Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397301.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_119.0, whole genome shotgun sequence
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* * *
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* ** * * *
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191 TTC-T-TCAA-TGAATGGCTTTT-TCTTCAT-TTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * **
120720 TTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGGG
251 TTAACTA-AAA-ATAAAAAAA-T--AC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCA
* * * * * *
120785 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCCTCGAC-GACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCATTTAATAGCT
310 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGG-CTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAATGAATGGCT
* * * * *
120848 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC-TATCAATTACAATTTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAA
373 TTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACAT-TCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
120912 TTCAATCCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCTAGTGATAAGGCTTTTGAAGG
437 TTCAA-CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
120977 T
501 T
* * * * * * *
120978 ATGGGTTACTATAAATGGTCTTTTCTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTCTA-AAGCAG
* * * * * *
121043 ACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAATATGTAAGAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTATGAG
64 ACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
121107 ATTATGAAACTATTTTAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTT
127 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
121171 TCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCATGACAAACATACAATTATAATCTATTTTA
192 TCTT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* *
121236 ACTAAAAATATAAAAA-A-TAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAG
254 ACTAAAAATAAAAAAATACTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAG
*
121299 GCTTTT-GAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTCTTCACG
319 GCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTTTCTTCACG
* * * ** *
121362 TTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCCGTTTTAATTAAAAATGT-AAAAAATGTCAACTTAA
383 TTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACCTAA
* * * *
121426 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGATA-GT
447 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGT
* * * * *
121481 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCGTGTTTTCTAAAGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAT-TTTTCTAAAGCA
* *
121545 GACATTCATTTATAATATATTTTAATCAAAGAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG
63 GACATTCA-TTATAATATATTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** *
121609 GATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGGCTATAAATGGACT
126 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTATAAATGGAC-
* ** * * * * * *
121673 TTTTTTTCCCTGAATGCCTTTGTCTTCATGTTTCCTATAG-CAGATAATCAATTATAATATATTT
189 TTTTCTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCC-A-AGACAAACATTCAATTATAATATATTT
* * *
121737 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATCATGAGATTATAAATCGATTTAAAGCGA
252 TAACTAAAAA--TAAAAAAA--TA-C-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGC-A
* * *** * ** *
121802 A-TAATAAAG-TTTTCGAA-GATATGGGAAACTATAAATGGA-CTTTTTTTATAAATAAATGGCC
310 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCT-TGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTT-GCAATGAATGG-C
* * ** * ** * * *
121863 TTGTCTTCATGTTTCCCACCGTACACATTCAGCTATAATCTGTTTCAACAAAAAAATATAAAAAA
372 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGT-AAAAA
* * * *
121928 AATTCATCTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGA
435 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-A
121993 GG-
499 GGT
* * * * *
121995 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAAAATTGTT-TAAA-C
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGACTTTTTC-TT--CATTTTTCTAAAGC
* * * * * * * **
122058 TA-A-A---AATATAAAAGAATTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGCGA
62 -AGACATTCATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
122118 GATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTGAGTGACTATAAATGGAC
126 GATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-TTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
122181 TTTTCATATCAATGGAA-GGCTTTTCCTTCATCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
189 TTTTC-T-TCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATTTTTC-CAAGACAAACATTCAATTATAATATAT
** * * *
122245 TTTAA-TAAAAA-AAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAT-GATTTAAAGCGAG
250 TTTAACTAAAAATAAAA-AAATAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGCAAG
** * *
122306 TAATAA-GCCCTTCGAAGGCTTGAG-TGAGTATAATTAGG--CTTTTCTTGCGAATGAATGAG-T
312 TAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATAAAT-GGACCTTTTCTTGC-AATGAATG-GCT
* *
122366 TGTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTGCAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAA
373 T-TTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * * ** *
122431 TTTCGACCTCAGATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAGG
436 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
*
122496 C
501 T
* * *
122497 AT-AGATGA-TAATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGG
1 ATGAG-TGACT-ATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCA--TTTTTCTAAAG
* * * * * * *
122559 TAAATAGTCCATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTAT
61 CAGACA-TTCATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT
* * * *
122623 GAGATTGTAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTACAAATGGA
124 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTATAAATGGA
* * * *
122687 TTTTTTTTTCAATGAATGG-----------------C-AG----ACATGCAATTATAATATGTTT
188 -CTTTTCTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * **
122730 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA
252 TAA-CTAAAA-ATAAAAAAA-T--AC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAA
** * * * *
122795 GTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTTTTGCTAATGAATGACTTT
311 GTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTGC-AATGAATGGC-TT
* *** * * *
122858 TTCTTTACGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATT
374 TTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
122922 TAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTT-AAGGGG
439 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGT
* ** *
122985 AT-AGGTGACTATAAATAGACTTACCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTC--AAGA
1 ATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCA--TTTTTCTAAAG-
* * * * * * * * *
123047 CAAACAATCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATG
61 CAGACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * * *
123112 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGATTAGAGAT-TAAT
125 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
123176 TTTTTATGCCAATGGATAGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAG-CAGACATTCAATTATAAAATATT
190 TTTCT-T--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCC-AAGACAAACATTCAATTATAATATATT
* ** * * ***
123240 TTAATTTGAAATAAAAACAATTACTCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTAATTTAAAATG
251 TTAACTAAAAATAAAAA-AA-TA--C-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATC-CATTTAAAGCA
* * * * * * *
123305 AGTAATAAGG-TTGTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG-GCTTTTTTTACCAATGATTGGGTT
310 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTT
* *** * * **
123368 TCTCTTCACGTTTTCTGCGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATAAAAAAAAAT
374 T-TCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * * * *
123433 TAAACCTAAAATCAATTAAGAGATTAGAAAATCGTTTAAAGTGACTAGTAAAGCTTTTGAAGGC
438 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * ** * *
123497 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTTCACGTTTCTCAAGGTA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTC-TTCATTTTTCT-AAAGCA
* * * * ** * * ** *
123562 AACATTCAATTATATTTTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAATATTTAACCCAAAATCAATTATGGG
63 GACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * * *
123627 ATTGTAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAGTAGACT
127 ATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTATAAATGGACT
* ** ***
123690 TTTCATGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAGA-AAACACTT-AATTAT-A-ACCC
190 TTTC-T-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCC--AAGACAAACA-TTCAATTATAATATAT
* * ** * * * *
123751 GTTAACCCAAAAAATGTAAGAAATTTCAACCAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCCTTTAAA
250 TTTAA--CTAAAAA--TAA-AAAAAT--A-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAA
** * * * ** ** ***
123816 GTGAGCAATAAGG-TTTTTGAGGGAATGAG-AAACTAT-AA-GGAGAAATTTCTTGCTAATGAAT
307 GCAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATAAATGGA-CCTTTTCTTGC-AATGAAT
* * ** * * * * * * * *
123877 GCCTTTTTCTTCATGTTTTTCGA-GTCAAATAGTCAATTATAATATGTGTTAACTAAAAATATAA
369 GGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGT-AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
** * * * *
123941 AAAAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
432 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
124006 AAAGA
497 AAGGT
* * * * * * ** * * * *
124011 ATGGGTGACTATGAATGGACTTTTGTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCA-CGTTCCATAGGAAA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTCTA-AAGCAG
* * * * * * * *
124075 ACTTTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACATTCTACTTAAAATTAATTACGA-A
64 AC-ATTCATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
124138 TTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGTGGCTATAAATGAACTTT
128 -TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * ** * * * * *
124203 TCCTGAGACAGACAT-TCAATTATAATC-TGTTTT---AG-TAAA-A---AATGA-AAGAAACTT
192 TCTTCA-A-TGA-ATGGC-TTTTTCTTCAT-TTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTT
* ** * * * * * * *
124257 CAACCTAAAATCTATTATGAGATTAC-AAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAAGCATGGACTTTT
252 TAA-CTAAAA---A-TAAAAAAATACTAAAATCAATT--A-TGAGATTAT-AA--AT--CCATTT
** * * * * * * * ** **
124320 CTTATCAA-TGAAT--GCCTTTTTCTTCAAGGTTTAACGAGGTAGACAATCAATTAAAATGTTT-
304 -AAAGCAAGT-AATAAGGC-TTTTC--GAAGGCTT---G-GCT-GACTATAAATGGACCT-TTTC
* ** ** * ** *** ** ** ** *
124381 TT-AAACCAAAAG----TATAAAAAATT--CAACTTAAA-A-TCAATTATGAGAT-TATT-A-AA
358 TTGCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAA
** * * * * * * * * * ** *
124434 ACCAT-T---TAAA-GCGA-GT--AAT--A--A-G-GCTTTTGAAAGC-TTGAGTGTCTA-TAA-
423 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAAT
* * ***
124482 ATGGACTTTTCATATCA
487 AAGG-CTTTTGA-AGGT
* * *** * * * * * ** * *
124499 ATG-GATGGCTTTTGCT-TAATTTT-TCTCAAGGCA-GACATTCAATTATGAT-ATATTT-TAAT
1 ATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATGAC-TT---TT-TCTTCATTTTTCTAAA
** * * * ** * * * ** ** * *
124558 G-A-A-A-AAAGTA-AAAAAATTCAACTCAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACGATTTAAAGC
60 GCAGACATTCATTATAATATATTTTA-ACCAAA--AATGTA--AAAAAATTCAAC--TTAAAATC
* ** * *
124617 ------GAG-TAATAAGCCT-TTCGAAGGCTTGAGTGAAT-A-----T---A--ATTG-G-G-CT
118 AATTATGAGATTATAAAACTATT-TAAAG--TGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACT
** * * * * * * * **
124660 -TTT-----C-TTGC--GAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTGC
179 ATAAATGGACTTTTCTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TTTTTCCAAGACAAACATTCAATTAT
* * * * * * *
124716 AATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCAACCTCAGATTAATTATGAGATTATAAAACCA
243 AATATATTTTAACTAAAAA--TAAAAAAA--T--A-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCA
** ** * * **
124781 TTTAAAGTGAGTAATAATACTTTT-GAACG-TTGGGGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTTGTCAA
301 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTT-GGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAA
* * *** * * * * *
124843 TGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGATAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAT
364 TGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAAT
* * * * * * *
124908 CTAAAAAAAATAAACCTGAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCT
428 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
124973 TTCGAAGGC
493 TTTGAAGGT
*** * *
124982 AT-AGGTGACTATAAACAAACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTTTTTC-TTGTTTCCAAAGG
1 ATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATT-TTTCTAAA-G
* * * * *
125045 CAGGCATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATG
61 CAGACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
125109 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGAC
125 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAT-TGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * *
125173 TTTTGTTGTCAATGAATGACCTTTTTTTTC-TTGTTTCCAAAGGCAGGCATTCAATTATATTATG
189 TTTT-CT-TCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATT-TTTCC-AAGACAAACATTCAATTATAATATA
* ** * * * * *
125237 TTTTAACAAAAAATGTAAAAACTTTAACTCAAAATGAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGT
249 TTTTAACTAAAAA--TAAAAA-AAT-ACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGC
* * * ** * * ***
125302 GATTAATAAGGCTTTT-GAGGGGATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTCCTTGCCAATGAATATAT
309 AAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAATGAAT-GGC
* ** * * ** * * *
125365 TTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAAACAATCAATTATTATTTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
372 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
** * ** *
125430 TTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTACGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGG
437 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGG
125495 T
501 T
* * * * * * * * * * ** *
125496 -TGAATGATTATAGATTGACTTTT-TATGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTATGGTA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTC-AATGAATGACTTTTTCTTC-ATTTTTCTAAAGCA
* * * * * *
125559 GGCATTCAATTATAGTATATTTTAATCAGAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
63 GACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * **
125624 ATTATAAAGGTAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTGTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGGTT
127 ATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** * * *
125688 TTTCTTACCAATGATTGGGTTTCTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTT
190 TTTCTT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCC-AAGACAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * **
125753 TAACTAAAAATACAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGA
252 TAACTAAAAATA-AAAAA-A-T--A-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAA
** *** * * * * * ** * **
125818 GTAGCAAAAATTTT-GAAAGCATGGATAACTATTAATGGA-CTTTTCTTATTAATAAATAACTAT
311 GTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTT-GCAATGAATGGCT-T
* * * * ** *
125881 TTCTTTCACGTTTCTCAAGGTTAACATTCAATTATATTCTGTTTTAA-ATAAAAAAATAAAACAA
374 TTC-TTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * ** *
125945 TTCAACCCAAAATCGATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGC
437 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * *
126010 ATG-GATGACTATAAGTGGACTTTTCATGTCAATGAACGACTTTTTCTTCACGTTTTCGAAGGCA
1 ATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TTTTTCTAAAGCA
* ** * * * * *
126074 GACACTTAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAAGAAATTTCAAC-CAAATATCAATTATGA
63 GACA-TTCATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGA
* * * * * * * *
126138 GTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG-AGAGAATGGGAGACTATAAATGAACT
126 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GATTGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * *
126202 TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTTATCTTTCTCGAAG-CAAACATTCAATTATAATTTGTT
190 TTTCTT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTT-TCCAAGACAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * **
126266 TTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTG
251 TTAACTAAAAA--TAAAA-AAAT--AC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCA
* * * *
126331 AGTAATAAGGC-TTTCGAAAGG-ATGAG-TGACTATAAATAGA-CTTTTGTTGCTAATGAGTGGC
310 AGTAATAAGGCTTTTCG-AAGGCTTG-GCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTGC-AATGAATGGC
* * * * * * *
126392 TTTTTCTTCACG-TTCCTAGAGGTAGACTTTCAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAATGT-AAAA
372 -TTTTCTTCACGTTTCCCA-AGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * * * * ** * *
126455 CATTCTACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTTACG
435 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
126520 GA
500 GT
* * * * * ** *
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* * *** *
126587 ATATTCAATTATAATCTATTTTAGTGAAAAATG-AAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
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* * * * * * *
126651 ATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTT
127 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTT
** ** * * * * *
126716 TCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATATTCTGTTTTA
192 TCTT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTC-CAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTA
** * * *
126780 GGGTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTCAAAGCG
254 -ACTAAAAA--T-AAAAAAA--T-A-CTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGCA
* * * *
126844 GGTAATAAGGGTTTT-AAAGGTTTGAG-TGACTATAAATGGA-CTTTTCATAT-CAAATG-ATGG
310 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATAAATGGACCTTTTC-T-TGC-AATGAATGG
* * * * * * * * *
126904 CTTTTGTTTCATGTATCCTAAGGCAGACATTCAATTACATTATATTTTAATCAAAAAA-GTAAAA
371 CTTTT-CTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAA
* * * * * * * **
126968 AAATTTAGCTTCAAATTC-ATTATGAGATTATAAAAGCC-TTTAAATCAAGTAATAAGGGTTTCA
434 AAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
127031 AAGGCT
497 AAGG-T
* * * * * *
127037 -TGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCGAATGAATGTA-TTTTTCTCCATGTTTCTCGAGGC
1 ATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTTC-AATGAATG-ACTTTTTCTTCATTTTTCT-AAAGC
* * * * * ** ** * * ** * *
127099 AAAAATTCAATTCTAATATGTTTTGATGAAATTTATAAAACAATTTGACTTAAAACCAATTACGA
62 AGACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
127164 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCA-TGGGTAACTATAAAATGGAC
126 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTAT-AAATGGAC
* * * ** * **
127228 TTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTCCTTGAGGTAGACAGTT-AATTATAACCTA
189 TTTTC-T-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCC--AAGACAAACA-TTCAATTATAATATA
* * * *
127291 TTTGAA-TCAAAAAGTAAAAATAATCAATCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAG
249 TTTTAACT-AAAAA-TAAAAA-AAT--A-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAG
* * * * * * *
127355 CGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACCATAAATGTA-C-TTTCTTGTCAATGAGTAGC
308 CAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAATGAATGGC
** ** * * * * * *
127417 TTTTTCTTCATATTTTGTCGAGGTAAACAGTCAATTATAATTTGGTTTAACCAAAAATGTCAAAA
372 -TTTTCTTCA-CGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAA
* **
127482 AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA-T-T------A--T-AA---A--AATAAGGCTTTCAAA
434 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *
127531 AGC
499 GGT
* * * * * * * * * *
127534 ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTTAACGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCTAAAGCAG
* * * * ** * *
127599 ACACTCAATTATAATCTATGTTAACCAAGAATGCT-GGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGG
64 ACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
127663 ATAATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTT
127 ATTATAAAACTATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
127727 TACTTGCCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCCTTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
191 TTCTT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCC-AAGACAAACATTCAATTATAATATATTTT
* ** * * **
127792 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAG
253 AACTAAAAA--TAAAAAAA-T--AC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAG
* *
127857 TAATAAAGCTTTT-GAAGG-TGTGAG-TGACTATAAATTGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
312 TAATAAGGCTTTTCGAAGGCT-TG-GCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAATGAATGGC-T
* * * * * * * * *
127918 TTTCTTTATGTTT-CTAGAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA--TAAAACCA
373 TTTCTTCACGTTTCCCA-AGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AA
* * * ** ****
127980 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTCNNNNNN
436 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT---TTGA
****
128045 NNNN
498 AGGT
************************ * * * * *
128049 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATTCAAT-TAT-AATATATT-TT-A---ATC-AAA--A-A
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATGACT-TTTTCTTCATTTTTCTAAAGCAGA
* * * * * * * * ** * * * * * * *
128103 -AGTGA-AAAAATACAACTTAAGATCAATTATG-AGATTATGAAA--CCATTTAAAGTGAGTAAT
65 CATTCATTATAATA-TATTTTA-ACCAAAAATGTA-A--A-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * ** ** * ** ** ** * * * ***
128163 AAGGTTTTAGAA-GAAAT-GGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATTAAGGATTGGCTTTTTCT
124 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AA-GG-C-TTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAAT
** * * * * ** *
128225 TCA-TGTTTCTTGAA-GCAGATTGTCAATTATAATC-TATTTT---A-ACTAA-A---AA-TATA
185 GGACT-TTTCTTCAATG-A-A-TGGC-TTTTTCTTCAT-TTTTCCAAGACAAACATTCAATTATA
* * * * * * * * * * * *
128278 AAAAAATTTAACCT-AGAAT---CAATTA-TGAGAT-TA-TA-AAT--------T-GATTTAAAG
244 ATATATTTTAA-CTAAAAATAAAAAAATACTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAG
* * * * * * * *
128326 CGATTAATAAGG-TTTGCGAAGACATGAGC-AACTATAAAT-GAACTTTTC-TGTCAATAAATGA
308 CAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAATGAATG-
* * * ** ** * ** * * * * *
128387 CCTTATCTTCAAGTTTCTTACCGTAGACATTCAGCTATAATCTGTTTTGACCAGAAATATAAAAA
370 GCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * *
128452 AATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AG
435 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
128516 GAG
500 G-T
* * *
128519 ATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGTA-TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTA
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* * * * * * * * *
128583 AATAATTAATTA-AA-ACTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTACGA
63 GA-CATTCATTATAATA-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
128646 GATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
126 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** *
128711 TTCATATCAATGGATGGCTGTTGT-TTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTT
191 TTC-T-TCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATTTTTC-CAAGACAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * *
128775 TAA-TAAAAAAAGGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
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** * * * * * * *
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* ** * * * *
128901 TTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACAATCAATTGCAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
372 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
128966 TTTCAACCTCAGATTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTCTGAAGG
437 -TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
129031 -
501 T
* * * * * * * *
129031 ATAGGGTAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGCGTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
1 AT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCTAAAGCA
* * * * * ** * *
129096 GATAGTCGATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATAAAACCTCAAATCAATTATGAG
63 GACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * **
129161 ATTAGAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAATGACTATATATAAACTT
127 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * *
129225 TTCTTGCTAATAAATGACCCCTTTTT-TTC-TTGTTTCCAAAGGTAGACGTTCAATTATATTATG
191 TTCTT-C-AATGAATG---GCTTTTTCTTCATT-TTTCC-AAGACAAACATTCAATTATAATAT-
* ** * * *
129288 A-TTTAACCAAAAATATATAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAG
248 ATTTTAACTAAAAATA-A-AAAAAT--AC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAG
* * * * * *
129352 CAAATAATAAGGC-TTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTGTTGTTAATGAATGGC
308 CAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGACCTTTTCTTG-CAATGAATGGC
** ** * * * * *
129415 TTTTTCTTCACAATTCTTAAGATAGACACTT-AATTATAACCTGTTTTAATC--AAAATGTAAGA
372 -TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACA-TTCAATTACAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAA
* * * *
129477 AAATTTAA-CTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGA
434 AAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
*
129541 AGGA
498 AGGT
* * * * * * * ** *
129545 AT-AGGTGATTATAAATGGATTTTTTTTATCAATAAATAACTTTTTCATCATGTTTCCCGAGGCA
1 ATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCTAAAGCA
* * ** *
129609 TATATTCAATTATAACCTATTTTAACC-AAAA-GTACAAAACAATTCGA-TTGAAAATCAATTAT
63 GACATTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTT-AAAATCAATTAT
*
129671 GAGATTATAAAACTATTTTTTTTGAAAAGCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT
124 GAGATTATAAAACTA-----TTT--AAA--G--------------T-----GAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
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161 TCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTC-
* * * *
129801 CAA-AGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCA
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* * ** *
129865 ATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTCGAAGGCTTAGG-TGACTATA
281 ATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTT-GGCTGACTATA
* * ** *** * *
129928 AATGG-GC-TTT-TTGCAAATGAATGGGTTTT-TT-TTG-TTCTTGAGGCAAA-ATTTAATTACA
345 AATGGACCTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACA
* * ** *
129986 ACCTGGTGCAACACAAAATAT-TAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAAC
409 ATCTGTTTTAACA-AAAA-ATGT--AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
130050 CATTTAAAAG-GAATACTAAGGCTTTTGAAGGA
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* * * * * * ** *
130082 ATGTGTGACTATAAATAGAC-TCTCATTGCTAATGAATGGC--TTACTTCATGTTTTCCCAATCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTTC-AATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCTAAAGCA
* * * * * * ***
130144 AACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTGCAAG
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* * * * * *
130209 GTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAAAAATTGACTTT
127 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * * * *
130274 TCTTGGCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTA
192 TCTT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCCA-AGACAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * *
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254 ACTAAAAAT-AAAAAAA-T-A-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * *
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315 TAAGGCTTTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATAAATGGACCTTTTC-T-TGCAATGAATGGCTTTT-
* * * * * * * *
130465 CTTCATC-TTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATATTATATTTTAATGAAAAAA-GTAAAAAAATT
376 CTTCA-CGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
130528 TAACTTAAAATCAA-TATTGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAG
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Statistics
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TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
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* *
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127 GATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TTG-GTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
120654 CTTTTCATATCAATTG-ATGGCTTT-TATTTCATGTTTGCC-AAGGTAGATATTTAATTATAATA
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
120997 CTTTTCTTCTT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTAGAGGCAGACACTCAATTATAATTT
189 CTTTT-TT-TTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAAACAATCAATTATAATAT
* * * * * * *
121060 GTTTTAACCAAATATGTAAGAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTTA
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* * * *
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315 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * **
121331 TTTTCTTAGCAATGAATGGCTTT-TCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCCGTT
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* * *
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254 TTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
121459 GAGTAATAAGACTTTCGATA-GT
318 GAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGC
* * * * *
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* * *
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* * *
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129 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * *
121676 TTTTCCCTGAATGCCTTTGTCTTCATGTTTCCTATA-GCAGATAATCAATTATAATATATTTTAA
194 TTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAAACAATCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * * * *
121740 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATCATGAGATTATAAATCGATTTAAAGCGAATA
258 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * **
121805 ATAAAGTTTTCGAAGAT
323 ATAAGGCTTTCGAAGGC
* ** ** * * * * * * * ** * *
121822 ATGGGAAACTATAAATGGACTTTTTTTATAAATAAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCACCGTAC
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAG
** * * * *
121887 ACATTCAGCTATAATCTGTTTCAACAAAAAAATATAAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGA
66 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAC--AAAAA-GT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
121952 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGG-ATGGGTGACTATAAATGGACT
127 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATTGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * ** * *
122016 TTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAAAATTGT-TTAA-ACTAAA-AAT--A-TA-AA-A-G
191 TTTTTTTC-AATGAATGGCTTTGTC-TTCATGTT-TCCTAAGGC-AAACAATCAATTATAATATG
* * * ** *
122072 AATTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGCGAGATTATAAAACTATTTAAA
252 -TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
122137 TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAC
316 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * *
122161 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGAA-GGCTTTTCCTTCAT-CTTTCTCAAGGC
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAT-GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGC
* * *
122224 AGACATTCAATTATAATATATTTT---AATAA--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
64 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
122284 TTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGC-TTGAGTGAGTATAATTAGG-CTT
129 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAAT-GGACTT
* * * * * ** *
122347 TTCTTGCGAATGAATGAG--TTGTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTGCAATCTGTT
192 TTTTTTC-AATGAATG-GCTTTG-TCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATATGTT
* * * * * * * * **
122410 TTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTCGACCTCAGATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAT
254 TTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
122475 GAGTAATAATGCTTTTGAAGGC
318 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
122497 AT-AGATGA-TAATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTTCTTCACGTTTT-TCAAG
1 ATGAG-TGACT-ATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAG
* * * * * * *
122558 GTAAATAGTCCATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTA
62 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAA-GTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA
* * ** *
122622 TGAGATTGTAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTACAAATGG
124 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGG
*
122686 ATTTTTTTTTCAATGAA------TG-------G----C--A-G---AC-ATGCAATTATAATATG
188 ACTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAAT-CAATTATAATATG
* * * *
122727 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
252 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
122792 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
317 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
122815 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTT--TTTGCTAATGAAT-GACTTTTTCTTTACG-TTTCATGAG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAT-C-AATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAG
* * * *
122876 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAT
62 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
122940 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTT-TAAGGGGATAGGTGACTATAAATAGA
125 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATTGGTGACTATAAATGGA
** * * * * * * * *
123004 CTTACCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGACAAACAATCAATTATTATCTG
189 CTT-TTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACAATCAATTATAATATG
* * *
123068 TTTTAACTAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
252 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
123133 CGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGC
317 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * ** * * ** * * *
123156 TTGAGTGATTAGAGATTAATTTTTTATGCCAATGGATAGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA-GCAG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAG
** *** *
123220 ACATTCAATTATAAAATATTTTAATTTGAAA-TAAAAACAATT-ACTCTTAAAATCAATTATGAG
66 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAGTAAAAA-AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** *
123283 ATTATAAAGCTAATTTAAAATGAGTAATAAGG-TTGTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGGC
128 ATTATAAA-ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * ** * * * * *
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190 TTTTTTT-TCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATATGTT
** * * * * * * *
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254 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
123476 ACTAGTAAAGCTTTTGAAGGC
319 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * *
123497 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT-GACTTTTTCTTTCACG-TTTCTCAAGG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAG-CTTTTTC-TTCATGTTTTCT-AAGG
* * * * * * * * **
123560 TAAACATTCAATTATATTTTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAATATTTAACCCAAAATCAATTATG
63 CAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
123625 GGATTGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA-TGGATGACTATAAGTAGAC
126 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * ***
123689 TTTTCATGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAGAAAACACTTAATTATAACCCG--
190 TTTT-TTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATATGTT
* * * ** * *
123752 TTAACCCAAAAAATGTAAGAAATTTCAACCAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCCTTTAAAG
254 TTAA--CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
123817 TGAGCAATAAGGTTTTTGAGGGA
317 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
** * ** *
123840 ATGAGAAACTAT-AAGGAGAAATTTC-T-TGCTAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTT-TCGA
1 ATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCATAT-C-AATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCT-AA
* * * * * * * * * *
123900 GTCAAATAGTCAATTATAATATGTGTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAACTA
61 GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
123965 TGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATGAATGGA
124 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * ** * *
124030 CTTTTGTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCACG-TTCC-ATAGGAAAACTTTTAATTATAATTTG
189 CTTTTTTTTC-AATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAAACAATCAATTATAATATG
* * * * *
124093 TTTTAACCAAAAATGT-AAAACATTCTACTTAAAATTAATTACGA-ATTTATAAAACCATTTAAA
252 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAA
* * * *
124156 GTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGA
316 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * *
124180 ATCAGTGGCTATAAATGAACTTTTC
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
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Statistics
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ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTT
TTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATATGTTTTAACTA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGC
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*
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120553 CTCAAAATGT
* * *
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* * * *
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * * *
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257 TGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTA-AATATCAATTATA
* * * * *
120884 ATTTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAATTCAATCCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
319 ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * * * * * * *
120949 ATAAAGCTAGTGATAAGGCTTTT-GAAGGTATGGGTTACTATAAATGGTCTTTTCTTCTTAATGA
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* * * * * * * *
121013 ATGGCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAGACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAATATGTA
447 ATGGC-TTGTCTTCATGTTTC---ACGTACACA-TC-A-TATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
* * * * * *
121078 AGAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTTAAGTGAGTAGTAAGGCTTT
505 AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * *
121142 TGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC-TTCATATTTTC
569 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTAAAATTTT-
* * *** * * * *
121205 CATGACAAACATACAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATAAAATCAATTATGAGG
633 C-T-A-AAACATAAAAATATAAAAGAATTCAACTAAAAATATAAAAAATAAAATCAATTACGAGA
* * *
121270 TTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGATTTTT
695 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGCTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
121335 CTTAGCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCCGTTTTAAT
760 CATAGCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATACATTTTAAT
121400 TAAAA
825 T-AAA
*
121405 ATGTAAAAAATGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAGA
1 A---AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* *
121470 CTTTCGATA-GTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCGTG
61 CTTTCGA-AGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAT-GATGAGCTTTTACTTCATG
* * * * * *
121533 TTTTCTAAAGCAGACATTCATTTATAATATATTTTAATCAAAGAA-GTAAAAAAATTCAACTTAA
124 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * * * *
121597 AATCAATTATGGGATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGGCT
188 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGAT-GAT
* ** * * * * * *
121662 ATAAATGGACTTTT-TTTTCCCTGAATGCCTTTGTCTTCATG-TTTCCTATA-GCAGATAATCAA
252 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTC-A-AGGTAAAT-ATCAA
* * * *
121724 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-TAGCTTAAAATCAATCATGAGATTAT-AA
314 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
121787 ATCGATTTAAAGCGAATAATAAAGTTTTCGAAGATATGGGAAACTATAAATGGACTTTTTTTATA
378 ATC-ATTTAAAGCTAATAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATA
* * * *
121852 AATAAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCACCGTACACATTCAGCTATAATCTGTTTCAACAAAAA
442 AATGAATGG-CTTGTCTTCATGTTT--CA-CGTACACA-TCA--TATAATATGTTTTAAC-CAAA
* *
121917 AATATAAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
499 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
121982 GGCTTTTGAGAGG-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTAA
563 GGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTAA
122046 AATTGTT-T-AAAC-TAAAAATATAAAAGAATTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
627 AATT-TTCTAAAACATAAAAATATAAAAGAATTCAACTAAAAATAT---AAAA---AA--TAAAA
* * * *
122108 TCAATTGCGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGAG-TGACTA
683 TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTG-GCTGACTA
* * *
122172 TAAATGGACTTTTCATATCAATGGAA-GGCTTTTCCTTCATC-TTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
747 TAAATGGACTTTTCATAGCAAT-GAATGGCTTTT-CTTCA-CGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAT
*
122235 TATAATATATTTTAA-T-AA
809 TATAATACATTTTAATTAAA
* * *
122253 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * *
122318 CGAAGGCTTGAGTGAGTATAATTAGG-CTTTTC-T-TGCGAATGAATGAG-TTGTT-CTTCATGT
65 CGAAGGTTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCATAT-C-AATG-ATGAGCTT-TTACTTCATGT
* ** * * * * * * *
122378 TTCCCAAGGTAAACATTCAATTGCAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTCGACCTCAG
125 TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
122443 ATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATAGATGATAA
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* * *
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* * * *
122573 TAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATTA
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* * * * * * *
122638 TTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGA-TTTTTTTTTCAATG
382 TTTAAAGCTAA-TAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATAAATG
* *
122701 AAT-G---G----CA-G----ACATGCA-AT--TATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
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* *
122750 TTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
511 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * **
122815 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTT--ACGTTTCATGAGGC
576 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTAAAATTTTC-T-A---
** * ** * * * * * *
122878 AAACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGA
636 AAACATAAAAATATAA-AAGAATTCAACTAAAAA--TATAAAA---AA--TAAAATCAATTACGA
** * * *
122942 GATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTT-AAGGGGA-TAGG-TGACTATAAATAGA
693 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA---GACTTGGCTGACTATAAATGGA
* * * * ** * * *
123004 C-TTACCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAAACAATCAATTATTAT-CT
755 CTTTTCATAG-CAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAC-
* *
123067 GTTTTAACTAAAAA
817 ATTTTAA-T-TAAA
* * * *
123081 TATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC
1 -A-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
* * * * * ** * * **
123146 TTTCGAAAGCTTGAGTGATTAGAGATTAATTTTTTATGCCAATGGAT-AGCTTTTACTTCATGTT
62 TTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAT-GATGAGCTTTTACTTCATGTT
* * * **** *
123210 TCCTAA-GCAGACATTCAATTATAAAATATTTTAATTTGAAA--TAAAAACAATT-ACTCTTAAA
126 TCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCA-ACTTAAA
* * * * * * *
123271 ATCAATTATGAGATTATAAAGCTAATTTAAAATGAGTAATAAGG-TTGTCGAAGGCTTGGGTGAC
189 ATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCATAGATGA-
* * ** * ** * *
123335 TATAAATGGGCTTTTTTTACCAATGATTGGGTTTCTCTTCACGTTTTCTGC--GGTAAACATTCA
251 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTT-T-CAAGGTAAATA-TCA
* * * * ** * * * *
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313 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
123463 ATCGTTTAAAG-TGACTAGTAAAGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAT
378 ATCATTTAAAGCT-AATAAT-AAGGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTAT
* * * * * * * * **
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* * * ** * * * **
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* * * * * * *
123656 AGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAGTAGACTTTTCATG-TCAATGAATGACTTTTTC-TTCA
563 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGACTTTTTCTTTAA
** * ** * *
123719 CGTTTCCTAAAGA-A-AACACTTAATTATAACCCG--TT-AACCCAAAAAATGTAAGAAATTTCA
627 AATTTTCTAAA-ACATAA-A---AA-TATAA-AAGAATTCAA--CTAAAAATAT-A-AAA----A
* * * * ** * * * *
123779 ACCAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCCTTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAGGGA-ATG
677 A--TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA-AGACTTG
** * ** * * * ** * *
123843 AG-AAACTAT-AAGGAGAAATTTC-TTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGTCAA
739 -GCTGACTATAAATG-GACTTTTCATAGC-AATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAA
* * ** * *
123905 ATAGTCAATTATAATATGTGTTAACTAAAAATA
800 ACATTCAATTATAATACATTTTAA-T--TAA-A
* * * * * *
123938 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGACTT
* ** * * * * *
124003 TCGAAAGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTT-GT-TGCTAATGAGTG-GCTTTTTCTTCACG-T
64 TCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAT-C-AATGA-TGAGCTTTTACTTCATGTT
* * * * * * * * *
124064 T-CCATAGGAAAACTTTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACATTCTACTTAAAA
126 TCCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ** * * *
124127 TTAATTACGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAG-TGGCT
190 TCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGAT-GAT
* *
124190 ATAAATGAACTTTTC----C--TG-A-G-----------A-------C-A-G-ACAT-TCAATTA
252 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAATATCAATTA
* *** * * * * *
124225 TAATCTGTTTTAGTAAAAAATG-AAAGAAACTTCAACCTAAAATCTATTATGAGATTACAAAACC
317 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC
* * * *
124289 ATTTAAAG-T--GAGTAA-----T--AA---A---G---C-----ATGGACTTTTCTTATCAATG
381 ATTTAAAGCTAATAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATAAATG
* * * * * * *
124330 AATGCCTTTTTCTTCAAGGTTTAACGAGGTAGACAATCA-ATTAAAATGTTTTTAAACCAAAAGT
446 AATGGC-TTGTCTTC-ATGTTT--C-ACGTACAC-ATCATA-TAATATG-TTTT-AACCAAAAAT
*
124394 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
502 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** * * * * * *
124458 TTTTGAAAGCTTGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCATAT-C-AATGGATGGCTTTTGC-TT-AAT
