Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402056.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5153.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6162
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 665 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:396 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 47--2674 Score: 2387
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 171
37 TTCATTTACT
* * * * *
47 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACTAGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
112 AATATCGTAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAT
* ** *
177 CGTCTGTCT-AAGGAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
130 TGTCTACCTCAA-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * *
219 AGAAAAGTCTACTTATTGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * * *
284 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAATTTATAATTAATT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* * *
349 GTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGGCT
131 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * ** * * *
390 AGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCATTTTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
454 CAATCTCGTAATAGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAT
* *
519 TGTCTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAGTCA-TCATTGGCA
130 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * ** *
560 AGAAAAGTGTATTTATAGCCACCCATTCTTTGAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *** *
625 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGATTCAAACAGGCTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* * * * * *
690 GTTTACCTCTAA-AGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-T
131 GTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * *
730 GGCAAAAGTCTTTTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
794 TAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGCTTGAAATAAATTATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
* ** * * * *
858 TCGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT
129 TTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * ** ** * * *
901 AGGAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAACCTTCAAAAGTATTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAC
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
966 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATGATTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* ** * *
1031 GTCTGCCTTGACAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
131 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * *
1072 AGAAAACTATACTTATAG-CTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *** * *
1136 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATCGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAT
* *
1201 TGTTTACCTCAA-AAAGTGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
130 TGTCTACCTCAAGAAA-CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * * * *
1243 ACAAAAGTCCATTTATGGTCACCAATTCCTTCAAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
1308 AATTTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAAATTAAAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* ** * * *
1372 ATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGTCATTCATTGACTA
131 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-A
* * * * * * * ** *
1414 A-AAAAGTCTATTTATTGTCATCTATGCCTTTAACAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTAC
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
1478 AATCTCGTAATTGATTTGAATTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* * * *
1543 GTATACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAATCATTCATTGGGA
131 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * * * *
1584 AGAAAAGTCTCTTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAGTCATATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *** *
1649 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGGCTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* * ***
1714 GTTTACCTCAAAAAACAAAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCA
131 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCA
* * ** *
1755 AGAAACGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** *
1820 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAAATTATAATTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
** * * * **
1885 GTCTACCTGGAGAAACATGAAGAACAAG-CTATCCATTAGTAA
131 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GGCA
* * ** * **
1927 AGAAAAGTCTACTTGTAGTCACTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
1992 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-TATTAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA-TAATTGAT
* * * ** * **
2056 TATTTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCA
130 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * *
2098 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCCTATTGCTCACTTTAAATCGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * *
2163 AAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTCAACGTTCTTACATATTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAA
66 AATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAT
* * * * *
2227 TG-CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-GCATTGACT
130 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * * * **********
2267 TGAAAAGACCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
2332 AATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
* ** * * *
2397 GTCTGCCAT-GGGAAATGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTAGCA
131 GTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * ********** *
2438 AAAAAAATCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ***
2503 AATCTCATAATTGAATTTT-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAT
66 AATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAT
* * ** ** *
2567 TGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATAAGTA
130 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * **
2609 AGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
2674 A
66 A
2675 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1977, Mismatches: 448, Indels: 63
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 109 0.06
170 456 0.23
171 1180 0.60
172 232 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATT
GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
