Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402234.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5319.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3748
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Warning! 365 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:335 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--2969 Score: 2605
Period size: 171 Copynumber: 17.4 Consensus size: 167
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTTGCTCTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
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* **
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* * * *
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* * * *
235 ATGATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACACATTTTATGAAAACAGACT
66 ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACT
* * * ** *
300 ACAATTGAATGTGTGTTGAGAAACGTGTGGAAAAAGTA
130 ATAATTGAATGTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCA
* * *
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* * * *
403 ATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGACATTTTTGGTTACAAA-A-AA
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* * **
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* * * *
574 TTGGTTTTATAATCTCATAACTTATTTTAAGTTGAATT-TTTCTATATTTTTTATTAAAACAGAC
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* * *
638 TATAATTGAATGTGCACCTTGACAAACTTGAAGAAAAGAAG-A
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* * * *
680 TTCATTGGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAGAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
744 AT-AGTTTTAATAGACTATCTCATAACTAATTTTGAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAAATAAAA
66 ATGA-TTTT-AT--A--ATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * ** ** * *
807 TAGACAATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGACA
124 CAGACTATAATTGAATGT--GTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CA
** *
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* * * * * *
917 AATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGAGTTAAAAAAGAC
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* *
982 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
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* * * * * *
1024 TTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTAACCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
1089 ATGGTTTTATAATATCCTAATTGATTTAAAGTTCAATTGTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACT
66 ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACT
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* * * *
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * *
1260 TTGATTTTATAATCTCGTAACTAATTTTAGGTTGAATTGTTGTATATTTTTATTTAAAATAGACA
66 ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACT
1325 ATAATTGAATGTGTACCTTTGA-AAACATGAAGAAAAATGCA
130 ATAATTGAATGTGT--C-TTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCA
*
1366 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
1431 AT-AGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-AG
66 ATGA-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGA-
* * * * *
1494 CTATAATTGAATACCTGTGTTTA-AAACCATTAAGAAAAAAGGA
128 CTATAATTGAAT--GTGTCTTGAGAAA-CATGAAG-AAAAAGCA
* * * ** *
1537 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTCATCAAAA-GAATATTACTCGCTTGAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
1601 ATCATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTCTAGATTTTTCATTAAAATAGACT
66 ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACT
* * * *
1666 ACAAGTGAATGTGTCTTTCA-AAACGTGAAGAAAAAGGCA
130 ATAATTGAATGTGTC-TTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCA
* * * *
1705 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCAATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
1770 CT-AGTTTTGTAAGCTCATTACTGATTTTAAGTTAAATT-TCTCTACATTTTT-TATAAAATAGA
66 ATGA-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGT-TTTACATTTTTAT-TAAAACAGA
** * *
1832 CTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGA
128 CTATAATTGAATG--TGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCA
* * *
1874 TTCATTGACAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
1939 ATGGTTTTATAATCTCATAACAGATTTTAAGTTGAGTT-TTTTAAATTTTTGTCTAAAACAGACA
66 ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAT-TAAAACAGACT
** * *
2003 ATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGGGA
130 ATAATTGAATG--TGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCA
* * * * * *
2044 TTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAGAAAGCTTATTACTTGCTCTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AAGGCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2108 AATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTCAGTTAAAACAGAC
65 AATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGAC
* * * * *
2173 TGTAACTGAAAGTCTACTATGAGAAACATGAAGAAAATGGCA
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** * * * * **
2215 TTCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCGA
1 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
2280 AAT-AGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGA
65 AATGA-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGA
* * * * * *
2344 CTATAATTAAATGTGGCTTGGGAAACGTGGAGAAAAAAGTA
128 CTATAATTGAATGTGTCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCA
* * * * * * *
2385 ATCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACCTATTCCTACAAAAGG-TTCATTACTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT-ATTACTCGCTTTA
** * ** * *
2449 AATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATGC-TTTTGGTTACAACAAA
65 AATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA--CATTTTTATTAAAACAGA
* * * * *
2513 C-AGTAATTGAATATGTACCTAGAGAAACGTAAAGAAACAAACA
128 CTA-TAATTGAATGTGT--CTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCA
********** * *
2556 TTCATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATTCCTTAAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * **
2621 CTGGTTATATAATTTCATTACTGATTTTAAGCTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGNN
66 ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTT-ATTAAAACAGAC
******** * ** * * *
2685 NNNNNNNNAATGTCTACCTCCATAAACGTGAAGAAAAAGAGA
129 TATAATTGAATGTGT--CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CA
* * * * * ** *
2727 ATCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
2792 ATGGTTTTATAGTCTTC-TAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTATACATTTTTTATTAAAACAGAC
66 ATGATTTTATAATC-TCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGAC
* * * *
2856 TACAATTGAATGTGTCTTGAGAAGCATGTAAAAAAAAGAA
129 TATAATTGAATGTGTCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCA
* *
2896 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
*
2961 ATGGTTTTA
66 ATGATTTTA
2970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2276, Mismatches: 428, Indels: 192
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.01
168 204 0.09
169 487 0.21
170 388 0.17
171 878 0.39
172 160 0.07
173 20 0.01
174 78 0.03
175 49 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTA
TAATTGAATGTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCA
Done.