566 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGCTAATGAATGACTTTTTCTTTAAAA
** * * * * * * *
124519 TTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATGATATATTTTAA-TGAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTCA
629 TTTTCT-AA---A-ACATAAAAATATAAAAGAATTCAACT--AAAAA-T-ATAAAA---AA-T-A
* * * * * *
124583 AAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAG-TGA
680 AAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTG-GCTGA
* * * * * *
124647 ATATAATTGGGCTTTTC-TTGCGAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCA
744 CTATAAATGGACTTTTCATAGC-AATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
** *** **
124711 ATTGCAATTTGTTTTAACCAAAAA
807 ATTATAATACATTTTAA--TTAAA
* * * * * * *
124735 TGTAAAAAAAGTTCAACCTCAGATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATA
1 ---AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * * * * *
124800 CTTTTGAACGTTGGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTTATGT
61 CTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATG-ATGAGCTTTTACTTCATGT
*** * * * * * * * * *
124864 TTCTTGAGGTAGATAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAAATAAACCTGAAA
125 TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
124929 TCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTAT
190 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGA-TAT
*** * * ** * * *
124994 AAACAAACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTTTTTCTTG-TTTCCAAAGGCAGGCAT-TCAAT
254 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGTA--AATATCAAT
* * * *
125057 TATATTATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAACTTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
315 TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
125120 CCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGTCA
379 TCATTTAAAGCTAATAATAAGG-TTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATAA
* * * * * * * *
125184 ATGAATGACCTTTTTTTTCTTGTTTCCAAAG-GCAGGCATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAA
443 ATGAATG-GC-TTGTCTTCATGTTT-C-ACGTACA--CA-TC-A-TATAATATGTTTTAACCAAA
* * * * * * * *
125248 AATGT-AAAAACTTTAACTCAAAATGAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAG
499 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * **
125312 GCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAAT-ATATTTTTCTTCATG
564 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTTAAA
* * * * * ***** * *
125376 TTTTTCGAGGTAAACA-ATCAATTATTATTTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAA
628 ATTTTCTA---AAACATA-AAAATATAAAAGAATTCAACTAAAAATAT---AAAA---AA--TAA
* * ** * * * ** *
125440 AATCAATAATGAGATTACGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGGTTGAATGAT
681 AATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CTTGGCTGAC
* * * * * * * * **
125504 TATAGATTGACTTTTTAT-GCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTATGGTAGGCATTCAA
745 TATAAATGGACTTTTCATAGC-AATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* * *
125568 TTATAGTATATTTTAATCAGAAA
808 TTATAATACATTTTAAT--TAAA
*
125591 TATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGGTAATTTAAAGCGAGTAATAAG-
1 -A-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-AT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * ** * * *
125655 GTTGTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATGATTG-GGTTTCT-CTTCAT
61 CTT-TCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGA-TGAGCTTT-TACTTCAT
* * * * * * ** * *
125718 GTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAATATTCAACCTAA
123 GTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** ** *** * * *
125783 AATCAATTAGGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAAAATTTTGAAAGCATGGATAACT
188 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGA-T
* * * * * * *
125848 ATTAATGGACTTTTCTTATTAATAAATAACTATTTCTTTCACGTTTCTCAAGGTTAACAT-TCAA
252 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC-TTCACGTTTTTCAAGG-TAA-ATATCAA
* * ** ** * * * * * *
125912 TTATATTCTGTTTTAAATAAAAAAATAAAACAATTCAACCCAAAATCGATTATGGGATTGTAAAA
314 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * * * * ** * *
125977 CCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGATGACTATAAGTGGACTTTTCATGTCA
379 TCATTTAAAGCTAA-TAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATAA
* * * * * * **
126041 ATGAACGACTTTTTCTTCACGTTTTCGAAGGCAG-ACACTTAATTATAACCTGTTTTAACCAAAA
443 ATGAATGGC-TTGTCTTCATG-TTTC--A--C-GTACACATCA-TATAATATGTTTTAACCAAAA
* * * * *
126105 ATATAAGAAATTTCAAC-CAAATATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAG
500 ATATAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
126169 GCTTTTG-AGAGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAAT-ATCTTTTTCTTT-A
564 GCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTTAA
** * ** * ** * * *
126231 TCTTTCTCGAAGCAAACATTCAATTATAATTTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
627 AATTT-TC-TA--AAACATAAAAATATAA-AAGAATTCAACTAAAAA--TATAA-AA---AA--T
* * * * ** *
126295 AAAATTAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGA--TGAG-
679 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AA-GACTTG-GC
* * * * * * * *
126357 TGACTATAAATAGACTTTT-GTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCACG-TTCCTAGAGGTAGACT
741 TGACTATAAATGGACTTTTCATAGC-AATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCCCA-AGGCAAACA
*** *
126420 TTCAATTATAATTTTTTTTAATAAAA
803 TTCAATTATAATACATTTTAATTAAA
* * * *
126446 AATGTAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
1 AA---AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* ** * ** * * * * * *
126511 TTTTTTACGGAATCAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTCT-CTTTACG
61 CTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATG-ATGAGCTTT-TACTTCATG
* * * * *** *
126574 TTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTAGTGAAAAATG-AAAGAAAATTCAACCTAA
124 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAA
* *** * * * *
126638 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACA
188 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGA-T
* * * *
126703 ATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATGGCTTTTT-TTCACATTTCTCAAGGTAGACAT-TTAA
252 ATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTA-A-ATATCAA
* * *** * *
126765 TTATATTCTGTTTTAGGGTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
314 TTATAATATGTTTTA-ACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *** * * * * **
126830 AATCATTCAAAGCGGGTAATAAGGGTTTT-AAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAT
377 AATCATTTAAAGCTAATAATAA-GGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTAT
* * * * * *
126894 CAAATG-ATGGCTTTTGT-TTCATGTATCCTAAGGCAGACATTCA-ATTACATTATATTTTAATC
441 -AAATGAATGGC--TTGTCTTCATGT-T--TCACGTACACA-TCATA-TA-A-TATGTTTTAACC
* * * *
126956 AAAAA-AGTAAAAAAATTTAGCTTCAAATTC-ATTATGAGATTATAAAAGCC-TTTAAA-TCAAG
496 AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGT-GAG
* ** ** *
127017 TAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCGAATGAATGTA-TTTT
557 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATG-ACTTTT
** ** * * ** * * * * ** **
127080 TC-TCCATGTTTCTCGAGGCAAAAATTCAATTCTAATATG-TTTTGA-TGAAATTTATAAAACAA
620 TCTTTAAAATTT-TCTA---AAACATAAAAATATAA-AAGAATTCAACT-AAAAATAT-AAA-AA
* * * * *
127142 TTTGACTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGC
677 ----A--TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAC
* * * * * * * ** *
127207 ATGGGTAACTATAAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCCTTGAGGT
736 TTGGCTGACTAT-AAATGGACTTTTCATAGCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCC-CAAGGC
* * * *
127271 AGACAGTT-AATTATAA-CCTATTTGAATCAAA
798 AAACA-TTCAATTATAATAC-ATTTTAATTAAA
*
127302 AAGTAAAAATAATCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AA--AAAAAT--TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** * * * * * *
127366 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGTAC-TTTCTTGTCAATGA-GTAGCTTTTTCTTCATA
60 ACTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGATG-AGCTTTTACTTCAT-
* ** * * * * ** * * *
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** * * *
127494 AAATCAATTATGAGA-T-T------A--T--AA--A--AATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGAC
187 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGA-
* * * * * * ** * *
127543 TATAAATGGACCTTTCTTGTTAACGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACACTCAAT
251 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAATA-TCAAT
* * * * ** * * *
127608 TATAATCTATGTTAACCAAGAATGCT-GGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATAATAAAA
315 TATAATATGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * ** ***
127672 CCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCC
379 TCATTT-AAAGCTAATAATAAGG-TTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATA
* * * *
127735 AATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTC-CTTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
442 AATGAATGGC-TTGTCTTCATGTTTCACGTA--C--ACA-TC-A-TATAATATGTTTTAACCAAA
* ** * *
127799 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAA
499 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** * * * *
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564 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTA
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AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGATATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAATATCAATTATAATATGTT
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCT
AATAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATAAATGAATGGCTTGT
CTTCATGTTTCACGTACACATCATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTAAAATTTTCTAAAACATAAAAATATA
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GTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGCTGACTATAAATGGACTTTTCATAGCAATGAATGGCTTTTC
TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATACATTTTAATTAAA
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122559 TAAATAGTCC
* * * **
122569 ATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
1 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTACAA
** * * * *
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*
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1 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
* * * *
122781 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTA
66 ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTTTTGCTA
122846 ATGAATG
131 ATGAATG
122853 ACTTTTTCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
147 110 0.92
148 9 0.08
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Consensus pattern (148 bp):
ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTTTTGCTA
ATGAATGGCAGACATGCA
Found at i:122997 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 122704--124203 Score: 1127
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 168
122694 TTCAATGAAT
* * * * * *
122704 GGCAGACATGCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTA
1 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
*
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*
122834 CTTTTTTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCATGA
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* * *
122875 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAT
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* * *
122940 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAGGGGATAGGTGACTATAAAT-AGA
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGAATGGGTGACTATAAATGA-A
*** *
123004 CTTACCTTG-TCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTCA-A
129 CTTTTTTTGCT-AATGAATGACTTTTTCTTCACG--TTTCATA
* * *
123045 GACAAACAATCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTA
1 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * ** * * * * *
123110 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGATTAGAGATTAA
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
* * * * *
123175 -TTTTTTATGCCAATGGAT-AGCTTTTACTTCATGTTTCCTA
129 CTTTTTT-TGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCATA
* * ** * * ** *
123215 AGCAGACATTCAATTATAAAATATTTTAATTTGAAATA-AAAACAA-TTACTCTTAAAATCAATT
1 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTTA-ACTTAAAATCAATT
* * * * **
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** * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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1 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * ** * * * *
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65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGA-
** *
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* * * * * * * **
123729 AGAAAACACTT-AATTATAACCCG--TTAACCCAAAAAATGTAAGAAATTTCAACCAAAAATCAA
1 GGCAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAA--CTAAAAATATAAAAAATTT-AACTTAAAATCAA
* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
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65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
* * * *
124030 CTTTTGTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCACGTTCCATA
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* * * * * * * *
124070 GGAAAACTTTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACATTCT-ACTTAAAATTAATTA
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* * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *** ** * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ***
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* * *
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** * * * * * * * *
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* * * *
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* ** *** * * * *
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** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** *
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** * * * * * *
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* * ** * ** * * *
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* * *
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* * ** *
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** * * * *
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*
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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** *
127512 --T-AA---A--AATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAA
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* * * * * *
127548 ATGGACCTTTCTTGTTAACGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACACTCAATTATAA
1 ATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * * ** * *
127613 TCTATGTTAACCAAGAATGCT-GGAAAATTCAAC-CTAAAATCAATTATGGGATAATAAAACCAT
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* * *
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* * * ** *
127719 ATAGACTTTACTTGCCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCCTTAGGCAAACATTCAATTATAA
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* * ** *
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* * ** *
127848 TAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTGTGAGTGACTATAA
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* * * *
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* * * * *
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**
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Statistics
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AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
Found at i:125293 original size:342 final size:337
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Period size: 343 Copynumber: 10.9 Consensus size: 337
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* * * *
124375 ATGTT-TTTAAACCAAAAGTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAACCAT
62 AT-TTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCAT
* * * * * *
124439 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCATATCAATGG
125 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
** * * * *
124503 ATGGCTTTTGCTTAAT-TTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATGA-TATATTTTAATGAAAAAA-
189 ATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTAT-ATTATGTTTTAA-CAAAAAAT
* *
124565 GTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
251 GT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
124630 TTCGAAGGCTTGAGTGAATATAA
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* * * * *
124653 TTGGGCTTTTCTTGCGAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTGCA-
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* * * * *
124717 ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCAACCTCAGATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
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* ** * * *
124782 TTAAAGTGAGTAATAATACTTTTGAACGT-TGGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGA
125 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * * * * *
124846 ATGGCTTTTTCTTT-ATGTTTCTTGAGGTAGATAGTCAATTATAATT-TGTTTTAACAAAAAATC
189 ATGGCTTTTT-TTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT-ATTATGTTTTAACAAAAAATG
* * * * *
124909 TAAAAAAAATAAAC-CTGAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCT
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*
124973 TTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
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*** * * * * **
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* *
125061 TTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
63 TT-TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
125126 AAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGTCAATGAATG
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * *
125191 ACCTTTTTTTTCTTGTTTCCAAAGGCAGGCATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
192 -GCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * * * * *
125256 AACTTTAACTCAAAATGAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAG
256 AAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
*
125321 GGGATGGGTGACTATAA
321 GGCATGGGTGACTATAA
* *** * * * *
125338 ATGGACTTTCCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAAACAATCAATTATTA
1 ATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTA-TA
* * * * **
125403 TTTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTACGAAACCATTT
63 TTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * * *
125468 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGT-TGAATGATTATAGATTGACTTTT-TATG-CTAATGG
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC-AATGA
** * * * * * * * *
125530 ATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTATGGTAGGCATTCAATTATAGTATATTTTAATC-AGAAATAT
189 ATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTTAA-CAAAAAATGT
* **
125594 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGGTAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TT
253 AAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
125658 GTCGAAGGCTTGGGTGATTATAA
316 -TCGAAGGCATGGGTGACTATAA
** * * * * * *
125681 ATGGGTTTTTCTTACCAATGATTGGGTTTCTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAA
1 ATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTA-TA
* * ** * * *
125746 TCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTAGAAAACCATTT
63 TTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** *** * * * * * * * * *
125811 AAAGTGAGTAGCAAAAATTTTGAAAGCATGGATAACTATTAATGGACTTTTCTTATTAATAAATA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * **
125876 ACTATTTCTTTCACGTTT-CTCAAGGTTA-ACATTCAATTATATTCTGTTTTAA-ATAAAAAAAT
192 GCT-TTTTTTTCATGTTTCCT-AAGG-CAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACA-AAAAATGT
* * * * * * *
125938 AAAACAATTCAACCCAAAATCGATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTT
253 AAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
126003 CAAAGGCATGGATGACTATAA
317 CGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
126024 GTGGACTTTTCATGTCAATGAACGACTTTTTCTTCACGTTTTCGAAGGCAGACACTT-AATTATA
1 ATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAACA-TTCAATTAT-
** * * * * *
126088 ACCTGTTTTAACCAAAAATATAAGAAATTTCAAC-CAAATATCAATTATGAGTTTATAAAACCAT
62 ATTTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
126152 TTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTG-AGAGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAA
125 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
** * * * *
126216 ATATCTTTTTCTTT-ATCTTTCTCGAA-GCAAACATTCAATTATAATT-TGTTTTAACTAAAAAT
189 ATGGCTTTTT-TTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTAT-ATTATGTTTTAACAAAAAAT
* * * *
126278 GTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
251 GTAAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*
126343 TTCGAAAGG-ATGAGTGACTATAA
315 TTCG-AAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
126366 ATAGACTTTTGTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCACG-TTCCTAGAGGTAGACTTTCAATTATA
1 ATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-A-AGGCAAACATTCAATTAT-
* * * * *
126430 ATTTTTTTTAATAAAAAATGTAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTT
62 ATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * * ** *
126495 AAAGTGAGTAATAAGATTTTTTACGGAATCAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATG
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * * *** *
126560 GCTTTCTCTTT-ACGTTT-CTCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTAGTGAAAAATGAAA
192 GCTTT-TTTTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAA
* * ** *
126623 GAAAATTCAAC-CTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT
255 -AAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* *
126687 GAAGGAATGGGTGACAATAA
318 GAAGGCATGGGTGACTATAA
** * * *
126707 ATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAT
1 ATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAT
*** * * *
126771 TCTGTTTTAGGGTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
64 T-TGTTTTA-ACAAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
126836 TCAAAGCGGGTAATAAGGGTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAATG-
125 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGA
* * * *
126900 ATGGCTTTTGTTTCATGTATCCTAAGGCAGACATTCAATTACATTATATTTTAATCAAAAAA-GT
189 ATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTTAA-CAAAAAATGT
* * * * * * *
126964 AAAAAAATTTAGCTTCAAATTC-ATTATGAGATTATAAAAGC-CTTTAAATCAAGTAATAAGGGT
253 -AAAAAATTCAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
127027 TTCAAAGGCTTGGGTGACTATAA
315 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
** * * * *
127050 ATAGG-CTTTTCTTGCGAATGAATGTATTTTTCTCCATGTTTCTCGAGGCAAAAATTCAATTCTA
1 AT-GGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTAT-
* * ** ** * ** * *
127114 ATATGTTTTGATGAAATTTATAAAACAATTTGACTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCATT
62 ATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
127179 TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAAATGGACTTTTCTTATCAATAAA
126 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
* * * *** * *
127244 TGGCTTTTTCTTCATG-TTCCTTGAGGTAGACAGTT-AATTATAACCTATTTGAATC-AAAAA-G
190 TGGCTTTTTTTTCATGTTTCC-TAAGGCAGACA-TTCAATTATATTATGTTTTAA-CAAAAAATG
* *
127305 TAAAAATAATCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
252 TAAAAA-ATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
127369 TTTGAAGGCATGGGTGACCATAA
315 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * * * *
127392 ATGTAC-TTTCTTGTCAATGAGTAGCTTTTTCTTCATATTTTGTCGAGGTAAACAGTCAATTATA
1 ATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTAT-
* * * *
127456 ATTTGGTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA-T-T------A-
62 ATTTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * *
127512 -T-AA---A--AATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTTAACGAA
125 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
* * * * *
127570 TGGCTTTTTCTTT-ATGTTTCCCAAGGTAGACACTCAATTATAATCTATG--TTAACCAAGAATG
190 TGGCTTTTT-TTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT-AT-TATGTTTTAACAAAAAATG
** * * *
127632 CTGGAAAATTCAAC-CTAAAATCAATTATGGGATAATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGC
252 -TAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCGAGTAATAAGGC
** * *
127695 TTTTAAAGGAATGGGTAACTATAA
314 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
127719 ATAGACTTTACTTGCCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCCTTAGGCAAACATTCAATTATAA
1 ATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTAT-A
* ** *
127784 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGGTTATAAAACCATTT
63 TTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
127849 AAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTGTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATG
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * *
127914 GCTTTTTCTTT-ATGTTT-CTAGAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA--TAA
192 GCTTTTT-TTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAA
* * * * **
127975 AACCAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTT
255 AA--AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
128038 CNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (337 bp):
ATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATATTT
GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
TTTTTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATT
CAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
GGGTGACTATAA
Found at i:128362 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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128066 NNNNNGACAT
* * * * *
128076 TCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAA-AGTGAAAAAATACAACTTAAGATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATA-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
128247 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAGAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*** * * * *
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* * * * * ** * *
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** * * * * * *
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1 -TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
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* ** * *
128546 GTCAATGAATGTATTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGTAAATAA
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* * * * *
128588 TTAATTA-AA-ACTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTA
1 TCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * *
128651 TAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCGAAGACATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
128716 ATCAATGGATGGCTGTTGT-TTCATCTTTCTCAAGGTAGACA
129 ATCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATA
* * * *
128757 TTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAAGGAAAAAAATTCAA-CTCAAAATCAATTACGAGAT
1 -TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * * *
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* * * * *
128884 CTT-GCGATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACAA
126 CTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGA-TA
** * * * * * *
128929 TCAATTGCAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTCAACCTCAGATTAATTATGATATTA
1 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
128994 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTCTGAAG-GATAGGGTAACTATAAATGGACTTCTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTC-GAAGACAT-GAGTAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
129058 TGTCAATGAATGGCGTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGATA
128 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATA
* * * * ** *
129100 GTCGATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATAAAACCTCAAATCAATTATGAGATTA
1 -TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * **
129165 GAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATATATAAACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCGAAGACATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** *
129230 -GCTAATAAATGACCCCTTTTT-TTCTTGTTTCCAAAGGTAGACGT-
129 ATC-AATGAATG---GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGA--TA
* * * * * * *
129274 TCAATTATATTATGATTTAACCAAAAATAT-ATAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
129338 AAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAATG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCGAA-GACATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *** ** *
129402 GTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTCTTAAGATAGACA
129 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATA
* ** * * * *
129443 CTTAATTATAACCTGTTTTAA-TCAAAATGTAAGAAAATTTAA-CTAAAAATCAATTATGAGATT
1 -TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
129506 ATAAAACCAATTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGA-AT-AGGTGATTATAAATGGATTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCGAA-GACATGA-GTAACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *** *
129569 TTTATCAATAAATAACTTTTTCATCATGTTTCCCGAGGCATATA
126 CTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATA
** * * * * * * *
129613 TTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAGTACAAAACAATTCGA-TTGAAAATCAATTATGAGATT
1 -TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATT
*
129677 ATAAAACTATTT
64 ATAAAACCATTT
129689 TTTTTGAAAA
Statistics
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0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
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174 5 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAAGACATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAT
CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATA
Found at i:128756 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 128071--130598 Score: 1623
Period size: 343 Copynumber: 7.3 Consensus size: 339
128061 NNNNNNNNNN
* * * * *
128071 GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTGAAAAAATACAACTTAAGATCAATTATGAG
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* ** *
128136 ATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTAGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * ** * * *
128200 TTCTTATTAAGGATTGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAA-GCAGATTGTCAATTATAATCTATT
129 TTCTT-GCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTC-T-AAGGCAAATAATTAATTATAAACTGTT
* ***
128263 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAGAATCAATTATGAGATTATAAATTGATTTAAAGCG
191 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ** * * * * *
128328 ATTAATAAGG-TTTGCGAAGACATGAGCAACTATAAATGAACTTTTC-TGTCAATAAATGACCTT
256 AGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTT
* ** * **
128391 ATCTTCAAGTTTCTTACCGTA
320 GT-TTCATCTTTCTCAAGGTA
** * * * *
128412 GACATTCAGCTATAATCTGTTTTGACCAGAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
128477 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGGAGATGAGTGACTATAAATGGACAT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTT
* *
128541 TTCTTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAATAATTAATTA-AAACTGTTTT
129 TTCTTG-CAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAATAATTAATTATAAACTGTTTT
* * * *
128605 AACTAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAG
193 AACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
128670 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTGTTGT
258 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCT-TTGT
128735 TTCATCTTTCTCAAGGTA
322 TTCATCTTTCTCAAGGTA
** * * * *
128753 GACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAG
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * * * *
128818 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTTAATGTAATTGGGCTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * **
128883 TCTTGCGATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTT-TCAAGGCAAACAATCAATTGCAATA-TGTTT
130 TCTTGC-AATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAATAATTAATTATAA-ACTGTTT
* * * * * * *
128946 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTTCAACCTCAGATTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTG
192 TAACTAAAAATATAAAAAAATTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * * *
129011 AGTAATAATGCTTCTGAAGGATAGGGTAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGCGTTT
256 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGC-TTT
* * *
129076 -TCTTCATGTTTC-CTGAGGCA
320 GT-TTCATCTTTCTC-AAGGTA
* * * * * * ** * *
129096 GATAGTCGATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATAAAACCTCAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAACC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * **
129161 ATTAGAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATATATAAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * ** *
129226 TCTTGCTAATAAAT-GACCCCTTTTT-TTCTTGTTTCCAAAGGTAGA-CGTTCAATTATATTA-T
130 TCTTGC-AATGAATGGA----TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAATAATT-AATTATA-AACT
* * * * * * * *
129287 GATTTAACCAAAAATAT-ATAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAA
188 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * ** * *
129351 GCAAATAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTTAATGAATGGCT
253 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCT
* * * *
129416 TTTTCTTCA-CAATTCTTAAGATA
318 TTGT-TTCATC-TTTCTCAAGGTA
** * * * * * *
129439 GACACTT-AATTATAACCTGTTTTAATCAAAATGTAAGAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAG
1 GACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
129503 ATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGATTATAAATGGATTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * ** * * *
129567 TTTTTATCAATAAAT-AACTTTTTCATCATGTTTCCCGAGGCATAT-ATTCAATTATAACCTATT
129 TTCTT-GCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAATAATT-AATTATAAACTGTT
* * * * ** *
129630 TTAACCAAAAGTACAAAACAATTCGA-TTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTTTTT
191 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTATGAG-----------A------TT
* * *
129694 GAAAAGCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGATGGTTTGAGTAACTATAA
238 -----------ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * *
129758 ATGGAGTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCA
291 ATGGACTTTTCATATCAATGAATGGC-TTTGTTTCATCTTTCTCAAGGTA
* * * * *
129808 GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGGG
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
129873 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATGGGC-T
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * **
129936 TT-TTGCAAATGAATGGGTTTTT-TT--TGTTCT-TGAGGCAAA-ATTTAATTACAACCTGGTGC
129 TTCTTGC-AATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAATAATTAATTATAAACTGTTTT
* *
129995 AAC-ACAAAATATTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAA
193 AACTA-AAAATA-T--AAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA
* * ** * * *
130059 G-GAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGAC-TCTCAT-TGCTAATGAATGG
253 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAT-C-AATGAATGG
** * *
130121 C-TTACTTCATGTTTTCCCAA--TCA
316 CTTTGTTTCAT-CTTTCTCAAGGT-A
* * * * * * * ***
130144 AACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTGCAAG
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAACC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
130209 GTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAAAAATTGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
130274 TCTTGGCAATGAAT-GACTTTTTTTTCATG-TTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTT
130 TCTT-GCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTTCTA-AGGCAAATAATTAATTATAAACTGTTT
* **
130337 TAACTAAAAATA-AAAAAAA-TTAACCTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
192 TAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * * *
130400 GTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATTGCTTTTG
257 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGC-TTTG
*
130465 CTTCATCTTTCTCAAGGTA
321 TTTCATCTTTCTCAAGGTA
* * ** * *
130484 GACATTCATTTATATTATATTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TATTGA
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGA
* ** * * * *
130548 GATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTGA
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGA
130599 ATACAACGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAATAATTAATTATAAACTGTTTTAAC
TAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTGTTTCA
TCTTTCTCAAGGTA
Found at i:129018 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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128066 NNNNNGACAT
* * * *
128076 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAA-GTGAAAAAATACAA-CTTAAGATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAA-ATCAATTATGAGATT
* * * * *** * *
128139 ATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTAGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * ***
128204 TATTAAGGATTGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAA-GCAGATTG
129 TGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTC-T-AAGGCAAACAA
* * * * *
128247 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCT-AGAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCA-AATCAATTATGAGATTA
*** * * * * *
128311 TAAATTGATTTAAAGCGATTAATAAGG-TTTGCGAAGACATGAG-CAACTATAAATGAACTTTTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CGAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATGGACTTTTC
* *** * * ** * * *
128374 -TGTCAATAAATGACCTTATCTTCAAG-TTTCTTACCGTAGACAT
128 TTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGCAAACAA
** * * * * * * * *
128417 TCAGCTATAATCTGTTTTGACCAGAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * *
128482 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGGAGATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
** * *
128546 GTCAATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAATAA
130 GTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
* * * * * * * *
128588 TTAATTA-AA-ACTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTA
1 TCAATTATAATA-TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
128651 TAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
128716 ATCAATGGATGGCTGTTGT-TTCAT-CTTTCTCAAGGTAGACAT
130 GTCAATGAATGGGT-TTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACAA
* * * * *
128758 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGGAAAAAAATTCAA-CTCAAAATCAATTACGAGATTA
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTC-AAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
128822 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTTAATGTAATTGGGCTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
*
128887 G-CGATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTT-TCAAGGCAAACAA
130 GTC-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACAA
** * * *
128929 TCAATTGCAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTCAACCTCAGATTAATTATGATATTA
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
128994 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC-TTCTGAAGGATAGGGT-AACTATAAATGGACTTCTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATGGACTTTTC
* * * * *
129057 TTGTCAATGAATGGCG-TTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGATAG
128 TTGTCAATGAATGG-GTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
* * * * ** *
129101 TCGATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATAAAACCTCAAATCAATTATGAGATTAG
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * **
129166 AAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATATATAAACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * * * **
129231 -CTAATAAATGACCCCTTTTT-TTCTTGTTTCCAAAGGTAGACGT
131 TC-AATGAATG---GGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
* * * * * * * * *
129274 TCAATTATATTATGATTTAACCAAAAATAT-ATAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
129338 AAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
* * *** ** * *
129403 TTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CAATTCTTAAGATAGACAC
131 TCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGCAAACAA
* ** * * *
129444 TTAATTATAACCTGTTTTAATC--AAAATGTAAGAAAATTTAA-CTAAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-CAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * * *
129506 ATAAAACCAATTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGATTATAAATGGATTTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGAATATAAATGGACTTTTC
* * *** * * ** * * *
129570 TTATCAATAAATAACTTTTTCATCATGTTTCCCGAGGCATATAT
128 TTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
** * * * * *
129614 TCAATTATAACCTATTTTAAC-CAAAA-GTACAAAACAATTCGA-TTGAAAATCAATTATGAGAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACCT-CAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
129676 TATAAAACTATTTTTTTTGAAAAGCGA-TTATAAAACCATTT--AAAGC--GAGT-AATA-AGGT
63 TATAAAACCA-----TTT--AAAGCGAGTAAT-AAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGAATATA---
** * ** * * *
129734 TTTCGA-TGGTTT-GAGTAACTATAAATGGAG-TTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
116 AATGGACT--TTTCTTGT--CAATGAATGG-GTTTTTC-T-TC-----AT-G-TTTT-C-T-AAG
*
129796 TTTCTCAAAGCAGACA
164 ----GCAAA-C--A-A
* * ** * *
129812 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAA-GTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGGGATT
1 -TCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATT
* * * *
129876 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGGC-TTT-
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGAATATAAATGGACTTTTC
* * *
129938 TTG-CAAATGAATGGGTTTTT-TT--TGTTCT-TGAGGCAAA-AT
128 TTGTC-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
* * ** * ** *
129977 TTAATTACAACCTGGTGCAACACAAAATAT-TAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 TCAATTATAATATGTTTTAACA-AAAA-ATGT--AAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * * * *
130041 TAATAAAACCATTTAAAAG-GAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGAC-TC
62 TTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTT
* * * * *
130104 TCATTG-CTAATGAAT-GG-CTTACTTCATGTTTTCCCAA-TCAAACAT
126 TC-TTGTC-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTT-CTAAGGCAAACAA
* * * * * * ** * *** *
130149 TCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTGCAAGGTTAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
130214 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAAAAATTGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * *
130279 GCAATGAATGACTTTTTTTTCATG-TTTCTAGAGGTAGACAT
131 TCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTA-AGGCAAACAA
* * * * * *
130320 TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATT-AACCTAAAATCGATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * * *
130383 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATA
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
130448 TCAATGGATTGCTTTTGCTTCAT-CTTTCTCAAGGTAGACAT
131 TCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACAA
* * * * * * *
130489 TCATTTATATTATATTTTAATGAAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TATTGAGATT
1 TCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTA-TGAGATT
* * * *
130552 ATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTGAATA
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATA
130602 CAACGTGTTG
Statistics
Matches: 1795, Mismatches: 431, Indels: 258
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 16 0.01
165 2 0.00
166 1 0.00
167 76 0.04
168 12 0.01
169 241 0.13
170 461 0.26
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175 4 0.00
176 7 0.00
177 9 0.01
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179 4 0.00
180 3 0.00
185 2 0.00
186 1 0.00
187 4 0.00
188 2 0.00
189 2 0.00
190 12 0.01
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197 2 0.00
199 49 0.03
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201 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACAA
Found at i:129666 original size:513 final size:512
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Indices: 128441--130578 Score: 1331
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 512
128431 TTTTGACCAG
* * *
128441 AAATATAAAAAAA-TTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* *
128505 AGGCTTTTG-AGGAGAT-GAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGTA-TTTTTCTT
66 AGGCTTTTGAAGGA-ATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AACTTTTTCTT
* * * * * * *
128567 CATGTTTTCTAAGGTAAATAATT-AATTA-AAACTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAAC
128 CATGTTTCCTGAGGCAAAT-ATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTAAAC
* * * * * *
128630 TTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGT
192 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAAT
* ** *
128695 GACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTGTTGTTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTC
257 GACTATAAATAAACTTTTCATATCAATAAATGCCTGTTGTTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTC
*
128760 AATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAA
322 AATTATAATATATTTTAACAAAAAAA-GAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * * * * *
128825 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTTAATGTAATTGGGCTTTTCTTGCG
386 AACAATTTAAAGCAAATAATAAGCCCTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCG
* * ** * * * *
128890 ATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACAATCAATTGCAATATGTTTTAACAAA
451 AATGAATGGCTTTTTCTTCAAATTCTTCAAGACAAACAATCAATTACAACATGTTTTAAC-AA
* * * *
128953 AAATGTAAAAAAATTTCAACCTCAGATTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * ** *
129018 ATGCTTCTGAAGG-ATAGGGTAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGCGTTTTCTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCA
* * * ** * *
129082 TGTTTCCTGAGGCAGATAGTCGATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAT-CTAAAAAAATAAAACCT
130 TGTTTCCTGAGGCAAATATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAATAC-AAAAAAATTAAACTT
* * *
129146 CAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGA
194 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGA
* * * *
129211 CTATATATAAACTTTTC-T-TGCTAATAAATGACCCCT-TTTTTTCTTGTTTC-CAAAGGTAGAC
259 CTATAAATAAACTTTTCATAT-C-AATAAATG---CCTGTTGTTTCATCTTTCTC-AAGGTAGAC
* * * * * * * * *
129272 GTTCAATTATATTATGA-TTTAACCAAAAATA-TATAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
318 ATTCAATTATAATAT-ATTTTAA-CAAAAAAAGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGAT
* * * * * * *
129335 TATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTG
381 TATAAAACAATTTAAAGCAAATAATAAGCCCTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTC
** * * * * * *
129400 TTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTCTT-AAGATAGACACTTAATTATAACCTGTTTTAA
446 TTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AATTCTTCAAGACAAACAATCAATTACAACATGTTTTAA
129464 TC-A
510 -CAA
* * *
129467 AAATGTAAGAAAATTT-AA-CTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTGAT
1 AAATGTAAAAAAATTTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
