Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397740.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1038.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17095
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 5282 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3664 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 3387--3756 Score: 435
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 174
3377 NNNNNNNNTG
* * * * *
3387 TTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAGATTGAATTTTTTTTTACGTTTTTTGGTTAAAACAGAT
1 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTCTTTTATAC-TTTTTTGATCAAAACAGAT
* ** * * *
3451 AATAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACCTGAAGAAAAAGATATCTATTGACAAGAAAAGTCCATT
65 AATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAATCCATC
* * * *
3516 TATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGA
130 GATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAAT-A
* *
3562 TTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTTATA-TTTTTT-ATCAAAATAGATA
1 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTCTTTTATACTTTTTTGATCAAAACAGATA
* * ** *
3624 ATAATTAAATGTCTGCCTT-GGAAAAAATGATGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAATCTATC
66 ATAATTAAATATCTGCCTTAGG-AAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAATCCATC
* * *
3688 GATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTCTAACTCGCTTTAAATA
130 GATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATA
* *
3733 TTTTTAGAATCTCATAATCGATTT
1 TTTTTATAATCTCATAATTGATTT
3757 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 28, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 24 0.15
172 97 0.59
173 6 0.04
175 31 0.19
176 7 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTCTTTTATACTTTTTTGATCAAAACAGATA
ATAATTAAATATCTGCCTTAGGAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAATCCATCG
ATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATA
Found at i:10395 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10090--11056 Score: 737
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 168
10080 NNNNNNNNNN
* * * * *
10090 TTTG-TTAAAACAGATAATAATT-ACATGTCTGCCTCAGAAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTGCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * **********
10153 GGCAAGGAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCNNNNNNNNNN
64 GG-AA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTT
* *
10217 TTTATAATCTCATAATTGATTTTCGATTGAATTTTTTTACATT
127 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTAAATTTTTTTACATT
* * *
10260 TTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTATAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCG
1 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * *
10325 GTAGAAAATGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTCTAAATGTTCT
65 GAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTTTT
* * **
10390 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTATTTTTATT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTTT-TTTACATT
* * * *
10432 TTTTATTAAAATTGATTGTAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGAAG--AAAGTATATCCAT
1 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAG-ATATCCAT
* * ** * * * *
10494 TGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCAGTCACACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGTT
63 TGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTT
*
10559 TTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAGATTAAAATTTTTTTTACGTT
127 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA-ATT-AAA-TTTTTTTACATT
* ** * * *
10604 TTTGGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTG
1 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* ** * * * **
10669 ACAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTTATGATTT
65 -GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATG-TTT
* * * *
10734 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATT
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTTTTTTACATT
********** * ** * * *
10776 TTTNNNNNNNNNNGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTG
1 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * * *
10841 ACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACACACCTTCAAAAGCCTTATCACTCGC-CTTAAATATTT
65 -GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTC-TAAATGTTT
* * *
10905 TTTTAATTTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACAGTT
128 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTAAATTTTTTTACA-TT
* * * *
10948 TTT-ATGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAATATCCATTG
1 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
11012 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
65 G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTA
11057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 146, Indels: 55
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 11 0.02
171 304 0.49
172 208 0.33
173 65 0.10
174 29 0.05
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGTTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAATTAAATTTTTTTACATT
Found at i:12344 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11857--13421 Score: 1252
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
11847 NNNNNNNAGC
* * * *
11857 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAACTTCATAATTGCTTTTA
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
* * *
11922 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
66 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTG
* *
11986 AAGAAAAACATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-
131 AAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
12026 CTACCCATGCCGTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGATTTTTATAATTTTATAATTGATTT
1 C-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATTTCATAATTGATTT
* * *******************
12091 TAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATCAAAACAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACG
64 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG
*
12156 TGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
129 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * *
12199 CACCCACACATTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTCTCTAATTTCATAGTTGATTTT
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT-TATAATTTCATAATTGATTTT
* * * * * *
12263 AAGTTGAATTTTTTTACATTTGTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAAGGT
65 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * *
12328 GAAGAAAAATATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGC
130 GAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
********** * *
12370 CACCCATGNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTTATAATCTT-ATAACTGATTT
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAT-TTCATAATTGATTT
* *
12434 TAAGTT-AGATTTTTATTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTATC-TAGAGAA
64 TAAGTTGA-ATTTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAA
*
12497 ACGTGAA-AAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGN
126 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
********* * * * *
12542 NNNNNNNNNCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAACTTCATAATTAATTTTA
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
* * * * * ** *
12607 AGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATATTTGAATATCTATCTCGAGAAATGT
66 AGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * *
12672 GAAGAAAAAGATAACCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGT
130 GAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * ** *
12714 CACTCATGTCTTCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTACAACCTCATAATTTATTTT
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATTTCATAATTGATTTT
* * * ** *
12778 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTATCTCGAGAAACAT
65 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * * * * * *
12842 GAAAAAAAAGATATTCATTGGCATGAAAAATTCATTTATATT
130 GAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * *
12884 CACCCATGCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATG-TTGCCATAATCTCTTAATTGATTTT
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAATTTCATAATTGATTTT
** *** * * * * *
12948 AAGTTGAAGGTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATAATAATTTAATGTCTGCCTAAAGAAACGT
65 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * *
13013 GAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AGAAAAAATTCATTTATAGT
130 GAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * ****
13055 CACCCATACCTTCAAAAACTTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATNNNN
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
****** * * * * * * *
13120 NNNNNNATTTTATTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATATCTACCTCGGAA-AAA-A
66 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT--TAAGAAACG
* * *
13183 TAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGT
129 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * * *
13226 CACGTATGCCTTCAAAAGCATTCTTACTCACTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
* * ** ** ** * * *
13290 CGATTGAATGTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTCAATGTCTATCTTAGGAAA-GA
66 AG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG-
** * * *
13354 TGAAGAACGAGATATCCATCGACAGGAAAAGTTCATTTATAGT
129 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
13397 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
1 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
13422 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 261, Indels: 54
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 179 0.16
171 579 0.52
172 293 0.26
173 52 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTG
AAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
Found at i:14649 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14339--17038 Score: 2557
Period size: 171 Copynumber: 15.8 Consensus size: 170
14329 NNNNNNNNNN
* * * *
14339 ATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-TATTTTATAA-TTGCATAATT
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT-TTTTATAACTT--ATAATT
* * * *
14402 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AGTTATAATTGAATATCTACCACAG
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* *** *
14466 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTTATATGAAAAGTCCATTT
127 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
14510 ATAGCCACCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACGTCATAATTG
1 ATAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAC-TTATAATTG
* *
14574 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * ** * *
14639 AACATGAAGAAAAAGACATCCGTTGATATGAAAAGTCTATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * *
14681 ATAACCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGA-TTTGATAACTTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAACTT-ATAATTG
* ***
14745 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGGGA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
14810 AACGTGAAGAAAAACATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
14852 ATAGCCACTCATGCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTATATGATTTTTATAATCTTATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CTTATAATTG
* * ** * *
14917 ATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTAACAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * * *
14982 AACGTAAAGAAAATGATATCTATTGCCAAAAAAAGTCCATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** ** * * * * *
15024 ATAGTCACTTACACCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAGTTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA-CTTATAATTGA
* * * * * **
15089 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAA
65 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * *
15154 ACGTGAAGAAAAATATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
130 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
15195 ATAG-CTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTTATAATCTTATAATT
1 ATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CTTATAATT
* * ** * * *
15259 TATTTTAAGTTAGATTTTTATTATATATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTTTATATCTATCTCG
63 GATTTTAAGTTAAATTTTT-TTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* *
15323 AGAAACATGAA-AAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTT
126 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
15367 ATAGTCACCTAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGA-TTTTATAACTTTATAATT
