Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397301.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_119.0, whole genome shotgun sequence
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tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 217128
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 32918 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:848 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 222--1730 Score: 1266
Period size: 343 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
212 TGGAAAACAT
* * * * * * *
222 TCAATTATAATCTGTTTTATCCAAATATGTAAAAAAGTT-ACCTTAAAATTAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * *
286 AAAGCCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-AT
* * * * *
351 GTCAATGAATGGC-TTTGTCTTCACGTTTCTCATAGAAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
130 GCCAATGAATGACTTTTG-CTTCACATTTCCCA-AGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC
* * * * * * * * *
414 TAAGAATGTAAAAACATTTAGCTTAAAATTAATTAT-TAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTA
193 TAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAT-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
478 ATAAGACTTTTGAGAGG-ATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTACCAACGAATGTTTTTTTCT
257 ATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
542 TCACGTTTTCTAAGGCAGACAA
321 TCACGTTTTCTAAGGCAGACAA
* *
564 TCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
629 AAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAGTGAACTTTTTATG
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTATG
* * * * *
694 CCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAATC-A
131 CCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAA-GAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCTA
*
758 AAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAAT
195 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAAT
** * * ** * *
823 AAGGCTTTCGTCGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTCTTTTC
259 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT-TCTTC
* * * * *
887 AAGTTTT-TCAGGGTAAACAT
323 ACGTTTTCT-AAGGCAGACAA
* * * * * *
907 TTAATGACAATCTGTTTTTA-TTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
1 TCAATTATAATCTG-TTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
971 TAAAATCATTTCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
65 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTAT
* * * * * * * * * *
1036 GTCAATGAATAATTTTTTCTTCATAGTTCTTCAAGAAAACAGTCAATTACAATCTGTTTT-ATCT
130 GCCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTC-CCAAGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCT
** * * * * * * * * *
1100 AGGAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGAAAT
194 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
1165 AAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
259 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCA
* * *
1230 CATTTTCCATGGCAGA-AA
324 CGTTTTCTAAGGCAGACAA
** * *
1248 TTCAATTATAATCTG-TTTAATTGAAAATGTGAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATT
1 -TCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * ** * *
1311 GTAAAA-CTATTTAAAGTAATTAATAAGAC-TTTGGGGGGATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC
64 ATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
* ** ** * * * *
1374 T-TGCCAATGAAT-ATTTTTTTTTCATGTCTT-CCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTATA
127 TATGCCAATGAATGACTTTTGCTTCACAT-TTCCCAA-GAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
1436 A-CCAAAATTATAAAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-CATCATAAAACCATTTAAACC
190 ATCTAAAAATAT-AAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
1499 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCAACTATAAGT-AGACTTTT-TATGCCAAAGGATGACT
252 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGAATGTCT
* ** * * *
1562 TTTGCTTCGTGTTTCCGAAGGCAGACAT
315 TTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACAA
* * * *
1590 TCAATTATAATATATTTT-GATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAGCT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
1654 TAAAATTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCT
65 TAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-T
*
1719 -TGCGAATGAATG
128 ATGCCAATGAATG
1731 GGTTTTTCTT
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 207, Indels: 67
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 37 0.04
340 53 0.06
341 172 0.19
342 260 0.28
343 355 0.38
344 45 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTATG
CCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCTAA
AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACG
TTTTCTAAGGCAGACAA
Found at i:1679 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 218--1824 Score: 1276
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 169
208 TAAATGGAAA
* * *
218 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCCAAATATGTAAAAAAGTT-ACCTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
281 ATTGTAAAGCCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-TT
* * * * *
346 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCATA-GAAG
128 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CA-AGGCAG
* * * * * *
389 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAGAATGTAAAAACATTTAGCTTAAAATTAATTATTAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
453 ATTACAAAA-CTATTTAAAGTGATTAATAAGACTTTTGAGAGG-ATGAGTGACTACAAATGAACT
64 ATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * *
516 TTTCTTACCAACGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAG
127 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAG
* * * *
560 ACAATCAATTATAATTTGTTTT-AGCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * *
624 ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAGTGAACTTT
64 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** *
689 T-TATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAG
129 TCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAG
* * * * *
731 ACATTCAATTATATTATATTTTAATCAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAT-ATG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-G
* ** *
795 ATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGTCGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
64 ATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
860 TTCTTGCCAATGAAT-A-TTTTTCTTTTCAAGTTTTTCAGGGTAA
128 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC--TTCATG-TTTCCAAGGCAG
* * * * * *
903 ACATTTAATGACAATCTGTTTTTATTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
968 TTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
1033 CATGTCAATGAATAATTTTTTCTTCATAGTTCTTCAA-GAAA
130 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTT-TCCAAGGCAG
* * ** * * *
1074 ACAGTCAATTACAATCTGTTTT-ATCTAGGAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
1138 AATGTAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
1203 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCCATGGCAG
129 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT--CATGTTTCCAAGGCAG
* **
1245 AAATTCAATTATAATCTG-TTTAATTGAAAATGTGAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * ** ** *
1308 ATTGTAAAA-CTATTTAAAGTAATTAATAAGACTTT-GGGGGGATGGGAGACTATAAATGGACTT
64 ATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
1371 TTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTTTTCATGTCTTCCAAGGTAG
128 TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT-TTCCAAGGCAG
* * * * ** *
1413 ACAATCAATTATAATTTGTTATAACCAAAATTATAAAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA--ATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * ** * *
1478 CATCATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCAACTATAAGTAGACTT
63 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
1543 TT-TATGCCAAAGGATGACTTTTGCTTCGTGTTTCCGAAGGCAG
128 TTCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAG
* * *
1586 ACATTCAATTATAATATATTTTGATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1651 TTATAAAATTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGGCTTT
65 TTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * ** * *
1716 TCTTGCGAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAA
129 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAG
* * * * * * *
1758 ACATTCAATTACAATCTATGTTAA-CTAAAAATGTAAAACATTTCAGCCTAAAATCAATTAGGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1822 ATT
64 ATT
1825 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1152, Mismatches: 233, Indels: 101
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 1 0.00
168 31 0.03
169 45 0.04
170 91 0.08
171 544 0.47
172 378 0.33
173 59 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAG
Found at i:2257 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1958--4790 Score: 2149
Period size: 171 Copynumber: 16.6 Consensus size: 170
1948 TCAATCCCCC
* ** * *
1958 AAAGCCTTATTAATCATTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * * *
2022 CACA-TTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GC-AAAGGGAAATATGAAGAAAAAGC
65 TATATTTTTGAA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAA---AAACATGAAGAAAAAGT
* * **
2084 CATTCATTGACAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTG
126 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * * * * *
2129 AAAGCCTTATTGCTCGTTTTAACTGGTTTTACAATCTTATAATTAATTTTAGGCTGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
2194 ACATTTTTGAATAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTC
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * *
2259 ATTGACATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA
131 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
2299 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCCT-A---ATTTTAGGTTGAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
2360 ACATTTTTG-ATAAAAATAGATTGTCATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAGAAAA-ACA
66 ATATTTTTGAAT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAAAAAACATGAAGA-AAAAGTCA
* * * * *
2423 TTCGTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG--TTGACG
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT--CA
* * * *
2466 AAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATTTGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
2531 TATATTTTTTATTAAAATATAATAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCAT
65 TATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * ** * *
2596 CCATTGGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTTGCCTAAGCCTTCA
129 TCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
2638 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * ** * *
2703 ATGTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTATCTGTCTTCGAAAACGTGAAGAAAAAAAT-AT
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAAAAAACATGAAG-AAAAAGTCAT
* * * * * * *
2767 TCGTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATCCCCTCA
129 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
2809 GAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGTTTTTGA-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * ** ** *
2873 TTATATTTTT-AGTTAAAACAAATTGTAATTGATTGTCTGCC-AGTGGAAATGTGAAGACAAAGT
64 TTATATTTTTGA-ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA--AAAAACATGAAGAAAAAGT
* * * * *
2936 GATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATGCTTTCA
126 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
2981 AAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATGGCTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * ** *
3046 ATATTGTTGGATAAAATAGTTTATAATTGACTCTCTACCTAAAGAAATGTGAAAAAAAAGTCATT
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAA-AAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * *
3111 CATTAACAAGAAATGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
3152 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGCTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * **
3217 ACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATT
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * *
3282 CATTCG-GAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCTTTCA
130 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
3323 GAAA-TCTTATTACTCGCTTTTGATTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * **
3387 TTATATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGAAAATGTGAAGAAAAAGTC
64 TTATA-TTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAACATGAAGAAAAAGTC
* * ** * *
3451 A-TCATTGGCAAGAAATA-TTCATTTATAACCACCCATTCTTTCA
127 ATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*** * * * * * *
3494 AAAATGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGATAATAGATTTTAAGTTCAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * * * *
3559 ATAGTTTT-AATTAAAATATAAAATAATTGTATCTCTACCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCAT
66 ATATTTTTGAA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * * **
3623 CCATTGGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACCTAAACCTTCA
129 TCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
3665 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
3730 ATATTTTTGGCTAAAAGAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGACATT
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * * *
3795 CGTTGGCAAGAAAAGTCAATTTGTAGTCA-CTAT-CCTCTAA
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCA
* * * * * * *
3835 AAAGACTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** *** *
3900 ACATTCTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TTGCTATGGGAAC-TGTAAAGACAAAA-C
66 ATATTTTTGA-ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-AAAAACATG--AAGA-AAAAGT
*
3961 CATTCATTGACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
126 CATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
4007 AAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
4072 -TCATTTTT-AGATAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATATGAA-AAAAAGTCA
66 AT-ATTTTTGA-ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATGAAGAAAAAGTCA
* *
4134 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT-G--ACCCATGTCTTCA
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
4174 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATTGATTTTAGGTTGAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * ** *
4238 TGTATTTTTG-GTAAAAACAGATTGTCATTGAATGTTTACCCCAGGAAACTTGAACAGAAAAA--
65 TATATTTTTGAAT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAAAAAACATG-A-AGAAAAAGT
* * * * ** *
4300 CATTCATTGCCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCCACG
126 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** * *
4344 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTCCTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
4409 TACATTTCTG-ATCACAATATAATATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGTCA
65 TATATTTTTGAAT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATGAAGAAAAAGTCA
* * * * * * *
4473 TCCATTGACATA-ATAGGTCCACTTATAGTCACCAAAGCCTTCG
128 TTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
4516 GAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * ** * *
4580 ATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACCTTGGAAAACAAGAAGAAAAAAAT-AT
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAAAAACATGAAG-AAAAAGTCAT
* ** * * *
4644 TCGTTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAT-CTCCTCG
129 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCA
* * *
4686 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
4751 ACATTTTTGAATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
66 ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
4791 TGGGAAACAT
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ATATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
Found at i:5612 original size:171 final size:172
Alignment explanation
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5130 NNNNNNNNNN
* * ** ** * * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
5312 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * * * *
5377 ATG-TCTACGTTGGGAAACATAAAGCAAAAG-CTATCCATTGGCATA-AAAAGTCCACTTATAGT
66 ATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * *
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* *
5483 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * *
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66 ATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* ** * * * *
5611 ACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTGTAAATGGTTTT
130 ACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * *
5654 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTCATTCAAATAGAATATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
** * * *
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66 ATGTTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* ** * *
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* * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * *
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65 AATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
** * * * **
5951 A-CTCATTCTTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATATTTTT
130 ACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
5994 GTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATATTTTGATTAAAATATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** ***
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65 AATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * *
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129 CACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
6165 ATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *
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66 ATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGT
* * ** * * * * * **
6292 TACCCATCCCCTCAAAAGCTTTGTTAATCACTTTAAATATTTTT
129 CACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * **
6336 CTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
6401 ATG-TCTGCCATTA-AAAATGTGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 ATGTTCTGCC-TTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * * * *
6464 -TCTCATGCCTTTAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTGAATGGGTTT
130 ACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
6507 ACAATCTCATAATTAATTTT-AGACTGAATTTTTTTACATTGTTGGGTAAAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
6571 ATTG-TCTGCTTTA-AGAGATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAG
65 AATGTTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* * * *
6633 CCATCC-ATGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
128 TCA-CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
6678 ATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * * * *
6743 TTGTT-TACC-TCGAAAAACATTAAGAAAAACTCATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATC
66 ATGTTCTGCCTTAG-AAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
6806 ACCCAAGCTTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTGGTTTT
130 ACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
** * * * *
6850 ATAATCTTTTAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTCAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * **
6915 ATG-TCTCCCTCAGAAAATGTGAA-AGAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAAC
66 ATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGA-AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGT
** * *
6977 CATCC-ATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
129 CA-CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** * *
7021 GTAATCTCAT-ATTAGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAATTCTAATTAAAATATAATATAATTG
1 ATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * * *
7085 AATG-TCTACCTTGGGAAACGT-AAAACAAAAGTCATACAAAGTCT-CCATTCGCATAAGTC-A-
65 AATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGA-AAAAGTCATTC--A-T-TGGCA--AG-AAAAGTCTAT
* * *
7145 CTATA-T-A-TTAAG-CTTCAAAAATAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTT
122 TTATAGTCACCTAAGCCTTC--AAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
7194 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATGT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT-T
* * * * * *
7259 GATTG-TCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-TATATTCGTTGGCAAGAAAAGCCAATTTGTAG
64 GAATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * *
7322 TCACC-CATCCTCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTT
128 TCACCTAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
7367 GTAAACTCATAATTTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTACATTCTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
7432 AATGTT
65 AATGTT
7438 TGCTATGGGA
Statistics
Matches: 1696, Mismatches: 351, Indels: 157
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
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177 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
ATGTTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:6225 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5140--7438 Score: 1954
Period size: 342 Copynumber: 6.7 Consensus size: 338
5130 NNNNNNNNNN
* * ** ** * * *
5140 ATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTAAAATTTTTTTA-CGTTTTTGATTACAATATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG--TAAAACAGATTATAATTG
* * * * ** * ** *
5204 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 ATTGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * * * * *
5269 CTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
129 CTCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
5334 GTTAAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTACGTTGGGAAACATAA
193 GTT-AATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATAA
* * *
5399 AGCAAAAG-CTATCCATTGGCATA-AAAAGTCCACTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTAAAGGCCTT
256 AGCAAAAGTC-ATTCATT-GCA-AGAAAAGTCCACTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTT
* *
5461 ATTATTCGCTTTAAATAGTTTT
317 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
5483 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
5548 TTGT-TCGCCACAGAAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCGTTGTCAAGAAAGGTCTATTTGTAGTC
65 TTGTCT-GCCTCAGAAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
5611 ACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTGTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
128 ACTCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
5676 GTTAAATTTTTTATATTTTCATTCAAATAGAATATAATTGAATGTTTATCTT-GAGAAACATGAA
193 GTTAATTTTTTTATATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGA-AAACATAAA
* * * * * ** *
5740 GAAAAAG-CTATTCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATT
257 GCAAAAGTC-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
*
5804 ACTCACTTTAAATGGTTTT
320 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
5823 GTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TAAAACAGATTATAATTGA
* * * * ** *
5888 ATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCAC
65 TTGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
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130 TCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
6018 TGAATTTTTTTTATATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACGTAAAG
195 T-AA-TTTTTTTATATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATAAAG
** * * *
6083 CAAAAGTCA-TCTATTAGCATTAAAAGTCCCCTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTA
258 CAAAAGTCATTC-ATT-GCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6147 TTCGCTTTAAACGATTTT
321 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
6165 ATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGT-AAAACAGATTATAATTGA
* * * ** * * *
6230 TTGCCTACCTCAGAAAACGTGATGAAAAAGGTATTTATTGGCATA-AAAAGTCTATTTATAGTTA
65 TTGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
6294 CCCATCCCCTCAAAAGCTTTGTTAATCACTTTAAATATTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 CTCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * * ** *
6359 TTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTGCCATT-AAAAATGTGA
194 -TTAATTTTTTTATATTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAAACATAA
* * * * * * *
6423 AG-ACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATGCCTTTAAAAGCTTTAT
256 AGCA-AAAGTCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
6487 TGCTCGCTTTGAATGGGTTT
319 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * **
6507 ACAATCTCATAATTAATTTT-AGACTGAATTTTTTTACATTGTTGGGTAAAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATT-TTTTGTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
6571 ATTGTCTGCTTTA-AGAGATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCC
64 ATTGTCTGCCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * * * *
6635 A-TCCATGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTA
128 ACT-CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
6699 GGCTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGATTGTTTACCTCGAAAAACATT
192 AG-TTAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATA
* * * * * * * * *
6764 AAGAAAAACTCATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTCAT
255 AAGCAAAAGTCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
6829 TACTCGCTTTAAATTGGTTTT
319 TACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
** * * *
6850 ATAATCTTTTAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTCAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGT-AAAACAGATTATAATTGA
* * * * * **
6915 ATGTCTCCCTCAGAAAATGTGAA-AGAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAACCA
65 TTGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
6979 -TCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT-ATTAGATTTTA
129 CT-CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-GATTTTA
* * * * * * * *
7042 AGTTCAATTTTTTTACAATTCTAATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTA
192 AGTT-AATTTTTTTA-TATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATA
* * * * * *
7107 AAACAAAAGTCATACAAAGTCTCCATTCGCATAAGT-CAC-TATA-T-A-TTAAG-CTTCAAAAA
255 AAGCAAAAGTCATTC--A-T-TGCA--AG-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTC--AAA
*
7166 TAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTT
311 -AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
7194 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATGT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTG-TAAAACAGATTATAAT-T
* *** * *
7259 GATTGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAATATATTCGTTGGCAAGAAAAG-CCAATTTGTAGT
63 GATTGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
* * *
7323 CACCCAT-CCTCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAAACTCATAATTTGATTT
127 CACTCATCCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTT
* * *
7387 TAAGTTAAAATTTTCTACATTCTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
190 TAAGTT-AATTTTTTTATATT-TTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
7439 GCTATGGGAA
Statistics
Matches: 1581, Mismatches: 314, Indels: 118
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 263 0.17
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344 53 0.03
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346 121 0.08
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348 5 0.00
349 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
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ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTAAAACAGATTATAATTGAT
TGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
AATTTTTTTATATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATAAAGCAA
AAGTCATTCATTGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTT
Found at i:8513 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8214--8602 Score: 464
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
8204 NNNNNNNNNN
* * * *
8214 AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTAT
* * * *
8279 TGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAGACTAAATTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTGTAGACTAAATATTTTTACATTTTTGG
* * * * *
8344 ATAAAACATATTGTAATTGACTGTTTGCCTTA-AGAAATAT-A
131 AGAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCCTAGAGAAAT-TGA
* * **
8385 AAGAAAAAGCCTTTCATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGGTTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
8450 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTGTATG-CTGAATATTTTTATATTTTTG
66 TACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTGTA-GACTAAATATTTTTACATTTTTG
* * *
8514 GGGAAAACAGATTGTCATTGAATGTTTACCCTAGAGAACTTGA
130 GAGAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCCTAGAGAAATTGA
* *
8557 AGAGAAAAA--CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
1 A-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
8603 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 30, Indels: 8
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 169 0.92
172 8 0.04
173 7 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTGTAGACTAAATATTTTTACATTTTTGG
AGAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCCTAGAGAAATTGA
Found at i:9428 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9082--10607 Score: 1373
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
9072 ACAGTCATTC
* **
9082 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTGAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
9146 TATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTATGCC-TAAGGAAACATTAAGACAAAGCCTTT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * *
9210 CATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAA
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AA
*** * *
9253 AAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
9318 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
** * * *
9383 ATTGACAAGAAAAGTCCAACTATTGTCACCGATGGCTTCAA
131 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
9424 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTT-AGTTTAAATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
9488 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAACCCATT
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
9553 CATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGA
130 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
9595 AAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TGAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * * * * * * *
9659 ACT-GTTTTGATTAAAATATTTTATTATTGAACGTCTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGGCAT
65 A-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** ** *
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* * * *
9766 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTCTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * * * * *
9831 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATCTACATTGAA-AAACATGAA-AAAAAGGCATT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
** * **
9894 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTTTCTT-AA
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAA
* * * * * **
9936 AAGCCTTCTTAATCACTTTAAATGGTCTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
10001 TATTTTTCAG-TCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCAATT
66 TATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
10065 CATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATCA-TCACCCATTCATTCGA
130 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
10107 AAGGCTTATTACTC-GTTATAAATAGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
10171 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACGTGAGGAAAAAGCCAT
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * ** * * *
10235 TCAATGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCCATTCTTTCAA
129 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* ** * * *
10278 AAGCGTTATTACTCACTTTAAATATTTTTGTAATCGCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * * * * * * * * *
10343 ATATATTTGATTCAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTCAGAAATGTGAAGTAAAAGTCATC
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* ** * *
10408 CATTGGCATA-AAAAGTCCCCTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
130 CATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
** * *
10450 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * * * *
10514 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGTC-TCAGAAAACGTGATGAAAAAGGCATT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* *
10578 TATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 CATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
10608 TTAATTAATT
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
Found at i:9995 original size:341 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 5.9 Consensus size: 342
8609 NNNNNNNNNC
* * * * * * *
8619 AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTCTAATCACAATATAATATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* *
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* * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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259 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTT
8940 AAATGGTTTTATAATCTCAT
323 AAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
8960 AATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGAATAAAATATATTATAATTAAAGGTATGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
9025 TAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTACAG----TC-A---TTC
66 TAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTACAGTCACTCAAGCCTTC
* * *
9082 --AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTG
131 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * * *
9144 AATATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTATGCC-T-AAGGAAACATTAAGACAAAGCC
196 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAA--AAACATGAAGAAAAAGCC
* ** * * ***
9207 TTTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAAGCCTTATTACTTGGTTT
259 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
9272 AAATGGTTTTACAATCTCAT
323 AAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
9292 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * ** ** *
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66 TAGGAAACATGAAGCA-AAAGTCATCCATTAG-CATA-AAAAGTCC-ACTTACAGTCACTC-AAG
* * * * *
9417 GCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTT-AGTTTAAA
126 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* * * * * * *
9481 TTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAA
190 TTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAA
* * * * ** * * *
9545 AACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
254 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
9610 CTATAAATGGTTTTATAATCTCAT
319 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
9634 AA-TGAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TGTTTTGATTAAAATATTTTATTATTGAACGTCTGC
1 AATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * *
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64 CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTACAGTCACTCAAGCCT
** * *
9762 TCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTT
129 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
9827 TCTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATCTACATTGAAAAACATGAA-AAAAAGGC
194 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCC
* * ** * * *
9891 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTTTCTTAAAAGCCTTCTTAATCACTTTA
259 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
9956 AATGGTCTTCTAATCTCAT
324 AATGGTTTTATAATCTCAT
** * * * * * *
9975 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAATATTTTTCAGTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * ** *
10040 TAGGAAACGTGAAGAAAAAG-CAATTCATTAGCA-AGAAAAGTTCATTTATCA-TCACCCATTCA
66 TAGGAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCCATTAGCATA-AAAAGTCCACTTA-CAGTCACTCAAGCC
* * * *
10102 TTCGAAAGGCTTATTACTCG-TTATAAATAGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATT
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
10166 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACGTGAGGAAAAA
192 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAA
* ** * ** *
10230 GCCATTCAATGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCGTTATTACTCACT
256 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** * *
10295 TTAAATATTTTTGTAATCGCAT
321 TTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
10317 AATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATATTTGATTCAAATATATTATAATTGAATATCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC
** * * * *
10382 TTCA-GAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCATAAAAAGTCCCCTTATAGTCACTCAAGCCT
65 TT-AGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTACAGTCACTCAAGCCT
* * * *
10446 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TATTTT
129 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * *
10510 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGTC-TCAGAAAACGTGATGAAAAAGG
194 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGC
*
10574 CATTTATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
258 CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
10608 TTAATTAATT
Statistics
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0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
TAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTACAGTCACTCAAGCCTTC
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCAT
Found at i:10201 original size:683 final size:677
Alignment explanation
Indices: 8619--10607 Score: 2031
Period size: 683 Copynumber: 2.9 Consensus size: 677
8609 NNNNNNNNNC
* ** * * * * *
8619 AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTCTAATCACAATATAA-TATAATTGAATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAACATTTTTAGTTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
8683 TT-GGAAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGACATA-AAAGGTCC-ACTTAT-AGTCACTCAA
65 TTAAG-AAACGTGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACA-AGAAAAGTCCAAC-TATCA-TCACCCAT
* * *
8743 GCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAA
125 GGCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATAGA-TTTTAGTTGAA
** * *
8808 TTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACTTTG-GAAAACATGAAGAAA
187 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAACATGAAGAAA
** * * **
8872 AAAATATTCGTTCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCCCCAAAAGCCTTATTGA-TCA
252 AAACCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCA
* * *
8936 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGAATAAA
316 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TGAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAA
* * *
9000 ATATATTATAATTAAAGGTATGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAG
379 ATATATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAG
9065 TCCACTTACAGT--C---A--TTC-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
444 TCCACTTACAGTCACTAAACCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * ** * *
9122 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTGAATATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTATGCCTAA
509 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATATACCTAA
* * *
9187 GGAAACATTAAGACAAAGCCTTTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGA
574 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGA
* *** *
9252 AAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
638 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTCTTACAATCTCAT
* * ** * * *
9292 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * ** *
9357 TAAGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAACTATTGTCACCGATGGCTTC
66 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCAACTATCATCACCCATGGCTTC
* * *
9422 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTA-ATTTTAGTTTAAATTGTT
131 GAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAG-TTGAATTTTT
* * * * *
9486 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACTTGAAGAAAAACCC
192 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAACC
* ** * * *
9550 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATA
257 ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
9615 AATGGTTTTATAATCTCATAATGAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTGTTTTGATTAAAATATTT
321 AATGGTTTTATAATCTCATAATGAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTGATTAAAATATAT
* * * * *
9680 TATTATTGAACGTCTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTAGCATAAAGAGTCCATT
385 TATAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACT
* *
9745 TACAGTCACTAAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTG
450 TACAGTCACT-AAACCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
9810 ATTTTAAGTTGAAGTTTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATCTACATTGAA-
513 ATTTTAAGTTGAA-TTTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATATAC-CT-AAG
* ** * * *** *
9874 AAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTTTCT-TAAA
575 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAA
*
9937 AGCCTTCTTAATCACTTTAAATGGTCTT-CTAATCTCAT
640 AGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTCTTAC-AATCTCAT
* * * *
9975 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAATATTTTTCAG-TCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAACATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
* * ** *
10039 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCAT-TCA
65 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCAACTATCATCACCCATGGC-
* *
10102 TTCGAAAGGCTTATTACTCGTTATAAATAGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTT
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGTT-TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATAGATTTT-AGTTGAATTT
* * * *
10167 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACGTGAGGAAAAAG
190 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAA
* ** * * * * *
10231 CCATTCAATGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCGTTATTACTCACTT
255 CCATTC-ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
** * * * *
10296 TAAATATTTTTGTAATCGCATAAT-AGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TATATTTGATTCAAA
319 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATGA-ATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACT-T-TTTGATTAAAA
** ** * *
10359 TATATTATAATTGAATATCTGCCTTCA-GAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCATAAAAAG
380 TATATTATAATTGAACGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAG
* * * ** *
10423 TCCCCTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
444 TCCACTTACAGTCACT-AAACCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * **
10488 TAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGTCT
507 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATATACCT
* * * * * ** *
10553 CAGAAAACGTGATGAAAAAGGCATTTATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
572 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
10608 TTAATTAATT
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 183, Indels: 75
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
672 10 0.01
673 203 0.19
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676 1 0.00
680 1 0.00
681 1 0.00
682 14 0.01
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687 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (677 bp):
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCAACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCAACTATCATCACCCATGGCTTC
GAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTC
ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATGAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTGATTAAAATATATTATAAT
TGAACGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTACAGT
CACTAAACCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATATACCTAAGAAACATGAAGA
AAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAAGCCTTATTAA
TCACTTTAAATGGTCTTACAATCTCAT
Found at i:11059 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10609--11846 Score: 971
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
10599 TATAGTCACT
* * * * ** * * *
10609 TAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGGGAAAACAAATTGTCATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * * * **
10674 CTAGGAAACTTGAAGAAAAATCCAGT-ATTTGGCACA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCC
66 TTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCC
* * *
10737 TTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
10781 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAATGACAATAAAATATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * **
10846 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATA-AAAAGTCCACCTATAGTCACCAAAGCCT
66 TTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCT
** * *
10910 TCGGAAGCATTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
130 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
10952 TAATTGATTTTTAGTTGCATTATTTTATGTTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGATTGTCTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * ***
11017 TTAGAAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATCCCCT
66 TTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAAGCCT
* * *
11082 T-AAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA
130 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* *
11123 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-
* * * * * ** * *
11187 CATT-GAAAATGTAAAGAGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATGCT
65 C-TTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCC
* * *
11251 TTCAAAAGCGTTATTGCTCACTTTAAAT-GATTTTACAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
* * * * * * *
11294 TAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTT-GGATAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTA-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * *
11358 CTTA-AGGAATGTGAAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
65 CTTAGA-AAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGC
* * *
11422 CTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCC
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
11466 TAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * *
11531 -TCGAGAAACATGAAGAAAAA-CCTACTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGC
66 TTAGA-AAACGTAAAGAAAAAGCC-ATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGC
* * *
11593 CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCA
128 C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
11639 TAATCGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTCT-GATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * * ** * *
11703 CTTGGGAAACATAAAG-CAAAGTCATCCTTTGGTATA-AAAAGTCCACTTATAGTCGCTCAAA-C
65 CTTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAAGC
* * *
11765 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTTA
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCA
* * * *
11809 TAATTAATTTTAAATTGATTTTTTTTTATAATTTTAGT
1 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTAGT
11847 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 863, Mismatches: 175, Indels: 57
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 38 0.04
171 418 0.48
172 318 0.37
173 87 0.10
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
TTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
Found at i:11453 original size:514 final size:516
Alignment explanation
Indices: 10718--11698 Score: 1158
Period size: 514 Copynumber: 1.9 Consensus size: 516
10708 CAAAAAGCCC
* * *
10718 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATTGATTTTACAATCTCATA
* * * *
10783 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAATGACAATAAAATATAATTGAATGTTTACCTT
66 ATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAATGAAAACAAAATATAATTGAATGTCTACCTT
* ** *
10848 GGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAAAGTCCACCTATAGTCACCAAAGCCTTCG
131 AGGAAACGTGAAAAAAAAGTCATCCATTGACATAAAAAGTCCACCTATAGTCACCAAAGCCTTCA
* * *
10913 GAAGCATTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTA-GTTGCATTATTT
196 AAAGCATTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGCTGAATTATTT
** * * * * *
10977 TATGTTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGATTGTCTATCTTAGA-AAACGTAAAGAAAAAGGC-
260 TACATTTCTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGAGAAACATAAAGAAAAA-CCT
* * * * * * *
11040 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATCCCCTT-AAAAGCCTTGTTAATCACTTT
323 ACTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAACCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTT
* * * * *
11104 AAA-TAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTT-TTAGTTAAAACA
388 AAATTAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGA-TTAAAACA
11167 GATTATAATTGAATGTTTCTCATTGAAAATGTAAAGAGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCT
452 GATTATAATTGAATGTTTCTCATTGAAAATGTAAAGAGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCT
* * * *
11232 ATTTATAGTCTCTTATGCTTTCAAAAG-CGTTATTGCTCACTTTAAA-TGATTTTACAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCG-TATTACTCACTTTAAATTGATTTTACAATCTCAT
* * * * *
11295 AATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGT-TGGAT-AAAACAGATTATAATTGATTGTCTGC
65 AATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATT-TCT-AATGAAAACAAAATATAATTGAATGTCTAC
* * ** *
11358 CTTAAGG-AATGTGAAAAAAAAAGTCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
128 CTT-AGGAAACGTG-AAAAAAAAGTCATCCATTGACATA-AAAAGTCCACCTATAGTCACCAAAG
* * * *
11421 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCTGAAT
190 CCTTCAAAAGCATTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAAT
* * * * * * * *
11486 TTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
255 TATTTTACATTTCTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAA
* * * * * *
11551 CCTACTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
320 CCTACTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAACCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCAC
* *
11616 TTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTCTGATTAAAA
385 TTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAA
* * *
11681 TATATTGTAATTGAATGT
450 CAGATTATAATTGAATGT
11699 CTGCCTTGGG
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 70, Indels: 22
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 85 0.22
514 215 0.56
515 20 0.05
516 63 0.16
517 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (516 bp):
ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATTGATTTTACAATCTCATA
ATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAATGAAAACAAAATATAATTGAATGTCTACCTT
AGGAAACGTGAAAAAAAAGTCATCCATTGACATAAAAAGTCCACCTATAGTCACCAAAGCCTTCA
AAAGCATTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTATTTT
ACATTTCTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAACCTACT
CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAACCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
TTAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTTTCTCATTGAAAATGTAAAGAGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCT
Found at i:11570 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 10702--11848 Score: 1055
Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 338
10692 AATCCAGTAT
* * * *
10702 TTGGCACA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATT
1 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-T
* * * * * *
10766 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAATGACAATAAAATAT
64 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAAATTAT
* * * * * **
10831 AATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA-GT-CATCCATTGACATA-AAAAGTCCACC
129 AATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCTAC-T-CATTGACA-AGAAAAGTCCATT
* * *
10893 TATAGTCACCAAAGCCTTCGGAAGCATTATTACACACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATT
191 TATAGTCACCAAAGCTTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATT
* * * * * **
10957 GATTTTTAGTTGCATTATTTTATGTTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGATTGTCTATCTTAGA
255 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGA-T-AAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTAG-
* * *
11022 AAACGTAAAGAAAAAGGCATTCA
317 GAA-GTAAAAAAAAAGTCATTCA
* ** * *
11045 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATCCCCTT-AAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATA
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *
11109 GTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAAATTATA
* * * *
11174 ATTGAATGTTT--CTC-ATTGAAA-ATGTAAAGAGAAAGCC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCTAT
130 ATTGAATGTTTACCTCGA--GAAACATG--AAGA-AAAACCTACTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * * *
11234 TTATAGTCTCTTATGCTTTCAAAAGCGTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATT
190 TTATAGTCACCAAAGCTTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* *
11299 AATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGATAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTAAG
255 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TT-GATAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTT-AG
11364 GAATGTGAAAAAAAAAGTCATTCA
317 GAA-GT-AAAAAAAAAGTCATTCA
* * * *
11388 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * * * *
11453 TTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATATTGTAA
66 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAAATTATAA
*
11518 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCTACTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATA
131 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCTACTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
11582 ATCACCCAAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATCGAT
195 GTCACCAAAG-CTTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
11647 TTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTCTGATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAA
258 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TGA-TAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAG
* ** * *
11712 CATAAAGCAAAGTCATCCT
321 TA-AAAAAAAAGTCATTCA
* * * * * *
11731 TTGGTATA-AAAAGTCCACTTATAGTCGCTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-A
1 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
11794 GGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTGATTTTTTTTTATAATTT-TAGTTA
65 -GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAT-ATTTCTAGTTA
11849 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 123, Indels: 61
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 5 0.01
342 199 0.31
343 306 0.47
344 58 0.09
345 77 0.12
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAAATTATAA
TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCTACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCAAAGCTTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTATATTTTGATAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAGTAAAA
AAAAAGTCATTCA
Found at i:13000 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12627--13868 Score: 844
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
12617 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
12627 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTCTATATTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * * * *
12692 ATTATAATTGATTGTCTACATTGAAAAACATGAAAAAAGGGCATTTATTGACCAGAAAAGTCCAT
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCAT
* *
12757 TTATAGTCACCCATT-TTCTCAAAA-GCATTTTTAATCACTT
130 TTATAGTCACCCATTGTT-TCAAAAGGC-TTATTACTCACTT
* ** * * *
12797 TAAAT-AGTTTTTTAATCTCATTGTTA-ATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTCATTCAAAT
1 TAAATGA-TTTTGTAATCTCA-TAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAT
* * *
12860 AGTTTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAGAGCCATTCATTGACAAGCAAAGTT
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT
*
12925 CATTTATCA-TCACCCATTGTTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTT
127 CATTTAT-AGTCACCCATTGTTTCAAAAGGCTTATTACTCACTT
* * * * * *
12968 TAAATGATTTTGTAATTTTATAATAGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTT--TGTAAAACA
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGAT-TAAAATA
* * * * *
13031 GATTATAATTCAATGTTTGCCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACGTGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC
*
13096 ATTTATAG-CTACCCATTCTTTCAAAAGCGC-TATTACTCACTT
128 ATTTATAGTC-ACCCATTGTTTCAAAAG-GCTTATTACTCACTT
* *
13138 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATA
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATA
* ** * * * *
13203 TATTATAATTTCATATCTATCTTGGAAAACGT-AAAGTAAAAGTCA-TCTATTGATATA-AAAAG
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACGTGAAA--AAAAGCCATTC-ATTGACA-AGAAAAG
* * * * * * *
13265 TCCCTTTATAGTCACTCA-AG--CCATAGAAAGCTGTATTACTCATTT
125 TTCATTTATAGTCACCCATTGTTTCA-A-AAGGCT-TATTACTCACTT
* * * * *
13310 TAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGATTAAAATAG
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
* * ** * ** ** *
13375 ATTATAATTGATTGTTTACCTCAGAAAGCGTGATGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGCAAAGTTCA
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAA-CGTGA-AAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCA
* **** * * *
13440 TTTACAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTGTTAATCACTT
129 TTTATAGTCACCCATTGTTTCAAAAGGCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * *
13481 TAAATGTTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATA-TTTTGGTTACAACAT
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
* * *
13545 ATTATAATTGAATGTCTATCATTGGAAATC-TGAAGACAAAGCCATTCATTGACATGAAAAAG-T
66 ATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGGAAA-CGTGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTT
* *
13608 CTATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAA-GCTTTATTACTCCCTT
127 C-ATTTATAGTCACCCATTG-TTTCAAAAGGC-TTATTACTCACTT
* ** ** * * * * * * * * *
13652 TAATTGGCTTTACAATCACATAATTA-ATTTTAGGCTGATTTTTTTTACAACTTTAGA-TAAAAC
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAAT
* * * * * **
13715 AAATTATAATTGACTATTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-T
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT
* *
13779 CTATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAA-GCTTTATTACTCGCTT
127 C-ATTTATAGTCACCCATTG-TTTCAAAAGGC-TTATTACTCACTT
* * * * * *
13823 TAAATGGTTTTATAATCTCCTAACTA-ATTTTAGGTTGAATATTTTT
1 TAAATGATTTTGTAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
13869 GCATTTTGAA
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 176, Indels: 89
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 259 0.30
171 408 0.48
172 167 0.20
173 9 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TAAATGATTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACGTGAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATT
TATAGTCACCCATTGTTTCAAAAGGCTTATTACTCACTT
Found at i:13726 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 12627--13868 Score: 1061
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 338
12617 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
12627 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTCTA-TATTTTTGATTAAAACA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGA-TAAAACA
* * * * * * * *
12691 GATTATAATTGATTGTCTACATTGAA-AAACA-TGAA-AAAAGGGCATTTATTGACCAGAAAAGT
65 GATTATAATTGAATGTTTAC-CT-AAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * *
12753 CCATTTATAGTCACCCATTTTCTCAAAAGCATTTTTAATCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCAT
127 TCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT-GGTTTTTAATCTCAT
** * * * *
12818 TGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTCATT-CAAATAGTTTATAATTGAATATCTACC
191 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTACAAATA--TTATAATTGAATATCTATC
* * *
12882 TTGAGAAACGTGAAAAAAGAGCCATTCATTGACAAG-CAAAGT-TCATTTATCA-TCACCCATTG
254 TTG-GAAACGTGAAGAAA-AGCCATTCATTGACATGAAAAAGTCT-ATTTAT-AGTCACCCA-TG
* *
12944 -TTTCAAAAGGC-TTATTACTCGCTT
314 CCTTCAAAA-GCTTTATTACTCACTT
* * * * * *
12968 TAAATGATTTTGTAATTTTATAA-TAGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTTG-TAAAACA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGATAAAACA
* * **
13031 GATTATAATTCAATGTTTGCCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
65 GATTATAATTGAATGTTTACCTAAG-AAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
** *
13096 ATTTATAG-CTACCCATTCTTTCAAAAGCGC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
129 ATTTATAGTC-ACCCATTCCCTCAAAAGC-CTTATTAATCACTTTAAATGGTTTT-TAATCTCAT
* * * **
13159 AATAGATTTTAAGTTGAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTTCATATCTATC
191 AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGATTACAA-ATATTATAATTGAATATCTATC
* * * ** * *
13224 TTGGAAAACGTAAAGTAAAAGTCA-TCTATTGATAT-AAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCAAGCC
254 TTGG-AAACGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGACATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
13287 AT-AGAAAGCTGTATTACTCATTT
316 TTCA-AAAGCTTTATTACTCACTT
* * * * *
13310 TAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTCGATTAAAATA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGA-TAAAACA
* * * * ** * *
13374 GATTATAATTGATTGTTTACCTCAGAAAGCGTGATGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGCAAAGTTC
65 GATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * *
13439 ATTTACAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGTTTTTCTAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATAA
* * * *
13504 TTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATA-TTTTGGTTACAACATATTATAATTGAATGTCTATCATT
193 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTACAA-ATATTATAATTGAATATCTATC-TT
13568 GGAAATC-TGAAGACAAAGCCATTCATTGACATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
