Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397738.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1036.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14276
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.09, T:0.22
Warning! 5299 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5221 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 4945--5260 Score: 318
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
4935 NNNNNNNNNN
* * * *
4945 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAA
1 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAA
* * * * *
5010 TGGGTTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-TGGAAAACATTCAATTATAA
66 TGGCTTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGAAAACATTCAATTATAA
*
5074 TCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAA
130 TCGGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA----------TAAAATCAA
* * *
5118 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTACA-AAGG-CTTTTGAAGG-TTGGGTGATTATAA
1 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAA
* * * *
5180 TTGGACTTTTT-GTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACATTCATTTATA
65 ATGG-CTTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATA
5244 ATCGGTTTTAACAAAAA
129 ATCGGTTTTAACAAAAA
5261 ACGTAAGAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 17, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.07
171 68 0.55
172 14 0.11
173 32 0.26
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAA
TGGCTTTTTCGTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAAT
CGGTTTTAACAAAAATGTAAAAATAAAATCAA
Found at i:6812 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5941--7785 Score: 1793
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 170
5931 NNNTAAAGCA
* * * * * * *
5941 AGTAAAAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGATTATAATTGGACTTTT-TGTACCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGGTTT
* * * * *
6005 TTCTTCATGTTTCCCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAACATGAGAAAATT
65 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TTTAAAAAATT
* *
6069 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * *
6111 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTGTAATTGCGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * * * *
6176 TCTTCATGTTTCT-AA---AGACATTCAATAATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTA
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATTC
* * * *
6237 AACTTAAAATCAATTTTGAG-TCTATAAAATCGTTTAAAGAA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * * * **
6278 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGCCTTTTCTTGCAAATAAATGTCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * * * * *
6343 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-TAAACAATGTAAAAAACTT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATTTAAAAAA-TT
*
6407 CAACTTAAAATCAA-T-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * *
6447 TGTAATGAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * * * * * *
6512 TCCTGAGGTTTCCCAA-G-ATAACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTC
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAATTC
* * *
6575 AACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
*
6616 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* ** * * * * * *
6681 TCATCATGTTTCTTGAGGCAAAGATTCAATTTTAATTTGTTTTAGCAAAAAATCTTAAAAAATTA
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATTC
* * *
6746 AACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* ** * * * * *
6787 AGTAATAAAGCTTTCAAATGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * * * * * *
6852 TCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTG
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAA-AATTC
* * *
6917 AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGAAAGAG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * * * * * *
6958 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGGATAACTAT-AA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * * * * **
7021 TCTTTAGGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAGAAACGTAAGAAAATTC
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAA-AAAATTC
* * *
7086 AACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCGTTCAAAGCA-
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AG
* **
7127 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGG-TTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
** * * * * *
7191 TCTTCACATTTTTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAAACAATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAA-AATT
********** *
7256 CAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAATCATTTAAAGAG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * *
7298 AGTACTAAGGATTTTGATGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * * * *
7363 TCTTC-TGGTTTCTCAAGGAAAAGATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACT
66 TCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAATT
********** **
7427 CAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * *
7469 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAAAAATAGGCTTTTCTTGCCAATG-ATTGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
** * *
7533 TCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATT
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAA-ATT
* * * * *
7598 TAGCTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGGG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * ** * * * * * * *
7640 AGCAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAATTGGACTGTTCTTGTCAATAAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * *
7705 TCTTCATGTTTC-CTAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATT
66 TCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAA-AATT
*
7769 CAGCTTAAAATCAATTA
129 CAACTTAAAATCAATTA
7786 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1374, Mismatches: 268, Indels: 65
