Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397752.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1049.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17799
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.11, T:0.30
Warning! 3339 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1228 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 942--1609 Score: 639
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
932 NNNNNNNNNN
* * *
942 ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTCACA-TTGT
1 ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-ATTTGT
* * * *
1006 TGGTTAAAACAGATAATAATCGAATGTCTGCCTC-AGAAAACATGATGAAAAAGATATCCATTGG
65 TAG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * *
1070 TAAGAAATGTTCA-TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTT
128 TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTT
* * * *
1112 ATTACTCGATTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-ATTTGT
* * ** * *********
1177 TAGTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATNNNNNNNNN
65 TAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* * * * *
1242 NGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTCAAAAACTTT
130 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTT
* * * **
1283 TTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTAACGCTGT
1 ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAA-TTTGT
* ** * * * *
1347 TGGTTAAAATGGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGACACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGT
65 TAG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGT
** *
1412 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCATGCATGCCTTC-AAAAGCTCT
129 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCT-T
* * * * * ** *
1454 ATTTCTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTAATAAATAATTTTAGGTTGGAA-TTTTTTATATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-GAATTTTTTTA-ATTTG
* * * * * *
1518 TTATTAAAATAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATAACCATTGGT
64 TTAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGT
*
1582 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATG
129 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATG
1610 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 98, Indels: 18
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 186 0.48
171 191 0.49
172 10 0.03
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTTGTT
AGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTT
Found at i:1590 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 943--1605 Score: 855
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
933 NNNNNNNNNA
* * *
943 TTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTCACATTGTTG
1 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTAACACTGTTG
* *
1008 GTTAAAACAGATAATAATCGAATGTCTGCCTCAGAAAACATGATGAAAAAGATATCCATTGGTAA
66 GTTAAAACAGATAATAATCAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
* * *
1073 GAAATGTTCATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGATTTAAATGTTTTTATAA
131 GAAAAGTTCATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGATTTAAATGTTTTTATAA
* * * *
1138 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTAGTAAAACATATTATAATTGAATGT
196 TCTAATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGT
** * ***********
1203 CTATTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAC
261 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAC
1268 GCCTTCAAAAACTTTT
326 GCCTTCAAAAACTTTT
* *
1284 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAACGCTGTTG
1 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTAACACTGTTG
** * * *
1349 GTTAAAATGGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGACACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
66 GTTAAAACAGATAATAATCAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
** * * * *
1414 GAAAAGTTCATTTATAGTCATGCATGCCTTC-AAAAGCTCTATTTCTTGCTTTAAATGTTTTTAT
131 GAAAAGTTCA-TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCT-TATTACTCGATTTAAATGTTTTTAT
* * * *
1478 AATCTAATAAATAATTTTAGGTTGGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAT-ATTGAA
194 AATCTAATAAATAATTTTAAGTT-GAATTTTTTTAGATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAA
* * **
1541 TGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATAACCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACC
258 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
1606 CATGACNNNN
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 47, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 186 0.68
342 83 0.31
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTGTAACACTGTTG
GTTAAAACAGATAATAATCAAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
GAAAAGTTCATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGATTTAAATGTTTTTATAA
TCTAATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAC
GCCTTCAAAAACTTTT
Found at i:2327 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1966--2469 Score: 493
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
1956 NNGAGGAAAT
* * * *
1966 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACTCATGGCTTCAAAAACCT
1 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCATGACTTCAAAAGCCT
* * * *
2031 TATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAGTCTCG-TAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTA-ATGT
65 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTGATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTATAT-T
* * * * * * *
2093 TTTTACTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTGCCTCATGACAT
128 TTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGACAA
* * *
2137 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATGCCTTCAAAAGCCC
1 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-CATGACTTCAAAAGCCT
* *
2202 TATTTCTCGCTTTAAATATTTTTATAAT-TTGATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTGATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTATATTT
* * *
2266 TTTATGAAAACATATTATAATTGAATATCTACCT-TGAGAA
129 TTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTATGACAA
* * ********* *
2306 ACCTGAAAAAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATGACTTCGAAAGC
1 A--TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCATCATGACTTCAAAAGC
* * * *
2371 CTTATTACTCGTTTTAAATGA-TTTTATAATCTT-AAAATTAATTTTTAGTTGAGTTTTTTTATA
63 CTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTTGATAATTGA-TTTTAGTTGAATTTTTTTATA
2434 -TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
126 TTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
2470 CAAGAAANNN
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 45, Indels: 23
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 38 0.14
171 211 0.76
172 21 0.08
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCATGACTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTGATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
TATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTATGACAA
Found at i:2878 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2593--2923 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
2583 AAAAAATATA
* *
2593 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAGGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAACTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTT
* * *
2658 AAAGGCATGCAAGACTATAAATGGACTTTTTTAGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATATGTCCCG
66 AAAGGCATGCAAGACGATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATC-TTTTCTTCATATGTCCCG
*
2723 AGGTC-GACATTTAATTATTATCTATTTTAAGTAAAAACGTC
130 AGG-CAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAACGTC
* * *
2764 AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTA-CAAGACTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAA-ACTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTT
* * * * * *
2828 TGAAGGCATG-AGTGACGATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATATCTTTTCTTCATGTTTCCT
65 TAAAGGCATGCA-AGACGATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTCTTCATATGTCCC
*
2892 GAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAG
129 GAGGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAG
2924 AAAGAATATA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 16, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 46 0.33
171 94 0.67
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAACTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTT
AAAGGCATGCAAGACGATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTCTTCATATGTCCCGA
GGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAACGTC
Found at i:3839 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3180--4681 Score: 1205
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
3170 NNNNNNNNGT
* * **
3180 CATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGTTATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGTT
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGC
* * * * * * * *
3244 AGACATTCAA-TATAAACTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTCAACCTAAAATTAATTATCA
65 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
3308 GATTATAAAAATATTTAAAGCAAGAAAT-AGAGCTTTTGAAGG
130 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGG
*** * * *
3350 CATCCATGACTATAAATGGACTTTTCTTACGAATGGATATCTTTTTCTTCATGTGTCCTGAGGCA
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * ** * * *
3415 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAACAGCATAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATGAT
66 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
3480 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGAAGG
131 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * * *
3521 CGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTT-CTCGAAGT
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGC
* * *
3585 AGACATTCAATTATAATATGTTTT-ACTAAAAAATCTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
65 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
3649 AAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGCAATAAGGTTTTTGAAGG
128 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
3693 TATGGGTGACTAT-AATAGACATTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCATCATGTTTCCTGAGGCA
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * * *
3757 GACATTCGATTATTATCTGTTTTAACCAACAATGTAACAAAATTAAATTTAAAATCAATTATGAG
66 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
3822 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-ATAGGGCTTTTG-ACG
131 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
3861 CCTAGG-GACT-T-AAT-GGC-TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTT-CTCAAGGT
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGC
* * * * * * *
3920 AGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATCA
65 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** *
3984 GATTATAAAAATATTTAAAGCAAAAAATAAGGCTTTTCAAGG
130 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ********* * * * *
4026 CATGCGTGACTATAAAT-GNNNNNNNNNNATCAATGGAT-TTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGC
1 CATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGC
** ** * **
4089 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAACGTATCAAAATTCAATTTAAAATCAATTATNN
65 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
******** *
4154 NNNNNNNNAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTT-AAGG
130 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGG
* * * * * * *
4196 TATGGGTGACTATAAATATACTTTT-TCTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAC
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGC
* * * *
4260 AGACATTAAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGT
65 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
4325 GTTTATAAAATCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
130 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * * * **
4366 CATGGATAACTATAAATGGAGTTTTCTCGCCAAT-GAT-TTTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGTT
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATG-TTTCCTGAGGC
* * * *
4428 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCGACTTAAAATCGATTTTGA
65 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
4493 GATTATAAAAACATTTAAAGGGACTAAAAAGGCTTTTGCAGG
130 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * *********** * * ** * **
4535 CGCGGGTGACAATAAATGGACTNNNNNNNNNNGTGAATATCTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAAGTT
1 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * * *
4600 GACATTCAATTAATATCTATTTTAACCAACAACATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAG
66 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
4665 ATTATAAAAATATTTAA
131 ATTATAAAAACATTTAA
4682 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 262, Indels: 57
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
163 44 0.04
164 72 0.07
165 7 0.01
166 8 0.01
167 5 0.00
168 100 0.10
169 103 0.10
170 229 0.22
171 399 0.38
172 74 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
GACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
Found at i:5556 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5247--5574 Score: 439
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
5237 NNNNNNNNNN
* * *
5247 AAAAAATTCAAATTAAAATCAATGATGAGGTTATAAAATAATTTACAGCGAGTAATCAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAAATTAAAATCAATGATCAGGTTATAAAATAATTTACAGCGAGCAATAAGGCTTTC
* ** * * *
5312 GAAGATATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTACTTCACATTTCTTGA
66 GAAGACATGGTGACTATAAATAAACTTTTATTACCAATGAATATCTTTTACTTAACATTTCTTGA
5377 GGTAGAGATTCAATTATAATCTATAT-TAAT
131 GGTAGAGATTCAATTATAATCTAT-TCTAAT
* *
5407 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAA-ATATTTGA-AGCGAGCAATAAGGCTT
1 AAAAAATTCAAATTAAAATCAATGATCAGGTTATAAAATA-ATTT-ACAGCGAGCAATAAGGCTT
* * *
5470 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATTACCAATGAATATCTTTTTCTTAACGTTTCT
