Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402063.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5160.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7848
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Warning! 917 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1033 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 726--2918 Score: 1309
Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 170
716 NNNNNNNNNN
* * *
726 GATTTTA-GATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGATTG-CCTCA
1 GATTTTAGGATTGAA-TTTTTTATATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACCTTA
* * * * * *
789 AGAAACATGAAGAAAAAGGTTATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTGA-CTCATACCTTTG
63 AGAAACATGAAGAAAAAAGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTG
* *
853 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
897 AATTTTATG-TTGAATTTTTCATATTTTTGGTAGAAACAGATTGA-AATTGAATGTCGACCTTAA
1 GATTTTAGGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTA-AAACAGATT-ATAATTGAATGTCGACCTTAA
* * *
960 GAAACGTGAAGAAAAAAGCTATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTTTGAA
64 GAAACATGAAGAAAAAAGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAA
* * *
1025 ATCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * *
1067 GATTTT-GGATTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCA
1 GATTTTAGGATTGAATT-TTTTATATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAA
** * * * * * **
1130 GAAAACATG-AGGGAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCA
64 G-AAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTG
* * * * * *
1194 AAAGGCTAATTACTCGCTTTAATTGGTATTATAATGTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
********** * *
1238 GATTTTAGG-TTG------------NNNNNNNNNNA-A-ATTATTATTGAATGTTTG-CCTTAAG
1 GATTTTAGGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACCTTAAG
* * * * * * * *
1287 AAACATGAAG-AAAAAGACTTTCATTGGCCATAAAAGTCCATTTATAATTACCCACGCC-TTCAA
65 AAACATGAAGAAAAAAG-CTATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAA
** * * *
1350 AATCTTAATTACTCA-CCTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATT
129 AGCCTT-ATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
1393 GATTTTAAG-TTGTATTTTTTAATATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTG-CCATG
1 GATTTTAGGATTGAATTTTTT-ATATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCGACCTTA
* * * ** * * * *
1456 GGAAATGA-GAAGAAAAAA-CCATTCATTAACAAGAAAATTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTC
63 AGAAA-CATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT
* * * *
1519 GAAGGCCTAATTATTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATT
126 GAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1564 AATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGACTG-CCTC
1 GATTTTAGGATTGAA--TTTTTTATATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTC-GACCT-
* *
1627 T-AGAAACATGAAGAAAAAGGCTACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTT
61 TAAGAAACATGAAGAAAAAAGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTT
** *
1690 TGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
125 TGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1736 GATTTTAGG-TTGATTTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
1 GATTTTAGGATTGA---ATTTTTTATATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTT
* ** * * * * * * * ***
1800 GAGAAATTTGAAG-TAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAATCACCAAAATCTTT
62 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT
1864 GAAAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
126 GAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * **
1909 GATTTTAAG-TTAAAAATTTTTACATTTTTGGTTAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGGG
1 GATTTTAGGATT-GAATTTTTTATATTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAAG
* * * * * * * *
1973 AAACATGAAG--ACAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCGA--ACTTTAAA
65 AAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAA
* * **
2034 AGCCTTTTTACTCA-CTTCAAATGAATTTATAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** *** *
2076 GATTTTATG-TTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAACATTTTCCTTGA
1 GATTTTAGGATTGAATT-TTTTATATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAA
* * * *
2140 GAAAC-TCAAAGAAAAAAGC-ATTCATTAG-ATGAAAAGGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTT
64 GAAACAT-GAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT
* * * * * * *
2202 GGAAGCTTTATTACTCGCTTTAACTTGTGTTATAATCTCACAATT
126 GAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
2247 GATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACAGTTTTAT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTG
1 GATTTTAGGATTGAA-TTTTTTATA-TTTT-TGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTT-
** * * * ** * *
2309 TTGAAACATAAAGAAAAAGGC-ATTTATTGGTGAGAAAAGTCTATTTGTAGTCATCC-ATGCCTT
62 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTT
*
2372 TGAAAGCC-TACTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
125 TGAAAGCCTTA-TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * **
2418 GATTTTAGG-TTCAATTTTTTAACATTTTTGGATAAAACAGATTGCAATTGAATGTTTG-CCTCG
1 GATTTTAGGATTGAATTTTTT-ATATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGAATG-TCGACCTTA
* * * * * * *
2481 GGTAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAG-CTTTC
63 AGAAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT-
* * ** **
2544 AAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATAATCTTGTAATT
126 GAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * *
2589 GATTTTAAG-TTGAATTCTCTTGTATTTTACGTTAAA-AGATAATATAATTGAATGTCTACC-TA
1 GATTTTAGGATTGAATT-TTTTATATTTTTGGTAAAACAGAT--TATAATTGAATGTCGACCTTA
* * * * * * * *
2651 GGAAAACTTG-AGGAAAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC
63 AG-AAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT
* * * * * *
2715 AAAAG-CTTAATTACTCGATTTAAATGGCTTTATATTCTCAAAATT
126 GAAAGCCTT-ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** *
2760 GATTTCAGG-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTTTACCTTAG
1 GATTTTAGGATTGAA-TTTTTTATATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAA
* * * * * * *
2824 GAAATATAAAG-AAAAAGCCATTTATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGT-AGTCTAAGCCTTTG