1 ATAGTCACC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAAC-TTATAATT
* * * * * *
15430 AATTTTAAGTTGAATTTTTATTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTATCTCAA
63 GATTTTAAGTTAAATTTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* ***
15495 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTT
127 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * ** * *
15539 ACAGTCACCCATGTCTTCGTAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTTA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA-CTTATAATTGA
* * * * * *
15604 TTTTCAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTCAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGGA
65 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGA
* * *
15669 AA-ATGAAGAAAAAGTTATCCATTGGCATA-AAAAATTCATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * * * * **
15710 ATATTCTCCCATGCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAGATGTTGCTATAATCTTATAATTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA-CTTATAATTGA
* *** * * * * *
15775 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAAGAATTTAATGTCTGCCTTAAGAA
65 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
15840 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AGAAAAAGTCCATTT
130 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTT
* * * * * *
15881 ATAGTCACCTATACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATTATCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA-TAACTTATAATTGA
* * * * *
15946 TTTTAAATTAAATTTTATTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGA-CTC-AGA
65 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAG-
* *
16009 AAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
128 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * * *
16052 ATAGTCACCCACACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAGTTAA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA-CTTATAATTGA
* * **
16117 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAA
65 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* *
16182 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
130 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
16223 ATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CTTATAATTG
* ** * * * *
16288 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGGTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAAAA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
16353 AACATGGAGAAAAAGATATCTA-TGGATAAGAAAAGTCCATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTT
* *** * * *
16395 ATAGCCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CTTATAATTG
* * * * * *
16459 ATTTTAAGTTGAA-TTGTTT-TATTTTTT-TTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTATCTCGAGA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* **********
16521 AACGTGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * * *
16563 ATAACCACCCATGCCATCGAAAGCTTTGTTACTCGATTTATATGATTTTTATAATCTTATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CTTATAATTG
* * * * * *
16628 ATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTTATCAAAACAG-TTAATAATTAAATATCTGCTTC-AG
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * *
16691 AAAAAATGATGCAAAAGATATCCTTTGGCAAGAAAAATCTATTG
128 -AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
16735 ATAATCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTCTAACTCGCTTTAAATATTTTTAGAATCTCATAATCGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA-CTTATAATTGA
* * * ** ** * * *
16800 TTTT-AGATTGAGTTTTTTAACGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
65 TTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* *
16864 AACATGAAGAAACAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTT
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *********
16906 ATAGTCACCCATACGTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTCTTANNNNNNNNNNATTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA-TAACTTATAATTGA
* * * *
16971 TTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAACATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCGAGA
65 TTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
17036 AAC
129 AAC
17039 GTGCATTGAC
Statistics
Matches: 2080, Mismatches: 400, Indels: 97
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 91 0.04
169 36 0.02
170 29 0.01
171 1248 0.60
172 624 0.30
173 48 0.02
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACTTATAATTGAT
TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:15096 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 14339--17038 Score: 2715
Period size: 343 Copynumber: 7.9 Consensus size: 343
14329 NNNNNNNNNN
* * * * *
14339 ATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-TATTTTATAATTGCATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT-TTTTATAATTTCATAATTG
* ** *
14403 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AGTTATAATTGAATATCTACCACAGG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
*** *
14467 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTTATATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATAG-CTTCAAA
129 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT-GCCTTCAAA
*
14531 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
193 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATC-TTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
14594 ATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATC
257 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* ** * *
14659 CGTTGATATGAAAAGTCTATTT
322 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * *
14681 ATAACCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGA-TTTGATAACTTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATTTCATAATTG
* * **
14745 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGGGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * *
14810 AACGTGAAGAAAAACATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCTTTCAAAAG
130 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAG
* * * *
14875 CCTTACTACTCGCTTTATATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATA
195 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
** * * * * *
14940 TTTTTTAACAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCTAT
260 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* *
15005 TGCCAAAAAAAGTCCATTT
325 TGGCAAGAAAAGTCCATTT
** ** * * * * *
15024 ATAGTCACTTACACCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAGTTGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGA
* * * * *
15089 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * *
15154 ACGTGAAGAAAAATATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCTATGCCTTCGAAAGC
131 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGC
* * * *
15219 CTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTAGATTTTTATTATA
196 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTATA
** * *
15284 TATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTTTATATCTA-TCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGATATCC
260 T-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* *
15346 ATTGGTAAGAAAAGTCCGTTT
323 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
15367 ATAGTCACCTAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGA-TTTTATAACTTT-ATAAT
1 ATAGTCACC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-TTTCATAAT
* * * * * *
15429 TAATTTTAAGTTGAATTTTTATTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTATCTCA
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
*** * * * **
15494 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTTACAGTCACCCATGTCTTCGT
127 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * * * *
15559 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAACCTCATAATTTATTTTCAGTTGAATTTTTTA
192 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
15623 ATATTTTTTATTCAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAAA-ATGAAGAAAAAGTTAT
257 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* *
15687 CCATTGGCATA-AAAAATTCATTT
321 CCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * * * * **
15710 ATATTCTCCCATGCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAGATGTTGCTATAATCTT-ATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT-TTCATAATTG
* * *** * * * *
15774 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAAGAATTTAATGTCTGCCTTAAGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * *
15839 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAA
130 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * *
15903 ACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTATTAT
194 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* * * *
15967 ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGAC-TC-AGAAAAAATGAAGAAAAAGATATC
259 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATC
*
16030 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
322 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * * *
16052 ATAGTCACCCACACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAGTTAA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGA
* * * *
16117 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* *
16182 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGC
131 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGC
* *
16247 CTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
196 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
** * * * * *
16312 TTGGTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTT-AAAAAACATGGAGAAAAAGATATCTA-
261 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
*
16375 TGGATAAGAAAAGTCCATTT
325 TGG-CAAGAAAAGTCCATTT
* *** * * **
16395 ATAGCCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATTTCATAATTG
* * * * **
16459 ATTTTAAGTTGAA-TTGTTT-TATTTTTT-TTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTATCTCGAGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
********** * * *
16521 AACGTGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCATCGAAAG
130 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAG
* * * * *
16586 CTTTGTTACTCGATTTATATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATA
195 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
* * * * * * *
16651 TTTTTTATCAAAACAG-TTAATAATTAAATATCTGCTTC-AGAAAAAATGATGCAAAAGATATCC
260 TTTTTTATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACTTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * *
16714 TTTGGCAAGAAAAATCTATTG
323 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
16735 ATAATCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTCTAACTCGCTTTAAATATTTTTAGAATCTCATAATCGA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGA
* * ** ** * *
16800 TTTT-AGATTGAGTTTTTTAACGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
66 TTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * * * *
16864 AACATGAAGAAACAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACGTTCAAAAG
130 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAG
* * * **********
16929 CTTTATTACTCACTTTAAATG-TTCTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAT
195 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTAT
* * * * *
16993 ATTTTTTATTAACATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
259 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAAC
17039 GTGCATTGAC
Statistics
Matches: 1926, Mismatches: 386, Indels: 91
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.00
340 252 0.13
341 29 0.02
342 635 0.33
343 835 0.43
344 161 0.08
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:15418 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 14346--17041 Score: 2725
Period size: 514 Copynumber: 5.2 Consensus size: 513
14336 NNNATAGTCA
* * *
14346 CTCATGACTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATTATTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAA
** *
14410 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AGTTATAATTGAATATCTACCACAGGAAACGTG
65 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATATCTACTTCAAGAAACGTG
* * * *
14474 AAGAAAAAGATATCCATT-TATATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTA
129 AAGAAAAAGATATCCATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTA
* *
14538 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA
192 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * *
14603 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCGTTGATAT
257 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAA
* * * * *
14668 GAAAAGTCTATTTATAACCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGA-TTTGAT
