Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397302.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_135.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 211022
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.13, T:0.31
Warning! 24996 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:645 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 136--6072 Score: 3490
Period size: 171 Copynumber: 34.9 Consensus size: 171
126 NNNNNNNTGG
* * * * *
136 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAATGAACCTTTTTTTTCATGTTT-CT
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG--GCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * **********
200 TGAGACAAACA-TTCAATTATAATATATTTTAATTAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAATCA
64 AG-GA-AAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** *
264 ATTATAAGATTATTAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * ** * * * * ** *
309 AAGGTATGGGTGACTACAAATGGAATTTTCTTGCCTGTAAATGGTATTTTTTTTTACATTT-CTT
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTCCTA
* * * * * *
373 GAGATAGACA-ATGAATTTTAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCA
65 G-GA-AAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
436 A-TAGTGAGATTATTAAACCATTGAAAACGAGCAATAAGGCTTTGG
127 ATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
** * * ** * * *
481 AAGGTTTGGATGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATCAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCTA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTA
* * * * *
546 GGAAAATACTT-AATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATAAATA
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
610 ATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * ** *
652 AAGGCATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCATGCCAATGGATTGCTTTTGCATCACATTTTCTA-
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG
* * * * *
716 -AAGTAGA--T--ATT-TAATTATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATAAA
66 GAA-AACACTTCAATTATAA-TCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
774 TAATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCG-
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GA
********** * * ** * *
818 ANNNNNNNNNNGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATAACTTTTTTGTTACA--TTTCTT
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTT-CATGTTTCCT
* * * * * * *
881 AAGAAAGACA-TTCAATTATTATATATTTTAATCAAAAATATTAAATAGTTCAACTTAAAATCAA
64 AGGAAA-ACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ** *
945 TGATAAGATTATAAAACTATTTTAAA-CAAGTAATAAATCTCCT-A
128 TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTGA
* * *
989 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTTC-
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCT
* * * * * *
1052 AAGATAGACA-TTGAATTTTAATTTGTTTTAA-CAAAAAATGTGAAAAAAA-TCAACTTAAAATC
64 AGGA-AAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
1114 AATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGG
126 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
** * * * *
1160 AAGGCATAAGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGCCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACCA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTA
* * * * * * * * * *
1225 AGCAAACAC-TCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTGATATCAA-T
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
1288 AGTTATATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
130 A-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * ** * * ** *
1331 AAAGCATAGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGTCAATAAATGG-TATTTTCTTCACATTTCCCA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTT-CCT
* * * **********
1395 AGGCAAGCAC-TCAATTATAATTTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNN
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * *
1458 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * * * **
1502 AAGGCTTAGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTGCATCATGTTTTTTGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * *
1567 AGCAAACA-TTCAACTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTACAAAAAA-T-ATACTTAAAATCA
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTA-AAAAAATTCA-ACTTAAAATCA
*
1628 ATTAT-ACGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
127 ATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * *
1673 CAA-GCATGGGTAAGTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGGATTGCTTTTGCATCACGTTTTCT
1 -AAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCC
* * * * * * * *
1737 TAAGCAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA--AAATAAAAAATCACCTGAAAATCA
63 TAGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
1798 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTTG-
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGA
* * * * * * * * *
1843 ATGGCATTGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATCTCCCAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCCTA
* * * * * *
1908 GGCAGACA-TTCAA--AT-A-C-----T--T--AAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATTAATA
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
**********
1959 ATGAGATTATAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTGA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * *
2001 AAAGAATGGGTGACTATATATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTGTTT-TTTATGTTT-TTC
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCCT-
* * * * * * *
2064 A--ATACACATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAACATTTAACTTAAAATCA
64 AGGA-AAACA-CTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
2127 GTTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTCCA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GA
* ** ** * *
2172 AAGGCATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGCGATTTTTTCTTCACGTTTCGCGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTA
* * * * * * ** *
2237 GGTAGATA-TTCAATTTTAATCTATTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTTGA-TTGAAAATAAAT
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
* * * * *
2300 AATAAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGATTT-A
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * ** * * * ** *
2342 GAAGGTATAGGTGAC-ACTAAATGGACTTTTCTTGGTAGTGAATAGTTTTTTCTTCACATTT-AT
1 -AAGGCATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * *
2405 CGAGATAAATACGT-AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TAAACTTAAAATCA
64 AG-GA-AAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** *
2468 ATTATGAGATCATAAAACCATTTGAAGTGAGCAATAATACTTTCA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * * *
2513 AAAGCTTGGGTGACTAGAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTGCATCACGTTTCCTAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * * * * *
2578 AGCAGACA-TTCAATTATATTATTTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAACT
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
2642 ATGAGATTATAAAATCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTGA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* ********** * *
2684 AAGGCATGAGTGANNNNNNNNNNACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTCTTTATGTTTCCTA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCT-
* ** * * * * * * *
2749 AAGAGGATA-TTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
2813 AATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTGA
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * *
2856 AAGGCATGGTTTG-CTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA
1 AAGGCATGG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-
* * * * * *
2920 AGGCAGACA-TGT-AAATATAATCTATTTTAAAT-AAAAATATAAAAAAAGTCAACTTATAATCA
64 AGGAAAACACT-TCAATTATAATCTATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
2982 TTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAGTGAGACTTTCA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * *
3027 AAGGCATGGGTGGCTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCCTTTTCTTCAAAT-TTTCTC
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC--ATGTTTC-C
* ** * * * * * * *
3091 AAGTTAGACA-TTGAATTTTAATCTGTTTTAATCGAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA
63 TAGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
3155 TAATGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAATGCTTTGA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* *
3199 AAGGCAAGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTT-TTC-----T--TAG
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG
* * * **********
3254 GTAAACA-TTCAGTTATAATATATTTTAAT-AAANNNNNNNNNNCAATTCAACTTAAAATCAATT
66 GAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * ***
3317 ATAATACTATAAAACCATTTAAATCAAGCAATAAGGCTGCCA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * *
3359 AAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCTATGGATGGCTTTTGCATCATATTTTCTAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * *
3424 AGCAAACA-TTCAATTATGATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTCAAAATCAAT
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
3487 TATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGA
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GA
* * * *
3531 AA-GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTCCAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTA
* * * * * *
3595 GGAAAACA-TTCAAATATAATCTATTTTAAGCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATA
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
**
3659 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTGA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * **
3701 AAGGTATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATGGATTTTTCTTCACTTTTTTTTA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTA
* * * *
3766 GGAAAACAC-TCAATTACAATCTGTTTTGA-CAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTCAAAATCAAT
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ***
3828 CATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTNNN
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
********* * *
3871 NNNNNNNNAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-A
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTA
* * * **
3935 TGGAAAACAC-TCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATG-CAAAAAATTTGACTTAAAATCAAT
65 -GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********** * *
3998 TATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * *
4041 AAGGCACGGGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTGCCTATAAAT--CATGTTTTCTTCATGTTTCT
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * *****
4103 TAGGGCAACCAC-TCGAA-CATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTANNNNN
63 TA-GGAAAACACTTC-AATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
***** * ** *
4166 NNNNNTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTGG
126 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * ***
4212 AAGACATGGGTGATTATAAAT-GACCTTTTCTTGCTC-TTCAAT-ACTTTTTCGAAATGTTTTCC
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCC
* * * * * * * *
4274 AAGGTAAACA-TTTAAATATAATCTATTTCAATCAAAAATTTAAAAAAATT-GACTAAAAATCAA
63 TAGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * **
4337 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTCCA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * *
4381 AAGCCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTGTTACTAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTA
* * * * * * * * * **
4446 GGTAGATA-TTGAATTTTAATTTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAAA
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
********** *
4510 ATGAGATTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTGG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * **
4552 AAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATTGCTTTTTCTCCACGTTTGTTG
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-
* ** * ** * * * *
4616 AGGCAAACA-GACAATTATAA-CTTGTTTTTCTTAAAATTGTAAAATAATTCAACTTAAAGTCAA
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATC-TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
4679 TTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
** * * *
4723 AAGGTTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGT-GTCATGTTTCCTA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCT-
* * * ** * * *
4787 AAGTAAACA-TTCAATTAAAAAATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAAT
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********** *
4851 NNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAA-GCTTTGG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTGA
* * * *
4894 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTTA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-TA
* * * * * * * * *
4959 AGCATACA-TTCAATTATAATATATTTTAA-CTAATAATATAAAATACTTCTACTTAAAATCAAT
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
5022 TATAAGATTCTAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTGG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * ** * **
5065 AAGGTATGGATGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATTGCTTTTTC-TCTATGTTTGTTA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCT-
* * * * ** * *
5129 AGGCAAATA-GTCAATTATAA-CT-TGTTT-TTCCTAAACTTGTAAAAATGATTCAACTTAAAGT
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATCTAT-TTTAAT-C-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * *
5190 CAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCA
125 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * *
5237 AAGGCTTAGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCATCATGTTTCCT--
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG
* * * * * * *
5300 GAAACAAACATTCAATTAAAATAC-ATTTTACTCAAAAAATATAAAACAATTCTACTTAAAATTA
66 GAAA-ACAC-TTCAATTATAAT-CTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
5364 TTTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGG
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* ** * * * * *
5409 AAGGCATGGGTAACTATAAATAAACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCATCATGTCTT-CTG
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCCT-
* * * * * * *
5473 AAGCAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCAAGAATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAAT
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
5536 TATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCA
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * * * * * * *
5579 AAGGCATAGGCGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTCTCCTGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * * * * *
5644 AGCAGACA-TTCAAGTATAATATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTAAAAATTAATT
65 GGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
5708 ATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
** * *
5750 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTTAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT--
* * * **
5813 AGGCAAACA-TTCAAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTTAAAAAATTCAAC-TAAAACTTGA
64 AGGAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAA
* * * * * *
5876 TAATAAGATTATAAAA-TAGTTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGG
128 TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* ** * *
5920 AAGGCCTGAATGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG
* * * * * **
5984 GACAAACAC-TCAGTTATAATTTGTTCTAA-CTAAAAATGTAAAAATATTTGACTTAAAATCAAT
66 GA-AAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
6047 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
6073 AAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 4435, Mismatches: 1133, Indels: 395
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.00
157 10 0.00
158 89 0.02
159 7 0.00
160 114 0.03
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162 2 0.00
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166 114 0.03
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174 5 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG
GAAAACACTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
Found at i:2908 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2866--2904 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
2856 AAGGCATGGT
2866 TTGCTATAAATAGACTTTTC
1 TTGCTATAAATAGACTTTTC
2886 TTGCTAATAAAT-GACTTTT
1 TTGCT-ATAAATAGACTTTT
2905 TCTTCATGTT
Statistics
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0.90 0.00 0.10
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21 6 0.33
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.10, T:0.46
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TTGCTATAAATAGACTTTTC
Found at i:6964 original size:171 final size:171
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Indices: 6652--7029 Score: 521
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6642 NNNNNNNNNN
* * *
6652 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCAGATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCAGATTTTTTG
* * *
6717 ATACAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTGGGAAACGAGATGCAAAAGCTATCCATTTGAAAA
66 ATACAATATATAATAATTGAATGTTTACTTTGGAAAACGAGATGCAAAAGCCATCCATTTGAAAA
**
6782 AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-GAAAGCCTTAG
131 AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAAACTTTAG-AAGCCTTAG
*
6823 TACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTAGA-TTTAAGTTAAATCTTTTT-AGATTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTCAGATTTTT
* ** * *
6886 TGATACAATATATAATAATT-AATTGTTTACTTTGGAAAACGTGATGTGAAAGCCATCCCTTTGC
64 TGATACAATATATAATAATTGAA-TGTTTACTTTGGAAAACGAGATGCAAAAGCCATCCATTTGA
* * *
6950 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAAACTTTAGAAGCCTTAT
128 AAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAAACTTTAGAAGCCTTAG
* *
6994 TACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
7030 CTGTAAATGC
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TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCAGATTTTTTG
ATACAATATATAATAATTGAATGTTTACTTTGGAAAACGAGATGCAAAAGCCATCCATTTGAAAA
AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAAACTTTAGAAGCCTTAG
Found at i:8495 original size:171 final size:170
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8178 NNTACTAGCT
* * * *
8188 TTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAGAGTTTTTGATACAATA
1 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATCTTTTTAGAGTTTTTAATACAATA
********** * * * *
8253 TATTATAATTNNNNNNNNNNTTTGGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTTACAAGAATAGTCT
66 TATTATAATTAAATGTTTACTTTGGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCC
* *
8318 ATTTATAGTCACCCT-AGCCGTTGA-AAGCCTTAGTACTCGC
131 ATTTATAATCA-CCTAAACC-TTGAGAAGCCTTAGTACTCGC
* * * *
8358 TGTAAATGATTTCATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTTAATCTTTTTAGATTTTTTAATATAAT
1 T-TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATCTTTTTAGAGTTTTTAATACAAT
* *
8423 ATATTATAATTAAATGTTTACTTTGGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCCTTTGCAAGAAAAGTC
65 ATATTATAATTAAATGTTTACTTTGGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTC
* * *
8488 CATTTATAATCACCTAAACCTTTAGAAGCCTTATTACTCAC
130 CATTTATAATCACCTAAACCTTGAGAAGCCTTAGTACTCGC
*
8529 ATTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA
1 -TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
8564 ATGCGATTCA
Statistics
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170 8 0.05
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TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATCTTTTTAGAGTTTTTAATACAATA
TATTATAATTAAATGTTTACTTTGGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCC
ATTTATAATCACCTAAACCTTGAGAAGCCTTAGTACTCGC
Found at i:9580 original size:20 final size:21
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Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
9527 CATTCACGCA
9537 TTGCTTTAGAAGCCTTATTAC
1 TTGCTTTAGAAGCCTTATTAC
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1 TTGCTTTAGAAGCCTTATTAC
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1 TTGCTTTA
9586 AATGGTTTTA
Statistics
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20 11 0.39
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Consensus pattern (21 bp):
TTGCTTTAGAAGCCTTATTAC
Found at i:9868 original size:171 final size:168
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9673 TAACGTAAAA
* ** *
9683 AAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * * *
9748 TCTCTTTCAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTCTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTAGTTA
66 TCTCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATT-TATGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* *
9813 AAACAGATTAAATTTTAATGTCTACCTATAAAAACCTGAAG
130 AAATAGATTAAA-TTAAATGTCTA-CTATAAAAACCTGAAG
* * * *
9854 AAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAT-CCTTTAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * *
9918 CT-TGC-TTCTATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTAAATTTTTTTTTTACATTTTT
65 CTCT-CTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA-TTTATGTTAAA---TTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
9981 -GCTGACAATATATTATAATTAAATGTCTAAT-TCAGAAAACATGATG
125 AG-TTAAAATAGATTA-AATTAAATGTCTACTAT-A-AAAACCTGAAG
* * * * ** *
10027 CAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTAATGCCTTTCAATGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * * *
10092 TCTCTCTAAATGGTTTCATAATCTCATTATTGAGTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TT
66 TCTCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA-TTTATGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTT
* * * *
10156 AAAATAGATTAAAGTTCAATTTCTAC-ATAGAAACCTAAAG
129 AAAATAGATTAAA-TTAAATGTCTACTATAAAAACCTGAAG
* * * ** * *
10196 AAAGAGCCA-TCAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
1 AAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTT
10256 GAATTTGTTT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 64, Indels: 38
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 53 0.17
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171 88 0.28
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173 95 0.30
174 36 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
TCTCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTATGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AATAGATTAAATTAAATGTCTACTATAAAAACCTGAAG
Found at i:10968 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10629--11447 Score: 701
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
10619 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
10629 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTCACATATAT-G
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * ** * * *
10693 ATTAAAATACACTATAATTGAATGT-T-TGTCATGGAAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC
66 -TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-TAG-AAACTTGAAGAAAAACT-ATTCATTGGT
** * *
10756 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTCAAAGCCTTAT
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
* ** * * *
10800 TAATATCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * *
10865 TTAAAATAGATT-TAAATTCAATGTCTACCTCGAGAAA-TTGAA-AGAAAACAATTCATTGGTAA
66 TTAAAACATATTAT-AATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGA-AAAACTATTCATTGGTAA
*
10927 GAAAAGTCCATTTATAGTTACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
* * * * *
10969 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATTGATGTTAAATT-AAATTTTTTACTTTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * * *
11032 TTACAATATATTATAATTGAATGTC-AACTTTATGAAACATGATGCAAAAGCTA-TCATTGGTAA
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACTTGAAG-AAAAACTATTCATTGGTAA
* **
11095 GAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
********** * * * *
11137 TACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATAGTTTTAA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * * *
11202 TTAAAACAAAGTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATACGATTCATTGGTAAG
66 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAA-ACTATTCATTGGTAAG
* *
11267 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAA-CCTTAT
130 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTT-TAAAAGCCTTAT
* * *
11308 CATTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATCTTTTTTTTTACATTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTACATTT
* * * * * *
11372 TTGGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTACCT-TAGAAAAGTTGAAAAACAAACTATTAATTG
62 TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAG-AAACTTGAAGAA-AAACTATTCATTG
11436 GTAAGAAAAGTC
125 GTAAGAAAAGTC
11448 AATCATAGTC
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 114, Indels: 41
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.01
167 39 0.08
168 83 0.16
169 95 0.19
170 56 0.11
171 152 0.30
172 6 0.01
173 4 0.01
174 71 0.14
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAACTATTCATTGGTAAGA
AAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
Found at i:11133 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10746--11349 Score: 477
Period size: 169 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
10736 AGAAAAAGTC
* ** * * **
10746 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTAATATCTTTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * **
10811 AAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
65 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* *
10876 TTAAATTCAATGTCTACCTCGAGAAATTGAAAGAAAACA
130 TTAAATTCAATGTCTAACTCGAGAAAATGAAAGAAAACA
* *
10915 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
10980 AATGGTTTTATAAT-TCATAATTGATGTTAAATT-AAATTTTTTACTTTTTTTGTTACAATATA-
65 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* ** * *
11042 TTATAATTGAATGTC-AACTTTATGAAACATG-ATGCAAAAGCT
130 TTA-AATTCAATGTCTAACTCGA-GAAA-ATGAAAG-AAAA-CA
* **
11084 A-TCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTNN
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
******** * ** * * * * * *
11148 NNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATAGTTTTAATTAAAACA-AA
65 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * * * * *
11212 GTATAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAATACG
130 TTA-AATTCAATGTCTAACTCGAGAAA-ATGAAAG-AAA-ACA
* * * * * *
11254 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATCATTCGCTTCA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
11319 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
65 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAA
11350 GTTAATCTTT
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 78, Indels: 22
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.02
167 41 0.12
168 83 0.24
169 88 0.26
170 45 0.13
171 81 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
AAGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
TAAATTCAATGTCTAACTCGAGAAAATGAAAGAAAACA
Found at i:12355 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11608--13690 Score: 898
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 168
11598 ATGACTTCCG
* * * * *
11608 AAGCCTTATTGCT-TACTTCAAATGATTTTATAATCTCACTATTCATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAACTCA-TATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
11671 ACATTTTTGGTTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAGTTATT
64 ATATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACC-TGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * *
11735 CATTGGTAAGAAAAATCTATTTATCGTCACCCATGCCTTCCGA
128 CATTAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGA
* ********** *
11778 AA-CGTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * * *
11841 TATTTTTGATTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCTTCATAGAATGTGATGCAAAAG-CAATC
65 TATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGAGA-AATATGAAGAAAAAGTC-ATT
* ** ** ** *
11905 CATTGGCTTGAAAAGTTCC-TTTATAAACACATAAT-TCTTTGA
128 CATTAG-TAAAAAAG-TCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTTGA
* * * * * *
11947 AAGCCTTATTATTCACTCTAAATGGTTTTGTGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT
* * * * * * * * **
12011 ACATTTCT-AGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTGGCTTGGGAAACGTG-AGAAAAAGTCA
64 ATATTTTTGA-TTAAAACATATTAAAATTCAA-TGTCT-ACCTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCA
* * * * ** * **
12073 TTAATTAGCAAAAAAGTCAATTTATAGTAACCTGTCCCTTCCA
126 TTCATTAGTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * *
12116 AAGCTTTATTGCTCAT-TTTAAATGGTTTTATAAACTCACTATTGACTGTAAGTTGAATATTTTT
1 AAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAAACTCA-TATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* *
12180 TATATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCAT
63 TATATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCT-GAGAAATATGAAGAAAAAGTCAT
* * *
12245 TCATT-GATAAACAATGTTCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGA
127 TCATTAG-TAAA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * *
12288 AAGCCTTATTCCT-TAGTTTAAATGGTTTTCTAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * ** * *
12352 ATATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGATTGTCTGTCTTAGGAAATATGAAGAAATAGTCATT
64 ATATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGA-GAAATATGAAGAAAAAGTCATT
* * *
12417 CATTAGTGAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCCTTTCA
128 CATTAGT-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* ** * * * *
12459 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATATTCTCATTATTGATTTTCAGTTAAATATTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCA-TATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * * ** * *
12524 CT-TTTTTGGTTAGAGGATATTAAACTTCAATGTCTACATTGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCATT
65 -TATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTAC-CTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATT
* *
12588 TATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
128 CATTAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* ********** * *
12630 AAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * * *
12695 CATTTTTTG-TTACAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGTAAAAGCCATC
65 TA-TTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGA-GAAATATGAAGAAAAAGTCATT
* * ********** *
12759 CATT-GAAAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNAAGCCTTTGA
128 CATTAG-TAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* ** * *
12801 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** ** * ** * * * * * * * *
12866 CGTTTTTGATTGCAATATATTGTAATTGAATGTGTACTTCAGGAAATGTGATGTAAAAGCCA-TC
65 TATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGA-GAAATATGAAGAAAAAGTCATTC
* * *
12930 TATTAGTAAGAAAGTCCATTTATA-TGCACCCAAGCCTTTAA
129 -ATTAGTAAAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATGCCTTTGA
* ********** * * *
12971 AAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
13036 CTA-TTTTGGTTACAATATATTATAATTAAATGTCTACTTCAGGAAATAGGATA-CAAAAG-CAA
65 -TATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGA-GAAATATGA-AGAAAAAGTC-A
* * * * * *
13098 TCCATTGGCAAGAAATGTCCCTTTATAGTCACTCATGCCTTCT-A
126 TTCATTAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGA
* * * * *
13142 AACCCTTATTGCT-TGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCACTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAACTCA-TATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * **
13206 ACATTTTTG-GT-----AGATTAAAATTCAATGTCCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATT
64 ATATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTA-CCTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * *
13265 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTGG
128 CATTAG-TAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * * *
13307 AAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGA-GTTAAGGTT-AATATTTT
1 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTT
* * * ** * * * *
13369 TACATTTTT-ATGAAAATATATTGTAATTAAATGTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
63 TATATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGA-GAAATATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * *
13433 TCATTGGCGAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
127 TCATTAG-TAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
********** * * * *
13476 NNNNNNNNNNACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTTATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTATA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACT-CATATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** *
13540 CTTTTTTTG-TTAAGACAGATTAAACA-TCAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCAT
65 -TATTTTTGATTAAAACATATTAAA-ATTCAATGTCTACCT-GAGAAATATGAAGAAAAAGTCAT
* * *
13603 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGA
127 TCATTAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * *
13646 AAGTCTTATTACT-TGGTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATTGA
13691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1440, Mismatches: 386, Indels: 174
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 23 0.02
165 103 0.07
166 5 0.00
168 10 0.01
169 254 0.18
170 380 0.26
171 573 0.40
172 92 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATTTTTGATTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCAT
TAGTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
Found at i:12638 original size:342 final size:335
Alignment explanation
Indices: 11608--13845 Score: 1315
Period size: 341 Copynumber: 6.6 Consensus size: 335
11598 ATGACTTCCG
* * * *
11608 AAGCCTTATTGCTTACTTCAAATGATTTTATAATCTCACT-ATTCATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** *
11671 ACATTTTTGGTTAAAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAGTTATT
65 ACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTA-CTTAG-GAAACATGAAGAAAAGTCATT
* * * * * * **********
11735 CATTGGTAAGAAAAATCTATTTATCGTCACCCATGCCTTCCGAAA-CGTTATTANNNNNNNNNNA
128 CATTGG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
*
11799 TGGTTTTATAATCTCA-TAGTTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-TATTTTTGATTAAA-ATATA
190 TGGTTTTATAATCTCACTA-TTGATTTT-AGTTGAATATTTTTACT-TTTTTGGTTAAACATAT-
* * * * * * * * * * * *
11860 GTATAATTGAATGTCTGCTTCATAGAATGTGATGCAAAAGCAATCCATTGGCT-TGAAAAGTTCC
251 -TAAAATTCAATGTCTACTTGAGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGAAAAG-TCC
** ** **
11924 -TTTATAAACACATAATTCTTTGA
312 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * *
11947 AAGCCTTATTA-TTCACTCTAAATGGTTTTGTGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * * * * * * *
12010 TACATTTCT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTGGCTTGGGAAACGTG-AGAAAAAGTCA
64 TACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-ACTTAGGAAACATGAAG-AAAAGTCA
* * * * * * * * *
12073 TTAATTAGCAAAAAAGTCAATTTATAGTAACCTGTCCCTTCCAAAGCTTTATTGCTCAT-TTTAA
126 TTCATT-GGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAA
* * * *
12137 ATGGTTTTATAAACTCACTATTGACTGTAAGTTGAATATTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACATA
189 ATGGTTTTATAATCTCACTATTGA-TTTTAGTTGAATA-TTTTTACT-TTTTTGGTT-AAACATA
* * * * * *
12201 TTAAAATTCAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAA-ACAATGTTC
250 TTAAAATTCAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGA-AAAGTCC
* *
12264 ATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGA
312 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * * *
12288 AAGCCTTATTCCTTAGTTTAAATGGTTTTCTAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
12353 TATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGATTGTCTGTCTTAGGAAATATGAAGAAATAGTCATTC
66 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-ACTTAGGAAACATGAAGAAA-AGTCATTC
*
12418 ATTAGTGAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
129 ATT-G-GAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* * * * * **
12483 ATTTTATATTCTCATTATTGATTTTCAGTTAAATATTTTAACTTTTTTGGTTAGAGGATATTAAA
192 GTTTTATAATCTCACTATTGATTTT-AGTTGAATATTTTTACTTTTTTGGTTA-AACATATTAAA
* * * *
12548 CTTCAATGTCTACATTGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA
255 ATTCAATGTCTAC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA
12613 GTCACCCAAGCCTTTGA
319 GTCACCCAAGCCTTTGA
* ********** *
12630 AAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
12695 CATTTTTTG-TTACAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGTAAAAGCCATC
66 CA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTT-AGGAAACATGAAG-AAAAGTCATT
* * ********** * * *
12759 CATTGAAAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
128 CATTG-GAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
** * * * *
12824 ATTTTTATAATCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACGTTTTTGATTGCAATATATT
191 GGTTTTATAATCTCACTA-TTGATTTT-AGTTGAATAT-TTTTACTTTTTTGGTT-AAACATATT
** * * * * * *
12887 GTAATTGAATGTGTACTTCAGGAAATGTGATGTAAAAGCCA-TCTATTAGTAAG-AAAGTCCATT
252 AAAATTCAATGTCTACTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTAGTAAGAAAAGTCCATT
*
12950 TATA-TGCACCCAAGCCTTTAA
315 TATAGT-CACCCAAGCCTTTGA
* ********** * *
12971 AAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
13036 C-TATTTTGGTTACAATATATTATAATTAAATGTCTACTTCAGGAAATAGGATACAAAAG-CAAT
66 CAT-TTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTT-AGGAAACATGA-AGAAAAGTC-AT
* * * * * *
13099 CCATTGGCAAGAAATGTCCCTTTATAGTCA-CTCATGCC-TTCTAAACCCTTATTGCT-TGTTTT
127 TCATTGG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCT-CTTT
* * *
13161 AAATGGTTTTATAATCTCACTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-T----AGAT
187 AAATGGTTTTATAATCTCACTATTGATTTTA-GTTGAATATTTTTACTTTTTTGGTTAAACATAT
* * *
13221 TAAAATTCAATGTCCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCAT
251 TAAAATTCAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCAT
* * ** *
13285 TTGTAGTCACTCATTCCTTTGG
314 TTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * * *
13307 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGA-GTTAAGGTT-AATATTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTT
* * *
13370 ACATTTTT-ATGAAAATATATTGTAATTAAATGTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
65 ACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTA-CTTAGGAAACATGAAG-AAAAGTCATT
* * * **********
13434 CATTGGCGAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCANNNNNNNNNNACTCTCTTTAAAT
128 CATT-G-GAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * *
13499 GGTTTTATAATCTC-CTTATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTATACTTTTTTTGTTAAGACAGATTA
191 GGTTTTATAATCTCAC-TATTGATTTTA-GTTGAATATTTTTACTTTTTTGGTTAA-ACATATTA
** * *
13562 AACA-TCAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
253 AA-ATTCAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTT
*
13626 ATAGTCACCCAAGCTTTTGA
316 ATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* ** * **********
13646 AAGTCTTATTACTTGGTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * *
13711 CATTTTTAATTAAAACAGAGTGTAATTGAGTGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAATA-TGATTC
66 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTA-CTTAGGAAACATGAAGAAA-AGTCATTC
* * * * * *
13775 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCCAAAG-GTTTTTACT-TGCTTCAAAT
129 ATTGG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAT
13838 GGTTTTAT
191 GGTTTTAT
13846 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1477, Mismatches: 336, Indels: 172
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 14 0.01
334 111 0.08
335 64 0.04
336 65 0.04
337 1 0.00
338 8 0.01
339 237 0.16
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341 419 0.28
342 331 0.22
343 89 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTAGGAAACATGAAGAAAAGTCATTCAT
TGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCACTATTGATTTTAGTTGAATATTTTTACTTTTTTGGTTAAACATATTAAAATTCAA
TGTCTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTTGA
Found at i:13463 original size:169 final size:165
Alignment explanation
Indices: 13049--13683 Score: 455
Period size: 169 Copynumber: 3.8 Consensus size: 165
13039 TTTTGGTTAC
* * * *
13049 AATATATTATAATTAAATGTCTA-CTTCAGGAAATAGGATA-CAAAAG-CAATCCATTGGCAAGA
1 AATATATTATAATTAAATGTCTATC-TCAGGAAACATGA-AGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGA
* * * * *
13111 AATGTCCCTTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAACCCTTATTGCTTGTTTTAAATGGTTTTATAAT
63 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAAT
* * *
13176 CTCACTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
127 CTCACTATTGAGTTAAGGTTGAATATTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
13215 -GTAGATTAAAATTCAATGTCCATCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
1 AATATATTATAATTAAATGTCTATCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
13278 AGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCT
65 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCT
*
13343 TA-TAATTGAGTTAAGGTT-AATATTTTTACATTTTTATG
129 CACT-ATTGAGTTAAGGTTGAATATTTTTACA-TTTT-TG
* *
13381 AAAATATATTGTAATTAAATGTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCGAGAA
1 --AATATATTATAATTAAATGTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
* * ********** *
13446 AGGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCANNNNNNNNNNACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAT
64 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAACCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGCTTTATAAT
* * * *
13510 CTC-CTTATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTATACTTTTTTTG
127 CTCAC-TATTGAGTTAAGGTTGAATATTTTTAC-ATTTTTG
* * * * * * * * *
13549 TTAAGACAGATTA-AACATCAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAA
1 ---A-ATATATTATAA-TTAAATGTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
* * * ** * * *
13613 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGTCTTATTACTTGGTTTAAATCGTTTTATA
61 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATA
13678 ATCTCA
125 ATCTCA
13684 TAATTGANNN
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 85, Indels: 39
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 15 0.04
165 114 0.31
166 4 0.01
168 2 0.01
169 124 0.34
170 103 0.28
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (165 bp):
AATATATTATAATTAAATGTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
CTATTGAGTTAAGGTTGAATATTTTTACATTTTTG
Found at i:25941 original size:28 final size:25
Alignment explanation
Indices: 25910--25967 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
25900 TCTTTTTGTT
25910 TTCCTTATTTCTTCCTTTCTTTCTTTGC
1 TTCCTT-TTTC-TCCTTTCTTT-TTTGC
*
25938 TTCC--TTTCTCCTTTCTTTTTTTC
1 TTCCTTTTTCTCCTTTCTTTTTTGC
25961 TTCCTTT
1 TTCCTTT
25968 GCTTCCTAGC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 7
0.77 0.03 0.20
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.30
24 10 0.37
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28 4 0.15
ACGTcount: A:0.02, C:0.29, G:0.02, T:0.67
Consensus pattern (25 bp):
TTCCTTTTTCTCCTTTCTTTTTTGC
Found at i:28426 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27513--29936 Score: 1274
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 171
27503 CATCATTGGT
* * ** * *
27513 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCAGTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
********** * * * ** * * ** *
27578 TANNNNNNNNNNTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGGCTATAATTGAG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * *
27643 TGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-AGT
131 TGTTTGACTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-C
* * * * * *
27684 AATAGAAGTCCATTTATAGTCACGCGTACCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
27749 TAATCTCATTATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAAAAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
27812 TGTTTGTCTTGGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
131 TGTTTGACTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* ** * * *
27853 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGTCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * *
27918 TAATATCATAATTAATTTTAACTTGAATTTGTTTGTATTTTTGGTAAAAATATG-TTATAATTTA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGA
* * * * * * *
27982 AAGTTTG-CTTCAAGAAAA-GTG-ATACAAAG-CATCCATTGAT
130 ATGTTTGACTT--GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * ** * *
28022 AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCGA-AGCCTTAGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
*********** * * *
28086 ATAANNNNNNNNNNAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTGGTTAACATATATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * *
28150 AATGTTT-ACTTCAAGAAAA-GGGATGCAAAAGCC-TTGCATTGAA
129 AATGTTTGACTT--GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATTGAC
* * * **********
28193 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
28257 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTGCAATTTTAGTCAAAATAGATTAAAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
28322 GTGTTTGCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCCATTAATTGAC
130 ATGTTTGACTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * ** * *
28364 AAAAAAATTTAATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
28429 TAATCTCACT-ATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAAAAGATTAAAATTCA
66 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * *
28493 ATGTCTAACTCGAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGAC
130 ATGTTTGACTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * ** ** ***
28536 AAGAAAAGTACATTTGTAGTCACTCATATATTTGGAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
28601 TAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTGTTTAACATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-ACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * *
28665 ATGTTTGTCAT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
130 ATGTTTGACTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * *
28707 GAGAAAAGTTTTCATTTATATTCATCCATACCTTTCAAAGCCCTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAG--TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
28772 TATAATCTCATTATTGATTCTAAGTTGAATGTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* ** * * *
28836 CAATG-TCAACTTGGAGAAA-ACCGAAGAAAAAGCTATTCATTGAT
128 GAATGTTTGACTTGGA-AAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *
28880 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********** * * * * * *
28944 ATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTACAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * ** * * **
29009 ATGTCT-ACTT-CAAGACACGTGATGCAACTGCTATCCATTGGT
130 ATGTTTGACTTGGAA-A-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *
29051 AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
29115 ATATTCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTAACATTTTTGATTATAAT-GTATTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-ACAATTTTGGTTAAAATAG-ATTATAATT
* ** * * ** *
29178 GAATGTCT-ACTTCAGG-AAAGGTGATGCAAAAA-TCACCCATTGGC
128 GAATGTTTGACTT--GGAAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGAC
* ** * * **
29222 ATA-AAAAGTCCATTTATGGTCATTCA-AGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * ** * *
29285 TATAATCTCATATTTGATTATAAG-TCAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGAGTATAA-T-
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
** * * * * * *
29347 AAGTGTTT-A-TCTCAAGAAACGTGAGGAAAGTA-CGATTTATTGAT
129 AA-TGTTTGACT-TGGA-AAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGAC
* * * * * ***
29391 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAT-GCTTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTNNN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
******* * * * * *
29455 NNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCGTTTTACACTTTTAGATAAAATATATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * **
29519 AAAGCCT-ACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTG-C
129 AATGTTTGA-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * **
29561 TAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * * *
29626 ATAATTTCATAATTAACTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTTTTGCTTAAAGTATAATACAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * ** * *
29691 AAT-CTCAACTTCAGG-AAACACGATGCAAAAGGAATCCATTGGC
129 AATGTTTGACTT--GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * ***
29734 AAGAAAAGTCCCTTTATAGTCA-TCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
29798 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGATT-AATTTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* ** *
29861 GAGTGTTT-ACTTTCGG-AAACATGAAGAAAAATTCATTAATTGAC
128 GAATGTTTGAC-TT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * *
29905 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT
29937 CGAATGCCTA
Statistics
Matches: 1708, Mismatches: 471, Indels: 148
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.01
169 318 0.19
170 117 0.07
171 828 0.48
172 293 0.17
173 133 0.08
174 3 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTTTGACTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
Found at i:29058 original size:344 final size:336
Alignment explanation
Indices: 27655--29860 Score: 1172
Period size: 340 Copynumber: 6.4 Consensus size: 336
27645 TTTGCCTTAG
* * * * * * * *
27655 GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-AGTAATAGAAGTCCATTTATAGTCACGCGTACCTTCCA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATATTCAC-CATACCTTTCA
* *
27719 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTA
64 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * *** * * *
27783 CATTTTTGTTAAAAAAGATTATATTTGAATGTTTGTCTTG--GGAAACGTCAAGAAAAAGCCATT
127 CATTTTTGTT-AAAAAGATTAAAATTCAATG-TCAACTTGAAGAAAAC-TGATGAAAAAG-CATT
* * * * * * * * *
27846 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGTCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTAAAAT
188 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
* * * * ** * * *
27911 GGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAACTTGAATTTGTTT-GTATTTTTGGTAAAAATATGTTA
253 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTGTTTAACATTTTTGATTAAAATATATTA
* * * *
27975 TAATTTAAAGTTTG-CTTCAA
317 TAATTGAATGTCTGACAT-AA
* * * *
27995 GAAA-AGTG-ATACAAAG-CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-TGTCACCGA-AGCCTTA
1 GAAACA-TGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAT-TCACC-ATA-CCTTT
* * * * **********
28055 GAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNAATTTTAAGTTGAATTTTTT
62 CAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * ** * ** * *
28120 TAAATTTTTGGTTAACATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAAAGGGATGCAAAAGCCTT
125 TACATTTTT-GTTAA-AAAGATTAAAATTCAATGTCAACTTGAAGAAAACTGATGAAAAAGCATT
* * **********
28185 GCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNN
188 -CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAA
* * * * *
28249 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-GCAATTTT-AGTCAAAATAGA
251 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTGTTTAACATTTTTGA-TTAAAATATA
* * * * **
28312 TTAAAATTGAGTGTTTG-CCTTG
314 TTATAATTGAATGTCTGACATAA
* ** * * ** * *
28334 GAAAACATGAACAAAAAGCCATTAATTGACAAAAAAATTTAATTTATAGTCACCCATACCTTCCA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATTCA-CCATACCTTTCA
*
28399 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACTATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
64 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * *
28464 TAGTTTTGGTTAAAAAAGATTAAAATTCAATGTCTAACTCGAAG-AAACATGATGAAAAAGCCAT
127 CA-TTTTTGTT-AAAAAGATTAAAATTCAATGTC-AACTTGAAGAAAAC-TGATGAAAAAG-CAT
* * * * ** * *
28528 TCATTGACAAGAAAAGTACATTTGTAGTCACTCATA-TATTTGGAAGCCTTATTACTTGTTTTAA
187 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAA
*
28592 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGATTAAAATATATT
251 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGATTAAAATATATT
* * *
28657 GTAATTGAATGTTTGTCATAA
316 ATAATTGAATGTCTGACATAA
* * *
28678 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTTTTCATTTATATTCATCCATACCTTTC
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG--TCCATTTATATTCA-CCATACCTTTC
* * * *
28743 AAAGCCCTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTCTAAGTTGAATGTTTTT
63 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * *
28808 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCAACTTGGAGAAAACCGAAGAAAAAGCTATT
126 ACA-TTTTTGTTAAAA-AGATTAAAATTCAATGTCAACTTGAAGAAAACTGATGAAAAAGC-ATT
* *
28873 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGAT
188 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
********** * * * *
28938 GGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTACAATATATTA
253 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGA-TTAAAATATATTA
*
29002 TAATTGAATGTCT-ACTTCAA
317 TAATTGAATGTCTGACAT-AA
* * * * ** * ** *
29022 GACACGTGATGCAACTGCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT-TGTCACC-TAAGCCTTTG
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAT-TCACCAT-A-CCTTTC
* *
29085 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
63 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
* * * * * * * ** * **
29150 ACATTTTTGATTATAATGTATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAAGGTGATGCAAAAATCACC
126 ACATTTTTG-TTAAAAAG-ATTAAAATTCAATGTCAACTTGAAGAAAACTGATG-AAAAAGCATT
* * *
29215 CATTGGCAT-A-AAAAGTCCATTTATGGTCATTC-AAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTA
188 CATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
* * * * * * * * * * *
29277 AATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTATAAG-TCAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGAG
250 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGATTAAAATATAT
*
29341 TATAA-T-AAGTGT-TTATC-TCAA
315 TATAATTGAA-TGTCTGA-CAT-AA
* * * * ** * * * *
29362 GAAACGTGAGGAAAGTA-CGATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-TATGCTTTCG
1 GAAACATGAAGAAA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCATA-CCTTTC-
* * * ********** *
29425 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATCGTTTT
63 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * * * * * * * * * *
29490 ACACTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAAAGCCTACCTTG--GGAAACATGAAGAAAAAATCA
126 ACA-TTTTTGTTAAAA-AGATTAAAATTCAATGTC-AACTTGAAGAAAAC-TGATG-AAAAAGCA
* * ** **
29553 TTCATTGCTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTC-ATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
186 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
* * * * * * * *
29617 AATGGTTTTATAATTTCATAATTAACTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTTTTGCTTAAAGTATA
250 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTG-TTTAACATTTTTGATTAAAATATA
* * * * * *
29682 ATACAATTGAATCTC-AACTTCAG
314 TTATAATTGAATGTCTGACAT-AA
* * * ** * * * * * *
29705 GAAACACGATGCAAAAGGAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCATCAAAGCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCATA-CCTTTCAA
* *** *
29770 AGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATT-AATTTTTTTT
65 AGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAG-TTGAA--TTTTTT
*
29834 ACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
126 ACATTTTTGTTAAAA-AGATTAAAATT
29861 GAGTGTTTAC
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 354, Indels: 153
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 64 0.04
339 56 0.04
340 349 0.24
341 79 0.06
342 305 0.21
343 281 0.20
344 187 0.13
345 111 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCATACCTTTCAAA
GCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
TTTGTTAAAAAGATTAAAATTCAATGTCAACTTGAAGAAAACTGATGAAAAAGCATTCATTGATA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTAACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
GTCTGACATAA
Found at i:30305 original size:417 final size:420
Alignment explanation
Indices: 29522--30354 Score: 938
Period size: 417 Copynumber: 2.0 Consensus size: 420
29512 ATAATTGAAA
* * * *
29522 GCCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTC
1 GCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
29587 ATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAACTTTAAGCTG
66 AATCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAGCTA
*
29652 AATTGTTTTTACATTTTTGCTTAAAGTATAATACAATTGAATCTCAACTTCAGGAAACACGATGC
131 AATTGTTTTTACATTTTTGCATAAAGTATAATACAATTGAATCTCAACTTCAGGAAACACGATGC
* *
29717 AAAAGGAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCATCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
196 AAAAGCAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
*** * * * * *
29782 TGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTAATTTTTTTTACATTTTTGTTAA
261 CACTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGATGAACTTTTTTTACATTTTTATTAA
* * * * *
29847 AACAGATTATAATTGAGTGTTTACTTTCGGAAACATGAAGAAAA-ATTCATTAATT-GACAAGAA
326 AACAAAGTATAATGGAGTGTTTACTCTCAGAAACATGAAGAAAATA-TCATTAATTAG-CAAGAA
*
29910 AAGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAT
389 AAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAT
* *
29942 GCCTACCTCGAGAAACTTGAAG-AAAAATCAATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
1 GCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * *
30005 CCAAAT-CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTT-TAATCTAATAATTGATTTTAAG
64 CC-AATCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAG
* * * * * ** * ** *
30067 TTAAATT-TTTTTAGATTTTTTG-ATACAA-TATATTATAATTGAATGTTTATTTTGGGAAACAT
128 CTAAATTGTTTTTACA-TTTTTGCATA-AAGTATAATACAATTGAATCTCAACTTCAGGAAACAC
* * * *
30129 GATGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTAT-GTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTT
191 GATGCAAAAGCAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAAAGCCTTTGAAAGCCTT
*
30192 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAA-ACTGAACTTTTTTTACATTT
255 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGA-TGAACTTTTTTTACATTT
* * ** * *
30256 TTAATTAAAACAAAGTATAATGGAGTGTTTGC-CTCAATAAATGTGAAGAAAATATGATTCATTA
319 TT-ATTAAAACAAAGTATAATGGAGTGTTTACTCTC-AGAAACATGAAGAAAATATCATTAATTA
** *
30320 GTTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
382 GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTC
30355 CAAAGCCTTA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 59, Indels: 25
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
415 1 0.00
416 79 0.23
417 142 0.41
418 33 0.10
419 10 0.03
420 75 0.22
421 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (420 bp):
GCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
AATCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAGCTA
AATTGTTTTTACATTTTTGCATAAAGTATAATACAATTGAATCTCAACTTCAGGAAACACGATGC
AAAAGCAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGATGAACTTTTTTTACATTTTTATTAA
AACAAAGTATAATGGAGTGTTTACTCTCAGAAACATGAAGAAAATATCATTAATTAGCAAGAAAA
GTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAT
Found at i:30458 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 29947--30460 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 167
29937 CGAATGCCTA
* * * * **
29947 CCTCGAGAAACTTGAAGAAAAATCAATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAATC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAT-GATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
*
30012 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA-ATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
65 TTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTTT
* * * * *
30076 TTTAGATTTTTTGATACAATATATTATAATTGAATGTTTA
129 TTTA-CTTTTTAGATAAAATATAGTATAATTGAATGTTTG
** *** * * * * * *
30116 TTTTGGGAAACATGATGCAAAA-GCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTAT-GTCACTCAAGC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAATG--ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
** * *
30179 CTTTGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAACTGAA
64 CTTTGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAG-TTTTAT-ATCTAATAATTGATTTT-AAGTTAA
* * * *
30242 CTTTTTTTACATTTTTA-ATTAAAACAAAGTATAATGGAGTGTTTG
125 -TTTTTTTAC-TTTTTAGA-TAAAATATAGTATAATTGAATGTTTG
* ** * *
30287 CCTCAATAAATGTGAAGAAAATATGATTCATTAGTTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
1 CCTCAAGAAACATGAAGAAAA-ATGATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
** * *
30352 TTCCAAAGCCTTATCACTAGCTTCAAATAGTTTTATCATCTAATAATTGATTTTAAGTTACATTT
65 TTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTAT-ATCTAATAATTGATTTTAAGTTA-ATTT
*
30417 TTTTACTCTTTTAGATAAAATATAGTATAATTCAATGTTTG
128 TTTTACT-TTTTAGATAAAATATAGTATAATTGAATGTTTG
30458 CCT
1 CCT
30461 TGGGAAAAAA
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 59, Indels: 34
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 39 0.15
169 39 0.15
170 19 0.07
171 112 0.42
172 56 0.21
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
TTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTT
TACTTTTTAGATAAAATATAGTATAATTGAATGTTTG
Found at i:35767 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 35742--35781 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
35732 CTTTTCTTAT
35742 TTTCTTTTTCTTCTCTC
1 TTTCTTTTTCTTC-CTC
35759 TTGTCTTTTTCTTCCTC
1 TT-TCTTTTTCTTCCTC
35776 TTTCTT
1 TTTCTT
35782 AAGCTTTAGC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.18
17 7 0.32
18 11 0.50
ACGTcount: A:0.00, C:0.28, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (16 bp):
TTTCTTTTTCTTCCTC
Found at i:38526 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38090--39919 Score: 1185
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
38080 ATGAATGACT
* * * * *
38090 TTTTCTTCACATTTTCT-AAGGTAGACATTCCATTATAATATATTTTATCTAAAAGTGTTAAAAA
1 TTTTCTTCA-AGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAA
* * ********** * * *
38154 AATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAATCATTTGAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGGAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAA
* * * * *
38218 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCACTGAA-T-CAC
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTGC-C
* * * * * * * * * **
38261 ATTTCTTCATGTTTCATG-AGGTAAATACTCAATTACACTTTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCAAGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
********** * * * **
38325 ATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAAAA
65 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
38390 CTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
130 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
* * * * * *
38432 TTTTCTTCAAGTTTATCAAGGTAGACATTGAAGTT-TAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTTCTTCAAGTTTCTGAAGGTAGACATTCAA-TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
38496 ACTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTAAAAG-GCAGTAACAAGGCTTTGAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * ** *
38560 GCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTCGCCAATGAATAACT
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
* *** ** * *
38603 TTTTCTTCATGTTTCCCTAGACAGACATTTAATTAAAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCAAGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * ** * *
38668 TTCAACTTAAACTCAATTATAAGGTTGTAAAGGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGG-
66 TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* ** *
38732 TATGGGTGACTACAAATGGACTTTTC-T-CATCAATGAATAACT
131 T-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-T-AATGAATTGCC
* * * * *********** ** *
38774 TTTTCTTTATGTTTCTTG-AGGTGGACATTGANNNNNNNNNNGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAT
1 TTTTCTTCAAGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * *
38838 ATTCAACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGCAATAAGGGTTTGGAAA-
65 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAAG
* * * *
38902 GCATGGGTGACCATAAA-GAGACTTTTCTTGCCAAGGAATTG-C
129 GCTTGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
* * ** *
38944 TTTTGTATCATGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTACAACC-AAAATGTAAACA
1 TTTTCT-TCAAGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * ********** * * *
39007 AATTGAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * *
39072 ACTTCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGA-TGGC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
* * * *
39114 TTTTGCATCACA-TTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTACAATATATTGTAAACAAAAATGTAAAA
1 TTTT-CTTCA-AGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
39177 AAATTCAACTTAAAATGAA-ATATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTATTAAGGCTTCCAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * *
39241 AGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ATCGATGGATAG-C
127 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATTGCC
* * * *
39285 TTTTGCATCACGTTTCCTGAA-GTAGACATTCAATTCTAATATATTGTAACC-AAAATGTAAAAA
1 TTTT-CTTCAAGTTT-CTGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
*
39348 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *
39413 GCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCTAATGAATGGCT
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
* * * * * *
39456 TTTTCTTTAGATTTTTTG-AGGAAGACATTGAAGTT-TAATATCCTCTTT--CCAAAAATGTAAA
1 TTTTCTTCA-AGTTTCTGAAGGTAGACATTCAA-TTATAATAT-AT-TTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * * * *
39517 AATATTTAACTAAAAATTATTAATGAGATTATAAAACCATTTAACGAGAGTAATAAGGCTTTGAA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * **
39753 GGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAA-TGATT
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATTG-CC
* * * * * *
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* * * * * *
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TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTGCC
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* * *** * * * * * * * *
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*
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1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATA
** * *
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* * *
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* * *
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* ** * * *
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* * *
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* *
39336 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
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* * ** * * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* ** ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATA
* * ** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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TTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTAAACC
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38339 NNNNNNNNNN
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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*
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* * ** * * * *
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* ** * ** * ********** *
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** * *
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* *
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193 GCAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAAGGAATTGCTTTT
* * * *
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***
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******* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * *
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*
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322 CTTAAAATCAATTATAAG
*
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAA-AACGAG
* * * * *
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194 CAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAA-GAGACTTTTCTTGCCAAGGAATTG-CTT-T
* * * * *
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*
39692 TCTACTTAAAATCAATTATAAG
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* * * * * *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * *
39779 TCTTA-TCAATGAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGATATTGAATTTTAATCTGTTTT
66 TCTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTGAA-TTTAATATATTCT
* * * * *
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*
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TCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTGAATTTAATATATTCTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCA
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CACGTTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTATAACCAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATAAG
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41442 TAAATATTAA
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1 TATTTTAATAT
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1 TATTTTA
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Statistics
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TATTTTAATAT
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CTTCTTCTTCATGACTAATT
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*
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1 T
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*
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* * * * *
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*
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* *
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** *** *** * * * * *
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** * * *
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* * * ********** * *
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*** * *
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* ** ********** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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*********** *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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** * **
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* * *********
52688 TAAATTATAATATATTTTTACCAAAAATACAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNN
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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Statistics
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TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATA
AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGT
CAATGAATGGCTTTTTCATCATTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAT
GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
CAAGGCAAACAC
Found at i:52537 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 52360--52743 Score: 419
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
52350 TTTCAATCTG
* ********
52360 TTTTAACCAAAAATGCAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCNNNNNNNN
1 TTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAG
** * *
52425 NNAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATATACTTTTCTTGCCAATACAAGGCT
66 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCGGTGA-TAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATACAAGGC-
* * * * *
52489 TTTGCCTCACTTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATA
129 GTTGCATCACTTTTCTTGAAGAAAACATTAAATTATAATATA
* * * * * * * *
52531 TTTTAACTAAAATTGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATG-CAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
52596 GTGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCTTCGGTGATAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCG
65 GTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCGGTGATAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATACAAGGCG
*
52661 TTGCATCACTTTTCTTGAAGAAAACTTTAAATTATAATATA
130 TTGCATCACTTTTCTTGAAGAAAACATTAAATTATAATATA
* * *
52702 TTTTTACCAAAAATACAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 TTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
52744 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCGGTGATAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATACAAGGCGT
TGCATCACTTTTCTTGAAGAAAACATTAAATTATAATATA
Found at i:53117 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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51749 NNNNNNTTCA
* ** ** *** *
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1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
** * * * * * * * * ** *
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66 GACAAACACTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAA-TATAAAAAAATTAAACTT-AAATCAATAA
* * * * *
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* ********** * * *
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1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTC-A
* * * ** * * * ********
51994 TGACAAACATTCAATTATAAAATATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNN
65 AGACAAACACTCAAATATAATCTATTTTA-ACAAAAATATAAAAAAATTAAACTTA-AATCAATA
* * * ** **
52059 NTAAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCA
128 ATGAGATTATAAAATC-ATTT-AAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
* * * ** * * * **
52101 AATGTATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCATATTTCTTGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
** * * * * * * * * * *
52166 GTTAGACATTGAATTTTAATCTTTTTTGACAAAAAATGTAAAACAATTTAAA-TTAAAATCGATA
66 GACAAACACTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAA-AAATTAAACTT-AAATCAATA
* * * *
52230 GTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGG
128 ATGAGATTATAAAATCATTT-AAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
* * * * * ** *
52272 ACGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTGCCAATTAATGGCTTTTGGTTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
* * * ** * * *
52337 GGCAAACACTC-AATTTCAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAATAAATTCAACTTAAAATCAATT
66 GACAAACACTCAAATAT-AATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTAAACTT-AAATCAATA
* * ********* * **
52401 ATGAGAGTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTCA
128 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
* ** * *
52443 AAGGCTTGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAAT-ACAAGGCTTTTGCC-TCACT-TTTCT
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTT-CCTTCA-TGTTTC-
* * * * * * * * * * *
52505 TGAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATT
62 TCAAGACAAACACTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAAATTAAACT-TAAATC
* * * * **
52569 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTCA
124 AATAATGAGATTATAAAATCATTT-AAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
* * * * * * *
52615 AAGGCTTCGGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-GTTGCATCACT-TTTCTT
1 AAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCA-TGTTTC-T
* * * * * * * *
52677 GAAGA-AAAC-TTTAAATTATAATATATTTTTACCAAAAATACAAACAAATTCAACTTAAAATCA
63 CAAGACAAACACTCAAA-TATAATCTA-TTTTAACAAAAATATAAAAAAATTAAACTT-AAATCA
* ********** * * *
52740 ATTANNNNNNNNNNAAATCATTTTAAGCGAGTAATAACGTTTTAG
125 ATAATGAGATTATAAAATCA-TTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
** * *
52785 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTGATGTTTCTCA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCA
* * * *
52850 AGACAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATAAT
65 AGACAAACACTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAATCAATAAT
* *
52915 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTGG
130 GAGATTATAAAATCATTT-AAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
* * * *
52955 AAGGTATGCGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTT-TCCA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCT-CA
* * * * * * *
53019 AGGCAAACACTCAATTATAGTGTATTTTGACAAAAAATATAGAAAAATTAAACTTGAAATCAATT
65 AGACAAACACTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTAAACTT-AAATCAATA
* *
53084 ATGAGATTATAAAA-CGATTTAATGCGAGTAATAAGGCTGTGG
128 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAA-GCGAGTAATAAAGCTTTGG
* * *
53126 AAGGCATGGGTAACTATGAATAGACTTTTCTTACCAATGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
53166 TGTAACACTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
GACAAACACTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAATCAATAATG
AGATTATAAAATCATTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
Found at i:54665 original size:4 final size:4
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54641 NNNNNGAAGC
* * * *
54651 AAAG GAAG AAAG AAAG AAAG -GAG AAAG GAAG CAAAG AAAG AAAG GAAG
1 AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG -AAAG AAAG AAAG AAAG
54699 AAAG AAAG AAA
1 AAAG AAAG AAA
54710 ATAAAAAGAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (4 bp):
AAAG
Found at i:55250 original size:151 final size:151
Alignment explanation
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Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 151
54966 TTATTGCTTG
* * *
54976 CTTTAAATGGTTGTATAATCTAATAATTGACCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTGTATAATCTAATAATTGACCTTAAGTTGAATGTGTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
55041 TATATTATAATTTAATGTTTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCAATCCATTGGTAAGAAAAGT
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55106 CCCTTTATAGTCACCCAAGCT
131 CCCTTTATAGTCACCCAAGCT
* * ** * *
55127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATGTGTTTACATTTTTGGTTAAAC
1 CTTTAAATAGTTGTATAATCTAATAATTGACCTTAAGTTGAATGTGTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
55192 CAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTT-AGGCAACATGAAGAAAAAACCATTAATTGGTAAGAAAAG
66 CAGATTATAATTGAATGTTT-ACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACAATCAATTGGTAAGAAAAG
55256 TC
130 TC
55258 AACTTATAGT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 23, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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CTTTAAATAGTTGTATAATCTAATAATTGACCTTAAGTTGAATGTGTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACAATCAATTGGTAAGAAAAGT
CCCTTTATAGTCACCCAAGCT
Found at i:62198 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 61823--63855 Score: 1406
Period size: 170 Copynumber: 11.9 Consensus size: 170
61813 NNNNNNNNNN
* * * * * *
61823 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGAGTTTAAGTTGAATTGTTTTC
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
61888 TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAA-CTCATT
65 TATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATT
* ** ***
61952 CATTGATAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAA
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * * * *
61993 AAGGCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAATGAAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTG-AATTTTTTTA
* * * * * * * *
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65 TATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * *
62123 ATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
130 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * **
62164 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAATTGAACATTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTA
* * * * * * * **** * **
62229 CA-TTTTTAATTAAAACAAAGTATAATTGAGTGTTTTCCTCAATAAACATGAA-AAAATGTAATT
65 TATTTTTTGA-TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * **
62292 CATTGGTTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * *
62334 AAGCCTCATCACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ATATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGA-ATTTTTTT
* * * * * ***
62398 ACTA-TTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATTAT
64 A-TATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
62462 TAATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTTC-CCTACGCCTTCT-A
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTT-TGA
** * * * *
62505 ACTCCTTATTGC-CGCTTTAAATGGTTTCATAAACTC-T-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA-TTTTTTT
* * * * * * * * *
62567 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
64 ATATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* ** * * * *
62632 TATTGACAAGGAAAGTCCATTTGTACTCACCCATA-CCTTTGG
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGA
* * * * * * * *
62674 AACCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTCA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* * ** * * ** * * ** *
62739 CA-TTTATGATTAAAATATTTTATGATTGAATGTCTGTCATGGAAAACACAAAGAAAAAGTCATT
65 TATTTTTTGA-TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* *
62803 CATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTCAAG-CTTCTGA
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTT-TGA
* ** * * *
62845 AAGCCTTATTATTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * *
62910 TACTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCATGAGAAACCTAAAG-AAAAGCCATTC
65 TATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
** * *
62974 ATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGA
130 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * *
63015 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * * *
63080 CT-TTTTTCGTTACAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATC
65 -TATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
63144 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTAT-GATCGCCCAAGCCTTTGA
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTTGA
** * *
63186 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTA
* * * * *** ** * *
63250 TA-TTTTTAATTAAAATAGAGTATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAATGTGAAGAAAATGCAATT
65 TATTTTTTGA-TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
63314 CATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCT-A
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGA
* * * * * *
63356 AAACGTTATCACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * ** * *
63421 CAGTTTTGGATCAAATATATAATAATTAAATGTCTGTCTCGGGAAACA-CAAGGAAAAAGCCATT
65 TATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATT
* * * * *
63485 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATGCCTTTCA
129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * *
63527 AAACCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAGTTGACTTTAAATTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTA
* * * * * * * **
63592 TA-TTTTTGATTAAAATATAGTA-AATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACGA-GATGCAAAAGTAA
65 TATTTTTTGA-TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCA
* *** * *
63653 TCCATTGGCGTGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTAAGCCTTTGA
127 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * * * *
63697 AAGCCTTATTACTCACTCTAAATGATTTTGTGATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AGATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGA-ATTTTTTT
* * * * * * * * * *
63761 ACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATT-AAGTGTTTGCCTTGTGAAACGTGAA-AAAAAGTCGT
64 ATATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * *
63824 TAATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACC
128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
63856 TATTGTAACA
Statistics
Matches: 1460, Mismatches: 351, Indels: 104
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 17 0.01
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172 42 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTAT
ATTTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
Found at i:62476 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 61823--63855 Score: 1573
Period size: 341 Copynumber: 6.0 Consensus size: 339
61813 NNNNNNNNNN
* * * * * *
61823 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGAGTTTAAGTTGAATTGTTTTC
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* ** * *
61888 TATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAA-CTCAT
65 TATTTTTGATTAAAACAGAGTAA-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGC-AAT
* * * * * *
61951 TCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGGCTTATTAGTCGCTTTAAA
127 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAA
* * * * * * * *
62015 TGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAATGAAATGTTTTTAGATTTTTTGATACAATATATTA
192 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATGTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTA
* * * * * * * * * *
62080 TAATTGAATGTTTACTTTGGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTA
256 TAATTAAATGTCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTA
62145 TAG-TCACCCAAGCCTTTAA
320 TAGATCACCCAAGCCTTTAA
* * **
62164 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAATTGAACATTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * *
62229 CATTTTTAATTAAAACAAAGTATAATTGAGTGTTTTCCTCAATAAACATGAAAAAATGTAATTCA
65 TATTTTTGATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCAATTCA
* * * * * *
62294 TTGGTTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTCATCACTCGCTTCAAATGA
130 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGA
* * * *
62359 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTATATTTTTTTAC-TATTTTAGATAAAACAGATTATA
195 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATGTTTTTACAT-TTTTAGATAAAATATATTATA
* * * *** * *
62423 ATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATTATTAATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATA
258 ATTAAATGTCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATA
* * *
62488 GTTC-CCTACGCCTTCT-A
322 GATCACCCAAGCCTT-TAA
** * * * *
62505 ACTCCTTATTGC-CGCTTTAAATGGTTTCATAAACTC-T-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA-TTTTTTT