64 TCGAAGACAT-GGTGACTATAAATAAACTTTTATTACCAATGAATATCTTTTACTTAACATTTCT
**
5535 TGAGGTA-AGAATTTTATTATAATCTATTCTAAT
128 TGAGGTAGAG-ATTCAATTATAATCTATTCTAAT
5568 AAAAAAT
1 AAAAAAT
5575 AAAAAAAATT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 16, Indels: 9
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
160 65 0.44
161 81 0.55
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
AAAAAATTCAAATTAAAATCAATGATCAGGTTATAAAATAATTTACAGCGAGCAATAAGGCTTTC
GAAGACATGGTGACTATAAATAAACTTTTATTACCAATGAATATCTTTTACTTAACATTTCTTGA
GGTAGAGATTCAATTATAATCTATTCTAAT
Found at i:6153 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 5937--6160 Score: 288
Period size: 117 Copynumber: 1.9 Consensus size: 117
5927 CTGAAAATCA
* * * * * *
5937 ATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTAGAAGGCATTGTGATTATAAAT
1 ATTATAAGATTATAAAAAGATTTAAAACGAGCAAAAAGGCTTTAGAAGGCATGGTGACTATAAAT
* *
6002 GGACTTCTCTTGCCAATAGATAACTTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
66 GGACTTCTCTTACCAATAGATAACTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * * *
6054 ATTATGAGATTATAAAAAGATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTTACTATAAA
1 ATTATAAGATTATAAAAAGATTTAAAACGAGCAAAAAGGCTTTAGAAGGCAT-GGTGACTATAAA
* *
6119 TGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTT-CTTCACGTTTCT
65 TGGACTTCTCTTACCAATAGATAACTTTTTGCTTCACGTTTCT
6161 CAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 16, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
117 54 0.60
118 36 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (117 bp):
ATTATAAGATTATAAAAAGATTTAAAACGAGCAAAAAGGCTTTAGAAGGCATGGTGACTATAAAT
GGACTTCTCTTACCAATAGATAACTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAGAC
Found at i:6462 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6237--7072 Score: 749
Period size: 169 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
6227 ATTAATTTTG
* ** * *
6237 AGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAATCATACGCGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGAC
* **
6301 TTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCGGGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTT
65 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTT
* *
6366 TAATAAAAATATAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATC
130 TAATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATC
* *
6406 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCATGACTATAAAT-AAGC
1 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGA-C
* * * * * * *
6470 TTTTCTTGCCGATGGATATCTTTTTCTTCATCTGTCCTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTT
65 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTG-T
* * ** * *
6535 TTAAGAGAAAAATATAAAAGAATTCAAGTTAAAATAAATTATA
129 TT-A-ATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATC
* * * * * * * *
6578 AGTTTATAAAAATATTT-AAG-GAGAATAAAAACGCTTGTT-AAGCCGTGGGTGGCTATAAATAG
1 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAG-A-AATAAGGCTT-TTGAAGGCATGCGTGACTATAAATGG
* * * * * *
6640 ACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGTAGACATTTAATTATCATTTG
63 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
* * ******
6705 TTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCANNNNNN
128 -TTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATC
************** * * * * *
6749 NNNNNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACT
* * *
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66 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT-T-TGT
* *
6878 TTAACAAAAAATATAAAACAATT-AA-CTCAAAATCAATTATC
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* *
6919 AGATTATAAAAACATTTAAAGCGA-AAAT-AGAGCTTTTGAAGGCATGCATGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAG-GCTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGAC
* * *
6982 TTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTAT-
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Statistics
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AATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATC
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7475 NNNNNNNNNN
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* * * *
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* * ** *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * * * * **
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1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA-TTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
8748 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-TTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * **
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* * * **
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** * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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** * *
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* * *
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* *
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* * ** ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
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* *
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* * * *
10557 AATTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* *
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**
10855 AAGCGAGTAATAAGTTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
126 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
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1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
10963 TTTTAATTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAAACATTTAAAG
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* * * * *
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* * *
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1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-TTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAAT--
******** * ** *
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* **********
11197 AGCAAGTAATAAGGCTTTTG-NNNNNNNNNNGACTATAAATGG
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* * * * * * *
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* *
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* * * * ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA-TTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
11647 TTTTAATAAAAAATATGAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACTATTTAAAG
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* * * *
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* *
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* * * *
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** * * *
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* ** * *
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* *** * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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*
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* **
