Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402044.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5139.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 844
Length: 1407
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.07, T:0.29
Warning! 391 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:333 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22--470 Score: 555
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
12 ATAGTCACCT
* * ** * *
22 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTCTAATCTGATAATTAATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTCTAATCTAATAATTAATTTTAAGTTT
* * * * * * *
87 AGTTTTTATATATTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAG
66 AATTTTT-TATATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAA
*
152 AAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAT-TCTATTTATAGAC-TATC
130 AAAAGCATTCATTGGT-AAAAAATGTCTATTTACAG-CTTATC
* ** * * * * **
193 ATTCCTTTAACAGGCTTTTTACTC-ATTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCGATT-TAAATGGTTTTCTAATCTAATAATTAATTTTAAGTT
* * *
257 TAATTTTTTATATTTTTCATTAAAAAAGACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAA
65 TAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAA
*
322 AAAAGCATTCATTGGTAAAAAATGTCTATTTACAGCTTTTC
130 AAAAGCATTCATTGGTAAAAAATGTCTATTTACAGCTTATC
* *
363 ATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTCTAATCTAATAATTAATTTTAAGTTT
1 ATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTCTAATCTAATAATTAATTTTAAGTTT
428 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAA-ACTATAATTGAATGT
66 AA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAGACTATAATTGAATGT
471 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 36, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 132 0.56
171 94 0.40
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (170 bp):
ATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTCTAATCTAATAATTAATTTTAAGTTT
AATTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAAA
AAAGCATTCATTGGTAAAAAATGTCTATTTACAGCTTATC
Found at i:1137 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 934--1241 Score: 350
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
924 TATAGCCTTC
* * * * *
934 CATTCCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTAATAATGGATTTTAAGTT
* * * *
999 TAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAAAAC-AATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAA
66 GAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAG---ACTAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACAT-AAA
1063 -AAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTANNNNNNNNNNCT
127 GAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA----------CT
* * *
1105 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAGGGTTTTATAATCTAATAATGGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTAATAATGGATTTTAAGTT
* *
1170 GAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAGACTAATTAAATGTTTTTCTCGAGAAACATAAAGAAA
66 GAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAGACTAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACATAAAGAAA
1235 AAAGCAT
131 AAAGCAT
1242 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.04
169 32 0.26
171 84 0.69
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
CATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTAATAATGGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAGACTAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACATAAAGAAA
AAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACT
Done.