Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402175.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5265.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2172
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Warning! 158 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1129 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 708--2124 Score: 1583
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
698 NNNNNNNNNN
* * * *
708 TCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAAAT-TAAAGAAAA
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATC--AAAAATGTAAA-AAAA
* * * *
771 TTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGA
63 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGA
*
836 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCGTT-TT
128 ATGAGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAT-GC-TTGTT
** ** * * **
881 T-TT-ATATTTCTCAAGGGCGACAATCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAATTC
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
944 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGCATTTTGATGGAATG
66 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATG
* * *
1009 GGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTT
131 AGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTT
* * * *
1050 TCTTAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATAATATGCTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * *
1115 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGTGGGTAATAATCATTTTGAGGGAATG
66 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATG
** *
1180 AGTGACAATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TT
131 AGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTGTT
* * * ** * ** * * *
1221 ACTGCACGTTTCTCGAGGTAGGTATTTAATTATTTTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAACAATT
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
1285 CAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
* * *
1350 GAGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATTCATGTT
130 GAGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTT
* *
1392 TCTTCAC-TTTGCTCAAGGTAGATATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
1 TCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
1456 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
* *
1521 GAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTC-CTAATGAATGTTTGTT
130 GAGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTC-AATGAATGCTTGTT
* * * ** * * * * * *
1563 TCTTCTCATTTTTTGACGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAAAT
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
* ** ** *
1627 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCGTTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAAGAAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
* * * *
1692 G-GTTG--TCTACAATGGACTTTTTTTCTTAATGAATGACTTCTT
130 GAG-TGACTCTA-AATGAACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTGTT
* * * * * * *
1734 T-TTCACATTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAAAT-AAAAATATAAAAAAAAT
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTT-AATCAAAAATGT-AAAAAAAT
* *
1797 T-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGCCTTTTGATGGAA
64 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
* * * * *
1861 TGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGCTTGTC
129 TGAGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTT
* ** * *
1904 TCTTCACATTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
1969 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAAAG
66 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATG
* *
2034 GGTGACTCTAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTT
131 AGTGACTCTAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTT
* ** * *
2075 TCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAA
1 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAA
2125 TCAATTATGA
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 164, Indels: 57
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 8 0.01
170 249 0.24
171 780 0.74
172 13 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATG
AGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTT
Found at i:1978 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 716--2124 Score: 1707
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 509
706 NNTCTTCATG
* * * *
716 TTTCTCAA-GATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAATTAAAGAAAATTCAACTTA
1 TTTCTCAAGGA-AAACATTTAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAATTAAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
780 AAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * * ** *
845 TATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCGTT-TT-TTTATATTTCTCAAGGGCGACAATCAA
129 TCTAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT-GC-TTGTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * *
908 TTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
192 TTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
973 CTATTTAAAGCGAGCAATAAGCATTTTGATGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAA
257 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTGTCAA
* * * ** * *
1038 TGAATGCTTGTTTCTTAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATAATATGCTTTAATC-AAAAA
322 TGAATGCTTGTTTCTT-TCATTTTTTGA-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAA
* * * * *
1102 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGTGGGTAATAATCA
384 AGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAATCA
** * *
1167 TTTTGAGGGAATGAGTGACAATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTACTGCACG
449 TTTTGAAAGAATGAGTGAC-ATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTACTGCACA
* * *** * * *
1229 TTTCTCGAGGTAGGTATTTAATTAT-TTTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTA
1 TTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATT-TGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
1292 AAATGAATTATAAGATTATAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGAGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * *
1357 TCTAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATTCATGTTTCTTCAC-TTTGCTCAAGGTAGATATTCAA
129 TCTAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTG-TTCTTCACATTT-CTCAAGGTAGACATTCAA
1421 TTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
192 TTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
1486 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CCTA
257 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTGTC-A
* * *
1550 ATGAATGTTTGTTTCTTCTCATTTTTTGACGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAA
321 ATGAATGCTTGTTTCTT-TCATTTTTTGA-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAA
* * * *
1615 AGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCGTTTAAAGCGAGTAATAA-GA
384 AGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAATCA
* * * * * * *
1679 TTTTTGAAAGAATG-GTTGTC-TACAATGGACTTTTTTTCTTAATGAATGACTTCTT-TTTCACA
449 -TTTTGAAAGAATGAG-TGACATA-AATGAAATTTTCTTCTCAATGAATGACTT-TTACTGCACA
1741 TTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAA-ATAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTA
1 TTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACA-AAAAAT-TAAAAAAAATTCAACTTA
* * *
1804 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGCCTTTTGATGGAATGGGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * ** *
1869 TCTAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGCTTGTCTCTTCACATTTCTTGAGGTAGAGATTCAAT
129 TCTAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGT-TCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
*
1934 TATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
193 TATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
1999 TATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAAAGGGTGACTCTAAAT-AGACTTTTCTTGTCAA
258 TATTTAAAGCGAGTAATAAGCATTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGA-ACTTTTCTTGTCAA
* * *
2063 TGAATGCTTGTTTC-TTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAA
322 TGAATGCTTGTTTCTTTCAT-TTT-TTGAG-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA
2125 TCAATTATGA
Statistics
Matches: 767, Mismatches: 106, Indels: 47
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 11 0.01
512 455 0.59
513 295 0.38
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
TTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTC
TAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
TTAAAGCGAGTAATAAGCATTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAA
TGCTTGTTTCTTTCATTTTTTGAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAAGTAAAA
AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAATCATTTTGAA
AGAATGAGTGACATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTACTGCACA
Done.