Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402091.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5187.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 733
Length: 1223
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:637 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1219 Score: 725
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 168
* * * * * ** * *
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAGTTAAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAG
1 TTTTTA-ATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* ** * * * * * * * *
66 TCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTACTATTCGCTT
65 CCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCACTT
* * * * *
131 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATA
130 T-ATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTTGAATT
** * * * * * * * *
172 TTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAG
1 TTTTTA-ATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * ** * ** * * ** ** **
237 TCATCCGTTGACACGAAAAGCCCATCTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGNN
65 CCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGTATTATTACTC-AC
******** * * *
301 NNNNNNNNTTTTGTAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATT
128 TTTATTGATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAGTTGAATT
* * ** ** ** *
343 TGTTTTATATTTTTTTTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACAAA
1 T-TTTTA-ATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * *
408 GCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTAATCGCT
64 GCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCACT
* * *
473 TTATCTGATTTTATAATTTCAAAATTGATTTTCAGTTCAATT
129 TTAT-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATT
515 TTTTTACATTTTTTGTTCAAACAAATTA-AATATGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTA-ATTTTTTGTTCAAACAAATTATAAT-TGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
579 ACTATTCATTGGTCAA-AAAAATTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCAC
64 GCCATTCATTGGT-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCAC
* *
643 TTTGAATTG-TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGCTGAA-T
128 TTT--ATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATT
* * * *
685 TTTTTAATATTTTTGATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAA-AGTAAAGAAAA
1 TTTTTAAT-TTTTTG-TTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACA-TGAAGAAAA
* * * * ** *
749 AGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTTGAAAGTATTATTACTCAT
63 AGCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCAC
*
814 TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATT
128 TTT-ATTGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGTTGAATT
* * * *
857 TTTTTAGGTTTTTGGTTCAAACAGAA-TATAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTA-ATTTTTTGTTCAAACA-AATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
** * * ** * **
921 GCCATTCATTTATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATATCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGC
64 GCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCA-C
** * * * * * *
985 TTTAACGGATTTTATAGTCTTATAACTGGTTTAAGTTGAATA
128 TTT-ATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATT
* * * * * * * * ** **
1027 TTTTCATGTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTG-CATTGAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTA-ATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * ** *
1091 GCTATCCATT-G-ACAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCA
64 GCCATTCATTGGTA-AGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCA
* * * *
1154 CTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGTTGAATT
127 CTTT-ATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTTGAATT
* * *
1198 TTTTAACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTTTA-ATTTTTTGTTCAAAC
1220 TTTA
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 195, Indels: 64
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.01
170 149 0.18
171 508 0.62
172 150 0.18
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTAATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTT
ATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATT
Found at i:829 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8--1219 Score: 1031
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
1 TTTTTAC
* * * * * * * * *
8 ATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAGTTAAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCA
* * * * * * *
73 TTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTACTATTCGCTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT-G
* ** * * *** * * * *
138 TTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAA
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGAATATAA
* * * * * ** * * * ** * * *
203 TTGAATCTCTATCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCGTTGACACGAAAAGCCCATCTATAG
194 TTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAG
* ** * * ********** * * *
268 TCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTGTAATCTCATAATTCATTC
259 TCACCCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAACGGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
332 TAAGTTGAATTTGTTTTAT
323 TAAGTTGAATTT-TTTAAT
* * * * *
351 ATTTTTTTTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACAAAGCCATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCA
* * * ** * * **
416 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTAATCGCTTTATCTGA
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATG-
* * * *
481 TTTTATAATTTCAAAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACA-AAT-TAA
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGAATAT-A
* * *
544 ATATGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTCAAAAAAATTC-ATTTA
193 AT-TGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGAT-AAAAAAAGTCTATTTA
* * ** *
608 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCA-CTTTGAATTG-TTTTATAATGTCATAATTG
