Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402227.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5312.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2190
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:676 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--2190 Score: 1624
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 167
* * * *
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTGTACA-CGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATA-ATTGAAT
** * * * * *
65 GCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTGGAGGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTT
64 GCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* **********
130 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATA
127 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
*
172 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * * * * * *
236 TGTCGAACT-TGAGCAACATGAAGAAAAATTCATTTATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCAC
63 TGCCTACCTCAG-GAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* ** *
300 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATT
125 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * * *
344 ATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTAAAACTTTTTGTTAAAACAAACCATAATTGAACG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * ** * ** ** * *
409 TTTA-CTGTAAGAAATGTGAAGAAAAAAAATTCATTACTAAGAAAAGTCTATTTATAGTATCTCA
65 CCTACCT-CAGGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
*
473 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATA
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
* *
514 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACGTTGTTCATT-AAACAAGACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTCATTAAAAC-AGACTATAATTGAAT
** * * * * * *
578 GCCTGTCTCAGGAAACATGTTGAGAAAGCTATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTACAATCTCTC
64 GCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGC-ATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* *
643 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATA
127 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATA
* *
685 ATCTCATAATTG-TATCTAAG-TGAAATTGTTTTTACATTTTCATTAATACAGACTATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTG-AATT-TTTTTACATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** ** *
748 TGCTTGTCTTGGGAAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
63 TGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
* * *
813 CATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATA
126 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
* * **
856 ATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATATTTTTT-CAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-ATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * ** ** * *
920 GTCTACC-GAAAAAATTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCT-TC
64 GCCTACCTCAGGAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * * *
983 AATTCCTTCAAAAACCTTGTTACCCACTTTAAATAGTTTTATA
127 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * * *
1026 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATATTTGGTCAAAATAGACTAGAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
1091 TCTACCTCAAGAAATAAGAAGAAAAAAGTATTAATTTGCAAGAAAAGATGC-TTTAT-GTCTGC-
65 CCTACCTCAGGAAACATGTAG-AAAAAGCATTCA-TTGGAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCT-CT
* * * *
1153 CCTTCCTTCCAAAGCCTTATTATTTGA-TTTAAATGATTTTATA
126 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CT-ACTTTAAATGGTTTTATA
*** * * * * * *
1196 ATCTTGCAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATACA-CGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGACTATA-ATTGAAT
* * * * * * **
1260 GCCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATT-TAGAGCAAAATTCCATGAATAGTCTC-
64 GCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGGA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCT
1323 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
126 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATA
* ** * *
1367 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * * * * * * * *
1432 TCTACCT-TGAGAAACATAAAAAAAAATACATTTATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCC
65 CCTACCTCAG-GAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
** *
1496 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATT
127 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
* *
1538 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * ** * * * *
1602 ATCTACCT-TGAGAAATGTGAAGAAAAAAACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
64 GCCTACCTCAG-GAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
*
1666 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
126 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
* *
1709 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTCATTAAAACATACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
1774 CTTTCCT-TGAGAAACATATAGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCTC-C
65 CCTACCTCAG-GAAACATGTAGAAAAAG-CATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * * *
1837 TATACCTTCAAAAGCCCTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTA
127 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1880 ATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGATTTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTTTAATTGAA
1 ATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * ** * *
1944 TGCTTGCCTTGGGAGATGTGTAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCC
63 TGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
* * * * ** *
2008 CATTCTTTCAACA-TCTTATTACATGCTTTAAATAATTTTGTA
126 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
2050 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
2115 CTTACATC-GAGAAACATGTAGTAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
65 CCTACCTCAG-GAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
2179 ATTCCTTCAAAA
127 ATTCCTTCAAAA
Statistics
Matches: 1640, Mismatches: 304, Indels: 151