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 25 0.02
167 128 0.09
168 37 0.03
169 317 0.23
170 245 0.18
171 495 0.36
172 127 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
Found at i:6992 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5941--7785 Score: 1987
Period size: 342 Copynumber: 5.4 Consensus size: 342
5931 NNNTAAAGCA
* * * * *
5941 AGTAAAAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGATTATAATTGGACTTTT-TGTACCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATAAATGGCTTT
* * *
6005 TTCTTCATGTTTCCCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-CATGAGAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCGT-AAAAAAT
* * *
6068 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * *
6133 TGGGTGACTGT-AATTGCGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCT--A--AAG
194 TGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAA
* * *
6193 ACATTCAATAATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA-G
258 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGG
* * *
6257 TCTATAAAATCGTTTAAAGAA
323 T-TATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * * * *
6278 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGCCTTTTCTTGCAAATAAATGTCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTT
* * * *
6343 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-TAAACAAT-GTAAAAAACT
66 TCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATCGTAAAAAA-T
* * *
6406 TCAACTTAAAATCAA-T-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGTGTAATGAGGCTTTTGAAGGCT
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * *
6469 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCCCAATGAA-TGGCTTTTTCCTGAGGTTTCCCAA-GATA
194 TGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAA
* * * *
6532 ACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCGATTTTGAGG
258 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGG
6596 TTATAAAACCATTTAAAGAG
323 TTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * *
6616 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTT
* *** * * * * * * *
6681 TCATCATGTTTCTTGAGGCAAAGATTCAATTTTAATTTGTTTTAGCAAAAAATCTTAAAAAATTA
66 TCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCGTAAAAAATTC
* * * ** *
6746 AACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAATGCTTG
131 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
* *
6811 GGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACA
196 GGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACA
* * * * *
6876 TTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTA
261 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTA
*
6941 TAAAACCATTGAAAGAG
326 TAAAACCATTTAAAGAG
* * * * *
6958 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGGATAACTAT-AA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTT
* * * *
7021 TCTTTAGGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTACCAGAAA-CGTAAGAAAATT
66 TCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCGTAA-AAAATT
* * * *
7085 CAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCGTTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
* * * * * *
7150 GAGTGACTATAAAT-GGGTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAAAC
195 GGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAAC
* * * ********** *
7214 ATTTAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGAT
260 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGT
*
7279 TATAAAATCATTTAAAGAG
324 TATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * * * *
7298 AGTACTAAGGATTTTGATGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AAATGGCTTT
* * * *
7362 TTCTTC-TGGTTTCTCAAGGAAAAGATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAA
65 TTCTTCAT-GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCGT-AAAAAA
* ********** *
7425 CTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
7490 TTAGGTGACTAAAAATAGGCTTTTCTTGCCAATG-ATTGGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAA
193 TTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAA
* * * *
7554 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTTAGCTTAAAATCAATTATG-G
258 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* *
7618 GATTACAAAACCATTTAAAGGG
322 G-TTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * * * * *
7640 AGCAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAATTGGACTGTTCTTGTCAATAAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTT
* * *
7705 TCTTCATGTTTCCTAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAACAATT
66 TCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCGTAAAA-AATT
*
7769 CAGCTTAAAATCAATTA
130 CAACTTAAAATCAATTA
7786 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1234, Mismatches: 243, Indels: 57
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 3 0.00
336 82 0.07
337 105 0.09
338 173 0.14
339 123 0.10
340 278 0.23
341 49 0.04
342 398 0.32
343 23 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTT
TCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCGTAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
GGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTA
TAAAACCATTTAAAGAG
Found at i:8431 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7886--9170 Score: 1364
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
7876 NNNNNNNNNN
* *** * * * * *
7886 ATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAATCCTATTTCTA
1 ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATA
* * * * * ** *
7951 GTAACCGAAGCCTTTAGAAGCCCTATTACTCTCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTGATTA
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
* * *
8016 TAAGTTGAATTTTCTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATA
130 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * *
8057 ATTGAATGTTTTCCTAGGGAAACATGAAGAAAAGTA-CATTCATTAGCAATAAAAGCTCATTTCT
