Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402161.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5250.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5258
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.11, T:0.33
Warning! 698 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:676 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2061 Score: 1902
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 170
* * * * * *
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT-CCTTGCCTTAG
1 GATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAA
* * ** * * ** *
65 GAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTTAAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* **
130 AGCCTTATTACTCATTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * *
172 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCCT-AAACA-ATTTCTAATTGAATATCTACCATG
1 GATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTA
* *** * *
235 AGAAACATGAAGAAAACAGGCATTCACTAAAAAGAAAAATCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTC
63 AGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTC
* * *
299 AAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
126 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
344 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGA
1 GATTTTAA-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * *
408 GAAACATAAAGAAAAAGGCATTGATTAGG-AA-AAAA-ACTATTTACAATCACTCATTCCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* *
470 AAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
513 GATTTTAATATGAATTCTTTATACATTTTTTATGAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTAA
1 GATTTTAAT-TGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * *
578 GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAACGTCTATTTATAGTCACTAATTCTTTCAAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* * * *
642 AACCTTATTACGCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
684 GATCTTAATTTGAATTCTTTATACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTCAA
1 GATTTTAA-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * *
749 GAAACATGAA-AAGAAAGGTACTCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTTCCTTTA
64 GAAACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* **
813 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
857 GATTTTAAGTAAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-AGCTATCATTGAATGCCTACCTTAA
1 GATTTTAATTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* ** * * * ** *
921 AAAATGTGTAGAAACAGCCATTCATTTGG-AA-AACAAGTCCATTTATAGTCTTTTATTCCTTCA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
** * *
984 AAATTCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
1028 AATTTTGAGTT-TATTTTATTTA-TTTATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTAGCTTG
1 GATTTT-AATTGAATTTT-TTTACATT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
** * * *
1091 AGAAAGTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
63 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
1156 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
1199 GATTTTAAGTTTAATGTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTTGAG
1 GATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
** * *
1264 AAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAA
* * *
1328 AGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1370 TATTTT-ATGCTCAGTTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
1 GATTTTAAT--TGA-ATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * ** * *
1433 GAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCAT
62 AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTT
* * * * *
1497 CAAAAGCCTTATTACTCCCTTTACATGGTTTTATACTCTTAAAATT
125 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
1543 GATTTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTATCTCA
1 GATTTTAA-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * ** * * * *
1607 AGATACATTAAGAAAAAAGTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTAATTCTTTTAA
63 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
*
1672 AAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * * * * *
1715 GATTTTTGGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGA-CTCAG
1 GA-TTTTAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAA
** * * * * * * *
1779 GAAACATAGAA-AAAAACCCATTGATTTGAAACAAAGGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAA
64 GAAACAT-GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* *
1843 AAGCCTTATT-CTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1885 GATTTTACGTTGAAGTTTTATACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
** * ** * * *
1950 AAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCTTTCAATA
65 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* *
2015 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
130 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
2056 GATTTT
1 GATTTT
2062 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1546, Mismatches: 289, Indels: 110
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 103 0.07
170 193 0.12
171 666 0.43
172 347 0.22
173 227 0.15
174 4 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:1365 original size:686 final size:679
Alignment explanation
Indices: 97--2060 Score: 2108
Period size: 686 Copynumber: 2.9 Consensus size: 679
87 CATTTGAAAG
** * **
97 AAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAAAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
162 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGC-CT-AAACAATTTCTAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTT--CATTAAAACAAGTTAT-ATTGAAT
* * * * * * * *
225 ATCTACCATGAGAAACA-TGAAGAAAACAGGCATTCACTAAAAAGAAAAATCTATTTATAGTCAC
127 GTCTACC-TTA-AAAAATTGAAGAAAACA-GCATTCATTTAAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAT
* * * *
289 CTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
188 TTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGT
* * * *
354 TCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACA-TAA
253 T-AAATTTTTTTA-TTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAA-ATTGA
* * *
417 AGAAAAAGGCATTGATTAGGAAAAAAA--CTATTTACAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
315 AGAAAAAGGCATTGATT-GGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
480 ACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TATGAATTCTTTATACATTTTTT
379 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAA-TGTTTATACATTTTTG
* * *
544 ATGAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
442 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * *
609 -AAACGTCTATTTATAGTCA-CTAATTCTTTCAAAAACCTTATTACGCCCTTTAAATGGTTTTAT
507 AAAAC-TCTATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
672 AATCTCAAAATTGATCTTAAT-TTGAATTCTTTATACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
570 AATCTCAAAATTGAT-TTAATGCTCAATTCTTTATACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA
* *
736 CTGTCTACCTCAAGAAACATGA-AAAGAAAGGTACTCATT-AGCAAAA
634 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAA-AAAGGCACTCATTGA-CAAAA
* * **
782 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTTCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