129530 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATGGATTTTTTTTATCAATAAATAACTTTTTCATCA
65 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCA
* * * * *
129595 TGTTTCCCGAGGCATATATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAGTACAAAACAATTCGATTGA
130 TGTTTCCTGAGGCAAATATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAATACAAAA-AA----ATT--
* * *
129660 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTTTTTGAAAAGCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
188 AAA-C--TTA--A-A--AT----C-A---ATTATG---A--GATTATAAAACCATTTAAAGCGAA
* * * ** * * ** * ** * * *
129725 TAATAAGGTTTTCGATGGTTTGAGTAACTATAAATGGAGTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGC
232 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATAAACTTTTCATATCAATAAATGCCTGTTGT
* * * *
129790 TTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAAAGTAAAACAATTCA
297 TTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAAAG-AAAAAAATTCA
* * * * * ** * * *
129854 ATTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGGC-TT
360 ACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAATAAT-AAGCCCTTCGAAGGCATG
* * * * ** * *
129917 AGGTGACTATAAATGGGC-TTT-TTGCAAATGAATGGGTTTTT-TT--TGTTCTT-GAGGCAAA-
424 A-GTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTCAAATTCTTCAAGACAAAC
* * * * **
129975 ATTTAATTACAACCTGGTGCAACACA
488 AATCAATTACAACATGTTTTAACA-A
* * * *
130001 AAATATTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAAG-GAATA
1 AAAT-GT-AAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTA
* * * ** *
130065 CTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGTGACTATAAATAGAC-TCTCATTG-CTAATGAATGGC--TTA
63 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGTC-AATGAATAACTTTTT
* ** * * * * ** * *
130125 CTTCATGTTTTCC-CAATCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTT
125 CTTCATG-TTTCCTGAGGCAAATATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTA
* *** * * * ** **
130189 AATTTAAAATCAATTGCAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTG
189 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * ** * ** * * * * *
130254 AGTGACTAAAAATTGACTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCT-AGAGGTAGAC
254 AATGACTATAAATAAACTTTTCATATCAATAAATGCCTGTTGTTTCATCTTTCTCA-AGGTAGAC
* * * * * *
130318 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAAATT-AAC-CTAAAATCGATTATGAGAT
318 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAAAGAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTACGAGAT
* * * * * * * * *
130380 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC
381 TATAAAACAATTTAAAGCAAATAATAAGCCCTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTC
* * * ** ** * * * * ** *
130445 ATAT-C-AATGGATTGCTTTTGCTTCATCTT-TCTCAAGGTAGACATTCATTTATATTATATTTT
446 -T-TGCGAATGAATGGCTTTTTCTTCAAATTCT-TCAAGACAAACAATCAATTACAACATGTTTT
*
130507 AATGAA
508 AA-CAA
* * * **
130513 AAAAGTAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAA-TATTGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAATGTAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
130576 AAG
65 AAG
130579 CCCTTCGAAG
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 266, Indels: 179
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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508 15 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAATGTAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCAT
GTTTCCTGAGGCAAATATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTAAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACT
ATAAATAAACTTTTCATATCAATAAATGCCTGTTGTTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
ATAATATATTTTAACAAAAAAAGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAACAA
TTTAAAGCAAATAATAAGCCCTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGA
ATGGCTTTTTCTTCAAATTCTTCAAGACAAACAATCAATTACAACATGTTTTAACAA
Found at i:130261 original size:169 final size:165
Alignment explanation
Indices: 129701--130598 Score: 571
Period size: 169 Copynumber: 5.3 Consensus size: 165
129691 TTTGAAAAGC
* * * * *
129701 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGATGGTTTGAGTAACTATAAATGGAGT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-C
* * *
129765 TTTCATAT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
64 TTTCAT-TGCAATGAATGGC-TTT-CTTCATG-TT-TCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * ** **
129829 TTAATCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGG
124 TGAA-CCAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
* * *
129872 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGGCT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACT
* ** ** * * * * **
129936 TT--TTGCAAATGAATGGGTTT-TTTTTGTTCTTGAGGCAAA-ATTTAATTACAACCT-GGTGCA
65 TTCATTGC-AATGAATGGCTTTCTTCATGTT-TCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTG-A
*
129996 ACACAAAATATTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
127 AC-CAAAA-ATT--AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
* * * ** * *
130039 GATAATAAAACCATTTAAAAG-GAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACT
1 GATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
130103 CTCATTGCTAATGAATGGCTTACTTCATGTTTTCCCAATCAAACATTCAATTATAATCTATTTGA
65 TTCATTGC-AATGAATGGCTTTCTTCATG-TTT-CAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGA
* * ** **
130168 ACCAAAAATGTAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTGCAA
127 ACCAAAAAT-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
* * * *
130208 GGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAAAAATTGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-T
* * * * * * *
130273 TTC-TTGGCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTT
65 TTCATT-GCAATGAATGGC--TTTCTTCATGTTTC-A-AAGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * *
130337 TAACTAAAAATAAAAAAAATT-AACCTAAAATCGATTATGA
125 GAACCAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
* * ** *
130377 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-T
* * * * * * * * *
130442 TTCATAT-CAATGGATTGCTTTTGCTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATATTATATTT
65 TTCAT-TGCAATGAATGGC-TTT-CTTCAT-GTT-TCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
* ** * * * *
130506 TAATGAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TATTGA
125 GAA-CCAAAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA-TAA
* ** * * *
130548 GATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTGA
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA
130599 ATACAACGTG
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 121, Indels: 68
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 17 0.03
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166 4 0.01
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (165 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
TCATTGCAATGAATGGCTTTCTTCATGTTTCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCA
AAAATTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAA
Found at i:130430 original size:338 final size:337
Alignment explanation
Indices: 129701--130592 Score: 848
Period size: 338 Copynumber: 2.6 Consensus size: 337
129691 TTTGAAAAGC
* * * * * * *
129701 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGATGGTTTGAGTAACTATAAATGGAGTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGAGCT
* * * * *
129766 TTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTT
66 CTCATATCAATGAATGGC-TTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTG
* *
129831 AATCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
130 AACCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * *
129896 TAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTGCAAATGAATGGGTTTTTTTT
195 TAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTAAAAATGGACTTTTTGCAAATGAATGCGTTTTTTTT
*
129961 GTTCTTGAGGCAAAATTTAATTACAACCTGGTGCAACACAAAATATTAAAAAAAAATTCAACCTA
260 GTTCTAGAGGCAAAATTTAATTACAACCTGGTGCAACACAAAATATTAAAAAAAAATTCAACCTA
130026 AAATCAATTATGA
325 AAATCAATTATGA
* * * * * *
130039 GATAATAAAACCATTTAAAAGGAA-TACTAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGA-C
1 GATTATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGAGC
* * *
130102 TCTCAT-TGCTAATGAATGGC-TTACTTCATGTTT-TCCCAATCAAACATTCAATTATAATCTAT
65 TCTCATAT-C-AATGAATGGCTTTACTTCATGTTTCT-CAAAGCAAACATTCAATTATAATATAT
* *
130164 TTGAACCAAAAATGTAAAA-AATTTTAATTTAAAATCAATTGCA-AGG-TTATAAAACCATTTAA
127 TTGAACCAAAAAAGTAAAACAA-TTCAATTTAAAATCAATT--ATAGGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
130226 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTTGAGTGACTAAAAATTGACTTTTCTTGGC-AATGAATG
189 AGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAG-GTGACTAAAAATGGAC-TTT-TT-GCAAATGAATG
* * * * * * ** *
130289 ACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAA-A-T-AA
250 -CGTTTTTTT--TG-TTCTAGAGGCA-AAATTTAATTACAACCTGGTGCAACACAAAATATTAAA
*
130350 AAAAAATT-AACCTAAAATCGATTATGA
310 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * *
130377 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGGCT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGAGC-
* * * * * * * * * *
130441 TTTCATATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATATTATATTT
65 TCTCATATCAATGAATGGC-TTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTT
* ** * * * * * **
130506 TAATGAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TATTGAGATTATAAAACGATTTAAAGCA
129 GAACCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATAG-GATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
130570 AGTAAT-AAGCCCTTCGAAGGCTT
193 AGTAATAAAG-CTTTCGAAGGCTT
130593 GAGTGAATAC
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 78, Indels: 55
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 6 0.01
336 120 0.27
337 19 0.04
338 135 0.30
339 34 0.08
340 93 0.21
341 8 0.02
342 13 0.03
343 19 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGAGCT
CTCATATCAATGAATGGCTTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTGA
ACCAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
AATAAAGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTAAAAATGGACTTTTTGCAAATGAATGCGTTTTTTTTG
TTCTAGAGGCAAAATTTAATTACAACCTGGTGCAACACAAAATATTAAAAAAAAATTCAACCTAA
AATCAATTATGA
Found at i:131171 original size:618 final size:615
Alignment explanation
Indices: 130010--131219 Score: 1890
Period size: 618 Copynumber: 2.0 Consensus size: 615
130000 AAAATATTAA
* *
130010 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAAGGAATACTAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAAGGAATAATAAGGCTTT
* * * * *
130075 TGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTCTCATTGCTAATGAATGGCTTACTTCATGTTTTCCCA
66 TAAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTCTCATTGCCAATGAATAGCTTACTTCACGTTTCCCCA
* * * *
130140 ATCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTG
131 AGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTA
* * *
130205 CAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAAAAATTGA
196 CAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGATATGAGTGACTAAAAATTGA
* * * * *
130270 CTTTTCTTGGCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGT
261 CTTTTCTTGGCAATAAATGACTTTTTTCTCATATTTCTAGAGGAAGACATTTAATTATAATATGT
*
130335 TTTAACTAAAAATAAAAAAAATTAACCTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
326 TTTAACTAAAAATAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
* *
130400 GTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATTGCTTTTG
391 GTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTG
* * * *
130465 CTTCATCTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATATTATATTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAATTTA
456 CTTCATCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTTA
*
130530 ACTTAAAATCAATATTGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGA
521 ACTTAAAATCAATATTAAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGA
130595 GTGAATACAACGTGTTGCAACAAAGAATAT
586 GTGAATACAACGTGTTGCAACAAAGAATAT
* * *
130625 AAAAAACTTCAACCTAAAATCAAATATGAGATAATAAAATCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAAGGAATAATAAGGCTTT
**
130690 TAAAGGAATAG-GTGACTATAAATAGACTCT-ACTTGCCAATGAATAGCTTTTGTTTCACGTTTC
66 TAAAGGAAT-GTGTGACTATAAATAGACTCTCA-TTGCCAATGAATAGC--TTACTTCACGTTTC
* * *
130753 CCCAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAATCT
127 CCCAAGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAATCA
* *
130818 ATTACGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGATATGAGTGACTATAAA
192 ATTACAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGATATGAGTGACTAAAAA
* * * *
130883 TTGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTTTTCTCATATTTCTAGAGGAAGATATTTAATTATAAT
257 TTGACTTTTCTTGGCAATAAATGACTTTTTTCTCATATTTCTAGAGGAAGACATTTAATTATAAT
* * * * *
130948 ATGTTTTAA-TCAAAAATGAAAACAATTCAA-CTGTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTT
322 ATGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAATT-AACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
131011 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATG
384 AAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATG
131076 GCTTTTGCTTCATCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAA
449 GCTTTTGCTTCATCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAA
131141 AAATTTAACTTAAAATCAAT-TATAAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGA
514 AAATTTAACTTAAAATCAATAT-TAAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGA
131205 AGGCTTGAGTGAATA
578 AGGCTTGAGTGAATA
131220 TAATTGGGCT
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 47, Indels: 13
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
614 1 0.00
615 100 0.19
616 2 0.00
617 210 0.39
618 227 0.42
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (615 bp):
AAAAAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAAGGAATAATAAGGCTTT
TAAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTCTCATTGCCAATGAATAGCTTACTTCACGTTTCCCCA
AGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTA
CAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGATATGAGTGACTAAAAATTGA
CTTTTCTTGGCAATAAATGACTTTTTTCTCATATTTCTAGAGGAAGACATTTAATTATAATATGT
TTTAACTAAAAATAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
GTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTG
CTTCATCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTTA
ACTTAAAATCAATATTAAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGA
GTGAATACAACGTGTTGCAACAAAGAATAT
Found at i:131492 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 130624--131504 Score: 672
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
130614 ACAAAGAATA
* * * * * * *
130624 TAAAAAACTTCAACCTAAAATCAAATATGAGATAATAAAATCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTAAGTAATAAGGCT
** ** * * ** * * *
130688 TTTAAAGGAAT-AGGTGACTATAAATAGACTCTACTTGCCAATGAATAGCTTTTGT-TTCACGTT
65 TTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTT
* * * **
130751 TCCCCAA-GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAAT
128 T-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTA-ATAAAAAT
* * * * * * * *
130794 GTAAAAAATTTGAACTTAAAATCTATTACGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 -TAAAAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
* * * * * *
130859 TT-TAAAGATATGAGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTTT-TCTCATATT
65 TTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTT
* *
130922 TCT-AGAGG-AAGATATTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAAT
128 TCTCA-AGGCAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAT
* * * * * *
130965 GAAAACAATTCAA-CTGTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTAAACCT-CAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
* * * ** * * * *
131029 TTCAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTC
65 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * *
131094 TCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAG
130 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAT--AAAAAT
* * * * * * * *
131136 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGCCCT
1 TAAAAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
* * * * *
131201 TCGAAGGCTTGAGTGAATATAATTGGGCTTTTTTTG-CAAACGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-
66 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * ** *
131264 TCCAAGGTAAA-AATCAATTGCAATATGTTTTAGCTAAAAAT
130 T-CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTA-ATAAAAAT
* * * *
131305 ATAAAAAAATTTAAACCTCAGATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC
1 -TAAAAAAA-TTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
* * * * *
131370 TTTTGAACG-TAAGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
64 TTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
** * * *
131434 TCTTGAGGCAAACAGTCAAGTATAATTTGTTTTAATGAAAAAT
128 TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAT
131477 TCAAAAAAATTAAACCTCAAATCAATTA
1 T-AAAAAAATTAAACCTCAAATCAATTA
131505 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 122, Indels: 52
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 163 0.29
171 359 0.64
172 33 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAT
Found at i:132713 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 132305--133298 Score: 764
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
132295 GGCTTGAGTC
* * * *
132305 ACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTT-ATC-TTTTTCAAGGCAGACATT
1 ACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTTCA-CGTTTCT-AAGGCAGACATT
* * *
132368 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGT-GAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
132432 AAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT-AGAAAGAATGGGTG
128 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGTATAGGTG
* * * * ** * * ** * *
132476 ACTGTAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTC-TTCACGTTTCTTGAGATAAATATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTTCACGTTTC-TAAGGCAGACATTC
* * * * * *
132540 AATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATAAATTTTGAGATTATAA
65 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
132605 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTTAAGTG
130 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTG
* * * *
132647 ACTATAAATAGACATTTCAAATCAATGGATGGCTTTTGCTTTGCA-TTTTCTAAGGCAGACATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTT-CACGTTTCTAAGGCAGACATTC
* *
132711 AATTATAATATATTTTAATCC-AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAATATATTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
132775 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TAGGTG
129 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAGGTG
* * * * * *
132818 ACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTT--TTTCACGTTTCTCAAGGTAGATAGTT
1 ACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTTCACGTTTCT-AAGGCAGACA-TT
* * ** * * * * *
132881 -AATTACAATATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTGAATTGTAAGATCAATTATGAGATTAT
64 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
132945 AAAACCATATAAAACTAGTGATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTG
128 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTG
* * * * * * * * *
132989 ACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTC-TTCACATTTCTCAAGGAAAACACT
1 ACTATAAATAG-ACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTTCACGTTTCT-AAGGCAGACATT
* * * * * * * * *
133052 CAATTATAATCTATTTTAACTAAATATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCACTAATGAGATTATA
64 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * ** *
133117 AAACTATTTTAAGTC-AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTG
129 AAACCA-TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTG
* * * * * * *
133159 ACTATAAA-CGAATTTT-TTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ACGTTTCCTATGGCAAACAT
1 ACTATAAATAGACTTTTCATAT--CAATGAATGGCTTTTGCTTTCACGTTT-CTAAGGCAGACAT
* * * * * * * * * *
133221 ACAATTACAATCTGTTTTAATCACAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
63 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
133286 AAATCCATTTAAA
128 AAAACCATTTAAA
133299 GCGNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
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ACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTTCACGTTTCTAAGGCAGACATTCA
ATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTG
Found at i:132942 original size:342 final size:336
Alignment explanation
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132295 GGCTTGAGTC
* *
132305 ACTATAAATGGGCTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATCTTTTTC-AAGGCAGACATTC
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* *
132369 AATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTGAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
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* * * *
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128 AACTATTT-AAA-GCAGTAATAAGGCTTTA-AAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
** ** * * * *
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189 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATT-AATTACAATCTGTTTTAATCAAA
* * * * *
132563 AATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
253 AATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
132628 GCTTTTAAAGGTTTAAGTG
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* * *
132647 ACTATAAATAGACATTTCAAATCAATGGATGGCTTTTGCTTTGCATTTTCTAAGGCAGACATTCA
1 ACTATAAAT-GACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTTCTAAGGCAGACATTCA
*
132712 ATTATAATATATTTTAATCCAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
65 ATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * *
132777 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCA
129 ACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTT-AAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
* * * *
132842 TTGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGATAGTTAATTACAATATGTTTTAATTAAAAA
191 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATA-TTAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAA
* * * * * *
132906 TATAAAAAAATTGAATTGTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAACTAGTGATAAGG
255 TATAAAAAAATTCAATT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
**
132971 CTTTCAAAGGTATGGGTG
319 CTTTCAAAGGTATAAGTG
* * * * * * * * * *
132989 ACTATAAATGAACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACA-TTTCTCAAGGAAAACACTC
1 ACTATAAATG-ACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTTCT-AAGGCAGACATTC
* * * * * *
133053 AATTATAATCTATTTTAA-CTAAATATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCACTAATGAGATTATA
64 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
133117 AAACTATTTTAAGTCAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAA-CGAATTTTTTTTGC
127 AAACTATTTAAAG-CAGTAATAAGGC-TTTAAAGGAATGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGC
* * * * * *
133181 CAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTC-CTATGGCAAACATACAATTACAATCTGTTTTAATCAC
189 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAATAT-TAATTACAATCTGTTTTAATCAA
* * * *
133245 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCCATTTAAAGCG
252 AAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
133302 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAA
AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
AGGTATAAGTG
Found at i:134163 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
133573 NNNNNNNNNN
* * * * * **
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGA
* * * * * * ** ** ** *
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* * *
133711 ATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAAGTAAAACAATTCAACTT
130 ATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
133753 AAAATCAATTATGGGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATAAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGA
* * * * ** *
133818 CTATAAATA-AACTTTT-TT-TGAATGAATGACTTTGTCTTCATGTTTTTCATAGCAGATAGTT-
66 CTATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCATAGCAGACA-TTC
* *
133879 AATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
129 AATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** * **
133922 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGTCATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTTGAAAATATGGGCA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTG
* * **
133986 ACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCATGGTGGACATTCA
65 ACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCATAGCAGACATTCA
** *
134051 GCTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCATCTT
130 ATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
* * ** *
134093 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGGATGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGA
* *
134158 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAAT-GCCATTTTCTTCATGTTT
66 CTATAAAAGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCC-TTGTCTTCATGTTT
134205 TCCAACATAG
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 77, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGA
CTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCCTTGTCTTCATGTTTCCCATAGCAGACATTCAA
TTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:134357 original size:133 final size:133
Alignment explanation
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Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
134109 TTATAAAACT
* * * *
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1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
* *
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66 AATGCCATTTTCTTCATCTTTTCCAACAAAGAT-ATCAATTATAATA-TATTTTAACAAAAAACA
134247 AAATC
129 AAATC
*
134252 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAT-C-AA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGCTAA
* *
134315 TGAATGGC-TTTTGCTTCATC-TTTCTCAAGGCAAACG-T-TCAATTATAATATATTTTAATAAA
64 TGAATGCCATTTT-CTTCATCTTTTC-CAA--CAAA-GATATCAATTATAATATATTTTAACAAA
134376 AAA
124 AAA
134379 AATAAAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
AATGCCATTTTCTTCATCTTTTCCAACAAAGATATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAACAAA
ATC
Found at i:134999 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 134246--136195 Score: 1647
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 169
134236 AACAAAAAAC
* * * * * * *
134246 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * **
134311 TCAATGAATGGCTTTTGCTTCATCTTTCTCAAGGCAAACGTTCAATTATAATATATTTTAATAAA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
**
134376 AAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * *
134417 AAAACGATTTAAAGC-AGGTAATAAGCCCTTCGAAGG-ATTGAGTGAATATAATTGGGCTTGTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * ** *
134480 T-ACGATCAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAAACATTTAATTGCAATCTGTTTTAAC
64 TGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * * * *
134543 CAACAATGTAAAAAAATTTCAACCTCAACTTAATTATGAGATTAT
127 CAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *** * *
134588 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTCAAAAGGCAGGGGTGACTATAAATAGG-CCTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT
* * ** * * * *
134652 GTCAACGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGAAGACAGTCAATTATAAT-TTTTTTAACAA
65 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
** * * *
134716 AAAATCCAATAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
134758 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
134822 TCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTTCAAAGGCAGGCATTCAATTATAATATGTTTCAACCAA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
* *
134887 AAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTGTGACG-TTAT
130 AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT
* * * ** * * *
134927 AAAACCTTTTAAAGTGAATAATAAAACTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGAATTTTGTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * *
134992 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTATTTTAACCTA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
** *
135057 AAATGTAAGAAAATTCAACCGAAAATCATTTATGAGATTAT
130 AAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
135098 AAAACCATTTATA--GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * * * **
135161 AGAATGAATTGCTTTTTCTTCATGCTTTC-TGCGTCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAAGTA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAG-GT-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
* * *
135225 AAAATATATAACAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
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* * *** * * *
135267 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGATTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * *
135332 TCAATGGATGGCTTTTGT-TTCATGTTTCTCAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
66 TCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
* * *
135396 AAAAAGTAAAACAATTTAATTTAAAATCAATTAT-AGGATTAT
129 AAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT
* * *
135438 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTT-TT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT
* * * ** * * ** *
135501 -TACAAATGAATGGGTTTTTCTTGATGTTTCTCAAGGTAAACATTTTATTAGAATCTGTTACAAT
65 GT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * *
135565 AAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATCAGATTAT
127 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
135609 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCCTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * ** * *
135673 TCAATGAATGACTTTGTCTTCATGTTTTTCACTGTAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACTAA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
* * * * *
135738 AAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATCAGATTAC
130 AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
135779 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** *
135844 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTCTCAAGGCAGACGGTCAATTATAATATGTTTTATCCAA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
* *
135908 AAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTAT
130 AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
135948 AAAACTATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
1 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * * * **
136012 ATTATTGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCTATGGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATAA
65 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
** *
136077 AAAACATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTAT-AGGATTAT
129 AAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT
* * * ** *
136120 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
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*
136185 TTAATGAATGG
66 TCAATGAATGG
136196 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1424, Mismatches: 306, Indels: 97
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 6 0.00
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AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:135119 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 135078--135120 Score: 52
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135068 AATTCAACCG
* *
135078 AAAATCATTTATGAGATTAT
1 AAAACCATTTATGAGATAAT
135098 AAAACCATTTAT-AGAGTAAT
1 AAAACCATTTATGAGA-TAAT
135118 AAA
1 AAA
135121 GCTTTTGAAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACCATTTATGAGATAAT
Found at i:135654 original size:681 final size:679
Alignment explanation
Indices: 134253--136194 Score: 1882
Period size: 681 Copynumber: 2.8 Consensus size: 679
134243 AACAAAATCA
* * ** * * * *
134253 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATG
1 TTTAAAGCGAATAATAAAACTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGAATTTTCGTGTCAATG
* * * * * ** **
134317 AATGGCTTT-TGCTTCATC-TTTCTCAAGGCAAACGTTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAA
65 AATGACTTTGT-CTTCA-CGTTTTTCACGGTAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACT-AAAAA
** * * * *
134379 AATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAA-GCAGGTAAT-AAG
127 TGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAACG-A-GTAATAAAG
* * * * * * * * *
134442 CCCTTCGAAGG-ATTGAGTGAATATAATTGGGCTTGTCTT-ACGATCAATGAG-TTTTTCTTCAC
190 -CTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTCTCTTGACAATGAATG-GCTTTTTCTTCAC
* * * * * ** * * * * *
134504 GTTTCTCAATGTAAACATTTAATTGCAATCTGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTTCAACCTC
252 -TTTCTC-AGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA-TTCAACTTA
* * * * *** **** *
134569 AACTTAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAA-AGTGAGTAATAATGCTTCAAAAGGCAGGGGTG
313 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTG
* * * * * * * * * ** *
134632 ACTATAAATAGGCCTTTCTTGTCAACGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGA-AGACAGTC
376 ACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCT-AAAACAGACATTC
* * ** * *
134696 AATTATAAT-TTTTTTAA-CAAAAA-ATCCAATAAAATTAAACCTCAAATCAATTAT-GAGATTA
440 AATTATAATATATTTTAATAAAAAACATAAAAT-AAATTCAACCTAAAATCAATTATAG-GATTA
* *
134757 T-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTT
503 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-TGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT
* ** * * *
134821 GTCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTTCAAAGGCAGGCATTCAATTATAATATGTTTCAACCA
567 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAAACATTCAATTAGAATATGTTACAACAA
* * * *
134886 AAAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTGTGACGTTATAAAACCT
632 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCACGTTATAAAACCT
* * * *
134934 TTTAAAGTGAATAATAAAACTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGAATTTT-GTTGTCAATG
1 TTTAAAGCGAATAATAAAACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCG-TGTCAATG
* * * * *
134998 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACACTCAATTATAATCTATTTTAACCT-AAAAT
65 AATGACTTTGTCTTCACGTTT-TTCACGGTAGACAATCAATTATAACCTATTTTAA-CTAAAAAT
* * * * *
135061 GTAAGAAAATTCAAC-CGAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTATA-GAGTAATAAAGCT
128 GTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAACGAGTAATAAAGCT
* *
135124 TTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGAGAATGAATTGCTTTTTCTTCATGCTTT
192 TTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCA--CTTT
* * * ** * *
135189 CTGC-GTCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATATATAACAATTCAACTTCAAATC
255 CT-CAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATC
*
135253 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGATTTGAGTGACTATA
318 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTGACTATA
* * *
135317 AATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTG-TTTCATGTTT-CTCAAAATAGACATTCAATTA
382 AATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTT-ATATTTCCT-AAAACAGACATTCAATTA
* * * **
135380 TAATATATTTTAATCAAAAAA-GTAAAA-CAATTTAATTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAAC
445 TAATATATTTTAAT-AAAAAACATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATAGGATTATAAAAC
135443 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTT-TT-TACAA
509 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGT-C-A
** * * ** * *
135506 ATGAATGGGTTTTTCTTGATGTTTCTC-AAGGTAAACATTTTATTAGAATCTGTTACAATAAAAA
571 ATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAGGCAAACATTCAATTAGAATATGTTACAACAAAAA
135570 ATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATCA-GATTATAAAACCT
635 ATAT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATCACG-TTATAAAACCT
* * * *
135616 TTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCCTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGA
1 TTTAAAGCGAATAATAAAACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCGTGTCAATGA
* *
135680 ATGACTTTGTCTTCATGTTTTTCACTGTAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAATGTA
66 ATGACTTTGTCTTCACGTTTTTCACGGTAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAATGTA
* * *
135745 AAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
131 AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAA-CGAGTAATAAAGCTTTT
* * * * *
135810 GAGGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTCTCAA
195 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTCTC-A
* *
135875 GGCAGACGGTCAATTATAATATGTTTTATCCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
259 GGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
135940 GGGATTATAAAACTATTTAATACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGAC
324 GAGATTATAAAACTATTTAATACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTGACTATAAATAGAC
* * *** *
136005 TTTTCATATTATTGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCTATGGCAGACATTCAATTATAGTATATT
389 TTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATT
*
136070 TTAATAAAAAACATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATAGGATTATAAAATCATTTAAAGC
454 TTAATAAAAAACATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
136135 GAGTAATAAGGCTTTCGACGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTTAATGAATG
519 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGTCAATGAATG
136195 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 165, Indels: 91
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
678 6 0.01
679 143 0.14
680 103 0.10
681 534 0.51
682 196 0.19
683 67 0.06
684 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (679 bp):
TTTAAAGCGAATAATAAAACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCGTGTCAATGA
ATGACTTTGTCTTCACGTTTTTCACGGTAGACAATCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAACGAGTAATAAAGCTTTTG
AAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTCTCAGG
CAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAATACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTGACTATAAATAGACTT
TTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTT
AATAAAAAACATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
TTCATGTTTTCAAAGGCAAACATTCAATTAGAATATGTTACAACAAAAAATATAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATCACGTTATAAAACCT
Found at i:138282 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 137964--138287 Score: 411
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
137954 TTTTAGGTTC
*
137964 AATTTTCTTACATATTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGAA
1 AATTTTCTTACATATTTGATTAAAATAGAATATAATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGAA
* * * *
138029 AAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATACCTTCGAAAGCTTTATCACTG
66 AAAGCCATTCAATAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGCATACCTTCGAAAGCTTTATCACTC
* *
138094 GCTTTATATAGTTTTATAATCTTATAAATGATCTTGGAATTG
131 GCTTCAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATCTTGGAATTG
* * * * * *
138136 AATTTTTTTACAT-TTATGATTAAAATAGATTGTAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGA
1 AATTTTCTTACATATT-TGATTAAAATAGAATATAATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGA
** * * * * *
138200 AAAAGCTGTTCAATGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TC-TAGGCTTTTGAAAGCTTTATTA
65 AAAAGCCATTCAATAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGCATA--CCTTCGAAAGCTTTATCA
*
138263 CTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCT
128 CTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCT
138288 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 21, Indels: 6
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 3 0.02
172 123 0.96
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AATTTTCTTACATATTTGATTAAAATAGAATATAATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAATATAAAGAA
AAAGCCATTCAATAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGCATACCTTCGAAAGCTTTATCACTC
GCTTCAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATCTTGGAATTG
Found at i:140553 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 140062--141269 Score: 772
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 168
140052 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * *
140062 GACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTTTCAGAGCAGATAT
1 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT-TTTTTAAG-GTAGACAA
* * *
140125 TCAATTATAATATATTTTAATACAAAAA-AGTGAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TCAATTATAAT-CATTTTAA-CCAAAAATA-T-AAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * * *** *
140189 ATGAAATAATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTAGAAGAAATGGGT
124 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * * * * ** *
140234 GACTATATATGGACTTTTCTT-ACTAATGAATGGCTTTTTCTTCGCGTTTCTTGAGACAGACATT
1 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACAAT
* * *
140298 CAATCATAATC-TGTCTTAACCTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATCAT-T-TTAACCAAAAATAT-AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** *
140362 ANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGTTTGAGT
126 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * ** *
140405 GACTATAAATGAACATTTCATGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCGCATTTTTTAAGGTAGACTTTT
1 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACAATC
** * *
140470 AATTATAATACATTTTAATTAGAAATATACAAAAATTAATCTTAAAATCAATTATTAGATTATAA
66 AATTATAAT-CATTTTAACCAAAAATATA-AAAAATTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
140535 AACCATTTAAATCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCCT-AG-
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * * * *
140574 GCTACTATAAGT-AGGCTTTCCTTGTCATTGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
1 G--ACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACA
* ** ** * * *
140638 ATCAATTACAATTTGTTTTAACCATCAATGTAAAGAAATTCAATTCTAAGATCAATTATGAGATT
63 ATCAATTATAA-TCATTTTAACCAAAAATATAAA-AAATT-AACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
140703 AGAAAACCAGATAAAGCTAGTGATAAGGTTTTCGAAGGCATGAGT
124 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * * * * *
140748 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATCACTTTTTCTTCATATTTATTGAGGTAAAGACTC
1 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACAATC
* * * * * *
140813 AATTATAATCTGTTTTAACCAAATACATAAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAA
66 AATTATAATC-ATTTTAACCAAAAATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ** *
140878 ACCATTTTAAGTGAGTGGTAAGGCTTTT-GAAGGATTG-GT
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * ** * * * *
140917 GACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATGACTTTTTCTTTATATTTTCCATGGCAAACAAA
1 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACAAT
* * *
140981 CAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
65 CAATTATAATC-ATTTTAACCAAAAATATAAAA-AA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
141046 AATCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCAAAAGCTTGGGT
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * *
141088 GACTATAAAT-AGACTTTTCTTAG-CAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGA-ACTTTTCTT-GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACAA
* *
141151 TCAATTATAAT-ATTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
64 TCAATTATAATCA--TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
141215 TAAATCTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGTTTGAGT
125 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGT
141259 GACTATAAATG
1 GACTATAAATG
141270 GATTTCATAT
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 196, Indels: 74
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 86 0.11
170 110 0.14
171 404 0.50
172 191 0.24
173 9 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGACAATC
AATTATAATCATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGT
Found at i:141157 original size:340 final size:343
Alignment explanation
Indices: 140400--141271 Score: 780
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 343
140390 TTTGAAGGTT
* * * ** * * * *
140400 TGAGTGACTATAAAT-GAACATTTCATGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCGCATTTTTTAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATAAATCACTTTTTCTTCACATTTATTAAGGTAA
** * ** ** * * * * * *
140464 ACTTTTAATTATAATACATTTTAATTAGAAATATACAAAAA-TTAATCTTAAAATCAATTATTAG
65 ACACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAGTCAA-CCTAAAATCAATTATAAG
* * * ** *
140528 ATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCCT-AG-GCTACTATAAGTAGG-C
129 ATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTG--ACTATAAAT-GGAC
* * * ** * * * ** * *
140590 TTTCCTTG-TCATTGAATGACTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTACAATTTG
191 TTTTCTTGCT-AATGAATGACTTTTTCTTTATATTTTC-CATGGCAAACAAACAATTATGATCTA
** * *
140653 TTTTAACCATCAATGTAAAGAAATTCAATTCTAAGATCAATTATGAGATTAGAAAACCAGATAAA
254 TTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTCAACTCTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCAGATAAA
* * * * *
140718 GCTAGTGATAAGGTTTTCGAAGGCA
319 GCGAGTAATAAAGTTTTCAAAAGCA
* * * * *
140743 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATCACTTTTTCTTCATATTTATTGAGGTAAA
1 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATCACTTTTTCTTCACATTTATTAAGGTAAA
* * * * * * *
140808 GACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATACAT-AAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATAT
66 CACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATAAGAT
* * * ** *
140872 TATAAAACCATTTTAAGTGAGTGGTAAGGCTTTTGAAGGATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
131 TATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
140936 TTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTATATTTTCCATGGCAAACAAACAATTATGATCTATTTTAAC
196 TTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTATATTTTCCATGGCAAACAAACAATTATGATCTATTTTAAC
* * * * **
141001 CAAAAATGTAAA-ACAATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCCATTTAAAGCGAGT
261 CAAAAATGTAAAGA-AATTCAACTCTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCAGATAAAGCGAGT
*
141064 AATAAAGTTTTCAAAAGCT
325 AATAAAGTTTTCAAAAGCA
* ** *
141083 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAG-CAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGTA
1 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATAAATCACTTTTTCTTCACATTTAT-TAAGGTA
* * * * *
141146 GACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATAAG
64 AACACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATAAG
* * * *
141211 ATTATAAATCTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGTTTGAGTGACTATAAATGGA
129 ATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGA
141272 TTTCATATCA
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 98, Indels: 25
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 128 0.31
341 137 0.33
342 75 0.18
343 77 0.18
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATCACTTTTTCTTCACATTTATTAAGGTAAA
CACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATAAGAT
TATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTATATTTTCCATGGCAAACAAACAATTATGATCTATTTTAAC
CAAAAATGTAAAGAAATTCAACTCTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCAGATAAAGCGAGTA
ATAAAGTTTTCAAAAGCA
Found at i:141789 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 141458--142401 Score: 601
Period size: 172 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
141448 AGTTAATTAT
* * * * * * *
141458 AATCTATTTTAACCAAAAAT-GCAAAAATATTCAACCTATAATCAATTATGAGATTATAAATCGA
1 AATCTATTTTAACTAAAAATAG-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * **
141522 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGCGAAGACATG-GACAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATA
65 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATA
** * *
141586 AATGGCCTTATCTTCATGTTTCTCACTGTAGACATTCAGCTA
128 AATGGCCTTATCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAACTA
* * * * * *
141628 TAATCTGTTTTGACTAGAAATA-TAAAAAATTGATCTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCA
1 -AATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
141692 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGGATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTT-CCTAATG
65 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATA
* * *
141756 AAT-GCCGTTTTCTTTATGTTT-TCTAAGGTAGACAATCAATTA
128 AATGGCC-TTATCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAATCAACTA
* * *
141798 AATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCAT
1 AATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * **
141863 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGGA
66 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAA
* * * * *
141928 TGG-CTTTTGCTTCATCGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTA
130 TGGCCTTAT-CTTCAT-GTTTCTCAAGGTAGACAATCAACTA
* * * * * *
141968 TAATATATTTTAA-TGAAAAAAAGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAC
1 -AATCTATTTTAACT-AAAAATAG-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** * * * * * *
142031 TAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAATTGGGCTTTTCTTGA-GA
63 -CATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCA
* ** * * * *
142095 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAAACAATCAATTGC
125 ATAAATGGCCTTATCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACAATCAACT-A
* * * * * * *
142141 AATCTGTTTTAACTAAAAGT-GTAAAGCAAATTCAACCTCAGAGT-AATTATGAGATTATAAAAC
1 AATCTATTTTAACTAAAAATAG-AAA-AAAATTGAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** * * *
142204 CATTTAAAGTGAGCAATAAAACTTCTGAAGG-ATAAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAA
63 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
* * * *** ** * * *
142268 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGACAGATAGTCAATTA
126 TAAATGGCCTTATCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAACTA
* * * * *
142312 TAAT-TTTTTCTAACCAAAAATTCA-AAAAAAATTAAACCTCAAAAT-AATTATGAGATTAGAAA
1 -AATCTATTT-TAACTAAAAA-T-AGAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
142374 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
61 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
142402 TTTTAGAAAA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 122, Indels: 68
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 30 0.05
170 220 0.36
171 70 0.11
172 273 0.44
173 24 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAAT
GGCCTTATCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAACTA
Found at i:142383 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 141763--142395 Score: 731
Period size: 344 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
141753 ATGAATGCCG
* * *
141763 TTTTCTTTATGTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTAAATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAT
1 TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATTAAATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAT
* * * ** * *
141828 TTAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
66 TCAACTCAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAAACTTCTAAAGGAT
** * *
141893 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCGTTTTCAAGGCAAA
131 AAAGTGACTATAAATAGACTTCTCGTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATCGTTTTCAAGGCAAA
* ** ** * *
141958 CATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAAAAGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAATTATAAGA
196 CAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAACAAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATAAGA
* *
142023 TTATAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAATTGGGCTTTT
261 TTAGAAACAAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAATTGGGCTTTT
142088 CTTGAGAATGAATGGGT
326 CTTGAGAATGAATGGGT
* * * *
142105 TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATTGCAATCTGTTTTAACTAAAAGT-GTAAAGCA
1 TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATT-AAATCTATTTTAACTAAAAATAG-AAA-AA
* * * ** *
142169 AATTCAACCTCAGAGT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAACTTCTGAA
63 AATTCAA-CTCAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAAACTTCTAAA
* * * * **
142233 GGATAAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-G-TTTCTTGT
127 GGATAAAGTGACTATAAATAGACTTCTCGTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATCGTTTTCAAG-
* * * **
142296 GACAGATAGTCAATTATAAT-TTTTTCTAACCAAAAATTCAAAAAAAATTAAACCTCAAAAT-AA
191 G-CAAACAGTCAATTATAATATATTT-TAACCAAAAAAACAAAAAAAATTAAA-CTCAAAATCAA
*
142359 TTATGAGATTAGAAA-AACATTTAAAGCGAGTAATAAG
253 TTATAAGATTAGAAACAA-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
142396 GCTTTTTTTT
Statistics
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0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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345 13 0.05
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Consensus pattern (342 bp):
TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATTAAATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAT
TCAACTCAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAAACTTCTAAAGGAT
AAAGTGACTATAAATAGACTTCTCGTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATCGTTTTCAAGGCAAA
CAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAACAAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATAAGA
TTAGAAACAAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCCTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAATTGGGCTTTT
CTTGAGAATGAATGGGT
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142392 TAAGGCTTTT
142402 TTTTAGAAAAACA
1 TTTTAGAAAAACA
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1 TTTTAGAAAAACA
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1 TTTTAGAAAAACA
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1 TTTTAGAAAAACA
142449 TTT
1 TTT
142452 CGAAAGCATG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 8
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
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12 9 0.27
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TTTTAGAAAAACA
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142393 AAGGCTTTTT
142403 TTTAGAAAAACA
1 TTTAGAAAAACA
142415 TTTTAGAAAAACA
1 -TTTAGAAAAACA
142428 TTT---AAAACA
1 TTTAGAAAAACA
142437 TTTAGAAAAACA
1 TTTAGAAAAACA
*
142449 TTTCGAAA
1 TTTAGAAA
142457 GCATGAGTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
9 9 0.24
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TTTAGAAAAACA
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142399 TTTTTTTAGA
142409 AAAACATTTTAGAAAAACATTT
1 AAAACATTTTAGAAAAACATTT
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1 AAAACATTTTAGAAAAACATTT
142452 CGAAAGCATG
Statistics
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AAAACATTTTAGAAAAACATTT
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142629 ATAGGTGATT
142639 ATAAATAGACTTTT-TTCACCA
1 ATAAATAGACTTTTCTTCACCA
* *
142660 ATAAATGGATTTTTCTTCAC
1 ATAAATAGACTTTTCTTCAC
142680 GTTTTTCGAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAATAGACTTTTCTTCACCA
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143221 CCCCAGGTAG
* * ** * * * *
143231 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGATACAGACAGTCAAGTATAATTTG
1 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-AGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
143296 TTTTAACCAAAAAATCTAAAAAAACTAAAC-CACAAATCAATTATGAAATTAAAAAACTATTTAA
65 TTTTAACC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTGA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
*
143360 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGA
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA
* * * * *
143403 ACTTTTCTTATCAATGAATGGCTGTTTTTTTCATGTTTCCAAAGGCAGGCATTCAATTATATTAT
1 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTT-CAGAGGCAGGCATTCAATTATAATCT
* * * * *
143468 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAACTTCAACTTAACATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* **
143533 CGAATAATAAGGCTTTCGGTGGCATAGGTGACTATAAAT-A
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA
* * * *
143573 GACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGATTCATGAGGTAGGCACTT-AATTATAATC
1 -ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCA-GAGGCAGGCA-TTCAATTATAATC
* * * *
143637 TATTTTAAGC-AAAATGTAAGAAAATGCAA-TCGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTA
63 TGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACT-GAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * ** * *
143700 AAGTGAGTGATAAGGCTTTGGAAGAAATAGGTGATTATAAATGG
126 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA
* * * * * **
143744 ACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTCTTTCTTCACGTTTTCTGAGACAGATATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCAGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTG
* *
143809 TTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTGAAAATTAATTATGAGA
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTGAAAATCAATTATGAGA
143856 ATGTAAAATC
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 71, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.04
170 158 0.43
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173 38 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
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ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGA
Found at i:145032 original size:342 final size:340
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Indices: 144398--146031 Score: 1381
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 340
144388 AACGAATGGG
* ** * **
144398 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTGCAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
144463 CTTTAAACCTCAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC-TTCTAAA
66 ATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA
* * * * ** * * * * *
144527 CGTAAGGGTGATTATAAATGGCCTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATCTCTTAAAG
130 GGTATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATAT-TCCTAAAA
* * * * * * * **
144592 CAGACAGTCAAGTATAATTTG-TTTAACCAAATATTCAAAAAACTTAAACCTCAAATCAATTATG
194 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATTTAAAAAA-TTCAACCGAAAATCAATTATG
* *
144656 AGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACT
257 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACT
*
144721 TTTCTTATC-AATGAATTGCT
322 TTTCTT-GCAAATGAA-TGCT
** * * *
144741 TTTTTTTCTCATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATATTATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
1 TTTTTTT-TCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * **
144805 ACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTCGAAA
65 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA
* * * * * *
144870 -GCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTGTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTCCTGAGA
130 GGTATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-ATTCCTAAAA
* * * *
144934 TAAACACTT-AGTTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTTAGAAAATTCAACCGAAAATCAATTATG
194 CAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAT-TTAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
144998 AGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGAAATAGATGACTGTAAATAGACT
257 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAAC-
* ** *
145063 TTTTTTTGTTAATAAATAGC-
321 TTTTCTTGCAAATGAAT-GCT
* * * * * * * * *
145083 TCTTTCTTCATGTTTTCTGAGACAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACA
1 TTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
145148 ATTCAATTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGATA-
66 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* ** * * * *
145212 GTTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATATCAAT-AGATAGCTTTTGCTTCATATTTTCC-AAA
131 GTATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATA--TTCCTAAA
* * * * *
145275 ACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTAT
193 ACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATTTAAAA-AATTCAACCGAAAATCAATTAT
* * * * ** * * * **
145340 GGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGAGT
256 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAAC
*
145405 TTTTCTTGCAAATGAATG-G
321 TTTTCTTGCAAATGAATGCT
* * * * * ** *
145424 GTTTTTTTAATGTTT-CTCGAGGCAAACATTTAATTACAATTTGTTGCAA-CAAAGAATATAAAA
1 TTTTTTTTCATGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAA
* * * * * * *
145487 AAATTCAAGC-TAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAAG-AAATAATAAGACTTT-T
64 AAATTTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
145549 AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGT-TTCCT
127 AAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCA--TATTCCT
* * * **
145613 CAAGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAATAT-AACTTAAAATCAA
190 -AAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATTTAAAAAAT-TCAACCGAAAATCAA
* * * *
145676 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAAT-GAGTGATTATAAA
252 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAG-GTGACTATAAA
** *
145740 TTGACTTTTCTTGCAAATGAATGAT
316 TAAACTTTTCTTGCAAATGAATGCT
* * * * * * * *
145765 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAATATTCAATTATAATCTGTCTCAACCCAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
145830 ATTTAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAG
66 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
* * * * * *
145893 GTTTGAGTGACTATAAATAGACA-TTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTC-TGTTTTCTAAA
131 GTATGGGTGACTATAAATAGA-ATTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGC-TTCAT-ATTCCTAAA
* * * * * **
145956 GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTAT
193 ACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATTTAAAA-AATTCAACCGAAAATCAATTAT
146021 GAGATTATAAA
256 GAGATTATAAA
146032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 209, Indels: 90
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 7 0.01
340 220 0.21
341 299 0.29
342 338 0.33
343 128 0.12
344 45 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG
GTATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCTAAAACA
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTTAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACTTTTC
TTGCAAATGAATGCT
Found at i:145400 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 144391--146031 Score: 1261
Period size: 170 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
144381 TTTAGCGAAC
* * * ** * **
144391 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTGCAATCTGTTTTAACCAAAAATG
1 GAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
144456 TAAAAAACTTTAAACCTCAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC-
66 TAAAAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
144520 TTCTAAACGTAA-GGGTGATTATAAATGGCCTTTTTTTGTCAAT
129 TTC-AAA-GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * * * * *
144563 GAATGGCTTTTTCTTCATATCTCTT--AAAGCAGACAGTCAAGTATAATTTG-TTTAACCAAATA
1 GAATGGCTTTTTCTTCATAT-T-TTCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * *
144625 T-TCAAAAAACTTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
64 TGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
144689 CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAAT
127 CTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * * * * *
144733 GAATTGCTTTTTTTTC-TCATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATATTATGTTTTAACCAAAA
1 GAATGGCTTTTTCTTCAT-AT-TTTCCAAA-ACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * **
144797 ATGTAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAACAATAAGGC
63 ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
144862 TTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTGTTGTCAAT
128 TTTC-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * * *
144905 GAATGGCTTTTTCTTCATGA--TTCCTGAGATAAACACTT-AGTTATAATCTGTTTTAACC-AAA
1 GAATGGCTTTTTCTTCAT-ATTTTCC-AAAACAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* ** * * *
144966 ATGTTAGAAAATTCAACCGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTGATAAGG
63 ATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * * * *
145031 CTTTTGAAGAAATAGATGACTGTAAATAGACTTTTTTTTGTTAAT
127 CTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTATCAAT
* * * * ** * * * * *
145076 AAATAGCTCTTTCTTCATGTTTTCTGAGACAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
1 GAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
145141 TAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTT
66 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** ** * * *
145206 TCGATA-GTTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATATCAAT
130 TC-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * * * * *
145247 -AGATAGCTTTTGCTTCATATTTTCCAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT
1 GA-ATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * *
145311 ATAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
65 GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * *
145376 TTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAAT-GAGTTTTTCTT-GCAAAT
129 TTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTATC-AAT
* * ** * * * **
145418 GAATGGGTTTTT-TT-A-ATGTTTCTCGAGGCAAACATTTAATTACAATTTGTTGCAA-CAAAGA
1 GAATGGCTTTTTCTTCATAT-TTTC-CAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-A
* * * * *
145479 ATATAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAAG-AAATAATAA
63 ATGT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAA
* * * *
145542 GACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTTACCAAT
125 GGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* ** * * * *
145588 GAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTCAAGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAAT
1 GAATGGCTTTTTCTTCATATTTTC-CAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
145652 GTAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCT
65 GTAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
145716 TT-AGAAGGAATGAGTGATTATAAATTGACTTTTCTT-GCAAAT
129 TTCA-AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AAT
** ** ** * * * * *
145758 GAATGATTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGAGACAAATATTCAATTATAATCTGTCTCAACCCAAAAT
1 GAATGGCTTTTTCTTCATATTTTC-CAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
*
145822 GTAAAAAAATTTAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
65 GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * *
145886 TTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCATATCAAT
129 TTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * * * * * * *
145928 GGATGGCTTTTGCTTTC-TGTTTTCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT
1 GAATGGCTTTTTC-TTCATATTTTCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
*
145992 GTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
65 GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
146032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 238, Indels: 111
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 39 0.03
170 561 0.48
171 317 0.27
172 231 0.20
173 24 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
Found at i:145565 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 144644--146031 Score: 1082
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 339
144634 CTTAAACCTC
* * * * *
144644 AAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGA-GTGA
* ** * ** * * * * * *
144708 CTATAAATAAACTTTTCTTATC-AATGAATTGCTTTTTTTTCTCATGTTTC-CAAAGGCAAGCAT
65 TTATAAATTGACTTTTCTT-GCAAATGAA-TGAGTTTTTCT-TAACGTTTCTC-GAGACAAACAT
* * * * * * * * * * *
144771 TCAATTATATTATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
126 TCAATTACAATCTGTCTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATAAT
** * * * * * **
144835 AAAACCATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTGTT
190 AAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTC-AAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
* * * * * * *
144899 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-ATTCCTGAGATA-AACACTT-AGTTATAATCTGTTTTAA
254 ATCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC--A-AAACAACA-TTCAATTATAATATATTTTAA
* * **
144961 -CCAAAATGTTAGAA-AATTCAACCGA
314 TCAAAAATG-TAAAACAATTCAACTTA
** ** * * *
144986 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGAAAT-AGATGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAG-TGA
* * * * ** * * * * * *
145050 CTGTAAATAGACTTTTTTTTGTTAATAAAT-AGCTCTTTCTTCATGTTT-TCTGAGACAGATATT
65 TTATAAATTGAC-TTTTCTTGCAAATGAATGAG-TTTTTCTTAACGTTTCTC-GAGACAAACATT
* * * * * * * * *
145113 TAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGACATTATA
127 CAATTACAATCTGTCTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATATGAGATAATA
* * * * * * ** * * *
145178 AAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGATA-GTTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATA
191 AAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTC-AAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATA
* *
145242 TCAATAGATAGCTTTTGCTTCATATTTTCCAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
255 TCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAAACA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
* *
145307 AAATATAAAACAATTCAACTGA
318 AAATGTAAAACAATTCAACTTA
* ** ** *
145329 AAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGAATGAGTGA
* * * * *
145393 TTATAAA-TGAGTTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTT-TTAATGTTTCTCGAGGCAAACATTTA
65 TTATAAATTGA-CTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGACAAACATTCA
*
145456 ATTACAATTTGT-TGCAA-CAAAGAATATAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAAATATGAGATAAT
129 ATTACAATCTGTCT-CAACCAAA-AATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAAT-AAATATGAGATAAT
* * * *
145518 AAAACCATTTAAAAG-AAATAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTT
190 AAAACCATTT-AAAGCAAATAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
* * * * * *
145582 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTCAAGAA-AACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGC
254 ATCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAA-AACAACATTCAATTATAATATATTTTAATC
145645 TAAAAATGTAAAA-AATAT-AACTTA
316 -AAAAATGTAAAACAAT-TCAACTTA
145669 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGAT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGAT
* * * *
145734 TATAAATTGACTTTTCTTGCAAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAATATTCAAT
66 TATAAATTGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGACAAACATTCAAT
* * * * * *
145799 TATAATCTGTCTCAACCCAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAATTATGAGATTATAAAACC
131 TACAATCTGTCTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATATGAGATAATAAAACC
* * * ** *
145864 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCATATCAATG
196 ATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAAT-
* *
145929 GATGGCTTTTGCTTTC-TGTTTTCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATG
260 GATGGCTTTTGC-TTCATGTTTTCCAAAAC-AACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATG
*
145993 TAAAACAAATCAACTTA
323 TAAAACAATTCAACTTA
146010 AAATCAATTATGAGATTATAAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAA
146032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 157, Indels: 85
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 7 0.01
340 223 0.26
341 300 0.35
342 223 0.26
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGAGTGAT
TATAAATTGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGACAAACATTCAAT
TACAATCTGTCTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATATGAGATAATAAAACC
ATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATG
ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAAACAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAA
AACAATTCAACTTA
Found at i:147031 original size:115 final size:115
Alignment explanation
Indices: 146817--147034 Score: 296
Period size: 115 Copynumber: 1.9 Consensus size: 115
146807 TTATAATATA
* *
146817 TTTTAATCAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * **
146882 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTTTT
66 TAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGCAACTATAAATAAACTTTTTTT
* * *
146932 TTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAGAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAA
1 TTTTAATC-AAAAAAGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
146995 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGCAACTATAAA
64 AATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGCAACTATAAA
147035 AGGACTTGTC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 12, Indels: 4
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
114 2 0.02
115 87 0.98
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (115 bp):
TTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
TAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGCAACTATAAATAAACTTTTTTT
Found at i:147128 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 146932--147246 Score: 440
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
146922 AACTTTTTTT
* *
146932 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-TAGAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTT-AA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* **
146995 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGCAACTATAAAAGGACTTGTCTTGTCAATAAACGGC
65 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAGATGGGCAACTATAAAAGGACTTGTCTTACCAATAAAC-GC
147060 C-TTGTCTTCATGTTTCCCACGGTAGGCATTCAGCTATAATCTG
129 CATTGTCTTCATGTTTCCCACGGTAGGCATTCAGCTATAATCTG
147103 TTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * * *
147167 ATTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACGCC
65 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAGATGGGCAACTATAAAAGGACTTGTCTTACCAATAAACGCC
*
147232 ATTTTCTTCATGTTT
130 ATTGTCTTCATGTTT
147247 TCCAATATAG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 15, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 56 0.45
172 65 0.52
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAGATGGGCAACTATAAAAGGACTTGTCTTACCAATAAACGCCA
TTGTCTTCATGTTTCCCACGGTAGGCATTCAGCTATAATCTG
Found at i:147780 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 147286--149324 Score: 1475
Period size: 170 Copynumber: 12.0 Consensus size: 169
147276 TTAACAAAAA
* * * **
147286 AAAATCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TA
* ** * * * ** * *
147351 -TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCG-CTCTCAAGACAGACATCCAATTATAATATATTTTAATA
64 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTCAT-GTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATA
*
147414 AATAAAGTAAAAAAATTTAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 AAAAAAGT-AAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * * * * * *
147457 AAAACGATTTAAAGTGGGTAATAAGCCCTTCGAAGGATTGAGGGAATATCATTGGGCTTGTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * * * * * * * * ** * * * **
147522 TGAATCAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAAACATTTAATTGCAATCTATTTGAACCA
65 TCAATGAATG-GCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAA
* * * * * * *
147586 ACAATGTAAAAAATTTCAACCTCAAATTAATTATGAGAATAT
129 AAAAAGTAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
147628 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTCTAAAGGCAAAG-GTGACTATAAATGGGCCTTTCTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTA
* ** * *
147692 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAATAA
64 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAA
** * *
147757 AAAAACCAACAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAAAGTAA-AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * **
147799 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTTC
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * *
147863 TCAATGAATGGCTTTTTTCTCATGTTT-TCGAAGGCATG-CATTCAATTATAATATGTTTTAACT
65 TCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCG-AGGTA-GACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T
* * * *
147926 -AAAAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
127 AAAAAAAGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
147968 AAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * * * * ****
148033 TCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCTG
65 TCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAA
* * **
148098 AAATGTAAGAAAATTTAACCGAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAAAGTAA-AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
148139 AAAACCATTTATA--GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTA
* * *
148201 GCCAATGAATAG-TTTTTTCTTCATGTTTCCC-ACGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
64 GTCAATGAATGGCTTTTTT-TTCATGTTTCCCGA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-
*
148264 TAAAAATA-TAAAACAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTAT
126 TAAAAAAAGTAAAA-AATT-AAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** *
148308 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGATGGTTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCATA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TA
* * * ** *
148373 -TCAATGGATGGCTTTTATTTCATGTTTCCCAAAATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
64 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-A
* *
148437 AAAAAAGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTAT
128 AAAAAAGTAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** *
148480 AAAACTATTCAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT--
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * * * * * * * **
148543 TACAAATAAATGGGTTTTTCTTGATGTTTCCCGAGGTAAACATTTAATTACAATCTGTTACAATA
65 T-C-AATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATA
*
148608 AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 AAAAA-AGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
148651 AAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCT-AGGTGACTACAAATAGACTTTTCTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGA-ATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTA
* *** * * * * * ** * *
148715 GTCAATGAATGACTTTGCCTTCACGTTTACC-ACTGCAGACAATCAATTATAACCT-ATTTAACC
64 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T
* * * * * *
148778 AAAAATA-TAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATCAAATTAC
127 AAAAAAAGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
148821 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TA
* * * * * * * * *
148886 -TCAATGAATGACTTTTTCTACATG-TTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATATGTTTTATTCA
64 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-A
* * *
148949 AAAATA-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTAT
128 AAAAAAGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
148990 AAAATCATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
1 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T
* * * * * * * *
149054 A-TTATTGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTCCC-ATGGAAAACATTCAATTATAGTATATTTTAA
63 AGTCAATGAATGGCTTTT-TTTTCATGTTTCCCGA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * *
149116 TAAAAATA-TAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGGGATTAT
126 TAAAAAAAGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * *
149160 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG
* * * * *
149225 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA-ATCATTCAATT-CAATATGTTTTAACT-
65 TCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATATGTTTTAA-TA
* * *
149287 AAAAATGTAAAAACATTCATCTTAAAATCAATTATGAG
128 AAAAAAGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
149325 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1493, Mismatches: 307, Indels: 137
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 314 0.21
170 519 0.35
171 498 0.33
172 152 0.10
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT
CAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
AAAGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:148060 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 147286--149324 Score: 1768
Period size: 340 Copynumber: 6.0 Consensus size: 338
147276 TTAACAAAAA
* * * * * * *
147286 AAAATCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ** * *
147351 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCG-CTCTCAAGACAGACATCCAATTATAATATATTTTAATAA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAA
* ** * * *
147415 ATAAAGTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGTGGGTAATA
129 A-AAAAT-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * * ** * *
147480 AGCCCTTCGAAGG-ATTGAGGGAATATCATTGGGCTTGTCTTGTGAATCAATGAGTTTTTCTTCA
192 AGGCTTTTGAAGGTA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA
* * * * ** * * * * * * *
147544 CGTTTCTC-AATGTAAACATTTAATTGCAATCTATTTGAACCAACAATGTAAAAAATTTCAACCT
256 TGTTT-TCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-TTCAACTT
* * *
147608 CAAATTAATTATGAGAATAT
319 AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
147628 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAATGC-TTCTAAAGGCA-AAGGTGACTATAAATGGGCCTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATAA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * *
147691 AGTCAATGAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAATA
64 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATA
* * *
147756 AAAAAACCAACAAAATTAAACCTCAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAAT
128 AAAAAA-TAA-AAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
147820 AAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTT-TCT
191 AAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGGTTTTTCT-T
** * *
147883 CATGTTTTCGAAGGCATGCATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACTTCAACTT
254 CATGTTTTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTT
*
147948 AAAATCAATTATGAGGTTAT
319 AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
147968 AAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
148033 TCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCT-
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TA
* ** * *
148097 GAAATGTAAGAAAATTTAACCGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTATA--GAGTAATA
128 AAAAAATAA-AAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
148160 AAGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCA
192 AGGCTTTTGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA
* * * * *
148224 TGTTTCCCACGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAAATTA
256 TGTTTTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACTTA
148289 AAATCAATTATGAGATTAT
320 AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * * *
148308 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGATGGTTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCATA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** *
148373 TCAATGGATGGCTTTTAT-TTCATGTTTCCCAAAATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
66 TCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCC-AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-A
* * * * *
148437 AAAAAAGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTCAAAGCGAATAAT
128 AAAAAA-TAAAA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
148502 AAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATGGGTTTTTCTTG
191 AAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * * * * **
148566 ATGTTTCCCG-AGGTAAACATTTAATTACAATCTGTTACAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
255 ATGTTT-TCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAATTCAAC
148629 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
317 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * *
148651 AAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTAGGTGACTACAAATAGACTTTTCTAG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * * * ** * *
148716 TCAATGAATGACTTTGCCTTCACGTTTACCACTGCAGACAATCAATTATAACCT-ATTTAACCAA
66 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAA
* * * * *
148780 AAATATAAAAACATTTAA-CTCAAAATCAATTATCAAATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
129 AAAAATAAAAA-ATTTAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * ** ** *
148844 AGGCTTTTGAGGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTACAT
192 AGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
* * * *
148909 GTTCTC-AAGGCAAACAGTCAATTATAATATGTTTT-ATTCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAA
257 GTTTTCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
*
148972 AATCAATTATGGGATTAT
321 AATCAATTATGAGATTAT
* * ** *
148990 AAAATCATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
1 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * *
149054 ATTATTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATAA
65 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAA
* * * * *
149119 AAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGGGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
129 AAAAAT-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
149184 GGCTTTCGACGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
193 GGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
* * * * *
149248 GTTTCTCG-AGGTAATCATTCAATT-CAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCATCTTA
257 GTTT-TCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTA
149311 AAATCAATTATGAG
320 AAATCAATTATGAG
149325 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
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344 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
AAATAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
TCGAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTAT
Found at i:149721 original size:162 final size:150
Alignment explanation
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Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
149441 AAGGCTTTCA
* *
149451 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCATATCAATAGATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCCAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCATATCAATAGATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA
* * *
149516 AATAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
66 AACAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATACAACTTAAAATCAATT
*
149581 ATAAGATTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAAT
129 ATAAGATTACAAAACCAT----------TAAT
* *
149613 AAGGCTTGAGTGACT-TCAAATGGGCTTTTCATATCAATAGATGGCTTTTT-TATCACGTTTCCC
1 AAGGCTTGAGTGACTAT-AAATGGACTTTGCATATCAATAGATGGCTTTTTCT-TCACGTTTCCC
* ***
149676 AAAGCAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAGTTGAAAAA-GTAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
64 AAAACAAACATTCAATTATAATTTTTTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAATACAACTTAAAATCAAT
*
149740 TATGAGATTACAAAAC
128 TATAAGATTACAAAAC
149756 ATTTTAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
160 32 0.25
161 6 0.05
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163 5 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.34
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AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCATATCAATAGATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA
AACAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATACAACTTAAAATCAATTAT
AAGATTACAAAACCATTAAT
Found at i:150249 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 149952--151828 Score: 1441
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 170
149942 NNNNNNNNNN
* * *
149952 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * * ** ** * *
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* * * * * * *
150082 ACAATCTATTTCAACTAAAAGTGTAAAGAGATTCAACCTAA
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* * *
150123 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCAT-AGCTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGAC
* * * * * * *
150187 TATAAATAGGCTTCTATTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAT
65 TATAAAT-GGCTTCTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAAT
** *
150252 TATAATATGCTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
129 TATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*
150293 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * * * *
150358 AT-AATGGACATT-T-TGTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTCAAGGTAGACACTCAA
66 ATAAATGG-C-TTCTCT-TATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAA
* * *
150420 TTATAATATA-TTTAA-TGAAAAATATAAAACAATTTTAACTTAA
128 TTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAA
********** * *
150463 AATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTT-AGATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGAC
* * * *
150527 TATAAATGGACTTCTC----CAATGAATGGC--TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAAT
65 TATAAATGG-CTTCTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAAT
* * *
150586 TATATTTTATTTTAA-TAAAAAATGGTAAAAAAATTCAACCTAA
129 TATAATATATTTTAACT-AAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** *
150629 AATCAATTATGAGATTGTAAATCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGAGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
** * * * **
150694 ATAAATGAAATTTTCTTATCAATGAAT-AGCTTTTTCGTCATGTTTACT-GAGGTAGGCACTT-A
66 ATAAATG-GCTTCTCTTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGCAAACA-TTCA
** * *
150756 ATTATAACCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATT-AAGCCTAA
127 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAA
* * * * * * * **
150800 AATCAATCATGTGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAACT-AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* ** * * * * *
150864 TATAAATGGATTCTTCTTGCCAATGAAAG-CTCTTTTCTTCACGTTTCTAGGGGCAAATATTCAA
65 TATAAATGGCTTC-TCTTATCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAA
* * * * *
150928 TTATAATCTATTTGAACCAAAAACGTAAAAAAATTTAACTTAA
128 TTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** * *
150971 AATCATTTTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAG-TATGGGTGA
1 AATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGA
* ** * * **
151035 CTATAAATGGACTTGTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAA
64 CTATAAATGG-CTTCTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAA
* * * *
151100 TTAGAATATGTTTTAA-TAAAAATCGTAAAACATTTCAACTTAA
128 TTATAATATATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * *
151143 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTGGAAGGCTTAAATTACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* ** * * * * * * *
151208 ATAAATGGACTTTTAATATCAATGGATGGCATTGTCTTCATGTTTC-CCACTGCAAACAATCAAT
66 ATAAATGG-CTTCTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAAT
* ** *
151272 TATAATATGTTTTAAGAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
129 TATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
151314 AATCAATTATCAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATA-GCTTTTGAGGGCATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* * * * * * *
151378 TATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGAAT-AGTTTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGCAAACAATCAA
65 TATAAATGG-CTTCTCTTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAA
* * * * *
151442 TTATAATCTATTTTATCCAAAAATAT-AAAACATTCAACTTAA
128 TTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
151484 AATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGA-AAGGCTTTCGATGGTTTAAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
** * * * * * * * *
151548 TATAAATAAACTTCTCATT-TCATTGGATCG-CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGCCAGATATTCA
65 TATAAAT-GGCTTCTC-TTATCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCA
* *
151611 ATTATAGTATATTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
127 ATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
151655 AATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * *
151720 ATAAATAGGCTTTTCTTA-CTAATGAATGGGC-TATTCTTCATG-TTC-CCATGGTAAACATTCA
66 ATAAAT-GGCTTCTCTTATC-AATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCA
* * * * *
151781 ATT-CAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAA
127 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
151824 AATCA
1 AATCA
151829 TGTTTTTCAA
Statistics
Matches: 1364, Mismatches: 282, Indels: 122
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 32 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGGCTTCTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTA
TAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:151062 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 149952--151686 Score: 862
Period size: 343 Copynumber: 5.1 Consensus size: 337
149942 NNNNNNNNNN
* * * * * *** *
149952 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAGCAGGAGTGACA
* *** * * * * **
150017 GTAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAACAAG-ATTTTC-TACATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAA
66 ATAAATGAAATTGTCTTACCAATGAA-TAGCTTTTTCGT-CATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAA
* * * * *
150080 TTACAATC-TATTTCAACTAAAAGT-GTAAAGA-GATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
129 TTAGAA-CATATTTTAA-TAAAAATCGTAAA-ACAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTATA
* * *
150142 AAACCATTTAAAGCGAGTAA-TGAGGCTTTTGAAGGCAT-AGCTGACTATAAATAGG-CTTCTAT
191 AAACCATTTAAAGTGAGCAACT-AGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAAT-GGACTTC---
* * * ** * * * * * * *
150204 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGCTTT-AAC
250 T-CCAATGAAAGGC--TTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAAATATTCAATTATAATCT-ATTTGAAC
* *
150268 -AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAA
311 AAAAAATCGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * **
150293 AATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCACTT-AAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAGCAGGAGTGAC
* * * * * * * * * * * *
