Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402165.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5254.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7165
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 1500 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1185 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 917--2689 Score: 625
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
907 CTAAAGATAG
* * * * * * *
917 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTATAAAAATTCAAATTAAAACCAA-TAACGAG
1 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATC-AG
* ** * * ** * *
981 ATTCTAAAAACATTTTAGGCACAA--AATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTCATTATAAATAAACT
65 ATTATAAAAACA-TTTA-AAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACT
* *
1044 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTAT-GCATAGGCAA
128 TTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCGCA-AGGCAA
* * * ** * * * * *
1088 ACATTCAGTTATTATTTGTTTTAATTAAAAATGTAATAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGA
* * * * *
1153 TTATAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAGC-TTT
66 TTATAAAAACATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTT
* * * * *
1217 -TTGTACCGATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
131 CTTGT--CAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCGCAAGGCAA
*
1259 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCATA
1 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGA
* * ** * * * * *
1324 TTGTAAAAACATTTAAGATGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTT
66 TTATAAAAACATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTT
* * * * * *
1389 CTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTG-AAGACAG
131 CTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATC-GCAAGGCAA
* * * ** ** * * *
1430 ACATTCTATTA-TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCA
* ** * * * * ** * * ** *
1494 GGTTGCAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTG-------A-GGACCT
64 GATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTT
* ** * ** * ** *
1551 TTCTTGCCGTTGGATAACTTTTTCTTC-GCGTTTCTTAAGGTAA
129 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAG-GTATCGCAAGGCAA
* *********** * *
1594 ACATTCAATTA-TAATCTATTTTAATNNNNNNNNNNAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAG
* * * ** * * *
1658 GTTATAAAATCATTT-AAACGAAGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAAACATTTAAAAC-AAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAAC-T
** * * ** * *
1722 TTTCTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTTACAT-TTGTCAAGACAA
128 TTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCG-CAAGGCAA
* * * * * * * * *
1765 ACATTCAATTATTATTTGTTTT-ACCTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTCAAGTTATTTATGAG
1 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACC-AAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAG
* * * * * * * * *
1829 ATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAGTAGACTT
65 ATTATAAAAAC-ATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTT
* * * * * *
1893 TTTTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGTAA
129 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCGCA-AGGCAA
** * ** * * * * *
1936 GTATTCAATTA-TAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCTACTTAAAGTCAATTATGAG
1 ACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAG
* * * * * * * * * **
2000 ATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTT
* ** * * * * ** * *
2065 TCGTACCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGT-TTGTTGAGACAG
130 TCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCG-CAAGGCAA
* * * * * * *
2107 ACATTCAACTATTATCTGTTTT-ACTAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAAC-CAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAG
********** * * ** ** * **
2171 ANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGTGTGGGTAACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAAACATTTAAAAC-AAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTT
* ** * * * * *
2235 TTTTTG-CAAATGAAAATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GCTAG
129 TTCTTGTC-AATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCGCAAGGC-AA
* * * * * * *
2278 ACAATCAATTA-TAATATGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAACTATGA
1 ACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATCA
* ** * * ** * * **
2341 GGTTATAAAATGATTT-AAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACT
64 GATTATAAAAACATTTAAAAC-AAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACT
*** * * * * ** * *
2405 TTTCCCAAT-AATGAATGGCTTTTGCTTCATGT-TTGTTGAGACAG
128 TTT-CTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCG-CAAGGCAA
* * ** * * * * *
2449 ACATTCAATTATTATCTGTTTTATCCTTAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAAT-ATTTTATGAG
1 ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATCAG
* ** * * * * *
2513 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTAGACTTT
65 ATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTT
* * * *
2578 TCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
130 TCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCGCAAGGCAA
** * ** *
2620 ACAATT-AATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACAGAAAATCAATTATGA
1 AC-ATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCA
2683 GATTATA
64 GATTATA
2690 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1215, Mismatches: 327, Indels: 120
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 67 0.06
164 59 0.05
165 1 0.00
169 8 0.01
170 49 0.04
171 915 0.75
172 110 0.09
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGA
TTATAAAAACATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTT
CTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTATCGCAAGGCAA
Found at i:2288 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 1669--2684 Score: 986
Period size: 513 Copynumber: 2.0 Consensus size: 503
1659 TTATAAAATC
* *
1669 ATTTAAACGAAGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTCTACTAATG
1 ATTTAAACGAAGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTCTACAAATG
** * * * * * *
1734 AATGGCTTTTTCTTTACATTTGTCAAGACAAACATTCAATTATTATTTGTTTTACCTAAAAATGT
66 AAAAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACAAACAATCAATTATAATATGTTTTA-ATAAAAATGT
* * * * **
1799 GAAAA-AATTCAACTTCAAGTTATTTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGC-GAGAAATAAAGC
130 AAAAACAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA-TGATTTAAA-CTGAGAAATAAAGC
* * **** * *
1861 TTTTGAA-GACATGGGTGACTATAAGTAGACTTTT-TTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGT
193 TTTCGAACG-CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCCAAT-AATGAATAGCTTTTGCTTCACGT
*
1924 TTCTAGAGGTA-AG-TATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAATGT-AAAAACATTCT-ACT
256 TTCTAGA-G-ACAGACATTCAATTATAATCTATTTT-ATCAAAAAATGTGAAAAA-ATT-TAACT
* * * *
1984 TAAAGTCA-ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAAA-GCTTTTGAAGGCGT-AG
316 TAAAAT-ATATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGCAA-AAAGGCTTTTGAAGGCATGA-
* * * * ** *
2046 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGACAGAC-A
378 GTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACAA
* * * *
2110 TTCAACTATTATCTGTTTTACTAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTG-AAATCAATTATGAGA
443 TT-AACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-AGAAAATCAATTATGAGA
* * *
2172 NNNNNNNNNNATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGTGTGGGTAACTATAAATGGACTTT
1 ----------ATTTAAA-CGAAGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTAACTATAAATGAACTTT
* * * ** * *
2236 TTTTGCAAATGAAAATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG-CTAGACAATCAATTATAATATGTTTT
55 TTCTACAAATGAAAAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGAC-AAACAATCAATTATAATATGTTTT
* *
2300 AATAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAACTATGAGGTTATAAAATGATTTAAACTGAG
119 AATAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATGATTTAAACTGAG
* * * * *
2365 TAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCCAATAATGAATGGCTTTTGC
184 AAATAAAGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCCAATAATGAATAGCTTTTGC
* * * * * ***
2430 TTCATGTTTGTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTATCCTTAAATGTGAAAAAATTTAA
249 TTCACGTTTCTAGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTATCAAAAAATGTGAAAAAATTTAA
* * * *
2495 CTTAAAATATTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
314 CTTAAAATATATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGCAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * ** * *
2560 TGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAAT
379 TGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACAAT
*
2625 TAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACAGAAAATCAATTATGAGA
444 TAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACAGAAAATCAATTATGAGA
2685 TTATAGAANN
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 76, Indels: 34
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 27 0.07
513 367 0.90
514 15 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
ATTTAAACGAAGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTTCTACAAATG
AAAAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACAAACAATCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTA
AAAACAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATGATTTAAACTGAGAAATAAAGCTTT
CGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCCAATAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTA
GAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTATCAAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATATAT
TATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGCAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATA
GACTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACAATTAACTATAATCT
GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACAGAAAATCAATTATGAGA
Found at i:2750 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 882--2689 Score: 1348
Period size: 342 Copynumber: 5.3 Consensus size: 341
872 NTTACTTACT
* * ** * * *
882 AATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGATAGAC-ATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAA
1 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * * * * ** *
946 AATGTATAAAAATTCAAATTAAAACCAATAACGAGATTCTAAAA-ACATTTTAGGCAC-A-AAAT
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATA-A--TTA-AAACGAGTAAT
* * ** * * ** ** *
1008 AAGGCTTTTGAAGGCATTAGTCATTATAAATAAACTTTT-CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTT
126 AAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * * * * ** *
1072 AGGTATGCAT-AGGCAAACATTCAGTTATTATTTGTTTTAATTAAAAATGT-AATAAAATTCAGC
190 ATGTTTG-TTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAATGTGAA-AAAATTCAAC
* * * * * ** *
1135 TTGAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGTATGGG
253 TTAAAAT-ATTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * **
1199 TGACTATAAAT-GAGCTTTTTGTACC
317 TGACTATAAGTAGA-CTTTTTTTGTC
* **
1224 GATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC-ATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACCAA
1 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATT-AATTA-TAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * *
1287 AAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCATATTGTAAAA-ACATTTAAGATGAGTAATA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATA-A-TTAAAACGAGTAATA
* * * * * * * *
1351 AGGCTTTC-AATGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCA
127 AGGCTTTCGAA-CGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * * * * * *
1415 CGTTT-CTGAAGACAGACATTCTATTATAATATATTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAAATTTAAT
191 TGTTTGTTG-AGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCT-AAAAATGT-GAAAAAATTCAAC
* * ** * * * * *
1478 TTAAAATCA-ATTATGAGGTTGCAAAATCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCGAACGTATGG
253 TTAAAAT-ATTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGG
* * *
1541 GTG------AG--GACCTTTCTTGCC
316 GTGACTATAAGTAGACTTTTTTTGTC
** * * ** * * * ****
1559 GTTGGATAACTTTTTCTTCGCGTTTCTTAAGGTAAAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAATNNNN
1 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAA
****** * * * *
1623 NNNNNNAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAACGAAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTAAAACG-AGTAATAAG
* * * * **
1688 GCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTTACAT
129 GCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
** * * * *
1753 TTGTCAAGACAAACATTCAATTATTATTTGTTTTACCTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTCAAG
194 TTGTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
1818 T-TATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG-AAATAAAGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
259 TAT-TTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAA-AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
1881 ATAAGTAGACTTTTTTTGTC
322 ATAAGTAGACTTTTTTTGTC
* * ** *
1901 AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGG-TAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
1 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACAATT-AATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * *
1964 AAATGTAAAAACATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATAATTAAAACGAGTAATAA
* * * * * * * *
2029 AGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG
128 GGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * *
2094 TTTGTTGAGACAGACATTCAACTATTATCTGTTTTA-CTAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTGA
193 TTTGTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCT-AAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAA
* ********** * * * ** *
2158 AATCA-ATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTGTGGGTAAC
257 AAT-ATTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* *
2222 TATAAATGGACTTTTTTTG-C
321 TATAAGTAGACTTTTTTTGTC
* * * * *
2242 AAATGAAAATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GCTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAAT-AA
1 -AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AAACAATTAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * *
2305 AAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAACTATGAGGTTATAAAATGATTTAAACTGAGTAATA
64 AAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTAAAAC-GAGTAATA
* * * *
2370 AGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCCAATAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
127 AGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* *
2435 GTTTGTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTATCCT-TAAATGTGAAAAAATTTAACTTA
192 GTTTGTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTA-CCTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTA
** *
2499 AAATATTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAC
256 AAATATTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
*
2564 TATAAGTAGACTTTTCTTGTC
321 TATAAGTAGACTTTTTTTGTC
2585 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
1 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
**
2650 ATGTAAAAAAATTCAACAGAAAATCAATTATGAGATTATA
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
2690 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 275, Indels: 96
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 2 0.00
334 61 0.05
335 182 0.16
336 5 0.00
337 1 0.00
340 4 0.00
341 39 0.03
342 749 0.66
343 96 0.08
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTAAAACGAGTAATAAGGC
TTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
GTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATA
TTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
GTAGACTTTTTTTGTC
Found at i:4456 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4147--4490 Score: 460
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
4137 NNNNNNNNAT
* * * **
4147 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGTGAGTAATAGGGCTTCCGAAGG
1 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAACGCGAGTAATAACGCTTCCGAAGG
* * * * *
4212 TATGGGAAAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGCGGTA
66 CATGGGAAAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA
*
4277 TACATTCAATTATAATCTGTTATAATAAAAAATAAAAAAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTATAATAAAAAATAAAAAAAAA
* * **
4319 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTACAAAAAC-ATTTAAGGCGAGTAATAACGCTTTTGAAG
1 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA-AAAAACTATTTAACGCGAGTAATAACGCTTCCGAAG
* *
4383 GCATGGGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTT-TCTGAG
65 GCATGGG-AAAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAG
* **
4446 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTATAATAAAAAATAAAAAAAAA
4491 TTCANNNNNN
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 20, Indels: 6
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.01
172 141 0.95
