Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402190.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5279.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2113
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Found at i:353 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--429 Score: 406
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
* * * * * ** *
1 AATGGATGGCTTTTG-TTACACGTGTCTTGAGGAAAACATTCACCTATAATATATTTTAACCAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTT-CATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAA
* * * ** *
65 TATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTACGAGGTTATTAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAT
65 CATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATTAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAG
* * *
130 GCTTTCAAAGGTAAGAGTAACTATAAATGGACTTCTCTTTCC
130 GCTTTCAAAGGTAAGAGCAACTACAAATAGACTTCTCTTTCC
* * * * * *
172 AATGGATGGCTTTTGCTT-ATTTTTTTTAAGGCAGACATTGAATTATAATCTATTTTAA-CAAAC
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAC
* * *
235 AT-TATAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACTCATTTAAAGCAAGTAATA
66 ATGTA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATTAAAC-CATTGAAAGCAAGTAATA
** * *
298 AGGCTTTTGAAGGTATAG-GCGACTACAAATAGACTTTTCTTAT-C
128 AGGCTTTCAAAGGTA-AGAGCAACTACAAATAGACTTCTCTT-TCC
* * * *
342 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTCAACCATAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA-AA
* * *
407 -ATATGAAAAAATTCAACTAAAAA
65 CATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
430 CCTATTAAAG
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 40, Indels: 20
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 16 0.08
170 115 0.55
171 61 0.29
172 11 0.05
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAC
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATTAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGG
CTTTCAAAGGTAAGAGCAACTACAAATAGACTTCTCTTTCC
Found at i:579 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 283--569 Score: 371
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 151
273 ATAAACTCAT
283 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGCGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGAA
1 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGCGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGAA
* * *** * * *
348 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTCAACCATAAATATGA
66 TAGCTTTTTCTTCATGCTTCCAAAGACAAACATTCAAATACAATCTGTTTCAACCATAAATATAA
413 AAAAATTCAACTAAAAACCTA
131 AAAAATTCAACTAAAAACCTA
* * * ** *
434 TTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATTGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTATCAATGA
1 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATAGGCGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
* * * * * *
498 ATAGCTTTTTCTTTATGCTTCCAAAGACAGACATTTAATTGCAATCTGTTTGAACCA-AAATATA
65 ATAGCTTTTTCTTCATGCTTCCAAAGACAAACATTCAAATACAATCTGTTTCAACCATAAATATA
562 AAAAAATT
130 AAAAAATT
570 TAGCTTAAAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 20, Indels: 3
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
150 14 0.12
151 97 0.84
152 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (151 bp):
TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGCGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGAA
TAGCTTTTTCTTCATGCTTCCAAAGACAAACATTCAAATACAATCTGTTTCAACCATAAATATAA
AAAAATTCAACTAAAAACCTA
Found at i:1204 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 626--2113 Score: 1066
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
616 AGTGACTGCT
* * * ** * ** *
626 AATGAACTTTTCTTACTAATGGATAGCTTTCACTTCATATTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGATAG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAGAGTAGACATTCAATTATA
* * * *
691 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCATT
65 ATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
755 TAAAGAAAGTTATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATA
130 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * ** * * * * * * *
796 AATGAACTTTTCTTGTCAAT-GAGTGGTTTTTTTTTTTGCATGGTTACTAAAGTAGACTTTCAAT
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGA-TAG---TTTTTCTT-CATGTTTCCCAGAGTAGACATTCAAT