64 GAAACATGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTG
* *
2887 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
127 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
2919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1582, Mismatches: 338, Indels: 204
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
154 6 0.00
155 98 0.06
156 10 0.01
157 1 0.00
166 3 0.00
167 64 0.04
168 37 0.02
169 71 0.04
170 240 0.15
171 716 0.45
172 189 0.12
173 144 0.09
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAGGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTTAAGA
AACATGAAGAAAAAAGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
CCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:1215 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 726--1243 Score: 490
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 168
716 NNNNNNNNNN
* * * * *
726 GATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTCAA
1 GATTTT-GATTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACTTC-A
** * * * * *
790 GAAACATGAAGAAAAAG-GTTATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTGACTCATACCTTTGA
62 GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* *
854 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT
126 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
897 AATTTT-ATGTTGAATTTTTCATATTTTT-GGTAGAAACAGATTGA-AATTGAATGTCGACCTTA
1 GATTTTGA--TTGAATTTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAGATT-ATAATTGAATGTCTA-CTTC
* * * * *
959 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCTA-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTTTG
61 AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
* * * *
1023 AAATCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATT
125 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
1067 GATTTTGGATTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGA
1 GATTTT-GATTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAG-
* * * * * **
1132 AAACATGAGGGAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAA
63 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
* * * * *
1197 GGCTAATTACTCGCTTTAATTGGTATTATAATGTCATAATT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1238 GATTTT
1 GATTTT
1244 AGGTTGNNNN
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 52, Indels: 30
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 139 0.50
171 133 0.47
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
GATTTTGATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:1572 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1262--2918 Score: 1327
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
1252 NNNNNNNNAA
* * * ** * * * *
1262 ATTATTATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA-CATGAAGAAAAAGACTTTCATTGGCCATAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * ** * * *
1326 ATTTATAATTACCCACGCC-TTCAAAATCTTAATTACTCACCTTAAATGCTTTTATAATTTCATA
65 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
1390 ATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTAATATTTCTGGTTAAAACAG
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT-TAGTTAAAACAG
* * * * * * ** *
1433 ATTATAATTGAATATTTGCCATGGGAAATGAGAAGAAAAAACCATTCATTAACAAGAAAATTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
1498 TCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTAATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACATAAT
66 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
1563 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT-TTTTGGATAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTA-ATATTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
1605 ATTATAATTGAATGACTGCCTCT-AGAAA-CATGAAGAAAAAGGC-TACCATTGGCAAGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAATCA-GAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
1667 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
63 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
1732 AATTGATTTTAGGTTGATTTGTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTA-ATATTTTAGTTAAAACAG
* ** * * *
1778 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATTTGAAGTAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *** * *
1843 TTTCTAATCACCAAAATCTTTGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
1908 TGATTTTAAGTTAAAAATTTTTACAT-TTTTGGTT-AAACAT
131 TGATTTTAAGTT-GAATTTTTTA-ATATTTTAGTTAAAACAG
* * * *
1948 ATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAA-CATGAAG-ACAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * **
2011 ATTTATGGTCACCGA--ACTTTAAAAGCCTTTTTACTCACTTCAAATGAATTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
2074 TTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTAGTTAAAATAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA-ATATTTTAGTTAAAACAG
* ** * * * * *
2116 ATTATAGTTGAACATTTTCCTTGAGAAACTCA-AAGAAAAAAG-CATTCATTAG-ATGAAAAGGT
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA-TCAGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GT
* * * * * * * * *
2178 CCATTTATAGCCACCTATGCCTTTGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAACTTGTGTTATAATCTCAC
63 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
2243 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTATTTAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA-TTTTAGTTAAAACAG
* * * * **
2287 ATTATAATTGAATGTCTA-CTTGTTGAAA-CATAAAGAAAAAGGCATTTATTGGTGAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GGAAATCA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
2350 TATTTGTAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCC-TACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
64 CATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
2414 AATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTAACATTTTTGGATAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA-TTTTAGTTAAAACAG
** * * * * * * *
2458 ATTGCAATTGAATGTTTGCCTCGGGTAA-CATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGGAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * ** **
2522 ATTTATAGTTACCCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATAATCTTGTA
65 ATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
2586 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTT-GTATTTTACGTTAAAAGAT
