Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402244.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5329.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2245
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.13, T:0.31
Warning! 279 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:308 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21--1678 Score: 1581
Period size: 172 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
11 TTCAAGGCAA
* * * * * * *
21 ACATTCAATTACAATCTGTTCTAACTAAAAAGGT-CAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* * * *
85 ATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAGTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTT
* **
150 TCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCGTGAGG-ATG
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTA-G
* * * *
192 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
257 ATTATAAAACCATGTAAAGCGAATAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTT
* *
322 TCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT-TTCGTTTCTCGAGGTAG
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCT-GAGGTAG
* * * * * * ** * *
364 ACATTCAACTATAGTCAGTTTTAACTAAAAGTGTA-AAATAATTTAACCTAAAATTAACTATG-G
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* * *
427 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAAT-GAAA
65 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAG-AC
* * * *
491 TTTTCTTGCCAATGAACGCATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTG
126 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAG
* * ** *
536 GCATTCAATTATTAA--TGATTTTAACCAAAAAAGTACAACAAATTCAAATTTTAATCAATTTTG
1 ACATTCAATTA-TAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTACAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTATG
* * *
599 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGTA-TATAAATAGAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTG-ACTATAAATAGAC
* * * *
663 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGTTAG
126 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAG
* * ** * * * * *
708 ACATTAAATTATAATATGTTTTTGCCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAATATCAATTATAAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTATGAG
*
773 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATCAGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-AGACTT
** * * * ** *
837 TTCTTATCAATTAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAACTAA
128 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAG
* ** * * *
880 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATATA-AAATAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AA-TTCAAATTAAAATCAATTATGA
* * *
944 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GAACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAG-ACT
* * ** *
1008 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAG
127 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCTGAGGTAG
* * * * * ***
1052 ACATTCAATTGTAATCTGTTCTAACTAAAAAGGT-CAAAATATACAACCCAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAA-ATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
* * * *
1116 GTTATAAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAGTT
65 ATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTT
* * *
1181 TTCTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTAG
128 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAG
* *
1224 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATGAG
** * * *
1289 ATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATTGGTGACTACAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
1354 TCTTACTAATGAATTCCTTTTGCTTTATGTTTCTCGAGGTAG
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAG
* * ** *
1396 ACATTCAATTATCATCGGTTTTAACCAAAAA-G-ATCAAAAGGGTCAAATTAAAATCAATTAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-CAAAA-ATTCAAATTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
1459 GATTATAAAACC-CTTAATGTGCGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGAGTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTT
* * * *
1523 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTTG
128 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAG
* * * *
1566 ACATTCAATTATAA--AGTTTTAGCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAAT-AAGTTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTAAAATCAA-TTATGA
* *
1628 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGA
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGA
1679 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 218, Indels: 95
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.01
169 34 0.03
170 120 0.10
171 159 0.13
172 797 0.65
173 94 0.08
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAG
Found at i:1059 original size:516 final size:508
Alignment explanation
Indices: 21--1678 Score: 1780
Period size: 516 Copynumber: 3.2 Consensus size: 508
11 TTCAAGGCAA
* * * * * * * *
21 ACATTCAATTACAATCTGTTCTAACTAAAAAGGT-CAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAA--TGTTTTAACCAAAAAAGTACAAAAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAG
* * *
85 ATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGAGTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTT
** * *
149 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCGTGAGGAT-GACATTCAATTATAATCTGTTT
127 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-GTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
213 TAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATGTAAAGCG
191 TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
* * *
278 AATAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTT-ACAATGAATACCTTTT
* * * *
343 TCTTT-TCGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAGTCAGTTTTAACTAAAAGTGTAAAATAA-T
319 TCTTTAT-GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-AGTTTTAA-TAAAAATATAAAATAAGT
* * * * * *
406 TTAACCTAAAATTAACTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGG
381 TCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAAG
* * * *
470 TATAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAACGCATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTT
443 AATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTT
535 G
508 G
* * *
536 GCATTCAATTATTAATGATTTTAACCAAAAAAGTACAACAAATTCAAATTTTAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTA-TAATG-TTTTAACCAAAAAAGTACAA-AAATTCAAATTTAAATCAATTATGAG
* * *
601 ATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGTA-TATAAATAGACTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG-ACTATAAATAGAGTT
* * *
665 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGTTAGACATTAAATTATAATATGTTTT
127 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * ** * * *
730 TGCCAAAAATGTA-AAAAAATTTGAACTTAATATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
192 AACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAA-ATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
* * * *
794 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATCAGACTTTTCTTATCAATTAATGCCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAT-GGACTTTTCTTA-CAATGAATACCTTTT
* ** *
859 TCTTTATGTTTCTCAAACTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATATAAAATAAGTT
319 TCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATA-GTTTTAAT-AAAAATATAAAATAAGTT
* *
924 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT
382 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
* * ** **
989 GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGCAG
446 GGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTTG
* * * * * ****
1052 ACATTCAATTGTAATCTGTTCTAACTAAAAAGGT-CAAAATATACAACCCAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAA--TGTTTTAACCAAAAAAGTACAAAA-ATTCAAATTTAAATCAATTATGAG
* * * *
1116 GTTATAAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGAGT
63 ATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-TGACTATAAATAGAGT
* * * * * * *
1180 TTTCTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
126 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
1245 TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGT
191 TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGT
* * * *
1309 GAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATTGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATTCCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-TAATGGACTTTTCTTAC-AATGAATACCTTT
* * * * * * * *
1374 TGCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATCATCGGTTTTAACCAAAAAGATCAAA-AGGG
318 TTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-AGTTTTAA-TAAAAATATAAAATAAGT
* * ** * * *
1438 TCAAATTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCCTTAATGTGCGTAATAAGGTTTTTGAAAGAAT
381 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
* * * * * * *
1503 GAGAGACTATAAAT-AGAGTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTTG
446 GGGTGACTATAAATGA-AATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTG
* * * *
1566 ACATTCAATTATAAAGTTTTAGCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAAT-AAGTTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAATGTTTTAACCAAAAAAGTACAAA-AATTCAAATTTAAATCAA-TTATGAGA
* *
1630 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGA
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGA
1679 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 948, Mismatches: 160, Indels: 73
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 56 0.06
513 25 0.03
514 92 0.10
515 112 0.12
516 590 0.62
517 72 0.08
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
ACATTCAATTATAATGTTTTAACCAAAAAAGTACAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCT
TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
AAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAATGGACTTTTCTTACAATGAATACCTTTTTCTTTAT
GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATAGTTTTAATAAAAATATAAAATAAGTTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTAT
AAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTG
Done.