* * * * ** * * *
860 TATAATCTGTTTCAACAAAAAATGT-AAAAAATAAAAATTAAAATTAATTATGAGAATATAAAAC
61 TATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * * *
924 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
126 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * ** * *
969 AATAGAATTTTCTTACCAAT-GAGTGGCTTTTTCTTCACGGTTTCTAAG-GTAGATATTTAATTA
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGA-TAG-TTTTTCTTCA-TGTTTCCCAGAGTAGACATTCAATTA
* * *
1032 TAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCA
63 TAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
1097 TTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTA
128 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * *
1140 AATGGACTTTTTTTACAAATGGATAGTTTTTGCTTTATGTCTCCCAGAGCAAACATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGATAGTTTTT-CTTCATGTTTCCCAGAGTAGACATTCAATTATA
* * * * * *
1205 ATATATTTTAATTAAAGAA-GTAAAAGAATTTGACCTAAAA-CTAATTATGAGATTATGAAGCCA
65 ATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
1268 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
128 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * * * *
1311 AATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-GTGGCAGACTTTCAAATAT
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCCCAG-AGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
1375 AATATGTTTTAATTATAAAA-GT-AAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATCAAATTATAAAACTA
64 AATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
1438 TTT-GAGTGAA-TAGTAAGGCTTTCGACGGCTTGAGTGACTATA
128 TTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * ** * * * * *
1480 AATGGACTTTTCTTACAAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTTGCA-AGGCACACATTTAGTTAG
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGATAG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAGA-GTAGACATTCAATTAT
* * *
1544 AGTATATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
64 AATATATTTTAATAAAAAATGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
1609 TTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATA
128 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * ** *
1652 AATGAACTTTCTTTT-CCAATGGATGGCATTTCCTCCACATTTCCAATGA-TAGACATTCAATTA
1 AATGGACTTT-TTTTACCAATGGATAG-TTTTTCTTCATGTTTCCCA-GAGTAGACATTCAATTA
* * * *
1715 TAA-ACTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAATTTAACTT-AAATCTAATTATGATATTATAACA
63 TAATA-TATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1777 CCATTTAAAGCGAGTAACACGGCTTTGGAGGGCATGGGTGACTATA
125 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * ** ** ** * * * * *
1823 AATAGACCTTTCCTACCAATAAATGACATTTTCTTTATATTTTCCA-AGGTAGACATTTAATTAC
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCCCAGA-GTAGACATTCAATTAT
* ** * * **
1887 AATCTGCTTTAA-CAAAAATGTACAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
64 AATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
1950 TTAAAG-AGAGTAATAAGGATTTTGAAGACAT-AGATGACTATA
129 TTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATA
* * * * * *
1992 AATAGACTTTTTCTACTAAT-GAGTGGCTTTTTTTTCATGGTTT-CTA-ATGTAGACATTCAATT
1 AATGGACTTTTTTTACCAATGGA-TAG-TTTTTCTTCAT-GTTTCCCAGA-GTAGACATTCAATT
* * *
2054 ATAATATATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
62 ATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
Statistics
Matches: 1028, Mismatches: 247, Indels: 85
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 192 0.19
170 156 0.15
171 435 0.42
172 131 0.13
173 105 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATGGACTTTTTTTACCAATGGATAGTTTTTCTTCATGTTTCCCAGAGTAGACATTCAATTATAA
TATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
Found at i:1603 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 678--2113 Score: 1317
Period size: 512 Copynumber: 2.8 Consensus size: 509
668 CTTAAAGTAG
678 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTGACTTAAAA-TCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATA-AAAAA-ATTTGACTTAAAACT-AATTATGAG
* ** * * * * *
742 ATTATAAATCATTTAAAGAAAGTTATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
62 ATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * *
807 CTTGTCAATGAGTGGTTTTTTTTTTTGCATGGTTACTAAAGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTT
127 CTTGCCAATGAAT-G-ACTTTTTCTTGCATGGTTACTAAAGCAGACTTTCAAATATAATATGTTT
* *
872 CAACAAAAAATGTAAAAAATAAAAATTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAG
190 CAACAAAAAATGTAAAAAATAAAAATTAAAATTAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAA
* * * * *
937 TAATAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTTTC
255 TAATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACAAATGAATAGCTTTTGC
* * * * * * *
1002 TTCACGGTTTCTAAGGTAGATATTTAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAA
320 TTCACGGTTTCTAAGGCACACATTTAATTAGAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA
* * *
1067 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGCAAGCAATAA-GACTTTCGAAGGCTTGA
385 CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATG-CTTTCGAAGGCATGA
* * * ** * ** ** *
1131 GTGACTGTAAATGGACTTT-TTTTACAAATGGATAGTTTTTGCTTTATGTCTCCCA-GAGCAA
449 GTGAATATAAATGAACTTTCTTTT-CAAATGGATAGCATTTCCTCCACATCTCCAATGA-CAA
* *
1192 ACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAGAAGTAAAAGAATTTGACCTAAAACTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA-AA-TAAAAAAATTTGACTTAAAACTAATTATGAGA
* *
1257 TTATGAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
63 TTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *** *
1322 TTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT-CAT-GTTTCTCGTGGCAGACTTTCAAATATAATATGTTTT
127 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTGCATGGTTACT-AAAGCAGACTTTCAAATATAATATGTTTC
* * ** * * *
1385 AATTATAAAA-GTAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATCA-AATTATAAAACTATTT-GAGTGA
191 AA-CAAAAAATGTAAAAAATAAAAATTAAAATTAATTATCAGAA-TATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * * *
1447 ATAGTAAGGCTTTCGACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATAGCTTTTG
254 ATAATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACAAATGAATAGCTTTTG
* * * *
1512 CTTCATGTTTTGC-AAGGCACACATTTAGTTAGAGTATATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAATT
319 CTTCACGGTTT-CTAAGGCACACATTTAATTAGAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAAATT
* *
1576 TAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTCGAAGGCAT
382 TAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTCGAAGGCAT
* * * * *
1641 GAGTGAATATAAATGAACTTTCTTTTCCAATGGATGGCATTTCCTCCACATTTCCAATGATAG
447 GAGTGAATATAAATGAACTTTCTTTTCAAATGGATAGCATTTCCTCCACATCTCCAATGACAA
* * *
1704 ACATTCAATTATAA-ACTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAATCTAATTATGAT
1 ACATTCAATTATAATA-TATTTTAA-TAA-AA-ATAAAAAAATTTGACTTAAAACTAATTATGAG
* * * * * *
1768 ATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAACACGGCTTTGGAGGGCATGGGTGACTATAAATAGACCTT
62 ATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** * * * * * * *
1833 TCCTACCAATAAATGACATTTTCTT-TATATTTTCCAAGGTAGACATTT-AATTACAATCTGCTT
126 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTGCATGGTTACTAAAGCAGAC-TTTCAAATATAATATG-TT
*** * * * * *
1896 T-AAC-AAAAATGTACAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
189 TCAACAAAAAATGTA-AAAAATAAAAATTAAAATTAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * *
1958 AGTAATAAGGATTTTGAAGACAT-AGATGACTATAAATAGACTTTT-TCTACTAATGAGTGGCTT
253 AATAATAAGGATTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGAATTTTCT-TACAAATGAATAGCTT
** * * * * * * *
2021 TTTTTTCATGGTTTCTAATGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAATC-AAAAATGTAAAAAAA
316 TTGCTTCACGGTTTCTAAGGCACACATTTAATTAGAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAA
* *
2085 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
380 TTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 142, Indels: 59
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.01
511 172 0.23
512 420 0.56
513 32 0.04
514 54 0.07
515 68 0.09
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATAAAAAAATTTGACTTAAAACTAATTATGAGATTA
TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGAATGACTTTTTCTTGCATGGTTACTAAAGCAGACTTTCAAATATAATATGTTTCAACAA
AAAATGTAAAAAATAAAAATTAAAATTAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAA
GGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACAAATGAATAGCTTTTGCTTCACG
GTTTCTAAGGCACACATTTAATTAGAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
ATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATA
TAAATGAACTTTCTTTTCAAATGGATAGCATTTCCTCCACATCTCCAATGACAA
Found at i:1654 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 680--2113 Score: 1039
Period size: 340 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
670 TAAAGTAGAC
* * * * * * *
680 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAATT
* * ** * * *
745 AT-AAATCATTTAAAGAAAGTTATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** * * * * * * *
808 TTGTC-AATGAGTGGTTTTTTTTTTTGCATGGT-TACTAA-AGTAGACTTTCAATTATAATCTGT
130 TT-ACAAATGAATAG--CTTTTGCTT-CAT-GTCT-CCAAGAGCAAACATTCAATTAGAATATAT
* ** * *
870 TTCAACAAAAAATGT-AAAAAATAAAAATTAAAATTAATTATGAGAA-TATAAAACCATTTAAAG
189 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-AATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
933 -TGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAATGAGTGGCT
253 CT-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCAATGAATGACT
*
997 TTTTCTTCACGGTTTCTAAGGTAGAT
316 TTTTCTTCACGGTTTCTAAGGCAGAT
* * * * *
1023 ATTTAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAATT
* * *
1088 ATAACACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
1153 TACAAATGGATAGTTTTTGCTTTATGTCTCCCAGAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATT
131 TACAAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTCTCCAAGAGCAAACATTCAATTAGAATATATTTTAA-C
* * * * * * * *
1218 AAAGAA-GTAAAAGAATTTGACCTAAAA-CTAATTATGAGATTATGAAGCCATTTAAAGCGAGTA
195 AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTA
1281 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT
259 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT-CCAATGAATGACTTTTTCTT
* **
1346 CA-TGTTTCTCGTGGCAGACT
323 CACGGTTTCT-AAGGCAGA-T
* * *
1366 -TTCAAATATAATATGTTTTAATTATAAAA-GT-AAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATCAAAT
1 ATTCAAATATAATATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAAT
* * * * * * *
1428 TATAAAACTATTT-GAGTGAA-TAGTAAGGCTTTCGACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAG-CAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
1491 CTTACAAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTTGCAAG-GCACACATTTAGTTAGAGTATATTTTA
129 CTTACAAATGAATAGCTTTTGCTTCATG-TCTCCAAGAGCAAACATTCAATTAGAATATATTTTA
1555 ACAAAAAATGTAAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAG
193 ACAAAAAATGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAG
* * * * * * * * *
1620 TAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGAACTTTCTTTTCCAATGGATGGCATTTCC
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTTTCCAATGAATGACTTTTTC
* * * ** *
1685 TCCAC-ATTTCCAATGATAGAC
321 TTCACGGTTTCTAA-GGCAGAT
* * * * * *
1706 ATTCAATTATAA-ACTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAATTTAACTT-AAATCTAATTATGAT
1 ATTCAAATATAATA-TGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATCAA
* * * * * * * * * * * *
1768 ATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAACACGGCTTTGGAGGGCATGGGTGACTATAAATAGACCTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * * * **
1833 TCCTACCAATAAAT-GACATTTT-CTTTATATTTTCCAAG-GTAGACATTTAATTACAATCTGCT
128 TCTTACAAATGAATAG-C-TTTTGCTTCAT-GTCTCCAAGAGCAAACATTCAATTAGAATATATT
* ** * **
1895 TTAAC-AAAAATGTACAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
190 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCT
* ** * * * * * * * *
1958 AGTAATAAGGATTTTGAAGACATAGATGACTATAAATAGACTTTTTCTACTAATGAGTGGCTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCCAATGAATGACTTTT
* * * * *
2023 TTTTCATGGTTTCTAATGTAGAC
319 TCTTCACGGTTTCTAAGGCAGAT
* * * * * * *
2046 ATTCAATTATAATATATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAAATATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAATT
2111 ATA
66 ATA
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 181, Indels: 77
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 239 0.27
341 232 0.27
342 183 0.21
343 149 0.17
344 61 0.07
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAAATATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAATT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TACAAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTCTCCAAGAGCAAACATTCAATTAGAATATATTTTAACA
AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
GGTTTCTAAGGCAGAT
Done.