* * * *
62567 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-AT
64 ATATTTTTGATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAA-GCAAT
* * * * * * * * * * * *
62631 TTATTGACAAGGAAAGTCCATTTGTACTCACCCATACCTTTGGAACCCTTATTAATTGCTTTAAA
127 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAA
* * * * * * *
62696 TGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTCACATTTAT-GATTAAAATATTTT
192 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAATGTTTTTACATTTTTAGA-TAAAATATATT
* * * * ** * ** *
62760 ATGATTGAATGTCTGTCATGGAAAACACAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTT
255 ATAATTAAATGTCTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTT
* *
62825 ATAGAT-ACTCAAG-CTTCTGA
319 ATAGATCACCCAAGCCTT-TAA
* ** * * *
62845 AAGCCTTATTATTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
62910 TACTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCAT-GAGAAACCT-AAAGAAAAGCCATT
65 TATTTTTGATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAA-AAAAGCAATT
* * * * * *
62973 CATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
128 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAT
* * * * *
63038 -AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTCGTTACAATATATTA
193 GA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATGTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTA
* * * * * * * *
63102 TAATTAAATGTCTACTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTA
256 TAATTAAATGTCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTA
* *
63167 T-GATCGCCCAAGCCTTTGA
320 TAGATCACCCAAGCCTTTAA
** * *
63186 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTA
* * * * * * * ** *
63250 TATTTTTAATTAAAATAGAGTATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAATGTGAAGAAAATGCAATTC
65 TATTTTTGATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGCAATTC
* * * * * * * *
63315 ATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAAACGTTATCACTCGCTTCAAATG
129 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATG
* * * * * * * *
63380 GTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGATCAAATATATAATA
194 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATGTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATA
* * * *
63445 ATTAAATGTCTGTCTCGGGAAACA-CAAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
258 ATTAAATGTCTGCCT-TGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTAT
* *
63509 AG-TCGCCCATGCCTTTCAA
321 AGATCACCCAAGCCTTT-AA
* * *
63528 AA-CCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAGTTGACTTTAAATTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTA
* * * * * ** * *
63592 TATTTTTGATTAAAATATAGT-AAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGA-GATGCAAAAGTAATC
65 TATTTTTGATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATGA-AAAAAAGCAATT
**** * * * * *
63655 CATTGGCGTGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC-TCTAAA
128 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTC-AAA
* * * * * * * **
63719 TGATTTTGTGATCTCATAATTGATTTTGAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTA
192 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATGTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTA
* * * * * * * *
63784 TAATTAAGTGTTTGCCTTGTGAAACGTGAA-AAAAAGTCGTTAATTAGTAAGAAAAGTCAATTTA
256 TAATTAAATGTCTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTA
63848 TAG-TCACC
320 TAGATCACC
63856 TATTGTAACA
Statistics
Matches: 1337, Mismatches: 308, Indels: 95
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.00
338 9 0.01
339 56 0.04
340 299 0.22
341 844 0.63
342 107 0.08
343 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTAT
ATTTTTGATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCAATTCAT
TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATGTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATT
AAATGTCTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGATC
ACCCAAGCCTTTAA
Found at i:63157 original size:681 final size:679
Alignment explanation
Indices: 61837--63851 Score: 1508
Period size: 681 Copynumber: 3.0 Consensus size: 679
61827 CTTATTACTT
* * * *
61837 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGAGTTTAAGTTGAATTGTTTTCTATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTCATAAACTTAT-A-TGAGTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * *
61902 ACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACTCATTCATTGATAAGAAAAG
64 ACAGATAATAATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAAG
* * ** * *
61967 TCCATTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGGCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 TCCATTATACTCACCCATACCTCCAAAACCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* * * * *
62032 AACTGATTTGAAATGAAATGTTTTTAGATTTTTTGATACAATATATTATAATTGAATGTTTACTT
194 AACTGATTTGAAATGAAATGTTTTCACATTTTATGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTA
* *** * * * *
62097 TGGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
259 TGGAAAACACAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
*
62162 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAATTGAACATTTT
324 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAAATGAACATTTT
* * * * * * * * *
62227 TACATTTTTAATTAAAACAAAGTATAATTGAGTGTTTTCCTCAATAAACATGAAAAAATGTAATT
389 TACACTTTTAATTAAAACAAAGTAAAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCAATT
** * * *
62292 CATTGGTTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTCATCACTCGCTTCAAAT
454 CATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTCATCACTCGCTTCAAAT
*
62357 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTATATTTTTTTACTATTTTAGATAAAACAGATTAT
519 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTATATGTTTTTACTATTTTAGATAAAACAGATTAT
* * * * ** * * *
62422 AATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATTATTAATTGGTAAGAAAAGTCAATTTAT
584 AATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATCAATTGGCAAGAAAAATCAATTTAT
62487 AGTTCCCTACGCCTTCTAACTCCTTATTGCC
649 AGTTCCCTACGCCTTCTAACTCCTTATTGCC
* *
62518 GCTTTAAATGGTTTCATAAACTCTAT-TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTCATAAACT-TATATGAGTTTAAGTTAAA-TTGTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * *
62582 ACAGATTAA-AATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGGAAA
64 ACAGA-TAATAATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAA
* **** * *
62646 GTCCATTTGTACTCACCCATACCTTTGGAACCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATATT
128 GTCCA-TTATACTCACCCATACCTCCAAAACCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
* * * * *
62711 ATAATTGATTTTAAGGTG-AATGTTTTCACA-TTTATGATTAAAATATTTTATGATTGAATGTCT
192 ATAACTGATTTGAA-ATGAAATGTTTTCACATTTTATGA-TAAAATATATTATAATTGAATGT-T
* * ** *
62774 GT-C-ATGGAAAACACAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTCA
254 -TACTATGGAAAACACAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCA
* * * **
62836 AG-CTTCTGAAAGCCTTATTA-TTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGA-TTTTAAGA
317 AGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAA-A
** * ** * * * *
62898 TGAATTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCAT-GAGAAACCT-AA
379 TGAACATTTTTACACTTTTAATTAAAACAAAGTAAAATTCAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAA
* * * ** * *
62961 AGAAAAGCCATTCATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
443 A-AAAAGCAATTCATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTCATCA
* * * * *
63026 CTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA-ATGTTTTTACTTTTTTCG
507 CTCGCTTCAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ATATGTTTTTACTATTTTAG
* * * * * * * * * *
63089 TTACAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
570 ATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATCAATTGGCAAG
* * * * ** *
63154 AAAAATCCATTTAT-GATCGCCCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTC
635 AAAAATCAATTTATAGTTC-CCTACGCCTTCT-AACTCCTTATTGC-C
** * * * * * **
63200 GCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTAATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTCATAAACTTAT-A-TGAGTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * ** * ** *
63264 ATAGAGT-ATAATTGAGTGTTTGCCTC-ATGAAATGTGAAG-AAAATGCAATTCATTGGTACGAA
64 ACAGA-TAATAATTCAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAACGC-ATTCATTGACAAGAA
* * * * * * * * *
63326 AAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAAA-CGTTATCACTCGCTTCAAATGGTTTTATAAT
126 AAGTCCA-TTATACTCACCCATACC-TCCAAAACCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * * *
63390 CTCATAACTAATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACAGTTTT-GGATCAAATATATAATAATTAAATG
189 ATCATAACTGATTTGAA-ATGAAATGTTTTCACA-TTTTATGATAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * *
63453 TCTGT-CT-CGGGAAACACAAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCC
252 T-T-TACTATGGAAAACACAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
63516 CATGCCTTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAGTTGA-CTTTAAA
315 CAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAAA
** * * * * * * * * *
63579 TTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATAGT-AAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGA-GA
379 -TGAACATTTTTACACTTTTAATTAAAACAAAGTAAAATTCAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATGA
** * * * * * ** *
63642 TGCAAAAGTAATCCATTGGCGT--GAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTA
442 -AAAAAAGCAATTCATT--CATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTCA
* * * * * * * *
63705 TTACTCAC-TCTAAATGATTTTGTGATCTCATAATTGATTTTGAGTTAGATTTTTTTAC-ATTTT
504 TCACTCGCTTC-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTATATGTTTTTACTA-TTT
* * * * * * * ** * * *
63768 TGGTTAAAACAGCTTATAATTAAGTGTTTGCCTT-GTGAAACGTGAA-AAAAAGTCGTTAATTAG
567 TAGATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAACCATCAATTGG
* *
63831 TAAGAAAAGTCAATTTATAGT
631 CAAGAAAAATCAATTTATAGT
63852 CACCTATTGT
Statistics
Matches: 1055, Mismatches: 233, Indels: 91
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
679 13 0.01
680 103 0.10
681 478 0.45
682 426 0.40
683 17 0.02
684 18 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (679 bp):
GCTTTAAATGGTTTCATAAACTTATATGAGTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
AGATAATAATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
CATTATACTCACCCATACCTCCAAAACCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAA
CTGATTTGAAATGAAATGTTTTCACATTTTATGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTATG
GAAAACACAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAAATGAACATTTTTA
CACTTTTAATTAAAACAAAGTAAAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCAATTCA
TTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTCATCACTCGCTTCAAATGA
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTATATGTTTTTACTATTTTAGATAAAACAGATTATAA
TTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATCAATTGGCAAGAAAAATCAATTTATAG
TTCCCTACGCCTTCTAACTCCTTATTGCC
Found at i:73401 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 72896--73572 Score: 702
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
72886 NNNNNCAATT
* * *
72896 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCCTCCCAATAAAT
* *
72961 GACTTTTCTTCACATTTCCTAAAGTATACATTCAATTATAACATATTTTAATCACAAAAGTAAAA
66 GACTTTTCATCACATTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCACAAAAGTAAAA
* *
73026 AAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGGTTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCAAA
131 AAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGCTTCCAAA
* * *
73091 A-GTATGGGTAACTACAAACA-GACTTTTT-TTGACAATGAATGGCTTTGGCATTACATTTCTCA
195 AGGCATAGGTAACTACAAA-ATGAATTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTGGCATTACATTTCTCA
*
73153 AGGTAAACATTGAATTTTAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATT-GACTTAAAATCAAT
259 AGGTAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCGACTGAAAATCAAT
*
73216 AATGAGATTA
323 AACGAGATTA
** *
73226 TNNNNNNNNNNAAAGCGAGGAATAAGGC-TTTGAAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCC
1 T----------AAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCC
* ** * * *
73290 TGCCAATAAATGACTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATC
55 TCCCAATAAATGAC-TTTTCATCACATTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAATC
* ********** *
73355 A-AAAATGTAAAAACATTCAACTTNNNNNNNNNNATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
119 ACAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * ** ** *
73419 TAAGCTTTCAAAAGGCATAGGTGACTATAAAATGAATTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTT
183 TAAGCTTCCAAAAGGCATAGGTAACTACAAAATGAATTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTGGCAT
** ** * * * * *
73484 TATGTTTCTTGAGGTAGACTTTGAATTTTAATCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAACAATTCTACT
248 TACATTTCTCAAGGTAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCGACT
*
73549 GAAAATCAATTACGAGATTA
313 GAAAATCAATAACGAGATTA
73569 TAAA
1 TAAA
73573 ACTATTTAAA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 51, Indels: 33
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
333 3 0.01
339 7 0.03
340 68 0.24
341 109 0.39
342 66 0.24
343 24 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
TAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCCTCCCAATAAAT
GACTTTTCATCACATTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAATCACAAAAGTAAAA
AAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTCCAAAA
GGCATAGGTAACTACAAAATGAATTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTGGCATTACATTTCTCAAG
GTAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCGACTGAAAATCAATAAC
GAGATTA
Found at i:75524 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 75209--76329 Score: 657
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
75199 GGTATTATAT
* * *
75209 AAACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTAT-ATATATTTT-ACTAAAAATGTAAAACAA-ATCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
75273 AGATTGTAAAACCATTTGAAGT-GAGTAACAAAGCTTTTATAAGCTT-GAGTGACTATAAATGAA
63 AGATTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-TTAGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
75336 TATTTCTTACTAATGGAT-GCTTTTTGCTTCATATTTCCTAAGGC
127 TATTTTTTACCAATGGATAGC-TTTTGCATCATGTTTCCTAA-GC
* * * *
75380 ATACATTCAATTATGATATATTGTACCTAAAACTGTAAAAACAAAACAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTAT-ATATATTTTA-CTAAAAATGT-AAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
75445 AGATTAT-AAACCACTTCAAGTAG-GTAATAAGGCTTTCAAAAGTTAGGGTGACTGTAAATGGAT
63 AGATTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTTAGGGTGACTATAAATGGAT
* * * * *
75508 TTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTACATCACGTTTCTTGAAGC
128 ATTTTTTACCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAGC
* * * *
75551 AAACATTCAATCATACTATATTTTATCAAAAAATATAAAA-AAATCAACTTAAAATGAATTATGA
1 AAACATTCAATTATA-TATATTTTA-CTAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * *
75615 GATTATAAAA-GAATTCAA-AATGAGTAATAATGATTTTGAAAG-CATGGGTGACTACAAATAGA
64 GATTATAAAACCATTTCAAGTA-GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTTA-GGGTGACTATAAATGGA
* * *
75677 -CTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCCAAAGC
127 TATTTTTTACCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTT-CCTAAGC
* * *
75720 AGACATTCAATTATAATATATTTTTA-TAAAAAATGTAAAACAATTCGACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTAT-ATATA-TTTTACT-AAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * * *
75784 AGATTATAAAAGCATTTAAAGCA-CGTAATAAGGCTTTTGAAAG-CATGGGTAAATATATAT-TA
63 AGATTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTTA-GGGTGACTATAAATGGA
* *
75846 -ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTCTTT-CATCATGTTT-CTCAAG-
127 TA-TTTT-TTACCAATGGATAGCT-TTTGCATCATGTTTCCT-AAGC
* * * *
75889 ATAGACATTGAATTATAATATATTTTAATCAAAAATG-CAAACACATTCAACTTAAAATCAATTA
1 A-A-ACATTCAATTAT-ATATATTTTACT-AAAAATGTAAAACA-AATCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * **
75953 TAAGATTATAAAACCTTTTTAAGCA-AGTAATAAGCCTTCT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATG
61 TGAGATTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTTA-GGGTGACTATAAATG
* * * * * * * * * *
76016 GACT-TTTCTTACTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
125 GA-TATTTTTTACCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAGC
* * * * * * * * * * *
76062 ACACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-ATATTATACTGAAAATCAGTTATG
1 AAACATTCAATTAT-ATATATTTT-ACTAAAAATGTAAAACAAATCA-ACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** * *
76126 AGATTATGAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGCGACTATAAATAGA
63 AGATTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTTA-GGGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * *
76189 -CTTTCTTGTCAATAGATGGCCTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGC
127 TATTTTTTACCAATGGATAG-CTTTTGCATCATGTTTCCTAA-GC
* * * * *
76232 AAACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTAA-TTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTAT-ATATATTTT-ACTAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
76295 GATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTT
64 GATTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTT
76330 GGGAATGCAT
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 144, Indels: 88
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 44 0.06
169 103 0.13
170 200 0.26
171 364 0.48
172 49 0.06
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAACATTCAATTATATATATTTTACTAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTCAAGTAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTTAGGGTGACTATAAATGGATATT
TTTTACCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAGC
Found at i:77678 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 77392--89354 Score: 3919
Period size: 171 Copynumber: 69.5 Consensus size: 171
77382 GTTGTTACAG
* * * **
77392 CAATGGATGGCTTTGGCTTCATACTTCCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTA-CCTA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTATCC-A
* * * * *
77455 AAAATCTTTAAGAAAA-TCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGAAA
64 AAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
77519 TAAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGC
127 TAAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
77564 CAATGGATGGTTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCATACATTCAATTATACTATACTTTATCCAAA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAAA
* * * *
77629 GATGTAAAAAAATTCGATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAG
66 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
77694 GCTTTGGAAA-GC-A---T-ACCATAAATGGACTTTTCTTGT
131 GCTTT-TAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
77730 GAATGAATAGTATTTT-CTTCATGTTT-TTCAAGGAAAACACTCAATTATACTCTATTTTAAT-C
1 CAATGAATGGT-TTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * * * *
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63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * **
77857 AAGGCTATCAAAGGCTTGGGTGACTACAAATCTACTTTTCTTGC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** * * * *
77901 CAATGGATGGCTTTTGCATCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAGCC-AA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAAA
* * * ****
77965 AATGT--AAAAATTTAA-TCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTANNNN
66 AATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
****** * *
78027 NNNNNNTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
130 GGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** * * * * * *
78069 CAATGGATGGTTTTTACATCACATTTTCTGAAGTAGACATTCAATCA-ACATATATTGTA-ACTA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATA-ATATATTTTATCCAA
* * * * * **
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65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * **********
78196 ACGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGNNNNNNNNNNGC
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* * * * * * * *
78239 CAATGAATGGCTTTTT-CTTCAAGTTT-CTCAAGCTAGATATTGAAGTCTAATCTGTTTTCA-CC
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
********** * * *
78301 AAAAATGTAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNNTTTTGAGATTATAAAACTATTT-AAGCGAGAAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
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128 AAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * *
78409 TAATGAATGGCTTCTT-CTTCAAGTTT-CTCAAGTTAGGCATTGAATTTTAATTTGTTTCAACCA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * * * *
78472 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATAATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ***********
78537 AGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATANNNNNNNNNNGC
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
78580 CAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT-C-A
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCAA
* * * ********** *
78643 AAATGTAAAAGAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTGTAANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
78708 GGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATATATGGACTTTTCTTAC
130 GGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * ** ** * * * *
78750 CAAT-AGATGCCTTTGGCTTCATAATTCCCGAGGCATACATTCAATTATAATATATTGTA-CCTA
1 CAATGA-ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCC-A
* **********
78813 AAAATGTAAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAAT
64 AAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
78878 AAGGCTTTCAAAGGTTAGGGTGA-TAGTAAATGGACTTTTCTTAC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** * * * *
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1 CAATGAATGGTTTTTGCT-TCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* ** *
78986 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGAATTTAAAACGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * *
79051 GGCTTTTGAAAGTATA-GGCGACTACAAATAGACTTTTCTTGC
130 GGCTTTT-AAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * **
79093 CAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAACCAGACATTCAATTATAATATAGTTTTAT-CAA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATA-TTTTATCCAA
* * *
79157 AAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
79222 GGCTTTTAAAAG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGC
130 GGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
79264 CAATGAATGATTTTTTCATCATATTTCCTAAGGTAGACATTGAATTATAATATATTATAAT--AA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATT-TTATCCAA
* * * * *
79327 AGAATGTAAAAACAA-TCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGCAAT
65 A-AATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * *
79391 AAGCCTCCTAAAGGC-ATGGATGGCTATAAATGGACTTTTATTAC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
79435 GAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCGTGAGGTAGACATTGAAATT-TAATCTATGTTAACTA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATT-CAATTATAATATATTTTATCCA
* * * ** * * * *
79498 AAAATATAAAAACACTCTTCTAAAAATCAGTTATGAGATTATGAAACCATTTAAAG-GAAATAAT
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAAT
**
79562 AAGGCTTTGGAAGGCATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
128 AAGGCTTTTAAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
79606 CAATGGATGGCTTTTTG-TTTATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATACTCTGTTTTAAT-CA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCA
* * * * * *
79669 AAAATGTAAAACATTTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * **
79734 AGGCTATCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATCTACTTTTCTTGC
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * ** * * * * *
79777 CAATGGCTAGCATTTGCATCATGTTTTCTAAAGTAGACATT-AATTATAATATATTGTAACAAAA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAAA
* * **********
79841 AATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
66 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * **
79906 G-TTTTCAGAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAA
131 GCTTTT-AAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * *
79947 CAAT-AGATGGCTTTTGCACCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTATAGCCAA
1 CAATGA-ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* * * * * ** *
80011 AAATATAAAAAAAATT-TACTTCAAATTAATTATGAGATTATACAATGATTTAAAGTGAGTAATA
65 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
80075 AAGC-TTTCAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACTTTT-TTAC
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
80116 TAATGGATGGCTTTCG-TATCACGTTTCCTGAAA-TAAACATTCAATTA-ACATATACTGTAACA
1 CAATGAATGGTTTTTGCT-TCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATA-ATATATTTTATCC
* * * * ********** * *
80178 AAAAATATGAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAACGAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
80243 AAGG-TTTTCAAAAGCTTA-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
128 AAGGCTTTT-AAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * * *
80287 CAATGAACGGCTTTTT-CTTCAACTTT-CTCAAGCTAGACATTGAATT-T-TTATCAGTTTTAAT
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATAT-A-TTTT-AT
* * *
80348 -CAAAAATGTAAAAACAA-TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGA
61 CCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * ** **
80411 AATAAGACTTTCAAAGGCTTCGGTGACTATAAATACACTTTTCTTGC
125 AATAAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** ** * * * *
80458 CAATGAATGAGTTTTT-CTTCAGGTTT-CTCGATCTAGGTATT-AAATATTAATCTGTTTTAACC
1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTA-TAATATATTTTATCC
* * * * * * * *
80520 AAAACTGTGAAATAATGCAACTTAAGATCAATAATGAGATAATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
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128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * *
80629 CAATGAATGACTTTTT-CATAATTTTTCC-CATGACAAACATTCAATTACAATATATTTAAAT-A
1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTT-TATCC
* * * * * * *
80691 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAGTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * *
80756 AAGGCTTCCAAATGCATA-GGTAACTACAAATGGACTTTTCTTGT
128 AAGGCTTTTAAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
80800 CAATGAATGGCTTTTT-TTATC-TGTTT-CTCAAGGTAGACATTGAATTTTCATCTGTTTTAACT
1 CAATGAATGG-TTTTTGCT-TCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCC
* * * * * * **
80862 AAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTCTAAAACTATTTAAAGCAAACAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
80927 AAGGC-TTTAGAAGGC-ATCGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGC
128 AAGGCTTTTA-AAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** ** ** * * * * * * * *
80971 CAATGAATTGCATTCCCTTCACATTT-CTCAAGGCAAACACTCAATTATACTCTGTTTTAAT-TA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCA
* * *
81034 AAAATATAAAAAAA-ACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-GAAGTAAT
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAAT
* * * * *
81097 AAGGCTTTTAAAAGTTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * * *
81141 TAATGAATAGCTTTTT-CTTTAGGTTTCTTGAGGTAGATATTGAATTTTAATCTGTTTTAACCAA
1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* * * * **
81205 AAAT-TAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATAATGA-ACTTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAAT
65 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
81268 AAGGC-TTTAGAAGGCATA-GGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTGT
128 AAGGCTTTTA-AAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
81312 GAATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCT-ATGATAGACATTCAATTACAATATATTTTGAT-C
1 CAATGAATGGT-TTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * * **
81374 AAGAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTAGT-AAACCATTTAAAGTAAG-AA
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * *
81436 TAAGGCTTCCAAAGGC-ATGGATGATTACAAATGGACTTTTCTTGC
127 TAAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
81481 CAATGAATAGCTTTCT-CTTCATGTTT-CTCAAGGTAGAAACTGAATTTTAATATGTTTTAAT-T
1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
** * ** *
81543 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGGTGAGATTATAAAACTATTTAAATAGAGCAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
81608 AAGTCTTTGAAA-GATATGGGTGACTATAAATTGAC-TTTCTTAC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
81651 CTATTGAA-GGCTTTTT-TTTCACGTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTGTAATCTGTTTTAAT-C
1 C-AATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * **********
81713 AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
81778 AAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTGC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * * * ** * *
81822 CAAT-AGATGACTTTTGCATCATATTTCC-AGAAGTAGACATTCAATTACAATATATTGAAGCAA
1 CAATGA-ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCA
** * * *
81885 AAAATGT-AAGGAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** * *
81949 TGGCCTTCAAAGGCTTTGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTAC
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* **** * * * * * ********
81992 CAATGGATTACCTTTACATCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTNNNNNNNNN
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATT-TTATCCAA
* * * * * **
82057 NAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTCTAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
82122 GGCTTTGAAA-GATATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
130 GGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
82164 CAATGAATGGCATTTT-CTTCATGTTTTCTAAGGTAGGCATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
** ** * ********** *
82228 AAGCGTAAAAACCTTCAACTTAAAATTAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTGAAGCGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
82293 GGCTTTAAAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
130 GGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * * * * * * * * *
82335 CAAGGAATCATATTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAACACTCAATTATACTCTGTTTTAAT-TA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCA
* * * * **
82398 AAGATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCACATAAAGCGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
82463 AGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTAC
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * *
82506 CAATGAATGGCTTTTT-CCTCACG-TTCCTTGAGGTAGAGACTGAATTTTAATATGTTTGAACTA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCC-TAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * * * * * * * *
82569 AAAATATAAAAAAACTCAAGTTAAAATCAATAACGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGCAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
*** *
82634 AGGC-TTTAGAAGGC-ATGGGTGACTATAAGTTAAACACTAAAAATATAAAACAATT--
129 AGGCTTTTA-AAGGCTA-GGGTGACTATAA---ATGGACT-----T-T---TC--TTGC
* * * * * * *
82689 CAATCAAACT-ATTTTTGCTAATTAATGACCTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAAACACTCAACT
1 CAAT-GAA-TGGTTTTTGC---TTCATG------T-TT--C-----CTAAAGTAGACATTCAATT
* * * * * * * * ********** *
82753 AGAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATNNNNNNNNNNAACT
47 ATAATATATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * **
82818 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAATG-TATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTCAC
112 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** * *
82878 CAAAGAATGACTTTTT-TTTCATGTTT-CTCGA-TATACATATGTAA--ATAATATATTTTAAT-
1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACAT-T-CAATTATAATATATTTT-ATC
** ** * * *
82937 CAAAAATACAAATTAATTTAACTTAAAATTAATTAT-ACGATTA-AAGAACCATTTAAAGCAAGT
62 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAA-AACCATTTAAAGCGAGT
** * * * * *
83000 AATAAGGCTTCCAAAGGC-ATGGGTGATTACAAATGGACTTTTGTGGT
125 AATAAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * *
83047 CAATGAATGGTTTTTTCCTCATATTT-CTCAAGGTAGACATTGAGTTTTAATCTGTTTTAACTAA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* * *
83111 AAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAA-TAGCGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
65 AAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** * **
83175 AAGGCTTTGAAAGAC-ATGGGTGATTATAAATTAACTTTTTTTAT
128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** * * * * * *
83219 CAATTAATAGCTTTTT-CTTCATGTTT-CTCATGGAAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAAT-G
1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * * *
83281 AAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAATC-AGTAA
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAA
* * * ** * * **
83345 TAAGGCCTTCAAAGACTTTGGTGACGATAAAGGGACTTTTCTCAC
127 TAAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
83390 CAATGGATTGCTTTTGCAATTC--GTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAACTA
1 CAATGAATGGTTTTTGC--TTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * * * * *
83453 AAACTGTAAAAAAGTTCAA-TGTAAATTCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * * * *
83517 AACTCTTTGAAAGAC-ATGAGT-AATCGTAAATAGCCTTTTCGTGC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
83561 CAATAAATGACTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGCAGGCATTTAATTATAATATATCTTATTCAA
1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* * * * * * *
83625 AATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATCAAACTATTTGAAGCGAGTAATAT
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * *
83690 GGCTTTGGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTAC
130 GGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* *** * * * * * * * * * ** *
83732 TAATGAATCACATTTT-CTTCATGTTTCTTGATGCAAACACTCAATTATACTCTGGTTGAAT-AA
1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTATCCA
* * * * *
83795 AAAATG-AAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * ** *
83859 AGGCTTTAAAAAGCTTGAGTGACTATAAATCTACTTTTCTTGT
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
83902 CAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAACC-AA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAAA
* * * ** * * *
83966 AATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATATAATGATTAAAAGTGAATAATAAG
66 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
84031 GCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC
131 GCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
84072 TAATGGATGGCTTTTGCGTCAAGTTTCCTTCAA-TAGACATTCAATTA-ACATATATTGTAACCA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCC-TAAAGTAGACATTCAATTATA-ATATATTTTATCCA
* * ********** *
84135 AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
84200 AGGCTTTCAGAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
129 AGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
84243 CAATGAATAGCTTTTT-CTTCAAGTTT-CTCAAGCTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACCA
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* * * * * *
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* * * * * **
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** * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * * **
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129 AGGCTTTT-AAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * *
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1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTC-AATTATAATATATTTTATCCA
* * * * * *
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64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * * *
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129 AGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGC
*** *** * * * * * * *
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1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTT-TATC
* * * ** *
84986 AAAAAATATAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTAT--G--TA-AAAA-CA-AAAAAGAC-ATTG
62 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGT-
* * * * *** * * *** **
85042 AATTTTAA-TCTATTTTAA-CCAAAAATG--TAAAAAT--AATTCAATTTA
125 AA---TAAGGCT-TTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** ** **** ** * **
85087 AAAGGAAT--AATGAGCTT-ATAAAACCATTTAAAG-AGGGTAAT-AAGGCTT-TAA-A-A-GGT
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCC---TAAAGTA-GACATTCAA---TTATAATATATTTT
***** * * * * ** * * * **** **** **
85143 ATAGGTGACTATAAAAGGAGTT-TTCTTACTAATGAATGACTTCTTCTTCATGTTTCCCATGGCA
59 ATCCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA-AAATCAATTA--TGAGATT-AT-AAAACCAT-TTA
* *** ** * * ** * * ** * ****
85207 AA-CG-TTCAATTACAATATATTTTGA-TCAAGAATGTA-AAAAAATAAAACATAAAAT--
117 AAGCGAGT-AA-TA-AGGCT-TTTAAAGGCTAGGGTG-ACTATAAAT-GGACTTTTCTTGC
* * * * ***** ** * * * * ** *** *
85262 CAATTATAAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCAAAAATAAGGCTTTCAA--A-GGTATGGGTCA-C
1 CAATGA-ATGGTTTTTGCTTCATGTT--TCCTAAAGT-AGACATTCAATTATAATATATTTTATC
*** * ****** * * ** *** * *
85322 TGGAAATGGACTTTTGTTGTCAA-TGAATAGCTTTCTTTTTATGTTTCTTGAGGTCAACACTGAA
62 CAAAAATGTA-AAAAAAT-TCAACTTAA-A---ATC-AATTATG-AGATT-A--T-AAAAC--CA
* * * * * ** *** *** *
85386 TTTTAATCTATTTTAACAA-AATATGTTAAAAAATTCAACTTGA-AATTAATAGTGAGA-TTCTA
113 TTTAAAGCGA--GTAATAAGGCT-T-TT-AAAGGCT-AGGGTGACTA-TAA-A-TG-GACTT-T-
*
85448 AAACCATTTAAAGC
166 ---TC--TT---GC
** * ** * ** * * ***
85462 GAGCAAT-AA-GACTTTGGAAGGT-ATGGGTGACTATAAATTGAC-TTTTCTTATCAAATAATAG
1 ---CAATGAATGGTTTTTG--CTTCAT-GTTTCCTA-AAGTAGACATTCAATTAT--AAT-ATA-
*** ** * * * ** * * *
85523 CTTTT-TCTTTAGGTTTCCCAAGGAAAACACTCAA-TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
55 -TTTTATCCAAAAATGT---AA--AAAA-ATTCAACTTAAAATC--AATT-A-T-GAGAT-TATA
* * * * * * * * ** **** * *
85586 AGAATTCAACTTAAAATC-AATTATGA-GATTATAAAACCATATAAAG-CAAGTAATAAGG-CTT
107 A-AA--CCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TAGGGTGACTA-TAA-ATGGACTT
* *
85647 TCAAAGGCTTTGGTGA
165 T-------TCT--TGC
* * * * * * * ** *
85663 CTATAAAGGGACTTTT-CTTGTCAATGGATTCCTTTTGCATCATATTTCCTGAAGCAAACATTTA
1 CAATGAATGG-TTTTTGC-T-TC-AT-GTTTCC---T--A--A-A-GT--AG-A-CATTCAATT-
* * * * * * *
85727 ATTATAATATATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGGGATCATAA
47 ATAAT-ATAT-TTTAT-CCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ******
85791 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GATATGGGTGACTATAAATTGACTTTNNNNNN
108 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
**** * *
85855 NNNNGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGTA-AGCATTCAATTATAATATATTTTATCCA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * ********** * *
85918 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
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129 AGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGC
** ** * * * * * * * *
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1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * * *
86089 -AAGATGTAAAAAAA-TCTAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
63 AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * *** * * *
86152 TAAGGCTTCGAAAGACTTCAGTGACTACAAATGGACTTTTTTTAC
127 TAAGGCTTTTAAAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * * * * * * * * * *
86197 CAATGAATGGCTTTTT-CCCCAAGTTTCTTAAGGAAAACACTGAATTTTAATATTTTTTAACCAA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* ** * * *
86261 AAATATAAAACCATTCAACTCAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATG
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
** * ** *
86325 AA-GCTTTGGAAGG-TATGGGTTACTATAAATTAAATTTTCTTG-
128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
86367 CATATTAATAGCTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACACTCAATTAT-ATTTCATTTTAAT-
1 CA-ATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTT-ATC
* * *
86429 CAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
62 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
86494 TAAGGC-TTTCAAGGCTTA-GGTCACTATAAAGGGACTTTTCTTGC
127 TAAGGCTTTTAAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * * * *
86538 CAATTGATTGCCTTTT-CTTCACGATTCCTAAAGTGGACATTTAATTATAATATATTTTAAT-CA
1 CAA-TGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCA
* * * * * **
86601 AAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAGTCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * *
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* * * * * * *
86709 TAATGAATGACTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGCA-AGCATTTAATTATAATATATTTGATCCA
1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * * * *
86772 AAAGTG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAATAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * *
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129 AGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
**** * * * * * * * *
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1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATAT-TTTATCCA
* * * * *
86939 AAGATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * *
87004 AGGCTTTCGAGGGCTTAGGG-GACTACAAATGGACTTTTCTTAC
129 AGGCTTTTAAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * * * * * * * * * *
87047 CATTGAATGGCTTTTCCCTT-AAGTTTCTTAAGGAAGATACTGAATTTTAATATGTTTTAACCAA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* * * **
87111 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAACAATA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * *
87175 AGGCTTTGGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTGC
129 AGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
87218 CAATTAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCT-AGGGACAACACTCAATTAT-ATACTATTTTAAT-
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTA-GACATTCAATTATAATA-TATTTT-ATC
* * ** * *
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62 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
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* * * * *** * * * *
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1 CAATGAATGGTTTTTGCT-TCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
** * * * * * *
87453 AAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAC
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
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130 GGCTTTTA-AAGGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * * *
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1 CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * *
87623 AAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTGAAGCGAGTAATA
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* ** * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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64 AAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * **
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128 AAGGCTTTTAAA-GGCTAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
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1 CAATGAAT-G-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTATCC
** * * * **
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63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** ** * * *
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* * * * * *
88073 CAATTAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTACC-AAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAAT-C
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * *
88135 AAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * *
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128 AAGGCTTTTAAAGGCTAGGGT-GACTATAAATG-GACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
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1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAAA
* * * * * * *
88309 AATATAAAAAAATTCAACTTACAGTCAATTATGAGATTTTAAAGCTATTTCAAGCGAGTAATAAG
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* * *
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* * * * *
88415 CAATGAATGGCTTTTT-CTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAATTTATCCAA
1 CAATGAATGG-TTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCAA
* * * *
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* ** *
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130 GGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GC
* * * * * * * *
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1 CAATGAATGGT-TTTTGCTTCATGTTTCCTA-AAGTAGACA-TTCAATTATAATATATTTT-ATC
* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTATCCAA
* * * * *
88816 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATAATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * **
88881 GAC-TTTAAAAG-TAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAC
130 GGCTTTTAAAGGCT-A-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
88923 TAATGAATGACTTTTT-CTTCATGTTT--TTATGATAGACATTCAATTACAATATATTTTAAT-A
1 CAATGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCC
* * * * *
88984 AAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACCACTGAAAGCAAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * *
89048 AAGGATTCCAAATG-TATAGGTGACTACAAATGGACTTTT-TTTC
128 AAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * *
89091 TCAATGAATAGCTTTTT-TTTCATGTTTCTTGAGGTAGACACTAAATTTTAATCTGTCTTA-ACA
1 -CAATGAAT-GGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCCA
* * * * **
89154 AAACATATAATAAAACTCAACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAACAATTTAAAGAAAGTAA
64 AAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ***
89218 TAAGGCTTTCAAAGGC-ATGGCTGGCTATAAGTGGACTTTTCTCAT
127 TAAGGCTTTTAAAGGCTA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * * * * * * * *
89263 CAATGAATGACTTTTCCATCACGTTTCC-CATGACAAACTTTCAATTA-AATATATTTTAAT-CA
1 CAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCA
*
89325 AAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
89355 ATATNNNNNN
Statistics
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AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
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Found at i:84458 original size:341 final size:330
Alignment explanation
Indices: 83843--84520 Score: 688
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 330
83833 TACAAAACCA
* ** * *
83843 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAAAGCTTGAGTGACTATAAATCTACTTTTCTTGTCAATGG
1 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
* *
83908 ATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAATGTAA
66 ATAGCTTTTGCATCAAGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAATGTAA
* * * * * *
83973 AAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATATAATGATTAAAAGTGAATAATAAGGCTTTTA
131 AAGAATTCAACCTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAATCATTAAAAGAGAATAATAAGGCTTTAA
* ** * * *
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* * * *
84103 AATAGACATTCAATTAACATATATTGTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTA
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*
84168 TGAGAT
325 TAAGAT
* * * *
84174 NNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
1 ----------TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * *
84239 TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTT-CTCAAGCTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAA
56 TTGCCAATGAATAGCTTTTGCATCAAGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTGTAA
* * *
84303 CCAAAAATGTAAAA-AATTCAA-CTCAAAAGCAATAATGAGCTTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
120 CC-AAAATGTAAAAGAATTCAACCT-AAAAGCAATAATGAGATTATAAAATCATTAAAAGAGAAT
84366 AATAAGGCTTTAAAAGGCATT-GGTGACTATAAAAGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTTCTT-
183 AATAAGGCTTTAAAAGGC-TTGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTT-TTG
* * * * ** *
84429 CTTCATA-TTTCC-C-ATGGCAAACTTTCAATTAAAATATATTTTGATGAAGAATATAAAAAAAT
246 CGTCA-AGTTTCCTCAAT---AAACATTCAATTAAAATATATTGTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* *
84491 TCAACTTAAAATCGATTATAAGAT
307 TCAACCTAAAATCAATTATAAGAT
*
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1 TTTAAA
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TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTAAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATAGCTTTTGCATCAAGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAATGTAA
AAGAATTCAACCTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAATCATTAAAAGAGAATAATAAGGCTTTAA
AAGGCTTGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTTTTGCGTCAAGTTTCCTCA
ATAAACATTCAATTAAAATATATTGTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
AAGAT
Found at i:91067 original size:172 final size:169
Alignment explanation
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90589 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * * ** * *
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**
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* * * * *
90770 TATAATGTCATAATTGGTTTT-ACTTAAATTTTTTGACATTTTTTGTTAAAAAAATTATATTTAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAAAATTATATTTGA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAAAAATTATATTTG
*
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64 AATGTCTACTTCGG-AAACGTGATAAAAAAAGCCATTCCTAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* *
91069 ACCCATAC-TTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGCTTT
128 ACCCATACATTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
91111 TATAATCTCATAATAGATTTTAAGTCAAA-TTTTTT--A------TTAAAATATATTATAATTAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAA-AAATTATATTTGA
* * * ** * * * *
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65 ATGTCTACTTC-GGAAACGTGATAAAAAAAGCCATTCCTAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * *
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** * * ** * * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAA-AAATTATATTTG
* ** * * ** * * * ** *
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64 AATGTC--TACTTCGGAAACGTGATAAAAAAAGCCATTCC-TAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* * * *********
91399 TCA-CCTTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNN
126 TCACCCATA-CATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
91443 NATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AATTGTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAA-AAATTATATTT
* * * * * * *
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* ** * * * *
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124 AGTCACCCATA-CATTTAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
91614 TACAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATATTTTTACATTTTTGTGTAAATAGATAATATTTAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT-TAAAAAAATTATATTTGA
* * * * ** ** * * * *
91679 ATATTTACCTCGAGAAACGTGAAGAGAAAAAAATCATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGT
65 ATGTCTACTTCG-GAAACGTG-ATA-AAAAAAGCCATTCCTAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* * ** * * *
91744 CACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCACTTTAACT-GATT
127 CACCCATACATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
91786 TATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTCGTTAAAACAGATAATATTTAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAA-AAATTATATTTGA
* ** * * * ** *
91851 ATGTTTATCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCTATTCATTAGTG--AGAAAAGCCCTTTTATAGT
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** * *
91913 CACCCATA-ACTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGT
127 CACCCATACA-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** * *
91956 TATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAATAGATAATATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA--TTTTTGTTAAAA-AAATTATATTT
* * * * * * * *
92021 -AATTGTTTATCTT-GAGAAACATGA-AGAAAAAGCTATTCATTA-GCAAGAAAGGTCCATTTGT
63 GAA-TGTCTA-CTTCG-GAAACGTGATAAAAAAAGCCATTC-CTAGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * * *
92082 AGTCACTCATGCTTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
124 AGTCACCCATACATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
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1 TATAAT
92134 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTCTACTTCGGAAACGTGATAAAAAAAGCCATTCCTAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
CATACATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:91261 original size:160 final size:161
Alignment explanation
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90976 ACATTTTTGC
* * * * *
90986 TTAAAAAAATTATATTTGAATGTCTACTTCGGAAAACGTGATAAAAAAAGCCATTCCTAGGCAAG
1 TTAAAAAAATTATAATTAAATGTCTACTTCAGAAAACGTAATAAAAAAAGCCATTCATAGGCAAG
*
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131 TCTCATAATAGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* * ** * *
91147 TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTCAGAAAACGTAAT-GCAAAAGCCATTCATTGGTAA
1 TTAAAA-AAATTATAATTAAATGTCTACTTCAGAAAACGTAATAAAAAAAGCCATTCATAGGCAA
* * * * *
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65 GAAAGGTTCATTTATAGTCACCCAT-ACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTAT
91274 AATCTCATAAT
129 AATCTCATAAT
91285 TGGCTTAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAAAAAATTATAATTAAATGTCTACTTCAGAAAACGTAATAAAAAAAGCCATTCATAGGCAAG
AAAGGTTCATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAA
TCTCATAATAGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
Found at i:91420 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 90807--91433 Score: 703
Period size: 332 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
90797 ATTTTTTGAC
* * * * *
90807 ATTTTTTGTTAAAAAAATTATATTTAAATGTTTACCTCAGGAAGCGTAAAGAAAAAGCCATTCAT
1 ATTTTTTATTAAAAAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAT
* *
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* * * * * * * * *
90937 TTTATAATCTCATTATTGATTTCAAGTTAAATATTTTTTACATTTTTGCTTAAAAAAATTATATT
131 TTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTCAAAAAGTTTTTACATTTTTGCATAAAAAAAGTATAAT
* * * * * * *
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196 TGAATATCTACTTAGGAAAACATGATAAAAAAAGCCATTCCTAGGCAAGAAAAGTCCATTTACAA
*
91067 TCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATAGATTTT
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326 AAGTCAA
* * * * *
91139 ATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTCAGAAAACGTAATGCAAAAGCCATTCA
1 ATTTTTTATTAAAA-AAATTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
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** * *
91267 TTTTTATAATCTCATAATTGGCTTAAAGTCAAAAAGTTTTTACATTTTTG-ATAAAATATAGTAT
129 GATTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTCAAAAAGTTTTTACATTTTTGCATAAAA-AAAGTAT
** ** * *
91331 AATTGAATATCTGTTTTTAGG-AAACATGAT-GCAAAAGCCA-TCCATTGGCACGAAAAGTCCAT
193 AATTGAATATC--TACTTAGGAAAACATGATAAAAAAAGCCATTCC-TAGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
91393 TTGCAATCA-CCTTAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTT
255 TTACAATCACCCATA--CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
91434 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (332 bp):
ATTTTTTATTAAAAAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAT
TGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCATTTTAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGA
TTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTCAAAAAGTTTTTACATTTTTGCATAAAAAAAGTATAAT
TGAATATCTACTTAGGAAAACATGATAAAAAAAGCCATTCCTAGGCAAGAAAAGTCCATTTACAA
TCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATAGATTTT
AAGTCAA
Found at i:94283 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 94237--94320 Score: 96
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94227 AAGTTACGCC
* *** *
94237 TAATTCATTAAATTATTTAATTAAGTCATTAGGTA
1 TAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTCATTAGGCA
* *
94272 TAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTTATTAGGCC
1 TAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTCATTAGGCA
*
94307 TAATTGATTAAATT
1 TAATTAATTAAATT
94321 TGTTNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTCATTAGGCA
Found at i:96242 original size:25 final size:24
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Indices: 96214--96261 Score: 60
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96204 GTGATTTACG
*
96214 TGGCAAAGCCACGAGTTGATATATA
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* *
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1 TGGCAAAGCCACAAGTGATATAT
96262 GCAGTTGCGA
Statistics
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TGGCAAAGCCACAAGTGATATATA
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98458 NNNNNNNNNN
* ** * *
98468 AATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACA-TTGTTTGATAAAATATAGTGTAATTGAATATCTACT
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* * * * * * * *
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* *
98593 CCTGTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAACTGGTTTTATAATCTTGT
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* * * * *
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* * *
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* * *
98769 AAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTAT
*
98809 TATTGATTTTAAGTT
1 AATTGATTTTAAGTT
98824 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACACTTTTAAATAAAATATAGTATAATTGAATATCTACCT
TAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATATCACCCATGCCTGTA
AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTAT
Found at i:99712 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 99401--100435 Score: 669
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
99391 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * ********** *
99742 TTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGNNNNNNNNNNCATTTTTGGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGATTAAAATA
* * * * * * *
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*** * *
99871 CATTTATAGTCATTGAAT-CCTTCAAAAGCATTATTATATC-CT
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* ********* *
99913 TTAAAGGGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT-ACATTTTGATTAAAAT
* * * * * * * * *
99977 AGATTATAATTGAGTGTTTGTCTT-GAAAAACGTG-TGAAAAAGCTATTTATTGATAAGAAAAGT
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* * **
100040 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTCGCT
126 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
100083 TTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTGATTTGAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTACATTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * ** *
100148 -AATAGTATTTGGATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAATTCATTCATTGGTGAGAAAAA-T
64 GATTA-TAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAGA-AAAAAGT
* * *
100211 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGGT
126 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * ********
100254 TTAAATGGTTTTATAATTTAATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT--ACATTTTGATTAAAATA
* * * **
100319 TATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAAGAAACAT-ATAGAAAAAGTCATTCATTG-GTAGAAAATT
64 GATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAG-A-AAAAAG
** * * * ** *
100381 TTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAAGTCTTGCTACTCGTT
125 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
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1 TTAAATGGTTT
100436 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
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TTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:100137 original size:341 final size:340
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Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
99391 NNNNNNNNNN
* * *
99401 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAACA
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** *
99466 AATAATATTTGAATGTCTACCATGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCC
66 AATAATAACTGAATGTCTACCATGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCC
* * * * * *
99531 ATTTGTAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTATTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGA
130 ATTTATAGTCACCAATGCCTTTCAAAGCATTATTATATCCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAA
*
99596 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
195 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * *
99661 GAAACATGAAGCAAAAGCCAATCATTAGGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAA
260 AAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
99726 AGCATTATTACTCACT
325 AGCATTATTACTCACT
* **********
99742 TTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGNNNNNNNNNNCATTTTTGGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
* * * * *
99807 TATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACA-TGAAGCAAAAA-TCATCCATTGACAAGAAAAGT
66 AATAATAACTGAATGTCTACCAT-GAAAA-AGTGAAG-AAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGT
**
99870 CCATTTATAGTCATTGAAT-CC-TTCAAAAGCATTATTATATCCTTTAAAGGGTTTTATAATCT-
128 CCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTTC-AAAGCATTATTATATCCTTTAAAGGGTTTTATAATCTC
******** * *
99932 AGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTT
191 A-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT--ATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * *
99996 GTCTT-GAAAAACGTG-TGAAAAAGCTATTTATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
253 GCCTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* *
100058 GCCTTCCG-AAGCCTTATTACTCGCT
316 GCCTT-CGAAAGCATTATTACTCACT
* * * *
100083 TTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTGATTTGAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA-ATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
100147 AAATA
65 AAATA
100152 GTATTTGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
AATAATAACTGAATGTCTACCATGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCAATGCCTTTCAAAGCATTATTATATCCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA
AAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
GCATTATTACTCACT
Found at i:101854 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 100628--102187 Score: 744
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
100618 NNNNNNNNNN
* * *
100628 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AGATTGAATTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTT
* ** * * * * * * * ** * *
100692 TTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAAAAGTCAATGTCTAGCTCAAGAAATGTTAAGAAAAAGC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGC
* *
100757 CATTCATT-G-ACAAGTAAAGTCCATTTATTA-TCTCTCATA-CCT
129 CATTCATTAGTA-AA-AAAAGTCCATTTA-TAGTCAC-CA-AGCCT
** * ** * * *
100799 TCGAAAGCCTTACAATTTACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * *
100863 TTTATAC--TGTTAGTTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTATTTCAGGAAACATGATGCAAAAG
65 TTT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTT-AAGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
100926 CCATCCA--AG----AAAACTCCATTTATAGTCGCCCAAGCCT
128 CCATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCT
* * * ** * **********
100963 TTGAAACCCTTATTATTCATTTTAAAT-AGTTTTATATTCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * * * * * *
101027 TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTTTAATTTTAGTGTTTGCCTT-CGCAAACGTGAAGAAAAA
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCTG-TTTAAG-AAACATGAAGCAAAA
* * ********** *
101091 GTCATTCATT-GATAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATGCCT
127 GCCATTCATTAG-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCT
* ** * * * * *
101135 TCCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTAGAATCTCATCATTGATTTTAGGTTGAATTGT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * * * ** *
101200 TTTACATTTTTGATTAAAACATATTAAAAGTCAATGTTTACCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAG
66 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GTTTAAGAAACA--TGAAGCAAAAG
* * ** * * *
101263 CCATTCGTT-G-ACAAGCAAAGTGTATTTATTGTCAACCATGCTT
128 CCATTCATTAGTA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCT
* * * * * * * *
101306 TCGAAAGCTTTATAATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TC
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * ** *
101369 TTTTATATTGTTGGTTAAACTAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGC
101434 CATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
129 CATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCT
* ** * * * * * *
101476 TCGAAAGCATTATTACTAACTTTAGATGATTTTATAATGTCATAAGTGGTCTTAAGTTTAATTTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* ** * * * * * *
101541 TTTATATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGCATATCTGTCTTAGGAAACATCAAGCAAAAGTC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGT-TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * *
101606 ATTTATTAGATAGAAAAGGT-TATTTATAGTCAACCATGCCT
130 ATTCATTAG-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCT
************ * *
101647 TCGAAAGCCTTATTACTTANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTT
* *
101712 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGTTTAAAGAAACATGAAGCAAAAGC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGC
** * *
101777 CACCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTCATAGTCATCCAAGCCT
129 CATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCT
* * ********** *
101819 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * * *
101884 TTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGT-TGGCCTCAAGAAACATGAAG-AAAATG
66 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-G-TTTAAGAAACATGAAGCAAAA-G
** * * * * * * *
101947 TGATTCATCAGTAAGAGATGTTCATTTATAGCCACCTATGCCT
128 CCATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCT
* * * * *
101990 TCCAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAATTT
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * **
102055 TTTACATTTTTAGTTAAAATTATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGATTCAAAAG-
66 TTTACATTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTG-TTTAAGAAACATGAAGCAAAAGC
* * ** *
102119 CAATCTATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCT
129 CATTC-ATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCT
*
102162 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
102188 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
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173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
TTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCT
Found at i:103607 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 103305--104298 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
103295 ATCCATTGGT
* * * * * * *
103305 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCC-TCTAAAAGCCTAATTACTAGATTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCCATA-CCTTC-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** * * * * *
103368 TA-AATTCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGATAAAATAGATTATAATT
64 TATAA-TCTAATTACTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGATAAAACAGAGTATAATT
*
103432 GAATGTCTGGCTCAT-AAAACATAAAGAAAACACCATTCATTGGC
128 GAATGTCT-GCTC-TGAAAACATAAAGAAAACACCATTCATTAGC
* * * * *
103476 AAGAAAAGTTTGTTCGTAGTCACCTATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
103541 TAATCTAATTACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTCTT-GTTAAAACAGAGTATATTTGA
66 TAATCTAATTACTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTT-TTAGATAAAACAGAGTATAATTGA
* * * * * *
103605 ATGTCTGCTCTGGGAAACGTGAAGAAAATACTATTTATTAGC
130 ATGTCTGCTCT-GAAAACATAAAGAAAACACCATTCATTAGC
* * * * *
103647 AAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATGCCTTTCAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
********** * * * * * *
103712 TAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTA-ATAAAATATATTATAATTG
66 TAATCTAATTACTAATTTTAAGTT-AAATTGTTTTACA-TTTTTAGATAAAACAGAGTATAATTG
* * * * * * * *
103776 AATGTCTGCT-TCAAGAAACGTGATGTAAA-ACTA-TCAATTGGG
129 AATGTCTGCTCT-GA-AAACATAAAGAAAACACCATTC-ATTAGC
* * ** * * * *
103818 AGGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTTATACCTTCCAAAGCCTTATCACTCACATTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGT-CTATTCATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*********** * * * *
103882 ATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATATCTTT-GATTAAAATAGATTATAAT
65 ATAATCTAATTACTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAT-T-TTTAGA-TAAAACAGAGTATAAT
* * * * * *
103946 TGAGTGTTTGCCTCAGGAAACATGAAA-AAAAAAGTCATTCATTAGC
127 TGAATGTCTG-CTCTGAAAACAT-AAAGAAAACA-CCATTCATTAGC
* * * * * * *
103992 ATA-AAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCATTTCAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 A-AGAAAAGTCTATTCATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
104056 ATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTA-ATTAAAACATATTAT-ATT
65 ATAATCTAATTACTAATTTTAAGTTAAATTG-TTTTACATTTTTAGA-TAAAACAGAGTATAATT
* * * * *
104118 GAATGTCT-ATCTTGGGAAACGTGAAGAAAA-ACCCATTCATTGGC
128 GAATGTCTGCTC-T-GAAAACATAAAGAAAACA-CCATTCATTAGC
* * * * * ** **
104162 AAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT-TCTTTTAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
104226 TAATCTTATAATTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAATACAGTATAATTGAA
66 TAATCTAATTACTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGATAAAACAGAGTATAATTGAA
*
104291 TGTTTGCT
131 TGTCTGCT
104299 TCAATAAATG
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 155, Indels: 68
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 80 0.13
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173 11 0.02
174 78 0.12
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTAATTACTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGATAAAACAGAGTATAATTGAA
TGTCTGCTCTGAAAACATAAAGAAAACACCATTCATTAGC
Found at i:106753 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 105972--106913 Score: 547
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 168
105962 GGCTTTTGTA
* * * * * * *
105972 TCACGTTTCCTAA-AGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCT-CAAATGTAAAAAAATTCA
1 TCACATTTCCTAAGA-CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAGATTAA
* * * * ** * * * *
106035 A-TTGAAAATCAATAATGTGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCACAGGCTTG
64 ACTT-AAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGCATG
* * **
106099 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATCG-ATGGCTT-T
128 GGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAAT-GAATCACTTCT
* * * * * *
106139 TGCATCATGTTTCCTAAAGA-AAACATTC-AATAACAATATATGTTAACCAAAAATGTAAAAATA
1 T-CA-CA--TTTCCT-AAGACAAACATTCAAAT-ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGA
* *********** * *
106202 TTCAACTTAAAATTNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGAC
60 TTAAACTTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGC
* * * *
106267 ATGGGTGACTTTAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTCT
125 ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATCA---CTTCT
* * *
106314 CCACATTTCCTAGGACAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTAAAC
1 TCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTAAAC
********** *
106379 TTNNNNNNNNNNGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGTATGGGT
66 TTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGCATGGGT
* *** * *
106444 GACTATAAATGAAAGATGCTTACCAATGAATCACTTTTTCT
131 GACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATCAC---TTCT
* * * * ** *
106485 TCACATTTCCTTAAGGCAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATCTTCAA
1 TCACATTTCC-TAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTAAA
* * ********** * * * *
106550 CTTAAAATTAATTA-TGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAG
65 CTTAAAATCAA-CAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGCATGG
106614 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAAT-AGCTTCT
129 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATCA-CTTCT
* * ** *
106654 TCATATTTCCTAAGACATACATTCAAATATAATCAATTTTAACTAAAAATGTATAAAGATTAAAC
1 TCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTAAAC
* * *
106719 TTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTT-AGAAGGTATTGG
66 TTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGA-AAGGCATGGG
* *** ** *
106783 TGACTATAAATGAAAGATAATTACCAATGAATCACTTTTTCT
130 TGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATCAC---TTCT
* * * * * * * * * ** *
106825 TCATATTTCTTAAGATAGACATTCAAATATTATCAGGTTTAACCAAAAATATAAAAACCTTCAAC
1 TCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTAAAC
*
106890 TTAAAATCAATTA-TGAGATTATAA
66 TTAAAATCAA-CAGTGAGATTATAA
106914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 154, Indels: 54
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 117 0.20
169 15 0.03
170 6 0.01
171 325 0.55
172 119 0.20
173 3 0.01
174 4 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (168 bp):
TCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTAAAC
TTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGCATGGGT
GACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATCACTTCT
Found at i:106787 original size:340 final size:331
Alignment explanation
Indices: 106236--106907 Score: 864
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
106226 TTATAAAACC
* *
106236 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTTTAAATGGACCTTTCTTGCCAATA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATA
** * ***
106301 AATGATTTTTTCTCCACATTTCCTAGGACAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT
66 AATGA-TGCTTCTCCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCAATTTTAACTAAAAATGT
********** *
106366 AAAAAGATTAAACTTNNNNNNNNNNGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT
130 AAAAAGATTAAACTTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTT
**
106431 GAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAAAGATGCTTACCAATGAATCACTTTTTCTTCACATTTCCT
195 GAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAAAGATAATTACCAATGAATCACTTTTTCTTCACATTT-CT
* * * * * *
106496 TAAGGCAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATCTTCAACTTAAAATTAA
259 TAAGACAGACATTCAAATATTATCAGGTTTAACCAAAAATATAAAAACCTTCAACTTAAAATCAA
106561 TTATGAGA
324 TTATGAGA
* * *
106569 NNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTT
1 ----------ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGGTGACTATAAATGGACCTTT
* * * *
106634 CTTGCCAATGAAT-A-GCTTCTTCATATTTCCTAAGACATACATTCAAATATAATCAATTTTAAC
56 CTTGCCAATAAATGATGCTTCTCCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCAATTTTAAC
*
106697 TAAAAATGTATAAAGATTAAACTTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
121 TAAAAATGTAAAAAGATTAAACTTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
*
106762 AAAGGCTTT-AGAAGGTATTGGTGACTATAAATGAAAGATAATTACCAATGAATCACTTTTTCTT
186 AAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATGAAAGATAATTACCAATGAATCACTTTTTCTT
* *
106826 CATATTTCTTAAGATAGACATTCAAATATTATCAGGTTTAACCAAAAATATAAAAACCTTCAACT
250 CACATTTCTTAAGACAGACATTCAAATATTATCAGGTTTAACCAAAAATATAAAAACCTTCAACT
106891 TAAAATCAATTATGAGA
315 TAAAATCAATTATGAGA
106908 TTATAANNNN
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 38, Indels: 6
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 69 0.24
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342 1 0.00
343 62 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATA
AATGATGCTTCTCCACATTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCAATTTTAACTAAAAATGTA
AAAAGATTAAACTTAAAATCAACAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTG
AAAGGTATGGGTGACTATAAATGAAAGATAATTACCAATGAATCACTTTTTCTTCACATTTCTTA
AGACAGACATTCAAATATTATCAGGTTTAACCAAAAATATAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGA
Found at i:108204 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 107358--108893 Score: 608
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
107348 NNNNNNNNNN
* * *
107358 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
* * * * * ** * * * *
107422 GTGACTACAAATAGACTTTACTCGTGA--AATGAATAACTTTTTCTTCACT-TTTCCCAAGGAAA
66 GCGACTATAAATGGACTTT--TC-TTACCAATGGAT-GGTTTTTCATCA-TGTTTCCTAAAGCAA
* * * *
107484 ACATCCAGA-TATTATCTATTTTAACT-AAAAATTTATAAA-AA-TCTA
126 ACATTCA-ATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTA-AAACAATTC-A
* * * * *
107529 ACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGN
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
********* ** * * * *
107594 NNNNNNNNNAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTTGCTTGATGTTT-CT----CAAACAT
66 GCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG-GTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAAACAT
* * *
107654 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAGTATAAAA-ACTTCA
130 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
* ********** * *** *
107694 AATTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTACAAAGGTATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATG
** * * * * * * * * * * *
107758 GATGACTATAAATGGGCTTTTC-TATCCATTGAATGACTTTTGCTTCATATTTTCTGAGGCAGAC
65 GGCGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGGATG-GTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAAAC
* ** * * *
107822 ATTCAATTGTGTTATGTTTTAACAAAAAATGGGAAAACAATTCA
128 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT-GTAAAACAATTCA
* * * * * * ** **
107866 ACTGAAGA-CTAA-TAAGACATTATAAAACTATTTCAAGTGAGTAATATTGCTTTCAAAGGCATG
1 ACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATG
* * * * * ** * * * * * *
107929 AGTGACTATAAATAGAATTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTCGCAACATGATTCTTGAAGTAGAC
65 GGCGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGGATGG-TTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAAAC
* * ********** *
107993 ATTCAATTACACTATATTTNNNNNNNNNNTGTAAAAAAATTCA
128 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
* * *
108036 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCA-TTAAAGTAAGTGATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
* * *
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*
108165 TGAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAGAA-AATTCA
130 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAA-AACAATTCA
* ********** * * * *
108206 ACTTAAATTCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCATTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
* * * * * * ** * * *
108270 GTGACTATAAATAGA-TTGTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAAACA
66 GCGACTATAAATGGACTT-TTCTTACCAATGGATGG-TTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAAACA
* * * *
108334 TTCAAATATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCA
129 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
* * * * *
108376 ACTGAAAATCAGTAATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTGGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
* * * * * * * ** *
108441 GCGAGTACAATTGGACTCTTCTTGCCAATGAATGGTATTTTCTTCACATTTCAC-AAGGCAAACA
66 GCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGT-TTTTCATCATGTTTC-CTAAAGCAAACA
* * * * *****
108505 TTCAATTATAATATGTTTT-ATCTAAAACTATAAAACANNNNN
129 TTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATGTAAAACAATTCA
***** * * * * * ** *
108547 NNNNNAAATCAATTACGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCGAGTAATACGGCTTTTAAAGGTGA-G
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-CATG
* * * * * * *
108611 GGAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCATTGGATGGCTTTTACATCATGTTTCTTGAAA-CAGAC
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* * * * *******
108675 ATTCAATTACACTATATATT-ATCCAAAAATGTAAAANNNNNNN
128 ATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATGTAAAACAATTCA
*** * ** ** **
108718 NNNTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTTTGTAATAAACCTTTAAAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
** ** * *
108783 GCGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATGGATAATTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAGATAT
66 GCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTT-CATCATGTTTCCTAAAGCAAACAT
** *
108848 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
130 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
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1 ACTTA
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GCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATT
CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
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* *
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* ** * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *** * * *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTGGAA-GCAT-GGGTGACTACAAATAGACAT
* * * ** * * * * *
110492 TTGGTTGCCACTTGATGGC--TTT-TGCATCAAGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTACACTAT
64 TT-CTTACCAATCAATGGCATTTTCTTCATC-A-TTTC-T-AAGGCAAACATTCAAATATAATAT
* * * * * *
110553 ATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
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* * *** ** ** * * *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTGGAA-GCATGGGTGACTACAAATAG-ACAT
* * * * * * * *
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** ********* * * * *
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** * * *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTGGAA-GCATGGGTGACTACAAATAGACATT
* * * * * * * * *
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* * * *
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*
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CTTACCAATCAATGGCATTTTCTTCATCATTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAA
TAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTAATGAT
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112796 NNNNNNNNNN
* * * * **
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* * * * * * * *
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*
112933 ACTTTAAATAGTTTTATAATATCATTACTAATTTTAAGTTGAAT
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* * * *
112977 TGTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
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* * * *
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* * * *
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GCCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCATAACCTTATCACTCACT
TTAAATAGTTTTATAATATCATAACTAATTTTAAGTTGAAT
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113832 NNNNNNNNNT
* * * *
113842 TTTTTAATT-AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA
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* *
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* *
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* *
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** * * * * **
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******** *
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** * * ** * * * *
114184 TTTTGGGTTAAAATATATTATAGTGGAATGTTTGTTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCAT
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* * * * * ** * *
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66 T-GACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCCTATAAAGCA-TTATTACTCGCTTTAAAT
* *
114310 GGTTTTATAATCTCATAA
128 CGTTTTGTAATCTCATAA
114328 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTGTTTTACA
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116116 TTAAATTGTT
* *
116126 TAATTAAGTCATCGGGCCTAATTAATTAAATTAAA
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* *
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1 TAATTAAGTTA
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121833 NNNNNNNNNN
* *
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* * *
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** *
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* * *
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1 TTAA
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*
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**
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1 TAATTGATTAAATTAA
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Statistics
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** ** *
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* *********** * * *
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* * *
123598 TAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCTTGGAAATGTGAAGACAAAA-CCATTCATT-ACAACAAAAG
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* * *
123661 TCCATTTACAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCAC
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* ** * * * *
123704 TTTTAATGATTTTATAATCTTATTATTTATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTT-TAAAAAC
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* * * * *
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** * * * *
123832 TGATTTATAGCCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGC
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** * * *
123874 TTTAAATGATTTTATAATCCTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAAT
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* * * * ** * * *
123939 ATATTGTAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGATG-CAAAAGCCATAT-ATTGGCAAGAAAAG
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** *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** **
124170 AAAATCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTAC
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* ********** * * * *
124217 TTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTATTAAAATA
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* * ** * *
124282 GATTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGACAAAA-CCATTCATTGACAACAGAAGTC
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* * *
124346 CATTTACAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGC
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* * * *
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* * *
124452 AGATTATATTTGAATG-CATGCCTTTGAAAATGTGAAGA-AAAACCCACTCATT-AGCAAGAAAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * ** *
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* ** * * **
124685 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTCCTCAT
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* * * *
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* * * * * * * * * **
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* * ** ****
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125 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
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* * *
126226 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTCGT
129 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** * *
126268 TTTAAATTATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAAAGTTTTTACATTTTTGGCTAGAAT
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* * * ** *** * *
126333 AGATTATATTTAAATGTCTGCCTGGGGAAACATGAAGA-AAAATAGATTTATTGATAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * *
126397 CCATTTATAGTCACTCATGCCCTCTAAAGCGTTATTACTAGC
129 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * * * *
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1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATA
* * * * * * * *
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66 GATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
126567 ACATTTATAGTCACCCATGCGTACCAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * *
126609 TTTAAATGATTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTATATTTTTGTTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAAT
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126673 ATATTATAATTTAATATC--CACTTCAGG-AATCGTGAAG-TAAAGCTCATCCATT-AGTAAGAA
65 AGATTATAATTGAATGTCTGC-CTT--GGAAAT-GTGAAGACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAA
** ** * *
126733 GGGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGC
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
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126779 TTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA
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126843 AGATTATAATTGAGTGT-TCGTCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAACCATTCATTTG-TAAGGTAA
65 AGATTATAATTGAATGTCT-GCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCA-TTGACAAGAAAA
* ** **
126905 GTCCATTTTTAGTCACCCCTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCAT
127 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* ********** ** *
126949 TTTAAATAATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAAGGTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
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127014 ATATTATAATT-AATTGTCAG-CTTCAGGAAACGTGATG-CAAAAACAATAGATT-AGCAAGAAA
65 AGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTT--GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAA
* * * ** * * * *
127075 AGTTCATTAATAGTCACCCAAACCTTTAAAAACCTTATCAGTTGC
126 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
127120 TTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATAAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
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127185 AGATTATAACTGATTG-CTTGTTCTAGAAAACATGAAGAC-AAAGCCATTCATTGACAACAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTC-TG-CCTTGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
127248 TCCATTTACAGTCACCGATGGCTTTCGAAA-CCTTATTACTTGC
128 TCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
127291 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAGAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAA
* * * * * * ** *** * * *
127356 CAAATTAAAATTCAATGTCTACCTAGGAAAACATGAAGA-AAAGGTCATCCATTGGCAAGGAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGG-AAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * **
127420 CCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
********** * * *
127463 TTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTTTACA-TTTGGTTAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTGTTAAA
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127526 ATAGCTTACATTTGAATGTCTATCTCGAGAAATGT-AA-AGAAAAGCC--T-ATTGGCAAGAAAA
63 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAA
* * ** *
127586 GCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
127630 TTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AACGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
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127694 CAGATTATATTTGAATGAATGGCAGGAGAAATGTTAAGA-AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
127758 TCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ********** *
127801 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
* * * * * * * * * *
127866 ATATTATAATTAAATGTATG-CTTCAAGAAATGTG-ATACAAAAGCCATCCATTTG-TAACAATA
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCA-TTGACAAGAAAA
* * * * *
127928 GTACATTTATAGTCACTCATA-CCTTCTAAAGCCTTATCACTCTC
127 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* *********** *
127972 TTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
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128037 ATATCATAAATGAATGTC-GACTTTAGAAAATATGAAG-CAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTG-CCTT-GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * ** * *
128100 CCCATTTATAGTCA-CCATTGCCTTTAAAAGCTTTATTACTAGC
128 TCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * **********
128143 TTTAAATGGTTTTAAAAACTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATATTTNNNNNNNNNNGATTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAAT
* * * *** * **
128208 ATG-TTATAATTGAATGTCTG-TTTCAAGAAACGTG-ACTTAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAA
65 A-GATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTC-ATTGACAAGAAA
* **** * *
128269 AGTACATTTATAGTCACCTTTTCCTTCCAAAGCCTTATCACTCAC
126 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ********** * *
128314 CTTAAATGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTT-ANNNNNNNNNNTTTACATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
* * * * **
128377 AGATTATATTTGAATGTCTG-TTCTGAAAAATATGAAGA-AAAAGCCATTCATTCATTGGGAAG-
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TG-GAAATGTGAAGACAAAA-CC---CATTCATTGACAAGA
** * * **
128439 AAAGTTTATTTATAGTTACCC-ATCTCTTTTAAAGCCTTATTACTCGC
124 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC-CTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** * * *
128486 TTTAAAT-AGTTTCATAATCTCA-GACTTGATTTTAAGTCAAAATTTTTTAAATTTTGGATTAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCCCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAA
* * * ** * * *
128549 ATATATCATAA-TGAAATGTCT-ACTTCAGGAAATGTGAAG-CAAAAGTCATCCATTGACAGGAC
63 ATAGATTATAATTG-AATGTCTGCCTT--GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAA
* **
128611 AAGTCCATTTATAGCCACCCAAG-CTTGTAAAAGCCTTATTACTCGC
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-CCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * * *
128657 TTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTTACTTTCTTTACATTTCTGATTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAAT
* * * * * ** * **** *
128722 ATATTGTAATTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACATGAA-AAAAAAATTGTTGATT-AGCAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* * * * * *
128785 TCCATTTATATTTACTCATGCATTCCAAAGCCTTGTTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
********** * *
128828 TTNNNNNNNNNNTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
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128893 ATATTAT-ATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGA-GAAAGCCATTTATTGAAAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** *
128956 CTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTTGC
129 CCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * *
128998 TTTAAATGATTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTGGGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAAT
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129063 ATATTATAATGGAATATCTACTTTAAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATT-AGCAGGACAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* ** * *
129126 TCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTCCTCAC
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * ** *
129169 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAAGTTTGTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
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65 AGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
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129298 TCATTTATAATCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATAAGTCAC
129 CCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * ********** *
129340 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAAT
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65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
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129468 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CTTATTACT-TA
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
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129509 TTCTAAATGGGTTTGTAATCTCATAATTAATTTTTAA-TTGAATTCTTTTGCATTTTTTGTTAAA
1 TT-TAAATGATTTTATAATCCCATTATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAA
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129573 GTATATTATAATTGAGTGTCTTCTTTGGGAAA-CACAATG-CAAAAGCCATCCATT-ATCAAGAA
63 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAATGTGAA-GACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAA
* * * ** * *
129635 AAGGCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCAC
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
129681 TTTAGATGGTCTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
* * * * * *
129746 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAGATGTAAAGA-AAAAACCATAT-ATTGGA-AAGAAAA
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCAT-TCATT-GACAAGAAAA
* * * * * * * *
129808 GTCCAATTATAATCA-CTAATTCCTTCGAAAACTTTAGTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
129852 TTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGACTTTTTTTATATTTTTGATTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAAT
* * * * *** ** * *
129917 ATATTATAACTGAGTGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* *****************
129981 TCATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
130023 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
* * * ** * * * * *
130088 ACATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATG-CAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAA-A
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
** **********
130151 CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCNNNNNNNNNNGC
129 C-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
130194 TTTAAATGGTCTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTAACATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAA
* * *** * * * *
130258 CAGATTAT-ATTGAATGTCTGTCTTAGGAAATACAAAGA-AAAAGCTATTCATT-AGTAAGAAAT
64 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAA
* ** * *
130320 GTCCAATTATAGTCACCCATA-CCTTTTAAAGCCTTATCACTCGA
127 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
130364 TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
* * * ** ** * * * ** *
130428 TATATTATGATTG-ATGTTTGTTTTAGGAAACATG-AGGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAA
64 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG
** **
130491 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCCAATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * *
130534 TTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATCGATTTTATGTTGAATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAT
* * * ** * * * * **
130599 ATATTATAATTGAATTTTTG-CTTCAGGAAACATGATG-CAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * ** **********
130662 TCAATTTATAGTCACTCAGGCCTTTGAAAGCCTNNNNNNNNNN
128 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * *
130705 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGCTGACTTTTTTTATATTTTTGGTAAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
* * * * * * *
130770 ATATTATAATTGAGTGAT-TGCCTTAGAAACGTGAAGAC-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAAT
65 AGATTATAATTGAATG-TCTGCCTTGGAAATGTGAAGACAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
130833 CCATTTACAGTCACCCATGCCATT-CAAAGCCTTATTACTCGT
129 CCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
130875 TTTAAATTG-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTAACATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAA-TGATTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
* * * ** ** * *
130939 TAGATTA-AACTTCAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA-AAAAGTCATTCCTT-AGTAAGAAA
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********** * *
131001 AGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACACTC
126 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * *
131046 TTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTCATTTCT-GGTTGAATTCTTTTGCATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCCCATTATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
*
131110 TATATTATAATTGAAT
64 TAGATTATAATTGAAT
131126 ATTTGCTCAG
Statistics
Matches: 5719, Mismatches: 1591, Indels: 564
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 9 0.00
166 3 0.00
167 114 0.02
168 16 0.00
169 125 0.02
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* * * * *******
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*** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** *
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*********** * *
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**
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* * * *
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1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
123707 TAATGATTTTATAATCTTATTATTTATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTT-TAAAAACAGA
65 TAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * **
123771 TTATATTTGAATGCCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTGAT
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* * * * *
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* * * * *
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*
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322 GAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA
*
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387 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAA-TTTTTTAC
* * *
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451 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCATC
* * * **
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515 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
********** * **
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580 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGCTAAAATAGATTATA
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645 ATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGA-AAAACC
* * * *
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1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * *
124391 AATGGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTTAAACAGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * *
124456 TATATTTGAATGCATGCCTTTGAAAATGTGAAGAAAAACCCACTCATTAGCAAGAAAAGTTCATT
131 TATATTTGAATGC-TGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
124521 TATAATCACCTATGCCTTCCAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTA
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* * * * *
124586 ATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTTAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTAGGA
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* * *
124651 AACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
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* ** * * *
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389 TCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAA-TTTTTTACAT
* * * * * *
124781 TTTTAGTTAAACTATATTATAATTG-TTAGTCTGCTTCAGGAAA-TGTGATATAAAAGCAATCCA
453 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCATCCA
* ********** *
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* *
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582 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTA-TTTTACATTTTT-GCTAAAATAGATTAT
* ** * * * *
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* * * * * * **
125010 ATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCA-CTAATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTNN
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
******** * * * * *
125074 NNNNNNNNTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTATGGTTAAAATAGA
65 TAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * *********
125139 TTATATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACA--TGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAANNNNNNNNN
130 TTATATTTGAATG-CTGCCT-TAGAAA-ATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
125202 NTTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
192 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * **
125267 TTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGTTTCA
257 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCA
* * ** * * * * *
125332 AGAAACGTGATGCAAAATTCATCTATTGACAAGAAAGGTCCATATATAGTCACCCATGCCCTTGA
321 GGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * * * * * *
125397 AAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATTACATTATTCATTTTGAGTTGAATTGTTCTT
386 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAATT-TT-TT
* * *
125462 ACA-TTTTGTTTAAAATATATTATACTTGAATGTCTGCTTTAGGAAAC-GTGATACAAAAGCCAT
449 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCAT
* ** *
125525 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAGTTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
514 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** * * *
125590 TGGTTTTATAGTCAGATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGCTTAAAATAGATTA
579 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGC-TAAAATAGATTA
* * ** * *
125655 T-ATATGAATGTCTAGATC-AGAAAATGTGAAGAAAAACC
643 TAAT-TGAGTGT-TTGCCCGGGGAAATGTGAAGAAAAACC
* ** **********
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1 -ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
************* * * * *
125758 NNNNNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTGATTAAAATAT
65 TAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAG
* * * * * * *** * * * *
125822 ATTGTAATTAAATGTCTACTTTAGGAAACACGATGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAAAGTCC
129 ATTATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCC
** * * * * ** * *
125886 ATTTATAGTCACTTAAGCCTT-TAGAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGAATTATAATCACATT
192 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** ** * *
125950 ATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATGAAAATATATTATAATTGAATGCCTACTTC
256 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTC
* * * * * * * * * *
126015 AAGAAACGTAATACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCTTTTAAACTCACCAAAGCCTTTG
320 AGGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTG
* * * * * * *
126080 AAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTGAATCTTTT
385 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATT-AATTTTCAGTTGAAT-TTTT
* * * * * * * *
126144 TACATTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTCCCTT-AAGAAAC-GTGA-AGAAAAAAC
448 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACAGTGATA-CAAAAGC
* * * * * ** * *
126206 CATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTCGTTTT
511 CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * *
126271 AAATTATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAAAGT-TTTTACATTTTTGGCTAGAATAG
576 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTATTTTACATTTTT-GCTAAAATAG
* * * * * ** **
126335 ATTATATTTAAATGTCTGCCTGGGGAAACATGAAGAAAAATAG
639 ATTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGAAAAA-CC
* * * * * * *
126378 ATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCC-TCTAAAGCGTTATTACTAGC-TT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
126441 TAGATGATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAATAT
65 TA-ATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * * * *
126505 ATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAGTGGCAAGAAAAATAC
129 ATTATATTTGAATG-CTGCCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
126569 ATTTATAGTCACCCATGCGTACCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCAAAA
192 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
126634 TTGATTTTAAGTTGAATTTTCTATATTTTTGTTTAAAATATATTATAATTTAATATCCACTTCAG
257 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAG
* * * * * * * **
126699 GAATCGTGAAG-TAAAGCTCATCCATTAGTAAGAAGGGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
322 GAAACATGATGCAAAAGC-CATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* ******** * * *
126763 AAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTT-TANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
386 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATA--ATCACATTATTAATTTTCAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
126826 ACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGT-T-CGTCTCAAGAAACA-TGA-AGAAAAAAC
449 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-T-TCAGGAAACAGTGATA-CAAAAGC
* * ** ** * ** ** **
126887 CATTCATTTGTAAGGTAAGTCCATTTTTAGTCACCCCTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCATTTT
511 CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** ********** * * * *
126952 AAATAATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAAGGT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAT
576 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACATTTTT-GCTAAAATAG
* * ** * * * * *
127016 ATTATAATTAATTGTCAGCTTC-AGGAAACGTGATGCAAAAACA
639 ATTATAATTGAGTGTTTGC-CCGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
** * * * ** * * * *
127059 ATAGATT-AGCAAGAAAAGTTCATTAATAGTCACCCAAACCTTTAAAAACCTTATCAGTTGCTTT
1 ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
127123 AAATGGTTTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATAAAAACAGA
65 TAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
** * * ** * * * *
127188 TTATAACTGATTGCTTG-TTCTAGAAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCA
130 TTATATTTGAATGC-TGCCT-TAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
127252 TTTACAGTCACCGATGGCTTTCGAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA
193 TTTATAGTCACCCAT-GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
127316 TTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCT-
257 TTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTC
* * * * * *
127380 AGGAAAACATGAAG-AAAAGGTCATCCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
320 AGG-AAACATGATGCAAAA-GCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
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127444 GGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTT
383 TGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAA----T
** * * * * * *
127508 TTTTTACA--TTTGGTTAAAATAGCTTACATTTGAATGTCT-ATCTC-GAGAAA-TGT-AAAGAA
444 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT-TCAG-GAAACAGTGATACAA
* * * * * * *
127567 AAGCC-T--ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCG
507 AAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
127629 CTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AACGTT-TTTTACATTTTTGGTTAA
572 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTATTTTACATTTTT-GCTAA
* * * ** * * * *
127692 AACAGATTATATTTGAATGAATGGCAGGAGAAATGTTAAGAAAAAACC
634 AATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
** * ** * * *
127740 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * ********** * * *
127805 AATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTTTGTTAAAATATAT
66 AATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * * * *
127870 TATAATTAAATGTATG-CTTCA-AGAAATGTGATA-CAAAAGCCATCCATTTGTAACAATAGTAC
131 TATATTTGAATG-CTGCCTT-AGA-AAATGTGA-AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *****
127932 ATTTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNN
192 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
***** * * * * * *
127997 NNNNNTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAAATGAATGTCGACTTTA
257 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCA
* * * * * * * * *
128062 GAAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATTGCCTTTA
321 GGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTG
* * * * * * * * * * *
128126 AAAG-CTTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAAAAACTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATATTTN
385 AAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAAT-TTTT
********* * * * * *
128190 NNNNNNNNNGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGTTTCAAGAAAC-GTGACT-TAAAAGCC
448 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGA-TACAAAAGCC
* * * * **** ** * * *
128253 ATCTATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTTTTCCTTCCAAAGCCTTATCACTCACCTTA
512 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ********** ** *
128318 AAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTT-ANNNNNNNNNNTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT
577 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTGCTAAAATAGAT
* * * ** * ** *
128381 TATATTTGAATGTCTGTTCTGAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTC
641 TATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGAAAAA--C---C
** ** * * * ** *
128426 ATTCATTGGGAAG-AAAGTTTATTTATAGTTACCCATCTCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * ** * * * *
128490 AAT-AGTTTCATAATCTCA-GACTTGATTTTAAGTCAAAATTTTTTA-AATTTTGGATTAAAATA
66 AATGA-TTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACA
* * * * * * ** * * * *
128552 TATCATA-ATGAAATGTCT-ACTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAGGACAAGT
128 GATTATATTTG-AATG-CTGCCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** *
128615 CCATTTATAGCCACCCAAG-CTTGTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCA
190 CCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
128679 TAATTGATTTTCAGTTTACTTTCTTTACATTTCTGATTAAAATATATTGTAATTGAGTGTTTGCC
254 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
*** **** * * * * * *
128744 TCAGGAAACATGAAAAAAAAATTGT-TGATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACTCATGCAT
318 TCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
** * * ********** * * *
128808 TCCAAAGCCTTGTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAATTT
382 TTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTG-AATTT
* * * * *
128873 TTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATGTTTACCTCAGGAAACA-TGA-AGAGAAAG
446 TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACA-AAAG
** ** * * * * *
128935 CCATTTATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTTGCT
510 CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
128999 TTAAATGATTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTACATTTTGGGTTAAAAT
574 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATT-TTACATTTT-TGCTAAAAT
* * * * * * ***** ** *
129063 ATATTATAATGGAATATCTACTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCC
637 AGATTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
* * * * * ** * *
129108 ATCCATT-AGCAGGACAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTCCTCACTTT
1 ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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129302 TTATAATCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATAAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATN
194 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
********* * * * * * * *
129367 NNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGT
259 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGG
* * * * * *
129432 AAATATGATGAAAAAGCCA-CTCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
323 AAACATGATGCAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA
** * * * * * * * *
129496 AG-CTTATTACT-TATTCTAAATGGGTTTGTAATCTCATAATTAATTTTTAATTGAATTCTTTTG
387 AGTCTTATTACTCGCTT-TAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAATT-TTTTA
* * * * ** ** *
129559 CATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAGTGTCTTCTTTGGGAAACA-CAATGCAAAAGCCATC
450 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCATC
* * * * * * * * *
129623 CATT-ATCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAGA
515 CATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
129687 TGGTCTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTA
579 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GCTAAAATAGATTA
* * * * *
129752 TATTTGAATGTTTGCCTC-AGGAGATGTAAAGAAAAAACC
643 TAATTGAGTGTTTGCC-CGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
* * * * * * * *
129791 ATAT-ATTGGA-AAGAAAAGTCCAATTATAATCA-CTAATTCCTTCGAAAACTTTAGTACTCGCT
1 AT-TCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * * *
129853 TTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGACTTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAAT
63 TTTAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAAC
* ** * * * * ** * ** *
129917 ATATTATAACTGAGTGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTT
127 AGATTATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
***************** *
129982 CATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
191 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
130047 ATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTTGCTTT
256 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTC
* * *
130112 AGGAAACATGATGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAA-ACTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
320 AGGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
********* * * * * * *
130176 GAAAG-CNNNNNNNNNNGCTTTAAAT-GGTCTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AACTTT
384 GAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGAT-TTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAA-TTT
* * * * *** *
130238 TTTAACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTGTCTT-AGGAAATACAAAGA-AAAA
446 TTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACAGTGATACAAAA
* * * * * * * * * *
130300 GCTATTCATTAGTAAGAAATGTCCAATTATAGTCACCCATA-CCTTTTAAAGCCTTATCACTCGA
509 GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
130364 TTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
573 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GCTAAAAT
* * ***** ** * *
130429 ATATTATGATTGA-TGTTTGTTTTAGGAAACATGAGGCAAAAGCC
637 AGATTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
* ** * * ** ** *
130473 ATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCCAATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * * * * * * * * *
130538 AATGGTTTAATAATCTCATAATCGATTTTATGTTGAATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAATATAT
66 AATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAT
* ** * ** * * * * * * *
130603 TATAATTGAATTTTTG-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCAAT
131 TATATTTGAA-TGCTGCCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** ********** *
130667 TTATAGTCACTCAGGCCTTTGAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
194 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
130732 AATTTTAAGCTGACTTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACATATTATAATTGAGTGAT-TGCCTT-A
259 GATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCT-ACTTCA
* * * * * *
130795 -GAAACGTGAAG-ACAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGTCACCCATGCCATT
321 GGAAACATGATGCA-AAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
* * * * * * * * *
130857 CAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTGTTT
384 GAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAATT-TTT
* * * * * * *
130922 AACATTTTTAGTTAAAATAGATTA-AACTTCAATGTCTACCTT-AGAAAACA-TGA-AGAAAAAG
448 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACAGTGATA-CAAAAG
* * * * ********** * *
130983 TCATTCC-TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACACTCT
510 CCA-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * * * * *
131047 TTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTCATTTCT-GGTTGAATTCTTTTGCATTTTTAGTTAAAAT
574 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GCTAAAAT
* * * * * * * *
131111 ATATTATAATTGAATATTTGCTCAGGAAACATGATGCAG--AAGCC
637 AGATTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAA-ATG-TGAAGAAAAACC
131155 A-TCTATT-AGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGT----C-A--C--CC-AAG--------C-CGCT
1 ATTC-ATTGA-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
131198 TTAAATGGTCTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAA
63 TTTAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAA
* * * * ** * * * * *
131261 TAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAACCATTTATCGGTAAGAAAAGT
126 CAGATTATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
131326 CCAATTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCAC
190 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
131391 AATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAGTTGAATGTATGCTT
255 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT
* * * * * * * * ** * * ** ** *
131456 TAGGAAACGTAACGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAGGTATATCTATACTCACTTATCCCATC
319 CAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TT
* * * * * * * *
131521 CG-AAGCCTTATCACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTT
383 TGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGA-TTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAATTTT
* * * * *
131584 TTTCATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCTTCAGTAAAC-GTGATGCAAAAGCC
447 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCC
* ** * * * * * * * * *
131648 ATCAATTGACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATA-TCTTCTG-AAGACTTATCACTCACTT
512 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCA-AGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
131711 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTGTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATAT
575 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTG-CTAAAATAG
* * * * * **
131775 ATTATAACTGAATGTCTGCTTC-AGGAAATGTGAAGCAAAAGTC
639 ATTATAATTGAGTGTTTGC-CCGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
* ** * ** ** * * *
131818 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTATTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * * * * * * * * *
131883 AATGGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTAAAATTGAATTTATTTACATATTTAGTTAAAATC-TA
66 AATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-CAGA
* * * * ** * *
131947 TTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGAAAACGTGATGCAAAAGTCA-TCTATTGACAAGAAAAGTAC
130 TTATATTTGAATG-CTGCCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * * *
132010 ATATATACTCACCCATGCCTTCTGAAGCCTTATCATTCACTTCAAATGGTTTTTTAATCTCATAA
192 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
132075 TTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAACGTCTGCTTCA
257 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCA
** * * ** * * * * *
132139 AAAAACGTGAAGCAAAATTCATCCATTGGTAGGACAAGTCCATTTATAGT-ATCCCAAGCCTTTA
321 GGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCAAGCCTTTG
* * * * * * * *
132203 AAAGGCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATATTCAGTTAAATTGTTTT
385 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAA-T-TTTT
* * * * * *
132268 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCTTCAAGAAA-TGTAATACAGAAGCTA
448 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCA
* ** * * *
132332 TCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAN
513 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
********* * * * * *
132397 NNNNNNNNNTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTCACATTTTTGGTTAAAACAAAT
578 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTTTACATTTTT-GCTAAAATAGAT
* ** *
132461 TATAATTGAGTGTTTGCCCTGAAAAACGTGAA-AACAAACCC
641 TATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGAA-AAA-CC
* * * * ** * ** *
132502 ATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTACAAG-CACCTATGCCTTCCAAAGCCTTGTTACTTAC-AT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *** *** *
132565 TATATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTATAA-TCT--ATGTTGGGA-A--ACATG--AAGA-A
65 TA-ATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * * *** * * * *
132621 -A-TAGTAATT-CAT--TGGC-AAGCAAATTTCATTTATAGTCACCTATACCTT--C---CAAAG
128 GATTA-TATTTGAATGCTGCCTTAGAAAATGTGA---AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ** * ** * * * * * **
132675 -CC--TTAT--T-ACTC--GCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCA-TAATTGATTTTAA--GTTGAA
189 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAG--------CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** * ** ** ** * * * * * **
132729 TTTTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-ATATTATAATTGA-GTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG
246 TAATCTCATA-ATTGATT-TTAAGTTGA-ATT-T--TTTACATTTTTG-GTTA--AAATAT-ATT
* * * * * * * * ***********
132792 ATAA-AGCCAT-T-TATTTGTAAGAAA-A-G-TCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNCG-AAAG--
301 ATAATTG-AATGTCTACTT-CAGGAAACATGATGCA---AAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTC
* * * **** * * ** * *
132848 C-TTTAT--T-ACTC--G-CTTT--AAGTGTTTTTATAATCTGAT-AATCGATTTTCAGCTGA-A
361 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCT-TTAAATAGATTTATA-ATCACA
* * * *
132902 TTTT----TTT-A--T--A---TTT-C-----TAGTTAAAATACATTATAATTTAATGTCTGACT
424 TTATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CT
* * * * * * * * * * * *
132949 T--GAAAACA-TG-GAGAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATATATAGTCATCCATGCCT
488 TCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCT
*** * * * * *
133010 GCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTATTGATTTAAAGTTGAATT-T
553 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
* * * ** * * * * ** * ** **
133074 TTTGATATTGTTGGTTTGCACTAGATAATATTTGAATGTCCGCTTC-AAGAAACATGAAGAAAAA
618 TTT-ACATT-TTTG-CTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGC-CCGGGGAAATGTGAAG-AAAA
*
133138 ATC
678 ACC
* * * ** * *
133141 ATTCATTG-CTAAGAAAAGTCCATTTACAATCAACCATA-CCTTTTACAGCTTTATTACTCGCTT
1 ATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
133204 TAAACGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAG
64 TTAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * *
133269 ATTATATTTAAATGTTTGCCTAAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAGGTCCT
129 ATTATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
133334 TTTACAGTCACCCGTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATTTTATAAT
193 TTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
133399 TAATTTTAAATTTAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCTTCAG
258 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAG
* * * * **
133464 G-AACGTGATGCAGAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCAAGTATTTGAA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA
* * * * * * *
133528 AGCCTTATTACTCACTTAAAATAG-TTTCATGATCACAGTATTCATTTTCAATTGAATATTTTTA
387 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTT-ATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGAAT-TTTTTA
* ** * * * *
133592 TATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTCAGAAAAC-TTGATACGAAAGCCATC
450 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCATC
* * *
133656 CATCGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAAT
515 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
133720 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTC
580 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTTTACATTTTTG-CTAAAATAGATTA
* *** *
133784 TAATTGAGTGTTTTCCCTTAGAAATGTGAAGACAAAATC
643 TAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGA-AAAACC
* * * * * * *
133823 ATTCATTGGCAATG-AATGCCCATTTACAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATAACTCGCTTT
1 ATTCATTGACAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
133887 AAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
65 TAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * ** * * * * * *
133952 CTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTAATTGTCAAGGAAGGT-CTT
130 TTATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * * ***
134016 TCTACAGTCACTCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTCATNNN
194 T-TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
******* * * * * ***
134081 NNNNNNNAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCTTNNN
258 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAG
******* * * * ** **
134146 NNNNNNNGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACTAAAATCTTTGAA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA
* * *
134211 AG-CTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTAATTTTCA-TATGAATTTTTTT
387 AGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGT-TGAA-TTTTTT
** * * * *
134274 ACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTTTAAGAAACA-TGATACAAAAGCCAA
449 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACAAAAGCCAT
* * * * *
134338 CCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAAACTCACCCAAGCTTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
514 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
134403 TGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGACA-T-TTTTATATTATTAGTTAAAATAGATT
579 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTATTTTACATT-TTTGCTAAAATAGATT
*** *
134466 ATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGATAAAACC
642 ATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAGA-AAAACC
** * * * * * ** * * * * * *
134506 ATTCATTGGTAACAAAAGTCTATTTACAGTCATCTATGCTTTCTAAAACCTTATTACCCCCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * * * * * *
134571 AAT-AGTTTTATAATCTTATGATTGATTTTAATTTAAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
66 AATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * **
134635 TTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGACTAGTCCAT
130 TTATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * ********** *
134700 TTATTGTCACCCATACTTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATTATT
194 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * * * *
134765 GATTTTAAGTTTAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTC-GT
259 GATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAG-
* ** * ** * * **
134829 GAAACATGAAG-AAAATATCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCCA
322 GAAACATGATGCAAAA-GCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
* * ********** * * * *
134893 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCCCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTA
386 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTCAGTTGA-ATTTTTTA
* * * * * * * * * * * * **
134958 TATTATTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTTCATCATGAAAC-GTTA-AGACAAATTCAT
450 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAGTGATACA-AAAGCCAT
* ** * * * *** *
135021 TCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATTTATA-CCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTATA
514 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCA-AGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
135084 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATCTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATA
577 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACATTTTT-GCTAAAATAGA
* * * **** * ** * * *
135149 TTATAATAGAATGTTTACTTTAGAAAACATGATGTAAAAGCT
640 TTATAATTGAGTGTTTGCCCGGGGAAATGTGAAG-AAAAACC
* * *** * *
135191 ATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCATTCCAAAGCCTTATTAATCGCTTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTT
* * **
135255 AATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTAGGTTAAAACAGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
135320 TATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGACAAGTCCATT
131 TATATTTGAATG-CTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
135385 TATTGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTACTG
195 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
135450 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAAATTAAAACTCAATGCCTACCTT--G
260 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAG
* * * * ** * *
135513 TGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
322 -GAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGA
*
135578 AAGCCTTATTACTCGCTTTA
386 AAGTCTTATTACTCGCTTTA
135598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 9074, Mismatches: 2433, Indels: 884
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
637 4 0.00
638 86 0.01
639 105 0.01
640 33 0.00
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ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGCTAAAATAGATTATAATTGAG
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** * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* *
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***** * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * *
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320 GAAAAACCCA-TACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTATT
* * * * *
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384 ACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTA-TTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGG
* * *
124616 TTTAAA-TATATTATAATTAA-ATGTCTACTTTAGGAAACA-TGATGCAAAAGCCATCTATTGGT
448 -TTAAACTATATTATAATTAATA-GTCTACTTCAGGAAACATTGATACAAAAGCCATCCATTGGT
**
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511 AAA
* * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTATAA
* *
124746 TCACATTATTAATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAACTATATTATAATTG-TTA
65 TCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAACTAGATTATAATTGAAT-
* * * * * * * ** * *
124809 GTCTGCTTCAGGAAATGTGATA-TAAAAGCAATCCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-AACTCAC
128 GCCTGCCTCAGGAAATGTGA-AGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGC-CAC
* ** *********** *
124872 CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AG
191 CCAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
124935 TTTGAATATTT-TTACATTTTTGGGTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGGAAAACGA-
255 -TTAAAT-TTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAAC-AT
** * * * * * * **
124998 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCA-CTAATGCCTTCTAAAGCTTT
317 GAAGAAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAA-GCCTTCCAAAGCCCT
********** * * *
125062 ATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAA-TTCTTTTACATTTA
381 ATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACTT-TTTTACATTTT
* * * * * * * * *
125126 TGGTTAAAATAGATTATATTTGAAT-GTTTACCTCAAGAAACA-TGA-AGAAAAACCCATTCATT
445 TGGTTAAACTATATTATAATT-AATAGTCTACTTCAGGAAACATTGATA-CAAAAGCCATCCATT
* *
125188 GGCAAN
508 GGTAAA
********* * * ** * * *
125194 NNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAAT-GATTTATA
* ** * * * ** * * * *
125258 ATCTCAAAATTGATTTT-GAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAAT
64 ATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAACTAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * ** * * * * *
125322 GTCTGTTTCAAGAAACGTGATGCAAAATTCA-TCTATTGACAAGAAAGGTCCATATATAGTCACC
128 GCCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCACC
* * * * * ** * * *
125386 CATGCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-CAGTTTTATAATTACATTATTCATTTTGAG
192 CA-ACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
125449 TTGAATTGTTCTTACA-TTTTGTTTAAAATATATTATACTTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGA
255 TTAAATT-TTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGA
* * * * * * ** *
125513 TA-CAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-AGTTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
319 -AGAAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA-ATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTA
* * * * * * * * *
125576 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCAGATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTG
382 TTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTG
* * * * ** * * *
125641 CTTAAAATAGATTATATATGAAT-GTCTAGATCA-GAAA-ATGTGA-AGAAAAACCTATTCATTG
447 GTTAAACTATATTATA-ATTAATAGTCTACTTCAGGAAACAT-TGATACAAAAGCC-ATCCATTG
* *
125702 ATAAG
509 GTAAA
* * ** **********************
125707 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT-TACTCATTTTAAATGATTTATAA
* * * * * * * *
125772 TCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTAAATG
65 TCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAACTAGATTATAATTGAATG
* * * * *** * * * ** * * * **
125836 TCTACTTTAGGAAACACGATGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT
129 CCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCACCC
* * ** * * * * *
125900 AAGCCTT-TAGAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGA-ATTATAATCACATTATTGATTTTTAGT
193 AACCCTTCCA-AAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGT
* * ** ** * * * * * * * *
125963 TGAATTTTTTTTTATTTTTTATGAAAATATATTATAATTGAATGCCTACTTCA-AGAAACGT-AA
256 TAAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGA-AAACATGAA
* * * * * ** *
126026 TACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCTTTTA-AACTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
320 GA-AAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTAT
* * * * * *
126090 TACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTGAA-TCTTTTTACATTTTT
383 TACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATT-AATTTTAAGTTAAACT-TTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * * *
126153 GGGTAAAATAGATTATAATTGAGT-GTTTCCCTT-AAGAAAC-GTGA-AGAAAAAACCATTCATT
446 GGTTAAACTATATTATAATT-AATAGTCT-ACTTCAGGAAACATTGATA-CAAAAGCCATCCATT
126214 GGTAAA
508 GGTAAA
* * ** * * *
126220 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATTATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGA-TTTATAA
* * * ** * ** * *
126285 TCTCATTATTGATTTT-AAATTGAAAGTTTTTACATTTTTGGCTAGAA-TAGATTATATTTAAAT
65 TCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTA-AACTAGATTATAATTGAAT
* ** ** *** * * * * * *
126348 GTCTGCCTGGGGAAACATGAAGAAAAATAGATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
128 GCCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCACCC
* * * * * * ** *
126413 ATGCCC-TCTAAAGCGTTATTACTAGCTTTAGATGATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTT
193 A-ACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * * * * *
126477 AAATTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAGC
257 AAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAGA
* * * * * * * * * * *
126541 AAAAGCCATCCAGTGGCAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATGCGTACCAAAGCCTTATTACT
322 AAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTATTACT
* * ** * * * * *
126606 CGCTTTAAAT-GATTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTATATTTTTGTTTA
387 CGCTTTAAATAGA-TTTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * ** * *
126669 AAATATATTATAATTTAATA-TCCACTTCAGGAATC-GTGA-AGTAAAGCTCATCCATTAGTAAG
451 AACTATATTATAA-TTAATAGTCTACTTCAGGAAACATTGATACAAAAGC-CATCCATTGGTAAA
** * * * ***
126731 AAGGGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGATTT-TANN
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTATA--
******** * * * * ** *
126795 NNNNNNNNATTGATTTT-AAGTTG-AGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGT
64 ATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAACTAGATTATAATTGAAT
* * * ** * * *** ** *
126858 G-TTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTTG-TAAGGTAAGTCCATTTTTAGTCAC
128 GCCT-GCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCA-TTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCAC
*** * ** * **********
126921 CCCTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGT
191 CCAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * * * *
126986 TGAAGGTTT-TTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAATTGTCAGCTTCAGGAAACGTGAT
256 T-AAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAA
* * * * * * ** * * *
127050 GCAAAAA-CAATAGATTAGCAAGAAAAGTTCATTAATAGTCACCCAAACCTTTAAAAACCTTATC
320 G-AAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTATT
* * * * * * * * * * **
127114 AGTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCAT
384 ACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * ** * * * **
127179 AAAAAC-AGATTATAACTGATTG-CTTGTTCTAGAAAACA-TGA-AGACAAAGCCATTCATTGAC
449 -TAAACTATATTATAATTAATAGTCTACTTC-AGGAAACATTGATACA-AAAGCCATCCATTGGT
*
127240 AAC
511 AAA
* * * * * *** *
127243 AAAAGTCCATTTACAGTCACCGATGGCTTTCGAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTATA
* * * * * * * *
127307 ATCTCATTATTGATTTT-AAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAGAAC-AAATTAAAATTCA
64 ATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTT-ATTA-AACTAGATTATAATTGA
* * ** *** * * ** * * *
127370 ATGTCTACCT-AGGAAAACATGAAGAAAAGGTCATCCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCA
126 ATGCCTGCCTCAGG-AAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCA
* * ** * ********** *
127434 CTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAG
190 CCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * * *
127499 TTAACTTTTTTTTTACA--TTTGGTTAAAATAGCTTACATTTGAATGTCT-ATCTCGAGAA-ATG
255 TTAA--ATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATG
* * * * * ** *
127560 TAA-AGAAAAGCC-T--ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTT
318 -AAGA-AAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCT
* * * * *
127621 ATTATTCGCTTTAAAT-GGTCTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AACGTTTTTTACATTT
381 ATTACTCGCTTTAAATAGAT-TTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAAC-TTTTTTACATTT
* * * * * * *
127684 TTGGTTAAAAC-AGATTATATTTGAAT-G---AATGGCAGGAGAA-A-TGTTAAGAAAAAACCAT
444 TTGGTT-AAACTATATTATAATT-AATAGTCTACT-TCAGGA-AACATTGAT-A-CAAAAGCCAT
* *
127742 TCATTGGTAAG
503 CCATTGGTAAA
* * * * *
127753 AAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGA-TTTATA
* * * ********** * * * *
127817 ATCTCATAATTGATTTT-AANNNNNNNNNNTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAAT
64 ATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAACTAGATTATAATTGAAT
** * * * * * * * * * *
127881 GTATGCTTCAAGAAATGTGATA-CAAAAGCCATCCATTTG-TAACAATAGTACATTTATAGTCAC
128 GCCTGCCTCAGGAAATGTGA-AGAAAAACCCATTCA-TTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCAC
* * * * * * ***********
127944 TCATA-CCTTCTAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAG
191 CCA-ACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
128008 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATCATAAATGAATGTC-GACTTTAGAAAATATGA
255 TTAAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTG-CTTTAGAAAACATGA
* ** * * * * * * ** **
128072 AGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATTGCCTTTAAAAGCTTTAT
319 AGAAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCA-AGCCTTCCAAAGCCCTAT
* * * * * * * * * * **********
128136 TACTAGCTTTAAATGGTTTTAAAAACTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTNNNNNNNNNNG
383 TACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACT-TTTTTACATTTTTG
* * * ** * * * *
128200 ATTAAAATATGTTATAATTGAAT-GTCTGTTTCAAGAAAC-GTGACT-TAAAAGCCATCTATTGG
447 GTTAAACTATATTATAATT-AATAGTCTACTTCAGGAAACATTGA-TACAAAAGCCATCCATTGG
*
128262 TAAG
510 TAAA
* * **** ** * **
128266 AAAAGTACATTTATAGTCACCTTTTCCTTCCAAAGCCTTATCACTCACCTTAAATGATTTATAAT
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTATAAT
* * * ********** * *
128331 CTCATAATTGATTTT--ANNNNNNNNNNTTTACATTTTTTATTAAAAC-AGATTATATTTGAATG
66 CACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATT-AAACTAGATTATAATTGAATG
* * * * * ** * ** * **
128393 TCTG-TTCTGAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTCATTGGGAA-GAAAGTTTATTTATAGTT
129 CCTGCCTCAG-GAAATGTGAAGAAAAA-CC---CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCC
* * ** * * * * *
128456 ACCCATCTCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTCATAATCTCAGACTTGATTTTA
189 ACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * **
128520 AGTCAAAATTTT-TTA-AATTTTGGATTAAAATATATCATAATGAAATGTCTACTTCAGGAAATG
253 AGT-TAAATTTTATTACATTTTTGG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACA
* ** * * * ** **
128583 TGAAGCAAAAGTCATCCATT-GACAGGACAAGTCCATTTATAGCCACCCAAG-CTTGTAAAAGCC
316 TGAAGAAAAACCCATACATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTT-CCAAAGCC
* * * * * * *
128646 TTATTACTCGCTTTAAAT-GGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTT-TACTTTCTTTACAT
379 CTATTACTCGCTTTAAATAGAT-TTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACTTT-TTTACAT
* * * * * * * * * * **** **
128709 TTCTGATTAAAATATATTGTAATTGAGT-GTTTGCCTCAGGAAACA-TGAAAAAAAAATTGTTGA
442 TTTTGGTTAAACTATATTATAATT-AATAGTCTACTTCAGGAAACATTGATACAAAAGCCATCCA
* * *
128772 TTAGCAAG
506 TTGGTAAA
* * * * * * ** * * **********
128780 AAAAGTCCATTTATATTTACTCATGCATTCCAAAGCCTTGTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAA
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAATGATTTATAA
* * * * * * *
128845 TCTCATTATTGATTTT-AAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATG
65 TCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAACTAGATTATAATTGAATG
** * ** * * * * * * * *
128908 TTTACCTCAGGAAACATGAAGAGAAAGCCATTTATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCA
129 CCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCACCCA
* ** * **
128972 ATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGATTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT
194 A-CCCTTCCAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** * *
129036 GAATTTTCTTACATTTTGGGTTAAAATATATTATAATGGAATATCTACTTTA-AGAAACATGAAG
257 AAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGA-AAACATGAAG
* * * * * * * ** * *
129100 CAAAAGCCATCCATTAGCAGGACAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTCC
321 AAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTATTAC
* * * * * * * * * *
129165 TCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAA-GTTTGTACATTTTTTGTT
386 TCGCTTTAAATAGATTTATAATCACATTATTAATTTTAAG-TTAAACTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * ** ** * ** *
129229 AAAATAGATAATATTTGAAT-GTATGCCACAAAAAACA-TGA-AGAAAAAGTGATTCATTGGTAA
450 AAACTATATTATAATT-AATAGTCTACTTCAGGAAACATTGATA-CAAAAGCCATCCATTGGTAA
*
129291 G
513 A
* *** * * * * * *
129292 CATCTTTCATTTATAA-TCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATAAGTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTA-AAGTCACCCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTAT
* ********** * *
129355 AATCTCATTA-TNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC-AGATTATATTTGA
63 AATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATT-AAACTAGATTATAATTGA
* * * * * * * * * * *
129418 ATGTCTGCCTCAGTAAATATGATGAAAAAGCCACTCATT-AGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCA
126 ATGCCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGA-CAACAAAAGTCCATTTACAGCCA
** ** * ** * * *
129482 CCCATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTT--ATTCTAAATGGGTTTGTAATCTCATAATTAATTTTT
190 CCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTA-TTCGCTT-TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGA-TTTT
* * * ** * * * * * *
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252 AAGTTAAATT-TTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACA
* * * * * * * * * ** **
129607 -CAATGCAAAAGCCATCCATTATCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTTGAAAGCTT
316 TGAA-GAAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCC
* * * * * * * *
129671 TATTACTCACTTTAGAT-GGTCTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-GACTTTTTTTATATT
380 TATTACTCGCTTTAAATAGAT-TTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAAC-TTTTTTACATT
* * * * * * * * ** ** * * **
129734 TTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAAT-GTTTGCCTCAGGAGATGTAAAGA-AAAAACCATATAT
443 TTTGGTTAAACTATATTATAATT-AATAGTCTACTTCAGGAAACATTGATACAAAAGCCATCCAT
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507 TGGTAAA
* * * * * * ** *
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1 -AAAAGTCCATTTA-AAGTCACCCAA-GCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGAT-TT
* * * * * * * *
129865 ATAATCTCATAATTGATTTT-ATGTTGACTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTG
61 ATAATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAACTAGATTATAATTG
* ** ** ** * * * * * *
129929 AGTGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
125 AATGCCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGCCA
***************** * * * * *
129994 CTNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAG
190 CCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
130059 TTGAATTCTT-TTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGA
255 TTAAATT-TTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGA
* * * * * ** ****
130123 TGCAAAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAA-ACTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCNNNN
319 AG-AAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCTA
****** * * * * *
130186 NNNNNNGCTTTAAAT-GGTCTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTAACATTTT
382 TTACTCGCTTTAAATAGAT-TTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTT-ACATTTT
* * * * *** * * *
130249 TTGTTAAAAC-AGATTAT-ATTGAAT-GTCTGTCTT-AGGAAATACAAAGA-AAAAGCTATTCAT
445 TGGTT-AAACTATATTATAATT-AATAGTCT-ACTTCAGGAAACATTGATACAAAAGCCATCCAT
* *
130309 TAGTAAG
507 TGGTAAA
* * * * * *
130316 AAATGTCCAATTATAGTCACCCATA-CCTTTTAAAGCCTTATCACTCGA-TTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAAT-GATTTAT
* * * * * * * * * * *
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** ** * ** * * * * ** * * * *
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* ** ** * * * * * *
130507 CAAGCCTTTGAAAGCCCAATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATCGATTTTATGTT
192 CAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * ** ****
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321 AAAAACCCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCCT-ATTA
***** * * * * * *
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* * * * * *
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*
130822 GCAAGA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** ** * * * * *
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********** ** * * * * * *
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192 CAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTT-TAAGT
* * * * * * * * * * *
131083 TGAATTCTT-TTGCATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATATTTGC-TCAGGAAACATGAT
256 TAAATT-TTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAA
* * * *
131146 GCAGAAGCCAT-CTATTAGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGT----C-A--C--CC-AAG------
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* * * * *
131193 --C-CGCTTTAAAT-GGTCTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GACATTTTTTACATTTTT
383 TACTCGCTTTAAATAGAT-TTATAATCACATTATTAATTTTAAGTTAAAC-TTTTTTACATTTTT
* * * * * * ** * * ** *
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*
131315 GTAAG
509 GTAAA
* * * * *
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* * ** * * * * * * *
131383 ACTCTCACAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAGTTGAA
63 AATCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAACTAGATTATAATTGAA
** * * * * * * * * * * ** * *
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127 TGCCTGCCTCAGGAAATGTGAA-GAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGC-CA
** * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
131700 ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTGTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
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* * * * *
131764 GATTAAAATATATTATAACTGAAT-GTCTGCTTCAGG-AA-ATGTGA-AGCAAAAGTCATCCATT
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*
131825 GGTAAG
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* * * * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTATAA
* * * * * * * * * * **
131896 TCTCGTAATTGA-TTTAAAATTGAATTTATTTACATATTTAGTTAAAATCTATTATAATTGAATG
65 TCACATTATTAATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAACTAGATTATAATTGAATG
* * * * * * ** * * * *
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** ** * * * * * * *
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192 CAACCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
132088 GAATTCTT-TTATATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAACGTCTGCTTCAAAAAACGTGAAG
257 AAATT-TTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAG
* ** * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
132280 TAAAATATATTATAATTGAATA-TCTGCTTCAAG-AA-ATGTAATACAGAAGCTATCTATTGACA
449 TAAACTATATTATAATT-AATAGTCTACTTCAGGAAACAT-TGATACAAAAGCCATCCATTGGTA
*
132342 AG
512 AA
* * *
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1 AAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
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Statistics
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * * *
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* ** * * *
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130 AAATAATTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTT-TTATATTTTTGGTTAAAATAT
* * ** * * * * * ** *
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* * * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * * ** ***
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** *********** * *
124217 TTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTT-ATTAAAAT
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* * ** * * * * *
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* * * ** * * *
124342 AGTCCATTTACAGTCACCCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCC
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*
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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*
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* * * * * * * ** *****
124836 GCAATCCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACNNNNN
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***** * * * * * *
124901 NNNNNTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTGAATATTTTTACATTTTTGGGTAAAAC
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* * ** * * *
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* * *
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313 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTT
* * * * * *
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64 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTT
** * ** * * * * * *
125585 TTAAATGGTTTTATAGTCAGATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGCTTAAAATA
128 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * ** * * * * *
125650 GATTATATATGAA-TGTCTAGATCAGAAAATGTGAAGAAAAACCTATTCATT-GATAAGAAAAGT
192 TATTATA-ATTAATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAGAAAAA-CAATCCATTAG-CAAGAAAAGT
* ** ** ***********************
125713 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTCAT
253 CCATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
125778 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
318 AATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * * * * * * * * *
125801 TTAAATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTAAATGTCTAC-T-TTAGGAAACACGATGCAAAAGC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTG-CTTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
** * * * **
125864 CA-TCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT-TAGAAGCCTTATTGCTCACT
65 CATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA-AAGCCTTATTACTCGTT
* ** * * * ** *
125927 TTAAATGGAA--TTATAATCACATTATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATGAAAA
128 TTAAAT--AATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * *
125990 TATATTATAATTGAA-TGCCTACTTCAAGAAACGT-AATACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAA
190 TATATTATAATT-AATTGCC-ACTTCAGGAAACGTGAAGA-AAAA-CAATCCATTAGCAAGAAAA
* * * * *
126053 GTCCTTTTAA-ACTCA-CCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATC
251 GTCC-ATTAATAGTCACCCAAA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATC
* *
126116 TCATAATTGAATTTAAGTTGAATCTTT
314 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * *
126143 TTACATTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTC-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
* *
126207 ATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTCGTTTTA
66 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
* ** * * * * *
126272 AATTATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAAAGTTTTTACATTTTTGGCTAGAATAGAT
131 AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AAGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATAT
* * ** * ** * * ** *
126337 TATATTTAAATGTCTGCCTGGGGAAACATGAAGAAAAATAGATTTATT-GATAAGAAAAGTCCAT
195 TATAATTAATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAGAAAAACA-ATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * * *
126401 TTATAGTCACTCATGCCCTCT-AAAGCGTTATTACTAGCTTTAGATGATTTTATAATCTAATAAT
257 TAATAGTCACCCA-AACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* *
126465 TAATTTTAAGTTAAATTTTT
321 TGATTTTAAGTT-GATTTTT
** * * * * * * * *
126485 TTAC-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG-TTTG-CTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTCGTC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * * * *
126547 CATCCAGTGGCAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATGCGTACCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
* * *
126612 AAATGATTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTATATTTTTGTTTAAAATATA
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTT-TATATTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * **
126676 TTATAATTTAATAT-CCACTTCAGGAATCGTGAAGTAAAGCTCATCCATTAGTAAGAAGGGTCCA
194 TTATAA-TTAAT-TGCCACTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAC-AATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
* * * **********
126740 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNAT
256 TTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
*
126805 TGATTTTAAGTTGAGTTTT
321 TGATTTTAAGTTGATTTTT
126824 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTG-TTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
* ** * * *
126888 ATTCATTTGTAAGGTAAGTCCATTTTTAGTCACCCCTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCATTTTA
66 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
**********
126953 AATAATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAAGGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATAT
131 AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATAT
* * ** *
127018 TATAATTAATTGTCAGCTTCAGGAAACGTGATGCAAAAACAATAGATTAGCAAGAAAAGTTCATT
195 TATAATTAATTGCCA-CTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
127083 AATAGTCACCCAAACCTTTAAAAACCTTATCAGTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTG
258 AATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
127148 ATTTTAAGTTGAATTTTT
323 ATTTTAAGTTG-ATTTTT
* ** * * * * *
127166 TTATATTTTT-CATAAAAACAGATTATAACTGATTGCTT-GT-TCTAGAAAACATGAAGACAAAG
1 TTACATTTTTGGTTAAAAA-AGATTATAATTGAGTGCTTCGTCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAA
** * * * * * * *
127228 CCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTACAGTCACCGATGGCTTTCGAAA-CCTTATTACTTGCT
64 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTT
** ** * * * *
127292 TTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAGAAC
128 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--GTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * *
127357 AAATTAAAATTCAA-TGTCTACCT-AGGAAAACATGAAGAAAAGGTC-ATCCATTGGCAAGGAAA
191 ATATTATAATT-AATTG-CCACTTCAGG-AAACGTGAAGAAAA--ACAATCCATTAGCAAGAAAA
* * * * * * **********
127419 GCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTC
251 GTCCATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
*
127484 ATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTT
316 ATAATTGATTTTAAGTTGA---TTTTT
* * * * * * * ** * *
127511 TTACA--TTTGGTTAAAATAGCTTACATTTGAATG--TCTATCTCGAGAAATGTAAAG-AAAAGC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTC-GTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * ** * *
127571 C--T-ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGCTTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
** * * * * * *
127633 AAATGGTCTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AACGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-G-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAT
* * * * * * * * *
127697 ATTATATTTGAA-TG--AATGGCAGGAGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGT
193 ATTATAATT-AATTGCCACT-TCA-G-GAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGT
** ** *
127759 CCAATT-ATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTC
253 CC-ATTAATAGTCACCCAAACCTT-TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
*********
127822 ATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNT
316 ATAATTGATTTTAA-GTTGATTTTT
* * * * * * ** *
127847 TTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATG-TAT-G-CTTCAAGAAATGTGATA-CAAAA
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCT-TCGTC-TCAAGAAACATGA-AGAAAAA
* * * * * * * * * *
127908 GCCATCCATTTGTAACAATAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGCCTTATCACTC-TC
63 ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGT-
** ********** * * * *
127972 TTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
127 TTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * ** * * *
128037 ATATCATAAATGAA-TGTCGACTTTAGAAAATATGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGTAAGAAAAG
191 ATATTAT-AATTAATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAA-ACAATCCATTAGCAAGAAAAG
* * ** * * * * * *
128100 CCCATTTATAGTCA-CCATTGCCTTTAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAAAAACTC
252 TCCATTAATAGTCACCCA-AACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *
128164 GTAATTGATTTTAAGTTGAATATTT
316 ATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
********** * * * * * *** *
128189 NNNNNNNNNNGATTAAAATATG-TTATAATTGAATG--TCTGTTTCAAGAAACGTGACTTAAAAG
1 TTACATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGAGTGCTTC-GTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* ** * * ***
128251 CCA-TCTATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTTTTCCTTCCAAAGCCTTATCACTCACC
64 CCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTT
* * ********** * ** * *
128315 TTAAATGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTACATTTTTTATTAAAACAG
128 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAT
* * ** * * ** * * *
128379 ATTATATTTGAA-TGTCTGTTCTGAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTCATTGGGAAG-AAA
193 ATTATAATT-AATTGCCACTTCAG-GAAACGTGAAGAAAAA--CA---ATCCATTAGCAAGAAAA
** * * * * * *
128442 GTTTATTTATAGTTACCC-ATCTCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTCATAATC
251 GTCCATTAATAGTCACCCAAAC-CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATC
* * ** *
128505 TCAGACTTGATTTTAAGTCAAAATTTT
314 TCATAATTGATTTTAAGT-TGATTTTT
* * * * * * * ** *
128532 TTA-AATTTTGGATTAAAATATATCATAA-TGAAATGTCTAC-T-TCAGGAAATGTGAAGCAAAA
1 TTACATTTTTGG-TTAAAAAAGATTATAATTG-AGTG-CTTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
** * ** * * * * ** *
128593 GTCATCCATTGACAGGACAAGTCCATTTATAGCCACCCAAG-CTTGTAAAAGCCTTATTACTCGC
63 ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CCAAAGCCTTATTACTCGT
** * * * * ** * * *
128657 TTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTTACTTTCTTTACATTTCTGATTAAAAT
127 TTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTATATTTTTGGTTAAAAT
* * * *** * * **
128722 ATATTGTAATTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACATGAA-AAAAA-AATTGTTGATTAGCAAGAAAAG
191 ATATTATAATTAATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAGAAAAACAA---TCCATTAGCAAGAAAAG
* * * * ** * ** * * **********
128785 TCCATTTATATTTACTCATGCATTCCAAAGCCTTGTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCA
252 TCCATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* *
128850 TTATTGATTTTAAGTTGAAATTTT
317 TAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * * *
128874 TTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATGTTTAC--CTCAGGAAACATGAAGAGAAAGC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTT-CGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* ** * * ** * *
128936 CATTTATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTTGCTTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
* * * * * * *
129001 AAATGATTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTGGGTTAAAATATA
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTT-TTATATTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * * * * *
129066 TTATAATGGAATAT-CTACTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAGGACAAGTCCA
194 TTATAAT-TAAT-TGCCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * ** * *
129130 TTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
256 TTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * **
129195 TAATTTTAAGCTGAAAGTTT
321 TGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * * * * **
129215 GTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATG-TAT-GCCACAAAAAACATGAAGAAAAAGT
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCT-TCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * *** * * * * * * **
129278 GATTCATTGGTAAGCATCTTTCATTTATAATCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATAAGTCACTTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
** ** ********** * * * * *
129343 AAATGGTTTTATAATCTCATTATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATA
* ** * * ** * * * *
129408 TTATATTTGAA-TGTCTGCCTCAGTAAATATGATGAAAAAGCCA-CTCATTAGCAAGAAAGGTCT
194 TTATAATT-AATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAGAAAAA-CAATC-CATTAGCAAGAAAAGTCC
* ** * ** *
129471 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTT-ATTCTAAATGGGTTTGTAATCTCATA
255 ATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTT-TAAATGATTTTATAATCTCATA
* *
129534 ATTAATTTTTAA-TTGAATTCTT
319 ATTGA-TTTTAAGTTG-ATTTTT
* * ** * *** * * *
129556 TTGCATTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTGAGTGTCTTC-T-TTGGGAAACA-CAATGCAAAAG
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTG-CTTCGTCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAA
* * * * * * ** * **
129618 CCATCCATT-ATCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACT
64 CCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTT
* ** * * * ** *
129682 TTAGATGGTCTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
128 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-AGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * * ** * *
129747 GATTATATTTGAATGTTTG-C-C-TCAGGAGATGTAAAGAAAAAACCATATATTGGAAAGAAAAG
192 TATTATAATT-AA---TTGCCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAG
* * * * * * * * * *
129809 TCCAATT-ATAATCA-CTAATTCCTTCGAAAACTTTAGTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCT
252 TCC-ATTAATAGTCACCCAA-ACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
*
129872 CATAATTGATTTTATGTTGACTTTTT
315 CATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTT
* * * * * * * * *
129898 TTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAGTG-TTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
* * ***************** *
129962 ATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTA
66 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
** * * * * * * *
130027 AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATACAT
131 AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATAT
*** * * * * * *
130092 TATAATTGAA-TGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAA-ACTCA
195 TATAATT-AATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTC-CA
* * ********** * * *
130155 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAAC
256 TTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
*
130220 TGATTTTAAGTTAACTTTTT
321 TGATTTTAAGTTGA-TTTTT
* * * * * * * ** *
130240 TAACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT-ATTGAATG--TCTGTCTTAGGAAATACAAAGAAAAAGC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTC-GTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * ** * *
130302 TATTCATTAGTAAGAAATGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTTTAAAGCCTTATCACTCGATTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
* ** * ** *
130367 AAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATA
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-AGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATA
* * **** * * * * * * * *
130432 TTATGATTGA-TGTTTGTTTTAGGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAATCCAT
194 TTATAATTAATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * *
130496 TTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCCAATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATC
257 TAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* *
130561 GATTTTATGTTGAATGTTT
322 GATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * * * * * *
130580 TTACAGTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT-TTTTG-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTCGTC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * ** **********
130643 TATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAGGCCTTTGAAAGCCTNNNNNNNNNNTTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
** ** * * ** * *
130708 AAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGCTGACTTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACATA
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-AGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATA
* * * * *
130773 TTATAATTGAGTGATTG-C-CTT-A-GAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATC
194 TTATAATT-A---ATTGCCACTTCAGGAAACGTGAAGA-AAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTC
* * ** * * * *
130834 CATTTACAGTCACCCATGCCATTCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTG-TTTTATAATCTCAT
254 CATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAT
* * *
130898 TATTGATTTTAAGTAGAATTGTT
318 AATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * *
130921 TAACATTTTTAGTTAAAATAGATTA-AACTTCAATGTCTAC--CT-TAGAAAACATGAAGAAAAA
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAA-TTGAGTG-CTTCGTCTCAAG-AAACATGAAGAAAAA
** * * ********** *
130982 GTCATTCCTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACAC-TC
63 ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGT-
* * * * * ** *
131046 TTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTCATTTCT-GGTTGAATTCTTTTGCATTTTTAGTTAAAA
127 TTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTT-TAAGTTGAAGT-TTTTATATTTTTGGTTAAAA
*** * * * * * *
131110 TATATTATAATTGAATAT-TTGC-TCAGGAAACATGATGCAGAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAG
190 TATATTATAATT-AAT-TGCCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAG
* * * *
131173 -CTCATTTATAGTCA--C---CC-----AAG-C------C--GCTTTAAATGGTCTCATAATCTC
252 TC-CATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *
131218 ATAATTAATTTTAAGTTGACATTTT
316 ATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTT
* * * * *** *
131243 TTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATG--TCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAAC
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTC-GTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * * **
131306 CATTTATCGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTT
** * * * * *
131371 AAATGGTTTTATACTCTCACAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATA
130 AAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * * * *
131436 TTATAGTTGAA-TG-TATGCTTTAGGAAACGT-AACGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAGGTA
194 TTATAATT-AATTGCCA--CTTCAGGAAACGTGAA-G-AAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTC
* * ** ** ** *
131498 TATCT-ATACTCACTTATCCCATCCG-AAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
254 CAT-TAATAGTCACCCAAACC-TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* *
131561 TAATTAATTTTAAATTGAATTTTT
317 TAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * * * * *
131585 TT-CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGC-T-TC-AGTAAACGTGATGCAAAAG
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGT-GCTTCGTCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAA
** * * * ** ** * * **
131646 CCA-TCAATTGACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATATCTTCTGAAGACTTATCACTCACT
64 CCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTT
** ** * * * *
131710 TTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTGTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
128 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAT
* ** * * * *
131775 ATTATAACTGAA-TGTCTGCTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGTAAGAAAAGTC
193 ATTATAA-TTAATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAA-ACAATCCATTAGCAAGAAAAGTC
* * ** * * * *
131838 CATTTATAGTTACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCGT
254 CATTAATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * *
131902 AATTGATTTAAAATTGAATTTAT
318 AATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * *** * * * * * *
131925 TTACATATTTAGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTCTGC-T-TC-AGAAAACGTGATGCAAAAG
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTG-CTTCGTCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAA
* ** * * * ** * * **
131987 TCA-TCTATTGACAAGAAAAGTACATATATACTCACCCATGCCTTCTGAAGCCTTATCATTCACT
64 CCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTT
* ** * * * * *
132051 TCAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAA-A
128 TTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATA
* * * ** ** * * * * *
132115 GATTATATTTGAA-CGTCTGCTTCAAAAAACGTGAAGCAAAATTC-ATCCATTGGTAGGACAAGT
192 TATTATAATT-AATTG-CCACTTCAGGAAACGTGAAG-AAAA-ACAATCCATTAGCAAGAAAAGT
* * * * ** * * *
132178 CCATTTATAGT-ATCCCAAGCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCACA
253 CCATTAATAGTCA-CCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * *
132242 TTATTGATATTCAGTTAAATTGTTT
317 TAATTGATTTTAAGTT-GATT-TTT
* *
132267 TTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
1 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGA
132299 ATATCTGCTT
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAGTGCTTCGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACC
ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATT
ATAATTAATTGCCACTTCAGGAAACGTGAAGAAAAACAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTAAT
AGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGATTTTT
Found at i:131703 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 131196--132356 Score: 1070
Period size: 170 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
131186 ACCCAAGCCG
* * *
131196 CTTTAAATGGTCTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACATTTTTTACATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTCATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * ** * *
131261 TAGATTATATTTGAATGTCTGTCTT-GGGAAACATAAAGAAAAAACCATTTATCGGTAAGAAAAG
65 TATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
131325 TCCAATTATAGTCACTCATACCTTCTAAAGCCTTATTACTCA
129 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTGAAGCCTTATCACTCA
* * * * *
131367 CTTTAAATGGTTTTATACTCTCACAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTGATTAAAA
* * * * * *
131432 TATATTATAGTTGAATGTATGCTTTAGGAAACGT-AACGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAGG
65 TATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAA-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
** * * ** * * * **
131496 TATATCTATACTCACTTATCCCATCCGAAGCCTTATCACTTG
129 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTGAAGCCTTATCACTCA
* *
131538 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAAAAT
* * * * * * *
131603 ATATTATAATTGAATATCTGCTTCAGTAAACGTGATGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAATA
66 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
131668 CATTTATAGTCACTCATATCTTCTGAAGACTTATCACTCA
131 CATTTATAGTCACCCATACCTTCTGAAGCCTTATCACTCA
* *
131708 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTGTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-TCATTTTTGATTAAAA
* * * *
131772 TATATTATAACTGAATGTCTGCTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
131837 CCATTTATAGTTACCCA-AGTCTT-TGAAAGCCTTATTATTCA
130 CCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCTG-AAGCCTTATCACTCA
* * * * * * *
131878 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTAAAATTGAATTTATTTACATATTT-AGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTCATTTTTGA-TTAAA
* * * * * *
131942 ATCTATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACGTGATGCAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
132007 TACATATATACTCACCCATGCCTTCTGAAGCCTTATCATTCA
129 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTGAAGCCTTATCACTCA
* *
132049 CTTCAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT-ATTTTTTG-TTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TCA-TTTTTGATTAA
* * * ** ** * * *
132112 AA-AGATTATATTTGAACGTCTGCTTCAAAAAACGTGAAGCAAAATTCATCCATTGGTAGGACAA
63 AATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
132176 GTCCATTTATAGT-ATCCCA-AGCCTT-TAAAAGGCTTATTACTCA
128 GTCCATTTATAGTCA-CCCATA-CCTTCT-GAAGCCTTATCACTCA
* * * * * * * *
132219 CCTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATATTCAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-CATTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
132284 ATATATTATAATTGAATATCTGCTTCAAGAAATGT-AATACAGAAGCTATCTATTGACAAGAAAA
64 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAA-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
132348 GTCCATTTA
128 GTCCATTTA
132357 AACTCACCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAAAAT
ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATACCTTCTGAAGCCTTATCACTCA
Found at i:133407 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 132607--135597 Score: 2076
Period size: 171 Copynumber: 17.5 Consensus size: 171
132597 ATCTATGTTG
* ** * * * * * *
132607 GGAAACATGAAGAAATAGTAATTCATTGGCAAGCAAATTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
* ********** *
132672 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* * *
132737 TACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTA
129 TATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * **********
132780 GGAAACATGAAGATAAAGCCATTTATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-NNNNNNNNNNCG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-
* * * * * * * *
132844 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGTTTTTATAATCTGATAATCGATTTTCAGCTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
132909 ATATTTCTAGTTAAAATACATTATAATTTAATGTCTGACTT-
130 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * * * **
132950 GAAAACATGGAG-AAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATATATAGTCATCCATGCCTGCCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
* * * * *
133014 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTGA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * * * **
133079 TATTGTTGGTTTGCACTAGATAATATTTGAATGTCCG-CTTCA
131 TATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-A
* ** * * * * *
133121 AGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTACAATCAACCATACCTTTT
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
* * * *
133185 ACAGCTTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
133250 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCCTAA
130 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
** * * * * * *
133292 GGAAATGTGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAGGTCCTTTTACAGTCACCCGTGCCTTCCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
* * * * * * * *
133357 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATTTTATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
133422 CATTGTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTG-CTTCA
131 TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-A
* * * * * * * ** *
133463 GG-AACGTGATGCAGAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCAAGTATTTG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
* * * * * * * * *
133526 AAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTCATGATCACAGTATTCATTTTCAA-TTGAATATTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTT
* * *
133590 TATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTCA
129 TATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-A
* * * * * * * * *
133633 GAAAACTTGATACG--AAAGCCATCCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTT
1 GGAAACATGA-A-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * * *
133696 AAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT
64 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
133760 TATATTTTT-GTTTAAAATAGATTCTAATTGAGTGTTTTCCCTTA
129 TATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTTGCCTTA
** * * * * * * *
133804 -GAAATGTGAAGACAAAA-TCATTCATTGGCAATG-AATGCCCATTTACAATCACCCAAGCCTTC
1 GGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * *
133866 CAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT
64 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
133931 TACATTTTTAGTTAAAATAGACTATATTTGAATGTTTGCCTCA
129 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * * * * * * * *
133974 GGAAATATAAAGAAAAAGTCACTAATTGTCAAGGAAGGT-CTTTCTACAGTCACTCATGCCTTTC
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCCATGCCTTTC
** * * ********** *
134038 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTGTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
134103 ATATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTG-CTTNN
130 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-A
******** * * * * * ** *** *
134145 NNNNNNNNGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACTAAAATCTTTGA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
* * * * *
134210 AAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTAATTTTCA-TATGAATTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT
* * * *
134274 ACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCTTTA
130 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTA
* * ** * * * * * * *
134316 AGAAACATGATA-CAAAAGCCAACCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAAACTCACCCAAGCTTTTG
1 GGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
* * * *
134380 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGACA--TTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* *
134443 TATATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTA
129 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * * * *
134486 GGAAATATGAAGATAAAA-CCATTCATTGGTAACAAAAGTCTATTTACAGTCATCTATG-CTTTC
1 GGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
* * * * * * * * *
134549 TAAAACCTTATTACCCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATGATTGATTTTAATTTAAAGTTTTT
65 -AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
134614 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTA
129 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * ** * * *
134657 GAAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGACTAGTCCATTTATTGTCACCCATACTTTTCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
********** * *
134722 AAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAGTTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
134787 TATTTTTATTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACC-TC
131 TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * ** * *
134827 GTGAAACATGAAGAAAATA-TCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC
1 G-GAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* ********** * *
134891 CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCCCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
64 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
134956 TATATTATTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTT-CATCA
129 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTA
* * * * ** * * *** *
134999 TGAAACGTTAAGACAAATTCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATTTATACC-TTCT
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-
* ** *
135063 AAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATCTTAAGTTGAATTTGTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT
* * * * * * *
135128 TACATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATAGAATGTTTACTTTA
129 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * * * * *
135171 GAAAACATGATGTAAAAGCTATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCATTCCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
* * *
135235 AAGCCTTATTAATCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
135300 CA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTA
131 TATTTTTA-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * * * *
135341 GGAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGACAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
* * * *
135406 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * * * ** *
135471 ATATTTTT-GTTTAAAACAAATTAAAACTCAATGCCTACCTT-
130 ATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
* * **
135512 GTGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
1 G-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
135577 AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
135598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2169, Mismatches: 585, Indels: 129
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 114 0.05
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA
Found at i:134676 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 132844--135597 Score: 1635
Period size: 512 Copynumber: 5.4 Consensus size: 505
132834 NNNNNNNNCG
* * * * * * *
132844 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGTTTTTATAATCTGATAATCGATTTTCAGCTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * * * **
132909 ATATTTCTAGTTAAAATACATTATAATTTAATGTCTGACTT-GAAAACATGGAGAAAAGTCATTC
65 ACATTT-TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGAAAAACCATTC
* * * * * * *
132973 ATTGGCAAAAAAAGTCCATATATAGTCATCCATGCCTGCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
129 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCCATGCTTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *** *
133038 GTTTTATAATCTTATTATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTGATATTGTTGGTTTGCACTAGATAAT
194 GTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAAC-AGATTAT
* * * ** *
133103 ATTTGAATGTCCGCTTCA-AGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTT
257 AATTGAATGTCTGCTTCAGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
133166 ACAATCAACCATACCTTTTACAGCTTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATTATTGA
320 AAAATC-ACCAAACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA
* * *
133231 TTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCC-TAAGGA
384 TTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAA-GA
* * * **
133295 AATGTGAAGAAAAAGCC-ACTCATTGGCAAGAAAGGTCCT-TTTACAGTCACCCGTGCCTTCC
447 AATGTGAA-CAAAAGCCAAC-CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTA-AATCACCCAAGCCTTCC
* * * ** * *
133356 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATTTTATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * *
133421 ACATTGTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAACGTGATGCAG--AAGCCA
65 ACATT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAA-AT-ATGAAGAAAAACCA
* *
133483 -TCTATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCAAG-TATT-TGAAAGCCTTATTACTCACT
126 TTC-ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTACAGTCATCCATGCT-TTCT-AAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
133544 TAAAATAGTTTCATGATCACA-GTATTCATTTTCAA-TTGAATATTTTTATATTTTTTA-TTAAA
187 TTAAATAGTTTTATAATCTCATG-ATTGATTTT-AAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTAGTTAAA
* * * * *
133606 ATATATTATAATTGAATGTCTGTTTCAGAAAACT-TGATACG--AAAGCCATCCATCGGTAAGAA
248 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAA-TATGA-A-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * *
133668 AAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATC
310 AAGTCCATTTAAAATCA-CCAAACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * ** * *
133732 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTCTAATTGAGTGTTT
374 TCATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATG-TT
* ** * * *
133797 TCCCTT-AGAAATGTGAAGACAAAA-TCATTCATTGGCAATG-AATGCCCATTTACAATCACCCA
438 T-CCTTAAGAAATGTG-A-ACAAAAGCCAACCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTA-AATCACCCA
133859 AGCCTTCC
498 AGCCTTCC
* * * * *
133867 AAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * * * * *
133932 ACATTTTTAGTTAAAATAGACTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTCACT
65 ACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGAAAAA-CCATT
* * * * *
133997 AATTGTCAAGGAAGGTCT-TTCTACAGTCA-CTCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCTATT-TACAGTCATC-CATG-CTTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ********** * * *
134059 AAT-GATTTTATAAACTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATA
190 AATAG-TTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ********** * * * *
134123 TTGTAATTGAATGTTTGCTTNNNNNNNNNNGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGTAAAGCCCAT
253 TTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
134188 TTATAGTCACTAAAATCTTTGAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATT
318 TTAAAATCAC-CAAACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* * * * *
134253 AATTTTCA-TATGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTTTAA
382 GATTTTAACT-TGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCC-TTAA
** * * **
134317 GAAACATGATACAAAAGCCAACCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAAACTCACCCAAGCTTTTG
445 GAAATGTGA-ACAAAAGCCAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAA-TCACCCAAGCCTTCC
*
134380 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGACA-TTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* *
134444 ATATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGATAAAACCATT
65 ACATT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGA-AAAACCATT
* * * * * *
134509 CATTGGTAACAAAAGTCTATTTACAGTCATCTATGCTTTCTAAAACCTTATTACCCCCTTTAAAT
128 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCCATGCTTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
134574 AGTTTTATAATCTTATGATTGATTTTAATTTAAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
193 AGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * **
134639 ATTTGAATGTCTGCCTT-AGAAAATATGAAGAAAAAGCCA-CTCATTTGCAAGACTAGTCCATTT
257 AATTGAATGTCTG-CTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
*** * * * * **********
134702 ATTGTCACCCATACTTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATTATTGA
320 AAAATCA-CCAAACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA
* * * * * * * * * ***
134767 TTTTAAGTTTAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTCGTGAA
384 TTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGAA
** * ** *** ** * * * *
134832 ACATGAAGAAAATATCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCC
448 ATGTGAACAAAA-GCCAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-AATCACCCAAGCCTTCC
* ********** * * * *
134892 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCCCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * * * * * * ** * **
134957 ATATTATTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTT-CATCATGAAACGTTAAGACAAATTCAT
65 ACATT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAGGAAATATGAAGA-AAAACCAT
* * ** * * * *
135021 TCATTGACAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCATTTATACCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTATAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTACAGTCATCCATGCTTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* ** * * * * *
135085 ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATCTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATAT
191 ATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * * *
135150 TATAATAGAATGTTTACTTTAGAAAACATGATGTAAAAGCTATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATT
254 TATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *** * ** * * *
135214 TATAGTCACCCGTGCATTCCAAAGCCTTATTAATCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATTATTG
319 TAAAATCA-CCAAACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTG
* * * * * * * *
135279 ATTTTAAGTTGAATTTTTCTACA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGG
383 ATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTA-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAG
* * * * * ** * *
135343 AAATATGAAGAAAAAGCC-ACTCATTTGCAAGACAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTC
446 AAATGTGAA-CAAAAGCCAAC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-AATCACCCAAGCCTTCC
* * * * *
135405 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTA-CTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATC-GATTTTAAGTTGAA--TTTT
* * * * * * * ** * * *
135469 TTATATTTTTGTTTAAAACAAATTAAAACTCAATGCCTACCTT-GTGAAACATGAAGAAAAAGTC
63 TTACATTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAATATGAAGAAAAA-CC
* ** * * * *
135533 ATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
125 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCCATG-CTTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTT
135597 A
189 A
135598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1717, Mismatches: 437, Indels: 174
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 4 0.00
511 231 0.13
512 689 0.40
513 608 0.35
514 171 0.10
515 10 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (505 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGAAAAACCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCCATGCTTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
TTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTGCTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAATC
ACCAAACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAC
TTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAAGAAATGTGAAC
AAAAGCCAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAATCACCCAAGCCTTCC
Found at i:134873 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 132843--135597 Score: 2311
Period size: 683 Copynumber: 4.0 Consensus size: 679
132833 NNNNNNNNNC
* * * ** * * **
132843 GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGTTTTTATAATCTGATAATCGATTTTCAGCTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATTTTCATATGAATTTTTT
* * * * * * * *
132908 TATATTTCTAGTTAAAATACATTATAATTTAATGTCTGAC-TTGA-AAACATG-GAGAAAAGTCA
66 TATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT--CTTTAAGAAACATGATACAAAAGCCA
* * * * * * * *** *
132970 TTCATTGGCAAAAAAAGTCCATATATAGTCATCCATGCCTGCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAG-CTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * ** *
133035 ATAGTTTTATAATCTTATTATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTGATATTGTTGGTTTGCACTAGAT
193 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATT-TTGGTTTAAAATAGAT
* * ** * * *
133100 AATATTTGAATGTCCG-CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCA
256 TATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGATAAAACCATTCATTGGC-AA-AAAAGTCCA
* * * * * *
133163 TTTACAATCAACCATACCTTT-TACAGCTTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATTA
318 TTTACAATCACCCAT-GCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA
* * * * * * *
133227 TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCCTAA
382 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTA
* * * * *
133292 GGAAATGTGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAGGTCCTTTTACAGTCACCCGTGCCTTCCA
446 GGAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGAAAGGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTCA
* * * * * * *
133357 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATTTTATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTA
511 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
* * * * ** * * * * * * * *
133422 CATTGTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCTTCAG-G-AACGTGATGCAGAAGCCATC
576 TATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTC-GTGAAACATGAAGCAAAAACCATC
* *
133485 TATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCCAAGTATTT
640 TATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGTCTTT
* * * * * * * *
133525 GAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTCATGATCACAGTATTCATTTTCA-ATTGAATATTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATTTTCATA-TGAATTTTT
* * * * *
133589 TTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTCAGAAAACTTGATACGAAAGCCA
65 TTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCTTTAAG-AAACATGATACAAAAGCCA
* *
133654 TCCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAA
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
133718 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATT
193 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTGGTTTAAAATAGATT
* * * ** * * * * *
133783 CTAATTGAGTGTTTTCCCTTA-GAAATGTGAAGACAAAATCATTCATTGGCAATGAATGCCCATT
257 ATAATTGAATG-TTTGCCTTAGGAAACATGAAGATAAAACCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATT
* * *
133847 TACAATCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTG
320 TACAATCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTG
* * * *
133912 ATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGA
385 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGA
* * * * * *
133977 AATATAAAGAAAAAGTCACT-AATTGTCAAGGAAGGT-CTTTCTACAGTCACTCATGCCTTTCAA
449 AATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTG-CAAGAAAGGTCCATT-TACAGTCACCCATGCCTTTCAA
* * ********** * *
134040 AGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTGTTTTAT
512 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAT
* * ** * * * * ********** * * *
134105 ATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCTTNNNNNNNNNNGATGCAAAAGCCATCCA
577 ATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGCAAAAACCATCTA
* * * *
134170 TTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACTAAAATCTTT
642 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTT
* * *
134208 GAAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTAATTTTCATATGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATTTTCATATGAATTTTTT
* *
134273 TACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCTTTAAGAAACATGATACAAAAGCCAA
66 TATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-CTTTAAGAAACATGATACAAAAGCCAT
* * *
134338 CCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAAACTCACCCAAGCTTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
134403 TGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGACA-TTTTTATATTATTAG-TTAAAATAGATT
194 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATT-TTGGTTTAAAATAGATT
* * * *
134466 ATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAATATGAAGATAAAACCATTCATTGGTAACAAAAGTCTATTT
257 ATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGATAAAACCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTT
* * * * * * * * * *
134531 ACAGTCATCTATGCTTTCTAAAACCTTATTACCCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATGATTGA
321 ACAATCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA
* * *
134596 TTTTAATTTAAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAA
386 TTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* ** * *
134661 ATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGACTA-GTCCATTTATTGTCACCCATACTTTTCAAAG
450 ATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGA-AAGGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTCAAAG
* ********** *
134725 CCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAGTTTTTTTATAT
514 CCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAT
** * *
134790 TTTTATTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAG-AAAATATCATTTAT
579 TTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGCAAAA-ACCATCTAT
** * * * * *
134854 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC
643 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTT
* * ********** * * *
134891 CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCCCATTATTGATTTTAAGT-TGAGTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATTTTCA-TATGAATTTTT
* * * * * * * * * * * * **
134955 TTATATTATTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTTCATCATGAAACGTTA-AGACAAATTC
65 TTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TCTTTAAGAAACATGATACA-AAAGCC
* * * * * *** * * *
135019 ATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATTTATACCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTATA
128 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCA-AGCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
135084 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATCTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGG-TTAAAAGAT
192 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATA-TTTTGGTTTAAAATAG
* * * * * * * *
135148 ATTATAATAGAATGTTTACTTTAGAAAACATGATG-TAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAGTCCA
254 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGATAAAA-CCATTCATTGGCAAAAAAGTCCA
* * * * * *
135212 TTTATAGTCACCCGTGCATTCCAAAGCCTTATTAATCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATTAT
318 TTTACAATCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* *
135277 TGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTA
383 TGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTA
**
135341 GGAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGACAA-GTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTC
446 GGAAATATGAAGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGA-AAGGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTC
*
135405 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
510 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTT
* * * * *
135470 TATATTTTTGTTTAAAACAAATTAAAACTCAATGCCTACCTTGTGAAACATGAAG-AAAAAGTCA
574 TATATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGCAAAAA-CCA
* ** * * *
135534 TTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
638 TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTT
*
135576 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
135598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1666, Mismatches: 366, Indels: 79
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 16 0.01
682 382 0.23
683 746 0.45
684 339 0.20
685 181 0.11
686 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (679 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATTATTGATTTTCATATGAATTTTTT
TATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCTTTAAGAAACATGATACAAAAGCCATC
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAACTCACCCAAGCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTGGTTTAAAATAGATTATAA
TTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGATAAAACCATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTACAAT
CACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGA
AGAAAAAGCCACTCATTTGCAAGAAAGGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATT
ACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGT
TAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTACCTCGTGAAACATGAAGCAAAAACCATCTATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTT
Found at i:137156 original size:340 final size:329
Alignment explanation
Indices: 136554--137225 Score: 750
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 329
136544 TTATAATTGA
* *
136554 TTTTAAGTTGAAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAGTATATTATAATTGAATGTTTATGTCAGGAA
1 TTTTAAGTTGAAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTGATGTCAGGAA
* * * * * * *
136619 ATATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGC
66 AGATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA--CACCCATGCATTCCAAAGC
* * *
136684 TTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTG
129 TTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAATCCCATTACTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTG
* *
136749 TTGGTTAAAACAGATAACATTTGAATGTCTACCTCGTGAAACATAAAGAAAAAAATCATTCATTA
194 TTGGTGAAAACAGATAACATTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAATCATTCATTA
* * * ** *
136814 GCAAGAAAAGTGCATTTATAGTTATCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
259 GCAAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CCATGCCTTTCAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTT
136879 TATAATC
323 TATAATC
136886 NNNNNNNNNNTTTTAAGTT-AAATTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAAT
1 ----------TTTTAAGTTGAAA-TTTTTTTT--ATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * *
136949 GTCTGCT-TTAGGAAAGATGATGCAAAAGCCATCTATTGACAAG-AAAGTCCATTTATA-ACCCA
52 GT-TGATGTCAGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACACCCA
* * *
137011 TGCATTCCAAAG-TCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTG
116 TGCATTCCAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAATCCCATTACTGATTTTAAATTG
* * * * * **
137075 AATTGTTTTACATTTTTTGTGAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTC-AGAAA-AT-GTGAA
180 AATT-TTTTACATTGTTGGTGAAAACAGATAACATTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAA
* * *
137137 GAAAAAGCTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCATGCCTTTGAAAGCCATATTAC
244 -AAAAATC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCATGCCTTTCAAAGCCATATTAC
137202 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
307 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
137225 T
1 T
137226 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 37, Indels: 31
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
338 3 0.01
339 52 0.18
340 94 0.33
341 42 0.15
342 17 0.06
343 15 0.05
344 58 0.20
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (329 bp):
TTTTAAGTTGAAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTGATGTCAGGAA
AGATGAAGAAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACACCCATGCATTCCAAAGCTT
TATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAATCCCATTACTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTGTT
GGTGAAAACAGATAACATTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAATCATTCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTTATACTCACCATGCCTTTCAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATC
Found at i:137502 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 136085--137502 Score: 811
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 168
136075 CAGATAATAT
* * * * *
136085 TTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGACAAAATG--ATCCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTAT
1 TTGAATGTCTACC-TCGGAAACATGAAGA-AAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ***
136148 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAA-TNNNN
63 AGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GAT
****** * * * * *
136212 NNNNNNTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAA
127 TTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGTTATAA
* * * * * * ** * * * *
136256 TTGAGTGTTTGCCTTAGGAGACGTGAAGAAAAAGCCGCTCATTTG-TAAGACAAGTCGATTTATT
1 TTGAATGTCTACC-TCGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* ********** * * *
136320 GTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATGTCATTATTGATTT
64 GTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTT
* * * * * *
136385 TAGGTTCAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAAATTAAAA
129 TAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTT-AAAATAGTTATAA
* * * * * * * * * **
136427 TTCAATATCAATCTTGTGAAACAATAAAGAAAATGACATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTCGT
1 TTGAATGTCTACCTCG-GAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTAT
* ** * ** * * *
136491 AGTCACCTATGAGTTTAAAAG-CTTAATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGAT
63 AGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
**
136555 TTTAAGTTGAAATTTTTTTTATTTTT-GATTAAAGTATA-TTATAA
127 TTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAA--ATAGTTATAA
* ** * * * *
136599 TTGAATGTTTATGTCAGGAAATATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
136664 TCACCTATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATTATTGATTTT
65 TCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT
* * * * * *
136729 AAATTGAATTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATA-ACA
130 AAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGTTATA-A
* ** *
136768 TTTGAATGTCTACCTCGTGAAACATAAAGAAAAAAATCATTCATT-AGCAAGAAAAGTGCATTTA
1 -TTGAATGTCTACCTCG-GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * **********
136832 TAGTTATCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNT
62 TAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
*
136897 TTTAAGTTAAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA
127 TTTAAGTTAAA---TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GTTATAA
* * * * * *
136943 TTGAATGTCTGCTTTAGGAAAGATGATGCAAAAGCCA-TCTATTGACAAG-AAAGTCCATTTATA
1 TTGAATGTCTAC-CTCGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
137006 ---ACCCATGCATTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATTACTGATTT
64 GTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTT
* * * *
137068 TAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTGAAAATAGATTATAT
129 TAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAG-TTATAA
* * *
137110 TTGAATGTCTACCTCAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCTATTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 TTGAATGTCTACCTCGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *********
137173 ACTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNN
63 AGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATT
* * * * * *
137237 NTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATTATAA
128 TTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAG-TTATAA
* * * * * **
137280 TTGAGTGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTACC-TCGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
137345 TCACCCATGCTTTTGAAATCCGTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAACGGATTTT
65 TCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT
* *
137410 AAGTTAAATTTGTTTACATTTTTATTTACAATATGTTATAA
130 AAGTTAAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATA-GTTATAA
* * * *
137451 TTGAATGTCTGCTCTCGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
1 TTGAATGTCTAC-CTCGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
137503 NNNNNNNNNN
Statistics
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CACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGTTATAA
Found at i:138047 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 137656--140140 Score: 1641
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 171
137646 NNNNNNNNNN
* * * *
137656 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATAA-GGTTTTATAATATCATTAT
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * ** * * ** * * *
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1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** ** * *
138063 GATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTTG-TGAAAACAGGTTATGTTTGAATGTTTGCCTTAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGAT-AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * *
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* *********** * *
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1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
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* ** ** * *
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* * * ******
138512 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNN
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
**** * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * ** * **********
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1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
138747 GATTTTAAGTTAAATTTATTTATATTTTTGGATAAAATATAGTGTAATTGAATGTCTGA--TTTA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGT-TTACCTTGA
* * * * *
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* ** * * * * *
138853 TTATAGTC-CCTC-TAACCTTTGAAAGCCTTATGACTCGCTTAAAATGGTTTTAAAATCCCGTAA
1 TTATAGTCACC-CAT-GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
138916 TAGATTTCAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGAGAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTT
64 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT
* *
138981 -ATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGACTAT
128 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
139025 TTATAGTCACCCATGTCTTTCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
139090 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TGAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCC-TCA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGAT-AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * *
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* * ** * * * *
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* * *
139259 TGATTTTAAGTAAGATTTTTTTTAACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTAAATGTCTT-CCT
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* * * *
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* * * * * * *
139368 TTATTGTTACCCATGGCTTCAAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATG
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
139433 GATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTGTT--TTAAAATATAGTATAATTGAATGTTTGCTTTAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * **
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* * * * * * *********
139537 TTATAGTGACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC-ATTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * ** * *
139601 TGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTATGGCTAAAATAGATCGTAATTGAGTGTTTACCTTGG
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* *
139666 GAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
130 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* ********* * *
139708 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CTTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTAT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * **
139772 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATAAT-ATTAAAATGTAAACCTTG
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATT-GAATGTTTACCTTG
* * ** * *
139836 GGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
129 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * ** * * * * *
139879 TTATATTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCACTTAAAACGGTTTTAAAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
139944 GATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGATGAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTT-AT
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-
** * * *
140008 GAAATGTAAAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAAGACTAT
130 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * *
140050 TTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATTAATCTCATTAC
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAAT
* *
140114 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATT
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
140141 GTTGGTGAAA
Statistics
Matches: 1772, Mismatches: 486, Indels: 112
0.75 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 133 0.08
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171 868 0.49
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173 80 0.05
174 58 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
Found at i:138220 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 138035--138351 Score: 384
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
138025 TTATTACTCG
* * *
138035 CTTTACATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTTGTGAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAA
* * * * * **
138100 CAGGTTATGTTTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATT-GCCATGAAAA
66 CAGATTATATTTGAATGTATACCTTAAAAAACATGAAG-AAAAAACCATTCATTCG-CAAAAAAA
138164 GACTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCNNNNNNNNNNA
129 GACTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGC----------A
* *
138207 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAA
* * *
138272 CAGATTATATTTGAATGTATACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAAAAAAGT
66 CAGATTATATTTGAATGTATACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTCGCAAAAAAAGA
138337 CTATTTATAGTCACC
131 CTATTTATAGTCACC
138352 CATACCTTTC
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 15, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 36 0.28
172 93 0.72
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAA
CAGATTATATTTGAATGTATACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTCGCAAAAAAAGA
CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCA
Found at i:139683 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 139415--139733 Score: 297
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
139405 CTTTAAATGG
* * ** *
139415 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTGTTTTAAAATATAGTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTCAAATTTTTTCACATTTATGCTAAAATAGAGTATAAT
* * *
139480 TGAATGTTTGCTTTAAGAAACATGAAGAAAAAA-CCATCCATTGATAAG-AAAGTGC-ATTTATA
66 TGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATA
* *
139542 GTGACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
130 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
* *
139574 TTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTATGGCTAAAA
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* * ** * * *
139639 TAGA-TCGTAATTGAGTGTTTACCTTGGGAAATATGAAG-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAA
55 TAGAGT-ATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCCATCCATTGACAAGAAAA
* *
139702 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
119 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
139734 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 21, Indels: 18
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTCAAATTTTTTCACATTTATGCTAAAATAGAGTATAAT
TGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
Found at i:140022 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 137656--140140 Score: 1646
Period size: 343 Copynumber: 7.3 Consensus size: 338
137646 NNNNNNNNNN
* * * *
137656 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATAA-GGTTTTATAATATCATTAT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACACGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * * * * * * * **
137720 TCATTTTAATTTATATTTTTTTACATTTATAGTTAAAATAGATAATATGGGACTGTGTACCTTGG
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GTTAAAACAGAT-ATAT-TGAATGTATGCCTTAA
* * * *
137785 GAAACATGAA-AAAACAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTACAATCAC-CAAAGCCTTT
126 GAAACATGAAGAAAA-A-ACATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC-AAGCCTTT
* * * * * *
137847 GAAAGCCTGACTACTTACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTT
187 AAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * * * * *
137911 TAATATTTTTTGATAAAATATATTCTAATTAAATTTTTTCCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCA
252 TTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATATGAAGAAAAAGCCA
* * *
137976 CTCATTGGCAAAAAAAGACCAT
317 TTCATTGGCAAGAAAAGACTAT
* * ** * * *
137998 ATATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATTACT
1 TTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* * * * * * * * * *
138063 GATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTTGTGAAAACAGGTTATGTTTGAATGTTTGCCTTAAA
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTATGTTAAAACA-GATAT-ATTGAATGTATGCCTTAAG
* ** * * * * * **
138128 AAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGCCATGAAAAGACTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCCA
127 AAACATGAAG-AAAAAA-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC-AAGCCTTTAA
********** * * * * * * *
138192 AAGCNNNNNNNNNNACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGGTTTTAAGTTGAA-TTGTTTT
189 AAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
* * * * * *
138256 ACATTTTT-TATGAAAACAGATTATATTTGAATGTATACCTTA-GAAAACATGAAGAAAAAGCCA
254 ACATTTTTAGAT-AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATG-AAATATGAAGAAAAAGCCA
* * *
138319 TTCATTCGCAAAAAAAGTCTAT
317 TTCATTGGCAAGAAAAGACTAT
* * * * * *
138341 TTATAGTCACCCATACCTTTCAAAACCTTATCACCCGCTTTAAATGGCTTTATGATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* * * *
138406 GATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATT-AA-GCATTTCCCTTG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GTTAAAACAGA-TAT-ATTGAATG--TATGCCTTA
* ** * ** * * * * **
138469 GGAGTCATGAAGGGAAACTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
125 AGAAACATGAA-GAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAA
* * * * * ********** *
138534 AAGTCTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTT-GATTTTTTTT
189 AAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
* * * * * * * * *
138598 ACATTTTTTGTTAAAACATATTATATTTCAAT-TCTACCTTGTGAAATATAAAAAAAAACCCATT
254 ACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
138662 CATT-ACTAAGAAAAGTCCAT
319 CATTGGC-AAGAAAAGACTAT
** * * * * * **********
138682 TTATAACCACTCGTGCGTTTTAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNAT
1 TTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAACCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * * * * * * * ** *
138746 TGATTTTAAGTTAAATTTATTTATATTTTTGGATAAAATATAGTGTAATTGAATGTCTGATTTAG
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GTTAAAACAGA-TAT-ATTGAATGTATGCCTTAA
** * * * * *
138811 GAAACAT-AATGTAAAAGCCATCCATTAGCA-AA-AAAAGTCTAATTATAGTCCCTCTAA-CCTT
126 GAAACATGAA-G-AAAAAACATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC-AAGCCTT
* * * * * * * * *
138872 TGAAAGCCTTATGACTCGCTTAAAATGGTTTTAAAATCCCGTAATAGATTTCAGGTTGAATTTTT
186 TAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * *
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251 TTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATATGAAGAAAAAGCC
*
139002 ATTCATTAGCAAGAAAAGACTAT
316 ATTCATTGGCAAGAAAAGACTAT
* ** * *
139025 TTATAGTCACCCATGTCTTTCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACT
1 TTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* * * * *
139090 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCC-TCAG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GTTAAAACAGA-TATA-TTGAATGTATGCCTTAAG
*
139153 AAATCATGAAGAAAAAACTATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATA-CCTTTAA
127 AAA-CATGAAGAAAAAAC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCA-AGCCTTTAA
* * *
139216 AAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTTAAG-TAAGATTTTTT
189 AAGCCTTATTACTCACTTAAAATG-GTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTT
* * * *
139280 TTAACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTAAATGTCTTCCTCGA-GAAATATGAAGAAAAAGA
252 TT-ACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TATGAAATATGAAGAAAAAGC
* *
139344 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
315 CATTCATTGGCAAGAAAAGACTAT
* * * * *
139368 TTATTGTTACCCATGGCTTCAAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATG
1 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* * * * * * *
139433 GATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTGTTTTAAAATATAGTATAATTGAATGTTTGCTTTAAGA
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGTTAAAACAGA-TAT-ATTGAATGTATGCCTTAAGA
* * * * *
139498 AACATGAAGAAAAAACCATCCATTGATAAG-AAAGTGCATTTATAGTGACTCAAGCCTTCAAAAG
128 AACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAG
* ********* * *
139562 CCTTGTTACTCA-TTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA-TTTTTTTAC
192 CCTTATTACTCACTT-AAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAC
* * * * ** * * ** *
139625 ATTTATGGCTAAAATAGATCGTAATTGAGTGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAACCCATTCA
256 ATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCA
*
139690 TTGGCAAGAAAAGTCTAT
321 TTGGCAAGAAAAGACTAT
* * ********* *
139708 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTT-ATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* ** **
139773 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATAATATTAAAATGTAAACCTTGGG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-GTTAAAACAGAT-ATATT-GAATGTATGCCTTAAG
* * * * *
139838 AAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATTTACTCAAGCCTTTGAAA
127 AAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAA
* * **
139903 GCCTTATTATTCACTTAAAACGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTAC
191 GCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAC
* * * * *
139967 ATTTTTAGATGAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTATGAAATGTAAAGAAAAAGCCACTCA
256 ATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCA
140032 TTGGCAAGAAAAGACTAT
321 TTGGCAAGAAAAGACTAT
* * * *
140050 TTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATTAATCTCATTAC
1 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATTAT
* * *
140114 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATT
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
140141 GTTGGTGAAA
Statistics
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Consensus pattern (338 bp):
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTG
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ATGAAGAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTT
ATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTT
TAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGACTAT
Found at i:140940 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 22.8 Consensus size: 169
140141 GTTGGTGAAA
** * * * *
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1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGAT
* * * * * * **
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* ** * *
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* * **********
140322 AGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
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*
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* * ********** *
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1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
140557 TTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGTTTAGAATATATTATAATTGAACGTCTGCTTCAGGAAA
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* * *
140622 GATGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
128 CATGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** ** * * * * * * *
140664 AGTCACTTAAACTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAAGATTTTATAGTCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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*********** *
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* * * *
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1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ********* * * * *
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* * ** *
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128 CATGAAG-AAAAGCTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** ** * * *
141177 AGTCATTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTCTAATCTCA-ATATTAAT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGAT
* * * * * **
141241 TTTAAATTGGAATTTTTTACATTTTTCGTTAAGAA-AGAATATATTTGAATGTCTGCCTCATTAA
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* * * *
141305 A-AGTGAAAAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
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* ** * * * ** *********
141348 ATTCACCCATGAGTTCGAAAGCCTTATAAGTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNN
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * * **
141413 NTGAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGATAAAATATAATGTAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATG
66 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAACA
* * **
141478 TGATGCAAAAGC-CATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
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* * ** * * * * * **
141518 AGTC-TCCTTAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTAAAATGGCTTTAAAAT-AGAGTAATTGA
1 AGTCACCCAT-GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGA
* * *** * *
141581 TTTTAAGTTGGATTTGTTTTCATTTTTACATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCT-TGA
64 TTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCT-TAAGA
* * *
141645 AACATGAAGAAGAAG-TCACTCATTAGCAAGAAAAGACCATTTAT
126 AACATGAAGAA-AAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * ** * * * *
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1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
141754 TTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGTGAAAACAAATTATATTTAAATGTTTGCCTT-AGAAA-
66 TTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAAC
* * *
141817 ATGTGAAGAAAAAGC-CTTTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
129 A--TGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * **********
141860 ATTCACCTATGCCTTCCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
141925 TTAAGTTGAATGTTTTTACATATTTGGTTAATATATATTATAATTAAATGTTTGCTTCAGGAAAC
66 TTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTCCTT-AAGAAAC
* * **
141990 ATGATGCAAAAGC-CATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTAT
129 ATGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *** *
142031 AGTCACCTATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATTGCTAATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
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*
142160 CATGAAGAAAATG-TCATTCATTGACAA-AAAAGTCCATTTAT
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* * *
142201 AGTCACCCATGCCTT----A--C----TA---GCTATAAGTGGTTTTATGATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
142253 TTAAGTT-AAGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCTTTAGTAAACG
66 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTCCTTAAG-AAACA
* * *
142317 TGATGCAAAAGC-CATCCATTAGC-AGAAAAAGTCCATTTAT
130 TGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
142357 AGTCACCCATACCTTTCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATCACTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
142422 TTAAGTTGAATTGTTTTACCA-TTTTGGTGAAAATAGATTATATTTGAATGTCAGCCTCTGA-AA
66 TTAAGTTGAATT-TTTTA-CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TCCT-TAAGAA
** * * *
142485 AGGTGAAGAAAA-ATGCATTCAGTGGCAAGAAAA-ACTCATTTAT
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* * * * ** *
142528 AG-CAACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTATTCACTTAAAATAATTTTATGATCTCATAATTGAT
1 AGTC-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * * *
142592 TTTAAATTGAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATACATTATAACTAAATCTTTGCTTTAGGAAA
65 TTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAA
** * * * *
142657 CATGATTCAAAATC-CATCCATTGGTAAGAAAAGACCATTTAT
128 CATGA-AGAAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
142699 AGTAACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATTACTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
142764 TTAAGTTGAATTGGTTTACATTTTTGGTGAAAGTAGATTAGATTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA
66 TTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCT-TAAGAAA
* * * * *
142828 CATGAAGAAAAAG-TCATTCTTTAGAAAGAAAAATCTATTTAT
128 CATGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ** *
142870 AG-CAACACATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATGATCTCATAATT-AG
1 AGTC-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-
* * * * *
142933 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATATTGTAACTGAATGGT-TGCTTCAAGA
64 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTCCTT-AAGA
* * * * *
142996 AACTTGATGCAAAAGC-CATCCATTGGCAGGAAAAGTGCATTTAT
126 AACATGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * * *
143040 AGTCACCCATACCTTTTAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATTTCGTTACTGATA
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-
* * * * * *
143105 TTT-AGTTGAATTGTTTTATATTTTTGG-TGAAATAGATTATATTTAAATGTCTACATCGAA-AA
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* * * *
143167 ATATGAAGAAAAAACT-ATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTAT
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* * * *** * * *
143210 AATTACTCATGCCTTCCAAAAATTTATTACTCGCTTCAAATGTTTTTATGATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ***
143275 TTAAGTTGTATATTTTGACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAACGTCTGCCACCAGAAAC
66 TTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAAC
*
143339 ATGAAG-AAACCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
129 ATGAAGAAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
143378 ATTCACCCACGCATTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAATTAATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
143443 TTAAGTTGAACTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTATGCTTTAGGAAACA
66 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAACA
* * * *
143508 TGATGCAAAAGCT-ATTTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTAT
130 TGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
143548 AGTCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTAATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
143613 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGAG-T-AAATAGATTATATTTGAATGTGTGCCTTAGGAA
66 TTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTG-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAA
* * *
143676 ACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTTGGTAAAAAAAGTCCATTTAT
127 ACATGAAG-AAAAGCTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
143720 AGTCACCCATGCATTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGATTTTATGATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * * * *
143785 TTATGTGGATTTTTTTTTAGTTTTTTGGTTAAAATATATTACAACTAAATGT-TCGCTTGAGGAA
66 TTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTC-CTT-AAGAA
** * * * *
143849 ATGTGATGCAAAAGC-CATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
127 ACATGAAG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * *
143892 AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATAACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
143957 TTGAGTTGAATTTTTTTGCACTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTAAATGTCTACCTCAAGAAAC
66 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAAC
144022 ATGAAGAAAA
129 ATGAAGAAAA
144032 CGCCATTTAT
Statistics
Matches: 2828, Mismatches: 742, Indels: 281
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTCCTTAAGAAACAT
GAAGAAAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
Found at i:141860 original size:854 final size:843
Alignment explanation
Indices: 140561--142958 Score: 1798
Period size: 854 Copynumber: 2.8 Consensus size: 843
140551 ATGGATTTTA
* * *
140561 AGTTGAATTTTTCTACATTTTTGTTTAGAATATATTATAATTGAACGTCTGCTTCAGGAAAGATG
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***
140626 AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCAAAAGCCTTAT
66 AAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
140691 TATTCACTTTAAAAGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGG
131 TATTCACTTTAAAAGACTTTAAAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGA
* * * *
140756 CTCAAAAAGATTATAATTGAGTGTATATCTTAAGAAACATGAAGATAAACTCATTCATTGGTAAG
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* * * *
140821 AAAAGACCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTAGTACTTGCTCTAAAAGGTTTTATAA
260 AAAAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCCTAGTACTTACTCTAAAAGGTTTTATAA
* * * *** * *
140886 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTTTTTTTAGTGAAAACAGATTATATTTGAATGT
325 TCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTAGTGAAAACAAATTATATTTAAATGT
************ *
140951 CTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATNNNNNNNNNNGGTCTATTTATAGTCACCCAT
390 CTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAT
**
141016 GCCTTCCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGCT-TTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
455 GCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTATTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
********* * * *
141080 ATNNNNNNNNNNT-TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTT-TGAAAAATATGATGC
519 AT-GTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACTTCAG-AAAACATGATGC
* * * *
141143 AAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA-TTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
582 AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCCAAAGCCTTATTAC
** * * * * *
141207 TTTCTTTAAATGATTTTCTAATCTCAATATTAATTTTAAATTGGAATT-TTTTACATTTTTCGTT
646 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCAATACTAATTTTAAATT-GAATTGTTTTACATTTTTAGTG
* * *
141271 AAGAA-AGAATATATTTGAATGTCTGCCTCATT-AAAA-GTGAAAAAAAACCCATTCATTGGCAA
710 AA-AACAGAATATATTTGAATGTCTACCT--TTGAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGAC-A
*
141333 AAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGAGTTCGAAAGCCTTATAAGTAACTTTAAATGGTTTTATA
771 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGAGTTCGAAAGCCTTATAAGTAACTTTAAATGGTTTTATA
141398 ATCTCANNNNNNNNNNTG
836 ATCTCA----------TG
* * * *
141416 AGTTGAATTTTT-TACATTTTTAG-ATAAAATATAATGTAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATG-
1 AGTTGAATTTTTCTACATTTTT-GTATAAAATATAATATAATTGAACGTCTGCTTCAGGAAA-GA
* * ** *
141478 TGATGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTTAGCCTTT-GAAAGCCT
64 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTTAAACTTTCAAAAGCCT
* * * * *
141542 TGTTACTT-GC-TTAAAATGGCTTTAAAAT-AGAGTAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTTCAT
128 TATTA-TTCACTTTAAAA-GACTTTAAAATCACA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-AT
* * *
141604 -TTT-T-ACAT-AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCTT-GAAACATGAAGA-AGAAGTCA
188 ATTTATGAC-TCAAAA-AGATTATAATTGAATGTATA--TCTTAGAAACATGAAGATA-AACTCA
* * *
141663 CTCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAACCCT-GTTACTTACTTTC
248 CTCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCCTAG-TACTTACTCTA
* *
141727 AATGGTTTTATAATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGTGAAAACAAAT
312 AAAGGTTTTATAATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTAGTGAAAACAAAT
* * ** *
141792 TATATTTAAATGTTTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAACTCCATT
377 TATATTTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATT
* * * * **********
141857 TATATTCACCTATGCCTTCCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTG
442 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTATTATGATCTCATAATTG
* * * * *
141922 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATATTTGGTTAATATATATTATAATTAAATGTTTGCTTCAGGA
507 ATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACTTCAGAA
* *
141987 AACATGATGCAAAAGCCATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTCAAAG
572 AACATGATGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCCAAAG
* * *
142052 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATTGCTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
637 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCAATACTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACAT
* * ***
142117 TTTTAGTGAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTTGAAAACATGAAGAAAATGTCATTCATT
702 TTTTAGTGAAAACAGAATATATTTGAATGTCTACCTTTGAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATT
** * ** * * *
142182 GACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT--ACTAG-C-TATAAGT-GGTTT-TATGATC
767 GACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGAGTTCGA-AAGCCTTATAAGTAACTTTAAATGGTT
* * *
142241 TCATAAT-TGATTTTA
831 TTATAATCTCA---TG
* * * * * * * *
142256 AGTT-AAGTTTT-TACATTTTTTGT-TAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCTTTAGTAAACG-
1 AGTTGAATTTTTCTACA-TTTTTGTATAAAATATAATATAATTGAACGTCTGCTTCAGGAAA-GA
* * ** * *
142317 TGATGCAAAAGCCATCCATTAGC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCA
64 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AACTTTCAAAAGCC
* * * * * * * * * *
142380 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACCATT
127 TTATTATTCACTTTAAAAGACTTTAAAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATT
* * * ** * ** * *
142445 T-TG-GTGAAAATAGATTATATTTGAATGTCAGCCTCTGA-AAAGGTGAAGA-AAAATGCATTCA
191 TATGACTCAAAA-AGATTATAATTGAATGT-A-TATCTTAGAAACATGAAGATAAACT-CACTCA
* * * *
142506 GTGGCAAGAAAA-ACTCATTTATAG-CAACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTA-TTCACT-TAAA
252 TTAGCAAGAAAAGAC-CATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCCAAAACCCTAGTACTT-ACTCTAAA
** * * * * * * * * *
142567 ATAATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATACAT
314 A-GGTTTTATAATCTCATTACTAATTTTAAGTTG-AATTGTTTTAAATTTTTAGTGAAAACAAAT
** * * * * * *** * * **
142631 TATAACTAAATCTTTGCTTTAGGAAACATGATTCAAAATCCATCCATTGGTAAGAAAAGACCATT
377 TATATTTAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATT
* * * * * * * * *
142696 TATAGTAACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATTACTG
442 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTATTATGATCTCATAATTG
* * * * * * * * * * * * *
142761 ATTTTAAGTTGAAT-TGGTTTACATTTTTGGTGAAAGTAGATTAGATTTGAATGTCTACCTCTGA
507 ATTTTAAGTTAAATGT-TTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACTTCAGA
* * * * * * * * *
142825 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCTTTAGA-AAGAAAAATCTATTTATAG-CAACAC-ATGCCTTCT
571 AAACATGATGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-AC-CTATACCTTCC
* * * * * * * *
142887 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATGATCTC-ATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTT
633 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCAAT-ACTAATTTTAAATTGAATTGTTT
142951 TACATTTT
697 TACATTTT
142959 GATTAAAATA
Statistics
Matches: 1231, Mismatches: 262, Indels: 116
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
837 1 0.00
838 24 0.02
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Consensus pattern (843 bp):
AGTTGAATTTTTCTACATTTTTGTATAAAATATAATATAATTGAACGTCTGCTTCAGGAAAGATG
AAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCAAAAGCCTTAT
TATTCACTTTAAAAGACTTTAAAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGA
CTCAAAAAGATTATAATTGAATGTATATCTTAGAAACATGAAGATAAACTCACTCATTAGCAAGA
AAAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCCTAGTACTTACTCTAAAAGGTTTTATAAT
CTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTAGTGAAAACAAATTATATTTAAATGTC
TGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTATTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
GTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACTTCAGAAAACATGATGCAAAA
GCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGATTTTATAATCCCAATACTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTAGTGAAAACA
GAATATATTTGAATGTCTACCTTTGAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATGAGTTCGAAAGCCTTATAAGTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATG
Found at i:148470 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 148128--150779 Score: 865
Period size: 170 Copynumber: 15.5 Consensus size: 168
148118 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
148128 AAATCACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGCATTAGGTCA
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTAAAAGCA-TGGGTGA
* * *** * * *
148192 CTCTAAATGGACTTTTCCTGTTAATGAATGTCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAA
64 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAA
* * * * * * *
148257 TTGTGATAAATTTGAACAAAAAGTGTAAACAATTCATCTTA
128 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAGCTTA
*
148298 AAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAAAAAGCATGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTT-AAAAGCATGGGTGAC
* * * *
148363 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAAATACTCCATT
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATT
* *
148428 ATAATCTATTTTTACAAAAAATGTAAAGAAAGTT-AGCTTA
130 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAA-TTCAGCTTA
* * * * * *
148468 AAATCAACAATGAGATTGTAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGGGTGAA
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTT-AAAAGCATGGGTGAC
* ** * * * * *
148533 TATAAATGTAC-TTTCTTACTGATGGATGGCTTTTGCATCACG-TTCACTGAA-GCAGACATTCA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTC-C-CAAGGCAGACATTCA
* * *
148595 ATTTTAATATATTTTAACTAAACATGTAAACAAATTCATG-TTA
127 ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCA-GCTTA
** * * *
148638 AAATCAATTTTGAGATT-TAAAACCATTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAAAAG-CATGGGTGAC
* ** ** * * ** * * *
148701 TATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGGCTTTTTTTTCTTATTTCCCAAGGTTGACACTAAAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAAT
* * * * * *
148766 CATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
129 TATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTA
* * ********************************
148807 AAATCAATTATGAGTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AAATCAATAATGAGATTAT--------------AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAA
************ ** * * *
148872 NNNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
52 AAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG-CTTTCCTTCATGTTTCCCAAG
* * * * **** * *
148937 GCAGGCATTCAAATATAATCTGTTTTAACTGCGAATGTAAAATGATTCATCTTA
116 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAGCTTA
* * * * * * *
148991 AAATCGATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAAAAG-CATGGGTGAC
* * * * * * * *
149056 TATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTCC-CAAGGCAGACATTCAA
* * * *
149120 TTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTG
128 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTA
* ** * * * * *
149162 AAATTAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGAAG-GA
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTAAAAGCATG-GGTGA
*********** * ** *
149226 CTATAAATGGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTCAA
64 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAA
* * * * * *
149291 ATATAATATGTTTTAACTAATAATGTAAAAAGATTGATCTTA
128 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAGCTTA
* * * * * * ** *
149333 AAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTTAAGGGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGGTGACT
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAAAAGCATGGGTGACT
* * * * * *** * *
149398 ATAAATAGG-CTTTTCTCATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAA
66 ATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAAT
* * * *
149462 TATATTCTGTTTTAACTAAAAAA-GTAAAAAGATTCATCTTA
129 TATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAA-ATTCAGCTTA
* * * * * * * *
149503 AAATCAATTATGAGATTGTGAAATCATTTAAAG-G-G-AGTAA--TTTCAAAGGCTTGGGTGACT
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAAAAGCATGGGTGACT
* * * * * * ** *
149563 ATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTTGACATTCAAATA
66 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
149628 TAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTTAACTTA
131 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAGCTTA
********** * * * * *
149667 AAATCNNNNNNNNNNTTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTAAAAGCATGGGTGAC
* ** ** * ** * * *
149732 TATAAGTAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGTATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCCT-TCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAAT
* * * * ** *
149797 TATAATATATATTATTC-AAACATGTAAAGAATTTTGACTTG
129 TATAATATATTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAATTCAG-CTTA
* * * * * * ** * * * *
149838 AAATTAATTATGAAATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGTAAGGGTGGC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTAAAAGCATGGGTGAC
* * * * * * * * *
149903 GATAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAGACATTGAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAAT
* * ** *
149967 TATAATATATTTCAATAAAAAATAAAAGAAAATTCAACTTA
129 TATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAGCTTA
* * * * * * * * *
150008 AAATCTATTATAAGATTATAAAACCATTTAGAGCAAATAATAAGACTTCTAAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTAAAAGCATGGGTGAC
* * * ** * * *** * * * *
150073 TACAAATGAACTTTTCTTACCAAT-ATGTGGCTTTTTGTTGACGTTTCTTGAGGTAAACAATGAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
150137 TTTTAATCTACTTT-A-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
128 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTA
********** * * * * *
150177 AAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTAAAAGCATGGGTGAC
* * * * ** *** *
150242 TATAAATAGACTTTTTTTTATCAATAAATAACTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAA
65 TATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTC-CTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAA
* * * ** * *
150307 ATATTATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTA
128 TTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAATTCAGCTTA
********** * * * ** * *
150350 NNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTAAAAACTCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGTTTTAAAAGCATGGGTGAC
* ** * ** * * * * *
150415 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTTTCATGTTTTCAAAGGTAGATATTCAAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG-CTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAAT
* * * * *
150480 TATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AAC-TC
129 TATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAT-TCAGCTTA
* * * * **
150520 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGACGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTAAAAGCATGGGTGAC
** * * * * * * *
150585 TATAAATAAACTTTTCTTCCCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTCTCCTGAA-GCAGACATTTAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTCCTTCATGTTTCC-CAAGGCAGACATTCAA
* * * * * *
150649 TTATAATACATTTGAATC-AACAATATAAAAGAGTTCAACTTA
128 TTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAA-AATTCAGCTTA
* * * ** * *
150691 AAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTTAAGTAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTA-AAAGCATGGGTGAC
*
150756 TATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
150780 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1816, Mismatches: 584, Indels: 163
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 76 0.04
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166 1 0.00
167 11 0.01
168 37 0.02
169 238 0.13
170 673 0.37
171 493 0.27
172 64 0.04
173 76 0.04
174 2 0.00
183 4 0.00
184 97 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTAAAAGCATGGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTA
TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAGCTTA
Found at i:149182 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 148884--150779 Score: 1192
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 171
148874 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * *
148884 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGGCATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTCA
* * **** * ** * *
148948 AATATAATCTGTTTTAACTGCGAATGTAAAATGATTCATCTTAAAATCGATTATGAGATTATAAA
65 AATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
149013 ACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGGGTGA
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * * * *
149055 CTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA
* * * * * *
149120 TTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTGAAATTAATTTTGAAATTATAAAA
66 ATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
149185 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGAAG-GA
131 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-GGTGA
* *********** * * *
149226 CTATAAATGGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGACAGACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAG-CAGACATTCA
* * * * * * * *
149290 AATATAATATGTTTTAACTAATAATGTAAAAAGATTGATCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAA
65 AATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
149355 ACTATTTTAAGGGAGTAATAAGGTTTTCAAAGG-TTTGGTGA
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * * * *
149396 CTATAAATAGGCTTTTCTCATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA
* * * * * * * *
149461 ATATATTCTGTTTTAACTAAAAAA-GTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTGTGAA
66 ATATAATATATTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
149525 ATCATTTAAAG-G-G-AGTAA---TTTCAAAGGCTTGGGTGA
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * * * * **
149561 CTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATAGCTTTT-CTTCACGTTTCCCGAGGTTGACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA
* * * ********** *
149625 ATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAGA
66 ATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
149690 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAA
131 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * ** *
149731 CTATAAGTAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-TATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCA
* * * * * * * ** * * *
149795 ATTATAATATATATTATTC-AAACATGTAAAGAATTTTGACTTGAAATTAATTATGAAATTATAA
65 AATATAATATATTTTA-ACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
149859 AGCCATTTGAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGG-TAAGGGTGG
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGA
* * * * * * *
149902 CGATAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCC-CAAGGTAGACATTGA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTCA
* * * * *
149965 ATTATAATATATTTCAATAAAAAATA-AAAGAAAATTCAACTTAAAATCTATTATAAGATTATAA
65 AATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
150029 AACCATTTAGAGCAAATAATAAGAC-TTCTAAAGGCATGGGTGA
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGGGTGA
* * * * * * * *
150072 CTACAAAT-GAACTTTTCTTACCAATATG-TGGCTTTTTG-TTGACGTTTCTTGAGGTAAACAAT
1 CTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAAT-GGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATT
* * * * * * * **********
150134 GAATTTTAATCTACTTT-A-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATA
63 CAAATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
150197 AAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * ** ** * *
150241 CTATAAATAGACTTTTTTTTATCAATAAATAACTTTCT-CTTCATGTTTCTTG-AGACAGACATT
1 CTATAAATAGAC-TTTTCTTACCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACGTTTCCTGAAG-CAGACATT
* * * * **********
150304 CAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTANNNNNNNNNNTGAGATTAT
63 CAAATATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** *
150369 AAAACCATTTACAGTGAGTAAAAACTCTTTTAAAGGCTTGGGTGA
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
** * * ** * * * * *
150414 CTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTTTCATGTTTTC-AAAGGTAGATATTC
1 CTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTC
* * * * *
150477 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AAC-TCAAATCAATTATGAGATTATA
64 AAATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * **
150540 AAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGACGA
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * * * * *
150584 CTATAAATAAACTTTTCTTCCCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTCTCCTGAAGCAGACATTTAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA
* * * * * * *
150649 TTATAATACATTTGAATC-AACAATATAAAAGAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
66 ATATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** *
150713 ACCATTTTAAGTAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGA
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGA
150755 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
150780 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1326, Mismatches: 349, Indels: 100
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 80 0.06
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166 1 0.00
167 8 0.01
168 1 0.00
169 89 0.07
170 450 0.34
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172 83 0.06
173 71 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA
ATATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA
Found at i:149849 original size:505 final size:507
Alignment explanation
Indices: 148884--150773 Score: 1145
Period size: 512 Copynumber: 3.7 Consensus size: 507
148874 NNNNNNNNNN
** * **
148884 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
*** * * *
148949 ATATAATCTGTTTTAACTGCGAATGTAAAATGATTCATCTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAA
66 ATATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
149014 CAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAA
131 CAATTTAAAGGGAG--ATAA-G-TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
* * * *
149079 TGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
192 TGAATAGCTTTTGCATCACGTTTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * *
149144 ATAAAAAAACTCAACTTGAAATTAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
257 ATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
** ********** * *
149209 TTCAAAGGCATGAAGGACTATAAATGGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNGCTTTTTCTTCATGTTTC
322 TTCAAAGGCATG-AGGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCATCACGTTTC
* * *
149274 TTAAGACAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAATAATGTAAAAAGATTGATCTTAAAATCA
386 TAAAGACAGACATTCAAATATAATATATATTAACTAATAATGTAAAAAGATTGATCTTAAAATCA
