAAACAATCAATGAGAACAAATTTTAAC
CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:14952 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14120--17951 Score: 2024
Period size: 341 Copynumber: 11.2 Consensus size: 338
14110 NNNNNNNNNN
* *
14120 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AGGGACATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGGT
* * * * * * ** * *
14184 GACCATAAATGTACTTTTCT-TGTCAATGAATAGCTTTAT-CTTCATGTTTCGTCGAGTCAAACA
65 AACTATAAATGGACTTTT-TGTG-CAATGGAT-GGTTT-TGCTTCACGTTTC-TTAAGGCAGACA
* * ** * * *
14247 GTCAATTATAATC-CGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAGATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATT
125 TTCAATGATAA-CAAATTTTAACTAAAAA-TTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
14311 ATAAAACTATTTGAAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGG-GACTATAAAT-GAAAATT
188 ATAAAAC-ATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACATTT
* * * *
14373 TCTTGTCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTTGTCGAGTCAAACAGTCAATTATAATCTATTTT
250 TCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATG-TTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTT
* * *
14438 AACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACC
313 AACTAAAAATATAAAAACATTCAACT
* * *
14464 TAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTGAAGACATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * * * **
14528 GACTCTAAATGGACATTTCTTGT-CAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGGAGACGGT
65 AACTATAAATGGAC-TTT-TTGTGCAATGGATGG-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATT
* * *
14592 CAACT-ATAATC-TATTTTAACTAAAAATTAGAAAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGGTT
127 CAA-TGATAA-CAAATTTTAACTAAAAATTA-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
14655 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGACATTTTC
188 ATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTC
* * * * *
14720 -TATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTATCAAGGCAAACAATCAATTAGAATCTATTTTAAC
252 TTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAAC
*
14784 CAAAAATAT-AAAACATTCAACT
316 TAAAAATATAAAAACATTCAACT
********** * ** *
14806 TAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCGTGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
*
14871 ACTATAAATGAACTTTTTGTGCCAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTTGTG-CAATGGATGG-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * *
14936 ATGATAACAAATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTACAA
129 ATGATAACAAATTTTAACT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
15000 AACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATTGGTGAGTATAAATGAAC-TTTTCTTGT
192 AA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCTTGT
* * * * ** * *
15064 CAATGAATGCCTTTTCTTTTATATTTTTCGAGACGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
256 CAATGAATGCTTTTTC-TTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* *
15129 AATATAAAAACATTTATCT
320 AATATAAAAACATTCAACT
* * * * * * *
15148 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAAGGCTTGAGTT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
* * *
15213 CCTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGATGGTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAA
66 ACTATAAATGGACTTTTTGTG-CAATGGATGGTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* ********** *
15278 TGATAATAAATTTTAAC---------AAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAGAC
130 TGATAACAAATTTTAACTAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AA
* * * * ** *
15334 CATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-TTTAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGACAA
194 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCTTGTCAA
* * * * * *
15397 TGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAACT
259 TGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
* * *
15462 CTAAAAAAAATTCAACC
323 AT-AAAAACATTCAACT
* * * * **
15479 TAAATTTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA--AAGCGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAC
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA--GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
** * * * * * * * * * *
15542 TGGCTAT-AATGGACATTTGTTAT-CAATGAACAGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAAAAT
64 TAACTATAAATGGAC-TTT-TTGTGCAATGGA-TGGTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAT
* * ** * * **********
15605 TCAATTAGAATC-TGTTTTAA-TCAAAAA-CATAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTT
126 TCAATGATAA-CAAATTTTAACT-AAAAATTA-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * *** * * *
15667 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGATA-TTTC
188 ATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTC
********* * * * * * *
15731 TTGTCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTT-CCTAATACAGACACTCAATTATATTCTATTTTAA
252 TTGTCA-ATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTATC-GAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAA
*
15795 -TAAAAACTATAAGAAA-ATTCAACC
315 CTAAAAA-TATAA-AAACATTCAACT
* * * * *
15819 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGAATGGG--
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
* * * ** * * *
15882 -CTATAAATGGACTTTCTT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCCAA-GAAAAAATT
66 ACTATAAATGGACTTT-TTGTG-CAATGGATGG-TTTTGCTTCACGTTT-CTTAAGGCAGACATT
* * * * *
15944 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAACTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGGTTA
127 CAATGATAACAAATTTTAACTAAAAAT-T-AAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
16008 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAAAGGAC-TTTTCT
189 TAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCT
* * * * * * * * * * * *
16072 GGCCAATGAATGAGTTTTT-TACCAATGAATGGGTAACTATA-GAACATTTAATTACT-ATATAT
253 TGTCAATGAATG-CTTTTTCT-TC-ATG--T--TTATCGAGACAAACAATCAATTA-TAATCTAT
* *
16134 TTTAGGC-AAAAATGTTAAAAA-ATTCAAAC-
310 TTTA-ACTAAAAAT-ATAAAAACATTC-AACT
* * * *
16163 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGGAGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