256 GGAAA-CGTGAAGA-AAAGCCATTCATTGACATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*
13632 AAAAGCTTTATTACTCCCTT
319 AAAAGCTTTATTACTCACTT
* ** * * * * * * *
13652 TAATTGGCTTTACAATCACATAATTAATTTTAGGCTGATTTTTTTTACAACTTTAGATAAAACAA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGATAAAACAG
* * *
13717 ATTATAATTGACTATTTACCTTAAGAAATA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TC
66 ATTATAATTGAATGTTTACC-TAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * * * *
13780 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTA
129 -ATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATA
* * * * *
13845 ACTAATTTTAGGTTGAATATTTTT
192 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
13869 GCATTTTGAA
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 148, Indels: 71
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 38 0.05
341 182 0.25
342 352 0.49
343 139 0.19
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGATAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
TTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTTAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTACAAATATTATAATTGAATATCTATCTTGGAAA
CGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCT
TTATTACTCACTT
Found at i:13779 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 12747--13868 Score: 1089
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
12737 TATTGACCAG
*** * * * *
12747 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTC-TCAAAAGCAT-TTTTAATCACTTTAAA-TAGTTTTT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCATCAAAAGC-TGTATTACTCACTTTAAACGA-TTTTA
** * * * *
12809 TAATCTCATTGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTCATTCAAATAGTTTATAATTGAA
63 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAA
*
12874 TATCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAGAGCCATTCATTGACAAGCAAAGTTCATTTATCATCACC
128 TATCTACCTTCAGAAACGTGAAAAAAGAGCCATTCATTGACAAGCAAAGTTCATTTATCATCACC
**** * * * * * * *
12939 CATTGTTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATTTTATAATAGATTTTAAGTT
193 CATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATAGATTTTAAATT
* * * *
13004 GACTTTTTTTACATTTTTTGTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGGAAAAAGTGAAGAA
258 GAATTTTTTTACATTTTGTGTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCATTGGAAAAACTGAAGAA
* * *
13069 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCTACCCATTCTTTCAAAAGCGCTATTACTC
323 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCTACCCATGCCTTCAAAAGCGCTATTACTC
* ** * * * * *
13134 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAAATGTTTTTATATTTTTGATTAA
388 ACTTTAAATGGCTTTACAATCACATAATAGATTTTAAGCTGAAATGTTTTTAAACTTTAGATTAA
* * * * * * * *
13199 AATATATTATAATTTCATATCTATCTTGGAAAACGTAAAGTAAAAGTCATCTATTGATATA
453 AACAAATTATAATTACATATCTACCTTAGAAAAC-TAAAGAAAAAGCCATCTATTGACATA
* * *
13260 AAAAGTCCCTTTATAGTCACTCAAGCCAT-AGAAAGCTGTATTACTCATTTTAAACGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCATCA-AAAGCTGTATTACTCACTTTAAACGATTTTATA
* *
13324 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGATT
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTC-ATTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * **
13388 GTTTACC-TCAGAAAGCGTGATGAAAAAG-G-TATTCATTGGTAAGCAAAGTTCATTTA-CAGTC
129 ATCTACCTTCAGAAA-CGTGA--AAAAAGAGCCATTCATTGACAAGCAAAGTTCATTTATCA-TC
* * *
13449 ACCCATCCCCTCAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGTTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAA
190 ACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATAGATTTTAA
* * * * * *
13514 ATTTAATTTTTTTATATTTTG-GTTACAACATATTATAATTGAATGTCTAT-CATTGG-AAATCT
255 ATTGAATTTTTTTACATTTTGTG-TAAAACAGATTATAATTCAATGT-T-TGCATTGGAAAAACT
* * *
13576 GAAGACAAAGCCATTCATTGACATGAAAAAG-TCTATTTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCT
317 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTTC-ATTTATAGCT-ACCCATGCCTTCAAAAGCG
* * * * * *
13639 TTATTACTCCCTTTAATTGGCTTTACAATCACATAATTA-ATTTTAGGCTG-ATTTTTTTTACAA
379 CTATTACTCACTTTAAATGGCTTTACAATCACATAA-TAGATTTTAAGCTGAAATGTTTTTA-AA
* *
13702 CTTTAGA-TAAAACAAATTATAATTGAC-TATTTACCTTAAGAAATA-TGAAGAAAAAGCCAT-T
442 CTTTAGATTAAAACAAATTATAATT-ACATATCTACCTT-AGAAA-ACTAAAGAAAAAGCCATCT
13763 CATTGACA-A
504 -ATTGACATA
* * * * * * *
13772 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCTGTATTACTCACTTTAAACGATTTTATA
* * * *
13837 ATCTCCTAACTAATTTTAGGTTGAATATTTTT
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
13869 GCATTTTGAA
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 93, Indels: 46
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
512 19 0.04
513 377 0.76
514 87 0.18
515 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (512 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCTGTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
CTACCTTCAGAAACGTGAAAAAAGAGCCATTCATTGACAAGCAAAGTTCATTTATCATCACCCAT
CCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAA
TTTTTTTACATTTTGTGTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCATTGGAAAAACTGAAGAAAAA
GCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCTACCCATGCCTTCAAAAGCGCTATTACTCACT
TTAAATGGCTTTACAATCACATAATAGATTTTAAGCTGAAATGTTTTTAAACTTTAGATTAAAAC
AAATTATAATTACATATCTACCTTAGAAAACTAAAGAAAAAGCCATCTATTGACATA
Found at i:13946 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12863--14017 Score: 481
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
12853 TTCAAATAGT
* * * ** * * *
12863 TTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAA-AAAGAGCCATTCATTGACAAGCAAAGT-TC
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAATAT-AAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAGAAAAGTCT-
* * * * *
12926 ATTTATCA-TCACCCATTG-TTTCAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATTTTA
64 ATTTAT-AGTCACCCA-TGCCTTCAAAA-GCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * *
12988 TAA-TAGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTTG-TAAAACAGA
126 TAACTA-ATTTTAGGCTGAATATTTTTACAACTTTAGAGAAAACAAA
* * * ** * * * *
13033 TTATAATTCAATGTTT-GCCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TC
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAATA-TAAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAGAAAAGTCT-
* * ** * *
13096 ATTTATAG-CTACCCATTCTTTCAAAAGCGCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
64 ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
13160 A-TAGATTTTAAGTTGAAATGTTTTTA-TATTTTTGATTAAAATATA
128 ACTA-ATTTTAGGCTG-AATATTTTTACAACTTTAGA-GAAAACAAA
** * * ** * * *
13205 TTATAATTTCATATCTA-TCTTGGAAA-ACGTAAAGTAAAAGTCA-TCTATTGATATA-AAAAGT
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAATA--TAAAGAAAAAGCCAGTC-ATTGACA-AGAAAAGT
** * * * * ** * *
13266 CCCTTTATAGTCACTCAAGCCAT-AGAAAGCTGTATTACTCATTTTAAACGATTTTATAATCTCA
62 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * * *
13330 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTCGATTAAAATAGA
126 TAACTAATTTTAGGCTGAATATTTTTACAACTTTAGA-GAAAACAAA
* * * ** * * ** * ** *
13376 TTATAATTGATTGTTTA-CCTCAGAAAGCGTGATGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGCAAAGT-TC
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAA-TATAAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAGAAAAGTCT-
* * * * * * * * *
13439 ATTTACAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGTTTTTCTAATCTCATAA
64 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *** * * * * * ** * *
13504 TTGATTTTAAATTTAATTTTTTTA-TATTTTGGTTACAACATA
129 CTAATTTTAGGCTGAATATTTTTACAACTTTAGAGAAAACAAA
* * * * ** * * * * *
13546 TTATAATTGAATGTCTATCATTGGAAATCTGAAGACAAAGCCATTCATTGACATGAAAAAGTCTA
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAATATAAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAG-AAAAGTCTA
* * * * * *
13611 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAATTGGCTTTACAATCACATAAT
65 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * *
13676 TAATTTTAGGCTGATTTTTTTTACAACTTTAGATAAAACAAA
130 TAATTTTAGGCTGAATATTTTTACAACTTTAGAGAAAACAAA
* * * *
13718 TTATAATTGACTATTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAATATAAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
*
13783 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAACT
66 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT
* * * *
13848 AATTTTAGGTTGAATATTTTTGC-A-TTTTGAAGGAAAACAGA
131 AATTTTAGGCTGAATATTTTTACAACTTTAG-A-GAAAACAAA
* * * ** * * *
13889 TTGTCATTGAATGTTTACCCTGGGAAACT-TAAAGAGAAA-CCTAGT-ATTTGGCAAGAAAAGCC
1 TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAA-TATAAAGAAAAAGCC-AGTCA-TTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * *
13951 CATTTATAGTCACACAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAGTTTTATAATCTCAT
63 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCAT
14016 AA
127 AA
14018 TTGATNNNNN
Statistics
Matches: 778, Mismatches: 174, Indels: 64
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.02
170 156 0.20
171 413 0.53
172 189 0.24
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATTGAATATTTACCCTAAGAAATATAAAGAAAAAGCCAGTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT
AATTTTAGGCTGAATATTTTTACAACTTTAGAGAAAACAAA
Found at i:14618 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14123--15212 Score: 984
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
14113 NNNNNNNNNN
* * * *
14123 AAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
* * * * * * *
14187 GCTTTTTCGTCA--TATTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATATGTTTT-ATCCAAAGATATA
65 GCTTTTTCTTCACGT-TTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATATA
* * * * * ** * *
14249 AAAAAAATTAGCCTAAAATTAATTATGTGATTGTAAAGCCATTGA
127 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * *
14294 AAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAA-GGGTGACTATAAATAGACATTTTCTTG-TCAATGAA
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCT-AATGAA
* * * * **
14357 TGGCTTTGTCTTCACG-TTTCCAATGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
63 TAGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAA-GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATA
* * * * **
14421 AAAAAAATTAACCTAAAATGAATTATGAGATTAGAAAAATATTTA
127 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * * * * *
14466 AAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGTATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG-ATAC
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAG
* * * * * * * * **
14530 CTTCTTTCATCATGTTTTCTAAGACAGACAATCAATTTTAATCTGTTTTAATTGAAAATATAAAA
66 CTT-TTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
*
14595 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
130 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * * * ** * ** * *
14637 AAGCGAGTAAT-ACGATTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAGGGGACTTTT-TATGCCAATGGAT
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAAT
* * *
14700 -GACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAA
64 AG-CTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAA
* * * *
14764 AAAAATTCAACTTAAATTCTATTATGCGATTACAAAACCATTTA
128 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * * * *
14808 AAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-G
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAG
* * * * *
14872 ACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA
66 -CTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * *
14937 AAATTCAACTTAAATTCTATTATGAGATGACAAAACCATTTA
130 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * * * * *
14979 AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGA-TGATAAATGAACTTTGCTTGCTAATGAATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * * *
15043 GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAATGAAAAATGTCAAA
65 GCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * *
15108 AAATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTAAAAAACTATTTA
130 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * * *
15150 AAGTGATTAACAAGGCTTTTG-AGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT
15213 GCTCTCTTTT
Statistics
Matches: 764, Mismatches: 135, Indels: 40
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.02
171 586 0.77
172 162 0.21
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAG
CTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAA
AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
Found at i:15120 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 14218--15152 Score: 1156
Period size: 513 Copynumber: 1.8 Consensus size: 514
14208 AGGCAAACAG
* * * * * **
14218 TCAATTATAATATGTTTTATCCAAAGATATAAAAAAAATTAGCCTAAAATTAATTATGTGATTGT
1 TCAATTATAATATATTTTATCAAAAAATATAAAAAAAATTAGACTAAAATTAATTATGCGATTAC
*
14283 AAAGCCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACATTTTCTT
66 AAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACATTTTCTT
** * * * *
14348 GTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCAATGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
131 ACCAATGAATGACTTTGTCTTCACGTTTCCAATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAA
* * * * * *
14413 AAAATATAAAAAAAATTAACCTAAAATGAATTATGAGATTAGAAAAATATTTAAAGTGATTAATA
196 AAAATATAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * *
14478 AGGCTTTTGAGGGTATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATACCTTCTTTCATCAT
261 AGCCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTGCTTGCTAATGATACCTTCTTTCATCAT
* * * * *
14543 GTTTTCTAAGACAGACAATCAATTTTAATCTGTTTTAATTGAAAATATAAAAAAAATCAACTTAA
326 GTTTCCCAAGACAGACAATCAATTATAATCTATTTGAATTGAAAATATAAAAAAAATCAACTTAA
* *
14608 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGATTTTCGAAAGCTTGAGTGACT
391 AATCAACTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGATTTTCGAAAGCTTGAGTGACT
14673 ATAAGGGGACTTTTTATGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATAT
456 ATAAGGGGACTTTTTATGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATAT
* *
14732 TCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATAT-AAAAAAATTCA-ACTTAAATTCTATTATGCGAT
1 TCAATTATAATATATTTT-ATCAAAAAATATAAAAAAAATT-AGACTAAAATT-AATTATGCGAT
* * * *
14794 TACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGG-AATGGGTGGCTATAAAT-GA-ACTT
63 TACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAA-GGGTGACTATAAATAGACA-TT
* * * *
14856 TTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAA-GGCAAACATTTAATTATAATATATTT
126 TTCTTACCAATGAATGACTTTGTCTTCACG-TTTCCAATGACAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * *
14920 TAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAATTCTATTATGAGATGACAAAACCATTTAAAGCG
190 TAACAAAAAATATAAAAAAAATT-AACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAAACATTTAAAGCG
* **
14984 AGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGA-TGATAAAT-GAACTTTGCTTGCTAATGAATGGCTT
254 AGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGATGACT-ATAAATAG-ACTTTGCTTGCTAATG-ATACCTT
* ** * * *
15047 -TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAA-TGAAAAATGTCAAAAA
316 CTTTCATCATGTTTCCCAAGACAGACAATCAATTATAATCTATTTGAATTG-AAAATATAAAAAA
* * *
15110 ATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAG
380 AATCAACTTAAAATCAACTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAG
15153 TGATTAACAA
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 59, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 14 0.04
513 244 0.70
514 91 0.26
515 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (514 bp):
TCAATTATAATATATTTTATCAAAAAATATAAAAAAAATTAGACTAAAATTAATTATGCGATTAC
AAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACATTTTCTT
ACCAATGAATGACTTTGTCTTCACGTTTCCAATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAA
AAAATATAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
AGCCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTGCTTGCTAATGATACCTTCTTTCATCAT
GTTTCCCAAGACAGACAATCAATTATAATCTATTTGAATTGAAAATATAAAAAAAATCAACTTAA
AATCAACTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGATTTTCGAAAGCTTGAGTGACT
ATAAGGGGACTTTTTATGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATAT
Found at i:15183 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 14156--15209 Score: 1141
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
14146 GGTATGGGTA
* * * * * * * * * * *
14156 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCGTCATA-TTTCTTAAGGCAAACAGTC
1 ACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTC-CAAGGCAGATATTC
* * * * * **
14220 AATTATAATATGTTTTATCCAAAGATATAAAAAAAATTAGCCTAAAATTAATTATGTGATTGTAA
65 AATTATAATATATTTTATCAAAAAATATAAAAAAAATTAGACTAAAATTAATTATGCGATTACAA
* **
14285 AGCCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACATTTTCTTGT
130 AACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACATTTTCTTAC
* * * *
14350 CAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCAATGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
195 CAATGAATGACTTTGTCTTCACGTTTCCAATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
* * * * * *
14415 AATATAAAAAAAATTAACCTAAAATGAATTATGAGATTAGAAAAATATTTAAAGTGATTAATAAG
260 AATATAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * *
14480 GCTTTTGAGGGTATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATACCTTCTTTCATCATGT
325 CCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTGCTTGCTAATGATACCTTCTTTCATCATGT
* * * * *
14545 TTTCTAAGACAGACAATCAATTTTAATCTGTTTTAATTGAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAA
390 TTCCCAAGACAGACAATCAATTATAATCTATTTGAATTGAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAA
* * * *
14610 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGATTTTCGAAAGCTTGAGTG
455 TCAACTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAACGATTTTCGAAA-CATGAGTG
*
14670 ACTATAAGGGGACTTTT-TATGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATATTC
1 ACTATAAAGGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATATTC
* *
14734 AATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATAT-AAAAAAATTCA-ACTTAAATTCTATTATGCGATTA
65 AATTATAATATATTTT-ATCAAAAAATATAAAAAAAATT-AGACTAAAATT-AATTATGCGATTA
* * * *
14796 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGG-AATGGGTGGCTATAAAT-GA-ACTTTT
127 CAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAA-GGGTGACTATAAATAGACA-TTTT
* * * *
14858 CTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAA-GGCAAACATTTAATTATAATATATTTTA
190 CTTACCAATGAATGACTTTGTCTTCACG-TTTCCAATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * *
14922 ACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAATTCTATTATGAGATGACAAAACCATTTAAAGCGAG
254 ACAAAAAATATAAAAAAAATT-AACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAAACATTTAAAGCGAG
* **
14986 TAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGA-TGATAAAT-GAACTTTGCTTGCTAATGAATGGCTT-T
318 TAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGATGACT-ATAAATAG-ACTTTGCTTGCTAATG-ATACCTTCT
* ** * * * *
15048 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAA-TGAAAAATGTCAAAAAAT
380 TTCATCATGTTTCCCAAGACAGACAATCAATTATAATCTATTTGAATTG-AAAATATAAAAAAAA
* * * * * *
15112 TTAACTTAAAATCAACTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGATTAACAAGGCTTTT-GAGGAA
444 TCAACTTAAAATCAACTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AACGATTTTCGA--AA
15176 -ATGAGTG
506 CATGAGTG
*
15183 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATG
15210 AATGCTCTCT
Statistics
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513 281 0.63
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Consensus pattern (513 bp):
ACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGGCAGATATTCA
ATTATAATATATTTTATCAAAAAATATAAAAAAAATTAGACTAAAATTAATTATGCGATTACAAA
ACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACATTTTCTTACC
AATGAATGACTTTGTCTTCACGTTTCCAATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA
ATATAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGATGACAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGC
CTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTGCTTGCTAATGATACCTTCTTTCATCATGTT
TCCCAAGACAGACAATCAATTATAATCTATTTGAATTGAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAAT
CAACTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAACGATTTTCGAAACATGAGTG
Found at i:17500 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 169
16928 AGGCCAAGAG
* * * * * * *
16938 TCAATTACAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAGCGTAAAATTATTTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
17003 AAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCG-AGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTG
* * * *
17067 TCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCATTTCCTATGGCAAACAT
129 TCAATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
** * *
17108 TCAATTATAATCTGTTTTAATCGGAAATGTAAAAAAATTCAAGCTAAAACCAATTATGATG-TTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA-GATTA
* * * * * ** * * * *
17172 CAAAACTATTGAAAGTGATTAATAAGGC-TTTGGGGGGATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTT
63 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT
** ** * * * * *
17236 ACCAATGAATACCTTTTTCTTCGCATCTT-CTAAAGTAGAGAA
128 GTCAATGAATAGGTTTTTCTTCACAT-TTCCTAAGGTAAACAT
* *
17278 TCAATTATAAT-TGGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATCT-GTTTTAAC-AAAAATGT-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
17342 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCT
62 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCT
* * * *
17407 TGTCAAAGACTAGGTTTCTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAAACAT
127 TGTCAATGAATAGGTTTTTCTTCACA-TTTCCTAAGGTAAACAT
* * * * ** * * * *
17450 TCAATGACAGTTTGTTTTCCCAAAAAATGTAAATATATTCAGCATAAAATCAATTAGGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
17515 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAATGCATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT
* * * * * * *
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128 GTCAATGAATAG-GTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
* * * * *
17621 TCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAAATT-AGCCTAAAATTAATTATGAGATTG
1 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
**
17685 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAATG-GACTTTTT
63 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATGAG-C-TTTT
* *
17749 CTTGACAATGAAT-GGTTTTATCTTCACATTTCTCATAA--CAAACAT
125 CTTGTCAATGAATAGGTTTT-TCTTCACATTTC-C-TAAGGTAAACAT
* * * * * * *
17794 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAGAATGTAAAAAATTTTAACTTAAAGTTAATTATGATATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
17859 AAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGG-ATGGGCGACTACAAATTGA-CTTTTCT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAA-TGAGCTTTTCT
* ** * * * * *
17922 TG-CTAACGAATATCTTTTTCTTTACATTTTCTGAGGTAGACAA
127 TGTC-AATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
* * *
17965 TCAATTATAATCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
18030 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAGTAAACTTTT-TAT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCT-T
* * * * * ** * *
18094 GCCAATGGAT-GACTTTTGCTTTATGTTTTCTAAGGTAGACAT
128 GTCAATGAATAG-GTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
* * * * * * * * * * * * *
18136 TCAATTATATTATATTTTAATTAGAACTATAAAAAAATTGAACTTAAAATCTACTATGTGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * *
18201 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGAATGGGCTATAAATAAACTTTTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-GACTATAAATGAGCTTTTCTT
* * * *
18266 GCCAATGAAT--GTCTTTTCTTCATATTTTCTGAAGG-AGACAT
128 GTCAATGAATAGGT-TTTTCTTCACATTTCCT-AAGGTAAACAT
* * * *
18307 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATG-TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
18372 AAAACCAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTA
64 AAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT
** *
18437 G-CGAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGTAAACAA
128 GTC-AATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCCTA-AGGTAAACAT
* * * * *
18479 TCAATTACAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTGAGCCTAAAATCAATTAAGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
18544 TAAAACCATTTATAGCGGGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
63 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT
* * * * * *
18609 GTCAATGAAT-GACTCTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACAG
128 GTCAATGAATAG-GTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
* * * * * * * *
18651 TCAATTATAATCTATCTTATCCAACAATGTAAAAAAATTCAGCATAAAATTAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
18716 AAACCCATTCAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGAGACTATAAAT-AGACTTTTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTT
* * * * *
18780 GTCAATGAAT-GACTTTATCTTCACATTT-TTAATGGCAGACAT
128 GTCAATGAATAG-GTTTTTCTTCACATTTCCTAA-GGTAAACAT
* * * *
18822 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * ** * * *
18887 AAAAATATTTAAAGTGATTAACAAAACTTTTGAGGGGATGAGTGACTATAAATG-GACTTTT-TA
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCT-
* * * ** * * *
18950 TGCCAATGAAT-GCCTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
127 TGTCAATGAATAG-GTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
* ** * *
18993 CCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTGTGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAT-GTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
19057 AAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
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19087 CAAAGACTTG
Statistics
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0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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175 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
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TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGTC
AATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAT
Found at i:18222 original size:686 final size:676
Alignment explanation
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Period size: 686 Copynumber: 3.2 Consensus size: 676
16902 NNNNNNNNNN
* * *
16912 TTCTTCATATTTCTTAAGGCCAAGAGTCAATTACAATCTGTTTTATCCAAAAATGT-AAAACAAT
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* * * * * * * *
16976 TCAGCGTAAAATTATTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTC-GAGGCA
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* * * *
17040 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCATTTC-CTATGGCAA
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** * *
17104 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCGGAAATGTAAAAAAATTCAAGCTAAAACCAATTATGATG
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* * * * *
17169 TTACAAAACTATTGAAAGTGATTAATAAGGC-TTTGGGGGGATGAGAGACTATAAATGAACTTTT
255 TTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGGATGGGAGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * *
17233 CTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCGCATCTTCTAAAGTAGAGAATCAATTATAAT-TGGTTTTA
320 CTTGCTAATGAATA-CTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATCT-GTTTTA
* * *
17297 ACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
383 TC-AAAAATATAAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *** * * *
17362 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGTCAA-AGACT-AGGTTTC
446 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGA-TGA-CTTTA
* * * * * ** * * * * *
17425 TCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATGACAGTTTGTTTTCCCAAAAAATGTAAATATATTC
509 TCTTCAAGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATA-TTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTA
* * * * * * *
17490 AGCATAAAATCAATTAGGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAATGCATG
573 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
* *
17555 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
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* *
17595 TTCTTCATATTTCTTAAGGCATATAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAAAT
1 TTCTTCATATTTCTTAAGGCA-ACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * *
17660 TAGCCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
65 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
*
17725 GGGTGACTATAAAATGGACTTTTTCTTGACAATGAAT-GGTTTTATCTTCACATTTCTCATAACA
130 GGGTGACTAT-AAATGGAC-TTTTCTTG-CAATGAATAGGTTTT-TCTTCACATTTCTCATAGCA
* * * *
17789 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAGAATGTAAAAAATTTTAACTTAAAGTTAATTATGAT
191 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAGAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAT
* *
17854 ATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGGATGGGCGACTACAAATTG-ACTT
254 ATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGGATGGGAGACTATAAA-TGAACTT
* * *
17918 TTCTTGCTAACGAATATCTTTTTCTTTACATTTTCTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTT
318 TTCTTGCTAATGAATA-CTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
17983 AGTCAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAG
382 A-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
18048 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAGTAAACTTTT-TATGCCAATGGATGACTTT-T
446 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAAACTTTTCT-TGTCAATGGATGACTTTAT
* * * * * * *
18111 GCTTTATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAATTAGAACTATAAAAAAATTG
510 -CTTCAAGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATATT-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTA
* * * *
18176 AACTTAAAATCTACTATGTGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATG
573 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
* * ** *
18241 AATGGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TT
637 AGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * * * * *
18281 TTCTTCATATTTTCTGAAGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAACAT
1 TTCTTCATA-TTTCTTAAGGCA-ACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAA
* * *
18345 TTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGC
64 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * ** * *
18410 TTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTAGCGAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTA
128 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCTCATA-GCA
* * * * * * *
18474 AACAATCAATTACAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTGAGCCTAAAATCAATTAAGA
191 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAGAATGT-AAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * *
18539 GATTATAAAACCATTTATAGCGGGTAATAAAGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
253 TATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGG-ATGGGAGACTATAAATGAACT
* * * *
18603 TTTCTTG-TCAATGAATGACTCTTTCTTCACA-TTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTAT
317 TTTCTTGCT-AATGAAT-ACTTTTTCTTCACATTTTC-TAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGT
* * * * * * * * *
18666 CTTATCCAACAATGTAAAAAAATTCAGCATAAAATTAATTATGAGATTGTAAACCCATTCAAAGT
379 TTTAT-CAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
18731 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTT
443 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTT
* *
18795 TATCTTCACA-TTTT-TAATGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
507 TATCTTCA-AGTTTTCTAA-GGTAGACATTCAATTAT-ATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * *
18858 ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAAATATTTAAAGTGATTAACAAAACTTTTGAGGG
569 ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-CAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
* *
18923 GATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGCCAATGAATGCCTTT
633 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTT
* * ** *
18967 TTCATCATGTTT-TCTAAGGCAAACAACCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAAT-AAAAAAAA
1 TTCTTCATATTTCT-TAAGGC-AACAGTCAATTATAATCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
19029 ATTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAC
63 ATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * **
19094 TTGAGTGACTATAAGGGGACTTTT
128 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
19118 TATGCTAATG
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 210, Indels: 93
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 2 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (676 bp):
TTCTTCATATTTCTTAAGGCAACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAATT
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCTCATAGCAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAATAAGAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGATATTACAA
AACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGGATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCT
AATGAATACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTATCTTCAAGTTTT
CTAAGGTAGACATTCAATTATATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTACAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
Found at i:18608 original size:857 final size:850
Alignment explanation
Indices: 16912--19087 Score: 2332
Period size: 857 Copynumber: 2.5 Consensus size: 850
16902 NNNNNNNNNN
* * * *
16912 TTCTTCATATTTCTTAAGGCCAAGAGTCAATTACAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAACAATT
1 TTCTTCACATTTCTTAA-GCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAA-AATT
* * * * *
16977 CAGCGTAAAATTATTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAG-GCAT
64 CAGCATAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAT
* * *
17041 GGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCT-CATTTCCTATGGCAA
129 GGGAGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGTCAATGAATA-CTTTTTCTT-TACATTTTCTATGGCAG
** * * * *
17104 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCGGAAATGTAAAAAAATTCAAGCTAAAACCAATTATGATG
191 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT-AAG
* * * * *
17169 -TTACAAAACTATTGAAAGTGATTAATAAGGCTTTGGGGGGATGA-GAGACTATAAATGAACTTT
254 ATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGATTAGGTGACTATAAATGAACTTT
* *** * * * *
17232 TCT-TACCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCGCATCTTCTAAAGTAGAGAATCAATTATAATTGGTTT
319 T-TATGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTAT-ATTTGTTT
*
17295 TAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
381 TAATTAAAAATATAAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
* * *** *
17360 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGTCAAAGACTAGGTTTC
444 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGATAAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAAAGAC-AGGTTTC
* * ** *
17425 TCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATGACAGTTTGTTTTCCCAAAAAATGTAAATATATTC
508 TCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATGACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAATACATTC
* * * * *
17490 AGCATAAAATCAATTAGGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAATGCATG
573 AACATAAAATCAATTAGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATG
* * *
17555 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCATATA
638 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACA
* * * * * * *
17620 GTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAGATGTAAAAAAAATTAGCCTAAAATTAATTATGAGATTG
703 ATCAATTACAATATGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAGCCTAAAATCAATTAAGAGATTA
* *
17685 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAATGGACTTTTTC
768 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAATGAACTTTTTC
* *
17750 TTGACAATGAATG-GTTT
833 TTGACAATGAATGACTCT
* * * *
17767 TATCTTCACATTTCTCATAA-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAGAATGTAAAAAAT
1 T-TCTTCACATTTCT--TAAGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAA-
* * * * * ** *
17831 TTTAACTTAAAGTTAATTATGATATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGAGG
62 TTCAGCATAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGG
* * * *
17896 ATGGGCGACTACAAATTGACTTTTCTTG-CTAACGAATATCTTTTTCTTTACATTTTCTGA-GGT
127 ATGGGAGACTATAAATTGACTTTTCTTGTC-AATGAATA-CTTTTTCTTTACATTTTCT-ATGGC
* *
17959 AGACAATCAATTATAATCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATAA
189 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
* * *** * * * * *
18024 GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAGTAAACTT
253 GATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGATTAGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * *
18089 TTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTT
318 TTTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATATT-TGTTTT
* * * * * * *
18154 AATTAGAACTATAAAAAAATTGAACTTAAAATCTACTATGTGATTACAAAACTATTTAAAGTGAG
382 AATTAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
18219 TAATAACGCTTTTGAAGGAATGAATGG-G-CTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGA-ATGTCTT
446 TAATAAGGCTTTCGAAGG-AT-AA-GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAAAGACAGGT-TT
* * ** * * *
18281 TTCTTCATATTTTCTGAAGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAA-ACA
507 CTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATGACAATCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAATACA
* * * * *
18344 TTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGG
570 TTCAACATAAAATCAATTAGAAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
* * * * *
18409 CTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTAG-CGAATGAAT-AGGTTTTTCTTCATGTTTC-TAGAG
634 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC-AATGAATGA-CTTTTTCTTCATATTTCTTA-AG
*
18471 GTAAACAATCAATTACAATATGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAAAATTGAGCCTAAAATCAATT
696 GCAAACAATCAATTACAATATGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAAATT-AGCCTAAAATCAATT
* * **
18535 AAGAGATTATAAAACCATTTATAGCGGGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATG
759 AAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAATG
*
18599 AAC-TTTTCTTGTCAATGAATGACTCT
824 AACTTTTTCTTGACAATGAATGACTCT
* * * *
18625 TTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTATCTTATCCAACAATGTAAAAAAATT
1 TTCTTCACATTTCTTAA-GCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGT-AAAAAATT
* * *
18690 CAGCATAAAATTAATTATGAGATTGTAAACCCATTCAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGA-AGGCA
64 CAGCATAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGG-A
* * * *
18754 TGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTATCTTCACATTTT-TAATGGCAG
128 TGGGAGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTTTTCTTTACATTTTCT-ATGGCAG
* * * *
18818 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
191 ACATTCAATTATAATCTGTTTTATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGA
* * * ** * *
18883 TTAGAAAAATATTTAAAGTGATTAACAAAACTTTTGAGGGGATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
255 TTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGA-GGGATTAGGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * *
18947 TTATGCCAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGCAAACAACCAATTATAATCTGTTTTA
319 TTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTAT-ATTTGTTTTA
* * * * *
19012 ATCAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTA
383 ATTAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA
19077 ATAAGGCTTTC
448 ATAAGGCTTTC
19088 AAAGACTTGA
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 203, Indels: 75
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
855 6 0.01
856 157 0.15
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858 252 0.23
859 71 0.07
860 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (850 bp):
TTCTTCACATTTCTTAAGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAATTCA
GCATAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGATGG
GAGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTCTTTACATTTTCTATGGCAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTACAA
AACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGATTAGGTGACTATAAATGAACTTTTTATGCC
AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATATTTGTTTTAATTAAAAA
TATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCGAAGGATAAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAAAGACAGGTTTCTCTTCAAGTTTCC
CAAGGTAAACATTCAATGACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAATACATTCAACATAAAATCAA
TTAGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACAATCAATTACAATA
TGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAGCCTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAATGAACTTTTTCTTGACAATGAATG
ACTCT
Found at i:19874 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19308--20974 Score: 1373
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
19298 TTTTTGATGC
* * * * *
19308 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA--AAAAATATACAAAAAAATTCAACTTTAAATCTATTAT
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
19371 GAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGAAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
19436 TTTTCTTAT--CAATGAAGGGCTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGT
129 -TTT-TTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * *
19479 AGACATTCAATTATATTCTATTTGAAT-GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
19543 GATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAACAAGGCTCTT-GAGAGG-ATGGGTGACTACAAATAGAC
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTCGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGA-
* * * * * * **
19606 CATTCT-TGACAACGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGAC
128 CTTTTTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * * * *
19648 AGATAATAAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
19713 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* *
19778 TTTATGCCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGT
131 TTTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * * *
19819 AGATATTCAATTACATTATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
19884 GATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACT
66 GATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * ** *
19949 TCTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGC
130 TTTTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * *
19991 AGACATTCGATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** *
20056 GATTATAAAACCTTTTAAAATGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * ***
20121 TTCAT-CCTAATGAATG-GGTTTTCTTCACGTTTTGGAA-GT
131 TTTATGCC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * ** * * * * *
20160 AAACATTCAATTACAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTACTTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * *
20225 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAGCCATT-GGTGAAAATAATTAGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** **
20289 TTTCT-TGTCAATGAAT-AGCTTTCTCTTCATGTTTCTTAAGAC
130 TTT-TATGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * * *
20331 AGACAGTCAATTATAAT-T-TTTTAAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTACAATCAGTTATG
1 AGACATTCAATTATAATATATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * ** *
20393 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTTTGAATGATTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * **
20458 TCTTATGCTAATGGCTAACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGT
130 TTTTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * * * * *
20500 AAACATTCAATTATAAGACATTTTAATCAGAAATATAAAAAACTTCAAC-TAAAATCTATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
20564 GATTATAAAATCAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGG-GT
66 GATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
20628 TTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGT
130 TTTT-ATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * * * *
20671 AAACAATCAATTACAATAT-TTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTAAG
1 AGACATTCAATTATAATATATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** **
20735 AGATTATAAATCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-
* * * *
20800 TTTCTTAT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGC
129 TTT-TTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * * * * * *
20842 AGACATTCAAGTGTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
20907 GATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGATTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
20972 TTT
131 TTT
20975 TTCAATGAAT
Statistics
Matches: 1198, Mismatches: 264, Indels: 70
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 278 0.23
170 256 0.21
171 478 0.40
172 176 0.15
173 4 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
TTTATGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
Found at i:21013 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 20842--21112 Score: 404
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
20832 TTCTCAAGGC
* *
20842 AGACATTCAAGTGTAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAGAA-ATTCAACCTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAAGTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAA-AACATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * *
20905 -AAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGA
64 GAA-ATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGA
20969 TTTTTTTTCAATGAATGGT
128 TTTTTTTTCAATGAATGGT
*
20988 AGACATTCAAGTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAAGTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * *
21053 AATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAATA
66 AATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATA
21113 AACTTTTTCT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 10, Indels: 6
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
145 2 0.02
146 107 0.96
147 3 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (146 bp):
AGACATTCAAGTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
AATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGATTT
TTTTTCAATGAATGGT
Found at i:21813 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 21568--21941 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
21558 TTTGCGGGGA
* * *
21568 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAGTACTTTTTTCTTCACATTTTCCAAGTCAGG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAGTACTTTTTGCTTCACATTTCCCAAGTCAGA
* *
21633 CAATCAATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATAAGA
66 CAATCAATTAT-ATTATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATAAGA
* *
21697 TTATAAAA-CTATCTACAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGC-T
130 TTATAAAACCAATCTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAAGCTT
* * * *
21739 TGGGTGACTTTAAGTGGACTTTT-TATGCCAATG-GATGAC-TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGT
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAACGAG-T-ACTTTTTGCTTCACATTTCCCAA-GT
* * * * * * *
21801 -AGACATTCAATTATATTATATGTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATG
62 CAGACAATCAATTATATTATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATA
*
21865 AGATTATAAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTCGAAAGCTT
127 AGATTATAAAACCAATCTAAAGCAAGTAATAAGCTTTCGAAAGCTT
* *
21911 TGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTGCCAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
21942 ATACTAGGTT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 23, Indels: 15
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
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173 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAGTACTTTTTGCTTCACATTTCCCAAGTCAGA
CAATCAATTATATTATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATAAGAT
TATAAAACCAATCTAAAGCAAGTAATAAGCTTTCGAAAGCTT
Found at i:23353 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22676--24096 Score: 1249
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
22666 NNNNNNNNNN
* * * * *
22676 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
22741 ATAAATGAACTTTTTATGCCAATGGATAACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGAAAACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATT
* * * *
22806 ATATTATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATGT-ATCTTAA
130 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACCTAA
** * * * *
22847 AATCAATTATTTGATTATGAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCATCGGCTTG-GATG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGAG-TG
* * * *
22910 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTCTCCTCAAGTTT-CCGAGGTAAACATTC
63 ACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTCT--TCATGTTTCCCAAGGTAAACATTC
* * * * *
22973 AATGACAATTTATGTTT-ACCAAAAATGCAAAAATATTCAACCTAA
126 AATTATAATATAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
** *
23018 AATCAATTCGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG-GATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGAC
* * * * * ** * *
23082 TAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATGTCTTAAGATAAACAGTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAT
* * *
23146 TATAATCTATTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAA
129 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * *
23188 AATTAATCATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAGGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* ** ** * * *
23253 ATAGA-GAGACTTTTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCCATGGCAGACATTCAAT
66 ATAAATG-GACTTTTTTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAT
** * *
23317 TATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAAGCTAA
129 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * * *
23359 AATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGC-TTTG-GGGGATGAGAGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
23422 ATAAATGGACTTTTTTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTCTT-CCTAGGTAGACAATCAAT
66 ATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGT-TTCCCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * *
23486 TATAATTTGTTTTAACGAAAAATATAAAAACAATT-AACTTAA
129 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAA
* ** * *
23528 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * *
23593 ATAAGTGGACTTTTTATGCCAAAGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
23658 ATAGTATATTTTAATCAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAA
130 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * *
23699 GATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGAGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * ***
23764 TATAAATAGG-CCTTTCTTGCCAAGGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
65 TATAAAT-GGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAT
* * *
23828 TACAATCTATTTTTACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAA
129 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * * *
23869 AATGACTTATGAGATTATAAAAACATTT-AAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* ** * * *
23933 ATAATTGGACTTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-TATCAA
66 ATAAATGGAC-TTTTTTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAT-TCAA
* * * *
23997 TTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TAAACCTAA
128 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
** * * * *
24039 AATCAATTATGAGATCGTAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCATG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
24097 GTTGACAATG
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 208, Indels: 64
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 35 0.03
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170 274 0.27
171 400 0.40
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTA
TAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
Found at i:23488 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 22676--28988 Score: 2291
Period size: 340 Copynumber: 18.7 Consensus size: 335
22666 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
22676 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * ** * * * * *
22741 ATAAATGAACTTTTTATGCCAATGGATAACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGAAAACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTT-T-TCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTT-CCTAGGTAGACAATCAATT
* * * * * * ** *
22806 ATATTATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATGT-ATCTTAAAATCAATTATTTGATTATGAAAC
126 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * **
22870 CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCATCGGCTTG-GATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
189 C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGAG-TGACTATAAGT-GACTTTTTTTATC
* * * * * **
22933 AATGAAT-G-TTTTTCTCCTCA-AGTTTC-CGAGGTAAACATTCAATGACAATTTATGTTT-ACC
250 AATGAATGGCTTTTTCT--TCACA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATAT-TTTAATA
** *
22993 AAAAATGCAAAAATATTCAACCTAA
311 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
** * *
23018 AATCAATTCGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG-GATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGA-GAC
* * * * * *
23082 TAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATGTCTTAAGATAAACAGTCAAT
64 TATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AGGTAGACAATCAAT
* * * * * * * *
23146 TATAATCTATTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATTAATCATAAGATTGTAAAAC
125 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * * *
23211 CATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAGGGCATGAGTGACTATAGAGAGACTTTTTTTATCAAT
189 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA-AGTGACTTTTTTTATCAAT
* * * * *
23276 GAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATA
253 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATA
*
23341 TAAAAAAATTCAAGCTAA
318 TAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *
23359 AATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTG-GGGGATGAGAGACTA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGAGAGACTA
23423 TAAATGGACTTTTTTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTCTTCCTAGGTAGACAATCAATTA
66 TAAATGGACTTTTTTT-C-AATGAATGCTTTTTT-TTCATGT-TTCCTAGGTAGACAATCAATTA
* * *
23488 TAATTTGTTTTAACGAAAAATATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
127 TAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * ** *
23552 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTATGCCAAAG
190 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GACTTTTTTTATCAATG
* * * * * * *
23617 GATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATGT
254 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT
* * *
23682 CAAAAAATTTAACTTAA
319 AAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *
23699 GATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGAGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGAGAC
* ** * * * * * *
23764 TATAAATAGGCCTTTCTTGCCAAGGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
64 TATAAAT-GGACTTT-TTTTCAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AGGTAGACAATCAATT
* * * * * * * *
23829 ACAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATGACTTATGAGATTATAAAAACA
126 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
23894 TTT-AAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTGACAATAATTGGACTTTTTTTTATCAATG
191 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GAC-TTTTTTTATCAATG
* ** * *
23958 AATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-TATCAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAAT
254 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAT-TCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAT
* *
24021 GTAAAAAAA-TAAACCTAA
317 ATAAAAAAATTCAACCTAA
** * * *
24039 AATCAATTATGAGATCGTAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCAT--G-G---
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * *
24098 -T---T-GA--------CAATG---GCTTTGTTTTCACGTTTCCCTAAGCATA-AAGTCAATTAT
65 ATAAATGGACTTTTTTTCAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTT-CCTAGGTAGACAA-TCAATTAT
* *
24146 AATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
128 AATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
24211 TTAAAATTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAGTATAAGTGAAC--TTTTAATGC--T-A
192 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTG-ACTTTTTTTAT-CAATGA
* * **
24271 ATGGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT
255 ATGG-CTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT
* **
24336 AAAAAAATTTAATTTAA
319 AAAAAAATTCAACCTAA
* ** * * *
24353 AATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACACTTGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGAC
* * * * * * * * *
24418 TATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCAGGTTTTTCAAGATAGACACTTAAT
64 TATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATG-CTTTTTTTTCATG-TTTCCTAGGTAGACAATCAAT
* * * * *
24483 TATGATCTGTTTTAACCAAAAATACAAGAAACTTCAGCATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
125 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** * * * * * **
24548 CATCTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAT
189 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT-AAGTGACTTTTTTTATCAAT
* * * * * *
24613 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATA
253 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATA
*
24678 TAAAAAAATTCAACTTAA
318 TAAAAAAATTCAACCTAA
* * * *
24696 AATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * ** *
24761 ATTAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTTTTCACGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTT-TTTC-AATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AGGTAGACAATCAATT
* ** * * * *
24825 ATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATAACAAAACCA
126 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** * * * *
24890 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAGTAACG-GATGACTATAAATCGACTTTTCTTGTCAATG
191 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAGT-GACTTTTTTTATCAATG
* * * ** * * *
24954 AATGGCTTTTTCCTCATATTTC-CTAAGATAGACATTTGATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA
254 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATA
* * *
25018 TTAAACAATTTAACCTAA
318 TAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * * * *
25036 AATCAATTATAAGGTTACAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * * * *
25101 ATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGCTGTACA--TTTCTTAAGGTAGATAGTCAA
65 ATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATG-CTTTT--TTTTCATGTTTCCT-AGGTAGACAATCAA
** * * * * * * * *
25164 TTATAATAAGTTTTATCCAAAAATATAAGCAAATTTAGCCTAAAATCACTAATGAGATTGTAAAA
124 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * ******************* * *
25229 GCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTCTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTGTCAA
188 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GACTTTTTTTATCAA
* * ** * ** *
25294 TGAATGGC---CTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACAATT-AATTATAACCTATTTTAATGAAAAA
252 TGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA
** *
25355 TGCAAGAAAATTCAACCTAA
316 TATAAAAAAATTCAACCTAA
* * ********** * *
25375 AATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * * * * *
25440 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAAG-TCTTTTCTTAATATTTCACAAGGTAAACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTT-TT-TCAATG-AATGCT-TTTTTTTCATGTTTC-CTAGGTAGACAATCAAT
* ** * *
25504 TATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
125 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** * * *
25569 CA-TTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAAGTAAC--TTTTTATGCTA
189 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT-AAGTGACTTTTTTTAT-C-A
* * * ** * * * * *
25631 ATGGATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAGCCATTCAATTATAAAATATTTTAATCACAAA
251 ATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA
*
25696 TAT-AAAAAATTCAACTTAA
316 TATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * *
25715 AATCAATTATGAGATTTTAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTG-GATGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGA-GA
* * * * * *
25779 CTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACACTTAA
63 CTATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTC-CTAGGTAGACAATCAA
* * *
25844 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNN
124 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-------
***********************************************************
25909 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
181 ------TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGAC
********************************************************** * *
25974 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTTTT
240 TTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
* * * *
26039 TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAA
305 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
** * * * *
26070 AATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTT--A--GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * * *
26131 ATAAATGAACTTTTTTTATCAATGAATGACTTTCTTTTCATGCTTTTCGAGGTAGATATTCAATT
65 ATAAATGGAC-TTTTTT-TCAATGAATG-CTTTTTTTTCATG-TTTCCTAGGTAGACAATCAATT
* * *
26196 ATAATCTATTTTAA-TAAAAAGTATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
126 ATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * **
26260 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-AGGTAACTATAAATGGA-TGTTTCTTGCCA
189 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAGT-GACT-TTTTTTATCA
* * * * ** *
26323 ATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTCCT-GAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAA
251 ATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA
* * *
26387 TGTGAAAAAAGTCAA-CTAAA
316 TATAAAAAAATTCAACCT-AA
* ** * * ** **
