Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402211.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5299.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 929
Length: 1549
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:407 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1549 Score: 1227
Period size: 172 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
* * * * * ****
1 TAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATTAATGAAT
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * ********** *
66 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-TTAGACATTCAATTATAATATATTNNNNNNNNNNATATAA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-A
* * * *
130 AAAAATTTGAACTTAAAAACAATTTTGGGATTATAAAACTATT
129 AAAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * ** * * ** **
173 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAAGAATTTGTGATTATAAGTG-GGTTTTCCTCACCAATGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-CTTGCCAATGAA
* ********** *
237 TGCCTTTTTCTTCATATTTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA
65 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
302 ACAAATTTAAACTTAACATCAATTTTGAGATTATAAAACGATT
130 A-AAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
*
345 TAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * * *
410 TCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTACGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAAGTACA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-A
* * *
475 AAGAATTCAAA-TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATT
130 AA-AATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * ** * *
517 TAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAACAGAA-ATTT-TT-CCAATGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * * **
579 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGTTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAA
65 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
*
644 AAATATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATT
130 AAA-ATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * * ** *
687 TAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAAT
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * *
752 ACCTTTTTCTTGACGTTTACT-AAGATAGACACTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * * *
816 AAAA-ATCAACCTAGAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATT
130 AAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
857 TAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * ** * *
922 ACCTTTTCCTTCATATTTGTCGTGGTAGACATTCAATTATAATATGCTTTAACCAAAAATGTATA
66 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-A
* * * *
987 AAGAATTCAAA-TTTAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATT
130 AA-AATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
1029 TAAAGTGAGTAATAGGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACAATAAAT-AGACTTTTGTTGCCAATCAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * * * *
1092 TGTCTTTTTCTTTAGGTTTCCCATGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTCTAACTAAAAATGTCA
65 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * *
1157 AAAATTTCAACCTAAAATCAA--CTGAGATTATAAAACCATT
130 AAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
1197 TAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGTCACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAACGAA
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * ** * * * *
1261 TG-CTATTTTCTTTACGTTTCTTAAGATA-AAAACCAATTGTAGTCAGTTTTAACAAAAAATGTA
65 TGCCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* *
1324 AAAAGA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATT
129 AAAA-ATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * *
1367 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAAT-AGA-TTTTCTTACCAAT---
1 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* * ** ** * * * * *
1427 T-CTTTTTTCTTGACATTTCAGAAGGTAGGCATTCAATTCTAATATGTTTTAATCAAAAATATAA
65 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-A
* * * * *
1491 AAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGTTTATAAAACCATT
129 AAAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
**
1534 TAAAGCAAGTAATAAG
1 TAAAGTGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 239, Indels: 61
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 18 0.02
166 26 0.02
167 53 0.05
168 80 0.07
169 87 0.08
170 336 0.30
171 101 0.09
172 389 0.35
173 20 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
Found at i:716 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 268--1549 Score: 1245
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
258 NNNNNNNNNC
* * *
268 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTTAAACTTAACATCAATTTTGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * *
333 TATAAAACGATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTT
* * * * *
397 CTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTACGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAA
129 CTTGCCAATGAATTC-TTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * *
462 CTAAAAAAGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGT
192 CTAAAAATGTACAAA-AATTCAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
** * * **
527 AATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAACAGAAATTT-TT-CCAATGAATGGCTTTTTCT
256 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCT
* *
590 TCATGTTTCTTGAGTTAGAT
320 TCATGTTTCTTGAGATAGAA
**
610 ATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * * *
675 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
740 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTGACGTTTACTAAGATAGACACTCAATTATAATCTGTTCTAAC
130 TTGCCAATGAAT-TCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG-TAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * * * *
805 CAAAAATGTA-AAAAAATC-AACCTAGAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGCA
193 TAAAAATGTACAAAAATTCAAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * ** * *
868 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTCCTT
257 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTT
* * * * * *
933 CATATTTGTCGTGGTAGAC
321 CATGTTTCTTGAGATAGAA
* * * * *
952 ATTCAATTATAATATGCTTTAACCAAAAATGTATAAAGAATTCAAA-TTTAAATCAATTATGGGA
1 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
1016 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGGCTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * *
1080 GTTGCCAATCAATGTCTTTTTCTTTAGGTTTCCCATGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTCTAA
129 CTTGCCAATGAAT-TCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * *
1145 CTAAAAATGT-CAAAAATTTCAACCTAAAATCAA--CTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
192 CTAAAAATGTACAAAAA-TTCAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
1207 AATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGTCACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGCTATTTTCT
256 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTCT
* * *
1272 TTACGTTTCTTAAGATA-AA
320 TCATGTTTCTTGAGATAGAA
** * * * * *
1291 AACCAATTGTAGTCA-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGACA
1 ATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
1354 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGA-TTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * ** ** * * *
1418 CTTACC----AATTCTTTTTTCTTGACATTTCAGAAGGTAGGCATTCAATTCTAATATGTTTTAA
129 CTTGCCAATGAATTC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAA-GTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * **
1479 -TCAAAAATATAAAAAAAATTC-AACTTAAAACCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAA
192 CT-AAAAATGT-ACAAAAATTCAAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
1542 GTAATAAG
254 GTAATAAG
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 145, Indels: 57
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 3 0.00
334 50 0.07
335 9 0.01
336 5 0.01
337 35 0.05
338 51 0.07
339 60 0.08
340 156 0.20
341 109 0.14
342 276 0.36
343 14 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
TGCCAATGAATTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAA
AAATGTACAAAAATTCAAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGT
TTCTTGAGATAGAA
Done.