150357 TAT-AATGGACATT-T-TGTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTCAAGGTAGACACTCA
65 AATAAAT-GAAATTGTCT-TACCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCA
* * * * * * **
150419 ATTATAATATA-TTTAATGAAAAAT-ATAAAACAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTANN
128 ATTAGAACATATTTTAAT-AAAAATCGTAAAACAA-TTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTATA
******** * * * * *
150482 NNNNNNNNTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAAG-CTTAGATGACTATAAATGGACTTCTCCA
191 AAACCATTTAAAGTGAGCAACT-AGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTCTCCA
* * * * * * * * *
150545 ATGAATGGCTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATATTTTATTTTAATAAAAAATG
254 ATGAAAGGCTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAATC
150610 GTAAAAAAATTCAACCTAA
319 GTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * *
150629 AATCAATTATGAGATTGTAAATCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGAGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAGCAGGAGTGACA
* * *
150694 ATAAATGAAATTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTTACT-GAGGTAGGCACTT-AA
66 ATAAATGAAATTGTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTT-CTCGAGGCAGGCA-TTCAA
* * * *
150757 TTATAACCTATTTTAACTAAAAAT-GTAAGAA-AATT-AAGCCTAAAATCAATCATGTGTTTATA
129 TTAGAACATATTTTAA-TAAAAATCGTAA-AACAATTCAA-CCTAAAATCAATCATGAGATTATA
*
150819 AAATCATTTAAAGTGAGCAACTAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTCTTCTTGC
191 AAACCATTTAAAGTGAGCAACTAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA--CTTC-T-C
* * *
150884 CAATGAAAGCTCTTTTCTTCACGTTTCTAGGGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAA
252 CAATGAAAG-GC-TTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAA
* *
150949 AA-CGTAAAAAAATTTAACTTAA
315 AATCGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * ** * *
150971 AATCATTTTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGTATGG-GTGA
1 AATCA-ATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAGCA-GGAGTGA
* * * * * **
151035 CTATAAATGGACTTGTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAA
64 CAATAAATGAAATTGTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAA
* * * * *
151100 TTAGAATATGTTTTAATAAAAATCGTAAAACATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
129 TTAGAACATATTTTAATAAAAATCGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTATAAAA
* * * ** * * * * *
151165 CCATTTAAAGTAAGTAA-TATGGCTTTGGAAGGCTTAAATTACTATAAATGGACTTTTAATATCA
194 CCATTTAAAGTGAGCAACTA-GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC--TT-CT-CCA
* * * * ** * * * * * *
151229 ATGGATGGCATTGTCTTCATGTTTCCCA-CTGCAAACAATCAATTATAATATGTTTTAAGAAAAA
254 ATGAAAGGC-TT-TCTTCACGTTT-CTAGAGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAA
* *
151293 A-AGTAAAAAAATTCAACTTAA
316 ATCGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * ** ** *
151314 AATCAATTATCAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATA-GCTTTTGAGGGCATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGCAATA-AGGCTTTCAAAAGCAGGAGTGAC
* * * * * * * ** * * ** *
151378 TATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGCAAACAATCAAT
65 AATAAATGAAATTGTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAAT
* * * * *
151443 TATAATC-TATTTT-ATCCAAAAAT-ATAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAA
130 TAGAA-CATATTTTAAT--AAAAATCGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTATAA
* * * * * ** * **
151504 AACCATTTAAAGCGAGTAGA-AAGGCTTTCGATGGTTTAAGTGACTATAAATAAACTTCTCATTT
192 AACCATTTAAAGTGAGCA-ACTAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTC----
* * ** * * * * * * * *
151568 CATTGGATCGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA-AGCCAGATATTCAATTATAGTATATTTTAATAAA
252 CAATGAAAGGC-TTT-CTTCACGTTT-CTAGAGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACAAA
* *
151632 AAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAA
314 AAATCGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * *
151655 AATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAG
151687 TGAGTAACAA
Statistics
Matches: 1118, Mismatches: 220, Indels: 112
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 3 0.00
334 36 0.03
335 6 0.01
336 92 0.08
337 106 0.09
338 26 0.02
339 28 0.03
340 113 0.10
341 249 0.22
342 156 0.14
343 297 0.27
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAAGCAGGAGTGACA
ATAAATGAAATTGTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAATT
AGAACATATTTTAATAAAAATCGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTGAGCAACTAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCCAATGAAAG
GCTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAATCGTAAAAA
AATTCAACCTAA
Found at i:151590 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 149952--154082 Score: 1768
Period size: 341 Copynumber: 12.3 Consensus size: 338
149942 NNNNNNNNNN
* * * *
149952 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * ** * * *
150017 GTAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAACAAG-ATTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAAT
* * * * * * *
150081 TACAATCTATTTCAACTAAAAGTGTAAAGAGATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
150146 CATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCAT-AGCTGACTATAAATAGG-CTTCTATTGTCA
194 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAAT-GGACTTCTCTT-TCA
* * * *** * * ** *
150209 ATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGCTTTAACAAAAAT
256 ATGAATGGC-TTTGCTTCATG-TTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
150274 A-TAAAAAAATTCAACTTAA
319 AGTAAAAAAATTCAACTTAA
* *
150293 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
150358 AT-AATGGACATTTT-GTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACACTCAA
66 ATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAAACATTCAA
* * ** * * ****
150420 TTATAATAT-ATTTAATGAAAAATATAAAACAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNN
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
****** * * *
150484 NNNNNNTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTT-AGATGACTATAAATGGACTTCTC---CA
192 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTCTCTTTCA
** * * * * *
150545 ATGAATGGCTTT-CTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATATTTTATTTTAATAAAAAAT
256 ATGAATGGCTTTGCTTCATGTTTC-CCAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA-
* *
150609 GGTAAAAAAATTCAACCTAA
319 AGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
150629 AATCAATTATGAGATTGTAAATCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGAGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * **
150694 ATAAATGAAATTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTTACT-GAGGTAGGCACTT-AA
66 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAAGTAAACA-TTCAA
* * * * * * *
150757 TTATAACCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATT-AAGCCTAAAATCAATCATGTGTTTATAAA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * ** *
150821 ATCATTTAAAGTGAGCAACT-AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-TTCTTCTTGC
192 ACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTC-TCTT-T
* * * * * * * * *
150884 CAATGAAAGCTCTTTTCTTCACGTTT-CTAGGGGCAAATATTCAATTATAATCTATTTGAACCAA
254 CAATGAATG-GCTTTGCTTCATGTTTCCCA--GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAA
* *
150948 AAACGTAAAAAAATTTAACTTAA
316 AAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** * * *
150971 AATCATTTTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGTATGGGTGAC
1 AATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* ** * * * **
151036 TATAAATGGACTTGTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAAT
* * * * * *
151101 TAGAATATGTTTTAA-TAAAAATCGTAAAACATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * * * * * *
151165 CCATTTAAAGTAAGTAATATGGCTTTGGAAGGCTTAAATTACTATAAATGGACTTTTAATATCAA
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCT-CTTTCAA
* * * * * *
151230 TGGATGGCATTGTCTTCATGTTTCCCACTGCAAACAATCAATTATAATATGTTTTAAGAAAAAAA
257 TGAATGGCTTTG-CTTCATGTTTCCCA-GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAA
151295 GTAAAAAAATTCAACTTAA
320 GTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
151314 AATCAATTATCAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATA-GCTTTTGAGGGCATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * *
151378 TATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGCAAACAATCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAAT
* * * * *
151443 TATAATCTATTTTATCCAAAAATATAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACC
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * ** *
151508 ATTTAAAGCGAGTAGA-AAGGCTTTCGATGGTTTAAGTGACTATAAATAAACTTCTCATTTCATT
195 ATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTC-TTTCAAT
* * * * * * *
151572 GGATCGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGCCAGATATTCAATTATAGTATATTTTAATAAAAAAAG
258 GAATGGC-TTTGCTTCATGTTTCCC-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAAG
151637 TAAAAAAATTCAACTTAA
321 TAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
151655 AATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * *
151720 ATAAATAGG-CTTTTCTTA-CTAATGAATGGGC-TATTCTTCATG-TTC-CCATGGTAAACATTC
66 ATAAAT-GGACTTTTCTTATC-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-AGTAAACATTC
* * *
151780 AATT-CAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC-ATGT-T----TT-TC
127 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAAT-TATGAGATTATA
** * * * ** * * * * * * *
151837 AAGGCTTTTGACAGCGTG-GGT--GAC-TATAAATGGACTTTTATTG-TTAATGAATGG-C-T-T
190 AAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GG-C-TTGAGTGACT-ATAAATGGACTTCT
** * *** * * * ** * * * * *
151894 -TTTC--T---TCACATTT-C-TCATGGTAGACAGTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT
250 CTTTCAATGAATGGC-TTTGCTTCATGTTTCCCAGGCAA--ACATTCAATTATAA--TATATTTT
** * * *
151951 AA-AATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
310 AACAA-AA---AAAGTAAAA--AAAT-TCA-ACT-TAA
* * * * ** * *** * * * ***** *
151988 AACCATTTAAGGCGAGCA-ATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGATTTTTTTTGA
1 AATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTT--AAAGC--GAGT-A--AT-AA-GGCTTTCGAAGGC
* * ** ** ** **** * **
152052 ATGAAT-AGCTTTATTTTCA-TGTTTCCCA-CAGCA-GATATTTAATTATAAT-ATGTTT-T--A
56 ATGAGTGA-CTATAAATGGACT-TTTCTTATCA--ATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA
** * ** * * ** * *
152109 ACAAAAAATAT-AA--A-AAAAT-TTCT--CCTAAAATA-ATGAGATT--A--T-AAATCCATT-
116 AGTAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * ** * * * *
152160 TAAAGCTCGTAAGAAGGC-TTTCAAA--G-G-CATCA-GC-----AA--CTATAAGTGGACT-T-
180 T-GAGATTATAA-AA-CCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGT-GACTATA
* * ** * * * * * *
152210 -TT---CTTATCAATAAATG-G---CTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAACTATAT
239 AATGGACTTCTCTTTCAATGAATGGCTTTG-CTTCATGTTTC-CCAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * *
152267 TTTGTTTTAATC--AAAATGTGAAAAAAATTCATCTTAA
302 TATATTTTAA-CAAAAAAAGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
152304 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTT-TAAGGGGATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGAC
* * * * * *
152368 TTTGAATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGTG-TTTTTCTTCATGTTTC-CCATTA-AAAACATT
65 TATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA--AGTAAACATT
* * * ** * * *
152429 CAAGTACAGTCTG-TTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCAAAAATCAGTTATGAGATTAGA
126 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * * *
152493 AAACCATTTACAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT-T
* ** * * * * *
152558 CAATGAATGGCTTTGTCTTAACT-TTTCCCACTACAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAA
254 CAATGAATGGCTTTG-CTTCA-TGTTTCCCA-GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAA
*
152622 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
316 AAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
** * * *
152645 AATCAATTACAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTT-GAGGGCATGGGT-AG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGA-
** * * * * *
152708 CTATAAACAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGATAGTCA
64 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAAACATTCA
* * *
152772 ATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATCATAAAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
152837 TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAATGTTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATATT-A
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTC-T-TTCA
* * * * * * * * * * *
152901 TTGGATGGCTTTTGTTTTACGTTTTCCAAGGTAGATATTCAATTATAGTATATTTTAATC-GAAA
256 ATGAATGGC-TTTGCTTCATG-TTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA
152965 AAGTAAAAAAATTCAACTTAA
318 AAGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
152986 AATCAATTATGGGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
153051 ATATATGGGCTTTTCTT-GCTAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCGAGGTAAACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAAT
* * * * * *
153115 T-CAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAGCTAAAATC-ATGT-T----TT-TCAAG
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAA
* ** * * * * ** *
153172 GC-TTTTGA-C-AG-CAT--GG---GTG-A--C-T-A-T-A-AATAGAT--TTTTCT-TGTCAAT
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTTCAAT
* * * * * * * *
153217 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTC-GGTAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
258 GAATGGC-TTTGCTTCATGTTTC-C-CAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAA
* *
153281 A-TAAAAACATTCAACCTAA
319 AGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
153300 AATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-AATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * * * *
153364 ATAAATGGATTTTTTTTTTGCAATGAATGACTTTGTCTTCGTGTTTCGC-ACAGCAGATAGTCAA
66 ATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-AGTAAACATTCAA
* * * * * *
153428 TTATAATATGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCCACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAT
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** *
153493 CTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT-TCAA
* * * * * ** * ** *
153558 TAAATAGCTTTGTCTTCATGTTGCTCACGGCAAAGATTCAGCTATAATCTGCTTTAATCAAAAAT
257 TGAATGGCTTTG-CTTCATGTTTCCCA-GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAA
153623 A-TAAAAAAATT-AATCTTAA
319 AGTAAAAAAATTCAA-CTTAA
* * * *
153642 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGAGG-ATAAGCGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGAC
** * * * *
153706 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACATTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACAATCA
65 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAAACATTCA
* * * * ** **
153769 ATTAAAAT-TGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTACAAGATTATAAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
153833 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAGTAGACTT-T-TTATGC
192 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT-T--
* ** * * * * *
153896 CAATGGATAACTTTTACTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCGATTATAATATATTTTAAC-CAG
254 CAATGAATGGC-TTTGCTTCATG-TTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
153960 AAA-TATAAAAAATTCAACTTAA
317 AAAGTA-AAAAAATTCAACTTAA
* ** * * *
153982 AATCAATTATTAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAATGCATGGGTGTC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
*
154047 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTT
65 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTT
154083 GTCGACGTTT
Statistics
Matches: 2816, Mismatches: 723, Indels: 502
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
306 8 0.00
307 28 0.01
308 5 0.00
309 4 0.00
310 8 0.00
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312 3 0.00
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331 13 0.00
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344 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTTCAATGAA
TGGCTTTGCTTCATGTTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAAGTAAAA
AAATTCAACTTAA
Found at i:152384 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 151853--153160 Score: 1001
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
151843 TTTGACAGCG
* * * * * * *
151853 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGA
* * * * *
151918 CAGTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
151983 TATAAAACCATTTAAGGCGAGCAATAAGG-TTTTCGAA-GGCT
130 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT--AAGGGCA
** * * * * * * *
152024 TGAATGACTATAAATGGA-TTTT-TTTTGAATGAATAGCTTTATTTTCATGTTTCCCACA-GCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCA-AGGCAG
* * * * * *
152086 ATATTTAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTTC-TCCTAAAAT--A--ATGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC--AAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * *
152145 GATTATAAATCCATTTAAAGCTCGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCA
127 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCA
** ** * * *
152189 TCAGCAACTATAAGTGGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGA
* * * *
152254 CATTCAACTATATTTTGTTTTAATCAAAATGTGAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
152319 TATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTAAGGGGA
130 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCA
* * * * * * * ****
152360 TGGGTGACTTTGAATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGTG-TTTTTCTTCATGTTTCCCATTAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATG-GCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCA
* * * * * * ** *
152423 AACATTCAAGTACAGTCTG-TTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCAAAAATCAGTTATGAG
64 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * *
152487 ATTAGAAAACCATTTACAGAAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACA
128 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCA
* * * * ***
152530 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTAACTTTTCCCACTACAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGA
* * * **
152595 CAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
152660 TACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAGGGCA
130 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCA
** *
152701 TGGGT-AGCTATAAACAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCATTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGCA
1 TGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCA
* * * * *
152764 GATAGTCAATTATAATCTGTTTT-ATCCAAAA-ATATAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGA
64 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
152827 GATCATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA-TGTT
127 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGCA
* * * * * * * *
152871 TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATATTATTGGATGGCTTTTGT-TTTACGTTT-TCCAAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTGTCTTCACGTTTCT-CAAGGCA
* * * * * *
152934 GATATTCAATTATAGTATATTTTAATCGAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGG
64 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
152999 ATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCT
128 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGGCA
* * * * * * * * * * *
153042 TGAGTGACTATATATGGGCTTTTCTT-GCTAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCGAGGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAG
* * *
153106 ACATTCAATT-CAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAGC-TAAAATCA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCA
153161 TGTTTTTCAA
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 200, Indels: 77
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 46 0.05
166 17 0.02
167 64 0.07
168 2 0.00
169 75 0.08
170 304 0.34
171 382 0.42
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCA
Found at i:153851 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 153190--154082 Score: 869
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
153180 CAGCATGGGT
* * * * * *
153190 GACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTC--GGTAGATAG
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATGTTT-TCTCAAGGCAGACAG
* * * *
153253 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTAT
64 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
153318 AAAACCATTTAAAGCGAG-AATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGT
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGC
* * * * * * *
153360 GATTATAAATGGATTTTTTTTTTG-CAATGAATGACTTTGTCTTCGTG-TTTCGCACA-GCAGAT
1 GACTATAAATGGA--CTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATGTTTTCTCA-AGGCAGAC
* * * * *
153422 AGTCAATTATAATATGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCCACCTAAAATCAATTATGAGATT
62 AGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
153487 ATAAATCTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGC
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGC
* * * * * * * * *
153532 AACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTGTCTTCATG-TTGCTCACGGCAAAGATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGCAGACAGT
** * * *
153596 CAGCTATAATCTGCTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT-AATCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
153660 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGAGG-ATAAGC
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGC
* *
153703 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACAAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC-TTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGCAGACAGT
* * * ** **
153767 CAATTAAAAT-TGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTACAAGATTATA
65 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
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* * * * * *
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1 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGCAGACAG
* * * *
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64 TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
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* **
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154286 NNNNNNNNNN
* ** ** *
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* * ** * * * * * *
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*
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* * * *
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* * ** * * *
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65 TATC-AATGA-ATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
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* * ** * * * ** * * * *
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* * * **
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65 TATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
154764 AAAAAATATAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
129 AAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
154808 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * *
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* *
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* * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
** * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** ** * * * *
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* * *
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128 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *** * * * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * ** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** * * *
156067 ATCAATGGATGGCTTTGTCTTTACATTTCCCATGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTA
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********** * *
156132 NNNNNNNNNNAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCAGATTA
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* * * * * * * *********
156173 CAAAACCATTTAAAGTGACTAATATGACTTTTG-AGGGTATGGGTGACTATAAATGNNNNNNNNN
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * ** * * * * * * *
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66 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
* * *
156472 GAAAAA-CTAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGGGATTA
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* * * *
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1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT
** * * *** * * * *
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65 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
*
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130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
156672 CATTTTTCAA
Statistics
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Found at i:155652 original size:681 final size:678
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154286 NNNNNNNNNN
** * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
154618 TAAAATCAATTATGAAATTACAAATATTTTAAAATGAGTAATGAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGA
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* ** ** ** *
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*
154748 TTATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
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* ** *** * * ** *
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* * ** * * * * *
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*
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* * *
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1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * **
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*
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130 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAGCGAGTAATA
* * * * *
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* * * * * * *
155238 GTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATCAAAAATATAAAATAATTTCAACTAA
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* * * * * **
155302 AAATCAATCATGAGATTATAAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGGATGA
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** *
155366 CTATAAATGGGCTTTTCATGCCAATGAATGGC-TTTCTTCATGA-TTCATGAGGTAAACATTCAA
385 CTATAAATGAACTTTTCATGCCAATGAAT-GCTTTTCTTCA-CATTTCATGAGGTAAACATTCAA
* * * * *
155429 TTATACTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
448 TTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
* * ** * *
155493 TCCACTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAATTAGAATTTTCTTATCA
512 ACCACTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAAGTGACAATAAATAGAATTTTCTTACCA
* * * * * *
155558 ATGAATACCTTTTTCATCACATTTGTTAAGGCAGA-CACTTAATTATAACCTGTTTTAACAAAAA
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* * *
155622 ATGTAAGAA-AATCCAACCTAAATTCAATTATGTGTTTA
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* * * * *
155660 TAAAACCATTTGAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTCTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
155724 TGCCAATGAAAGGTTTTTTCTTC-ACGTTTCGAAGGGAAAATATTCAATTATAATCTATTTTAAC
65 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATGTTTCG-A-GGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * *
155788 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA-TTTATAGCGAGGA
128 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTA-AGCGAGTA
* * *
155852 ATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAA
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155883 ATAGACTTGT
Statistics
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Consensus pattern (678 bp):
TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATGTTTCGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAATGGACTTTTCATACAAATAGATAGCTTTTGCATCATAT
TTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGATTTAAGCAAAAAAATAAAAAATACAACTAAAAAT
CAATCATGAAATTACAAAAAATTTAAAACGAGCAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAA
ATGAACTTTTCATGCCAATGAATGCTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATC
TGTTTTAAAAAAAATATAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCACTTAA
AACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAAGTGACAATAAATAGAATTTTCTTACCAATGAATAAC
TTTTTCATCACATTTCTCAAGGAGACCACTTAATTACAACCTATTTCAACAAAAAATGTAAAACA
ATCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:156187 original size:852 final size:850
Alignment explanation
Indices: 154388--156119 Score: 1987
Period size: 852 Copynumber: 2.0 Consensus size: 850
154378 TCTTCATGTG
* * * * * *
154388 TCCCAAGGCAGACATTCAAATAGAATTTATTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATT-AACTTAAAA
1 TCCCAAGGCAGACAATCAATTATAATATA-TTTAATCAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
154452 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAACGCTTGAGTGACTA
63 TCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAACGCTTGAGTGACTA
* *
154517 TAAATGGACTTTTCATACAAATAGATAGCTTTTTCATCATATTTCCCAAAGTAAACATTCAATTA
128 TAAATGGACTTTTCATACAAATAGATAGCTTTTTCAT-AGATTTCACAAAGTAAACATTCAATTA
* *
154582 TAATTTGTTTTAAGCAAAAAAATAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAAATTACAAATATTT
192 TAATTTGTTTTAAGCAAAAAAATAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAAATTACAAATATCT
* * * * * * *
154647 TAAAATGAGTAATGAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATTGAACTTTTTTTGTTAATGAAT
257 TAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATGGGTGACAATAATTGAACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * * * *
154712 GCATTTTTCTTCACATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAA
322 ACATTTTTCATCACATTTGTTAAGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAAAAAAAATATAAAA
* * *
154777 TAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
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* ** * * *
154842 AGGCTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
452 AAGAATAAGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAG
** *
154907 GTGACCATTTAATTACAATCTATTTCAACAAAAATTGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTAT
517 GTGAAAATTTAATTACAATCTATTTCAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * * * *
154972 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGACTGACTATAAATGGGC
582 GAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAGACATGACTGACTATAAATAGAC
* * ** ** * *
155037 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
647 TTGTCTTATCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCAAGCAAGACATTCAATTAGAGACTGTT
* * * * *
155102 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTTAAGCG
712 CTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
** * * * * * *
155167 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAATGGACATTTTGTGCCAATGGATAGCTTTTG
777 AAAAAAAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAATGGACATTTTATACCAATGGATAGCTTTTG
**
155232 CTTCATGTT
842 CTTCACATT
* * *
155241 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATCAAAAATATAAAATAATTTCAACTAAAAAT
1 TCCCAAGGCAGACAATCAATTATAATATATTTAATCAAAAATATAAAA-AA-TTCAACTTAAAAT
* * *
155306 CAATCATGAGATTATAAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTT-CAAGGCTTG-GATGACT
64 CAATTATGAGATTA-AAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAACGCTTGAG-TGACT
* * * * ** *
155368 ATAAATGGGCTTTTCATGCCAAT-GAATGGCTTTCTTCAT-GA-TTCATGAGGTAAACATTCAAT
127 ATAAATGGACTTTTCATACAAATAG-ATAGCTTT-TTCATAGATTTCACAAAGTAAACATTCAAT
* * * * * **
155430 TATACTTTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAT
190 TATAATTTGTTTTAAGCAAAAAA-AT-AAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAAATTACAAAT
* *
155494 CCA-CTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAATTAGAA-TTTTCTTATC
253 --ATCTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATGGGTGACAATAATT-GAACTTTTCTTATC
*
155557 AATGAATACCTTTTTCATCACATTTGTTAAGGCAGACACTT-AATTATAACCTGTTTTAACAAAA
315 AATGAATACATTTTTCATCACATTTGTTAAGGCAGACA-TTCAATTATAACCTGTTTTAA-AAAA
* * * * ** *
155621 AATGTAAGA-AAATCCAACCTAAATTCAATTATGTGTTTATAAAACCATTTGAAGTGAGCAATAA
378 AATATAAAATAAATCCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAA
* ** *
155685 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAA-AGGTTTTTTCTTCAC
443 GGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAATAAG-TTTTTCTTCAC
* *
155749 G-TT-TCGAAGG-GAAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAA-
507 GTTTCTCG-AGGTGAAAAT-TT-AATTACAATCTATTTCAA-CAAAAATTGTAAAAAAATTCAAC
* * **
155809 CTAAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTATAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGG
568 CT-AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAGACATGAC
*
155874 TGACTATAAATAGACTTGTCTTATCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTTTCAAGACAAG-CAT
632 TGACTATAAATAGACTTGTCTTATCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCAAG-CAAGACAT
* * * * *
155938 TCAATTAGA-ACATGTTCTAATAAAAAATGTGAAAAAGTTCAACGTAAAATTAATTATGAGATTA
696 TCAATTAGAGAC-TGTTCTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAACTATGAGATTA
*
156002 TTAAACCATTTAAAACGAAAAAAAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATCAATGGAC-TTTTCA
760 TAAAACCATTTAAAACGAAAAAAAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTAT-AATGGACATTTT-A
* * *
156066 TATCAATGGATGGC-TTTGTCTTTACATT
823 TACCAATGGATAGCTTTTG-CTTCACATT
* *
156094 TCCCATGGTAGACAATCAATTATAAT
1 TCCCAAGGCAGACAATCAATTATAAT
156120 CTGTTTTAAC
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 119, Indels: 50
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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854 24 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (850 bp):
TCCCAAGGCAGACAATCAATTATAATATATTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAACGCTTGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCATACAAATAGATAGCTTTTTCATAGATTTCACAAAGTAAACATTCAATTATAAT
TTGTTTTAAGCAAAAAAATAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAAATTACAAATATCTTAAA
ACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATGGGTGACAATAATTGAACTTTTCTTATCAATGAATACAT
TTTTCATCACATTTGTTAAGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAAAAAAAATATAAAATAAA
TCCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGA
ATAAGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTGA
AAATTTAATTACAATCTATTTCAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAGACATGACTGACTATAAATAGACTTGT
CTTATCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCAAGCAAGACATTCAATTAGAGACTGTTCTAA
TAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAAAA
AAAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAATGGACATTTTATACCAATGGATAGCTTTTGCTTC
ACATT
Found at i:157369 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 156680--158009 Score: 949
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 168
156670 CACATTTTTC
* * *
156680 AAGGCTTTTGACA-GCATGGATGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-TGT
1 AAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTTTTCT-T
* * * * * * * * *
156743 CACGTTTCTCC-TGACAGACAGTCAATT-TAA-ATCTATTTGAACTAAAAATAG-AAAATAACTC
63 CATGTTTC-CCATAACAAACATTTAGTTATAATATGT-TTT-AA-TAAAAAT-GTAAAAAAATTC
* *
156804 AA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAAT
123 AACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAAT
* * * ** * * *
156851 AAGGGTTTTGAAAGCTTGAATGACTGTAAATGAACTTTTTTTTCAATGAATGG-TTTTGTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTCA
* * * * * * * ** * *
156915 TGTTTCCCACAACAGATAGTCAATTATAATATATTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTTC-TCCT
65 TGTTTCCCATAACAAACATTTAGTTATAATAT-GTTTTAATAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTT
* * *
156979 AAAATCAATTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGCT-TGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAG-TGAGTAAT
* ** * * * *
157021 AAGGCTTTTGAAGGCATCGGCAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTGTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * * * * *
157086 TGTTTCTCATGACAGACATTCAGCTATAATTTGTTTTAATCAAAGTGGAAAAACAAATTCATCTT
65 TGTTTCCCATAACAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAATAAAAAT-GTAAAA-AAATTCAACTT
*
157151 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
157193 AAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATGGGTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * * ** * * *
157257 ATGTTTCCCATAACAAACATTTAGGTACAGTCTATTGCAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACCT
64 ATGTTTCCCATAACAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
157322 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
157364 AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTGTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
157429 CGTTTTCTACT-GCAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
65 TGTTTCCCA-TAACAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
157493 AAAATCAATTATCAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * **
157535 AAGGCTTTTGAGGGCATGAGTGACTATAAACGAACTTTTTTTTGTCAATGAATTTCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC--TTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * *
157600 ATGTTTCTCA-AGGAAGACA-GTCGATTATAATCTGTTTT-ATCCAAAAATGT-AAAAAATTCAA
64 ATGTTTCCCATAACAA-ACATTTAG-TTATAATATGTTTTAAT--AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
157661 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAAT
125 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * * * * *
157706 AAGGCTTTCGAAGGTTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTTATATTAGTGGATGGCTTTTGT-TTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTC
* * * * * ** *
157770 ATGTTTCCCA-AAGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAA-GTAAAAACCTTTAACT
64 ATGTTTCCCATAA-CAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
157833 TAAAATTAATTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
127 TAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
157876 AAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* ** * * * * * *
157941 GTTTCTCA-AGGTAAACATTCAGTT-CAATATGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTAACCTA
66 GTTTCCCATA-ACAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
158004 AAATCA
129 AAATCA
158010 CATTTCTCAA
Statistics
Matches: 918, Mismatches: 196, Indels: 92
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.02
169 69 0.08
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172 196 0.21
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
GTTTCCCATAACAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:157687 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 156680--158009 Score: 1168
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
156670 CACATTTTTC
* * * *
156680 AAGGCTTTTGACA-GCATGGATGACTATAAATAGA-TTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTGT
1 AAGGCTTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTT-TTGTCAATAAATGGCTTTGTT-T
* * * * *
156743 CACGTTTCTCCTGACAGACAGTCAATT-TAA-ATCTATTTGAACTAAAAATAG-AAAATAACTCA
63 CACGTTTCTACTGACAGACATTCAATTATAATATGT-TTT-AA-TAAAAATAGTAAAAAAATTCA
* * *
156805 A-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGGTTTTGAAAGCTTG
125 ACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * ** * *
156869 AATGACTGTAAATGAACTTTTTTT-TCAATGAAT-GGTTTTGTCTTCATGTTTCCCACAACAGAT
189 AGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGGTTTT-TCTTCATGTTTCCCACAGGAAAC
* * * *
156932 AGTCAATTATAATATATTTT-TACCAAAAATGTAAAAAAATTTC-TCCTAAAATCAATTATAAGA
253 AGTCAGTTACAATATATTTTAT-CCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
*
156995 TTAT-AAATCCATTTAAAGCT-TGTAAT
316 TTATAAAAT-CATTTAAAG-TGAGTAAT
* * ** * *
157021 AAGGCTTTTGAAGGCATCGGCAACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTGTCTTC
1 AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTGT-TTC
* ** * * * * * *
157085 ATGTTTCT-CATGACAGACATTCAGCTATAATTTGTTTTAATCAAAGTGGAAAAACAAATTCATC
64 ACGTTTCTAC-TGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATAGTAAAA-AAATTCAAC
* * * *
157149 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGT
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGT
** * * ** *
157214 GACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCATAACAAACATT
192 GACTATAAATGAACTTTTTTTGTC-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCACAGGAAACAGT
* * * * ** * * * *
157278 TAGGTACAGTCTATTGCAAT-GAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAGTTATGAGATTAT
256 CAGTTACAATATATT-TTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
157342 AAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
320 AAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
*
157364 AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTGTCTTTA
1 AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTGT-TTCA
*
157429 CGTTTTCTACTG-CAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACT
65 CG-TTTCTACTGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATAGTAAAAAAATTCAACT
* * * * *
157492 TAAAATCAATTATCAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGAGTG
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
* *** *
157557 ACTATAAACGAACTTTTTTTTGTCAATGAATTTCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGAAGACAGT
193 ACTATAAATGAAC-TTTTTTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCACAGGAA-ACAGT
* * * *
157621 C-GATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
256 CAG-TTACAATATATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
157684 AAAACCAATTAAAGCGAGTAAT
320 AAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
** ** * * * * * * **
157706 AAGGCTTTCGAAGGTTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTTATATTAGTGGATGGCTTTTGTTTCA
1 AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGGC-TTTGTTTCA
* * ** * * * ** *
157771 TGTTTC-CCAAAGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAA-AGTAAAAACCTTTAACTT
65 CGTTTCTACTGA-CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATAGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
157834 AAAATTAATTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAGGT
129 AAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GT
** * * *
157897 GACTATAAATGGGC-TTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATT
192 GACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCACAGG-AAACAGT
* * * * *
157960 CAGTT-CAATATGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTTAACCTAAAATCA
256 CAGTTACAATATATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
158010 CATTTCTCAA
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 146, Indels: 74
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 19 0.02
339 63 0.08
340 16 0.02
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342 299 0.37
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344 24 0.03
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTGTTTCAC
GTTTCTACTGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATAGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCACAGGAAACAGTCAGTT
ACAATATATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC
ATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:158089 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 157894--158154 Score: 330
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
157884 CGAAGGCTTA
* * ** * *
157894 GGTGACTATAAATGGGCTTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACAG
* *
157959 TCAGTT-CAATAT-GTTTTAACAAAAAATGTGAAAAA-ATTTAACCTAAAATCACATTTCTCAAG
66 TCAATTACAATATAGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAACATTCAACCTAAAATCACATTTCTCAAG
158021 GCTTTTGACAACATG
130 GCTTTTGACAACATG
* * * * *
158036 GGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCTAGGCAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACA
* * * *
158101 GTCAATTATAATATATTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTTAAATCA
65 GTCAATTACAATATAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCA
158155 GTTATGAGAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
142 19 0.19
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (144 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACAG
TCAATTACAATATAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCACATTTCTCAAGG
CTTTTGACAACATG
Found at i:159937 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 159545--160393 Score: 694
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 167
159535 AAGTAAACCT
* * *
159545 AAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * *
159610 AGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTGTAAGTGGACTTTTTTTGACAATGAATGGTTTTTACTTCAT
66 AGGCTTTCGAAGG-CTTGGTGACTATAA-TGGAC-TTTTATGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCAT
*
159675 GTTTC-CTGAGGCAAACATTCAATTATAA-ATTGTTTTAACCA
127 GTTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTATAATA-TGTTTTAATCA
* * * *
159716 AAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
159781 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAATGGACATTTTGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACT
66 AGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAATGGAC-TTTTATGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCA-T
* * * * *
159846 -TTTCTCAAGGCAGACATTAAATTACAATAT-ATTTAATCA
127 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
* * * ** *
159885 AAAATGTAAAACAATTTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGTAGCAAGTAAT
1 AAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
159950 AAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCATGCTAATGAATGGC-TTTCTTCAT
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTAT-AATGGACTTTT-ATGCCAATGAATGGCTTTTCTTCAT
* * * *
160014 GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAA
127 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
* * * * * *
160055 AAAATGTAAAAAAAAATCAACCT-AAATCAATTATGAGATTGTGAATCCACTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** * *
160119 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTTTATCAATGAGTGGCTTTTTCAT
65 AAGGCTTTCGAAGGC-TTGGTGACTAT-AATGGAC---TTTTATGCCAATGAATGGC-TTTTCTT
* **
160184 CATGTTTACT-GAGGCAAGCACTT-AATTATAACCTGTTTTAAT-A
124 CATGTTT-CTCGAGGCAAACA-TTCAATTATAATATGTTTTAATCA
* * * * * * * *
160227 AAAACTATCAGAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGTGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAA
1 AAAA-TGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * *
160292 CAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTCTTCT-TGCCAATGAAAGGTTTTTTCTT
64 TAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTAT-AATGGACT-TT-TATGCCAATGAATGG-CTTTTCTT
* * * *
160356 CACGTTTC-CAAGGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTT
124 CATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
160394 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 106, Indels: 55
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 107 0.20
170 151 0.28
171 116 0.21
172 52 0.10
173 54 0.10
174 63 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAATGGACTTTTATGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTT
CTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
