Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402217.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5303.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3346
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.09, T:0.26
Warning! 1065 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1237 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 738--2519 Score: 1724
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 339
728 NNNNNNNNNN
* * * * * *
738 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAATAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAAG
1 CAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTG-GCAAGAAAAG
* * *
803 TCTATTTATAGCCTCCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTCTAATCTAA
65 TCTATTTATAGCCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTAA
* ** * *
868 TAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACAGGCAATAATTGAATGTTTGCC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACC
** * * *
933 TCAAGAATA-GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCTTCCAATCCT
194 TCAAGAA-ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC-TCCATTCCT
* * * * *
997 TCTACAGCCTTTTTACTCGTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTT
257 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTT
*
1062 TTATATTTTTCATTAAAA
322 TTACATTTTTCATTAAAA
* ** * * *
1080 CATACTATAATTGAATATCTGCCACGAGAAAAGTGAAGAAAAGAGTAGTCATTGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
1145 CTATTTATAGCCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCTAAT
66 CTATTTATAGCC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTAAT
* * * * * * * *
1210 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTTACTGTCTATCT
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCT
* * * * ** * * *
1275 CGAGAAACATGAAGACAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
195 CAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCC-ATTCCTTC
* * * * * * *
1340 AAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTT
259 AAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTT
*
1405 TACATTTTTTATTAAAA
323 TACATTTTTCATTAAAA
* * * * *
1422 CAGAGTA-ATATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACGTAAAGAAAA-AGGCATTCATTGGCAAAAAAA
1 CAGACTATA-ATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGA-GCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
1485 GTGTATTTATGGCCTCTCATTCCTTCAGAAA-CCTTATTACTTACTTTAAGTGATTTTATAATCT
64 GTCTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
1549 GATAATTGATTTTACA-TTGAA--ATTTCATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTT
127 AATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTT
** *
1611 -CTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGCCTCTCATT
191 AC-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CATT
* * * * *
1675 ACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTGACT
254 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAAT
*
1740 TTTTTTACATTTTTGATTAAAA
318 TTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* ** * * ** * ** *
1762 TAGAGAATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAG-GTATTCATTTTCAAGAAAAC
1 CAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
1826 TCCATTTATAGTCAC-CCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTC
65 TCTATTTATAG-C-CTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* * ** * * *
1890 ATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACAGGTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
128 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTAC
* * * * *
1955 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAACA-CATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCT
193 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC-TCCATTCC
* * * * *
2019 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAAACTAATAA-TAGATTTTAAGTTGAAAT
256 TTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTA-ATTTTAAGTT-CAAT
*
2082 TTTTTT-TATTTTTCATTAAAA
318 TTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * * * ** *
2103 CAGACTATAATTGAACATCTGCCTTGACAAACGTAAAGAAAAAAGCGTTCATTGATATGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
2168 CTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAA-CGTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAATCTCA
66 CTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTAA
* * * * *
2232 CAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCA-TAGAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTA-AAACAGACAATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * *
2296 CTTAAGAAGCATGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCAT
193 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CATTCCT
* * * **********
2361 TCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTNNNNNNNNNNTCAATTTT
257 TCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAATTTT
*
2426 TTTACATTTTTGATTAAAA
321 TTTACATTTTTCATTAAAA
* ** ** * *
2445 CATACTATAATTGAATATCTATCGAGGGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
2510 CCATTTATAG
66 CTATTTATAG
2520 TCANNNNNNN
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 216, Indels: 72
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.00
340 284 0.24
341 465 0.39
342 426 0.36
343 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
CAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CTATTTATAGCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTAATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTC
AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
ATTTTTCATTAAAA
Found at i:1281 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 738--2519 Score: 1690
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
728 NNNNNNNNNN
* * *
738 CAGACT-ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAATAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAA
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAA
* * * *
802 GTCTATTTATAGCCTCCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTCTAATCTA
65 GTCTATTTATAGCCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* **
867 ATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * ** * ** *
910 CAGGC-AATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAATAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAG
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * *
974 TCTATTTACAGCCTTCCAATCCTTCTACAGCCTTTTTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAGCTCA
66 TCTATTTATAGCC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAA
* * *
1038 TAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAA
130 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * ** * * *
1080 CATACT-ATAATTGAATATCTGCCACGAGAAAAGTGAAGAAAAGAGTAGTCATTGGCAAGAAAAG
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
1144 TCTATTTATAGCCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCTAA
66 TCTATTTATAGCC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAA
* *
1209 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAA
130 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * ** * * * **
1251 TAGA-TAATAATTTACTGTCTATCTCGAGAAACA-TGAAGACAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAA
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * *
1314 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTC
65 GTCTATTTATAGCCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* * *
