Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402231.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5316.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 666
Length: 1111
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Found at i:387 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1091 Score: 854
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 168
** * * * **
1 TAAATGGTTTTACAATCTCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * * * * * **
66 GTTATAATTGATTATTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAACTCGTTCATTGACAAAAAAGTGTAT
66 ATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAGTCCAT
* * *
131 TTAT-AGCTACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTT
130 TTATAATC-A-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
171 TAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
** ** * *
236 GCTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAGATGTGAAGAAAAAG-CTATTAATTGGTAACAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAA-ACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAA-AAAAGTCC
* * *
300 ATTTACAATCACTCATTTCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTT
128 ATTTATAATCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* **
342 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * ** * * * * *
406 ATTATAATTGATTATCTGTCTAGACAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTA
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAAAAAGTCCA
* ** * * *
471 TTTATAGTCACCCA--CCTTCAAAAGTATTTTTTCTTGCTT
129 TTTATAATCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
510 TAAATGG-TTT-T-A-C-AATCA-TGA----AA-TTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * * * * * *** * * **
564 ATTATGAGTGATTGTCTGCCTCGGGATAGGCGAAGGAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAACTGTA
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTC-GAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCA
* * *
629 TTTAT-AGCTACCATTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTC
129 TTTATAATC-ACCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
670 TAAATAGTTTTGTAGTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
** * * * * * *
735 GCTATAATCGAATATTTACCTTGAAAAGCATGAACAAAAAGTCAATCATTGGCAACAAAACTCCA
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAA-CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCA
* * * *
800 TTTATAGTCATCTATTCCTTCAGAAGCCTTATTTCTCGCTT
129 TTTATAATCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
841 TAAATAGTTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * ** * *
906 ACTATAATAGAATGTTTGTCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGGT-ATTCATTGATG-AAAAAAGTT
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAACATGAAGA-AAAAGTCATTCATTG--GCAAAAAAGTC
* * * * *
969 CAGTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
127 CATTTATAATCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
1012 TAAATAGTCTTATAATCTCATTGA-TGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* *
1076 GATTACAATTGAATGT
65 AATTATAATTGAATGT
1092 CTGCCTCAAG
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 158, Indels: 71
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 10 0.01
158 75 0.10
159 1 0.00
160 24 0.03
161 3 0.00
162 4 0.01
163 3 0.00
164 2 0.00
165 4 0.01
166 3 0.00
167 3 0.00
168 25 0.03
169 6 0.01
170 170 0.23
171 376 0.52
172 17 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAGTCCATT
TATAATCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
Done.