847 TCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAGCTATCATTGAATGC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTGAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAGTTAT-ATTGAATGT
* * * *
912 CTACCTTAAAAAATGTGTAG-AAACAGCCATTCATTTGGAAAACAAGTCCATTTATAGTCTTTTA
129 CTACCTTAAAAAAT-TGAAGAAAACAG-CATTCATTT-AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTA
* * *
976 TTCCTTCAAAATTCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTT-T
191 TTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTAA
* * *
1040 ATTTTATTTATTTATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTAGCTTGAGAAAGTTGAAGAA
256 ATTTT-TTTATTT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAAATTGAAGAA
* * *
1105 AAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
319 AAAGGCATTGATTGG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
1170 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATGTTTCTACATTTTTGGTTAAA
383 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTATACATTTTTGATTAAA
* * * *
1235 ACAGATAATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAC
448 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAC
* * *
1300 TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCA
512 TCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
1365 AAATTTATTTTATGCTCAGTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
577 AAATTGATTTAATGCTCAATTCTTTATACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
** * * * *
1430 CTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGATAAAA
642 CTCAAGAAACATGAGAAAAAAGGCACTCATTGACAAAA
* * * *
1468 AAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTACATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
1532 CTCTTAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTT-AGTTAAAA-TAGATTATAGTTGA
65 ATCTCATAATTGATTTTAA-GTGAATT-TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAG-TTATA-TTGA
* * * * *
1595 ATGTCTATCTCAAGATACATT-AAGAAAAAAGTATTCA-TTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
125 ATGTCTACCTTAA-A-AAATTGAAGAAAACAGCATTCATTTAA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
1658 ATTAATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTG
186 ATTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTG
** * * * *
1723 -GTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCT-GAC-TCAGGAAACA
250 AGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAG-CTTGA-GAAA-A
* ** * * * *
1785 TAGAA-AAAAACCCATTGATTTGAAACAAAGGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCT
311 TTGAAGAAAAAGGCATTGATTGGAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
1849 TATT-CTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA-GTTTTATACATTT
375 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG-TTTATACATTT
* **
1912 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
439 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGG
* * * * * *
1977 TAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCTTTCAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
503 CAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
2042 ATAATATCATAATTGATTT
568 ATAATCTCAAAATTGATTT
2061 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1071, Mismatches: 169, Indels: 77
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 6 0.01
683 19 0.02
684 151 0.14
685 177 0.17
686 481 0.45
687 210 0.20
688 24 0.02
689 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (679 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAGTTATATTGAATGTCT
ACCTTAAAAAATTGAAGAAAACAGCATTCATTTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATTCCT
TCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTAAATTTT
TTTATTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAAATTGAAGAAAAAGGCA
TTGATTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTATACATTTTTGATTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTAT
AGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TAATGCTCAATTCTTTATACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA
CATGAGAAAAAAGGCACTCATTGACAAAA
Found at i:2857 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2676--3179 Score: 532
Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
2666 NNNNNNNNCT
* * *
2676 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAATTTATTGTTTTTATATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTACATTTT
* * * * *
2741 TAGTTAAAACGT-ATTATAATTGAATGTCTAACTCGAAAAAGGTGAAAAAAAAAGAAATTCTTTG
66 TAGTTAAAA-GTGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTG-AAGAAAAAGACATTCATTG
* * *
2805 TTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-TTTTCAAAGGCCC
128 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAG-CC
* * * * * **
2848 TATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTGCCATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTACATTTT
* * * *
2913 TAGTTAAAAATGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAACACATTCATTGGT
66 TAGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGT
*
2978 AAGAAAAGTCTATTTGTAGTC-CTCCATTCCTTTAAAAGCC
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATTCCTTTAAAAGCC
* * * * * * *
3018 TTTTAACTCACTTTAAAAGGTTTTGTTATCTCAAAATTTATTTTATGTTCAGCTT-TTTTTACAT
1 TATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-ATTGTTTTTACAT
* * * * *
3082 TTTT-GGTGAAAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAGGCATTCAT
63 TTTTAGTTAAAAGT-GATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAAGTGAAGAAAAAGACATTCAT
* *
3146 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
126 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
3180 ATCAANNNNN
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 49, Indels: 18
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 87 0.32
172 175 0.64
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTACATTTT
TAGTTAAAAGTGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
Found at i:3431 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3223--3621 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
3213 NNNNNNNCAA
* * * * *
3223 AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGT-TTAT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA-
** ***
3287 CTCAGGATGCAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCT-ATTCC
63 CTCAGGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTC-CCTCATT-C
*
3351 CTT-AAAAGCCTTATTACT-TGCCTT-AAATTATTTTATAATCTCAT
126 CTTCAAAAGCCTTATT-CTCT-CCTTCAAA-GATTTTATAATCTCAT
* *
3395 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATATTTTGTTAAAACAG-TCTATAATTGAATGTCTGAC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTGAC
* **** * * * *
3459 TCATGAAACGTTTAGAAAAACCCATTGATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
64 TCAGGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCCCTCATTCCTT
* *
3524 CAAAAGCCTTATTCTCTCTTTCAAAGCTTTTATAATCTCAT
129 CAAAAGCCTTATTCTCTCCTTCAAAGATTTTATAATCTCAT
* * *
3565 AATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAAT
3622 CCCTACCTTG
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 29, Indels: 20
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 72 0.38
171 94 0.50