1379 ATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * * * *
1422 CAGAGTAAT-ATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAG
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
1486 TGTATTTATGGCCTCTCATTCCTTCAGAAA-CCTTATTACTTACTTTAAGTGATTTTATAATCTG
66 TCTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* * * *
1550 ATAATTGATTTTACA-TTGAA--ATTTCATATTTTTTATTAAAA
129 ATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * *
1591 TAGA-TAATAATTGAATGT-TTCTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAT
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGC-CTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
1654 GTCTATTTATAGCCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA
65 GTCTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* * *
1719 ATAATTGATTTTATGTTGACTTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * ** * * * * ** *
1762 TAGA-GAATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGGTATTCATTTTCAAGAAAAC
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
1826 TCCATTTATAGTCAC-CCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTC
66 TCTATTTATAG-C-CTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* * **
1890 ATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACAGGTTTCATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * ** * *
1933 CAAACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAACA-CATTCATCGGCAAGAAAA
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
1996 GTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAAACTA
65 GTCTATTTATAGCC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* *
2060 ATAATAGATTTTAAGTTGAAATTTTTTT-TATTTTTCATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
** * * * * ** *
2103 CAGACT-ATAATTGAACATCTGCCTTGACAAACGTAAAGAAAAAAGCGTTCATTGATATGAAAAG
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
2167 TCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAA-CGTTTTTACTCA-TTCTAAATGGTTTTATAATCT
66 TCTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCT
* * *
2230 CACAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCA-TAGAAA
128 AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTA-AAA
* * * * * *
2274 CAGACT-ATAGTTGAATGTTTGCCTTAAGAAGCA-TGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGAAAA
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAA-AAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
2337 GTCTATTTACAGCCTCTCATTCATTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
65 GTCTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA
********** * *
2402 ATAATTNNNNNNNNNNTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * ** ** * * * *
2445 CATACT-ATAATTGAATATCTATCGAGGGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAG
1 CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
2509 TCCATTTATAG
66 TCTATTTATAG
2520 TCANNNNNNN
Statistics
Matches: 1314, Mismatches: 258, Indels: 77
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 142 0.11
170 278 0.21
171 820 0.62
172 64 0.05
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CAGACTAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCTATTTATAGCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
Found at i:1760 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 744--2407 Score: 1703
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 508
734 NNNNCAGACT
** * ** * * *
744 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA-AGTGAATAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTAT
1 ATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACA-TGAAGGAAAAAGCATTCA-TGA-TAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
808 TTATAGCCTCCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTCTAATCTAATAATT
63 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATT
* * ** * * *
873 GATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACAG-GCAATAATTGAATGTTTGCCTCAA
128 GATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTAATAATTGAATGTCTACCTCAA
** * * *
937 GAATAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCT-TCCAATCCTTCTA
193 GAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCT-CATTCCTTC-A
* * * * * * * * *
1001 CAGCCTTTTTAC-T-CGTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTT
255 AAACCTTATTACTTAC-TTTAAATGATTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA--ATTTT
* ** * * * *
1064 ATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATATCTGCCACGAGAAAAGTGAAGAAAAGAGTAGT
317 ATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
1129 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCT-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
382 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAA
* * *
1193 TGGTTTTCTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATA
445 TGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAGA
* *
1257 ATAATTTACTGTCTATCTCGAGAAACATGAA-GACAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGGA-AAAAGCATTCA-TGATAAGAAAAGTCCATT
* *
1321 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTG
64 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTG
* * * **
1386 ATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAGTAAT-ATTGAATGTCTCCCTTGAG
129 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
1450 AAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTGTATTTATGGCCTCTCATTCCTTCAGAA
194 AAA-GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCA-AA
* * * *
1515 ACCTTATTACTTACTTTAAGTGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTACA-TTGAAATTTCATAT
257 ACCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTAATAATTGATTTTA-AGTTGAAATTTTATAT
* * * *
1579 TTTTTATTAAAATAGA-TAATAATTGAATGT-TTCTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA
321 TTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATATCTGC-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA
* * *
1642 TTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGCCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
384 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGG
* *
1707 TTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTGACTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAGA
448 TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAGA
* * * * * ** *
1768 ATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGGTATTCATTTTCAAGAAAACTCCATTT
1 ATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATGAT-AAGAAAAGTCCATTT
* *
1833 ATAGTCACCCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTG
65 ATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTG
* ** * *
1897 ATTTT-GAGTTGAGTTTTTTTACAGGTTTCATTAAAACAAACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAA
129 ATTTTAG-GTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTAATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * *
1960 GAAATGTGAAGAAAAACA-CATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAA
193 GAAA-GTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAA
* * * * *
2024 AAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTATAAACTAATAATAGATTTTAAGTTGAAATTTTTTT
256 AA-CCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAA--TTTTA
* * * *
2088 TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAACATCTGCCTTGACAAACGTAAAGAAAAAAGCGTTC
318 TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
** * * *
2153 ATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAA-CGTTTTTACTCATTCTAAAT