Found at i:685 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 36--2671 Score: 2282
Period size: 341 Copynumber: 7.7 Consensus size: 341
26 AGGGAAAGCT
** * ** * *
36 ATTCATTTACTAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACTAGCTTT
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCATCCAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
100 AAATAGTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAA
64 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAA
* **
165 ATTATAATTGATCGTCTGTCT-AAGGAAA-AGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
128 ATTATAATTGATTGTCTACCTCAA-GAAACA-TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
228 TACTTATTGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
191 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
* * *
293 ATTGATTTTAAGTTGTATGTTTTTACATTTTTG-GTTAAAACAATTTATAATT-AATTGTCTGCC
256 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTCTACC
*
356 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTC
319 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * * *
379 ATTTATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCATTTTTAGTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
444 AATGGTTTTACAATCTCGTAATAGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAT
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAT
* *
509 TATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAGTCA-TCATTGGCAAGAAAAGTGTATT
130 TATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * **
573 TATAGCCACCCATTCTTTGAAAAG-CTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
195 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
* * *** *
637 GATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGA-TTCAAACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTCTA
259 GATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC-A
* *
701 A-AGACATGAAGAAAAAGCC
322 AGAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * * * * *
720 ATTCATTAG-TGGCAAAAG-TCTTTTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCACTT
1 ATTCATTGGCTAG-AAAAGTTC-ATTTATAGTCATCCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
782 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGCTTGAAATA
63 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
* ** * * * *
846 AATTATAATTGATCGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGGAAAGTCT
127 AATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* ** * * * ** *
911 ATTTATAGTCATCCAAACCTTCAAAAGTATTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAA
192 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
* * * *
976 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAAATTATGATTGATTGTCTGCCTT
257 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * **
1040 GACAAATGTGAAGAAAAAGTC
321 AAGAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * *
1061 ATTCATTGGCAAGAAAACTAT-ACTTATAG-C-TACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAT-CC-ATCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
1123 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
62 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
*** * * * ** *
1188 GGCTATAATCGAATGTTTACCTCAA-AAAGTGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTC
127 AATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
1252 CATTTATGGTCACCAATTCCTTCAAAAG-CTTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTTTAA
191 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
* * * * *
1316 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAAATTAAAATTGAATATCTACCT
255 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
** *
1380 TGAGAAACATGAAGAAAAGGTC
320 CAAGAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * * * *
1402 ATTCATTGACTAAAAAAG-TCTATTTATTGTCATCTATGCCTTTAACAGCCTTATTACTAGCTTT
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCATCCAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
1466 AAATAATTTTACAATCTCGTAATTGATTTGAATTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAA
64 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAA
* * * * * *
1531 TTATAATTGATTGTATACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTCT
129 TTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * *
1596 TTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAGTCATATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT
194 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
* *** *
1661 GATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTT-AGTTCAAACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTCA
259 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* **
1724 AAAAACAAAAAGAAAAAAG-C
322 AGAAACATGAAG-AAAAAGTC
* * * *
1744 ATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * **
1809 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAAAT
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAT
** * * **
1874 TATAATTGATTGTCTACCTGGAGAAACATGAAGAACAAG-CTATCCATTAGTAAAGAAAAGTCTA
130 TATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTA
* * ** *
1938 CTTGTAGTCACTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAAT
193 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
* * * * * * * *
2003 TAATTTTAAGTTAAAATGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATA-TATTAATTGAATATTTTCCTT
258 TGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTA-TAATTGAATGTCTACCTC
* ** **
2066 GAGAAATGTGAAGAAAAAGGA
321 AAGAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * * * * *
2087 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCCTATTGCTCACTTTA
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * * * *
2152 AATCGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTCAACGTTCTTACATATTTGGTTAAAACAAG
65 AATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAA
* * * * * * ** * *
2216 TTATAATTGAATG-CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-GCATTGACTTGAAAAGACCAT
129 TTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * ********** * *
2279 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCGTAATT
194 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
* * * * * *
2344 AATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAGATATTATAATTGATTGTCTGCCAT-G
259 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCA
* **
2407 GGAAATGTGAAGAAAAAGTC
322 AGAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * ** * * ******
2427 GTTCATTAGC-AAAAAAAATCTATTTATAGCCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNN
1 ATTCATTGGCTAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCATCC-A-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
**** * * * *
2490 NNNNTGGTTTTGTAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
63 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
*** * * * ** * *
2554 GGCTATAATTGATTGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATAAGTAAGAAAAGTCC
127 AATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * *
2619 ATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
192 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
2672 ATANNNNNNN
Statistics
Matches: 1838, Mismatches: 395, Indels: 121
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 16 0.01
340 331 0.18
341 624 0.34
342 521 0.28
343 342 0.19
344 2 0.00
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
ATTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATT
ATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
ACATGAAGAAAAAGTC
Found at i:1379 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 47--2674 Score: 2477
Period size: 512 Copynumber: 5.1 Consensus size: 512
37 TTCATTTACT
* * * * * *
47 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTA
* * * * * ***
111 TAATATCGTAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTG-
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGA
* ** * * * * *
175 ATCGTCTGTCT-AAGGAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATTGTC
129 AT-GTTTACCTCAA--AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
239 ATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
191 ATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * ** *
304 GTTGTATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAATTTATAATT-AATTGTCTGCCTCAAGAAACGTG
256 GTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * ** *
368 AAGAAAAAGTCATTTATTGGCTAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCATTT
320 AAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCATTA
* * * * *
432 TTAGTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATAGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTG
384 TTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTA
* *
497 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAGTCA-TCATTGGCA
449 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * * *
560 AGAAAAGTGTATTTATAGCCACCCATTCTTTGAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
625 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGATTCAAACAGGCTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
* * * * *** ** * *
690 GTTTACCTCTAAAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGGCAAAAGTCTTTTTAAAGTCACCC
131 GTTTACCTC-AAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
* *
755 ATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTA
195 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* *
818 GAATTTTTTTACATTTTT-GCTTGAAATAAATTATAATTG-ATCGTCTACCTTGAGAAACATGAA
260 -AATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAA
* ** * *
881 GAAAAAGCCATTCATTGACTAGGAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAACCTTCAAAAGTATTTTTA
322 GAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCATTATTA
*
946 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-GAT
387 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAG-T
* * ** * *
1010 TAAAACAAATTATGATTGATTGTCTGCCTTGACAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
451 TAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * *
1072 AGAAAACTATACTTATAGCTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * *
1137 AATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATCGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
* *
1202 GTTTACCTCAAAAAGTGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATGGTCA-CC
131 GTTTACCTCAAAAA-CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
* * * * * * *
1266 AATTCCTTCAAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTTTAAAATTGATTTTAAGTT
195 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
1331 AAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAAATTAAAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGA
259 AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * * * *
1395 AAAGGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATTGTCATCTATGCCTTTAACAGCCTTATTACT
324 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACT
* * * * *
1460 AGCTTTAAATAATTTTACAATCTCGTAATTGATTTGAATTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
389 CGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
1525 AATAAATTATAATTGATTGTATACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAATCATTCATTGGGA
454 AACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * *
1584 AGAAAAGTCT-CTTTATAGCCACCCATT-TCTTCAAAAGTCATATTACTCTCTTTAAATAGTTTT
1 AGAAAAGTCTAC-TTATAGCCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * *
1647 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGGCTATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGA
*** * *
1712 ATGTTTACCTCAAAAAACAAAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTATAGTCA
129 ATGTTTACCTC-AAAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
1776 TTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
192 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
1841 TTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTACCTGGAGAAACATGAA
257 TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * * * *
1906 GAACAAGCTATCCATTAGTA-AAGAAAAGTCTACTTGTAGTCA-CTTATTCCTTCAAAAGTC-TT
322 GAAAAAGCCATTCATT-G-ACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCATC-CATGCCTTCAAAAG-CATT
* *** * *
1968 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATG-TTTTACATTTT
383 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTT
* * * * * ** * **
2032 TAGTTAAAACATA-TATTAATTGAATATTTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGG
447 TAGTTAAAACAAATTA-TAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
2096 CA
511 CA
* * * * * *
2098 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCCTATTGCTCACTTTAAATCGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* ** * * * *
2163 AAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTCAACGTTCTTACATATTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAA
66 AATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAA
* * * * * *** *
2227 TG-CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-GCATTGACTTGAAAAGACCATTTATAGTCA-C
130 TGTTTACCTC-AAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATC
* * * ********** * *
2289 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGT
194 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * * **
2354 TGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATTGATTGTCTGCCATGGGAAATGTGAAG
258 TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * * * * * *
2419 AAAAAGTCGTTCATT-AGCAAAAAAAATCTATTTATAGCCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
323 AAAAAGCCATTCATTGA-CTAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCAAAAGCATTATT
********** * ** * *
2482 ACNNNNNNNNNNTGGTTTTGTAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG
386 ACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTG-ATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAG
*** * * ** ** *
2546 TTAAAACAGGCTATAATTGATTGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATAAGTA
450 TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * ** * * ** * *
2609 AGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
2674 A
66 A
2675 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1739, Mismatches: 334, Indels: 86
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 11 0.01
511 428 0.25
512 839 0.48
513 211 0.12
514 242 0.14
515 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
AGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
GTTTACCTCAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCG
CTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
Found at i:1664 original size:683 final size:677
Alignment explanation
Indices: 1--2671 Score: 2474
Period size: 683 Copynumber: 3.9 Consensus size: 677
* * * * * * *
1 TGAATGTTTGCCTTGGGAAACAAGAAGGGAAA-GCTATTCATTTACTAGAAAAGTCTATTTATAG
1 TGAATATTTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAGGC-ATTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATAG
** * * *
65 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATATCGTAATTGATTT
64 TCACCCAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* **
129 TAAGTTAAGTTTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATCGTCTGTCT-AAGGAAA
127 TAAGTTAA-ATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATCGTCTACCTCAA-GAAA
* * * * * *
193 AGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAC-TTATTGTCATCCATTCCTTTAAAAGC
190 CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-CTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
257 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATGTTTTTACATT
254 CATATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
* * * *
322 TTTGGTTAAAACAATTTATAATTAATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTTATTG
318 TTTGATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * * * * *
387 GCTAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTTGAAAGCATTTTTAGTCGCTTTAAATGGT
383 GCAAGAAAACTCT-ATTTATAGT-A-CCTAT-TCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
450 TTTACAATCTCGTAATAGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
444 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAAT
* ** *
515 TGATTGTCTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAGTCA-TCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGC
509 TGATTGTCTACCTCAAAAAGCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **
579 CACCCATTCTTTGAAAAG-CTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
574 CACCCATTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTT
* * * ***
643 AAGTTGAATTTTTTAATATTTTT-GATTCAAACAGGCTATAAT
638 AAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTAG-TTAAAACAAATTA-AAT
* * * ** * *
685 TGAATGTTTACCTCT-A-AAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTGGCAAAAGTCTTTTTAA
1 TGAATATTTACCT-TGAGAA-ACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGACT-AAAAAAGTCTATTTAT
* *
747 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
62 AGTCACCCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * **
811 TT-AGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGCTTGAAATAAATTATAATTGATCGTCTACCTTGAGAAA
126 TTAAGTTA-AATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATCGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * ** *
875 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGGAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAACCTTCAAAAG-T
190 CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
939 ATTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
255 A-TATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
* ** * *
1004 TTTGATTAAAACAAATTATGATTGATTGTCTGCCTTGACAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
318 TTTGATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * *
1069 GCAAGAAAACTATACTTATAGCTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
383 GCAAGAAAACTCTATTTATAG-TACCTATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * ** *
1134 TATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATCG
446 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTG
* * ** * *
1199 AATGTTTACCTCAAAAAGTGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATGGTCA
511 ATTGTCTACCTCAAAAAGCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
1264 CCAATTCCTTCAAAAG-CTTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTTTAAAATTGATTTTAA
576 CCCATTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
1328 GTTAAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAAATTAAAAT
640 GTTAAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAAATT-AAAT
* *
1367 TGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATTGT
1 TGAATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGG-CATTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * * *
1432 CATCTATGCCTTTAACAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAATTTTACAATCTCGTAATTGATTTG
65 CACCCAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
1496 AATTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTATACCTCAAGAAACGT
128 AAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATCGTCTACCTCAAGAAACGT
* ** ** * * *
1561 GAAAAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTCTTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAGTCATA
193 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATA
* * *
1626 TTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTT
258 TTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTT
* *** * * * * ***
1690 -AGTTCAAACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACAAAAAGAAAAAAG-CATTCATTGG
321 GA-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGG
* *
