Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402127.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_522.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11327
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.09, T:0.28
Warning! 2873 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:479 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--831 Score: 929
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
* *
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
** * * *
66 ATTCATCAGCAAAAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTC-CTTT
66 ATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TT
* * * *
129 TAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * ** * * *
172 TTTATAGTTTTGGTTAAAACATATTGGAATTGAATGTCTGCCT-AAGGAAACATGAAG-AAAACC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * * ** * *
235 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATGGAAAGCCTTAATACTCGCTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
300 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTGAAGTTGAATTTT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * * ** * **
342 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATAAAGAAAAGGCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
* * * *
407 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTACTTATAGTAACCCATGACTTCAAAAGTCTTGTTACTCACTTTA
66 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** *
472 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACTTTAAATTGT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * * *
513 TTTACATTTTCGGATAAAA-AAAGTTATAATTAAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAAT
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * **
577 CATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCCTGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
642 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGGTTGAATTGT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * *
684 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
* * *
749 ATTCAATGACAA-ATAAAGTCC-ATTTATAATCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
66 ATTCATTGGCAAGA-AAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
812 TAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TAAATGGTTTTATAATCTCA
832 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 101, Indels: 18
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 143 0.26
171 403 0.73
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
Found at i:1857 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1267--1861 Score: 534
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
1257 NNNNNNNGAG
* * *
1267 CCATACATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACAT-GC
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCAC
* * *
1330 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
64 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
** * * * *
1394 GATTGCAACTGAATCTTTTCC-CAAGGAAACATGAAGAAAAAC
129 GATTATAATTGAATGTTTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAA
* * * * *
1436 CCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * *
1501 TNNNNNNNNNNATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
1566 ATAATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAGAG
130 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * *****
1607 CCATTCATTGGCAGGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTNNNNN
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
****** * * * * *
1672 NNNNNAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTCTGGTTAAAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * *
1737 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAAAAAAAA
130 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * *
1778 CCATTCATTGGCAAGAAAAG-TTCATTTATCGTCACCCATGCCTTCAAAACCCTTATTAGTCACT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
1842 TTCAATGGCTTTATAATCTC
65 TTAAATGGTTTTATAATCTC
1862 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 87, Indels: 10
0.77 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 77 0.23
170 1 0.00
171 251 0.75
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
Found at i:2550 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2103--3051 Score: 620
Period size: 172 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
2093 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2103 CATGAAGAAAGAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTGTACTCACCCATGCTTTCAAAAGTT
1 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-T
* * * * * *
2168 TTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATGACATTATAAATGATTTT-GGTTGAATTG-TTTTACATT
65 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TTACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* * *
2231 TTTGCTTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTACCTCAAGAAA
129 TTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA
** * * * * * * *
2273 TGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCGAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCC
1 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-T
* ********* * *
2338 TCATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTCATT
65 TTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAACTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* * *
2403 TTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAA
129 TTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * *
2445 CATGAAGAAAAAGGCATTCATCGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGTA
1 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGT-
* * *
2510 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTACATT
65 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
* * * **
2575 TTTAATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTGTCT-AAGGAAA
129 TTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAA-GAAA
* * * * * * **
2617 CAAGAAGAAAAATCCATTGATTGGCACGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGC
1 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-
* ********* *
2681 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTTACAT
64 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ACTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACAT
* * * * *
2745 TTTTGGTTAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTA-CTTAGAGAAA
128 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA-AGAAA
********** * * * *
2788 CATGAAGAAAGAA-CCANNNNNNNNNNAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCGATGACTTTAGAAG
1 CATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* * * * * **********
2851 CCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTG-TTTTACA
64 -TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA
* * * **
2915 TTTTTGGTTAAAACAGGTTACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAA
127 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA
* ** * * * * * *
2959 CAAGAAGAAAAAATCATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACACATGCCTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-T
3024 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
65 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
3052 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 168, Indels: 33
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 84 0.14
171 240 0.40
172 269 0.45
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTT
TGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA
Found at i:6047 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 5842--6418 Score: 550
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
5832 AAAAGTCCAA
* * * * *
5842 TTATACTCACCGATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
5907 GATTTGAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTCCCATGAG
66 GATTTGAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATATCTCCCA--AG
* * *
5972 AAATGTGAAGGAAGAGCCATACATTGGCAAGAAAAGTCC-AT
127 AAACGTGAAGGAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCTAT
********** * *
6013 TTATAGTCACCCATGCCTNNNNNNNNNNTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAC
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** ** * * *
6077 TGATTTTAAGTTGTTGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTGGAAATGAATCTCTACCAAAG
65 TGATTTGAAGTT-TAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAACAGATTATAATTGAATATCT-CCCAA-
* * * *
6142 GAAACGTGAA-GAAAAACCCTTCATTAGTAAGAAAAGCCTAT
126 GAAACGTGAAGGAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
* * * *
6183 TTATAGTCACCCAAGCGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
6248 GATTTGAAGTTGAATTTTTTTACCCTTTTGATTGAAACAGATAATAATTGAATATCTATCTCAAG
66 GATTTGAAGTTTAATTTTTTTA-CATTTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATATC--TCCCAAG
* * * *
6313 AAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGATATGAAAAGCCTAT
127 AAACGTGAAGGAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
* **
6354 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCAAATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
6418 T
65 T
6419 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 76, Indels: 26
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.04
170 115 0.36
171 173 0.55
172 17 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTGAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTATTAAACAGATTATAATTGAATATCTCCCAAGAAAC
GTGAAGGAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
Found at i:6225 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5463--6416 Score: 495
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
5453 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
5463 ACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGATTTTAGAAGC
1 ACATGAAGAAAGAACCATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* * * ********* * * *
5528 CTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNT-AGGTTGAATTGTTTTACAT
66 CATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAC
* * * * * * * * * **
5592 TTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAA
130 TTTTGATTGAAACAGATAAGAAATGAATATCTATCTCAAGAA
* * * * *
5634 ACATGAAGAAAAAATCATTCA-TCAGTAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATA-CCTTCAAAA
1 ACATGAAGAAAGAACCATTCATTGA-TAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAA
* * ********** *
5697 GCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAACTGACTTT-AATTTGAATTTTTTT--
64 GCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * * *
5759 ATTTTTGTTTAAAATAGATTATAATTAAATATCAACCTCGAGAA
128 ACTTTTGATTGAAACAGATAAGAAATGAATATCTATCTCAAGAA
* * * * * * * * * * **
5803 ACATGAAGATAA-AGCTATTTATTGACAAAAAAAGTCC-AATTATACTCACCGATGGCTTTGAAA
1 ACATGAAGA-AAGAACCATTCATTGATAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
5866 GCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTTAC
64 GCCATATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
5930 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATC--TCCCATGAGAA
128 ACTTTTGATTGAAACAGATAAGAAATGAATATCTATCTCA--AGAA
** * * * ** * *******
5974 ATGTGAAGGAAGAGCCATACATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTNNNNNNN
1 ACATGAAGAAAGAACCATTCATTGATAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
*** * * **
6038 NNNTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGTTGTTTTTTTACA
65 CCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTG-AATTTTTTTACA
* ** *
6103 -TTTTTAGTT-AAACAGATTGGAAATGAATCTCTA-C-CAAAGGAA
129 CTTTTGA-TTGAAACAGATAAGAAATGAATATCTATCTC-AA-GAA
* * * *
6145 ACGTGAAGAAA-AACCCTTCATT-AGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCGTTCGAAAG
1 ACATGAAGAAAGAACCATTCATTGA-TAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * ** *
6208 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACCC
65 CCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAC
* *
6273 TTTTGATTGAAACAGATAATAATTGAATATCTATCTCAAGAA
130 TTTTGATTGAAACAGATAAGAAATGAATATCTATCTCAAGAA
* * *
6315 ACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGATATGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAGAACCATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* *