* ** * * *
16228 ACCATAAATATACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTAT-CTTCACGTTT-TACTAAGACAAACA
66 ACTATAAATGGACTTTT-TGTG-CAATGGATGG-TTT-TGCTTCACGTTTCT--TAAGGCAGACA
* * ** * * * * *
16290 GTCAATTATAATC-TGTTTCAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
125 TTCAATGATAA-CAAATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
16354 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGA-TTTTTT
188 ATAAA-ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTC
* * * * * *
16418 TTGTCAATGAATGGTCTTTTCTTTACAT-TTCT-TCAAG-CAGATAGTCAATTATAATCTAGTTT
252 TTGTCAATGAATGCT-TTTTC-TT-CATGTT-TATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTT
*
16480 AACTAAAAATCCA-AAAAACATTCAACC
313 AACTAAAAAT--ATAAAAACATTCAACT
*** * * *
16507 TAAAATCAGCAATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCACA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * ** * * * **
16571 GACTATAAATGGACATTTCTTGT-TAATAAATGGATTTTTCTTTACGTATCCCAAGGCAGACATT
65 AACTATAAATGGAC-TTT-TTGTGCAATGGATGG-TTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATT
* * * * ** * * * * **
16635 TAATTAGAATATGTTTTAACCAAAAA-CATAAAATATT-AAGCTTAAAATTGATTATGAGATTAT
127 CAATGATAACAAATTTTAACTAAAAATTA-AAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
16698 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACA-TTTCTT
190 AAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCTT
* * * * * * *
16762 GTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCAT-AAGACAGACACTCAATTATAATCTATTTTAGCC
254 GTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-ATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACT
* *
16826 AAAAATGTAAGAAA-ATTCAACC
317 AAAAATATAA-AAACATTCAACT
* * *
16848 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * * * * *
16912 GACTAT-AATGGACTTTCCTTG-GCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTTCCT-CGGAAAACAT
65 AACTATAAATGGACTTT--TTGTGCAATGGATGG-TTTTGCTTCACG-TTTCTTAAGGCAGACAT
* * ** * * * * *
16974 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTAA
126 TCAATGATAACAAATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * *
17039 AAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGGGTAAGTATAAATTGAC-TTTTCTT
190 AAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCTT
** * * * * * * *
17103 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTAATGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA-TA
254 GTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTA
* *
17167 AAAA-AGGTAAAAA-AGTTTAGCT
318 AAAATA--TAAAAACA-TTCAACT
* * * ** *
17189 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * * * *
17254 ACTATAAGTGGACTTTTTATGCCAATTGATTACG-TTTGCTTAATGTTTCTCAAAGTAGACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTTGTG-CAATGGA-T-GGTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTC
* * * * * * *
17318 AATTACAATATATTTTAA-TCAAAAATATTAAAAAATTTAA-CTCAAAATCAATTATGAGTTTAT
128 AATGATAACAAATTTTAACT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ** * *
17381 AAAATCAATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTCCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCT
190 AAAA-C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCT
* * * * * * * * * * *
17445 TATCAATGAGTACCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGACAGACATTCAATTACAATATGTTTTTACC
253 TGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * *
17510 AAAACA-GTCAAAA-ATTTAACC
317 AAAA-ATATAAAAACATTCAACT
*********** * * * *
17531 TAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCTTGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * *** * *
17596 ACTAGAAATGGACTTTTCT-TACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGAAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTT-TGTGC-AATGGAT-GGTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTC
* ** * *
17660 AATTATAATC-TGTTTTAA-AAAAAATGT-AAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATA
128 AATGATAA-CAAATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
17722 AAACCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTAACTAT-AATGGAC-TTTTCTT-
191 AAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCTTG
* * * * * * * * * * * * ** *
17784 ACTAATGAATGATTTATGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACACTTAGTTAAAACCCGTTGTAACTA
255 TC-AATGAATGCTTT-TTCTTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTA
* *
17849 AAAATATAAAAAAATTCAACC
318 AAAATATAAAAACATTCAACT
* ********** * * * *
17870 TATAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGATGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
*
17935 ACTATAAATAGACTTTT
66 ACTATAAATGGACTTTT
17952 CTTGTCAATG
Statistics
Matches: 2735, Mismatches: 600, Indels: 311
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 88 0.03
331 162 0.06
332 4 0.00
336 1 0.00
337 15 0.01
338 116 0.04
339 121 0.04
340 313 0.11
341 547 0.20
342 547 0.20
343 256 0.09
344 348 0.13
345 37 0.01
346 8 0.00
347 136 0.05
348 33 0.01
349 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
ACTATAAATGGACTTTTTGTGCAATGGATGGTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
GATAACAAATTTTAACTAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTCTTGTCAATG
AATGCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
AAAACATTCAACT
Found at i:15345 original size:160 final size:150
Alignment explanation
Indices: 15149--15459 Score: 322
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
15139 CATTTATCTT
* * * *
15149 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-ACGACTTTTGAAGGCTTGAGTT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGG-TTGAGTG
* * * *
15213 CCTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATGGAT-GGTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTC
64 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGACAATGAATAGGTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAGACAATC
15276 AATGATAATAAATTTTAACAAAA
128 AATGATAATAAATTTTAACAAAA
*
15299 ANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
1 A----------AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* * * * *
15364 GTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