26407 AATCAATTATAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAATACGGCTTTCGAATGTTTGACTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGAGAC
* * * ** * * *
26471 TATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTT--TTTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATG-TTTCCTAGGTAGACAATCAAT
* * * *** *
26536 TACAATATATTTTCTTCAAAAA-AGTAAAAAATTACAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
125 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
26600 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCTTG-GATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAT-
188 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAGT-GACTTTT-TTTATC
* * ** * * * * *
26663 AATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTGAATCAAAA
250 AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
* *
26728 ATGT-AAACAATTCAACCT-A
315 ATATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * *
26747 AA-C------------------C-ATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* ** * * * ** * * * *
26792 ATAATTGGACTTTGCTTGTCAATGAAT-ATCT-TTTTTTTCACGTTTCTCAAGGC-AGATA-ATC
65 ATAAATGGAC--T--TT-T-TTTCAATGA-ATGCTTTTTTTTCATGTTTC----CTAGGTAGA-C
* * * * * * * * * * * *
26853 CAT-TATAAT-TTGT-TTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
118 AATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
26914 ATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTCGAAGACATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTTT
182 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GACTTTTTT
* * * **
26979 T-TCAATAAAT-G------------A-----C-----AGACATTCAATCATAATATCTTTTAACC
246 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATA
* *
27020 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
311 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * *
27045 AATCATTTATGAGATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGACT
* * * * * * *
27110 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAGT
65 ATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATGCTTTTTT-TTCATGTTTC-CTAGGTAGACAATCAATT
* * * * ** * *
27175 ATAATCTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATTTATTATAAGATTACAAAACC
126 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * *
27240 ATTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGTCAATG
190 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GACTTTTTTTATCAATG
* * * * * * * * * * *
27305 AATGTCTTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGGCAAATAATCAATTGTAATCTGTTTGAACT-AAAAAT
254 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAT
* * *
27368 ATTAAAAAA-TAAACTTAA
317 ATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * *
27386 AATCAAGTGTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGAGACT
** * * ** * * * ** *
27451 ATAGGTTGACTTTTTATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACTTTTAATT
65 ATAAATGGACTTTTT-T-TCAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTC-CTAGGTAGACAATCAATT
* * * * * *
27516 ATAATATTTTTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACC
126 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * * * * * *
27581 AATTTAAAGCGAGTAATAA-AATTGTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTCTGAA
190 -ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GACTTTTTTTATCAA
* * * * * * * * * *
27645 TGAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAAGCAGACAATCAGTTATAATATGTTTT-ATCCAAAAG
252 TGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAA
27709 TATAAAAAAATTCAACCTAA
316 TATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * *
27729 ATTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCA-AC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAG-AGAC
* * * * * * * * *
27793 TATAAATGGACTTTCCTTATCAATAAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCCATGATAGACATTCAAC
64 TATAAATGGACTTT--TTTTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCTA-GGTAGACAATCAAT
* * * * **
27858 TATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAA
125 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
27923 CCCTTTAAACTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCA
188 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAGTG-ACTTTTTTTATCA
* * * * ** ** * * * *
27987 ATGAAT-ACCTTTTCTTTCATATTTTTTGAGACAAAAATTCAATTATAAT-TGTTTTAAGAAAAA
251 ATGAATGGCTTTTTC-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
*
28050 A-ATTAAAAAAATTCAACTTAA
315 ATA-TAAAAAAATTCAACCTAA
* *
28071 AATCAA-T-TGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AG-GCAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAG--A
* * * * * * ** *
28132 CTATAAATGAACTTTCCTTGTCAATAAATAG-TTTTGTCTTCATATTTCCCATGACAGACATTCA
63 CTATAAATGGACTTT--TTTTCAATGAAT-GCTTTT-TTTTCATGTTTCCTA-GGTAGACAATCA
* * * * * * **
28196 ACTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTATGAGATTACGAA
123 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
28261 ACTC-TTTAAATTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGTC
187 AC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTG-ACTTTTTTTATC
* * * * ** * * *
28325 CATGAATGCCTTTTT-TTTACATTTTTCAATATAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACAAACA
250 AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
* **
28388 ATTTAAAAAAATTCAAGTTAA
315 ATATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *
28409 ACTCAATTA--AGATTACAAAACCATTTATA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGAGAGAC
** * * * * *
28471 TATAAATGGACTTTGCTTCCCAATAAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAGTCAAT
64 TATAAATGGACTTT--TTTTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AGGTAGACAATCAAT
* * ** *
28536 TATAATTTTTTTTAATGAAACATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
125 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * ** * **
28601 CATTTAAACCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAA
189 CATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GACTTTTTTTATCAA
* * * *
28665 T-AGATGGCTTTCAT-TTCACGTTTC-CTAAGGCAGACACTT-AATTAGAATATATTTTAATCAA
252 TGA-ATGGCTTT-TTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAAT-AA
* * *
28726 AAAA-GTAAAACAATTCAACTTAA
312 AAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * *
28749 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGA-T
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGAGAGACT
* * * * * *
28813 CATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACAT-TTTCCAAGGTAAACATTCAA
65 -ATAAATGGACTTTTTTT--CAATGAAT-GCTTTTT-TT-TCATGTTTCCTAGGTAGACAATCAA
* * * *** * *
28877 TTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTGCTTATGGGAATATAAAA
124 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*** * * *
28942 TTGTTTAAAGCGAGTAAT-AGGACTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAA
188 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAA
28989 ATGGACTTCT
Statistics
Matches: 4464, Mismatches: 1215, Indels: 584
0.71 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
296 30 0.01
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TTCAACCTAA
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * ** ** * * *
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191 AC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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128 TATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * ** * * *
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192 C-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-C-
* * *
23442 AATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTCTTCCTAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACGAAA
254 AATGAATGGC-TTTTTCTTCATGT-TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAA
* * *
23506 AATATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
317 AATGT-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
23570 GGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCCAAAGGATGACTTTTGCTTCAC
380 AGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAA-TGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
* * * * *
23634 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAA
443 ATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
23699 GATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGAGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAC
* * * * * ** *
23764 TATAAATAGGCCTTTCTTGCCAAGGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
65 TATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * ** * * *
23829 ACAATCTATTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATGACTTATGAGATTATAAAAACA
129 ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
* * * * * *
23894 TTT-AAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTGACAATAATTGGACTTTTTTTTATCAATG
194 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATG
*
23958 AATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-TATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATG
258 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACAT-TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATG
* * ** * * *
24022 TAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTATGAGATCGTAAAACTATTTAAAGCAAATAAT-AAGACTT
321 TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTT
* * * * *
24086 TTGAAGGCATG-GTTGAC---AATGG-C-TTTGTT-----T---TCAC---GT-TTC-C----CT
385 TTAAAGGCTTGAG-TGACTATAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCT
* * * *
24128 -AAGCATA-A-AGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAA
449 CAAG-GTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
*** *
24185 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAGT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
* ** * * * **
24250 ATAAGTGAACTTTTAATGCTAATGGA--CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAATAGACATTCAATTA
66 ATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * **
24313 TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACT
130 TAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-
** *
24377 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACA-CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAA
193 -ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * * * *
24441 TAAATGACTTTTTCTTCAGGTTTTTCAAGATAGACACTT-AATTATGATCTGTTTTAACCAAAAA
256 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA
** * * * * * *
24505 TACAAGAAACTTCAGCATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAAAC
319 TGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
* * *
24570 TTTTAAAGGAATT-AGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATT
383 TTTTAAAGG-CTTGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATT
* * * * * *
24634 TCTCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
446 TCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
* * * **
24696 AATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
* * * *
24761 ATTAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
24825 ATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATAACAAAACCA
129 ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
* * * *
24890 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTG-AAGTAACGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTGTCAATG
194 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * * ** *
24954 AATGGCTTTTTCCTCATATTTCCTAAGATAGACATTTGATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATA
258 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAAT-
* * * * * * * * *
25018 TTAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGGTTACAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAAGCTT
320 GTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT
* * * * *
25083 TTGAAGG-TATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGCTGT-ACATTT
385 TTAAAGGCT-TGAGTGACTA-TAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT-TCACATTT
* * * * * *
25146 CTTAAGGTAGATAGTCAATTATAATA-AGTTTT-ATCCAAAAATATAAGCAAATTTAGCCTAA
447 CTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATA-TTTTAAT-CAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAA
* * * * * * **************
25207 AATCACTAATGAGATTGTAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTCTTGANNNNNNNNNNNNNN
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
***** * * ** *
25272 NNNNNTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC---CTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACAATT-AAT
66 ATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAAT
* * ** * *
25333 TATAACCTATTTTAATGAAAAATGCAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAC
128 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
********** * * *
25398 CATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
192 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
** * * *
25463 GAAAAG-TCTTTTCTTAATATTTCACAAGGTAAACATTCAATTAT-ATTCTGTTTTAA-TAAAAA
257 GAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATT-TGTTTTAACT-AAAA
* * *
25525 ATGTAAAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTGAAGTGAGTAATAAGG
318 ATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG
* * * * * * * **
25589 CTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAAGTAACTTTT-TATGCTAATGGATGACTTTTTCTTTATGT
382 CTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAATG-GACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT
* * * * *
25653 TTCTCAAGGAAGCCATTCAATTATAAAATATTTTAATCACAAATATAAAAAATTCAACTTAA
445 TTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
* * **
25715 AATCAATTATGAGATTTTAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTG-GATGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGA
* ** *
25779 CTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACACTT-A
64 CTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCA
* * *
25843 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNN
126 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT------
**********************************************************
25908 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
184 -------TATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGG
***********************************************************
25973 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTT-
242 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTG
* * **
26037 TTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTT--A
306 TTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * **
26099 --GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTATCAATGAATGACT
369 GCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT
* * * *
26162 TTCTT-TTCATGC-TTT-TCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAGTATAAA
433 TT-TTCTTCA--CATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-TATAAA
26223 AATATTCAACTTAA
494 AA-ATTCAACTTAA
* * * ** *
26237 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-AGGTAAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGAC
* * * **
26301 TATAAATGGA-TGTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTCCT-GAGACAGACATTCAA
65 TATAAAT-GACT-TTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
26364 TTATAATATATTTTAATGAAAAATGTGAAAAAAGTCAA-CTAAAAATCAATTATAAGATTATAAA
127 TTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * ** ** * * *
26428 ATCATTTAAAGTAAGTAATACGGCTTTCGAATGTTTGACTGACTATAAATAGACTTTTCATATCA
190 AACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * * *
26493 ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTACAATATATTTT--CTTCAAA
255 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-T-AAA
* ** * *
26556 AAAGTAAAAAATTACAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
317 AATGTAAAAAATT-CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
* * ** **
26621 GCTTTGGAAA-GCTTG-GATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGATAATGAATGGGTTTTTCTTCAC
381 GCTTT-TAAAGGCTTGAG-TGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
* ** * * * * * * *
26684 GTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTGAATCAAAAATGTAAACAATTCAAC----
443 ATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
26744 ---C-------------T-AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * * * * *
26792 ATAATTGGACTTTGCTTGTCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGATAATCCATT
66 ATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * ** * *
26857 ATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAAC
129 ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC
* * * * *
26921 AATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTCG-AAGACATGGGTGACTGTAAATGGACTTTT-TTTTCAA
193 -ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * *
26984 T-AA-------------ATG------A--CAGACATTCAATCATAATATCTTTTAACCAAAAATG
256 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATG
* * * * * **
27027 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATATGGCTT
321 T-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT
* ** * * * *
27092 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCT
385 TTAAAGGCTTGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCT
* * * * *
27157 CAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAA
449 CAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * * * ** *
27216 AATTTATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTTGAGGGGATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * * *
27281 ATAAATGGACTTGTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGGCAAATAATCAAT
66 ATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * * *
27345 TGTAATCTGTTTGAACT-AAAAATATTAAAAAA-TAAACTTAAAATCAAGTGTAAGATTATAAAA
128 TATAATCTATTTTAA-TAAAAAATA-TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** * ** *
27408 CCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAGGTTGACTTTT-TATGTCA
191 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCA
* * * * * * * *
27472 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACTTTTAATTATAATATT-TTTTAA-TCAGA
255 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACT-AAA
* *
27535 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAA
317 AATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** * * * *
27600 A-ATTGTCGAAA-GCTTGGGTGACTATAAATAAACTTTT-TTTCTGAATGAATGGCTTTTGCTTC
380 AGCTT-T-TAAAGGCTTGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * * * * * * *
27662 ATATTTCTTAAAGCAGACAATCAGTTATAATATGTTTT-ATCCAAAAGTATAAAAAAATTCAACC
441 ACATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAAT-CAAAAATAT-AAAAAATTCAACT
27726 TAA
504 TAA
* * * * * **
27729 ATTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
* ** * * * * * *
27794 ATAAATGGACTTTCCTTATCAATAAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCCATGATAGACATTCAACT
66 ATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * **
27859 ATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAA
129 ATAATCTATTTTAA-TAAAAAATAT-AAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
27923 CCCTTTAAACTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAA
191 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * *** ** * * **
27988 TGAAT-ACCTTTTCTTTCATATTTTTTGAGACAAAAATTCAATTATAA-TTGTTTTAAGAAAAAA
256 TGAATGGCTTTTTC-TTCAT-GTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CTAAAA
* * *
28051 AT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T-TGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
318 ATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG
* * * * * * * *
28113 CTTTTGAAGGCAT-AG-GCAACTATAAATGAACTTTCCTTGTCAATAAAT-AGTTTTGTCTTCAT
382 CTTTTAAAGGCTTGAGTG--ACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT-TCTTCAC
* * ** * * * * * *
28175 ATTTCCCATGACAGACATTCAACTATAATCA-GTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAAATCATCTT
443 ATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAAT-ATATTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTT
28238 AA
505 AA
** *** * ** * *
28240 AATCAATTATGAGATTACGAAACTC-TTTAAATTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAC
* * * **
28304 TATAAATGAACTTTTCTTGTCC-ATGAATGCCTTTTT-TTTACATTTTTCAATATAGACATTCAA
65 TATAAATG-ACTTTTCTTG-CCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * ** * *
28367 TTATAAT-TTTTTTAACAAACAATTTAAAAAAATTCAAGTTAAACTCAATTA--AGATTACAAAA
127 TTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * **
28429 CCATTTATACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTCCCAA
191 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * *
28494 TAAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAGTCAATTATAATTTTTTTTAA-TGAAACA
256 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAA
* * * * *
28558 TATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCTAGTAATAAGGC
319 TGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
* * * ** * * *
28623 TTTTGAAA-GTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTCAT-TTCACG
383 TTTT-AAAGGCTTGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTT-TTCTTCACA
* * * *
28685 TTTC-CTAAGGCAGACACTTAATTAGAATATATTTTAATCAAAAA-AGTAAAACAATTCAACTTA
444 TTTCTC-AAGGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-TAAAA-AATTCAACTTA
28748 A
506 A
** *
28749 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGA-T
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * *
28813 CATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGTAAACATTCAA
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*** * * * ** * *
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190 AACATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
*
29005 AATGAA-GGGTTTTT
254 AATGAATGGCTTTTT
29019 GTCCATATTT
Statistics
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AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
GGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
GCTTGAGTGACTATAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTA
GACAGTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:24625 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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24128 AAGCATAAAG
* ** * **
24138 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * **
24203 AAAACCATTTAAAATTAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGAGTATAAGTGAACTTTTAAT
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* **
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* * * * **
24306 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
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66 AAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
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* ** * * * *
24479 T-AATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATACAAGAAACTTCAGCATAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
24543 AAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTAAAGGAATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
24608 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAATAT
131 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * *
24649 TCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
24714 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATTAATGAACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
24779 -CTAATGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTTTTAAGGTAGACAT
131 TC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * *
24819 TCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATAAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** *
24883 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAGTAA-CGGATGACTATAAATCGACTTTTCTT
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** *
24947 GTCAATGAATGGCTTTTTCCTCATATTTC-CTAAGATAGACAT
130 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACAT
** * * * * *
24989 TTGATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATTAA-ACAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGGTTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *** * * ** * *
25053 CAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
25118 GTCAATGAATGACTTTTGCTGT-ACATTTCTTAAGGTAGATAG
130 GTCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
** * * * * * * *
25160 TCAATTATAATAAGTTTT-ATCCAAAAATATAAGCAAATTTAGCCTAAAATCACTAATGAGATTG
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *******************
25224 TAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTCTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** *
25289 GTCAATGAATGGC---CTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACAAT
130 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC-AT
* * * ** *
25329 T-AATTATAACCTATTTTAATGAAAAATGCAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** *
25393 AAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * ** * *
25458 CCAATGAAAAG-TCTTTTCTTAATATTTCACAAGGTAAACAT
131 TCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* *
25499 TCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAA-AGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * *
25563 TAAAACCA-TTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTAAGTGACTATAAA-GTAACTTTT-
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-AGTGACTATAAATG-GACTTTTC
* * * * * *
25624 TATG-CTAATGGATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAGCCAT
128 T-TGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
** * * * * *
25669 TCAATTATAAAATATTTTAATCACAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * *
25733 AAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGG-CTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCT
66 AAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
25797 TATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACACT
129 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-T
* *
25841 T-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
25902 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1263, Mismatches: 291, Indels: 80
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
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170 192 0.15
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173 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
Found at i:24907 original size:826 final size:825
Alignment explanation
Indices: 22676--24917 Score: 1987
Period size: 826 Copynumber: 2.7 Consensus size: 825
22666 NNNNNNNNNN
* * * * ** * *
22676 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
* * * * * * * *
22741 ATAAATGAACTTTTTATGCCAATGGATAACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGA-AAACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTTATGCCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGATAGACATTCAAT
* * * * ** *
22805 TATATTATATTTTAATCAAAAATGTA-AAAAAATGT-ATCTTAAAATCAATTATTTGATTATGAA
130 TATAGTATATTTTAACCAAAAATG-ACAAAAAAT-TCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ** ** * * * *
22868 ACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-ATCGGCTTG-GATGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
193 ACCAATCTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCGA-AAGATTGAGA-GACTATAAATAGACCTTTCTTG
* * * * *
22931 CCAATGAAT-GTTTTTCTCCTCA-AGTTTC-CGAGGTAAACATTCAATGACAATTTATGTT-TAC
256 CCAAGGAATGGTTTTTCT--TCACA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTAT-TTCAAC
* ** ** * *
22992 CAAAAATGCAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTCGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
317 AAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT-AAGTGAGTAA
* * * * *
23057 TAAAGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTATAA-TGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTTT
380 TAAAGCTTTTGAAAGAATGAG-TGACAATAATTGAACTTTTCTTGATCAATGAATGGCTTTTTGT
** * * * * * * * * * * *
23119 TCATATGTCTTAAGATAAAC-AGTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAA
444 TCACGTTTCTCAAGGTAGACTA-TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATAAA
* * * *** ** * *
23183 CCTAAAATTAATCATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAGGGCATGAG
507 CCTAAAATCAATTATGAGATAACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTCTT----G-A--AG
* * * * *
23248 TGACTATAGAGAGACTTTTTTTATCAATGAATAGCTTT-TTCTTCACATTTCCC-ATGGCAGACA
565 -G-C-AT---G-G------TTGA-CAATG----GCTTTGTT-TTCACGTTTCCCTA-AGCATAAA
* ** * *
23311 TTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAAGCTAAAATTAATTATGAGATTA
610 GTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * **
23376 CAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTGGGGGATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTAC
675 CAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGAGGCATGAGAGACTATAAATGAACTTTTAATAC
* * * ** * * *
23441 TAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTCTTCCTAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACGAAA
740 TAATGAA-GCTTTTTGCTTCACGTCTTCCAAAATAGACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAA
23506 AATATAAAAACAATTAACTTAA
804 AATATAAAAACAATTAACTTAA
23528 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
* * *
23593 ATAAGTGGACTTTTTATGCCAAAGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTTATGCCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATT
* * * * *
23658 ATAGTATATTTTAATCAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACC
131 ATAGTATATTTTAACCAAAAATGACAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * *
23723 AATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGAGATTATAAATAGGCCTTTCTTGCCAAG
196 AATCTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCGAAAGATTGAGAGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAAG
** ** ** * *
23788 GAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTTACCAAAAATGT
261 GAATGGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTCAACAAAAAATAT
* *
23853 AAAAAATTCAACCTAAAATGACTTATGAGATTATAAAAACATTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
326 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
* * * * * *
23918 AAAGCATGGGTGACAATAATTGGACTTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCA
391 AAAGAATGAGTGACAATAATTGAACTTTTCTTGATCAATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTCTCA
*
23983 AGGTAGACTATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTA
456 AGGTAGACTATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTA
*** * *
24048 TGAGATCGTAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCATGGTTGACAATGGCTTTG
521 TGAGATAACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTCTTGAAGGCATGGTTGACAATGGCTTTG
*
24113 TTTTCACGTTTCCCTAAGCATAAAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
586 TTTTCACGTTTCCCTAAGCATAAAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * ** *
24178 AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
651 AAACTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TTTG-AGGCATG
* * * * *
24243 AGTGAGTATAAGTGAACTTTTAATGCTAATGGA-C-TTTTGCTTCACGT-TTCTCAAAATAGACA
714 AGAGACTATAAATGAACTTTTAATACTAATGAAGCTTTTTGCTTCACGTCTTC-CAAAATAGACA
* * *
24305 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTTAATTTAA
778 ATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACAA-TTAACTTAA
* * * *
24353 AATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACA-CTTGGGTGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAAGCTTGAGTGA
* * * * *
24417 CTATAAATGGGCTTTTCT-TGTCAATA-AATGACTTTTTCTTCAGGTTTTTCAAGATAGACACTT
64 CTATAAATGGACTTTT-TATGCCAA-AGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACA-TT
* * * *
24480 -AATTAT-GATCTGTTTTAACCAAAAAT-ACAAGAAACTTCAGCATAAAATCAATTATGAGATTA
126 CAATTATAG-TATATTTTAACCAAAAATGACAA-AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
24542 TAAAACC-ATCTAAAGTGAGTAATAAAACTTT-TAAAGGAATT-AGTGACTATAAATTGACTTTT
189 TAAAACCAATCTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCGAAA-G-ATTGAGAGACTATAAATAGACCTTT
* * * *
24604 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAA
252 CTTGCCAAGGAATGG-TTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTCAA
* *
24669 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-CAAAACTATTTAAAGTGAGT
316 CAAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTT-AAGTGAGT
* * * *
24733 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATTAA-TGAACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTT
378 AATAAAGCTTTTGAAAGAATGAGTGAC-AATAATTGAACTTTTCTTGATCAATGAATGGCTTTTT
* * * *
24796 -TTCACGTTTTTTAAGGTAGAC-ATTCAATTATAATTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTT
442 GTTCACGTTTCTCAAGGTAGACTA-TCAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATA
* * ** * *
24858 AACTTAAAATCAATTATGATATAACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAG
505 AACCTAAAATCAATTATGAGATAACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTCTTGAAG
24918 TAACGGATGA
Statistics
Matches: 1173, Mismatches: 182, Indels: 96
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
824 8 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (825 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTTATGCCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATT
ATAGTATATTTTAACCAAAAATGACAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
AATCTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCGAAAGATTGAGAGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAAG
GAATGGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTCAACAAAAAATAT
AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
AAAGAATGAGTGACAATAATTGAACTTTTCTTGATCAATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTCTCA
AGGTAGACTATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTA
TGAGATAACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTCTTGAAGGCATGGTTGACAATGGCTTTG
TTTTCACGTTTCCCTAAGCATAAAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
AAACTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGAGGCATGAG
AGACTATAAATGAACTTTTAATACTAATGAAGCTTTTTGCTTCACGTCTTCCAAAATAGACAATC
AATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACAATTAACTTAA
Found at i:26438 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26037--26748 Score: 726
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
26027 NNNNNATCTT
* *
26037 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTT--A-
1 TTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * *
26099 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTATCAATGAATGACTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * * * *
26163 TCTT-TTCATGCTTTTC-GAGGTAGATATTCAATTATAATCTA
129 T-TTCTTCACG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTACAATATA
*
26204 TTTTAAT-AAAAAGTATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAA-TGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
* * **
26268 GTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGA-TGTTTCTTGCCAATGAATGGC
64 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGAATGGC
* ** *
26332 TTTTTCTTTACG-TTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATATA
127 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTACAATATA
* * * * * *
26374 TTTTAATGAAAAATGTGAAAAAAGTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * * *
26439 TAAGTAATACGGCTTTCGAATGTTTGACTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* *
26504 TTGCTTCACGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTACAATATA
129 TTTCTTCACG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTACAATATA
** * * *
26545 TTTTCTTCAAAAAAGTAAAAAATTACAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
26610 TGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAT-AATGAATGGGT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCT
* * *
26674 TTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATATG
128 TTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTACAATATA
* * *
26716 TTTGAATCAAAAATGTAAACAATTCAACCTAAA
1 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
26749 CCATTTAAAG
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 76, Indels: 35
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 10 0.02
167 46 0.10
169 6 0.01
170 143 0.32
171 239 0.53
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT
TCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTACAATATA
Found at i:26867 original size:149 final size:150
Alignment explanation
Indices: 26597--26898 Score: 333
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
26587 TGAGATTATA
* * * *
26597 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGATGACAATAAATGGACTTTGCTTGA
* * ** * * *
26662 TAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTGAATCAAA
66 TAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTACAATATGTTTGAACCAAA
*
26727 AATGTAAACAA-TTCAACCT
131 AATGTAAAAAATTTCAACCT
* * *
26746 AAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTG-AAGTCATGGGTGACAATAATTGGACTTTGCTT
1 AAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGGAAAG-CATGGATGACAATAAATGGACTTTGCTT
* * * * * * * *
26809 G-TCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGATAATCCATTATAATTTGTTTTAACC
64 GAT-AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTACAATATGTTTGAACC
*
26873 AAAAATGTAAAAAATTTTAACCT
128 AAAAATGTAAAAAATTTCAACCT
26896 AAA
1 AAA
26899 ATCAATTATG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 24, Indels: 7
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 4 0.03
149 110 0.88
150 11 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (150 bp):
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGATGACAATAAATGGACTTTGCTTGA
TAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTACAATATGTTTGAACCAAA
AATGTAAAAAATTTCAACCT
Found at i:27277 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26992--29010 Score: 1581
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 171
26982 AATAAATGAC
* * * * * *
26992 AGACATTCAATCATAATATCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* * * *
27057 GATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
66 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
*
27122 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
131 TTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * * *
27163 AGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATTTATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* * * * * *
27228 GATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * *
27293 GTCTTGTCAATGAATG-TCTTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGGC
131 TTCTTGTCAATGAATGAT-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGT
* * * * * * * * * * * *
27334 AAATAATCAATTGTAATCTGTTTGAACTAAAAATATTAAAAAA-TAAACTTAAAATCAAGTGTAA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* * * * * **
27398 GATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAGGTTG-ACT
66 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA-AATGAACT
* * * *
27462 TTT-TATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGT
130 TTTCT-TGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * *
27504 AGACTTTTAATTATAATATTTTTTAA-TCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* ** * * * *
27568 AGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAA-AATTGTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAAA
65 AGATTACAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAA
* * * ** * ** * * *
27632 CTTTTTTTCTGAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAAGC
128 CTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * * * * *
27676 AGACAATCAGTTATAATATGTTTTATCCAAAAGTATAAAAAAATTCAACCT-AAATTCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT-AATTATG
* * * ** *
27740 AGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAATGGACT
65 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
* * * ** * * * *
27805 TTCCTTATCAATAAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCCATGAT
130 TTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * *
27847 AGACATTCAACTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * * *
27912 AGATTACGAAACCCTTTAAA-CTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGAAC
65 AGATTACAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
** ** * ** **
27976 TTTTCTTGTCAATGAAT-ACCTTTTCTTTCATATTTTTTGAGAC
129 TTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGT
* * ** *
28019 AAAAATTCAATTATAAT-TGTTTTAAGAAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T-TG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* **
28080 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGCAACTATAAATGAACT
65 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
* * * ** * * **
28145 TTCCTTGTCAATAAAT-AGTTTTGTCTTCATATTTCCCATGAC
130 TTTCTTGTCAATGAATGA-TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * *
28187 AGACATTCAACTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* *** * * *
28252 GATTACGAAACTC-TTTAAATTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGAACT
66 GATTACAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
* * * * **
28316 TTTCTTGTCCATGAATGCCTTTTTT-TT-ACATTTTTCAATAT
130 TTTCTTGTCAATGAATG-ATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * *
28357 AGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAAC-AAACAATTTAAAAAAATTCAAGTTAAACTCAATTA--
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * *
28418 AGATTACAAAACCATTTATA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
65 AGATTACAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
* ** *
28482 TTTGCTTCCCAATAAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGT
129 TTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGT
* * * * * * *
28525 AGACAGTCAATTATAATTTTTTTTAA-TGAAACATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * * ** *
28589 AGATTATAAAACCATTTAAACCTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTTTGAGTGACTATAAAT-AGAC
65 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-AC
* * * ** *
28653 TTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTCAT-TTCACGTTTC-CTAAGGC
129 TTTTCTTGTCAATGA-AT-GATTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGT
* * * * * *
28696 AGACACTT-AATTAGAATATATTTTAA-TCAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
* ** * ** **
28759 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGA-TCATAAATGGG
64 GAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGAA
* * *
28823 CTTTTTTTGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGT
128 CTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGT
* * * ** *
28867 AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTGCTTATGG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
* * *** * ** *
28932 GAATATAAAATTGTTTAAAGCGAGTAAT-AGGACTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACT
66 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
* *
28996 TCTCTTGACAATGAA
130 TTTCTTGTCAATGAA
29011 GGGTTTTTGT
Statistics
Matches: 1479, Mismatches: 313, Indels: 112
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.00
167 68 0.05
168 132 0.09
169 104 0.07
170 180 0.12
171 731 0.49
172 253 0.17
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
TTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
Found at i:30086 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29774--30086 Score: 386
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
29764 AATATTAAGC
* * *
29774 ATTTAACTTACAATCAATTATGATATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGA
* * * * *
29839 CTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCGCTTTTCCCAAGGTA
66 CTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTATGTCAATGAATGACTTTTGCTTCGATATTCCCAAGGAA
*
29904 AACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAA
131 AACAGTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAA
**
29945 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * *
30009 ACTTG-GCTGACTATAAA-AGGGCTTTTCT-TGTCATTGAATGACTTTTTCTTC-ATGATTCTCA
65 ACTTGAG-TAACTATAAATA-GACTTTT-TATGTCAATGAATGACTTTTGCTTCGAT-ATTCCCA
30070 A-GAAGAACAGTCAATTA
126 AGGAA-AACAGTCAATTA
30087 CAATCTAAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 16, Indels: 12
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.05
171 113 0.94
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGA
CTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTATGTCAATGAATGACTTTTGCTTCGATATTCCCAAGGAA
AACAGTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAA
Found at i:31603 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30336--31880 Score: 1230
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
30326 TATAAAATAT
* * *
30336 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTGAAA
1 TTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA
* * * ** * * * *
30401 TG--AGTAACAATGCTTTCGAATGCATGACTGAATATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGAT-A
64 -GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCT-TGTCAATGAATGA
* * * * *
30462 GCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAAGCAGACATTCAATTATAATTTAT
126 -CTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATTT-G
* * * *
30508 TTTAAC-AAACAATATAAACAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * *
30572 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTCTCAATGAATGGCTTT
65 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
* * *
30637 TTCTT--TGCATTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTAT-
130 TTCTTCATG--TTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAAT-T-TG
* * * * * *
30678 TTTAACCAAAAATGT-TAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGC
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * * *
30742 TCGTAATAAGACTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATTAATGGATGACTTT
66 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGACTTT
* * * *
30807 TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCGATTAAAATATAT-
130 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAAT-T-TG
* * * * *
30848 TTTAATTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGC
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * ** * **
30913 AATTAATAAGCCTTTCGGAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTT
66 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
* * *
30977 TTCTTTCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATATG
130 TTC-TTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATTTG
* * *
31018 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAAA-TCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAA
1 -TTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * *
31082 GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCC
64 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGACT
* * * *
31147 TTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAACTATAATTTG
128 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATTTG
* ********* *
31189 TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTNNNNNNNNNNT-TGAGATTATAAAATCATTTAAA
1 -TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
31253 GCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGC
64 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGA-ATGAC
* * * *
31317 TTTTGCTTCACGTTACCTAAGGTAAACATTCAATTATAATATAT-
127 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAAT-T-TG
* * * *
31361 TTTAA-TCAAAAAAGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
1 TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
31425 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGGCCTTCTTGTCATTGAATGAATTT
65 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
* * * *
31490 TTCTTCATGTTTCTTAAGATGAACA-GCAAATTACAATCTTG
130 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC-AATTATAAT-TTG
* * * *
31531 TTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATATAATGC
1 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
31596 AAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTTATGCAG-GACCATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATTATTT
66 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT-TG-AGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGACTT
* ** * * *
31659 TTTATTCATGTTTCTTAAGACAAACACTCAATTGTAATATG
129 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATTTG
* * * * * * *
31700 TTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTTAAA
1 -TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAA
* * * * ** *
31765 TG--AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAGTGGACTTTTCTTAACAATGAATGG
64 -GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGA
* * * *
31827 CTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACATACAATCATAATCTG
126 CTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACATTCAATTATAATTTG
31871 TTTTAACTAA
1 -TTTAACTAA
31881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 227, Indels: 89
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 87 0.08
170 381 0.35
171 604 0.55
172 27 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGACTTTT
TCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATTTG
Found at i:31644 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 30317--31880 Score: 1708
Period size: 682 Copynumber: 2.3 Consensus size: 679
30307 CTTGAGGGAG
* * * *
30317 ACATT-AAGTTATAAAATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAA-TTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAA-TCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
30381 GATTATGAAACCATTTGAAATGAGTAACAATGCTTTCGAATGCATGACTGAATATAAATGGACTT
63 GATTATAAAACCATTT-AAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
30446 TTCTCTCCAATGGATA-G-CTTTTGCTTCATGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATTTATT
127 TTCT-TCCAAT-GAAAGGCCTTTT-CTTCATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAA-TATAATTTGTT
*
30509 TTAAC-AAACAATATAAACAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
188 TTAACTAAACAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** *
30573 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTT
253 GAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTCATATCAATGAATGGCTTTT
* ** * * * * * * *
30638 TCTTTGCATTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAACATTTA
318 GCTTCACATTCCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTTA
* ** *
30703 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCTCGTAATAAGACTTTCAAAGGTTTGA
383 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGA
* * * * *
30768 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATTAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAT
448 GTGACTATAAAAGGACTCTTCATATCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAT
* * * * *
30833 TCGATTAAAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAAATTAC
513 GCAATTAAAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAAATTAC
* * * * * **
30898 AAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGCCTTTCGGAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTG
578 AAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGGAAGTTTGAGTGACCATAAATGGGACTTTCTTG
* **
30963 CCAATGAATGGGTTTTCT-TTCACGTTTCCTAAGGTAA
643 CCAATGAAT-GATTTTCTATTCACGTTTCCTAAGACAA
* *
31000 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAAATCAACCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
31065 TTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
31130 CTTGCCAATGAAAGGCCTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAACTATAATTTGTTTTAA
129 CTT-CCAATGAAAGGCCTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAA-TATAATTTGTTTTAA
* ********* *
31195 CTAAA-AATGTAAA-ACAATTCAACTTNNNNNNNNNNT-TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
192 CTAAACAATATAAACA-AATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** *
31257 GTAATAAGACTTTCGAAGGTTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTT
255 GTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCATATCAATGA-ATGGCTTTT
* *
31321 GCTTCACGTTACCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATT
318 GCTTCACATT-CCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATT
* * * *
31385 TAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
381 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTT
* * * *
31450 GAGTGACTATAAAAGGGC-CTTCTTGTCATTGAATGAATTTTTCTTCATGTTTCTTAA-G-ATGA
446 GAGTGACTATAAAAGGACTCTTCATATCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA-G-
* * *
31512 ACA-GCAAATTACAATCT-TGTTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGA
509 ACATGC-AATTAAAATATAT-TTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGA
* * * *
31575 GATTATAAAACCATATAATGCAAGTAATAAGGCTTTC-GAAGTTATGCAG-GACCATAAAT-GGA
572 AATTACAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGGAAGTT-TG-AGTGACCATAAATGGGA
* * * * *
31637 CTTTCTTGTCAATGAATTATTTTTTATTCATGTTTCTTAAGACAA
635 CTTTCTTGCCAATGAATGATTTTCTATTCACGTTTCCTAAGACAA
* * * *
31682 ACACTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
31747 TTATAAAACTATTTTAAATGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAGTGGACTTT
65 TTATAAAACCA-TTTAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
31811 TCTTAACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATACAATCATAATCTGTTTTA
128 TCTT-CCAATGAAAGGCCTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAAT-ATAATTTGTTTTA
31876 ACTAA
191 ACTAA
31881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 121, Indels: 49
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 15 0.02
682 403 0.55
683 234 0.32
684 84 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCCAATGAAAGGCCTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAGACATTCAATATAATTTGTTTTAACTAA
ACAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA
TTCCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTTAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
AAAAGGACTCTTCATATCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATGCAATTAA
AATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAAATTACAAAACCAT
ATAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGGAAGTTTGAGTGACCATAAATGGGACTTTCTTGCCAATGAA
TGATTTTCTATTCACGTTTCCTAAGACAA
Found at i:33433 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 32809--34108 Score: 1112
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
32799 NNNNNNNNNN
* * * * * **
32809 CATTTATAGTCACCCAAGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATGTTGTA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
32874 ATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * ** * * * *
32938 TGGGAAACATGAAGTAAAAGTAATCCATTGATATGAAAAGTT
130 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
32980 TATTTATAGTCATTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
*
33045 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-A--ATTA-TG-A-G---GCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC-T
* * * *
33099 TG-GAAACATGAAAACAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTT
130 TGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
* *
33141 CATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCAT
1 CATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
** ** * *
33205 AATTGATTTTTTGTTGAACGTTTTTAC-TTTTGTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * **
33269 TTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGATATCAAAAGTC
129 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
33312 GATTTATATTGACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTTA-A
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* *
33376 ATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAAATGAATGTCTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * *
33441 -AGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAGGTC
131 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
33482 TATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAACCTCAA
1 CATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * **
33546 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * *
33608 TGAGAAGCGTAAAGAAAAA-CTCAT-TCATTTG-CAAGAAAAGCC
130 TGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATCT-A-TTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * **
33650 CATTTGTAGTCAAGCAAGCCTTC-CAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
33714 ATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGTATATTTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* *
33779 G-GAAAATATGAAGAAAAAGTCAT-TCATT-AGCAAGAAAAGTC
131 GAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGA-CAAGAAAAGTC
* *** ** * * * * * *
33820 CGTTTATAGTCA-TCCATTTCTTCAAAAATCATACTATTCACTTAAAATAGTTTTAAAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
33884 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
** ** * * * *
33949 CAAGAAATGTGAAGAAAAACCCATTTATGGACAAGAAAAGCC
130 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
* * * **
33991 CATTTATTGTCAC-CAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTAGGATCTCAT
1 CATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *
34055 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTG
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
34109 GTTGTCTACC
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 187, Indels: 82
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 12 0.01
161 95 0.11
162 11 0.01
163 9 0.01
164 2 0.00
165 2 0.00
166 6 0.01
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172 17 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
Found at i:34399 original size:477 final size:477
Alignment explanation
Indices: 33674--34570 Score: 1196
Period size: 477 Copynumber: 1.9 Consensus size: 477
33664 CAAGCCTTCC
*
33674 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTA
* * *
33739 CATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGTATATTTGCCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGTCATTC
66 CATTTTTAGTTAAAACATGTTATAATTGTATATTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * * * * *
33804 ATTAGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAATCATACTATTCACTTAAAATA
131 AATAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCATACTACTCACTTAAAATA
* *
33869 GTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATA
196 GTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGATTACA
* * * * *
33934 ATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAACCCATTTATGGACAAGAAAAGCCCATTTATT
261 ATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATGGACAAGAAAA-CCCATTTATG
* *
33999 GTCACC-AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTAGGATCTCATAATTGATT
325 GTC-CCGAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTAGAATCTCATAATCGATT
* *
34063 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGGTTGTCTACCTCGATAGTC
389 TTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTGGTTGTCTACCTCGATAGTC
34128 ATTTTTAGTCACTTATGCCTTTGA
454 ATTTTTAGTCACTTATGCCTTTGA
* * * * *
34152 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCCT-ATGATTGATTTTAGGTTCAAT-TCTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-GCCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATAT-TTT
** * *
34215 TGGATTTTTAGTTAAAACA-GATTATTATTGTATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAG-CT
64 TACATTTTTAGTTAAAACATG-TTATAATTGTATATTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTC-
* * * * *
34277 ATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTA
127 ATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATC-CATTCCTTCAAAAACCATACTACTCACTTA
* *
34341 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
191 AAATAGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGA
* ** ** * * *
34406 TTACAATTGAGTGTTTGTCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAATCCATT
256 TTACAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATGGACAAGAAAACCCATT
* * * * * ** *
34471 TCTGGTCCCGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATCG
321 TATGGTCCCGAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTAGAATCTCATAATCG
*
34536 ATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAA
386 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAA
34571 ATAGATTGTA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 54, Indels: 14
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
475 2 0.01
476 90 0.25
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478 97 0.27
479 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (477 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACATGTTATAATTGTATATTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
AATAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCATACTACTCACTTAAAATA
GTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGATTACA
ATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATGGACAAGAAAACCCATTTATGG
TCCCGAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTAGAATCTCATAATCGATTTT
AAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTGGTTGTCTACCTCGATAGTCAT
TTTTAGTCACTTATGCCTTTGA
Found at i:34443 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 34127--39130 Score: 1835
Period size: 171 Copynumber: 28.8 Consensus size: 170
34117 CCTCGATAGT
* * * *
34127 CATTTTTAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC-CTAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AT
* * * * ** * * *
34191 GATTGATTTTAGGTTCAATTCTTTTGGATTTTTAGTTAAAACAGATTATTATTGTATGTTTGCCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * **
34256 T-AGAAAACATGAAGAAAAGCTATTCAATGGTAAGAAAAGTC
130 TGAG-AAACATAAAGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
34297 CATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
34362 ATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAGTGTTTGTCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* **
34427 GAGAAACGTAAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAA-TC
131 GAGAAACATAAAGAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
34467 CATTTCTGGTCCCGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
34532 ATCGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTTACTGTTCGTCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
34597 AAGAAACATGAAGAAAAAG-TAATTCAATGACAAG-AAAGGC
131 GAGAAACATAAAG-AAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
** * * * * *
34637 TTTTTTATAGCCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTAT
1 -CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
34702 AATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTA-TTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * *
34765 TTGGGTAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTC
129 TTGAGAAACATAAAG-AAAAGCTATTC-ATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * * *
34808 CATTTATAGTCAATCAAACTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
34873 ATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTAAATGTTTACCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
34938 AAAAAACATAAAGAAAAGGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
131 GAGAAACATAAAGAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
34979 CATTTATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
35044 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
35107 TCAGAAAACATGAAGGAAAACCCATTGATTGACAAGAAAA-AC
130 TGAG-AAACAT-AAAGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * * *
35149 TCATTTATAGTCTCCCAAACC-TCTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCA
1 -CATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ** *
35213 TAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTAATTAAAATATATTATAATCAAATGTCTGC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * *
35278 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATCCACTGATATGAAAAGTC
128 CTTGAGAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
** * *
35322 CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
35387 ATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
** ** *
35451 GAGAAACGCAAAGAAAAAG-TCATTCATTGGGAAGAAAAATC
131 GAGAAACATAAAG-AAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
35492 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
35557 ATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGGCTG-TT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
35620 TTAGAAAACATGAATGAAAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAAGTC
130 TGAG-AAACAT-AAAGAAAAGCTATTCATT-GACAAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
35663 TATATATATTCAGTCATGCATTCGAAAGCATTGTTACTTG-TTTCAAATGGTTTCATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAT
** * *
35727 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATTTTATAACTT-AATGTCTAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA-TTGAATGTTTGC
** * * * * * *
35791 CTCAAGAAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAGGTC
128 CTTGAGAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * * * * **
35835 CATTAATAGTCAGTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGAATGTCTGCCATGGAA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG---GT-T-TTAT---A
* * * ** ** * **** * *
35900 AACGTGAGAACAAAGCCATTTATTGACAAG-AAAATTTCATATATAGTCACCCATATCTTGAAA-
58 ATC-T-----CATA---ATTGATT-TTAAGTTGAATTT--T-TTTA--CATTTTTA-GTTAAAAT
** * *** * * ** ** ** *
35963 AGCCCTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAC
107 AG----ATTA-T-AATTGAA-T-G-TTT-GCCT-TGAGAA---A-CATA--AAGAAAAG--CTA-
** **
36028 TTTTTTTGTTAA-AATAGATTGT-
152 -TTCATTGACAAGAA-A-A--GTC
* * * * * * *** * * ** *** * *
36050 AATTGATTGTTCAC-CTTGAGAATCATGACGAAAAAGTCATTCAATAACAAAAAAAGCCTTTTTA
1 CATTTATAG-TCACTCAT--G---CCT-TCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATG--GTTTTA
* * ** * * * * * * * *
36114 TAGTCACCCAAGT-CTTTGAAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTATAATT
56 TAATCTCATAATTGATTT-TAAG--TTGAATT--T---TTT-TACA-TTTT-T-A-GTTAAAATA
* * ** *** ** * ** * * **
36176 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTAATTA-AAATATATTG-TAATTGAATGTTTACCTTGG
108 GATTATAA-TTGAA-TGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGA-AAAGCT-ATT-CA--TTGA-C--AA
*
36239 GAAAAGTG
163 GAAAAGTC
* *** * * * ** * * **
36247 AAGCAAAAG-CTA-TCCATTGACATAAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCATTGAAA--GCC
1 CATTTATAGTC-ACT-CA-TGCCTTCGAAAG--C--CT-TA-TTACTC--G-C-TTTAAATGGTT
* * * * * * ** ** * * *
36308 TTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTACAATTTCA--TAATT-GATTGTAAGTT-AAAT-G-TT-TA
53 TTA-TAATCTC-ATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
** * * * * *
36366 ATCT---T-TTT-TATTAAAAAAGATTATAATTG-AATGTCTGTT--TTGAGAAACTCAAAGAAA
115 AT-TGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-TA-AA--GAAAAG-CTATTCATT--G--A--C-AAG-AA
36423 AAG-C
166 AAGTC
* * * *** * * * * ** * *
36427 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTT
1 CATTTA-TAGTCACTCATG-CC-TTCGAAAG-C-CTTATTAC-TC----GCTTTA--AAT-GGTT
* * * * * * *
36491 TAAATGATTTTATAAACTTGTAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTACATTTTTTGTGAAAATAG
53 T-TATAATCTCAT-AA-TTG--A----TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
* * * ** * * * *
36555 ATTATAATTGAATATCTACC-TGCA-AGAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAACAAAAGT
109 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-AGA-AACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAAGT
36617 C
170 C
* * * * * *
36618 CATTTATAGTCGCCCAT-CCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTTAT
1 CATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * **
36682 AATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
36747 TGGGAAACATGTAGAA-AAAAAC-ATTTATTGGCAAGAAAGGTC
130 TGAGAAACA--TA-AAGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * *
36789 CATATATAGTCAC-CTATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT
1 CATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * * * * *
36853 AATTAATTTTTGGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTGAAACATATTATAATT-AAGTGTCTGCC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTGCC
* * * *
36917 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACATGAAAAGTC
129 TTGAGAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
36960 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
37025 ATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGAATATAATTGAATGTTTGCCCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* ** * * ** ** *
37090 AAGAAACATGGACAAAAACCCTTCATTGTTAAGAGAAGTC
131 GAGAAACATAAAGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
37130 CATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCCCAAA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*** * * * * * *
37195 AGCAATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTGTAAATTGAATGTTTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-AATTGAATGTTTGCCT
* * * *
37260 TG-GAAA-ATATGTAGAAAA-CTCATTCATTGGCAAAAAAAGCC
130 TGAGAAACATA--AAGAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
37301 CATTTAT-GATCACTTAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTAGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAG-TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
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65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * *
37428 TTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAATC
129 TTGA-GAAACATAAAG-AAAAGCTATTC-ATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * *
37472 CATTTATAGTCACTTAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
37537 ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
37601 T-AGAAAACGTGAAA-AAGAA-TTCATTTATTGAGAAGCAAAGTC
130 TGAG-AAACAT-AAAGAA-AAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * ** *
37643 AATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTCACTATAAATAATTTTGTAATCTC--
1 CATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * **
37705 AATTAAGTTTAACTTGAAATTTTTTAAATAGTTT-GTTAAAATA-ATTATAATTGAATGTCTATC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * ** * * *
37768 TCGAAAAATGTAAAAAAAAGGC-ATTCATGGACAAGAAAAGTT
129 TTGAGAAACATAAAGAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * **
37810 CATTTATAG-CAACTCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCAG-TTTAAA-GGGTTCGTAATCTCA
1 CATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
37872 TAATTGATTTTAAGATGAATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTGAATTTTTG
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * *
37936 TCATG-GAAA-ATATGAAGACAAAACTATTTATTGACAAGAAAAGTT
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** * * * *
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1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * *
38044 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTCTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTGTCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * *
38108 AAAAAATATAAAAGAAAAGGC-ATTCATTGACAAAAAAAGTT
131 GAGAAACAT-AAAGAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
38149 CATTTATAGTCA-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAAGGGTTTCATAATTTCA
1 CATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
38212 TAATTGATTTTAAGCTGAATCTTTTTTACATTTTTAATTAAAACT-GACTATAGTTGAATGTTTG
64 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * * *
38276 TCAT-AGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTC
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** * * *
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1 CATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * * *
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* ** * *
38449 TTAAGAAATGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTCACAAGAAAAGTC
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* * * * * * * *
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1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
38556 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTGTAATTGAATATTT-ACTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
** * * * * *
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131 GAG-AAACATAAAGA-AAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
38661 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGACAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCGCA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
38725 TAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTACAATTAAAAGTCTACC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
** * * * *
38790 TT-AGGAAATGTGAAGCAAAAG-TCATCCATTAACATA-AAAAATC
129 TTGA-GAAACATAAAG-AAAAGCT-ATTCATTGACA-AGAAAAGTC
* ** * * * *
38833 AACCTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
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* * * * * * *
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66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * *
38962 AAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTT
131 GAGAAACATAAAG-AAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * * *
39003 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCATGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
39068 AATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGTATGTCTGCC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
39131 ATTCATTGAA
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* *
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* * * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * ** *
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64 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * *
35278 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATCCACTGATATGAAAAGTC
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** * *
35322 CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
35387 ATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* ** ** *
35451 GAGAAACGCAAAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATC
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* *
35492 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
35557 ATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGGCTG-TT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
35620 TTAGAAAACATGAATGAAAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAAGTC
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* * * * * * * * *
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** * *
35727 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATTTTATAACTT-AATGTCTAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA-TTGAATGTTTGC
* * * * * * *
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128 CTTAAGAAACATAAAG-AAAAGTCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * * * *
35835 CATTAATAGTCAGTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
1 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
35884 AATGTCTGCC
Statistics
Matches: 1280, Mismatches: 267, Indels: 78
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
AAGAAACATAAAGAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC
Found at i:36819 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35916--39127 Score: 2242
Period size: 171 Copynumber: 18.9 Consensus size: 171
35906 AGAACAAAGC
* * * * * ** * *
35916 CATTTATTGACAAGAAAATTTCATATATAGTCACCCATATCTTGAAAAGCCCTATTACTCGCTTT
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* * * * * * *
35981 AAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACT-TTTTTTGTTAAAATAG
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* * * * **
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130 ATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * * * * **
36087 CATTCAATAACAAAAAAAG-CCTTTTTATAGTCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
36151 TAAATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CTTTTTAATTAAAATAT
65 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
36215 ATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAA-AGTGAAG-CAAAAG
130 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA-TGAAGAAAAAAA
* * * * *
36256 CTATCCATTGACATA-AAAAGTTCATTTATAGTTA-CTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCG
1 C-ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
36318 CTTTAAATGCTTTTACAAT-TTCATAATTGATTGTAAGTT-AAATGTTTAATCTTTTTTA-TTAA
62 CTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTAGTTAA
* ** * * **
36380 AAAAGATTATAATTGAATGTCT-GTTTTGAGAAAC-TCAAAGAAAAAGC
125 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACAT-GAAGAAAAAAA
** * *
36427 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
36492 AAATGATTTTATAAACTTGTAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTACATTTTTTGTGAAAATAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ** **
36556 TTATAATTGAATATCTACCTGCAAG-AATGTGAAGAAAAAGC
131 TTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * *
36597 CATTCATT-AGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCAT-CCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
1 CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
36660 TTAAATGGTTTTATGATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
* * *
36725 GATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGTAGAAAAAAA
129 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * ** * *
36768 CATTTATTGGCAAGAAAGGTCCATATATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * ** * * * * *
36833 AAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTGGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTGAAACATA
66 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * **
36898 TTATAATT-AAGTGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
131 TTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * ** *
36939 CATTCATTGACATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
37004 AAATGGTTTAATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
37069 ATATAATTGAATGTTTGCCCTAAGAAACATG--GACAAAAAC
131 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA-AAAAAA
* ** * * * *
37109 CCTTCATTGTTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * *** * * * *
37174 AAACGGTTTTATATTCCCAAAAGCAATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA
66 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * **
37239 TTGTAAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAATATGTAG-AAAACT
131 TTAT-AATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAAA
* * * * * ** * *
37280 CATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTAT-GATCACTTAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTAGCTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
37344 TTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACT-TTTTT-GATTAAAAT
65 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAG-TTAAAAC
* * * * * * * **
37407 ATATTCTAATTGAGTGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
128 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * ** * *
37451 CA-TCTATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTT
1 CATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
37515 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACA
65 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACA
* * * * **
37579 GATTATAATTGACTGTCTGCCTTAGAAAACGTGAA-AAAGAATT
129 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAA-AAAA
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * ** * * *
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* * ** * *
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* * * * **
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** * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * ** * **
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* * * * ** * * * *
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* *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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Statistics
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* * * * ** * *
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* * * * * * * ** * * *
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** * * * * * *
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* * * *** * * * *
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** * ** * * * ** * **
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * ** * *
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* **
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** ** * * *
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* * *
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** * * **
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* * *
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* ** ** * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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319 TATAATTGAATGTTT-AC-TTGG
* * * *** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * ** * * *
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260 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
40623 TTGACTGTTTACCTTAAG
324 TTGAATGTTTA-CTT-GG
* * * * * * *
40641 AAATGTGAAGCAAAAGTCATTCATTTACAATAAAAGTCCGTTAATAGTCACCCATACCTTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * * * * * *
40706 -TCTCTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTAAA
65 GCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* ** * * *
40770 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATCAAATGTCTATCTTAGAAAATGTG-AGAAAAAAACCATTC
129 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAG-AAAAAGCCATTC
* * * ** * *
40834 ATTGACAAGAAAAATCGATTTATAGTCACTCGTTACTTCAAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
193 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
40899 GTTTTGTTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTAT
258 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* *
40963 AATTGAATGTCTACCTTAGA
322 AATTGAATGTTTA-CTT-GG
** * * * * * *
40983 AAATATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGTTCATTAATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * *
41047 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
41112 TTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATATTTA-CTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCA
130 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * ** * *
41175 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATAA
194 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * ** * *
41240 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTCTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
259 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
*
41305 TT-AAGTGTCTATCTTGAG
324 TTGAA-TGTTTA-CTTG-G
* * * * * * ** *
41323 AAACCTAAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTGTTCGAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
41388 GCCTTATTACTCGTTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * *
41453 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACT-TGAAGCAAAAGTCATC
129 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAA-TGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * **
41516 CATT-AGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCGTTCAAAAGTCTTAATACTCATTTTAA
192 CATTGA-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
41579 ATGATTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATT
255 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
*
41644 ATAATTG-AT-TGTA--T-G
320 ATAATTGAATGTTTACTTGG
* ** *
41659 ---CCT--AG-GGAA--A--C-GTG--AAGACAAAG-CCA--T-T-GTCACCCATGCCTTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * ** * * *
41706 GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACGATCTCATGATTGATTTTAAGTT-TATTTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * * * **
41770 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-AACAGTTTGCCTT-GAGAAACGTGAACAAAAAGCTGTTC
130 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAG-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
41833 ATTGACAAGAAAAGTCCAATTATTGTCACTCATGCCATCTAAAGCTTTATTACTCAC-TTAAATG
193 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
41897 GTTTTATAATCTCATAAGTT-ATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGT
258 ATTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
*
41960 AATTGAATGTTTACCTTAAG
322 AATTGAATGTTTA-CTT-GG
* * * * * * *
41980 AAACATGAAGAAAAACCCATTCCTTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCGAA
1 AAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* ** * * ** *
42044 AGCCTTGTTACTTACTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAACTGAATTTTTTGA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
42109 TATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTC-ATCCTTTGG---TAT--AG--AAAGTCCAC
128 TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAG-CCA-
* * *** * * ** * *
42166 TT-ATAGTC-ACTCAAG-CC-TTTGAAAG-C-CTTATTACTT-----G-CTTA--AATAG-TTT-
190 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
42215 TATAATCTCATAA--T--TGATT----TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAAA
254 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * *
42271 TTATAATTGATTGTCTACCTAGG
318 TTATAATTGAATGTTTA-CTTGG
* * * *
42294 AAGACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGTA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT-CC-CCC
1 AA-ACGTGAAGAAAAAG-CATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
42355 AAAGCCTTATAAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTT-AGCTTGAATTTTTT
62 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * *
42419 TATATTTTT-AGTTAAAAC-GTATTATAATTAAATGTCTGCCATGGGAAATATGAAGAAAAAGCC
126 TATATTTTTGA-TTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCC
* * * * * * *
42482 ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTA
189 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
42547 AATGGTTTTACAATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAT
254 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
42612 TATAATTGACTATTTACCTTAAG
319 TATAATTGAATGTTTA-CTT-GG
** *
42635 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * ** **
42699 GCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATCGATTTTAGGTTGAATAGTTTTGCA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * ** *
42764 TTTTTG-GTAGAAACAAATTGTCATTGAATGTTTACC-CGGGAAACT-TGAAGAGAAAA-ACATT
130 TTTTTGATTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-TGTGAAGA-AAAAGCCATT
* * * * * * ** *
42825 TATTGGCAAGAAAAGCCCGTTTATAGTCACCCAAGCCGACTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
192 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * ** * * *
42890 TAGTTTCATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTGTATTTTT-GATTAAAATATAAT
257 GA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATT
* *
42954 ATAATTGAATATTTTCCTTGG
320 ATAATTGAAT-GTTTACTTGG
* * ** ** ** **
42975 AAAACATGAAGCAAAAGTCAACCATTGGTATA-AAAAGTCCGCTTATAGTCACCCAAACCTTCAA
1 -AAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * ** * * *
43039 AAACCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *
43104 TATTTTTAACTAAAACAGATTATAATTGA
128 TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
43133 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5461, Mismatches: 1150, Indels: 563
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
311 2 0.00
312 69 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTTTACTTGG
Found at i:39558 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 39128--41686 Score: 2256
Period size: 171 Copynumber: 15.0 Consensus size: 170
39118 TTGTATGTCT
* * * * * *
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1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
39190 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAAATTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
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* * * * * * *
39255 AAATTATAATGGACTATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
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** * * * * * * * *** * * *
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* * * * * *
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66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACA
* ** *
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130 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
39467 GCCATTCATTAGCAAGAAACGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
39532 TTAAATGATTTTGTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-CTATTTTTCATTAAAAT
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC-ATTTTTGATTAAAAC
* * * *
39596 AGATTAGAATTGAATATTTACCTTGAA-AAACATGAA-AAGAAA
129 AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAA-AAA
* * * * * * *
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1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
39700 -TAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* *
39764 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
130 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
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1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
39869 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACA-TTTTGGTTAAAAC
65 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGATTAAAAC
* * *
39933 AAATTATAATT-AAGTGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAA
129 AGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * ** * * *
39975 GTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTTTTACTCGCT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
40040 TTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTAATTAAAAT
66 TT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
** * * ** * * *
40105 ATTTTATAATTGAATATCT-GCTTTGGAAAACATAAAGCAAAA
129 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAA
* * * * ** * *
40147 GTCATCCATTAGC-AGAAAAAGT-CACTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCA
1 GCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
40210 -TTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAGGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAA
64 CTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGATTAAA
* * * *
40274 ATAGAATATAATTGAATGTTTACTCTGT--GAAATGTGAAGAAAAA
127 ACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CT-TAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
40318 GCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TCAAAAGCCTTATTGCTCACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
40382 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTCATTAAAACG
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGATTAAAACA
* * * *
40447 GGTTATAATT-AAGTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG---AG
130 GATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * *
40485 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTCGAGAGGCTTATTACTCGCT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
40550 TTAAATGCTTTTACAATCTCATCAGTGATTTTAGGCTGAATTTTCTTACATTTTTGGA-TAAAAC
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTT-GATTAAAAC
* * * * *
40614 ATATTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGCAAAA
129 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * * * * * **
40656 GTCATTCATTTACAATAAAAGTCCGTTAATAGTCACCCATACCTTCAAAA-TCTCTATTACTTGC
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCAC
* * * * * * * *
40720 TTTAAATGGTTTTGTAACCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTAAAATTTTTTATTAAAAC
65 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAAC
** * *
40785 AGATTATAATCAAATGTCTATCTT-AGAAAATGTG-AGAAAAAA
129 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAG-AAAAA
* * * * * * *
40827 ACCATTCATTGACAAGAAAAATCGATTTATAGTCACTCGTTACTTCAAGAGCCTTATTACTCACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
40892 TTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* **
40957 TATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAATATGAA-AAAAA
130 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAA
* * *
40997 GCCATTCATTGGCAATAAAAGTTCATTAATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
41062 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTGAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * *
41127 GATTATAATTGAATATTTA-CTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
130 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* **
41167 ACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** * * ** *
41232 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTCTTGTATTTTTGGTTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * *
41297 GATCATAATT-AAGTGTCTATCTTGAGAAACCTAAAGAAAAA
130 GATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * * * * **
41338 GCCATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGT-GTTCGAAAGCCTTATTACTCGT
1 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
41402 TTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
65 TTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * * * *
41467 TATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGCAAAA
128 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * ** * * * *
41510 GTCATCCATTAGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCGTTCAAAAGTCTTAATACTCAT
1 GCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
41574 TTTAAATGATTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
65 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * *
41639 ATATTATAATTGATTGTATGCC-TAGGGAAACGTGAAGACAAA
129 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACGTGAAGAAAAA
41681 GCCATT
1 GCCATT
41687 GTCACCCATG
Statistics
Matches: 1942, Mismatches: 383, Indels: 128
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 168 0.09
168 106 0.05
169 32 0.02
170 612 0.32
171 784 0.40
172 231 0.12
173 7 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
Found at i:42013 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 41684--42137 Score: 491
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
41674 AGACAAAGCC
* ** *
41684 ATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACGATCTCATGATTGA
1 ATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
41749 TTTTAAGTTTATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAACAGTTTGCCTTGAGAAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAA-TGTTTACCTTAAGAAA
* * **
41814 CGTGAACAAAAAGCTGTTCATTGACAAGAAAAGTCC-AATT
130 CATGAACAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTAATT
* * * * * *
41854 ATTGTCACTCATGCCATCTAAAGCTTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTT-
1 ATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTG
* * *
41917 ATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTAAGAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT-AATGTTTACCTTAAGAA
* * * *
41982 ACATGAAGAAAAACCCATTCCTTGGCAAGAAAAGCCTATTT
129 ACATGAACAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTAATT
* * * * *
42023 ATAGTCTCCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 ATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * *
42088 ATCTTAAACTGAATTTTTTGATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAA
42138 ATGTCATCCT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 45, Indels: 13
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 129 0.56
170 41 0.18
171 35 0.15
172 25 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAATGTTTACCTTAAGAAAC
ATGAACAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTAATT
Found at i:42616 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42157--43132 Score: 857
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
42147 TTTGGTATAG
* * ** *
42157 AAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
42221 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAAATTATAATTGATTGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGATAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
42285 CTACCTAGGAAGACATGAAGAAAAAGACATTCATT-AGTAAAA
130 TTACCTGGGAA-ATATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-TAAGA
* * * * * * * *
42327 AAAGTCCATTTATAGTCTCCC-ATCC-CCCAAAGCCTTATAAATCACTTTAAATAGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
42390 CTCATACTTGATTTT-AGCTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC-GTATTATAATTAAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAACAG-ATTATAATTGAATG
* * *
42453 TCTGCCATGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
129 TTTACC-TGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGA
* * * * * * * *
42496 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTACAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * * * *
42561 CTTATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGACTATT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** * *
42626 TACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
131 TACC-TGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGA
* *
42667 AAAGTCCA-TTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * ** ** * * * *
42730 TCTCCTAATCGATTTTAGGTTGAATAGTTTTGCATTTTT-GGTAGAAACAAATTGTCATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATA-AAACAGATTATAATTGAATG
* * **
42794 TTTACCCGGGAAACT-TGAAGAGAAAA-ACATTTATTGGCAAGA
129 TTTACCTGGGAAA-TATGAAGA-AAAAGACATTCATTGATAAGA
* * ** * *
42836 AAAGCCCGTTTATAGTCACCCAAGCCGACTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAGTTTCATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAA
* * * * * * * *
42901 TCACATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTGTATTTTT-GATTAAAATATAATATAATTGAATA
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * ** *
42965 TTTTCCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGTCAACCATTGGTATA-A
129 TTTACC-TGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGATA-AGA
** * * * *
43008 AAAGTCCGCTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
43073 CTGAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTA-ACTAAAACAGATTATAATTGA
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGA
43133 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 131, Indels: 45
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.02
169 154 0.24
170 169 0.26
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172 68 0.10
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TACCTGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGA
Found at i:44141 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 43251--44144 Score: 584
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
43241 NNNNNNNNNN
* * * * *
43251 AATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTAAAACAGTT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * *
43316 TATAATTGAATGTTTG-CTATGGGAAACGTGAAG-ACAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAAGTCC
66 TATAATTGAATGTCTGACT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGACAAG-AAAAGTCC
* * *
43379 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCATATTACT-TGCTCTA
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
* * * * * * * *
43423 AATGGTTTTACAATCTGATAATTAATTTT-TGGTGATTTTTTTTACATTTTTGGAT-AAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * **********
43486 TGTAATTGACTGTTTGCCTTAAGAAATA--TGGAGAAAAANNNNNNNNNNGACAAGAAAAGTCCA
66 TATAATTGAATGTCTGACTT-GGAAA-ACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
43549 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACATTA
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
43592 AATGGTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * *** *
43657 TGTCATTGAATAT-TTACCCTAGG-AAACTTGAACAGAAGCCTAGT-ATTTGACAAGAAAA-TCC
66 TATAATTGAATGTCTGA--CTTGGAAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCA-TTGACAAGAAAAGT-C
*
43718 CATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAG-CTTATTACT-TGCTTTA
127 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
* * * * * * * *
43762 AATTGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTGATTAACATATA
1 AA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
43827 ATATAATTGAACGTCT-ACCTTCGAAAACATGAAG-CAAAAGTCA-TCTATTGGCATA-AAAAGT
65 TTATAATTGAATGTCTGA-CTTGGAAAACGTGAAGAAAAAAGT-ATTC-ATTGACA-AGAAAAGT
* * * * * *
43888 TCACTTATAATCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
126 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* ********* *
43934 AATGGTTTTATAATCTTATNNNNNNNNNNT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
43998 TTATAATTGATTGTCTGACTTGGAAAACGTAAAGAAAAAAATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTGACTTGGAAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * *
44063 TTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
130 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* *
44105 AATGGTTTTGTAATC-CTATAATTGGTTTTAAGTTGAATTT
1 AATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
44145 ATAACACCCC
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 156, Indels: 63
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 69 0.13
170 78 0.15
171 333 0.62
172 55 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTGACTTGGAAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
Found at i:46132 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45458--48702 Score: 2238
Period size: 170 Copynumber: 19.1 Consensus size: 170
45448 NNNNNNNNNN
* * * * * *
45458 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCAT-A-AAAAGTCCATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
45521 AGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATN
64 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-
********* * * *
45586 NNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTTATTTAAAA-AAATTATAA
128 TTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAA
* * * * * * **
45629 TTGACTGTCTG-CTTAAGAAATATGAAG-AGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATTT
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
45692 TCAC-CAATGGC-TTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAGTAATT
66 TCACTCAA--GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
45755 TTAGGTTGAATTTTTT-CATATTTTTGGTTTAAATAGATTGTAA
129 TTAAGTTAAATTTTTTACAT-TTTTT-ATTAAAACATATTATAA
* ** * * * *
45798 TTGAATGTTTATCTCCA-G-AACGTGAAG-AAAACCCATTCATT-AGTATGAAAAG-CTCATTTA
1 TTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTC-CATTTA
* * *
45858 TAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
63 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
45923 TTTAGGTAAAATTTTTTTACGTTTTTGATTACAATATATTATAA
128 TTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
** * *
45967 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
46032 TCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
66 TCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
46097 TAAGTTAAATTTTTAACATTTTTTATTAAAATATATTATAA
130 TAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
** * *
46138 TTGAATGT-TTTCTT-TGAGAA-ATGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGA-AACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
46200 TAGTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTGTAAAT-TCATAATTGA
63 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGA
* * * *
46263 TTTTATG-TACAA-TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAA
127 TTTTAAGTTA-AATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * * * * * *
46306 TTGAATGTTTGCCTCCAGG-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTT-AGTGACAAAAGTCCATATAG
1 TTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** ** * * *
46369 AGTCGGC-CATCCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGAT
64 AGTC-ACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * *
46433 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTATAA
128 TTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * * * * ** * *
46476 TTGAATATCTACCAT-GAGAAACATAAAGAAGAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGGCCATATATA
1 TTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** * ** ** * *
46540 GTCAATTATTCTTTCAAAAATCTTATTACTAACTTTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATTGATTT
65 GTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * **
46605 T-GGTTAACTTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTATAA
130 TAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* *
46646 TT-AAGTGTCT-CGCTTAGGAAATATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACATA-AAAAGTCCATTTA
1 TTGAA-TGTCTGC-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTA
* * * *
46707 TAATCACTCATGGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGA
63 TAGTCACTCA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
46771 TTTGAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAATAGTA-AATAA
127 TTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACA-TATTATAA
* * * * * * * *
46816 TTGAATGTTTTCCTT-GAGAAACATAAACAAAAA-TCATTCATTCG-CAAGAGAAGTCTATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * **
46878 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAGCGATT
64 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
46943 TTAGGTTAAAAATTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGATTGTAA
129 TTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACATATTATAA
* * ** * * * *
46986 TTAAATGTTTATCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAATCTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
47049 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATT
64 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
**
47113 TTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAGTATA-TACTAA
129 TTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACATATTA-TAA
* * * * * * * * *
47156 TTCAATGTCTGCATTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCGTTGATATGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
47221 TTACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTT
66 TCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
47286 ATGTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACATGTTATAA
131 AAGTTAAATTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * ** * * * **
47327 TTGAATGTCTACCTCGAAAAAACAT-AAAAAAAAGTCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTTTTTAT
1 TTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTAT
** ** * * * * * *
47390 AGTCAGACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTGTAA-CTTTATAATTGAT
64 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGAT
* * *
47454 TTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACA-ATTATAA
128 TTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * * ** * *
47497 TTGAATATCTGTC-TCGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAGGTTCATTTATA
1 TTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * **
47561 GTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAAGGGTTTCGTAATCTCATAATTGAT
65 GTCACT-CAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * * *
47624 TTTAAGATGATTTTATTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAG
128 TTTAAG-TTAAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * * * * * * * *
47669 CTAAATGTCTGTCATGGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
** ** * * * *
47734 TTGCTCATCCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAATTTATTTT
66 TCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * * *
47799 AGGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGA-TAAAATAGATTATAA
131 AAGTT-AAATTTTTTACATTTTT-TATTAAAACATATTATAA
* * * * * * * *
47840 TTGACTGTTTCCCTTAAGAAATATTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAG
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * * *
47905 TCACCCTTA-CCTTCAAAAGCATTA-TGCTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCCTAATTGATTT
66 TCACTC-AAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** *
47968 TAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
130 TAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * * * * *
48010 TTGAATGTTTACCCCTA-GAAACAAGAAGAGAAA-CCTAGTCATTTG-TAAGAAAAGCCCATTTA
1 TTGAATGTCT-GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* * **
48072 TAGTCACCCAAGCTTTCGATAGCCTTATTACTCTTTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGA
63 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
48137 TTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTCTAATTAAAATATATTATAA
127 TTTTAAGTTAAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
** * * * * * * **
48183 TCAAATGTCTG-CTTTGGAAAACAGGAAGCAAAAGCAATCCGTTGGCAT-A-AAAAGTCCACCTA
1 TTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
48245 TAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATTGAT
63 TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
48310 TTTAAGTGAAATAGTTTTATA-TTTTAAGTTAAAACATATTATAA
128 TTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAA
* * * ** * * * ** *
48354 TTGATTGTTTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * * * *
48419 TCAC-CCATCTCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AATT
66 TCACTCAAGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
48482 TAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTTGATTATAACATATTATAA
130 TAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * *** * * *
48524 TTGAATGTCTACC-TAGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGACAA-AATAGTTCATTTATA
1 TTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * * *
48587 GTCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTT
65 GTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** ** *
48652 TAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
130 TAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
48694 TTGAATGTC
1 TTGAATGTC
48703 CACTATTCAT
Statistics
Matches: 2432, Mismatches: 527, Indels: 231
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 126 0.05
169 441 0.18
170 878 0.36
171 655 0.27
172 229 0.09
173 97 0.04
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
Found at i:47258 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 45458--49604 Score: 2598
Period size: 341 Copynumber: 12.3 Consensus size: 340
45448 NNNNNNNNNN
* * * * * *
45458 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCAT-A-AAAAGTCCATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTAT
* *** * *
45521 AGTCACTCA-AGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGAT
64 AGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
********** ** * * *
45585 NNNNNNNNNNATTTTTTTA-TATTTTTTATTTAAAA-AAATTATAATTGACTGTCTG-CTTAAGA
128 TTTAGGTTAAAAATTTTTACT-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGA
* * * ** *
45647 AATATGAAG-AGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATTTTCAC-CAATGGCTTCGAAA
190 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAA
* * * * * * * *
45710 GACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAGTAATTTTAGGTTGAATTTTTTCA-T
253 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACT
* * * *
45774 ATTTTTGGTTTAAATAGATTGTAA
318 -TTTTTGATTAAAATATATTATAA
* ** ** * * ** *
45798 TTGAATGTTTATCTCCAG-AACGTGAAG-AAAACCCATTCATT-AGTATGAAAAG-CTCATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGA-TAAGAAAAGTC-CATTTAT
* * * ** *
45859 AGTCACTTA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
64 AGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
45923 TTTAGG-TAAAATTTTTTTACGTTTTTGATTACAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
128 TTTAGGTTAAAA-ATTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAA
** * * *
45987 ACATGAAGCGAAAGCCATCCATTG-ATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAG
191 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAG
*
46051 CCTTATTACTCGCTTGAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTAACA
254 CCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAC-
46115 TTTTTT-ATTAAAATATATTATAA
317 TTTTTTGATTAAAATATATTATAA
* * * *** * *
46138 TTGAATGTTTTCTTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
46203 TCATTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTGTAAAT-TCATAATTGATTT
66 TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
46266 TATG-T-ACAATTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCCAGGAAC
130 TAGGTTAAAAATTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAAC
* * ** * * * * **
46328 GTGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGTGACAAAAGTCCATATAGAGTCGGC-C-ATCCTTTTAAAAGC
193 ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAATCC-TTCGAAAGC
* * *
46391 CTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A-TA
255 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACT-
* * * *
46453 TTTTTGGTTAACACAGATTATAA
318 TTTTTGATTAAAATATATTATAA
* * * * * ** * *
46476 TTGAATATCTACCATGAGAAACATAAAGAAGAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGGCCATATATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * ** * * *
46541 TCAATTATTCTTTCAAAAATCTTATTACTAACTTTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT
66 TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** *
46606 -GGTT-AACTTTTCTTACATTTTTTG-TTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTCT-CGCTTAGGAA
131 AGGTTAAAAATTT-TTAC-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGC-CTTA-GAA
* * *
46666 ATATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACATA-AAAAGTCCATTTATAATCACTC-ATGGCTTCGAAA
191 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAA
* * * * * *
46728 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTGAGGTTGAATTTTTTAACA
253 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAC-
*
46793 TTTTTT-ATTAAAATAGTA-AATAA
317 TTTTTTGATTAAAATA-TATTATAA
* * * * * *
46816 TTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATAAACAAAAA-TCATTCATTCG-CAAGAGAAGTCTATTTATA
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** * **
46879 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAGCGATTT
65 GTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * ** *
46944 TAGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTAAATGTTTATCTTGAGAAACG
130 TAGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACA
* * *
47009 TGAAGAAAAATCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CTT
194 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTT
* * *
47073 ATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTT
258 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACTTTTTT
*
47138 GATTAAAGTATA-TACTAA
323 GATTAAAATATATTA-TAA
* * * * * * *
47156 TTCAATGTCTGCATTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCGTTGATATGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
47221 TTACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTT
66 TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
47286 ATGTT-GAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAAA
131 AGGTTAAAAATTTTTA-CTTTTTTGATTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTGCCT--TAGAAA
* * ** ** *
47349 CAT-AAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCAGACATTCCTTCGAAAGCC
192 CATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
47413 TTATTACACACTTTAAATAGTTTTGTAA-CTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATT
256 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAACTT
*
47477 TTTTG-TTAAAACA-ATTATAA
319 TTTTGATTAAAATATATTATAA
* * * * * * *
47497 TTGAATATCTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGATAAGAAAGGTTCATTTATA
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-GTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * **
47561 GTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAAGGGTTTCGTAATCTCATAATTGATT
65 GTCACT-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *** * ** * * **
47625 TTAAGATGATTTTATTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAAATTATAGCTAAATGTCTGTCATGGGA
129 TT-AGGTTA-AAAATTTT-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGA
* * * * ** *
47688 AACGTGAAGGAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTTGCTC-ATCCTTTAGAAA
190 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCC-TTCGAAA
* * * * * * *
47752 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTGTA
253 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT-AA
* *
47817 -TTTTTGGA-TAAAATAGATTATAA
316 CTTTTTTGATTAAAATATATTATAA
* * * * * * * * *
47840 TTGACTGTTTCCCTTAAGAAATATTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAG
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
47905 TCACCCTTACCTTCAAAAGCATTA-TGCTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTT
66 TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * * *
47969 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCTAGAAACAA
131 AGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGAAACAT
* * * * * * * *
48034 GAAGAGAAA-CCTAGTCATTTGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGATAGCCTT
195 GAAGAAAAAGCC-ATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTT
** * * *
48098 ATTACTCTTTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTT
258 ATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAACTTTT
* *
48163 CTAATTAAAATATATTATAA
321 TTGATTAAAATATATTATAA
** * ** * * * **
48183 TCAAATGTCTGCTTTG-GAAAACAGGAAGCAAAAG-CAATCCGTTGGCAT-A-AAAAGTCCACCT
1 TTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGTC-ATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
48244 ATAGTCACT-AAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATTG
62 ATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * * *
48308 ATTTTAAGTGAAATAGTTTTA-TATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCTCAAA
126 ATTTTAGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAG
* * * * * * *
48372 AAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATCTCCTCAAA
189 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATC-CTTCGAA
* * * * *
48436 AGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTAAA
252 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAC
* * *
48500 ATTTTTGATTATAACATATTATAA
317 TTTTTTGATTAAAATATATTATAA
* * * * * * * * *
48524 TTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGACAA-AATAGTTCATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
48588 TCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTT
66 TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *** * * * * **
48653 AAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC--CAC-T--ATTCAT
131 AGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTTAGAAACA-
* * **
48713 TGAA-AAAAAG----TC----C------A-T---T-TACAGTCAC-CCATGCCTTTAAAAGCCTT
194 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTT
* * * * * *
48757 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTT
258 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTAACTTTTT
*
48821 TGGTTAAAATAGT-TTATAA
322 TGATTAAAATA-TATTATAA
* * * * * * * * *
48840 TTGACTGTCTCCCATGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGATAAAAAAAGTCCAATTATTG
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
48905 TCACCCATGCCTTTAAAAGGCTTA-T--T-AC--T--A--G----CT--T-T-A-AA-TGA-TTT
66 TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
48949 AGG-T-CAAATTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACA
131 AGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACA
* * *
49011 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTGAAAGCCT
194 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AATCCTTCGAAAGCCT
* ** *
49075 TATTACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTT-AC-TT
257 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTAACTTT
*
49138 TTTAATTAAAATATATTATAA
320 TTTGATTAAAATATATTATAA
* * * ** * * * * ** *
49159 TTGAATGTTTTCCTTGATAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCACA-TAAAGTCCATTTATA
1 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATA
** * ** * *
49223 ACCACTCA-AGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATT
65 GTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * * * * *
49287 TCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCTCA-AAAA
129 TTAGGTTAAAAATTTTTA-CTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAC
** * * * * *
49351 AGTGAAGAAAAAGTTATTTATTG-ATAAAAAAGTCTATTTACAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGC
193 A-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AATCCTTCGAAAGC
* * * * * *
49414 TTTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTCTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACAT
255 CTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACTT
49478 TTTTGATTAAAATATATTAATAA
319 TTTTGATTAAAATATATT-ATAA
* * * * * * * * *
49501 TTGAATGTTTACCCTTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAT-A-AAAGGTCCACTTA
1 TTGAATGTCT-GCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTA
* * **
49563 TAGTCATTCA-AGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
63 TAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
49605 TTATTGTCTG
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
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TCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AGGTTAAAAATTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAACATG
AAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACTTTTTTGAT
TAAAATATATTATAA
Found at i:48843 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 48559--48848 Score: 413
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
48549 AAGAAAAAAT
* * * * *
48559 TATTCATTGACAAAATAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 TATTCATTGACAAAAAAGTCCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * * *
48624 AATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
66 AATGGTTTTACAACCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
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131 TATAATTGAATGTCCAC
* * **
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*
48770 AATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGT-
66 AATGGTTTTACAACCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-TA
*
48834 TTATAATTGACTGTC
130 TTATAATTGAATGTC
48849 TCCCATGAGA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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TATTCATTGACAAAAAAGTCCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTACAACCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
TATAATTGAATGTCCAC
Found at i:49092 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 48810--49080 Score: 366
Period size: 148 Copynumber: 1.8 Consensus size: 148
48800 AGTTGAATTG
* * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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49081 ACATTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (148 bp):
TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTCCCATGAGAAACATGAAGAAAAAAC
CATTCATTGACAAAAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
AAATGATTTAGGTCAAAT
Found at i:49262 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
48947 TTAGGTCAAA
* * *
48957 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAC
1 TTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
49022 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACATTT
65 CCATCCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
49087 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
* * * * * *
49128 TGTTTTAC-TTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGATAAATGTGAAGTAAAA
1 T-TTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * *
49192 GCCATCCATTGGCACATAAAGTCCATTTATAACCA-CTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
64 GCCATCCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
49256 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATT
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
* * * * * *
49299 TTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCTCAAAAAAGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTACA-TTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAACGTGAAGAAAAAG
** ** ** * * *
49364 TTATTTATTGATAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTT
65 CCATCCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
49429 AAATTGGTTTTCTAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT
130 AAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
* * * ** *
49469 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTAATAATTGAATGTTTACCCTTGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATT-ATAATTGAATGTTT-GCCTCAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * **
49534 GCCATCCATTGGCATAAAAGGTCCACTTATAGTCA-TTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGT
64 GCCATCCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
49598 TTTAAAT
127 TTTAAAT
49605 TTATTGTCTG
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 76, Indels: 24
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAACGTGAAGAAAAAGC
CATCCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
Found at i:51079 original size:171 final size:164
Alignment explanation
Indices: 50741--51335 Score: 577
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 164
50731 NNNNNNCTCT
50741 CTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTCTTATTAA
1 CTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTT-TTATTAA
* * * * * * *
50806 AATATATTATAATCGAATGTCTACTTTGAAAAACAAGAAGCAAAAGCAATCCATTGGCATAAAAA
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** * * *
50871 GTCCACCTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAA-CCTTATTACTCG
123 GTCCATTTATAGTCAC-CCATCTC-TC-AAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
50914 CTTTAAATTATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAA
1 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAA
* * *
50979 CATATTATAATTGATTGTTTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAGGT
65 CATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAAAAAC-TAAAGAAAAAG-CATTCATT-GCAAAAAA-GT
* *
51044 CCATTTATAGTCACCCATCTACTCAAAAGCCTTATTAATTA
125 CCATTTATAGTCACCCATCT-CTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * * * * * *
51085 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTTTATTATAA
1 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
* * * * *
51150 CATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAACCTGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGACAGTTC
65 CATATTATAATTGAATGTCTACCTA-AAAAA-CTAAAGAAAAAGCATTCATTG-CAAAAAAGTCC
* * *
51215 ATTTATAGTCACACATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCA
127 ATTTATAGTCACCCA-TCTCTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
51254 CTTTAAA-TGTTTTGTAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
51317 CATATTATAATTGAATGTC
65 CATATTATAATTGAATGTC
51336 CACTATTCAT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 54, Indels: 34
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 42 0.12
168 19 0.05
169 41 0.12
170 33 0.09
171 164 0.46
172 40 0.11
173 10 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (164 bp):
CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTATTAAAAC
ATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAACTAAAGAAAAAGCATTCATTGCAAAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATCTCTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:51672 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 51647--51685 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
51637 TAGGAAACAT
51647 GAAAAAAAA-CCCATTTATTG
1 GAAAAAAAAGCCCATTTATTG
*
51667 GAAAAAAAAGTCCATTTAT
1 GAAAAAAAAGCCCATTTAT
51686 AGTCACCTAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.53
21 8 0.47
ACGTcount: A:0.51, C:0.13, G:0.10, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
GAAAAAAAAGCCCATTTATTG
Found at i:52059 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 51588--52237 Score: 654
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
51578 ATTTAGGTCA
* ** * * * * *
51588 AATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACATATTGTAATT-AAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAA
1 AATTGTTTTATATTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAA-GTTTACCTGA-GAAACGTGAAG
* * ** * * *
51651 AAAAACCCATTTATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTGAAAACCTTATTA
64 CAAAAGCCATCCATTGGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * *
51715 CACATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTAG
128 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-G
* * * *
51760 AATTGTTTTA-CTTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAGAAACGTGAAGC
1 AATTGTTTTATATTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAAGTTTAC-CTGAGAAACGTGAAGC
* * * * *
51824 AAAACCCATCCATTGGCA-CATAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTAC
65 AAAAGCCATCCATTGG-ATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *
51888 TCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTG
129 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *
51931 AATTGTTTTATATTTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAAAGTTTGCCTCAAAAAAGTGAAGAA
1 AATTGTTTTATATTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAAGTTTACCTGAGAAACGTGAAGCA
* **
51996 AAAGTCATTTATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
66 AAAGCCATCCATTGGATAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
52059 TCACTTTAAATTAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
129 TCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
52103 AATT-TTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTAATAATTGAACGTTTACCTTGGGAAACGTGAAG
1 AATTGTTTTATATTTTTTAATTAAAATATATT-ATAATTGAAAGTTTACC-TGAGAAACGTGAAG
* * * *
52166 CAAAAGCCATCCATTGGCATAAAAGA-TCCACTTATAGTCATTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTA
64 CAAAAGCCATCCATTGG-ATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*
52230 CTCGCTTT
128 CTCACTTT
52238 GAATTTATTG
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 68, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 20 0.05
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173 11 0.03
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATTGTTTTATATTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAAGTTTACCTGAGAAACGTGAAGCA
AAAGCCATCCATTGGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
Found at i:52550 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 52258--53912 Score: 1321
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
52248 TCTGCCACAA
* * * *
52258 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
52323 AGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTTT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTT
* * *
52388 ATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTTGCCTAG
130 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTGCCTAG
* * * ** *
52429 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAGGTTTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
** * * * *
52494 AGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTCTTTC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTT
* * * *
52559 ATTTTTTGTTAATATAGATTATAATTGAATGTCTGTCATGG
130 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTAG
* * * * * *
52600 GAAACGTGAAGACAAAGCCCTTC-TTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *** * *
52664 AAGCCTTGTTATTTGCTTTAAATGGCTTTACGATCTCATCACTGATTTT-AGATTGAATTCTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTT
** * * * * *
52728 ACATTTTTTGATAAAACGGATTATAATTGACTGTCTGTCTTG
128 TTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAG
* ** * * * ** * * *
52770 AAAAATTTGAAGAAAAAGCTATTCATT-GATAAGAAATA-TTCATTTAGCGTCACCTATGCGTTC
1 -GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
52833 TAAAGCCTTATTACTTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
63 AAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
52898 TTACATTTTTAGTTGAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAA
127 TT-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-AG
* * * * * * * * *** **
52943 GAAACGTGAAGGAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATATATAGCCGCTCAAGGCTTCGGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
53008 AGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTCT-
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA
* * * * *
53068 TTTTTTATTAAAATAAATTATAATT-AATTGTCTGTCTTG
131 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTAG
* ** * ** * ** ** *
53107 AGAAACATGGACCAAAAA-CCATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCG
1 -GAAACGT-GAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
53171 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * **
53235 TACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAACGT-TGACCTTC
129 T--ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTAG
* ** * * * * * * *
53278 AAAATTTTGAAG-AAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGCCCTTTTCTAGTCACCCATTCCCTCAA
1 GAAA-CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
53342 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-
* *
53407 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
129 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAG
* * *******
53448 GAAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATT-GACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATNNNNNNN
1 G-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*** * * * *
53512 NNNGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
** * * * * *
53577 AGATTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTGTATGTTTACCTTAG
128 TTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TAG
* ** * * * * *
53620 AAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTAATAGTCACCAATTCCCTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
** *
53685 AGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA
* * * * *
53749 CTTTTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTTG
131 --TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAG
* * * * * * **
53790 AGAAACATGGAGCAAAAGCCATCCATT-G-ATATGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTC
1 -GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* ** * *
53853 GAAAGAATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
63 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
53913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 271, Indels: 85
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 117 0.10
166 6 0.01
167 2 0.00
168 3 0.00
169 9 0.01
170 146 0.12
171 747 0.64
172 135 0.12
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA
TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAG
Found at i:53735 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 52259--53912 Score: 1493
Period size: 342 Copynumber: 4.9 Consensus size: 341
52249 CTGCCACAAG
* * * * *
52259 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
* * * *
52324 GCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTT-T
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAT
* * * * * *
52388 ATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTTGCCTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTC
130 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTGCCTTGGAAAACATGAAGACAAAGCCATTC
* ** ** **
52452 ATT-AGCAA-GAAAGGTTTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
194 ATTGA-TAAGGAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
52515 TAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTCTTT-CATTTTTTGTTAATATAGATT
257 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* ***
52579 ATAATTGAATGTCTGT-CATGGG
321 ATAATTGAATGT-T-TACCTTAA
* * * * * *
52601 AAACGTGAAGACAAAGCCCTTCTTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAA
* * * * *** * * *
52665 AGCCTTGTTATTTGCTTTAAATGGCTTTACGATCTCATCACTGATTTT-AGATTGAATTCTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * ** * *
52729 CATTTTTTGATAAAACGGATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAAAAATTTGAAGAAAAAGCTATTC
129 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGACAAAGCCATTC
* * ** * * * *
52794 ATTGATAA-GAAATATTCATTTAGCGTCACCTATGCGTTCTAAAGCCTTATTACTTTGCTTTAAA
194 ATTGATAAGGAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAA
* * *
52858 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAACAGATTG
257 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
*
52923 TAATTGAATGTTTACCTCAA
322 TAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * * * ** **
52943 GAAACGTGAAGGAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATATATAGCCGCTCAA-GGCTTCGG
1 -AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAA
* * *
53007 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-----TTC
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
53067 T-TTTTTTATTAAAATAAATTATAATT-AATTGTCTGTCTT-GAGAAACATG--GACCAAAAACC
129 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGGA-AAACATGAAGA-C-AAAGCC
* * * * ** * * *
53127 ATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
190 ATTCATTGATAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
53192 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
255 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
53257 TATAATTAAACGTTGACCTTCAA
320 TATAATTGAATGTTTACCTT-AA
*** * * * * * * *
53280 AATTTTGAAG-AAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGCCCTTTTCTAGTCACCCATTCCCTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
* *
53344 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* *
53409 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGACAAAGCCATTCAT
131 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGACAAAGCCATTCAT
* ********** * *
53474 TGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGT
196 TGATAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * *
53539 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTATGAT
261 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
*
53604 TGTATGTTTACCTTAGA
326 TGAATGTTTACCTTA-A
** * * *
53621 AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTAATAGTCACCAATTCCCTCAAAA
1 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
** *
53686 GTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACT
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-T
* * * * * *
53751 -TTTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGGAG-CAAAAGCCATC
130 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACATGAAGAC-AAAGCCATT
* * * * * * **
53813 CATTGATATGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCGCTTTAAAT
193 CATTGATAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
53878 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
258 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
53913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 230, Indels: 66
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.00
335 90 0.09
336 91 0.09
337 81 0.08
338 5 0.00
340 4 0.00
341 181 0.17
342 424 0.40
343 168 0.16
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGACAAAGCCATTCAT
TGATAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTTTACCTTAA
Found at i:54886 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 54520--55204 Score: 537
Period size: 170 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
54510 NNNNNNNNNN
* * * *
54520 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTG-TTGAAAA-AGATTGTAATTGAATGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTACTTTTTTGATT-AAAACATATTATAATTGAATGTTT
** * * * ** * **** * * * **
54583 ACCATAGGAAACGTGAAG-AAAACCCATTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAC
64 GTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGATTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATG
* * * * *
54647 CTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAACCT
129 CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * *
54688 TATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTACTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGT
* * *
54753 CTTGGGACAA-ATGAAGCAAAAGTGATCCATTGATTCGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAAGC
66 CTTGGGA-AACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGATTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGC
* ******
54817 TTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTANNNNNN
130 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
**** * *
54858 NNNNATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTACATTTTTTG-TTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG
* * ** *** *
54922 TCTTTGGAAACAT-AACGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATG
65 TCTTGGGAAACATGAA-GCAAAAGTCATCCATTGATTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATG
* * * *
54985 CCTTCAAAGACCTTTTTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCT
129 CTTTGAAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCT
* * * * * *
55028 CATAATTAATTTTATGTTGAACTTTTTTATTTTTTTGATTCAAACATATAATAATTGAATGTCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAC-TTTTTACTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG
* * ** * * * *
55093 CCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATC-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAGTC
65 TCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGAT-TCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATG
*
55157 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGA-TTTATAATCT
129 CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCT
*
55199 TATAAT
1 CATAAT
55205 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 99, Indels: 31
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 16 0.04
168 50 0.12
169 76 0.19
170 139 0.35
171 110 0.27
172 9 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTACTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGT
CTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGATTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATGCT
TTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
Found at i:55144 original size:341 final size:329
Alignment explanation
Indices: 54522--55196 Score: 752
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 329
54512 NNNNNNNNCA
* *
54522 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGTTGAAAAAGATTGTAATTGAATGTTTACCA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTGTTGAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCA
* * *
54587 TAGGAAACGTGAAGAAAACCCATTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCG
66 TAGGAAACATGAAGAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCG
* *
54652 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
131 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * * * **
54717 TTTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGTCTTGGGACAAATGAAGCAAAAGTGATCCA
196 TTTTTTGATTAAAACATATAATAACTGAATGTCTGCCTTGAGACAAATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * *
54782 TTGATTCGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAAGCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT-G
261 TTGATTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
54846 ATTT
326 ATTT
*
54850 TANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTACATTTTTTGTT-AGAACAGATTATAATT
1 TA----------ATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTACA-TTTTTGTTGA-AAAAGATTATAATT
** * * ** * *
54913 GAATGTTTGTCTTTGGAAACAT-AACGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
54 GAATGTTTACCATAGGAAACATGAA-G-AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGT
** * * * *
54977 CACCCATGCCTTC-AAAGACCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
117 CACCCAAACCTTCGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAACCTCATAATTAATTTT
* * * * *
55041 ATGTTGAACTTTTTTATTTTTTTGATTCAAACATATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA-AATG
180 AAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGATTAAAACATATAATAACTGAATGTCTGCCTTGAGACAA-A
* **
55105 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATC-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAGTCCTTCGAAAGCCT
243 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT-TCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCT
55169 TATTACTTGCTTTAAATGGATTT
307 TATTACTTGCTTTAAATGGATTT
55192 ATAAT
1 -TAAT
55197 CTTATAATNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 41, Indels: 37
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.01
333 2 0.01
337 10 0.04
338 60 0.21
339 60 0.21
340 30 0.11
341 112 0.39
342 7 0.02
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (329 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTGTTGAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCA
TAGGAAACATGAAGAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCG
AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
TTTTTTGATTAAAACATATAATAACTGAATGTCTGCCTTGAGACAAATGAAGCAAAAGCCATCCA
TTGATTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
ATTT
Found at i:56025 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 55719--56026 Score: 376
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
55709 GAAAAAGCCT
* * ** *
55719 TTCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCACTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAG
1 TTCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACACTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
*
55784 TGATTGTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGTTTAT
66 TGATTGTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAG-TTAC
55849 AATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAGAAACCCA
130 AATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAGAAACCCA
* *
55888 TTCATTGGCAAGAAAAG-CACATTTATATTCACCCAA-ACCTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTT
1 TTCATTGACAA-AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAACA-CTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTT
* * **
55951 AAATGGTT-TGA-GAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTT-TACTTTTTTGATTAAATA
63 AAATGATTGT-ATG-ATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTA--TTTTTGATTAAA-A
*
56013 TA-TTACAATTGAAT
123 CAGTTACAATTGAAT
56027 ATCTGCCTTC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 13, Indels: 15
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.14
170 88 0.75
171 12 0.10
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACACTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
TGATTGTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGTTACA
ATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAGAAACCCA
Found at i:56343 original size:318 final size:317
Alignment explanation
Indices: 55756--56344 Score: 769
Period size: 318 Copynumber: 1.9 Consensus size: 317
55746 TCACCCATCA
* * * *
55756 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGATTGTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTGTATAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATT
* * * * *
55821 TTTTGTATTTTTGATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAGAAACC
66 TTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAAAAAAACC
*
55886 CATTCATTGGCAAGAAAAGCACATTTATATTCACCCAAACCTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTT
131 CATTCATTGGCAAGAAAAGCACATTTATAGTCACCCAAACCTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTT
* * * * * *
55951 AAATGGTTTGAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTACTTTTTTGATTAAATATAT
196 AAATGGTTTGAGAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAATAGAT
56016 TACAATTGAATATCTGCCTTCAATTGATATGAAAAGTCAATTTATAGTGACTTAAGC
261 TACAATTGAATATCTGCCTTCAATTGATATGAAAAGTCAATTTATAGTGACTTAAGC
* * *
56073 CTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATA
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTGTATAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAAT-
* * *
56138 TTTTTATATTTTTTG-TTAAAACGGATTATAATTCAATGTCTGT-TCTT-GGAAACATGAAAAAA
65 TTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTCAATGT-T-TACCTTAGAAAACATGAAAAAA
* * ** * *
56200 AAGCCATTCATTGGCATGAAAATTTA-ATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCA-AAGGCCTTATTAC
127 AACCCATTCATTGGCAAGAAAA-GCACATTTATAGTCACCCAA-ACCTT-AGAAAGCCTTATTAC
* * *
56262 TCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTG-TTA
189 ACGCTTTAAATGGTTTGAGAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATT-
*
56326 AAATAGATTATAATTGAAT
253 AAATAGATTACAATTGAAT
56345 GTTTGGCTCG
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 32, Indels: 15
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
317 63 0.27
318 156 0.67
319 12 0.05
320 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (317 bp):
CTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTGTATAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATT
TTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAAAAAAACC
CATTCATTGGCAAGAAAAGCACATTTATAGTCACCCAAACCTTAGAAAGCCTTATTACACGCTTT
AAATGGTTTGAGAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAATAGAT
TACAATTGAATATCTGCCTTCAATTGATATGAAAAGTCAATTTATAGTGACTTAAGC
Found at i:56405 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 56055--56598 Score: 698
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
56045 TGAAAAGTCA
* ** * *
56055 ATTTATAGTGACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
56120 TTGATTTCAAGTTAAATAT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTCAATGTCTGTTCT
66 TTGATTTAAAGTTGAAT-TGTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-GCT
* * * * * * * ***
56184 TG-GAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAATTTA
128 CGAGAAACATGAAGAAAAACCCTTTTATTGGTAAGAAAATCCC
* * * *
56226 ATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAA
1 ATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
56290 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGGCTCG
65 ATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTCG
*
56355 AGAAACATGAAGAAAAACCCTTTTATGGGTAAGAAAATCCC
130 AGAAACATGAAGAAAAACCCTTTTATTGGTAAGAAAATCCC
* ** * * *
56396 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCATTTTAGAATCTTATAC
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
56461 TTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGGCTCGA
66 TTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTCGA
*
56526 GAAACGTGAAGAAAAACCCTTTTATTGGTAAGAAAATCCC
131 GAAACATGAAGAAAAACCCTTTTATTGGTAAGAAAATCCC
56566 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
56599 CATTTTACAA
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 45, Indels: 9
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 243 0.75
171 78 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTCGA
GAAACATGAAGAAAAACCCTTTTATTGGTAAGAAAATCCC
Found at i:57022 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 56685--57264 Score: 636
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
56675 CTGCCTTGAC
* ** * * *
56685 AGTC-ATTTGTAGTCACCCATAACTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATATTCTC
1 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTC
* * * * *
56749 ATAATTGAGTTTAGATTGAATTCTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTGTATGT-TAG
66 ATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTAAA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCT-G
*
56813 CCTTG-GAAAACGTGAAG-AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
128 CCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* * * *
56853 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCT
1 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCT
* *
56918 CATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTCTTAAATATTTAGTTAAAA-AAATTACAATTGAGTGTCT
65 CATAATTGATTTTAGGTTAAATTATT-TTAAAT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-TGTCT
* **
56981 GCCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAACCATTCATTGACAAG-AA
127 GCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* ** *
57022 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCT
1 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCT
* * * * *
57087 CATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTGTAATTTACTATCTG
65 CATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTAAATTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGA-TGTCTG
* ** * *
57152 TCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCAGTGATAAGAAA
128 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
** * *
57193 GACCCT-TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATC
1 -AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATC
57257 TCATAATT
64 TCATAATT
57265 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 50, Indels: 25
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.03
169 162 0.47
170 112 0.32
171 63 0.18
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTAAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATGTCTGCCT
TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
Found at i:58801 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 58439--59441 Score: 592
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 166
58429 NNNNNNNNNN
* * ** *
58439 TGAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTA-CAAATGAATGGGTTTTTCTTTACATTTCT
1 TGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAT-GCCTTTTC-TTACGTTTC-
* * * * * *
58503 CGAA-ACAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCA
61 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCA
* * * * **********
58566 ATTTTGAGGTTACAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTT
125 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
* * *
58609 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTGTTCTGTACGTTTCCT
1 TGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTT-TTCT-TACGTTTCCT
* * *
58674 AAGGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATTAGAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATCAAT
63 AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
**********
58739 TATAAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTT
127 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * *
58779 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGATATCAATGGATAG-CTTTTGCTTCACATTT-
1 T-GAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTT-CTT-ACGTTTC
* * * *
58842 CTCAAGGCAGACATTCAATTATTATATATTTGAATCAAAAAA-ATAAAAAAGTTCAACATAAAAT
61 CT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAAT
* *
58906 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTT
123 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTT
* * * *
58951 TGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGATTCC-
1 TGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCC-TTTTC-TTACGTTTCCT
* * * * * * *
59015 AAAGCAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
63 AAGGC-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
59080 TATAATG-TTATAAAATCATTTATAGCGAATAATAAGGCTT
127 TATAA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * ** * * *
59120 TCGAAAGTTTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCAAATCAATGGAT-CACTTTTGCTTCATGTGTC
1 T-GAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGC-CTTTT-CTT-ACGTTTC
* * * ** *
59184 CCAAGGTCA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGGTAAAAAAATCTAACTTAAAATC
61 CTAAGG-CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAAATC
********** * *
59248 AATTATAAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAATAATAATGCTT
124 AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * ** ** *
59291 TCGAAGGTTTGGGTGACGATAAATAGG-CTTTCCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTC
1 T-GAAGGCTT-GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTTCTT-ACGTTTC
* * * * * * *
59355 CTATGGTAAACATTCAATTACAATCT-TTTTCAA-CAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATC
61 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AATAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* *
59418 AATTATGAGATTACAAAACCATTT
124 AATTATAAGATTATAAAACCATTT
59442 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 140, Indels: 80
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.03
170 258 0.40
171 346 0.53
172 28 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
TGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTCTTACGTTTCCTAAG
GCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Found at i:59115 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 58607--59264 Score: 806
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
58597 NNNNNNGGCT
* *
58607 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTGTTCTGTACGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTGTTCTGTACGATTC
* * * ** *
58672 CTAAGGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATTAGAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATCA
66 CTAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATCA
*********** * *
58737 ATTATAAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
131 ATTATAAGATTATAAAACCATTTATAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACCATAAA
* * * * *
58802 TGGACTTTTGATATCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG-CAGACATTCAATTATT
196 TGGACTTTTCAAATCAATGGATCA-CTTTTGCTTCACATGTCCCAAGGTCA-ACATTCAATTATA
* *
58865 ATATATTTGAATCAAAAAAATAAAAAAGT-TCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
259 ATATATTTGAATCAAAAAAATAAAAAAATCT-AACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTAT
58929 TTAAAGCGAGTAATAAGGTC
323 TTAAAGCGAGTAATAAGGTC
* * ** * * *
58949 TTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGATTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTGTTCTGTACGATTC
* * * *
59014 C-AAAGCAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATC
66 CTAAAGC-AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATC
* *
59077 AATTATAATG-TTATAAAATCATTTATAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAAGTTTGAGTGACCATA
130 AATTATAA-GATTATAAAACCATTTATAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACCATA
**
59141 AATGGACTTTTCAAATCAATGGATCACTTTTGCTTCATGTGTCCCAAGGTCAACATTCAATTATA
194 AATGGACTTTTCAAATCAATGGATCACTTTTGCTTCACATGTCCCAAGGTCAACATTCAATTATA
* ** *
59206 ATATATTTTAATCAAAAAGGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
259 ATATATTTGAATCAAAAAAATAAAAAAATCTAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAA
59265 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 47, Indels: 11
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 172 0.65
342 92 0.35
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTGTTCTGTACGATTC
CTAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACCATTTATAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACCATAAA
TGGACTTTTCAAATCAATGGATCACTTTTGCTTCACATGTCCCAAGGTCAACATTCAATTATAAT
ATATTTGAATCAAAAAAATAAAAAAATCTAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTA
AAGCGAGTAATAAGGTC
Found at i:59368 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 58768--59423 Score: 781
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
58758 NNNNNNNNNG
* * * *
58768 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGATATCAATGGATAGCTTTTGC
1 TAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCAAATCAATGGATAGCTTTTGC
* * * *
58833 TTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTATATATTTGAATCAAAAAAATAAAAAAGTTCAA
66 TTCACATGTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTGAATCAAAAAAATAAAAAAATTCAA
* *
58898 CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTTGAAGGCATTGG
131 CATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGTCTTTGAAGGCATTGG
* * * *
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** *
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*
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** * **
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* ********** * *
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129 -AACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGTCTTT-GAAGGCA
* * * * * **
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TGACGATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGATTCCAAAGCAAAACATT
CAATTACAATCTTTTTCAACAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATAATGTTATAA
AATCATTTATAGCGAA
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*
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* * * *
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* **********
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* * *
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* * **********
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* * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * ** * * ** * * *
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* * *
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* * * *
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*** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * ** *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
*** * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
63420 T-AGGAACGTGAAGAAAAGGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCGC-CTATCCTTT
65 TGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TT
* * *
63483 CAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAA
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* * * *
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* * **
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* *
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** * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* ** * * * * * * *
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* * *
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** * * * * * * * *
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1 ATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * ** * * * * * *
64098 CGAAAAATGTGAAGAAAA-ACTCATTTATTGGTAAGAAAA-ACTCATTTATAATCACCCAAGCCT
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** *
64161 TCGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
64205 ATGGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTCTAATTCAATGTTTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * ** * * * * *
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** * *
64332 TTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAAA-GATTTTATAATCTCATA
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* ** * ** * * *
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1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* ** * **
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66 GA-GAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * *
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1 ATTGA
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Found at i:62537 original size:512 final size:506
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60958 NNNNNNNNNN
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* * ** * *
61098 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AAGTCTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTT
* * * * * * * *
61162 TACT-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGGTAATAT-AGAGCAAAAGCC
191 TA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGA-AGAAAAAGCC
* ** * * * * * * * *
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********* * * *
61289 NNNNNNNNNTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* ** * *
61354 TTATAGTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAGGCCATTCATTGACAAGGAAAGTCCAT
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* * ** *
61419 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAGCGGTTTTACAATCTCATA
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* * * * * *
61481 ATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAGAAA-AGTTTATAATTGAATGTTTCTCT
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* * ** * * * * *
61545 T-AGCAAATAAGAAGAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAG-CCTCTTTATATTTGC-CCAAGCCT
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* * *
61607 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGT-AGTTGAATGT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTT
** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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252 CATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * * *
61800 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * **
61864 TTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGG-TAGTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
381 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * *
61928 TTTATATTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
445 TTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATA
* * *
61991 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTGTCTC
1 ATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * *
62055 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGACAAGGAAAGTCCATATATAGCCATCCATGCCTTCA
65 GAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCA-CCATGCCTTCA
* * * * * *
62120 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTACATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTT
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* * * * *
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192 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * **
62250 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCGCTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
256 CATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * * *
62315 GTTTTTATATTCTCATAATTAATTTGT-AGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAATATATTA
321 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTA
* * * * * * **
62379 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAGCAAAA-GTCATCCATTGATATGAAAATTTTATTT
384 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
62443 ATAATCAGTCAAACCTTCGAAAGCCGTATTACTTCCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
448 ATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATA
* * * *
62503 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTG
*** * * * * *
62568 AGAAACGCAAAGAAAAAGGTAGTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
66 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCAC-CATGCCTTCAA
*
62633 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * * *
62698 TATTTTGGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
193 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
62763 ATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCAC-CTATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAA
257 ATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * *
62825 GTGATTTTACAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACATAT
320 -TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGAT
* * * *
62890 TATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAACAAGAAGGAAAA-CCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTC
382 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAA-GAAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-C
* *
62952 ATTTATAGTC-GTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATA
444 ATTTATAGTCAG-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATA
* * * ** * **
63016 ATTAATTTGT-AGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTAAAATATTTTATAATTGAATGTCT-TCC
1 ATTGATTT-TAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGT-C
* * * ** * * * * *
63079 TTGAGAAAGATGAAGCAAAAGC-TACCATTGATATA-AAAATTCTATTTATAGTCACTCAAGTCT
63 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCAT-TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATATATAGTCAC-CATGCCT
* * * *
63142 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * ***
63207 TAACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGCAAAGAAAAAGCCA
190 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
63272 GTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAA
254 TTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* *
63337 ATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT
319 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATT
* * * * * * *
63401 ATAATTAAATATCTACCTCT-AGGAACGTGAAGAAAAGGCCATTCATT-AGCAACAAAAGTCTAT
383 ATAATTGAATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
63464 TTATAGTC-GCCTATCCTTTCAAAAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAA
446 TTATAGTCAGCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATA
* *
63526 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* *
63591 GGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATTCCTTCA
65 GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACC-ATGCCTTCA
* * ** *
63656 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTTGGTTAAATTTTCTT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT
* *
63721 ACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATT-AAGTGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCC
192 ATATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAA-TGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAG-CC
* ** * * **
63783 ATTTATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTACCTTT
253 ATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * * *
63847 AAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * ** * * * *
63912 ATATAATTGAATATTTTCCCTGTGAAATGTGAACAAAAATG--ATTCATTGTCAAGAGAAGTCCA
381 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-GAAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
63975 TTCATAGTCA-CC---CATACAAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
445 TTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATA
** * * * * * * **
64034 AGCGATTTT-AGCATCAATATTCTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCT
1 ATTGATTTTAAG-TTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCT
* * ** * * * * * * *
64098 CGAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTTATTGGTAAGAAAA-ACTCATTTATAATCACCCAAGCCTT
64 TGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATATATAGTCA-CCATGCCTT
** * *
64162 CGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATGGATTTTAAGTTGAATGTTT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * * * * * * *
64227 TTACT-TTTTTGATTAAAATATATTCTAATTCAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
190 TTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * * *
64291 ATCCATTGATATG-AAAAGCTAATATATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTT
253 ATTCATTGGTAAGAAAAATC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTT
* * ** * *
64354 TCAAA-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
316 T-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACA
* * * * ** *
64418 GATTATAATTGACTATTTGCCTT-ACGAAACACGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
379 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * *
64482 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTAT
443 CATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAT
64546 A
506 A
* * ** * * *
64547 ATTGAATGTCTGTCTCGAAA------A-A----T-G-T-GAA-AGA--A-AA-GGTAT-TCATTG
1 ATTGATTTTAAGT-T--AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC--TG
* ** * ** **
64592 ACAAGA-AAAGTTCATTTACAG-TCACCCATTCATT--C--G-AAAG-CC-T-T-T-GT-ACTCA
61 TCTTGAGAAA---CA-TGA-AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCAC-CA
* * ** *** * * * * * * * *
64644 -G--TTTAAAGGGTTTCGGAATCTC-ATAATTGATTTTA-AGA--TGAT--TT-TTTTTATGCAT
120 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAG--T
* * * * * * * * ***
64699 T---TTTTGTTAAAACAAATTATAGTT-GAA-TG-TCTATCATGGAA--AACA---T------A-
182 TGAATTTT-TT---A-TATTTTTGGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACAT
* * ** * ** * * *
64746 -AAGACAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TGTCCATCCTTTTGAAAGCCTT
241 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTT
* * * * * * * *
64809 ATTACTCGCATTAAATGGATTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTCATATTTTT
305 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * ** *
64874 AAATAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
370 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGACA
* * * *
64939 AAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCGTCAAAAGCATTATTAC-TCACTTTAAATAGTTTT
434 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GTTTT
*
65002 ATAATCTCCTA
496 ATAATCTCATA
* * * * * *
65013 ATTGATTTT-TGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAATTATAGTTGAATGTCTGTCA
1 ATTGATTTTAAG-TT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTC-
** * ** * *
65077 TTG-GAAACATGAAGGCAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGC-CCATCCCT
63 TTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAG-T-CACCATGCCT
* *
65140 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT
* * * * *
65204 TTTATATTTTTGGATAAAA-AAATTTATAATT-AACTGTGTGCC-TGAAGAAATATGAAGAAAAA
189 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAA-TGTTTACCTTG--GAAACATGAAGAAAAA
* ** * * * * * ** *
65266 GTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCT
250 GCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
* * * * *
65331 TTAAATGATTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACA
315 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACA
* * * * *
65396 TATTGA-AATTGAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAAGAGAAA--CCTAGTCATTAACAAGAAAA
379 GATT-ATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGA-AAAGGCC-ATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
65457 G-CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGACAGCCTTATTAC-TCATTTTAAATTAGTTTTATAAT
440 GTC-CATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAA-T-GTTTTATAAT
65520 CTCATA
501 CTCATA
* * * * *
65526 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTCGATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* * ** * * * *
65591 GAAAAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCATA-AAAAGTTTATTTATTGTCACTCATCCCAT
65 GAGAAACATGAAGA-AAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATATATAGTCAC-CATGCCTT
* * * * * *
65654 CAAAAGGCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTCATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
** * * * ** ** * *
65719 TTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGGCA
190 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * ** ** * * * * **
65784 TCCATTGGCATA-AAAAGTTTATTTATAGTCACTCATCCCCTCAAAAGGCTTATTAATCACTTTA
254 TTCATTGGTA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * * * *
65848 AATGGTTTTGTAATGTCACAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAGCATAT
318 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGAT
* * ** *** * **
65913 TAAAATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAAGGTGAAGAAAA-AATATTTCATTGGCAAGAAAAGTTTA
382 TATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAGGCCA-TTCATTGACAAGAAAAGTCCA
*** ** * *
65976 TTTATAGTCA-CACATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTAATTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATA
445 TTTATAGTCAGC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATA
* ********** * *
66039 ATTGA-TTTATAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTANNNNNNNNNNTCCATTTACA-GTCACC
1 ATTGATTTTA-AGTTAAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT-AATTGA-ATGT----
* * * * ** *** *
66102 CATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTACAATCTAATAATTGATTTTAAGT
58 C-TGTCTT-GAGAA-AC--ATGA--AGA---AAA-AGCATT-C-AT-TGGCAA--GA---AAAGT
** * * * *** * * **
66166 TGA-AGT-TTGTTA-TATTTTTAGTTAAAA-CATATTATAAATGACTGTCTGCTTTGAGAAACGT
104 CCATA-TATAGTCACCATGCCT--TCAAAAGC--CTTAT---T-AC--TC-GCTTT-A-AATGGT
*** * ** * * ** * * **
66227 AAAGAAAAAGTCATTCATTGACAATAAAAGTCT-AATTATTGTCACCCATGCCTTAAAAGGCCTT
155 -TTTATAATCTCA-TAATTG--ATTTTAAGT-TGAATT-TT-TTA--TAT---TT--TTGG--TT
** * * * ** * *
66291 ATTACTAGTTTTAAATGGTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATTGTAATTG
204 AAAAC-AG------AT--TATA-ATTGAA-TG-TTTAC--CTTGGA--AACAT-GA-AG-AA---
* *** * **
66356 AATGTTGGCCTAAGGAAACGTGAGGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
247 AA----AGCC--A-TTCA--------------------TTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA
*
66421 -TCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAA
285 CTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
66484 ATTGAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAGAAACATG
349 GTTG-AATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* * * * **
66549 AAGCAAAA-GCCATCCACTGCCACA-AAAAGTCCACTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCT
412 AAG-AAAAGGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CAAGCCTTCAAAAGCCT
* *
66611 TATTGC-TCGCTTTAAATGCTTTAATAATCTCATA
474 TATTACTTC-CTTTAAATG-TTTTATAATCTCATA
* * ** * * * *
66645 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTA
1 ATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * *
66710 AAAAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TGATAGTCACCCATGCCTTC
65 GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATAT-ATAGTCA-CCATGCCTTC
** * * * *
66774 AAAAGCCTTATTACTAACTCTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * **
66839 TACATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATTCAT
191 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* ** * *
66904 TCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
255 TCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
** * * * * *
66969 TGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTTTACCTTTTTTGATTAAAATATA
320 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTA-CATTTTTG-TTAAAACAGA
* * * * * * *
67034 TTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATGAAGCAAAA-G-CAATCTATTGATATGAAAAG---
381 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCC
* ** * * *
67094 --TTATAGTCA-CTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAGTTGTTCTATAGTCTCAT
444 ATTTATAGTCAGC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAA-ATGTTTTATAATCTCAT
67155 A
506 A
* * * *
67156 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCT-TCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGT-CTT
* * * * *
67220 -AGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTT
65 GA-GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTC-ACCATGCCTTC
* * * * *
67284 AAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * * *
67349 TACATTTTT--TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAAAAAAACCCAT
191 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
67412 TCATTCGCAAG-AAAAGCTCATTTGTAGTCAC-CTAAGCCTTTC--AAGCTTTATTACTTGCTTT
255 TCATTGGTAAGAAAAATC-CATTTATAGTCACTC-AAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
** * * * * * *
67473 AAATAATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTGAGTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACATA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAACAGA
* ** * * * * * **
67538 TGATAATTGTGTGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATCGGTAAGAAAAGTCCAT
381 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* **** * * * * *
67603 TTATAGTCATCCATTTTTTCAAAAGTCTTATTAC-TCACTTAAAATAATTTTAGAATCTCATT
446 TTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATA
* * * * * ** *
67665 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * * * * *
67730 GAG-TACTGTGAAGAAAAACCCATTCA-TGGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
65 GAGAAAC-ATGAAGAAAAA-GCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATATATAGTCA-CCATGCCTT
* * * * *
67793 CGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATTAT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATT-T
** * * * *
67858 TTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGC
189 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * * * * * **
67922 CATCCACTAGCACA-AAAAGTCCATCTATGGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
252 CATTCATTGGTA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
* * * *
67986 TAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACAT
316 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAG
* ** * * * *
68051 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGG-TATTTATTGACAAGAAAAGTCT
380 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
68115 ATTGATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGATTTTTTACTTTCATA
444 ATTTATAGTCAGC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * *
68179 ATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTGAATGT-T-TACC
1 ATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGT-CT
* *
68242 TCAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAA
64 TGA-GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAA
68280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5237, Mismatches: 1147, Indels: 829
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
464 3 0.00
465 16 0.00
466 208 0.04
467 5 0.00
470 1 0.00
471 1 0.00
475 2 0.00
476 1 0.00
477 4 0.00
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481 7 0.00
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518 1 0.00
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529 3 0.00
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532 3 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTG
AGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCATGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
GTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAG
CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGTTTTATAATCTCATA
Found at i:64948 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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64574 AAGAAAAGGT
* * * * *
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* *** * * *
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* * ** * * *
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124 CATATTATAATTGAATGTCTGCCTA-AG-AAACATGAAGAAAAAGCC
* ** ** * *
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1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCACCATCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
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65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACATAT
* **
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* * *
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1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC-CAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
64992 AAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTTGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAA
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACATA
* * ** **
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128 TTATAATTGAATGTCTG-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* *
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1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-CACCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
65163 AAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTATATTTTTGGATAAAAAAAT-
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTT-GATTAAAACATA
* * *
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128 TTATAATTGAA-TGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* ** *
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1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCA-CCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
65333 AAATGATTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACATA
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACATA
* * * *
65398 TTGA-AATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAGAAA-CC
128 TT-ATAATTGAATGTCTGCCTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
65439 TAGTCATTAACAAGAAAAG-CTCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCGACAGCCTTATTACTCATT
1 -ATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTTCA-CC-ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
65502 TTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTCGATTAAAAA
62 TTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAAC
*
65567 ATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAA-AAACATGAA-ACAAAAGCC
125 ATATTATAATTGAATGTCTG-CCT-AAGAAACATGAAGA-AAAAGCC
* * ** * * * *
65612 ATCCATTGGCATA-AAAAGTTTATTTATTG-TCACTCATCCCATCAAAAGGCTTATTAATCACTT
1 ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC-CAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
65675 TAAATGGTTTTGTCATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAT
* * * *
65740 ATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGGC
127 ATTATAATTGAATGTCTG-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * ** * * *
65783 ATCCATTGGCATA-AAAAGTTTATTTATAG-TCACTCATCCCCTCAAAAGGCTTATTAATCACTT
1 ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC-CAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
65846 TAAATGGTTTTGTAATGTCACAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAT
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAT
* * ** **
65911 ATTAAAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTGAAGAAAAA-AT
127 ATTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* ** * * *
65953 ATTTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAG-TCACACATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTAATT
1 A-TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC-CA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
66017 TAAAAGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTATA-GTTGAATTTCTTTACATTTTTG
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGGTTGAATTT-TTTATATTTTTG
66072 GTTANNNNNN
Statistics
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0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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169 5 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCACCATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTA
TAATTGAATGTCTGCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
Found at i:65124 original size:342 final size:343
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 343
64532 TTTTGTAATC
* ** *
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1 TTATAATTGAATGTCTGCCT-GAAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTT
* * * * * * ** * *
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64 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTAT-TACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATA
* * * * *
64669 ATTGATTTTAAGA-TGATTTTTTTTATGCATTTTTTGTTAAAACAAATTATAGTTGAATGTCTAT
128 ATTGATTTT-TGATTGAATTTTTTTAT--ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGT
* * * * * *
64733 CA-TGGAAAACATAAAGACAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGTCCATCCT
190 CATTAGAAAACATGAAGGCAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATCCC
** * * * * *
64797 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGATTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAACTT
255 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT
* * *
64862 TTTCATATTTTTAAATAAAACAGA
320 TTTTATATTTTTGAATAAAACATA
* * **
64886 TTATAATTGACTGTCTGCCAT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATGTCTGCC-TGAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTA
* * * *
64950 TTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAAT
65 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
* *
65015 TGATTTTTGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAATTATAGTTGAATGTCTGTCATT-
130 TGATTTTTGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCATTA
* * *
65079 GGAAACATGAAGGCAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATCCCTTCAA
195 GAAAACATGAAGGCAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATCCCTTCAA
65144 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTG-AATTTTTT
260 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAATTTTTT
* *
65207 ATATTTTTGGATAAAA-AAA
324 ATATTTTTGAATAAAACATA
* * * *
65226 TTTATAATT-AACTGTGTGCCTGAAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
1 -TTATAATTGAA-TGTCTGCCTGAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTT
* * * *
65290 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCTTA
64 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCATA
* * * * * * *
65354 ATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACATATTGA-AATTGAATGT-T-TAC
128 ATTGATTTTTGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATT-ATAATTGAATGTCTGT-C
