Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397303.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_523.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 201800
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.13, T:0.28
Warning! 37218 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:830 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 810--840 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
800 GAAAGCTTCA
810 AAAAAATAAATAATT
1 AAAAAATAAATAATT
825 AAAAAATAAATAATT
1 AAAAAATAAATAATT
840 A
1 A
841 TAAATACATG
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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15 16 1.00
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Consensus pattern (15 bp):
AAAAAATAAATAATT
Found at i:7308 original size:32 final size:33
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Indices: 7272--7335 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
7262 GGAATAATTT
*
7272 ATATCACCT-AAATAATTCATAGGCTATTTTTC
1 ATATCACCTAAAATAATTCATAAGCTATTTTTC
7304 ATATCACCTAAAATAATTCATAAGCTATTTTT
1 ATATCACCTAAAATAATTCATAAGCTATTTTT
7336 TTGATTTGGC
Statistics
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0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 9 0.30
33 21 0.70
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Consensus pattern (33 bp):
ATATCACCTAAAATAATTCATAAGCTATTTTTC
Found at i:19193 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19131--19188 Score: 98
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
19121 GTTTTCAACT
19131 ATGTTACACGCCATGCTCAAAA
1 ATGTTACACGCCATGCTCAAAA
*
19153 ATGTCACACGCCATGCTCAAAA
1 ATGTTACACGCCATGCTCAAAA
*
19175 ATGTTACACACCAT
1 ATGTTACACGCCAT
19189 CTGCTTTATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
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22 33 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
ATGTTACACGCCATGCTCAAAA
Found at i:19484 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 19376--19495 Score: 141
Period size: 63 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
19366 ACCACAGCAC
* * * * *
19376 GATGACGATGGTGCTCAACAGAGAGTTAGCGGAGCTCATACAGTTCAAAGAGTTGAGCGACCT
1 GATGACAATGGTGCTCAACAGAGAGTCAACAGAGCTCATACAGTTCAAAGAGCTGAGCGACCT
* * * * * *
19439 GATGACAATGGTGCTTAACAGAGAGTCAATAGAGTTGATATAGTTCACAGAGCTGAG
1 GATGACAATGGTGCTCAACAGAGAGTCAACAGAGCTCATACAGTTCAAAGAGCTGAG
19496 AGAGAAAGAT
Statistics
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63 46 1.00
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Consensus pattern (63 bp):
GATGACAATGGTGCTCAACAGAGAGTCAACAGAGCTCATACAGTTCAAAGAGCTGAGCGACCT
Found at i:20992 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 20962--21002 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
20952 ACTGCATTGG
20962 GCATGGCGTGTCACACCACTA
1 GCATGGCGTGTCACACCACTA
* *
20983 GCATGTCGTGTCACCCCACT
1 GCATGGCGTGTCACACCACT
21003 GTGCATGGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
GCATGGCGTGTCACACCACTA
Found at i:21009 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 20920--21010 Score: 112
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 44
20910 TGTAACCGCG
* * ** *
20920 TGGCGTGTCACGCCACTAGGGCATGTTGTGTCACTGCATTGGGCA
1 TGGCGTGTCACACCACTA-GGCATGTCGTGTCACCCCACTGGGCA
*
20965 TGGCGTGTCACACCACTA-GCATGTCGTGTCACCCCACTGTGCA
1 TGGCGTGTCACACCACTAGGCATGTCGTGTCACCCCACTGGGCA
21008 TGG
1 TGG
21011 ATTGTCGCCT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 2
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 23 0.57
45 17 0.43
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Consensus pattern (44 bp):
TGGCGTGTCACACCACTAGGCATGTCGTGTCACCCCACTGGGCA
Found at i:21049 original size:23 final size:23
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Indices: 20991--21124 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 5.9 Consensus size: 23
20981 TAGCATGTCG
* * *
20991 TGTCACCCCACT-GTGCATGGAT
1 TGTCACCCGACTGGGGCATGGCT
* * *
21013 TGTCGCCTGTCTGGGGCATGGCT
1 TGTCACCCGACTGGGGCATGGCT
* * *
21036 TGTCACCCGACTGGGGAATGTCG
1 TGTCACCCGACTGGGGCATGGCT
* ** * *
21059 CGTCACTTGAATGGGGCATGGAT
1 TGTCACCCGACTGGGGCATGGCT
* * * * *
21082 TGTCACTCGTCTAGGGCATCGCC
1 TGTCACCCGACTGGGGCATGGCT
*
21105 TGTCACTCGACTGGGGCATG
1 TGTCACCCGACTGGGGCATG
21125 TNNNNNNNNN
Statistics
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0.71 0.28 0.01
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.10
23 72 0.90
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
TGTCACCCGACTGGGGCATGGCT
Found at i:21413 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 21387--21454 Score: 82
Period size: 23 Copynumber: 3.0 Consensus size: 23
21377 CTGACTGGTT
21387 CATGTCGTGTCACTCGAATGGGG
1 CATGTCGTGTCACTCGAATGGGG
* * * *
21410 CATGGCGTGTCACCCGACTTGGG
1 CATGTCGTGTCACTCGAATGGGG
* *
21433 CATGTCATGGCACTCGAATGGG
1 CATGTCGTGTCACTCGAATGGG
21455 CATTGCTTGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 10, Indels: 0
0.78 0.22 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 35 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.25, G:0.34, T:0.24
Consensus pattern (23 bp):
CATGTCGTGTCACTCGAATGGGG
Found at i:21437 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 21361--21468 Score: 137
Period size: 46 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
21351 NNNNNNNNNN
* * * *
21361 GGGCATGGCTTGTCACCTGACTGGTTCATGTCGTGTCACTCGAAT
1 GGGCATGGCTTGTCACCCGACTGGTGCATGTCATGGCACTCGAAT
*
21406 GGGGCATGGCGTGTCACCCGACTTGG-GCATGTCATGGCACTCGAAT
1 -GGGCATGGCTTGTCACCCGAC-TGGTGCATGTCATGGCACTCGAAT
*
21452 GGGCATTGCTTGTCACC
1 GGGCATGGCTTGTCACC
21469 GCATTCGGGC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 7, Indels: 3
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
45 15 0.28
46 36 0.67
47 3 0.06
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Consensus pattern (45 bp):
GGGCATGGCTTGTCACCCGACTGGTGCATGTCATGGCACTCGAAT
Found at i:45200 original size:20 final size:20
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Indices: 45177--45232 Score: 85
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
45167 CAATTAAAAT
* * *
45177 TAAAATTAAACCTATTAAAC
1 TAAAAATAAAACTAATAAAC
45197 TAAAAATAAAACTAATAAAC
1 TAAAAATAAAACTAATAAAC
45217 TAAAAATAAAACTAAT
1 TAAAAATAAAACTAAT
45233 CTAAAATTTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
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20 33 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
TAAAAATAAAACTAATAAAC
Found at i:45202 original size:21 final size:21
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Indices: 45169--45228 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
45159 TTTCCAAACA
* *
45169 ATTAAAATTAAAATTAAACCT
1 ATTAAACTAAAAATTAAACCT
*
45190 ATTAAACTAAAAA-TAAAACT
1 ATTAAACTAAAAATTAAACCT
* *
45210 AATAAACTAAAAATAAAAC
1 ATTAAACTAAAAATTAAAC
45229 TAATCTAAAA
Statistics
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20 18 0.56
21 14 0.44
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Consensus pattern (21 bp):
ATTAAACTAAAAATTAAACCT
Found at i:45210 original size:12 final size:12
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Indices: 45193--45231 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 3.6 Consensus size: 12
45183 TAAACCTATT
45193 AAACTAAAAATA
1 AAACTAAAAATA
45205 AAACT---AAT-
1 AAACTAAAAATA
45213 AAACTAAAAATA
1 AAACTAAAAATA
45225 AAACTAA
1 AAACTAA
45232 TCTAAAATTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
8 5 0.22
9 3 0.13
11 3 0.13
12 12 0.52
ACGTcount: A:0.72, C:0.10, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (12 bp):
AAACTAAAAATA
Found at i:49081 original size:29 final size:29
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Indices: 49042--49121 Score: 90
Period size: 29 Copynumber: 2.8 Consensus size: 29
49032 NNNNNNNNNN
*
49042 TTCTTGTCTAAAGTAAGACATAAA-ATGTA
1 TTCTTGTCTAAAGTAAGACA-AAACATATA
* * *
49071 TTCTTGTCTAAATTAAGATAAAACATATT
1 TTCTTGTCTAAAGTAAGACAAAACATATA
* *
49100 TTCTTGTCTAAATTCAGACAAA
1 TTCTTGTCTAAAGTAAGACAAA
49122 CATGTAAAAG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.07
29 41 0.93
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Consensus pattern (29 bp):
TTCTTGTCTAAAGTAAGACAAAACATATA
Found at i:58638 original size:24 final size:26
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Indices: 58611--58671 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
58601 ATCACTTGTG
58611 GCCTAGCCAC-ATATAAC-AACCATA
1 GCCTAGCCACGATATAACAAACCATA
* *
58635 GCCTTGCCACGTATATAACAAACCATG
1 GCCTAGCCACG-ATATAACAAACCATA
58662 GCCCTAGCCA
1 G-CCTAGCCA
58672 TGCTAATAGC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.30
26 7 0.23
27 7 0.23
28 7 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.34, G:0.13, T:0.18
Consensus pattern (26 bp):
GCCTAGCCACGATATAACAAACCATA
Found at i:65509 original size:18 final size:18
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Indices: 65488--65537 Score: 91
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
65478 TTAATATTTT
65488 AATATTATTTATTAATAA
1 AATATTATTTATTAATAA
65506 AATATTATTTTATTAATAA
1 AATATTA-TTTATTAATAA
65525 AATATTATTTATT
1 AATATTATTTATT
65538 TCAAAATTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 13 0.42
19 18 0.58
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
AATATTATTTATTAATAA
Found at i:67553 original size:9 final size:9
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Indices: 67539--67584 Score: 56
Period size: 9 Copynumber: 4.9 Consensus size: 9
67529 ATTTTAAGTT
*
67539 ATGTTTCAC
1 ATGTTTTAC
67548 ATGTTTTATC
1 ATGTTTTA-C
*
67558 TATGTTTTGC
1 -ATGTTTTAC
67568 ATGTTTTAC
1 ATGTTTTAC
67577 ATGTTTTA
1 ATGTTTTA
67585 TTTGTGTTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
9 23 0.72
10 2 0.06
11 7 0.22
ACGTcount: A:0.20, C:0.11, G:0.13, T:0.57
Consensus pattern (9 bp):
ATGTTTTAC
Found at i:67563 original size:20 final size:20
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Indices: 67538--67575 Score: 58
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67528 TATTTTAAGT
67538 TATGTTTCACATGTTTTATC
1 TATGTTTCACATGTTTTATC
**
67558 TATGTTTTGCATGTTTTA
1 TATGTTTCACATGTTTTA
67576 CATGTTTTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.11, G:0.13, T:0.58
Consensus pattern (20 bp):
TATGTTTCACATGTTTTATC
Found at i:99238 original size:17 final size:17
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Indices: 99216--99250 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
99206 TTGTTAAGGC
99216 ACATATTCAGGAAGAGT
1 ACATATTCAGGAAGAGT
*
99233 ACATATTTAGGAAGAGT
1 ACATATTCAGGAAGAGT
99250 A
1 A
99251 ATCCCTAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (17 bp):
ACATATTCAGGAAGAGT
Found at i:101940 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 101818--102201 Score: 409
Period size: 80 Copynumber: 4.8 Consensus size: 79
101808 CATGAGTTCC
* * *
101818 ATTTATGAGATTATGACATGTATGCCATAAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTATACTATCGG
1 ATTTATGAGGTTATGACATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTACACTAT-GG
101883 CTAAGCATGTAAGTG
65 CTAAGCATGTAAGTG
* * * *
101898 ATTTACGAGGTTATGGA-ATGTATGCCCTGAGATGTATGTGTTAAGTATAGCATGTACACTGTGA
1 ATTTATGAGGTTAT-GACATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTACACTATG-
*
101962 GCTAAGCATGCAAGTG
64 GCTAAGCATGTAAGTG
* * * * * *
101978 AGTTATAAGGTTATGACATGCATGCCATGAGATGTATATGCTAAGTATATCATGTACATTATGGG
1 ATTTATGAGGTTATGACATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTACACTAT-GG
102043 CTAAGCATGTAAGTG
65 CTAAGCATGTAAGTG
* * *
102058 ATTTATGAGGTAATAGA-ATGTATGCCATGAGATGTGTGTGTTAAGTATACCATGTACACTATAG
1 ATTTATGAGGTTAT-GACATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTACACTAT-G
* *
102122 GCTAAGCATATAA-TCC
64 GCTAAGCATGTAAGT-G
* * * * ** * *
102138 ATTTATAAAGTTTTGAAATGCT-TGCCATGAGATGTATGCATTGAG-ATAGTCATATACACTATG
1 ATTTATGAGGTTATGACATG-TATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATA-TCATGTACACTATG
102201 G
64 G
102202 GCTATGTAGG
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 41, Indels: 19
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
79 11 0.04
80 237 0.93
81 6 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (79 bp):
ATTTATGAGGTTATGACATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTACACTATGGC
TAAGCATGTAAGTG
Found at i:102049 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 101828--102174 Score: 464
Period size: 160 Copynumber: 2.2 Consensus size: 160
101818 ATTTATGAGA
* * * * *
101828 TTATGACATGTATGCCATAAGATGTATGTGTTAAGTATATCATGTATACTATCGGCTAAGCATGT
1 TTATGACATGCATGCCATGAGATGTATATGCTAAGTATATCATGTACACTATCGGCTAAGCATGT
* * * *
101893 AAGTGATTTACGAGGTTATGGAATGTATGCCCTGAGATGTATGTGTTAAGTATAGCATGTACACT
66 AAGTGATTTACGAGGTAATAGAATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATACCATGTACACT
* * * *
101958 GT-GAGCTAAGCATGCAAGT-GAGTTATAAGG
131 ATAG-GCTAAGCATACAA-TCCAGTTATAAAG
* *
101988 TTATGACATGCATGCCATGAGATGTATATGCTAAGTATATCATGTACATTATGGGCTAAGCATGT
1 TTATGACATGCATGCCATGAGATGTATATGCTAAGTATATCATGTACACTATCGGCTAAGCATGT
* *
102053 AAGTGATTTATGAGGTAATAGAATGTATGCCATGAGATGTGTGTGTTAAGTATACCATGTACACT
66 AAGTGATTTACGAGGTAATAGAATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATACCATGTACACT
* *
102118 ATAGGCTAAGCATATAATCCATTTATAAAG
131 ATAGGCTAAGCATACAATCCAGTTATAAAG
* * *
102148 TTTTGAAATGCTTGCCATGAGATGTAT
1 TTATGACATGCATGCCATGAGATGTAT
102175 GCATTGAGAT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 22, Indels: 4
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
160 161 0.99
161 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
TTATGACATGCATGCCATGAGATGTATATGCTAAGTATATCATGTACACTATCGGCTAAGCATGT
AAGTGATTTACGAGGTAATAGAATGTATGCCATGAGATGTATGTGTTAAGTATACCATGTACACT
ATAGGCTAAGCATACAATCCAGTTATAAAG
Found at i:103319 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 103291--103337 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
103281 CAGAATAGTT
103291 TCTTGCTGCCTC-CTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTCTCTTGCTGCCTC
103314 TCTTGCTGCCTCTCTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTCTCTTGCTGCCTC
103338 AAAAATCTCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.52
24 11 0.48
ACGTcount: A:0.00, C:0.43, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (24 bp):
TCTTGCTGCCTCTCTTGCTGCCTC
Found at i:103320 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 103291--103337 Score: 87
Period size: 12 Copynumber: 4.0 Consensus size: 12