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 87 0.05
170 473 0.29
171 850 0.52
172 222 0.14
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
CTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATA
Found at i:966 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1--2111 Score: 1839
Period size: 512 Copynumber: 4.1 Consensus size: 510
* * * * *
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTGTACA-CGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATTAAAA-AGACTATA-ATTGAAT
* ** * * * * * *
65 GCCTACCTTGGGAAACATGTAG-AAAAA-CTCATTTATTTGGAGGAAAAGTCCATTAATAGTCTC
64 GTCTACCTCAGGAAATATGAAGAAAAAAGCT-ATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA-AGTCTC
* * **********
128 TTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
127 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
192 TTAATTTTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCGAACTTGAGCAACATG
190 TGAAATTTTTTT-ACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTG-TCTTGAGAAACATG
* ** * * * * *
256 AAGAAAAATTCATTTATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
252 TAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * * ** *
321 TACTCACTTTAAATCATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTAAAACTTTTTG
317 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAACTTTTGG
* * * * * * *
386 TTAAAACAAACCATAATTGAACGTTTA-CTGTAAGAAATGTGAAGAAAAAA-AATTCATT-ACTA
382 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTG-AAAAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-A
* * *
448 AGAAAAGTCTATTTATAGTATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGAT
445 AGAAAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGAT
513 A
510 A
* *
514 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACGTTGTTCATTAAACAAGACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATTAAA-AAGACTATAATTGAATG
* ** * ** * * * * *
579 CCTGTCTCAGGAAACATGTTG-AGAAAGCTATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTACAATCTCTC
65 TCTACCTCAGGAAATATGAAGAAAAAAGCTATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA-AGTCTC-C
* * *
643 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TATCTAAGTG
128 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTG
* * *
707 AAATTGTTTTTACATTTTCATTAATACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTTGGGAAATATGTAGA
192 AAATT-TTTTTACATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGTAGA
* *
772 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC
256 AAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
836 TCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATATTTTTTCAA-TTTTGGTT
320 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCAACTTTTGGTT
*
900 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-GAAAAAATTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
384 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * * *
964 AAGTCCATTTATAATCTTCAATTCCTTCAAAAACCTTGTTACCCACTTTAAATAGTTTTATA
449 AAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATA
* * * *
1026 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATATTTGGTCA--AAATAGACTAGAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT-TACA-TTGTTCATTAAAAAGACTATAATTGAA
* * * *
1089 TGTCTACCTCAAGAAATAAGAAGAAAAAAG-TATTAATTTGCAAGAAAAGATGC-TTTATGTCTG
63 TGTCTACCTCAGGAAATATGAAGAAAAAAGCTATTAATTTGCAAGAAAAG-TCCATTTAAGTCT-
* * * * * * ***
1152 CCCTTCCTTCCAAAGCCTTATTATTTGATTTAAATGATTTTATAATCTTGCAATTGATTTTAAGT
126 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * ** ** *
1217 TAAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATACA-CGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGTA
191 GAAATTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGACTATA-ATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGTA
* * **
1281 GAAAAA-CTCATTTATT--TAGAGCAAAATTCCATGAATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
254 GAAAAAGC-CATTTATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
1343 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ACTTTTT
316 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAAC--TTT
* * * * * *
1406 TGGTTAAAACATACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACA--T-AAAAAAAAATACATTTATT
379 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGA-AAAAATGTGAAGAAAAAA-GCATTCATT
* * *
1468 GGCGAGAAAAGTCTATTTATAGCCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCA-
441 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AG
* *
1531 TTTTATT
504 TTTGATA
* *
1538 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTT-TT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTGTTCA-TTAAAA-AGACTATAATTGAA
* * * * *
1601 TATCTACCT-TGAGAAATGTGAAGAAAAAAAC-ATTCA-TTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
63 TGTCTACCTCAG-GAAATATGAAGAAAAAAGCTATTAATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTA-AGTC
*
1663 TCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
125 T-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
1727 AGTTG-AATTTTTTTATATTTCTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCTT-TCCTTGAGAAACA
188 AG-TGAAATTTTTTTACATTT-TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGT-CTTGAGAAACA
* * * * * *
1790 TATAGAGAAAGCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTACAGTCTCCTATACCTTCAAAAGCCC
250 TGTAGAAAAAGCCATTTA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
1854 TATTACT-AGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGATTTTTTTTTATAT
314 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTCA-AC
** * * ** * *
1917 TTTTCATTAAAACAGACTTTAATTGAATG-CTTGCCTTG-GGAGATGTGTAG-AAAAAGCCA-TC
376 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TGAAAAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTC
* * * *
1978 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCTTTCAACA-TCTTATTACAT-GCTTTAAAT
438 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT
*
2041 AATTTTG-TA
502 -AGTTTGATA
* *
2050 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATTAAAA-AGACTATAATTGA
2112 GTACTTACAT