1753 CAAG-AAACGTCCATTTATAGT-CATTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
384 CAAGAAAAC-TCTATTTATAGTAC-CT-ATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
1816 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAAATTATAATT
445 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATT
* * * * ** * * *
1881 GATTGTCTACCTGGAGAAA-CATGAAGAACAAG-CTATCCATTAGTAAAGAAAAGTCTACTTGTA
510 GATTGTCTACCT-CAAAAAGCATGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * *
1944 GTCACTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTAATTT
572 GTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTT
* * *
2009 TAAGTTAAAATGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATATT-AAT
637 TAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACA-A-ATTAAAT
* ** * * *
2052 TGAATATTTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TGAATATTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGACTAA-AAAAGTCTATTTATAG
* * * *
2116 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCCTATTGCTCACTTTAAATCGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTT
64 TCACCCATCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTT
* ** * * * *
2180 TAAGTTCAACGTTCTTACATATTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT-G-CTACCTCGAGAAAC
127 TAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTG-ATCGTCTACCTCAAGAAAC
* ** * * * *
2243 GTGAAGAAAAAGCCA-GCATTGACTTGAAAAGAC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
191 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTC-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * ********* * *
2306 TTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
255 ATATTACTCG-CTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
* * * ** * * *
2371 TTGGTTAAAAGATATTATAATTGATTGTCTGCCAT-GGGAAATGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTA
319 TTGATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * * **********
2435 GCAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTT
383 GCAAGAAAACTCTATTTATAG-TACCTATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* **
2500 TGTAATCTCATAATTGAATTTT-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATT
446 TATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATT
* ** ** * *
2564 GATTGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATAAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATC
510 GATTGTCTACCTCAAAAAGCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
2629 ACCCATTCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
575 ACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
2672 ATANNNNNNN
Statistics
Matches: 1606, Mismatches: 320, Indels: 124
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 15 0.01
682 491 0.31
683 729 0.45
684 208 0.13
685 150 0.09
686 10 0.01
687 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (677 bp):
TGAATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGACTAAAAAAGTCTATTTATAGTC
ACCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATCGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTA
CTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTA
AAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
ACTCTATTTATAGTACCTATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACC
TCAAAAAGCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
TTATTTTTTAGTTAAAACAAATTAAAT
Found at i:3491 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2955--3988 Score: 609
Period size: 170 Copynumber: 6.1 Consensus size: 167
2945 NNNNNNNNNC
* * * * *
2955 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATATTTTGATA-AT
1 TTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATATTTT--TACAT
** * * * * * * *
3019 TTTCGTTAAAACAAGCTATATTTGAATGTCTATTCC-AA-AAAACATTAAGAAAAAGGCATTCAT
63 TTT-GTTAAAA-AAATTATAATTGATTGT-T-TACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * *
3082 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATTTCTTCAAAAGCT
124 TAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCT
* * * * * ********* * *
3126 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTCATNNNNNNNNNNATTTTTTTTACATT
1 TTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGAT-TTTAAGATGAATATTTTTACA-T
* * * * * *** *
3191 TTTGGTTAAAGAATATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAATAAGAA-AAAACAGCCATTTATT
63 TTT-GTTAAA-AAAATTATAATTGATTGTTTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATT
* * * * * * *
3255 -GACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCC-ATGCCTTCGAAAGCA
125 AG-CAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAGCT
* * * * * *
3298 TTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT
1 TTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACAT-T
* * *
3363 TTGGTTAAAAAAATTATAATTAATTGTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTAGC
64 TT-GTTAAAAAAATTATAATTGATTGTTTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
* *
3428 AAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT
128 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCT
********* *
3468 TTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACATTT
1 TTATT-ACTCACTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACA-TT
* * * *
3533 TTAGTTAAAAAATATTATTATTGATTGTCTACCCTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
64 TT-GTTAAAAAA-ATTATAATTGATTGTTTA-CCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTA
* * * *
3597 GCTAAAAAAGTAC-ATTTATTGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCT
126 GCAAAAAAAGT-CTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAG-CT
* * *
3640 TT-TTACTCACTTAAATGATTTTGTAATCTCGTAATAGATTTTAAGATGAATGTTTTTACAGTTG
1 TTATTACTCACTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACA-TT-
* ** * *
3704 TTGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTAGC
64 TTGTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTTTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
* * ** * *
3769 AAGAAAAGTGTATTTATAACCACCAATTCCTTTAAAAGCC
128 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCT
** * * * * * * *
3809 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACA-TT
* * * * * * * *
3874 TTGGTTCAAACAGACTATAATT-AGCTCTTTACCT-TGAAAGACTTGAAGAAAAAGCCATTCATT
64 TT-GTT-AAAAAAATTATAATTGA-TTGTTTACCTAAGGAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
3937 -GCTAACAAAAA-TCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
125 AGC-AA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCT
3980 TTATTACTC
1 TTATTACTC
3989 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 161, Indels: 62