103281 CAGAATAGTT
103291 TCTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTC
103303 -CTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTC
103314 TCTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTC
103326 TCTTGCTGCCTC
1 TCTTGCTGCCTC
103338 AAAAATCTCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
11 11 0.32
12 23 0.68
ACGTcount: A:0.00, C:0.43, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
TCTTGCTGCCTC
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1 A
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* * *
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* *
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*
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* * *
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108168 TTAATTGTTT
* *
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* * * **
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TAAAC
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115463 TTAATTGTTT
* * *
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* *
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*
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124320 AGGTGGAAAG
124330 AATATTTT-TGAATAAAAT
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145632 NNNNNGATAA
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*
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1 TGTGAGATGGTTAATTTTG
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149820 TTCAAACTCA
*
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1 AGT
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157487 TCATTATTAA
*
157497 TCTCTGCTTAAGAATTGACTTC
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*
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1 TCTCTACTTAAGAATTGATTC
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1 T
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160358 ATATTCCTAG
*
160368 TCAATGTATAATTGAGACTGG-ACA
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160392 TCAATG-ATAACTAGAGACTGGTACA
1 TCAATGTATAA-TAGAGACTGGTACA
160417 T
1 T
160418 TCTATGTTCC
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Found at i:161392 original size:39 final size:35
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161301 ATTAAGTTTT
* *
161311 GCCTAATTAATTTAATTGTTTAATAAAATCATTGG
1 GCCTAATTAATTAAATTATTTAATAAAATCATTGG
* *
161346 GCCTAATTAATTAAATTATTTAATTAAGTCATTGG
1 GCCTAATTAATTAAATTATTTAATAAAATCATTGG
161381 GCCTAATTAATTAAATTA
1 GCCTAATTAATTAAATTA
161399 AACAATTAAG
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161329 TTTAATAAAA
***
161339 TCATTGGGCCTAATTAATTAAATTATTTAATTAAG
1 TCATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAG
161374 TCATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAG
1 TCATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAG
161409 T
1 T
161410 TATCAGGTTG
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0.92 0.08 0.00
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TCATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAG
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161407 AGTTATCAGG
** *
161417 TTGATTAAATTTGTTTAATTAAGTCCTTGGTCCTAA
1 TTGATTAAATTT-TTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
* * * *
161453 TTGATTAAAATTTTTTAATTAAATTGTTGGGCTTCA
1 TTGATT-AAATTTTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
* *
161489 TTAATTAAATTTTTTAATTAAGTTATTGGGCCAAA
1 TTGATTAAATTTTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
*
161524 TTGATTGAATT
1 TTGATTAAATT
161535 AAACAATTAA
Statistics
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0.80 0.17 0.04
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TTGATTAAATTTTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
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161274 TCTCAAGCAC
* *
161284 TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGTTTTGCCTAATTAATTTAATTGTTTAATAAAATCATTGGGCC
1 TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGTTTGGCCTAATTAATTAAATTGTTTAATAAAATCATTGGGCC
*
161349 TAATTAATTAAATTATTTAATTAAGTCATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTTATC
66 TAATTAATTAAATTATTTAATTAAGTCATTGGGCCAAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTTATC
161414 AGG
131 AGG
* * * * **
161417 TTGATTAAATTTGTTTAATTAAGTCCTTGGTCCTAATTGATTAAAATTTTTTAATTAAATTGTTG
1 TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGT--TTGG-CCTAATTAATT-AAATTGTTTAATAAAATCATTG
* * * * * *
161482 GGCTTCATTAATTAAATTTTTTAATTAAGTTATTGGGCCAAATTGATTGAATTAAACAATTAAGT
62 GGCCTAATTAATTAAATTATTTAATTAAGTCATTGGGCCAAATTAATTAAATTAAACAATTAAGT
161547 TA
127 TA
161549 ACTGGGCTTC
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 15, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 23 0.20
135 3 0.03
136 10 0.09
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ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.12, T:0.45
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TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGTTTGGCCTAATTAATTAAATTGTTTAATAAAATCATTGGGCC
TAATTAATTAAATTATTTAATTAAGTCATTGGGCCAAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTTATC
AGG
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164831 NNNNNNNNNA
* * * * *
164841 AAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA-
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
164905 TCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCATT-AAGTTTCTCGAGATAGACATTCA
66 T-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
*
164969 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAGAATTCAAATTT
129 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* * * * * *
165013 AAATTAATTTTTAGATTATAAAACCATTTGAA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATCGATGA-
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * *
165076 TAATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGCATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGGT-GACATTCA
66 T-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCA
* ** *
165140 ATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATACACAAAGAAGTCAAATTT
129 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* * * *
165184 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGAACGAGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** * *
165249 AATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTTACGCCTCTCAAGCTAAACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * * * *
165314 TATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTGAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-GAATTCAAATTT
* * * * * *
165356 AAATTAATTATGAGATTAT-AAACTAATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * ** * *
165420 CCATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGATGTTGACATTCAA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* *
165485 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTT
130 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* * *
165528 AAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATAGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
165592 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTGTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * *
165657 TATAATCT-ATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTT
131 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTT
* * ** *
165696 AAACTCAATTATG-GTATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGT
1 AAA-TCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGT
* * * * *
165760 GACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCAAGTTTCTCAAGGTCGACATTC
63 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * * *
165825 AATTCTAATCTGGTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
128 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTT
* * ** * * * **
165869 AAATCAATTATT-AG-TTCATTAGACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAATGTTTGGGTG
1 AAATCAATT-TTGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** * ** * * * *
165932 CCTATAAATGAACTTTTAGTGCAAATGGTTAG-CTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTC
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
** * * * * * *
165996 AATTATAGCCTTTTTTCACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTA
128 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAGAATTCAAATTT
* ** *
166041 AAATCAATTTTGAGATTA-AAAAGCCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGATGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * ** * * * *
166105 CTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAAGAACACCCTCTTCTTCACGTTT-TCTAAAGCAGACATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCA
* * * ** * * ** *
166169 ATTATAATTTGTTCTGA-TCAGGAAGGTCAAAA-AATTTAACCTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAGAATTCAAATTT
* * * * *
166212 AAATCAATTATGA-AGTTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAATAAAGCTTTTGGAA-GAATGGGTA
1 AAATCAATTTTGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTG
* * * * *
166275 ACCATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GTAAACTTTTC
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTC
* * * *
166339 -ATTATAGTCTATTTTAACCAGAAATGTATAAAGAATTCAAATTT
128 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* *
166383 AAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCT-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * *
166447 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTTATGTTTCTTAACGTAGACATTCGA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
166511 TTATAGGT-TGTTTTAACTAAAAATATATAAA-AACTCAACTTA
130 TTATA-ATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* * * * *
166553 AAATCAATTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATGAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * *
166617 CTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-CTTTTTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAGACATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * *
166681 ATTCTAGT-TAGTTTTAACGAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTT
129 ATTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* * * *
166725 AAATCAATTTTGAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTCTGAAGGAATGAGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* ** * *
166790 TGTAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATGCCTTTTTCTTCACGCTTCTCAA-GTAAGACACTCAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAA
* * * * * *
166854 TTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AACTTTGAACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAA--TTCAAATTT
* * *
166897 AAATAAATTATGAGATTAT-AAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * ** *
166961 CCATAAATGGAGTTTTCTTAG-TAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTTCACTTTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTC
* ** *
167024 AATTATAATCTTTTTTAAGAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTT
128 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTT
* ** * *
167069 AAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * *
167134 TATAAATGTAAC-TTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGTTAGATATTCAA
66 TATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
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* * * * *
167240 AAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * *
167304 CTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGTTAGACATTC
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* * * *
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TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** **
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* * *
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* * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * ** *
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* * * * * * *
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130 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAA-AAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * * *
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* * * *
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258 CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
*
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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*
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322 AAATAT-AAAAAATTCAACTT
* * * ** * * * **
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1 AAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* ** * ** * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* ** * * * * * * *
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** ** * *
166187 CAGGAAGGTCAAAAAATTTAACCT
319 CAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT
* * *
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1 AAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGT
* * * * * *
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* * * * * *
166339 -ATTATAGTCTATTTTAACCAGAAATGTATAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTTAGATTATA
128 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATA
* *
166403 AAACCATTTAAAGTGAGCT-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
193 AAACCATTTAAAATGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
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*
166530 AAAATATATAAAAACTCAACTT
321 AAAATATA-AAAAATTCAACTT
* * * *
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1 AAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
166616 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-CTTTTTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAGACATTC
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* * * *
166680 AATTCTAGT-TAGTTTTAACGAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTCT
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* * * * *
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** * * * * *
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257 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* *
166873 AAAATGTAAAAAACTTTGAACTT
321 AAAATATAAAAAA--TTCAACTT
* *
166896 AAAATAAATTATGAGATTAT-AAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * * ** *
166960 ACCATAAATGGAGTTTTCTTAG-TAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTTCACTTT
65 ACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCA-A-GTAGACATT
* * *
167023 CAATTATAATCTTTTTTAAGAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT
127 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT
* *** * * *
167088 AAAATCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGTAAC-TTTCTT
192 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTT
* * * * *
167152 TCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTT-AAGTTAGATATTCAATTATAGT-TGGTTTTAAC
256 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAG-TAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAC
* * * *
167215 TAAAATTGTGAAAAAACTCAACTT
319 CAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT
* * * * *
167239 CAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
167303 ACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCTAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGTTAGACAT
65 ACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTTACGTTTCTC-AAG-TAGACAT
* * *
167365 TCAATTCTAGTCAGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATC
126 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATC
167417 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
CCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
ATAAAAAATTCAACTT
Found at i:166528 original size:856 final size:851
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Period size: 856 Copynumber: 3.0 Consensus size: 851
164830 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
164840 AAAATCAATTATGAG-GTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGT
1 AAAATCAATTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTT-AAAGGTATGGGT
* * * * *
164903 GA-TCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCATT-AAGTTTCTCGAGATAGACA
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* * * * * * * * * *
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126 TTCAATTCTAAT-TAGGTTTAACAAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * *
165029 TATAAAACCATTTGAATG--AGTAATAAGGCTT-TCGAAGGAATCGA-TGA-TA-ATAATTAGAC
190 TCTAAAACCATTT-AAAGCAAATAATAAGGCTTCT-AAAGGAAT-GAGTGACTATA-AATGA-AC
** * * * * * * * ** *
165088 TTTTCTTGCCAATGCATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGGTGACATTCAATTATAATC-TGT
250 TTTTAGTGCAAATGAATGCCTTTTGCTTCACGCTTCCCAAGGAAGACACTCAATTATAA-CATGT
** ** * * * *
165152 TTTAAATAAAAATACACAAAGA-AGTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
314 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-AAAACCATTTAAA
* * * * *
165216 GTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGAA-CGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
377 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGCC
* * ** * * * *
165280 TTTTTATTTACGCCTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA
441 TTTTTCTTCACGTTTCTAAAGC-AAACATTCAATTATAATTTGTTTAAAC-AAAAATGTCAAA-A
* * * * *
165345 AATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT-AAACTAATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTGAA
503 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGA
* * * *
165409 AGAATGGGTGACCATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGATG
568 AGAATGGGTAACCATAAAT-GAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAG
* * *
165474 TTGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
631 TAGACTATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
* * *
165538 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAAGCTTTCGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGG
694 TAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGG
* * * *
165601 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTGTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-
758 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TCTTTATGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTG
*
165665 ATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
821 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
165696 AAACTCAATTATGGTATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTG
1 AAAATCAATTATGGTATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGC-TTTTAAAGGTATGGGTG
* *
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65 ACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAAT-CTTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* *
165825 AATTCTAATCT-GGTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-AG-TTC
129 AATTCTAAT-TAGGTTTAACAAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTC
* * * * ** * *
165886 ATTAGACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAATGTTTGGGTGCCTATAAATGAACTTTTAG
192 -TAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTAG
** * * * * * *
165951 TGCAAATGGTTAG-CTTTTGCTTCACG-TTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTCA
256 TGCAAATGAAT-GCCTTTTGCTTCACGCTT-CCCAAGGAAGACACTCAATTATAACATGTTTTAA
*
166014 CCAAAAATGT-AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAGCCATTTAAATTGAG
319 CCAAAAATGTAAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAA-CCATTTAAAGTGAG
** * * ** * *
166078 TAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGATGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAAGAACACCCTCTTC
382 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGCCTTTTTC
* * * ** * *
166143 TTCACGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTCTGATCAGGAAGGTCAAAAAATTTAA
447 TTCACG-TTTCTAAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTT-TAAACAAAAATGTCAAAAAATTCAA
* * *
166208 CCTAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAACT-ATTTAAAGTGGGTAATAAAGCTTTTGGAAGAATG
510 CTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAAGAATG
* *
166271 GGTAACCATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGTAAACTT
574 GGTAACCATAAAT-GAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGTAGACTA
*
166336 TTC-ATTATAGTCTATTTTAACCAGAAATGTATAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTTAGATT
638 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCAA-TTTTAGATT
166400 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCT-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
700 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
166464 TTGCCAATGAATGGCTTTTCTTTATGTTTCTTAACGTAGACATTCGATTATAGGT-TGTTTTAAC
765 TTGCCAATGAATGCCTTTTCTTTATGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATA-GTCTGTTTTAAC
* * *
166528 TAAAAATATATAAAAACTCAACTT
828 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
** *
166552 AAAATCAATTATGGTATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATGAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGGTATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGA
* * * * *
166617 CTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATCTTTTTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAGACATTCAA
66 CTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATCTTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
166682 TTCTAGTTAGTTTTAACGAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTCTAAA
131 TTCTAATTAGGTTTAACAAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTCTAAA
** * * * * * ** **
166747 ACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTCTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCTG
196 ACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTAGTGCAA
* * * * *
166812 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGCTTCTCAAGTAAGACACTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAA
261 ATGAATGCCTTTTGCTTCACGCTTCCCAAGGAAGACACTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAA
* * * * * *
166877 TGTAAAAAACTTTGAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
326 TGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
166942 CTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAGTTTTCTTAG-TAATA-AATGTCTTTTTCTTCATG
390 CTTTTGAAGGAATGGATGACAATAAATGGACTTTTCTT-GCCAA-AGAATGCCTTTTTCTTCACG
* *** * * * *
167005 TTTCTAGAGGTTCACTTTCAATTATAATCTTTTTTAAGA-AAAAATGTACAAAAAATTCAAATTT
453 TTTCTA-AAGCAAACATTCAATTATAAT-TTGTTTAA-ACAAAAATGT-CAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
167069 AAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTA
514 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAA-GAATGGGTA
* ** * * * *
167132 ACTATAAATGTAACTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGTTAGA-TATTC
578 ACCATAAATG-AGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-TAGACTATTC
* * * * * *
167196 AATTATAGT-TGGTTTTAACTAAAATTGTGAAAA-AACTCAACTTCAAATCAATTATGGCATTAT
641 AATTATAGTCT-GTTTTAACCAAAA-TGT-AAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTAG-ATTAT
* * * * *
167259 AAAACCATTTAAAGAGA-CTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
702 AAAACCATTTAAAGTGAGCTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
167323 GCTAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGTTAGACATTCAATTCTAGTCAGTTTTAACA
767 GCCAATGAATGCC--TTTTCTTTATGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* *
167387 AAAAATGTACAAAGAATTCAAATT
829 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT
*
167411 TAAATC
1 AAAATC
167417 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1411, Mismatches: 247, Indels: 123
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (851 bp):
AAAATCAATTATGGTATTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGA
CTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATCTTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
TTCTAATTAGGTTTAACAAAAAATATACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTCTAAA
ACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTAGTGCAA
ATGAATGCCTTTTGCTTCACGCTTCCCAAGGAAGACACTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAA
TGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGATGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
CTAAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTAAACAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAAGAATGGGTAACCATAAA
TGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGTAGACTATTCAATTATAGTC
TGTTTTAACCAAAATGTAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGCTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
TTTCTTTATGTTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTT
Found at i:167873 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 167569--167883 Score: 393
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
167559 AATTTGAACT
* * * *
167569 TAAAATCAATTATGAGATTATAAACTAATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAACTAATTTAAAGTAAAGAATAAGGCTTTTAAAGAAATCGGTG
* *** * * ** *
167634 ACCATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAAGTTGATTTTCA
66 ACCATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTGCTTCACGTTTCTAGAAGCAGATATTCA
167699 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTAATA
131 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTAATA
* * * * * *
167741 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGGAATAGGGCTTTTAAAGAAATCGGT-
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAACTAATTTAAAGTAAAGAATAAGGCTTTTAAAGAAATCGGTG
* *
167805 ACCTATAAATGGACTTTTCTT-CCATATGAACACCCTTTGCTTCACGTTTTCTA-AGGCAGATAT
66 ACC-ATAAATGAACTTTTCTTGCCA-ATGAACACCCTTTGCTTCACG-TTTCTAGAAGCAGATAT
167868 TCAATTATAATCTGTT
128 TCAATTATAATCTGTT
167884 CTATCTAGAA
Statistics
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Consensus pattern (172 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAACTAATTTAAAGTAAAGAATAAGGCTTTTAAAGAAATCGGTG
ACCATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTGCTTCACGTTTCTAGAAGCAGATATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTAATA
Found at i:168981 original size:171 final size:169
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168550 NNAAATGTAA
*
168560 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATATACAA--ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATA-A-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** * * * * **
168623 TTGAAGGAATAAGTGA-TCATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCTTCACATTTC
63 TTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * **
168687 -TAGAGGTTGACTTTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGT
127 TTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
168730 ACAAAAAATTCAAATTTAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCAT
1 --AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * *
168795 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTATGTTTAT
63 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * *
168860 TAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAATTGT
128 TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
168902 GAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCTTTTAAA-TAGACTAATGAGGCTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTT
* * *
168966 TTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCTAATGAAT-CTTTTTTTCTTCATGTTTC
63 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTC
* * * ** * *
169029 TCAAGGTAGACATTCAATTCTTGTAAGTTTTAACAAAAAATAT
127 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
169072 ACAAAGCATTCAAATTTAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
1 A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * **
169137 CTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTGATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
63 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* ** * * * * *
169202 TGAGCAAGAAACTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTT
128 TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-T
* * *
169245 AAAAAATTTAAACTTAAAATTAATTATGGGATTAT-AAACTAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT-GGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
169309 TTGAAGGAATGAGTGACCATAACTGGAGTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-
63 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
169373 TAGAGGTTA-CCTTTTAATTATAAT-TTTTTTAACCATAAATGT
128 TA-AGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
169415 ACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 --AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
169480 TCGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
63 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* ** * * *
169545 TGAGACAGACATTCAACTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
128 TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
169587 AAAAAGAGTGAACATAAAATCAATTATGGCATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * *
169652 TGAGGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAATGCTTTTTTGTTCATGTTTCTC
64 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * * *
169717 AAGGTAAACATTAAATTGTAGTCTGTTCTAACCAAAAATATT
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-GT
* * * * * * **
169759 AAAAATTTTAACTTAAAATAAATCAT-TAGTTCATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGA-TT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * ** * ** * *
169823 CGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGTTGGCTTTTGATTCACG-TCCT
64 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * *
169886 CGAAGGCAGACATTTAATTATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATAT
128 -TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACCAAAAATGT
* * * *
169929 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * * * * *
169994 TAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAACACCCTTTTGTTTACGTTTCCT
64 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * * *
170059 AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CAAGAAAGGT
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AAATGT
* * * **
170100 CAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGGCTAGGCTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT--GG--A--TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
170165 GCTTCTCAAAGAATGGGTGACCATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
59 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
170230 TTCTTGAGGTAGAGATTTAATTATAGACTATTTTAACTAAAAATGT
124 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
170276 ACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * ** * ** *
170341 CTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTACATTTAT
63 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * ****
170406 TGAGGTTGACATTCAATTATAGACTGTTTTAGGGTAAAATGTT
128 TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-T
* * * ** *
170449 AAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATGAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
170514 -AAAGATATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
65 GAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * * * *
170578 AGGGTAGACATTTAATTCTATTCGGTTTTAACTAAAAATGT
129 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
170619 ACAAAGCATTCCAACTT-AAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTACTAAAGCT
1 A-AAA-AATT-CAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * * * *
170683 TTTAAAGGAATGGACGACTATAAATGGACTTCTCATGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC
62 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
** * ********** * *
170748 TCGAGCTAGANNNNNNNNNNTAATATGTTTTAACCAAAAATGT
127 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
170791 AAAACAATTTGAGCTTGAAATCAATTAT-GACGTTAT-AAACAAATTTAAATTAAGTAATAAGGC
1 AAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGGA--TTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
170854 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
61 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
170879 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1695, Mismatches: 389, Indels: 126
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 101 0.06
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174 2 0.00
175 2 0.00
176 112 0.07
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
Found at i:171946 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 171566--174267 Score: 2346
Period size: 172 Copynumber: 15.7 Consensus size: 171
171556 NNNNNNNNNN
* * * * * *
171566 AAATAGACTTTCCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTTGACATTCAATTAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* ** * * * * *
171631 ACTCTGTTTTAATAAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
66 AGTCTGTTTTAA-CCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
171696 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * *
171739 AAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
171804 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAGCCA
66 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCA
** *
171868 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * *
171911 AAATAGACTTTTCTTACCAATTAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGGTAGACATTCAATTC
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * * *
171976 TACTATGTTTTCAACTAAAAATGTAAAACAATTTGAGCTTGAAATCAATTATGAGGTAAT-AAAC
65 TAGTCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
172040 TAATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACAAT
128 -CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
** * * *
172085 AAATACACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTT-TCTCACATTTCTCAAAGCTA-ACATTCAATT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
172148 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAAATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTTTAAAAC
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** *
172213 CATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGAATGGGTGAGTAT
128 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * * *
172257 AAATGGGCTTCTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-C-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
172322 ATAGTCTGTTTTGAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGACATT-TTAAACT
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
172386 ATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAAGTATGGGTGACTAT
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
172430 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTCT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * *
172495 AGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATTAG-TTCATAAGACCA
66 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCA
** ** ** **
172559 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTAT
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * ** * * * *
172601 AAATGAACTTTT-TGTACCAATGGTTGGCTTTTGT-TTCACG-TTCCCTAAGGCAGACACTCAAT
1 AAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
* * * *
172663 TATAGCCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAA
63 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
172726 -CATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTAAAGAAATAGGT-ACCTAT
127 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTAT
* * *
172770 AAATGGACTTTTCTT-CCTTATGAA--CACTCTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAGATATTCAA
1 AAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGC-CT-TTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * * *
172831 TTATAATCTGTTCTATCTAGAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGGTTATAAAA
62 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
172896 CCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAAGAATAGGTCACCAT
127 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
** * *
172941 AAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * * *
173006 AGTCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTCAAATTAATTTTGAGATTATAAAATCA
66 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
173071 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTCTGAAGAAATGGGTGACTAT
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* ********* *
173113 AAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGNNNNNNNNNNT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
173177 TAGTTTGTTTTGACAAAAAATGTGAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC
************** * *
173241 ATTTANNNNNNNNNNNNNNGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTAT
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* **
173284 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGTAGA-ATTTCAATT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATT
* * * * * * *
173347 CTAGTCAGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * *
173412 CTTTTAAAGTAAGTAACAAAGCTTCTGAAGGAAAGAGTTACTGT
128 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * ** * * ** * *
173456 AAATAGACTTTTCTTACTGATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCAAGACACTCAATTGT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
173521 AATATGTTTTAACGAAAAATGTTAAAAAATTTGAACTTAAAATAAATTATGAGATTAT-AAACTA
66 AGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-C
* * *
173585 ATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGACGGAATGGGTGACCAT
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
** * * * * * **
173628 AAATCAAGTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAAGTTGATTTTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
173692 TAATATTTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
173757 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAGTAT
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * **
173800 AAATAGG-CTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
1 AAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
173864 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACATAAAATTAATTATG-GCATTATAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC
* * * *
173928 ATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTTGACGGTATGGGTGACTAT
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * ** * * * * *
173972 AAATGCACTTTACTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTCAACTGT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * *
174037 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAG-TTCCTAAGACCA
66 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCA
* *** ** ** *
174101 TTCAAACCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* ** * * * * * *
174143 AAATGGACATTTT-GTGCCAATGGTTGCCTTTTGCTTTACGTTCCTTAATGCAGACATTCAATTA
1 AAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
174207 TAG-CTTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
65 TAGTCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
174268 GCCANNNNNN
Statistics
Matches: 2015, Mismatches: 452, Indels: 126
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 119 0.06
170 27 0.01
171 620 0.31
172 870 0.43
173 203 0.10
174 128 0.06
175 41 0.02
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
Found at i:174173 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 171566--174267 Score: 2277
Period size: 343 Copynumber: 7.9 Consensus size: 341
171556 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
171566 AAATAGACTTTCCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTTGACATTCAATTAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* ** * *
171631 ACTCTGTTTTAATAAAAAAATG-TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAT
66 AGTCTGTTTTAA-CCAAAAATGTTA-AAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAC
** * * *
171695 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAT
127 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * *
171760 GAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
192 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
* * *
171825 TAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
257 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-
171889 TTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
320 TTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
* * * * *
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1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * * ** * * * *
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* * ** * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * *
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318 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
* * * * * *
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1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-C-TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** **
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * *
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********* * * * *
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* * **************
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*
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320 TTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
* * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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319 CTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
** * * * * **
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* * * * *
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* * *
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* **
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * *
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* *** ** * *
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** * * * * * * *
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* *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * **
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** *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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177931 TCA
129 TCA
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Statistics
Matches: 2664, Mismatches: 591, Indels: 260
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Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
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173 171 0.06
174 4 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
Found at i:175121 original size:343 final size:339
Alignment explanation
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174367 NNNNNGCTCA
* * ** *
174377 AATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAAGGTAAAGA
1 AATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * ** * *
174441 AAAAGATATTGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGTCCATTCCTTTAAAAGCCTCATTACT
64 AAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
174506 CGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGCTTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTC
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTA
* * *
174571 AAACAGACTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAA
192 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * *
174636 ACTCTATTTATGGCCGCCCAGT-CTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
256 AGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
174700 TCATAA-TAGATTTTAGGTTG
320 TAATAATTA-ATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
