Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402128.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5220.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1792
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Found at i:597 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 54--1781 Score: 1270
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
44 AGAAAAGTTT
* * * * * * *
54 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCGTATAACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * *
119 TTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATCTTTTGTTAAGACAGACTATAATTGGATGTCTGCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * *
184 GGAAACAT-ATAGAAAACGCCATTCATTTCAAAGAAAAGTCC
131 GGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTACAAA-AAAAGTCC
* * * * * * * * *
225 ATTTATAATCA-CTCATACGTTTAAAAGGCTTATTACCCACTTTAAACGGTTTTACAATCTCAAA
1 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
289 ATTGATTATAAGTTCAATTTTTTAAAAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCC
* * ** * ** * **
354 TCAAGAAATATGAAGAAAATGATATCCATTGACAGGAAAAGTCC
128 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-ACAAAAAAAGTCC
* * * * *
398 ATTTATAGTCA-CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACACACTTTCAATGGTCTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
462 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTGCCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
527 AGAAAACGTGAAG-AAAAGGTATTCATTGACAAAAAAAAATCT
130 AGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-AC-AAAAAAAGTCC
* * * ** * *
569 ACTTATAGTCTCTTATTTATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
634 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAA-AAGGCTGTAATTGAATGTTT-ACT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAA-ACTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
697 ATAGGGAACGT-AA-AACGAAAGCCATCCATTGGC-ACAAAAGTCG
129 -TAGGAAACGTGAAGAA--AAAGGCATTCATT-ACAAAAAAAGTCC
* * * ** * * * *
740 ATTTATAGTCACTTAAGT-CTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTCTAAATGATTTTATAAGCTAATA
1 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
804 ACTAATTTTAAGTCGAATTTTTTTACA-TTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
868 CAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAAAAAAATCC
129 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTA-CAAAAAAAGTCC
* * * * *
911 ACTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATCAC-CTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
975 ATTAATTTTAAGTCGAATTTCTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGTTTGCCTA
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * *
1040 AGGAAATGTGAAGAAAATGGAATTCATTATCAAAAAAAGTCC
130 AGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTA-CAAAAAAAGTCC
* * * * *
1082 ATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCAAAA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * ** ** * *
1147 TTGATTTTATGTTAAAACTTTTTAAAACATTTGGTTAAAA-AAGGCTATAATTGAATGTTTACCT
66 TTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAA-ACTATAATTGAATGTTTGCCT
* * ** * * **
1211 TAGGGAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTAGCACGAAAAGTCC
129 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTA-CAAAAAAAGTCC
* ** * * ** * * *
1254 ATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * * * *
1319 TTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTTTACCTGA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * ** *
1384 AGAAACGTGAAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
131 GGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATT-ACAAAAAAAGTCC
* * * *
1426 ACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * **
1491 TTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGCCTGCCTTA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * *
1556 GGAAATGTGAAGAAAAATGAATTCATTATAAAAAAAAGTCT
131 GGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTA-CAAAAAAAGTCC
* * * * * * *
1597 ATTTATAGTCTCGTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATGTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * *
1662 ATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAAAATTTTTTGTTAATAA-AGGCTATAATTAAATGTTTACC
66 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-ACATTTTTTATTAA-AACAAACTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * **
1726 TTAGGAAACGTGCAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCC
128 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-ACAAAAAAAGTCC
1770 ATTTATAGTCAC
1 ATTTATAGTCAC
1782 TTAAGCCTTT
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 317, Indels: 66
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 58 0.05
171 623 0.52
172 315 0.26
173 205 0.17
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTA
GGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTACAAAAAAAGTCC
Found at i:1569 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 33--1787 Score: 2054
Period size: 515 Copynumber: 3.4 Consensus size: 513
23 AAAAAATGCC
* * * * * *
33 ATTCATT-TGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCGTATAACTCGCTTT
1 ATTCATTATCAAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