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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** * ** *
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* * ** *
13761 GCGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGTGTCGGTGACTATAAATGG
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
13803 GCTTTTCTTGCCTATGGATATCTTTTTCTACACGTTT-CTCAAAGTAGACATTTAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA-TTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * *
13867 GTTTTAATAAAAAATATAAAAGAATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAA
64 GTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAA
* * *
13932 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
13974 ACTTCTCTTACCAATGGATATATTTCTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGATATTCAATTATAATTT
1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-TTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
14038 ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTAT-AAAATCATTTA
64 GTTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTA
* *
14102 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT-AGC--T--AT--
126 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGG
* * * *
14140 -CTTTT-TTACGAATGGATATCTTTTTCTTTATATTT-CTCAATGTAGACATTCAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-TTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
*
14202 ATTTTAATAAAAA
64 GTTTTAATAAAAA
14215 AATTTAATGT
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TTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
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14597 NNNNNNNACG
* * * * * **
14607 ATTATAGAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGTTTATAAATAGACTTT
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*** * * * *
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*
14778 ATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGAACTTT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAAAG-ACTTT
* *
14843 TCTTAATAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGATATTCAATTATTATCTATTTTA
64 TCTTAATAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGATATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
14908 ACAAAAAACATTACACAATTCAA-TCTAAAACCAATTCTGA
129 ATAAAAAACATAACACAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
* * * * * *
14948 GATCATAAAAATATTTAAAGCGACTAATGAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTT
1 -ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAA-AGACTT
** * ** * * * * *
15013 TT-TTTGTCAATAGATATCTTTTT-TTCACATTTCTCGAGACAGACATTCAACTAAAATATGTTT
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** *
15076 TAATAAAAAATGTAAACACAATGCAACTTAAAATCAATTATGAA
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* * *
15120 ATTAGAAAAATATTTAAGGCGAGT
1 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT
15144 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAATAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
AAAAAACATAACACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
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15348 NNNNNNNNNN
* *
15358 TAAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTTTTT
1 TAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGC-AATGGATA-C-ATTTTTTT
* * * * * * * *
15423 TTACATTTCTCAAGATAGATATTCAATTATAACCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTAAC
63 TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAAT
* * **********
15488 TCAAAATCAATTATGAGCTTATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAA
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* * * *
15531 TAAGGCTTTCGAAGGCGTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATACATTTTTCTTC
1 TAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACATTTCTTG-CAATGGATACATTTTTTTTC
* *
15596 ACGTTTCTCAAGGTAGGCAGTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTTAATTT
65 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTTAATTT
* * *
15661 AAAATCAGTTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
** * * **
15702 TAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTACCAATAGATATGTTTTTTTTC
1 TAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACATTTCTT-GCAATGGATACATTTTTTTTC
* * * * ** *
15767 ATGTTTC-CTAAAGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-AAGAAAACGTAACAAAATTCAAT
65 ACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA-AAAATATAA-AAAATTTAAT
* * *
15830 TTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAAGCATTTAAAGAGAGTAA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
* * *** * * * *
15873 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAAGACTATAAATTGACCTTTCTTGGCAATGGATATC-TTTTTCTT
1 TAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACATTTCTT-GCAATGGATA-CATTTTTTTT
15937 CACGTTTC
64 CACGTTTC
15945 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
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TAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGCAATGGATACATTTTTTTTCA
CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAATTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
Found at i:16386 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16088--16766 Score: 550
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
16078 NNNNNNNNNN
* * * *
16088 GAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTTCTCAATGTTTATC
1 GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTTTTC-ATGTTTCTC
* * * * * *
16152 AAGATAAATATTCAATTATAATCTATTTCAATAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAT
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16217 TATNNNNNNNNNNAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGGTTTTT
130 TAT-GCAATTATAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAAGCTGTC
* *
16260 GAAGGT-ATGGGGGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATAGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTC
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* * * *
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** *
16388 TTATGCAATTATAAAATCATTTTAAGCGTGTAATAAAGCTGTC
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
16559 ATTAT-AAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTT
128 ATTATGCA-ATTAT-AAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAAGCTGTC
* * * * * * ** **
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16667 AGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAGAAAACGTAACAAAATTTAATTTAAAATTAATT
66 AGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* *
16732 ACG-AGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTATATAA
131 ATGCA-ATTAT-AAAATCATTAAAAGCGAGTA-ATAA
16767 CCTGTTTCAA
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 73, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 55 0.13
171 166 0.40
172 179 0.43
173 20 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCA
AGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
ATGCAATTATAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAAGCTGTC
Done.