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 267 0.40
171 264 0.39
172 129 0.19
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTATTACTCACTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACATTTT
GTTAAAAAAATTATAATTGATTGTTTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAA
AAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCT
Found at i:3842 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3181--3988 Score: 831
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
3171 NNNNNNATTT
* * * * *
3181 TTTTTACATTTTTGGTTAAAGAATATTATAATTGAATATCTA-CCTTAGGAAATAAGAA-AAAAC
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTG-ATTTCTACCCTGA-GAAACATGAAGAAAA-
* * * * * *
3244 AGCCATTTATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
63 AGCCATTCATTGGCTAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
3309 TTTAAGTGGTTTTATAATGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAAA
127 TTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATAGATTTTAAGATGAATGTTTTTACATATTTGGTTAAAAA
* * *
3374 AATTATAATTAATTGTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAAAAAAGTCT
192 AATTATAATTAATTGTCTACCTAAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAAAAAAGTCT
** * * ********** *
3439 ACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTGTAATCTCATAA
257 ACTTATAACCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
3504 TTGATTTTAAGATGAATA
322 TTGATTTTAAGATGAATA
* * *
3522 TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAATATTATTATTGATTGTCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGATT-TCTACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
3587 CCATTCATTGGCTAAAAAAGTACATTTATTGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCAC-T
65 CCATTCATTGGCTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
*
3651 TAAATGATTTTGTAATCTCGTAATAGATTTTAAGATGAATGTTTTTACAGT-TGTT-GTTAAAAT
129 TAAATGATTTTATAATCTCGTAATAGATTTTAAGATGAATGTTTTTACA-TAT-TTGGTTAAAA-
* ** * * * *
3714 AAATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTG
191 AAATTATAATTAATTGTCTACCTAAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAAAAAAGTC
* * * *
3779 TATTTATAACCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTGATCTCATA
256 TACTTATAACCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATA
* *
3844 ATTGATTTTAAGTTGAATT
321 ATTGATTTTAAGATGAATA
* * * * * * * *
3863 TTTTTATATTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTAGCTCTT-TACCTTGA-AAGACTTGAAGAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATT-GAT-TTCTACCCTGAGAA-ACATGAAGAAAA
* * * *
3926 AGCCATTCATT-GCTAACAAAAATCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
63 AGCCATTCATTGGCTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
3989 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 72, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 62 0.16
341 307 0.80
342 13 0.03
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGATTTCTACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGCTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGATTTTATAATCTCGTAATAGATTTTAAGATGAATGTTTTTACATATTTGGTTAAAAAAATT
ATAATTAATTGTCTACCTAAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAAAAAAGTCTACTT
ATAACCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGA
TTTTAAGATGAATA
Found at i:4764 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4446--6162 Score: 1526
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 169
4436 NNNNNNNAGC
* * * *
4446 TATACTTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAACAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTAG-AAAACATGAAGAAAAAGCGATTCATTGGTAGAA-AAGTCTATT
* * * * * *
4511 TATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTATAATTTCATAATTC
64 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4576 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGAT
129 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* ** * ** *
4617 TACAATTGAACATCTGTCCTAGAAAACATAAAGAAAAAGCGATTCATTAACTAGAAAAGCCTATT
1 TATAATTGAATGTCTG-CCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCGATTCATT-GGTAGAAAAGTCTATT
* * * * * *
4682 TGTAGTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTG
64 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
4747 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAT
129 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * * * *
4788 TATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCG-TTCATTGGAAAAAAAAGTCAAT
1 TATAATTGAATGTCTGCC-TAGAAAACATGAAGAAAAAG-CGATTCATTGG-TAGAAAAGTCTAT
* * ** * *
4852 TTATAGGCACTCATTCC-TCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTGTAATCTCAGAAT
63 TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
4916 TGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGA-GTTTTTTGTTAAAAAAAACC
127 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAA-T
* ** * * * * *
4959 TATAATTGAATGTTTGTATAAAAAACCATTAAGAAAATG-GCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTAGAAAA-CATGAAGAAAAAGCG-ATTCATTGGT-AGAAAAGTCTAT
** * *
5023 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
63 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
5088 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTCTTAAAACAGAT
128 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * * * * * *
5129 TATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGTAG-AAAAGCCATTAATTGACTAGAGAAGT-TCAT
1 TATAATTGAATGTCTGC-CTAGAAAACATGAAGAAAAAGCGATTCATTG-GTAGAAAAGTCT-AT
* * * * * **
5192 TTATGGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATT
63 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
5257 GAATTTAAGTTGAATTTTGCTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT
128 GATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * * * ** * *
5300 TATAATTGATTGTCTATCCAAGGAAATGTGAAGAAAAAACCG-TTCATTGGTA-AGAAAGTGTAT
1 TATAATTGAATGTCT-GCCTAGAAAACATGAAG-AAAAAGCGATTCATTGGTAGA-AAAGTCTAT
* * * * * * *
5363 TTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTTAATGGTTTTGTAATCTCATCATT
63 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * **
5428 GATGTTAAGTTGAATATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGGT
128 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * * * * * * * **
5470 T-TATATTGATTGTTTGACTCGAAGGACGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGACAAGAAAAGT-TCA
1 TATA-ATTGAATGTCTGCCTAGAA-AACATGAAGAAAAAGCGATTCATTG-GTAGAAAAGTCT-A
* * * * *
5533 TTTACAGTTACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