172 19 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACTC
AGGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCCCTCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTCTCTCCTTCAAAGATTTTATAATCTCAT
Found at i:4281 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3981--5258 Score: 1315
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
3971 NNNTATAGTA
* * *
3981 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTACAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
4046 AGCAAGTAATAAGACATTT-AAAGGTATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCTAATAAATGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGC
* * *
4110 CTTTTTCTTCACCTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATT
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
4152 TGTTTCAGCTAAAAATGTAAAAACATTGAAGTT-AAATTAATTATAAGATTATCAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
4216 AGCGAGTAATATGGCTATTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGCC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT-CTTGCCAATGAATGCC
* * * *
4281 TCTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
130 TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * *
4322 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * **
4386 AGCGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTTCAAATTAATGGG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * *** **
4450 TTTTTCTAT-ATGTTTCTTAAAGCAGGTGTTCAATTATTGTC
130 TTTTTCT-TCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
4491 TGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAATATTTAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
4555 AAGCGAGTAATAAGACTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTT-TCTTGCCAATGAATG
* * * * *
4619 CCTTTTTCTTCATGTATCTTGAGATAGACATTCAACTATAATC
128 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
4662 TATTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAATCATGTA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
4727 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-ATGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTCCCAATGAAT--
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGC
* * *
4789 CTCTTTTCCTCACGTTT-TTCAGGGTAGACATTCTATTATAATC
129 CT-TTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * ** *
4832 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACACTAAACATAATATAAATTTTGAGAAAATAAAATCATTTA
1 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
4897 AAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGT
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * *
4962 GTTTTTCTTTATC-TTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAGTC
129 CTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
*
5004 TGTTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
5069 AGTGAGTAATATGGAC-TTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGC
66 AGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGC
* * * *
5133 ATTTTTCATCACGTTT-TTGAGATAGACATTCAATTATAATC
129 CTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
5174 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAATAATAAATTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
5239 AGTGAGTAATAAGGCTTTTG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTG
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 174, Indels: 55
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 104 0.11
170 426 0.47
171 247 0.27
172 126 0.14
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCCT
TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
Found at i:4941 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3981--5258 Score: 1340
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
3971 NNNTATAGTA
* *
3981 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTACAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * ** * * *
4046 AGCAAGTAATAAGACATTTAAAGGTATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCTAATAAATGC-
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
* * * * * * *
4110 CTTTTTCTTCACCTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTCAGCTAAAAATGTAAAAA
130 C-TTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * ** * *
4175 CATTGAAGTT-AAATTAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTATTGAAA
194 CATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* * *
4239 GAATGGATGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCACTTTTTTTGAGGT
259 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTT-CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TTTTCTTGAGGT
4304 AGACATTCAATTATAATC
322 AGACATTCAATTATAATC
* * *
4322 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * *
4387 GCGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTTCAAATTAATGGGT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCT
* * * * *** ** **
4451 -TTTT-CTATATGTTTCTTAAAGCAGGTGTTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA
130 CTTTTCCT-CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
4514 TATTTAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTTAAA
194 CATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAA
* *
4578 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATCTTGAGA
258 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTT-TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-TTTCTTGAGG
*
4643 TAGACATTCAACTATAATC
321 TAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
4662 TATTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAATCATGTA
1 TGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
4727 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGAAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTCCCAATGAAT-C
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* *
4790 TCTTTTCCTCACGTTT-TTCAGGGTAGACATTCTATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
129 TCTTTTCCTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
* * * * * * * *
4854 AACACTAAACATAATATAAATTTTGAGAAAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGA
192 AACATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
* * * ** * **
4919 AGGAATGGGTTATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGTGTTTTTCTTTATCTTTCTCAAG
257 AGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-TTTCTTGAG
* *
4984 GTAGACATTCAGTTATAGTC
320 GTAGACATTCAATTATAATC
*
5004 TGTTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
5069 AGTGAGTAATATGGAC-TTTGAA-AGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
65 AGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * *
5132 CAT-TTTTCATCACGTTT-TTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
128 C-TCTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * *
5195 AATAATAAATTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
192 AACATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTG
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 141, Indels: 42
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 95 0.12
340 186 0.24
341 191 0.25
342 247 0.32
343 54 0.07
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTC
TTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACA
TTAAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATTTTCTTGAGGTAGAC
ATTCAATTATAATC
Done.