383 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCATT-TAAAT
* * * * * **
2217 GGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCA-TAGAAACAGACT
446 GGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA-AAATAGAGA
* * ** ** * * * ** *
2280 ATAGTTGAATGTTTGCCTTAAGAAGCATGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTT
1 ATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCA-TGATAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
2345 ACAG-C-CTCTCATTCATTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
65 ATAGTCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATT
2408 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 961, Mismatches: 158, Indels: 65
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 41 0.04
511 397 0.41
512 435 0.45
513 83 0.09
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
ATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATGATAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGAT
TTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAACCT
TATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTATATTTTTC
ATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGTTTTATAA
TCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAGA
Found at i:2396 original size:852 final size:853
Alignment explanation
Indices: 744--2407 Score: 2041
Period size: 852 Copynumber: 2.0 Consensus size: 853
734 NNNNCAGACT
*
744 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAATAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATT
1 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATT
* * * *
809 TATAGCCTCCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTCTAATCTAATAATTG
66 TATAGCCTCCCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
*
874 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACAGGCAATAATTGAATGTTTGCCTCAAGA
131 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACAGGCAATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
* * ** * *
939 ATAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCTTCCAATCCTTCTACAG
196 ATAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAACTCCATTTACAGCCACCCAATCCTTCAAAAG
* * * **
1004 CCTTTTTACTCGTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATT
261 CCTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAGG
* * * ** *
1069 TTTCATTAAAACATACTATAATTGAATATCTGCCACGAGAAAAGTGAAGAAAAGAGTAGTCATTG
326 TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCACAAGAAAAGTGAAGAAAAGAACAGTCATCG
* ** * *
1134 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTT
391 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * * *
1199 TCTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTT
456 TATAAACTAATAATAGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTA
* * * * *
1264 ACTGTCTATCTCGAGAAACATGAAGACAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
521 ACTATCTACCTCGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
1329 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGG
586 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAG
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1394 TTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAGTAATATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACGTAAA
651 TTCAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAATATTGAATGTCTCCCTTAAGAAACATAAA
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1459 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTGTATTTATGGCCTCTCATTCCTTCAGAAACCTTATTA
716 GAAAAAAACATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCATTCAGAAACCTTATTA
* * *
1524 CTTACTTTAAGTGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTACATTGAAATTTCATATTTTTTATTAA
781 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACATTGAAATTTCATATTTTTTATTAA
1589 AATAGATA
846 AATAGATA
* * * * *
1597 ATAATTGAATGT-TTCTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAATGTCTAT
1 ATAATTGAATGTCTGC-CTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTAT
* * *
1660 TTATAGCCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
65 TTATAGCCTCCCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
* * * * * * **
1725 GATTTTATGTTGACTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAG-AATAATTGAATGTTTATCTTGA
130 GATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACAG-GCAATAATTGAATGTTTACCTCAA
* * * * * * * **
1789 GAA-ACGTGAAGGAAAAGGTATTCATT-TTCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTCA
194 GAATA-GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAT-AACAAAACTCCATTTACAGCCACCCAATCCTTCA
* * * *
1852 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATG-TCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTT
257 AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAA-GCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * *
1916 TACAGGTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAA-ACACA
320 TACAGGTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCACAAGAAAAGTGAAGAAAAGA-ACA
* * *
1980 TTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAA
384 GTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
**
2045 ATAG-TTTATAAACTAATAATAGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTTTATTTTTCATTAAAACAGAC
449 ATAGTTTTATAAACTAATAATAGATTTTAAGTTG-AATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-
* * * * * * *
2108 T-ATAATTGAAC-ATCTGCCTTGACAAACGTAAAGAAAAAAGCGTTCATTGATATGAAAAGTCTA
512 TAATAATT-AACTATCTACCTCGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCA
* *
2171 TTTATAG-C-CTCTCATTCCTTCAACAA-CGTTTTTACTC-ATTCTAAATGGTTTTATAATCTCA
576 TTTATAGTCAC-CT-ATTCCTTCAA-AAGCCTTGTTACTCGATT-TAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
2232 CAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCA-TAGAAACAGACT-ATAGTTGAATGTTTG
637 CAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTCATTA-AAACAGACTAATA-TTGAATGTCTC
* * *
2295 CCTTAAGAAGCATGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCA
700 CCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCA
* *
2360 TTC-GAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
765 TTCAGAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATT
2408 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 112, Indels: 35
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
850 1 0.00
851 16 0.02
852 460 0.67
853 204 0.30
854 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (853 bp):
ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATT
TATAGCCTCCCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
ATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACAGGCAATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
ATAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAACTCCATTTACAGCCACCCAATCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAGG
TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCACAAGAAAAGTGAAGAAAAGAACAGTCATCG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
TATAAACTAATAATAGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTA
ACTATCTACCTCGACAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAG
TTCAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAATATTGAATGTCTCCCTTAAGAAACATAAA
GAAAAAAACATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCATTCAGAAACCTTATTA
CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACATTGAAATTTCATATTTTTTATTAA
AATAGATA
Done.