173 7 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAACGCGAGTAATAACGCTTCCGAAGG
CATGGGAAAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA
GACATTCAATTATAATCTGTTATAATAAAAAATAAAAAAAAA
Found at i:5144 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4888--5273 Score: 436
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
4878 CATAAATGTT
* * *
4888 AAAAAATT-TAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCT-ACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGGACTAATAAAGCTTT
* * * *
4952 TAAAGCCATGGGTAACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTC-C
64 TAAAGCCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATCAATACATTTTTCTTCATGTTTCTC
* *
5016 TGAGGAAGGTATTCAATTTTAATCTATTGTAATAAAAAAATATA
129 -GAGGAAGGCATTCAATTATAATCTATTGTAAT--AAAAATATA
* *
5060 AAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTACAAAAACATTT-AAAGTGACTAATAAAGCTTT
1 AAAAAATTCTACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-GACTAATAAAGCTTT
* *** * * * *
5124 TGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAATACCTTTTTCTTCATGTTTGTC
64 TAAAGCCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATCAATACATTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
5189 GATGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTA
129 GAGGAAGGCATTCAATTATAATCTATTGTAATAAAAATATA
* * *
5230 AAAAACATGCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 AAAAA-ATTCTACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
5274 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 29, Indels: 12
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 36 0.20
171 17 0.09
172 125 0.69
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTCTACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGGACTAATAAAGCTTTTA
AAGCCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATCAATACATTTTTCTTCATGTTTCTCGA
GGAAGGCATTCAATTATAATCTATTGTAATAAAAATATA
Found at i:5234 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4588--7165 Score: 1573
Period size: 341 Copynumber: 7.6 Consensus size: 339
4578 NNNNNNNNNN
* ** * * *
4588 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * *
4653 CTATCTTTCTT-TTCATGCTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAATAAAAAAAT
66 ATATCTTT-TTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAAT
********** * *
4716 ATAAAAAAATTTAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAGGCT
128 ATAAAAAAATTT-ACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * ***
4781 TTTAAATGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTG
192 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTG
* * ** * *
4846 TC-AAGACAAACATTTAATTATTTTCT-TTTT-TTCATAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATC
257 TCGAAG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATG-TAAAAAATTTAACTTAAAATC
*
4908 ATTTATGAGATTATAAAACCA
319 AATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
4929 TTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATG
1 TTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
4993 AATATATTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGAAGGTATTCAATTTTAATCTATTGTAATAAAAAAATA
65 GATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAATA
* * * *
5058 TAAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTACAAAAACATTTAAAGTGACTAATAAAGCTT
129 TAAAAAAATT-TACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** ** * *
5123 TTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAATACCTTTTTCTTCATGTTTGT
193 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGT
* * * ** *
5188 CGATGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAACATGCAACTT-AAATTAA
258 CGAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT-AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAA
5252 TTATGAGATTATAAAACCA
321 TTATGAGATTATAAAACCA
********** ** ** ** * *
5271 TTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * ****
5336 ATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAANNNN
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT
******* * * * * * *
5400 NNNNNNNTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTC
130 AAAAAAATTTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
5465 AAAGGCATGGGTGACCAT-AATGAACTTTT-TCTACCAATGTATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC
195 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTC
* * * * * * ********
5528 AAAGTAGATATTAAATTCTAATCTATTTTAATAAANNNNNNNNNNAAATTTAACTTAAAATCAAT
259 GAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA--AATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
5593 TATCAGACTATAAAACTA
322 TATGAGATTATAAAACCA
* * * ** * * *
5611 TTTAACGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCACTGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * *
5676 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGACGTATACATTCAATTACAATATGTTATAATAAAAAATATA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA
********** * * * * *
5741 AAAAAATTTAACNNNNNNNNNNTTATAAGGTTATAAAAACATTTAAGGCAAGTAATAACGCTTTC
131 AAAAAATTT-ACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
5806 GAAGGCATGGGTGAATATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTT-TTG
195 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTCG
* * * *
5870 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAA-TCTAAAACCAAT
260 AAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAATTTAACT-TAAAATCAAT
*
5934 TATGAGATTA-AAATACTA
322 TATGAGATTATAAA-ACCA
* ********** *
5952 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAANNNNNNNNNNGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * * *
6017 ATGTCTTTCTCTTTACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAATAAAAAATAT
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT
********** *
6081 AAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTT
130 AAAAAAATTT-ACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTT
* ** * * ** **********
6145 TCAAATGCATATGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTNNNNNNNNNNGTTTGT
193 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGT
* ** * *** * * *
6210 C-AAGACAAACATTCAATTATTTTTTGTTTTTCCCATAAATATAAAAATGTTTAACTTAAAATCA
258 CGAAG-CAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCA
*
6274 TTTATGAGATTATAAAACCA
320 ATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * *
6294 TATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACAATAAGTAGACTTATCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * *
6359 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGGTATCCAATTTTAATCTGTTTTAA-AAAAATATAT
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-ATAT
* * * *
6423 AAAAAATTTTTACTTAAAGTCAATTATGAGACTACAAAAACATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTT
130 AAAAAA-ATTTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** ** * **
6488 TAAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCTATATCTTTTTTTTCATGTTTACC
194 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTC
* * * *******************
6553 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT
259 GAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATT
6618 ATGAGATTATAAAACCA
323 ATGAGATTATAAAACCA
* * * *
6635 TTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *
6699 GATATCTTTTTCCTCATGTTT-CTCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
65 GATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATA
************* * ** *
6763 TAANNNNNNNNNNNNNNNAA-TCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCC
129 TAA--AAAAATTTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * * *
6827 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCCTACCAATGTATATCTTTTTCTTCACGTTTC
192 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTG
* * * * * *********
6892 T-TAAGGTAGACATAT-AATTCTAATTTGTTTTAATAAAAAATATNNNNNNNNNNAACTTAAAAT
257 TCGAA-GCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAAT
*
6955 CAATTATGAGATTATAAAACTA
318 CAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *** ** ** * * * *
6977 TTTAACGTGAGTAATAAAGCTTCCGAAGGTATGGGCAAGTATAAATGGATTTTTCTTACCACTGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * * *
7042 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTATACATTCAATTATGATTTGTTATAACAAAAAATATA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA
* * * * *
7107 AAAATATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAAACATTTAAGGCGAGTAATAAG
131 AAAAAATTT-ACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 1679, Mismatches: 508, Indels: 99
0.73 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 73 0.04
340 191 0.11
341 796 0.47
342 593 0.35
343 25 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA
AAAAAATTTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTCGA
AGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCA
Found at i:5460 original size:170 final size:163
Alignment explanation
Indices: 4588--7063 Score: 600
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 163
4578 NNNNNNNNNN
* * * * *
4588 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * *
4653 CTATCTTTCTT-TTCATGCTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAAT-AAAAAAAT
66 ATATCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAAAT
* * * *
4716 ATAA--AAAAATTTAACTTA-ANNNNNNNNNNGAGATTATAAAA-TCA
130 TTAACTTAAAA-TCAA-TTATA-----------AGACTATAAAACT-A
* ** * * * * *
4760 TTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTAAATGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
*** * * * * ** * * *
4825 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGAC-AAACATTTAATTATTTTCTTTTTTTCATAAATGTTA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-CTAGATATTCAATTATAAT-ATGTTTTAAT-AA----A
* * * *
4889 AAAAATTTAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCA
124 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
* ** ** * * * *
4929 TTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * ** * * **
4994 ATATATTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGAAGGTATTCAATTTTAATCTATTGTAATAAAAAAATA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGCTAGATATTCAATTATAA--TA-TGT--T---TTAATA
* * * *
5058 TAAAAAAATTCT-ACTTAAAGTCAATTATGAGATTACAAAAAC-A
122 -AAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATAAGACTA-TAAAACTA
** * * * * * **
5101 TTTAAAGTGACTAATAAAGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCA
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * ** *
5166 ATACCTTTTTCTTCATGTTTGTCGATG-TAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT----A---A
** * * * *
5230 AAAAACATGCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCA
123 AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
********** ** * *
5271 TTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
*
5336 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAANNNNN
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-----
**** *
5401 NNNNNNTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-TCA
126 --AAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACT-A
* * * * * *
5441 TTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACCAT-AATGAACTTTT-TCTACCAATG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATG
* * * * *
5504 TATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGATATTAAATTCTAATCTATTTTAATAAANNNNN
65 GATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAA-----
** *
5568 NNNNNAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGACTATAAAACTA
124 ---AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