256 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACT-AGCTTT-AACGGATTTTATAATCTCATAATTG
* *
671 ATTTTAGGCTGAATTTTTTAAT
319 ATTTTAAGTTGAATTTTTTAAT
* * ** * *
693 ATTTTTGATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCTTTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCA
* * * *
758 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTTGAAAGTATTATTACTCATTTTAAATAG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT-G
* **
823 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTAGGTTTTTGGTTCAAACAGAATATAA
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGAATATAA
* * * * *
888 TTGAATGTTTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTATAAGAAAAGTCTATTTATAG
194 TTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAG
** * * * * * *
953 TCACTTATATCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAACGGATTTTATAGTCTTATAACTG-GTTT
259 TCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAACGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
1017 AAGTTGAATATTTTCAT
324 AAGTTGAATTTTTTAAT
* * * * *
1034 GTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTGCATTGAGAAATGTGAAGAAAAAG-CTATCC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-TTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCT-TTC
* * *
1098 ATTGAC-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
64 ATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * *
1162 GGTTTTATAATGTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAC
128 -GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTC-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAAC
1220 TTTA
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 154, Indels: 38
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.01
341 178 0.26
342 253 0.36
343 251 0.36
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGAATATAATT
GAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
ACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAACGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTAAT
Found at i:1195 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8--1219 Score: 998
Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
1 TTTTTAC
* * * * * * *
8 ATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAGTTAAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAG-TCATTC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCT-ATTC
* * * * * *
72 ATTGACA-AGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTACTATTCGCTTTAAAT
64 ATTGACAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *** * * *
136 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTAT
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-CAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAATTA-
* * * * * ** * * ** * *
201 AAT-TGAATCTCTATCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCGTTGA-CACGAAAAGCCCATCT
191 AATATGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATCAAAAAAAG-TCATTT
* ** * *********** * * *
264 ATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTGTAATCTCATAATTC
255 ATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTGAACGGTTTTATAATCTCATAACTG
*
328 A-TTCTAAGTTGAATTTGTTTTAT
319 AGTT-TAAGTTGAATTT-TTTAAT
* * * * *
351 ATTTTTTTTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACAAAGCCATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCA
* ** * * **
416 TTAGTA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTAATCGCTTTATCT
65 TT-G-ACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
479 GATTTTATAATTTCAAAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAAATTAA
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAATTAA
* * *
544 ATATGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTCAAAAAAATTCATTTAT
192 ATATGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATCAAAAAAAGTCATTTAT
* * ** * * *
609 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTGAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATT
257 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTGAACGGTTTTATAATCTCATAACTGAGT
* *
674 TTAGGCTGAATTTTTTAAT
322 TTAAGTTGAATTTTTTAAT
* * ** * *
693 ATTTTTGATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCT-TTC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG-CTATTC
* * * * *
757 ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTTGAAAGTATTATTACTCATTTTAAAT
64 ATTGACAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * **
821 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTAGGTTTTTGGTTCAAACAGAA-TA
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACA-AATTA
* * * * *
885 TAAT-TGAATGTTTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTAT-AAGAAAAGTCTATT
191 -AATATGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATCAAAAAAAGTC-ATT
** * * * *
948 TATAGTCACTTATATCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTT-AACGGATTTTATAGTCTTATAAC
254 TATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCA-CTTTGAACGG-TTTTATAATCTCATAAC
* *
1011 TG-GTTTAAGTTGAATATTTTCAT
317 TGAGTTTAAGTTGAATTTTTTAAT
* * * * *
1034 GTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTGCATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATCCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-TTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCA
* *
1099 TTGACAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
65 TTGACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
1164 TTTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTC-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAAC
1220 TTTA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 151, Indels: 48
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 180 0.26
342 247 0.36
343 248 0.36
344 13 0.02
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCAT
TGACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAATTAAATAT
GAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATCAAAAAAAGTCATTTATAGTC
ACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTGAACGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTAA
GTTGAATTTTTTAAT
Done.