* * * ** **
65416 CTTAGAAAACATGAAGAG-AAA-CCTAGTCATTAACAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCAAG
191 ATTAGAAAACATGAAG-GCAAAGCC-ATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTTGCCCATC
* * * * *
65478 CCTTCGACAGCCTTATTACTCATTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
253 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
65542 ATTGTTTTATATTTTCGATTAAAAAATA
317 ATT-TTTTATATTTTTGAATAAAACATA
* ** * *
65570 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGAA-AAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCATA-AAAAGTT
1 TTATAATTGAATGTCTG-CCTGAAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTT
* * * * * * * *
65632 TATTTATTGTCACTCATCCCATCAAAAGGC-TTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTCATTTCAT
63 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-GCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAT
* * ** * *
65696 AATTGA-TTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTC
127 AATTGATTTTTGA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTC
* * * * ** ** *
65760 -TTAAAAAACATGAA-GCAAAAGGCATCCATTGGCATA-AAAAGTTTATTTATAGTCACTCATCC
191 ATTAGAAAACATGAAGGC-AAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATCC
* * * * * * *
65822 CCTCAAAAGGCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATGTCACAATTGATTTTAAGTTGAAAT
254 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
* * *
65887 TTTTTATATTTTTTATTAAAGCATA
319 TTTTTATATTTTTGAATAAAACATA
* * * * ** *
65912 TTAAAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTGAAGAAAAA-ATATTTCATTGGCAAGAAAAGTTTA
1 TTATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGACAAGAAAAGTTTA
* ** * * *
65976 TTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTAATTTAAA-AGGTTTTGTAATCTCATAA
65 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTGTAATCTCATAA
* * *
66040 TTGATTTAT-AGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTA
129 TTGATTTTTGA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
66076 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 159, Indels: 92
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
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344 135 0.14
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TTATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTAT
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT
GATTTTTGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCATTAG
AAAACATGAAGGCAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATCCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAT
ATTTTTGAATAAAACATA
Found at i:66614 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 66309--68279 Score: 1693
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 170
66299 TTTTAAATGG
* * * * **
66309 TTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTGGCCT-AAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA-GAA
* * * *
66373 ACGTGAGGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCTAAGCCTTCGAAA
65 ACATGAAGAAAAAGC-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAA
* *
66436 GCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
66479 TTTAAATTGAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTT-CCTTAAGA
1 TTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGA
* * * *
66543 AACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGCCACA-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* * * *
66607 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATGCTTTAATAATCTCATAATTAAT
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
66651 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAAAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
* ** * * * **
66716 TATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
** * * *
66781 TTATTACTAACTCTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGAT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
66822 TTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
** * * * *
66887 CATGAAGAAAAATTCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* **
66952 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGAT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ***
66993 TTTAAATTGAGTTTTTTTTTACCTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATTTTCCTTGGG
1 TTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG
* * *
67058 AAACATGAAGCAAAAG-CAATCTATTG-ATATGAAAAG-----TTATAGTCACTCAAACCTTTGA
63 AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * * * *
67116 AAGCCTTATTATTCACTTTAAGTTGTTCTATAGTCTCATAATTGAT
125 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
67162 TTTAAGTTGAA-TTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTGAATGTCTT-CCTTAGG
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAA-TAGATTATAATTGAATGT-TTACCTCAAG
* ** * * *
67223 AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTTAAA
63 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTTGAA
* * * *
67287 AGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCAAAATTGAT
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
67332 TTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
* * * * * *
67395 CGTAAAAAAAAACCCATTCATTCGCAAGAAAAG-CTCATTTGTAGTCAC-CTAAGCCTTT-CAAG
66 CATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAG
* * ** * *
67457 CTTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTAAT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ** * **
67500 TTTAAGCTGAGTTTTTTTACA-ATTTTAGTTAAAACATATGATAATTGTGTGTTTGCCTTTAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
* * * * *** *
67564 ACATGAAGAAAAAGTCATTCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTTTTTCAAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAG
* * * ** * *
67628 TCTTATTACTCACTTAAAATAATTTTAGAATCTCATTATTGAT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
67671 TTTAGGTTGAATTTTCTTACA-TATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG-T
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
* * * * * * *
67734 ACTGTGAAGAAAAACCCATTCATGGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
65 AC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
* * *
67799 CCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAAT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * **
67842 TTTAAGTTAAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGA
1 TTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGA
* * * * * * *
67906 AACATAAAGCAAAAGCCATCCACTAGCACA-AAAAGTCCATCTATGGTCACTCAAG-CTTTCAAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAA
* *
67969 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGAT
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
68014 TTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
** * * * * *
68079 CATGAAGAAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTGATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * * * *
68144 TTATTACTTGCTCTAAATGATTTTTTACTTTCATAATTGAT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
68185 TTTAGGTTGAATGTTTTTACA-TTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
68249 ACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAA
65 ACATGAAGAAAAAGC-CATTCATT-GCAAGAA
68280 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.16 0.06
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167 1 0.00
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174 51 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:67663 original size:849 final size:847
Alignment explanation
Indices: 66309--68279 Score: 2216
Period size: 849 Copynumber: 2.3 Consensus size: 847
66299 TTTTAAATGG
* * * * *
66309 TTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTA-CTAAAA-TAGATTGTAATTGAATGTTGGCCTAAGGA
1 TTTAAGTTGAATT-TTTTA-AATTTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTGAATGTT-TCCTAAGGA
* *** * * * *
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62 AACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAAG
* * * * *
66437 CCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAATTGAAATTATTTTATA
127 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA
* * * * *
66501 TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTT-CCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
190 -TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * *
66565 CTGCCACA-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATG
252 TTG-CA-AGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * * * *
66629 CTTTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAACAGATTATA
315 ATTTAATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATATTTTATTAAAACAGATGATA
* *
66694 ATTGAATGTTTGCCTAAAAAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTGATA
380 ATTGAATGTTTGCCTAAAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGACAAGAAAAGTCCATTGATA
** *
66759 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTCTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGATTT
445 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTCTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTT
* * * *
66824 TAGGTTGAATGTTT-TTACATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTC-AGGAAA
510 TAGGTTGAAT-TTTCTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-G-AA
** *
66887 C-ATGAAGAAAAATTCATTCATTGGA-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGGAAAG
572 CTATGAAGAAAAACCCATTCA-TGGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
* * ** * * * * *
66950 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAATT-GAGTTTTTTTTTA
636 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAAATTATTTTATA
* * *
67014 CCTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCAATC
701 --TTTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATATCTTCCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCAATC
* * * * * *
67079 TA-TTG-ATATGAAAAG-T-TATAGTCACTCAAACCTTT-GAAAGCCTTATTATTCACTTTAAGT
763 CACTAGCACA--AAAAGCTCTATAGTCACTC-AACCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-A
*
67139 TG-TTCTATAGTCTCATAATTGAT
824 TGCTTCTATAATCTCATAATTGAT
*
67162 TTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAAC
1 TTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATGT-TTCCTAAGGAAAC
* **
67227 GTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTAAAAGCCT
65 GTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
67292 TGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
130 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * *
67357 T-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAAAAAAACCCATTCATTCGCA
194 TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GCA
* * * * * *
67421 AGAAAAG-CTCATTTGTAGTCAC-CTAAGCCTTT-CAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAATTTT
257 AGAAAAGTC-CACTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTA
* * *
67483 ATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTGAGTTTTTTTACA-ATTTTAGTTAAAACATATGATAATTG
320 ATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATATTTTA-TTAAAACAGATGATAATTG
** ** * ** *
67547 TGTGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
384 AATGTTTGCCTAAAAAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATCGACAAGAAAAGTCCATTGATAGTC
* *** * * *
67611 ATCCATTTTTTCAAAAGTCTTATTACTCACT-TAAAATAATTTTAG-AATCTCATTATTGATTTT
448 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTCT-AAATAATTTT-GTAATCTCATAATTGATTTT
* *
67674 AGGTTGAATTTTCTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGTACTGT
511 AGGTTGAATTTTCTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAACTAT
67739 GAAGAAAAACCCATTCATGGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
576 GAAGAAAAACCCATTCATGGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
67804 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATTATTTTATATTTTT
641 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAAATTATTTTATATTTTT
* *
67869 TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCACTAGCA
706 TATTAAAATATATTATAATTGAATATCTTCCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCAATCCACTAGCA
* * *
67934 CAAAAAGTCCATCTATGGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTAT
771 CAAAAAG--C-TCTATAGTCACTCAACCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTCTAT
67999 AATCTCATAATTGAT
833 AATCTCATAATTGAT
* * *
68014 TTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA-A
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATT-TTTAGTTAAAAC-TGATTATAATTGAATGTTT-CCT-AAGG
* * * * *
68076 AAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTGATAGTC-ACTCATGCCTTCGAA
61 AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCGAA
* * * * * * *
68140 AGCCTTATTACTTGCTCTAAATGATTTTTTACTTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAC
125 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTAAC-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* *
68205 ATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA
189 ATTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
68270 TTGGCAAGAA
252 TT-GCAAGAA
68280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 943, Mismatches: 137, Indels: 74
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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854 6 0.01
855 59 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (847 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTCCTAAGGAAACG
TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAAGCCTT
ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGCAAGAA
AAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTAATAACC
TCATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATATTTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTTT
GCCTAAAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGACAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTAACTCTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
TTCTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAACTATGAAGAAAAAC
CCATTCATGGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATA
TATTATAATTGAATATCTTCCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCAATCCACTAGCACAAAAAGCTC
TATAGTCACTCAACCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTCTATAATCTCATAATTG
AT
Found at i:69099 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 68380--69444 Score: 611
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
68370 NNNNNNNNNN
* * * * * **
68380 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAATG
* * * * * * *
68444 AGTTTTTCATCATGTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTA-TTTCAACCAAAAATGTAA
65 GGTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAA-CAAAAATATAA
* * * * * * *
68507 AAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTAC-AAAACCATCTA
127 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG-GTTCTAAAACTATTTA
* ** * * * * * * * **
68551 GAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATCAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAC
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAATGG
* * * * ** **
68616 CTCTTTCTTCATGTTTTTTGAGACAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACAAAAATATAAAAA
66 GTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACAAAAATATAAAAA
* * * *
68680 AATTCAACTT-AAACCAATTATGAGATTATAAAAGC-ATTTA
130 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAA-CTATTTA
* * * * * * * * *
68720 ACGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGC-TTGAGTAACTATAAATGGACTTTTTGTGCTAGTGGAT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGA-TGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAAT
* * * ********** * *
68783 GGCTTTTGCTTTANNNNNNNNNNGG-AAGACATTCAATTATAATATA-TTTTAATAAAAATGTAA
64 GGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACAAAAATATAA
* * * ***********
68846 AACAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTA
127 AA-AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTA
** * * * *
68891 AAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCCATGAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAATGG
* * * * * * *
68956 GTTTTTCTTCACAATACTCAAGCTAAACATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAATATGTAAGAA
66 GTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTAGTTTTAA-CAAAAATATAAAAA
* * * *
69021 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTT
130 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTA
* * * * * * *
69062 AAGTGAGTAGTAAGACTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAAT-GGATTTTTCTTACCGATGAATA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGGCTTTTT-TTACCAATGAATG
** * * * * * *
69126 TCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAGGAAAACATACAATTATAA-TATCTTTTAACTAAAAATATAAA
65 GGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTA-GTTTTAAC-AAAAATATAAA
* * * *
69190 AAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTATTTA
128 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTA
* * * * * * * * *
69233 AAGCAAGTAATAAGGC-TTGGAAGGCTTAGATGACTACAAATGGGCTTTTCTTGCGAATGAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAATGG
**
69297 GTTTTTCCTT-ATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAA-AAAAATATAAAA
66 GTTTTT-CTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACAAAAATATAAAA
* *
69359 AAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTAC-AAAACCATTTA
129 AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTT-CTAAAACTATTTA
* *
69401 AAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGCATGGGTGACTATAAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGACATGGATGACTATAAATGG
69445 ACCTTTCTAG
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 189, Indels: 56
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 68 0.10
169 125 0.18
170 108 0.16
171 361 0.53
172 16 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGAATGG
GTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTAGTTTTAACAAAAATATAAAAAA
ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTA
Found at i:71438 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 70903--71560 Score: 551
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 168
70893 TTGTAATATG
* ** *
70903 TTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAGTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * *
70967 GTAATTAATAAGCCTTTTGAGGGGATGGGTGACAATAAATAAACTCTTT-ATGCCAATGGATGGC
65 GCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGAATGG-
* * *
71031 TTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGATAGATATTAAATTATAATA-TA
127 TTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGA-A-ACATTAAATTATAA-ACTA
* * *
71074 TTTTAATCAAAAATAGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAA
********* * * * *
71139 GCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGCTTGGGTGACTATAAA-AGGGCTTTTCTTG-CTAATGACTAG
65 GCGAGTAA-TAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATA-GACTTTTCTTGTC-AATGAAT-G
* * ** * *
71202 GTTTTTCTTCATGTTTCCT-ATGGTAAACATTCAATTCCAATCTG
126 GTTTTTCTTCATGTTTCTTCA-GG-AAACATTAAATTATAAACTA
* * *
71246 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
71311 CGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
66 CGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-TT
** *
71376 TTTCTTCACATTTCTTCAGGCACACAGTT-AATTATAAACT-
129 TTTCTTCATGTTTCTTCAGG-AAACA-TTAAATTATAAACTA
* * *
71416 TTTTTATCTAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAA
1 TTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * *
71481 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATAAATGGTT
65 GCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTT
*
71546 TTGCCTTCATGTTTC
129 TT-TCTTCATGTTTC
71561 CAATGACAGA
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 82, Indels: 38
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.03
171 246 0.64
172 121 0.31
173 5 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTT
TCTTCATGTTTCTTCAGGAAACATTAAATTATAAACTA
Found at i:71609 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 71240--71611 Score: 435
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
71230 ATTCAATTCC
* * *
71240 AATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAT
1 AATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAT
* ** *
71305 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAA
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCAACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAA
* * *
71370 TGGCTTTTTCTTCACATTTCTTCAGGCACACAGTTAATTAT
131 TGGCTTTTCCTTCACATTTC-TCAGACACACAGTTAACTAT
* * * * * * * *
71411 AAACTTTTTTATCTAAAAATATAAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCAT
1 AATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
71476 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATAAA
66 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCAACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAA
** *
71541 TGG-TTTTGCCTTCATGTTTC-CAATGACAGAC-GTTCAACTAT
131 TGGCTTTT-CCTTCACATTTCTC-A-GACACACAGTT-AACTAT
71582 AATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
1 AATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
71612 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 31, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 8 0.05
171 157 0.95
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCAACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAA
TGGCTTTTCCTTCACATTTCTCAGACACACAGTTAACTAT
Found at i:72425 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 71743--73599 Score: 1492
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 171
71733 NNNNNNNNNN
* * * * * *
71743 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCTTATGGCAGACAGTCAAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTC-TAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * * * * * *
71807 TATAATCTATTTTATCTAAAAATATGAAAACGTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATCATAAATC
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ***
71872 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGAGGATGGACAACT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GAATGGGTGACT
* * * * ** * * ** * *
71914 ATAAATGGACTTTTCTTATCATTAAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTCCATGATAGACATTCAACT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * *
71979 ATAACCTGTTTTAACAAAAAATGCATAAAACAATT-ATCTTAAAATCAATTATGAAATTTTGAAA
66 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
72043 CCTTTTAAA-CTGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
129 CCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* ** * * *
72086 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT-ATTTTTTTTTTACATTTT-TCGAGGCAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCT-AAGGCAAACATTCAAT
* * *
72149 TATAAT-TGTTTTAACAAAAAATTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** *
72212 CATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGTGACT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
*
72254 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCTAAGGCAAACAATT-AAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCTAAGGCAAAC-ATTCAAT
* * *
72318 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** *
72383 CGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* * * * ** ** * * *
72425 AT-ATTAG-CTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTGAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * *
72488 AGAATATATTTTAATAAAAAA-GTAAAAACATTCAACTTAAAATCCATTAAGAGATTATAAAACT
66 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** *
72552 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGATT
131 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* * * * **
72593 ATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTT-ACATTTT-TCGAGATAAACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACATTTTCT-AAGGCAAACATTCAA
* * * * * * * * *
72656 TTACACTCTATTTTAACCAAAAATGTAAGAATATTCATGC-TAAAATCACTTATGAGAATATAAA
64 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
72720 ACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTC--A--TATGGGTGACT
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
72760 GTAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAAT--CATTTTTGTTCACA-TTTC-ACAGCACAAATATTC
1 ATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGC-TTTTTTTTCACATTTTCTA-AG-GCAAACATTC
* * * * *
72820 AATTATATTCTGTTTTAACTAAAAAT-TTAAAACAATTCAA-TCTCAAATCAATTATGAGAATAT
62 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
72883 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGTATGGGTGACT
125 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* * * * ** *
72930 ATAAGTGGACTTTTCATGTCAATAAATGGGC-TTTTTTTCATGTTTCCTAAGG-AAGACACTT-A
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GGCTTTTTTTTCACATTTTCTAAGGCAA-ACA-TTCA
* * * ** *
72992 ATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAA-ATTTAACCAAAAATCAATTATGAGTTTATAA
63 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
73056 AACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTCCAAAGGAATAGGTGCCT
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* * * ** * *
73101 ATATATGGAGTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTATTT-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
73165 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAAATCATAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* **
73230 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATGGACGACT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGAATGGGTGACT
* * * * * * * * *
73272 ATAAATGGACTTTTGTT-GCTAATGAATGGCCTTTTCTTCAC-GTTCCTAGAGGTAAATATTTAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCTA-AGGCAAACATTCAA
* * * * * * *
73335 TTATAATCTGCTTTAACAGAAAATATAAAAA-ATTCTACTT-AAATTAATTACGAGTTTATAAAA
64 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* **********
73398 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACT
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
* * *
73441 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGACTGGCTTTTTCTTT---GTGTTTCTTAAGGCAAACATTCA
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACAT-TTTC-TAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
73503 ATTATAATCTAG-TTTAACTAAAAATGTTAAAA-ATTTAATTTAAAATCAATTACGATATTATAA
63 ATTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
73566 AAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
73600 CTTGAGTGAC
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ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
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Alignment explanation
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71733 NNNNNNNNNN
* * * * * *
71743 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTATGGCAGACAGTCAAAT
1 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * ** * * * *
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* ***
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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** * * * *
72086 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT-ATTTTTTTTTTACATTT-TTCGAGGCAGACATTCAAT
1 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT-AAGGCAAACATTCAAT
* * * *
72149 TATAAT-TGTTTTAACAAAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** *
72212 CATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAA
* * * * * * *
72276 TGAATGGCTTTTTTTTCACATTTTCTA-AGGCAAACAATTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
195 TGAATGGCCTTTTCTTCAC-GTTCCTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA
* * * * *
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* ** *
72405 TTTCAAAAGTTTGAGTGACT
321 TTTCAAAGGAATGGGTGACT
* * * * * ** * * *
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1 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
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66 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * *
72552 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTACCAAT
131 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
** * * ** * * * * * * *
72616 GAATGGGTTTTTCTTTACATTTTTCGAGATAAACATTCAATTACACTCTATTTTAACCAAAAATG
196 GAATGGCCTTTTCTTCACGTTCCTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATA
* * * * ** * *
72681 TAAGAATATTCATGCTAAAATCACTTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTT
260 TAA-AAAATTC-TACTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*
72746 TC--A--TATGGGTGACT
323 TCAAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
72760 GTAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAAT--CATTTTTGTTCACATTTC--ACAGCACAAATATTC
1 ATAAATGAACTTTTCTT-ATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACATTTCTTA-AG-GCAAACATTC
* * * * *
72820 AATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATTTAAAACAATTCAA-TCTCAAATCAATTATGAGAATATA
62 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
72884 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCATG
126 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-
* * * * * *
72948 T-C-AATAAATGGGCTTTTTTTCATGTTTCCTA-AGG-AAGACACTTAATTATAACCTGTTTTAA
189 TACTAATGAATGGCCTTTTCTTCACG-TTCCTAGAGGTAA-ACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
* ** * *
73009 CCAAAAATGTAAGAAAATT-TAACCAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGC
252 -CAAAAATATAA-AAAATTCT-A-CTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
73073 AATAAGGCTTCCAAAGGAATAGGTGCCT
313 AATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * ** **
73101 ATATATGGAGTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTATTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
1 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
73166 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAAATCATAAAACC
66 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * *
73231 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATGGACGACTATAAATGGACTTTTGTTGCTAAT
131 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
* *
73295 GAATGGCCTTTTCTTCACGTTCCTAGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGCTTTAACAGAAAATA
196 GAATGGCCTTTTCTTCACGTTCCTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAATA
* * * **
73360 TAAAAAATTCTACTTAAATTAATTACGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTNN
260 TAAAAAATTCTACTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
********
73425 NNNNNNNNGGGTGACT
325 AAAGGAATGGGTGACT
* ****
73441 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGACTGGCTTTTTCTTTGTGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATT
1 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * *
73506 ATAATCTAG-TTTAACTAAAAATGT-TAAAAATTTAATTTAAAATCAATTACGATATTATAAAAG
66 ATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
73569 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
73594 CGAAGGCTTG
Statistics
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0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
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ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
GAATGGCCTTTTCTTCACGTTCCTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAT
AAAAAATTCTACTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGAATGGGTGACT
Found at i:75063 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 74567--77150 Score: 2069
Period size: 170 Copynumber: 15.2 Consensus size: 171
74557 NNNNNNNNGA
* * ** * ** *
74567 TGACTATAAATGAACCTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACAGACATT
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* ** ** * *
74632 CAATTATAAT-TGTTTTAACAAAAAATTTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AAAGTTAC
66 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTAT
* * *
74695 AAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGG
130 AAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* ** * * * *
74737 TTACTATAAAAAGACTTTTCTTA-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTTGAA-GTAGAC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATG--TTTCTCAAGGCAGAC
* * * * * * *
74800 ATTCAATTATAA-CATGTTTTGATAAAAAATA-TAAAACAATTCAACATAAAATTAATTATGAAA
63 ATTCAATTATAATC-TATTTTAACAAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
74863 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTTTGAG
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* * * *
74909 TGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
* * * * *
74974 GAATTACAATATACTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
75039 AAACCATTTAAATCGAGCAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAA
131 AAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* ** * * *
75080 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
* * * ** * ** *
75145 TAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAATTTTCAACCTAAAATCGCTTATCAGATTATA
66 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
75210 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGAG
131 AAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
* * * * * * * * *
75251 TAACTATAAATAGACTTCTCTT-GCGAATAAATGG-TTTTTGTTCATGTTTTTCAAGGAAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * * * * *
75314 TCAATTAT-ATACTATTTTGACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTCTAAGAATA
65 TCAATTATAAT-CTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
75378 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCCATGAG
129 TAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
* * * *
75421 TGATTATAAATGGACTTTT-TATGTTAATGAATGG-TTTTTCTTCCCAT-TTCCT-AA-GCAAGA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGC-AGA
* * * * * **
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62 CA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
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125 ATTATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGA-G
* * ** * * *
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1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
* * * * * *
75656 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATCATA
66 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** *
75720 AAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTAAAAGGATG-G
131 AAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * ** * ** *
75760 CCGACTATATATGGACTTTT-GTCGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTCTTGGAGGCAAAC
1 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGAC
* * * * * * *
75823 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAATTCTACCTAAAATCAATTA-CAAATT
63 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-T
* * * *
75885 TACAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTG
127 TATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * *
75930 TGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTC-CGTTTCTCAAAGCAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * * *
75994 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-T-TAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
65 TCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
76057 TAAAAGCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAG
129 TAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGAG
* * * * ** *
76100 TGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGATATTA-A
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCA-GACA
* * * * * * * *
76163 TTTAATTATAGTATATTTTAATC-AAAAAAGTGAAAAAGTTCAACATAAAATCGATTATAAGATT
64 TTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
76227 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGG
128 ATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * * * * * ** * *
76271 TAACTGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACATTTTCTTAATGTTTCAGAAGGCAAACTTT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
*
76336 CAATTATAATCTATTTTTAC-AAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
76399 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCG-AAGTTATGGG
130 AAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
* * * * *
76441 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA-T
** * * * *
76506 T-AATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
76569 TAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
129 TAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * *
76612 TGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACA
* * *
76675 TTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAATA-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATT
64 TTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** *
76739 ATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGTTTTTC-AAAGGTTTAAG
128 ATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGAG
* * * * * *
76783 TGACTATAAATGGACTTTTCATATCAA-CAGATTGCATTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * *
76847 TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCTATTAT-ATGATT
65 TCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATT
*
76910 ATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCCTTGA-
128 ATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
* * ** * ** * * * *
76953 TGACTGTAAAT-TAGCTTTTCTTGCCAATAAATGAATTTTTCTTCACGTTTACT-GAGGTAAACA
1 TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACA
* * * * * * * *
77016 TTCAAATAAAATTTGTTTCAACCAAAAATA-TAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
77080 ATAAAACTATTTAGAA-CGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGGG
128 ATAAAACCATTTA-AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
77124 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
77151 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1943, Mismatches: 381, Indels: 179
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
Found at i:75404 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 74627--77150 Score: 2199
Period size: 341 Copynumber: 7.4 Consensus size: 340
74617 TTTGAGACAG
* ** *
74627 ACATTCAATTATAAT-TGTTTTAA-CAAAAAATTTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTAT-AA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** ** * * **
74689 AGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTTACTATAAAAAGACTT
64 A-TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
74754 TTCTT-ACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAA-CATG
128 TTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG--TTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATC-TG
* * * * * * * *
74816 TTTTGATAAAAAA-TATAAAACAATTCAACATAAAATTAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAA
189 TTTTAACAAAAAAGTA-AAAA-ATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * ** *
74880 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATG-G
252 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG
* * * *
74943 CTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAG
316 -TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* * * * **
74969 ACATTGAATTACAATATACTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
75034 TTATAAAACCATTTAAATCGAGCAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGGCTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
75099 CTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTACAATCTGTTTTAA
130 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
* **
75164 CAAAAAAAGTAAAAATTTTCAACCTAAAATCGCTTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGT
195 C-AAAAAAGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGT
* * * * *
75228 AATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAACTATAAATAGACTTCTCTTGCGAATAAATG-GTTTTTGT
258 AATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCT
* *
75292 TCATGTTTTTCAAGGAAA
323 TCATGTTTCTCAAGGTAA
* * * * *
75310 ACATTCAATTAT-ATACTATTTTGACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTCTAAG
1 ACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
75374 AATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGAGTGATTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
75439 T-TATGTTAATGAATGG-TTTTTCTTCCCATTTC-CTAA-GCAAGACACTTAATTTTAACCTGTT
129 TCT-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAA-ACATTTAATTATAATCTGTT
* * * * *
75500 TTAACAAAAAATGTAAGAAAAGTT-AACCAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCTTTTAAAGT
191 TTAACAAAAAA-GTAA-AAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * **
75564 GAGTAATAAGGTTTTTGAAAGA-AT-AGGTGACTATATATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCT
254 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGT
* *
75627 TTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAG
317 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* * * * *
75651 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
75715 TCATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTAAAAGG-ATG-GCCGACTATATATGGACT
65 TTATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACT
* * ** *
75777 TTTGTCG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTCTTGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
127 TTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGT
* * * *
75840 TTTAACCAAAAATGT-AAAAA-TTCTACCTAAAATCAATTA-CAAATTTACAAAACCATTTAAAG
190 TTTAA-CAAAAAAGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGA-TTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
75902 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GCT
253 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-T
* * * *
75966 TTTTCTTTC-CGTTTCTCAAAGCAG
317 TTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAA
* * * * *
75990 ACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATTAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
76054 TTATAAAAGC-ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAA-CTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * ** * * * *
76118 TCATATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGATATTA-ATTTAATTATAGTATATTT
129 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCA-AACATTTAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
76181 TAATCAAAAAAGTGAAAAAGTTCAACATAAAATCGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
192 TAA-CAAAAAAGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * * * **
76246 GTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTAACTGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACATTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTT
* ** *
76311 CTTAATGTTTCAGAAGGCAA
321 CTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* *
76331 ACTTTCAATTATAATCTATTTTTA-CAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
76395 TTATAAAACTATTTAAAGA-GAATAATAAGGCTTTCGAA-GTTATGGGTAACTATAAATGGACTT
65 TTATAAAACTATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
76458 TTCTTGTCAATGAATGGCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACACTTAATTATAATCCGTTTT
128 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTT
* *
76523 AACCAAAAATGTAAGAAAATTTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
193 AA-CAAAAAAGTAA-AAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
*
76587 GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATG-GCTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTT
*
76650 TTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAG
319 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAA
* * *
76672 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACGAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * *
76737 TTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGTTTTTCAAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * * * *
76802 CATATCAA-CAGATTGCATTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA
130 CTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTA
* *
76866 ATCAAAAAAGTAAAAAAATTT-AACTTAAAATCTATTAT-ATGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
194 A-CAAAAAAGT-AAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * *
76929 GTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTGA-TGACTGTAAATTAG-CTTTTCTTGCCAATAAATGAATTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTT
* *
76992 TCTTCACGTTTACT-GAGGTAA
320 TCTTCATGTTT-CTCAAGGTAA
* * * * * * *
77013 ACATTCAAATAAAATTTGTTTCAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
77078 TTATAAAACTATTTAGAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
*
77143 CTTATCAA
130 CTTGTCAA
77151 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1771, Mismatches: 335, Indels: 153
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 15 0.01
339 262 0.15
340 232 0.13
341 779 0.44
342 346 0.20
343 126 0.07
344 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC
AAAAAAGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCA
TGTTTCTCAAGGTAA
Found at i:77785 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 77548--77977 Score: 459
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
77538 CAAGTATGAC
* * * *
77548 CTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
1 CTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
77613 AGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCT-TACTAATGAATGC
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGCGACTATAAATCGACTTTT-TATACCAATGAATAA
* * *
77677 CTTTTTC-TTCACGTTTCCCATCACAGACAATCAACAATAAT
129 CTTTTGCATT-ACATTTCCCAACACAGACAATCAACAATAAT
77718 CTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
1 CTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ** * * *
77783 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAGTCGACTTTTTATGCCAATGAATA
63 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGCGACTATAAATCGACTTTTTATACCAATGAATA
*** * * **
77848 ACTTTTGCATTACATTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAAT
128 ACTTTTGCATTACATTTCCCAACACAGACAATCAACAATAAT
* * * * * *
77890 ATATTTTAATCAGAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTAATTT
1 CTGTTTTAACCA-AAA-ATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT
* *
77955 AAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGA
63 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
77978 AGGCTTAGGT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 36, Indels: 12
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.10
171 35 0.16
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173 10 0.05
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
CTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGCGACTATAAATCGACTTTTTATACCAATGAATAACT
TTTGCATTACATTTCCCAACACAGACAATCAACAATAAT
Found at i:78986 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 78301--79225 Score: 638
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 166
78291 NNNNNNNNNN
* ** * *
78301 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATTCAATGTTTTGCTTTTACTT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCAATGAATAGCTTTTTCTT
** * * * * *
78366 CATGTTTTCCCAGGT-AGCTATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAA--TAAACAAGTTCAA
65 CATGTTTTCTAAGGTAAAC-ATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAA-AAATTCAA
* * *
78428 -TATAAAATCGATTATAAGATTATAAATCTATTTAAAGCAAGT
127 CT-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-C-AGT
* * * * *
78470 AACAAGGCCTTCGAAGGCAT-AGGTGGCTGTAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATAGTTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT--TCAATGAATAGCTTTTTC
* *********
78534 TTAATGTTTT-TGAAGGTAAAC-TTTCAATTATNNNNNNNNNNT-ACAAAAAATGTAAAAAATTC
63 TTCATGTTTTCT-AAGGTAAACATTT-AATTAT-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC
* * *
78596 AACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAAT
125 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACAG--T
* * * *
78640 AATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCAATGAATAG-CTTTTTC
* * * * *
78704 TTCATGCTTCCTAAGGTAGACACTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAA
63 TTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAA
* * * *
78769 CCTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGT
127 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA--CAGT
* *
78811 AATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C-AATGAATAGCTTTTTCT
*
78876 TCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAC
64 TCATGTTTTCTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
** *
78941 TTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATATAAACCATGT
128 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-CA-GT
** ** ** * * * * * * *
78982 AATAAGTTTTTTAAAGGTTTAAGTGACTATTAATGGA-TATTTGATATCAACGGATTGCTTTTGC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTT-CT-TCAATGAATAGCTTTTTC
* * * *******
79046 TTCATG-TTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAA-GTAANNNNNNNN
63 TTCATGTTTTC-TAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAA-AAAATTC
** * *
79109 NNCTTAAAATCTATTATATGATTATAAAACCATTTAAAACAAGT
125 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAC-AGT
* * * *
79153 AATAAGGCTTTCAAAGACTTG-GTTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGA-CTTTTCTT--CAATGAAT-AGCTTTT
*
79215 TCTTCACGTTT
61 TCTTCATGTTT
79226 CTTGANNNNN
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 121, Indels: 79
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 49 0.08
170 166 0.28
171 353 0.59
172 18 0.03
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCAATGAATAGCTTTTTCTTC
ATGTTTTCTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACAGT
Found at i:80951 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 80397--82100 Score: 1300
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 168
80387 NNNNNNNNNN
* * ** * *
80397 TTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATATCAATGG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGA
** * *** * * * *
80461 ATTACTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGACA-ACCATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAAGGT
65 ATGGCTTTT-CTTCACGTTTCTTGAGGCAGA-CA-TTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* * * * *
80525 AAAAAAGTTTAACATAAAATCGATTATAAGATTATAAAACTAT
127 AAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * *
80568 TTAAAGCGAGTAATAAGTCCTTCGAAGGTATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTAGTCAATAAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
* ** * * * * *
80633 TGGCATTTTCTTAATATTT-TCGAAGGCAAACTTTCAATTATAATCTATTTTTACAAAAAATGTA
66 TGGC-TTTTCTTCACGTTTCTTG-AGGCAGACATT-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA
* *
80697 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
128 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * ** * * * *
80738 TTAAAGAGAATAATAAAGG-TTTCGAAGCTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGA
1 TTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * *
80802 ATGGCTTTCTCTTAACGTTTCTTGAGGTAGACACTTAATTATAATCCATTTTAACTAAAAATGTA
65 ATGGCTTT-TCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA-TTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA
*
80867 AGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
128 A-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*
80909 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAACT-GACTTTTCTTG-CAAATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTC-AATG
* * * * *
80972 AATGGCTTCGTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGT
64 AATGGCTT-TTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATT-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* *
81037 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCA-
127 AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*** ** ** * * * *
81079 TTAAACCAAGTAATAAGTTTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAA-CAG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-
* * * * * * *
81143 ATTGCTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAAAGC
65 ATGGCTTTT-CTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA-TTAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGT
* *
81207 AAAAACATTTAACTTAAAATCAATTA-GATGATTATAAAACCAT
127 AAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCAT
* * ** * * * * *
81250 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGATTGACTATAAATGGGCTTTCCTTGCCAATAAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
* * * * * * *
81315 TGAGTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAA
66 TG-GCTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATT-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA
*
81380 AAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
129 AAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* *
81421 TTAGAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAGATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
1 TTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
* * * * * * * *
81483 GAATGGCTTTGTCTTTA-GATTT-GTGAAG-ATGTCCATCAATTACAATCCATTTTATA-AAAAA
63 GAATGGCTTT-TCTTCACG-TTTCTTGAGGCA-G-ACATTAATTATAATCTATTTTA-ACTAAAA
* **
81544 AAGTAAATAAAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATCGTAAAACCAT
123 ATGTAAA-AAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
81591 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
* ** * * * * * * *
81656 TGGCTTTACCTTCACGTTTC-CCATGGAAAATATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAATGAA
66 TGGCTTT-TCTTCACGTTTCTTGA-GGCAGACATT-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA
*
81720 AGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
128 A-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* **
81762 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTAACTGTTT-TT-TCCAATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGT-CAATG
* * * * * **
81825 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGGCAAACATTATATTATGACCTGCTTTAACTAAAAATG
64 AATGGC-TTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGCAGACATTA-ATTATAATCTATTTTAACTAAAAATG
* * * *
81889 AAAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
126 --TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * ** * *
81934 TTAAAGTGA-TCAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAACGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACTAATG
1 TTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATG
* * * * * * * * * *
81997 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCATCA--TAAACAATAAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
64 AATGGC-TTTTCTTCACGTTT--CTTGAGGCAGAC-ATTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
* * *
82060 AGAAAAACAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA
125 -GTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
82101 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1245, Mismatches: 221, Indels: 133
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 411 0.33
171 629 0.51
172 183 0.15
173 7 0.01
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
TGGCTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA
AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Found at i:81039 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 80408--82100 Score: 1479
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 338
80398 TAAAGTAAGC
* * **
80408 AATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATATCAATGGATTACTTTTG
1 AATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TATCAATGAATGGCTTTT-
* * *** ** * ** *
80471 CTTTACGTTTCCCAAGACA-ACCATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAAGGTAAAAAAGTTT
63 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGA-CACTTAATTATAATCCATTTTAA-TAAAAAAGTAAAAAA-TTT
* * * * * * *
80535 AACATAAAATCGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCCTTCGAAGGTATG
125 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
* * * * * * *
80600 GGTGACTGTAAATAGACTTTTCTAGTCAATAAATGGCATTTTCTTAATATTTTC-GAAGGCAAAC
190 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTG-AGGCAAAC
* * * * *
80664 TTTCAATTATAATCTATTTTTACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
253 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
80729 TAAAACCATTTAAA-GAGAAT
318 TAAAACCATTTAAACGAGAGT
* * * * *
80749 AATAAAGG-TTTCGAAGCTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTCTC
1 AAT-AAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT-TC
* * * *
80813 TTAACGTTTCTTGAGGTAGACACTTAATTATAATCCATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAA
64 TTCATGTTTCTTGAGGTAGACACTTAATTATAATCCATTTTAA-TAAAAAAGTAA-AAAATTTAA
* * *
80878 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
127 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAG
* ** *
80943 TGACTATAAACT-GACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTCGTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACAT
192 TGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGC-AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACAT
* *
81007 TCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
255 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
81072 AAAACCA-TTAAACCA-AGT
319 AAAACCATTTAAACGAGAGT
** * * * * * *
81090 AATAAGTTTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAA-CAGATTGCTTTTAC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTT-C
* * ** *
81154 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGCAAAAACATTTAA
64 TTCATGTTTCTTGAGGTAGACACTTAATTATAATCCATTTTAAT-AAAAAAGTAAAAA-ATTTAA
* * **
81219 CTTAAAATCAATTA-GATGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
127 CCTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA
* * * * * * *
81283 TTGACTATAAATGGGCTTTCCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACA
191 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATAAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACA
* * *
81347 TTCAATTAAAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
254 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
81412 TAAAACTATTTAGAA--TGAGT
318 TAAAACCATTTA-AACGAGAGT
* *
81432 AATAAGGCTTTTGAAGAG-ATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGT
1 AATAAGGCTTTCGAAG-GTATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT-T
* * * * * * * *
81495 CTTTA-GATTT-GTGAAG-ATGTC-CATCAATTACAATCCATTTTATAAAAAAAAGTAAATAAAG
63 CTTCATG-TTTCTTGAGGTA-GACAC-TTAATTATAATCCATTTTA-ATAAAAAAGTAAA-AAAT
** * *
81556 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATCGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA
123 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA
* * ** * * *
81621 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTACCTTCACGTTTCC-CATGGAAA
188 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGA-GGCAA
* * * *
81685 ATATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
251 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
81750 TTATAGAACCATTTAAA-GTGAGT
315 TTATAAAACCATTTAAACGAGAGT
* *
81773 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTA-ACTGTTT-TT-TCCAATGAATGGCTTTT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAA-TAGACT-TTTCTTAT-CAATGAATGGC-TTT
* * * * **
81835 TCTTCATGTTTCCT-AGGGCAAACA-TTATATTATGA-CC-TGCTTTAACTAAAAATGAAAAAAA
62 TCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGACACTTA-ATTATAATCCAT--TTTAA-TAAAAA--AGTAAAA
* * * * *
81896 AATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA-TCAATAAGGCTTTTGAG
120 AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAA
** * * * *
81960 GGAATGAACGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCATCA
184 GGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CC-TGA
* * * * * *
82025 --TAAACAATAAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGAAAAACAATTCAACTTCAAATCAATT
246 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
82088 ATGAGATTATAAA
309 ATGAGATTATAAA
82101 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 177, Indels: 121
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 23 0.02
341 765 0.69
342 147 0.13
343 136 0.12
344 40 0.04
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCTT
CATGTTTCTTGAGGTAGACACTTAATTATAATCCATTTTAATAAAAAAGTAAAAAATTTAACCTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTGCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAACGAGAGT
Found at i:81376 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 80397--82226 Score: 1612
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 504
80387 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
80397 TTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATATCAATGG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TA-CAATGA
** * * ** * * * ** *
80461 ATTACTTT-TGCTTTACGTTTCCCAAGACAACCATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAAGGT
64 ATGGCTTTGT-CTTCATGTTTCCTGAGA-GA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT
* * * * * * *
80525 AAAAAAGTTTAACATAAAATCGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCCTT
126 AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
80590 CGAAGGTATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTC-TAGTCAATAAATGGCATTTT-CTTAATATTTT
191 CGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATA-TCAATAAATGGC-TTTTACTTCATGTTTT
* * * *
80653 CGAAGGCAAAC-TTTCAATTATAATCTATTTTTA-CAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATC
254 CCAAGGTAAACATTT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAAA-G-AAAAAATTTAACTTAAAATC
* * *
80716 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAAGG-TTTCGAA-GCTATGGGTAACTAT
316 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTAT
* * * *
80779 AAATAGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTTAACGTTTCTTGAGGTAGACACTTAATTAT
379 AAATAGAC-TTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACA-TTAATTAT
80844 AATCCAT-TTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
442 AAT-C-TGTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
80908 T
504 T
*
80909 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAACT-GACTTTTCTTGCAAATGA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTAC-AATGA
* * *
80973 ATGGCTTCGTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGTA
64 ATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTGA-G-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTA
* * * **
81038 AAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCA-TTAAACCAAGTAATAAGTTTTT
127 AAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
81101 CGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAACAGATTGCTTTTACTTCATG-TTTCT
191 CGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTTC-
* *
81165 TAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGCAAAAACATTTAACTTAAAATCAA
255 CAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAG-AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAA
* * *
81230 TTA-GATGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGATTGACTATAAA
318 TTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * *
81294 TGGGCTTTCCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAA
382 TAGACTTT-TTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATT-AATTATAA
*
81358 TCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
444 TCTGTTT-AACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
*
81421 TTAGAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAGATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
1 TTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CAAT
* * * * *
81483 GAATGGCTTTGTCTTTA-GATTT-GTGAAGATGTCCA-TCAATTACAATCCATTTTATA-AAAAA
62 GAATGGCTTTGTCTTCATG-TTTCCTG-AGA-G-ACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACAAAAA
* * ** *
81544 AAGTAAATAAAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATCGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAG
122 ATGTAAA-AAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
81608 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGC-TTTACCTTCACG
186 GCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGCTTTTA-CTTCATG
* * * * * * * * * * * *
81672 TTTCCCATGGAAAATATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAACCTAAA
250 TTTTCCAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAG-AA-AAAATTTAACTTAAA
* * * **
81737 ATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
313 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
* * * *
81802 TAAATTA-ACTGTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGGCAAACATTATAT
378 TAAA-TAGACT-TTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAAACATTA-AT
* * * * * *
81865 TATGACCTGCTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
439 TATAATCTG-TTTAACTAAAAATG--TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
81930 CCAT
501 CTAT
* **
81934 TTAAAGTGA-TCAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAACGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
1 TTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGA
* * * * * * * * * *
81998 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCATCATAAACAATAAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAG-
64 ATGGCTTTGTCTTCATGTTT-CC-TGAGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-GT
* * **********
82062 AAAAACAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTT
126 AAAAA-AGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * ** * * * * *
82127 TCGAAGGCT-TTAGTGACTATAAGTGGACTTTTTATGCCAATGATTGACTTTTGCTTTATGTTTT
190 TCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTT
*
82191 CCAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCA
254 CCAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTAATCA
82227 GAAATATAAA
Statistics
Matches: 1066, Mismatches: 189, Indels: 123
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
510 10 0.01
511 179 0.17
512 595 0.56
513 130 0.12
514 34 0.03
515 114 0.11
516 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (504 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAATGAAT
GGCTTTGTCTTCATGTTTCCTGAGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
AGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTTCCAAGGT
AAACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTAATTATAATCTGTTTAACTA
AAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
Found at i:82761 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 82351--83682 Score: 927
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
82341 GAAGGAATGA
* * * * ** ** *
82351 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * *
82416 TTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAC-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * ** * * *** *
82480 ATNNNNNNNNNNAAACCAAGTAATAAGTTTTTTGCAGGTTTAA
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACAT-G
* * * * * * **
82523 GTGACGATAAATGGACTTTTCATATCAACGGATTG-CTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * * *
82587 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAACATTTAACTTAAAACCTATTAT-ATGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGA-GATT
* * *
82651 ATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGACTTG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATG
* * * * * *
82693 GTTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAAGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * * * *
82758 TTCAATTAAAATATGTTTCAACCAAAAATA-TAAAAATATTCAACCCAAAATCAATAATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA-AGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
82822 ACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACAT-G
* * * * * * *
82865 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTGTCTTCACATTTGTCAAGATGGACAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACAT
* * *
82930 TCAATTACAATCTGTTTT-ATCAAAAAATGTCAATAA-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATC
66 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAA-GT-AAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
82993 GTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATG
* ** * * ** * ** * *
83035 AGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTACCTTCATATTTCCCATGGTAGATA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * * *
83100 TTCAATTCTAATCTGTATTAACCAAAAATG-AAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTAAA-AACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* *
83164 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATG
* ** * * * ** * * * *
83206 AGTGATTATAAATTAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCCTAGGGCAAACA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * * *
83271 TTCAATTATGACCTGTTTTAA-CTAAAAA-TAAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGGGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGT-AAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
83334 ACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTC-AGGGA-ATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGA-AGACAT-G
** * * * * ** * *
83377 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGCCTTTATCTTCACGTTGT-TCATCGCAGATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATT-TCTTAAGGTAGACA
* * * * *
83441 ATCAACTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAG-AAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGAT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAC-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
83505 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACAT-G
* * * ** * *
83549 GTGGCTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTT-TTCAAGGTAAAAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTT-AAGGTAGACA
* * * *
83613 TGT-AATTATAATATATCTTAAT-AAAAAA-TATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
65 T-TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTA-AAAAC-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
83675 TTATAAAA
127 TTATAAAA
83683 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 205, Indels: 65
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 145 0.16
171 563 0.61
172 207 0.22
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATG
Found at i:83467 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 82579--83682 Score: 1212
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
82569 TGTTTCTTAA
* * * * *
82579 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAACATTTAACTTAAAACCTATTA
1 GGTAGACATTCAATTATAATATATATTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACCTAAAACCAATTA
* * **
82644 TATGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGACTTGGTTGACTATAAATGGG
66 TATGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGTTGACTATAAATGAA
* * * *
82709 CTTTTCTTGCCAAAGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAATATGT
131 CTTTTCTTGCCAAAGAATGAGTTTTCCTTCACATTTCTAGAGGCAAACATTCAATTAAAACATGT
* *
82774 TTCAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCCAAAATCAATAATGAGATTACAAAACTATTTAAAGC
196 TTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCCAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
* *
82839 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
261 GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
* * * *
82904 GTCTTCACATTTGTCAAGATGGACAATCAATTACAATCTGTTTTATCAAAAA-ATGTCAATA-AA
326 ATCTTCACATTTGTCAAGA-GGACAATCAACTACAATCTGTTTTATCAAAAATA-G-AAAAACAA
* * *
82967 TTTAACCTAAAATCAATTATGAGATCGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
388 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
*
83032 ATGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTACCTTCATATTTCCCAT
453 ATAAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTACCTTCATATTTCCCAT
* * * * * *
83092 GGTAGATATTCAATTCTAATCTGTATTAACCAAAAATG-AAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATT
1 GGTAGACATTCAATTATAATATATATTAACCAAAAAAGTAAA-AAAATTTAACCTAAAACCAATT
** * *
83156 ATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAG-TGATTATAAA
65 AT-ATGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATG-GTTGACTATAAA
* * ** **
83218 TTAACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTCCTTCATGTTTCCTAG-GGCAAACATTCAATTATG
127 TGAACTTTTCTTGCCAAAGAATGAG-TTTTCCTTCACATTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTAAA
* * * ** * *
83281 ACCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATT
190 ACATGTTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCCAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATT
* * * *
83345 TAAAGTGATTAATAAGGCTTTTCAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAAT
255 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * * *
83410 GCCTTTATCTTCAC-GTTGTTCATCGCA-GATAATCAACTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAGA
320 GACTTTATCTTCACATTTG-TCA-AG-AGGACAATCAACTACAATCTGTTTT-ATCAAAAATAGA
* * * *
83473 AAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
381 AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT
* * * * ** * * ** * * **
83538 CGAAGGCTTAAGTGGCTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTTC
446 CGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTACCTTCATATTTCCC
*
83603 AA
511 AT
* * * * * *
83605 GGTAAAAATGT-AATTATAATATATCTTAA-TAAAAAA-TATAAAACAATTTAACTTAAAATCAA
1 GGTAGACAT-TCAATTATAATATATATTAACCAAAAAAGTA-AAAA-AATTTAACCTAAAACCAA
83667 TTATGA-GATTATAAAA
63 TTAT-ATGATTATAAAA
83683 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
511 3 0.01
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Consensus pattern (512 bp):
GGTAGACATTCAATTATAATATATATTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACCTAAAACCAATTA
TATGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGTTGACTATAAATGAA
CTTTTCTTGCCAAAGAATGAGTTTTCCTTCACATTTCTAGAGGCAAACATTCAATTAAAACATGT
TTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCCAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT
ATCTTCACATTTGTCAAGAGGACAATCAACTACAATCTGTTTTATCAAAAATAGAAAAACAATTC
AACCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATA
AGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTACCTTCATATTTCCCAT
Found at i:84442 original size:171 final size:160
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
84231 TTCATGTTAA
* * ***
84241 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAAGTAAAGGAA
1 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCACAAAAAAGTAAA-GAA
* * **
84306 AAATCTATCCATTGTCACA-AAAAGTCCACCTATAGTTACTTAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTAC
65 AAATCTATCCATTGACA-AGAAAAGTCCACCTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC
84369 TTGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTAAGTTG
128 TTGCTTTAAATGGTTTTAT----------TTAATTTTAAGTTG
* * *
84412 AATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACGACAAAAAAGTGAAGAAA
1 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCACAAAAAAGTAAAGAAA
* * * ** *
84477 AATGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTG
66 AATCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCACCTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
84542 CTTTAAATGGTTTTAT
131 CTTTAAATGGTTTTAT
84558 AGTCCCATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.40
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AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCACAAAAAAGTAAAGAAA
AATCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCACCTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
CTTTAAATGGTTTTATTTAATTTTAAGTTG
Found at i:85675 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 15.2 Consensus size: 170
83999 NNNNNNNATT
* ** *
84009 CCTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGCATTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * *
84073 TTTTTTTACATTTTT-GACTAAAATAGAATATAATTGAATGT-TCACCTTAAGAAACATGAA-CA
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* * * *
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* * * * * * *
84177 GCCTTCAAAAGCCATATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTCATTTCATGTTAAA
1 -CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-GA
* * * * * * *
84242 ATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GAAAAAGTAAAGG
64 A-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA-TGAAGG
* * * ** * **
84304 AAAAATCTATCCATTGTCACA-AAAAGTCCACCTATAGTTACTTA-A
126 AAAAGTC-ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
********** * *
84349 GCCTTCGAAAA-CCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTAAGTTG
1 -CCTTC-AAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* ** * * * ** * *
84412 AATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-C-GACAAAAAAGTGAAGA
63 AA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA-TGAAGG
* *
84475 AAAATGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATT
126 AAAA-GTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * *
84520 CTTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAGTCCCATAATTCATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * ** *
84584 TTTGTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATT-ATATATTTGTCTTGGGAAACATGAA-GAA
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* * * *
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* ** * * * *
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1 -CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * * * ** * *
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* * *
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* * ** * * *
84862 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAA
1 -CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * **
84927 TTGTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGATTGTCTGCGATAGGAAACATGAA-GAA
65 TT-TTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAA
* * * *
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128 AA-GTCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * *
85035 CCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGCTGATT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
** * * * * *
85100 TTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGGTCAT-A---AA---C--CCGTAGGAAACATGAAGAAAAAA
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAAAAG
* * * ** * *
85156 CCATTTATTGGA-AAAAAAAGTTAATTTATAGTCACTCATT
131 TCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* *
85196 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-
* * * * * * * * * * *
85261 TTTCTTCCATTTTTGGTTAACACAAATTAGAGTTGAATATCTACC-AAGGGAAACATGAAAGTAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAAACATGAAGGAAA
* * * *
85325 AGTCATTTATTCACAAGAAAAGTCTATTTATAGT-ATCCCATG
129 AGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATA
* ** * * * * * *
85367 TCTTTGAAAGCCTTGTGACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGCTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * ** * * * * **
85432 TTATTTACATTTTTTGATAAAACAGATTGCAATTGATTGTCCATCTT-GACAAATGTGAA-GACA
66 TT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGGA-A
*
85495 AAGTCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
128 AAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * *
85538 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAGGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * *
85603 ATTTTTACATTTTTAGTTGAAAA-AGATTTTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGGAAA
66 -TTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAAA
* ** * * *
85667 ACTCATTCATTGGTAA-AAAAATCCCATTTATAGTCAACTA-A
129 AGTCATTCATTGACAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * * *
85708 GTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAATAGATTTTAAGTTAA
1 -CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * *
85772 ATATTTTTAC-TTTTTAGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGCA
64 AT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGA
* * * * ** *
85836 AAAG-CAATCCGTTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAA
127 AAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
** * * * *
85880 CCTTCAAAAAACTTATTACT-TGTTTTAAATGGTTTTATAGTCTCGTACTTGATTTTCA-GTTGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTTGA
* * * * * *
85943 ATTGTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACTTTAGGAAACATGAA-GAA
64 ATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAA
* * ** * *
86007 GAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAATCTGTTTATAGTCACTCATT
128 -AAGTCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * * *
86051 TCTTCTAAAGACTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * * *
86116 TTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTACTTTGGGAAACGTGAAGAAAA
66 TTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAAA
* * *
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129 AGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* *
86222 CCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT-ATTAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * * * **
86286 TTTTTTACATTTTTTGTAAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTTTGAAAACATTAACAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAAAA
* * *
86351 GTCATTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTACAGTCACCCATG
130 GTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * *
86392 CCTTCGAAGGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATCGATTTTATGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * * *
86456 CTTGTTTACCTTTTT-GATGAAAATATATTATAATTGAATGGCTGCC-TGGGAAA-ATGTGAAGT
65 -TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA--TGAAGG
** * * *
86518 AAAAG-CAAACCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-A
126 AAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
** *
86562 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 -CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
86589 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 392, Indels: 196
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 104 0.05
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166 3 0.00
168 5 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAAAAG
TCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
Found at i:85869 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 84006--86492 Score: 2022
Period size: 513 Copynumber: 4.9 Consensus size: 506
83996 NNNNNNNNNN
* * ** *
84006 ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGCATTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * * * * * *
84071 AATTTTTTTACATTTTT-GACTAAAATAGAATATAATTGAATGTTCACCTTAAGAAACATGAA-C
66 AA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGA
* ** * *
84134 AAAACCATACATTGGCAAG-AAAATCTCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACT
128 AAAACCATTCATTGATAAGAAAAATC-CATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
84198 CTCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTCATTTCATGTTAAAATTTTTTTATATTTTTTATTA
191 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTTACATTTTTGATTA
* ** * * * * * * **
84263 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GAAAAAGTAAAGGAAAAATCTATCCATTGTCACAA
254 AAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACA-TGAAGCAAAAGTC-ATTCATTGACATGA
** * * * * **
84326 AAAGTCCACCTATAGTTACTTAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATNNN
317 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AT
******* * * * * * * *
84391 NNNNNNNTTAATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAATGT
381 CTCATAATTGATTTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTGT
** * *
84455 CTACGA-C-AAAAAAGTGAAGAAAAATGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCC
446 C--C-ATCTTGAAAAGTGAAG-AAAAGGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ** * * * *
84517 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCCCATAATTCATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * ** **
84582 AATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTATATATTTGTCTTGGGAAACATGAAGAA
66 AATTT-TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTA-ATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAA
* * * * **
84647 AAGGCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATCGCTC
129 AA-ACCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
84712 GTTTTAGATTGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTCTGATTAA
192 GCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGATTAA
* * * *
84777 AATATATTATAATTGAATGTATATATTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGGCATAAAAA
255 AATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGACATGAAAA
* **
84842 GTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTC
320 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTC
* * * *
84907 ATAATTAATTTTAAGC-TGAATTGTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGATTGTCT
384 ATAATTGATTTTAAGCTTGAATTGTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTC-
** * * *
84971 GCGAT-AGGAAACA-TGAAGAAAAGGACATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
447 -C-ATCTTGAAA-AGTGAAGAAAAGGTCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
85032 ATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGCTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * * *
85097 ATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGGTCAT-A--AA-----CCCGT-AGGAAACATGAAGAAA
66 AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACC-TCAGGAAACATGAAG-AA
* ** **
85153 AAACCATTTATTGGA-AA-AAAAAGTTAATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAACCATTCATT-GATAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
85216 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAGTTTCTTCCATTTTTGGTTAA
191 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * * * ** * * * *
85281 CACAAATTAGAGTTGAATATCTACCAAGGGAAACATGAAAG-TAAAGTCATTTATTCACAAGAAA
255 AATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATG-AAGCAAAAGTCATTCATTGACATGAAA
* * * * * * *
85345 AGTCTATTTATAGT-ATCCCATGTCTTTGAAAGCCTTGTGACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATC
319 AGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-ATC
* * **
85409 TCATAATTGATTTT-AGCTTAAATT-TATTTACATTTTTTGATAAAACAGATTGCAATTGATTGT
382 TCATAATTGATTTTAAGCTTGAATTGT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTGT
*
85472 CCATCTTGACAAATGTGAAGACAAA-GTCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
446 CCATCTTGA-AAA-GTGAAGA-AAAGGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
85535 ATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAGGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * *
85600 AATATTTTTACATTTTTAGTTGAAAA-AGATTTTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGG
66 AAT-TTTTTATATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGA
* * * *
85664 AAAACTCATTCATTGGTAA-AAAAATCCCATTTATAGTCAACTAAGTCTTCGAAAGTCTTATTAC
128 AAAAC-CATTCATTGATAAGAAAAAT-CCATTTATAGTC-ACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
85728 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAATAGATTTTAAGTTAAATATTTTTAC-TTTTTAGAT
190 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTT-GAT
* * *
85791 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGCAAAAG-CAATCCGTTGATATG
252 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTC-ATTCATTGACATG
* * * ** * *
85855 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAAACTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAG
316 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-
* * * * * * *
85920 TCTCGTACTTGATTTTCAG-TTGAATTGTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
380 TCTCATAATTGATTTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTG
* * **
85984 TCCA-CTTTAGGAAACA-TGAAGAAGAA-GCCATTCATTTG-CAAGAAAAATCTGTTTATAGTCA
445 TCCATC-TT--GAAA-AGTGAAGAA-AAGGTCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
86045 CTC
504 CCC
* * * * * *
86048 ATTTCTTCTAAAGACTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAGGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* ** *
86113 AATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACTTTGGGAAACGTGAAGAA
66 AATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAA
* * * * * *
86178 AAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTC
129 AAA-CCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
86243 TCTTTAAATGGTTTTATAATCT-ATTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTG-TAAA
192 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTTGATTAA
* * * ** * * * * *
86306 AATAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTTTGAAAACATTAA-CAAAAAGTCATTCATTGACAAGGAA
255 AATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGC-AAAAGTCATTCATTGACATGAAA
* * * * * *
86370 AGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
319 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-ATCT
* * * * * * *
86435 TATAATCGATTTTATG-TTGAACTTG-TTTAC-CTTTTTGATGAAAATATATTATAATTGA
383 CATAATTGATTTTAAGCTTGAA-TTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGA
86493 ATGGCTGCCT
Statistics
Matches: 1581, Mismatches: 317, Indels: 155
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
500 2 0.00
501 4 0.00
502 2 0.00
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508 2 0.00
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516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (506 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
ACCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATA
TTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGACATGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATCTCATAATTG
ATTTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCCATCTTGAA
AAGTGAAGAAAAGGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
Found at i:87738 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 87144--88028 Score: 788
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
87134 AAAAGTCTAC
* * * * *
87144 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAACT
1 TTATAGTCACTC-ATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * * * * * * ***
87209 GATTTTAAATTGAATTATTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTTATTGTCTGTGATGG
65 GATTTTAGGTTAAATT-TTCTTCCATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCATGG
* * * *
87274 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCTAGAAAAG-TCAT
128 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTAAT
* ** * *
87315 TTATAGTCACTCATTCCCTAAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCA-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** * * * * * * *
87380 GATTCTACGTTGAATTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAGGTCATAATTAAATGGT-TGCCCTGG
65 GATTTTAGGTTAAATTTTCTTCCATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAAT-ATCTACCATGG
* * **
87444 AAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTAAT
128 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTAAT
* * * * * *
87486 TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCA-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
*
87551 GATTTTAGATTAAATTTTCTTCCATTTTTGGTAAACACAGATTATAATTGAATATCTACCATGGG
65 GATTTTAGGTTAAATTTTCTTCCATTTTTGGTAAA-ACAGATTATAATTGAATATCTACCATGGG
** * *
87616 AAACATGAAGGTAAAGCCATTTATTAACAAAAAAAGTTAAT
129 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTAAT
*
87657 TTATAGT-ACTCATCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TTATAGTCACTCATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
87721 ATTTTAGGTTAAATTTTCTTCCATTTTTGGTTAATACATATTAGAGTTGAATATCTACTATGGGA
66 ATTTTAGGTTAAATTTTCTTCCATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCATGGGA
** * * **
87786 AACATGAAGGCAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAT
130 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTAAT
* * * * **
87826 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACGATCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
87891 GATTTTAGGTTAAATTTAT-TTACATTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGATTGTCCATCTTGA
65 GATTTTAGGTTAAATTT-TCTTCCA-TTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCATGG
* ** * * * * **
87955 CAAATTTGAAGACAAAGTCGTTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
128 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTAAT
* *
87997 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
1 TTATAGTCACTCAT-CCTTCGAAAGCCTTATT
88029 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 108, Indels: 20
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 143 0.24
170 85 0.14
171 361 0.61
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTATAGTCACTCATCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAGGTTAAATTTTCTTCCATTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCATGGGAA
ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTAAT
Found at i:88001 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 87134--88024 Score: 901
Period size: 340 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
87124 CATTGGCATA
* * * * * * *
87134 AAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTGAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
87199 TCTCATAACTGATTTTAAATTGAA-TTATTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTTATT
66 TCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTTA-TTTAC-ATTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGATT
* * * *
87263 GTCTGTGATGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCTAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCA
129 GTCTATCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA-CAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
87328 TTCCCTAAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTCTACGTTGA
193 -TCCTTCAAAAGCCTCATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTACGTTAA
* * * * * * *
87393 ATTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAGGTCATAATTAAATGGTTGCCCTGGAAAACAAGAAGAAA
257 ATTTTCTTCAATTTTTAGTTAAAACAGATCAGAATTAAATGATTACCATGGAAAACAAGAAGAAA
*
87458 AAGCCATTCATTGGCAAG
322 AAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * **
87476 AAAAGTTAATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
87541 TCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTT-TCTTCCA-TTTTTGGTAAACACAGATTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTTAT-TTACATTTTTTGATAAA-ACAGATTATAATTGATT
* * ** * * *
87604 ATCTACCATGGGAAACATGAAGGTAAAGCCATTTATTAACAAAAAAAGTTAATTTATAGT-ACTC
129 GTCTATCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTC
* * * *
87668 ATCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAA
192 ATCCTTCAAAAGCCTCATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTACGTTAA
* * * * * * * * * * **
87733 ATTTTCTTCCATTTTTGGTTAATACATATTAGAGTTGAAT-ATCTACTATGGGAAACATGAAGGC
257 ATTTTCTTCAATTTTTAGTTAAAACAGATCAGAATTAAATGAT-TACCATGGAAAACAAGAAGAA
*
87797 AAAGCCATTTATTGACAAG
321 AAAGCCATTCATTGACAAG
* * **
87816 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACGA
1 AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
87881 TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTATTTACATTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGATTGT
66 TCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTTATTTACATTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGATTGT
* * ** ** * * * *
87946 CCATCTTGACAAATTTGAAGACAAAGTCGTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
131 CTATCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCAT
88011 GCCTTCAAAAGCCT
194 -CCTTCAAAAGCCT
88025 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 98, Indels: 22
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 266 0.60
341 72 0.16
342 98 0.22
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGATTAAATTTATTTACATTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGATTGT
CTATCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATCC
TTCAAAAGCCTCATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTACGTTAAATTT
TCTTCAATTTTTAGTTAAAACAGATCAGAATTAAATGATTACCATGGAAAACAAGAAGAAAAAGC
CATTCATTGACAAG
Found at i:88582 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 88276--88813 Score: 487
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
88266 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
88276 TTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAA
* ** * * * *
88341 CATGAAGCAAAA-ACAATCCGTTG-ATATGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAACCTTCAAAAA
66 CATGAAG-AAAAGACATTCATTTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAG
* ** *
88404 ACTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTAAT
128 CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTT-TAATTGAT
* *
88447 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAA
* * * **
88512 CATGAAGAAGAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTTTAAAGCC
66 CATGAAGAA-AAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCC
* * ******** *
88577 TTATTACTCACTTTAAAAGGNNNNNNNNNNTC-ATAATTGAT
130 TTATTACTTACTTTAAATGG--TTTTATAATCTTTAATTGAT
* * *
88618 TTTAGGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTATACCTT-GGAA
1 TTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAA
* ** * * * *
88681 AGCATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAG
65 A-CATGAAG-AAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAG
*
88746 CCTTATTA-TTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGAT
128 CCTTATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCT-TTAATTGAT
*
88789 TTTAAGCTGAATT-TTTTACATTTTT
1 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
88814 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 63, Indels: 25
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 22 0.08
171 254 0.87
172 11 0.04
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAA
CATGAAGAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCT
TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTTAATTGAT
Found at i:89373 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 88942--89412 Score: 520
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
88932 CAGGCAGCCA
* * * * * * * *
88942 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAACAGTA-AACAAGTTCAACATAAAATCGATTATAAGATT
1 TTCAATTATAATCTATTTT-ACCAAAA-ATTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
89006 ATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * *
89071 TGTCAATGAATGGTTTTTTCTTAATGTTTTCAAAGGCAAACT
128 TATCAATGAATGAATTTTTCTTAACGCTTCCAAAGGCAAACT
** *
89113 TTCAATTATAATCTATTTTTGCAAAAATTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTAT
1 TTCAATTATAATCTATTTTACCAAAAATTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
89178 AAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTA
66 AAAACCATTTAAAGA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * *
89243 TCAATGAATGAATTTTTCTTCACGCTTCCTAAGGTAGACAC-
130 TCAATGAATGAATTTTTCTTAACGCTTCCAAAGGCA-A-ACT
*
89284 TT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAGAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATCTATTTT-ACCAAAAATTATAA-AAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAT
* * **
89346 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGACTATAAACAGACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
89411 TT
127 TT
89413 GCAAATGAAT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 38, Indels: 16
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 136 0.54
171 111 0.44
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTCAATTATAATCTATTTTACCAAAAATTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
CAATGAATGAATTTTTCTTAACGCTTCCAAAGGCAAACT
Found at i:90787 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 90422--92000 Score: 1168
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
90412 NNNNNNGGAA
* * * * *
90422 ACATTCAATTATGACATGTTTTAACT-AAAAATA-AAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
90485 ATTATAAAACCATTTTAAGTGATTAATAAGGCTTT-TAAGGGAATGGGCGACTATATATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** ** *
90549 TTATTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCATCGTAG
129 TT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTCG
* * * * *
90592 ACAATCAACTATAATATGTTTTAATAAAAAATAGAAATACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
90657 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACAATAAGTGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * **
90721 TTATACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTCG
130 TT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTCG
* ** * * *
90763 ACATTTAATTATAATATATTTTAATTTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
90828 TTATAAAACCAATTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGGC-TTAGGTGATTATAAGTGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
** * * * ** *
90892 TCTTATCAATAAATGACCTTTTCTTTATGTTTCCCAA-GACAG
130 T-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTC-G
* * ** * *
90934 ACATAT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGG
1 ACAT-TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * * * *
90998 ACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTACTATAAATGAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
91063 TCTTGTCAATGAAT-ACCTTTTCTTCACT-TTT-TT-AGGGCAG
130 T-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGTC-G
*
91103 ACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * *
91168 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAGTGGACTTGT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-T
* * * * * *
91233 TGTGGCAATGGATAGA-TTTTTGCTTTA-CTTTCTTAAGG-CAA
130 TTTGCCAATGAAT-GACTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTC-G
* * * *
91274 ACATTCAATTATAATATATCTTAATAAACAAT-GTAAAAAAATTTCAACATGAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAG-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
91338 GATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCTTG-GATGACTATAAATGAGA-
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATG-GAC
** *
91401 TTTTCTTGCCAATGAA--AGGTTTTGTTCATGTTTCTTAAGGT-G
127 TTTT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTCG
* * * * * * *
91443 AACATTCAATTATATTGTATTTTAGTGAAAAAT-GTAAAAAAAGTT-AACCTAAAATTAATTATA
1 -ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAG-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * **
91506 AGATTGTAAATCTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AGGTGACAATAAATAAAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC
** ** * * *
91570 TTTTCTTGTGAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTGTCTTCAGGTAG
127 TTTT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTCG
** * * *
91614 ACACTT-AATTATAACCTATTTTAAT-CAAAAT-GTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 ACA-TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * * *
91676 GTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGATTCTAAATGGACTC
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-
* * * ** * * * **
91741 TTTTTACCAATCAAAGGTTTTTTCTCCACGTTT-TTTAGAGTAA
128 TTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG-GTCG
* * * * *
91784 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAACTCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * * *
91848 AATATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAAGCAT-AGGTGACGATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
91912 GTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGATG-CAG
129 -TTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTC-G
* * * *
91955 ACATTTAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAA
92001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 221, Indels: 97
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 292 0.26
170 245 0.22
171 448 0.39
172 145 0.13
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTCG
Found at i:91186 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 90422--92000 Score: 1248
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 334
90412 NNNNNNGGAA
* * * * *
90422 ACATTCAATTATGACATGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
90486 TTATAAAACCATTTTAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAGGGAATGGGCGACTATATATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
90551 ATT-GCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCATCGTAGACAATCAACTATAATATGTTTTA
130 CTTAGC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGCAGAC-ATTAATTATAATATGTTTTA
* * * *
90615 ATAAAAAATAGAAATACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
192 ATAAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
** ** * * * *
90680 TAATAAGGCTTTCGAAGCTTGAGTGACAATAAGTGGACTTTTTATACCAATGAATGACTTTTGCT
256 TAATAAGGCTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTT-TACCAATGAA--ACTTTT-CT
** *
90745 TCATGTTTCCCAAGGTC-G
317 TCATGTTT-CTTAGGGCAG
* * * * *
90763 ACATTTAATTATAATATATTTTAATTTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
90828 TTATAAAACCAATTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGATTATAAGTGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
90893 CTTATCAATAAATGACCTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAGACATATAATTATAATCTGTTTTAA
130 CTTAGCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-CAGACAT-TAATTATAATATGTTTTAA
** * * * *
90958 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
193 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* **
91023 ATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTCTTC
258 ATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTACCAATGAA-A-CTTTTCTTC
91088 ACT-TTT-TTAGGGCAG
319 A-TGTTTCTTAGGGCAG
*
91103 ACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
91168 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAGTGGACTTGT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT-T
* * * * * * * * *
91233 T-GTGGCAATGGATAGA-TTTTTGCTTTA-CTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATCT
129 TCTTAGCAATGAAT-GACTTTTT-CTTCATGTTTCTCAA-GCAGACATT-AATTATAATATGTTT
* * * * *
91295 TAATAAACAATGTAAAAAAATTTCAACATGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGG
190 TAATAAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** * * *
91360 AGTAATATGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAGA-TTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTT
254 AGTAATAAGGCTTT-TAAAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTT-TTACCAATGAAA-CTTTT
*
91424 GTTCATGTTTCTTAAGGTG-A-
315 CTTCATGTTTCTT-AGG-GCAG
* * * * * *
91444 ACATTCAATTATATTGTATTTTAGTGAAAAAT-GTAAAAAAAGTT-AACCTAAAATTAATTATAA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATAG-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * * * **
91507 GATTGTAAATCTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACAATAAATAAACTT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * ** *
91572 TTCTT-GTGAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTGTCTTCAGGTAGACACTTAATTATAACCTATTT
128 TTCTTAG-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGCAGACA-TTAATTATAATATGTTT
* * * * * *
91635 TAAT-CAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGA
190 TAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
91699 GTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGATTCTAAATGGACTCTTTTTACCAATCAAAGGTTTTTT
255 GTAATAAGGCTTTTAAAG-AATGGGTGACTATAAATGAACT-TTTTTACCAATGAAA---CTTTT
* * * * * *
91764 CTCCACGTTTTTTAGAGTAA
315 CTTCATGTTTCTTAGGGCAG
* * * * *
91784 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAACTCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
91849 ATATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAA-GCATAGGTGACGATAAATGGACTTG
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
91913 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGATGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTA
129 TCTTAGCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGCAGACA-TTAATTATAATATGTTTTA
*
91978 ATAAAAAATATAAAATAATTCAA
192 ATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
92001 NNNNNNNNNN
Statistics
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343 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTAGCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCAGACATTAATTATAATATGTTTTAATAA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCAATGAAACTTTTCTTCATGTTTC
TTAGGGCAG
Found at i:91483 original size:510 final size:508
Alignment explanation
Indices: 90440--92000 Score: 1400
Period size: 510 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
90430 TTATGACATG
* * * * *
90440 TTTTAACTAAAAATA-AAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTTAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * * *
90504 TGATTAATAAGGCTTTTAAGGGAATGGGCGACTATATATGGACTTTTATTG-CTAATGAATGCCT
66 TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC-AATGAATACC-
* * * * * *
90568 TTTTCTTCATGTTTCCCATCGTAGACAATCAACTATAATATGTTTTAATAAAAAATAGAAATACA
129 TTTTCTTCATGTTT-TCA-GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAA-AAA
* * *
90633 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGC
191 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGC
* * * *
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256 TTAAGTGACAATAAGTGGACTTGTTATACCAATGAATGACTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGGTCA
* * * * *
90763 ACATTTAATTATAATATATTTTAATTTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGT
321 ACATTCAATTATAATATATCTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGA
* * *
90828 TTATAAAACCAATTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGATTATAAGTGGACTTTT
386 TTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
90893 CTTATCAATAAATGACCTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAGACATATAATTATAATCTG
451 CTTACCAATAAATGA-CTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATATAATTATAATCTA
* * *
90952 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGACTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
91017 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTT
66 TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTT
* * *
91082 TTCTTCACT-TTTTTAGGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATT
131 TTCTTCA-TGTTTTCA-GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATT
*
91146 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTCGAAGGCTT
194 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAA-GCTT
* * ** * * * **
91211 AAGTGACTATAAGTGGACTTGTTGTGGCAATGGATAGATTTTTGCTTTA-CTTTCTTAAGG-CAA
258 AAGTGACAATAAGTGGACTTGTTATACCAATGAAT-GACTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGGTC-A
* *
91274 ACATTCAATTATAATATATCTTAA-TAAACAATGTAAAAAAATTTCAACATGAAATCAATTATGA
321 ACATTCAATTATAATATATCTTAATTAAA-AATATAAAAAAATTT-AACATAAAATCAATTATGA
* * * *
91338 GATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCTT-GGATGACTATAAATGAGA-
384 GATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGG-TGACTATAAATG-GAC
* * * ** ** * *
91401 TTTTCTTGCCAATGAAA-G-GTTTTGTTCATGTTTCTTAAG-GTGAACAT-TCAATTATATTGTA
447 TTTTCTTACCAAT-AAATGACTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAG-ACATAT-AATTATAATCTA
*** * * * * *
91462 TTTTAGTGAAAAATGTAAAAAAAGTT-AACCTAAAATTAATTATAAGATTGTAAATCTATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
** * * * * ***
91526 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGTGAATGAATTTTT
65 GTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCT
** * *
91591 TTTCTTCATGTGTCTTCAGGTAGACACTT-AATTATAACCTATTTTAAT-CAAAAT-GTAAGAAA
130 TTTCTTCATGT-T-TTCAGGTAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAG-AAAAAA
* * * * *
91653 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
191 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAG-
** ** *** * * * * ** * * ***
91718 AATGGGTGATTCTAAATGGACTCT-TTTTACCAATCAAAGGTTTTTTCTCCA-CGTTT-TTTAGA
255 CTTAAGTGACAATAAGTGGACT-TGTTATACCAATGAATGACTTTTGCTTCATC-TTTCCCAAG-
* * * * * * * *
91780 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAACTCAATTAT
317 GTCAACATTCAATTATAATATATCTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTAT
* ** * * * * * *
91845 GAGAATATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAA-GCATAGGTGACGATAAATGGA
382 GAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGA
* * * *** * * * *
91909 CTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGATG-CAGACATTTAATTATAATATG
446 CTTTTCTTACCAATAAATGAC-TTTTCTTCATG-TTTCCCAAGACAGACATATAATTATAATCTA
** *
91973 TTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAA
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
92001 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTT
TTCTTCATGTTTTCAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGCTTAAG
TGACAATAAGTGGACTTGTTATACCAATGAATGACTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGGTCAACATT
CAATTATAATATATCTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
CAATAAATGACTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATATAATTATAATCTA
Found at i:93930 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 93620--94080 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
93610 NNNNNNNNNT
* * *
93620 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA-GGAGATTAG-AAAACCATT
1 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGG-GATT-GTAAAACTATT
* * * * **
93683 TAAAGCGATTAGTAA-AGCTTTTGAAGGCACGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAA
64 TAAAGTGAGTAATAAGAGCTTTCGAAGGCACGAGTAACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATAAA
* * * * **
93747 TGGCTTTTTCTTTCATGTTTCATAAGGAAAACATTCAATTATATT
129 TAGCATTTTC-TTCACGCTTCATAAGGAAAACATTCAATTATAAC
* *
93792 CTGTTTTCAA-TAAAAGTGTAAAAAAATTCAACCCAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACTATTT
1 CTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACTATTT
* * * * * * *
93856 AAAGTAAGTAATAAGAG-TTTCGAAGGCATG-GATGACTATAAGTAAACTTTT-TATGTCGATGA
65 AAAGTGAGTAATAAGAGCTTTCGAAGGCACGAG-TAACTATAAATAAACTTTTCT-TATCAATAA
* * * * *
93918 ATAGCATTTTCTTCACGCTTCTTAAGGTAGATATTTAATTATAAC
128 ATAGCATTTTCTTCACGCTTCATAAGGAAAACATTCAATTATAAC
* * * * *
93963 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTCAACCAAAAATCAACTATGAGTTTATAAAA-TCATTT
1 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACT-ATTT
* * * * * *
94027 AAAGTGAGCAATAAG-GCTTTTGAGGGAATGAG-AGACTATAAATAGACTTTTCTT
65 AAAGTGAGTAATAAGAGCTTTCGAAGGCACGAGTA-ACTATAAATAAACTTTTCTT
94081 GTTAATGAAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 43, Indels: 25
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 119 0.51
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173 6 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
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CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACTATTTA
AAGTGAGTAATAAGAGCTTTCGAAGGCACGAGTAACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATAAATA
GCATTTTCTTCACGCTTCATAAGGAAAACATTCAATTATAAC
Found at i:94395 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 94207--94528 Score: 297
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
94197 NNNNNNNNNG
* * *
94207 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TCTCCTTACAACTAAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCT-
1 AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTCTCATGACAA-TAAATGGCTTTTTCCTCATGTTT-CTG
* * * * *
94270 CAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
64 CAAGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
94335 TACAAGGTTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTA
128 TACAAGATTATAAAACCATTTAAA----------AGGCTTTTA
* * * * * * * * *
94378 AAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCATGCCAATGAATTGTTTTTTCTTCATGTTTCTGGA
1 AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTCTCATGACAATAAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCTGCA
* * * * *
94443 AGCAGACATTTAACTATAATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTAT
66 AGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAC
*
94508 GAGATTATAAAACCATTTAAA
131 AAGATTATAAAACCATTTAAA
94529 GTAAGTAATA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 24, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 45 0.36
171 73 0.58
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTCTCATGACAATAAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCTGCA
AGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAC
AAGATTATAAAACCATTTAAAAGGCTTTTA
Found at i:95612 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 94992--96203 Score: 862
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 169
94982 NNNNNNNNNN
* * * *
94992 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTGGGCGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGGTGACT
** * * * ** *
95057 ATAAATGGGCTTTTCTT-GTCATTAAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGAAGACTATTAAT
65 ATAAATGAACTTTTCTTAG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGAC-ATCAAT
* * * * * **
95121 TACAAGCTGTTTTAACTATAAATGTAAAGAAATTCAATTTTAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CCTAA
* * * ** *
95164 GATCAATTATGAGACTATAAAACCATATAAAGTC-AGTGGTAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-T-GGTGA
* * * * **
95227 CTATAAATGATCTTTTCTT-GCTAATGAATGGCCTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGAGAC-TC
63 CTATAAATGAACTTTTCTTAGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGG-A-AGACATC
* *
95290 AATTATAATATGTTTTAACCAAATAT-TGAAGAAAACA-T-AACCTAA
125 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA-AAAA-ATTCAACCTAA
* * * * * **
95335 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTTAAGTGAGTAGTAAGACTTTTGAAGGAATGGTGACTA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTA
* * * * *
95400 TAAATGGACATTTCTTA-CTAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGAAAACATGCAATT
66 TAAATGAACTTTTCTTAGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACAT-CAATT
* * *
95464 ACAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * *
95505 AATCAATTAGGAGGTTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG-TGACT
*
95570 ATAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAA-ACATTCAAT
65 ATAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGG-AAGACA-TCAAT
* * * * *
95634 TATGATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *
95676 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAATAGTTTAAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTT-GGTGAC
* * * * * **
95740 TATAAAT-AGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGCTGACATTCA
64 TATAAATGA-ACTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGAAGACA-TCA
* * * ** * *
95803 ATTATAATATATTCTAATTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
126 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * *
95847 AATTAATTATTGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTCAC
1 AATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGTGAC
** * * ** * * *
95911 TATAAAT-AGACTTTTCTTTTCCATGAATGCCTTTCTT-TTCATGTTTCCCATA-GCAGATAGTC
64 TATAAATGA-ACTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTT-TTCTTCACATTTCTCA-AGGAAGACA-TC
* * ** *
95973 AATTATAATCTCTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAAACAACCTAG
125 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
* *** * * * * ***
96018 AATCAATTTTGAGATTATAAATTAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACATAGACAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGTGACT
* * * * * * ** * *
96083 ATAAATGGACTTCTCTT-GTCAATAAATGGCCTTGTCTCCATGTTTCTCACCA-TAA-ACATTTA
65 ATAAATGAACTTTTCTTAG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCA--AGGAAGACA-TCA
** * * * * *
96145 GCTATAATCTGTTTGAACCCAAAATATAAAAAAATTCATCTTAA
126 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
96189 AATCAATTATGAGAT
1 AATCAATTATGAGAT
96204 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 173, Indels: 75
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 7 0.01
170 140 0.17
171 532 0.64
172 136 0.16
173 6 0.01
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTA
TAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATCAATTAT
AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
Found at i:96141 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 94992--96203 Score: 1201
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 508
94982 NNNNNNNNNN
* * *
94992 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTGGGCGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTAGGCGACT
* * * *
95057 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCATTAAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGAAGACTATTAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-TAA-AC-ATTAATT
* * * * * * *
95122 ACAAGCTGTTTTAACTATAAATGTAAAGAAATTCAATTTTAAGATCAATTATGAGACTATAAAAC
127 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * **
95187 CATATAAAGTCAGTGGTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGCTAAT
191 CATATAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATAAGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGCTAAT
* ** * * * * * * *
95252 GAATGGCCTTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGAGACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAATATT
256 GAATGGCCTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTCTAACAAAAAAGT
* * ** *
95317 GAAGAAAACATAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTTAAGTGAGTAGTAAGACTT
321 GAAGAAAACATAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTT
* * *
95382 TTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTC
386 TTGAAGGAATGGTCACTATAAATAGACATTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCC
* * ***
95447 ATGGAAAACATGCAATTACAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAA
451 ATAGAAAACATGCAATTACAATCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAAACAACCTAA
* * * * *
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1 AATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGGC-GACT
* * ** *
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65 ATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA--TAAACATT-AAT
* * *
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126 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
95699 CATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATAGTTTAAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCATAT-C
191 CATATAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGTATAAGTGACTATAAAT-GATCTTTTC-T-TGC
* * * * *
95761 -AATGGATGG-CTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCTGACATTCAATTATAATATATTCTAATTAA
252 TAATGAATGGCCTTTT-CTTCACATTTCCTAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTCTAA-CAA
* *
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315 AAAAGTGAAGAAAACA-T-AACCTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * *
95885 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTCACTATAAATAGACTTTTCTT-TTCCATGAAT-GCCTTTCTT
377 ATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTCACTATAAATAGACATTTCTTACT-AATGAATAG-CTTT-TT
** * * * * * *
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438 CTTCACATTTCCCATAGAAAACATG-CAATTACAATCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAAAC
*
96011 AACCTAG
502 AACCTAA
* ** * * * *
96018 AATCAATTTTGAGATTATAAATTAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACATAGACAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TAGGCGACT
* * * * **
96083 ATAAATGGACTTCTCTTGTCAATAAATGGCCTTGTCTCCATGTTTCTCACCATAAACATTTAGCT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA--ATAAACA-TTAATT
* ** * *
96148 ATAATCTGTTTGAACCCAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGAT
127 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
96204 NNNNNNNNNN
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AATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGGCGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATAAACATTAATTATAA
TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAT
AAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATAAGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGCTAATGAATG
GCCTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTCTAACAAAAAAGTGAAGA
AAACATAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAA
GGAATGGTCACTATAAATAGACATTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCCATAGA
AAACATGCAATTACAATCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAAACAACCTAA
Found at i:98470 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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98283 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* ** *
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* *
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131 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCG
* * * *
98464 ACTATAAATGGGCTTTTCTTATCATTGAATAGCTTTTTCTT-A--TCT-C-AAGG-AAGAC-TAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAA-ACAT-T
* * ** * * * *
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* * * * * * *
98587 AAAACCATATAAAGCAAGTGATAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCG
* * * * * * *
98631 ACTATAAATGGCCTTTTCTT-GCTAAAGAATGG-TATTTTCTTCATATTT-CTCGAGGTAGACAC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAAACAT
* * * * * *
98693 TCAAGTATAATCTGTTTTAACCAAATAT-TGAAGAAAATATAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
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* * * * * * *
98757 TGAAACCATTTTAAA-TGAGTAGTAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTG
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*** * * * *
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTC
* * * *
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* ** * *