174720 AATTTTTTGACCTTTTTCATTAGAACAAATTATAATTAAAAGTTTGCCTTCG-GAAACATGAAGA
1 AATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGA
** * * * * * *
174784 AAAGAGTGTTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTTCTTCAAAAGCATTATTACT
64 AAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
174849 GACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTAATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * ** * * * * ** *
174914 AAAAAGCCCAGAATTGAATGTCTGTCTTGGGGAACATTAAGCAAAAGCCAACCATTGCCACA-AA
192 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAA
** * ** * *
174978 AAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATGAA-
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AAT
175042 CTAATAATTAATTTTAAGTTG
319 CTAATAATTAATTTTAAGTTG
* * *
175063 AATTTTCTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAGAATTGTATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAG
1 AATTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-
* * * * *
175128 AAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATACCTTTAAAAAGTCC-TATTAC
64 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAG-CCTTATTAC
* * * * * * *
175192 TCGCTTGAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTAATTTTAAGTTTAATGTTTTTGCATTTTTGGTT
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
175256 AAAAAACACTATAATTGAATGTCCACCTCGAGAAACAT-AACAAAAAAGGAATTCATTGGCAAGA
191 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
175320 AAAGTTCATTTATAATCGCTCATTTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
175385 CTCAA-AATTGA-TTTAAATATG
319 CT-AATAATTAATTTTAAGT-TG
* * * * * *
175406 AATTCTTTGTACATTTTTTG-CTAAAAAAAATTATAGTTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAG
1 AATT-TTT-TACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-
* * * *
175470 GAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
62 GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * * *
175535 TCAATTTAAATTGG-CTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTCAAGTTGTTGTACATTTTTAGT
127 TCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
175599 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAGCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAATA
190 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
175664 AAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAAT
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
175729 CTCGA-AATTGA-TTTAAATTAG
319 CT-AATAATTAATTTTAAGTT-G
* * *
175750 AATTCTTTGTACATTTTTTG-TTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTAGAGAAACATGAAG
1 AATT-TTT-TACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * * * * *
175814 CAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATGGCCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTAC
63 AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * * *
175879 TCACTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATCAATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTT
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * ** *
175943 AGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAACATGAAGAAAAGAGTGTTCATCGGCAAGA
191 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGA
* * * *********** *
176007 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAT
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
176072 GTCAA-AATTGATTTTAAGTTG
319 CT-AATAATTAATTTTAAGTTG
* ** * * * * *
176093 AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGGGTATAATTGAATGTCTACTTTGGGGAACGTGAAGCA
1 AA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
** * * *** ** * *
176158 AAAGCCAACCATTAGTACA-AAAAGTCCATTTATAGTCAGTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACT
65 AAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * * **
176222 TGCCTTAAATGGTCTTATGAA-CT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTCATT
128 CACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * ********
176285 AAAATAGACTAGAATTGTATGTCTACCTTGAGNNNNNNNNNNAG-AAAAGCATTCATTGGCAAGA
191 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG--AAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
176349 AAAGTCCATTTATTGTTACCC-ATACCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAT-CCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
176413 ATGTCATAATTAATTTTAAGTTT
317 ATCTAATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * ** *
176436 AATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGACAATAATTAAATGGCTACCTCAAG-AA-ATGTAACA
1 AATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGA
* * * * *
176499 ACAAAGGCATTCATTGGCAAGGACAGCCCATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTAC
64 A-AAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
176564 TCACTTTAAATTGTTTTATAATTTGAAAATTGAGTTCAATTTGAATTTTTTGTTCGTTTTTGGTT
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTT
* * * ** *
176629 AAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
191 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * ** *
176694 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACAATGTAAATTGG-CCTATAAC
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAAT
* **
176758 CTCATAATTAATTTTAAGCTCA
319 CTAATAATTAATTTTAAG-TTG
* * * * * * * *
176780 AATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAATGTCTAGCTCGGGAAACGTGAAGAA
1 AATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * *
176845 AAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTA-TACTC
65 AAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * **
176909 ACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAA
** * * * * * *
176973 AATTGACTAGAATTGAATATGTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCCAGAAAA
193 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
177038 GTCTATTTATAGTCACCC-ATACCTTCAAAACCCTCATTACTCTCTGTAAATGGTTTTATAAT-T
257 GTCCATTTATAGTCACCCAAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
177101 CCATAATTGATTTTAAGTTC
321 -AATAATTAATTTTAAGTTG
* * * *
177121 AATTTTTTCACATTTTTGGTTACAACAGACTATTATTGAATGTCTACCTCGAG-AA-A--AA-AA
1 AATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
177181 AAGGCATTTATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
65 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
177246 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGATTAAAATTTTTGACCTTTCTGGTTAAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * **
177310 ACATATTATAATTCAATGTCTATCTTG-GAAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCACA-AAA
194 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAA
* ** * ** * ** * * *
177373 AGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATGAA-A
256 AGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATC
*
177437 TAATAATTAATTTTAATTTG
320 TAATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * **
177457 AAGTTTTTTATATTTTTGGTTGAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGA
1 AA-TTTTTTACATTTTTGATT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * *
177522 GAAAAGCATTAATTGGTAAGAAAAG-CATATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTA
64 -AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTA
** *
177586 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
126 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
177649 TTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCCTAAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG
189 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * * *
177714 AAAAG-CCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTCAATGATTTTATA
253 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
***********
177778 ATCTCAA-AANNNNNNNNNNTTTG
317 ATCT-AATAATTAATTTTAAGTTG
* * ** * * * *
177801 AATTCTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTAAACCTTAAGAAACGTTAGGA
1 AATT-TTT-TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * *** *
177866 AAATGGCATTCATTGGAAAAAAAAAGTATGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTAC
64 AAA-AGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
177931 TCA
127 TCA
177934 ATTTTTTCAC
Statistics
Matches: 2531, Mismatches: 582, Indels: 201
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 55 0.02
336 147 0.06
337 65 0.03
338 2 0.00
340 6 0.00
341 59 0.02
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345 65 0.03
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAA
TTAATTTTAAGTTG
Found at i:178535 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 178048--178762 Score: 576
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
178038 NNNNNNNNNN
* * * * **
178048 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTCAATTCATTGCACAGT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-T
* * ** * **
178113 TTTA-ATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCAACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
63 TTTAGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAG-AAAA-GCATTCAT
* * * * *
178176 TAGCAAGAAAACT-TCATTTATGGTCACTC-TTTCTTTCAAAAGAC
125 TGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCC
* * * * * *
178220 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTGACCTTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTT
* * * ** **
178285 CTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGGTGTTCGCTG
65 -TAGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA--GCATTCATTG
*
178349 GCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTTC-TTCAAAAGCC
127 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCC
*
178391 TTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * **
178456 TGGATTAAAA-AAACCTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGGAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTG
65 TAGATTAAAACAAA-CTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAG-CATTCATTG
* * ** * * *
178520 GCACA-AAACGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAG-T
127 GCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCC
** * * * *
178561 TTATTACTTGCTTTAAATGATCTCATGAA-AT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAA-AATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
178624 TTTTGATTGAAAACATACTAGAATTGATTGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTGA
63 TTTAGATT-AAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAG--AAAAGCATTCA
* * *
178688 TTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA-TACTTTCAAAAAGCC
124 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTC-AAAAGCC
178734 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
178763 GCCATAATNN
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 86, Indels: 49
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 69 0.16
171 270 0.62
172 70 0.16
173 21 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
AGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCC
Found at i:179248 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 178954--182095 Score: 2043
Period size: 172 Copynumber: 18.4 Consensus size: 171
178944 NNNNNNNNNN
* * * *
178954 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGCC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * *
179019 CATTTATAGTCACCCGTTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC-TA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCAT-
* * *
179083 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATGTTTGACTAAAAT
130 AATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * *
179126 AGATTATAATTGAATGTCAACTTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
179191 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTAGTTTATAAACTCATA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCATA
** *
179256 ATTGATTTTAAGCTTGAATTCTTT-TACATCTTT-AGTTAAAAC
131 ATTGA-TTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * * ** * *
179298 ATATTATAATTGAATATCTAGCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCAATGATAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
** * * *
179363 CATTTATAGTCGTCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTAAAATCTCAA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTCAT
*
179427 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAA-
130 AATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * *
179469 ATGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 A-GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * *
179534 CCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAGCCTCACTACTCTCTTTAAA-TGGTTTTATAATGC-C
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAAT-CTC
* * *
179597 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TAACATTTTT-AGTTAAAAC
128 ATAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGT-ACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * *
179641 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GATAAAGAAAAATGTATTTATTGAG-AAGAAAAG
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAAG
* * * * *
179704 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGTCATATTACTTACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTC
64 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTC
* * * *
179768 AAAATTGATTTAAATTTCAATTTATTGTACAGTTTT-AGTTAAAAG
128 ATAATTGATTTAAATTTGAATTT-TTGTACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * * * *
179813 AGACTATAATTGAATGTCAACCTAGAGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGTAAACTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
179878 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAACCTCAT
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTCAT
* *
179942 AATTGATTTTAGA-TTGAATTTTT-TGATC-TTTCT-AGTTAAAAC
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* * * * * * * ** * *
179984 AGATTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAAACATGAACAAAAGGGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * ** * * *
180049 TATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCTCAAA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCATA
* * * * * *
180114 ATTCATTGT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAA
131 ATTGATT-TAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * * ** *
180155 AGCCTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAACATGAAGACAAAGCCAACCATTGGCACA-AAAAGT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA-AGAAAAGT
* * * ** * * ** * * *
180219 CTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAACAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTA-TCTAATGAA-ATA