6380 CAAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
66 CATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
6417 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 158, Indels: 58
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 132 0.22
170 129 0.22
171 316 0.53
172 16 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATGAAGAAAGAACCATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
CATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACACT
TTTGATTGAAACAGATAAGAAATGAATATCTATCTCAAGAA
Found at i:6938 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6600--7159 Score: 554
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
6590 NNNNNNNNNN
* * * *
6600 TATAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTCAATGGCTTTATAACCTCATAATT
1 TATAGTCACCCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATT
* * * *
6664 GATTTCAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGT-CCT
64 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTG-ATGT-T-TACCT
*
6728 -GAGAAATGTGGAA-AAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATT
124 CAAGAAATGT-GAAGAAAGAGCCATTCA-TAGCAAGAAAAGCCTATT
* ********* * *
6773 TATAGTCACCCTTGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTC
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAACTCATAATTG
* *
6838 ATTTTAAGTTGAATTTTTATTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAGATGTTTACCTCAAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATT-GATGTTTACCTCAAG
*
6903 AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCC-ATT
128 AAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATA-GCAAGAAAAG-CCTATT
* * * * * *
6945 TGTACTTACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACGTCGTAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TCATAATTG
* * ** *
7010 ATTTTAAGGTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATTGCCTACCTCAAAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGA-TGTTTACCTCAAGA
** * *
7075 AACATAAAGAAAGAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCTATT
129 AATGTGAAGAAAGAGCCATTCA-TAGCAAGAAAAGCCTATT
* * *
7116 TATAGTCACCCATGCCTTTACAAGCCTAATTACTCACTTTAAAT
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
7160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 61, Indels: 28
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 122 0.39
172 124 0.40
173 57 0.18
174 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATGTTTACCTCAAGAAA
TGTGAAGAAAGAGCCATTCATAGCAAGAAAAGCCTATT
Found at i:7108 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6600--7351 Score: 591
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
6590 NNNNNNNNNN
* * *
6600 TATAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTCAATGGCTTTATAACCTCATAATT
1 TATAGTCACCCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA-CTCATAATT
* * * * *
6664 GATTTCAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCCT-
64 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTG-ATGTCT-ACCTC
*
6728 GAGAAATGTGGAA-AAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATT
125 AAGAAATGT-GAAGAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATT
* ********* * *
6773 TATAGTCACCCTTGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTC
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGCTTTATAACTCATAATTG
* * *
6838 ATTTTAAGTTGAATTTTTATTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAGATGTTTACCTCAAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATT-GATGTCTACCTCAAG
*
6903 AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGGCAAGAAAAGTCC-ATT
128 AAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTA-GCAAGAAAAG-CCTATT
* * * * * * *
6945 TGTACTTACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACGTCGTAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAC-TCATAATTG
* * * *
7010 ATTTTAAGGTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATTGCCTACCTCAAAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGA-TGTCTACCTCAAGA
** * *
7075 AACATAAAGAAAGAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCTATT
129 AATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATT
* * * **********
7116 TATAGTCACCCATGCCTTTACAAGCCTAATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGCTTTATAACTCATAATTG
* * * * * * ***
7181 ATTTTACGCTGAATTATTTTACA-TTTCAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCNNN
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATAATAATT-GATGTCTACCTCAAG
******* * * * * *
7245 NNNNNNNAAGAAAAAACCATTCATTGGCAACAAAAG-TTCATT
128 AAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCT-ATT
* * *
7287 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGCTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA-CTCATAATTG
7352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 109, Indels: 36
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 255 0.56
172 127 0.28
173 57 0.13
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAACTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATGTCTACCTCAAGAAA
TGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATT
Found at i:7797 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 7452--8020 Score: 476
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 165
7442 NNNNNNNNNN
* **
7452 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTT-AAGTT-A-AATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGA-TTTGAAATTGATTTTTTTT
* * * ** *
7514 T-TTTGTTTAAAATAGATTATAATTAAATATCAACCTCA-AGAAATTTGAAGATAAAGCCATTTA
65 TATTTTTTTAAAACAGATTATAATTAAATATC-TCCT-AGAGAAACGTGAAGA-AAAGCCATTCA
* * *
7577 TTGGCAAGAAAAGTCCAATTATACTCACCGATGCCTT-TGA
127 TT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCT-A
* * * * * * *
7617 AATCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGAATTGAAATTTATTTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAATTGATTTTTTTT-
* * *
7682 TAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTCCTTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGCCATAC
65 T-ATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTCC-TAGAGAAACGTGAAGAAA-AGCCATTC
*
7747 ATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCTA
126 ATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCTA
* * * * *
7788 AAGCTTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAATTGATTTTTTTTT
** * * * * * *
7853 CATTTTTGGTT-AAACAGATTGGAAATGAATCTTTGCC-AAAGGAAACGTGAAGAAAAACCCATT
66 -ATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTAAATATCT-CCTAGA-GAAACGTGAAG-AAAAGCCATT
** *
7916 CATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCAAAACCTTCGA
125 CATTG-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCAATGCCTTCTA
* ** * *
7958 AAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATATTTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAATTGATTTTTTTT
8021 ACCTTNNNNN
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 56, Indels: 34
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.01
165 44 0.13
166 1 0.00
167 5 0.02
168 1 0.00
169 48 0.15
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171 134 0.41
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAATTGATTTTTTTTT
ATTTTTTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTCCTAGAGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCTA
Found at i:9356 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9032--9393 Score: 412
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
9022 NNNAAATAGT
* * **
9032 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTGTTTCACATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGATTAAAACAGAAAATAAT
* * *
9097 TAAATGTCTAACTTAAGAAATATGAAGAAAATGATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCA
66 TAAATGTCTAACTTAAGAAAGATGAAGAAAATGATTCATTAGCAAGAAAAGCTCATTTATAGACA
* * * *
9162 CTCATGTCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGC
131 CTCACGTCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAC
* * *
9201 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACA-AAAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTT-GATTAAAACAGAAAATAA
* ** * * *
9264 TTGAATGTCTGTCTTGAGAAAGGTGAAGAAACA-GCTATTCATTAGTAAGAAAAGC-CTATTTAT
65 TTAAATGTCTAACTTAAGAAAGATGAAGAAA-ATG--ATTCATTAGCAAGAAAAGCTC-ATTTAT
* * *
9327 AGACA-TCCACG-CATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGAT
126 AGACACT-CACGTC-GTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAC
9371 TTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTT
9394 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 24, Indels: 13
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 31 0.19
169 52 0.32
170 79 0.49
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGATTAAAACAGAAAATAAT
TAAATGTCTAACTTAAGAAAGATGAAGAAAATGATTCATTAGCAAGAAAAGCTCATTTATAGACA
CTCACGTCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAC
Found at i:9896 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9571--9903 Score: 404
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
9561 NNNNNNNNNN
* * * **
9571 TTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCATTT
1 TTATTACTTACTTTAAATACTTTTATAATTTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTAACATTT
* * * * * * **
9636 TTGGTGAAAACATATCATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTTAATGT
66 TTGATGAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGACATCCAATGT
*
9701 TGACAAAAGTCAATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAGACC
131 TAACAAAAGTCAATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAGACC
* *
9742 TTATTACTTACTTTAACTATTTTTAT-ATTCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTAACATT
1 TTATTACTTACTTTAAATACTTTTATAATT-TCATAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTAACATT
** * * *
9805 TTT-ATGAAAATGGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGATATCCATTA
65 TTTGATGAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGACATCCAAT-
* * *
9869 G-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
129 GTTAACAAAAGTCAATTTATACTCACCCATGCCTTC
9904 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 24, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 77 0.57
170 14 0.10
171 45 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTTACTTTAAATACTTTTATAATTTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTAACATTT
TTGATGAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGACATCCAATGT
TAACAAAAGTCAATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAGACC
Found at i:10098 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9571--11327 Score: 1062
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 171
9561 NNNNNNNNNN
** * *
9571 TTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-CATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * * * * * *
9635 TTTGGTGAAAACATATCATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTTAAT
65 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC-TGAAAGAAAAAGCCATTCATT
*** * * * * *
9699 GTTGACAAAAGTCAATTTATACTCACCCATGCCTTC-AAAGACC
129 GGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CC
* * ** * * *
9742 TTATTACTTACTTTAACTATTTTTATATTCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTAACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** * * * * * ** * *
9806 TT-ATGAAAATGGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACAT-AAACAAAAAGATATCCATTA
66 TTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC-TGAAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ****
9869 GTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAANNNN
130 GCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
******* * * * *
9911 NNNNNNNTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
9976 TTTGTTGAAACAGGA-AATAATTGAATATCTACCTTGAGAAA-TGCAAAGAAAGAGCCATTCATT
66 TTGGTTAAAACA-GATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTG-AAAGAAAAAGCCATTCATT
* * **
10039 GCCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCC
129 GGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * ********** *
10082 TAATAACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT
* * * * * *