1 ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAA--ACCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTAT
** * * * *
8121 AGTCACTGAAGCCTTCAGAAGCCCTATTAATCTCTTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
64 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
*
8186 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
129 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * ** * *
8228 CTTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTACCAAAAGTCCAATTATA
1 ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATA
* * * *
8293 GCCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TT
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
* *
8357 TAAGCTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
130 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
8398 ATTGAATATTTTTCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAACAGTCCAATTATA
1 ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATA
* ** * * *
8463 ATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCC-CATAATTGATT
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATT
*
8527 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATA
129 TTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * * *
8570 ATTAAATGTTTACC-TTGAGAAATGTGAAGAAAAACCAATCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTTTA
1 ATTGAATGTTTTCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATA
* * * * * *
8634 TTCAGCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATAT
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
* *
8699 TAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
130 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* *
8740 ATTGAAT-TTTTGCC-TTGAGAAAC-TAGAAGAAAAACCAATTCATTGGC-AAGAAAGCCCATTT
1 ATTGAATGTTTT-CCTTTG-GAAACAT-GAAGAAAAACC-ATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTT
* * * * * * *
8801 ATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGACTTAGTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGA
62 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
* ** * * *
8866 TTTTACGTTGAATGCTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATT
127 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
8910 ATTGATTGTTTGCCTTTGGAAACATAAAAAAAAACACAGTT-AGTGGCAAGAAATGCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAC-CA-TTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTAT
* *
8974 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGACT
64 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
* *
9039 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATATTATA
129 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
9081 AATGAATGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATA
1 ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATA
*
9146 GTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTA
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
9171 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 145, Indels: 38
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 335 0.35
171 555 0.58
172 54 0.06
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAG
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
Found at i:8664 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 7886--9170 Score: 1494
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
7876 NNNNNNNNNN
** * * * * *
7886 ATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAATCCTATTTCTA
1 ATTGAATGTTTGCCT-TGGAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * * **
7951 GTAACCGAAGCCTTTAGAAGCCCTATTACTCTCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTGATTA
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATT-
* * * **
8016 TAAGTTGAATTTTCTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAGGGAAACA
129 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACA
* * * *
8081 TGAAGAAAAGTA-CATTCATTAGCAATAAAAGCTCATTTCTAGTCA-CTGAAGCCTTCAGAAGCC
194 TGAAGAAAA--ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
8144 CTATTAATCTCTTTAAACGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
256 TTACTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
8208 TTTGGTTAAAACAGATTATA
320 TTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * ** * *
8228 CTTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGC-CATTCATTAGTACCAAAAGTCCAATTAT
1 ATTGAATGTTTGCCTT-GGAAATATGAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * *
8292 AGCCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
64 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
* * * *
8357 TAAGCTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTTCTTTGGAAACA
129 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACA
* * * * * **
8422 TGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAACAG-TCCAATTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
194 TGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCT
* *
8486 TACTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTT
257 TACTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTT
*
8551 TTGGTTAAAAAAGATTATA
321 TTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
8570 ATTAAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAC-CAATCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTTTA
1 ATTGAATGTTTGCCTTG-GAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * *
8634 TTCAGCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATAT
65 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAT-T
* *
8699 TAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-TTTTGCC-TTGAGAAA
129 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT-CCTTTG-GAAA
* * *
8762 C-TAGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGA
192 CAT-GAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGC
* * ** * **
8825 CTTAGTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTTGAATGCTTTTACATT
255 CTTACTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
8890 TTTGCTTAAAACATATTATT
320 TTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