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGT-TTAT-AATCTC
* ** * *
180282 ATAATTGATTTTAAGTTT-TCTTTTTTTACATTTTTGGTTGAAAAC
128 ATAATTGA-TTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGATT-AAAAC
* * * *** *
180327 ATACTAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTGATTGGTAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * *
180392 TATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATGC-C
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAAT-CTC
* * * * *
180455 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT-TATATTTTTGGTTAAAAC
128 ATAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* ** *
180499 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAG-C
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * *
180563 CACTTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCAA
66 CA-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCAT
* *
180628 AATTGTTTTAAATTTGAATTCTTTGAACATTTTTGATTAAAAC
130 AATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * *
180671 AAATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTGATTGGTAAGGAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
180736 TATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTAGTTTATAACCTCATA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCATA
*************************
180801 ATTGA--T---TTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 ATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGATTAAAAC
***************************************************************
180835 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * *
180900 CATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA-TAGTTTTGTAATTTCAA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTCAT
*
180964 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTG-GTATAAAC
130 AATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTA-AAAC
* * * * *
181007 TGACTAGAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAACA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * ** * *
181071 CCATTTATAGTCACCCATACCATCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA-CGTCA
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATC-TCA
* * *
181135 TAATTGACTTT-AACTTGAATTGTTT-CACATTTTTGGTTAAAAC
129 TAATTGA-TTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * *
181178 AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTTATTTGCAAGAAAAGCC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
181243 CATTTATAGTCATCTATTCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATA-TGGTTTTCTAATCTCAA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTCAT
*
181307 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAC
130 AATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * **
181350 AGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
181415 TATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTAGTTTATAACCTCATA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCATA
** ** *
181480 ATTGATTTCAAGCTCAAATTGTTT-TACATTTTTTGA-TGAAAC
131 ATTGATTT-AAATTTGAATT-TTTGTACA-TTTTTGATTAAAAC
* * * * * * * * * * *
181522 ATATTATAATTGAATGTCTA-GTTCAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCATGAGAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
** * * * * * *
181586 CATTTATAGTCGTCTATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAA-TAGTTTTATAATGTCAA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTCAT
* * *
181650 AATTGATTTAAGTTGGAATGCTTTGTACATTTTTTG-TTAAAAC
130 AATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACA-TTTTTGATTAAAAC
* * * * * * *
181693 TA-ACTAGAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAG
1 -AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
** ** * *
181756 TCCATTTATAGTCACCCACACCAACAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATT-GTTTTATAATGTC
64 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTC
* * *
181820 ATAATTGACTTT-AACTTGAATTGTTT-CACATTTTTGCTTAAAAC
128 ATAATTGA-TTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * *
181864 AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *** *
181929 CAATTATAGTCACCTATTCGTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCA-
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAG-TTTATAATCTCAT
* ** * ** *
181992 AACTTGATTTTAATTTGAATTCTTCATACAGTTTTGGCTAAAAA
130 AA-TTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGATTAAAAC
* * ** * * *
182036 AGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
182096 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2266, Mismatches: 618, Indels: 172
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 58 0.03
166 1 0.00
167 3 0.00
169 3 0.00
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173 102 0.05
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAGTTTATAATCTCATA
ATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGATTAAAAC
Found at i:179768 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 178954--182095 Score: 2076
Period size: 343 Copynumber: 9.2 Consensus size: 341
178944 NNNNNNNNNN
* * *
178954 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGCC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
** * *
179019 CATTTATAGTCACCCGTTCCTTCT-AAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCT
66 CATTTATAGTCACCTATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
* ** * *
179082 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATGTTTGACTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAAC
129 AAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * **
179147 TTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCT
192 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
179212 TCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTAG-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTTGAATT
257 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
*
179276 CTTTT-ACATCTTTAGTTAAAAC
320 -TTTTAACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * *
179298 ATATTATAATTGAATATCTAGCTTGAGAAAC-AAGAAGAAAAAGGCATTCAATGATAAGAAAAGT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTA-AAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* *
179362 CCATTTATAGTCGTCC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAATCTCA
65 CCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
*
179426 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAATGACTAGAATTGAATGTCTAC
129 AAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAAA-GACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
179491 CTTGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACCT
192 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
179556 TCAAAAGCCTCACTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
257 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
179620 TTTAACATTTTTAGTTAAAAC
321 TTTAACATTTTTAGTTAAAAC
* * *
179641 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GATAAAGAAAAATGTATTTATTGAG-AAGAAAAG
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG-TAAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAAG
* * *
179704 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGTCATATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
64 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
179769 AAATTGATTTAAATTTCAATTTATTGTACAGTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCAAC
129 AAATTGATTTAAATTTGAATTT-TTGTACATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * ** * * *
179834 CTAGAGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGTAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTT
192 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
*
179899 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTT
257 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT
* *
179963 TTTGATC-TTTCTAGTTAAAAC
321 TTT-AACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * ** * *
179984 AGATTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAAACATGAACAAAAGGGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
180049 TATTTATAGTCA-CTCATT-TTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GACTTTATAATCTC
66 CATTTATAGTCACCT-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTC
* * * * * *
180111 AAAATTCATTGT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGCCTATAATTGAATGTCTG
128 AAAATTGATT-TAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTT-AAAAAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * ** * * * * **
180175 CCTTGGGGAACATGAAGACAAAGCCAACCATTGGCACAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCC
191 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * ** ** * * * * ***
180240 TTCAACAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTATCTAATGAA-ATAATAATTGATTTTAAGTTTTCTT
256 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
180304 TTTTTACATTTTTGGTTGAAAAC
320 TTTTAACATTTTTAGTT-AAAAC
* * * * *** *
180327 ATACTAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTGATTGGTAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * *
180392 TATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CA
66 CATTTATAGTCACCTATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCA
* * * * *
180456 TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
129 AAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
180520 CTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAG-CCACTTTATAGTCACCAATTCC
192 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATTCC
* * * *
180584 TTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATTTGAATT
256 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT
*
180648 CTTTGAACATTTTT-GATTAAAAC
320 -TTTTAACATTTTTAG-TTAAAAC
* * * * * * * *
180671 AAATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTGATTGGTAAGGAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * *
180736 TATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTAG-TTTATAACCTCA
66 CATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
* ************************************************
180799 TAATTGA--T---TTT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 AAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCT
**************************************** * *
180858 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTT
194 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * *
180923 AAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTGTAATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
259 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
*
180988 GT-ACATTTTT-GGTATAAAC
323 -TAACATTTTTAGTTA-AAAC
* * * * * *
181007 TGACTAGAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAACA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAA-AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * **
181071 CCATTTATAGTCACCCATACCATCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAA-CGTC
65 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC-TC
* * *
181134 ATAATTGACTTT-AACTTGAATTGTTT-CACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
128 AAAATTGA-TTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * * *
181197 ACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTTATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATTC
190 ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * * *
181262 GTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
255 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
*
181327 CTTTGT-ACATTTTTGGTTAAAAC
320 -TTT-TAACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * **
181350 AGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * *
181415 TATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTAG-TTTATAACCTCAT
66 CATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAA
** ** * * * * *
181479 AATTGATTTCAAGCTCAAATTGTTT-TACATTTTTTGATGAAACATATTATAATTGAATGTCTA-
130 AATTGATTT-AAATTTGAATT-TTTGTACA-TTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * ** * ** *
181542 GTTCAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCATGAGAAGTCCATTTATAGTCGTCTATTCCT
192 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * *
181607 TTAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTGA-TTTAAGTTGGAATGC
257 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT--
* *
181671 TTTGT-ACATTTTTTGTTAAAAC
319 TTTTTAACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
181693 TA-ACTAGAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAG
1 -AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAA-AAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
* ** *** * * *
181756 TCCATTTATAGTCACCCACACCAACAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCA
64 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
181821 TAATTGACTTT-AACTTGAATTGTTT-CACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
129 AAATTGA-TTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
181884 CCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTATTCG
191 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
*** *
181949 TTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AACTTGATTTTAATTTGAATT
256 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
182013 CTTCATACAGTTTTGGCTAAAAA
320 TTTTA-ACATTTTTAGTTAAAAC
* * ** * * * *
182036 AGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
1 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
182096 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2155, Mismatches: 558, Indels: 171
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 4 0.00
336 189 0.09
337 9 0.00
338 2 0.00
339 1 0.00
341 16 0.01
342 198 0.09
343 1132 0.53
344 569 0.26
345 34 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
ATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
CATTTTTAGTTAAAAC
Found at i:182591 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 182413--182820 Score: 416
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
182403 AGTTTTAGAT
*
182413 AAAAATGTACAAAGCATTCCAACATAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTA
1 AAAAATGTACAAAGCATTCCAACTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTA
* * *
182477 ATAA-AGTTTTTAAAGAAATGGACGACTATAAAT-GAACTTCTCATGCTAATGAATGCCTTTTTC
65 ATAAGA-CTTCTAAAGAAATGGACGACTATAAATAGAACTTCTCAT-C-AATGAATGCCTTTTTA
*
182540 TTCAC-GTTTCTCGGGCTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACC
127 TTCACAGTTTCTAGGG-TAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACC
** * * * * *
182585 AAAAATGTA-AAA-CAATTTGAGCTTGAAATAAATTATGAGGTTAT-AAACTAATTTAAATTGAG