62 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ***
5598 CGATTTT-AGATTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGC
127 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * * * *
5641 TATAATTGAATGTTTGCCTCA-AAAA-TTGGAGGAAAAAG-GCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTGCCT-AGAAAACAT-GAAGAAAAAGCG-ATTCATTGGT-AGAAAAGTCTA
* * * * *
5703 TTTATAGTCATCCATTCCTTGAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAAT
62 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
5767 TAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
127 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * *
5810 TATAATTGATTGTCTGCCTAAGAAAACCTGAAGAAAAAGCCG-TTCATTGGTAAGAAAAGTCTAC
1 TATAATTGAATGTCTGCCT-AGAAAACATGAAGAAAAAG-CGATTCATTGGT-AGAAAAGTCTAT
* * **
5874 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATT
63 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
5939 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAAT
128 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
* * * * *
5981 TATAATTGATTGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAGAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCT-AGA-AAACATGAAGAAAAAGCGATTCATTGG-TAGAAAAGTCTAT
* ** ** * * * *
6045 TTATAGCCACCCATTTTTTCAAAAGCCACATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAAT
63 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ***
6110 GATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGGC
128 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
6152 TATAATTGAAT
1 TATAATTGAAT
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 261, Indels: 92
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 181 0.15
170 217 0.18
171 812 0.66
172 24 0.02
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TATAATTGAATGTCTGCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCGATTCATTGGTAGAAAAGTCTATTTA
TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
Found at i:5417 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 4467--6162 Score: 1799
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 506
4457 GTCTGCCTTG
* * *
4467 AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-AACAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCA
1 AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
4531 AAAGACTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* * * ** * * * *
4596 ACATTTTTTCTTAAAATAGATTACAATTGAACATCTGTCCTAGAAAACATAAAGAAAAAGCGATT
130 ACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCT-TTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
4661 CATTAACTAGAAAAG-CCTATTTGTAGTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
194 AATTGACTAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* *
4725 TGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
258 TGGTTTTATAATCTCGTAATTGAATTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
* * * * *
4790 TAATTGAATGT-TTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGAAAAAAAAGTCAATTT
322 TAATTGATTGTCTT-CCTAAGAAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGG-TAAGAAAGTCTATTT
* **
4854 ATAGGCACTCATTCC-TCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTGTAATCTCAGAATTG
385 ATAGCCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTG
* *
4918 AGTTTAAGTTGAATTTTTTGAGTTTTTTGTTAAAAAAAACCTATAATTGAATGTTTGTAT-A
449 A-TTTAAGTTGAATTTTTTGA-TTTTTTGTTAAAAAAAA-TTATAATTGATTGTTTG-ATCA
* * * * *
4979 AAAAACCATTAAGAAAATGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 AAAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * * * *
5044 AAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* * *
5109 ATA-TTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGTAG-AAAAGCCATT
130 ACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
5172 AATTGACTAGAGAAGTTCATTTATGGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT
194 AATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* *
5237 GGTTTTATAATCTTGTAATTGAATTTAAGTTGAATTTTGCTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTA
259 GGTTTTATAATCTCGTAATTGAATTTAAGTTGAATTTT--TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTA
* * * *
5302 TAATTGATTGTCTATCC-AAGGAAATGTGAAGAAAAAACCGTTCATTGGTAAGAAAGTGTATTTA
322 TAATTGATTGTCT-TCCTAAGAAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGTAAGAAAGTCTATTTA
* * * **
5366 TAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTTAATGGTTTTGTAATCTCATCATTGAT
386 TAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGAT
* * ** *
5431 GTTAAGTTGAATATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGGTT-TATATTGATTGTTTGACTCG
451 -TTAAGTTGAAT-TTTTTG-ATTTTTTGTTAAAAAAAATTATA-ATTGATTGTTTGA-TCA
** * * * * * * *
5491 AAGGACGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTTACCCATTTCTTCAA
1 AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
5556 AAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTT-AGATTGAATTGTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGTTTT
* * * * * * * *
5620 ACATTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AAAA-TTGGAGGAAAAAGGCAT
130 ACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CTTTAGAAAACAT-GAAGAAAAAGCCAT
* * * * **
5683 TTATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT-GAAAAGCCTTATT-CTCACTTTA
193 TAATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* *
5745 AATAGTTTTATAATCTCGTAATT-AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAA
256 AATGGTTTTATAATCTCGTAATTGAA-TTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
* ** *
5809 TTATAATTGATTGTCTGCCTAAGAAAACCTGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGTAAGAAAAGTCTAC
319 TTATAATTGATTGTCTTCCTAAGAAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGTAAG-AAAGTCTAT
* * * ** *
5874 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCT-TGTAAT
383 TTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAG-AAT
* * * *
5938 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCT-ACCTCA
447 TGA-TTTAAGTTGAATTTTTTGAT-TTTTT-GTTAAAAAAAATTATAATTGATTGTTTGA--TCA
* * * * * **
6002 AGAAACATGAAGAGAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTTTTTCAA
1 AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * * * *
6067 AAGCCACATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTGTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
* *
6132 CATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
131 CATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAAT
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 159, Indels: 65