Statistics
Matches: 1297, Mismatches: 234, Indels: 135
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 2 0.00
510 26 0.02
511 250 0.19
512 527 0.41
513 421 0.32
514 60 0.05
515 8 0.01
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATTAAAAAGACTATAATTGAATGT
CTACCTCAGGAAATATGAAGAAAAAAGCTATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAAGTCTCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAAT
TTTTTTACATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG
CCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAACTTTTGGTTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATA
Found at i:1334 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 1--1744 Score: 1717
Period size: 682 Copynumber: 2.6 Consensus size: 679
* * * * *
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTAC-ATTTTTTATTAAAACAGACTGTACA-CGAA
1 ATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACTA-TTTTCATTAAAACAGACTATA-ATTGAA
** * ** * ** * * * * *
64 TGCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTGG-AGGAAAAGTCCATTAATAGTCTC
64 TATCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
** * **********
128 TTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
193 TAATTTTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGAACTTGAGCAACA-TGA
193 TAA-TTTTTTT-ACAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TAC-CGA-AAAAATTGA
** * * * *
257 AGAAAAATTCATTTATTGACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
253 AGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
322 ACTCACTTTAAATCA-TTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTA-AAACTTTTT
318 ACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATAC-TTTG
* * * * ** *
385 GTTAAAACAAACCATAATTGAACGTTTACTGTAAGAAATGTGAAGAAAAAAAATTCATTACTAAG
381 GTCAAAACAAACCAGAATTGAACGTCTACTGCAAGAAATAAGAAGAAAAAAAATTAATTACTAAG
*
450 AAAAGTCTATTTATAGTATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAA
446 AAAAGTC-ATTTATAGTATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTGATAA
* * * *
515 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACGTTGTTCATTAAACAAGACTATAATTGAATGC
510 TCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTGTTCATTAAACAAGACTATAATCGAATGC
** * * * * **
580 CTGTCTCAGGAAACATGTTGAGAAAGCTATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTACAATCTCTCAT
575 CTACCTCAAGAAACATGTAGAGAAAACTATTTATTTAGAAGAAAAGTTCATGAACAATCTCTCAT
645 ACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TAGCCTTAAATGGTTTTATA
640 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-CCTTAAATGGTTTTATA
*
685 ATCTCATAATTG-TATCTAAG-TGAAATTGTTTTTAC-ATTTTCATTAATACAGACTATAATTGA
1 ATCTCATAATTGAT-TCTAAGTTG-AATT-TTTTTACTATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * ** * * * *
747 AT-GCTTGTCTTGGGAAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
63 ATATC-TACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
* * * ** *
811 CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
876 TTAAATATTTTTT-CAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGAAAAAATTTGAA
192 TT-AAT-TTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGAAAAAA-TTGAA
* * * * * * *
940 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCTTCAATTCCTTCAAAAACCTTGTTA
254 GAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
1005 CCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATA-TTTGGT
319 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATACTTTGGT
* * * * * *
1069 CAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAATAAGAAGAAAAAAGTATTAATTTGC-AA
383 CAAAACAAACCAGAATTGAACGTCTA-CTGCAAGAAATAAGAAGAAAAAA-AATTAA-TTACTAA
* * * * * *
1132 GAAAAGATGC-TTTAT-GTCTGC-CCTTCCTTCCAAAGCCTTATTATTTGA-TTTAAATGATTTT
445 GAAAAG-T-CATTTATAGTAT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGATTTG
** * *
1193 ATAATCTTGCAATTGATTTTAAGTTAAAGT-TTTTTATATT-TTTAGTTAAAACAA-ACTATACA
506 ATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAA-TATTTTTACATTGTTCA-TT-AAACAAGACTATA-A
*
1255 -CGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGTAGA-AAAACTCATTTATTTAG-AGCAAAA-TTCCATGAA
567 TCGAATGCCTACCTCAAGAAACATGTAGAGAAAACT-ATTTATTTAGAAG-AAAAGTT-CATGAA
* * * *
1316 TAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
629 CAATCTCTC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACCTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
1367 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATA
* * * *
1432 TCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAATACATTTATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCA
66 TCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA
* *
1497 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
131 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
* * * * * *
1562 ATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGAATATCTACCTTG-AGAAATGTGAAGAA
195 ATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC--GAAAAAAT-TGAAGAA
* *
1626 AAAAACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
257 AAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
1691 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
322 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAT
1745 TTCTCATTAA
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 141, Indels: 77
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.00
681 29 0.03
682 484 0.55
683 197 0.22
684 151 0.17
685 17 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (679 bp):
ATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATA
TCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
TTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGAAAAAATTGAAGAAAAAA
ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATACTTTGGTCAAAACAA
ACCAGAATTGAACGTCTACTGCAAGAAATAAGAAGAAAAAAAATTAATTACTAAGAAAAGTCATT
TATAGTATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTGATAATCTCACAATTG
ATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTGTTCATTAAACAAGACTATAATCGAATGCCTACCTCAAGA
AACATGTAGAGAAAACTATTTATTTAGAAGAAAAGTTCATGAACAATCTCTCATACCTTCAAAAG
CCTTATTACTTACCTTAAATGGTTTTATA
Done.