97 AAAAGGTTTTATAATCA-CATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATC-TTTTGTTAAGACA
65 AAATGGTTTTATAAT-ATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAACTTTTTGTTAAAAAA
* * * * * * *
160 GACTATAATTGGATGTCTGCCTT-GGGAAACAT-ATAG-AAAACGCCATTCATT-TCAAAGAAAA
129 GGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGG-AACATGA-AGCAAAA-GCCATCCATTGGC-ACGAAAA
* * * *** * * * *
221 GTCCATTTATAATCACTCATA-CGTTT-AAAAGGCTTATTACCCACTTTAAACGGTTTTACAATC
190 GTCCATTTATAGTCACTTA-AGC-TTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGC
* * * * * *
284 TCAA-AATTGATTATAAGTTCAATTTTTTAAAAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACG
253 T-AATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT---ACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
* * * * * ** * * *
348 TCTACCTCAAGAAATATG-AAGAAAATGATATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
314 TCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCC
* * * *
412 ATTCCTTTAAAAGCCTTATCACACACTTTCAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
379 ATTCCTTCAAAAGCCTTATCAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
477 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGAAAACGTGAAGAA
443 AATTTCTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGCTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAA
*
542 AA-GGT
508 AATGGA
* * * **
547 ATTCATTGA-CAAAAAAAAATCTACTTATAGTCTCTTATTTATTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 ATTCATT-ATC-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
611 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAA-TTTTTAGTTAAAAA
64 TAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAACTTTTT-GTTAAAAA
* * * * *
675 AGGCTGTAATTGAATGTTTA-CTATAGGGAACGTAAAACGAAAGCCATCCATTGGCAC-AAAAGT
128 AGGCTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGT
* * *
738 CGATTTATAGTCACTTAAG-TCTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTCTAAATGATTTTATAAGCTAA
192 CCATTTATAGTCACTTAAGCT-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAA
* * * * *
802 TAACTAATTTTAAGTCGAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCC
256 TAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACC
* * * * *
867 TCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTAGTAAAAAAAATCCACTTATAGTCACCTATTCCT
320 TCAAGAAACATGAAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
931 TCAAAAGCCTCATCACCTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCGAATTTC
385 TCAAAAGCCTTATCACC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTC
* *
996 TTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGTTTGCCTAAGGAAATGTGAAGAAAATGGA
449 TTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGCTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAATGGA
* *
1061 ATTCATTATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTATCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * ** * *
1126 AATGATTTTATAATATCAAAATTGATTTTATGTTAAAACTTTTTAAAACATTTGGTTAAAAAAGG
66 AATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAACTTTTTGTTAAAAAAGG
** *
1191 CTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTAGCACGAAAAGTCCAT
131 CTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCAT
*
1256 TTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATT
196 TTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATT
* * * *
1321 GATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTTTACCTGAAG
261 GATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAG
*
1386 AAACGTGAAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
325 AAACATGAAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1451 AGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAC
390 AGCCTTATCAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAC
*
1516 ATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGCCTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAT-GA
454 ATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGCTTGCCTTAGGAAATGTGAAG-AAAATGGA
* * * *
1576 ATTCATTATAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCGTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTATCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
1641 AATCGTTTTATAATGTCAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAAAATTTTTTGTTAATAAAG
66 AATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTAAAACTTTTTGTTAAAAAAG
* * * * *
1706 GCTATAATTAAATGTTTACCTTAGGAAACGTGCAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCCA
130 GCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCA
1771 TTTATAGTCACTTAAGC
195 TTTATAGTCACTTAAGC
1788 CTTTG
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 160, Indels: 56
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 333 0.32
514 170 0.16
515 393 0.37
516 147 0.14
517 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
ATTCATTATCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAACTTTTTGTTAAAAAAGG
CTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGA
AACATGAAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATCACCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACAT
TTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGCTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAATGGA
Done.