8910 ATTGATTGTTTGCCTTTGGAAACATAAAAAAAAACACAGTT-AGTGGCAAGAAATGCCCATTTAT
1 ATTGAATGTTTGCC-TTGGAAATATGAAGAAAAACACA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* *
8974 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGACT
64 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-T
* * * * *
9039 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATATTATAAATGAATGTTTGCCTTTAGAAAC
128 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAAC
9104 ATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCT
193 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCT
9169 TA
257 TA
9171 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 122, Indels: 48
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 50 0.06
341 463 0.58
342 282 0.35
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ATTGAATGTTTGCCTTGGAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATG
AAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACT
ACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAGATTATA
Found at i:8887 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 7958--9170 Score: 1524
Period size: 512 Copynumber: 2.4 Consensus size: 510
7948 CTAGTAACCG
* * * ** *
7958 AAGCCTTTAGAAGCCCTATTACTCTCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTGATTATAAGTTG
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
8023 AATTTTCTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAGGGAAACATGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * *
8088 AAGTA-CATTCATTAGCAATAAAAGCTCATTTCTAGTCACTGAAGCCTTCAGAAGCCCTATTAAT
131 AA--ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAAT
* * *
8152 CTCTTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
193 CGCTTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * *
8217 AACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTACCAAAA
258 AACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTACAAAAA
* * * * * *
8282 GTCCAATTATAGCCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
323 GCCCAATTATAGCCACCCAAGCCTTTAAAAGACTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTA
* ** * **
8347 ATAATTGATTTAAGCTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTTC
388 ATAATTGATTTAAGCTGAATGCTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCC
* * * * *
8412 TTTGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTTATTGGCAAGAACA-GTCCAATTATAATCACCC
453 TTTGGAAACAT-AAAAAAAAACACAGTTAGTGGCAAGAA-ATGCCCAATTATAATCACCC
** * * *
8470 ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCC-CATAATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * **
8534 GAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAG
65 GAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * * *
8599 AAAAACCAATCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTTTATTCAGCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAAT
* * *
8664 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
193 CGCTTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* *
8729 AACAAATTATAATTGAATTTTTGCCTTGAGAAACTA-GAAGAAAAA-CCAATTCATT-G-GCAAG
258 AACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTAGTACAA-
* * * * *
8790 AAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGACTTAGTACTCTCTTTAAATGATTTTATAAT
320 AAAGCCCAATTATAGCCACCCAAGCCTTTAAAAGACTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
* * * * * *
8855 CTAATAATTGATTTTACGTTGAATGCTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATTATTATTGATTGTT
385 CTAATAATTGA-TTTAAGCTGAATGCTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATATT
* *
8920 TGCCTTTGGAAACATAAAAAAAAACACAGTTAGTGGCAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCC
449 TGCCTTTGGAAACATAAAAAAAAACACAGTTAGTGGCAAGAAATGCCCAATTATAATCACCC
* *
8982 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGACTTTAAGTTG
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
9047 AATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATATTATAAATGAATGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
9112 AAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTA
131 AAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTA
9171 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 93, Indels: 24
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 137 0.23
512 397 0.67
513 60 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCGC
TTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTACAAAAAGCC
CAATTATAGCCACCCAAGCCTTTAAAAGACTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTAATA
ATTGATTTAAGCTGAATGCTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTT
GGAAACATAAAAAAAAACACAGTTAGTGGCAAGAAATGCCCAATTATAATCACCC
Found at i:13350 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 13173--13490 Score: 336
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
13163 NNNNNNNNNN
* *
13173 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTCTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCTAAA
* *
13238 GGCTTTAG-TGACTAGAAATGAGCA-TTTATTACCAATGAATATACTTT-TCTTCATGTTTCTCA
66 GGC-TTAGATGACTAAAAATG-GCATTTTA-TACCAATGAAT-GACTTTCTCTTCATGTTTCTCA
*
13300 AGGAAAACATTTAATTATAANNNNNNNNNNCTAAAAACATAAGA
127 AGGAAAACATTCAATTATAA----------CTAAAAACATAAGA
* * * *
13344 AAATTCAACTTACAATCAATTATGCGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCTAAA
* * * * **
13409 GGCTTCGATTACTAAAAATGGGATTTTCATGCCAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGG
66 GGCTTAGATGACTAAAAATGGCATTTT-ATACCAATGAATGACTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGG
*
13474 CAAACATTCAATTATAA
130 AAAACATTCAATTATAA
13491 TCTCTTTTAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 16, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.06
171 118 0.93
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (160 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCTAAA
GGCTTAGATGACTAAAAATGGCATTTTATACCAATGAATGACTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGA
AAACATTCAATTATAACTAAAAACATAAGA
Done.