Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402123.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5216.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4014
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Warning! 474 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:510 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19--2152 Score: 1428
Period size: 170 Copynumber: 12.5 Consensus size: 169
9 TAATGGTTGG
* * * * * ** *
19 CTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * ** * *
84 AATTTCACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTGTTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCGAAG
65 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAG
* * * **
149 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAT
129 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * *
190 CTTTTTCCTCATA-TTTTCT-AAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA
1 CTTTTT-CT-TTACGTTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * *
253 ACAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAGGGCTTTTG
63 A-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGCTTTCG
* *
318 AAGGAATG-GATGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGC
126 AAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * *
362 CTTTTTCTTAACATTTCTTATAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-ACAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTCA-AGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
426 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGCATTTCGAAC
65 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGC-TTTCGAAG
** * ** *
491 GCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCATGCCAATGGTTGG
129 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
** * * ** * *
531 CTTTTGGTTCATGTTTC-CAAAGGTA-ACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAACTAGAAATGTAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTC-AA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAA
* * * * * *
593 AAAATTCT-ACTAAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCG
* * * * **
657 AAGGAATGGGTGACAATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATAT
126 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * ** * * *
701 CTTTTTCGTCACGTTTC-CTAAGATAGACGCTGAATTATAATAT-TTTCTAACAAAAAATG-AAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTC-AAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAA
* * * * ** * *
763 AAAAATTATCTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAA
63 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCGA
*** * ** ** *
828 AGTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGAGAATGCTTGG
127 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * * ** * *
871 CTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGGCAAACATGCAATTACAGCCAT-TTTTGA-CAATAAATATAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAA-AAATGTAAA
* * * * *
934 AAAATTCAACTT-AAATCAATTTTGAGATTCTAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
63 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCGA
998 AGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
127 AGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * ** * *
1041 CTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGTTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAA
* * * * * *
1106 AAATTAAACTTAAGATTAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTAAAG-CACGTAATAAAGCTTT-GC
64 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAAT-AAGCTTTCG-
* * * ** * *
1169 AAAGATTGGGTGACTATAAAAAG-CATTTTTTTACC----AATGC
126 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGC
* ** *
1209 CTTTTTCTTTACATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTC-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
1274 AATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGCCTTTCAAAG
65 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTCGAAG
** * * * * * ** *
1339 GCTTGAGTTATTATAAATGGACTTATCGTGCCAGTGGTTGG
129 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * ** * * * * * *
1380 CTTTTGCTTCATG-TTCACCTGGGAAAACCTTCAATTA-AAGCTTTTTTTAACAAAAAATGTAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTC-TC-AAGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAA
** * * *
1443 AAAATTCT-ACTTAAAATTTATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCG
* * *
1507 AAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGAGTTTTTTTGCCAATGAATAC
126 AAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * *
1551 CTTTTCCTTTATGTTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTAAAATCTATTTTAA--AAAAATATAAAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
1614 AA-TTAAGTCTAAAATCAATTACGTA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
65 AATTTAACT-TAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCGA
* * * * * *
1677 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGT
127 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * *
1720 CTTTTTCATTACGTTTCTCTAGGTAGATATTCAATTATAATCTG-TTTAGCCTAGAAATGAAAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTC-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAA
* * * * *
1784 AAAATTAATTTAAAATCAATTATGGGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAA
64 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTCGAA
** * * * * *
1849 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTAG-CAATGATTGG
128 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGC
* * * * **
1891 CTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCTA-ATATTCAGA-TATAGCCT-TTTTAACCAAAAATGTAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTCAA-G-TAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * * *
1953 AAAATTCAGCTTAAAATCAAATT-TGAGGTTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTG
63 AAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCG
* * ********** *
2017 TAGGAATGGGTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNAATGAATAC
126 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * * *
2061 ATTTTTCTTCACATTT-TCTAAGGAAGACACTCAGTTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTTACGTTTCTC-AA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
* *
2125 AAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGA
63 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