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** * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * ** **
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCA
* ** * *
99207 ATTATAATATATTCAAATCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTG-GATTATAA
66 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAA
* *
99271 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTG
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCG
* * * * * * * * *
99313 ACTATAAATAGACTTTTCTTTTCCATGAATGCCTTTCTT-TTCACGTTTCCCATA-GCAAATAGT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCCTA-AGGTAAACATT
* * * * * *
99376 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTAACCTAGAATCAATTATGAGATTATA
64 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * *
99441 ATTCGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGACA
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCG
* * * * * * * **
99484 ACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATAAATGGCCTTGTCTCCATGTTTCTTACTGTAAACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCA
* * * * * * * *
99549 GTTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
99614 ACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGCTTTTGAGGGGATGGACG
131 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCG
* * * *
99654 ACTATAAATGGAC-TTTCTT-TCTAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGACAAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAAACATT
* * * * * *
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99777 NNNNNNNNNN
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ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCA
ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCG
Found at i:100604 original size:15 final size:15
Alignment explanation
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100574 ATAATAAGGC
100584 TTTTAAAGGAATGGG
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1 TTTTAAAGGAATGGG
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1 T
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (15 bp):
TTTTAAAGGAATGGG
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Indices: 100604--102630 Score: 1515
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100594 ATGGGTTTTA
* * * *
100604 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCCTG
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** ** * * ******** *
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* * * *
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** * ** ** * * **
100776 AAGGGGTAGGTGACTATAAATG-GACTTGCCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTTTCATGTTTTTT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * * *
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*
100905 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCG
** * ** * * * *
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* * * * **** * *
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* * *
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** * * * * * * *
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1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * * *
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* * * * *
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* * *
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1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCT
* * * ** * *
101353 CAAGGTAAGCATTTAATTATATTTTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAA
64 -AAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* **
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* * * * * * * **
101462 AAGGCATGGATGACTATAAGTG-GACTTTTCATGTTAATGAACGGCTTTTTCTTCACATTTCCTA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
* ** * * *
101526 AGGCAAACACTT-AATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAATTTCAACTAAAAATCAAT
65 AGGTAAACA-TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
101590 TATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCG
* ** * * *
101633 AGGGAATGGAAGACTATAAAT-AGACTTTTTTTTATCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-C-TTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCC
* * * *
101696 TAAGGGAAACATTCATTTATAATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAA
63 TAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* *
101761 TTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCG
* * * * *
101805 AAAGG-ATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTGTT-GCTAATGAGTAGCTTTTTCTTTATGTTT-C
1 -AAGGAATGGGTGACTATAAATGAG-CTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * *
101866 GAGAGGTAGACTTTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACATTCTACTTAAAATCAA
63 TA-AGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * **
101931 TTACGAG-TGTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTCTG
127 TTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTC-G
* * * * **
101975 AAGGAATCGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
* * *** * *
102040 GG-AAGACGTTAAATTATAATTTGTTTTAGTGAAAAATGAAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATT
66 GGTAA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
102104 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCG
* * * *
102146 AAGGAATGGGTGA-TAATAAATGAACTTTTCTTACCGATGAATGACTTTTT-TTCATGTATT--T
1 AAGGAATGGGTGACT-ATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCCT
* ** *** *
102207 CAGG-ACAGACATTCAATTATTTTTTGTTTTAGGGAAAAATGTAAAAAAAATTCAAATTAAAATC
64 AAGGTA-A-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
102271 AATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCA
125 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTCG
** ** * * ** * * *
102317 AAGGTTTTAGTGATTATAAATGAACTTTTCACATCAAAGGATGGCTTTTGT-TTCATGTTTTCTA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCTA
* * * * * * *
102381 AGGTAGACATTCAATTA-CATTATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCACCTTCAAATTC-A
65 AGGTAAACATTCAATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAA
* *
102444 TTATGAGATTATAAAACCCTTTAAA-TCATGTAATAAGGTTTCCG
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGTTT-CG
** * * *
102488 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-TCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
* * * * * * **
102552 AGGTAAAAATTCAATTGTAATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTA
65 AGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
102617 TGAGATTATAAAAC
130 TGAGATTATAAAAC
102631 TANNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.36
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AAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA
GGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTCG
Found at i:101381 original size:514 final size:510
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100714 NNNNNNNCTC
* * * *
100724 AAAATCAATTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGGGGTAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGATGGGTGA
** * * * ** *
100789 CTATAAATGGACTTGCCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTTTCATGTTTTTTGAGGTAA-ATAATC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAGAT--TT
*
100853 AATTAT-TATTTGTTTTAATCAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
126 AATTATAT-TTTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
100917 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACTTCAG-TGATTATAGGTAGACTTTTTATG
189 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACAT-AGATGACTATAAGTAGACTTTTCATG
* ** * * * * * ****
100981 CTAATGGATTGCTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGTAGATA-TTCAATTATAATATATTTTCTTT
253 CTAATGAACGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCTAAGGCAAACACTT-AATTATAACATATTTTAACA
* * * *
101044 AAAAATATAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCATATTTAAAGTGAGCA
316 AAAAATAT-AAAAAATTTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGCA
** ** * * * **
101108 ATAAGG-TTGTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAAT-GAGC-TTTTCTTGTCAATTATTGGGTTTCT
379 ATAAGGCTT-TCGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGA-CTTTTTCTTATCAATGAATACGTTTCT
* * *
101170 CTTCATGATTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCA
442 CTTCATGATTCCTAAGGGAAACATTCAATTACAATATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCA
101234 ACCT
507 ACCT
* * * * *
101238 AAAATCAATTAGGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGGGTGA
*
101303 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATTCAAGTTTCTCAAGGTAAGCATTTA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAAG-ATTTA
* * *
101368 ATTATATTTTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATCG-GATTGTA
127 ATTATATTTTGTTTT-AATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATA
* ** * * *
101431 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAGTGGACTTTTCATGT
189 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACATAGATGACTATAAGTAGACTTTTCATGC
* * *
101496 TAATGAACGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTTAATTATAACCTGTTTTAACAAAA
254 TAATGAACGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTTAATTATAACATATTTTAACAAAA
* * *
101561 AATGTAAGAAATTTCAACTAAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAG
319 AATATAAAAAATTTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAG
* * * * *
101626 GCTTTTGAGGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTTTTTATCAATGAATACTTTTTTCTTCATG
384 GCTTTCGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTTCTTATCAATGAATACGTTTCTCTTCATG
* * * * * *
101691 TTTCTTAAGGGAAACATTCATTTATAATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTT
449 ATTCCTAAGGGAAACATTCAATTACAATATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACCT
* * * *
101753 AAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGATGGGTGA
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* * * * *
101818 CTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAGTAGCTTTTTCTTTATGTTTC-GAGAGGT-AGACTTTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAGA-TTT-
* * * * *
101881 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACATTCTACTTAAAATCAATTACGAG-TGTATAA
126 AATTATATTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAA
* * * * * * *
101945 AATCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCCTTCTGAAGGA-ATCGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTT
190 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAA-AACATAGATGACTATAAGTAG-ACTTTTC--
** * * ** ** * ** *
102007 AT-C-AATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGG-AAGAC-GTTAAATTATAATTTGTTTTA
250 ATGCTAATGAACGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAA-ACACTT-AATTATAACATATTTTA
*** * *
102068 GTGAAAAATGA-AAGAAAA-TTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTG
313 ACAAAAAAT-ATAA-AAAATTTCAA-CTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * ** * *
102130 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TAATAAAT-GAAC-TTTTCTTACCGATGAATGAC-
375 AGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGAAGACT-ATAAATAG-ACTTTTTCTTATCAATGAAT-ACG
* * *** * * ***
102191 TTT-TTTTCATGTATT--TCA-GGACAGACATTCAATTATTTTTTGTTTTAGGGAAAAATGTAAA
437 TTTCTCTTCATG-ATTCCTAAGGGA-A-ACATTCAATTACAATATGCTTTAACCAAAAATGT-AA
* **
102252 AAAAATTCAAATT
498 AAAAGTTCAACCT
* * * * * ** * **
102265 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGTTTTAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGGGTGA
* * * * * *
102330 TTATAAATGAACTTTTCACAT-CAAAGGATGGCTTTTGT-TTCATGTTT-TCTAAGGTAGACATT
65 CTATAAATGGACTTTT--CTTGCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGTA-AGATT
* * * * * * *
102392 CAATTACATTATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCACCTTCAAATTC-ATTATGAGATTAT
125 TAATTATATTTTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * * * * *
102456 AAAACCCTTTAAATC-ATGTAATAAGG-TTTCCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
188 AAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTT-CGAAAACATAGATGACTATAAGTAGACTTTTCA
* * * * ** * * * * *
102519 TTCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA-AATTCAATTGTAATC-TATTTTGA
251 TGCTAATGAACGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTT-AATTATAA-CATATTTTAA
* * * *
102582 CAAAAAATGTAAAAAATTT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
314 CAAAAAATATAAAAAATTTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
102631 TANNNNNNNN
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AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAGATTTAATTA
TATTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACATAGATGACTATAAGTAGACTTTTCATGCTAATGAA
CGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTTAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAA
AAAATTTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCG
AAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTTCTTATCAATGAATACGTTTCTCTTCATGATTCCTA
AGGGAAACATTCAATTACAATATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACCT
Found at i:103599 original size:171 final size:171
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* * *
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1 TAATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTA-TGAGTGACTATAAATAGACTCT
* * * * *
103511 CCTTACTAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCT-TAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTT
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*
103574 TAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTACAACG
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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103777 NNNNNNNNNN
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CATACCAACGAATGGCTCTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTA
ACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAACG
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* * * * * * **
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*** * *
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* *
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* * * * * * * * *** * **
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1 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * *
104283 TTATAGTCACTCAAACCTTCGAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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* * * *
104348 GATTTTAAATTGAATATTTTTTTACATTTTTTGCTACAATAGA
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* * * ** * * *
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* * *
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* **** *
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* * * * * *
104562 TTATAATTTAATGTCTT-CCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTTCA
1 TTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** * * * *
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* * *
104690 TTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
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* * * * * * * * *
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1 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCA
* * * * *
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* * *
104860 TTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGA
129 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * *
104903 TTATAATTGAATGTTTCCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATGGACAAGAAAAGTTCAT
1 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** ** * * * * *
104968 TTATAATCTTCC-ATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTTATAAT
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* * *
105032 TGATTTTTAA-TTGAAATTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
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* * * * * *
105074 TTATAATT-AAGTGTTTGCGT-TAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACATGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAA-TGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * ** * *
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65 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** *
105202 TGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT-TTAAAATAGA
130 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGA
* * ** * *
105244 ATATAACTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
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* *
105373 TTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGA
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* * * * * * * * *
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1 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * **
105480 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGACAGCGTTATTGCTTACTTTAAATTGACTTTATAATCTCATAAT
66 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *** * *
105545 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAAATAAAATATA
130 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * ** ** * * *
105587 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCGATTGGCATA-AAAAGTCA
1 TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-AGAAAAGTCC
** * ** * * *
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* *
105715 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
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* ** * * * *
105758 TAATAATT-AAT-TATTCACCTCGAA-AAATGTGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGACAAGTC
1 TTATAATTGAATGT-TT-ACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
105820 TATTTATAGTCA-TCAATCCCCTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTAT
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* * * * *
105884 AATTGATTCTGAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGA
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1 TTATAATTGAATGT
105943 CTGTATCNNN
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* * ** * * *
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** * * * *
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* ** * * * * * * * *
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129 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT-AATTAATGTCTACCTCC
* * * ** *
104069 AGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
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** * * *
104134 AAGCCTTATTACTTGGTTTAAAGGGTTTTATAATCTCACAA-TGAATTTGAAGTTGAATTTTTTT
257 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTT
104198 AC-TTTTTTGATTAAAAT-GTA
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* * * * * * * * *** * *
104218 ATGTAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGATGTGAGAAGTTTA
1 TTATAATTGAATGTCTTCCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCA
**
104282 TTTATAGTCACTCAAACCTTC-GAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
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* * * * * * *
104346 TTGATTTTAAATTGAATATTTTTTTACATTTTTTGCTACAATAGAATATAATTGAATGTCTGCCT
129 TTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACCT
** * * * * *
104411 -TGGAAA-ATGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTA-TCACCAATTCC
191 CCAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCA-TCC
* * * *
104473 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
252 TTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** *
104538 TCTTT-CATTTTGCACTAAAATAGA
317 T-TTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * *
104562 TTATAATTTAATGTCTTCCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTTCA
1 TTATAATTGAATGTCTTCCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCA
** * * *
104626 TTTATAGTCACCGATTCCTTCAGAAGGCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCGTAAT
66 TTTATAGTCACC-ATTCCTTCAGAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
104691 TGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAAAGTCTACCTCCA
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* * * * * *
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* * * *
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258 AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
**
104885 ATTTTTTATTAAAGCAGA
323 ATTTTTTATTAAAATAGA
* * *
104903 TTATAATTGAATGT-TTCCCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATGGACAAGAAAAGTTC
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* * * * * *
104966 ATTTATAATCTTCCATT-CTCTCA-AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTTAT
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* * * * *
105029 AATTGATTTTTAA-TTGAAATTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTGCG
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* * ** * * * * *
105093 T-TAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACATGAAAAGTCCACTTACAGTCATCCATGCTTT
190 TCCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTT
* * * * **
105157 CGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCCCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTT
254 CGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
105222 TTACA-TTTTTATTTAAAATAGA
319 TTACATTTTTTA-TTAAAATAGA
* * * * *
105244 ATATAACTGAATGT-TTACCT-TGAGAAACGTGAAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTC
1 TTATAATTGAATGTCTT-CCTCAGAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT
* * * * *
105307 CATTTATAGTCACCCATAT-CTTCA-AAAGCTTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCC
64 CATTTATAGTCA-CCAT-TCCTTCAGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
105370 TAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACC
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* * * * * *
105434 -CCATGAAACATGAAGAGAAACCCAATAATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
190 TCCA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATCCT
* * * ** *
105498 TCGACAGCGTTATTGCTTACTTTAAATTGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
253 TCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
105563 TTTTATATTTTTAAATAAAATATA
317 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * * *
105587 TTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCGATTGGCATA-AAAAG-T
1 TTATAATTGAATGTCTTCCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-AGAAAAGTT
** * * ** * *
105648 CAATCGATAATCACTGAAGCTTTC-GAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
64 C-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * *
105712 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAAT-TATTCAC
126 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGT-CT-AC
* * ** * * * * * * *
105776 CTCGAAAAATGTGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCATCAATCCCC
189 CTCCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCT
* * * * * * * *
105841 TCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTCTGAGTTGAATTTT
253 TCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* **
105906 TTTACAGTTTTGGTTAAAATAGA
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1 TTATAATTGAATGTCT
105945 GTATCNNNNN
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 285, Indels: 111
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Consensus pattern (340 bp):
TTATAATTGAATGTCTTCCTCAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCA
TTTATAGTCACCATTCCTTCAGAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTCTACCTCCAGA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTCGAAAGC
CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTTATTAAAATAGA
Found at i:105593 original size:855 final size:851
Alignment explanation
Indices: 103889--105944 Score: 2155
Period size: 855 Copynumber: 2.4 Consensus size: 851
103879 ATAATTGACT
* ** * **
103889 GTCTACCTCAAGAAGTGTGAAGAAAAAACCATTAATT-GACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 GTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCGATTGGA-ATA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
103952 CCATGGC-TTCAAAAGCTTTA-TACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAG
64 CCAT-GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * *
104015 TCAAATTTTTTTACATTTTTTGTCAAAGCAGATTATGATTTAATTTTTGCCTCAAGAAACATAAA
127 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTAT-AATTAA-TTTTCCCTCGAGAAACATGAA
** ** * * * *
104080 GAAAAACCCATTCATTGGA-AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
190 GAAAAAGACATTCATTGGACAAG-AAAAGTCATTTATAGTCATCC-ATCCCTCAAAAGCCTTATT
*** * * * * * *
104144 ACTTGGTTTAAAGGGTTTTATAATCTCACAA-TGAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGA
253 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * **
104208 TTAAAATGTAATGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGATGTG
317 TTAAAAAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAACATG
* ** * * * *
104273 AGAAGTTTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
381 AAAAGTCCACTTACAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAA
* * *
104338 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTTTACATTTTTTGCTACAATAGAATATAATTGAAT
446 TCCCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGAATATAACTGAAT
* * ** *
104403 GTCTGCCTTGGAAAATGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTATCACCA
511 GTCTACCTTGGAAAACGTGAAAAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTATCACCA
* *
104468 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
576 ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * *
104533 AATTTTCTTTCATTTTGCACTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTTCCTCAGGAAACGTGAAGAA
641 AATTTTCTTTCATTTTGCACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCCCAGGAAACATGAAGAA
* * * * ** * **
104598 AAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAGAAGGCTTATCACTC
706 AAACCCAATAATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGGCTTATCACTC
** * * ***
104663 ACTTTAAATGGTTTTATAAACTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAA
771 ACTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTACATTTTTAAATAAAA
104728 CAAATTATAATTCAAA
836 CAAATTATAATTCAAA
* *
104744 GTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGCTACTC-ATTAGTAAT-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 GTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TCGATT-GGAATAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** *
104807 CCATCCTTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTCTATGATCTCATAATTGATTTTAAGT
64 CCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
104872 TGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCGAGAAACATGAAG
128 TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATT-AAT-TTTCCCTCGAGAAACATGAAG
* * * * *
104937 AAAAAGGCATTCA-TGGACAAGAAAAGTTCATTTATAATCTTCCATTCTCTCAAAAGCCTTATTG
191 AAAAAGACATTCATTGGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCATCCA-TCCCTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
105001 CTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTTAATTGAAATTTCTTACATTTTTGGTT
254 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
105066 AAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTGCGTTAGG-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACATGA
319 AAAA-AGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAACATGA
** * * **
105129 AAAGTCCACTTACAGTCA-TCCATGCTTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAA
382 AAAGTCCACTTACAGTCACT-CAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAA
*** *
105193 TCCCATAATTGATTTTGGGTTG-A-ATTTTTTTACATTTTTAT-TTAAAATAGAATATAACTGAA
446 TCCCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTTTACATTTTT-TGCTAAAATAGAATATAACTGAA
*
105255 TGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTC
510 TGTCTACCTTGGA-AAACGTGAAA-AAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTA-TC
* * * *
105318 ACCCATAT-CTTCAAAAGCTTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCCTAATTGATTTTA
572 ACCAAT-TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
105382 GGTTGAATTTT-TTAT-ATTTTTG-ATTAAAACAGATTGTAATTGAATGT-TTACCCCATGAAAC
636 GGTTGAATTTTCTT-TCA-TTTTGCACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCCCAGGAAAC
* *
105443 ATGAAGAGAAACCCAATAATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-GACA-GC
698 ATGAAGAAAAACCCAATAATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGA-AGGC
** * * * *
105506 GTTATTGCTTACTTTAAATTGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
762 -TTATCACTCACTTTAAA-TGACTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TGTTTTACAT
* * * *
105571 TTTTAAATAAAATATATTATAATTGAAT
824 TTTTAAATAAAACAAATTATAATTCAAA
* ** * * * * ** * **
105599 GTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCGATTGGCATAAAAAGTCAATCGATAATCACTG
1 GTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCGATTGGAATAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
105664 AAGCTTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
66 ATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ** *
105729 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAATTATTCACCTCGAAAAATGTGAAAAA
130 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTAATT-TTC-CCTCGAGAAACATGAAGAA
* * * *
105794 AAAGACATTCATTGG-CAAGACAAGTCTATTTATAGTCATCAATCCCCTCAAAAGCTTTATTAAT
193 AAAGACATTCATTGGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCATCCAT-CCCTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
105858 CACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTCTGAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAA
256 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
105923 AATAGATTATAATTGAATGTCT
321 AA-AGATTATAATTGAATGTCT
105945 GTATCNNNNN
Statistics
Matches: 987, Mismatches: 177, Indels: 74
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
852 8 0.01
853 147 0.15
854 154 0.16
855 469 0.48
856 199 0.20
857 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (851 bp):
GTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCGATTGGAATAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTAATTTTCCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
GACATTCATTGGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCATCCATCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAACATGAAAAGTCCAC
TTACAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCCCATAATT
GATTTTAAATTGAATATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGAATATAACTGAATGTCTACCTTG
GAAAACGTGAAAAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTATCACCAATTCCTTCAA
AAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTT
CATTTTGCACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCCCAGGAAACATGAAGAAAAACCCAATA
ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAGAAGGCTTATCACTCACTTTAAATG
ACTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTACATTTTTAAATAAAACAAATTATAA
TTCAAA
Found at i:108530 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 108196--109329 Score: 954
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 169
108186 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * * *
108196 TTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATATATT
1 TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTT-AAGACAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
108260 TTAGTCAAAAAAGTGAAAAAATAT-AACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
65 TTA-ACCAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
108324 AAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATG-GTGACTATAAATGGACT
* ** * * * *
108367 TTTCTTACCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTTCTTGAGATAGACATTTAATTATAATCTGTCT
1 TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
108432 TAACCCAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATATAAAGCGA
66 TAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * *
108497 GTAATAGGGCTTTCGAAGCTTTGAGTAACTATAAATGGACA
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGCAATG-GTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * * *
108538 TTTCATATCAATGAATAGCTTTTGT-TTTATGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATTATAATATATT
1 TTTCTTATCAATGAATAGCTTTT-TCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTT
** *
108602 TTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCG
65 TTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** *
108667 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGACCTTGGTGACTATAAATGGGCT
129 AGTAATAAGGCTTTT-GAAG-CAATGGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** * * *
108710 TTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAAC-TGTCAATTACAATCTATT
1 TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGACAGACAT-TCAATTATAATCTGTT
* *
108774 TTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGC
65 TTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * ** * * * *
108839 TAGTGATAAAGTTTTTGAAGGTATGTGTTACTTTAAATAGTCT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATG-GTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
108882 GTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
108947 TAACCAAATATGTAAGAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATCATTTTAAGTGA
66 TAACCAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
109012 GTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
109052 TTT-TTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCCATGGCAAACATACAATTATAATCTG
1 TTTCTTAT-C-AATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCT-TAAGACAGACATTCAATTATAATCTG
* *
109115 TTTT-ACCTAAAAATG---AAAAA---AA--TAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCCATTTAAA
63 TTTTAACC--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * *
109171 GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGCTGACTATAAATAGACT
126 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCAATGG-TGACTATAAATGGACT
* * * *
109216 TTTCTTAGCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTT-TCTAAGACAGACATTCAATTATAATCCGTT
1 TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCT-TAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
109279 TTAACTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 TTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
109330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 150, Indels: 63
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 44 0.06
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGTGACTATAAATGGACT
Found at i:110031 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 109438--110053 Score: 620
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
109428 NNTTTTTTGC
* * * **
109438 TAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAAACATTCATTAGCAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
* * * *
109502 AAAGTCCATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
65 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
109567 TCTCATAATAGATTTTAGGTTCAATT-TTCTTTCATTTTTCA-C
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-TTACATTTTT-AGT
* * * * * * * *
109609 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACGTAAAGAGAAAGCCATTCACTGGCAAAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
** * * *
109674 AAAGTTCATTTATAGTCACTGATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAA
65 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * *
109739 CTCGTAATTGATTTTTAGTAGAA-TGTTTTACATTTTTGGT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * *
109779 TGAAACAAATTATAATTGAAAGTCTACCTCTAGG-AACATGAAGAAAAAGCCACTCGTTAGCAAC
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCT-TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
*
109843 AAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATCTT-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
64 AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAT-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
*
109906 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * * * *
109950 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTCGGGAAACATGAAGAAAAATG-TATTTATTGGTATG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTT-GGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTAGCAAG
* *
110014 AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCCTT-AAAAGCCTTA
64 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTA
110054 CAAACTTATA
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 72, Indels: 30
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 133 0.37
171 174 0.49
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
AAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
Found at i:115089 original size:171 final size:168
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Indices: 114607--115229 Score: 499
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 168
114597 TGCCTCGACA
* * * ** * *
114607 AAACATGAAGAAAAAGCTACTCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAATGCCTTTAAAA
* * * **
114672 GCCTTATTACTCGTTTTAAAGGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGATTGATTTTTTTAC-A
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATC-TAGAATTGATTTTA-AACGATTTTTTTACTA
* * ** *
114736 TTTTGATTCAAACAGGTTATAAGTGATTGTCTACCTCAAG
129 TTTTGATTAAAATATATTAGAAGTGATTGTCTACCTCAAG
* * * *
114776 GAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCAATGCCTTTAAA
* * * * *
114840 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGGTTTTAAGTCGAATTTTTTTA-
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTAG-AATTGATTTTAA-ACG-ATTTTTTTAC
* * * * * *
114904 TAAATTTCATTAAAATATATTAGAATTGAATT-TTTAGCTCGAG
127 T-ATTTTGATTAAAATATATTAGAAGTG-ATTGTCTACCTCAAG
* * *
114947 AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTTAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAATGCCTTTAAAA
* * * *
115012 GCCTTATTACTTGGTTTGAAGGGTTTTATAATCTCAGAA-TGAATTTGAAACAGAGTTTTTTTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCT-AGAATTG-ATTTTAAAC-GA-TTTTTTTAC
* * * * * *
115076 TTTTTTGATTAAAATATAAT-GTAATTGAATGTCTACCTTAGG
127 TATTTTGATTAAAATATATTAG-AAGTGATTGTCTACCTCAAG
* * * * * * **
115118 AGACATGAA-ACAAAAGCCATCCTTTGATATGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAA-ACCTTCG
1 AAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAC-CAATGCCTTTA
* * * * * *
115180 AAACCCTTTTTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCT-AGAATTGATTTT
115230 TAATTAAATT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 75, Indels: 36
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 95 0.26
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171 232 0.64
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAATGCCTTTAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTAGAATTGATTTTAAACGATTTTTTTACTATT
TTGATTAAAATATATTAGAAGTGATTGTCTACCTCAAG
Found at i:115275 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 114600--115387 Score: 739
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
114590 GACTGTTTGC
* * * * ** *
114600 CTCGACAAAACATGAAGAAAAAGCTACTCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCACCTATGCC
1 CTCGA-AAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAATGCC
* * * * * * **
114665 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAGGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGATTGATTTT
65 TTTAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAGGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTGAAACAGATTTT
* ** *
114730 TTTACATTTTGATTCAAACAGGTTATAAGTGATTGTCTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGCCA
130 TTTACATTTTGATTAAAACAGAATATAAGTGAATGTCTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGCCA
* * ** * * *
114795 TTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
195 TCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTGAAAACCTTTATTACCCGCTTTAA
* ** * * * * *
114860 ATGGTTTTATAATCTTGTAATTGGTTTTAAGTCGAATTTTTTTATAAATTTCATTAAAATATATT
260 ATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTCAAATTATTTTATAAATTTCACTAAAACATAAT
* *
114925 AGAATTGAATTTTTAG
325 AGAATTGAATGTCTAG
* * * *
114941 CTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAAAGCCT
1 CTCGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAATGCCT
* * *
115006 TTAAAAGCCTTATTACTTGGTTTGAAGGGTTTTATAATCTCAGAA-TGAATTTGAAACAGAGTTT
66 TTAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAGGATTTTATAATCTCAGAATTG-ATTTGAAACAGA-TTT
* * * * * *
115070 TTTTACTTTTTTGATTAAAATATAATGTAATTGAATGTCTACCT-TAGGAGACATGAA-ACAAAA
129 TTTTAC-ATTTTGATTAAAACAGAATATAAGTGAATGTCTACCTCAAGGA-ACATGAAGA-AAAA
* * * *
115133 GCCATCCT-TTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAACCCTTT-TTACCCG
191 GCCAT-CTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTT-GAAAACCTTTATTACCCG
* * ** ** *
115196 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTAAATTATTTTATATTTTTTGCTAGA
254 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG-GTTTTAAGTCAAATTATTTTATAAATTTCACTAAA
* *
115260 ACATAATATAATTGAATGTCTAT
318 ACATAATAGAATTGAATGTCTAG
* ** * * * * *
115283 CTTGAAAAATGTGAAAAAAAAACCATTCATT-ACCAGGAAAAGTCC-ATTTATTGTCACCCATTC
1 CTCGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA-CAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCAATGC
* ** *
115346 CTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTGTAATCT
64 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAA-GGATTTTATAATCT
115388 TGTAATAGAT
Statistics
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
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CTCGAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAATGCCT
TTAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAGGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTGAAACAGATTTTT
TTACATTTTGATTAAAACAGAATATAAGTGAATGTCTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGCCAT
CTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTGAAAACCTTTATTACCCGCTTTAAA
TGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTCAAATTATTTTATAAATTTCACTAAAACATAATA
GAATTGAATGTCTAG
Found at i:116552 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 116222--117221 Score: 605
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 168
116212 TATAAATTTC
* * * * * * * * * *
116222 ATTAAAATAGATTAAAATTGAATTTTTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGACA
1 ATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAACATGAAAG-AAAAGCCA-TCCTTGGCA
* * * * * * * *
116286 AGGAAAGCCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGGTTTGAAGGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAA-CCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * *
116351 AATCTCATAA-TGAATTTGAAACTGAATTTTTTTACTTTTTTG
127 AATCTCATAATTG-ATTTTTAATTAAATTTTTTTACTTTTTTG
* * * * *
116393 ATTAAAATATAATGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAGACATGAAACAAAAGCCATCCTTTG-ATA
1 ATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-ACATGAAAGAAAAGCCATCCTTGGCA-A
* * *
116457 TGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAACCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
64 -GAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAAACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
*
116522 AATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATTTTTTTATATTTTTTG
127 AATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATTTTTTTA-CTTTTTTG
* * * * * * * * * **
116565 -CTAGAACATAATATAATGGAATGTCTATCTT-GGAAAATGTGAAAAAAAAACCATTCATTACCA
1 ATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACA--TGAAAGAAAAGCCA-TCCTTGGCA
* * ** * * *
116628 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTC-AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
63 AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAAACCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *** * *
116692 TAATCTCGTAATAGATTTTGGGTTAAATTTTCTTT-CATTTTTC
126 TAATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATTTT-TTTACTTTTTTG
* * * * * ** * * *
116735 ACTAAAATAGATTATAACTGAATGTATGGCTTGGGAAACAT-AAAGAGAAAGCCATTCATGGCAA
1 ATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGAAAGA-AAAGCCATCCTTGGCAA
*** *
116799 GAAAAGT-TCATTTATAGTCACCGATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACC-AAACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
116863 AAACTCGTAATTGA-TTTTAAGTAGAA-TGTTTTACATTTTTG
127 AATCTCATAATTGATTTTTAATTA-AATTTTTTTACTTTTTTG
* * * * *
116904 ATTAAAACA-AATTATAATTGAAAGTCTACCTTTGGGAACGTG-AAGAAAAAGCCACTCATTAGC
1 ATTAAAACAGAA-TATAATTGAATGTCTACC-TTAGGAACATGAAAG-AAAAGCCA-TCCTTGGC
* * ** * *
116967 AACAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATGCCTTC-AAAAGCTTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTT
62 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAAACCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
117031 CTAATCTCCTAATTGA-TTTTAGGTTTAATTTTTTT-GTATTTTT-
125 ATAATCTCATAATTGATTTTTA-ATTAAATTTTTTTACT-TTTTTG
* ** * * * * *
117074 AGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTTTACCCTAGGAA-ATGTGAAGAGAAACCCAATCATTGGC
1 A-TTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACATG-AAAGA-AAAGCC-ATCCTTGGC
** * * * **
117138 AAGAAAAACCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGACAACCTTATTACTTGCTTTAAATTGACTTT
62 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAAACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
117203 ATAATCTCATAATTGATTT
125 ATAATCTCATAATTGATTT
117222 GAAGTTGAGT
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 140, Indels: 86
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAACATGAAAGAAAAGCCATCCTTGGCAAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACCAAACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTTAATTAAATTTTTTTACTTTTTTG
Found at i:116843 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 116458--117064 Score: 507
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 169
116448 CCTTTGATAT
** * * * *
116458 GAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAACCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
1 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** *
116522 AATCTCATAATTGATTTTTA-ATTAAATTTTTTTATATTTTTTGCTAGAACATAA-TATAA-TGG
64 AATCTCGTAATTGA-TTTTAGGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCACTAAAACA-AATTATAACT-G
* * * * * * *
116584 AATGTCTATC-TT-GGAAAATGTGAAA-AAAAAACCATTCATTACCAA
125 AAAGTATACCTTTGGGAACA--T-AAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAA
* * * * *
116629 GAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
1 GAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
116694 ATCTCGTAATAGATTTTGGGTTAAATTTTCTTTCATTTTTCACTAAAATAGATTATAACTGAATG
65 ATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTT-TTACATTTTTCACTAAAACAAATTATAACTGAAAG
** * * *
116759 TATGGC-TTGGGAAACATAAAGAGAAAGCCATTCA-TGGCAA
129 TATACCTTTGGG-AACATAAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAA
* *
116799 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTTCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
116864 AACTCGTAATTGATTTTAAG-TAGAATGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAAAG
65 ATCTCGTAATTGATTTTAGGTTA-AATTTTTTACATTTTTCACTAAAACAAATTATAACTGAAAG
* * *
116928 TCTACCTTTGGGAACGTGAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAA
129 TATACCTTTGGGAACATAAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAA
* * * * * *
116969 CAAAAG-TCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTCT
1 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
117033 AATCTCCTAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTT
64 AATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTT
117065 TGTATTTTTA
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 70, Indels: 33
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 55 0.16
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173 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GAAAAGTTCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTACATTTTTCACTAAAACAAATTATAACTGAAAGTA
TACCTTTGGGAACATAAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAA
Found at i:117721 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 117385--117807 Score: 530
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
117375 NNNTTACTCG
** * * *
117385 CTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAA
1 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAA-GTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * **
117449 CAGATAATAATTGATTGTTTACCTCAAAAAGTATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGGCAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTTCACCTCAAAAAG-ATGAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGT
117514 CCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCA
129 CCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCA
* *
117555 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
** *
117620 CAGATTATAATTGAATGTTCACCTTGGGAAACG-TGAAAAAAAAG-TCATTCATTAGCAAGAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTTCACC-T-CAAAAAGATGAAAAAAAAGAT-ATTCATTAGCAAGAAAA
* * * *
117683 GTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCA
127 GTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGC-CTTATTAATCA
* * *
117726 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
*
117791 ATATTATAATTGAATGT
66 AGATTATAATTGAATGT
117808 CTACCATTCA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 26, Indels: 12
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 94 0.43
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172 1 0.00
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTCACCTCAAAAAGATGAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCA
Found at i:117875 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 117665--117946 Score: 363
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
117655 AAAAAAAAGT
* * * *
117665 CATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACTCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAACTCTTACTACTCACTTT
* ** * * * * *
117730 AAATGGTTTTGTAATCTCATAAAT-AATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA
66 AAATAGTTTTACAATCTCAT-AATGAATTTTAAGTTAAATTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
117794 TTATAATTGAATGTCTAC
130 TTATAATTGAATGTCTAC
* * *
117812 CATTCATTAACAA-AAAAGTTCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC-CTTACTACTTACTT
1 CATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTC-AAAACTCTTACTACTCACTT
* * *
117875 TAAATAGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTAGGTTAAATTGTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
65 TAAATAGTTTTACAATCTCATAATGAATTTTAAGTTAAATTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
117940 TTATAAT
130 TTATAAT
117947 GGACTATCTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
145 3 0.03
146 96 0.83
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (147 bp):
CATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAACTCTTACTACTCACTTT
AAATAGTTTTACAATCTCATAATGAATTTTAAGTTAAATTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTAC
Found at i:118709 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 118427--118737 Score: 340
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
118417 TTTTAAGTAG
* * *
118427 TTTTATTATCCCATAATTGATTTTCGGTTAAATTTTTCAACATTCTTGGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCAACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * *
118492 TTGAGTGTTTACCTTGGGCAACATAAAGAAAAAGCCGTTCATTAGCAAGATAGGTCCATTTATAG
66 TTGACTGTTTACCTTGCGAAACATAAAGAAAAAGCAGTTCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAG
** * **
118557 TCAGTCATGCTTTTGAAAGCCTTAT
131 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ** * * *
118582 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACCATATTATAA
1 TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCAACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAA
* *
118647 TTGACTGTTTACCTCAT-CTAAACATGAA-AAAAAGCTAG-TCATTAACAAGAAAAGTACATTTA
66 TTGACTGTTTACCT--TGCGAAACATAAAGAAAAAGC-AGTTCATTAACAAGAAAAGTACATTTA
*
118709 TGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
128 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
118737 T
1 T
118738 ACTCGCTTTA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 26, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 118 0.93
156 8 0.06
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (155 bp):
TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCAACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTGACTGTTTACCTTGCGAAACATAAAGAAAAAGCAGTTCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAG
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:118870 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 118582--118905 Score: 440
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
118572 AAAGCCTTAT
* * *
118582 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACCATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAACCAGATTATAA
* * *
118647 TTGACTGTTTACCTCATCTAAACATGAAAAAAAGCTAGTCATTAACAAGAAAAGTACATTTATGG
66 TTGACTGTCTACCTCAACTAAACATGAAAAAAAGCTAGTCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAG
118712 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
131 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * *
118753 TTTTATATTCTTATAATTGATTTTAGATTTATTTTTTTTACATTTTT-ATTCAAA-CAGGTTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAATTTTTTTTACATTTTTGATT-AAACCAGATTATA
* * * * *
118816 ATTGACTGTCTACCTCAAC-GAACATGAAGAAAAAG-TCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
65 ATTGACTGTCTACCTCAACTAAACATGAA-AAAAAGCT-AGTCATTAACAAGAAAAGTACATTTA
* *
118879 TAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTA
128 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
118906 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 17, Indels: 7
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.07
170 78 0.59
171 46 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAACCAGATTATAA
TTGACTGTCTACCTCAACTAAACATGAAAAAAAGCTAGTCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAG
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:119489 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 119192--119619 Score: 434
Period size: 174 Copynumber: 2.5 Consensus size: 172
119182 NNNNNNNNNN
** * * *
119192 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTG-AAACCCTTATTACCCGCTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC-TTGAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * **
119256 TCTCATAATTGATTTTTAATTAAATTTTTTTTACATTTTTTGCCAAAACAGAATATAATTGAATG
65 TCTCATAATTAAATTTTAATTAAATTTTCTTTACATTTTTCACCAAAACAGAATATAATTGAATG
* * * * * *
119321 TCTACCTTGGGAAACGTGAAAAAAAAAAGTCATTCATTAGCCAGA
130 TCTACCTTAGAAAACGT--AAAAAAAAAGCCAGTCACTAGCAAGA
* * * *
119366 AAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTGAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
119431 TCTCATAA-TAAATTTTAGGTTCAATTTTCTTT-CATTTTTCACTAAAATAGATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTAAATTTTA-ATTAAATTTTCTTTACATTTTTCACCAAAACAGAATATAATTGAAT
* * * * *
119494 GTCTGCCTTAGAAAACGTAAAGAGAAAGCCAGTCACTGGCAAGT
129 GTCTACCTTAGAAAACGTAAAAAAAAAGCCAGTCACTAGCAAGA
* * * *
119538 AAAGTTCATTTATAGTCAC-CGATTTCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTGAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
119602 ACTCGTAATT-GATTTTAA
65 TCTCATAATTAAATTTTAA
119620 GTAGAATGTT
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 42, Indels: 14
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 39 0.19
172 47 0.23
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Consensus pattern (172 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTGAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTAAATTTTAATTAAATTTTCTTTACATTTTTCACCAAAACAGAATATAATTGAATGT
CTACCTTAGAAAACGTAAAAAAAAAGCCAGTCACTAGCAAGA
Found at i:120757 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 120465--122706 Score: 1496
Period size: 171 Copynumber: 13.2 Consensus size: 169
120455 NNNNNAGAAA
* ** ** * ** **
120465 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGAATGATTTTTTCTTCACATTGCTTGAGATAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAG
* * * * *
120529 ACATTCAATTATGATCTGTCTTAACTCAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
120594 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGATT
128 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* * * *
120636 TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATTG-ATGGCTTTTATTTCATGTTTGCCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTTT-CTTCATGTTT-CCAAGGCAG
* * *
120700 ATATTTAATTATAATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * **
120765 TTATAAAACCATGTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCCT
128 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAA-GATT
* * * * * * *
120809 CGA-CGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTC-ATTTAATAGCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAG
* * * * *
120871 AC-TATCAATTACAATTTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAATTCAATCCTAAGATCAATTATGA
64 ACAT-TCAATTATAATATATTTTAACTA-AAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
120935 GATTATAAAACCATATAAAGCTAGTGATAAGGCTTTTGAAGGTA
126 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* * * * * * *
120979 TGGGTTACTATAAATGGTCTTTTCTTCTTAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCA-AGGCAG
* * * * * *
121043 ACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAATATGTAAGAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTATGAG
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA-ATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
121107 ATTATGAAACTATTTTAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGA-A
127 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATT
* * * *
121150 TG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCATGACA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATTGAATGGC-TTTTCTTCAT-GTTTCCAAGGCA
* * * * * *
121212 AACATACAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-AT-ATAAAA---AA--TAAAATCAATTATGAGG
63 GACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * **
121270 TTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
128 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* * * *
121312 TG-GCTGACTATAAATGGATTTTTCTTAGCAA-TGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAA
1 TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAG
*** *
121375 ACATTCAATTATAATCCGTTTTAATTAAAAATGT-AAAAAATGTCAACTTAAAATCAATTATGAG
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
121439 ATTATAAAA-TCATCTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGATAG-TT
127 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGATT
* * * * * *
121482 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAA-TGGATAGCTTTTGCTTCGTGTTTTCTAAAGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTTT-CTTCATG-TTTCCAAGGCAG
* * *
121546 ACATTCATTTATAATATATTTTAA-TCAAAGAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGG
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
121610 ATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-T
127 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ATT
* * ** *
121654 TG-GTGGCTATAAATGGACTTTT-TTTTC-CCTGAATGCCTTTGTCTTCATGTTTCCTATA-GCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCC-A-AGGCA
* * * * * *
121715 GATAATCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATCATGAG
63 GACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
121780 ATTATAAATCGATTTAAAGCGAATAATAAAGTTTTCGAAGATA
127 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* ** * * * * ** * *
121823 TGGGAAACTATAAATGGACTTTTTTTAT-AAATAAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCACCGTAC
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGG-CTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAG
** * * * * * *
121887 ACATTCAGCTATAATCTGTTTCAACAAAAAAATATAAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGA
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAAC--TAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
121952 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGA--
126 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-A-GATT
* * * * * *
121996 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAAAATTGTTT--AA-A
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGC-TTTTC-TT--CA-TGTTTCCAAGG
* * * * * **
122057 CTA-A-A---AA-TATAAAAGAATTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGC
61 C-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
122116 GAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACT
124 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* * *
122162 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGAA-GGCTTTTCCTTCATCTTTCTCAAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTC-CAAGGCAG
*
122226 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-T--AA---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
64 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * **
122285 TATAAAA-TGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCT
129 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* * *
122326 TGAGTGAGTATAATTAGG-CTTTTCTT-GCGAA-TGAATGAG-TTGTTCTTCATGTTTCCCAAGG
1 TGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATC-AATTGAATG-GCTT-TTCTTCATGTTT-CCAAGG
* * ** * * * * * * * * *
122387 TAAACATTCAATTGCAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTCGACCTCAGATTAATTAT
61 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-TAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * *
122452 AAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCA-T
124 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ATT
* * * ** * * *
122499 AGA-TGA-TAATAATTGGACTTTTCTTGTCAA-TGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTA
1 TGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATG-GCTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCA
* * * * * * * *
122561 AATAGTCCATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGA
63 GACATTCAATTATAATATATTTT-AACTAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
* * ** ***
122625 GATTGTAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
126 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
* * *
122669 TGAGTGACTACAAATGGA-TTTTTTTTTCAA-TGAATGGC
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGC
122707 AGACATGCAA
Statistics
Matches: 1650, Mismatches: 308, Indels: 228
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 92 0.06
163 41 0.02
164 135 0.08
165 16 0.01
166 90 0.05
167 21 0.01
168 17 0.01
169 9 0.01
170 310 0.19
171 506 0.31
172 287 0.17
173 109 0.07
174 5 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAGAC
ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT
Done.