Found at i:163914 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 163420--166435 Score: 2327
Period size: 170 Copynumber: 17.7 Consensus size: 171
163410 TTTGACAACA
* * * * ** * *
163420 TGGGCGACTATAAATGGATTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCTAGGCAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
* * * * *
163485 CAGTCAATTATAATCTATTTCTAA-CAAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
66 CATTCAATTATAATCTGTTT-TAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** **
163549 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * * * * * * *
163592 TGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTTTTGAATGAATGACTTTATCTGCATGTTTC-CCACAGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTA
* ** * **
163656 GATAGCCAATTATAATATGTTGTT-A-CAAAAA-ACACAGAAAAATTTC-ACTT--AA--AATTA
64 GACATTCAATTATAATCTGTT-TTAATCAAAAATGTA-A-AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
163713 TTAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACA
125 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * * *
163760 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATAAATGGCTTTGTCTTCTTGTTTCTCGTGATAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
* * * **
163825 CATTCAGTTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCATTTTAAAATCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
163890 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAGAGG-A
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCT
** * * ** ** * *
163931 TAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATATTT-TCCAAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CGAGGTAG
* * * * * * *
163995 ATAATAAATTA-AAACTGTTTTAATC-AAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTACGAGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
164058 TGATCAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-T
* * * * * * * *
164101 TAGG-GACTATAAGTGGAC-TTT-TTATGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGC
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGT
* * * * * * * *
164162 AAACATTCAACTACAATATATTTTAGTCAGAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGA
63 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
164227 GATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTAGAATGCG
128 GATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * *
164272 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-GTCGATGTTTCCCAAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCGAGGTAG
* * * *
164336 ATATAT-AATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 ACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * **
164400 ATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * * * *** *
164443 TGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGTTTTTTCATCATGTCTCCCAAAACAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
* * * **
164507 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATTGAATAA-GTAAAAAACA--CAACACAAAATCAATTATGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * **
164569 GATTAGAAAA-TATTTTAAA-CTAAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAA
128 GATTATAAAACCA-TTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * **
164613 TGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATCTTTTTTTAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
* *
164678 TATTCAATTATAATCTGTTTT--T-AAAACATATAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA-ATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
164740 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
** ** * **
164783 TAAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAACGAACAAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
* * * * * * *
164846 AACATTCAATTACAATCTATTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * **
164911 TTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* ** * * * * * * *
164954 TGGGTGAC-AGTAAGTTAACTTTTTTTAGCAATAAATGGCTTTTACTTCACG-TTCCCTAAGGGT
1 TGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GA-GGT
* * * **
165017 -GGCATTCAATTATAAAT-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATG
63 AGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
165080 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * ** * *
165125 TGAGTGACTCT-AATGGACATTTT-GTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAA
1 TGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
* * * * * * * * *
165188 ACATTGATTTATAGTAT-ATTTAATAAAAAATGTAAAACAATTTTATCTTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
165252 ATTATAAAACCATTTGTAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
** * * *
165295 TGATTGACTATAAATGGGCTTTTC--ATGCTAATGAATGGC--TTTCTTCATGCTTCTCAAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
* * * *
165356 AACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATTCAACCT-AAATCAATTATGA
64 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
165420 GAATGTGAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-T
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* ** ** * * * *
165463 ATGGGTGACAATAAATAAACTTTTCTTATTGATTAGTGGCTTTTTCGTCATGTTTGCT-AAGGTA
1 -TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTA
** * *
165527 GGTAC-TT-AATTATAGCCTGTTTTAA-CAAAAAAATATAAGAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
64 -G-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC--AAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * **
165589 ATGTGTTTACAAAATCATTTAAAGTGAGCAACAAGGCTTTTGAAGGAA
124 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * * *
165637 TGGGTGACTATAAATGGACTCTTCTT-GCTAGTGAAAGGTTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGGGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTA
* * * *
165700 AATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
165765 GATTATAAAACCATTTAAAGC-AGCAATAAGGCTTTTAAAGGCA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * *
165808 TGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
* * * *
165873 CATTCAATTAGAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAATTCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
165938 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAT
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
** * * * * ** * * * *
165979 TAAGTAACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATTACTTTCTCTTCATGTTTC-CTACTGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAG
* * * *
166043 ACAATCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
166107 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
** * * * * * ** * * *
166149 TAAGTGACTATAAATGGATTTTTCATATTATTGGATCACTTTTGCTTCATGTTTC-CTACGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAG
* * * * * *
166213 ACATTCAATTATTATGTATTTTAATCAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGGGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
166277 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCT
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * *
166319 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTGC-C-ATGGC
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGA-GGT
* * * * * *
166381 AAATATTCAATT-CAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATATAAAAATTCAACCTAAAAT
63 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
166436 GGACTTTTCT
Statistics
Matches: 2268, Mismatches: 477, Indels: 200
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.00
167 56 0.02
168 82 0.04
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173 170 0.07
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
Found at i:164367 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 163708--166435 Score: 2335
Period size: 512 Copynumber: 5.3 Consensus size: 508
163698 TTTCACTTAA
* * * * * *
163708 AATTATTAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTAACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * ** * * *
163773 ATGGACTTTTCTTTTTAATAAATGGCTTTGTCTTCTTGTTTCTCGTGATAGACATTCAGTTATAA
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
* **
163838 TCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAATATTCATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCAT
131 TCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-AT
* * * **
163901 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAGAGG-ATAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCA-AGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
** * *
163965 ATACCTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTAGATAATAAATTA-AAACTGTTTTAATCAAAATATAA
257 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATAAATTATAAACTGTTTTAATCAAAATATAA
* * *
164029 AAAAATTCAACATAAAATCAATTACGAGATGATCAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
322 AAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
*
164094 AAGGCTTTAGGGACTATAAGTGGACTTTTTATGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
387 AAGG-TTTAGGGACTATAAATGGACTTTTTAT--CAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
* * * * *
164159 GGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAGTCAGAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATC
449 GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
164219 AATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTAGAATGCGTGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *
164284 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-GTCGATGTTTCCCAAGGCAGATATAT-AATTA
65 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGGTAAACAT-TCAATTA
* *
164347 TAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
128 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* ** * * *
164412 TTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCATATCAAT-
192 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * *** * * * * ** *
164475 AGATGGTTTTTTCATCATGTCTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATTGAATAAG
256 A-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATAAATTATAAACTGTTTTAA-TCAA-AA-
* * * * * * *
164540 TA-AAAAACA--CAACACAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATATTTTAAA-CTAAGTAATAAGC
317 TATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-GAGTAATAAGG
* ** * * * *
164601 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATC-
381 CTTTTGAAGGTTTAGG-GACTATAAATGGAC-TTT-TTATCAATGGATAG-CTTTTGCTTCA-CG
** * * * * * * *
164664 TTTTTTTAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTT--T-AAAACATATAAAAGAAATTCAACTTA
441 TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAA-ATGTAAAA-AAATTCAACTTA
164726 AAATC
504 AAATC
* * **
164731 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * ** * *
164796 AT-GAGCTTTTCTTGCCAACGAACAAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTAC
66 ATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * *
164859 AATCTATTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTAT
129 AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * * * * *
164924 TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAC-AGTAAGTTA-ACTTTTTTTAGCAATA
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACTA-TAA-ATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * * * *
164987 AATGGCTTTTACTTCACG-TTCCCTAAGGGTGGCAT--TCAATTATAAATTATTTTAACCAAAAA
256 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AA-GGTAG-ATAATAAATTATAAACTGTTTTAATC-AAAA
* ** * * *
165049 TGTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
317 TATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
165114 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTCT-AATGGACATTTTGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
382 TTTTGAAGG-TTTAGGGACTATAAATGGAC-TTTT-TATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * * * * *
165178 CTTAAGGCAAACATTGATTTATAGTATA-TTTAATAAAAAATGTAAAACAATTTTATCTTAAAAT
444 CCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAAT
165242 C
508 C
** * **
165243 AATTATGAGATTATAAAACCATTTGTAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGATTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * *
165308 ATGGGCTTTTCATG-CTAATGAATGGC--TTTCTTCATGCTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * * *
165370 TTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGAATGTGAATCCAT
130 ATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * * ** *
165434 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGTATGGGTGACAATAAATAAACTTTTCTTATTGATTA
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
* * * * * * * **
165498 GTGGCTTTTTCGTCATGTTTGCTAAGGTAGGTACTTAATTATAGCCTGTTTTAA-CAAAAAAATA
257 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATAAATTATAAACTGTTTTAATC---AAAATA
* * * * * * *
165562 TAAGAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGTGTTTACAAAATC-ATTTAAAGTGAGCAACAAGGC
319 TAA-AAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * * *
165626 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTCTTCTT-GCTA-GTGAAAGGTTTTTTCTTCACGT
382 TTTTGAAGGTTTAGG-GACTATAAATGGACT-TT-TTATCAATG-GATA-GCTTTTGCTTCACGT
* * * * *
165689 TTCC-AAGGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAA
442 TTCCTAA-GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
165753 AATC
505 AATC
* *
165757 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGCAATAAGGCTTTTA-AAGGCATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCTTGGGTGACTATA
* ** ** ** *
165820 AATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTAGA
65 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
* *
165885 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATT
130 ATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * * * *
165950 TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGATTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGAT
194 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT
** * * ** * * * * *
166015 TACTTTCTCTTCATGTTTCCTACTGCAGACAATCAAA-TATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTA
259 GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAAT-AAATTATAAACTGTTTTAATCAAAATAT-AA
* * * *
166078 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
322 AAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
166143 AAGGTTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTCATATTATTGGATCA-CTTTTGCTTCATGTTTCCTA
387 AAGGTTT-AGGGACTATAAATGGACTTTT--TATCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA
* * * * * *
166207 CGGCAGACATTCAATTATTATGTATTTTAATCAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATT
448 AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
166267 AATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * *
166331 AATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTGC-CATGGCAAATATTCAATT-
65 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
166393 CAATCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAATTCAACCTAAAAT
128 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAAT
166436 GGACTTTTCT
Statistics
Matches: 1761, Mismatches: 365, Indels: 183
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 11 0.01
510 254 0.14
511 410 0.23
512 610 0.35
513 221 0.13
514 78 0.04
515 169 0.10
516 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGG
CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATAAATTATAAACTGTTTTAATCAAAATATAAAAAA
ATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
TTTAGGGACTATAAATGGACTTTTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAC
ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:165610 original size:854 final size:841
Alignment explanation
Indices: 163425--166435 Score: 2630
Period size: 854 Copynumber: 3.5 Consensus size: 841
163415 CAACATGGGC
* * * * * **
163425 GACTATAAATGGATTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCT-AGGCAGACAGT
1 GACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACA-T
* * * *
163489 CAATTATAATCTATTTCTAACAAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
63 TAATTATAATCTA-TT-TAATAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * **
163554 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTT
125 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCAT
* * * * * * * ** *
163619 TTGAATGAATGACTTTATCTGCATGTTTCCCACA-GCAGATAGCCAATTATAATATGTTGTTACA
189 AT-AATGAATGGC-TT-TCTTCATGCTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTAT-ATTTGTT-TTA-A
* * * * * *
163683 -AAAAACA-CAGAAAAATTTC-A-CTTAA--AATTATTAG-ATTATAAATCCATTTAAAGCGAGT
247 TAAAAA-AGTA-AAAAAATTCAACCTAAATCAATTATGAGAATT-GAAA-CCATTTAAAGCAAGT
** ** * ** * * * * * *
163741 AATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATAAATGGCTTTGTCT
308 AATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCG
* * * * * * * * *
163806 TCTTGTTT-CT-CGTGATAGACATTCAGTTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-ATATTC
373 TCATCTTTGCTAAG-G-TAGATATTCAATTATAACCTGTTTTAA--AAAAATATAAAAGAAATTC
*** *
163868 ATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAGAGGATA
434 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGATA
* ** * *
163933 AGCGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATATTT-TCCAAGGTAGA
498 AGTGACTATAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAA-AAGTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAA
* * * * * *
163996 TAATAAATTAAAACTGTTTTAATC-AAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTACGAGATG
561 TATTCAATTAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
* ** *
164060 ATCAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGG-GACTATAAGTGGACTTTTT
626 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTT
* * * * **** * * *
164124 AT-GCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAG
690 TTAG-CAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGGTGGCATTCAATTAAAATATATTTTAA
* *
164188 TCAGAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGT
754 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGT
* * * * *
164253 AATATGACTTTAGAATGCGTGGGT
818 AATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGT
* * * * *
164277 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-TGTCGATGTTTCCCAAGGCAGATATA
1 GACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTCT-TC-ATGTTTCCTAAGGCAGACAT-
* **
164341 TAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 TAATTATAATCTAT-TTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
164406 AAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCATAT
126 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATAT
* **
164471 CAAT-AGATGG-TTTTTTCAT-CATGTCTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATT
191 -AATGA-ATGGCTTTCTTCATGC-T-TCT--CAAGGCAAACATTCAATTAT-ATTTGTTTTAA-T
* * * **
164533 GAATAAGTAAAAAACA--CAACACAAAATCAATTATGAG-ATTAGAAAATATTTTAAA-CTAAGT
248 AAAAAAGTAAAAAA-ATTCAAC-CTAAATCAATTATGAGAATT-GAAACCA-TTTAAAGC-AAGT
* * * * ** *
164594 AATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCT
308 AATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCG
** * * * * *
164659 TCATCTTTTTTTAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTTAAAACATATAAAAGAAATTCAACT
373 TCATCTTTGCTAAGGTAGATATTCAATTATAACCTGTTTTAAAAAAATATAAAAGAAATTCAACC
* * * *
164724 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTG
438 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAAGTG
* * *
164789 ACTATAAATGAG-CTTTTCTTGCCAACGAACAAGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTC
502 ACTATAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAA-AAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * * * *
164853 AATTACAATCTATTTCAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAA
566 AATTA-AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * **
164918 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAC-AGTAAGTTAACTTTTTTTAG
630 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAAGTGGACTTTTTTTAG
* * *
164982 CAATAAATGGCTTTTACTTCACGTTCCCTAAGGGTGGCATTCAATTATAAAT-TATTTTAACCAA
694 CAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGGTGGCATTCAATTA-AAATATATTTTAATCAA
** *
165046 AAATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
758 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
*
165111 GGCTTTCGAAGGCTTGAGT
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* * * * *
165130 GACTCT-AATGGACATTTT-GTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATT
1 GACTATAAATGGAC-TTTTCATATCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
* * * * *
165193 GATTTATAGTATATTTAATAAAAAATGTAAAACAATTTTATCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
64 -AATTATAATCTATTTAATAAAAAATGTAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
165258 AAACCATTTGTAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGATTGACTATAAATGGGCTTTTCATGC
126 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-A
*
165323 TAATGAATGGCTTTCTTCATGCTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAA
190 TAATGAATGGCTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATATT-TGTTTTAATAAAAAA
* *
165388 TGTAAAAACAATTCAACCTAAATCAATTATGAGAATGTGAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
254 -GTAAAAA-AATTCAACCTAAATCAATTATGAGAAT-TGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * ** * * * *
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316 TTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCGTCATCTTT
* *
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* * * * * **
165581 AATCAATTATGTGTTTACAAAATCATTTAAAGTGAGCAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
441 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAAGTGACT
* * * * * *
165646 ATAAATG-GACTCTTCTTGCTAGTGAAAGGTTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGGGCAAATATTCAA
505 ATAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAAAAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGTAAATATTCAA
*
165709 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
568 TTA-AATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
165774 ACCATTTAAAGC-AGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCA
631 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTAGCA
* * * * * * * *
165838 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGGCATTCAATTAGAATCTGTTTTAATAAAAA
696 ATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGGT-GGCATTCAATTAAAATATATTTTAATCAAAA
* *
165902 ATGTAAAAAAGTTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
760 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
165967 TTTTTGAAGGATTAAGT
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* * ** ** *
165984 AACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATTACTTTCTCTTCATGTTTCCTACTGCAGACAATC
1 GACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTT-TCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC-ATT
* * *
166049 AAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAA
64 AATTATAATCT-ATTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
166114 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTCATATTA
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATA-TA
* * ** * * * * * *
166179 TTGGATCACTTTTGCTTCATGTTTC-CTACGGCAGACATTCAATTATTATGTATTTTAATCAAAA
192 ATGAATGGC-TTT-CTTCATGCTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTA-TATTTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * *
166243 AGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC
253 AGTAAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGAAT-TGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
*** * * * *
166308 TTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATTG-GTTTTTCTTCATGT
316 TTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAA-TGCCTTTTTCGTCATCT
* * * * * * *
166371 TTGCCATGGCAAATATTCAATT-CAATCTGTTTTAACAAAAAATATATAA-AAATTCAACCTAAA
379 TTGCTAAGGTAGATATTCAATTATAACCTGTTTT-A-AAAAAATATAAAAGAAATTCAACCTAAA
166434 AT
442 AT
166436 GGACTTTTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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848 6 0.00
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Consensus pattern (841 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTAA
TTATAATCTATTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATAATGA
ATGGCTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATATTTGTTTTAATAAAAAAGTAAAAA
AATTCAACCTAAATCAATTATGAGAATTGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGT
ATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCGTCATCTTTGCTAAGGTAG
ATATTCAATTATAACCTGTTTTAAAAAAATATAAAAGAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAAGTGACTATAAATGAGACTTTTC
TTGCCAATGAAAAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTAAATCTGTTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTAGCAATGAATGGCTTTTACTTCAC
GTTTCCTAAGGGTGGCATTCAATTAAAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGT
Found at i:167629 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 167601--167643 Score: 77
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167591 TTATAAAATA
167601 TTTTAATATCAATGGATTGC
1 TTTTAATATCAATGGATTGC
*
167621 TTTTCATATCAATGGATTGC
1 TTTTAATATCAATGGATTGC
167641 TTT
1 TTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
TTTTAATATCAATGGATTGC
Found at i:167926 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 167670--168221 Score: 579
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167660 CTGCAGGCAA
* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * *
168011 TCAATTATTATATATTTTAATCAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAC
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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168222 TCTAGAATGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
CAATGAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAG
Found at i:169840 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 170
169161 GAATCTCACT
* * *
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* * * * * *
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* *
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130 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * ** * * *
169342 GCAGATAGTTAATTATAATCTGTTTTTTCCAAAAATTTAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATG
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * *
169407 AGATTATAAAACCATATATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATAGACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** *
169472 TTTTTTGTCAATGTAT-AGCTTTGGCTTCATGTTTCCTAAG
131 TTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * *
169512 GCAGACA-TTCAGTTATAAAATATTTTAA-TAAGCAATATG-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 GTAGACACTT-AATTATAATATGTTTTAACCAA--AA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
169574 TATAAGATTATAAAATCGATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGG-CTTAGGTGACTATAA
62 TATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGA-GTGACTATAA
* * * * *
169637 ATTGG-CTTTTCATGTCAATGAATG-CATTTTTCTTTAGGTTTCTTGAT
124 A-TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * *
169684 TTAGATACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
169749 GAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGGAT
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* *
169814 TTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAG
130 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAG
* * *
169855 GTAGACA-TTCAATTATAA-ACTG-TATAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATA
1 GTAGACACTT-AATTATAATA-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
* ** **
169917 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTA
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * *
169982 ATTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCACGTTT-TCTGAG
128 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAG
* * * ** * * *
170025 ATAGAC-GTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTGAAAAAATTTAATTTAAAATCAACTA
1 GTAGACACTT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** * *
170089 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGAGCTTTTGAAGGTTTGAGTGAGTATAAATAG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * ** *
170153 ACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCGAAA
128 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * * *
170196 GTAGAC-TTTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGGAAAAAAATTCAACTGAAAATAAATTA
1 GTAGACACTT-AATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
170260 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACGAAT-AGGTAACGATAAATAG
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* * * *
170324 ATTTTTCTTGTCAATGAATG-GTTTGTTCTTCACGTTT-TCCAAG
128 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTT-TTCTTCATGTTTCT-TAAG
* * * * * ** * *
170367 CTAGACATTTAATTATAATCTATTCTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
170432 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGTAATAAGGCTTTGGATGGTTTAAGTGACTATAAATGGA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
170497 CATTTCGTATCAATGGATCG-CTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAG
129 CTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAG
** * * * * * *
170539 ACAGACA-TTCAATTATAATATCTTTTAATCAAAAAAGTAAAATATTGAACTTAAAATTAATTAT
1 GTAGACACTT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
170603 GAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTACTAAGG-TTTTCGATGG-CTTAGGTGACTATAAATGG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGA-GTGACTATAAATGG
* ** * ***
170666 GC-TTTCTTCCCAATGAATGGA-TTTTTCATCATGTTTCCCGAG
128 ACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * * * * * *
170708 GTCA-ACAATCAATTACAATATGCTTTAAGCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATTACTA
1 GT-AGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
170772 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAAT-AATTG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * ** *
170836 AGCCTTTCTTATCAGTGAATAACTTTTTCTTCACATTTCTCAAG
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* * * * * * *
170880 GTAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAGATCAATTAT
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** *
170945 GAGATTATAAAACCATTTACAGCAAGTAATAA-GTTTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGA
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* * * * *
171009 CTTTT-TTCTTCAATGATTGGCTTTATCTTTACAT-TTTC-AAAG
129 CTTTTCTT-GTCAATGAATGACTTTTTC-TT-CATGTTTCTTAAG
* * * * * * * * * *
171051 GCATACAATCATTTATAATCTATTTTAACAAAAAAATAG-AAACAAATTTAAATTAAAATCAATT
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAAC-CAAAAAT-GTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** *
171115 ATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAGTGG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
** *
171180 ACTTTT-TATACCAATCG-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
128 ACTTTTCT-TGTCAAT-GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * *
171223 GAAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAAT-ATATTA
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTA
* * * * * *
171287 TGAGAGTATAAAACTGATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
171352 GCTTTTTTTGTCAATGAATAACTTTTTCATCAGGTTTCTCAAG
128 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * *
171395 GTAGACACTTAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTACAATCAATTAT
1 GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
171460 GAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGACTGACTATAAATGAAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
171525 TTTTCTAGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTTTTCAG
130 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
** * * * *
171566 ACAGACA-TTCGATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
1 GTAGACACTT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
171626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1835, Mismatches: 373, Indels: 153
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 65 0.04
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTAGACACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
Found at i:170622 original size:684 final size:676
Alignment explanation
Indices: 169173--171625 Score: 2229
Period size: 684 Copynumber: 3.6 Consensus size: 676
169163 ATCTCACTGT
* * *
169173 AGACAATCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATCTTTTAATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * *
169237 AGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTGACTATAAATGGAGT
64 AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGT
* * * * * *
169302 TTTCTTGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGATAGTTAATTATAATCTGTT
129 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTTTC-TAAGGTAGA-CGTTAATTATAATCTGTT
* * * * * * * * *
169366 TT-TTCCAAAAATTTAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATATAGCG
192 TTAAT-CAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * * *
169430 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGTATAGCTTTG
256 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTT
* * * * *
169495 GCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAGTTATAAAATATTTTAAT-AAGCAATATG-AAAAAAT
321 GCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA--AAAAGGAAAAAAAT
* *
169558 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCGATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGC
383 TCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAA-GC
* * ** * * * ** **
169623 TTAGGTGACTATAAATTGGCTTTTCATGTCAATGAATGCATTTTTCTTTA-GGTTTCTTGATTTA
445 ATAGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATG-GTTTTTCTTTACGTTTTC-AAAGCTA
* * * * ** * **
169687 GATACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
508 GACAATTAATTATAATCTATTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* * ** * *
169752 ATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGGATTTT
573 ATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
169817 TTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGT
638 TTATATCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGA
* * *
169857 AGACATTCAATTATAA-A-CTGTATAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATG
1 AGACATTCAATTATAATATCT-TTTAATCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** *
169920 AGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTAATT
64 AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGT
** * * *
169985 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCACGTTTTCTGAGATAGACGTTCAATTATAATCTGTTT
129 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGTAGACGTT-AATTATAATCTGTTT
* * * **
170050 TAATAAAAAATGTGAAAAAATTTAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
193 TAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * * * *
170115 GTAAT-AGAGCTTTTGAAGGTTTGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTT
257 GTAATAAG-GCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTT
* *
170179 GCTTCATGTTTCCGAAAGTAGACTTTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGGAAAAAAATTC
321 GCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGGAAAAAAATTC
* * * *
170244 AACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAACGAAT
385 AACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAA-GCAT
* * * *
170308 AGGTAACGATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTGTTCTTCACGTTTTCCAAGCTAGAC
447 AGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGTTT-TTCTTTACGTTTTCAAAGCTAGAC
* * ** * *
170373 ATTTAATTATAATCTATTCTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
511 AATTAATTATAATCTATTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
170438 ATAAAACCATTTAAAGCGAGGTAATAAGGCTTTGGATGGTTTAAGTGACTATAAATGGACATTTC
576 ATAAAAACATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTT
* *
170503 GTATCAATGGATCG-CTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGA
640 ATATCAATGGAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGA
* * *
170540 CAGACATTCAATTATAATATCTTTTAATCAAAAA-AGTAAAATATTGAACTTAAAATTAATTATG
1 -AGACATTCAATTATAATATCTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
170604 AGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTACTAAGG-TTTTCGATGG-CTTAGGTGACTATAAATGG-
64 AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * ** * * * *
170666 GCTTTCTTCCCAATGAATGGA-TTTTTCATCATGTTTCCCGAGGTCA-ACAATCAATTACAATAT
127 GTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGT-AGAC-GTTAATTATAATCT
* * *
170729 GCTTTAAGCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAAT-TACTAATGAGATTATAAAACTATTTA
189 GTTTTAATCAAAAATAT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAACT-ATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * * * *
170793 AAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAAT-AATTGAGCCTTTCTTATCAGTGAATA
251 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTATCAATGAATA
* * ** * * * * * *
170857 ACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAA-CTAGAAATGTAAA
315 GCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAAAGGAAA
* * ** *
170921 AAAATTCAACCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGCAAGTAATAAGTTTTTCGA
378 AAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGA
* * * * *
170986 AGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TCT-TCAATGATTGGCTTTATCTTTACATTTTCAA
442 AG-CATAGGTGACTATAAATAGA-TTTTTCT-TGTCAATGAATGG-TTTTTCTTTACGTTTTCAA
* * * * *
171049 AGGC-ATACAATCATTTATAATCTATTTTAACAAAAAAATAG-AAACAAATTTAAATTAAAATCA
503 A-GCTAGACAATTAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAAAT-GTAAAAAAATTCAAATTAAAATCA
* *
171112 ATTATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAG
565 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAA
* *
171177 TGGACTTTTTATACCAATCGATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGA
630 TGGACTTTTTATATCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-CAA-GA
* * *
171225 AGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAAT-ATATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATCTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATG
* * * * * *
171289 AGAGTATAAAACTGATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAATGG-G
64 AGATTACAAAAC-CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAG
* * * * * *
171353 CTTTTTTTGTCAATGAATAACTTTTTCATCA-GGTTTCTCAAGGTAGACACTTAATTATAATCTA
128 -TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTTTCT-AAGGTAGAC-GTTAATTATAATCTG
* *
171417 TTTTAATCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTACAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAA
190 TTTTAATCAAAAATATAA-AAAATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAA
* * * * *
171481 GTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGACTGACTATAAAT-GAACTTTTC-TAGTCAATGAAT-G
253 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTA-TCAATGAATAG
* * * ** * * * * * *
171543 CCTTTTTCTTCATATTTTTTC-AGACAGACATTCGATTATAATCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAA
316 -CTTTTGCTTC--ATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGGAAA
171606 AAAATTCAACCTAAAATCAA
378 AAAATTCAA-CTAAAATCAA
171626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1441, Mismatches: 265, Indels: 125
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
682 11 0.01
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688 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (676 bp):
AGACATTCAATTATAATATCTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGTTT
TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGTAGACGTTAATTATAATCTGTTTTAA
TCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTGCTTC
ATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGGAAAAAAATTCAACTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGCATAGGTGACTA
TAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTCTTTACGTTTTCAAAGCTAGACAATTAATTAT
AATCTATTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTATATCAATGGA
TGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGA
Found at i:170784 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 169171--171625 Score: 2265
Period size: 513 Copynumber: 4.8 Consensus size: 511
169161 GAATCTCACT
* *
169171 GTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 GTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * *
169235 TGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTGACTATAAATGGA
65 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGA
* * * * * * *
169300 GTTTTCTTGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGATAGTTAATTATAATCTG
130 TTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGTAGACAGTTAATTATAATCTA
* * * * *
169364 TTTT--TTCCAAAAAT-TTAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAT
194 TTTTAATT--AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
169426 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGTATAGC
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTATCAATGAAT-GC
* * * ** *
169491 TTTGGCTTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAGTTATAAAATATTTTAAT-AAGCAATA-TGAA
320 TTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAA--AAAAGTGAA
* *
169553 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCGATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCG
382 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CGATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCG
** * * * **
169618 AAGGCTTAG-GTGACTATAAATTGG-CTTTTCATGTCAATGAATGCATTTTTCTTTAGGTTTCTT
446 AAGG-TTAGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCATACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCC
*
169681 GAT
509 GAG
* * * * * * *
169684 TTAGATACTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
1 GTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
*
169749 GAGATTATAAAAGC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTG-TAAATGG
66 GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-GATAAATGG
* * * *
169812 ATTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCT-GAGGTAGACA-TTCAATTATAAAC
129 ATTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGTAGACAGTT-AATTATAATC
* * ** * * *
169875 T-GTATAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAA
192 TATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * ** *
169939 AATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTAATTTTTCT-TGCCAATGAATGA
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATG-
** * ** * * *
170003 CTTTTTTTTCACGTTTTCTGAGATAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTGAAA
319 CTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAA-GTGAAA
* * * * *
170067 AAATTTAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGAGCTTTT-GA
383 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATA-AGGTTTTCGA
* * * * * * *
170131 AGGTTTGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCGAA
447 AGGTTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCG-A
*
170195 A
511 G
** * * *
170196 GTAGACTTTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-AGGAAAAAAATTCAA-CTGAAAATAAATT
1 GTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATT
* * * * *
170259 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACGAATAGGTAACGATAAATAG
64 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGG
* * *
170324 ATTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTGTTCTTCACGTTTTC-CAAGCTAGACATTTAATTATAATCT
129 ATTTTTCTTGTCAATGAATGCTTT-TTCTTCACGTTTTCTCAAGGTAGACAGTTAATTATAATCT
* * * *
170388 ATTCTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
193 ATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * *
170453 GCGAGGTAATAAGGCTTTGGATGGTTTAAGTGACTATAAATGGACATTTCGTATCAATGGATCGC
258 GCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAAT-GC
* * *
170518 TTTTGCTTCATGTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATATCTTTTAATCAAAAAAGT-AAAAT
320 TTTTGCTTCATGTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTGAAAAA
* * * *
170582 ATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-GCATTTAAAGCGAGTACTAAGGTTTTCGATG
385 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACG-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAG
* * * *
170646 GCTTAG-GTGACTATAAATGGGC-TTTCTTCCCAATGAATGGATTTTTCATCATGTTTCCCGAG
449 G-TTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCGAG
* * * * * *
170708 GTCA-ACAATCAATTACAATATGCTTTAAGCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATTACTA
1 GT-AGACAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
** * * * * *
170772 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAAT-AATTG
64 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGG
** * * * * * *
170836 AGCCTTTCTTATCAGTGAATAACTTTTTCTTCAC-ATTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATT
129 A-TTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGTAGACAGTTAATTATAATC
* * * * * * *
170900 TGTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAC
192 TATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** ** * *
170965 AGCAAGTAATAAGTTTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT-TCAATGATTGG
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTATCAATGAAT-G
* ** * * * * * *
171029 CTTTAT-CTTTACATTTTCAAAGGCATACAATCATTTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAATAGAA
319 CTTT-TGCTTCATGTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGT-GAA
* * * * *
171092 ACAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
382 A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTC
* * * *
171156 GAAGGTTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTATACCAATCG-AT-GACTTTTTCTTCATGTTTCT
445 GAAGGTTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAAT-GAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCC
*
171219 CAAG
508 CGAG
* * * * * *
171223 GAAGACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAAT-ATATTA
1 GTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA-ATTA
* ** * * *
171287 TGAGAGTATAAAACTGATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTGGGTGACTATAAATGG
65 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAAT-G
* * * * *
171352 GCTTTTT-TTGTCAATGAATAACTTTTTCATCA-GGTTTCTCAAGGTAGACACTTAATTATAATC
128 GATTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGTAGACAGTTAATTATAATC
* * * * *
171415 TATTTTAATCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTACAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
192 TATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
171480 AGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGACTGACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGCC
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTA-TCAATGAATG-C
* * * * * *
171545 TTTTTCTTCATATTTTTTC-AGACAGACATTCGATTATAATCTGTTTT-ATCCAAAAA-TGTAAA
320 TTTTGCTTCAT-GTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTG-AAA
*
171607 AAATTCAACCTAAAATCAA
383 AAATTCAACTTAAAATCAA
171626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1577, Mismatches: 297, Indels: 136
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 25 0.02
512 379 0.24
513 651 0.41
514 220 0.14
515 289 0.18
516 12 0.01
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
GTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGAT
TTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTTCTCAAGGTAGACAGTTAATTATAATCTATT
TTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTATCAATGAATGCTTTTGC
TTCATGTTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTGAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGTTAGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCGAG
Found at i:172910 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 172413--173229 Score: 763