322 GAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTAT
*
14732 AA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAA
387 AATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTTAA
** * * * *
14796 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-
450 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
* * * * *
14859 CTCATGCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTATATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
14924 TTTGAATTTTTTTATATTTTTTAACAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTAA
65 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCAAGAAACGTGA
* * * ** *
14989 AGAAAATGATATCTATTGCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTACACCTTCAAAACCCTTATT
130 AGAAAAAGATATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
15054 ACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTAT
194 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * *
15119 TAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATCCATTGACAAGA
259 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGA
* * * *
15184 AAAGTCCATTTATAGCTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTTATAA
324 AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAA
* * * *
15249 TCTTATAATTTATTTTAAGTTAGATTTTTATTATATATTTTTTTAAAACAGATTATAATTTTATA
389 TCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTATAT-TTTTTTTAAAACAGATTATAATTTAATG
* ** * *
15314 TCTATCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC
452 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
* * * *
15375 CTAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAA-CTTTATAATTAATTTTAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAA
* *
15438 GTTGAATTTTTATTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTA-TCTCAAGAAACGT
65 GTTGAATTTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACT-TCAAGAAACGT
*** * *** ** *
15502 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTTACAGTCACCCATGTCTTCGTAAGCTTTA
128 GAAGAAAAAGATATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * * * *
15567 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTCAGTTGAATTTTTTAATATTTTTT
192 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
* * * *
15632 ATTCAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAAA-ATGAAGAAAAAGTTATCCATTGGCA
257 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACA
* * ** * * * * **
15696 TA-AAAAATTCATTTATATTCTCCCATGCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAGATG-TTGCT
321 -AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTT
* ** * *
15759 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAAGAATTTA
385 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTTA
* * *
15824 ATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAGAAAAAGTCCATTTATAGTCA
449 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGCCA
15888 C
513 C
* * * * * *
15889 CT-ATACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * **
15953 TTAAATTTTATTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGAC-TC-AGAAAAAATG
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCT-ACTTCAAG-AAACGTG
*
16016 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAATCCTTAT
129 AAGAAAAAGATATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
16081 TACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
193 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
16146 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
258 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
*
16211 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTTATA
323 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATA
* * * * *
16276 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGGTATTAAAACAGATTGTAATTGAATG
388 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATTTAATG
* * * *
16341 TCTGCCTTAAAAAACATGGAGAAAAAGATATCTA-TGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
452 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
* * * * *
16403 C-CATGCCTTTGGAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
16467 TTGAA-TTGTTT-TATTTTTT-TTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTA-TCTCGAGAAACGTGA
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACT-TCAAGAAACGTGA
********* ** ** * * * *
16528 AGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCATCGAAAGCTTTGTT
130 AGAAAAAGATATCCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
16593 ACTCGATTTATATGATTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTT
194 ACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * * * * * *
16657 ATCAAAACAG-TTAATAATTAAATATCTGCTTC-AGAAAAAATGATGCAAAAGATATCCTTTGGC
257 ATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * ** * * * * *
16720 AAGAAAAATCTATTGATAATCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTCTAACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
320 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTT
* * * * * * ** * * *
16784 AGAATCTCATAATCGATTTT-AGATTGAGTTTTTTAACGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
385 ATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTT
* * * * *
16848 AATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAACAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCA
448 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
16913 C
513 C
* * * * * **********
16914 C-CATACGTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATG-TTCTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
16977 GTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAACATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
65 GTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCAAGAAACGTG
17042 CATTGACAAG
Statistics
Matches: 1789, Mismatches: 346, Indels: 94
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.00
511 243 0.14
512 158 0.09
513 330 0.18
514 623 0.35
515 368 0.21
516 56 0.03
517 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (513 bp):
CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCAAGAAACGTGAA
GAAAAAGATATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATATTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAA
AGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATC
TTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTA
CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
Done.