56 GTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATAGGTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACA
* ** *
15429 GACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
121 GACAATCAATGATAATAAATTTTAACAAAA
15459 A
1 A
15460 CTCTAAAAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 16
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.01
159 30 0.23
160 97 0.75
161 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (150 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTTGAGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATAGGTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAGACAATCAAT
GATAATAAATTTTAACAAAA
Found at i:16198 original size:175 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15775--17794 Score: 923
Period size: 172 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
15765 ATACAGACAC
* * * * *
15775 TCAATTATATTCTATTTTAA-TAAAAA-CTATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
15838 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGAATGGG--CTATAAATGGAC-TTTCTT
65 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTACTATAAAAGGACTTTTC-T
** ** **
15900 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCCAAGAAAAAAT
129 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACCAAG-AAAAAT
* *
15943 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAACTC-AACTCAAAATCAATTATGAGGTT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAACT-AAAATCAATTATGAGATT
16007 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAAAGGACTTTTCT
65 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
* * * *
16072 GGCCAATGAATGAGTTTTTTACCAATGAATGGGTAACTATAG-AACAT
129 TGCCAATGAATG-GCTTTTT--C--TGAATGGGTAACCA-AGAAAAAT
* * *
16119 TTAATTACT-ATATATTTTAGGC-AAAAATGT-TAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGAT
1 TCAATTA-TAATATATTTTA-ACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
16181 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGGAGGCATGGGTGACCATAAATA-TACTTTT
64 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAA-AGGACTTTT
* * ** * ** * * *
16245 CTTGTCAATGAATGGCTTTATCTTCACGTTTTACTAAGACAAACAG
127 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACCAAGA-AAA-AT
* * * * * *
16291 TCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGT-AAAATAATTC-AACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * * *
16354 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGATTTTTTT
65 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
* * * *** * * *
16419 TGTCAATGAATGG-TCTTTTCTTTACAT--TTCTTCAAGCAGATAG
129 TGCCAATGAATGGCT-TTTTC-TGA-ATGGGTAACCAAG-AAAAAT
* * ** * * ***
16462 TCAATTATAATCTAGTTTAACTAAAAATCCAAAAAACATTCAACCTAAAATCAGCAATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
16527 TAAAAGCATTTAAAGC-ACATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACATTTCT
66 TAAAATCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
** * * * ** * * *
16591 TGTTAATAAATGGATTTTTCT--TTACGTATCCCAAGGCAGACAT
129 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTA-ACCAA-G-AAAAAT
* * * * * * * * **
16634 TTAATTAGAATATGTTTTAACCAAAAA--CATAAAATATT-AAGCTTAAAATTGATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * *
16696 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCT
65 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
* * ** *** * * * *
16761 TGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCA-TAAGACAGACAC
129 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACCAAGA-A-AAAT
* * * * *
16804 TCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGT-AAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
16868 TAAAA-CTATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTCCT
66 TAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
* ** * ** **
16931 TGGCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-GGTTTTCCTCGGAAAACAT
129 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACC-AAGAAAA-AT
* * * *
16974 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATAAGTTT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * **
17037 AAAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGGGTAAGTATAAATTGACTTTTCT
65 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
* * * ** *
17102 TACCAATGAATGGCTTTTGCTTAAT--GTTTCTCAAGGCAAACAT
129 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAAC-CAA-G-AAAAAT
* * * * * *
17145 TTAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAAGGT-AAAAAAGTT-TAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** **
17207 TATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAGTGGACTTTT-
64 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTC
** * * * ** ** * * *
17271 TATGCCAATTG-ATTACGTTTGCTTAATGTTTCTCAAAGTAGACAT
128 T-TGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACCAAG-AAAAAT
* * * * *
17316 TCAATTACAATATATTTTAA-TCAAAAATAT-TAAAAAATT-TAACTCAAAATCAATTATGAGTT
1 TCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAAACT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * * * *
17378 TATAAAATCAATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTCCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTTT
64 TATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTT
** * ** ** * * * *
17443 CTTATCAATGAGTACCTTTTTCTTCAT-GTTTATCAAGACAGACAT
127 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACCAAGA-A-AAAT
* * * * * * * **
17488 TCAATTACAATATGTTTTTACCAAAACA-GT--CAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGANN
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATT
********* * * * * *
17550 NNNNNNNNGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCTTGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCT
* * * ** * ** *
17615 TACAAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-GTTTCCCGAGGAAAACAT
129 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACC-AAGAAAA-AT
* * * *
17658 TCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATGT--AAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * * *
17720 TAAAACCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTT
66 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT-ACTATAAAAGGACTTTTCTT
* *
17784 ACTAATGAATG
130 GCCAATGAATG
17795 ATTTATGCTT
Statistics
