Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402220.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5306.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 760
Length: 1267
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.10, T:0.35
Found at i:461 original size:250 final size:250
Alignment explanation
Indices: 1--1183 Score: 1185
Period size: 248 Copynumber: 4.7 Consensus size: 250
* * *
1 TAAAAGTATGTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGGAT-AAAATAATTA
1 TAAAAGTATGTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
* * * *
65 TAGTTAAAAATTGACATAGATAAGTCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTAACGTAAAAACTTATAA
66 TAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAA
* * * * * * *
130 AAGTAAAATAACTAAATTTTAAATTTTAACGTAAACATGTGAAAGTTAATGTGATAAGTTAATTA
131 AAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTA
* * * * * ** * *
195 AGTATAAAAGTCTAATTTTAATAAAAAATAAGTATTTGTATTTATATTATAAAGC
196 AGAAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATATATATTATAGAGC
* *
250 TAAAAGTATGTAACGATATACAAATATTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
1 TAAAAGTATGTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
* * * * * *
315 TAAGAT-AAAATTGACATAGATAAGTTTTAACATAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAATTTATA
66 T-AGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATA
* * *
379 AAAGTAGAATAACTAACTTTTAAATCTTAACGTAAACGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCCATT
130 AAAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATT
* * *
444 AAGAAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTTAAATATATATTCATGGA-T
195 AAGAAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATATATATT-ATAGAGC
* * * * *
500 TAAAAGTGTTTAACCATATATAAATTTTATTTTTTAAAT--AAATAATAATAATAAAAATAATTA
1 TAAAAGTATGTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
* * *
563 TAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAGTCGACGTAAAAACATAT-A
66 TAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAA
* * * *
627 AAG-ATGAAATAATTAAATTTTGAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAATGTAACAAGTCAAT
131 AAGTA-G-AATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAA-
* * * * * * **
691 TTAATAAAAAAATTATAATTTTAGTG-AAAATAAATATTTAAATATATTTTTTTCAGC
193 TTAAGAAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATATATATTATAGAGC
* * * * * *
748 TAAATGTGTTTAACGATATATAAATTTTGATTTTTAAAT-AAAA-AATAACAATAAAAATTATTA
1 TAAAAGTATGTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
* *
811 TAGCTCAAAATT-ATCATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATA
66 TAGTTCAAAATTGA-CATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATA
* * * ** * * * *
875 AAGGTGGAATAACTAAATTTTAAAT-TATAACATAAATGTATTAGAGTTAACGTAATAAGTTAAT
130 AAAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCT-TAACGTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAAT
* * ** * * * * *
939 TAAGTAAAAAAATCTAATTTAAATGAAAAATAAGCATTTATATTTATATTATCGGGT
194 TAAGAAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATATATATTATAGAGC
* * * * *
996 TAAAAGTATGCAACGATATTTAAATTTTTA-TTTTAAATAAAGAATAATAAAAATAAAGATAATT
1 TAAAAGTATGTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAA-AATAATAAGAATAAAAATAATT
* * * ** * * ** *
1060 ATAGTT-AAAAGTT-ACTATTGAAAAGAT-TTGACGTAAAGTTGTAAGAATTAATATAAAATCTT
65 ATAGTTCAAAA-TTGAC-ATAGATAA-ATCTTAACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTT
** * * * * *
1122 ATAAAAGT-GAAATAAAAAAAAGTTAAAATCTTATCGTAAATATGTGAGAGTTAACATAACAA
127 ATAAAAGTAG-AAT-AACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAA
1184 TTTATAATAA
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 130, Indels: 44
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
246 1 0.00
247 40 0.05
248 346 0.44
249 89 0.11
250 261 0.33
251 43 0.06
252 1 0.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (250 bp):
TAAAAGTATGTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
TAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAA
AAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTA
AGAAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATATATATTATAGAGC
Found at i:1223 original size:496 final size:496
Alignment explanation
Indices: 1--1183 Score: 1138