** * * * * *
5611 TTTAACGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCACTGG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
** * * *
5676 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-CGTATACATTCAATTACAATATGTTATAATAAAAAATAT
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGC-TAGATATTCAATTATAATATGTT-T--T----AATA-
********** **
5740 AAAAAAATTTAACNNNNNNNNNNTTATAAGGTTATAAAAAC-A
122 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTAT-AAAACTA
** * * * * * *
5782 TTTAAGGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGAATATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * *
5847 ATATCTTTTTCTTTATGTTTTTGAGGC-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAA---A
*** * * *
5911 AAAAAAATCAATCTAAAACCAATTATGAGATTA-AAATACTA
127 AATTTAA-C--T-TAAAATCAATTATAAGACTATAAA-ACTA
* ********* *
5952 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AANNNNNNNNNNGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
6016 GATGTCTTTCTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAATAAAAAATAT
65 GATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATG-TTT--T----AATA-
********** * *
6081 AAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAA-TCA
122 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACT-A
* * * ** *
6123 TTT-AAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATATGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAAC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** ********** * * * ** * *
6187 AATGGCTNNNNNNNNNNGTTTGTCAAGAC-AAACATTCAATTATTTTTTGTTTTTCCCATAAATA
65 GATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-CTAGATATTCAATTATAATATG-TTTT--AAT-AA-A
* * * *
6251 TAAAAATGTTTAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCA
124 -AAAAA--TTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
* * ** ** * * * * * * *
6294 TATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACAATAAGTAGACTTATCTTACCAATGA
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
** ** * * * *
6359 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGGTATCCAATTTTAATCTGTTTTAAAAAAATATATA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTT-----AATA-A-A
* * * *
6424 AAAAATTTTTACTTAAAGTCAATTATGAGACTACAAAAAC-A
124 AAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTA-TAAAACTA
* * ** * * **
6465 TTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTAAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCT
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * *
6530 ATATCTTTTTTTTCATGTTTAC-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-A-A
*************** * * *
6594 ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACCA
128 A-----TTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
* * * * * *
6635 TTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCTAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * *
6700 ATATCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAAT--AAAAAATA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAAATT
***** * ** *
6763 TAANNNNNNNNNNNNNNNAATCAATTATGAGGTTATAAAATTA
131 TAA----------CTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
* * * * ** * * *
6806 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCCTACCAATGT
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * * *
6871 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATAT-AATTCTAATTTGTTTTAATAAAAAATAT
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATAT-TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAAAT
** * *
6935 NNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
130 --------TTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
*** * * ** * * * *
6977 TTTAACGTGAGTAATAAAGCTTCCGAAGGTATGGGCAAGTATAAATGGATTTTTCTTACCACTGG
1 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
7042 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
7064 TGAGGTATAC
Statistics
Matches: 1697, Mismatches: 468, Indels: 279
0.69 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 11 0.01
164 7 0.00
165 2 0.00
166 14 0.01
167 7 0.00
168 11 0.01
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175 7 0.00
176 3 0.00
177 1 0.00
178 11 0.01
179 15 0.01
180 2 0.00
181 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (163 bp):
TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAAATT
TAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTA
Found at i:6958 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 6781--7107 Score: 325
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
6771 NNNNNNNNNN
* * * **
6781 AATCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTT-CAAAGGCATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTCCAAAGGCATGGGCAAC
*
6845 TATAAATAAACTTTTCCTACCAATGTATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATAT-AA
65 TATAAATAAACTTTTCCTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT-TCAA
* * *
6909 TTCTAATTTGTTTTAATAAAAAATATNNNNNNNNNNAACTTAA
129 TTATAATTTGTTATAACAAAAAATAT----------AACTTAA
* * * * *
6952 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGTGAGTAATAAAGCTTCCGAAGGTATGGGCAAGT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCCAAAGGCATGGGCAACT
** * * * * * *
7017 ATAAATGGATTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTATACATTCAATT
66 ATAAATAAACTTTTCCTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
*
7082 ATGATTTGTTATAACAAAAAATATAA
131 ATAATTTGTTATAACAAAAAATATAA
7108 AAATATTTAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 23, Indels: 14
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.02
170 4 0.03
171 125 0.95
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCCAAAGGCATGGGCAACT
ATAAATAAACTTTTCCTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
ATAATTTGTTATAACAAAAAATATAACTTAA
Done.