129 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAATATTTTA-GTTAAAACAG
* * * * * *
2629 AATATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAAACTTGAGGAAAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATC-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * *
2693 ATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAG-CTTAATTACTCGA-TTTAAATGGCTTTATATTCTCAA
65 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
2756 AATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAT
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA-TTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
2800 ATTAAAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAT-ATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAGAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
2864 ATTTATAGT-AGTCTAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
65 ATTTATAGTCA-CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
2919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1183, Mismatches: 253, Indels: 100
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 67 0.06
168 34 0.03
169 63 0.05
170 76 0.06
171 620 0.52
172 165 0.14
173 151 0.13
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATCAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTAGTTAAAACAG
Found at i:2416 original size:682 final size:681
Alignment explanation
Indices: 1287--2811 Score: 1631
Period size: 682 Copynumber: 2.2 Consensus size: 681
1277 TTGCCTTAAG
* * * * * * * * *
1287 AAACATGAAGAAAAAGACTTTCATTGGCCATAAAAGTCCATTTATAATTACCCACGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-GACTTCAAAA
* ** * *
1352 TCTTAATTACTCACCTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTAATA
65 GCTTAATTACTCA-CTTAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAT-
* * * *
1417 TTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCATGGGAAATGAGAAGAAAAAACCATTCAT
128 TTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCATGAGAAATCAGAAGAAAAAACCATTCAT
* * *
1482 TAACAAGAAAATTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTAATTATTCACTTTAAATGGT
192 TAACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCCATGCCTTCGAAGGCCTAATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
1547 TTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAA
257 GTTATAATCACACAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAGTTTTAGATAAAACAGATTATAA
* *
1612 TTGAATGACTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGGCTACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
322 TTGAATGACTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCTACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
1677 TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
387 TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
* * * * * * *
1742 AGGTTGATTTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
452 AGGTTCA-AT-TTTTTAACATTTTTAGATAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * * * *
1807 TTGAAGTAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAATCACCAAAATCTTT-GAAAGCC
515 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC-AAAGCTTTCAAAAGCC
* **
1871 TTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAATT-T-TTACA
579 TTATTACTA-ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AAATTCTCTTACA
** * * *
1933 TTTTTGGTT-AAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGGG
641 TTTTACGTTAAAACATAATATAATTAAATGTCTACCTAGGA
* * * * * *
1973 AAACATGAAG-ACAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCGA-ACTTTAAAAG
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGACTTCAAAAG
* *
2036 CCTT-TTTACTCACTTCAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACA
66 -CTTAATTACTCACTT-AAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA-A
* * * * *
2100 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAACATTTTCCTTGAGAAACTCA-AAGAAAAAAGCATTCA
127 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCATGAGAAA-TCAGAAGAAAAAACCATTCA
* * * * * * * * *
2164 TT-AGATGAAAAGGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTTGGAA-GCTTTATTACTCGCTTTAACT
191 TTAACAAGAAAA-GTCCATCTATAGCCACCCATGCC-TTCGAAGGCCTAATTACTCACTTTAAAT
* * * **
2227 TGTGTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAGTTTTATTTAAAACAGATTA
254 GGTGTTATAATCACACAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAGTTTTAGATAAAACAGATTA
* * * * ** ** *
2291 TAATTGAATGTCTACTTGTTGAAACATAAAGAAAAAGGC-ATTTATTGGTGAGAAAAGTCTATTT
319 TAATTGAATGACTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCTA-CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
2355 GTAGTCA-TCCATGCCTTTGAAAGCC-TACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
383 ATAGTCACT-CATGCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATT
* * * * *
2418 GATTTTAGGTTCAATTTTTTAACATTTTTGGATAAAACAGATTGCAATTGAATGTTTGCCTCGGG
446 GATTTTAGGTTCAATTTTTTAACATTTTTAGATAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * * * *
2483 TAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCTTTCAAAA
511 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAAAGCTTTCAAAA
** * **
2548 GCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTGTA
576 GCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTCTTACA
* *
2613 TTTTACGTTAAAAGATAATATAATTGAATGTCTACCTAGGA
641 TTTTACGTTAAAACATAATATAATTAAATGTCTACCTAGGA
* * * * *
2654 AAACTTGAGGAAAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-GACTTCAAAA
* ** * * * *
2719 GCTTAATTACTCGATTTAAATGGCTTTATATTCTCAAAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTTATA
65 GCTTAATTACTC-ACTTAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-A
* *
2784 TTTTTAGTTAAAACATATTAAAATTGAA
127 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
2812 TGTTTACCTT
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 130, Indels: 44
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
678 4 0.01
679 7 0.01
680 139 0.20
681 40 0.06
682 189 0.27
683 166 0.24
684 94 0.14
685 39 0.06
686 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (681 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGACTTCAAAAG
CTTAATTACTCACTTAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTT
TAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCATGAGAAATCAGAAGAAAAAACCATTCATTAAC
AAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCCATGCCTTCGAAGGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTGTTA
TAATCACACAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAGTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGA
ATGACTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCTACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGT
TCAATTTTTTAACATTTTTAGATAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAAAGCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TAACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTACGTTA
AAACATAATATAATTAAATGTCTACCTAGGA
Found at i:2496 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1262--2918 Score: 1491
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
1252 NNNNNNNNAA
* * * * * * * *
1262 ATTATTATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACTTTCATTGGCCATAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * *
1327 TTTATAATTACCCACGCCTTCAAAATCTTAATTACTCACCTTAAATGCTTTTATAATTTCATAAT
65 TTTATAGTCA-CCATGCCTTTAAAAGCCT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
1392 TGATTTTAAGTTGTATTTTTTAATATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCATG-
128 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * *
1456 GGAA-ATGAGAAGAAAAAACCATTCATTAACAAGAAAATTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCG
193 GAAACAT-AGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTG
* * * * *
1520 AAGGCCTAATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
256 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* *
1585 TACATTTTTGGATAAAACAG
320 TACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
1605 ATTATAATTGAATGACTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGGC-TACCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
1669 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
64 ATTTATAGTCAC-CATGCCTTTAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
1734 TTGATTTTAGGTTGATTTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
127 TTGATTTTAGGTTGA-AT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * * * * **
1799 TGAGAAA-TTTGAAGTAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAATCACCAAAATCTT
190 TGAGAAACATAGAAGAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * **
1863 TGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAATTT
254 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
1928 TTACATTTTTGGTT-AAACAT
319 TTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * *
1948 ATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-ACAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * **
2012 TTTATGGTCACC--GAACTTTAAAAGCCTTTTTACTCACTTCAAATGAATTTATAATCTCATAAT
65 TTTATAGTCACCATG-CCTTTAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
2075 TGATTTTATGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAACATTTTCCTTG
128 TGATTTTAGGTTGAATT-TTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * *
2139 AGAAAC-TCA-AAGAAAAAAGCATTCATTAG-ATGAAAAGGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTT
192 AGAAACAT-AGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * * * * *
2201 TGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAACTTGTGTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
254 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
2266 TTACAGTTTTATTTAAAACAG
319 TTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * ** *
2287 ATTATAATTGAATGTCTA-CTTGTTGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTGGTGAGAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG--GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
2351 ATTTGTAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCTACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAA
64 ATTTATAGTCA-CCATGCCTTTAAAAGCCTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** *
2416 TTGATTTTAGGTTCAATTTTTTAACATTTTTGGATAAAACAGATTGCAATTGAATGTTTGCCTCG
127 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * *
2481 GGTAACAT-GAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAG-CTTTC
192 AGAAACATAGAAGAAAAAGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-
* * ** ** * *
2544 AAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCT
255 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * *
2609 TGTA-TTTTACGTTAAAAGAT
320 TACATTTTTA-GTTAAAACAG
* * * * *
2629 AATATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACTTGAGGAAAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
2694 TTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGA-TTTAAATGGCTTTATATTCTCAAAA
65 TTTATAGTCA-CCATGCCTTTAAAAGCCT-ATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
2758 TTGATTTCAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTTTACCTT-
127 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * * * *
2822 AGGAAATATA-AAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGT-AGTCTAAGCCTT
192 A-GAAACATAGAAGAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCAAGCCTT
* *
2885 TGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
254 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
2919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1058, Mismatches: 216, Indels: 81
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.01
338 140 0.13
339 43 0.04
340 85 0.08
341 26 0.02
342 437 0.41
343 167 0.16
344 23 0.02
345 126 0.12
346 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCATGCCTTTAAAAGCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA
ACATAGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTAGTTAAAACAG
Found at i:2797 original size:513 final size:502
Alignment explanation
Indices: 1357--2918 Score: 1575
Period size: 513 Copynumber: 3.0 Consensus size: 502
1347 CAAAATCTTA
* * * ** * *
1357 ATTACTCACCTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTAATATTTCT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTT
* * *
1422 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCATGGGAA-ATGAGAAGAAAAAACCATTCATTAAC
66 GG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGGGAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
* * * * * * * * **
1486 AAGAAAATTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGGCCTAATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTA
* * * * *
1551 TAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGA
192 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