* * * ** *
149339 ATTATGAGATAATAAAACTATTTTAAGGGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGGTGA
451 ATTATGAAATAATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAGGTTTGGTGA
**
149396 CTATAAATAGG-CTTTTCTCATCAATGAAT-GACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTC
1 CTATAAAT-GGACTTTTCTCATCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* *
149459 AAATATATTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTGTGA
64 AAATATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTAT-A
* *
149524 AATC-ATTTAAAGGGAG-TAA-TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAAT
128 AAACAATTTAAAGGGAGATAAGTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
* * ** *
149586 GAATAGCTTTT-CTTCACGTTTCCCGAGGTTGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATA
193 GAATAGCTTTTGCATCACGTTTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATA
* * * ********** * *
149650 TAAAAATATTTAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
258 TAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
* *
149715 TCAAAGGCTTG-GGTAACTATAAGTAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGT-ATCACGTTT
323 TCAAAGGCATGAGG--ACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-TCATCACGTTT
* * ** *
149778 CCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATATT-ATTCAA-ACATGTAAAGAATTTTGA-CTTGA
385 -CTAAAGACAGACATTCAAATATAATATATATTAACT-AATA-ATGTAAA-AAGATTGATCTTAA
* * * * ** *
149839 AATTAATTATGAAATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGTAAGGGTGG
446 AATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAGGT-TTGGTGA
* * * * * * * * *
149902 CGATAAAT-GACTTTTCT--TGCTAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAGACATTG
1 CTATAAATGGACTTTTCTCAT-C-AATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * * * * *
149964 AATTATAATATATTTCAA-TAAAAAA-TAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCTATTATAAGATTAT
64 AAATATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGT-AAA-AAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * *
150027 AAAACCATTTAGAGCAAATAATAAGACTTCTAAAGGCATGGGTGACTACAAAT-GAACTTTTCTT
127 AAAACAATTTAAAG-GGA-GATAAG-TTTC-AAAGGCTTGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * * * ** * * * * * * * * *
150091 ACCAAT-ATGTGGCTTTTTG-TTGACGTTTCTTGAGGTAAACAATGAATTTTAATCTACTTT-A-
187 ACCAATGA-ATAGC-TTTTGCATCACGTTTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAAC
* * * ********** * *
150152 AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAA
250 AAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * ** ** * *
150217 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTATCAATAAATAACTTTCTCTT
315 TAAGGATTTCAAAGGCATGAG-GACTATAAATAAAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCAT
* ** * * * * * * * * *
150282 CATGTTTCTTGAGACAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAAC
378 CACGTTTCTAAAGACAGACATTCAAATATAATATATATTAACTAATAATGT-AAAAAGATTGATC
* ********** * * ** * *** * *
150347 CTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTT-ACAGTGAGTAAAAACTCTTTTAAAGGCTTGGG
442 TTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTGA-AGCAAGTAATAAGGATTTCAAAGG-TTTGG
150411 TGA
505 TGA
* ** * * * * * *
150414 CTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTTTCATGTTT-TCAAAGGTAGATATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACATTCA
* * * * * * *
150478 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AAC-TCAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAGAT-TCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** * *
150541 AACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGACGACTATAAATAAACTTTTCTTCCC
129 AACAATTTAAAGGGAG--ATAA-G-TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * * * * * * * *
150606 AATGGATGGCTTTTGCATCATGTCTCCTGAAGCAGACATTTAATTATAATACATTTGAATC-AAC
190 AATGAATAGCTTTTGCATCACGTTTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA-CAAAA
* ** * * * * **
150670 AATATAAAAGAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTTAAGTAAGTAATAAG
254 AATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
150735 GCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
319 GATTTCA-AAGGCATGAG-GACTATAAATAAACTTTTCTT
150774 ACCAATNNNN
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 252, Indels: 111
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
503 4 0.00
504 19 0.02
505 296 0.28
506 74 0.07
508 3 0.00
509 3 0.00
510 100 0.09
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512 300 0.28
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514 88 0.08
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (507 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
ATATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CAATTTAAAGGGAGATAAGTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA
TAGCTTTTGCATCACGTTTCCCGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAATATAA
AAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCA
AAGGCATGAGGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCATCACGTTTCTAAAG
ACAGACATTCAAATATAATATATATTAACTAATAATGTAAAAAGATTGATCTTAAAATCAATTAT
GAAATAATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAGGTTTGGTGA
Found at i:153160 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 152610--153971 Score: 868
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
152600 TACTTGCCCC
* * * * * *
152610 AAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTTACTTTTTTGACTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTAG-TTAAAATAG
* * * ** * * * * * **
152674 ATTGTGATTGAATGTTTG-CTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGGGAGAAAAGTCC
64 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * **
152738 ATGTATAGTCACCCAAGCCATT-GAAAGTCGTATTACTTGCTTT
129 ATTTATATTCACCCATG-CATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * * *
152781 AAATCATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTTACATTTATGGTT-AAATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTT--ATTTTTAGTTAAAATA
* * * * * * * * *
152845 GATTATAAATGAGTGTTTGCCTCGAGAAATA-TAAAGAAAAAGCCAGTCATTGGTATGAAAAGTC
63 GATTATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
152909 CATTTATATTCACCTATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 CATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ********** *
152953 AAATAGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * *
153018 TTATATTTGTACGTCTGCCTCCA-AAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 TTATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
153082 TTTATATTCACCCATGCATTCTAAAGCTTTATTACTTACTTT
130 TTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
153124 CAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAATATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGAT
** * * * * * * *
153189 TATAATTGAATGT-TTTCTTCAGGAAACGTGATA-CAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
66 TATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * ** **
153252 TCTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTNN
130 TTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
******** * * * *
153294 NNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTTTTTGGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAATAGA
* ** * * * * * *
153359 TTATAATTGAATGTCT-ACTTTAGGAAATGTGATGCAAATA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
65 TTATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * ** *
153422 ATGTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTT
129 ATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * *
153465 AAATGGCCTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTT-TTTTTGGATAAAAT--A
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * *
153527 TT-T--TTGAGTGTTTGCCT-CAGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCA
65 TTATAATTGAATGTCTGCCTCCA-GAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
153587 ATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 ATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * * * *
153630 AAANNNNNNNNNNATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AAATATTTTTATATTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTAGTTAAAATAGA
* * * * * * *
153694 TTATATTTGAATGTCTACCACC-GGAAACGTGAAG--AAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
65 TTATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
***
153756 TTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACNNN
130 TTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
******* * *
153798 NNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATAG
* * * ** * * *
153862 ATTATAATT-AATTGTCTG-CTTCAGAAAACA-TTATGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGT
64 ATTATAATTGAA-TGTCTGCCTCCAGAAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
153924 CCATTTATAGTCACCCATCCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 CCATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
153969 AAA
1 AAA
153972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 235, Indels: 68
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.01
164 8 0.01
165 102 0.11
166 5 0.01
167 4 0.00
168 98 0.11
169 46 0.05
170 168 0.18
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172 114 0.12
173 11 0.01
174 5 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGAT
TATAATTGAATGTCTGCCTCCAGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:153869 original size:504 final size:497
Alignment explanation
Indices: 153047--153971 Score: 1027
Period size: 504 Copynumber: 1.8 Consensus size: 497
153037 TCCAAAAAAG
* * * *
153047 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCTAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTT
* * *
153112 ATTACTTACTTTCAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTATATTTTTA
66 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTATATTTTTA
* * * * ** * * *
153177 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTCAGGAAACGTGATACAAAAGCTATTCATTGGTAA
131 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCACAGGAAACGTGATACAAAACCCATTCATTGGCAA
* ** *
153242 GAAAAGTCTATCTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATA
196 GAAAAGTCTATCTATAGTCACCCAAGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACT---------TTTATA
*
153307 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-T
252 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATT-AATT
* * ** * * *
153371 GTCTACTTTAGGAAATGTGATGC-AAATACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATGTATAGCCACC
316 GTCTACTTCAGAAAACATGATGCGAAA-ACTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGCCACC
* ** *
153435 CAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGCCTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
380 CAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCCTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
153500 GAATTATTTTTTTTTTTGGATAAAATATTTTTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACA
445 GAATTATTTTTTTTTTTGGATAAAATATTTTTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACA
*
153553 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTT
* ********** * *
153618 ATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATA-TTTT
66 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTT
* * * *
153682 AGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCACCGGAAACGTGA-A-GAAACCCATTCATTGGCA
130 AATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCACAGGAAACGTGATACAAAACCCATTCATTGGCA
* * * *
153745 AGAAAAGTCCT-TTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTA
195 AGAAAAGT-CTATCTATAGTCACCCAAGCATTCCAAAGCCTTATTACTCAC---------TTTTA
* *
153809 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAA
250 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTAATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAA
* * * * *
153873 TTGTCTGCTTCAGAAAACATTATGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
314 TTGTCTACTTCAGAAAACATGATGCGAAAACTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGCCAC
* *
153938 CCATCCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
379 CCAACCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
153972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 63, Indels: 30
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
503 4 0.01
504 190 0.56
505 6 0.02
506 134 0.39
507 8 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (497 bp):
TGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCACCCATGCATTCCAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTATATTTTTA
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCACAGGAAACGTGATACAAAACCCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATCTATAGTCACCCAAGCATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAATTGTCTACTTCA
GAAAACATGATGCGAAAACTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGCCACCCAACCCTTCCA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCCTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTT
TTTTTTGGATAAAATATTTTTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACA
Found at i:156648 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 156134--157416 Score: 1031
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 169
156124 NNNNNNNNNN
* * * * * *
156134 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTCTAAATTTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * *** * * *
156199 GTTAAAATATACTATAATTGAACGTCTACTTTAGGAAATGTGATCCAAAAGCCATCCATT-GATA
66 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGC-TTAGGAAACGT-AAAGAAAAACCATTCATTCG-CA
* * * * *
156263 AGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTA
** * * * *
156305 TTACTCATTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAGTTTTTTTACA-TTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * *
156369 GTTAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGCTTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAA
66 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTAG-GAAACGTAAAGAAAAA-CCATTCATTCGCAA
* *
156434 GAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTTTAAAGCCTTA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTA
* * * * * *
156475 TTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAGTTTAAGTTGAATTATTTTACGTTTTTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * *
156540 GTTAAAACAAATTCTATTTGAACGTCTGCCTTGGGAAACATGATGAAAAACACAGTCATTCGCAA
66 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACGTAAAGAAAAAC-CATTCATTCGCAA
* ** *
156605 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGTCTTA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTA
* * * *
156646 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* ** * * * * * * * * *
156711 ACTTAAAACATGTTATAGTTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGTA
65 AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGC-TTAGGAAACGTAAAG-AAAAACCATTCATTCGCA
* * * * * *
156776 TGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAACCCTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTA
* ********** * * * *
156818 TTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAAATTTTTTACTTTTTTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * *
156882 GTTAAAATATATCATAGTTGAATGTCTGGTTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GCCA
66 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGAAACGTAAAGAAAAA-CCATTCATTCG-CA
* * *
156946 ACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAATCCTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTA
* * *
156988 TTACTCGCTTTAAATAGTCTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGA-ATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTT
* * ** * * * *
157052 TG-TAAAACAAATTATATTTGAATGTCAACTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAA
65 AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTAGGAAACGTAAAGAAAAA-CCATTCATTCGCAA
* * *
157116 TAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG-CTATCTAAAGCCTTA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TTTAAAGCCTTA
* * * * *
157157 TTACTCGCTTTAATTGTTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
** * * * * *
157222 GTTAAAGTATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGTG-AACGTGATGCAAAAGCCATTCA-TCGAC
66 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTT-AG-GAAACGTAAAG-AAAAACCATTCATTCG-C
** ** *
157285 TGGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCC-TTTAGAAGCCTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTA-AAGCCTTA
* * * *
157328 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* *
157393 CG-TAAAAGAAGATTATAATGTGAA
65 AGTTAAAACAA-ATTATAAT-TGAA
157417 GGAAAAGCCA
Statistics
Matches: 872, Mismatches: 213, Indels: 52
0.77 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 130 0.15
170 295 0.34
171 281 0.32
172 154 0.18
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTAGGAAACGTAAAGAAAAACCATTCATTCGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTA
Found at i:160557 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 160363--160696 Score: 361
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
160353 NNNNNNNNTT
* * * *
160363 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGTGTGAATATGAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
160428 GGGTTTTTCTTCACGTTTC-CAAGGGCAGACG-TTCAAAAATAAT-ATGTTTTAACC-AAAATAT
66 GGCTTTTTCTTCACGTTTCGCAA-GACA-AAGATTCAAAAATAATCA-GTTTTAACCAAAAAGAT
160489 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
* *
160523 TANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
1 TA----------AAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
* ** *
160588 GCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCGCAAGACAAAGATTCAAATATAATCAGTTTTAACCA
56 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCGCAAGACAAAGATTCAAAAATAATCAGTTTTAACCA
* * * *
160653 AAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
121 AAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
160694 TAA
1 TAA
160697 TGCCATTTAA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 18, Indels: 27
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.01
161 1 0.01
169 2 0.01
170 95 0.67
171 42 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GGCTTTTTCTTCACGTTTCGCAAGACAAAGATTCAAAAATAATCAGTTTTAACCAAAAAGATAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
Found at i:161843 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 161105--162668 Score: 1277
Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 341
161095 ATTAAAGTGA
* * * * * * * * *
161105 GTAACTATAAATGAAC-TTTCTTGACAATGGATGGCTTTTGGATCACATTTCTTAAAGCAAACAT
1 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACAT
* * * * * * * *
161169 TCAGTTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATAATTGAGCTTAATATCAATTATGAGATT
66 TCAATTATAATATATTTTAACGAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATC
* ** * * * * * * * * *
161234 ATAAAACTATGCAACGCGAATAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
129 ATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCT
** * ** ** * * * * * ** ** *
161299 TCCCAATCAATAACTTTTTCTTCACATTTCCCAATG-CAGACAGTCAAATATAATTTATTTTCAT
194 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAA-GAAAGACATTCAAATATAATCTCGTCACAC
* * * * * * *
161363 AAAAAA-GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAGACCATTGAAAG-AGAGTA
258 AAAAAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTA
*
161426 ATAAGGCTTTCAATAGCTTGG
322 ATAAGGCTTTCAA-AGCATGG
** * * * *
161447 GTGGCTATATATGGACTTTTCCTACCAATCGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACAT
1 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACAT
* * *
161512 TCAATTAGAATATACTTTAACGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCAT
66 TCAATTATAATATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCAT
********** * **
161577 AAAACCATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTGGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTA
131 AAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTA
**
161642 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCT-GTCACCACAA
196 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGAAAGACATTCAAATATAATCTCGTCA-CACAA
* *
161706 AAAATGTAAAATAACTCAACGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
260 AAAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
161771 AAGCTTTGGAAGGCATGG
325 AGGCTTT-CAAAGCATGG
* * *
161789 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGTAGACAT
1 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACAT
* * * *
161854 TCAATTATAATATATTTTAATGACAAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATCAT
66 TCAATTATAATATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCAT
* *
161919 AAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTG
131 AAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * * * *
161984 TCAATGAGTGTCTTTTTCTTCATGTTTGCTAAGAAAGACATTCAAATATAATCTCTTGACACCAA
196 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGAAAGACATTCAAATATAATCTCGTCACACAAA
* * * * *
162049 AAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGTGATTACAAAACCATTTAAGGCCAGTACTAA
261 AAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
*
162114 GGCTTTATAAAGCATGG
326 GGCTTT-CAAAGCATGG
*
162131 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCTTGAAGCAGACAT
1 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACAT
* * * * ********
162196 TCAAGTATAATATGTTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTNNNNNNNN
66 TCAATTATAATATATTTT-AACGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATC
** * * * * * * ** *
162260 NNAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCT
129 ATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * ** *
162325 TACCAAGGAACGGGTTTTTCTTCACGT-TTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCT-GTTTTA-
194 TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCA-AGAAAGACATTCAAATATAATCTCG--TCAC
* * * * * *
162387 ATC-AAAACTGCAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTA
256 A-CAAAAAATG-TAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * **
162451 GTATTAAGGCTTTGAAATGCATAA
319 GTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGG
* * * * * * *
162475 GTGAA-TATAAATAGACTTTTCATGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAA
1 GT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCG-ATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAA-GCAGA
* * * * * * * * * *
162537 CACTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAATATATAAAATAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGAT
63 CATTCAATTATAATATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGAT
* * * * * * *
162602 TATAAGACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCAATA-GCTTGGGTGGCTATACATATACTTT
128 CATAAAACCATTTAAAG-TGATTAATAAGGCTCT-AAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTT
162665 TCTT
191 TCTT
162669 GCCAATGGAT
Statistics
Matches: 985, Mismatches: 216, Indels: 41
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 117 0.12
342 453 0.46
343 275 0.28
344 136 0.14
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (341 bp):
GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACAT
TCAATTATAATATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCAT
AAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTA
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGAAAGACATTCAAATATAATCTCGTCACACAAA
AAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
GGCTTTCAAAGCATGG
Found at i:162591 original size:515 final size:503
Alignment explanation
Indices: 161747--162763 Score: 1063
Period size: 515 Copynumber: 2.0 Consensus size: 503
161737 AATGAGATTA
* *
161747 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
161812 GCCAATAGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGA
66 ACCAATAGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCAAATATAATATATTTTAATCA
** * *
161877 CAAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGATTAATA
131 CAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* ** ** * * * * *
161942 AGGCTCTAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGTCTTTTTCTTCAT
196 AGGCTCTAAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * *
162007 GTTTGCTAAGAAAGACATTCAAATATAATCTCTTGACACCAAAAATGTAAAATAATTCAACATAA
261 GTTTCCTAAGAAAGACACTCAAATATAATCTCTTGACACCAAAAATATAAAATAATTCAACATAA
* * * *
162072 AATCAGTAATGTGATTACAAAACCATTTAAGGCCAGTACTAAGGCTTT-ATAAAGCATGGGTAAC
326 AATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCA-AAAGCATGGGTAAC
* * *
162136 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACG-TTTCTTGAAGCAGACAT-TCA
390 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCGATAACTTTTGCATCACGTTTTC-TAAAGCAGACATCT-A
*
162199 AGTATAATATGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAT
453 AGTATAATATATTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAAATTCA-CTTAAAATCAAT
** * *
162251 TNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATAGGTGAA-TATAAAT
1 T----------AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAGGT-AACTATAAAT
* * * * *
162315 GGACTTTTCTTACCAA-GGA-ACGGGTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGACATTCAAATATA
55 GGACTTTTCTTACCAATAGATA--GCTTTTGCATCACGTTTCCT-GAAGTAGACATTCAAATATA
* * *
162377 ATCTGTTTTAATCA-AAACTGCAAAAACAATTCAACTTAAAATC-AATAATGAGATTATAAAACC
117 ATATATTTTAATCACAAA-TGCAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGATCATAAAACC
* * * *
162440 ATTTAAAGCT-AGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCATGCCAAT
179 ATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTCTAAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCATGCCAAT
* * * * * * * *
162504 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAA-ACACTCAATTATAGTTTGTTTTA-ACTAAATA
243 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GAAAGACACTCAAATATAATCT-CTTGACACCAAAAA
* * * *
162567 TATAAAATAATTCAAC-TGAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCTAGTAATAAGG
306 TATAAAATAATTCAACAT-AAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGG
* * ** * * * * *
162631 CTTTCAATAGCTTGGGTGGCTATACATATACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCATGATGTT
370 CTTTCAAAAGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCGATAACTTTTGCATCACGTT
* * *
162696 TTCTAAAGCAGACATCTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAAT
435 TTCTAAAGCAGACATCTAAGTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCACTTAAAAT
162761 CAA
500 CAA
162764 ATGTGAGATC
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 71, Indels: 40
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
512 1 0.00
513 7 0.02
514 122 0.29
515 272 0.65
516 14 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (503 bp):
TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATAGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCAAATATAATATATTTTAATCA
CAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTCTAAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
GTTTCCTAAGAAAGACACTCAAATATAATCTCTTGACACCAAAAATATAAAATAATTCAACATAA
AATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTAACT
ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCGATAACTTTTGCATCACGTTTTCTAAAGCAGACATCTAAGT
ATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCACTTAAAATCAAT
Found at i:162773 original size:857 final size:855
Alignment explanation
Indices: 161256--163284 Score: 2065
Period size: 857 Copynumber: 2.4 Consensus size: 855
161246 AACGCGAATA
* * * * * * ** *
161256 ATAAGGCTTTAGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATCAATAACTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTCGCAT
** * ** * * * * * * *
161321 CACATTTCCCAATGCAGACAGTCAAATATAATTTATTTTCATA-AAAAA-GTAAAACAATTCAAC
66 CACGCTTCCTAAAACAGACATTCAAGTATAATATGTTTT-AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAGC
* * * * * * * * * *
161384 TTAAAATCAATTATGGGATTATAAGACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-CAATAGCTTGGG
130 TTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGAAAT-GCATAGG
** * * * * * * * *
161448 TGGCTATATATGGACTTTTCCTACCAATCG-ATGGCTTTTGCATCACGTTTCCT-GAAGCAGACA
194 TGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA-GGAACGGGTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGCAGACA
* * * * * * * * *
161511 TTCAATTAGAATATACTTTAACGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA-ATATGAGATC
257 TTAAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATT
********* * * * ** **
161575 ATAAAACCATTTAAAG-TNNNNNNNNNNGCTTTGGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTC
321 ATAAAACCATTTAAAGCT-AGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTC
* * * * * *
161639 TTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTCACCAC
385 ATACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGGCAAACACTCAAATATAATCTGTCACAAC
* *
161704 AAAAAATGTAAAATAACTCAACGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
450 AAAAAATATAAAATAACTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * *
161769 TAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCATC
515 TAAAGCTTTGCAAAGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGCATC
* * * * *
161834 ATGTTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGACAAATTTAAAAAAATTCAACTT
580 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** **
161899 GAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCT-AAAAGGCTTGGGTG
645 AAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTCTGAAAAGGC-TGGGAA
* * * * * * *
161963 GCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGTCTTTTTCTTCATGTTTGCT-AAGAAAGACATTC
709 GCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTCT-ATAAAGAAAGACATTC
* *
162027 AAATATAATCTCTTGACACCAAAAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAGTAATGTGATTACAA
773 AAATATAATCTCTTGACACCAAAAATGTAAAACAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTACAA
162092 AACCATTT-AAGGCCAGT
838 AACCATTTAAAGGCCAGT
*
162109 ACTAAGGCTTTATAAA-GCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGC
1 A-TAAGGCTTTA-AAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTCGC
* * * *
162173 ATCACGTTTCTTGAAGCAGACATTCAAGTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTCA
64 ATCACGCTTCCTAAAACAGACATTCAAGTATAATATGTTTTAAACAAAAATGT-AAAAAAATTCA
********** * *
162238 GCTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATA
128 GCTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGA-AATGCATA
*
162302 GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAACGGGTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACA
192 GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAACGGGTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAGACA
* * * *
162367 TTCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAACTGCAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
257 TTAAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
162432 ATAAAACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCA
321 ATAAAACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCA
* * * * * ***
162497 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAGTTTGTTTTAAC
386 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCC-AAGGCAAACACTCAAATATAATCTGTCACAAC
* * * * * *
162561 TAAATATATAAAATAATTCAAC-TGAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCTAGTA
450 AAAAAATATAAAATAACTCAACGT-AAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * ** * * *
162625 ATAAGGCTTT-CAATAGCTTGGGTGGCTATACATATACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCA
514 ATAAAGCTTTGCAA-AGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGCA
* * **
162689 TGATGTTTTCTAAAGCAGACA-TCTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTGA
578 TCATGTTTCCTAAAGCAGACATTC-AATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
162753 CTTAAAATCAAATGTGAGATCATAAAATCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTGAAAGGGCTGTG
642 CTTAAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTCTGAAAAGGCTGGG
* * **
162818 AAGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTTTTTACGTCTATAAAGGTAGACATT
707 AAGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTCTATAAAGAAAGACATT
* * ** *
162883 CAAATATAATCTGTTGGCACCAAAAATGTAAAACAATTCAATGTAAAATCAGTAATGAGATTATA
772 CAAATATAATCTCTTGACACCAAAAATGTAAAACAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTACA
**********
162948 AAACCATTTNNNNNNNNNN
837 AAACCATTTAAAGGCCAGT
* * *
162967 ATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGGATAGCTTTCGCAT
1 ATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTCGCAT
* * ********** * *
163032 TACGCTTCCTAAAACAGACATTCAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCT
66 CACGCTTCCTAAAACAGACATTCAAGTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAGCT
*
163097 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGAAATGTATAGGTG
131 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGAAATGCATAGGTG
* * * * *
163162 AATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTTTGGAGGCAGACATTAA
196 AATATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAACGGGTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAGACATTAA
*
163227 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
261 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
163285 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 957, Mismatches: 199, Indels: 38
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
853 3 0.00
854 88 0.09
855 33 0.03
856 290 0.30
857 534 0.56
858 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (855 bp):
ATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTCGCAT
CACGCTTCCTAAAACAGACATTCAAGTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAGCT
TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGAAATGCATAGGTG
AATATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAACGGGTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGCAGACATTAA
AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCATACCA
ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGGCAAACACTCAAATATAATCTGTCACAACAAAAAA
TATAAAATAACTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGC
TTTGCAAAGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGCATCATGTTT
CCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTCTGAAAAGGCTGGGAAGCTATAA
ATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTCTATAAAGAAAGACATTCAAATATAA
TCTCTTGACACCAAAAATGTAAAACAATTCAACATAAAATCAGTAATGAGATTACAAAACCATTT
AAAGGCCAGT
Found at i:162840 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 161107--163284 Score: 1099
Period size: 171 Copynumber: 12.7 Consensus size: 169
161097 TAAAGTGAGT
* * * * ** *
161107 AACTATAAATGAAC-TTTCTTGACAATGGATGGCTTTTGGATCA-CATTTCTTAAAGCAAACATT
1 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTC-TAAAGCAGACATT
* * * * * * * *
161170 CAGTTATTATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATAATTGAGCTTAATATCAATTATGAGATTA
65 CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTA
* ** *
161235 TAAAACTATGCAACGCGAA-TAATAAGGCTTTAGAAGGCAT-GG
128 TAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTA-AAGGCATGGG
* ** * * * ** * * * *
161277 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATCAATAACTTTTTCTTCACATTTCCCAATGCAGACAG
1 A--ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACAT
* * * * * * *
161342 TCAAATATAATTTATTTTCATAAAAAA-GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTAT
64 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAT
* * *
161406 AAGACCATTGAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAATA-GCTTGGG
129 AAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTT-AA-AGGCATGGG
** * * * * * * * *
161448 TGGCTATATATGGACTTTTCCTACCAATCGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACATT
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATT
* ** ** * *
161513 CAATTAGAATATACTTTAACGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATCATA
65 CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATA
*********** * *
161578 AAACCATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTGGAAGGCTTGGG
130 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGG
** * ** * * * * * * * * *
161619 TGGCTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGGTAGACATT
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATT
* * **** * * * * *
161684 CAAATATAATCTGTCACCACAAAAAATGTAAAATAACTCAACGTAAAATC-AGTAATGAGATTAT
65 CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGATTAT
* *
161748 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGG
129 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGG
* * * *
161790 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGTAGACATT
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATT
* * * * * *
161855 CAATTATAATATATTTTAATGACAAATTTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATCATA
65 CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATA
** * * *
161920 AAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTCTAAAAGGCTTGGG
130 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTAAAGGCATGGG
** * * * * *
161961 TGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GAGT-GTCTTTTTCTTCATGTTTGCT-AAGAAAGAC
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TAG-CTTTTGCATCATGTTTTCTAAAG-CAGAC
* * * * ** * * * *
162023 ATTCAAATATAATCT-CTTGACACCAAAAATGTAAAATAATTCAACATAAAATC-AGTAATGTGA
62 ATTCAATTATAATATGTTTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGA
* * * * *
162086 TTACAAAACCATTTAAGGCCAGTACTAAGGCTTTATAAAGCATGGG
125 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTA-AAGGCATGGG
* * *
162132 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACG-TTTCTTGAAGCAGACAT
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTC-TAAAGCAGACAT
* * * ********
162196 TCAAGTATAATATGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTNNNNNNNN
64 TCAATTATAATATGTTTTAATA-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATT
** ** *
162260 NNAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATAGGTG
127 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTA-AAGGCAT-GG-G
* * * * * * *
162306 AA-TATAAATGGACTTTTCTTACCAA-GGA-ACGGGTTTTTCTTCACG-TTTCTAGAGGTAGACA
1 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA--GCTTTTGCATCATGTTTTCTA-AAGCAGACA
* * * * *
162367 TTCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAACTGCAAAAACAATTCAACTTAAAATC-AATAATGAGAT
63 TTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGAT
* * * *
162431 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTG
126 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCAT--GGG
* * * * * * * * * *
162478 AA-TATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTC
1 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATTC
* * * * * * *
162542 AATTATAGTTTGTTTTAACT-AAATATATAAAATAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATA
66 AATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATA
* * *
162606 AGACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAATA-GCTTGGG
130 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AA-AGGCATGGG
** * ** * *
162647 TGGCTATACATATACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCATGATGTTTTCTAAAGCAGACA-T
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATT
* ** * *
162711 CTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAAATGTGAGATCAT
65 C-AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAT
* * *
162776 AAAATCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTGAAAGGGC-TGTG
129 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAA-GGCATGGG
* * ** *** * * * * *
162818 AAGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAAT-GACTTTTTTTTTACG-TCTATAAAGGTAGACA
1 AA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCATCATGTTTTCTAAA-GCAGACA
* * *** ** * *
162881 TTCAAATATAATCTGTTGGCACCAAAAATGTAAAACAATTCAA-TGTAAAATC-AGTAATGAGAT
63 TTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAAAT-ATGAGAT
**********
162944 TATAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTAAAAGGCATGGG
126 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGG
* * * * * * * *
162989 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGGATAGCTTTCGCATTACGCTTCCTAAAACAGACATT
1 -AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATT
********** ** * * *
163054 CAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTAAA
65 CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATA
* ** * * *
163119 AAACAATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGAAATGTATAGGTG
130 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCAT-GG-G
* ** * * * * *
163162 AA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTT-TGGAGGCAGACATT
1 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCT-AAAGCAGACATT
* * * * **
163225 AAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATAATGAGA
65 CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGA
163285 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 426, Indels: 135
0.73 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.00
170 159 0.11
171 996 0.66
172 284 0.19
173 67 0.04
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATTC
AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGGG
Found at i:162882 original size:686 final size:673
Alignment explanation
Indices: 161623--162915 Score: 1321
Period size: 686 Copynumber: 1.9 Consensus size: 673
161613 CTTGGGTGGC
* * * *
161623 TATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTATGCCAAGGTAGACATTCAAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGAACGGCTTTTTCTTCACGTATGCCAAGGTAGACATTCAAA
* * * *
161688 TATAATCTGTCACCACAAAAAATGTAAAATAACTCAACGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAAC
66 TATAATCTGTCACAACAAAAAATGAAAAACAACTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* ** * *
161753 CATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
131 CATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAAT
* * * *
161818 AGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGACAAATT
196 AGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAATGACAAATA
*
161883 TAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTC
261 TAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTC
* * ** * *
161948 TAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGTCTTTTTCTTCATGTTTGC
326 TAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTAACTTTTGCATCATGTTTGC
* * *
162013 TAAGAAAGACATTCAAATATAATCTCTTGACACCAAAAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAG
391 TAAGAAAGACATTCAAATATAATATCTTGACACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAG
* * * *
162078 TAATGTGATTACAAAACCATTTAAGGCCAGTACTAAGGCTTTATAAAGCATGGGTAACTATAAAT
456 -AATGTGATCACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTATAAAGCATGGGTAACTATAAAT
* ** * *
162143 GGACTTTTCTTGCCAATCGATAGCTTTTGCATCACGTTTCTTGAAGCAGACATTCAAGTATAATA
520 AGACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTGCATCACG-TTCTTAAAGCAGACATTCAAATATAATA
**
162208 TGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTA
584 TGTTGGAAACAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATT----------AAAACCATTTA
162273 AAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATAGGTGAA
639 AAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATAGGTGAA
* * * *
162308 TATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAACGGGTTTTTCTTCACGT-TTCTAGAGGTAGACATTCAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGAACGGCTTTTTCTTCACGTATGCCA-AGGTAGACATTCAA
*** * * *
162372 ATATAATCTGTTTTAATC-AAAACTGCAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
65 ATATAATCTGTCACAA-CAAAAAATG-AAAAACAACTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAA
* * * *
162436 AACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAAGTGAA-TATAAATAGACTTTTCATGC
128 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATAAGT-AACTATAAATAGACTTTTCATGC
* * * * * *
162500 CAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACACTCAATTATAGTTTGTTTTAACT-
192 CAATAG-ATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAA-GCAAACACTCAATTATAATATATTTTAA-TG
* * * *
162562 A-AATATATAAAATAATTCAAC-TGAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCT-AGT
254 ACAA-ATATAAAAAAATTCAACTTG-AAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAG-TGAGT
* * * *
162624 AATAAGGCTTTCAATA-GCTTGGGTGGCTATACATATACTTTTCTTGCCAATG-GATAACTTTTG
316 AATAAGGCTCT-AAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAG-TAACTTTTG
* * * * * * *
162687 CATGATGTTTTCTAA-AGCAGACA-TCTAATTATAATATATTTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAAT
379 CATCATGTTTGCTAAGA-AAGACATTC-AAATATAATAT-CTTGACACAAAAAATGTAAAAAAAT
** * * * * *
162749 TTGACTTAAAATCA-AATGTGAGATCATAAAATCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTGA-AAGG
441 TCAACATAAAATCAGAATGT--GATCACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-ATAA-A
* * *** *
162812 GC-TGTG-AAGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAAT-GACTTTTTTTTTACG-TCTATAAA
502 GCATGGGTAA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATAG-CTTTTGCATCACGTTCT-TAAA
* * * *
162873 GGTAGACATTCAAATATAATCTGTTGGCACCAAAAATGTAAAA
564 -GCAGACATTCAAATATAATATGTTGGAAACAAAAATGTAAAA
162916 CAATTCAATG
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 90, Indels: 45
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
684 11 0.02
685 87 0.18
686 384 0.78
687 13 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (673 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGAACGGCTTTTTCTTCACGTATGCCAAGGTAGACATTCAAA
TATAATCTGTCACAACAAAAAATGAAAAACAACTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAAT
AGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAATGACAAATA
TAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTC
TAAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTAACTTTTGCATCATGTTTGC
TAAGAAAGACATTCAAATATAATATCTTGACACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAG
AATGTGATCACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTATAAAGCATGGGTAACTATAAATA
GACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTGCATCACGTTCTTAAAGCAGACATTCAAATATAATATG
TTGGAAACAAAAATGTAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTAGAATGCATAGGTGAA
Found at i:163802 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 163506--163811 Score: 328
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
163496 AGTATAAGAC
* * * * *** *
163506 CATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGGGTGGCTATATATGGGCTTTTCTTGTCAAT
1 CATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATATATAAACTTTTCTTGCCAAT
* *
163571 GGATGGCTTTTGCATCACATTTGCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAG
66 GGATGGCATTTGCATCACATTTGCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATGTTAACCAAAAAAG
163636 TTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
131 -TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
*
163667 NNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA-ATAAACTTT
1 ----------CATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATATATAAACTTT
** * * * *
163731 TCTTGCCAATGGATGGCATTTG-AGTCATGTTTTCTGAAGCAGACATTCAATTGTAATATATGTT
56 TCTTGCCAATGGATGGCATTTGCA-TCACATTTGCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATGTT
*
163795 AACCAAAAATGTAAAAA
120 AACCAAAAAAGTAAAAA
163812 CATTCNNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.06
170 69 0.59
171 40 0.34
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
CATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATATATAAACTTTTCTTGCCAAT
GGATGGCATTTGCATCACATTTGCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATGTTAACCAAAAAAG
TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
Found at i:164211 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 163461--166965 Score: 1915
Period size: 171 Copynumber: 20.5 Consensus size: 171
163451 NNNNNNNNNN
* * * **
163461 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAGACCATTTAAAGGGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * * *
163526 GCTTTCAATGGCT-TGGGTGGCTATATATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCACA
66 GCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACA
*
163590 TTTGCTAAAA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
130 TTTTC-AAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * ********** ** *
163632 AAAGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGAAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * ** * * *
163697 GCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTAT-AATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCATTTG-AGTCAT
66 GCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCA-TCAC
* ** * *
163759 GTTTTCTGAAGCAGACATTCAATTGTAATATATGTTAACCAAA
129 ATTTTCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* ********** * * * *
163802 AATGTAAAAACATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAACGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * *
163867 GC-TTTAGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAGTGGTTTTTGC-T--CA
66 GCTTTTA-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACA
* * * * *
163928 TGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCTAAA
130 T-TTTCA-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * ** *
163972 AATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATCCTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * **
164037 GCTTTTAAAGGT-TAGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGCGCATCACA
66 GCTTTTAAAGGTAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACA
* * * *
164101 TTTTCAAAAGCAGACATTCAATTACACTATATGTTATCCAAA
130 TTTTCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * *
164143 AATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAACAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * ** * *
164208 GC-TTTAGAACGCATGGGTGACTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCAC-
66 GCTTTTA-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACA
* ** * * * * *
164271 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAAGTATAA-ATTTTTTTCACCAAA
130 TTTTC-AAAAGCAGACATTCAATTATAATA-TATTTTAACCAAA
* * * * * *
164314 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATAATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
** * * *
164379 GCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATCAATGGACTTTTCATGCCAATCG-ATGGCTTTTGCATCACA
66 GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCATCACA
* * * * * * *
164443 TTTCCTAAAGCAAACATTTAGTTATCATATATTTTAA-TAAA
130 TTTTCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * *
164484 CAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 -AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * ** * * *
164549 GGC-TTGAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTTCACG
65 GGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACA
* * * * * **
164613 TTTCTC-AAGGCAGACAATCAAATATAATCTGTTTGCACCAAA
130 TTT-TCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * * ***
164655 AACGT-AAACAGTTCAACTTAAAATC--TGTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * ** *
164717 GG-TTTTGAAAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTCGTCAGTGGATGGCTTTTATATCAT
65 GGCTTTT-AAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCAC
* * *
164781 GTTTTCTAAAA-CAGACATTTAATAATAATATATTTTAACCATAA
129 ATTTTC-AAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA-AA
* * * * *
164825 AA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * * * * *
164889 GCTTTAAAATGCATGGCTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCAC-G
66 GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACAT
* * * * * * *
164953 TTTCTAAAGGTAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAA
131 TTTC-AAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * *
164995 ACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGCAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* ** * * * * * * * * * **
165060 GATTTGGAATGCATGGATGAATAGAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
66 GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACAT
*** * * * * * *
165125 TTTTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTTTTTTAATCAAA
131 TTTCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * * * * *
165166 AAAGTAAAAATATTTATCCTAAAATCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * ** * * *
165231 GCTTTCAATGGCT-TGGGTGGCAATACATGGACTTTTCCCAG-TAATGGATGGCTTTTTCAT--C
66 GCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCAC
* * *
165292 ATGTTTCTTAAAGCAAACATTTAATTATAATATATTTT-ACCATAA
129 AT-TTTC-AAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA-AA
* * * * * *
165337 AA-ATAAAAGAATTCAACTT-AAATTAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
********** * * * * * *
165400 NNNNNNNNNNGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTCATA
66 GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTGCATCACA
* * * * * * * *
165464 -TTTCTAGAGGCAGACGTTCAAATATAATCTGTGTTAACCCAA
130 TTTTC-AAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
** * **
165506 AATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAATGAG-TGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
** * * ** * * ** * * * * **
165570 GGCTTTGGAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTTATG
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* * * * * *
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* * * *
165677 ATTGT-GAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * * * * **
165741 ACTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
66 GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACAT
* * * * * * * * * * ***
165806 CTACCAAGGTAGATATTTAAATATAATCTGTTGGCACCAAA
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* ** * * * * * * * **
165847 AATGTAAAACAATTCAA-AGAAAATTAGTAATAAAATTAAAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * ** * **
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** * *
165974 TGTTTCATGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAGCTAAA
130 T-TTTCAAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * *
166018 AATGTAAAAGAACTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCGAA-TAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
166146 A-TTCCTAAAGCAAACATTCAATTACACTATATTTTATCCAAA
129 ATTTTCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * **********
166188 AATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTANNNNNNNNNNTAA
1 AATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * ** *
166253 GGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGGCTATTT-C-T-TC
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* ** * * * * *
166315 TTGTTTCCTAAGACAAATATTCAATTGTGATATATTTGAACCAAA
129 AT-TTTCAAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * ** * * **
166360 AATGT-AAAAAATTTAACTTAAAGTCAAGAATGGGATTAT-AAATCATTTAAAGCGGGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * *** * * * * ***
166423 TCTTTGAAAGGCACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAATAATTAATGACTTTTCCTTCATGC
66 GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACAT
* * * * * ** * * *
166488 TTCCTAAGGCAAACACTGGACTATAATCTATTTTTACCAAA
131 TTTCAAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* ********** *
166529 AATGTTAAAATAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAA
1 AATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
** * * ***
166593 GGCTTCCAAAGGCT-TGGGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGGTGATGGAA-GGCTTTTGCAT--
65 GGCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCATCA
* * * *
166654 CATGTTCATTGAAGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAACTAAA
128 CATTTTCA--AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTT-AACCAAA
* * * * * ** *
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1 AATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * * *
166766 GGC-TTTAGAAGGCATGTGTGACTCTAAATGAAATTTTCTTGCCAAAGAACGGC-TTTGTCTTCA
65 GGCTTTTA-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG-CATCA
* ** * * * * *
166829 -AGTTTCCTGAGGCTA-ACATTCAAATATAATCT-GTTTAACAAAAA
128 CA-TTTTCAAAAGC-AGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAA
** * * * * * *
166873 AATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAGATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
*
166938 GCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAAT
66 GCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAAT
166966 AGACNNNNNN
Statistics
Matches: 2493, Mismatches: 745, Indels: 192
0.73 0.22 0.06
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167 1 0.00
168 39 0.02
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Consensus pattern (171 bp):
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GCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACAT
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Found at i:164491 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 163461--166965 Score: 1803
Period size: 341 Copynumber: 10.3 Consensus size: 339
163451 NNNNNNNNNN
* * * * *
163461 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAGACCATTTAAAGGGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * ** * * *
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66 GCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACG
*** * * * * * * *
163590 TTTGC-TAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTTAACTTAA
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** * ** * *
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* * * *
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1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
163867 GCTTTAGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAGTGGTTTTTGC-TCATGT
66 GCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGT
* * * * * * * *
163931 TTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAA
131 TTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * * * * *
163995 ATCAATTACGAGATCCTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTAGAGAGACT
195 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT-GGGTGACT
** * *
164059 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGCGCATCACATTTTCAAAAGCAGACATTCAATT
259 ATAAATGGACTTTTC-TGCCAATG-ATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAATT
*
164124 A-CACTATATGTT-ATCCAAA
322 ATCA-TATATTTTAAT--AAA
* * * *
164143 AATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAACAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
164208 GCTTTAGAACGCATGGGTGACTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGT
66 GCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGT
* * * *
164273 TTCTTGAGGTAGACATTCAAGTATAAAT-TTTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
131 TTCTTAAGGTAGACATTCAAATAT-AATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
164337 ATTAATAATAATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
195 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTA
* * * *
164402 TCAATGGACTTTTCATGCCAATCGATGGCTTTTGCATCACATTTCCTAAAGCAAACATTTAGTTA
260 TAAATGGACTTTTC-TGCCAAT-GATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAATTA
164467 TCATATATTTTAATAAA
323 TCATATATTTTAATAAA
* * *
164484 CAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATA
1 -AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
164548 AGGCTTGA-AAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAAT-ATCTTTTTCTTCA
64 AGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAT-TTTTTCTTCA
* * * * * * *
164611 CGTTTCTCAAGGCAGACAATCAAATATAATCTGTTTGCACCAAAAACGT-AAACAGTTCAACTTA
128 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
** * *** * * *
164675 AAATCTGTAA-GAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTGAAAGGTATGGGTGAT
193 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAC
* * * ** ** *
164739 TATAAATAGACTTTTCTCGTCAGTGGATGGCTTTTATATCATGTTTTCTAAAACAGACATTTAAT
258 TATAAATGGACTTTTCT-GCCAAT-GATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAAT
* * *
164804 AATAATATATTTTAACCATAA
321 TATCATATATTTTAA-TA-AA
* * * * *
164825 AA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * ** *
164889 GCTTTAAAATGCATGGCTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACGT
66 GCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGT
* * * * *
164954 TTCTAAAGGTAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
131 TTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
165019 TCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGCAATAAGGATTTGGAATGCATGGATGAATAG
196 TCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * ** * * * * * *
165084 AAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACACTCAATTAT
261 AAATGGAC-TTTTCTGCCAATG-ATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAATTAT
* * *
165149 AATCTTTTTTAATCAAA
324 CATATATTTTAAT-AAA
* * * * * * * *
165166 AAAGTAAAAATATTTATCCTAAAATCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * ** * * ** * *
165231 GCTTTCA-ATGGCTTGGGTGGCAATACATGGACTTTTCCCAG-TAATGGATGGCTTTTTCATCAT
66 GCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCAC
* * * * * * * * *
165294 GTTTCTTAAAGCAAACATTTAATTATAATATATTTT-ACCATAAAA-ATAAAAGAATTCAACTT-
129 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * ********** *
165356 AAATTAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGCATGGGTGAA
193 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * *
165421 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTCATA-TTTCTAGAGGCAGACGTTCA
258 TATAAATGGACTTTTC-TGCCAAT-GATG-GCTTTTGCATCACATTTTCTA-AAGCAGACATTTA
* * * * * **
165484 AATATAATCTGTGTTAACCCAA
319 ATTATCATATATTTTAA-TAAA
** * * *
165506 AATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAATGAG-TGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * * ** * * *
165570 GGCTTTGGAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT-AGCTTTTTCTTTAT
65 GGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TTTTTTCTTCAC
* * * * * * * * *
165634 GTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAATTGT-GAAAAATTCAACTTAA
129 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
165698 ATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGGCT
194 AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACT
* * * ** * * * * * * *
165763 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTACCAAGGTAGATATTTAAAT
259 ATAAATGGACTTTTC-TGCCAATG-ATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAATT
* * * ** **
165828 ATAATCTGTTGGCACCAAA
322 ATCATATATT-TTAATAAA
* ** * * * * * * * * *
165847 AATGTAAAACAATTCAA-AGAAAATTAGTAATAAAATTAAAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** ** * *
165911 GCTTT-GAAAAGCATGGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGCGGCTTTTTCTTTAT
66 GCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCAC
* * ** * * * * * *
165975 GTTTCATGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTT-AGCTAAAAATGTAAAAGAACTCAACTTA
129 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
166039 AGATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCGAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGC-TAAGGTG
193 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT-GGGTG
* * * * * * * *
166102 GCTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTACATCACA-TTCCTAAAGCAAACATTCA
256 ACTATAAATGGAC-TTTTCTGCCAAT-GATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTA
166166 ATTA-CACTATATTTT-ATCCAAA
319 ATTATCA-TATATTTTAAT--AAA
* **********
166188 AATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTANNNNNNNNNNTAA
1 AATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** ** * **
166253 GGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGGCTATTTCTTCTTG
65 GGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACG
* ** * * * * * * * ** *
166318 TTTCCTAAGACAAATATTCAATTGTGATATATTTGAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAA
130 TTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * ** * * *
166382 GTCAAGAATGGGATTAT-AAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGTCTTTGAAAGGCACGAGTGACTA
195 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTA
*** * * * * *** * * * * ** *
166446 TAAATGGACTTTTCTTAATAATTAATGACTTTTCCTTCATGCTTCCTAAGGCAAACACTGGACTA
260 TAAATGGACTTTTC-TGCCAA-TGATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAATTA
* * **
166511 TAATCTATTTTTACCAAA
323 TCATATA-TTTTAATAAA
* **********
166529 AATGTTAAAATAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAA
1 AATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *** ** * *
166593 GGCTTCCA-AAGGCTTGGGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGGTGATGGAA-GGCTTTTGCATCA
65 GGCTT-TAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGATTTTTTCTTCA
* * * * * * * * * *
166656 TG-TTCATTGAA-GCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAACTAAAATTGTTAAAAAAATTCAT
128 CGTTTC-TT-AAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTT-CACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAA
** * * ** * *
166719 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAACGTGTAATATGGCTTT-AGAAGGCATGT
189 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATGG
* * * * * * * * *
166783 GTGACTCTAAATGAAATTTTCTTGCCAAAGAACGGC-TTTGTCTTCA-AGTTTCCTGAGGCTA-A
253 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATG-ATGGCTTTTG-CATCACA-TTTTCTAAAGC-AGA
* * * * * * *
166845 CATTCAAATATAATCTGTTTAACAAAAA
313 CATTTAATTATCATATATTTTA-ATAAA
** * * * *
166873 AATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAGA-TCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
*
166937 GGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAAT
65 GGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
166966 AGACNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (339 bp):
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGT
TTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTGCCAATGATGGCTTTTGCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTTAATTATCA
TATATTTTAATAAA
Found at i:165118 original size:852 final size:846
Alignment explanation
Indices: 163461--166963 Score: 2364
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163451 NNNNNNNNNN
* * * * * **
163461 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAGACCATTTAAAGGGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * *
163526 GCTTTCAATGGCTTGGGTGGCTATATATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCACAT
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* * * * * * * * *
163591 TTGCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTTAACTTAAAA
128 TTCCTAAAGCAAACATTTAATTATCATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
********** ** * * * *
163656 TCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGAAATAAG-GCTTTCAAAGGC-TTGAGTGACT
192 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGC-TTGAAAGGCATAG-GTGAAT
** * ** * * *** ** * * *
163719 AT-AATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCATTTGAGTCATGTTTTCT-GAAGCAGACATTCAAT
255 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCA-CATTTCTAGAGGCAGACAATCAAA
* * * * * ********** *
163782 TGTAATATATGTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAAC
319 TATAATCTGTGTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * *
163847 TATTAAAAACGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAA
384 TATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATGGGTGAATATAAAT-GACTTTTCTTGTC-A
* * *
163910 AT-GAGTGG-TTTTTGC-TCATG-TTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATC-T
446 ATGGA-TGGCTTTTT-CATCATGTTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAT
* * * ** *
163969 AAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATCCTAAAACCATTTGAAGCAAGTAAT
508 AAAAGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * *
164034 AAGGCTTTTAAAGGTTAGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTGCGCATC
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
164162 TAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTA-GTAACAAGGCTTTAGAACGCATGGGT
697 TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGGT
* * * ** * *
164226 GACTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
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*
164291 AAGTATAA-ATTTTTTTCACCAAA
825 AATTATAATA-TTTTTT-ACCAAA
* * * * *
164314 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATAATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
1 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * *
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66 GCTTT-AAAGGC-TGGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTACATCACAT
*
164444 TTCCTAAAGCAAACATTTAGTTATCATATATTTTAATAAACAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
128 TTCCTAAAGCAAACATTTAATTATCATATATTTTAATAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
164509 TCAATTATGACATCATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTGAAAGGTATAGGTGACTAT
192 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGCTTGAAAGGCATAGGTGAATAT
* *
164573 AAATGGACTTTTCTTACCAATTAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGCAGACAATCAAAT
257 AAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGA-CTTTTTCTTCACATTTCT-AGAGGCAGACAATCAAAT
* * * **
164636 ATAATCTGT-TTGCACCAAAAACGT-AAACAGTTCAACTTAAAATCTGTAA-GAGATTATAAAAC
320 ATAATCTGTGTT-AACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * *
164698 TATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTGAAAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTCGTCAGT
384 TATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATAAAT-GACTTTTCTTGTCAAT
** * *
164763 GGATGGCTTTTAT-ATCATGTTTTCTAAAACAGACATTTAATAATAATATATTTTAACCATAAAA
448 GGATGGCTTTT-TCATCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCATAAAA
* * * *
164827 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCT
512 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
*
164892 TTAAAATGCATG-GCTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACGTTT
577 TTAAAA-GCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCAC-TTT
* *
164956 CTAAAGGTAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
639 CTAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
165021 AATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGCAATAAGGATTTGGAATGCATGGATGAATAGAA
704 AATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGGTGAATA-AA
* * * * *
165086 ATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACACTCAATTATAA
768 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAA
* *
165151 TCTTTTTTAATCAAA
833 TATTTTTT-ACCAAA
* * * * * *
165166 AAAGTAAAAATATTTATCCTAAAATCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * *
165231 GCTTTCAATGGCTTGGGTGGCAATACATGGACTTTTCCCA-G-TAATGGATGGCTTTTTCATCAT
66 GCTTT-AAAGGC-TGGGTGGCTATA-ATGGACTTTT--CATGCCAATGGATGGCTTTTACATCAC
* * * *
165294 GTTTCTTAAAGCAAACATTTAATTATAATATATTTTACCATAAAAA--TAAAAGAATTCAACTT-
126 ATTTCCTAAAGCAAACATTTAATTATCATATATTTTA--ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ********** *
165356 AAATTAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGCATGGGTGAA
189 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGCTTGAAAGGCATAGGTGAA
* * * **
165421 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGAGTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAGACGTTCAAA
254 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGCAGACAATCAAA
* * **
165486 TATAATCTGTGTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAATGAG-TGTATAAAA
319 TATAATCTGTGTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT-TATAAAA
* * * * ** *
165550 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAA
383 CTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATAAATG-ACTTTTCTTGTCAA
* * * * * * * *
165615 TGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGA-TTTAACCA-AAA
447 TGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCATAAA
* * *
165678 TTGT-GAAAAATTCAACTT-AAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAG
511 -AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * * *
165741 ACTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TG
574 GCTTT-AAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACTT
* *** * **
165805 TCTACCAAGGTAGATATTTAAATATAATCTGTTGGCACCAAAAATGTAAAACAATTCAA-AGAAA
638 TCTA--AAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
165869 ATTAGTAATAAAATTAAAAAACCATTCAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGGGTGACT
701 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGGTGA--
* ** * * *
165933 ATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGCGGCTTTTTCTTTATGTTTCATGAGACAGACATTCAAT
763 ATAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAT
* *
165998 TATAATATATTTTAGCTAAA
828 TATAATATTTTTTA-CCAAA
* * * * * * *
166018 AATGTAAAAGAACTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCGAA-TAATAA
1 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAA
* * ** *
166082 GGCTTTCAAAGGCTAAGGTGGCTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTACATCACA
65 GGCTTT-AAAGGCT-GGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTACATCACA
*
166147 -TTCCTAAAGCAAACATTCAATTA-CACTATATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTT
127 TTTCCTAAAGCAAACATTTAATTATCA-TATATTTTAAT--AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT
* * ********** *
166209 AAAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTANNNNNNNNNNTAAG-GCTTTTG-AAGGCATGGGT
188 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGC--TTGAAAGGCATAGGT
* * * * * * * *** * * * *
166272 TACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGGCTATTTCTTCTTGTTTCCTA-AGACAAATATT
251 GAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTT-CTAGAGGCAGACAAT
* * * * * * * * * *
166336 CAATTGTGATATAT-TTGAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAGTCAAGAATGGGATTAT
315 CAAATATAATCTGTGTT-AACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* ** * * * * *
166399 AAATC-ATTTAAAGCGGGTAATAAGTCTTTGAAAGGCACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
379 AAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATAAAT-GACTTTTCTT-
* ** * * * * * * * ** * * *
166463 AT-AATTAATGACTTTTCCTTCATGCTTCCTAAGGCAAACACTGGACTATAATCTATTTTTACCA
442 GTCAATGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * ********** *
166527 -AAAATGTTAAAATAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAA
507 TAAAA-G-TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * *** * * *
166590 TAAGGCTTCCAAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGGTGATGGAA-GGCTTTTGCAT
570 TAAGGCTT-TAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGGTTTTCCTT
* * * * * * * * *
166654 CA-TGTTCATTGAA-GCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAACTAAAATTGTTAAAAAAATTC
633 CACT-TTC--TAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTT-AACCAAAAATG-TAAAAAAATTC
* ** * * * * *
166717 ATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAAC-GTGTAATATGGCTTTAGAAGGCAT
693 AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAATAAGGCTTTGGAAAGCAT
* * * * * * * * * *
166781 GTGTGACTCTAAATGAAATTTTCTTGCCAAAGAACGGCTTTGTCTTCAAGTTTCCTGAGGCTA-A
757 GGGTGAAT-AAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGC-AGA
* * * * *
166845 CATTCAAATATAATCTGTTTAACAAAAA
820 CATTCAATTATAATATTTTTTAC-CAAA
** * * * * * *
166873 AATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAGATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
*
166938 GCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAA
66 GCTTT-AAAGGC-TGGGTGGCTATAA
166964 ATAGACNNNN
Statistics
Matches: 2083, Mismatches: 481, Indels: 171
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
848 2 0.00
850 50 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (846 bp):
AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
GCTTTAAAGGCTGGGTGGCTATAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTACATCACATTTC
CTAAAGCAAACATTTAATTATCATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGCTTGAAAGGCATAGGTGAATATAAAT
GGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGCAGACAATCAAATATAATC
TGTGTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAA
AATGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATAAATGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
TTTTCATCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCATAAAAGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAAGCA
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACTTTCTAAAGGTAGAC
ATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCAGGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGGTGAATAAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATTTTTTACCAA
A
Found at i:165393 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 163461--166565 Score: 1780
Period size: 511 Copynumber: 6.1 Consensus size: 510
163451 NNNNNNNNNN
* * * * *
163461 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAGACCATTTAAAG-GGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAATAA
* * * ** * * ** * * * * *
163525 GGCTTT-CAATGGCTTGGGTGGCTATATATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCAC
65 GG-TTTGGAAT-GCATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
* ** * * * * *
163589 ATTTGC-TAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTTAACTTA
128 GTTT-CTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG-TAAAAAATTCAACTTA
********** * * * *
163653 AAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
191 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGC
** ** * * * * * * *
163718 TAT-AATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-ATTTGAGTCATGTTTTCTGAAGCAGACATTCAA
256 TATAAATGGACTTTTCCCGTCAATGGATGGCTTTTTCA-TCATGTTTTCTAAAACAAACATTTAA
** * * * *********** * *
163781 TTGTAATATATGTTAACCA-AAAATGTAAAAACATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAA
320 TAATAATATATTTTAACCATAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAA
* * * * * * *
163845 ACTATTAAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA
384 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * ** * * * * * * * * *
163910 ATGAGTGGTTTTTGC-TCATGTTTC-ATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTATCTAAA
449 ATGAATGGGTTTTCCTTCACATTTCTA-AAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAAC-CAA
* * * * ** * *
163972 AATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATCCTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAATAAG
* * ** * * * *** *
164037 GCTTT-TAAAGGTTAGAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGCGCATCAC
66 G-TTTGGAATGCAT-G-GATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTC-T-TC
* * * * * * * * * * * *
164100 AT-TTTC-AAAAGCAGACATTCAATTACACTATATGTTATCCAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTT
126 ATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTT
* * * * * *
164163 AAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAACAAGGCTTT-AGAACGCATGGGTG
190 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTG
* * * ** * * ** * * * *** * *
164227 ACTATCAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGTAGACATTC
254 GCTATAAATGGACTTTTCCCGTCAATGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTC-TAAAACAAACATTT
* * * * * ****
164291 AAGT-ATAA-ATTTTTTTCACCA-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATAATATTA
318 AA-TAATAATA-TATTTTAACCATAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTA
* * ** * * *
164353 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATCAATGGACTTTTCAT
380 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * * *
164418 GCCAATCG-ATGGCTTTTGCATCACATTTCCTAAA-GCAAACATTTAGTTATCATATATTTTAAT
445 GCCAAT-GAATGGGTTTTCCTTCACATTT-CTAAAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAAC
*
164481 AAA
508 CAA
* * * * *
164484 CAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 -AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAATAA
* * * * * * * *
164549 GGCTTGAAAGGTATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTTCACG
65 GGTTTGGAATGCAT-GGATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATG
* * * * ** * * *
164613 TTTCTCAAGGCAGACAATCAAATATAATCTGTTTGCACCAAAAACGTAAACAGTTCAACTTAAAA
129 TTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ** * * **
164678 TC--TGTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTGAAAGG-TATGGGTGATT
194 TCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGGCT
* * * *
164740 ATAAATAGACTTTTCTCGTCAGTGGATGGCTTTTAT-ATCATGTTTTCTAAAACAGACATTTAAT
257 ATAAATGGACTTTTCCCGTCAATGGATGGCTTTT-TCATCATGTTTTCTAAAACAAACATTTAAT
*
164804 AATAATATATTTTAACCATAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAAC
321 AATAATATATTTTAACCATAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAAC
* * *
164869 CATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTAAAATGCATGGCTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
386 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* *
164934 GAATGGGTTTTCCTTCACGTTTCTAAAGGTAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAA
451 GAATGGGTTTTCCTTCACATTTCTAAAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAA
*
164994 AACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGCAATAA
1 AA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAATAA
* * *
165059 GGATTTGGAATGCATGGATGAATAGAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
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* * * * * * *
165124 TTTTTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTTTTTTAATCAAAAAAGTAAAAATATTTATCCTAAA
129 TTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* * * *
165189 ATCAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGGGTGGCAA
193 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTA
* *
165254 TACATGGACTTTTCCCAGT-AATGGATGGCTTTTTCATCATG-TTTCTTAAAGCAAACATTTAAT
258 TAAATGGACTTTTCCC-GTCAATGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTC-TAAAACAAACATTTAAT
* * *
165317 TATAATATATTTT-ACCATAAAAATAAAAGAATTCAACTT-AAATTAATTATGGGTTTATAAAAC
321 AATAATATATTTTAACCATAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAAC
**********
165380 CATTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
386 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * *
165445 AAATGAGTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAGACGTTCAAATATAATCTGTGTTAACCCAA
451 GAATGGGTTTTCCTTCACATTTCTAAAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAA-CCAA
** *
165506 AATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAATGAG-TGTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAATA
* * * *
165569 AGGCTTTGGAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTTAT
64 AGG-TTTGGAATGCATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
* * ** *
165634 GTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAATTGTGAAAAATTCAACTTAAA
128 GTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
165699 TTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGGCTA
193 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTA
** * * * * * *** * *
165764 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTACCAAGGTAGATATTTAA-AT
258 TAAATGGACTTTTCCCGTCAATGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAAACAAACATTTAATA-
* * *** * * ** * * **** *
165828 ATAATCTGTTGGCACCA-AAAATGTAAAACAATTCAA-AGAAAATTAGTAATAAAATTAAAAAAC
322 ATAATATATTTTAACCATAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAAC
* * * *
165891 CATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAA-GCATGGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGTCA
386 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAAGGCATGGGTGAATAT-AAATGGACTTTTCTTGCCA
** * * * ** * * * * * * * * *
165955 ATGAGCGGCTTTTTCTTTATGTTTC-ATGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAGCTAAA
449 ATGAATGGGTTTTCCTTCACATTTCTA-AAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAAC-CAA
* * * * * * *
166018 AATGTAAAAGAACTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTGAAGC-GAATAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAATAA
** * * ** * * * * * *
166082 GGCTTTCAAAGGCTAAGG-TGGCTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTACATCA-
65 GG-TTTGGAATGC-ATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
** * * * * * * * * *
166145 CATTCCTAAAGCAAACATTCAATTACACTATATTTTATCCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTA
128 GTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAA-AATTCAACTTA
* * ********** ** * **
166210 AAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTAC
191 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGC
** * * * * * * * *
166275 TATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGGCTATTTCTTCTTGTTTCCTAAGACAAATATTCAAT
256 TATAAATGGACTTTTCCCGTCAATGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAAACAAACATTTAAT
** * * * * * * ** *
166340 TGTGATATATTTGAACC--AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAGTCAAGAATGGGATTAT-AAA
321 AATAATATATTTTAACCATAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAA
* * * * * * * ***
166402 TCATTTAAAGCGGGTAATAAGTCTTTGAAAGGCACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAATAA
385 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* ** * * ** * * *
166467 TTAATGACTTTTCCTTCATGC-TTCCT-AAGGCAAACACTGGACTATAATCTATTTTTACCAAA
450 TGAATGGGTTTTCCTTCA--CATTTCTAAAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACC-AA
* *
166529 AATGTTAAAATAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 AATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
166566 NNNNNNNNNN
Statistics
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AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAATAAG
GTTTGGAATGCATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTT
TCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTATAA
ATGGACTTTTCCCGTCAATGGATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAAACAAACATTTAATAATAA
TATATTTTAACCATAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGGTTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
GGTTTTCCTTCACATTTCTAAAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAA
Found at i:165531 original size:340 final size:331
Alignment explanation
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Period size: 340 Copynumber: 2.7 Consensus size: 331
164805 ATAATATATT
* * * * * **
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* ** ** * **** * *
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65 GAGTAATAAGGCTTTGCAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCCCATCAATGAATAGCTTT
* * * * * * * * * *
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130 TTCATCATGTTTCCTAAA-GCAAACACTCAATTATAATATGATTTAACCAAAA-TAAT-AAAAAA
* * * *