Period size: 498 Copynumber: 2.4 Consensus size: 496
* * *
1 TAAAAGTATGTAACAATATACAAATTTTA-ATTTTTAAATAAA-AATAATAAGGAT-AAAATAAT
1 TAAAAGTATGCAACCATATATAAATTTTATA-TTTTAAATAAATAATAA-AA--ATAAAAATAAT
* * * * * * *
63 TATAGTTAAAAATTGACATAGATAAGTCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTAACGTAAAAACTTAT
62 TATAGTTCAAAATTGACATAGAAAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATCAACATAAAAACATAT
* ** * * * * * ** * * *
128 AAA-AGTAAAATAACTAAATTTTAAATTTTAACGTAAACATGTGAAAGTTAATGTGATAAGTTAA
127 AAAGA-TGAAATAAAAAAAGTTAAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAACATAACAAG-TAT
* * * ** * * ** * * * ** *
192 TTAAGT-ATAAAAGTCTAATTTTAATAAAAAATAAGTATTTGTATTTATATTATAAAGCTAAAAG
190 TTAA-TAAAAAAATTATAACATTAAT-GAAAATAAATATTTAAATATATTTTTTTCAGCTAAATG
* * *
256 TATGTAACGATATACAAATATTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTATAAGAT
253 TGTTTAACGATATACAAATATTAATTTTTAAATAAAAATAATAACAATAAAAATAATTATAAGAT
* * * *
321 AAAATTGACATAGATAAGTTTTAACATAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAATTTATAAAAGTAG
318 AAAATTGACATAGATAAATCTTAACATAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTAG
* * * *
386 AATAACTAACTTTTAAATCTTAACGTAAACGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCCATTAAGAAAA
383 AATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAACGTATGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGAAAA
* * *
451 AAAATCTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTTAAATATATATTCATGGAT
448 AAAATCTAATTTAAATGAAAAATAAACATTTAAATATATATTCATGGAT
* ** * *
500 TAAAAGTGTTTAACCATATATAAATTTTATTTTTTAAATAAATAATAATAATAAAAATAATTATA
1 TAAAAGTATGCAACCATATATAAATTTTATATTTTAAATAAATAATAAAAATAAAAATAATTATA
* * * *
565 GTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAGTCGACGTAAAAACATATAAAG
66 GTTCAAAATTGACATAGAAAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATCAACATAAAAACATATAAAG
** * ** **
630 ATGAAATAATTAAATTTTGAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAATGTAACAAGTCAATTTAA
131 ATGAAATAAAAAAAGTTAAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAACATAACAAGT--ATTTAA
** *
695 TAAAAAAATTATAATTTTAGTGAAAATAAATATTTAAATATATTTTTTTCAGCTAAATGTGTTTA
194 TAAAAAAATTATAACATTAATGAAAATAAATATTTAAATATATTTTTTTCAGCTAAATGTGTTTA
* * * * *
760 ACGATATATAAATTTTGATTTTTAAAT-AAAA-AATAACAATAAAAATTATTAT-AGCTCAAAAT
259 ACGATATACAAATATTAATTTTTAAATAAAAATAATAACAATAAAAATAATTATAAGAT-AAAAT
* * * *
822 T-ATCATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTGGAATA
323 TGA-CATAGATAAATCTTAACATAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATA
* * * * *
886 ACTAAATTTTAAAT-TATAACATAAATGTATTAGAGTTAACGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAAA
387 ACTAAATTTTAAATCT-TAACATAAACGTATGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGAAAAAAA
* * * *
950 ATCTAATTTAAATGAAAAATAAGCATTTATATTTATATT-ATCGGGT
451 ATCTAATTTAAATGAAAAATAAACATTTAAATATATATTCAT-GGAT
* * *
996 TAAAAGTATGCAACGATATTTAAATTTT-TATTTTAAATAAAGAATAATAAAAATAAAGATAATT
1 TAAAAGTATGCAACCATATATAAATTTTATATTTTAAAT--A-AATAATAAAAATAAAAATAATT
* * ** * * * * *
1060 ATAGTT-AAAAGTT-ACTATTGAAAAGAT-TTGACGTAAAGTTGTAAGAATTAATATAAAATCTT
63 ATAGTTCAAAA-TTGAC-ATAGAAAA-ATCTTAACGTAAAACTGTAACAATCAACATAAAAACAT
*
1122 ATAAA-AGTGAAATAAAAAAAAGTTAAAATCTTATCGTAAATATGTGAGAGTTAACATAACAA
125 ATAAAGA-TGAAAT-AAAAAAAGTTAAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAACATAACAA
1184 TTTATAATAA
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 97, Indels: 38
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
495 16 0.03
496 190 0.33
497 15 0.03
498 242 0.43
499 100 0.18
500 5 0.01
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (496 bp):
TAAAAGTATGCAACCATATATAAATTTTATATTTTAAATAAATAATAAAAATAAAAATAATTATA
GTTCAAAATTGACATAGAAAAATCTTAACGTAAAACTGTAACAATCAACATAAAAACATATAAAG
ATGAAATAAAAAAAGTTAAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAACATAACAAGTATTTAATA
AAAAAATTATAACATTAATGAAAATAAATATTTAAATATATTTTTTTCAGCTAAATGTGTTTAAC
GATATACAAATATTAATTTTTAAATAAAAATAATAACAATAAAAATAATTATAAGATAAAATTGA
CATAGATAAATCTTAACATAAAACTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTA
AATTTTAAATCTTAACATAAACGTATGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGAAAAAAAATCTA
ATTTAAATGAAAAATAAACATTTAAATATATATTCATGGAT
Done.