Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402104.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5199.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 690
Length: 1150
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.37
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:365 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1150 Score: 1107
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
* *
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A---GATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
62 GACTTT-AGCTTCAGTTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTCTACCTTGA
66 GATTTTAAG-TTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA
* *
126 GAAACATGAAGAAAGAGCTATTCAGTGGCAAGAAAAG-CCTAT
130 GAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-AT
* * * * *
168 TTATAGTCACTCATGCGGTT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAAT
1 TTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * * *
232 TGATTTTAGGTTGAATTGTTTCACATTTTTTGTTAAATTAGATAATAATTGAATGTCTACCCTAA
65 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA
* * * * *
297 GAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAATG-TAAGTCCAT
130 GAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCAT
* ** ** * * **
339 TTAGAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATCAATAATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
404 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGCTT-AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTG
66 GATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTG
* * **
468 AGAAACATGAGGAAACAGCCATTCATCAGCAA-AAAAGTCCAT
129 AGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
********** * *
510 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * *
575 GATTTTAAGTTGAATT-TTTGTACATTGTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGGATGTCTACCGTA
66 GATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTG
* * * *
638 AGAAACCTGATGAAAGAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
129 AGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
681 TTATAGTCACCCACT-CTTTCAAAAGTCTTATTACTC-GTTATAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * * **
744 TCAATTTTTAGTTGATTTGTTTTGCATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAAAATCTACCTCT
64 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-T
* *
809 -AGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGCCAA-AAACAGTCCAT
128 GAGAAACATGAAG-AAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCAT
* * * * *
852 TTATAGTCACCCACGCTTTCAAATGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCACAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * *
917 GATTTTAAGAAGAATTGTTTCACATTTTTGGTTACAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
* * *
982 AAACGTGAAGAAAGAGCCACTCATTTGCAAGAAAAG--CATGT
131 AAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA--T
* * *
1023 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATTGTTTTAAAATCTGATAAT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
1087 TGATTTCAACTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
65 TGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 163, Indels: 59
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 45 0.06
168 3 0.00
169 7 0.01
170 69 0.09
171 539 0.68
172 123 0.16
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
AAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:1067 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1--1148 Score: 1256
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 510
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A---GATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATT
* * * *
62 GACTTT-AGCTTCAGTTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTCTACCTTGA
66 GATTTTAAG-TTCAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTCTACCGTAA
*
126 GAAACATGAAGAAAGAGCTATTCAGTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCGGTTAAA
128 GAAACATGAAGAAAGAGCTATTCAGTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCGGTTAAA
**
191 AGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTCAC
193 AGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGGTTGAATTGTTTCAC
** * ** * *
256 ATTTTTTGTTAAATTAGATAATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCA
258 ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAAAATCTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** ** ** *
321 TTGGTAATGTAAGTCCATTTAGAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATCAATAA
323 TTGCCAATAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAA
* ** * *
386 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGCTTAAATAGATTATA
388 TTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGAAGAATTTGTTTCACATTTTTGGCTTAAATAGATAATA
* *
451 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAACAGCCATTCATCAGCAAAAAAGTCCAT
453 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAGCCACTCATCAGCAAAAAAG-CCAT
********** * *
510 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATT
* * *
575 GATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTGTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGGATGTCTACCGTAA
66 GATTTTAAGTTCAATTTTT-TACATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACCGTAA
* * * * *
639 GAAACCTGATGAAAGAGCCT-TTCATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCACT-C-TTT
128 GAAACATGAAGAAAGAG-CTATTCAGTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-TGCGGTT
* * * * * *
700 CAAAAGTCTTATTACTC-GTTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTTA-GTTGATTTG
190 -AAAAGCCTTATTACCCACTT-TAAATGATTTTATAACCTCATAATCAA-TTTTAGGTTGAATTG
** * *
763 TTTTGCA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAAAATCTACCTCT-AGAAACATG-AGAAAAA
252 TTTCACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATTAAAAATCTACC-CTAAGAAACATGAAG-AAAA
* * * *
825 AGCCATTCATTGCCAA-AAACAGTCCATTTATAGTCACCCACGCTTTCAAATGCCTTATTACTCA
314 AGCCATTCATTGCCAATAAA-AGTCCATTTAGAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
**
889 CT-TGAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGAAGAA-TTGTTTCACATTTTTGG-TTA
378 CTAT-AAATAATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGAAGAATTTGTTTCACATTTTTGGCTTA
* * * **
951 CAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGCCACTCATTTGCAAGAAA
442 -AATAGATAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAGCCACTCATCAGCAA-AAA
1016 AG-CATGT
505 AGCCA--T
* * *
1023 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTGTTTTAAAATCTGATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATT
* * *
1088 GATTTCAACTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
66 GATTTTAAGTTCAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACC
1149 TT
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 90, Indels: 47
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 43 0.08
510 1 0.00
511 5 0.01
512 85 0.16
513 333 0.64
514 51 0.10
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATT
GATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAATGTCTACCGTAAGAA
ACATGAAGAAAGAGCTATTCAGTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCGGTTAAAAGC
CTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGGTTGAATTGTTTCACATT
TTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAAAATCTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
CCAATAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATAATTT
TATAATCTCACAATTGATTTTAAGAAGAATTTGTTTCACATTTTTGGCTTAAATAGATAATAATT
AAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAGCCACTCATCAGCAAAAAAGCCAT
Done.