Period size: 172 Copynumber: 4.8 Consensus size: 169
172403 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
172413 TAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTACAAATGAAAGTCTACT
1 TAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-TTATAAATGAATGTCTACC
* * * * * * * *
172478 TTTGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAACTTT
64 TTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTT
* * *
172543 CAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
129 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * **
172584 TAATTGATTTTTAA-TTAAATATTTTCACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGT
1 TAATT-AATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-TTTATAAATGAATGTCTAC
* * * * * * *
172647 CTTAGAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCAC-CTATTCC
63 CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AATCC
* * *
172711 TTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
** *
172754 TAATTAAAATTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGTTTATAAATGAATGTCTGCC
1 TAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATA-TTTATAAATGAATGTCTACC
* * *
172819 TTGGAAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACTA-TCACTCATTCC
64 TTGGAAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAATCC
172883 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
* * * * *
172926 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-AATTAAGTATCTAC
1 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAATAT-TTATAAATGAA-TGTCTAC
* * * * * *
172990 CTT-AAGAAACCTAAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTAAGC
63 CTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AATC
* ** *
173053 CTTCGAAAA-CCTTATTATTTGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCA
126 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
* * * *
173098 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTT-CATATTTCTGATTAAAATATTTTATAACTGAATGTCTAC
1 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTT-TGGTTAAAATA-TTTATAAATGAATGTCTAC
* * * * * *
173162 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
63 CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCT
173227 TCA
128 TCA
173230 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 90, Indels: 52
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 134 0.25
171 130 0.25
172 249 0.47
173 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATTTATAAATGAATGTCTACCTT
GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
Found at i:173186 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 172413--173229 Score: 914
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 338
172403 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
172413 TAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTACAAATGAAAGTCTACT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTT-CATTTTTGATTAAAATATTTTATAAATGAATGTCTACC
* * * *
172478 TTTGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAACTTT
64 TTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAACCTT
* *
172543 CAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATATTT
129 CAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATATTT
**
172608 TCACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGTCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGTCAT
194 TCACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTTAGAAAATA-GAAGAAAAAGTCAT
* ** ** * *
172673 TCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAA
258 TCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
172738 TAGTTTTGTAATCTCA
323 TAGTTTTATAATCTCA
* ** * * * *
172754 TAATTAAAATTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGTTTATAAATGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTT-CATTTTTGATTAAAATATTTTATAAATGAATGTCTACC
** * * * **
172819 TTGGAAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACTA-TCACTCATTCC
64 TTGGAAAACATG-AAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TACTCACTCAAACC
* * *
172883 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTGAAT
127 TTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTA-ATTAAAT
* * *
172946 -TTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT-AA-GTATCTACCTTAAGAAACCTA-AAGA
190 ATTT-TCACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAACG--TCTACCTT-AGAAA-ATAGAAGA
*
173007 AAAA-TCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTA
249 AAAAGT-CATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTA
* ** *
173070 TTTGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCA
312 CTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
*
173098 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTCTGATTAAAATATTTTATAACTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCAT-TTT-TGATTAAAATATTTTATAAATGAATGTCTACC
* * * *
173163 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
64 TTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAACCTT
173228 CA
129 CA
173230 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 63, Indels: 30
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 73 0.18
342 106 0.27
343 139 0.35
344 77 0.19
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATTTTTGATTAAAATATTTTATAAATGAATGTCTACCTT
GGAAAACATGAAGCAAAAGCCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAACCTTCA
AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATATTTTC
ACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTTAGAAAATAGAAGAAAAAGTCATTCA
TTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCA
Found at i:174608 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 174326--174637 Score: 461
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
174316 GGCATAAGCA
* * *
174326 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTATCTTCATTTTTCCTATAGCAAACAGTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATACCTTTATCTTCATTTTTCCTATAGCAAACAATCA
*
174391 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-CAA
66 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
174455 GACCATTTAAAGTTATTAACAAGGCTTTTGAGGAGATGGGT
131 AACCATTTAAAGTTATTAACAAGGCTTTTGAGGAGATGGGT
* *
174496 ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATACC-TTATTCTTCATGTTTT-CTGA-AGTAGACAA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATACCTTTA-TCTTCAT-TTTTCCT-ATAGCAAACAA
* * ** *
174558 TCAGTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACCAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
63 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
174623 AAAAACCATTTAAAG
128 AAAAACCATTTAAAG
174638 CGAGTAATTA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 12, Indels: 7
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 105 0.83
171 18 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATACCTTTATCTTCATTTTTCCTATAGCAAACAATCA
ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
AACCATTTAAAGTTATTAACAAGGCTTTTGAGGAGATGGGT
Found at i:174921 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 174307--174948 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
174297 NNNNNNTAAA
* * * * **
174307 GCTTTTGAAGGCATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGC-TTTATCTTCATT
1 GCTTTTGAAGGTATAGGC-ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTTGTCTTCACG
* * * *
174371 TTTCCTATAGCAAACAGTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TTTCCCATGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
174436 ATCAATTATGAGATTACAAGACCATTTAAAGTTATTAACAAG
130 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG
* * * * * * *
174478 GCTTTTG-AGGAGATGGGTACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATACCTTAT-TCTTCATG
1 GCTTTTGAAGG-TATAGGCACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTTGTCTTCACG
* * * * * * **
174541 TTT-TC-TGAAGTAGACAATCAGTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACCAATTCAACTTA
65 TTTCCCATG--GCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * *
174604 AAATCAGTTATGAGATTATAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAG
128 AAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG
* * * * * *
174649 GCTTTCGAAGGCT-TGAGTG-ACTATAAGTGAACTTTT-TATGTCAATGGATAACTTTTG-CTTG
1 GCTTTTGAAGG-TAT-AG-GCACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGAATAACTTTTGTCTTC
** * * * * * * *
174710 ACGTTTCTTAAGGTAAATAGTCAAGTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAAGC-
62 ACGTTTCCCATGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CT
* * *
174774 TAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA-TAG
126 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG
* * **
174819 GACTTTTGAAGGTATAGGCCACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAAT-GGTTTTGTCTTCAC
1 G-CTTTTGAAGGTATAGG-CACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTTGTCTTCAC
* * * * *
174883 ATTTCCCATGGCAGATAGTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
64 GTTTCCCATGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
174948 A
129 A
174949 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 75, Indels: 40
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 1 0.00
170 121 0.32
171 149 0.40
172 100 0.27
173 3 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTTGAAGGTATAGGCACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTTGTCTTCACGT
TTCCCATGGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG
Found at i:175671 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 175302--176300 Score: 895
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
175292 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
175302 GAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCCAATGGATGACTTTTGCTCCACATTTCTC
1 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * *
175366 AAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTCAACC-AAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
65 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * *
175430 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTC
130 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
175471 GAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTGTCTTCATGTTTCCCA
1 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * * *
175536 TGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAGCTTAAAATTAATT
66 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * * *
175601 ATGAGATCACAAAACTATTTAAAGTGATTAATTAGGCTTTT
130 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * ** * *
175642 G-AGACGATGGCTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTTTTCATGTTTTTC
1 GAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * *
175706 AAGGCATGAAATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATCAAAATATTCAA-CTGAAAATCA
65 AAGGCA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCT-AAAATCA
* *
175769 AGTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC
127 ATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** **
175814 GAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGTG-CTTTTCTTGCCAAT-AACTGGGTTTCGCTTCATGTTTC-
1 GAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
175876 CTAAGGCAAACATTTAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAACA
64 C-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCA
* * * *
175941 ACTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
127 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * ** *
175985 AAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTGT-TTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTT
1 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *** * * *
176049 AAGGCAGTCAGTCAGTTATAATCTATTTGATTTAAAAAATGTAAAGAAATTTAGCCTAAAATAAA
65 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAA
* * *
176114 TTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGACTAATGAGGCTTTC
128 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
176157 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTTCTG
1 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTC
* * * * *
176222 AA-GTAGACACTT-AATTATAATATATTTTAACCAAAAATGGAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAA
65 AAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAA
*
176285 ATATGAGATTATAAAA
128 TTATGAGATTATAAAA
176301 TGAATGATAA
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 144, Indels: 48
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 76 0.11
170 15 0.02
171 293 0.44
172 261 0.39
173 16 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA
AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
Found at i:176072 original size:343 final size:334
Alignment explanation
Indices: 175303--176300 Score: 951
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 334
175293 NNNNNNNNNG
* * * * * *
175303 AAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTCCACATTTCTCAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAA
* * * * * *
175368 GGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTCAAC-CAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
65 GG-CATCAATCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTAT
* * * * *
175432 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGACTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGAC
128 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-C
* * * * * *
175497 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTGTCTTCATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTT
192 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTG-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATTATAATATATT
* * * * * * *
175562 TTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATCACAAAACTATTTAAAGTG
256 TTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAGCCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * *
175627 ATTAATTAGGCTTTT
320 AGTAATAAAGCTTTT
* * * * * ** * **
175642 GAGACGATGGCTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTTTTCATGTTT-TTC
1 AAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTT-
* * * * *
175706 AAGGCATGAAATTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATCAAAATATTCAACTGAAAATCAAG
63 AAGGCAT-CAATCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACT-AAAATCAAT
* * * *
175771 TATGAGATTATAAAACTAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAGT
125 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
175836 GTGCTTTTCTTGCCAAT-AACTGGGTTTCGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAATTACAAT
189 G-GCTTTTCTTGTCAATGAA-TGGCTTT-GCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATTATAAT
* * * * * *
175900 ATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAACAACTAGGAGATTATAAAACTATTTA
251 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAGCCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTA
175965 AAGCGAGTAATAAAGCTTTT
315 AAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* **
175985 AAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTGTTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTA
1 -AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTA
* * * * ** * * * *
176050 AGGCAGTCAGTCAGTTATAATCTATTTGATTTAAAAAATGTAAAGAAATTTAGCCTAAAATAAAT
64 AGGCA-TCAATCAATTATAATCTGTTTCAACT-AAAAATATAAA-AAATTCA-ACTAAAATCAAT
* * *
176115 TATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGACTAATGAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
125 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-
* * * * * * *
176180 GGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTTCTGAA-GTAGACACTTAATTATAATA
189 GGCTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTTAATTATAATA
*
176244 TATTTTAACCAAAAATGGAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAA
252 TATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAGCCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAA
176301 TGAATGATAA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 111, Indels: 44
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 63 0.12
341 9 0.02
342 37 0.07
343 353 0.67
344 55 0.10
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTAAG
GCATCAATCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGCTTTT
CTTGTCAATGAATGGCTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAATTCAGCCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
AAAGCTTTT
Found at i:179311 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 178511--179355 Score: 678
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 168
178501 NNNNNNTTAC
* *
178511 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-AACTTGTTTCAATCAA
1 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATGATC-TGTTTTAATCAA
** *
178575 AAATGTAAAAACA-TCATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCA-TAATA
64 AAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCG-AGTAATA
* * * ** *
178638 AAGCTTTTGGAGGCGTGGGCGATTATAAATGGACATTTCT-TGT
126 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGAAACTATAAATGGACATTT-TATGT
* * * * *********
178681 CAATGAAT-GATCTTTTATTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTA-GAATCTGNNNNNNNNN
1 CAATGAATGGGT-TTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATG-ATCTGTTTTAATCA
* * * * *
178744 NAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGCGTAATAA
63 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
178809 GGCTTTTGAA-GATATGGGTAACTATAAATGGACATTTTTTGT
127 GGCTTTTGAAGGCT-TGGGAAACTATAAATGGACATTTTATGT
* * * * * * *
178851 AAATGAAT-AGCTTTTCTTCACGTTTCCAAGG-AATTCATTCAATTA-GAATCTATTTTAATTAA
1 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAA-ACATTCAATTATG-ATCTGTTTTAATCAA
* * * * * *
178913 AAATATTAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAATAATAA
64 AAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
178978 GGCTTTCGAAGGCTT--GAATGACTATAAGTGAACTTTTTAT-A
127 GGCTTTTGAAGGCTTGGGAA--ACTATAAATGGACATTTTATGT
* ** * * * * * *
179019 CTAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCACGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAA
1 C-AATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATGATCTGTTTTAATCAA
* * * **
179084 AAAAGTAAAAATGTTTC-ACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATAGAAAGCGAGTAATA
64 AAATGTAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATA
*
179148 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGAAACTATAAATGGGC-TTTTATGT
126 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGAAACTATAAATGGACATTTTATGT
* *
179190 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCACAAGTCAAACAATCAATTATGATCTGTTTTAATCAAA
1 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATGATCTGTTTTAATCAAA
* * * * *
179255 AATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAATTATGAGACTATCAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAA
65 AATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG
* **
179320 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTT
128 GCTTTTGAAGGCTTGGGAAACTATAAATGGACATTTT
179356 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 114, Indels: 58
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 28 0.05
169 105 0.20
170 281 0.53
171 109 0.20
172 3 0.01
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAA
ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGCTTGGGAAACTATAAATGGACATTTTATGT
Found at i:179968 original size:339 final size:333
Alignment explanation
Indices: 179439--180424 Score: 998
Period size: 339 Copynumber: 2.9 Consensus size: 333
179429 NNNNNNNNNN
* * * **
179439 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGCTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAA
* * *
179504 TGGATTTTTCTTGCCA-ATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTACCAAGGTAGACATTCAATTATAA
65 TGGATTTTTCTT-CCATA-GAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
179568 TATATTTTTA-TCAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATT
128 TATATTTTAACT-AAAAA--TAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *******
179632 TAAAGTTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCNNNNNNNN
189 TAAAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACC-AATGAAT
*** *
179697 NNTTTTTCTTCACGTTT-TCTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-TGAA
253 GACTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTGAA
*
179760 GAAAATTAGCCTAAAATCA
316 -AAAATTAACCTAAAATCA
*
179779 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAA
* * * **
179844 TGAACTTTTCTTCCATAGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAACC
65 TGGATTTTTCTTCCATAGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATA
*
179909 TATTTTCACTAAAAATAAAAAATAATTCAACTTATAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
130 TATTTTAACTAAAAAT-AAAAA-AATTCAACTTA-AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
179974 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGAC
192 AGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGAC
* * * * * *
180039 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAGTGTTAAAAATT
256 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTGAAAAAAT
* *
180104 TAACTTAACATCA
321 TAACCTAAAATCA
* * * ** * ** **
180117 ATTATGAGATTATAAGAGCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAA
* * * *
180182 TGGATTTTTCATATCAAT-GGATGACTTTTGCTTTATG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
65 TGGATTTTTC-T-TCCATAGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* *
180245 ATATATTTTAATCATAAAAGTAAAAAAATTTAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
127 ATATATTTTAA-C-TAAAAATAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * ** * * ** * *
180310 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGAATATTTCTTATCGATGAAT
189 TAAAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAAT
** * * *
180375 GGGTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGA-A-ATCACTCAATTATAATCTGTTTT
253 -GACTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGACAGA-CACTCAATTATAATCTGTTTT
180425 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 85, Indels: 38
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAAT
GGATTTTTCTTCCATAGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT
ATTTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGACTTTTC
TTCACGTTTCTCAAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTGAAAAAATTAACC
TAAAATCA
Found at i:180413 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 5.8 Consensus size: 169
179429 NNNNNNNNNN
* * * *
179439 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGCTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
179504 TGGATTTTTCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTACCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
66 T-GAATTTTCTTACCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* *
179569 ATATTTTTATCAAAAAG-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 ATATTTTAATCAAAAAGTG-AAAAAAATTTAACTT-AAATCA
* * ** *
179610 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAG-TTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * ********** * * * * *
179674 TGGACTTTTCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGACAGACACTCAATTATAAT
66 T-GAATTTTCTTACCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * * * * *
179739 CTGTTTTAATCAAAAATTGAAGAAAA-TTAGCCTAAAATCA
130 ATATTTTAATCAAAAAGTGAAAAAAATTTA-ACTTAAATCA
* * **
179779 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
179843 ATGAACTTTTCTT-CC-ATAGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
65 ATGAA-TTTTCTTACCAAT-GAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATA
** * * * *
179906 ACCTATTTTCA-CTAAAAA-TAAAAAATAATTCAACTTATAATTA
128 ATATATTTTAATC-AAAAAGTGAAAAA-AATTTAACTTA-AATCA
** *
179949 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
** * * *
180014 TGGACCTTTCTTACCAATGAATG-ACTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
66 T-GAATTTTCTTACCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAA
* * **
180077 TTTGTTTTAA-C-AAAAGTGTTAAAAATTTAACTTAACATCA
129 TATATTTTAATCAAAAAGTGAAAAAAATTTAACTTAA-ATCA
* * ** * ** * *
180117 ATTATGAGATTATAAGAGCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
180182 TGGATTTTTCATATCAATGGATGACTTTTGCTTTATG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
66 T-GAATTTTCTTACCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAA
*
180246 TATATTTTAATCATAAAAGT-AAAAAAATTTAACTTCAAATTA
129 TATATTTTAATCA-AAAAGTGAAAAAAATTTAACTT-AAATCA
* ** *
180288 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * ** * *
180353 TGAATATTTCTTATCGATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGG-AAATCACTCAATTATAA
66 TGAAT-TTTCTTACCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAA-CATTCAATTATAA
180417 T
129 T
180418 CTGTTTTNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
TGAATTTTCTTACCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATA
TATTTTAATCAAAAAGTGAAAAAAATTTAACTTAAATCA
Found at i:180987 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 180572--180998 Score: 504
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
180562 NNNNNNNNNN
* * *
180572 ATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGACT-TTT
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* * * * * *
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* * **
180699 AGCAAAAATGTAAAGAAATTCAAGGTAAAATCAATTATGAGAT
128 AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
180742 ATAAAACCATTTAAAGCGATTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-TATACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATA--TTT
* * * * *
180806 CTTGTCAATGAATGGCTTTATT-TTCTTGTTTTGTTAAGGCAAACAGTCAATTGTAATCTGTTTT
64 CTTGTCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTT
180870 AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
127 AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA-T
* * * *
180915 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGTGTGACTATAAATGGATATTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATATTTCT
180980 TGTCAATGAATGGCTTTTT
66 TGTCAATGAATGGCTTTTT
180999 GTTTCACATT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 31, Indels: 17
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATATTTCT
TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAAAC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:187164 original size:170 final size:171
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186842 GGTCATTACA
* * * * * *
186852 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAG-TGTGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAG
1 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * *
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65 TGACTATAAATAGACATATCTTATCAATGAATGGCTTTTTTCTTACATTTTCCAAGACAAACAAT
*
186981 TAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACT
130 CAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATT-AACT
* * * *
187023 -TAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGATCGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGT
1 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGAGT
* * * * *
187087 TATTATAATTGGACATATCTTATTAATGAATGGC-TTTTTCTT-CATATTTCCAAAGACAAACAA
66 GACTATAAATAGACATATCTTATCAATGAATGGCTTTTTTCTTACAT-TTTCC-AAGACAAACAA
* ** * *
187150 TCAATTATAATCTGTTTTATTCAAAAATATAAAAACATTTAGT
129 TCAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTAACT
* * *
187193 CTAAAACCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCATTTTGAAGGAATTG
1 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-ATAGTAATAAGG-ATTTTGAAGGCA-TG
187257 -GTGACTATAAA
63 AGTGACTATAAA
187268 CGGACTTTTG
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 35, Indels: 15
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 12 0.06
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173 2 0.01
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Consensus pattern (171 bp):
CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGAGT
GACTATAAATAGACATATCTTATCAATGAATGGCTTTTTTCTTACATTTTCCAAGACAAACAATC
AATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTAACT
Found at i:189944 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 189605--190704 Score: 1046
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
189595 NNNNNNNNNN
* * * * *
189605 ATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTACAAAACT
1 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
* * * * * * *
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66 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
* * ** * * *
189732 GAAT-ACTTTTTTCTTTACGTTTTTTGAGGTAGACAATCAATT
130 G-ATGAC-TTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* *
189774 ATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
* * * * * *
189839 ATCTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAG-CTTGCTTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCTAA
66 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTG-ATGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAA
* * * *
189902 TGATTACTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATT
129 TGATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * * *
189944 ATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAACAATTCATA-TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
* ** * * *
190008 CATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTC-AAGGAATTGATGACTATAAATAAACTCTTATTGCTAG
65 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAA
* * *
190072 TGAATGGCTTTTTATTCACA-TTCCCAAGGCAGACATTCAATT
129 TG-ATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * * * *
190114 ATAATCTGTTTTCA-TAAAAAAAATAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAACAC
1 ATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
* * **
190178 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTGGC-AA
65 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAA
* * * * *
190242 TGATGGCCTTTTCTTCACATTT-TTCATGGTAGACATTCAATT
129 TGATGACTTTTTCTTCACATTTCCT-AAGGCAGACATTCAATT
* * * **
190284 ATGATCTGGTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTTTAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
* * * * * **
190348 CATTT-AAGTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTATAAT
65 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
* * * * * *
190412 GAATGGCTTTTTATTCACGTTTCCTGAGGCAGGCATTTAATT
130 G-ATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * *
190454 ATAATCTATTTTAACTACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
* * * * * *
190519 TTTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATG-TGACTATAAATCGACTTTTCTTACTAAT
66 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-TGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
** * * *
190583 GAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATT
130 G-ATGA-CTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* * * * * * * *
190625 GTAATCT-ATTTAACTAAAAATGTTAAACAGTTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAGAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
*
190689 ATTTAAAGTGATTAAT
66 ATTTAAAGTGAGTAAT
190705 TAGGNNNNNN
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 132, Indels: 47
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 81 0.10
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Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
ATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
Found at i:190594 original size:510 final size:510
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Indices: 189629--190704 Score: 1274
Period size: 510 Copynumber: 2.1 Consensus size: 510
189619 CAAAAATGTA
* * *
189629 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTACAAAACTATTTAAAATGATTAATAAGGCTTCT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCT
* * ** * * * * *
189694 AAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCATGAATACTTTTTTCTTTACGTTTTTTGA
66 AAAGGAATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTCGCATGAATACTCTTTTCTTCACGATTTTTCA
* *
189759 GGTAGACAATCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
131 GGTAGACAATCAATTATGATCTGGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTA
* * * * *
189824 TGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTGCTTGACTATAAGTGGA
196 TGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTCGAAAGATAGCGTGACTATAAATGGA
* * * *
189889 CTTTTTATGCTAATGATTACTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATT
261 CTTTTTATGATAATGATGACTTTTGATTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * *
189954 TTAATTAAAAATATAAAACAATTCATATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTG
326 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
* * *
190019 AGTAACAAGGCTTTTCAAGGAATTGATGACTATAAATAAACTCTTATTGCTAGTGAATGGCTTTT
391 AGTAACAAGGCTTTTCAAGGAATTGATGACTATAAATAAACTCTTATTACTAATGAATAGCTTTT
* * *
190084 TATTCA-CATTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TCATAAAAAAAAT
456 TATTCATCATTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTAAC-TAAAAAAAAT
* * * *
190138 AGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTC
* * *
190203 TGAAGGAATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATG-ATGGC-CTTTTCTTCAC-ATTTT
65 TAAAGGAATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTCGC-ATGAAT-ACTCTTTTCTTCACGATTTT
*
190265 TCATGGTAGACATTCAATTATGATCTGGTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACC
128 TCA-GGTAGACAATCAATTATGATCTGGTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACC
* * * * * *
190329 AATTATGAGATTTTAAAACCAT-TTAAGTGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTCGAAAG-ATAGCGTGACTATA
* * * * * ** *
190392 AATGGACTTTTCT-TTATAATGAATGGCTTTTTATTCACGTTTCCTGAGGCAGGCATTTAATTAT
255 AATGGACTTTT-TATGATAATG-ATGACTTTTGATTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * *
190456 AATCTATTTTAACTACAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCT
318 AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATA-TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA
* * * ** * *
190520 TTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATG-TGACTATAAATCGACTTTTCTTACTAATG
382 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTCAAGGAAT-TGATGACTATAAATAAACTCTTATTACTAATG
* ** *** * ***
190584 AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTGTAATCTATTTAACTAAAAATGTT
446 AATAGCTTTTTATTCATCATTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTAACTAAAAAAAAT
* * *
190649 AAACAGTTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGATTAAT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAAT
190705 TAGGNNNNNN
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 81, Indels: 23
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 54 0.11
510 378 0.80
511 41 0.09
512 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTCT
AAAGGAATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTCGCATGAATACTCTTTTCTTCACGATTTTTCA
GGTAGACAATCAATTATGATCTGGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTA
TGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTCGAAAGATAGCGTGACTATAAATGGA
CTTTTTATGATAATGATGACTTTTGATTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
AGTAACAAGGCTTTTCAAGGAATTGATGACTATAAATAAACTCTTATTACTAATGAATAGCTTTT
TATTCATCATTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTAACTAAAAAAAAT
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200795 TTACAAAACC
* * * *
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* * ** * * * **
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*
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* * * *
200963 NNNNNNNNNNATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAATGA-ATGAGTGACTATAAATAAATTTT
1 ----------ATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAGATGA-CGACTATAAATAAACTTT
* *
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*
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201134 NNNNNNNNNN
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AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
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201617 NNNNNNNNNN
* ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTAT
* **********
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* * * * * * *
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1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTCTTTGAAAGAATGGGTGACTATAA
* * *** * * * *
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* *
202098 TCTGTTTTATCCAAAAATATAAAAACATTTAGTCTAAAATT
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* ** *
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1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-TCTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
* * *
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* *
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Statistics
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TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAGTCTAAAATC
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*
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* *
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202423 NNNNNNNNNN
* * *
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* ** * * *
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*
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* ** ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * * **
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* * *
203072 TTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTA
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** ** * ** ** * * * * ** *
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** * * * * * * *
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*
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* * ** * * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTC-T
* * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * *
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* * *
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* * * **
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTTT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * * *
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* * * *
203920 TAAAATCAATTTTGAGATTATAGAGCCATTTAAAG-CATGTA
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
204026 CATGTTTCCTAAGACAAACAATCGATTATAATCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAACATTTAA-
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* * * **
204089 TCTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTA
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* * * * * *
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1 ATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTCT
* *********************************
204197 TCATGTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 TCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
*******************************************
204262 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
******************************************************* *
204305 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTACGTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACAATGAATGGCT-TTTTC--T
***** * ** * ** * **** *
204370 TC-TCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATT-TGTTTTAACAAAAATGTTAAAAACT-T----AAAT
63 TCATGTTTCCAAGGCAGAC-ATT-CAATTATAATCT-ATTTTAA--TCAAAAA-TGTAAAAAAAT
* * * *
204427 T-AAC-T----TCAACTATGAGATTATAAGAGCATTTAAAGCGAGTA
122 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* ** * * * *
204468 ATAAGGCTTTCGAAGGCCTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTATATCAATGGATGGCTTTTGCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTT-TA-CAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
204533 TATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAACAATTGAACT
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* * **
204598 TCAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * ** *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGAAC-TTT-TTTACAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * ** * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT-TT-TTTACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * * * * *
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64 CATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-
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* * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
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* *
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* ** * * **
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAAT-GA-ACTTTTT-TACAATGAATGGCTTTTTC
* ** * **
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* * *
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* ** **
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC--TTTTTTAC-AATGAAT-GGCTTTTTC
* * * * ** * *
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62 TTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
205452 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAACACCATTTAAAGTGAGTA
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* *
205495 AAAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAAT-AGACTTTTCTTAGCAATGAATGGTCTTTTT-
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTT-TTA-CAATGAATGG-CTTTTTC
* * * *
205558 TTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAA-CGAAAAATTTAAAAAAATTCA
62 TTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
*
205622 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
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* *
205666 ATATA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAAT-AGATGACTTTTTC
1 ATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTA-CAATGA-ATGGCTTTTTC
*** * * * * * *
205729 TTCACAT-TTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATT-G
62 TT--CATGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * **
205792 ACTCAAAATGAATTATCAGATTACGAAACCATTTAAAGTGAGTA
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* * * * *
205836 ATAAGTCTTTTGAAGGAGTTGGTGACTATAAATGAACTTTTCATGT-CAGTGAATGACTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT--T-TACAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * ** *
205900 TCATATTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCATGAAAAATACAAAAAACTTCAAC
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* * * * *
205965 CTAAAATCAATTATGAGATTACAACACAATTTAAAGTAAGTA
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** * * * * *
206007 ATAATACTTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTGACAATGAATGGCCTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * ** * *
206072 CACGTTTCCCGAGACAGACATTTAGGTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTTAAC
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* * * *
206136 TTAAAATCAATTCTGAGATAATAGAACCATTTAAAGTGAGCA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
206178 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
206242 TCATGTTTCCCTTA-GTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAACT-TAAAAAAATTT
63 TCATGTTT-CC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAA-TGTAAAAAAATTC
* **
206304 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTA
124 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* ** * ** * * ** *
206349 ATAAGGCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATACGTGGACTTTTTATTCTAAT-AGATTACTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTT-TAC-AATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * * * * * *
206413 TCATGTTTTCGAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTCTAATCAAGAATATAAAAAAATTAAAC
63 TCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
206478 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTA
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* ** * *
206520 ATAAGGCTTTTGAAAGAATTTGTGACTATAAATTAACTTTATTTACTAGTGAATGGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT-TTTAC-AATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * ** * *
206585 CATGTTTACCAAGGCAAACATTTAATTATAATATGTTTTTAGGAAAAATGCAAAACAATTCAACT
64 CATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
206650 TAAAATCAATTATGAGATTA
128 TAAAATCAATTATGAGATTA
206670 CANNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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162 2 0.00
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TGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
Found at i:208252 original size:150 final size:150
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Indices: 208064--208352 Score: 422
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208054 ACATTTTCCA
*
208064 AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTCGGAAAAAATGCAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTCGGAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
208129 ATGAGATTA-CAACACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAATG
66 ATAAGATTATCAA-ACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATG
*
208193 GACTTTTCTTCATGTTTCTCG
130 GACCTTTCTTCATGTTTCTCG
* *
208214 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-G-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT--CGGAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
208277 TTATAAGATTATGAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT
64 TTATAAGATTATCAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAAT
208342 GGACCTTTCTT
129 GGACCTTTCTT
208353 GTCAATGAAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 6
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
150 120 0.97
151 3 0.02
152 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (150 bp):
AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTCGGAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATAAGATTATCAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGG
ACCTTTCTTCATGTTTCTCG
Found at i:208690 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 208193--209675 Score: 1080
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 168
208183 ACTATAAATG
** * * *
208193 GACTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAA
1 GACTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAA
* * * *
208258 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATGAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
208323 AGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAAT
130 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCT-AATGAAT
* * ** * * * * * *
208363 GCCTTTTTCTTTACATTTTTCAAGGTAGATAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
1 GAC-TTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * ***
208428 AATATTTTAACTTAAATTCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCA
65 AA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * *
208493 AAGGCTTGTGTGACTATAAGTGAACTTTT-TATACTAATGGAT
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-T-CTAATGAAT
* * * * * * *
208535 TACTTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAATATTTAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTCA
1 GACTTTT-CTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-A
* *
208599 AAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * *
208664 AAGGAGTTGACGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAAT
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTAATGAAT
** * ** * * ** *
208706 GACTTTTCTTCATGTTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTCAGGAAAAATATAAAA
1 GACTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * *
208771 AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