Matches: 1458, Mismatches: 320, Indels: 148
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 48 0.03
169 148 0.10
170 365 0.25
171 360 0.25
172 372 0.26
173 21 0.01
174 6 0.00
175 94 0.06
176 33 0.02
177 9 0.01
178 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTACTATAAAAGGACTTTTCTTG
CCAATGAATGGCTTTTTCTGAATGGGTAACCAAGAAAAAT
Found at i:16830 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14120--17982 Score: 2741
Period size: 171 Copynumber: 22.7 Consensus size: 170
14110 NNNNNNNNNN
*
14120 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AGGGACATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGGT
* * * * * * * * *
14184 GACCATAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTATCTTCATGTTTCGTCGAGTCAAACAGT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATT
** * *
14249 CAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAGATTCAAGC-
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAA-ATTCAA-CT
* * *
14292 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GG
* ** * ** * * * *
14356 -GACTATAAATGAAAATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTTGTCGAGTCAAACAG
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACAT
* ** *
14420 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACC
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAA-ATTCAACT
* * * *
14464 TAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * ** **
14529 ACTCTAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGGAGACGGTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCA
* * * * *
14594 ACTATAATCTATTTTAACTAAAAATTAGAAAACAATTCAACC
131 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-CATAAAA-AATTCAACT
* * * * * *
14636 TAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * * *
14701 ACTATAAATGGACATTTTC-TATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-ATCAAGGCAAACAAT
66 ACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATT
* * *
14764 CAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACATTCAACT
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAACT
********** * * ** * *
14806 TAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCGTGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * * * *
14871 ACTATAAATGAACTTTT-TGTGCCAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTC
* * * *
14935 AATGATAA-CAAATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
130 AATTATAATC-TATTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTCAACT
* * * * * * *
14977 TAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATTGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * * * *
15042 AGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCCTTTTCTTTTATATTT-TTCGAGACGGACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCT-AAGACAGACATT
* * * * *
15105 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTATCT
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAA-ATTCAACT
* * * * * *
15148 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAAGGCTTGAGTT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * *
15213 CCTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATGGATGG-TTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGACAGACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATT
* ** ********
15275 CAATGATAATAAATTTT-------AAC--AAAAANNNNNNNN
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAACT
** * * * * **
15308 NNAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-TTTAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * *
15372 ACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACAATC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATTC
* * * *
15436 AATTATAATCTATTTTAACTAAAACTCTAAAAAAAATTCAACC
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAA-AC-ATAAAAAATTCAACT
* * * ** * * **
15479 TAAATTTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGCGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGACTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * ** * * ** * *
15544 GCTAT-AATGGACATTTGTTATCAATGAACAGCTTTTTCTTTACGTTT-CTCAAGGTAAAAATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATTC
* * *
15607 AATTAGAATCTGTTTTAATCAAAAACATAAAAAATTCAACT
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAACT
********** * *** *
15648 TAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
********** * *
15713 ACTATAAATGGA-TATTTCTTGTCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTTCCTAATACAGACACTC
66 ACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTC
* * *
15777 AATTATATTCTATTTTAA-TAAAAACTATAAGAAAATTCAACC
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAAC-ATAA-AAAATTCAACT
* * * *
15819 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGAAT-GG-G
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * *
15882 -CTATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCCAAGA-AAAAATT
66 ACTATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGACAGACATT
* * * * *
15944 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAACTCAACT
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA--CATAAAAAATTCAACT
* * * * *
15988 CAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * *** * *
16053 ACTATAAAAGGACTTTTCTGGCCAATGAATGAG-TTTTT-TACCAATGAATGGGTAACTATAGAA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCT-TC-ATG-TTTCCTAA-GACAG-A
* * ** **
16116 CATTTAATTACT-ATATATTTTAGGCAAAAATGTTAAAAAATTCAAAC-
125 CATTCAATTA-TAATCTATTTTAACCAAAAA-CATAAAAAATTC-AACT
* *
16163 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGGAGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* ** * * * * *
16228 ACCATAAATATACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTATCTTCACGTTTTACTAAGACAAACAGTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGACAGACATTC
* * **
16293 AATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACT
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAA-AATTCAACT
* * *
16335 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * ** * * *
16400 AGTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGG-TCTTTTCTTTACATTTCTTCAAG-CAGATAGT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATT
* * *
16463 CAATTATAATCTAGTTTAACTAAAAATCCA-AAAAACATTCAACC
