Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402119.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5212.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2883
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 636 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:320 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11--1373 Score: 1140
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
1 GAATTCCTTG
* * * *
11 TACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGATAAA-TGTGAAG-AAAAGTTC
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAAAG-TC
* * * * *
74 TTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
139 AATGGTTTTATAATCCCAAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
128 AATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * *
182 GTGCATTTTT-GTTAAAATAGACTTTAATTGAATGT-TAACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTC
1 -TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGTC
* * * *
245 ATTCATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCGATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTT
64 ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
309 AAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTAACTTTAAGTTAAATTTTTT
127 AAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * *
353 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCT-TAAAGAACGTGAAGAAAAA-TAC
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-AACTTGAAGAAAAAGT-C
* * *
416 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTT
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC--ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
480 AAA----TTGAT--T-T---TAA--G--TTCAA-TT---TGTTT
127 AAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * * * * *
506 TACACTTTTACCTAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGGCAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCAT
* *
571 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT-TACTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * ***
635 ATGGTTCTATAATCT-AAAAATTGATTTT-TGTTCTTTTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
675 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTCGAGAAA-TGTGAAGAAAAAGAT-
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAAAG-TC
* * * ** * * *
738 AATCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATTTTCTTCCATTCCTCCAAAAGCGTTATTACTCAGTTTA
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
803 AAAGGTTTTATTATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT
128 AATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
** * * * * * * * *
846 TATGTTTTTGGTTAAAAC-GTATTATAATTGAATTTTTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAGGTCT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCA
* *
910 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
975 ATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * *
1016 TACATTTTTTTGTTAAAAGAGGCTATACTTGAATGTCTGCCT-TAGGGAA-TGTGAAGCAAAAGC
1 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACT-TGAAGAAAAAGT
** * * * ** * * *
1079 CAACCATTGACACGAAAAGTCCATTTAATA-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTAGTT
63 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
1143 TCAATGGTTTCAAAAACT-AATAATT-ATTTTTAAGTTGAATGTTTT
126 TAAATGGTTTTATAATCTCAATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * *
1188 TACATTTTT-GATTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCACAAGAAACATGAAGAAAAAAGT-
1 TACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAG-AAAAAGTC
* * * * * *
1251 ATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
1316 AATTGTTTTATAATGTC-ATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTT
128 AATGGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT
1359 TACATTTTTAGTTAA
1 TACATTTTTAGTTAA
1374 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 175, Indels: 133
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
153 109 0.11
154 3 0.00
157 5 0.01
158 4 0.00
159 1 0.00
160 1 0.00
162 5 0.01
164 2 0.00
165 1 0.00
166 4 0.00
167 4 0.00
169 131 0.14
170 43 0.05
171 593 0.62
172 44 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
Found at i:631 original size:153 final size:152
Alignment explanation
Indices: 336--636 Score: 397
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
326 CATAATTAAC
* *** * *
336 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAGAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTACCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAAAGAA
* * * * * *
401 CGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTAATTCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAATTCCTTCAAAAGCC
*
466 TTATTGCCCACTTTAAATTGAT
131 TTATTACCCACTTTAAATTGAT
* * * *
488 TTTAAGTTCAATTTGTTTTACACTTTTACCTAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-
1 TTTAAGTTAAATTT-TTTTACACTTTTACCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAAAG
* *
552 AACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACTAATTCCTTCAAAAG
64 AACATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAATTCCTTCAAAAG
*
617 CCTTATTACTCACTTTAAAT
129 CCTTATTACCCACTTTAAAT
637 GGTTCTATAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
152 13 0.10
153 112 0.88
154 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (152 bp):
TTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTACCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAAAGAA
CATGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACCCACTTTAAATTGAT
Found at i:961 original size:493 final size:493
Alignment explanation
Indices: 23--976 Score: 1173
Period size: 493 Copynumber: 1.9 Consensus size: 493
13 CATTTTTAGA
* * * ** * * *
23 TAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGATAAATGTGAAGAAAAGTTCTTTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGTGCATTCATTGGCAAGA
* * *
88 AAAGTTCATTGATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTGATAATCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAAT
* * * * *
153 CCCAATATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTGCATTTTTGTTAAAATAGACTTTAATTGAATGTT
131 CCAAAAATTGATTTTAAGTT-AATTCTTTGTACATTTTTGTTAAAACAGACTTTAATTGAACGTT
* *
218 AACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCGATT
195 AACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCAATCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCGATT
** * * *
283 CCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAAT
260 CCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAAC
*
348 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAGAACGTGAAGAAAAA
325 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAGAACATGAAGAAAAA
* *
413 TACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACT
390 TACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCC-AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACT
478 TTAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACACTTTTACC
454 TTAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACACTTTTACC
*
518 TAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAG-GCATTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAAAAAAGTGCATTCATTGGCAAG
* *
582 AAAAGTCCATTTATAATTACT-AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATA
65 AAAAGTCCATTGATAATCACTCAA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATA
* * * * *
646 ATCTAAAAATTGATTTT-TGTT-CTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAAC
129 ATCCAAAAATTGATTTTAAGTTAATTCTTTGTACATTTTT-GTTAAAACAGACTT-TAATTGAAC
* * **
708 GTTTACCTCGAGAAA-TGTGAAGAAAAAGAT-AATCATTG-ACAAGAAAAGTTCATTTATTTTCT
192 GTTAACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAAAG-TCAATCATTGCA-AAGAAAAGTCCATTTATGGTC-
* * * *
770 TCC-ATTCCTCCAAAAGCGTTATTACTCAG-TTTAAAAGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTA
253 TCCGATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTA
* ** * * *
833 AGTTGAACTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAAC-GTATTATAATTGAAT-TTTTACCTCTAGA-AAC
317 AGTTAAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTT-CCT-TAAAGAAC
* * * *
895 ATGAAGAAAAGGT-CTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCC-ATTCCTTCAAAAGC
379 ATGAAGAAAA-ATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CCCAATTCCTTCAAAAGC
*
958 CTTATTACTCACTTTAAAT
441 CTTATTACCCACTTTAAAT
977 GGTTTTATAA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 53, Indels: 32
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
492 21 0.05
493 229 0.59
494 15 0.04
495 119 0.30
496 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (493 bp):
TAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGTGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTGATAATCACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAAT
CCAAAAATTGATTTTAAGTTAATTCTTTGTACATTTTTGTTAAAACAGACTTTAATTGAACGTTA
ACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCAATCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCGATTC
CTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAACT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAGAACATGAAGAAAAAT
ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
AAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACACTTTTACC
Done.