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 90 0.09
511 567 0.57
512 216 0.22
513 113 0.11
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (506 bp):
AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
CATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTAA
TTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCGTAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
TGATTGTCTTCCTAAGAAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGTAAGAAAGTCTATTTATAGCC
ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTAAG
TTGAATTTTTTGATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATTGATTGTTTGATCA
Found at i:5850 original size:682 final size:681
Alignment explanation
Indices: 4446--6162 Score: 1835
Period size: 682 Copynumber: 2.5 Consensus size: 681
4436 NNNNNNNAGC
* * * * *
4446 TATACTTGAATGTCTGCCT-TGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-AACAAGTCTA
1 TATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAAACATGAAG-AAAAGCCATTAATTGCTAAGAA-AAGTCTA
* * * * * *
4509 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAG-ACTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTATAAT-TTCATA
63 CTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCA-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTT-GTA
* * * * * * ** * * * *** *
4572 ATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTACAATTGAACATCTGTCCT
126 ATTGAATTTAAGTTAAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCT-ACCT
* * * ** * * * * * * *
4637 --AGAAAACATAAAGAAAAAGCGATTCATTAACTAGAAAAGCCTATTTGTAGTCGCCCATGCCTT
190 CAAG-AAACATGAAGAAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCTTT
* * * * *
4700 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
254 CAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * *
4765 TTACATTTTTGGTTAAAACA-AATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCC
318 TTACATTTTTGGTTAAAACAGGATTATAATTGAATGTTTGACTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
4829 GTTCATTGGAAAAAAAAGTCAATTTATAGGCACTCATTCCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
383 ATTAATTGGAAAAAAAAGTCAATTTACAGGCACCCATTCCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
4894 AATGAATTTGTAATCTCAGAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGAGTTTTTTGTTAAAAAAAACC
448 AATGAATTTGTAATCTCAGAATCGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGAATTTTTTATTAAAAAAAACC
* *
4959 TATAATTGAATGTTTGTATAAAAAACCATTAAGAAAATGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
513 TATAATTGAATGTTTGCATAAAAAA-CATTAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
** *
5024 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTA
577 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTA
* * *
5089 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCTTAAAACAGAT
642 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCTTAAAACAAAT
* * * * *
5129 TATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGTAGAAAAGCCATTAATTGACT-AGAGAAGT-TCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTAATTG-CTAAGAAAAGTCT-AC
* * * * *
5192 TTATGGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATT
* * *
5257 GAATTTAAGTTGAATTTTGCTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTATC-CAA
129 GAATTTAAGTTAAATTTT-CTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAA
** ** * * *
5321 GGAAATGTGAAGAAAAAACCGTTCATTGGTAAG-AAAGTGTATTTATAGCCACTCATTCCTTT-A
193 -GAAACATGAAGAAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATT-CTTTCA
* * * *
5384 AAAGCCTCATTACTCGCTTTTAATGGTTTTGTAATCTCATCATTGATGTTAAGTTGAATATTTTT
256 AAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * * * * *
5449 GCATTTTTGGTTAAAACAGGTTTAT-ATTGATTGTTTGAC-TCGAAGGACGTGAAGAAAAAGCCA
320 ACATTTTTGGTTAAAACAGGATTATAATTGAATGTTTGACTTAGAA-AACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * *
5512 TTAATT-GACAAGAAAAGTTC-ATTTACAGTTACCCATTTCTTC-AAAAGCCTTATTAGTCGCTT
384 TTAATTGGA-AAAAAAAG-TCAATTTACAGGCACCCA-TTCCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * *
5574 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATCGA-TTTTAGATTGAATTGTTTT-ACATTTTTTATT-AAAA
446 TAAATGAATTTGTAATCTCAGAATCGAGTTTAAG-TTGAATT-TTTTGA-ATTTTTTATTAAAAA
* ** * * *
5636 CAGGCTATAATTGAATGTTTGCCT-CAAAA-ATTGGAGGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAG
508 AAACCTATAATTGAATGTTTGCATAAAAAACATT--AAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAG
* * * *
5699 TCCATTTATAGTCATCCATTCCTTGAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCG
571 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCA
* *
5763 TAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT
636 TAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA-TTTTTCTTAAAACAAAT
* * * * * *
5810 TATAATTGATTGTCTGCCTAAGAAAACCTGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGTAAGAAAAGTCTACT
1 TATAATTGAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTAATTGCTAAGAAAAGTCTACT
* *
5875 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTG
65 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTG
* * *
5940 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGA
130 AATTTAAGTTAAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGA
* * *
6005 AACATGAAGAGAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTTTTTCAAAAG
195 AACATGAAGAAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAG
* * * *
6070 CCACATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACAT
260 CCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACAT
* *
6135 TTTTTGTTAAAACAGG-CTATAATTGAAT
324 TTTTGGTTAAAACAGGATTATAATTGAAT
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 149, Indels: 63
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.00
680 50 0.06
681 190 0.22
682 500 0.59
683 109 0.13
684 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (681 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTAATTGCTAAGAAAAGTCTACTT
ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGA
ATTTAAGTTAAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAA
ACATGAAGAAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGC
CTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAGGATTATAATTGAATGTTTGACTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTG
GAAAAAAAAGTCAATTTACAGGCACCCATTCCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATT
TGTAATCTCAGAATCGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGAATTTTTTATTAAAAAAAACCTATAATTG
AATGTTTGCATAAAAAACATTAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGT
TAAATTGTTTTACATTTTTCTTAAAACAAAT
Done.