Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402141.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5232.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2522
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.07, T:0.28
Warning! 778 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1082 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 703--1701 Score: 877
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
693 CCATTTTATA
* * * *
703 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTACT-TTT-AGATTGAA-TTT
1 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTA-TATTTAAG-TTGAATTTT
* * * * ** * *
765 TTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATG-TCTGCCTCAAGAAACTTGCAAAAAAACC
63 TTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGC
* * *
829 CATTTATTTGAAAAAAAAAT-TATTTATAGTCT-CTCATTCCTTC
127 CATTCA-TTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTAC-CATTCCTTC
* * *
872 AAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGCTTTTATAATCTCATAACTATATTTAAGTTG-ATTTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAATTT-TT
* * * *
936 TTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTCGAGAAACATATAGAAAAAGCTA
64 TTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCA
**
1001 TTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATCA-TCTACCATTCCTTC
129 TTCATTGA-AAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCTACCATTCCTTC
1043 AAAAGCCTTATTACCT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTT
1 AAAAGCCTTATTA-CTAGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATT-ATATTTAAGTTGAATTTT
* * * *** * * *
1106 TATATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTGTAAAAAAAGCC
63 TTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCC
* * * ** * *
1171 ATTTATTTAGAGAAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATACCTTT
128 ATTCATTGAAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCTACCATTCCTTC
** * * *
1214 AAAAGCCTTATTACTAGCTTCGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGTATTTGAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAA-TTTTT
* * **
1279 TTATATTTTTTATTAAGACAGACTATAATTAAATG-TATATCTCAAGAAACATGA-A-AAAAGAG
64 TTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTCAAGAAACAT-ATAGAAAA-AG
* * * * *
1341 -TATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTC-ACCAATTCCTTT
126 CCATTCATT-GAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACC-ATTCCTTC
* * *
1385 AAAAGCATTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTTAAGTT-AAATTT
1 AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATT-ATATTTAAGTTGAATTTT
* ** *
1447 TTAATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTATAG-AAAAGCT
63 TTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGC-
* * * * * * *
1511 CATTTATTTGGAAGAAAAATCTATTTGTAGTTTCCCATTTCTTC
127 CATTCA-TTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACCATTCCTTC
* * * *
1555 AAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-CATTATTTAAGTTGAATTTTC
1 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTA-TATTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
1619 TTATATTTTTCATTAAAGCATACTGTAATTTAATGCCTACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCA
64 TTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCA
1684 TTCATTGAGAAGAAAAGT
129 TTCATTGA-AAGAAAAGT
1702 TCATTNNNNN
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 122, Indels: 80
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 102 0.15
170 151 0.23
171 341 0.51
172 67 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATT
CATTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTACCATTCCTTC
Found at i:1585 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 710--1706 Score: 1141
Period size: 341 Copynumber: 2.9 Consensus size: 339
700 ATAAAAAACC
* * *
710 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATT-ACTTTT-AGATTGAATTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAG-TTGAATTTTTAATATT
* * ** * * *
773 TTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATG-TCTGCCTCAAGAAACTTGCAAAAAAACCCATTTATT
64 TTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTCGGGAAACGTG-TAAAAAAGCCATTTATT
* * * *
837 TGAAAAAAAAAT-TATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGCTT
127 TGGAAGAAAAATCTATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGGTT
* * *
901 TTATAATCTCATAACTATATTTAAGTTG-ATTTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAAT
192 TTATAATCTCATAAAT-TATTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATT-AAACAGACTATAAT
* * * * *
965 TGAATGCTTGTCTCGAGAAACAT-ATAGAAAA-AGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATC
255 TAAATG-TTATCTCAAGAAACATGAGA-AAAAGAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATC
*
1028 ATCTACCATTCCTTCAAAAGCC
318 ATCTACCATTCCTTCAAAAGCA
*
1050 TTATTAC-CTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATATT
1 TTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTA-ATATT
* * *
1114 TTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTGTAAAAAAAGCCATTTATTT
64 TTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTGT-AAAAAAGCCATTTATTT
* * * * *
1179 AG-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCTT-TCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTAG-CTTCGAATGG
128 GGAAGAAAAA-TCTATTTATAGT-TTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTT-AAATGG
* * *
1241 TTTTATAATCTTATAATTGTATTTGAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAGACAGACTATA
190 TTTTATAATCTCATAAAT-TATTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAA-ACAGACTATA
* *
1306 ATTAAATGTATATCTCAAGAAACATGA-AAAAAGAG-TATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTAT
253 ATTAAATGT-TATCTCAAGAAACATGAGAAAAAGAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
*
1369 -AGTC-ACCAATTCCTTTAAAAGCA
317 CA-TCTACC-ATTCCTTCAAAAGCA
* *
1392 TTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAATATTT
* *
1456 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTATAGAAAAGCTCATTTATTTG
65 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTGTAAAAAAGC-CATTTATTTG
* * *
1521 GAAGAAAAATCTATTTGTAGTTTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGGTTTT
129 GAAGAAAAATCTATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGGTTTT
* * * * *
1586 ATAATCTCATAACATTATTTAAGTTGAA-TTTTCTTATATTTTTCATTAAAGCATACTGTAATTT
194 ATAATCTCATAA-ATTATTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAA-CAGACTATAATTA
* * * * *
1650 AATGCCTACCTCAAGAAACATGTAG-AAAA-AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATT
257 AATG-TTATCTCAAGAAACATG-AGAAAAAGAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
1707 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 68, Indels: 57
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 113 0.20
341 216 0.39
342 174 0.31
343 54 0.10
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAATATTTT
TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTGTAAAAAAGCCATTTATTTGGA
AGAAAAATCTATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTAGCCTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAAATTATTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAACAGACTATAATTAAATG
TTATCTCAAGAAACATGAGAAAAAGAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCATCTACCA
TTCCTTCAAAAGCA
Done.