10147 TTTGGTTAATACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA-TATAAAGAAAAAACTATTCATT
65 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACT-GAAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *
10211 GGCAAGAAAAG-TTGATTTACAGT-AATCAGTGCCTTCAAAAGCC
129 GGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
10254 TTATTACTCACTTTTAATGGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** * * *
10319 TTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAA-AAAGAGCCATTCATTA
66 TTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC-TGAAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
10383 GCAGGCAAAGCCTATTTATAGTCACTGATGCCTTCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
** ********** *
10425 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
10490 TTAGTTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACTTG-AAGAAAAAGCCATTCATC
66 TTGGTTAAAACAGA-TAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC-TGAAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *
10553 GGCAAGAAAAGCCTATTTAGAGTCATTCATGCCTTCAAAAGTC
129 GGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* ******************
10596 TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * *
10661 TTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAA-TATAAACAAAAAACCATTCATT
65 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACT-GAAAGAAAAAGCCATTCATT
** * *
10725 GATAAGAAAAGTCC-GTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
129 GGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
********** *
10768 TTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
10833 TTGGGTACAACAGATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAA-TGTGAAGAAAGACCCATTCATTG
66 TTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTG-AAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
10897 GTAGGAGAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
10939 ATATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATATCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* ** * * * * **
11004 TTGGTTAAAAAAGATTGTAGTTGAATGTCTGCC-TAAGGAAACATG-AAGAAAAACCCATTCANN
66 TTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAA-GAAAC-TGAAAGAAAAAGCCATTCATT
******** * * * *
11067 NNNNNNNNAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCG
129 GGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11110 TTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATATTCTTC-TAATTGATTTCAAGTTGAATCTTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
** * * * * * * * **
11174 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTTTCTATCTCAAGAAAC-GAGATGAAAAAGATATTCATT
65 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTGA-AAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
11238 GGCAGGAAAAGTCC-ATTTATGGTTAC-CTATTCCTTTAAAAGCC
129 GGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCC
** *
11281 TTATTACTCGTTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 360, Indels: 74
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 118 0.10
170 35 0.03
171 770 0.65
172 261 0.22
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTGAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
Found at i:10307 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 9921--10632 Score: 752
Period size: 343 Copynumber: 2.1 Consensus size: 332
9911 NNNNNNNTCG
* * * * * * *
9921 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGTTGAAA
1 CTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAA
9986 CAGGA-AATAATTGAATATCTACCTTGAGAAA-TGCAAAGAAAGAGCCATTCATT-GCCAAGAAA
66 CA-GATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACTG-AAA-AAAGAGCCATTCATTAG-CAAGAAA
10048 AGCCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTAATAACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNN
127 AGCCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTAATAACTCACTTTAAATGGTTTTAT-----
* ** * * *
10113 NNNNNTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAATACAGATTATAATTAAATGTCT
187 ----ATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCT
* * *
10178 ACCTCAAGAAA-TATAAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAG-TTGATTTACAGT-AATCAG
247 ACCTCAAGAAACT-TAAAGAAAAAACCATTCATCGGCAAGAAAAGCCT-ATTTACAGTCAATCA-
10240 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
309 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
10264 CTTTTAATGGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTTTTGGGTAAAA
1 CTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAA
* ** * *
10329 CAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAAAAAGAGCCATTCATTAGCAGGCAAAGC
66 CAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAC-TGAAAAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGC
** ** * * **
10394 CTATTTATAGTCACTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNN
130 CTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTAATAACTCACTTTAAATGGTTTTATA-------
* *
10459 NNNTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCT
188 --TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT
* * * * *
10524 TAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGCCTATTTAGAGTCATTCATGCCTTC
251 CAAGAAACTTAAAGAAAAAACCATTCATCGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTCAATCATGCCTTC
*
10589 AAAAGTCTTATTACTCA
316 AAAAGCCTTATTACTCA
*
10606 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
1 CTTTAAATGACTTTATAATCTCATAAT
10633 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 46, Indels: 33
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
342 132 0.43
343 169 0.55
344 4 0.01
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
CTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAA
CAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACTGAAAAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCC
TATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTAATAACTCACTTTAAATGGTTTTATATTGATTTT
AACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACTT
AAAGAAAAAACCATTCATCGGCAAGAAAAGCCTATTTACAGTCAATCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCA
Done.