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192 TTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA---AGT-A--A--T--AAGGC
* * * * *
165072 ATGGATGAATAGAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAA
247 ATGGATGAATAGAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAA
* * *
165137 ACACTCAATTATAATCTTTT
312 ACACTCAAATATAATCTGTG
* * * * *
165157 TTAATCAAAAAAGTAAAAATATTTATCCTAAAATCAATTATGACAT-TATAAGACCATTTAAAGC
1 TTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATAATGA-ATGTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * * *
165221 GAGTAATAAGGCTTT-CAATGGCTTGGGTGGCA-ATACATGGACTTTTCCCAGT-AATGGATGGC
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* * * *
165283 TTTTTCATCATGTTTCTTAAAGCAAACATTTAATTATAATAT-ATTTTACCATAAA-AATAAAAG
127 TTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAAACACTCAATTATAATATGATTTAACCA-AAATAATAAAA-
* * *
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190 AATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG----------
* * *
165410 GCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTCATATTTCTAGAGG
245 GCATGGATGAATAGAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATG-GCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGG
* **
165474 CAGACGTTCAAATATAATCTGTG
309 CAAACACTCAAATATAATCTGTG
* * ** * *
165497 TTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAATGAGTGTATAAAACCATTTAAAGTG
1 TTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATAATGAATGTATAAAACCATTTAAAGCG
* **
165562 AGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTGCAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCCCATCAATGAATAGCTTTT
* * * * ** *
165627 TCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAATTGTGAAAAATTCA
131 TCATCATGTTTCCTAAAGCAAACACTCAATTATAATATGATTTAACCAAAATAATAAAAAATTCA
*
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196 ACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
165741 ACTTTCAAAG
Statistics
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0.76 0.15 0.09
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332 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
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TTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATAATGAATGTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTGCAATGCATGAATGAATATAAATGAACTTTTCCCATCAATGAATAGCTTTT
TCATCATGTTTCCTAAAGCAAACACTCAATTATAATATGATTTAACCAAAATAATAAAAAATTCA
ACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATGGATGAATAGAA
ATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAAACACTCAAATATAA
TCTGTG
Found at i:167802 original size:35 final size:35
Alignment explanation
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Period size: 35 Copynumber: 3.5 Consensus size: 35
167743 TCCTTAAGAA
*** *
167753 GCCCAATTAACTTAATTATTTAATTTAATCCATTAG
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* *
167789 GCCCAATAACTTAATTAAACAAA-TTAATTAATTAC
1 GCCCAATAACTTAATTAAA-AAATTTAATCAATTAG
* *
167824 GCTCAATAACTTGATTAAACAAATTTAATCAATTAG
1 GCCCAATAACTTAATTAAA-AAATTTAATCAATTAG
*
167860 GCCCAATAACTTGATTAAA
1 GCCCAATAACTTAATTAAA
167879 TAANNNNNNN
Statistics
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GCCCAATAACTTAATTAAAAAATTTAATCAATTAG
Found at i:167867 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 167774--167878 Score: 158
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 36
167764 TTAATTATTT
* *
167774 AATTTAATCCATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACA
* * *
167810 AA-TTAATTAATTACGCTCAATAACTTGATTAAACA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACA
167845 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAA
167879 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 8, Indels: 2
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AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACA
Found at i:169398 original size:165 final size:158
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169216 AAAGCTCTAT
* * **
169226 TACTCGCTTTAAATGGCCTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTT-T-T-TTGGTTA
1 TACTCGCTTTAAATGGCCTCATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTATATGTTGGTTA
* * * *
169288 AAACAGATTATATTTGAGTGTTTACCT-TCGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
66 AAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAA
*
169352 AGGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
130 AAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
** * * *
169381 NNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTTATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTTAT
1 ----------TACTCGCTTTAAATGGCCTCATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTAT
* * * ** *
169446 ACATGTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCTAGAAATGTGAAGAAAAACTCATTT
56 --ATGTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAACTCATTC
*
169511 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCC
119 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
169551 AAAGCCTTAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 21, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 44 0.33
166 1 0.01
169 1 0.01
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Consensus pattern (158 bp):
TACTCGCTTTAAATGGCCTCATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTATATGTTGGTTA
AAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
Found at i:169919 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 168874--172397 Score: 2045
Period size: 171 Copynumber: 20.7 Consensus size: 171
168864 NNNNNNNNNA
* * *
168874 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGATGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
168939 ACATTTTTGGTGTAAACA-A-ATTATATTTGAATGTCTGGCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAG-CA
66 ACTTTTTTGGT-TAAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
** * *
169001 TTTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCT
129 -TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* * * * * * *
169045 AAAGCTTTATTA-TGAGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCACAATTAATTTTATGTTGAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * ** * *
169109 TACATTTTTGGATAAAATATA-GAGTAATTGAGTGTCTACATTAGGAAACGTGGTGCAAAAGCGA
65 TACTTTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *** ** * * **
169173 TCCATTGGTAAGAAAAGTCTACGCATAGCCACCCAAGCCTTTG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* ** * *
169216 AAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAATGGCCTCATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T---TTTATT
1 AAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
169276 T--TTTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTTTACCTTC-GGAAACATGAAGAAAAAGTCA
65 TACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
*
169338 TTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
********** * * * * * *
169381 NNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTTATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * **
169446 ACATGTTT-GTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCTA-GAAATGTGAAGAAAAA-CTCA
66 ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGC-CA
* *
169508 TTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCC
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* * * * *
169551 AAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAACCCCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * * * * * *
169616 ACTTTTACGGTTAAAATATATTTTAATTAAATATCTGCTTCAAGAAACTTGATA-CAAAAGCTAT
66 ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCAT
* *** * * *
169680 CCATTGATGAGAAAAGTCCATGTAT-TGTCACCCAAGCCATT-G
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* * ** * * * * * ** **
169722 AAAGCCTTCTTATTCGTTTTAAATAGTCTTATACTATCATTATTGATTTTAACATGAATACTTTT
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* * *
169787 ATTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
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* * *
169852 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATGCGTTCT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* * * * **********
169893 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * ** * *
169958 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAACGTATGCCTCCA-AAAATGTGAAG-AAAATCTAA
66 ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-CAGGAAACATGAAGAAAAAGC-CA
** * *
170021 TTTTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCT
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* * * *
170064 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * * * *
170129 A-TATTTTTTATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCT-TGGAAAACGTGATGATAAAGCCA
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* * * ** *
170192 TCCATT-ACTACA-AAAAATCCATTTATAGCCACCCATGGC-TTCT
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* * * * * * *
170235 AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATTGTTCTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
170300 GCATTTTTGGTTAAAATAGATAATATTTGAGTGTTT-CTCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGTCAT
66 ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * *
170364 TCATTGGTAATAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATGCTTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* * *********
170406 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
170470 TACATTTTTGTTGTAAACA-A-ATTATATTTGAATGTTTGGCTCAGGAAACATGAAGAACAAGCT
65 TACTTTTTTGGT-TAAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * ** *
170533 ATTCATTCGTAGGAAAAGTCCACTTATAATCATTCATGCATTCT
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTCC
* * * * * * *
170577 AAAGACTTATTA-TTATCTTGAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTATA-TTAAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTT
* * * * * * * * *
170640 TTACTTTTTTGGATAAAATATA-TGTAATTAAATGTTTTCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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********** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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** * * ********** *
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* ** * * * * * * *
171833 TACATTTTTT-ATTAAAATCTATGATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTA
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* * * * ** * * **
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* ********** *
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1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** ** *** * *
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* * * ** * * * **
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* * *
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1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
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Statistics
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* *
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509 C
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* * *
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**
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* * * * * * * ** *
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* ** *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
170405 A
509 C
* **********
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* * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
170662 -TGTAATTAAATGTTTTCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
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* * * * *
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* *
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* * *
171048 ATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACATTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
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** * * * *
171112 AATTTTATAACCCCATAATTAATTCTAAGTTGAAGTGTTTTACTTTTATGGTTAAAATATATTAT
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* * * * * *
171177 AATTGAATATTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCCTCCATCGGTGAGAAAAGTCCATGTAT
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* * ********** *
171242 TGCCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTCTTATAATCTCATAATTGATA
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* *
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*
171372 ATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCATTCC
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* * *
171430 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-C-CATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
171555 TTCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATATTCACCTATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCACTTTAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * * * *
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* * * *
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***** * * * * *
171812 NNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATC-TATGATAATTGAATGTTTGCTTTA
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* * * * * * * ** * * **
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********** * *
171940 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * *
172005 GCA-TTTTAGGTAAAATATATTTTAATTGAATTTCTGCCTCATGAAACGTG-AGCAAAAAGCT-A
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* * * * * * * * *
172067 CTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTTA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
172132 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TCAAATGTTTTTACATTTTGAATTAAAATATAT
193 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACTTTTTG-GTTAAAATATAT
* * ** ** * * * * * *
172196 TATGATTGAATGTTTGCTTCAAAAAATGTGATTCAAATGCGATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATT
256 TATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
172261 TATGGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTG
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* * * * * *
172326 ATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGA
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* * ** * *
172391 AACATGATGCAAAAG-------TT---------A-TCCA-TT-GGTT-ACTCATGCCTTCC
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* * * * *
172432 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATTACTG-TTTTCAGGTTGAATTGTTT
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* * * * *********
172496 TACATTTTTTA-TGAAAACAGATTATATTTGATTGTCTGCCT-TAGAAAACGTNNNNNNNNNNC-
65 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCT-G-GAACAT-GAAGAAAAACT
* * ** * * * **
172558 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTT
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* * * * * * * ** *
172623 AAATGGTTTTATGATCCCATATTTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTACAATATA
191 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC-TTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * * * *
172688 TTACAATTAAATGTTTGGTTTAGGAAACATGATGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
255 TTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * *** **********
172753 ATATAGCTAGTTAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTCTTATAATCTCATAATT
320 TTATAGCCACCCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATT
* * *
172818 GATTTTAAATTGAATATTTTACT-TTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGG
384 GATTTTAAGTTAAATTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGG
********** * * * *
172882 AAACATGAAGAANNNNNNNNNNATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTTACCTATGTATTCC
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172944 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
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* ** * * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-T-CATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * * *
173514 TTATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACGTGATACAAAAGC-C
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* *** * * * * *
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127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * ** * *
173641 AAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAATAGA
191 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC-TTTTTGGTTAAAATATA
* * * * ** * * * *
173706 TTATATTTGAATATCTACCTT-GGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
255 TTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
*********** * * * *
173770 TTTANNNNNNNNNNTGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
319 TTTATAGCCACCCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * * *
173835 TGATATTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCTTTA
383 TGATTTTAAGTT-A-AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTA
* ** * * * * * * * *
173900 TGAAATGTGATGCAAAAGCCATCCCTTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTC-TTTC
446 GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATG-CATTCC
* * * * *
173963 AAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTACTGATTTTAAGTTTAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
174027 ACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCAT-TGAGAA-ATGTAAAGAAAAAGTC
66 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCTG-GAACATG--AAGAAAAACTC
* * * * * * * **
174089 ATTCCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACACATACCTTCCAAAGCGTAATTACTTGCTTT
127 ATT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * **
174153 AAATGATTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAATTGGAGTT-TTTTACATTTTTTCTTAAAATAT
191 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GAATTGTTTTAC-TTTTTGGTTAAAATAT
* * ** ** * *
174217 ATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAATTATGATGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCA
254 ATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
** * * * *
174282 TTTACT-GTAACCCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTGTAATATCATA
319 TTTA-TAGCCACCCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATA
* * * * * *
174345 ATTGATTTTAAGTTGACTTTTTT-TAGTGTTTTGATT-AAATATATTATAATTGAGTGTCTGCTT
381 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCT
** ** * * * * *** * ** * * * *
174408 TAAAAAAGGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGAATATGTATAGCCACCTAAGCTTTT
444 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCATTC
*
174473 G
509 C
* * * * * * *
174474 AAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGATTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTNNN
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT--T
******* * * * * * * * *
174539 NNNNNNNTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCT-TAGGAA-ATGTGATGTATAAGC
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCT-GGAACA--TGAAG-AAAAAC
** * * * * * * *
174601 -CAACCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTT-GCTCATTCCTTTTAAAG-CTGTATTACTCGC
125 TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-TTCACCCATGCATTCTAAAGCCT-TATTACTCAC
** * * * * * *
174663 TTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTAGTAAAAAT
188 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC-TTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * *
174728 ATATCATAACTGAATTTCTGCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
252 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * ** *
174793 CATTTATTGCCACCCACGCCTTCCAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
317 CATTTATAGCCACCCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
174858 ATTAAGTTTAAGGTGAATTAGTTTT-TACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTGC
381 ATTGATTTTAAGTTAAATT--TTTTATA-TTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGC
* * * * ** * * * * *
174922 TTTAGGAAACATGAAGAAAAAAACTGTCCA--CACTAAGAAAAGTCTATGTATAGTCACTCAAGC
442 CTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGC
* **
174985 CTTTG
505 ATTCC
* * **
174990 AAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AAGGGTTT
1 AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * ** *
175053 TTAAATTTTT-GTTAAAACAGATTGTAATTGAAAGT-TTTCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAAC-
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCTGG--AACATGAAG-AAAAACT
* * * * * * * * *
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126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * * *
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191 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATTGTTTTAC-TTTTTGGTTAAAATAT
* * * * * * * * *
175244 ATTGTAATTGAATGTGTGCTTCAAGAAATATGATGCAAAAGTCATCTATTAGCAACAAAAGTCCA
254 ATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
** * * * ***********
175309 TTTATATTCAACTAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGANNNNNNNNNNTCATAAT
319 TTTATAGCCACCCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAAT
* ** * ** * * *
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383 TGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGA-GTGTTTGCCTTA
* * * * ** *
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* * **********
175502 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTNNNNNNNNNNTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
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* * * * * * **********
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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256 TATAATTGAATGTCTGCTTCAG-GAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * ** * *
175822 TTATAGTCGCTCATGCCTTTGAAATCCTTATTACTCACATTAAATAATTTTATAAT-TTATAATT
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* * * * *
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* * * ** **
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* * * *
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* ** *
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126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-TTCA-CCCATGCATTCT-AAAGCCTTATTACTCAC
* ** * * *****
176200 TTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATCGATTTTAAGATGAATCT-TTTTTCATTTTTGGNNNNN
188 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTAC-TTTTTGGTTAAA
***** * * * * * * * * *
176264 NNNNNTTATATTTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAA
250 ATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAA
* ** * * * * * * *
176328 GTCTATTTATAGTTATCTAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAACGGTTTTATAATCAC
314 GTCCATTTATAGCCACCCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTC
* ********* * * * * *
176393 ATAATCGATTTNNNNNNNNNNCTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTG
378 ATAATTGATTT--TAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTG
* * ** * *
176457 TCTT-GAGAAACA-GAAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATG
441 CCTTAG-GAAACATG-AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATG
* **
176520 CTTTTG
504 CATTCC
* * * ** * * **
176526 AAATCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATTTCACAATTAATTTCAAGAAGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * ** *
176590 ATATTTTTGGTT-AAACTATACTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACGTG-AGGCAAACGCCA
66 ACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCTG-GAACATGAAGAAAAAC-TCA
* * * *** * * * **
176653 TCCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTNN
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCATTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTA
******** * * * * * * *
176717 NNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAGTTTTTTTGTACTTTTT-ATTAAAACAGA
192 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTGTTT-TACTTTTTGGTTAAAATATA
* * * * * * * *
176781 TTATATTTGAATGTCAGCCTT-ATGAAACGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
255 TTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
*
176845 TTTATAGTCACCCAAGCCTT
319 TTTATAGCCACCCAAGCCTT
176865 TNNNNNNNNN
Statistics
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AGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGA
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* * * * * *
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*** *
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129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * * * *
169403 ATGGTTTTATAAACTTATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTTATACA-TGTTTGTTAAAATAGATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * * * **
169467 ATATTTGAATGTCTGCCTCTA-GAAATGTGAAG-AAAAACTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTAT
258 ATAATTGAATGTTTG-CTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCT-ATCCATT-GCAAGAAAAGTC-AT
* * * **
169530 TTATA-TTCACCCATGCATTCC
319 TTATAGCTCACCTA-GCCTTTG
* * * * * * * * *
169551 AAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAACCCCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTT
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** * * * * * * * *
169616 ACTTTTAC-GGTTAAAATATATTTTAATTAAATATCTG-CTTCAAGAAACTTGATA-CAAAAGCT
66 AGATTT-CTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTC-AGAAACATG-TAGAAAAAGCT
* *** * * * * * * *
169678 ATCCATTGATGAGAAAAGTCCATGTATTGTCACCCAAGCCATT-GAAAGCCTTCTTATTCGTTTT
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * ** * ** * * *
169742 AAATAGTCTTATACTATCATTATTGATTTTAACATGAATACTTTTA-TTTTTTTGGTTAAAATAG
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* * * * * * * * *
169806 ATTATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
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* *
169871 TTTATA-TTCACCTATGCGTTCT-
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* * * * ********* *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
170550 GTCCACTTATA-ATCA-TTCATGCATTCT-
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** * * * * * ** * *
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* * * **
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * * **
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* * *
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320 TATAGCTCAC-CTAGCCTTTG
*********** * * *
171259 AAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTCTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * * ** * *
171324 ATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAGTGT-TTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
66 AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTAGAAAAAGCTAT
* * *
171388 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
171453 TAGTTTTATAA-C-CATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * * *
171516 AATTGAATGTTTGTTTTAGGAAACGTGATGTAAAAGCTATTCATTGGCAATAAAAGTCTATTTAT
260 AATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGTC-ATTTAT
* **
171581 A-TTCACCTATGCCTTCC
323 AGCTCACCTA-GCCTTTG
* * *
171598 AAAACCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCCTTACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * * *
171663 AGATTTCTGTTGAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATT
66 AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGTAGAAAAAGCTATT
* *
171728 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ********* * *
171792 TGATTTTATAATGTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATCTATGA
195 TGGTTTTATAATCTC-ATAATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTA
*
171857 TAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGTCAAGAAAAGTCAATTTT
259 TAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTG-CAAGAAAAGTC-ATTTA
171922 TAGCCTC-CCTAGCCTTTG
322 TAG-CTCACCTAGCCTTTG
* ********** * * *
171940 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * *
172004 TGCATTT-TAGGT-AAAATATATTTTAATTGAATTTCTGCC-TCATGAAACGTG-AGCAAAAAGC
66 AG-ATTTCT-GGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTAG-AAAAAGC
* * * * * *
172065 TACTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTT
127 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * **
172130 TAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTGAATTAAAATATA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
* * ** * * * *
172195 TTATGATTGAATGTTTGCTTCAAAAAATGTGATTCAAATGCGATCCATTAGCAAGAAAAGTTCAT
256 TTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAG-TCAT
*
172260 TTAT-GGTCACCTAAGCCTTTG
319 TTATAGCTCACCT-AGCCTTTG
* * * * *
172281 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * ** * * * * *
172345 GACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTTAGGAAACATG-ATGCAAAAG--
66 -AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTA-GAAAAAGCT
* * * * *
172406 -----TT---------A-TCCA--T-TGGTTACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** * * * * * *
172453 AATCGTTTTATAATCTCATTACTGTTTTCAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAACAGAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
* * * * * ********** * * *
172518 TATATTTGATTGTCTGCCTTAGAAAACGTNNNNNNNNNNCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
257 TATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGT-CATT
* **
172583 TATAGC-CACCCATGCCTTCC
320 TATAGCTCACCTA-GCCTTTG
* ** * * * ** * * * *
172603 AAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATATTTGATTTTGAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * ** * * * * * * * * * *
172668 ACATTTTTCATTACAATATATTACAATTAAATGTTTG-GTTTAGGAAACATG-ATGCAAAAG-TC
66 AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTA-GAAAAAGCT-
* *** * * ***
172730 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAG-CTAGTTAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCGNNN
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTT
******* * * * * * * * *
172793 NNNNNNNTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TATTTTACTTTTTTTGTTAAAACAT
191 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAT
* * * * *********
172857 ATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG-AANNNNNNNNNNATTGGCAAGAAAAGTCT
255 ATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAA-AAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGTC-
* * ** **
172921 ATTTATA-TTTACCTATGTATTCC
317 ATTTATAGCTCACCTA-GCCTTTG
* * * * * * *
172944 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * * * * * * **
173009 ACATTT-TAAGTCAAAATATATTATATTTAAATATCTGCCTTTAGAAACTTAAAGAAAAA-CTAA
66 AGATTTCT-GGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGTAGAAAAAGCT-A
* * * * * * * * *
173072 TTTATTGGCAACAAAAATCTATTTATA-TTAGCGCC-TACATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C-CCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
173135 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTGTAC-TTTTTTGGTTAAAATAT
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAT
* * * ** *
173199 GTTACAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAGTCCA
255 ATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTG-CAAGAAAAGT-CA
*
173264 TTTAT-TCTCA--T-GCCTTCT-
318 TTTATAGCTCACCTAGCCTT-TG
** * * * *
173282 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATTACT-ATTTTCAAGTTGAATTATTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATT-AAGTTGAATTGTTT
** * * * * *
173345 TTCATTTTTGGTGAAAACAGATTATATTTAAATGTCTTCCTT-AGGAAACATATAGAAAAAGCTA
65 TAGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTAGAAAAAGCTA
* * * * * *
173409 TTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCTTCTAAAGCCCTATTAATCGCTTTAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * * *
173474 ATTGTTTTATGATCTTACACATGATTTTAAATT-AAGTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATA-ATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * * *
173537 ATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACGTGATACAAAAGCCATCCATTG-ATGAGAAAAGTCTATG
258 ATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGCA--AGAAAAGTC-ATT
* *
173601 TATATC-CACCCAAGCCTTTG
320 TATAGCTCA-CCTAGCCTTTG
* * ********** * *
173621 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * ** * * * * ** ** * *
173686 ACATTTTTTATGAAAATAGATTATATTTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
66 AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGTAGAAAAAGCTATT
********** *
173751 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTGCCTT-TCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * **
173815 TGGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGATTTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATAT
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTAAT-TTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATAT
* * * * *
173879 TATAACTGAATGTTTGCTTTATGAAATGTGATGCAAAAGCCATCCCTTGGCAAG-AAAGTCCATT
257 TATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGT-CATT
* * *
173943 TATAG-TCACCAATGTCTTTC
320 TATAGCTCACCTA-GCCTTTG
* * * * * *
173963 AAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTACTGATTTTAAGTTTAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * ** * * * *
174027 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATTGAG-AA-ATGTAAAGAAAAAG-TC
66 AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGT--AGAAAAAGCT-
* * * * * * *
174089 ATTCCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACACATACCTTCCAAAGCGTAATTACTTGCTTT
128 ATT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * ** * *
174153 AAATGATTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAATTGGAGTTTTTTACATTTTTTCTTAAAATATA
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
*** * *
174218 TTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAATTATGATGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
256 TTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGT-CAT
* *
174283 TTACT-G-TAACCCAAGCCTTTG
319 TTA-TAGCTCA-CCTAGCCTTTG
* * * * * * * * *
174304 AAAACCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * * * * * * *
174369 AG-TGTTTTGAT-TAAATATATTATAATTGAGTGTCTG-CTTTA-AAAAAGGTGATGCAAAAGCC
66 AGAT-TTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGT-A-GAAAAAGCT
* *** * * * * * * *
174430 ATCCATTGGCAAGAAAAGAATATGTATAGCCACCTAAG-CTTTTGAAAGCCTTATTAATTGCTTT
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *********
174494 AAATGGATTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTTTATTAAAATAT
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTT-TTTACATTTTTTATTAAAATAT
* * * * * * * * *
174559 ATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAATGTGATGTATAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTCTA
255 ATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTG-CAAGAAAAGTC-A
* * * * *
174624 TTTATAGTTGCTCAT-TCCTTTT
318 TTTATAGCT-CACCTAGCCTTTG
* ** * * * * *
174646 AAAG-CTGTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT
1 AAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTT
** * * * * * * * * * * *
174710 TACTTTTTTAGTAAAAATATATCATAACTGAATTTCTG-CTTGAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
65 TAGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-CAGAAACATGTAGAAAAAGCTA
* * * * **
174774 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACCCACGCCTTCCAAAGTATTATTACTCGCTTTAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
174839 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGGTGAATTAGTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAATAT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTAAATT--TTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAT
* * * * * * * **
174903 ATTATAATTCAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAAACTGTCCA-CACTAAGAAAAGTCT
255 ATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATG-CAAAAGCTATCCATTGC-AAGAAAAGTC-
* *
174967 ATGTATAG-TCACTCAAGCCTTTG
317 ATTTATAGCTCAC-CTAGCCTTTG
* * * **
174990 AAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACT-TTAAGTT-AAGGGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGA-TATTAAGTTGAATTG-TT
* * * * * ** ** * * *
175053 TTAAATTT-TTGTTAAAACAGATTGTAATTGAAAGT-TTTCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAACC
64 TTAGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAG-AAACATGTAGAAAAAGCT
* * * * * **
175116 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCGATGCCTTGTAAAGCCTTATTGCTCATTTTA
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********** * ** * *
175181 AANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
* * * * ** * *
175246 TGTAATTGAATGTGTGCTTCAAGAAATATGATGCAAAAG-TCATCTATTAGCAACAAAAGTCCAT
257 TATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCT-ATCCATT-GCAAGAAAAGT-CAT
* * *
175310 TTATA-TTCAACTAAGCCATTG
319 TTATAGCTCACCT-AGCCTTTG
********** * *
175331 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GANNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCG-TTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTT
** * * * *
175395 T-GCACTTT-TCATAAAAACAGATGATAATT-ATGTGTTTGCCTT-AGGAAACATGTAGAAAAAG
65 TAG-A-TTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTAGAAAAAG
* * ** * *
175456 CCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTT
126 CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ********* * * * * *
175521 TAAAAGGTTTTNNNNNNNNNNT-ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
191 TAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATA
* * * * * * * * * * *
175584 AATTAT-ATTTAAGTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCACTGGTAAGAAAAGTC
254 TATTATAATTGAA-TGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCA-TTGCAAGAAAAGT-
*
175648 CATTTATAG-TCACCCAAGCCTTTG
316 CATTTATAGCTCA-CCTAGCCTTTG
********** * * * * * *
175672 AAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGATGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * * * * ** *
175737 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAAAGTCT-ACTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
66 AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-CAGAAACATGTAGAAAAAGCTAT
* ** * * * * * *
175801 TGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCTCATGCCTT-TGAAATCCTTATTACTCACATTAA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * **
175865 ATAATTTTATAAT-TTATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * *
175928 ATAATTGAATGTCTGCTTAAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTT
258 ATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGTC-ATTT
*********
175993 ATAG-TCANNNNNNNNNNTG
321 ATAGCTCA-CCTAGCCTTTG
* * * * * * ** *
176012 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAACCGATTTTAAGTCAAAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTG-TTT
* * * * * * * * *
176077 TCACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTGAAAAAAAG-T
65 T-AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGT-AGAAAAAGCT
* * * **
176139 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTATCTAAT-CCTT-TGAAAGCCTTATTACTC-CT
128 -ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGC-
* * * * * ********
176201 TTTAAATGGTTTTATAATCACATAATCGATTTTAAGATGAATCTTTTTT-CATTTTTGGNNNNNN
189 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TAATTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAA
**** * * * * * * * * * * *
176265 NNNNTTATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAG
252 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAG-GAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAG
* * *
176329 TCTATTTATAG-TTATCTAATCCTTTG
315 TC-ATTTATAGCTCACCT-AGCCTTTG
* * ********
176355 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA-CGGTTTTATAATCACATAA-TCGAT-TTNNNNNNNNNNCTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATC-GTTTTATAATCTCATAACT-GATATT---AAGTTGAATT
* * * * * * * * *
176417 -TTTT-CATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGTCTTGAGAAACA-GAAAGAAAAA
61 GTTTTAGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATG-TAGAAAAA
* ** * * *
176479 GCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATG-CTTTTGAAATCCTTATTACTCGC
125 GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * ** *
176543 TTGAAATGGTTTTATAATTTCACAATTAATTTCAAG--AAGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAC
189 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-AAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * * * *
176606 TATACTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACGTGAGGCAAACGCCATCCATTGGCAAAAAAAGT
252 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAAGT
** *
176671 CTATTTATAG-TCTTTCAAGCCTTTG
316 C-ATTTATAGCTC-ACCTAGCCTTTG
* ********** * * *
176696 AAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAGTT-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTTGAATTGTTTT
* ** * * * * * * *
176760 TGTACTTT-TTATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCAGCCTT-ATGAAACGTGAAGTAAAAGCC
66 AG-A-TTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCA-GAAACATGTAGAAAAAGCT
*
176823 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
176865 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5751, Mismatches: 1574, Indels: 648
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
321 5 0.00
322 235 0.04
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Consensus pattern (339 bp):
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AGATTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGTAGAAAAAGCTATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATA
ATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGCAAGAAAAGTCATTTATAGC
TCACCTAGCCTTTG
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Alignment explanation
Indices: 172422--177198 Score: 2294
Period size: 171 Copynumber: 28.0 Consensus size: 171
172412 ATTGGTTACT
* * * * *
172422 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATTACTG-TTTTCAGGT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGT
* * * * * * * * * ****
172486 TGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATTATATTTGATTGTCTGCCTTAGAAAACGTNNNN
65 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATG
****** *
172551 NNNNNNCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
130 CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * * * *
172593 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATATTTGATTTTGAGTT
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* * * * * * * *
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* * * **
172723 AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGCTAGT
131 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * ********** * *
172764 TAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
1 CATGCC-TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
172828 TGAA-TATTTTACTTTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAA
65 TGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
********* * ***
172891 G-AANNNNNNNNNNATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTTACC
129 GCAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** * * * *
172934 TATGTATTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
172999 GAATTTTTTTACA-TTTTAAGTCAAAATATATTATATTTAAATATCTGCCTTTA-GAAACTTAAA
66 GAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTTAGGAAACGTGAT
* * * * * * **
173062 G-AAAAACTAATTTATTGGCAACAAAAATCTATTTATA-TTAGCGC
129 GCAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-C-C
* * * * * *
173106 C-TACATTCTAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * **
173170 GAATTATTGTACTTTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACGTGATGC
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGC
* * * * * *
173235 AAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAT----TCT
131 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * *
173272 CATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATTACT-ATTTTCAAGT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGT
* * * * * * * * *
173335 TGAATTATTTTT-CATTTTTGGTGAAAACAGATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACAT-AT
65 TGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* * * *
173398 AGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACC
129 -GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * * * * * * *
173442 CATACCTTCTAAAGCCCTATTAATCGCTTTAAATTGTTTTATGATCTTACACA-TGATTTTAAAT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGT
* * * * *
173506 T-AAGTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACGTGATA
65 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATG
* *** * * *
173569 CAAAAGCCATCCATTGATGAGAAAAGTCTATGTATATCCACC
130 CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** **********
173611 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * * * *
173676 GAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAATAGATTATATTTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAAGA
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGC
********
173741 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTANNNNNNNN
131 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
** * * * *
173782 NNTGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATATTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
173847 GATTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCTTTATGAAATGTGAT
66 GA-ATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* * *
173911 GCAAAAGCCATCCCTTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * * * * *
173953 AATGTCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTACTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * *
174017 TAATTATTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATT-GAGAAATGTAAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAACGTGATG
* * ** *
174081 AAAAAGTCATTCCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACA
130 CAAAAGCCATT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * * * * * *
174123 CATACCTTCCAAAGCGTAATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAATT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * ***
174188 GGAGTTTTTTACATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAATTATGATGC
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGC
** **
174253 AAAAGTTA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACT-GTAACC
131 AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGCCACC
* ** * * *
174294 CAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGATTTTAAGT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
174358 TGACTTTTTTTA-GTGTTTTGATT-AAATATATTATAATTGAGTGTCTGCTTTAAAAAAGGTGAT
65 TGAATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* *** *
174421 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGAATATGTATAGCCACC
129 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * ** * * * * *
174464 TAAGCTTTTGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGATTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
******** * * * *
174529 GAATTTTNNNNNNNNNNTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAATGTGAT
66 GAATTTT--TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* * ** * * *** *
174593 GTATAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCT
129 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** ** *
174636 CATTCCTTTTAAAG-CTGTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
1 CATGCCTTCCAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * * *
174700 TGATTTTTTTTAC-TTTTTTAGTAAAAATATATCATAACTGAATTTCTGCTTGAAGAAACATGAA
65 TGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* *
174764 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACC
129 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** * * *
174807 CACGCCTTCCAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGGT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
174872 GAATTAGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAA
66 GAATT--TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* ** ** * * * *
174937 GAAAAAAAC-TGTCCA--CACTAAGAAAAGTCTATGTATAGTCACT
129 GCAAAAGCCAT-T-CATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** *
174980 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * * *
175044 T-AAGGGTTTTTAAATTTTTG-TTAAAACAGATTGTAATTGAAAGTTTTCTTT-GGAAAACATGA
65 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGG-AAACGTGA
* * * * * *
175106 AGAAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC
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* ** * ** **********
175150 GATGCCTTGTAAAGCCTTATTGCTCATTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
* * * * * **
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* * * ** *
175278 GCAAAAGTCA-TCTATTAGCAACAAAAGTCCATTTATATTCAAC
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* * * * ***********
175321 TAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGANNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATGCC-TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * * * * *
175385 TGAATTGTTTTGCACTTTTCATAAAAACAGATGATAATT-ATGTGTTTGCCTTAGGAAACATG-T
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* * *********
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* * * * * * *
175556 TGAATTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAAATTAT-ATTTAAGTGTCTACCTCAGGAAACGTGA
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* * * *
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* ** ********** * * * *
175662 CAAGCCTTTGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGAT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
175727 GAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAAAGTCTAC-TTAGAGAAACGTAAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAACGTGATG
* * ** * * * *
175791 AAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCT
130 CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
** * * * ** * *
175833 CATGCCTTTGAAATCCTTATTACTCACATTAAATAATTTTATAAT-TTATAATTAATTTTAAGTT
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* * * *
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* * * * **
175961 AAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCANNN
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******* * * * **
176003 NNNNNNNT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAACCGATTTTAAGTC
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-
** * * * * * * * *
176067 AAAATGTTTTTCACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAATGTG
65 TGAAT-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAACGTG
** * * * ** *
176130 A-AAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTATCT
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* ** * * *
176175 AAT-CCTTTGAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATCGATTTTAAGA
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*********** * * * *
176238 TGAATCTTTTTT-CATTTTTGGNNNNNNNNNNTTATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTAA
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* * * * * ** *
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* ** * * * * *****
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1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGT
***** * * * * * * *
176410 NNNNCTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGTCTTGA-GAAACAG-AA
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* * ** * *
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* ** * * * * * * **
176516 CATGCTTTTGAAATCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATTTCACAATTAATTTCAAGAA
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
176581 GAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAACTATACTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAAACGTGAGGC
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGC
* * * * * ***
176645 AAACGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTTT
131 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** ********** *
176686 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
176751 GAGTTTTTTTGTAC-TTTTT-ATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCAGCCTTATGAAACGTGAA
66 GA-ATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAT
* *
176814 GTAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* *********** * * * * *
176857 CAAGCCTTTNNNNNNNNNNTTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGAT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * * * * *
176922 GAATCGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAAAGTCTAC-TTCGAGAAACGTAAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAACGTGATG
* * ** * * *
176986 AAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCT
130 CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* ** * * * **
177028 CATACCTTTGAAATCCTTATTACTCACCTTAAATAATTTTATAA--T--T-A---ATTTTAAGTT
1 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
177085 AAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATATCTGCTTAAGGAAACGTGATGT
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGATGC
* * * *
177150 AAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
131 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
*
177191 CAAGCCTT
1 CATGCCTT
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Statistics
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** ** * **
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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175043 TTAAGGGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
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ATGTCTGCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATC
Found at i:177999 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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177720 NNNNNNNNNN
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********** *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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**** * ****
178031 -ATCCGCTTTAATC-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTANNNN
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****** * *** *
178072 NNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAACGCATTT-AAAGGCTTGGGTGACTAT
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* * * * * *** *
178136 AAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTTCA-CTTTCCCAATATAGACATTCAAATAT
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* * * * ** * * *
178199 TATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAACATTCAAATGAAAAT
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCT-TGGGTGACTAT
* * * * * * * * **
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* ** **
178709 GTAATATATTTTAACCTAAAACATAAAAAATATTCAACTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * * * *
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* * * * *
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** * * * * **********
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
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66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATAT
* *
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* *** * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTT-GGGTGACTAT
* * * * * * * *** * *
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* * * *
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128 ATAATATATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * *** ** * *
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66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATAT
*
179737 AATATATTTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
130 AATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
179779 CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATCGATGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * * * *
179844 AATGAATTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGCTTCTCATGCCAGATAGTT-AAATAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA-TTCAAATAT
* * * * * *
179908 AATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTAAACTTAGAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
179950 CAGTAATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
** * * * * * **
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66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * *
180078 AAAATATTTTAACAAAAAATGTAAACAAAAACTTTAACTTAATAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGT-AA-AAAAA-TTCAACTTAAAAT
* * * ** *
180123 CAATTATGAGATTATCAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-AGAAGGAATAGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
** *
180187 AAAT-GACTTTTCTT-CTCAATGAATGATTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGCAGACATTCAAA
65 AAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAA
* * * *
180248 TATAATCTATTTTGACAAAAAA-GTAAAATAATTTAACTTAAAAT
127 TATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** * * * * *
180292 CAATTATGGGATTGTAAGACCATTTAAAAAGAGTAACAAGGTTTTCAATGGCTTGGGTGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * * *
180357 TATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCATCAGGTTTC-CTAAAGAAAACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATAT
* ** * * *
180421 AATATACTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTAAACTTGAAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
180463 CAAATATGAGATCATAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * *
180528 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGAAAACATTCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * *** * * * * *
180593 ATCTGTTGCCACCAAAAATGTAAAATAACTGAACGTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
180634 CAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* ** * * * * * * * *
180698 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGGTTAGCTTTTGCATCAAGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * *
180763 AATATATTTTTATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
180805 CCAA-TATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTGGCTAT
1 -CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTAT
* ** *
180869 AAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGCAAACATTCAAATAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * * *
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130 AATATATTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * * * * * * * * *
180976 TAGTAATGAGATTACAAAACCATTTAAGGTGAATAATAAGGCTCTAAAACG-TATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCT-TGGGTGACTAT
* * * * * * * * * * *
181040 AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGCATCACGTTT-TCTAAAGTAGACATTCAAGTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATA
*
181104 TAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
181148 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAGGTGGA-TA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGT-GACTA
* * * * *
181211 TAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGGACGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGCAGACATTCAAAT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAAT
* * **
181275 ATAATTTGTTTTAATC-AAAAATGCGAAAAAATTCAACTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** ** * * * * *
181319 CAATAATGAGATTACAAAATAATTTAAAATGAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAGGTGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
** * * * ** * *
181384 AACAGACTTTTCATGCAAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAAGTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * * *
181449 GTCTGTTTTAA-ATAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAAT
131 ATATATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
181490 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATA-GCTTGGGTGGCTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-AGGCTTGGGTGACTAT
* ** * * * * * * * * *
181554 ACATATACTTTTCTTACCAAT-AGATAGCTATTACATCACAT-TTTCTGAA-GCAGACATTTAAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTC-T-TCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAA
** * **
181616 TATAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTTGACTTAAAAT
127 TATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
181661 CAAATGTGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTGAAAGACATGAGTGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * *
181726 AATGAACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATG--TCTGCAAAGGCAAACATTCAAATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-C-AAGGCAAACATTCAAATA
* * *** * * * *
181789 TAATCTGTTGGCACTAAAAATATAAAACAATTTAA-TGTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * * * * *
181832 CAGTGATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTT-AGAAGGCATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * *
181896 AAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCATT-ATACTTCCTGAA-GCAGACATTCAAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTC-TTCAT-GTTTCTCAAGGCAAACATTCAAA
*
181958 TATAATATATTTTAAC--------T--AAAAATTTAACTTAAAAT
127 TATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * ** * * * *
181993 CAAGTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGGGATGCATAGGTGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * *
182058 AATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGGTTTTTTTTTTCACGTTTCT-AGAGGCAAACAATCAAAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAAT
* * * **********
182122 ATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTNNNNNNNNNNT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
182166 CAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTT-AGAATGCATAGGTGAATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * ** * *
182230 AAGTGAACTTTTTTTGCCCATGAATGGCTTTTCCTT-ATGTTTCTTGAGGCAAACAGTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * ********** *
182294 AGTCTGTTTTAATC-NNNNNNNNNNAAAGATTCAACTTAAAAT
130 AATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * ** *
182336 CAATTTTGAG-TGTATAAGACCATTTCAAGTGAGCAACAAGGCTTTCAATTGCTTGGGTGGCTAT
1 CAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * * * * * * * *
182400 ATATGGGCTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCATAACGTTT-TCTAAAGCAGATATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATA
**********
182464 TAATATATTTTAATCAAAAAA-GTAANNNNNNNNNNCTTAAAAT
129 TAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * * * *
182507 TAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *** * *
182572 AATGAACTTTTCTTGGCAATGGATGGCATTTGAATCATGTTTTCTTAA-GCAAACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * *
182636 AATATATGTTAATC-AAAAAGGTAAAAAAATTCGACTTAAAAT
130 AATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * *
182678 CAATTGTGAGAGTCTAAAACTATTGAAAGCGATTAATAAGGCTCT-AGAAGGCATGGGTTACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * * * * *
182742 AAATCGAATTTTCCTGCAAATGAGTGG-TTTTGC-TCATGCTTCAT-GAGGCAGACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATA
* * * * **
182804 TAATATATTTTATCTAGAAATATAAAAAACGTCAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
182847 CAATTACGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGAGAGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTT-GGGTGACTAT
* * * * * * * *
182911 AAGTGGACTTTTCTTTG-CAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGTAGACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAAT
* * * * * *
182974 ACACTATATTTTATCCAAAAATGTAAAAACAAATCAACTTAAAAA
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * *
183019 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTAT-AGAACGCATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
183083 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAAAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAAT
* * * * *
183146 ATAATTTCTTTTCACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
183190 CAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATATA-GCTTTGGAAGG-TATGGGTGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTGAAAGGCT-TGGGTGACTA
** * * ** * * * * **
183253 TAAATGGACTTTTCAAGCTAATGGATGGCTTTGGCATCACGTTTC-CTAAAGTAAACATTCAGTT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAAT
* **
183317 ATCATATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
183360 CAATCATGACATCATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAAAGGCATAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *
183424 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
*** * * * * *
183489 ATCCGTTTTCAC-CAAAACGTAAAACAATTTAACTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * *
183529 CAA-TAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTGGAAGG-TATGGGTGATTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCT-TGGGTGACTAT
* * * * * *
183592 AAATGGACTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTAT-ATCACGTTT-TCAAAAGCAGACATTC-AAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAAT
* *
183654 AATAATATATTTTAACCATAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
128 -ATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * *
183699 TAATTAT-AGTGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTCTAAAATGCATGGGTGAATAT
1 CAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * *
183763 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACGTTTCT-AGAGGTAAACATTTAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAATA
* ** * *
183827 TAATCTGCTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * ** *
183870 CAATAATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAAAAGA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * ** * *
183935 AATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * *
184000 ATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * * * *
184041 CAATTATGACATTATCAGACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGACTTAGGTGGCAATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * * * *
184106 CATGGACTTTT-TCAGCTAATGGATGGCTTTTTCATC-TCGTTTC-CTAATGTAGATATTCAATT
66 AATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAAT
* *
184168 ATAATATATTTTACCATAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
184211 TAATTATGGGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAATGCATGGGTGAATAGA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * *
184276 AATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTC-AAGAGGTAAACGTTCAAATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAATA
* * **
184339 TAATCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCATTTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * ** ** *
184381 CAATAACGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGAATGAATGAATGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * *
184446 AATGGACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * * *
184511 ATATAATTTAACCAAAAATGT-GAAAAATTTAACTTAAATT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * * * * * *
184551 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGATTAATACGACTTTGAAAGGCATAGATGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *
184616 AA-GGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTCTGCT-AAGGTAAATATTCAAATA
66 AATGG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTCAAGGCAAACATTCAAATA
* * *** * * *
184679 TAATCTGTTGGCACCAAAAATATAAAATAATTCAA-TGTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * * * * * *
184722 CAGTAATGAGATTATAAAGCCATTCAAAGGGAGTAATAAGG-TATTAGAATA--CATGGGTAACA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TT-GAA-AGGCTTGGGTGACT
* * * * ***
184784 ATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAGTGGCTTTTTCTTCAT-ATT-TCATGGGTGAC--T---AT
63 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAAT
** * * *** * * ** ***
184842 A-AATGGACTTT--GAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTCTTCTAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAAT--GT-A-AAAAAATTCAAC-T-TAAAAT
* *** * * * * * * **
184888 CAATGAATG-GCTATT-T-CTTCCTGTTTCCTAA--GA--CA-AA--CATTGAATTGTGATATAT
1 CAAT-TATGAG--ATTATAAAACC-ATTT--AAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-AG-GCT-TGG
* * * * ** * * ** *
184943 TTGAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA-GAATGAGATTATAAAACTAATAAAAGT
57 GTG-ACTATAAATG----GACTT-TTCTT---GCCAATGAATG-GCTT-T--TTCT--T--CA-T
* ** * ** ** * * ** ***
185007 GAGTAAT-AAGGCTTTGGAAGGTGTGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCT
104 G-TTTCTCAAGGC----AAACAT-T---CAAATATAATAT--A--TTT-TAAC-AAAAAATGTAA
***** * * **
185070 TTTCCTTCATGCTTCCTAAGG
154 AAAAATTCA-ACTT--AAAAT
** * ** ** * * **
185091 CAAACACT-ACATTATAATATA-TTTTTACTAA-AAATGTAAAACAATTCAGC-TT-AAAATCAA
1 CAATTA-TGAGATTATAA-A-ACCATTTA--AAGCGA-GT--AATAA---GGCTTTGAAAGGC--
* * * ** *
185151 TTATGAGGTTA-TA-AAAT-CA-TTTAAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGAC-TTTTCTTGGCAA
53 -T-TG-GGTGACTATAAATGGACTTT----TCTT--G-CCA-ATGAATGG-CTTTTTCTT-----
* * *** ** * ** * *
185211 CGAAAGGCTTT-TGCACCACGTTCATTGAAGCAAATTTTCAATTATAGTATATT-TTAAACTAAA
101 C---ATG-TTTCT-CA--A-G-GCAAACATTCAAA-TAT-AA-TATA-T-T-TTAACAAA-AAAT
* * *
185274 AATGCAAACAAATTCATCTTAAAAT
150 G-T--AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
185299 CAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTT-AGAAGGCATGGTTGACTCT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * *
185363 AAATGAAATTTTCTTACCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTC-CTGAGGCTGAA-ATTCAAAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGC-AAACATTCAAAT
* * **
185426 ATAATCTGTTTTAACAAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
185471 CAATTATGAAATTTTAAGACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * *
185536 AATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTTAA-GCAAACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * *
185600 AATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTGAAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * *
185643 TAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * * *
185708 AATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACTTTCAAATGTA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * ** *
185773 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATGATTCATCTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** *
185814 GAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * **
185879 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAA-GCTGACATTCAAATAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * * * *
185943 AATCTATTTTAAGAAAAACTGCAAAATAATTCAACTTAACAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * **
185985 CAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGAAGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * * *
186050 AATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAA-GCAGATATTCGATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATAT
* ** *
186114 AATATATTTTAATC--AAAATATAAAAAAATTCTTCTTGAAAT
130 AATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * ** *
186155 TAATTATGAAATTATAAAATCATTTCAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAAGCACGGGTGACTAAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * *
186220 AATAGACTTTGCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * * *
186285 ATCTGTTTTAACCAAAATTG-AAAAAAGATTCATCTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
186326 CGATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *
186390 AATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * **
186455 ATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAACAATTTGACTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * *
186497 CAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAACA-GCTTGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-AGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * * *
186561 AAATGCACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCACAT-TTTCTGAA-GCAGACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-T-TCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAAT
* * **
186624 ATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACCGAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
186668 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTT-AGAAGGCATAGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* ** * * *
186732 AAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACACTT-AAATA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA-TTCAAATA
* * * *
186796 TAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * * * * *
186839 CNNNNNNNNNNTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGTCATGTGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * ** * *
186904 AATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACACACAATTATC
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * ** * *
186969 ATCTATTTTTATGAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * * *
187010 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAATGGCTTGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * ** ** * *
187075 AATGGACTTTTATTGCCAAT-AGATGACTTTTGCATCACATTTC-CTAAAACAGACATTCAATTA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATA
*
187138 CAATATATTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAAA-TCTAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAAT
* * * * * * *
187181 TAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGCAAGGCATT-AGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGC-TTGGGTGACTAT
* * * * * *
187245 AAATGGACTTTTCATGCCAGA-AAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAAGTAAACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAAAT
* * * * * ******
187308 ACAATCTGTTTTAAC-AAAAATGCAAAAAACTTCAACTNNNNNN
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
**** * * * * *
187351 NNNNTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGTTGAGTAATAAGACTTTCAAATGCTTGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTAT
* * *** * *** * * * * * *
187415 ACATGGACTTTTCATAG-TGGTGGACAACTTTTGT-TTCATGTTT-TCTAAAGTAGACACTGAAT
65 AAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAA
* *
187477 TACAATATATTTTAACTAAAAAA-GTAAAAAAAAATT-AACTTAAACT
127 TATAATATATTTTAAC-AAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** ** * * * *
187523 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTAAAAGGCGTGGGTGGCAATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * *
187588 AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GCAAACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * *
187652 AATATTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * * * * *
187694 CAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTAAAAAGCATGAGCGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTAT-
** * * ** ** * *** *
187759 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTTGTACAACACATTTCCCAAGGTGGACATTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATAT
* * * *
187824 AATATATTCTAACAAAAAGTAG-AAAAAAATTCAGCTTGAAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
187866 CGATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGCAATTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * * * * *
187931 CATGGATTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTGCATCATGTTT-TCTAAAGCAGACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATAT
* ** *
187995 AATATATTTTAATAAAAAAACTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
130 AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
188037 TAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGATGAC-AGT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTA-T
* * * * * * * *
188101 GAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCATCATATTTC-CTAAAGCAAATATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAAT
* * *
188164 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAATTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
188208 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTGGAAGGCATGTGTGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * *
188273 AATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTAAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * ** * * *
188338 ATCTGTTTTAA-TTAAAATATAAAATAATTAAACTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
188378 TAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * ** * **
188443 AATGAAC-TTTCTTGCCAATGGAA-GGCTTTTGCATCACATTTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATA
** * * *
188505 TAATATATTTTAATTAAATAT-AAAAAACAATT-AACTTAATAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * * *
188547 CAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * ** ** * ** * * *
188612 AATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTACTTTTTCTTCACATTTCCCATCGTAGATATTCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * * *
188677 ATCTATTTTTATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
188718 CAATTATAAGATTATAAGACCATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGGTGGA-TAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGT-GACTAT
* *** * * * * * *
188780 ACATGGACTTTTCTCATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAAATA
** *
188844 TAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * * * * *
188887 GAAGTT-TAAGATCATCAAACTATTTAAAACGATTAATAGGGCTTTGGAAGG-TACGAGTGGCTA
1 CAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCT-TGGGTGACTA
* * * * * **
188950 TAAATGGACCTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGCCATTCAAAT
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* * * *
189014 ATAATCTGTTTTTACTAAAAATG-AAAAACAATTCAACTTGAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT-AAAAT
* * * * * * *
189059 -AGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTAGAAGG-TATGAGTAACAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCT-TGGGTGACTA
*** * * * * * * * *
189121 TAAAAAAACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTGT-ATCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAAT
** * * * * **
189185 ATAGCATATTGTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAGGTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
189229 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGC-TTCAGAACGCATGTGTGAATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCTTGGGTGACTAT
* * * ** * * ** * ** *
189293 AAATGAATTTTTGTTGAGAATAAATTAG--TTTTCTTCATGTTTCTGGATGCAGGCATTTAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATA
* * *
189356 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
** * * * * * *
189399 TGATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAGGTGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * ** * *
189464 AATGGACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * *
189529 ATCTTTTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAAT
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * ** *
189568 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACATTCAATGGCTTAAGTGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * * * * *
189633 CATGGACATTTT-TTGCCAATGGATGACTTTTACATCATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCAATTG
66 AATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATA
** *
189696 TAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * * *
189739 CAAATATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCTATTAATAAGGCTTTGGAAGCCATGGGTGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *
189804 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
* * * * ** *
189868 ATCTGTTTTCATAAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAAA
131 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
189909 CAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAG
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAG
189959 ATATCGGTAA
Statistics
Matches: 9154, Mismatches: 2464, Indels: 881
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 95 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
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AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATA
ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
Found at i:178874 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 177730--197928 Score: 8765
Period size: 342 Copynumber: 59.1 Consensus size: 341
177720 NNNNNNNNNN
* * * * *
177730 CAATTATAAGATTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTCTA-AAGGCATGAGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATGGGTGATC-A
********** ** *
177793 TAAATGGACTTNNNNNNNNNNTGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATA
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * * *
177858 TAACCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAA-CATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
177922 ATTTAAGGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGATGACTATAAATGGACTTATCTTGCAAAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
** * * * ** * * **
177986 AAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGACAAGCATTCAA--ATACTATCCGCTTTAA-TCAAA
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATAT--ATTTTAACT-AAA
* * ****
178047 AATGTAAAAACATTCAACTTANNNN
318 AA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
****** * *** * *
178072 NNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAACGCATTTA-AAGGCTTGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGATC-A
* * * * ***
178135 TAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTTCAC-TTTCCCAATATAGACATTCAAATA
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * ** * * *
178198 TTATTTGTTTTAACCAAAAATACAAAA-ACATTCAAATGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * ** * *
178262 ATTGAAAGTGAGTTATAAGGCTTTCAAAGGCT-TAAGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGACAAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
178326 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAAGTAGACATTTAATTATAATACATTTTAAC-AAACAAT
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA-AA-
* *
178390 GTAAAAGAATTCAACTTAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * ** **
178412 CAATTGTGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTAGAACACATAAGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * * *
178476 AAATGGACTTTTCTTA-CTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTAC-CTGAGGCAGACATTCAAAT
65 AAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT
* * * * *
178539 ATAAT-TTTTTTTACCAAAAGTGTAAAA-AAGTGCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAAC
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
178602 CATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTAGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAGT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
178667 AGATGGCTTTTGCATCATGTTCCCTAAAGCAAACATTCAGTTGTAATATATTTTAACCTAAAACA
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAAA
178732 TAAAAAATATTCAACTTAAAAT
321 TAAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
178754 CAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAGAGCGAGTAATACGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCAGA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATCATA
* ** *
178819 AATGGACTTTTCTTATCAATTAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCCAGACATTCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATA
* ** * * * ** * *
178884 ATATGTTTGCATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGGTAATGAGTTTATAAAACTATT
131 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* ********** * *
178949 TAAAGTGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT
196 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * * *
179014 AGCTTTTGTATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAACTCTAATATATTTTAAC-AAAAAATATAA
261 GGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAATA-AA
* *
179078 AAATGTTTAACTTAAAAT
325 AAA-ATTCAACTTAAAAT
* * * ** *
179096 CAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGGATGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* *
179160 AAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGAGC-TTTTCTTCACGTTT-TCAAGGGCAAACGTTCAAA
65 AAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GGCAGACATTCAAA
* * * * *
179222 TATAATCTGTTTTAA-CTAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAAC
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * *** * * *
179286 CATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGGGTAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * ** * *
179351 GAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCCTGAGGTAAACAGTCAAACATAATTTGA-TTTAACCAAAAAT
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACTAAAAA-
*
179415 GTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *** * * * *
179437 CAATAATGAGATTATAAGGTCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTA-AAGGCTTGGGGTGCT-G
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCAT-GGGTGATCA
* * * * * * ** *** *
179500 TATATAGACTTTTCTTGTCAATTG-ATAGCTTTTGCATCATATTTC-CTAAAATAGACATTCAAT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
* * * * *
179563 TATAATATATTTTAACC-AAAAGGCTAAAA-ATATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
* * * * * *
179626 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCT
190 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* *** * ** * *
179690 AATGGATAGCTTTTGCATCACAATTCTTGTAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA
254 AATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAA
179755 AAATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
318 AAATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
179779 CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATCGATGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* * * ** * * * * *
179843 AAATGAATTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGCTTCTCATGCCAGATAGTT-AAATA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA-TTCAAATA
* * * * *
179907 TAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTAAACTTAGAATCAGTAATGAGATTATAAAGCCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* **
179972 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGATAATG
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
180035 GATGGCTTTTCCATCATATTTCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAAAATATTTTAAC-AAAAAATG
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA--
* *
180099 TAAACAAAAACTTTAACTTAATAT
321 T-AA-AAAAA-TTCAACTTAAAAT
* * * * *
180123 CAATTATGAGATTATCAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGAATAGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* ** *
180187 AAAT-GACTTTTCTTCTCAATGAATGATTTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGCAGACATTCAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * * * *
180250 TAATCTATTTTGA-CAAAAAAGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTGTAAGACCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
