Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402216.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5302.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3208
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.09, T:0.29
Warning! 818 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:280 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1133 Score: 983
Period size: 169 Copynumber: 6.7 Consensus size: 169
* * *
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
66 TTATCTCGACAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCAT
66 CTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * * * *
131 ACCTTCGAAAATCTTATTATTTGCTTTTAATGGTTTTAC
131 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* *
170 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTGTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * **
235 TTTA-CTATGAGAAAAGTGAAG-AAAGGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT
65 TCTACCT-TGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
298 ATGCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATATTTTTAA
129 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* * * * * *
339 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTGAAATAGATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * ********** * *
404 GTCTACC-TCAGGAACGTGAAGAAAAAGATATCNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAATCAACC
64 GTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
468 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTAC
129 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* * * * *
509 AATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAAATTATAATTTAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
574 ATCTACCTTTAGAAACA-AGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAATCCACTTATAATCATC
64 GTCTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
638 CATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAT
128 CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTAC
*
680 AATCTCATAATCT-ATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
1 AATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
********** * * * *
744 TNNNNNNNNNNAAATGTGAAGAAAAAGATAT-CATTGGGCAAGAAACGTCCATTTATACTGACCC
65 TCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * ********** *
808 ATACCTTTGGAAGGCTTATTGCNNNNNNNNNNTGGTTTTAC
129 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* *
849 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * *
914 -CTTATCTCGAGAAAAGTGAAG-AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC
65 TC-TACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
977 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATATTTTTAT
129 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* * ** * * * *
1018 AATCTAATAATAGATTTTAAACTAAATTTTTTATA-TTTT-TTAAGACAGATTATAATTGAATAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
** * *
1081 CTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
66 CTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
1134 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 181, Indels: 44
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 35 0.05
167 33 0.04
168 16 0.02
169 322 0.42
170 256 0.34
171 100 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
CTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
Found at i:2395 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2079--3208 Score: 1080
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
2069 NNNNNNNNNN
* * * *
2079 ATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATATTATAATTG
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
2143 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGACTACCTCAAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
2208 AAGCATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
2250 ATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGA
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
********** * *
2315 TTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATTTCTACCTT-AGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-A
* * * *
2379 AACGTGATGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTT
130 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * * * *
2421 ATATTAACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATAAGTTGTTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTG
1 ATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
2485 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTGTACTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCAAACTTGAGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * *
2550 AACTTGATGAAAAAGATATCTATTAGCAA-ACAAAGTCCGTTG
130 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTT
* * ** * *
2592 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGAGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGA
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * * * *
2657 TTTTACGTT-AAATTTTTAAGTATTTTTGGTT-AAACAGATAACAATTGAATGTTTACC-TCAGG
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-G
* **
2719 AGACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAACCCATTT
129 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * * * *
2762 GTAGTCACTCACGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATATTTTTATACTCTCATAATAGA
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
2827 TTTTAATTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTGCCTCTG-G
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAG
* * *
2890 AAACATGAAGAAAAATATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTT
129 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
2933 ATACTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATATTTTTATACTCTCTTAATTGA
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
2997 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAATAGATTATAATTGAATGTATACATTGAGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* *
3062 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTT
131 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTT
* * * * **
3104 ATAGTTATCCATACCTTCGAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTCCAATCTCATAATT
1 ATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATT
* *
3168 GATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGAT
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 173, Indels: 41
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 280 0.37
171 388 0.51
172 29 0.04
173 58 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:2832 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2098--3208 Score: 1071
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 337
2088 CATACCTTCG
* * *
2098 AAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAAT-GATTTTATAATATTATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTT
1 AAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
** * * ** *
2161 TTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGACTACCTCAAGAAGCATGAAG-AAAAGAT
63 TT-TACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
* *
2225 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
127 ATCCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
* * ******** *
2290 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAT
191 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTA--AGTTAAATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* * *
2355 TATAATTGAAT-TTCTACCTTAGAAAACGTGATGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAATCCAT
254 TATAATTGAATGTT-TACC-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAATCCAT
* * *
2419 TTATATTAACCCAAGCCTTT-G
317 TTATAGTAACTCAAG-CTTTCA
* * * *
2440 AAAGCCTTATAAGT-TGTTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * *
2504 TGTAC-TTTTTATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCAAACTTGAGAAACTTGATGAAAAAGATA
64 T-TACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * * * **
2568 TCTATTAGCAAACAAAGTCCGTTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGAGTTAA
128 TCCATTGGCAAA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
* ** *
2633 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTAAGTATTTTTGGTT-AAACAGATA
192 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-A-TATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * *
2697 ACAATTGAATGTTTACCTCAGGAGACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAACCCATTT
255 ATAATTGAATGTTTACCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTT
* * *
2762 GTAGTCACTCACGCTTTCA
319 ATAGTAACTCAAGCTTTCA
* * * *
2781 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATATTTTTATACTCTCATAATAGATTTTAATTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
2846 ACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTGCCTCTG-GAAACATGAAGAAAAATATAT
66 ACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * *
2910 CCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATACTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAA
129 CCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA
** * * * *
2974 TATTTTTATACTCTCT-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAATAGATT
193 TGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * *
3038 ATAATTGAATGTATACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAAAAAAAGTCCATT
255 ATAATTGAATGTTTACCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAA-TCCATT
* *
3103 TATAGTTA-TCCATA-CCTTCGA
318 TATAGTAACT-CA-AGCTTTC-A
* * * ** *
3124 AAAACTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTCCAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
3188 TACATTTTTATTAAAACAGAT
65 TACATTTTTATTAAAACAGAT
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 116, Indels: 52
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 86 0.14
341 282 0.45
342 191 0.30
343 65 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
ATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
GAATGTTTACCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTAA
CTCAAGCTTTCA
Done.