1 AAAAATGTACAAAGC-ATTCCAACTT-AAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAG
* * ** ** * * *
182647 TAATAAGACTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTATCAATGAATGCTTTTTTAT
63 TAATAAGACTTCTAAAGAAATGGACGACTATAAATAGAACTTCTCATCAATGAATGCCTTTTTAT
* * * * * *
182712 TCACATTTTTTATGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
128 TCACAGTTTCTAGGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACC
* * * *
182756 AAAAATGTACAAAGAATTCTAATTTAAATCAATTTCGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTACAAAGCATTCCAACTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
182821 CAAGGCTTTC
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 37, Indels: 21
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 95 0.50
172 83 0.44
173 8 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATGTACAAAGCATTCCAACTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
TAAGACTTCTAAAGAAATGGACGACTATAAATAGAACTTCTCATCAATGAATGCCTTTTTATTCA
CAGTTTCTAGGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACC
Found at i:182908 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 182202--182952 Score: 581
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 173
182192 NNNNCTTTAC
* * * * *
182202 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-GAAACAATTC-AAGTT
1 GTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAACAATTCTAATTT
* * * * * * * **
182265 AAAGTCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTTGATGGTATGGGTGA
66 AAA-TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGA
* *
182330 CTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGT-TTTTTTCTTCAT
130 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTATTCAT
* * * * * * * * * *
182373 ATTTCTCAAGGTCGACATTTAATTCTAGTCAGTTTTAGA-TAAAAATGTACAAAGC-ATTCCAAC
1 GTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACCAAAAATGTACAAA-CAATTCTAAT
* * * * ** **
182436 ATAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTAAAGAAATGGAC
64 TTAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGT
* * * * * * *
182500 GACTATAAATGAACTTCTCATGCTAATGAATG-CCTTTTTCTTCAC
128 GACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTATTCAT
* * * * * *
182545 GTTTCTCGGGCTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAACAATT-TGAGCT
1 GTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAACAATTCT-A-AT
* * * * * *
182608 TGAAATAAATTATGAGGTTAT-AAACTAATTTAAATTGAGTAATAAGAC-TTCTGAAGGAATGGG
64 TTAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGAAATGGG
* * *
182671 TGACTATAAAT-AGA-TTTTTTTATCAATGAATG-CTTTTTTATTCAC
127 TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTATTCAT
* ** * * * *
182716 ATTT-TTTATGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCTAATT
1 GTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAACAATTCTAATT
* **
182780 TAAATCAATT-TCGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGAAACAGGTG
65 TAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTG
** * *
182844 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTT-TT-AT
129 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTATTCAT
* * * *
182887 GTTTCTCGAGATA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGT-GAAACAATTC-AAGT
1 GTTTCTCGAGATAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAACAATTCTAATT
182949 TAAA
65 TAAA
182953 GTCTTTAAAG
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 105, Indels: 52
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 14 0.03
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172 208 0.46
173 16 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
GTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAACAATTCTAATTT
AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGAC
TATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTATTCAT
Found at i:183305 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 182956--184169 Score: 951
Period size: 172 Copynumber: 7.1 Consensus size: 172
182946 AGTTAAAGTC
* * * * *
182956 TTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGATGGTATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
183021 ATGTTTTTTTCCTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTCTAGTCA-GTTGTAACTAAAAATGT
66 ATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-ATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * *
183085 CCAAAGAATTCTAATTTAAATTAATTTTGTGATTACAAAACTA
130 CAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
183128 TTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTCTCATGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
183193 ATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATCT-
66 ATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTC
* * ** * *
183257 AAAACAATTTGAGCTTGAAATCAATTATGAGGTTAT-AAACCAA
131 AAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-A
* * * * * **
183300 TTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTTAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
183365 ATGTCTTTTTCCTCACATTTTTTAAGGTTGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTG
66 ATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGT-
* * *
183430 C-AGAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCA
130 CAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
183472 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAGTG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * *
183536 AATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAAGTAGACATTGAAGTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
65 AATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
183601 -AAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTATGACATTATAAAACCA
130 CAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
183642 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAAT-AAGCTTGTT-TTGCCAA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-CTT-TTCTTGCCAA
* ** *
183705 TTAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTCAACCAAAA
63 TGAATGTC-TTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTT-AACCAAAA
* * * * * * * *
183769 ATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA-TTTAATAAGATCA
126 ATGTCAAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCA
** * * * * * *
183815 TTTAAAGCAAGAAATAAAGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTGCTAAT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAAT
** * * * * ** * *
183878 GGTTGGCTTTTACTT--CATGTTCTCCAAGGCT-TACATTAAATTATAGGCTTTTTTAACTAAAA
64 GAATGTCTTTTTCTTCACAT-TTCT-CAAGG-TAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAA
* * * *
183940 ATGT-AAAAAAATTC-AACTTACAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCA
126 ATGTCAAAAGAATTCAAATTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
183986 TTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGG-CCTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATG
*** * ** * ** * * * * *
184050 AACACCCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAGAAAGGT
65 AATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
184115 TAAAA-AGTT-AAATCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCA
130 CAAAAGAATTCAAAT-TTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
184157 TTTAAAGTGAGTA
1 TTTAAAGTGAGTA
184170 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 182, Indels: 73
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 55 0.07
171 254 0.31
172 457 0.55
173 58 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTC
AAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:183771 original size:344 final size:339
Alignment explanation
Indices: 182956--184163 Score: 1048
Period size: 344 Copynumber: 3.5 Consensus size: 339
182946 AGTTAAAGTC
* * * * * *
182956 TTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGATGGTATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGCCAATGA
* * * * *
183021 ATGTTTTTTTCCTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTCTAGTCA-GTTGTAACTAAAAATGT
65 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGT-ATGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * * *
183085 CCAAAGAATTCTAATTTAAATTAATTTTGTGATTACAAAA-CTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCT
129 ACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAG-AAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
183149 TTTAAAGGAATGGGCGACTATAAAT-GGACTTCTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTT
192 TTTGAA-GAATAGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT
* * * * * * * * *
183213 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATCTAAAACAATTTGAGCTTGAAAT
255 CTCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AA-TTCAACTTAAAAT
*
183278 CAATTATGAGGTTAT-AAACCAA
318 CAATTATGAGATTATAAAACC-A
* * * **
183300 TTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTTAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC-TTTTTTGCCAATGA
* * * * * * *
183365 ATGTCTTTTTCCTCACAT-TTT-TTAAGGTTGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATG
65 ATG-CTTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATG
* *
183428 TGCAGAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
128 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGA-AGTAATAAGGCT
* *
183493 TCTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAGTGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTC
192 TTTGAAG-AATAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTC
* * * * *
183558 TTAAAGTAGACATTGAAGTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAA
256 TCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
183623 TTATGACATTATAAAACCA
321 TTATGAGATTATAAAACCA
*
183642 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATA-AGCTTGTTTTGCCAAT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGA-CTT-TTTTGCCAAT
* *
183706 TAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTCAACCAAAAAT
63 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTT-AACTAAAAAT
* * * * * * * *
183771 G-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-A-TTTAATAAGATCATTTAAAGCAAGAAATAAA
127 GTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TTGAGATT-ATAAAATCATTTAAAG-AAGTAATAAG
** * * ** * * * *
183833 GCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTT-TTGTGCTAATGGTTGGCTTTTACTTCAT
189 GCTTTTGAAGAATAG-GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGT-C-AATGAATGCCTTTTTCTTTAC
* * * *
183896 G-TTCTCCAAGGCT-TACATTAAATTATAGGCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
251 GTTTCT-CAAGG-TAGACATTAAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * *
183959 ACAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCA
313 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
183986 TTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGGCCTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA-GACTTTTTTGCCAATGA
** ** * ** * * * * *
184051 ACACCCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAGAAAGGT
65 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACT-AAAAATG-
* * * * *
184115 TA-AAA-AGTT-AAATCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
128 TACAAAGAATTCAAAT-TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
184164 TGAGTANNNN
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 129, Indels: 66
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.02
342 104 0.15
343 266 0.38
344 303 0.43
345 16 0.02
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCCAATGAA
TGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAC
AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTTTG
AAGAATAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAG
GTAGACATTAAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCA
Found at i:184897 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 184270--189109 Score: 3536
Period size: 171 Copynumber: 28.2 Consensus size: 169
184260 NNNNNNNNNN
* * * * **
184270 TCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA--GCAACTATA
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATA
* * * * * *
184333 AATGGACTTCTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * *
184398 ATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAATAATTTGATCTTAAAA
130 GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAA
* * *
184439 TCAATTATGAGGTTAT-AAACTAATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
1 TCAATTATG-GATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
* * * * * * *
184503 TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTTGATATTCAATTA
63 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* ** * * *
184568 TAGCCTGTTTTAATAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
184611 TCAACTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTAT
* * *
184676 AAATGGGCTTTTCTTGTCAACGAATGCCTTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
184740 TGGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
184782 TCAAATATGGCATTCT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGTTAACTA
1 TCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGG-TGACTA
* * * * * * *
184846 TAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGCTTTTTTATTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTC
63 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
** * * * *
184911 TAGTCTAATTTAACTAGAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ** ** * * ** *
184953 TCAATTAT-TATTTCATAAGATCATTTAAAGCAAGCGATAACGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTA
1 TCAATTATGGA-TT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTA
* * * * * * *
185017 TAAATAGACTTTT-TGTGCCAATG-GTTCACTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAAT
63 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
** * * *
185080 TAGGGTCT-TTTTTACCAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTACAA
126 TATAGTCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
185124 TCAATTTTAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTAT
1 TCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
** * * ** *
185189 AAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACGTTCAATTA
64 AAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
185253 TAATCTGTTTTAACCAAAAAGGTTAAAAAAGTCAA-TCTAAAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAA
* * * * * *
185295 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTAAGTGACCAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