1616 ATGACTGCCTCTAG-AAACATGAAGAAAAAGGC-TACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
254 ATGTCT-AC-CTAGAAAACTTGAGGAAAAA-GCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
1679 ACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
315 ACCCATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG
* *
1744 GTTGATTTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATTT
378 GTTGA-AT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAATAT
* * * * **
1809 GAAGTAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTCTAATCA-CCAAAATCTTTGAAAGCCT
440 AAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCATCC-AAGCCTTTGAAAGCC-
1872 T
502 T
* * * *
1873 ATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAATTTTT-ACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAACATTTT
* * * * * * *
1937 TGGTTAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-ACAAGCCATTCATTAGTA
65 TGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGGG-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
* * * *
2001 AGAAAAGTCCATTTATGGTCACCGAA-CTTT-AAAAGCCTTTTTACTCACTTCAAATGAA-TTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AATTTTA
* * * *
2063 TAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAA
192 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * * ** * * * *
2128 CATTTTCCTTGAGAAACTCAAAGAAAAAAGCATTCATTAG-ATGAAAAGGTCCATTTATAGCCAC
255 TGTCTACCTAGA-AAACT-TGAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
2192 CTATGCCTTTGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAACTTGTGTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGT
317 CCATGCCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATAGT-TTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGT
* * *
2257 TGAATTTTTTTACAGTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGTTGAAACATAAA
380 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG--GAAATATAAA
* ** * *
2321 GAAAAAGGCATTTATTGGTGAGAAAAGTCTATTTGTAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCT
443 GAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* *
2381 ACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTAACATTTT
1 A-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTT
** *
2446 TGGATAAAACAGATTGCAATTGAATGTTTGCCTCGGGTAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGC
65 TGG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GGG-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
* * *
2511 AAGGAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTA
** * * * * *
2576 TAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTGTATTTTACGTTAAAAGATAATATAATTGAA
192 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAA
* *
2641 TGTCTACCTAGGAAAACTTGAGGAAAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
255 TGTCTACCTA-GAAAACTTGAGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * * *
2706 CATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGATTTAAATGGCTTTATATTCTCAAAATTGATTTCAGGTT
318 CATGCCTTTGAAAGCTT-ATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTT
* * * *
2771 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATATAAAGA
381 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAATATAAAGA
* * *
2836 AAAAGCCATTTATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGT-AGTCTAAGCCTTTGAAAGCCTT
445 AAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTTGAAAGCC-T
* *
2895 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
2919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 856, Mismatches: 157, Indels: 69
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 13 0.02
509 149 0.17
510 48 0.06
511 151 0.18
512 76 0.09
513 280 0.33
514 48 0.06
515 31 0.04
516 52 0.06
517 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTT
GGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
CCTAGAAAACTTGAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
TGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAATATAAAGAAAAAGCCATTT
ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:4004 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3687--7018 Score: 2685
Period size: 171 Copynumber: 19.7 Consensus size: 171
3677 CTAGCCTTCG
* * * *
3687 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATATTCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
3751 ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTGCTTTGGGAGACATGAAGAAAAAACCATT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
3816 CATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGTTTTCC
131 CATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * ** * *** * * *
3857 AAATCGTAATTACTCATTTTGAACAATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTATGTTGAGTTGTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * ** * * * *
3922 AAATTTTTTGTTAAAATAGCCTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACTTGAAGAAACAGCCAGT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* *
3987 CATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCATTCA
131 CATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* *
4028 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * ** * * *
4092 AAATGTTTTGTGAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGTCAA-AAAAATGCTA-
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-GCCAT
* * * *
4155 TCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-G
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTCA
* * * * * *
4197 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTATGTAGAATTGTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * ** * * ** * * *
4262 ATATTTGTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATATCTACCTCAAAAAACCTGAGGAAAAAGCTATT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
4327 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTT-G
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAT-GCTTTCA
* * * *
4368 AAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGA-TTTAGTGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-TGTTGAATTTTTT
* * ** * * **
4432 TGTATTTTTTTATTAAAATTGATTATAATTGAATGTTTA-CTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTT
65 TATA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCC
* ** *
4496 ATTCGTTGGCAAGTGAAGTCAATTTATAGTTACCCATGCCTTTC-
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTCA
* * * * * *