208836 GAATGGGTGACTATAAATGCA-TTTTGCTTGGTAGTGAGT
131 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-CTT-CTAATGAAT
* * * * * *
208875 GGCCTTTTCTTCACGTTTCCCATGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTAAA
1 -GACTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AA
* * *
208940 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
209005 AAGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAAT
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCT-AATGAAT
* **
209046 GGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACAAAAAATGTAAA
1 GAC-TTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * * **
209110 AAACTTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTACAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGC-TTCAA
65 AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
209174 AGGGGATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAAT
129 A-GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTAATGAAT
* ** *** * * * * * *
209216 GTCTTTTTCTTCATGGTTT-TTGAGGTAAACAATCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
1 GAC-TTTTCTTCA-CATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
********** * *
209280 AAGAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
64 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * *
209345 AA--AACTTGCTTGACTGTAAGT-AGACTTTT-TATACTAATGGAT
128 AAGGAA--TGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-T-CTAATGAAT
* * * ** * * * ** *
209387 TACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAA
1 GACTTTT-CTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * * ********** *
209452 CCAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTCA
65 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * *
209517 AGGAATTTGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCTAGTGAAT
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTAATGAAT
* * * * * ** **
209558 GGCTTTTTATTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCATTAAAAATATAAA
1 GAC-TTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAA-ATGTA
* * *
209623 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAACACCATTTAAAGTGAGTA
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
209676 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 251, Indels: 76
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 101 0.10
170 233 0.23
171 486 0.48
172 184 0.18
173 15 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GACTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTAATGAAT
Found at i:208944 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 208193--209673 Score: 1140
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 336
208183 ACTATAAATG
* * * *
208193 GACTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAA
1 GACTTTTCTTCACGTTTC-CCAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATC-AAAAATGTAAAA
* * *
208258 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATGAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAA
* * *
208323 AGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTTT-CAAG
129 AGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC-TT-CATTTTTCCAAG
* * * * * * * *
208387 GTAGATAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTTTAACTTAAATTCAATAA
192 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT--CAAAAAATATAAAAA-ACTTCAACTTAAAATCAATTA
* ** * *
208452 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCAAAGGCTTGTGTGACTATAAGTGAA
254 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
208517 CTTTTTATACTAATGGAT
319 CTTTTTATACTAATGGAT
* * * * * * * *
208535 TACTTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAATATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTCAA
1 GACTTTT-CTTCACGTTTCCC-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATGTAAA
* * *
208600 AAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGA
* * * ** * *
208665 AGGAGTTGACGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTTCCAAG
128 AAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCCAAG
* * *
208729 ATAGACATTCAATTATAATATGTTTTCAGGAAAAATATAAAAAA-ATCAACTTAAAATCAATTAT
192 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCA--AAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *** *
208793 GAGATTATAACACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGCA-
255 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC
** *
208857 TTTTGCT-TGGTAGT-GAGT
320 TTTT--TATACTAATGGA-T
* *
208875 GGCCTTTTCTTCACGTTTCCCATGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTAAA
1 -GACTTTTCTTCACGTTTCCCA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATC-AAAAATGTAAA
* *
208940 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGA
* ** *
209005 AAGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAA
128 AAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTC-CAA
* * * *
209069 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTAT
191 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TCAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
209134 CAGATTACAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTT-CAAAGGGGATGGCTGACTATAAATGGA
255 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAA-GGAATGGGTGACTATAAATGAA
* * **
209198 CTTTTCT-TCCCAATAAAT
319 CTTTT-TATACTAATGGAT
* * *** * * * * *
209216 GTCTTTTTCTTCATGGTTTTTGAGGTAAACAATCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
1 GAC-TTTTCTTCA-CGTTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATGTAAA
* ********** * * *
209281 AGAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGA
* ** * * * * * * **
209346 AA-ACTTGCTTGACTGTAAGT-AGACTTTT-TAT-ACTAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCT
128 AAGA-ATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTC-
** * * * * * * *
209407 CAAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAACCAA-TTTAAATTAAAATCA
188 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCA--AAAAATATAAA-AAACTTCAACTTAAAATCA
* * ********** * **
209471 ATTATGAGATTACAAAACTANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTC-AAGGAATTTGTGACTATAA
250 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCCAAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
209535 ATAAAC-TTTTATTGCTAGTGAAT
314 ATGAACTTTTTA-TACTAATGGAT
* * * * * * *
209558 GGCTTTTTATTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCATTAAAAATATAAA
1 GAC-TTTTCTTCACG-TTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATGT-AA
* * *
209623 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAACACCATTTAAAGTGAG
62 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
209674 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 203, Indels: 71
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 11 0.01
340 241 0.27
341 283 0.31
342 185 0.21
343 177 0.20
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
GACTTTTCTTCACGTTTCCCAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAG
AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTCCAAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTCAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTA
TACTAATGGAT
Found at i:209507 original size:683 final size:682
Alignment explanation
Indices: 208189--209673 Score: 1602
Period size: 683 Copynumber: 2.2 Consensus size: 682
208179 GGTTACTATA
* * * * *
208189 AATGGACTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATGT
1 AATGGCCTTTTCTTCACGTTTC-CCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGT
* * *
208254 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATGAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTT
* *
208319 TGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTTTC
130 TGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTC
* * * * * *
208384 AAGGTAGATAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTTTAACTTAAATTCAA
195 AAGGCAGACAATCAATTATAATCTAGTTTAACAAAAAATATAAAAATACTTCAACTTAAATTCAA
* * * * *
208449 TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCAAAGGCTTGTGTGACTATAAGT
260 TAATCAGATTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCAAAGGCATGTGTGACTATAAAT
* ** * * *
208514 GAACTTTTTATACTAATGGATTACTTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAATATTTAATTATAATA
325 GAACTTTTTATACCAATAAATTACTTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATA
* * *
208579 TATTTTAATCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
390 TATTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * *
208644 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTTGACGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATGAC
455 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAACTTGACGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGAC
* * * * *
208709 TTTTCTTCATGTTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTCAGGAAAAATATAAAAAAA
520 TTTTCTTCACGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAA
* * * *
208774 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
585 TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAA
** * *
208839 TGGGTGACTATAAATGCA-TTTTGCTTGGTAGTG
650 TGGGTGACTATAAATAAACTTTT-ATTGCTAGTG
* * *
208872 AGTGGCCTTTTCTTCACGTTTCCCATGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGT
1 AATGGCCTTTTCTTCACGTTTCCCA-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGT
* *
208937 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTT
* *
209002 TGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
130 TGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-TT
* *
209067 -AAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ACTTCAACTTAAAATT-
194 CAAGGCAGACAATCAATTATAATCTAGTTTAACAAAAAATATAAAAATACTTCAACTT-AAATTC
* * * *
209128 AATTATCAGATTACAAAACCATTGAAAGTGATTAATAAGGCTT-CAAAGGGGATG-GCTGACTAT
258 AATAATCAGATTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCAAA-GGCATGTG-TGACTAT
* * * **** *
209191 AAATGGACTTTTCT-TCCCAATAAATGT-CTTTTTC-TT-CATGGTTTTTGAGGTAAACAATCAA
321 AAATGAACTTTT-TATACCAATAAAT-TACTTTTGCTTTACAT--TTCCCAAGGCAAACAATCAA
* * * ********** *
209252 TTATGATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAA
382 TTATAATATATTTTAACCAAAAATATCAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
* * *
209316 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AACTTG-CTTGACTGTAAGT-AGACTTTT-TAT
446 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAACTTGAC--GACTATAAATGA-ACTTTTCT-T
* * * **
209377 ACTAATGGATTACTTTTGCTTCACG-TTTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATT
507 ACCAATGAATGACTTTT-CTTCACGTTTTC-CAAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAAGG
* * * * **********
209441 AAAAATATAAACCAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTANNNNNNNNNNGTAAT
570 AAAAATATAAA-AAAATCAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
**
209506 AAGGCTTTTCAAGGAATTTGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCTAGTG
634 AAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCTAGTG
* * * * *
209555 AATGGCTTTTTATTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCATTAAAAATAT
1 AATGGCCTTTTCTTCACG-TTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAA-AT
* * * *
209620 -AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAACACCATTTAAAGTGAG
63 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
209674 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 120, Indels: 41
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 4 0.01
680 17 0.03
681 193 0.29
682 72 0.11
683 305 0.46
684 68 0.10
685 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
AATGGCCTTTTCTTCACGTTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTT
GAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTCA
AGGCAGACAATCAATTATAATCTAGTTTAACAAAAAATATAAAAATACTTCAACTTAAATTCAAT
AATCAGATTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCAAAGGCATGTGTGACTATAAATG
AACTTTTTATACCAATAAATTACTTTTGCTTTACATTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATAT
ATTTTAACCAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAACTTGACGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGACT
TTTCTTCACGTTTTCCAAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAAT
CAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAT
GGGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCTAGTG
Found at i:211055 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 210024--211080 Score: 665
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
210014 NNNNNNNNNN
* * *
210024 ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTCACAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTACCCAATG
* * * * * * * ** *
210088 AATGGCCTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGCAGACATTCAAGTATAATCTATTTTGATAAAAAATG
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA
* * * * *
210152 TAAAAGAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACT
130 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
* ********** **
210194 ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTACCCAAT
* * * * * * *
210258 GAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCATA-GCAAACACTCAATTATAATCT-GTCTAACCAAAAAT
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT
* * *
210321 ATAAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATTAGATTACAAAACC
129 ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
* * * * * * *
210364 ATTTAAATTGATTAATAAGGCTTTT-AAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTACCCAAT
* ** * * * *
210428 GCATATCTTTTTCTTCACATTTT-TGGAGGCAAACAATT-AATCATAAT-TGGTTTTAACCAAAA
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAAC-ATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAA
** ***********
210490 ATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACT
127 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
** ** * * * *
210535 ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTACATGACTATAAGTAGACTTTT-TATGCTAA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTA-CCCAA
* ** * * *
210598 TGGATTACTTTTGT-TTCAGGTTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAT
64 TGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA
* * * ****
210661 ATGTACAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTACAANNNN
127 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
****** * * ** *
210706 NNNNNNATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTTGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA-CCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TACCCAAT
********** * *
210770 GAATGGCTTTTTCTNNNNNNNNNNTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCAA-GAAAAAT
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-AACCAAAAAT
* * * * * *
210834 ACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAACATT
129 ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
* * * **
210877 GTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGGCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTACCCAATG
* **
210942 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAATAAAAAATA
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACCAAAAATA
* * * *
211006 -AAAAAAATTTTAA-TTGAAAATAAATTATGTGATTATAAAACC
130 TAAAAAAA-TTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
*
211048 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
211081 GNNNNNNNNN
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AATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT
AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT
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212028 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
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1 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AATG
* * * * *
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65 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* **********
212165 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCAA
129 T-AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-A
* * * ** *
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1 TTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AA
* * * * * * * * * * * *
212271 TGACT-AGGTTTCTCTTCATGTTTCTCAGGGTA-ACCATTCAATTACAATATGGTTTAACCAAAA
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* *
212334 ATGTAAAAACATTCAACCTAAAAAT-AATTAAGAGATTATAAAACTA
126 ATGTAAAAA-ATTCAA-CT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
212380 TTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATT
1 TTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * * *
212444 AATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTC-GACAGTCAATTATAATTTGTTTTATCAAAAAATG
65 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG-CAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * ********** *
212508 TTAAAATATTCAGCCTNNNNNNNNNNATGAGATTGTAAAACCA
129 -TAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
212551 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTACGGGTGATTATAAACAGACTTTTCTTATCAATAA
1 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
* * * * *
212616 ATGATTTTTTCTTCACATTTCTTAAAGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATATA
66 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * *
212681 AAAATATAT-AGTCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCA
131 AAAA-AT-TCA-ACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** ** * *
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1 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATG
* * * * * * * *
212786 AATGACTTTCTCTTCATGTTTCCTACGACAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAAGTAAAAATGT
65 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* *
212851 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTA
130 --AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * *
212894 TTTAAAGTGATTAACAAGGCTTTT-AAGGAGATGGGTGACTATCAATGGACTTTTTTTACCAATG
1 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * * * * *
212958 AAT-ACCTTATTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
65 AATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
*
213022 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAGAACCA
129 TAAAA-AATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCA
* * * * * * *
213066 TTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAGTAAACTTTT-TATGTCAAT
1 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TATCAAT
* * * * * * * * *
213129 -AGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAGTACAATTTGTTTTAACTAAAAAT
64 GA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
* *
213193 GTAAAACAATTCGAACTAAAATCAATTATGAGATTATGAAATCA
128 GTAAAA-AATTC-AACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * ** *
213237 TTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATAGACGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
1 TTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * * *
213301 AATGGCTTTGTCTTCACGTTT-TCCATGGCAAACAGTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATG
65 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * *
213365 TAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCA
129 T-AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
213408 TTTAAAGTGATTAACAACGCTTTTG-AGGAGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
1 TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * *** * *
213472 AAT-ACCTTGTTCTTCACATTT-TCTAAAATAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
65 AATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
** *
213535 ACAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAA
128 GTAAAA-AATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
213575 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
AAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:212784 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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*
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Statistics
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CAATAAATGACTTTCTCTTAG
Found at i:213009 original size:343 final size:340
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212632 ATTTCTTAAA
* *
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1 GCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATATCA-ACT-TAAAATTAATT
* ** * *
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* * *
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* *
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* * * * ** * *
212899 AGTGATTAACAAGGCTTTT-AAGGAGATGGGTGACTATCAATGGACTTTTTTTACCAATGAATAC
255 AGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGG-GATAGACGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAC
* **
212963 CTTAT-TCTTCATGTTTTTTGA-G
319 CTT-TGTCTTCACG-TTTTCCATG
* * * * *
212985 GTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAAT-TCAACTTAAAATCAGTTA
1 GCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATATCAACTTAAAATTAATTA
* * * *
213049 TGAGATTATAAGAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTAA
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* * * * *
213114 AC-TTT-TTATGTCAAT-AGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAGTACAAT
128 ACTTTTCTTA-G-CAATGA-AT-ACTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAAT
* **
213176 TTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTCGAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATGAAATCATT
188 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATT
* * *
213239 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATAGACGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
252 TAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGGATAGACGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
**
213304 GGCTTTGTCTTCACGTTTTCCATG
317 ACCTTTGTCTTCACGTTTTCCATG
* * * *
213328 GCAAACAGTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTAT
1 GCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATATCAACTTAAAATTAATTAT
* * * * * *
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66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCG-TGAGTGACTATAAATA-A
* ** * * *
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129 CTTTTCTTAGCAATGAATA-CTT-TTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
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213571 TAAANNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 80, Indels: 49
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Matches are distributed among these distances:
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GCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATATCAACTTAAAATTAATTAT
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ACTAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAG
TAACAAAGCTTTTGAAGGGATAGACGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTGTC
TTCACGTTTTCCATG
Found at i:214116 original size:172 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 170
213780 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * *
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1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * * * * *
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66 CCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGCGAG
* * * *
214090 CAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGA-TTTT
129 TAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** * * * *
214132 TTATACCAATGGATGACTTTTGCTTCA-CATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTG
1 CT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
214196 AACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA
64 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
214260 TAATAAGGCTTTCGAAAGTATG-GATGACTATAAATGGGCTTTT
129 TAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGAG-TGACTATAAATGGACTTTT
* * ** *
214303 CTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATG-TTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTA
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGA-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * * * ** *
214367 ACCAAAAGTGTAAAACAATTCAGCTTACAATTAATTATGAGATCACAAAACTATTTAAAATGATT
65 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * *
214432 AATTTGGCTTTTGAGAGGATGAGTGACTATAAGTAGACTTTT
130 AATAAGGCTTTTGA-AGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
214474 CTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT-TTTTC-AAGGCATACAATCTATTATAATCTGTTTT
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * * **
214537 AACTAAAAATATCAAAATATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCAATTTAAAATGA
64 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGA
* * *
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128 GTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * * * *
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1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
214709 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAACAACTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
66 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
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** * * * * * * *
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1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * * * *
214878 ATTCAAAAAATATAAAGAAATTCAGCCTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGA
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* * * * *
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128 GTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
214987 CTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCATCA--CAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-C-TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * **
215050 AACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTATAGTAA
64 AACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
215115 TTAATAAGGCTTTTGAGAAGATGGGTGATTACAAATGGACTTTT
128 GTAATAAGGCTTTTGA-AGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * *
215159 CTTATCAATGAATGTCTTTTT-TTCATATTTTTTGAGGTTA-ACAATCAATTATAATCTGTTTTA
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* * * * *
215222 ACTAAAAATAT-AAAAAATATCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAACCATTTGAAGCGA
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* * * **
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128 GTAATAAGGCTTTTGAA-GGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
215330 -TATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGACAGACATTTAATTATAATCTATTTT
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* * * * *
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* * * *
215457 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGAACTTTT
127 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * **
215502 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTT-TAGAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTGG
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * * * *
215566 ATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGT
65 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
215631 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TGATAAATGGACTTTT
130 AATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTT
* * * * ** * * *
215673 CTTGTCAAAGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAACTATAATCTTTTTTAA
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * * *
215738 TGAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
66 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * **
215803 ATAAGGGTTTTGAAGGTATGAGTGACTAGAAATAAACTTTT
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* * * *
215844 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCACTTATAATCTGTTTTAA
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * *
215909 TGAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
66 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
215974 ATAAGGCTTTCGAATGTTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT
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* * * ** * *
216015 CAT--CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATAG-TTTC
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTA
* *
216077 ATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
65 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
216127 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1746, Mismatches: 361, Indels: 120
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Matches are distributed among these distances:
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CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
Found at i:214581 original size:342 final size:338
Alignment explanation
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213828 TAGATAGTCA
* * * *
213838 ATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAGAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * * *
213903 ACTATTTAAAGTAATTAATAAGGCTTTTG-AGGAGATGAGTGACTTTAAATAGACTTTTCTTGCC
65 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * ** * *
213967 AATGAAT-GTTTTTTTTTTATGTTTTCTGAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAA
129 AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA
* * * * * * * *
214031 ATATAAAAACAATTTAAGTTAAAATCAATTATAAAATTATAAGAACCATTTAAAGTGAGCAACAA
193 ATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * *
214096 GGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAGTGGA-TTTTTTATACCAATGGATGACTTTTGCTTCA
256 GGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * *
214159 CATTTCTTGAGGTAAACATTC
319 CATTT-TTAAGGCATACAATC
* * * * *
214180 AATTACAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
1 -ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
214245 ACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAAGTATG-GATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC
65 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * *
214309 AATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAAAA
129 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA
* * * * * * * * * **
214374 GTGTAAAACAATTCAGCTTACAATTAATTATGAGATCACAAAACTATTTAAAATGATTAATTTGG
193 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* *
214439 CTTTTGAGAGG-ATGAGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT
258 CTTTTGA-AGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT
214503 TTTTCAAGGCATACAATC
322 TTTT-AAGGCATACAATC
* * * *
214521 TATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATCAAAATATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
1 -ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * *
214586 AATCAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAGTGGGC-TTTCTTG
64 AA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** * * * **
214649 CCAATGACTGGGTTTCACTTCATGTTT-CCAGGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAA
127 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAA
* * * * * *
214713 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAACAACTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
191 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * ** *
214778 AGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTTACA
256 GGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA
*
214843 TTTCTTAAGGCAGT-CAGTC
321 TTT-TTAAGGCA-TACAATC
* * * * * * * *
214862 AGTTATAATCTATTTTATTCAAAAAATATAAAGAAATTCAGCCTAAAATAAATTATGAGATTGTA
1 A-TTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
214927 AAATCATTTAAAGCGACTAATGAGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
63 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * **
214992 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCATCACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAA
128 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AA
* * * * *
215056 AAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTATAGTAATTAATA
191 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * ** *
215121 AGGCTTTTGAGAAG-ATGGGTGATTACAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTT-TTCA
255 AGGCTTTTGA-AGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * *
215184 TATTTTTTGAGG-TTAACAATC
319 CA-TTTTTAAGGCAT-ACAATC
* * *
215205 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATATCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
1 -ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-A
* * * **
215270 AAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCT-TGACTGACTATAGGTGGACTTTT-TAT
63 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * * ** * * *
215333 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATCA
126 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA
* * * *
215398 AAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTAACTTAAAGCGAGTAA
190 AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAA
* * * *
215462 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
253 TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT
* ** * * * *
215526 TAGGTTTTTAGAGGAAAACATTTA
317 CACATTTTTA-AGGCATACA-ATC
** * * *
215550 ATTATAATCTGTTTGGA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAGATTACAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
215614 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTGT
64 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * *
215678 CAAAGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAACTATAATCTTTTTTAATGAAA
128 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAA
* *
215743 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
192 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * *
215808 GGTTTTGAAGGTATGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
257 GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT
* * * *
215873 TTTCTGAGGTAGACATTC
322 TTT-TAAGGCATACAATC
*
215891 ACTTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATA
1 A-TTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
215955 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGTTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTC--AT
63 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * ** * *
216018 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT-TTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATAG-TTTCATCA
128 CAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATCA
* *
216081 AAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
190 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA-------------------
*********************************** * *
216146 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
236 --CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
** * * *
216210 AATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
299 AATGAAT-GACTTTTTCTTCACATTT-TTAAGGCATACAATC
* * * * * * * *
216251 AATT-TCAATATGTTTTAACTAACACTGTAAAAGAATTCAACCTAAAATGACTTATGGGATTACA
1 -ATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
216315 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGGGTGACAATAATTGAACTTTTCTTGT
63 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * * * *
216380 CAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAATTTAATTACAATCTATTTTAA-CCAA
128 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAA
* * * * * ** *
216444 AATGTAAAGAAATTCAAAC-TAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAAGAA
192 AATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * ** * * **
216508 GGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATG
256 GGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA
* *
216573 TTTCTCAAGGTATACAATC
321 TTT-TTAAGGCATACAATC
* *
216592 AATTATAATCTATTTTAACT----A---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
1 -ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
216650 TA-TATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAAGTGACTATAAGTGAACTTTT-TAT-
65 -ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TG
* * * * ** * * * *
216711 ACTAATGGATGACTTTTGCTTCA-GATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATT
127 TC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATG--TTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC
* * * * *
216775 AGAAATGT-AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAA
189 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAA
** * * * ** * *
216839 TAAGGCTTTTGAAGGCCTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTT
253 TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC
** ** * ** *
216904 AGGTTTTCTGAA-ATAGACCCTT
318 ACATTTT-T-AAGGCATACAATC
* * * * * * *
216926 AGTTGTAATATATTTTAACCAAAAATGGAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 A-TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
216991 AACCATTTAAAGTGAATGATAACGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTAT
64 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTAT
217038 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 6 0.00
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338 1 0.00
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359 5 0.00
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Consensus pattern (338 bp):
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTT
AAGGCATACAATC
Found at i:216343 original size:702 final size:638
Alignment explanation
Indices: 215481--216820 Score: 999
Period size: 702 Copynumber: 2.0 Consensus size: 638
215471 TGAAGGAATG
* * *
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1 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCAGGTTTTTAGAGGAAAACA
* * * *
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** *
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131 CAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * *
215676 GTCAAAGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAACTATAATCTTTTTTAATGA
196 GTCAAAGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAAATTCAACTACAATCTATTTTAA-CA
* * * **
215741 AAAATGTAAA-AATATTC-AACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
260 AAAATGTAAAGAA-ATTCAAAC-TAAAATCAATTCTAAGATTACAAAACCATATAAAGCAAGTAA
* * * * *
215804 TAAGGGTTTTGAAGGTATGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
323 GAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTC
* * * *
215869 ACGTTT-TCTGAGGTAGACATTCACTTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTGAAAAAATTCAAC
388 ACGTTTCTC-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACT-----A----AAAAAATTCAAC
* * * * * * *
215932 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGTTTGAG
443 TTAAAATCAATAATGAGATTATAAATA-CATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAG
* * *
215996 TAACTATAAATGGACTTTTCAT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTGAGGCAGACATT
507 TAACTATAAATGAACTTTTCATACTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATT
* *
216059 CAATTATAATATAGTTTCATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
572 CAATTATAATATAGTTTAATCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATA
216124 AAA
636 AAA
*********************** * *
216127 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTAT
1 -----------------------------------GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
* ** *
216192 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATT-T
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* * * * * * *
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75 -AATATGTTTGAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
* * * *
216320 ATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGGGTGACAATAATTGAACTTTTCTTGTCAAT
138 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGTCAAA
* * * *
216384 GAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAATTTAATTACAATCTATTTTAACCAAAATGT
202 GAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAAATTCAACTACAATCTATTTTAACAAAAATGT
*
216449 AAAGAAATTCAAACTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAAGAAGGCTTT
267 AAAGAAATTCAAACTAAAATCAATTCTAAGATTACAAAACCATATAAAGCAAGTAAGAAGGCTTT
* * * * * *
216514 TGAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCTC
332 TGAAAGCATGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACGTTTCTC
*
216579 AAGGTATACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
397 AAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * * *
216644 TATAAATATATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAGTGAACTTTTT
462 TATAAATACATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGAACTTTTC
* * *
216709 ATACTAATGGATGACTTTTGCTTCAGATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
527 ATACTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAGTTTAAT
* * *
216774 TAGAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
592 CAAAAAAGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
216821 CTAATTTAAA
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 103, Indels: 49
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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701 137 0.26
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703 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (638 bp):
GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCAGGTTTTTAGAGGAAAACA
TTCAATTATAATATGTTTGAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
CAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTT
GTCAAAGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAAATTCAACTACAATCTATTTTAACAA
AAATGTAAAGAAATTCAAACTAAAATCAATTCTAAGATTACAAAACCATATAAAGCAAGTAAGAA
GGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACG
TTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAA
TGAGATTATAAATACATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGAA
CTTTTCATACTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAG
TTTAATCAAAAAAGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
Found at i:216525 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 216184--217037 Score: 707
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
216174 NNNNNNNNNG
** * ** *
216184 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAAT
* * * * * * * * *
216249 TCAATTTCAATATGTTTTAACTAACACTGTAAAAGAATTCAACCTAAAATGACTTATGGGATTAC
66 TCAATTACAATATATTTTAACCAA-AATGTAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
216314 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGG
129 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* *
216355 GTGACAATAATTGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAAT
* * * *
216420 TTAATTACAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAGAAATTCAA-ACTAAAATCAATTCTAAGATTAT
66 TCAATTACAATATATTTTAACCAAAATGTAAA-AAATTCAACA-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
216484 AAAACCATATAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGCATGG
129 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * *
216525 GTGACTATAAAT-AGACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACA
1 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA-AAA
* * * * *
216589 A-TCAATTATAATCTATTTTAA-C----T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
64 ATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
216647 AAATA-TATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAA
129 AAA-ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * *
216688 GTGACTATAAGTGAACTTTT-TAT-ACTAATGGAT-GACTTTTGCTTCA-GATTTTCTAAGGTAG
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGTC-AATGAATGGA-TTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGTAA
* * **
216749 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
62 AAATTCAATTACAATATATTTTAACCA-AAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * *
216814 TATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGA
126 TATAAAAC-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
** * * * * * ** * **
216859 GTGACTATAAATGGGCTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTTCTGAA-ATAGACC
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGTA-AAA
* * ** * * *
216923 CTT-AGTTGTAATATATTTTAACCAAAAATGGAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTACAATATATTTTAACC-AAAATGTAA-AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
216987 ATAAAACCATTTAAAGTGAA-TGATAACGCTTTTGAAGGAATAA
127 ATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
217030 GTGACTAT
1 GTGACTAT
217038 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 101, Indels: 58
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.01
163 117 0.21
164 5 0.01
165 1 0.00
169 4 0.01
170 170 0.31
171 202 0.37
172 49 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAAT
TCAATTACAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
Found at i:216694 original size:163 final size:161
Alignment explanation
Indices: 216184--216902 Score: 586
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 161
216174 NNNNNNNNNG
** * ** * * *
216184 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AACAA
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216249 TCAATT-TCAATATGTTTTAACTAACACTGTAAAAGAATTCAACCTAAAATGACTTATGGGATTA
65 TCAATTAT-AATCTATTTTAACT---A----AAAA-AATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTA
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216313 CAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGG
120 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
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216355 GTGACAATAATTGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAACAA-
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216420 TTAATTACAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAGAAATTCAAACTAAAATCAATTCTAAGATTATA
65 TCAATTATAATCTATTTTAA-C------TAAAAAAATTC-AACTAAAATCAATTATGAGATTATA
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216485 AAACCATATAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGCATGG
122 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
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216525 GTGACTATAAAT-AGACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACA
1 GTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-ACA
*
216589 ATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAATA-T
64 ATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACT
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216653 ATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAA
127 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
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216688 GTGACTATAAGTGAAC-TTTTTATACTAATGGATGACTTTTGCTTCA-GATTT-TCTAAGGTAGA
1 GTGACTATAAATGAACTTTTTTTTTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTC-AAGGTA-A
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216750 CATTCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
62 CAATCAATTATAATCTATTTTAACT----A---AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATT
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216815 ATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCCTGA
119 ATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
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216859 GTGACTATAAATGGGCTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTT
216903 TAGGTTTTCT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 72, Indels: 56
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 13 0.03
163 120 0.27
164 2 0.00
167 1 0.00
169 3 0.01
170 166 0.37
171 134 0.30
172 7 0.02
175 1 0.00
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
GTGACTATAAATGAACTTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAACAAT
CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
Done.