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA--CATAAAAA-ATTCAACT
*** * * * *
16507 TAAAATCAGCAATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGC-ACATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * * * * * * *
16571 GACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATAAATGGATTTTTCTTTACGTATCCCAAGGCAGACATTT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTC
* * * *
16636 AATTAGAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAATATT-AAGCT
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAA-CT
** **
16677 TAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * *
16742 ACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCATAAGACAGACACTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCA
* ** *
16807 ATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTCAACC
131 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAA-AAAATTCAACT
* * * *
16848 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * ** *
16913 ACTAT-AATGGACTTTCCTTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTCGGA-AAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGACAGACATTC
* * * **
16976 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACT
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAA-AATTCAACT
* * * ** * * * *
17018 TAAAATCAATTATAAGTTTAAAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * ** * * * * *
17083 AGTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTAATGTTT-CTCAAGGCAAACATTT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATTC
** ** * *
17147 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAAGGTAAAAAAGTTTAGCT
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAA-TTCAACT
* * **
17189 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * ** * * * * *
17254 ACTATAAGTGGACTTTT-TATGCCAATTG-ATTACGTTTGCTTAATGTTTCTCAAAG-TAGACAT
66 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAGACAT
* * * * *
17316 TCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATATTAAAAAATTTAACT
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACA-TAAAAAATTCAACT
* * * * * ** * *
17360 CAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATCAATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTCCGAAGGCTTAGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * ** *
17425 GACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAGTACCTTTTTCTTCATGTTT-ATCAAGACAGACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATT
* * * * * * *
17489 CAATTACAATATGTTTTTACC-AAAACAGTCAAAAATTTAACC
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACA-TAAAAAATTCAACT
*********** * *
17531 TAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCTTGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * *
17596 ACTAGAAATGGACTTTTCTT-ACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGA-AAACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGACAGACATT
* * **
17659 CAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAATTCAA-T
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAACT
** * * * *
17699 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGT
1 -TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * * * *
17764 AACTAT-AATGGACTTTTCTT-ACTAATGAAT-GATTTATGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACA-
* * * ** * * * *
17826 TT-AGTTAAAACCCGTTGTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACC
127 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTCAACT
* ********** * *
17870 TATAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGATGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
*
17935 ACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
17983 TTGAGATAGA
Statistics
Matches: 2899, Mismatches: 684, Indels: 218
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 31 0.01
160 90 0.03
161 5 0.00
163 2 0.00
167 11 0.00
168 103 0.04
169 221 0.08
170 665 0.23
171 825 0.28
172 781 0.27
173 28 0.01
174 9 0.00
175 99 0.03
176 28 0.01
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCA
ATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAACT
Found at i:18581 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 18262--20022 Score: 852
Period size: 170 Copynumber: 10.5 Consensus size: 167
18252 NNNNNNNNNG
** *
18262 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * *
18327 TCTGCCTTAAG-AACGT-AAAGCAAAAGCTATCCATTAGCACA-AAAAGTCCATTCACT-GTCAC
65 TCTGCCTCAAGAAACGTGAAA-C-AAAGCCATACATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC
* * *
18388 TCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
126 CCATGCCTT--AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
18432 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTAGAGTTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* *
18497 TCAAT-CC-CAAGAAACATGAAACAAAGCCATACATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
65 TC--TGCCTCAAGAAACGTGAAACAAAGCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
18560 ATGCCATTAAACGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTA
128 ATGCC-TTAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** * ** * *
18602 ATCTCATAATTGATTATATGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTACAACGGGTTATAACT-AAGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAA-T
* ** * *
18666 GTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCATAAATCATTA-ATTAGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTTACC
64 GTCTGCCTCAAGAAACGTGAAACA-AAGCCA-TACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
18729 TATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
127 CATGCC-TT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
18772 ATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTACA-TTTTTCTTAAAACAAATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
18835 TTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTCTAGTTATCCAAGCTGTCAAAAG-CC--TTAT
65 TCTGCCTCAAGAAACGTGAA-ACAAAGCCA-TAC-A-TTA-GCAA---G--AAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
18897 --T-ACTC--GCTTTAAA-CGGTT-TTA-TAATCTCATAATTGATTTTA-G
120 AGTCACCCATGCCTTAAAGC-CTTATTACTCA-CT-TTAAATGGTTTTATA
* * ** **** * *** * ** *
18939 GT-T-A-AA-T--TTTT---TT-ACTTTTTT-GGTTAAAACATATTGTA-ATT-GAA-TGTCTGC
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * * * *
18990 CTTGAGTAACAGAAA---G-AA-AAAGCTATTCATTGA-CAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCT
66 C-TGCCTCA-AGAAACGTGAAACAAAGCCATACATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * ** *
19049 AAGCATTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATTAGTTTTATA
128 ATGCCTT--AAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATA
* * * * ** * *
19092 AACTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
** ** * * * * * *
19157 TCTGCCTTGAGAAATATGAAGCAAAAGTCAT-CAATTGGGATA-AAAAGTCCACTTATAGTCACT
65 TCTGCCTCAAGAAACGTGAAAC-AAAGCCATAC-ATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
19220 CAAGCCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTCAATGGTTTTATA
127 CATGCC-TT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
19263 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATC-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-CATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
19327 GTCTACATTC-AGAAACATGAAGTA-AAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGT-CAGTTTATACTTA
64 GTCTGC-CTCAAGAAACGTGAA--ACAAAGCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCA
* * *
19389 CTCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
125 CCCATGCCTT--AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-A
* ** **
19435 AT-TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * ** *
19499 T-TTTC-CAAGGAAACTTGAAGA-ACAAGCCATTCATTTCCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACC
65 TCTGCCTCAA-GAAACGTGAA-ACA-AAGCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
19561 CATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATA
127 CATGCCTT--AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
19604 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGC-TAAAATAGATTATAATTGAGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTT-TCTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
19668 GTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGATATGTCCATTTATAGTCACT
64 GTCTGCCTCAAGAAACGTGAA-ACAAAGCCATACATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
19732 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
127 CATGCCTT--AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** ** * * *
19775 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATATTTTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTCTAATTAAATGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
*** * * * * *
19839 CTGCCTTGGGATACAT-AAACAAA--AATCCATTTACTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACC
66 CTGCCTCAAGAAACGTGAAACAAAGCCATACA-TTA--G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
19901 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGCTTTT-TA
127 CATGCCTT--AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** ** * *
19943 ATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTTGGATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTGACT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAAT
20008 GTCTGCCTCAAGAAA
64 GTCTGCCTCAAGAAA
20023 TGTAAAGANN
Statistics
Matches: 1225, Mismatches: 261, Indels: 209
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
141 5 0.00
142 1 0.00
144 4 0.00
146 4 0.00
147 4 0.00
148 2 0.00
149 7 0.01
150 5 0.00
151 8 0.01
152 13 0.01
153 2 0.00
154 5 0.00
155 7 0.01
156 9 0.01
157 13 0.01
158 2 0.00
159 4 0.00
161 4 0.00
162 2 0.00
163 2 0.00
164 8 0.01
165 11 0.01
166 12 0.01
167 16 0.01
168 92 0.08
169 123 0.10
170 410 0.33
171 366 0.30
172 68 0.06
173 4 0.00
175 5 0.00
176 2 0.00
177 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTGCCTCAAGAAACGTGAAACAAAGCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
Found at i:19310 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18887--20015 Score: 977
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 168
18877 CAAGCTGTCA
* * *
18887 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
* * * * *
18952 ACTTTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGAGTAACA-GAAAGAAAAAGCTAT
65 ACTTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCAT
** * *
19016 TCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTAAGCATTCG
128 TCATTG-GGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCG
* ** * * *
19058 AAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATTAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTT
* * * * * *
19123 TA-TATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAGCAAAAGTCA
64 TACT-TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* **
19187 -TCAATTGGGATAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
127 TTC-ATTGGGA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* *
19230 AAAGCCTCATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
* * * * * * *
19295 ATCTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACATTCAGAAACATGAAGTAAAACCCATT
65 A-CTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
19360 CATTGGTAAGAAAAGT-CAGTTTATACTTACTCAAGCCTTCG
129 CATTGGGAA-AAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * *
19401 AAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAT-TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * * * ** * *
19465 TACATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTTCCAAG-GAAACTTGAAGAACAAGCCAT
64 TACTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
*** * * ** *
19529 TCATTTCCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
128 TCATTGGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
19571 AAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TT
* * * * * * *
19636 ACATTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
65 ACTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * *
19701 CATTGACAAGATATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
129 CATTGGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
19742 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATATTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
* * * * * * * *
19807 -TGTTTTTGGTT-AAACAGATTCTAATTAAATGTCTGCCTTGGGATACATAAACAAAAATCCATT
66 CT-TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * ** * * *
19870 TACTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