4540 AAAGCGTAAATACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * *
4605 ATA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
66 ATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* ** * *
4669 TCATTGGAAAGTCAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * * * * * * *
4711 AAATCATAATTGCTCGCTTTGAATGATTGTATAATCTCGTAATTGATTTTATATTGAATTATTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
4776 ATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCCTAAGAAACATGAAGAGAAAGCCATT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
4841 CATTGGCAAGAAATGTCCATTTCTAGTCACCTAAGCGTTCG
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
*
4882 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GATTGAATTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG-TTGAATTTTTT
* * * *
4946 TATATTTTTAGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCTA
65 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCA
* * * *
5011 -TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATGCTTTTA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* *
5053 AAAGTCGT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGATGAATTTTTT
1 AAAG-CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTT
* * * * * ** * * * * **
5117 TACATTTGTTGTTAAAACAAACTATAATTCAACATCT-TCTTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGTTA
65 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ***
5181 TTCATTGACAA-AGAAAGTCCATTTATAGTTACTTGTGGC-TTCA
129 TTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTTACCCAT-GCTTTCA
* * * *
5224 GAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGTATTTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* ***** * * * *
5289 ATATATTTT-TT-AATTTTTTTAAAAATTAAATGTCTACCTT-GTAAAACATGAAGAAAAAGTCA
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
5351 TTTATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTTAGCCATGCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * *
5394 AAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTA-GATAGAA-TTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG-TTGAATTTTTT
** * * * * * * * *
5457 TATATTTTAAGTTAAAATATATTATAATTGAACGACTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAC-T
65 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
** * * *
5521 ATCATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCTTTTGA
130 -TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGC-TTTCA
* * * * *
5565 AAA-CCTTATGA-TGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAAG-TGAA-TTTT
1 AAAGCCTAATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-ATGTTGAATTTTT
* * * * * *** * *
5626 TTACATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTGAATATCTCCCTCCTGAAACGTGAAG-AAAAGCTA
64 TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * ** ** *
5690 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAACCCATCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * * *
5733 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATTTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
5798 ACACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCTTTGGGAGACATGAAGAAAAAGCCATT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
*
5863 CATTGGCAA-AGAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGAC-TTCA
131 CATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTCA
* * * * * * * *
5904 AAATCGTAATTACTCG-TTT---T-G---AATAGT-T--T-ATT--TTGTA--TCGAGTTGTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
5953 AAATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGCATGTCTACCTTGGGACACTTGAAGAAACAGCCATT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
6018 CATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACTCATGCTTTCA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * *
6059 AAAGCCTAATTATTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * *
6123 ATTTTTTTTGTAAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTGCTTTAAGAAACTTGAAAAAAGAAGGC-T
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAA-AAGCCAT
* ** * * * **
6187 ATAATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTTG
130 -TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * * *
6230 AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATATAGAATTTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** * *
6295 ACATTTGTTATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAACCTGAGGAAAAAGCCAT
66 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
** * * * *
6359 TCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCATCCATGCCTTCG
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * ** * *
6401 AAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGCATAATCTCATAATTAATTTTGTGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTT
* * * * * *
6466 TGTATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTCA
65 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA
* *
6530 TTCGTTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTC-
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTCA
* * * *
6573 AAAGCGTAAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
6638 ATA-TTTTCGATTAAAACATATTATACTTGTATATCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
66 ATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** * *
6702 TCGTTGGAAAGTCAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * * * * *
6744 AAATCATAATTACTCGCTTTGAATGATTGTATAATCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
6809 ACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAATCCA--AAGAGAAAGCC
66 ATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA--CATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * *
6871 ATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTCTAGTCACCTAAGCGTTC-
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCA
**
6914 ---G----A--ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GATTGAATTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG-TTGAA-TTTTT
* *
6969 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
64 TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
7019 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2550, Mismatches: 527, Indels: 180
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
154 1 0.00
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AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
