Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402068.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5165.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2317
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 424 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1465 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 611--2317 Score: 1482
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
601 NNNNNNNNNN
* *
611 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATA
* * * * * * *
676 TTACAATTGAATGTCTGCCTTAATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTTGCAATAGAAGTCTAT
64 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * *
741 TTATAATCGTCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTA
129 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
783 AATAGTTTTATAATGTCGTAATTGATTTTGAA-CTGAATTTTTTTATTTTTTTTGGTTAAAACAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTT-GTTAAAATAT
* * * * **
847 ATTATAATTGAATGT-T-CATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTCACAAGAGAAA-T
63 ATTATAATTGAATGTCTGC--CTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGT
* * *
909 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTA
125 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
955 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTGTGATTTTGGTTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGTTAAAATATAT
* * * * * *
1020 TATAATTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGATG-AAAAGCCTTTCATTGG-AACAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** *
1083 TATAGTCACTTATA-CCTTCGGAAGCATTATTACTCGCTTTA
130 TATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
** * * * * * *
1124 AATAATTTTACAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTACTTTTATATTTTTTATTAAAATATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATA
* * * * * *
1189 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAACCCATCCGTTGACATA-AAAAGTCCA
64 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCA
* ** * *
1253 TTTATAGTTACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
128 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
1296 AATGGTATTATAATCTCACAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGCGTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATATAT
* * * * ** *
1361 GATGATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGCCAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * *
1426 TATATTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTA
130 TATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * * *
1467 AATGGTTTTATCACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATATA
* * * * ** * *
1532 TTTTAATTGAATGTATGTC-TAGAGAAAGGTGAAGAAAAAGCTATTTC-TTAGCAAGAAAAGTCC
64 TTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AAAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
1595 ATTTATAGTAACCCTTA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTA
127 ATTTATAGTCACCC-AAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* ** * *
1639 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATATAT
* * * * *** * * * *
1703 TATAAGTGAATGTTTTCTTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTGCATT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
1768 TATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGTATTATTACTCCCTTTA
130 TATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
1809 AATCGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATAT
* * * * * * ** * * *
1874 TATAATTGAACGTTTTCGTTGAACAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGGCATGAAAAGTCCAT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * *
1938 TTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
129 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * **
1980 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTCATATTGTTCATTAAAATATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGTTAAAATATAT
* * ** * * * * * * * *
2045 TGTAACTGAATGTCCACCTCAGAAAAGATGATGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAATCCATT
65 TATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** *
2110 TATAGTCACCCTTGCCTTTGAAAGCATTATTA-TACGCTTTA
130 TATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACT-CGCTTTA
* * * *
2151 AATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTTGTATTTTTTATTAAAATATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATA
* * * * * * * * * *
2216 TTATAATTCAAGGTCTACATTGAAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCGTTGACACGAAAAGTCCAT
64 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
2281 TTCTAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGC
129 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 256, Indels: 75
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 80 0.06
170 199 0.16
171 490 0.39
172 457 0.37
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATATATT
ATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
Found at i:1934 original size:684 final size:683
Alignment explanation
Indices: 611--2223 Score: 1885
Period size: 684 Copynumber: 2.4 Consensus size: 683
601 NNNNNNNNNN
* *
611 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAT-TGTTTTACA-TTTTTGCTTAAAATAG
* * * * * * * * *
675 ATTACAATTGAATGTCTGCCTTAATAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTTGCAAT-AGAAGTCT
64 ATGATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC-ATGAAAAGTCC
* * * *
739 ATTTATAATCGTCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCGTAA
128 ATTTATAATCATCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
804 TTGATTTTGAA-CTGAATTTTTTTATTTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTCATCT
193 TTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTCATCT
* * *
868 CAAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTCACAAGAGAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
256 CAAGAAAGATGAAGAAAAAGTCATTCATTCACAAGAGAAATCCATTTATAGTAACCCATACCTTC
* * * **
933 AAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTT
321 AAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATAAAATTTTTT
** * * * *
998 TGTGATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGATGAAAAGCCTTT
386 TGACATTTTGGTTAAAATAAATTATAAGTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAGCCATT
** *
1063 CATTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCGGAAGCATTATTACTCGCTTTAAATA
451 CATTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCATTATTACTCCCTTTAAATA
*
1128 ATTTTACAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTACTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
516 ATTTTACAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTACTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
*
1193 AATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAACCCATCCGTTGACATAAAAAGTCCATTTAT
581 AATTGAACGTCTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAACCCATCCGTTGACATAAAAAGTCCATTTAT
* * *
1258 AGTTACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
646 AGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
1296 AATGGTATTATAATCTCACAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGCGTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGAT
* * *
1361 GATGATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGCCAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATT
66 GATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATT
* * * * * * * * *
1426 TATATTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATCACCTCATAATTG
131 TATAATCATCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
1491 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTTTAATTGAATG-T-ATGTCTAG
196 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTCATCTC-A-
* *
1554 AGAAAGGTGAAGAAAAAG-CTATTTC-TT-AGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTAACCCTTACCT
258 AGAAAGATGAAGAAAAAGTC-A-TTCATTCA-CAAGAGAAA-TCCATTTATAGTAACCCATACCT
* * *
1615 TCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTT
319 TCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATAAAATTTT
* * * * ** * *
1680 TTT-ACATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAAGTGAATGTTTTCTTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGC
384 TTTGACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATAAGTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAG-AAAAGC
** * * *
1743 CATTCATTGGTAGGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGTATTATTACTCCCTTT
447 CATTCATTGG-AACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCATTATTACTCCCTTT
** * * * *
1808 AAATCGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
511 AAATAATTTTACAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTACTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
* * * * * ** * * * *
1872 ATTATAATTGAACGTTTTCGTTGAACAATGTGAAGCAAAAGCCATCTGTTGGCATGAAAAGTCCA
576 ATTATAATTGAACGTCTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAACCCATCCGTTGACATAAAAAGTCCA
*
1937 TTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
641 TTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
1980 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAA-TGTTTT-CATATTGTT-CATTAAAATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACAT-TT-TTGC-TTAAAATA
* * ** * * * * * * *
2042 TATTG-TAACTGAATGTCCACCTCAGAAAAGATGATGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAATC
63 GA-TGATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTC
* * *
2106 CATTTATAGTCACCCTTGCCTTTGAAAGCATTATTA-TACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
127 CATTTATAATCATCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
2170 AATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTTGTATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATT
191 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATT
2224 CAAGGTCTAC
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 128, Indels: 41
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 7 0.01
683 56 0.07
684 583 0.75
685 131 0.17
686 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (683 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGAT
GATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATT
TATAATCATCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTCATCTCAAGA
AAGATGAAGAAAAAGTCATTCATTCACAAGAGAAATCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAG
CATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATAAAATTTTTTTGACA
TTTTGGTTAAAATAAATTATAAGTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTG
GAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCATTATTACTCCCTTTAAATAATTTT
ACAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTACTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
AACGTCTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAACCCATCCGTTGACATAAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Done.