2153 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1526, Mismatches: 358, Indels: 157
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 86 0.06
168 82 0.05
169 242 0.16
170 446 0.29
171 419 0.27
172 243 0.16
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTCGAAGGA
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
Found at i:1037 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 62--2041 Score: 1604
Period size: 340 Copynumber: 5.8 Consensus size: 337
52 ATTTTAGCCT
* * **
62 TTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-TCACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTGTTTAA
1 TTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAT--CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * ** * * * *
126 AGTAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGACAAT-GAT-TG
* * * * * * * * **
190 -CTTTTTCCTCATATTTTCTAAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAA
126 GCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAA-CAAAAAATGTAAA
* * * * *
253 ACAAATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAGGGCTTTTG
189 A-AAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
318 AAGGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACATTTCTTAT
252 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-
383 AG-TAGACATTCAATTATAATC
316 AGATAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
404 TGTTTTAACCAAAAATGTACAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAC
1 T-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
469 GCGAGTAATAA-GCATTTCGAACGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCATGCCAATGGTTGGC
65 GCGAGTAATAAGGC-TTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGACAATGATTGGC
* * * * * *
532 TTTTGGTTCATGTTTCCAAAGG-TAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAGAAATGTAAAAAA
128 TTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
596 ATTCTACTAAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
192 ATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** *
661 AATGGGTGACAATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCGTCACGTTTCCTAAGATA
256 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATA
** * *
726 GACGCTGAATTATAATA
321 GACATTCAATTATAATC
* *
743 TTTTCTAACAAAAAATGAAAAAAAATTATCTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTT-TAACAAAAAATGTAAAAAAATTATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
808 GCAAGTAATAAGGGTTTCAAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGAGAATGCTTGGCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGACAATGATTGGCT
* * * * * *
873 TTTGCTTTACGTTTCCCAAGGCAAACATGCAATTACAGCCATTTTTGACAATAAATATAAAAAAA
129 TTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCC-TTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
938 TTCAACTTAAATCAATTTTGAGATTCTAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
193 TTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** * *
1003 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGTTAGA
258 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGA
*
1068 CATTTAATTATAATC
323 CATTCAATTATAATC
* * * *
1083 TGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAGATTAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTA
1 T-TTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATT-ATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * ** * * *
1148 AAGC-ACGTAATAAAGCTTTGCAAAGATTGGGTGACTATAAAAAG-CATTTT-TTTACCA--A-T
63 AAGCGA-GTAATAAGGCTTT-CAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCATGACAATGATT
* * ** * ** * * **
1207 GCCTTTTTCTTTACATTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
125 GGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * * **
1272 AAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGCCTTTCAA
189 AAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * * * * * ** * * * * **
1337 AGGCTTGAGTTATTATAAATGGACTTATCGTGCCAGTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCACCTGG
253 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT-TCCTAA
* * *
1402 GA-AAACCTTCAATTA-AAGCTT
317 GATAGACATTCAATTATAA--TC
* ** *
1423 TTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATTTATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAA
1 TTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAT-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** * ** * * **
1488 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGAGTTTTTTTGCCAATGAATACC
65 GCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCATGACAATGATTGGC
* * * * ** *
1552 TTTTCCTTTATGTTTCTCAAGGTAGAA-ATTCAATTAAAATCTATTTT-A-AAAAAATATAAAAA
128 TTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCA-AACATTCAATTATAGCCT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAA
*
1614 AATT-AAGTCTAAAATCAATTACGTA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
191 AATTCAA--CTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
1677 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGTCTTTTTCATT-ACGTTTCTCT-
253 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTC-CTA
* *
1740 AGGTAGATATTCAATTATAATC
316 AGATAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
1762 TGTTTAGCCTAGAAATGAAAAAAAAATTAAT-TTAAAATCAATTATGGGATAATAAAACCATTTA
1 TTTTTA-ACAAAAAATG-TAAAAAAATT-ATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
1826 AAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGT-AGCAATGATTG
63 AAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGA-CAATGATTG
* * *
1890 GCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCTAATATTCAGA-TATAGCCTTTTTAACCAAAAATGTAAAA
126 GCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCA-ATTATAGCCTTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * * *
1954 AAATTCAGCTTAAAATCAAATT-TGAGGTTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGT
190 AAATTCAAC-TAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
2018 AGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
253 AGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
2042 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1307, Mismatches: 275, Indels: 113
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 149 0.11
339 344 0.26
340 416 0.32
341 190 0.15
342 178 0.14
343 29 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGACAATGATTGGCTTT
TGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACAT
TCAATTATAATC
Done.