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Found at i:4776 original size:15 final size:16
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1 AATTGATTTTATATT
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Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AATTGATTTTATATTG
Found at i:4809 original size:514 final size:511
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3646 NNNNNNNNNC
* ** *
3656 AAAAGTCTATTTCGAGTCACTC-TAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * ** * * * *
3719 TTCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATGT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTATATTGAAT-TATTTTACATTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * **** * * * *
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** * * ** * *** * *
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192 CATA-CCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGTG
* * * * * ** * *
3910 TTGAGTTGTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGCCTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAAACTTGA
256 TTGAATTTTTTTTATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGA
* * * *
3974 AGAAACAGCCAGTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATG-CATTCAAAAGCCTAA
320 AGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTC-AAAGCCTAA
* * * *
4037 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATGTTTTG
383 ATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATAT-TTTTG
* * * * * * * *
4102 TGAAAATAGT-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGTCAA-AAAAA-TGC-TATCATTAGC
447 TTAAAACA-TATTATAATTGAATATCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGT-CAT-TCATTGGA
*
4163 ATG
509 AAG
* ** * *
4166 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
* * * * * **
4230 ATCTCATCATTGATTTTATGTAGAATTGTTTTATATTTGTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACATTT-TTATTAAAATAGATTATAATTGAATA
* * * *
4295 TCTACCTCAAAAAACCTGAGGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCA
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* * * *
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* * *
4424 AATTTTTTTGTATTTTTTTATTAAAATTGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGA
259 AATTTTTTT-TATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
** * ** * *
4489 AAAAGTTATTCGTTGGCAAGTGAAGTCAATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAGCGTAAATACT
323 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAGCCTAAATACT
* *
4554 CGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTATATTTTTGATTAA
388 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTG-TTAA
* *
4619 AACATATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAG
451 AACATATTATAATTGAATATCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAG
** * * * * * *
4680 TCAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAATCATAATTGCTCGCTTTGAATGATTGTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
4745 TCTCGTAATTGATTTTATATTGAATTATTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
* * * *
4810 CTACC-CTAAGAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTCTAGTCA-CC-
130 CTACCTC-AAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
* * * * *
4872 TAAGCGTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-AT
194 T-A-CCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGTGT
* * * *
4936 TGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAA
257 TGAATTTTTTTTATTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * * * *
5000 GAAAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATGCTTTTAAAAGTCGT-AT
321 G-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAG-CCTAAA
* * *
5063 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGATGAATTTTTTTACATTTGTTG
384 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTT-TTG
* * * * * * * * *
5128 TTAAAACAAACTATAATTCAACATCT-TCTTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGTTATTCATTGACAA
447 TTAAAACATATTATAATTGAATATCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GAA
5192 AG
510 AG
* ** * * *
5194 -AAAGTCCATTTATAGTTACTTGTGGCTTCAGAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* ** * * * * *** * * *
5258 TCTCATAAATGATTTTAGGTTGTATTTTTTTATATATTTT-TT-AATTTTTTTAAAAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACAT-TTTTATTAAAATAGATT-ATAATTGAATA
*** * * * * * *
5321 TCTACCTTGTAAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTTAGCCA
129 TCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
* * * * * * *
5386 TGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAG-ATAG
194 TACCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGTGTTG
* * * * * * **
5450 AA--TTTTTTATATTTTAAGTTAAAATATATTATAATTGAACGACTTCCTCAAGAAACATGAAGA
259 AATTTTTTTTATTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* ** * * * * * *
5513 AAAAGAC-TATCATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAACCT-TATGA
323 AAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAGCCTAAAT-A
* * * * *
5576 -TGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAAG-TGAATTTTTTACATTTTTGGG
386 CT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTTGAATTTTTTATATTTTT-GT
* * *
5639 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTCCCTCCT-G-AAACGTGAAG-AAAAG-CTATTCATTGGCA
448 TAAAACATATTATAATTGAATATCTGCCT--TAGAAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGAA
5700 AG
510 AG
* ** * * *
5702 AAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAACCCATCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * ** * * *
5767 TTTCGTAATTGATTTTAGGTTGAA-TATTTTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTA-TTTTACATTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATA
* * * **** * * * *
5831 CCTGCTTTGGGAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AGAAAGTTCATTTATAGTTACCC
129 TCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCATCC
* * *
5895 ATGA-CTTCAAAATCGTAATTACTCG-TTT---T-G------AA--T-AGT--TT-ATTTT-GTA
193 AT-ACCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCA-TAATTGATTTTAGTG
* * * * * * * * * * * *
5941 TCGAGTTGTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGCATGTCTACCTTGGGACACTTGAA
256 TTGAATTTTTTTTATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * * *
6006 GAAACAGCCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACTCATG-CTTTCAAAAGCCTAATT