** * * * * * * * *
180314 TTTAAAAAGAGTAACAAGGTTTTCAATGGCT-TGGGTGGCTATATATGGACTTTTCATGCCAATG
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
180378 GATGGCTTTTGCATCAGGTTTCCTAAAGAAAACATTCAATTATAATATACTTTAA-TGAAAAATG
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-A
* * *
180442 TAAAAACATTAAACTTGAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
180463 CAAATATGAGATCATAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTT-GAAAGGCTTGGGTG-GCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGATC-A
* * * * *
180526 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGAAAACATTCAAATA
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
*** * * * *
180591 TAATCTGTTGCCACCAAAAATGTAAAATAACTGAACGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * *
180656 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
180720 GTTAGCTTTTGCATCAAGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTTA-TAAAAAATA
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-A
*
180784 TAAAAAAATTCAACTTCAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
180805 CCAA-TATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTG-GCTA
1 -CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-A
* * *
180868 TAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGCAAACATTCAAAT
64 TAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAAT
* * * * * *
180932 ATAATCT-CTTGACACTAAAAATGTAAAATAATTCAA-TGTAAAATTAGTAATGAGATTACAAAA
128 ATAATCTGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAATAATTCAACT-TAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
180995 CCATTTAAGGTGAATAATAAGGCTCTAAAACGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * *
181060 TGGATAGCTTTTGCATCACGTTTTCTAAAGTAGACATTCAAGTATAATATATTTTAA-TAAAAAA
256 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA
181124 TGTAAAACAAATTCAACTTAAAAT
321 --TAAAA-AAATTCAACTTAAAAT
* * * *
181148 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAGGTGGAT-A
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGT-GATCA
** * * * * *
181211 TAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGGACGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGCAGACATTCAAAT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAAAT
* * * * *
181275 ATAATTTGTTTTAATCAAAAATGCGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAAT
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* ** * * * * * * * *
181339 AATTTAAAATGAGTATTAAGGCTTTGAAATGCATAGGTGAATATAAACAGACTTTTCATGCAAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* *** * * * * * * * * *
181404 GAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAAGTATAGTCTGTTTTAAATAAAAATA
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-A
*
181469 TAAAACAATTCAACTTAAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
181490 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-ATA-GCTTGGGTG-GCT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGA-AGGCATGGGTGATC-
* ** * * * * * * * *
181552 ATACATATACTTTTCTTACCAAT-AGATAGCTATTACATCACATTTTCTGAA-GCAGACATTTAA
63 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAGGCAGACATTCAA
* * * ** ** * *
181615 TTATAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAA-ACATTTGACTTAAAATCAA-ATGTGAGATCATAA
126 ATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAA
* ** * *
181678 AACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTGAAAGACATGAGTGGCTATAAAT-GAACTTTTCTTGC
189 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGC
** * * * * * * * * ***
181742 CAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTCTGC-AAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTGGCACTAA
253 CAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAA-GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* *
181806 AAATATAAAACAATTTAA-TGTAAAAT
317 AAA-ATAAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * * * *
181832 CAGTGATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTAGAAGGCATGGGT-AACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
** * * * * * *
181896 AAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCATTATAC-TTCCTGAA-GCAGACATTCAAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTC-TT-CACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAA
* * *
181958 TATAATATATTTTAA-C-------T-AAA-AATTTAACTTAAAATCAAGT-ATGAGATTATAAAA
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAA
* * * ** * * * * * *
182012 TCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTGGGATGCATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
** * *** * * * * * *
182077 TAAATGGGTTTTTTTTTTCACGTTT-CTAGAGGCAAACAATCAAATATAATCTATTTTAACCAAA
256 TGGAT-GG-CTTTTGCATCATGTTTCCTA-AAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
**********
182141 AATATAAAAAAATTNNNNNNNNNNT
318 AA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
182166 CAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTAGAATGCATAGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* * * ** * * * ** * * *
182230 AAGTGAACTTTTTTTGCCCATGAATGGCTTTTCCTT-ATGTTTCTTGAGGCAAACAGTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATAT
* ********** * ** *
182294 AGTCTGTTTTAATCNNNNNNNNNNAAA-GATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-TGTATAAGACC
130 AATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT-TATAAAACC
* * * * * * * * * * * *
182357 ATTTCAAGTGAGCAACAAGGCTTTCAATTGCT-TGGGTGGCTATATATGGGCTTTTCTTGTCAAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-AGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
182421 GGATAGCTTTTGCATAACGTTTTCTAAAGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAAA
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAAA
**********
182485 GTAANNNNNNNNNNCTTAAAAT
321 -TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * * * *
182507 TAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGATTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATCAT
* ** * * *** * * * *
182571 AAATGAACTTTTCTTGGCAATGGATGGCATTTGAATCATGTTTTCTTAA-GCAAACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * * * ** * * *
182635 TAATATATGTTAATCAAAAAGGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTGTGAGAGTCTAAAACTA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * * *
182700 TTGAAAGCGATTAATAAGGCTCT-AGAAGGCATGGGTTACTATAAATCGAATTTTCCTGCAAAT-
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
182763 GAGTGG-TTTTGC-TCATGCTTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCTAGAAATA
258 GA-TGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAAAA
**
182826 TAAAAAACGTCAACTTAAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
182847 CAATTACGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG-TTAGAGAGA-CT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGATC-
* * * * * * *
182909 ATAAGTGGACTTTTCTT-TGCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGTAGACATTCAA
63 ATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAA
* * * * * * * * * *
182972 TTACACTATATTTTATCCAAAAATGTAAAAACAAATCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAA
126 ATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
* * * * *
183037 ACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTAT-AGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
190 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * *
183101 AATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATTTCTTTTCACCAAA
254 AATGGATG-GCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* *
183165 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAAT
318 AA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
183190 CAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATATA-GCTTTGGAAGGTATGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-A
* * * ** * * * * **
183253 TAAATGGACTTTTC-AAGCTAATGGATGGCTTTGGCATCACGTTTC-CTAAAGTAAACATTCAGT
64 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
* * * * * * * * *
183316 TATCATATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATCATGACATCATAAAAT
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * *
183380 CTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * * *** * * **
183444 GAATGGTTTTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGTAAACAATCAAATATAATCCGTTTTCACCAAAACG
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA
* *
183508 TAAAACAATTTAACTTAAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * * *
183529 CAA-TAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTGGAAGGTATGGGTGATTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATCATA
** * * * *
183593 AATGGACTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTAT-ATCACGTTT-TCAAAAGCAGACATTC-AATA
66 AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT-
* * * * * * *
183655 ATAATATATTTTAACCATAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAT-AGTGTTATAAAA
128 ATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG-ATTATAAAA
* * * * * * *
183718 CTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTCTAAAATGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * * * * **
183783 TGAATGGGTTTTCCTTCACGTTT-CTAGAGGTAAACATTTAAATATAATCTGCTTTAACTAAAAC
256 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTA-AAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-
**
183847 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
319 AATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * ** *
183870 CAATAATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAAAAGA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATCATA
* * * * * ** * * *
183935 AATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATA
* * * * * * * *
184000 ATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATCAGACCATC
131 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * * * *
184065 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGACT-TAGGTGGCAATACATGGACTTTT-TCAGCTAATGG
196 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAG-GTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGG
* * * * * * *
184128 ATGGCTTTTTCATC-TCGTTTCCTAATGTAGATATTCAATTATAATATATTTT-ACCATAAAAGT
259 ATGGCTTTTGCATCAT-GTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAAAAT
184191 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
322 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
184211 TAATTATGGGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAATGCATGGGTGAAT-A
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTG-ATCA
* * ** * * * * *
184274 GAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTC-AAGAGGTAAACGTTCAAA
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAAA
* * ** * *
184337 TATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAACGAGTTTATAAAAC
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * ** * * *
184401 CATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGAATGAATGAATGAATATAAATGGACTTTTCTTGACAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * *
184466 GAATGGCTTTTACTTTATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATAATTTAAC-CAAAAAT
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAT
** * *
184530 GTGAAAAATTTAACTTAAATT
322 -AAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * * * * *
184551 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGATTAATACGACTTT-GAAAGGCATAGATG-GCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGATC-A
** * * * * *
184614 TAAA-GGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTCTGCT-AAGGTAAATATTCAAA
64 TAAATGG-ACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT-TTCTCAAGGCAGACATTCAAA
*** * * *
184677 TATAATCTGTTGGCACCAAAAATATAAAATAATTCAA-TGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAG
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACT-TAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* * * * * *
184741 CCATTCAAAGGGAGTAATAAGG-TATTAGAATA--CATGGGTAACAATAAATGGACTTTTCTTGC
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TT-GAA-AGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * *** ** * *** **
184803 AAAT-GAGTGGCTTTTTCTTCATATTTCATGGGTGACTATAA-ATGGACTT-TGAAGGCATGGGT
253 CAATGGA-TGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAG-C-A-AACATTCAATTAT-AATATAT-TTT
* * ** **** * *
184865 GACT-ATAAATGGACTTCTTCTA-TCAATGAAT
311 AACTAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAA--AAT
* * ** * * * * * * *
184896 GGCTATTTCTTCCTGTTTCCTAAGACAAACATTGAATTGTGA-T-AT-A---TTT-GAA--CTAA
1 --C-AATT-AT-GAGATT-AT-A-A-AACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGC-AT
*** * * ** ** * ** * * *
184952 AAATG-TAAAAAATTCAAC--TT-AAAGTCAA-GAATGAGATTATAAAACTAATAAAAGTGAGTA
55 GGGTGATCATAAA-TGGACTTTTCTTA-TCAATGAATG-GCTT-T--TTCT--T-CACGT---TT
* * ** * * * * ***** *
185012 AT-AAGGCTTTGGA-AGGTGTGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACTAATGAATGGCTTTTC
108 CTCAAGGC---AGACA--T-T---CAAATAT-AAT---CTGTTT-TAACCAA-AAATGTAAAATA
* * * ** * ** ** *
185074 CTTCATGCTTCCTAAGGCAA-ACACT-ACATTATAATATA-TTTTTACTAA-AAATGTAAAACAA
158 ATTCA-ACTT--AAAATCAATA-A-TGAGATTATAA-A-ACCATTTA--AAGCGA-GT--AATAA
* ** ** * * * *
185135 TTCAGCTTAAAATCAATTATGAGGTTA-TAAAATCATTTAAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGAC
211 ---GGCTTTGAA--AGGTATG-GGTGACTATAA--A--T--AGACTT---T---TCT---T-G--
* * * * * * * ** *
185199 TTTTCTTGGCAACGAAAGGCTTTTGCACCACG-TTCATTGAAGCAAATTTTCAATTATAGTATAT
252 ----C----CAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAATATAT
* *
185263 TTTAAACT-AAAAATGCAAACAAATTCATCTTAAAAT
308 TTT-AACTAAAAAAT--AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
185299 CAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATGGTTGACTC-T
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGA-TCAT
* * * * * * * *
185363 AAATGAAATTTTCTTACCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTC-CTGAGGCTGAAATTCAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATA
* ** * * * * *
185427 TAATCTGTTTTAACAAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTTTAAGACC
129 TAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * *
185492 ATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
185556 GAATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTTAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATA
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-A
*
185621 TAAAAAAAATTCAACTTGAAAT
321 T-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
185643 TAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTCA-AAGGCATGAGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-A
* ** * * * * * * * *
185706 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACTTTCAAATG
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * *
185771 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATGATTCATCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * ** * *
185836 TTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAATGACTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * ** * * * *
185900 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGCTGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-GAAAAACTG
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAT-
* *
185964 CAAAATAATTCAACTTAACAT
322 -AAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * **
185985 CAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGAAGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-A
* ** * * ** * * * *
186048 TAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAA-GCAGATATTCGATT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAAT
* * * * * ** * * * * *
186112 ATAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAAAATTCTTCTTGAAATTAATTATGAAATTATAAAATC
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * * *
186176 ATTTCAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAAGCACGGGTGACTAAAAATAGACTTTGCTTGTCAATG
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * * * * * *
186241 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-CAAAATTG
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAT-
*
186305 AAAAAAGATTCATCTTAAAAT
322 AAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
186326 CGATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGAT-AACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-A
* * * *
186388 TAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATA
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * ** * *********
186453 TTATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNN
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
186518 NTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAACAGCT-TGGGTAACTATAAAT-GCACTTTTCTTGCTAA
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-AGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAA
** * * *
186581 TGGATGGCTTTTGCATCACATTTTCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAA
256 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA
* **
186645 TGTAAAAAAAATCAACCGAAAAT
321 --TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
186668 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTAGAAGGCATAGGT-AACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * * *
186732 AAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACACTT-AAATA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA-TTCAAATA
* * * ********** *
186796 TAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAATCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * * *
186861 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAA-GTCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATG
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGT-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * ** * * * *
186925 AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACACACAATTATCATCTATTTTTA-TGAAAAGT
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAA-A
* *
186988 GTAAAACAATTCAACTTAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * * *
187010 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCA-ATGGCTTGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-A
* ** * * * * ** *
187073 TAAATGGACTTTTATTGCCAAT-AGATGACTTTTGCATCACATTTC-CTAAAACAGACATTCAAT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
* * * * * * * *
187136 TACAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAA-AAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTC-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* * * * * ** * * *
187200 CCATTAAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGCAAGGCATTAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGCCAG
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA-
** * * * * * * *
187265 A-AAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAAGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAC--AAA
255 ATGGATGGCTTTTGCATCATG-TTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* ******
187326 AATGCAAAAAACTTCAACTNNNNNN
319 AAT--AAAAAAATTCAACTTAAAAT
**** * * * * *
187351 NNNNTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGTTGAGTAATAAGACTTTCA-AATGCTTGGGTGA-CT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-
* * ** * *** * * * * *
187413 ATACATGGACTTTTCATAGT-GGTGGACAACTTTTGT-TTCATGTTT-TCTAAAGTAGACACTGA
63 ATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCA
* * * * * * * * ***********
187475 ATTACAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATT-AACTTAAACTCAATTNNNNNNNNNNA
125 AATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
** * ** * * *
187539 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTAAAAGGCGTGGGTGGCAATAAATGGACTTTTCTTGC
188 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
187604 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGCAAACATTCAATTATAATATTTTTTAACTAAA
253 CAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
*
187669 AATATAAAAAAAATCAACTTAAAAT
318 AA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * * * *
187694 CAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTAAAAAGCATGAGCGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
** ** * * ** * * ** *
187758 AAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTTGTACAACACATTTCCCAAGGTGGACATTCAATTA
65 -AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * * * * *
187823 TAATATATTCTAA-CAAAAA-GTAGAAAAAAATTCAGCTTGAAATCGATTATAAGATTATAAAAC
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * *
187886 CATTTGAAGCAATTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGGCTATACATGGATTTTTCATGTCAA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * *
187950 TGGATGACTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAA
256 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA
*
188014 ACTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
320 A-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
188037 TAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTGGATGA-CAG
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGATCA-
* ** * * * ** * * * *
188100 TGAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCATCATATTTC-CTAAAGCAAATATTCAAT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
* * * *
188163 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
188227 CTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTGGAAGGCATGTGTGAATATAAAT-GAACTTTTCTTGTCA
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * * * * * *
188291 ATGAATGGTTTTTTCTTAATGTTT-CTCAAGGTAAACATTAAAATATAATCTGTTTTAATTAAAA
255 ATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* * *
188355 TATAAAATAATTAAACTTAAAAT
319 AATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
188378 TAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGT-AACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGATC-A
* ** * * * * * **
188441 TAAATGAAC-TTTCTTGCCAATGGAA-GGCTTTTGCATCACATTTCTTGAA-GCAAACATTCAGT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAA
* * ** * ** * * * * *
188503 TATAATATATTTTAATTAAATATAAAAAACAATT-AACTTAATATCAGTTATGAGATTGTAAAAC
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * *
188567 CATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
** ** * * ** * ** * * * * * *
188632 AAATTACTTTTTCTTCACATTTCCCATCGTAGATATTCAAATATAATCTATTTTTA-TAAAAAAT
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA-
* *
188696 GTAAAACAATTCAACTTGAAAT
321 -TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
188718 CAATTATAAGATTATAAGACCATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTAGGTGGAT-A
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGT-GATCA
* * * * * * * *
188779 TACATGGACTTTTCTCATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAAT
* * ** * * * * * * *
188843 ATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAGT-TTAAGATCATCAAAC
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * * * *
188907 TATTTAAAACGATTAATAGGGCTTTGGAAGGTACGAGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACTAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * ** * * * *
188972 GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGCCATTCAAATATAATCTGTTTTTACT-AAAAAT
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAAT
189036 GAAAAACAATTCAACTTGAAAAT
322 -AAAAA-AATTCAACTT-AAAAT
* * * * * * *
189059 -AGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTAGAAGGTATGAGT-AACAAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
*** * * * * * *
189122 AAAAAAACTTTTCTTA-CTAATGAATAGCTTTTGT-ATCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATT
65 AAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAAT
* * * * * ** *
189185 AT-AGCATATTGTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAGGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
128 ATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * * **
189249 TATTTAAAGTGAGCAATAAGGC-TTCAGAACGCATGTGTGAATATAAAT-GAATTTTTGTTGAGA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCA
** * * * * ** * * *
189312 ATAAATTAG-TTTT-CTTCATGTTT-CTGGATGCAGGCATTTAAATATAATCTATTTTAACTAAA
255 ATGGA-TGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* *
189374 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
318 AA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
** * * * *
189399 TGATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* ** ** ** * * *
189463 AAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGCAAACACTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATAT
* * * * *
189528 AATCTTTTTTAA-CAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCAT
130 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * ** * * *
189591 TTAAAGCAAGTAATAAGACATTCAATGGCT-TAAGTGGCTATACATGGACATTTT-TTGCCAATG
195 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATG
* * * *
189654 GATGACTTTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTGTAATATATTTTAA-TGAAAAATG
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-A
*
189718 TAAAAAAATTTAACTTAAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
189739 CAAATATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCTATTAATAAGGCTTTGGAAGCCATGGGTG-GCTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * *
189803 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAAATAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATAT
* ** ** * *
189867 AATCTGTTTTCATAAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAAACAGTAATGAGATTATAAAACCAT
130 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
* * *
189932 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGATAT-CG-G--------TA-A---------CCAATGGA
195 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGA
** * * *
189977 TAACTTTTGCATCATGTTTCCTAAAACAGACATTCATTTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATA
260 TGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-ATA
*
190041 AAAAAATTTAACTTAAAAT
323 AAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * *
190060 CAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTAGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-A
* * * * *** * * * *
190123 TAAATGAACTTTTCTT-GCTAATGGAT-GATATTTGAATCACGTTTTTTGAA-GAAAACATTC-A
64 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCT-TTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAA
* * *** ** *
190184 ATCATAATATATTTTAATTGAAAATGTAAAA-ACATTTTACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATA
126 AT-ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTT-AAAATCAATAATGAGATTATA
* * * * * * *
190247 AAACC-TTTGAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGTGTTACTATAAATAGACTTTTCCTG
188 AAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * ** * * *
190311 CAAAT-GAGTGACTTTTTGC-TTACGTTTCAT-GGGATAAAAATTCAATTATAATATATTTTATC
252 CCAATGGA-TGGC-TTTTGCATCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC
*
190373 T-AAAAATACAAAAAAATCAACTTAAAAT
314 TAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
190401 CAATTACGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AACGC-TAGAGAG-GCT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-G-G-GTGAT
* * * * * * *
190463 -AAAAATAGACTTTTCTTGA-CAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGCAAACATTC
62 CATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTC
* * * * * * * * * *
190524 AATTATCATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATCATAA
124 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
* * * * * * *
190589 AACCGTTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
189 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * ** * * * **
190653 CAACGAATAGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAAAGCAAACATTCAAATATAATTTGTTTTTTGC-A
253 CAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACTA
* *
190716 AAAATGTAAAACAATTCAAC-TAAATAT
316 AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAA-AT
* * * **
190743 CAGTAAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAG---TAA-----T--AA-G-A----T--T-ATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATCATA
* * * * * * * ** *
190789 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCATCACTTTTCTTGAA-ATAGACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAATAT
* * *********** * * * *
190853 AATATATTTT-NNNNNNNNNNAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-ATTTG-G-CTATAAAACCA
130 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * * * *
190914 TTTAAAACGAGTAATAAGACTTTGGAATGCATGGGTGAGTACAAATAGACTTTTCTTGCTATTGA
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * * * * *
190979 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCC-AAAGGCAGATACTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAACAT
259 ATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAA-GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-AT
191043 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
322 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ********* ** * *
191063 CAATAAT-ANNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGGAATGTATGGGTGAAT-A
1 CAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCA
* * * * * * * * * *
191126 TAAACGGACTCTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTC-CTAAGGCAAAAACTCAATT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT
* * * * *
191190 ATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAATAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAC
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * * ** * **
191254 CATTTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GTCTAAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGGTAA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
** * * * * * * *
191318 TGGATGGCTTTTGCAGAATGTTTCCTAAAGTAAGCATTCAATTACACTATATTTTATCCCAAAAT
256 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTA-ACTAAAAA
* *
191383 GTAAAAAAATTTAA-TATAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * ** * * * *
191405 TAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGATAATAATAAAGCTTTAGAACGTATGGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * * * * *
191469 AAATGGACTTTTCCT-GCGAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTT-TC-TGAGCTAGACGTTCAAA
65 AAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-GC-AGACATTCAAA
* **********
191531 TATAAT-T-TCTTTACACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATANNNNNNNNNNAAA
127 TATAATCTGT-TTTA-ACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
* ** * * *
191594 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAA-GTGTGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACC
190 ACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * *
191658 AATGAATGGCTTTCT-CTTGATGTTTCCT-AAGATAAACATTCAAATATTATCTATTTTAACT-A
254 AATGGATGGCTTT-TGCATCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* *
191720 AAAATATTAAAAATTCAACTTAAATT
317 AAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
191746 TAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-GCTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * * * *
191810 AAATGAATTTTTCTTAAT-AATCG-ATGGCTTTATCATT-ACGTTTC-CTAAGGTAGACATTTAA
65 AAATGGACTTTTCTT-ATCAAT-GAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAA
* * ** ** * * * * * * *
191871 TTATAATATACTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAT-AATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAGA
126 ATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAAT-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
* * *
191935 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCC
190 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * * * *
191999 AATGAATTGGATTTT-CTTCACGTTT-CTGGAGGCATATATTCAAATATAATCTATTTTAATTAA
254 AATGGA-TGGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* *
192062 AAACGTAAACAAATTCAACTTAAAAT
317 AAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
192088 CAATAATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGTAGGGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* * * * * * * *
192152 AAATGGACTTTTGTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAAACACTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATA
* * ** * * *****
192216 TAATATGTTTTAATCAAAAATACAAAA-ATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNN
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
***** * * * * * * ** **
192280 NNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCT-TAGGTG-GTAATACATGGACTTTTCTCACTGA
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * *
192343 TAGATGGCTTTTGCATCATTTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAACCATAAAA
256 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAAA
* * *
192408 GTAAAAAACTTCAACTTAGAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * * *
192430 TAATTATGGGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* * * * ** *
192494 AAATGGACTTTTCTT-GCTAAGGAATGAG-TTTTTCTTCAC-ATTC-CAAAGGCAAATGTTTAAA
65 AAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
* * * ** *
192555 TATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATAATGAGTTTATAAAAC
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * * ** * *
192620 TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATGGGTGAATATTTATGGACTTTTCTTACCAA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
** * * * * * * **
192684 TAAATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCTCT-AGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTANNN
256 TGGATGGCTTTTGC-ATCATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AA
*******
192747 NNNNNNNAAAATTCAACTTAAAAT
318 AAATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
192771 CAACTATGAGATTATAAGACCATTTTAAGCGAGTAATTAGGCTTTCA-AAGGC-TAGGGAGA-CT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGATC-
* * * *** * * * * *
192833 ATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCAAAATGTTTC-CTAAAGTAAACATTCAAT
63 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAA
* * * * * * * *
192897 TACACTATATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TATAAAATTAA-ATATGAGACTAT-AA
127 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACT-TAAAATCAATA-ATGAGATTATAAA
** * * *
192959 ACCATTTAAAGATAATAAT-AGAGCTTT-AGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
190 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
193022 GAATGAATAGCTTTCT-CTTCATGTTTCCT-GAGCCAAACAATCAAATATAAT-T-TCTTTACAC
253 CAATGGATGGCTTT-TGCATCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATAT-TTTA-AC
* * *
193083 CAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAT
314 TAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
193112 CAATAATGAGTTTATAAAACCATTTAAATCGTGCAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGT-AACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * * * * * * *
193176 AAATAGACTTTTCTTA-CTAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTC-CTAAGACAAACACTGAAAT
65 AAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT
* * **********
193239 ATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAAC
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * * *
193303 CATTTAAAGTGAGTAAT-AGGACTTT-AGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGATTTTTCTTAG-T
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCC
* * * * *
193365 AATGGATGGCTATAT-CATCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA
254 AATGGATGGCT-TTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * * *
193428 AAATGTAAAAAATTTAATTTAAAGT
318 AAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
193453 CAATTATAAGATTATAGAGCCATTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* * ** * ** * *
193517 AAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATTGG-ATTTTCTTCACGTTTCTGGAGGCATACGTTCAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * *
193581 TAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATCATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
193646 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAATGTATAGATGAATATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGA
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * * * * *
193711 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATATA
259 ATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-ATA
* *
193776 AAAATATTCAAGTTAAAAT
323 AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
193795 CAATAATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCA-ATGGCTTGAGTG-GCAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATC-A
* * * * * * * * * * *
193858 TATAT-AACTTTTCTCACCAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTA
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * *** * * * * *
193922 TAATATATTTTAATTGTAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGGGGTTATAAAACC
129 TAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * * *
193986 ATTTAAAGCGTGTGATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACTAATG
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * * * * *
194051 AATGAG-TTTTTCTTTATATTT-CTAGAGGCAGACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAACAT
258 GATG-GCTTTTGCATCATGTTTCCTA-AAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA-AA
* * *
194114 GTAAAACAATTCAGCTTAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
194136 CAATAATGAGTTTACAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTAAAATGCATGGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* ** * * * * * * *
194200 AAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTT-TCTAAAGCAAACACTCAAACA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * ** * * **
194264 TAATCTATTTTAACTAAAAATAATAAAA-AAATCAA-TT---ATGAGATTTTGAGATTTTGAGGC
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAATAATTCAACTTAAAATCA-ATAATGAGATTATAAAAC
* * * * *
194324 CATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCT-TGGGT-AGCTATACATGGACTTTTCTTGCCA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * * * *
194387 ATGAATGGCTTTTGCATCACGTTTCATAATGTAAACACTCAATTACACTATATTTTATCCAAAAA
255 ATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA
* *
194452 TATAAAAACATTCAACATAAAAT
320 -ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
194475 CAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAGGCTCA-TAATAAAGCTTTAGAACGCATGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-A
* ** ** * * * *
194538 CAAATAAACTTTT-TTGGCGAATGAAAT-ACTTTTTCTTTATGTTTC-CTAA-GCTAGACATTTA
64 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATG-AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGC-AGACATTCA
* * * *
194599 AATATAATTTG-TTTACCCCAAAAATGTAAAA-ACATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATA
125 AATATAATCTGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
** * ********** * *
194662 AAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-NNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTA
188 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
194726 CCAATGAATGGCTTTCT-CTTGATGTTT-CTCAAGACAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACT
252 CCAATGGATGGCTTT-TGCATCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* *********
194789 AAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNTAAAAT
315 AAAAA-ATAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * ** * * *
194818 CAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAAT-AGGACTTT-GAAAGGTATGAGT-AACT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTAG-AAGGCATGGGTGATC-
* * ** * * * * ** *
194880 ATAAATAGACATTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCGTCATGTTTCTTAAGATAGAGATTCAAAT
63 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAAT
* * ** * * ** ** *
194945 ATTATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAACAATTCTACCAAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACT
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
195010 ATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTAAAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAAT-
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* *** * * * * * * * * * *
195074 GAGTGACTTTTTTTTCATGATTCATGAGGCAGACATTTAATTGTAATATGTTTTATCTAAAAATG
258 GA-TGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-A
*
195139 TAAAACAATTCAACTTAAAAT
321 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
*********** * * ** *
195160 CACNNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGTGTGGGTTA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
* * * ** * * ** *
195224 AAATAGATTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTTGAATG
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * *
195288 TAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCA
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
********** * * *
195353 TTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTG-AAGATATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* *** * * * * * * **
195416 GAGTGACTTTTTTTTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTATGTAAAAAT
258 GA-TGGC-TTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-
*
195481 ATAAAAAAAATCAACTTAAAA-
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
195502 CTAATTATGAGATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG-TTAGGGTG-GC
1 C-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGATC
* * * * * * *
195564 TATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GCTTTTGCATCATGTTTCCTGAA-GCAGACACTT-A
63 -ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAGACA-TTCA
* * * * * * * * * * **********
195626 ATTACACTATATTTTATCTACAAATGTATAAA-AATTCAACTTAAAATCACTTATNNNNNNNNNN
125 AATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
* * * * * * * **
195690 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGATGACTCTAAATGGAGTATTCCTAT
189 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
195754 TAATGAATAGCTATTT-CTTCATGTTTCC-CAAGACAGACATTCAATTGTGATATATTTGAAC-C
253 CAATGGATGGCT-TTTGCATCATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* * * *
195816 AAAAGTGTAAAAAATTTATCTTAAAAT
316 AAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * *
195843 CAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAAGCATGAGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGATC-A
* * ** * * * * * * *
195906 TAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTC-CTAAGGTAAATAGTCTATT
64 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT
* ** * * * * * *****
195970 ATAATCTGTTTTTACCAAAAATACAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATANNNNN
128 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
***** * * * * ** * ** *
196035 NNNNNAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCT-TAGGTGAAGATAAATATACTTTT-TTATCGAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
196098 AGATGGCTTTTACATCATG-TTCACTCAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAT
257 GGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-
* * *
196162 GTAAACAAATTCATCTTAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
196184 CAATTTTGAGATTTTAAAACCA-TTAGAGTGAGCAATAAGGCTTCAGAAAGCATGGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
** * * * * ** * *
196247 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCGTCATGTTT-TCCAAAGTTGACATTAAAACA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAAATA
* * * * *
196311 TAATCTGTTTTAA-CACAAAATGCAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAC
129 TAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAA-TAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
** * * * *
196375 CATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CCA
* * * ** * * * * * ** *
196439 AT-AATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTGCACCAAAAA
255 ATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA
* *
196503 TATAAAACAATTCAACTGAAAAT
320 -ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
196526 CAGTAATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGATC-AT
** * * * * * * * *
196590 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAA-GCAGACAATCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAAATA
* * * * * * * *
196654 TAATATATTTTAACAAAAAATGTCAAAA-AGTTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACC
129 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* *** * *
196718 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACACGGGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGCCAAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * * *
196782 GAATGG-GTTT-C-TCCATG-TT-CTGATGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAT
257 GGATGGCTTTTGCAT-CATGTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA
*
196842 ATAAAAATATTCAACTTAAAAT
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
196864 CAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
** * * * * * *
196928 AAATGGACTTTTCTTGCCTATAAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAAATAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATAT
** * * **
196992 -A----TTTTAACCAAAAATAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAGGCCAT
130 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
** * * * *
197052 TTAAAAAGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGGCTATACAA-GGACTTTTCTTGCCAATG
195 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG-TATGGGTGACTATA-AATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
197115 GATAGCTTTTGCATCACGTTTACTAGAGTAGACTTTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAACT
258 GATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA-T
* *
197180 AAAAAACTTCAACTTAAGAT
322 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
197200 CAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCATCA-AAGACTTAGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTAGAAGGCATGGGTGATC-A
* ** * * * * * *
197263 TAGATATACGTTTCTTGAT-AAT-AGATAGCTTTGGTATT-AAGTTTCCTGAA-GCAGACATTCA
64 TAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGA-ATGGCTTT-TTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAGACATTCA
* * * * * * * * *
197324 ATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATGGAAAAAAATTAAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAA
125 AATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
* ** ** * * *
197389 ACCGTACAAAGTAAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATGGGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGC
190 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGTATGGGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * * *
197452 CATTGAATGGGTTTTTCTTCACT-TTT-CTGGAGGTAAACGTTCAAATATAATCTGTTTTAACCG
253 CAATGGATGGCTTTTGCATCA-TGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CT
* ** *
197515 GAAACGTAAACAAAA-TCAACTTCAAAT
315 AAAAAATAAA-AAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
197542 CAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAGGTGAAT-AT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ATCAT
* ** * * * **
197606 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCATTTAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATAT
* * * *
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* * * * * * * *
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*
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507 AAAT
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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********** *
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* * * *
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* ** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** ** **
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* * * * * **
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* * * * **
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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** * * * * * ***
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* * * *
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509 AT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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128 ATAATAT-ATTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
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192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTA
* * * * * * ** * *
180032 ATGGATGGCTTTTCCATCATATTTCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAAAATATTTTAACAAAAAA
255 ATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAA
* * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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506 AAAAT
* * * ** * * * *
180292 CAATTATGGGATTGTAAGACCATTTAAAAAGAGTAACAAGG-TTTTCAATGGCTTGGGTG-GCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAA-GGCATGGGTGATCTA
* * * * * * * ** *
180355 TATATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCATCAGGTTTCCTAAAGAAAACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGCAAACATTCAATTA
* * * * *
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129 TAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * *
180483 CATTTAAAG-TGATTAATAAGGCTTT-GAAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCA
192 -ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTA
* * * * * * * * * ***
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* * * * * * *
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319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
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* * * * *
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509 AT
* * * ** * *
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1 -CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTA
** * ** *
180868 TAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGCAAACATTCAAAT
65 TAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
180932 ATAATCTCTTGACA-CTAAAAATGTAAAATAATTCAA-TGTAAAATTAGTAATGAGATTACAAAA
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* * * * * * * * *
180995 CCATTT-AAGGTGAATAATAAGGCTCTAAAACG-TATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACC
190 CTATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT
* * * * * **
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254 AATGGATGA-CTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAA
*
181122 AATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GAGTAATA
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* * * * * * * *
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* * * * *
181250 TGTTT-CTAGAGGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAA-TCAAAAATGCGAAAAAATTCAACT
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181313 TAAAAT
505 TAAAAT
* * ** ** * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *** *
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510 T
* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * * * *
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** ** * * * * *
182078 AAATGG--GTTTTTTTTTTCACGTTT-CTAGAGGCAAACAATCAAATATAATCTATTTTAACCAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * ********* *
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* * ** * * * * * * ** * *
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* ********** *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * **
182781 TTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCTAGAAATATAAAAAACGTCAACTTAAAA
447 TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAA
182846 T
510 T
* * * * * * *
182847 CAATTACGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTT-CAAAGG-TTAGAGAGA-CT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAC-AAGGCAT-GGGTGATCT
* ** * * * ** * *
182909 ATAAGTGGACTTTTCTTTGCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATT
64 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGCAAACATTCAATT
* * * * *
182974 ACACTATATTTTATCCAAAAATGTAAAAACAAATCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAAC
128 ATAATATATTTAAT-CAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
183039 CATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTATAGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAA
* * * * * * * *
183103 TGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATTTCTTTTCACCAAAAAT
256 TGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAAT
* * * * *
183168 GTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATATA-GC
321 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGC
* * * ** * * * *
183232 TTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAAGCTAATGGATGGCTTTGGCATCACGTTT
385 TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTT
* * * * * *
183297 CCTAAAGTAAACATTCAGTTATCATATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAT
449 CCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
183360 CAATCATGACATCATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGA-AAGGCATAGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * ** * * *
183423 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAAATAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAAACATTCAATTAT
* * * * * * *
183488 AATCCGT-TTTCA-CCAAAACGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAA-TAAGAGATTATAAAATTA
130 AAT--ATATTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * * * *
183550 TTTAAAGC-GAGTAATAAAGTTTTGGAAGG-TATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAA
193 TTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
* * * *
183613 GGATGGCTTTTAT-ATCACGTTTTCAAAAGCAGACATTC-AATAATAATATATTTTAACCATAAA
257 GGATGACTTTT-TCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAAT-ATAATATATTTTAACCA-AAA
* * * * *
183676 A-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAT-AGTGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAG
319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
183739 GCTCTA-AAATGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACG
383 GCT-TAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATG
* * * * ** *
183803 TTT-CTAGAGGTAAACATTTAAATATAATCTGCTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAA
446 TTTCCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA--ATAAAAAAATTCAACTTAA
183867 AAT
508 AAT
* * * ** * ** *
183870 CAATAATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGA-AAAG
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * * *
183934 AAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAAACATTCAATTAT
* * * * * * * * *
183999 AATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATCAGACCAT
130 AAT-ATATTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * * * * * *
184064 CTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTA-ATGACTTAGGTGGCAATACATGGACTTTT-TCAGCTAAT
194 TTAAAGCTGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CTAAT
* * * * *
184126 GGATGGCTTTTTCATC-TCGTTTCCTAATGTAGATATTCAATTATAATATATTTT-ACCATAAAA
257 GGATGACTTTTTCATCAT-GTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCA-AAAA
* * * *
184189 -GTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
320 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
184253 TTTGAAATGCATGGGTGAATAGAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTT
385 TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATG-GCTTTTGCTTCATGTT
* * * * * * * **
184317 T-CAAGAGGTAAACGTTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCATTTTAAAAT
448 TCCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * ** * * ** *
184381 CAATAACGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGAATGAATGAATGA-ATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * *** *
184445 AAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAAACATTCAATTA
* * * * ********** *
184509 TAATATAATTTAACCAAAAATGTGAAA-AATTTAACTTAAATTCAATTNNNNNNNNNNAAAACCA
129 TAATAT-ATTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * * * * * *
184573 TTTAAAGC-GATTAATACGACTTT-GAAAGGCATAGATGGCTATAAA-GGAACTTTTCTTGCCAA
193 TTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTACTAA
* * * * * * * * * * * ***
184635 TGAATGACTTTTTCTTCACGTCTGCTAAGGTAAATATTCAAATATAATCTGTTGGCACCAAAAAT
256 TGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
184700 ATAAAATAATTCAA-TGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAGCCATTCAAAGGGAGTAATAAGGT
321 GTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-
* * * * * *
184764 ATTAGAATA--CATGGGTAACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAGTGGCTTTTTCTTCATAT
384 CTTAGAA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-TGGCTTTTGCTTCATGT
* ** ** * *** ** * * ** **** * *
184827 TTCATGGGTGACTATAA-ATGGACTT-TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTTCTA-TC
447 TTCCTAAG-G-C-A-AACATTCAATTAT-AATATAT-TTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTT
184889 AATGAAT
506 AA--AAT
* * ** * * * * * * ** * * * *
184896 GGCTATTTCTTCCTGTTTCCTAAGACAAACATTGAATTGTGA-TATATTTGAAC-TAAAAATGTA
1 --C-AATT-AT-GAGATT-AT-A-A-AACCATTTAA-AGCGAGTA-ATAAG-GCTTTACAA-G-G
* **** * * * *** * ** *** ** * * *
184959 AAAAATTCAACTTAAAGTCAAGAATGAGA-TTATAAAACTAAT-AAAAG-TGAGTAATAAGGCTT
52 CATGGGTGATC-T--A-T--A-AATG-GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* ******* * * ** * *** * *
185021 -TGGAAGGTGTGGGT-GACTATAA-ATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCT-TTTC-CTTCATG
109 CTTG-AGCAAACATTCAATTATAATAT--A--TTTAAT-C-AA-AAAT-G-TAAAACAATTCA-A
* ** ** * * * ** * * *
185081 CTTCCTAAGGCAAACACT-ACATTATAATATATTTTTACTAAAAATGTA-AAACAATTCAGC-TT
163 CTT--AAAATCAATTA-TGAGATTATAA-A-ACTATT--TAAAGCTG-AGTAATAA---GGCTTT
** * * * * *
185143 A-AAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTG
217 AGAAGGC---T-TG-GG---T--GA-C-TATAAA----T--G-GACT-T---T--TC-TTAC-T-
* * * * * * * * * * ** * * *
185207 GCAACGAAAGGCTTTTGCACCACG-TTCATTGAAGCAAATTTTCAATTATAGTATATTTTAAACT
254 --AATGGATGACTTTTTCATCATGTTTC-CTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTT-AACC
* * * * * *
185271 AAAAATGCAAACAAATTCATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAT
315 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
185336 AAAGCTTTAG-AAGGCATGGTTGACTCTAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTGTCTT
380 AAGGC-TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTG-CTT
* * * * * * *
185399 CAAGTTTCCTGAGGCTGAA-ATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAAATACAAAAAAATTCAA
442 CATGTTTCCTAAGGC-AAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-TAAAAAT--AAAAAAATTCAA
185463 CTTAAAAT
503 CTTAAAAT
* * * * * * *
185471 CAATTATGAAATTTTAAGACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTT-CAAAGGCTTGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAC-AAGGCATGGGTGATCTA
* * * * *
185534 TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTTAAGCAAACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGCAAACATTCAATTA
* * * * * * *
185599 TAATATGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATAAAATTATAAAAC
129 TAATAT-ATTTAATC-AAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
185663 CATTTAAAG-TGAGTAATAAAGATTTCA-AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTA
** ** * * * * * * * * *
185726 ATCAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACTTTCAAATGTAATCTGTTTTAACCAAAAA
255 ATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAA
** * * *
185791 TGTAAAATGATTCATCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC
320 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * ** * * * * *
185856 TTTCAAAGGCTTGAATGACTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
385 TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTT
** * * * * *
185921 CCTGAA-GCTGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-GAAAAACTGCAAAATAATTCAACTTAACA
449 CCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-T--AAAAAAATTCAACTTAAAA
185984 T
510 T
********** * **
185985 CAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCTTGGAAGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAC-AAGGCATGGGTGATCTA
* * * * * * * *
186048 TAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAAGCAGATATTCGATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGCAAACATTCAATTA
* * ** * * *
186113 TAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAAAATTCTTCTTGAAATTAATTATGAAATTATAAAA-TC
129 TAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-
* * * * ** * * * *
186176 ATTTCAAGC-AAGTAATAAGGATTTCA-AAAGCACGGGTGACTAAAAATAGACTTTGCTT-GTCA
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-A
* * * * * * * * * *
186238 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAT
255 ATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAA
* * * *
186303 TG-AAAAAAGATTCATCTTAAAATCGATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAG-GAGTAATAAGG
320 TGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * * * *
186366 CTTTCAAAGGCTTGGATAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
384 CTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * * * * **
186431 T-CTCAAGGTAAACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAACAATTTGACTTAAA
448 TCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA--T-AAAAAAATTCAACTTAAA
186495 AT
509 AT
********** * * * *
186497 CAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-CAACAGCTTGGGT-AACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAA-GGCATGGGTGATCTA
* * * * * * *
186560 TAAATGCACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCACAT-TTTC-TGAAGCAGACATTCAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-T-TCATGTTTCTTG-AGCAAACATTCAAT
* * * **
186623 TATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACCGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-
127 TATAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
186687 TCATTTAAAAC-GAGTAATTAGGCTTTAGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTA-TC
191 T-ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-
* * * * * * * * * *
186750 AATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACACTT-AAATATAATCTGTTTCAACTAA
254 AATGGAT-GACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACA-TTCAAATATAATATATTTTAACCAA
********** *
186813 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
317 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * *
186878 AGCTTTGGAAGTCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
382 GGCTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATG
* ** * * * * *
186943 TTT-TTCAAGGCAAACACACAATTATCATCTATTTTTA-TGAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTA
446 TTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAA--ATAAAAAAATTCAACTTA
187006 AAAT
507 AAAT
********** * * *
187010 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT-CAATGGCTTGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAA-GGCATGGGTGATCTA
* * * * * ** ** * *
187073 TAAATGGACTTTTATTGCCAAT-AGATGACTTTTGCATCACATTTCCTAAAACAGACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGCAAACATTCAATT
* * * *
187137 ACAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAA-AAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
128 ATAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
187201 CATTAAAAG-TGAGTAATAAGCCTTT-GCAAGGCATT-AGTAACTATAAATGGACTTTTCATGCC
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT
** * * * * * * *
187263 AGA-AAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAAGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CA
254 A-ATGGATGA-CTTTTTCATCATG-TTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCA
* * ********** * *
187324 AAAATGCAAAAAACTTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGTTGAGTAAT
316 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAAT
* ** * * * * * * *
187388 AAGACTTTCAAATGCTTGGGTGACTATACATGGACTTTTCAT---AGTGGTGGACAACTTTTGTT
380 AAGGCTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATGG----CTTTTGCT
* * * * * * *
187450 TCATGTTTTCTAAAGTAGACACTGAATTACAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATT-A
441 TCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-T--AAAAAAATTCA
*
187514 ACTTAAACT
502 ACTTAAAAT
********** ** * * * *
187523 CAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTAAAAGGCGTGGGTG-GCAAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* *
187587 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGCAAACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGCAAACATTCAATTAT
* * * * *
187652 AATATTTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-TA
130 AATA-TATTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-
* * * * * * * *
187715 ATTTAAAG-TGAGTAATAGGGCTTTAAAAAGCATGAGCGACTATAAAATGGACTTTTCTTGCCAA
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTACTAA
* * * * * ** * * ** * *
187779 TGGTTGGCTTGTACAACACATTTCCCAAGGTGGACATTCAATTATAATATATTCTAA-CAAAAA-
256 TGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
187842 GTAGAAAAAAATTCAGCTTGAAATCGATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGCAATTAATAAGG
321 GT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * * * * *
187907 CTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTATACATGGATTTTTCATGTCAATGGATGACTTTTGCATCATGTT
384 CTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * *
187972 TTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAACTAAAAAAATTTAACTTAAAA
448 TCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT--AAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAA
188036 T
510 T
* * * * *
188037 TAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTGGATGA-C-A
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTACAAGGCATGGGTGATCTA
* * * * * * ** *
188099 GTGAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATAGCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAATATTCAAT
65 -TAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGCAAACATTCAAT
* *
188163 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
127 TATAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
188227 CTATTTAAAGC-AAGTAATAACGCTTTGGAAGGCATGTGTGAATATAAATGAACTTTTCTT-GTC
190 CTATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-
* ** * * * * * * * * **
188290 AATGAATGGTTTTTTCTTAATGTTT-CTCAAGGTAAACATTAAAATATAATCTGTTTTAA-TTAA
254 AATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAA
* * * * * * * * *
188353 AATATAAAATAATTAAACTTAAAATTAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAG
318 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * **
188418 GCTTTGAAAGGCATGGGTAACTATAAATGAAC-TTTCTTGCCAATGGAAGGCTTTTGCATCACAT
383 GCTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *
188482 TTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAATTAAATATAAAAAACAATT-AACTTAAT
447 TTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-AAAAA-AATTCAACTTAAA
188545 AT
509 AT
* * * *
188547 CAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATGGGTGA-ATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-ACAAGGCATGGGTGATCTA
* * * ** ** * * * * * *
188610 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTACTTTTTCTTCACATTTCCCAT-CGTAGATATTCAAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT--CTTGAGCAAACATTCAATT
* * * * * * *
188674 ATAATCTATTTTTATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAGACC
128 ATAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * *
188739 ATTTAAA---GAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTAGGTGGA-TATACATGGACTTTTCTCA-TC
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCTTGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTACT-
* * * * * **
188798 AATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAA
254 AATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAA
* * * * * * * * *
188863 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAGTT-TAAGATCATCAAACTATTTAAAACGATTAATAGG
319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * * * *
188927 GCTTTGGAAGGTACGAGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT
383 GCTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * * * *
188992 TTCCTAAGGTAGCCATTCAAATATAATCTGTTTTTACTAAAAATGAAAAACAATTCAACTTGAAA
447 TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-AAAAA-AATTCAACTT-AAA
189057 AT
509 AT
* * * * * * * * *
189059 -AGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTAGAAGGTATGAGT-AACAAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
*** * * * * *
189122 AAAAAAACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTGT-ATCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTT-GAGCAAACATTCAATTA
** * * **
189186 TAGCATATTGTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAGGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
129 TAATATATT-TAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * * * * * * *
189251 TTTAAAG-TGAGCAATAAGGCTTCAGAACGCATGTGTGAATATAAATGAATTTTTGTTGA-GAAT
193 TTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTAAT
** * * * * * * * * *
189314 AAATTA-GTTTTCTTCATGTTT-CTGGATGCAGGCATTTAAATATAATCTATTTTAACTAAAAAT
257 GGATGACTTTTTCATCATGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAAT
* ** *
189377 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
321 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
189442 TTGGAATGCATAGGTGAATATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC
386 TAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * * *
189507 TTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTTTTTTAAC-AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAAT
450 CTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * ** *
189568 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACATT-CAATGGCTTAAGTG-GCTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAA-GGCATGGGTGATCTA
* * * * * * **
189631 TACATGGACATTTT-TTGCCAATGGATGACTTTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATT
65 TAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGCAAACATTCAATT
* * * * * * * *
189695 GTAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGGGATCATAAAACC
128 ATAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * *
189760 ATTTAAAGCT-ATTAATAAGGCTTTGGAAGCCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
* * * * * * * * **
189824 GAATGACTTTTTCTTTACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCATAAAAAATG
257 GGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATG
** * * * *
189888 TAAAGCAATTCAACTTAAAAACAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
322 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * ** *
189953 TGAAAGATATCGGT-A--ACCAATGGA-------T----A--A---CTTTTGCATCATGTTTCCT
387 AGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
** * * * *
189999 AAAACAGACATTCATTTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
452 AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
********** * * *
190060 CAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCTTAGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAC-AAGGCATGGGTGATCTA
* * * * * *** * * * *
190123 TAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGAT-GATATTTGAATCACGTTTTTTGAAGAAAACATTCAATC
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTTG-AGCAAACATTCAATT
** **
190187 ATAATATATTTTAATTGAAAATGTAAAA-ACATTTTACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAA
128 ATAATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * * *
190250 CCT-TTGAAAG-TGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGTGTTACTATAAATAGACTTTTCCTGCA
190 -CTATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT
* * * ** * * * * * *
190313 AAT-GAGTGACTTTTTGC-TTACGTTTCAT-GGGATAAAAATTCAATTATAATATATTTTATCTA
254 AATGGA-TGACTTTTT-CATCATGTTTCCTAAAG-CAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCA
** * *
190375 AAAATACAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
316 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * * * * *
190439 AGGCTTTCAAACGC-TAGAGAGGCTAAAAATAGACTTTTCTTGACAATAGATGGCTTTTGCATCA
381 AGGCTTAGAAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
190503 TGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATCATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
444 TGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTA
190568 AAAT
507 AAAT
* * * * * * *
190572 CAATTATGACATCATAAAACCGTTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATTGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
** * * ** ** *
190636 AAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTAAAAGCAAACATTCAAATAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGCAAACATTCAATTAT
* * ** * * * *
190701 AATTTGTTTTTTGCAAAAATGTAAAACAATTCAAC-TAAATATCAGTAAAGAGATTATAAAATTA
130 AATATATTTAAT-CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACTA
*
190765 TTTAAAGC-GAGTAAT-A------AG-A--------T---TATAAATGGACTTTTCTT-GTCAAT
193 TTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AAT
* * * * *******
190809 GGAT-AGCTTTTGCATCACT-TTTCTTGAAA-TAGACATTCAATTATAATATATTTT-NNNNNNN
257 GGATGA-CTTTTTCATCA-TGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAA
**** * * *
190870 NNNAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATT-TG-G-CTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * * * *
190932 ACTTTGGAATGCATGGGTGAGTACAAATAGACTTTTCTTGCTATTGAATGGGTTTTTCTTCATGT
383 GCTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
190997 TTCCAAAGGCAGATACTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAA
447 TTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAA
191062 T
510 T
* ********* *** * * *
191063 CAATAAT-ANNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGGAATGTATGGGTGA-ATA
1 CAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTA
* * ** * * * * * *
191126 TAAACGGACTCTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCAAAAACTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAAACATTCAATTA
* * * * *
191191 TAACCTGT-TTTAACCAAAAATATAATAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAC
129 TAA--TATATTTAATCAAAAATGTAA-AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** ** **
191254 CATTTTAAGC-GAGTAATAAAGCTTTCA-AAGTCTAAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGGTA
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTA
* * ** * * * * * *
191317 ATGGATGGCTTTTGCAGAATGTTTCCTAAAGTA-AGCATTCAATTACACTATATTTTATCCCAAA
255 ATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGA-CATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAA
* * * * ** * *
191381 ATGTAAAAAAATTTAA-TATAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGATAATAATAAA
319 ATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * *
191445 GCTTTAG-AACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCGAATGAATAGCTTTTTCTTCAAG
383 GC-TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATG
* * * * * *
191509 TTTTCTGA-GCTAGACGTTCAAATATAAT-T-TCTTTACACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
446 TTTCCTAAGGC-AAACATTCAATTATAATATAT-TTTA-ACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTT
191571 AAAAT
506 AAAAT
********* * * * ** * **
191576 CAA-TANNNNNNNNNNAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAAGTGTGGGTGA-CTA
1 CAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTA
** * * * * * *
191639 TAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-CAAACATTCAATTA
* * * * * * * *
191704 TTATCTATTTTAA-CTAAAAATATTAAA-AATTCAACTTAAATTTAATTATAAGATTATAAAACC
129 TAATATA-TTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * *
191767 ATTTAAAG-TGAGTAATAGGGCTTTAGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAATTTTTCTTAATAAT
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
* * * * * * * * * * ** *
191831 CGATGGCTTTATCATTACGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAATATACTTTAATAAAAAATA
257 GGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * * *
191896 TAAAAAAATAT-AATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
322 TAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-
* * * * *
191960 TTGGAAA-GCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTGGATTTT-CTTCACGTT
385 TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-TGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * * * * *
192023 T-CTGGAGGCATATATTCAAATATAATCTATTTTAATTAAAAACGTAAACAAATTCAACTTAAAA
448 TCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAA
192087 T
510 T
* * * ** * * * *
192088 CAATAATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGTAGGGGTGA-ATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* ** * * * *
192152 AAATGGACTTTTGTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACACTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-CAAACATTCAATTAT
* ** * ******
192217 AATATGTTTTAATCAAAAATACAAAA-ATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNN
130 AATAT-ATTTAATCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
**** * * * * * *
192281 NNNNAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCA-ATGGCTTAGGTG-GTAATACATGGACTTTTCTCACTGA
193 TTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACTAA
* * * * * * *
192343 TAGATGGCTTTTGCATCATTTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAACCATAAAA
256 TGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCA-AAAA
* * * * ** *
192408 -GTAAAAAACTTCAACTTAGAATTAATTATGGGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
320 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * **
192472 TTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAAGGAATGAG-TTTTTCTTCA-CAT
385 TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATG-GCTTTTGCTTCATGTT
* ** * * * **
192535 TCCAAAGGCAAATGTTTAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAAT
448 TCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
192600 CAATAATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATGGGTGA-ATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
** * * *
192664 TTATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGC-TTTTCTTTCATGTTTCTCT-AGGAAAACACTCAATT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCT-TGA-GCAAACATTCAATT
* * ********* * *
192727 ATAATCTGTTTTAA-CTANNNNNNNNNNAA-AATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAGA
128 ATAATAT-ATTTAATC-A-AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
192790 CCATTTTAAGC-GAGTAATTAGGCTTTCA-AAGGCTAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATT
190 CTATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT
* * ** * * * * * *
192853 AATGGATGGCTTTTGCAAAATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTACACTATATTTTATCCAAAA
254 AATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAA
* * * ** *
192918 ATGTAAAAAAATTCAA-TATAAAATTAAATATGAGACTAT-AAACCATTTAAAGATAATAAT-AG
319 ATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
192980 AGCTTTAG-AACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAATGAATAGCTTTCT-CTTCA
383 -GC-TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTT-TGCTTCA
* * * * * *
193043 TGTTTCCTGAGCCAAACAATCAAATATAAT-T-TCTTTACACCAAAAATGTAAAAATATTCAACT
444 TGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT-TTTA-ACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACT
193106 TAAAAT
505 TAAAAT
* * * * * ** * *
193112 CAATAATGAGTTTATAAAACCATTTAAATCGTGCAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGT-AACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * * * * * * * *
193176 AAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTCCTAAGACAAACACTGAAATAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-CAAACATTCAATTAT
* * * ********** *
193241 TATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCA
130 AATATA-TTTAATCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * *
193305 TTTAAAG-TGAGTAAT-AGGACTTTAGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGATTTTTCTTAGTAAT
193 TTTAAAGCTGAGTAATAAGG-CTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
* * * * * * * * * **
193368 GGATGGCTATATCATCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATG
257 GGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * * * * * *
193433 T-AAAAAATTTAATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAGAGCCATTTAAAGAGTGTAATAAGGCTT
322 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
193497 TGGAATGCATGGGTGAATATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATTGGATTTT-CTTCACGTTT-
387 AGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-TGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * * *
193560 CTGGAGGCATACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
450 CT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
193624 CAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AATGTATAGATGA-ATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-ACAAGGCATGGGTGATCTA
* * *
193687 TAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAAACATTCAATTA
* * * * * *
193752 TAATCTGTTGTAA-CTAAAAATATAAAA-ATATTCAAGTTAAAATCAATAATGAGATTATAAGAC
129 TAATATATT-TAATC-AAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * *
193815 CATTTAAAGC-GAGTAAGAAGGCTTTCA-ATGGCTTGAGTGGCAATATAT-AACTTTTCTCACCA
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTA
* * * * * * ***
193877 ATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATTGTAAA
255 ATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA-CCAAAA
* * * * *
193942 A-GTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGCGTGTGATAAGG
319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * * * *
194006 CTTTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGAG-TTTTTCTTTATAT
384 CTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATG-GCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * *
194070 TT-CTAGAGGCAGACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAACATGTAAAACAATTCAGCTTAAA
447 TTCCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA-A-ATAAAAAAATTCAACTTAAA
194134 AT
509 AT
* * * * * * *
194136 CAATAATGAGTTTACAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTAAAATGCATGGGTGA-ATAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * * * ** * **
194200 AAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCTAAAGCAAACACTCAAACAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGCAAACATTCAATTAT
* * * * * * * **
194265 AATCTATTTTAA-CTAAAAATAATAAAA-AAATCAA-TT---ATGAGATTTTGAGATTTTGAGGC
130 AATATA-TTTAATC-AAAAAT-GTAAAACAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
194324 CATTTAAAG-TGAGTAATAGGGCTTTCA-AAGGCTTGGGT-AGCTATACATGGACTTTTCTTGCC
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACT
* * * * * * * * * * * * *
194386 AATGAATGGCTTTTGCATCACGTTTCATAATGTAAACACTCAATTACACTATATTTTATCCAAAA
254 AATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAA
* * * * * * *
194451 ATATAAAAACATTCAACATAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAGGCTCA-TAATAAA
319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAG
* * ** * * * *
194515 GCTTTAG-AACGCATGGGTGACTACAAATAAACTTTT-TTGGCGAATGAAAT-ACTTTTTCTTTA
383 GC-TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATG--ATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * *
194577 TGTTTCCTAA-GCTAGACATTTAAATATAAT-T-TGTTTACCCCAAAAATGTAAAAACATTTAAC
444 TGTTTCCTAAGGC-AAACATTCAATTATAATATAT-TTTA-ACTAAAAA--TAAAAAAATTCAAC
194639 TTAAAAT
504 TTAAAAT
* * ** * ** ***********
194646 TAATAATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-ANNNNNNNNNNCTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * ** *
194710 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAATAT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-CAAACATTCAATTAT
* * * ******** *
194775 TATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAA-ANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGATATTATAAAAC
130 AATAT-ATTTAATC-AAAAATGTAAAACA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
194838 TATTTAAAG-TAAGTAAT-AGGACTTT-GAAAGG-TATGAGTAACTATAAATAGACATTTCTTGC
191 TATTTAAAGCTGAGTAATAAGG-CTTTAG-AAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * * * * * * * **
194899 CAATAAATGGCTTTTTCGTCATGTTT-CTTAAGATAGAGATTCAAATATTATCTGTTCTAATAAA
253 TAATGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAG-CAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAA
* * ** * * *
194963 AAATGTAAAACAATTCTACCAAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAA
317 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * **
195028 GGCTTTA-AAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAGTGACTTTTTTTTCAT
382 GGC-TTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-TGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * * * *
195092 GATTCATGAGGCAGACATTTAATTGTAATATGTTTTATCTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
445 GTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAA
195157 AAT
508 AAT
*********** * * ** *
195160 CACNNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGTGTGGGTTA-CTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * ** * * * * *
195224 AAATAGATTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTTGAA-TG
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGCAAACA-TTCAATTA
* * * * *
195288 TAATTTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACC
129 TAATATA-TTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
********** * * * * *
195352 ATTTAAAG-NNNNNNNNNNGGCTTTTGAA-GATATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAA
** * * * * * * ***
195415 T-GAGTGACTTTTTTTTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTATGTAAAA
256 TGGA-TGAC-TTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAA
* * * *
195479 ATATAAAAAAAATCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
319 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * * * *
195543 GCTTTCAAAGG-TTAGGGTGGCTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GCTTTTGCATCATG
383 GCTTAGAAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATG
* * * * * *
195606 TTTCCTGAA-GCAGACACTT-AATTACACTATATTTTATCTACAAATGTATAAAAATTCAACTTA
446 TTTCCT-AAGGCAAACA-TTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAA-ATAAAAAAATTCAACTTA
195669 AAAT
507 AAAT
* ********** ** * * *
195673 CACTTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGATGA-CTCT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * * ** * * *** * *
195737 AAATGGAGTATTCCTATTAATGAATAGCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTGT
66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-CAAACATTCAATTAT
* * * * * ********
195802 GATATATTTGAACCAAAAGTGTAAAA-AATTTATCTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNN
130 AATATATTT-AATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
** * * * * * * *
195866 NNAAAGC-GAGTAATAAGGCTTT-GAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATG
194 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATG
* * * * * * * * * * * * * * * **
195929 AATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCTAAGGTAAATAGTCTATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATAC
258 GATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * ********** * * *
195994 AAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGACTTT
323 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTA
* * * ** ** ** * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * * *** *** * **
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66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGCAAACATTCAATTAT
* * * * * *
196312 AATCTGTTTTAA-CACAAAATGCAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACC
130 AATAT-ATTTAATCA-AAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * *
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192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTA
* * * ** * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
196633 CCTGAA-GCAGACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTCAAAAAGTTCAACTTAAAAT
449 CCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** ** * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTACAAGGCATGGGTGATCTAT
* * * * * *
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66 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-G-CAAACATTCAATTA
* * * * * *
196822 TAATCTGTTTTAA-CCAAAATATAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
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* * * * *
196885 ATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCT-A
192 ATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTAA
** * * * * * *
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256 TGGATGACTTTTTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAAT
* * ** ** *
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321 GTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * *
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* * * * * * *
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197199 T
510 T
* * ** * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAC-AAGGCATGGGTGATCTA
* ** * * * * * * * *
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* * * * * *
197325 TTGTAATATGTTTTAA-CTAAAAATGGAAAAAAATTAAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAA
126 TTATAATAT-ATTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** ** * * * * * * *
197389 ACCGTACAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATGGGTGAATATAAAAGGACTTTTCTTGCC
189 ACTATTTAAAGCTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT
* * ** * * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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381 AGGCTTAGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * *
197645 ATTTCTTAAGGCAAACACTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
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508 AAT
* * * * * * *
197713 CAATTATGAGAGTATAAAACCATATAAAGTGAGTAATATGACTTTTA-ATA-GCTTGGGTG-GCT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTACA-AGGCATGGGTGATCT
* * * * * * * * * * *
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** * * *
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*
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Statistics
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ***
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* * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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258 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-TCTAGA
* * ** *
178819 AATGGACTTTTCTTATCAATTAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCCAGACATTCAAATATA
322 AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATA
* ** * *
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387 ATAT-TTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
********** *
178949 TAAAGTGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT
450 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * *
179014 AGCTTTTGTATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAACTCTAATATATTTTAACAAAAAATATAAA
515 AGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA
** * *
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*
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* * * *
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* * *
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63 -ATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * * * * * *
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* * * * *** * *
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* *** * *
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254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGT-
* * * * * * * ***
179497 CT-GTATATAGACTTTTCTTGTCAATTG-ATAGCTTTTGCATCATATTTC-CTAAAATAGACATT
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* ** * * *
179559 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAGGCTA-AAAAT-ATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
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* *
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440 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * **
179687 GCTAATGGATAGCTTTTGCATCACAATTCTTGTAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
505 GCCAATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CA
* * *
179752 AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
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* ** * * * * *
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* * *
179927 TGTAAAATAATTAAACTTAGAATCAGTAATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
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* * ** * * *
179992 TTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGATAATGGATGGCTTTTCCATCATATTT
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* * * * *
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* * * * * *
180121 ATCAATTATGAGATTATCAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGAATAGGTGACTA
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCTA
* * **
180186 TAAAT-GACTTTTCTTCTCAATGAATGATTTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGCAGACATTCAAAT
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* * * * *
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384 ATAA--TATTTTGCACAAAAATA-TAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
** * * * * * *
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446 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * **
180377 GGATGGCTTTTGCATCAGGTTTCCTAAAGAAAACATTCAATTATAATATACTTTAATGAAAAATG
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* * * * *
180612 GTAAAATAACTGAACGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
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* * * * *
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* * * * * * *
180741 CTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTTATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATC
193 CTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-
* * * * * * *
180806 CAA-TATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTGGCTATA
257 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCTAGA
* *
180870 AATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGCAAACATTCAAATAT
322 AATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATAT
* * * * * *
180934 AATCTCTTGACACTAAAAATGTAAAATAATTCAA-TGTAAAATTAGTAATGAGATTACAAAACCA
386 AATATTTTG-CAC-AAAAATATAAAATAATTCAACT-TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * *
180998 TTTAAGGTGAATAATAAGGCTCTAAAACG-TATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
448 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
181062 GATAGCTTTTGCATCACGTTTTCTAAAGTAGACATTCAAGTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
512 GATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT
* *
181127 AAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCT
577 AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCT
* * *
181191 TTGGAATGCATAGGTGGATATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
640 TTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * *
181232 GGGACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAATCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTA-AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * ** ** *
181297 GCGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAATAATTTAAAATGAGTATTAAGGCT
65 G-TAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * ***
181362 TTGAAATGCATAGGTGAATATAAACAGACTTTTCATGCAAAT-GAATGGCTTTTTTTTCATGTTT
129 TTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGTTT
* * * * * *
181426 CTTGAGGCAAACACTCAAG-TATAGTCTGTTTTAA-ATAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAA
193 CTTGAAGCAAACATTC-AGTTATAATATATTTTAACAT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
181489 TCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-ATA-GCTTGGGTGGCT
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGA-AGGCATGGGTGTCT
* * ** * * * * * * *
181552 ATACATATACTTTTCTTACCAAT-AGATAGCTATTACATCACATTTTCTGAA-GCAGACATTTAA
319 AGAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCTCAAGGCAGACATTCAA
* ** * * ** * *
181615 TTATAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAA-ACATTTGACTTAAAATCAA-ATGTGAGATCATAA
382 ATATAATAT-TTTGCA-CAAAAATATAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAA
* * * * * * * *
181678 AACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTGAAAGACATGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCC
443 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * * * * * *** *
181743 AATAAATAGCTTTTTCTTCATGTCTGC-AAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTGGCACTAAA
508 AATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
* * * * * *
181807 AATATAAAACAATTTAA-TGTAAAATCAGTGATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATA
572 AATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** *
181870 AGACTTTAGAAGGCATGG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
635 AGGCTTTGGAATACATGGTG-AA-TATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * *
181916 T-AGATAGCTTTTGCATT-ATACTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-C---
1 TGA-ATGGCTTTTTC-TTCAT-GTTTCT-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
181974 ----T-AAAAATTTAACTTAAAATCAAGT-ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAAAAG
62 AATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * * * * * * *** *
182033 GCTTTGGGATGCATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGGTTTTTTTTTTCAC
126 GCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGAT-GG-CTTTTGCATCAT
* * * ** * *******
182098 GTTTCTAGAGGCAAACAATCAAATATAATCTATTTTAACCA-AAAATATAAAAAAATTNNNNNNN
189 GTTTCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAA-CATAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
*** * * * * * **
182162 NNNTCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTAGAATGCATAGGTGAA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTC
* * * * ** * * ** ** * * *
182227 TATAAGTGAACTTTTTTTGCCCATGAATGGCTTTTCCTT-ATGTTTCTTGAGGCAAACAGTCAAT
318 TAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAA
* * ** ********* * ** *
182291 TATAGTCTGTTTTAATCNNNNNNNNNNAAA-GATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-TGTATAAG
383 TATAATAT-TTTGCA-C-AAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT-TATAAA
* * * ** * * * *
182354 ACCATTTCAAGTGAGCAACAAGGCTTTCAATTGCTTGGGTGGCTATATATGGGCTTTTCTTGTCA
444 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * *
182419 ATGGATAGCTTTTGCATAACGTTTTCTAAAGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
509 ATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA
********** * ** *
182484 A-GTAANNNNNNNNNNCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAATGAGAAATAAG
573 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
** ** * * * **
182547 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGGCAA
637 GCTTTGGAATACATG-GTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * *** * * * * * *
182591 TGGATGGCATTTGAATCATGTTTTCTTAA-GCAAACATTCAATTATAATATATGTTAATCAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* ** ** * * * * *
182655 GGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTGTGAGAGTCTAAAACTATTGAAAGCGATTAATAAGGC
64 TGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
182720 TCT-AGAAGGCATGGGTTACTATAAATCGAATTTTCCTGCAAAT-GAGTGG-TTTTGC-TCATGC
128 TTTGA-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGA-TGGCTTTTGCATCATGT
* * * * * **
182781 TTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATC-TAGAAATATAAAAAACGTCAACTTAAA
191 TTCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
182845 ATCAATTACGAGATTTTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG-TTAGAGAGAC
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGTC
* * * * * ** * *
182908 TATAAGTGGACTTTTCTT-TGCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGTAGACATTCA
318 TAGAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCA
* * * * * * * *
182971 ATTACACTATATTTTATC-CAAAAATGTAAAAACAAATCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATA
381 AATATA--ATATTTT-GCACAAAAATAT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
* * *
183035 AAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTAT-AGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
442 AAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * *
183098 GCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATTTCTTTTCACC
505 GCCAATGGAT-AGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACA
* * * *
183162 AAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAAT
569 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
*** * * *
183227 ATA-GCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-AAGCTAA
634 A-AGGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTA-CCAA
* ** * * * * * ** * * * *
183274 TGGATGGCTTTGGCATCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAGTTATCATATATTTTAACCCAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
183339 GTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATCATGACATCATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-
65 GT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
183402 TTGAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAATGGTTTTTTCTTTATGTTT
129 TTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGTTT
* * * ** *** * * ** * *
183466 C-TCAAGGTAAACAATCAAATATAATCCGTTTTCAC-CAAAACGTAAAACAATTTAACTTAAAAT
193 CTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * * *
183529 CAA-TAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTGGAAGGTATGGGTGAT-TAT
257 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-TCTAG
** * * * * *
183592 AAATGGACTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTAT-ATCACGTTT-TCAAAAGCAGACATTC-AAT
321 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT
** * * * *
183654 AATAATATATTTTAACCATAAAAGTA-AAAA-AATTTAACTTAAAATTAATTAT-AGTGTTATAA
384 -ATAATAT-TTTGCA-CA-AAAA-TATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG-ATTATAA
* * * * * * * * *
183716 AACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTCTAAAATGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCC
443 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * * * * ** *
183781 AATGAATGGGTTTTCCTTCACGTTT-CTAGAGGTAAACATTTAAATATAATCTGCTTTAACTAAA
508 AATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTA-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
* * *
183845 ACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGATATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAA
572 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
183909 GGCTTTGGAATGCATGGGTGAAAAGAAATAGACTTTTCTTACCAA
636 GGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * *
183954 TAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * * *
184019 GTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATCAGACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCT
65 GT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * * * * * *
184084 TTTAATGACTTAGGTGGCAATACATGGACTTTT-TCAGCTAATGGATGGCTTTTTCATC-TCGTT
129 TTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATAGATGGCTTTTGCATCAT-GTT
* * * * * * *
184147 TCCT-AATGTAGATATTCAATTATAATATATTTTACCATAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAA
192 TCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * **
184210 TTAATTATGGGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAATGCATGGGTGAATA
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGTCTA
* ** ** * * * *
184274 GAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTC-AAGAGGTAAACGTTCAAA
320 GAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACATTTCTCA-AGGCAGACATTCAAA
* * * * ** * *
184337 TATAATCTATTTT-AACCAAAATGTAAAAAAATTCATTTTAAAATCAATAACGAGTTTATAAAAC
383 TATAA--TATTTTGCACAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
** * ** ** * *
184401 CATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTGGAATGAATGAATGAATATAAATGGACTTTTCTTGACAA
446 CATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * * * * * *
184465 TGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATAATTTAACCAAAAAT
510 TGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * * ********** * * * *
184530 GT-GAAAAATTTAACTTAAATTCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGATTAATACGACT
575 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * ** *
184594 TTGAAAGGCATAGATGGCTATAAA-GGAACTTTTCTTGCCAA
640 TTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGG-ACTTTTCTTACCAA
* * * * * * ***
184635 TGAATGACTTTTTCTTCACGTCTGCTAAGGTAAATATTCAAATATAATCTGTTGGCACCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
184700 ATAAAATAATTCAA-TGTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAGCCATTCAAAGGGAGTAATAAGG-
65 GTAAAA-AATTAAACT-TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
184763 TATTAGAATA--CATGGGTAACAATAAATGGACTTTTCTTGCAAAT-GAGTGGCTTTTTCTTCAT
128 T-TT-GAA-AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGA-TGGCTTTTGCATCAT
* * *** ** * ** * ** *
184825 ATTTCATG--GGTGAC--T-A--TA-AATGGACTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTC
189 GTTTCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATA-TTTTAA--CAT---AAAATATAAA-AAAATTC
** * * ** * * * * * * **
184882 TTCTATCAATGAATGGCTATTTCTTCCTGTTTCCTAAGACAAACATTGAATTGTGA-TATATTTG
247 AACT-T-AA--AAT--C-AATT-AT-GAGATT-AT-A-A-AACCATTTAA-AGCGAGTA-ATAAG
* * ** **** * * * *
184946 AACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAG-AATGAGA-TTATAAAACTAATAAAAGTGA
297 -GCT-----T-T--AGAAGGC-A-TGGGTGTCTAGAAATG-GACTT-T---TCTTAT-CAA-T--
* * * * * *
185009 GTAATAAGGCTTTGGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTC
342 G-AAT--GGC-TT------T-T---T--C--T---T-CACATTTC-T-C-AAGGCA-GAC-ATTC
* * * * * * ** * * *
185074 --CT-TCATGCTTCCTAAGGCA-AACACTACATTATAATATATTTTTACTAAAAATGTAA-AA-C
380 AAATATAAT-ATT--T--TGCACAA-A--A-A-TATAAAATAATTCAACTTAAAAT-CAATAATG
* * * ** * * *
185133 A-ATTCAGCTTAAA--A-TCAATTA-TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGGCTTGGGTGAATATAA
434 AGATT-A--TAAAACCATTTAA--AGTGA-GTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * * * **
185193 ATGGACTTTTCTTGGCAA-CGAAAGGCTTTTGCACCACG-TTCATTGAAGCAAATTTTCAATTAT
492 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA-GCTTTTGCATCACGTTTC-CTAAAGCAGACATTCAATTAT
* * * * * *
185256 AGTATATTTTAAACTAAAAATGCAAACAAATTCATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTA
555 AATATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * ** * * * *
185321 TTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATGGTTGACTCTAAATGAAATTTTCTTACCAA
619 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGG-TGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * *
185383 TGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCCTGAGGCTGAAATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-CAAAAA
** * * * * * * * *
185448 TACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTTTAAGACCATTTAAAGCAAGCAATAAGAC
64 T-GTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
185513 TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GAATGGCTTTTGCATCACGTT
128 TTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGTT
* * *
185577 TCCTT-AAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-TAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTGA
192 T-CTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAT-AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
185640 AATTAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTCA-AAGGCATGAGTGAC
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGTC
* * ** * * * ** * * *
185704 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACTTTCAAA
318 TAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAA
* * ** * * * * *
185769 TGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATGATTCATCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAC
383 TATAATAT-TTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* ** * * *
185834 CATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTCTAAATAGACTTTTCTTGTCAAT
446 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * * *
185899 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGCTGACATTCAAATATAATCTATTTTAAGAAAAACTG
511 GGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATG
* * * **********
185964 CAAAATAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTT
576 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** ** * * * * *
186029 TCAAAGGCTTGGAAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAA
641 TGGAATACATGG-TGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * * * *
186069 TGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAA-GCAGATATTCGATTATAATATATTTTAATCAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-T-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA-
* *** * * * * * * * *
186133 AT-AAAAAAATTCTTCTTGAAATTAATTATGAAATTATAAAATCATTTCAAGCAAGTAATAAGGA
63 ATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * *
186197 TTTCAAAAGCACGGGTGACTAAAAATAGACTTTGCTTGTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTT
128 TTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGTT
* * ** * * * *
186261 TCTT-AAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-CAAAAT-TGAAAAAAGATTCATCTTAA
192 TCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATAT-AAAAAA-ATTCAACTTAA
* * * * * **
186323 AATCGATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGATAAC
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGTC
* * * * * *
186386 TATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAA
318 TAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAA
* * * * ** * ******
186451 TATTATCTATTTT-AACCAAAAATGTGAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNN
383 TA-TA-ATATTTTGCA-CAAAAATAT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
**** * * *
186515 NNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAACA-GCTTGGGTAACTATAAATGCACTTTTCTTGCT
444 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
186579 AATGGATGGCTTTTGCATCACATTTTCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
508 AATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA
* ** * *
186644 ATGTAAAAAAAATCAACCGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATTAG
573 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * *
186708 GCTTTAGAAGGCATAGGT-AACTATAAATAGACTTTTCTTATCAA
637 GCTTTGGAATACAT-GGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * *
186752 TGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACACTT-AAATATAATCTGTTTCAACTAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACA-TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* ********** * *
186816 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
64 TGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
186881 TTTGGAAGTCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTT
128 TTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGTT
* ** * * * * * *
186945 T-TTCAAGGCAAACACACAATTATCATCTATTTT--TATGAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAA
192 TCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAT-AAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAA
********** * * * * *
187007 AATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCA-ATGGCTTGGGTGAC
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGTC
* * ** * * * **
187071 TATAAATGGACTTTTATTGCCAAT-AGATGACTTTTGCATCACATTTC-CTAAAACAGACATTCA
318 TAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCA
* * ** * * *
187134 ATTACAATATATTTTAATCAAAAA-AGTAAAA-AAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
381 AATATAATAT-TTTGCA-CAAAAATA-TAAAATAATTC-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
* * * * *
187197 AAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGC-AAGGCATT-AGTAACTATAAATGGACTTTTCAT
442 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * * * *
187260 GCCAGA-AAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAAGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAC
505 GCCA-ATGGATAGCTTTTGCATCACG-TTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* * ********** *
187323 -AAAAATGCAAAAAACTTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGTTGAGTA
568 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CGAGTA
* ** * * * * * ****
187386 ATAAGACTTTCAAATGCTTGGGTGACTATACATGGACTTTTCATAGTGG
632 ATAAGGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* *** * * * * * * * * *
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1 TGAATGGCTTTT-TCTTCATG-TTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *********** *
187499 AGTAAAAAAAAATT-AACTTAAACTCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
64 TGT---AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * *
187563 ACTTTAAAAGGCGTGGGTGGCAATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATG
126 GCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATG
* * *
187627 TTTCTTGAAGCAAACATTCAATTATAATATTTTTTAAC-TAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAA
190 TTTCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * * * * * * *
187691 AATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTAAAAAGCATGAGCGACT
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCT
* ** ** * * ** * ** *
187756 ATAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTTGTACAACACATTTCCCAAGGTGGACATTCAAT
319 A-GAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAA
* * * * * * * *
187821 TATAATATATTCT-AACAAAAAGTAGAAAAAAATTCAGCTTGAAATCGATTATAAGATTATAAAA
383 TATAATAT-TT-TGCACAAAAA-TATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* ** * * * * * *
187885 CCATTTGAAGCAATTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTATACATGGATTTTTCATGTCAA
445 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
187950 TGGAT-GACTTTTGCATCATGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA
510 TGGATAG-CTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
** * * * * *
188014 ACTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC
574 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** * * * *
188079 TTTTAAAGGCTTGGATGACA-GTGAATGGACTTTTCTTGCCAA
639 TTTGGAATACATGG-TGA-ATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * * * * *
188121 T-AGATAGCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA
1 TGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * * * *
188185 TGTAAAAAACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGC
64 TGTAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * *
188250 TTTGGAAGGCATGTGTGAATATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAAT-GAATGGTTTTTTCTTAATGT
128 TTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGT
* * * ** * * * * *
188313 TTC-TCAAGGTAAACATTAAAATATAATCTGTTTTAA-TTAAAATATAAAATAATTAAACTTAAA
191 TTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * **
188376 ATTAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTAACT
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGTCT
* * ** * * * * *
188440 ATAAATGAAC-TTTCTTGCCAATGGAA-GGCTTTTGCATCACATTTCTTGAA-GCAAACATTCAG
319 AGAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACATTTC-TCAAGGCAGACATTCAA
* ** * * * * * * * *
188502 TTATAATATATTTTAATTAAATATAAAAAACAATT-AACTTAATATCAGTTATGAGATTGTAAAA
382 ATATAATAT-TTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* * * * * *
188566 CCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
445 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
** * * * * ** * * * * * *
188631 TAAATTA-CTTTTTCTTCACATTTCCCATCGTAGATATTCAAATATAATCTATTTTTATAAAAAA
510 TGGA-TAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
* * * * *
188695 TGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAGACCATTTAAA--GAGTAATAAGGC
574 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** * * * * *
188758 TTTTAAAGGCTTAGGTGGATATACATGGACTTTTCTCATCAA
639 TTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * **
188800 TGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-T-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * * * * * * * * *
188864 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAGT-TTAAGATCATCAAACTATTTAAAACGATTAATAGGG
64 TGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * * * * * *
188928 CTTTGGAAGGTACGAGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACTAAT-GAATAGCTTTTTCTTCATGT
127 CTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGT
* * ** ** * * *
188992 TTCCT-AAGGTAGCCATTCAAATATAATCTGTTTTTAC-TAAAA-ATGAAAAACAATTCAACTTG
191 TTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTT-
* * * * * * **
189054 AAAAT-AGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTAGAAGGTATGAGTAA
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGT
* * *** * * * * * *
189118 CAATAAAAAAACTTTTCTTA-CTAATGAATAGCTTTTGT-ATCACGTTTCTTAAAGCAAACATTC
317 CTAGAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTT-TCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * * * * ** *
189181 AATTATAGCATATTGT-AACCAAAAATGTAAAACAATTTAGGTTAAAATCAATTATGAGATTATA
380 AAATATA--ATATTTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
* * * * * * * * *
189245 AAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGC-TTCAGAACGCATGTGTGAATATAAATGAATTTTTGTTG
442 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** ** * * * * * * * * *
189309 AGAATAAATTAG-TTTT-CTTCATGTTT-CTGGATGCAGGCATTTAAATATAATCTATTTTAACT
506 CCAATGGA-TAGCTTTTGCATCACGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACA
* ** * *
189371 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
569 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
189436 AAGGCTTTGGAATGCATAGGTGAATATAAATGGACATTTCTTGCCAA
634 AAGGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * *
189483 TGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
189547 ATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACAT
65 GTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * ** * * * * * *
189612 TCAATGGCTTAAGTGGCTATACATGGACATTTT-TTGCCAATGGATGACTTTTACATCATGTTTC
130 TGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCATCATGTTTC
* * * * * * *
189676 CTAAAGCAAACATTCAATTGTAATATATTTTAATGA-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
194 TTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAA-CATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * * * *
189740 AAATATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCTATTAATAAGGCTTTGGAAGCCATGGGTGGCTATAA
258 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCTAGAA
* * * *
189805 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCT-AAGGCAGACATTCAAATATAA
323 ATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAA
* * * * ** * *
189869 TCTGTTTTCATAAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAAACAGTAATGAGATTATAAAACCATTT
388 TAT-TTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
** * * **
189934 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAA---------GA-TAT---CGG-------TAACCAATGGATA
451 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * * * *
189979 ACTTTTGCATCATGTTTCCTAAAACAGACATTCATTTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAA
516 GCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAA
* ********** * * **
190043 AAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
580 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGA
** * * * * *
190108 AGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAA
645 ATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * *** * * * * * * ***
190144 TGGAT-GATATTTGAATCACGTTTTTTGAA-GAAAACATTC-AATCATAATATATTTTAATTGAA
1 TGAATGGCT-TTTTCTTCATG-TTTCT-AAGGCAGACATTCAAAT-ATAATCTGTTTTAACCAAA
** * *
190206 AATGTAAAAACATTTTACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACC-TTTGAAAGTGAGTAATA
62 AATGTAAAAA-ATTAAACTT-AAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATA
* * * * * * * *
190269 AGGTTTTGGAAGGCATGTGTTACTATAAATAGACTTTTCCTGCAAAT-GAGTGACTTTTTGC-TT
124 AGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGA-TGGC-TTTTGCATC
* * * * * * * *
190332 ACGTTTCATG-GGATAAAAATTCAATTATAATATATTTTATC-TAAAA-ATACAAAAAAATCAAC
187 ATGTTTCTTGAAG-CAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATA-AAAAAATTCAAC
* * * *
190394 TTAAAATCAATTACGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AACGC-TAGA
250 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GG
* * * * * * ** * *
190457 GAGGCTAAAAATAGACTTTTCTTGA-CAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGTTTC-CTAAAGCAAA
313 GTGTCTAGAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGA
* * * * * *
190519 CATTCAATTATCATATATTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACA
375 CATTCAAATAT-A-ATATTTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
* * * **
190583 TCATAAAACCGTTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGGACTT
437 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
190646 TTCTTGTCAACGAATAGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAAAGCAAACATTCAAATATAATTTGTTT
500 TTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATAT-ATT
** * * * * *
190710 TTTGC-AAAAATGTAAAACAATTCAAC-TAAATATCAGTAAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGC
563 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
**
190773 GAGTAATAA-------G-----A---T---TATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
627 GAGTAATAAGGCTTTGGAATACATGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * ** * * * ********
190808 TGGATAGCTTTTGCATCACT-TTTCTTGAA-ATAGACATTCAATTATAATATATTTTNNNNNNNN
1 TGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTC-T-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
**** * * * * *
190871 NNAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-ATTTG-G-CTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGA
63 ATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * * *
190933 CTTTGGAATGCATGGGTGAGTACAAATAGACTTTTCTTG-CTATTGAATGGGTTTTTCTTCATGT
127 CTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGT
** * * * ** * * *
190997 TTC-CAAAGGCAGATACTCAAATATAATCTGTTTTAAC-TAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAA
191 TTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ********* ** * * **
191060 AATCAATAAT-ANNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGGAATGTATGGGTGAA
254 AATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTC
* * * * * * ** * * *
191124 TATAAACGGACTCTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTC-CTAAGGCAAAAACTCAA
318 TAGAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCAA
* * * * *
191188 TTATAACCTGTTTT-AACCAAAAATATAATAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
382 ATATAA--TATTTTGCA-CAAAAATATAA-AATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
* * * * * ** ** **
191251 GACCATTTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGTCTAAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGGT
443 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * * * * **
191316 AATGGATGGCTTTTGCAGAATGTTTCCTAAAGTA-AGCATTCAATTACACTATATTTTATCCCAA
508 AATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
* * * ** *
191380 AATGTAAAAAAATTTAA-TATAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGATAATAATAA
572 AATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *** * * * *
191444 AGCTTTAGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCGAA
636 GGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * *
191489 TGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCTGA-GCTAGACGTTCAAATATAAT-T-TCTTTACACCAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGC-AGACATTCAAATATAATCTGT-TTTA-ACCAAA
* ********** *
191551 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATANNNNNNNNNNAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAA
62 AATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AA
** * * * *
191616 GTTTTTGAAAGTG--TGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAAT-GAATGGCTTTCT-CTTG
125 GGCTTTGAAAG-GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTT-TGCATC
* * ** * * *
191677 ATGTTTCCT-AAGATAAACATTCAAATATTATCTATTTTAAC-TAAAA-ATATTAAAAATTCAAC
187 ATGTTTCTTGAAG-CAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATA-AAAAAATTCAAC
* * * * *
191739 TTAAATTTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTAGAAGGCATGGGT
250 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGT
* * * * * * *
191804 GGCTATAAATGAATTTTTCTTAAT-AATCG-ATGGCTTTATCATT-ACGTTTC-CTAAGGTAGAC
315 GTCTAGAAATGGACTTTTCTT-ATCAAT-GAATGGCTTTTTC-TTCACATTTCTC-AAGGCAGAC
* * * * * * * * *
191865 ATTTAATTATAATATACTTT-AATAAAAAATATAAAAAAATAT-AATTTAAAGTCAATTATAAGA
376 ATTCAAATATAATAT--TTTGCA-CAAAAATATAAAATAAT-TCAACTTAAAATCAATAATGAGA
* * * * *
191928 TTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTGAATATAAATAGACTTT
437 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * *
191992 TCTTGCCAATGAATTGGATTTT-CTTCACGTTT-CTGGAGGCATATATTCAAATATAATCTATTT
501 TCTTGCCAATGGA-TAGCTTTTGCATCACGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTT
** * * * * * *
192055 TAATTAAAAACGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGCGA
564 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
** * * **
192120 GTAATAAGGCTTTGGAATGTAGGGGTGAATATAAATGGACTTTTGTTGTCAA
629 GTAATAAGGCTTTGGAATACA-TGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * *
192172 TGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
** * * * **********
192237 ACAAAAATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCT
65 GTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * ** ** *
192302 TTCAATGGCTTAGGTG-GTAATACATGGACTTTTCTCACTGATAGATGGCTTTTGCATCATTTTT
129 TTGAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCATCATGTTT
* * * * * * * * *
192366 CCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAACCATAAAA-GTAAAAAACTTCAACTTAGAAT
193 CTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAA-CATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * * * ** *
192430 TAATTATGGGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATA
257 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCTAGA
* * * ** *
192495 AATGGACTTTTCTT-GCTAAGGAATGAG-TTTTTCTTCACA-TTC-CAAAGGCAAATGTTTAAAT
322 AATGGACTTTTCTTATC-AATGAATG-GCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCAAAT
** * * ** * *
192556 ATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATAATGAGTTTATAAAACT
384 ATAATAT-TTTGCAC-AAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
** * * * ** *
192621 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATGGGTGAATATTTATGGACTTTTCTTACCAAT
447 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** * * * * * * * * * * ****
192685 AAATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCTCT-AGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTANNNN
511 GGATAGCTTTTGC-ATCACGTTTC-CTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
****** * * * * *
192748 NNNNNNAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAGACCATTTTAAGCGAGTAATTAGGC
574 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** * * * **
192813 TTTCAAAGGCTAGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
639 TTTGGAATAC-ATGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * *** * * * * * * * * *
192855 TGGATGGCTTTTGCAAAATGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTACACTATATTTTATCCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * ** *
192920 GTAAAAAAATTCAA-TATAAAATTAA-ATATGAGACTAT-AAACCATTTAAAGATAATAAT-AGA
65 GT-AAAAAATTAAACT-TAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-
* * * * * *
192981 GCTTT-AGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAAT-GAATAGCTTTCT-CTTCA
126 GCTTTGA-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTT-TGCATCA
* * ** * *
193043 TGTTTCCTG-AGCCAAACAATCAAATATAAT-T-TCTTTACACCA-AAAATGTAAAAATATTCAA
188 TGTTTCTTGAAG-CAAACATTCAGTTATAATATAT-TTTA-A-CATAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
193104 CTTAAAATCAATAATGAGTTTATAAAACCATTTAAATCGTGCAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGG
249 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGG
** * * * * ** * *
193169 TAACTATAAATAGACTTTTCTTA-CTAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTC-CTAAGACAAACA
314 TGTCTAGAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACA
* * * * * **********
193232 CTGAAATATTATCTATTTT-AACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGAT
377 TTCAAATA-TA-ATATTTTGCA-CAAAAATATAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * *
193295 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGACTTT-AGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGATTTT
438 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
193358 TCTTAG-TAATGGATGGCTATAT-CATCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTT
501 TCTT-GCCAATGGATAGCT-TTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTT
* * * * * * * * * *
193421 TAATAAAAAATGT-AAAAAATTTAATTTAAAGTCAATTATAAGATTATAGAGCCATTTAAAGAGT
564 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * *
193485 GTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATAGATTTTTCTTGCCAA
629 GTAATAAGGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * *
193537 TGAATTGG-ATTTTCTTCACGTTTCTGGAGGCATACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAA
1 TGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
193601 TTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
64 TGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * *
193666 TTTGAAATGTATAGATGAATATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTT
128 TTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGTT
* * * * * * * *
193730 TCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTGTAAC-TAAAAATATAAAAATATTCAAGTTAAAA
192 TCTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
193794 TCAATAATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCA-ATGGCTTGAGTGGCAA
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGTCTA
* * * * * * * * * * * * *
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320 GAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATA
** * * * * * *
193922 TAATATATTTTAATTGTAAAAGTA-AAAA-AATTCAACTTCAAATCAATTATGGGGTTATAAAAC
385 TAATAT-TTTGCA---CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * ** * * * * * *
193985 CATTTAAAGCGTGTGATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
446 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * ** * * * * * *
194050 GAATGAG-TTTTTCTTTATATTT-CTAGAGGCAGACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAACA
511 GGAT-AGCTTTTGCATCACGTTTCCTA-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
* * * * * * *
194113 TGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATAATGAGTTTACAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGC
574 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * *
194178 TTTAAAATGCATGGGTGAATATAAATGGACCTTTCTTGCCAA
639 TTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * * *
194220 TGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCTAAAGCAAACACTCAAACATAATCTATTTTAACTAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * ** * * ** * *
194285 AATAAAAAAATCAA-TT---ATGAGATTTTGAGATTTTGAGGCCATTTAAAGTGAGTAATAGGGC
65 -GTAAAAAATTAAACTTAAAATCA-ATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
194346 TTTCAAAGGCTTGGGT-AGCTATACATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCATCACGT
128 TTTGAAAGGCATGGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCATCATGT
* * * * * * * * *
194409 TTCAT-AATGTAAACACTCAATTACACTATATTTTATCCA-AAAATATAAAAACATTCAACATAA
191 TTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTTTA-ACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
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254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTC
* ** ** * * **
194536 TACAAATAAACTTTT-TTGGCGAATGAAAT-ACTTTTTCTTTATGTTTC-CTAA-GCTAGACATT
318 TAGAAATGGACTTTTCTTATC-AATG-AATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGC-AGACATT
* * * * * * *
194597 TAAATATAATTTGTTTACCCCAAAAATGTAAAA-ACATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTAT
379 CAAATATAATAT-TTT-GCACAAAAATATAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
** ** * **********
194661 AAAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-NNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTT
441 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * * *
194725 ACCAATGAATGGCTTTCT-CTTGATGTTT-CTCAAGACAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC
505 GCCAATGGATAGCTTT-TGCATCACGTTTCCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* ********* * **
194788 TAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTA
568 AAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* *** * * *
194853 AT-AGGACTTTGAAAGGTATGAGT-AACTATAAATAGACATTTCTTGCCAA
632 ATAAGG-CTTTGGAATACATG-GTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * ** * * * **
194902 TAAATGGCTTTTTCGTCATGTTTCTTAAGATAGAGATTCAAATATTATCTGTTCTAATAAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
** ** ** * *
194967 GTAAAACAATTCTACCAAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCT
65 GTAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *** *
195032 TTAAAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAAT-GAGTGACTTTTTTTTCATGATT
129 TTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGA-TGGCTTTTGCATCATGTTT
* * * * * * * * * *
195096 CATGAGGCAGACATTTAATTGTAATATGTTTTATC-TAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
193 CTTGAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
*********** * * ** *
195160 CACNNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGTGTGGGT-TACTAT
257 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGT-CTAG
* * * ** ** * ** *
195224 AAATAGATTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTTGAATG
321 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATA
* * * * *
195288 TAATTTATTTT-AACAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACC
385 TAA--TATTTTGCAC-AAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
********** ** * *
195352 ATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAA-GATATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
447 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
*** * * * * * * ***
195416 -GAGT-GACTTTTTTTTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTATGTAAAA
511 GGA-TAG-C-TTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA
* * *
195479 ATATAAAAAAAATCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTTTAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAA
573 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * ** * **
195542 GGCTTTCAAAGGT-TAGGGTGGCTATGAATGGACTTTTCTTGTCAA
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* * * * * * * * * * *
195587 TGGAT-GCTTTTGCATCATGTTTCCTGAA-GCAGACACTT-AATTACACTATATTTTATCTACAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CT-AAGGCAGACA-TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * **********
195649 ATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
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* * * * * * *** * *
195714 CTTTTGAAA-GCATGGATGACTCTAAATGGAGTATTCCTATTAAT-GAATAGCTATTT-CTTCAT
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** * * * * * * * * *
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********** * *
195838 AAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAAGCATGAGTG
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTG
* * * * ** * * * * * *
195902 ACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTC-CTAAGGTAAATAGTC
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* * * ** * * * * * * *
195966 TATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATACAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAN
380 AAATATAATAT-TTTGCA-CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
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196031 NNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTAGGTGAAGATAAATATACTTTT-TTATC
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* * * * * * * **
196095 GATAGATGGCTTTTACATCATG-TTCACTCAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAA
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * **
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* * ** * * * * * *
196460 TTCCT-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTGCACCA-AAAATATAAAACAATTCAACTGAA
191 TTCTTGAA-GCAAACATTCAGTTATAATATATTT-TAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
196523 AATCAGTAATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGACT
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCT
* ** * * * * ** * * *
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** * * * * * *
196652 TATAATATATTTTAACAAAAAATGTCAAAA-AGTTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTGTAAAA
383 TATAATAT-TTTGCAC-AAAAATAT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
* ** ** ** * *
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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573 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
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* * * *
196948 TAAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAAATAT-A----TTTTAACCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
** * * * ** ** *
197007 AAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAGGCCATTTAAAAAGAGTAATGAGGCT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
197262 ATAGATATACGTTTCTTGAT-AAT-AGATAGCTTTGGTATT-A-AGTTTCCTGAA-GCAGACATT
319 AGAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGA-ATGGCTTT-TTCTTCACA-TTT-CTCAAGGCAGACATT
* * ** ** * * * *
197322 CAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATGGAAAAAAATTAAACTTATAATCAATTATGAGATTATA
379 CAAATATAATAT-TTTGCAC-AAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
* ** * * * * *
197387 AAACCGTACAAAGTAAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATGGGTGAATATAAAAGGACTTTTCTTG
442 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * * * * * * * * * **
197451 CCATTGAATGGGTTTTTCTTCAC-TTTTCTGGAGGTAAACGTTCAAATATAATCTGTTTTAACCG
506 CCAATGGATAGCTTTTGCATCACGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAA
* * * * * *
197515 GAAACGTAAACAAAA-TCAACTTCAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
570 AAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* **
197579 AAGGCTTTGGAATGCATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
634 AAGGCTTTGGAATACAT-GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * **
197626 TGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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129 TTGAA-AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCATCATGTTT
* * * * * * * * *
197820 CCTGAAGCAGACCTTCAATCATAATATATTTTAGC-CAAAAGAGTAAAAAAATTCTACTTAAAAT
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* ** * *
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257 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
197929 CAAAGGCTAG
Statistics
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Consensus pattern (679 bp):
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GAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGTCTAGAAATG
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TTTGCACAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
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TGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACAT
GGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
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Alignment explanation
Indices: 190006--197936 Score: 1835
Period size: 171 Copynumber: 46.6 Consensus size: 166
189996 CCTAAAACAG
* * *****
190006 ACATTCATTTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNN
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***** *
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**
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* * * *
190177 ACATTCAATCATAATATATTTTAATTGAAAATGTAAAAACATTTTACTTAAAAAT-AATTATGAG
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
190348 AAATTCAATTATAATATATTTT-ATCTAAAAATACAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACGAGA
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* * * * * *
190412 TTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCTAGAGAGGCTAAAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * *
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* ** *
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* * * * *
190583 TCATAAAACCGTTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-TTGAGTGACTATAAATAGACTT
* * ** * * *
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* * * * * * * *
190689 ACATTCAAATATAATTTGTTTT--TTGCAAAAATGTAAAACAATTCAAC-TAAATATCAGTAAAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATT--AAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAA-ATCAATTATG
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190751 AGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTAT-AAA----T--G-GACT-T---T----
62 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
190799 TCTT-GT-CAATGGATAGCTTTTGCATCACTTTTCTTGAA-ATAG
126 TTTTCTTGCAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGA-AA
********** *
190841 ACATTCAATTATAATATATTTTNNNNNNNNNNAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATT-TG-G-
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGA
* * * ** * * * * *
190903 CTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTGGAATGCATGGGTGAGTACAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * ** * * *
190968 CTTGCTATTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCA--AAGGCAG
130 CTTGC-AATG-AT--GATTTTGATCACGTTT-CATGAA-GAAA
* * * * * * * * * *
191009 ATACTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT-ANN
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-G
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191073 NNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGGAATG-TATGGGTGAATATAAACGGACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * *
191136 CTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCCT-AAGGCAAA
127 TTTCTTG-CAATG-AT-G-ATTTTGATCACGTTTCATGAA-G-AAA
* ** * **
191181 A-ACTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATAATAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
191245 TTATAAGACCATTTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGTC-TAAGAAGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTT
* * ** * * * *
191309 TCTTGGTAATGGATGGCTTTTGCAGAATGTTTCCTAAAGTAA
129 TCTT-GCAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * ** * *
191351 GCATTCAATTACACTATATTTT-ATCCCAAAATGTAAAAAAATTTAA-TATAAAATTAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAATAT-AAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATGA
* * ** * * * * *
191414 GACTATAAAACTATTTAAAGATAATAATAAAGCTTT-AGAACG-TATGGGTGACTATAAATGGAC
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGAC
* * ** * * *
191477 TTTTCCTGCGAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTC-TG-AGCTAG
126 TTTTCTTGC-AATG-AT-G-ATTTTGATCACG-TTTCATGAAG-AAA
* * ** * * **
191522 ACGTTCAAATATAAT-T-TCTTTACACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TANNN
1 ACATTCAATTATAATATAT-TTTA-ATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA-TG
******* * ** * * *
191584 NNNNNNNAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAA-G-TGTGGGTGACTATAAATAAA
62 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGA
* * ** * * *
191647 CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTCCT-AAGATAA
125 CTTTTCTT-GCAATG-AT-GATTT-TGATCACGTTTCATGAAGA-AA
* * * * * * * * *
191693 ACATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATATTAAAAATTCAACTTAAATTTAATTATAAGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
191758 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT-GAATTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTT
** * * * * * *
191821 TCTTAATAATCGATGGCTTTATCATTACGTTTCCT-AAGGTAG
129 TCTT-GCAAT-GAT-GATTT-TGATCACGTTTCATGAA-GAAA
* * * * * * *
191863 ACATTTAATTATAATATACTTTAATAAAAAATATAAAAAAATATAATTTAAAGTCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
191928 TTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTGAATATAAATAGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
** * * *
191992 TCTTGCCAATGAATTGGATTTTCTTCACGTTTC-TGGAGGCAT
129 TCTTG-CAATG-A-T-GATTTTGATCACGTTTCAT-GAAGAAA
* * * ** * * *
192034 ATATTCAAATATAATCTATTTTAATTAAAAACGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
192099 TCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATG-TAGGGGTGAATATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * ** * *
192163 TGTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGACAA
129 TCTTG-CAATG-AT-G-ATTTTGATCACGTTTCATGAAGA-AA
* * * *
192205 ACACTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATA-CAAAAATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAT-TT-AACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * *
192269 ATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTT-AGGTG-GTAATACATGGACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACT-ATAAATAGACT
** * * ** * * * *
192332 TTTCTCACTGATAGATGGCTTTTGCATCATTTTTCCTAAAGTAG
127 TTTCTTGC-AAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * * * * * *
192376 ACATTCAATTATAATAAATTTTAACCATAAAAGTA-AAAAACTTCAACTTAGAATTAATTATGGG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA--TTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
** * ** * * * * *
192440 ATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* ** * * *
192505 TCTTGCTAAGGAATGAGTTTTTCTTCACATTCCA--AAGGCAA
129 TCTTGC-AATG-ATGA--TTTTGATCACGTTTCATGAA-GAAA
** * * * * * *** * *
192546 ATGTTTAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATAATGAGT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * ** *
192611 TTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATGGGTGAATATTTATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * ** * * *
192675 TCTTACCAATAAATGGCTTTTCTTTCATGTTTC-TCTAGGAAA
129 TCTT-GCAAT-GAT-GATTTT-GATCACGTTTCAT-GAAGAAA
* * * * ********* * *
192717 ACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTANNNNNNNNNNAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTA-AAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
192782 TTATAAGACCATTTTAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCTAGGGAGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
** * ** * * * *
192847 CTTATTAATGGATGGCTTTTGCAAAATGTTTCCTAAAGTAA
130 CTT-GCAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * * * * *
192888 ACATTCAATTACACTATATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TATAAAATTAAATATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAATAT-AAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATGA
* ** * * *
192951 GACTAT-AAACCATTTAAAGATAATAAT-AGAGCTTT-AGAACG-TATGGGTGACTATAAATAGA
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCA-AAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGA
* * ** * * *
193012 CTTTTCTTACGAATGAATAGCTTTCTCTTCATGTTTCCTG-AGCCAA
125 CTTTTCTTGC-AATG-AT-GATTT-TGATCACGTTTCATGAAG-AAA
* * ** * * *
193058 ACAATCAAATATAAT-T-TCTTTACACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGA
1 ACATTCAATTATAATATAT-TTTA-ATTAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
193121 GTTTATAAAACCATTTAAATCGTGCAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTAACTATAAATAGACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * *
193185 TTTCTTACTAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTCCT-AAGACAA
127 TTTCTTGC-AATG-AT-GATTT-TGATCACGTTTCATGAAGA-AA
* * * * * ** * * **********
193229 ACACTGAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
193294 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGACTTT-AGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGATTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
* * * * ** *
193357 TTCTTAGTAATGGATGGCTATATCATCACGTTTC-CCAAGGTAA
128 TTCTT-GCAAT-GAT-GAT-TTTGATCACGTTTCATGAA-GAAA
* * * * *
193400 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTAATTTAAAGTCAATTATAAGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** * * * * *
193465 TATAGAGCCATTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATAGATTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
** * * *
193530 TTGCCAATGAATTGGATTTTCTTCACGTTTC-TGGAGGCAT
131 TTG-CAATG-A-T-GATTTTGATCACGTTTCAT-GAAGAAA
* * * ** * * *
193570 ACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
193635 TCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAATG-TAT-AGATGAATATAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAG-TGACTATAAATAGACTT
* * ** * * * *
193698 TTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAA
128 TTCTTG-CAATG-AT-G-ATTTTGATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * * * * * *
193741 ACACTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATATAAAAATATTCAAGTTAAAATCAATAATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
193806 TTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGGCAATATATA-ACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
** * * * *
193870 CTCACCAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCTTAAAGCAA
130 CT-TGCAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * *
193911 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTGTAAAAGTA-AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGGG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-T-TAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * * *
193975 GTTATAAAACCATTTAAAGCGTGTGATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* ** * ** * * *
194040 TCTTACTAATGAATGAGTTTTTCTTTATATTTC-TAGAGGCAG
129 TCTTGC-AATG-ATGA--TTTTGATCACGTTTCAT-GAAGAAA
* * * ** * * * * * *
194082 ACGTTCAAATATAATATGTTTTAACCAAACATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATAATGAGT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
194147 TTACAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTAAAATGCATGGGTGAATATAAATGGACCTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
** * * * *
194212 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTC-TAAAGCAA
130 CTTG-CAATG-ATGA--TTTTGATCACG-TTTCATGAAGAAA
* ** * * * * * *
194253 ACACTCAAACATAATCTATTTTAACTAAAAATAATAAAAAAATCAA-TT---ATGAGATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAT-ATAAAAAATTTAACTTAAAATCA-ATTATGAG
* * ** * * * * *
194314 ATTTTGAGGCCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGGGT-AGCTATACATGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATAGACTT
* *
194378 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCATCACGTTTCAT-AATGTAA
128 TTCTTG-CAATG-AT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAA-GAAA
* * * * * * *
194421 ACACTCAATTACACTATATTTT-ATCCAAAAATATAAAAACATTCAACATAAAATCAATTGTGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
194485 ATTATAAAACCATTTAAGGCTCA-TAATAAAGCTTT-AGAACGCATGGGTGACTACAAATAAACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT
** * * * * *
194548 TTT-TTGGCGAATGAAAT-ACTTTTTCTTTATGTTTCCT-AAGCTAG
127 TTTCTT-GC-AATG--ATGA--TTTTGATCACGTTTCATGAAG-AAA
* * *** * * *
194592 ACATTTAAATATAAT-T-TGTTTACCCCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATAATGA
1 ACATTCAATTATAATATAT-TTTA-ATTAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGA
** * * ********** *
194655 GATTATAAAACTGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-NNNNNNNNNNCTATAAATGGACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * *
194719 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTGATGTTTC-TCAAGACAA
127 TTTCTT-GCAATG-AT-GATTT-TGATCACGTTTCATGAAGA-AA
* * * * * * ******** *
194763 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAA--ATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
194828 ATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAAT-AGGACTTTGAAAGG-TATGAGTAACTATAAATAGACA
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
194891 TTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCG-TCATGTTTC-TTAAGATAG
127 TTTCTTG-CAAT-GAT-G-ATTTT-GATCACGTTTCATGAAGA-AA
* * * * * * * * ** *
194935 AGATTCAAATATTATCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAACAATTCT-ACCAAAAATCAATTGTGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAA-AATT-TAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
194999 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTAAAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * ** * * * * *
195064 TTTTACCAATGAGTGACTTTTTTTTCATGATTCATGAGGCAG
129 TCTT-GCAATGA-TGA--TTTTGATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * * * ********
195106 ACATTTAATTGTAATATGTTTT-ATCTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCACNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
*** * * * * *
195170 NNNATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGG-TGTGGGTTACTATAAATAGATTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTT
* * ** * * *
195234 TTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAAGTAG
128 TTCTT-GCAATG-ATGA--TTTTGATCACGTTTCAT-GAAGAAA
* * * ** * * * *
195277 ACATTTGAA-TGTAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAGTAATGAG
1 ACA-TTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
********** ** * *
195341 ATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAA-GATATGAGTGACTATAAATGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTT
** * * * *
195405 TTCTTGCCAATGAGTGACTTTTTTTTTCATGTTTCATGAGGTAG
128 TTCTTG-CAATGA-TGA---TTTTGATCACGTTTCATGAAGAAA
* * *
195449 ACATTCAATTATAATAT-TTTTTATGTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAA-CTAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGA
* * * * * *
195512 GATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGGGTGGCTATGAATGGACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
195576 TTTCTTGTCAATGGATGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAG
127 TTTCTTG-CAAT-GATGATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * * * * **
195619 ACACTT-AATTACACTATATTTT-ATCTACAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATNN
1 ACA-TTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAATATA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
******** * * * * *
195682 NNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATG-GATGACTCTAAATGGAG
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGAC
* * * ** * ** *
195745 TATTCCTAT-TAATGAATAGCTATTTCTTCATGTTTC-CCAAGACAG
126 T-TTTCT-TGCAATG-AT-GAT-TTTGATCACGTTTCATGAAGA-AA
* * * ** * * *
195790 ACATTCAATTGTGATATATTTGAACCAAAAGTGTAAAAAATTTATCTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** * * * *
195855 TATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* ** * *
195920 TTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCCT-AAGGTAA
131 TTG-CAATG-AT-GATTTT-GATCACGTTTCATGAA-GAAA
* * * * * * ** * * *
195960 ATAGTCTATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATACAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATA-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
********** * * ** *
196025 TTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTT-AGGTGAAGATAAATATACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
196089 T-TTATCGATAGATGGCTTTTACATCATG-TTCACTCAAGCAA
129 TCTT-GCAAT-GAT-GATTTT-GATCACGTTTCA-TGAAGAAA
* * * *
196130 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAACAAATTCATCTTAAAATCAATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
196195 TTTTAAAACCA-TTAGAGTGAGCAATAAGGC-TTCAGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * ***
196258 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCG-TCATGTTTTCCA--AAGTTG
129 TCTTG-CAATG-AT-G-ATTTT-GATCACG-TTT-CATGAAGAAA
* ** * * *
196300 ACATTAAAACATAATCTGTTTTAA-CACAAAATGCA-AAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTA-AAAAT--ATAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * *
196363 AGATTATAAGACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
62 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * * *
196428 TTTCTTGTCAAATAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCT-AAGGCAG
127 TTTCTTG-C-AATGAT-G-ATTTTGATCACGTTTCATGAA-GAAA
* * * ** ** * * * * *
196472 ACATTCAAATATAATCTGTTTGCACCAAAAATATAAAACAATTCAACTGAAAATCAGTAATGAGT
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
196537 TTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
196601 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAG
129 TCTTG-CAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* ** * * * * *
196643 ACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTCAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** ** ** * *
196708 TTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATACACGGGTGAATATAAA-AGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTT
** * * * *
196772 TCTTGCCAATGAATGGGTTT-CTC-CATGTTC-TGATGACAG
129 TCTTG-CAATG-ATGATTTTGATCACGT-TTCATGAAGA-AA
* * * ** * *
196811 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CCAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * *
196875 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * ** * ** *
196940 CTTGCCTATAAATGGCTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGGCAA
130 CTTG-CAAT-GAT-GATTTTGATCACGTTTCATGAA-GAAA
* ** * *
196980 ACA--C--TCA-AATATATTTTAACCAAAAATAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** ** * * * *
197040 TTATGAGGCCATTTAAAAAGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGGCTATACAA-GGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA-AATAGACTTT
* * *
197104 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCACGTTT-ACT-AGAGTAG
129 TCTTG-CAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCA-TGA-AGAAA
* ** * *
197146 ACTTTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-ACTAAAAAACTTCAACTTAAGATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATA-TAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
197210 ATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCATCAAAGACTT-AGGTGACTATAGATATACGT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTT
* * * * * * * *
197274 TTCTTGATAATAGATAGCTTTGGTATTAAGTTTCCTGAAGCAG
128 TTCTTG-CAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * * * *
197317 ACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATGGA-AAAAAATTAAACTTATAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAAT--ATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** ** * * * *
197381 ATTATAAAACCGTACAAAGTAAGTAATAAGGCTTT-AGAATGCATGGGTGAATATAAA-AGGACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACT
* * ** * * *
197444 TTTCTTGCCATTGAATGGGTTTTTCTTCACTTTTC-TGGAGGTAA
127 TTTCTTG-CAATG-AT--GATTTTGATCACGTTTCAT-GAAGAAA
* * * * **** ** * * * * *
197488 ACGTTCAAATATAATCTGTTTTAACCGGAAACGTAAACAAAATCAACTTCAAATCAATAATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
197553 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCAT-AGGTGAATATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTT
* ** ** * *
197617 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC-TTAAGGCAA
129 TCTTG-CAATG-AT-G-ATTTTGATCACGTTTCATGAA-GAAA
* * * * ** *
197659 ACACTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
197724 GTATAAAACCATATAAAGTGAGTAATATGACTTTTAATA-GCTTGGGTGGCTATACATAGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
** * * * *
197788 TCTCACCAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAG
129 TCT-TGCAAT-GAT-GATTTTG-ATCACGTTTCATGAAGAAA
* * ***
197830 ACCTTCAATCATAATATATTTTAGCCAAAAGAGTA-AAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAA-A-TATAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * *
197893 GATTTTAAAACCATTTGGAGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
197937 AGTGTAACAC
Statistics
Matches: 5847, Mismatches: 1505, Indels: 816
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
149 25 0.00
150 5 0.00
151 15 0.00
152 47 0.01
153 2 0.00
154 2 0.00
155 3 0.00
156 1 0.00
157 3 0.00
159 1 0.00
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTGCAATGATGATTTTGATCACGTTTCATGAAGAAA
Found at i:194443 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 194155--194459 Score: 364
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
194145 GTTTACAAAA
*
194155 CCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTAAAATGCATGGGTGAATATAAATGGACCTTTCTTGCCAA
1 CCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACCTTTCTTGCCAA
* * * * * * *
194220 TGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCTAAAGCAAACACTCAAACATAATCTATTTTAACTAAAAAT
66 TGAATGACTTTTGCATCACGTTTTCTAAAGCAAACACTCAAACACAATATATTTTAACCAAAAAT
194285 AATAAAAAAATCAATTATGAGATTTTGAGATTTTGAGG
131 -ATAAAAAAATCAATTATGAGATTTTGAGATTTTGAGG
* * * * * *
194323 CCATTTAAAGT-GAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGGGT-AGCTATACATGGACTTTTCTTGCC
1 CCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGA-ATATAAATGGACCTTTCTTGCC
* * * ** * *
194386 AATGAATGGCTTTTGCATCACG-TTTCATAATGTAAACACTCAATTACACTATATTTTATCCAAA
64 AATGAATGACTTTTGCATCACGTTTTC-TAAAGCAAACACTCAAACACAATATATTTTAACCAAA
194450 AATATAAAAA
128 AATATAAAAA
194460 CATTCAACAT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 21, Indels: 7
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.11
168 100 0.88
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
CCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACCTTTCTTGCCAA
TGAATGACTTTTGCATCACGTTTTCTAAAGCAAACACTCAAACACAATATATTTTAACCAAAAAT
ATAAAAAAATCAATTATGAGATTTTGAGATTTTGAGG
Found at i:209077 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 208687--209325 Score: 444
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
208677 CATTGGCAAG
* * * * * * *
208687 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAGT-GATTTTATA
1 AAAAGTCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGA-TTTATA
* * * * * * * * * *
208751 GTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTT--TCATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGAT
65 ATATCATAATTGAATTGAAGTTGAATT-TTTTAAT-ATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATTGAA
** * * * * * *
208814 TGTTTGA-C-TTGAGAAACATGAAAAAAAACTCATGCATT--TACA
128 TGAAT-ACCATAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTATA
* * * * *
208856 TAAACGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATA
1 -AAAAGTCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGATTTATA
* * ** *
208921 ATATCATAATTTATTTTTAG-TGAAATGTTTTTACTATTTTTA-TAAAAATAGATTATAATTGAA
65 ATATCATAATTGAATTGAAGTTG-AAT-TTTTTAATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
208984 TGTATACCATGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTATA
128 TGAATACCATAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTATA
** * * *
209028 AAAAGTCTACTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAA
1 AAAAGTCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAA
* * *
209093 TCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGA
66 TATCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATTGAATGA
* * * *
209158 ATGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATT-G-ACA
131 ATACCATAGAAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATCCATTAGTATA
* * * * * * *
209197 AGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TGCGTTTTAAATGG-TTCT
1 A-AAA-GTCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACT-CGCTTTAAATGGATT-T
* * * * * * * * * *
209260 ATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTGAGTTTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGATTCTAATTGA
62 ATAATATCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATTGA
209324 AT
127 AT
209326 ATCTACCTTG
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 70, Indels: 32
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 168 0.44
171 203 0.53
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAA
TATCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATTGAATGA
ATACCATAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTATA
Found at i:209323 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 208677--209573 Score: 831
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
208667 NNNNNNNNTT
* * * * * *
208677 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAG
1 CATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTC-CTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
208741 T-GATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTT-TCATTTTTTGTTAAAACAGA-
65 TGGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTAT-ATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * * * * *
208803 TCATAATTGATTGTTTGACTT-GAGAAACATGAA-AAAAAACTCATGCATTTAC-ATAAACGCCC
127 TC-TAATTGAATG-ATG-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAATGTCC
* * * *
208865 ACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATATCATAA
188 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCATAA
** * * *
208930 TTTATTTTTAGTGAAATGTTTTTACTATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCATG
253 TAGATTTTAAGTGAAATGTTTTTACTATTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATATATACCATG
* * *
208995 GGAAACGTGAAGCAAAA-GTCATC
318 GGAAACATAAAG-AAAAGGACATC
* * * * *
209018 CATTAGTATA-AAAAGTCTACTTATAGTCACT-TAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 CATTAGCA-AGAAAAGTCCACTTATAGTC-CTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
209081 ATGGATTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATT
64 ATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAGATT
*
209146 CTAATTGAATGAATGCCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAATGTCCATT
128 CTAATTGAATG-ATG-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAATGTCCATT
* * * * * *
209210 TATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TGCGTTTTAAATGGTTCTATAATCTTATAATA
191 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACT-CGCTTTAAATGGTTCTATAATATCATAATA
* * * * * *
209274 GATTTTAAGTTG-AGT-TTTTTA-TATTTTTTGTTAAAACAGATTCTAATTGAATATCTACCTTG
255 GATTTTAAG-TGAAATGTTTTTACTA-TTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATATATACCATG
* *
209336 GGAAATATAAAGAAAAGGACATT
318 GGAAACATAAAGAAAAGGACATC
* * * * * * *
209359 CATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCGTCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGCACTATAAA
1 CATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCCTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAA
* * * **
209423 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTGAATTTGTTTTAGATTTTGGGTTAAAATAGATT
65 TGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATT
* * ** *
209488 ATAATTGACCAT-CTGCTTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGATAAGAAATGTCCAT
128 CTAATTGA--ATGATGCTT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAATGTCCAT
*
209551 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
190 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
209574 TAATTTTATA
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 83, Indels: 43
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.03
341 257 0.57
342 173 0.38
343 6 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
CATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCCTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTCTA
ATTGAATGATGCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAG
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCATAATAGATTTT
AAGTGAAATGTTTTTACTATTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATATATACCATGGGAAACAT
AAAGAAAAGGACATC
Found at i:209555 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 208675--209573 Score: 681
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 167
208665 NNNNNNNNNN
* * * * *
208675 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTGCT-CGCTTTA
1 TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATT-ATGCGCTTTA
* * * * *
208739 AGTGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTTCAT-TTTTT-GTTAAAACAG
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAG
* * *
208802 A-TCATAATTGATTGTTTGACTTGAGAAACATGAA-AAAAAACTCA
128 ATTC-TAATTGA--ATCTG-CTT-AGAAACATGAAGAAAAAGC-CA
* * * * * * * * *
208846 TGCATTTAC-ATAAACGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACT-CGCTTTC
1 TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGCGCTTTA
* * * * *
208909 AATGGTTTTATAATATCATAATTTATTTTTAG-TGAAATGTTTTTACTATTTTTA-TAAAAATAG
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAATAG
* * * ** * * *
208972 ATTATAATTGAATGTATACCATGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCA
128 ATTCTAATTGAA--TCT-GC-TTAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * ** * * *
209016 TCCATTAGTATAA-AAA-GTCTACTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACT-CGCTT
1 TTCATT-G-ACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGCGCTT
* * * *
209078 TAAATGGATTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAG
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAG
* * *
209143 ATTCTAATTGAATGAATGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCTA
128 ATTCTAATTGAAT--CTG-CTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
209187 TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATGCGTTTTAA
1 TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTATGCGCTTTAA
* * * * * *
209252 ATGGTTCTATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATT
* * * * * *
209316 CTAATTGAATATCTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAGGACA
131 CTAATTG-A-ATCT-GCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * *
209357 TTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCGTCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTATGCACTATAA
1 TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTATGCGCTTTAA
** * **
209422 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTGAATTTGTTTTAGATTTTGGGTTAAAATAGAT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAT
* *
209487 TATAATTGACCATCTGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCG
130 TCTAATTGA--ATCTGCTT--AGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * *
209529 TTCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
1 TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAA
209574 TAATTTTATA
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 123, Indels: 61
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 12 0.02
170 261 0.45
171 205 0.36
172 94 0.16
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
TTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTATGCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATT
CTAATTGAATCTGCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
Found at i:209665 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 209426--209724 Score: 356
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
209416 CTATAAATGG
* * * * *
209426 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTGAATTTGTTTTAGATTTTGGGTTAAAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTGGATTAAAACAGATTATA
* * * *
209491 ATTGACCATCTGCTTCAAGAAACATGAAGAA-AAAGCCGTTCATTGATAAGAAATGTCCATTTAT
66 ATTGACCATCTGCTTCAAGAAACATGAA-AATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTAT
* *
209555 AGTCACCTATGCCTTCAAATAA
130 AGTCACCGATACCTTCAAATAA
*
209577 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTT-TTTTACATTTT-GATTAAAAACATATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTGGATT-AAAACAGATTAT
** * * * *
209640 AATTGACTGTTTGCCCTT-ATA-AAACATGAAAATAAATCTATTCATTGACAAGAAAAGTATATT
65 AATTGACCATCTG--CTTCA-AGAAACATGAAAATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACATT
209703 TATAGTCACCGATACCTTCAAA
127 TATAGTCACCGATACCTTCAAA
209725 AACCTTATTA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 10
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
149 3 0.02
150 32 0.26
151 86 0.69
152 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (151 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTGGATTAAAACAGATTATA
ATTGACCATCTGCTTCAAGAAACATGAAAATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATA
GTCACCGATACCTTCAAATAA
Found at i:209932 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 209571--209938 Score: 438
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
209561 CTATGCCTTC
**
209571 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTGATTAAAAACATA
1 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTGATTAAAAACATA
* * * * * *
209636 TTATAATTGACTGTTTGCCCTTATAAAACATGAAAATAAATCTATTCATTGACAAGAAAAGTATA
66 TAATAATTAAATGTTTGACCTTATAAAACATGAAAATAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTATA
* *
209701 TTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAACCTTATTACTCCCTTA
131 TTTACAGTCACCGATACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTA
* * * *
209743 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTTAAAATAT
1 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAAACAT
* * *
209807 ATAATAATTAAATGTTT-ACCTTGA-GAAACATGAAGAA-AAACCCATTGATTGGCAAGAAAAGT
65 ATAATAATTAAATGTTTGACCTT-ATAAAACATGAA-AATAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * ** * * * *
209869 CTTTTTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTT
128 ATATTTACAGTCACCGATACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTA
**
209914 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 AAATAATTTTATAATCTCATAATTG
209939 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 27, Indels: 7
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 92 0.55
172 69 0.42
173 5 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTGATTAAAAACATA
TAATAATTAAATGTTTGACCTTATAAAACATGAAAATAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTATA
TTTACAGTCACCGATACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTA
Done.