Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402182.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5271.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 985
Length: 1643
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Found at i:406 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1637 Score: 1750
Period size: 172 Copynumber: 9.6 Consensus size: 171
* * *
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTCGTACATTTTT-CTATA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT-TTACATTTTTGGT-TA
* *
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGG--TTCATTGGTAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* *
128 AGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * *
171 ACTTTAAATCATTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTGGTATATTATTGGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT-TTACATTTTTGGTTAA
* * ** **
236 AAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAATGTGAAGGTAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
301 GTCCATTAACAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTTCTT
130 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
344 GCTTTACATGGTTTTATAATGC-CAGAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTACATTTTTGGTTA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * **
407 AAACGGACTAGAATTG-ATGTCTACCCCAACAAACAT-AATGAAAAAGGCATTTGTTGGCAAGAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* *
470 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTTTTACTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
514 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTCTTTACATTTTTTGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT-TTTACATTTTTGGTTAA
* *
579 AACAGATTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAACGA-GAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
643 AAT-AAGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTCATTACTC
129 AGTCCA-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * ** * *
686 GCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTTAGTTGAATT-TTTTACATTTTTCGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *** * * * *
750 ACATACTATAATTGATTGTCAATCTTGTGAAACATAAAGAAAAAAGTAGTT-GTTGGCAAGAAAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAGAAAA
*
814 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTAATACTC
130 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* * * **
856 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAACTTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAT
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTA-
* * *
921 AAA-AGATTATAATTGAATGTCAACATCAAGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* *
985 AGTCCATTTTTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** **
1028 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTGATCTACATTTGAATTCGTTGCACATTTTTTTATT
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTAAATTTGAATTC-TTTTACA-TTTTTGGTT
* * * * * * *
1093 AAAACAGATTAAAATTAAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGGCCTACATTGGCAAAAA
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
1158 AAATTCGTTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTACATTACTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTC
* * ** * ** * *
1202 GCTTTAAATGGCTTTATAATGGCATAATTGATTTTTAGTTGAAGTT-TTTTAAATTTTTGGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** ** * * *
1266 AACAGACTATAATTGATTGTCAATCTTGAGAAACACAAAGAAAAAGGTATT-TTTCGGCAACAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAA
*
1330 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * ** *
1373 ACTCGAAATGGTTCTGTAATCTCAAAA--G---TCCATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAA
* *
1433 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGACAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
1498 GTCCATTAATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC
130 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
1540 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGGTTAAAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTGGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTC-TTTTACATTTTTGGTTAA
* * *
1605 AAAATATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAA
1638 TGTGAA
Statistics
Matches: 1204, Mismatches: 223, Indels: 78
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 10 0.01
167 125 0.10
168 2 0.00
169 6 0.00
170 278 0.23
171 215 0.18
172 347 0.29
173 99 0.08
174 120 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:878 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1637 Score: 1742
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 340
* *
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTCGTACATTTTTC-TATA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT-TTACATTTTTCGT-TA
* *
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGG--TTCATTGGTAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT-ATTGGCAAGAAA
* * **
128 AGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTGTAATCT
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
* * * *
193 CAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTGGTATATTATTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCA
192 CAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTT-TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCA
*** ** * *
258 ACCTCAAGAAATGTGAAGGTAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAACAGTCACCCATTC
256 ACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* *
323 CTTCAAAAAGCCTTATTTCTT
321 CTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
344 GCTTTACATGGTTTTATAATGC-CAGAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTACATTTTTGGTTA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTCGTTA
* * * * * * *
407 AAACGGACTAGAATTG-ATGTCTACCCCAACAAACAT-AATGAAAAAGGCATTTGTTGGCAAGAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGGCA-TTATTGGCAAGAA
* *
470 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATC
* * * *
535 TCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATC
191 TCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCT-TTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC
* * *
600 AACCTCAAGAAACGA-GAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAAT-AAGTTTATAGTCACCCA
255 AACCTCAAGAAAC-ACGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCA
* *
663 TTCCTTCAAAAGTCTCATTACTC
318 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * ** *
686 GCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTTAGTTGAATT-TTTTACATTTTTCGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTCGTTAAA
* * * * *** * * * *
750 ACATACTATAATTGATTGTCAATCTTGTGAAACATAAAGAAAAAAGTAGTTGTTGGCAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTATTGGCAAGAAAAG
*
815 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
130 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* ** *
880 AACTTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTATAAAAGATTATAATTGAATGTCAAC
194 AAATTGATTGAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAAC
* * * * *
945 ATCAAGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATTCCT
258 CTCAAGAAACACGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
*
1010 TCAAAAGCCTTTTTACTC
323 TCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** **
1028 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTGATCTACATTTGAATTCGTTGCACATTTTTTTATT
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTAAATTTGAATTC-TTTTACA-TTTTTCGTT
* * * * * * *
1093 AAAACAGATTAAAATTAAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGGCCTACATTGGCAAAAA
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT-TATTGGCAAGAA
* * * * * * * * *
1158 AAATTCGTTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTACATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATG
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATC
* * *** * * * * *
1223 GCATAATTGATTTTTAGTTGAAGTT-TTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTC
191 TCAAAATTGATTGAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC
* ** * * * *
1287 AATCTTGAGAAACACAAAGAAAAAGGTATT-TTTCGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
255 AACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*
1351 TCCTTCAAAAGCCTTAATACTC
319 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * ** *
1373 ACTCGAAATGGTTCTGTAATCTCAAAA--G---TCCATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTCGTTAA
* *
1433 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGACAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT-TATTGGCAAGAAAA
* * *
1498 GTCCATTAATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * * *
1563 AAAATTGGTTAAAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTCAATGTCAA
193 AAAATTGATTGAAATTTGAATTC-TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAA
1628 CCTCAAGAAA
257 CCTCAAGAAA
1638 TGTGAA
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 190, Indels: 64
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 133 0.12
339 59 0.05
340 2 0.00
341 58 0.05
342 315 0.29
343 241 0.22
344 13 0.01
345 132 0.12
346 117 0.11
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTCGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAA
ATTGATTGAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTC
AAGAAACACGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTC
Done.