321 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTC-AAAGCCTAAAT
* * *
6070 ATTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAT-TTTTTTTGT
385 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTGT-T
* * * * * * * ***
6134 AAAA-ATAGTTTATAATTGAATGTTTGCTTTA-AGAAACTTGAAAAAAGAAGGC-TATAATTATC
449 AAAACATA--TTATAATTGAATATCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGAAA-AAGTCAT-TCATTGGA
6196 AAG
509 AAG
* * ** * * * *
6199 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTTGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
6264 TCTCATAATTGATTTTATATAGAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAATAGGTTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACATTT-TTATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
* * * **
6329 CTACTTCAAAAAACCTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCATCCAT
130 CTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAT
* * * * *
6394 GCCTTCGAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGCATAATCTCATAATTAATTTT-GTGTTGA
195 ACCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGTGTTGA
* * * * *
6458 ATTTTTTTTGTATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
260 ATTTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * *
6523 AAAGTCATTCGTTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAGCGTAAATACTC
324 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAGCCTAAATACTC
*
6588 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTATATTTTCGATTAAA
389 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTG-TTAAA
* * * * * * *
6653 ACATATTATACTTGTATATCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGAAAG
452 ACATATTATAATTGAATATCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAG
** * * * * *
6713 TCAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTGAATGATTGTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
*
6778 TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
* * * * * * *
6843 CTGCCTTAAGAAATCCA--AAGAGAAAGCCATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTCTAGTCA-CC
130 CTACCTCAA-AAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
** * * ** * *
6905 -TA--AGCG---TTC-GA--ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-ATT
193 ATACCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGTGTT
* * *
6960 GAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
258 GAATTTTTTTTATTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
7019 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2291, Mismatches: 456, Indels: 218
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
493 4 0.00
494 24 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTATATTGAATTATTTTACATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATC
TACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATA
CCTTCGAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGTGTTGAA
TTTTTTTTATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTCAAAGCCTAAATACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTAAAACAT
ATTATAATTGAATATCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAG
Found at i:7459 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7161--7587 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
7151 NNNNNNNNNN
* * * * *
7161 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTGTTGTTAAAACAAA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAA
* ** * * * *
7226 CTATAATTGAACATCTTCCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAAGAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAGAAAGTCCAT
* ** *
7291 TTATAGTTA-CTTGTGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTT
131 TTATACTTAGC-CATGCCTTCAAAAGCATAATTACTCACTTT
* * *
7332 AAATGATTTTATGATCTCATAAATGATTTTAGGTTGTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAA
* * * * *
7397 TTATAATTAAATGTCTGCCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGGC-AAGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAG-AAAGTCCA
* *
7461 TTTATACTTAGCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTT
130 TTTATACTTAGCCATGCCTTCAAAAGCATAATTACTCACTTT
* * * * * * * * * *
7503 AGATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGATAGAATCTTTTTAT-GTTTTAAGTTAAACTAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAA
*
7567 ATTATAATTGAATGACTGCCT
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCT
7588 CAAAAAACGT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 41, Indels: 6
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.04
171 203 0.96
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAA
TTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAGAAAGTCCAT
TTATACTTAGCCATGCCTTCAAAAGCATAATTACTCACTTT
Found at i:7626 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7260--7637 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
7250 AAACGTGAGG
* * ** *
7260 AAAAAGCCATTCATTGATAA-AGAAAGTCCATTTATAGTTACTTGTGCCTTCAAAAGCCTAATTA
1 AAAAAGACATTCATTGATAAGA-AAAGTCCATTTATACTTACTCATGCCTTCAAAAGCATAATTA
* * * * * * * *
7324 CTCACTTTAAATGATTTTATGATCTCATAAATGATTTTAGGTTGTATTTTTTTATATTTTTTATT
65 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAAATGATTTTAGATAGAATCTTTTTATAGTTTTAATT
* **** *
7389 AAAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTTGTGAAACATGAAG
130 AAAATAAATTATAATTAAATGACTGCCTCAAAAAACATGAAA
* * ** *
7431 AAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTAGC-CATGCCTTCAAAATCATAATTA
1 AAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTTA-CTCATGCCTTCAAAAGCATAATTA
* * * *
7495 CTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGATAGAATCTTTTTAT-GTTTTAAGT
65 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAAATGATTTTAGATAGAATCTTTTTATAGTTTTAA-T
* * * *
7559 TAAACTATATTATAATTGAATGACTGCCTCAAAAAACGTGAAA
129 TAAAATAAATTATAATTAAATGACTGCCTCAAAAAACATGAAA
*
7602 AAAAAGAC-TATCATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATA
1 AAAAAGACAT-TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
7638 GTCACCTATA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 36, Indels: 8
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 159 0.95
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTCATGCCTTCAAAAGCATAATTAC
TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAAATGATTTTAGATAGAATCTTTTTATAGTTTTAATTA
AAATAAATTATAATTAAATGACTGCCTCAAAAAACATGAAA
Done.