Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402197.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5285.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1859
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Warning! 118 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1090 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 5--1679 Score: 864
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 167
1 AAAC
* * * *
5 CGAGTAATAATGCTTTTGAGGGAAT-AGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCAATGAATGCTT
* * * * **********
69 GTTTCTTTATGTTT-TCTAAGGTAGATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAANNNNNNNNNNAA
63 -TTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
133 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTAATAAAACCATTTAAAG
126 ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
* * * * ********** *
176 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGGGNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCAATGAATG-CTT
* * * * * * * *
241 TTTTTTCATGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGCAAAAAAAN
63 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-
******** * *
306 NNNNNNNNNAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAC
127 -TTCAACTTAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCAATTTAAAG
*** * ********
348 CGAGTAATAATAATTTTG-AGAGAAT-ATGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCANNNNNNNNN
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGA-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCA-ATGAATGC
** * * * * *
411 NGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACTTTTAATTATAGTCTGTTTGAACAAATAATGTAAAAAA
61 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
476 ATTCAACTTATAATCAATTGTGTGATTATAAAACTATTTAAAG
126 ATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
* * * * * * **
519 CGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGATTGTAAATGAACCTTTCTTGCTAGGGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTT-CCAATGAATG-CTT
* * * * * *
584 TTTGTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTCAACTAAAAATGTAAAAGAAT
63 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* **********
649 TCAACTTAAAATCAATTATTAGATTNNNNNNNNNNTTAAAG
128 TCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
* * * *
690 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAAT-AGGTGACTATGAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATGCCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCAATGAATG-CT
* ********** * *
754 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGNNNNNNNNNNATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAA
62 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* *
819 TTTAACTTATAATCAATCATGAGATTATAAAAT-AATTTAACA-
127 TTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTAT-AAATCAATTTAA-AG
* * * * *
861 CGAGTAATAAGGTTTTTCAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACATTTCTTCTCAATGAATAGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCTT
* ** * * *
926 GTTCCACATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATAATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAG
63 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* *
991 TCAACTTAAATCAATTATGAGATTATTAATCCATTTAAAG
128 TCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
* * * * *
1031 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATACCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCAATGAAT-GCTT
** * * *
1096 TTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACAATT-AATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
********** * * *
1160 TTTNNNNNNNNNNCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAACG
127 -TTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
**
1202 CGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCTT
* ** * * * * *
1266 GTTCCACATGTTTC-CTTAGGCAGAGATTCAATTATACTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* *
1330 TTCATCTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-AATTTAAAG
127 TTCAACT-TAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCAATTTAAAG
* *********
1372 CAAGTAATAAGGCTTTT-ANNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCAATGAATG-CT
* * * * * * * ** *
1436 TTTTCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTTTAGCCTATTGTAACCCATAATGTAAAACAA
62 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AA
**********
1501 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAG
126 ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
* * * *
1543 CTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAAT-CTTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTT
* * * *
1607 TTGCCTTACAT-TTT-TCTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
64 TT--CTT-CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
*
1670 ATTTAACTTA
126 ATTCAACTTA
1680 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 348, Indels: 100
0.71 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.02
170 303 0.27
171 648 0.59
172 129 0.12
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTT
CTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAATCAATTATGAGATTATAAATCAATTTAAAG
Found at i:1162 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 413--1679 Score: 989
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 339
403 NNNNNNNNNG
* ** *
413 TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACTTTTAATTATAGTCTGTTTGAA-CAAATAATGTAAAAAAA
1 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAA
* * * *
477 TTCAACTTATAATCAATTGTGTGATTATAAAACT-ATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAC
65 TTTAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * ***
540 GAATGGGTGATTGTAAATGAACCTTTCTTGCT-AGGGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCGAGG
128 GAATGGGTGATTATAAATGAACATTTCTT-CTCAATGAATG-CTTGTTCCACATGTTTCTCGAGG
* * * * *
604 TAGACATTCAATTATAGTTTATTTCAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATT
191 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
********* * * * * *
669 AGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACTATGAATGGACT
255 AGATT-ATAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTAACTATAAATAGACT
* * *
734 TTGCTTGCCAATGAATGCCTT
319 TTGCTTACAAATGAATACCTT
* ********** *
755 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGNNNNNNNNNNATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
820 TTAACTTATAATCAATCATGAGATTATAAAATAATTTAACACGAGTAATAAGGTTTTTCAAGGAA
66 TTAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAACACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
885 TGGGTAACTATAAATGGACATTTCTTCTCAATGAATAGCTTGTTCCACATATTTCTCGAGGTAGA
131 TGGGTGATTATAAATGAACATTTCTTCTCAATGAAT-GCTTGTTCCACATGTTTCTCGAGGTAGA
* * *
950 CATTCAATAATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAATCAATTATGAGATT
195 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATT
* * * *
1015 ATTAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAAT-GAGTAACTATAAATAGACTTTTC
260 ATAAAT-AATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAG-GTAACTATAAATAGACTTTGC
1079 TTACAAATGAATACCTT
323 TTACAAATGAATACCTT
* *
1096 TTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
********** * * *
1161 TTNNNNNNNNNNCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAACGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAA
66 TTAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAACACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
1225 TGAGTGGTTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTCCACATGTTTC-CTTAGGCAG
131 TGGGTGATTATAAATGAACATTTCTTCTCAATGAAT-GCTTGTTCCACATGTTTCTC-GAGGTAG
* * * *
1289 AGATTCAATTATACTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCTCAAAATCAATTATGAGA
194 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAATCAATTATGAGA
* ********* * *
1354 TTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TANNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTT
258 TTAT-AAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AGAAATAGGTAACTATAAATAGACTTT
* * * **
1418 TCTTGCCAATGAATGTCTT
321 GCTTACAAATGAATACCTT
* * ** * * * * * * *
1437 TTTCTTCATGTTTATCAAAGTAGAC-ATTCAATTTTAGCCTATTGTAACCCATAATGTAAAACAA
1 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATT-AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA
* ********* * *
1501 A-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAA-GCTAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 ATTTAACTTATAATCAATTATGAGATTATA-AAATAATTTAACACGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
** * * * * *
1564 GAATCAGTGATTATAAAT-AGACTTTTCTTCCCAATAAAT-CTTTTTGCCTTACAT-TTT-TCTA
128 GAATGGGTGATTATAAATGA-ACATTTCTTCTCAATGAATGCTTGTT-CC--ACATGTTTCTCGA
* * *
1625 AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
189 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1680 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 170, Indels: 44
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 116 0.16
341 363 0.49
342 244 0.33
343 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
TTAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAACACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
TGGGTGATTATAAATGAACATTTCTTCTCAATGAATGCTTGTTCCACATGTTTCTCGAGGTAGAC
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTA
TAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTAACTATAAATAGACTTTGCTTA
CAAATGAATACCTT
Done.