Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402172.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5261.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4331
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Warning! 212 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:357 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4--685 Score: 641
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
1 AGT
* * * * **
4 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTTAATGAATGTTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
* * *
69 TTCTTCACGTTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
66 TTCTTCACG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
* *
133 TC-AGCTTAAAATAAATTATAAAATTATAAAACCATGTAAAGC
130 TCAAG-TTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
175 GAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTT-TTGTACCAATGGATGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT--CAATGAATGGCT
* * * * * * *
238 TTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTAAATTATAATATATCTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAA--TATAAAAA
* *
303 AATTCAAGTTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAAC
127 AATTCAAGTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
348 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATGACTGTAAAT-GTGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GATT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
* * ** * * *
411 TTT-TTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTTTTTGTTTTCATCAAAAATATAAAAAAAT
65 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
** * * * *
475 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAATA-CAGTTAAAGC
130 TCAAGTTAAAATCAATTATAAAATTATAAA-ACCATTTAAAGC
* *
517 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAACTAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
* * * * ** * *
582 TTCTTCATGTTT-TCTGAGGCAAACACTT-AATTATAACCTGTTTTAACT--AAAATGTAAGAAA
66 TTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACA-TTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
** * ** *
643 ATTCAACCTAAAATCAATTATGATTTTATACAACCATTTAAAG
128 ATTCAAGTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAG
686 TTTTAGAAGG
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 79, Indels: 35
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 97 0.23
170 67 0.16
171 148 0.36
172 9 0.02
173 86 0.21
174 5 0.01
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
CAAGTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:1236 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 888--3738 Score: 1621
Period size: 171 Copynumber: 16.8 Consensus size: 166
878 NNNNNNNNNN
* * **
888 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGATTGTTTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * ** *
953 AGGAAACATGAAGAAAATGCATTTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
64 -GGAAACATGAAAAAAAT-CA-TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * *
1017 AAAAGCGTTATTGCTCACTTTAAATGGTTGTATAA-ACTGATA
125 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATA-TCATA
* * * * *
1059 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAGTGTTTGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTTTACCT-
* * * *
1124 AGGAAACATGAAACAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAA
63 TGGAAACATGAAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* *
1189 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTGTAATATCATA
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * ** * * *
1228 AATGATTTTAGGTGGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAATATAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * * * * *
1293 GAGAAGCATGAAGAAAACCATTCATTGACAAGAAATGCCCATTTATATTCA-TCCAAGCCTTCGA
64 G-GAAACATGAAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGA
* *** * *
1357 AAGCTTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATA
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * *
1397 ATTGATTTTAAGTTAAAATTCTTTTTACATTTTTGATTAAAA-TGTATTATAATTGAATGTCTGC
1 ATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTTACATTTTTG-TTAAAACAG-ATTATAATT-AATGTTTAC
* * * * * ** * * *
1461 ATTGAGAAACATGAAGCAAAATCCATCCATTGATATGAAAAGTTAATTTATAGTCATTTAAACCT
61 CTTG-GAAACATGAA-AAAAAT-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * * *
1526 TCGAAGGTCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
123 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* *
1570 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * * * ** *
1635 GGAAAACGTGAAAAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
64 GG-AAACATG-AAAAAAA-TCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
**
1700 AAAGTGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATA
126 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATA-TCATA
* * *
1741 ATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATA-ATTTTTAGTTAAAACA-AGTAATAATTAAGTGTCTAC
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TT-TACATTTTT-GTTAAAACAGA-TTATAATTAA-TGTTTAC
** * * * * * *
1804 CTCAAGAAATATGAAGAAAAAGTTATTCATTGATAAG-AAAGTTCATTTATTGT-AC-CACATAC
61 CT-TGGAAACATGAA-AAAAA-TCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-A-GC
* * * * * *
1866 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTATTTACAGTCTTATA
121 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATATCATA
* * * * *
1912 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATGAAAATAGA-AATAATTAAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
** * * *
1976 GAGAAATGTGAAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTTA-TCCAAGCCTTCGA
64 G-GAAACATGAAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGA
*
2040 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * ** * *** * * * *
2080 ATTGATTTTTAA-TTAAAATATATT--ATAATTG-----A-ATATCTA-CCCTGA-G--AAACGT
1 ATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAT-TATAATTAATGTTTACCTT
* ** * * *
2132 -G--A-A-G-TAAAAGCCATCCATTGGTGC-A-CAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
64 GGAAACATGAAAAAAATCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
** * *
2189 AAGCCTTATTGTTCGCTTTATATGGTTTTATAAT-TCATA
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * * * * *
2228 ATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTCTGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCT-
*** * * * * ***
2293 AAAAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCAC-CTATTTCTTC
63 TGGAAACATG-A-AAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTC
* * *
2357 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
125 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * * * * **
2399 ATTGATTTTAAGTTATA-TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAACGTCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * * * *
2463 GAGAAACGTGAAGAAAAAGC-TATCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
64 G-GAAACATGAA-AAAAATCAT-TC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* *
2527 GAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
125 GA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * * * * * *
2570 TTTTATTTTAAGTT-GATTTTTTAAAAGTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCT-
** * ** * *
2634 AAGAAACATGAAAAAAAAAGCCA-TCTATTGATGTA-AAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCT
63 TGGAAACATG--AAAAAAA-TCATTC-ATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * *
2697 TTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATA
123 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-ATCATA
* * * * * * * * * * *
2741 ATTGGTTTTAAATT-GATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGTATATCTGCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCT
* * * * * * *
2805 TATGAAACATGAAGCAAAAGTTA-ACTATTGACATA-AAAAGTCCACTTATGGTCACTCAAGCTT
63 T-GGAAACATGAA--AAAAATCATTC-ATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
** * *
2868 TCGAAAGTATTATTACAT-ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
123 TCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * * * * *
2912 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCTTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * ** * * * * * *
2975 GAAAAACGTGGAGAGAAAGGT-ATTCATCGACAAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATCGCC-
64 G-GAAACAT-GA-A-AAAAATCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCT
* * * *
3038 TC-AAAACCATTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
123 TCGAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * * * *
3082 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCATA
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACC-TT
* * * * * * *
3146 GAAAACGA-GAAGACAAAGCTATTCATTAACATGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATGCCTTC
64 GGAAAC-ATGAA-AAAAATC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTC
* * *
3209 -AAAGACCTTAGTACTCATTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATA
125 GAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATATCATA
* * * * * * * *
3252 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTGATAAAAATATATTGTAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * * * * *
3317 GGAAA-ATGTGTAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCATA-AAAAATCCACTTATAGTCACTCAAGCTT
64 GGAAACA--TG-A-AAAAAATCATTC-ATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * *
3379 TTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
123 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* * * * * * * * *
3423 ATTAATTCTAAGCTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGATTGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACC-T
* * * * **
3488 TGAAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCGTTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATCCCCTT
63 TGGAAACATG-A-AAAAA-ATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTT
* * * * *
3552 -AAAACCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
124 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
** * * *
3594 ATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTACAGTTGAATGTTTA-CTA
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCT-
** * * * * * * *
3658 TAGGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATTTCATTTATAGTTACCCATGCGTTT
63 T-GGAAACATGAA-A-AAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
3723 GAAAGCCTTATTACTC
125 GAAAGCCTTATTACTC
3739 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 2104, Mismatches: 431, Indels: 290
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
147 6 0.00
148 18 0.01
149 67 0.03
150 5 0.00
151 4 0.00
152 1 0.00
154 1 0.00
156 6 0.00
157 5 0.00
158 2 0.00
159 4 0.00
160 2 0.00
161 2 0.00
165 1 0.00
166 6 0.00
167 14 0.01
168 80 0.04
169 359 0.17
170 345 0.16
171 829 0.39
172 249 0.12
173 97 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACCTTGG
AAACATGAAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
Found at i:1621 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 888--3709 Score: 2202
Period size: 342 Copynumber: 8.3 Consensus size: 338
878 NNNNNNNNNN
* * * **
888 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGATTATAATTGATTGTTTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
** *
953 -AGGAAACATGAAGAAAATG-CATTTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT
66 GA-GAAACATGAAGAAAA-GCCA-TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCT
* * * * * *
1015 TCAAAAGCGTTATTGCTCACTTTAAATGGTTGTATAAACTGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
126 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * * *
1080 CTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATT-AAGTGTTTGCCTCAGGAAACATG-A-AACAAG-
191 TTTATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTGCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC
* * *
1141 TCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
253 T-ATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
1206 TAAATGGATTTGTAATATCATA
317 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
1228 AATGATTTTAGGTGGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAATATAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * *
1293 GAGAAGCATGAAGAAAA-CCATTCATTGACAAGAAATGCCCATTTATATTCATCCAAGCCTTCGA
66 GAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAA
*** *
1357 AAGCTTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTCTTTT
130 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTT
* * * * *
1422 TACATTTTTGATTAAAATGTATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGCAAAATCCAT
193 TATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
* ** * * * * * * *
1487 CCATTGATATGAAAAGTTAATTTATAGTCATTTAAACCTTCGAAGGTCTTATTACTCGCCTTAAA
256 CCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
1552 TAGTTTTATAATCTCATA
321 TGGTTTTATAATCTCATA
*
1570 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * **
1634 TG-GAAAACGTGAAAAAAAAGCCTTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
65 TGAG-AAACATG-AAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTT
* *
1698 CAAAAG-TGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
127 CAAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * ** *
1762 CTTATAATTTTTAGTTAAAACA-AGTAATAATT-AAGTGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA
191 TTTAT-ATTTTTA-TTAAAATATA-TTATAATTGAA-TGTCT-GCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * * *
1825 GTTATTCATTGATAAG-AAAGTTCATTTATTGT-AC-CACATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
251 GCTATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-A-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
1887 CTTTAAAT-GTATTTACAGTCTTATA
314 CTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATA
* * * * *
1912 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATGAAAATAGA-AATAATTAAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
** * * *
1976 GAGAAATGTGAA-AAAA-CTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTTATCCAAGCCTTCG
66 GAGAAACATGAAGAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCA
* * *
2039 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATCAT-A---A--TT--G----A---TTTT
129 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
2089 -TA-----ATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCCTGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCC
194 ATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCC
* ** * *
2148 ATTG--GTGCACAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGTTCGCTTTATA
258 ATTGACATG-A-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
2211 TGGTTTTATAAT-TCATA
321 TGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
2228 ATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTCTGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * ** * * ***
2293 AAAAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATTTCTTCA
66 GAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCA
* * *
2358 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATA-TTTTTT
129 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
2422 ACT-TTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAACGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTAT
194 A-TATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
* * * *
2486 CTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
256 CCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAA
2551 ATGGTTTTATAATCTCATA
320 ATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
2570 TTTTATTTTAAGTTG-ATTTTTTAAAAGTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
** * ** * *
2633 CAAGAAACATGAAAAAAAAAGCCA-TCTATTGATGTA-AAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCC
65 TGAGAAACATG--AAGAAAAGCCATTC-ATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCC
** * * * *
2696 TTTGAAAG-TCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATAATTGGTTTTAAATT-GAT
125 TTCAAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * *
2758 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGTATATCTGCTTTATGAAACATGAAGCAAA
188 T-TTTTTATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTGA-GAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * **
2823 AGTTAACTATTGACATAAAAAGTCCACTTATGGTCACTCAAGCTTTCGAAAGTATTATTACAT-A
250 AGCTATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCA
*
2887 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
314 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
2912 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * ** * * * * *
2975 GAAAAACGTGGAGAGAAAGGTATTCATCGACAAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATCGCC-T
66 GAGAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-AGCCTT
* * * * *
3039 CAAAACCATTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
127 CAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * * *
3104 TAATATTTTT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGAAAACGA-GAAGACAAAGCT
192 TTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTGAG-AAAC-ATGAAGAAAAAGCT
* * * * * *
3166 ATTCATTAACATGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATGCCTTC-AAAGACCTTAGTACTCATTT
254 ATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCACTT
3229 TAAATTGGTTTTATAATCTCATA
317 TAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
3252 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTGATAAAAATATATTGTAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * *
3317 G-GAAA-ATGTGTAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCATA-AAAAATCCACTTATAGTCACTCAAGCT
66 GAGAAACA--TGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCC
** * * * * * * * *
3378 TTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGCTGAGTTT
125 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * *
3443 TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGATTGTTTACCTTTGA-AAACATGAAGAAAAAG
190 TTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * ** * * *
3507 ATATTCGTTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATCCCCTT-AAAACCCTTATTAATCACT
252 CTATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
*
3571 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
316 TTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * *
3594 ATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTACAGTTGAATGTTTA-CTA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-
* *
3658 T-AGGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATTTCATTTATAGT
65 TGA-GAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
3710 TACCCATGCG
Statistics
Matches: 1983, Mismatches: 372, Indels: 252
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
314 1 0.00
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
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AGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
ATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATT
GACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATA
Found at i:3405 original size:682 final size:681
Alignment explanation
Indices: 2158--3651 Score: 1553
Period size: 682 Copynumber: 2.2 Consensus size: 681
2148 ATTGGTGCAC
* * ** * * *
2158 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGTTCGCTTTATATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTCATCACTTTAAATGATTTTATAAT
*
2223 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTCT
66 TCATAATTGATTTTAAGCTAAA-TTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTCT
* * * * * **
2288 GCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATTT
130 GCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATCGACAAAAAAAATCTAATTATAGTCACCCATCG
* *
2353 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATT
195 CCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATT
* * * * *
2418 TTTTACTTTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAACGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
260 TTTTAATTTTTT-GTTAAAACAAATTATAATTAAACGTCTGCCTAGAGAAACGAGAAGAAAAAGC
* * * * *
2483 TATCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAGAAGCCTTATTACTCGCTT
324 TATCTATTAACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAGAAGCCTTAGTACTCACTT
* * *
2548 TAAATGGTTTTATAATCTCATATTTTATTTTAAGTTGATTTTTTAAAAGTTTTAGTTAAAACAAA
389 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTAAAAGTTTTAGATAAAACAAA
** * *
2613 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCTATTGATGTAAAAAGTTCA
454 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCTATTGACATAAAAAATCCA
* *
2678 TTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCAT-ATA
519 CTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC-TCATA
** * * *
2741 ATTGGTTTTAAATTGA-TTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGTATATCTGCTT
582 ATTAATTCTAAACTGAGTT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTACAATTGTATATCTGCTT
2805 TATGAAACATGAAGCAAAAGTTAACTATTGACATAA
646 TATGAAACATGAAGCAAAAGTTAACTATTGACATAA
* * *
2841 AAAGTCCACTTATGGTCACTCAAGCTTTCGAAAGTATTATTACAT-ACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATT-CATCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * *
2905 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTT
65 T-TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTC
* ** * * * *** *
2969 TGCTTTGAAAAACGTGGAGAGAAAGGTATTCATCGACAAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCAT
129 TGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATCGAC-AAAAAAAATCTAATTATAGTCACCCAT
**
3034 CGCCTCAAAA-CCATTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 CGCCTCAAAAGCC-TTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
* * * * *
3098 -ATTTTTTAATATTTTT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCATAGA-AAACGAGAAGAC
256 TATTTTTTAAT-TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAACGTCTGCC-TAGAGAAACGAGAAGAA
* *
3160 AAAGCTAT-TCATTAACATGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATGCC-TTCA-AAGACCTTAGT
319 AAAGCTATCT-ATTAACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTCAGAAG-CCTTAGT
* * *
3221 ACTCATTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTCT-
381 ACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTAAAAGTTT-TA
* * ** ** ** *
3284 GATAAAA-ATATATTGTAATTGAATGTTTACCT-TGGAAA-ATGTGTAGCAAAAGTCATCTATTG
443 GATAAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAAAAAAAAGCCATCTATTG
* * *
3346 GCATAAAAAATCCACTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAGTT
505 ACATAAAAAATCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * *
3410 TTATAATCTCATAATTAATTCTAAGCTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATT
569 TTATAATCTCATAATTAATTCTAAACTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTACAATT
* * * * * * * * *
3475 G-ATTGTTTACCTT-TGAAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCGTTGGCA-AGA
634 GTA-TATCTGCTTTATG-AAACATGAAGCAAAAGTTAACT-ATTGACATA-A
* * ** * * * * * *
3523 AAATTCCATTTATAGTCACTCATCCCCTT-AAAACCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAGTCCACTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCATTATTCATCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * *
3587 TCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTACAGTTGAATG
65 T-TCATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTAAATTTTT-TATTAAAACATATTACAATTGAATG
3651 T
127 T
3652 TTACTATAGG
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 117, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.00
681 35 0.05
682 390 0.59
683 177 0.27
684 59 0.09
685 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (681 bp):
AAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTCATCACTTTAAATGATTTTATAAT
TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTCTG
CCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATCGACAAAAAAAATCTAATTATAGTCACCCATCGC
CTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTT
TTTAATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAACGTCTGCCTAGAGAAACGAGAAGAAAAAGCTA
TCTATTAACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAGAAGCCTTAGTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTAAAAGTTTTAGATAAAACAAATT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCTATTGACATAAAAAATCCACT
TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
ATTCTAAACTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTACAATTGTATATCTGCTTTATGA
AACATGAAGCAAAAGTTAACTATTGACATAA
Done.