129 CATTGGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * *
19911 AAAGCCTTATTACACACTTTAAATGCTTTT-TAATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT
** *
19975 TGGA-TTTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTGACTGTCTGCCT
64 T--ACTTTTTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGCCT
20016 CAAGAAATGT
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 137, Indels: 50
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 23 0.03
169 110 0.14
170 163 0.20
171 349 0.44
172 148 0.19
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
CTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
Found at i:19653 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 18884--20011 Score: 1131
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 335
18874 ATCCAAGCTG
* *
18884 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
* * * * * * * *
18949 TTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGAGTAACA-GAAAGAAAAAGC
66 TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGC
* * * * *
19013 TATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTAAGCATTCGAAAGCCCTATTACTTGCTT
129 CATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
19077 TAAATTAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATA
192 TAAA-TGGTTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTG-TT-AAACA
* * * * *
19142 TATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA-TATGAAGCAAAAGTCA-TCAATTGGGATAA-AAAG
254 GATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAACT-TGAAG-AAAAGCCATTC-ATT--GACAAGAAAG
* * *
19204 TCCACTTATAGTCACTCAAGCCT
313 TCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
19227 TTAAAAGCCTCATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
* * * * *
19292 TTTATCTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACATTCAGAAACATGAAGTAAAACC
66 TTTA-CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
** * * * *
19356 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCAGTTTATACTTACTCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTT
129 CATTCATTGACAAGAAAAGTCA-TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
19421 AAATGGTTTTATAAATTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAACCAGA
193 AAATGGTTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTT-GTTAAA-CAGA
* * * **
19486 TTATAATTGAATGTTTTCCAAGGAAACTTGAAGAACAAGCCATTCATTTCCAAGGAAAGTCCATT
256 TTATAATTGAATGTCTGCCTAGGAAACTTGAAGAA-AAGCCATTCATTGACAA-GAAAGTCCATT
*
19551 TATAGTCACCCATTCCT
319 TATAGTCACCCATGCCT
* * * *
19568 TCAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
* * * * *
19633 CTTACATTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
66 TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * *
19698 ATTCATTGACAAGATATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 ATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
19763 AATGTTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAA-TATTTTATGTTTTTGGTTAAACAGAT
194 AATGGTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTT-GTTAAACAGAT
* * * * * * * * * *
19826 TCTAATTAAATGTCTGCCTTGGGATACATAAACAAAAATCCATTTACTGACAAGAAATGTCCATT
257 TATAATTGAATGTCTGCC-TAGGAAACTTGAA-GAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA-GTCCATT
19891 TATAGTCACCCATGCCT
319 TATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
19908 TCGAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGCTTTT-TAATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATGTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAT-TT
** * * *
19972 TTTTGGATTTTTGGTTAAACTAGATTATAATTGACTGTCT
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
20012 GCCTCAAGAA
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 116, Indels: 43
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 52 0.08
340 134 0.21
341 228 0.35
342 74 0.11
343 152 0.23
344 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (335 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTGTTAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTGCCTAGGAAACTTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATGCCT
Found at i:20697 original size:168 final size:172
Alignment explanation
Indices: 20415--21311 Score: 736
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 172
20405 GTGAGAAACT
* * * * * * *
20415 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
20480 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-GAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACT-
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTT-AAAATA
20543 GATTATAATTGAATGTTTG-CTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGC
129 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGC
* * * *
20586 CATTCATTGGCAAAGAAA-GTCCATTTATAG-C-C-CATTCTTTCAAAAGCCTAATTACTCACTT
1 CATTCATTGAC-AAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
20647 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAG
* * * ** * *
20712 AATATAATTGACTGTCTGTATTAGG-AAACATGAAGAAAAAGC
130 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGC
* * * * ** * *
20754 TATTCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTGAAAGTCTTACTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ** ** * *
20819 AAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT-TTATGTTTTT-GATTAAAACAT
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAG-TTAAAATAG
* * * * ** *
20882 ATTCTAATTGAATTTTTACTTTTAG-AAACGT-AAAGAAAAAGC
130 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAACATGAAA-AAAAAGC
* * * **
20924 CGTTCATTGACAAGAAATGTCCA-TTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACGGACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
20988 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTCTTAGATTTTTAGTTAAAATAG
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAG
* * ** * *
21053 ATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAG-AAATGTGAAGGAAAAA-T
130 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAACATGAA-AAAAAAGC
* * * * ** * ** * * * * *
21095 TAATCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCAAACCTTCGAAAGCTTTGTCACTCGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * **
21160 AAAAGGTCTTATAATCTCATAATTGA--TT--G-T--A-TTT-TT-CATTTTTGGTTAAAATTTA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * * *
21215 TTATCATTGAATGTCTGTCTTGAG-AAACGTGAAACAAAA-C
131 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGC
* *
21255 CATCCATTGGCACAA-AAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 CATTCATT-G-ACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
21312 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 121, Indels: 47
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 40 0.07
161 47 0.08
162 5 0.01
163 3 0.01
165 1 0.00
167 11 0.02
168 128 0.22
169 77 0.13
170 69 0.12
171 140 0.24
172 66 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
CATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGC
Found at i:21162 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 20418--21187 Score: 842
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 338
20408 AGAAACTCAT
* * * * * *
20418 TCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
1 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCTTTA-TACTCGCTTTAAA
* * * * *
20483 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACTGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGATTA
* * *
20548 TAATTGAATGTTTGCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAAGAAAGTCCATTTA
130 TAATTGAATGTTTACTTGAGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAGAAAGTCCATTTA
* * * *
20613 TAGCCCATTCTTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
195 TAGCCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* *
20678 AGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGACTGTCTGTATTAGGAAACAT
260 AGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGACTGTCTGCATTAGGAAACAT
*
20743 GAAGAAAAAGCTAT
325 GAAGAAAAAGCTAA
* ** * * *
20757 TCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTGAAAG-TCTTACTACTCACTTTA
1 TCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCT-TTA-TACTCGCTTTA
* **
20820 AATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGA-ATTTTTTATGTTTTT-GATTAAAACAT-
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC-TG
* * * * *
20882 ATTCTAATTGAATTTTTACTTTTAG-AAACGT-AAAGAAAAAGCCGTTCATTGAC-AAGAAATGT
126 ATTATAATTGAATGTTTAC-TTGAGAAAACATGAAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAAGAAA-GT
* * * *
20944 CCA-TTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACGGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
188 CCATTTATAG-C-C-CATGCCTTCAAAAGCCTAATTACGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * *
21008 AATTAATTTTAGGTTGAATTTTTCTTAGATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCC
250 AATTAATTTTAGGTTGAA-TTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGACTGTCTGCA
** *
21073 TT-GAGAAATGTGAAGGAAAAA-TTAA
314 TTAG-GAAACATGAA-GAAAAAGCTAA
* * * *
21098 TCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCAAACCTTCGAAAGCTTTGTCACTCGCTTTAAA
1 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCTTTAT-ACTCGCTTTAAA
* *
21163 AGGTCTTATAATCTCATAATTGATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
21188 GTATTTTTCA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 60, Indels: 30
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 16 0.05
338 61 0.17
339 85 0.24
340 64 0.18
341 122 0.34
342 7 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCTTTATACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGATTAT
AATTGAATGTTTACTTGAGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAGAAAGTCCATTTAT
AGCCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
GGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGACTGTCTGCATTAGGAAACATG
AAGAAAAAGCTAA
Found at i:21638 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 21605--21648 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
21595 CTCATAATTC
* *
21605 ATTTTGAGTTAAATTTTTTTAT
1 ATTTTGAGTTAAAATTTATTAT
21627 ATTTTCGA-TTAAAATTTATTAT
1 ATTTT-GAGTTAAAATTTATTAT
21649 CATTGAATGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.89
23 2 0.11
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.07, T:0.59
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTGAGTTAAAATTTATTAT
Found at i:21737 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21434--21942 Score: 524
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
21424 NNNNNNNNNG
* * * ** * * *
21434 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCCGTCTTTAA
1 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTCGA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGCTTGCCTTGAG
* * * * * * * * * *
21498 AAAAAAGAA-AGAAAAGGCATTCATTGACAAG-AAAAGTTCATTTATACTCACCCATTCATTCAA
64 AAACATGAAGA-AAAAGCCATCCATTGA-TAGCAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
21561 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTGTAATCTCATAATTC
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTC
* *** *
21605 ATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTCGATTAAAATTTATTATCATTGAATG-TCTGCCTTGAG
1 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTCGATTAAAACAAATTATAATTGAATGCT-TGCCTTGAG
* * **
21669 AAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGATA-CAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
64 AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAGCAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
*
21733 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTC
* * * * * *
21775 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTCTAATTGATTGCTTGCCTTGATAA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTCGATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAA
* * ** * *
21840 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGGAAATGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGC
66 ACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAGCAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* *
21905 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
131 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 52, Indels: 15
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 65 0.23
170 146 0.52
171 67 0.24
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTCGATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAA
ACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAGCAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTC
Done.