** * * * * * *
185360 AAATAAAGTTTT-TTGCTAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGATATTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * ** * * *
185424 AGTCTCTTTTAGCTAAAACTATACAATGAATTGAAATTTAAA
129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * * *
185466 TCAATTTTCATATTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTAT
1 TCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
** * * * * * * *
185531 AAATGGGTTTTTCTTGTCAATAAATGTCATTTTCCTT-ATTTTTCTCGACGTAGACATTCAATTA
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
185595 TACTCTGTTTTAGCCAAAAATGTGAAAATATTGAACTTAAAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * * *
185637 TCAATTATGGCATTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAGTGAGGCCTTTGAAGGTATAGGTGACTAT
1 TCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
*** * * * * *
185702 AAATGGACTTTTCTTATGAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTCT
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
** * *
185767 AGTCTACTTCAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ** * **
185808 TCAGTTAT-TAGTTCATAAGACCATTTAAAGCAAGTAA-AATGGCTTTCGAAGGCGTGAGTGACT
1 TCAATTATGGA-TT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATG-GTGACT
* * * * *
185871 ATAAATAGAC-TTTCTTTACCAATGAATACCTTTTTCCTCATGTTTCAT-AAGGTTGACATTCAA
62 ATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAA
* ** * * *
185934 TTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
125 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * * *
185980 TCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * *
186045 AAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
186110 AGTCTGTTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAA
129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
186151 TTAATTGTGGCATTTTAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
1 TCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
* * * * * *
186216 TAAATAGG-CTTTTCTTACCAATTAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGTAGACAATCAATT
63 TAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
186280 CTAGTAC-GTTTTCAACCAAAAATGTAAAAATATTGAAATTAAAA
127 ATAGT-CTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * ** * * * **
186324 TCAATTAT-TATTTCATAGGATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTGTCGAAGGCTTGAGTGACTA
1 TCAATTATGGA-TT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTA
* * ** * * * * * *
186388 TATATAGACTTTT-TGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAACT
63 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * *
186452 ATAGGT-TTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAA
127 ATA-GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * **
186495 TCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGAGTGACTAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTAT
* ** * * * * ** *
186560 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATGCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* ** * * * *
186625 AATCTGTTTTAATGAAAAAGGT-CAAAAATT-TAGTCTAAAA
129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAA
* * * * *
186665 TCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTAT
* * * * * * * * * *
186730 AAATGAAGTTTTTTTACTAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGATTA-ACATTCAATTA
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATTA
* * * * ** * *
186794 TAGTCTTTTTTAACTAAAACTATACAATGAA-TCGAAATTTAAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTAAAA
* * * * * * **
186837 TGAATTTTGAGAGTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTCTGAACGAATGGGTGAGAAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * * *
186902 AAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTATTTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
186967 AGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAA
129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
187008 TCAATTATGGCTTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAGTGAA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTA
1 TCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTA
********** * * *
187072 TAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATG-CTTTTTCCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTTAGTT
63 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
187136 CTAGTCAGTTTTAACCAAAAATGTATAAAGAATTGTAA-TTTAAA
127 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATT-CAACTTAAAA
* * ** * * *
187180 TCGATTTTCATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGCGACTAT
1 TCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * * * *
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64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
187352 TCAATTATGTGGTTAT-AGACCAATTTACATTGCGTAATAATGCTTTTAAAGAAAAAGCTGACTA
1 TCAATTATG-GATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGTGACTA
* * * ** * ******
187416 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTTC-AGGTTGACANNNNNNN
63 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA-TTCAAT
*** * * * *
187480 NNNA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAC
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* ** * * **
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1 TCAATTAT-GGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * *
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* **
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* * * * * * * * *
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1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
* *
187760 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTCTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATACAATT
63 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
** * **
187824 CA-AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAANNN
127 -ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AA
******* * * ** * * ** * *
187868 NNNNNNNTAG-TTCATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGGTTAAGTGAATAT
1 TCAATTATGGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * * **
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* *
187994 TATAGGCT-TTTCTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
126 TATAGTCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
188038 TCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGGCTAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTAT
** * * * * *
188103 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * *
188168 AATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAATATTCAACCTAAAA
129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * * *
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1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * * *
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64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* ** * * *
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129 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCA-ACTTAAAA
* * * * *
188381 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACTAT
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTAT
* * * * **
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64 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATT
* * * * * *
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127 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAA
* * * * *
188553 TCAATTATTAGG-TTAT-AAACCAATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTTGAAGCAATAAGTGACC
1 TCAATTA-T-GGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACT
* * ** *
188616 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTCACAATT-TAT
62 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAAT
* * * * * * * * *
188680 AATAATCTTTTTTAGCCAAAAATGTGCAAAGAAGTCAAATTTAAA
126 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * **
188725 TAAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGA-TCAATAAGGCTTCCGAAGGAATGGGTGACTA
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTA
* * * * * *
188788 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATTTTTCTCCACGTAGACATTCAATTA
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* * * *
188853 TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAATTCAAGTTAAAA
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* * * * * * *
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1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTAT
* * * *
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* * **
189024 TAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGCATTCCAACTT-AAA
128 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATT-CAACTTAAAA
* * * *
189067 TGAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGC
1 TCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
189110 ATNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
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TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
Found at i:184934 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 184270--189109 Score: 3507
Period size: 343 Copynumber: 14.1 Consensus size: 341
184260 NNNNNNNNNN
* * * * *
184270 TCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-GCA--ACTAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* **
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1 TCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACT
* * * * * * *
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** * * * * *
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*
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** * * ** * * *
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* *
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318 AATG-TAAAAGAATTCAAAT-TAAAA
* * * ** *
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1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTA
** * * * * *
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* * * * * ** * * * * **
185422 ATAGTCTCTTTTAGCTAAAACTATACAATGAATTGAAATTTAAATCAATTTTCATATTATAAAGC
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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257 GAATG-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT
* * *
185616 GTGAAAA-TATTGAACTTAAAA
321 GT-AAAAGAATTCAAATTAAAA
** * * * * *
185637 TCAATTATG-GCATTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAGTGAGGCCTTTGAAGGTATAGG-TGACT
1 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACT
*** * * * *
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64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* ** * * * *
185764 TCTAGTCTACTTCAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAT-TAGTTCATAAGA
129 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGA-TT-ATAA-A
** * ** * * *
185828 CCATTTAAAGCAAGTAA-AATGGCTTTCGAAGGCGTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTTACC
191 CCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCC
* * * * *
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254 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
*
185955 AATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
318 AATGTA-AAAGAATTCAAATTAAAA
* ** * * * *
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1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTAT
* * * *
186045 AAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
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* * * * * *
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131 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTAT-AAACCA
* * *
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* * * * * * *
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257 GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTGTTTT-AACTAAAAA
*
186302 TGTAAAA-ATATTGAAATTAAAA
320 TGTAAAAGA-ATTCAAATTAAAA
* * ** * ** * * * * *
186324 TCAATTATTA-TTTCATAGGATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTGTCGAAGG-CTTGAGTGACT
1 TCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACT
* * ** * * * * *
186387 ATATATAGACTTTT-TGTGCCAATGGTTGGC-TTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAA
64 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
186450 CTATAGGT-TTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTTTGAGATTATAAA
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** * *
186514 GCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
191 -CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** * * * * ** * *
186579 ATGAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATGCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAA
255 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAA
* * * *
186643 AGGTCAAA-AATT-TAGTCTAAAA
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* * * * *
186665 TCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GAGTGACCA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTA
* * * * * * * * * *
186729 TAAATGAAGTTTTTTTACTAATAAATGCCTTTTT-CTTCACGTTTCACGAGATTA-ACATTCAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAAT
* * * * ** * * * * *
186792 TATAGTCTTTTTTAACTAAAACTATACAATGAA-TCGAAATTTAAATGAATTTTGAGAGTATAAA
129 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATG-GATTAT-AA
* * * **
186856 ACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTCTGAACGAATGGGTGAGAATAAATGGACTTTTCTTGCCA
190 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
186921 ATAAATGCCTTTTTCTTTATTTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAA
255 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA
* * *
186986 TGTAAAACAATTGAACTTAAAA
320 TGTAAAAGAATTCAAATTAAAA
* * * *
187008 TCAATTATG-GCTTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAGTGAA-GCTTTTGAAGGTAT-GAGTGAC
1 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGAC
********** * * *
187070 TATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATG-CTTTTTCCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTTAG
63 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * **
187134 TTCTAGTCAGTTTTAACCAAAAATGTATAAAGAATTGTAA-TTTAAATCGATTTTCATATTATAA
128 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTAT-GGATTAT-A
* * * * * * *
187198 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCC
189 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
187263 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATATTCTAACAAAAA
254 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* ** *
187328 ATGTAAAAGAATTTGAGCTTAAAG
319 ATGTAAAAGAA-TTCAAATTAAAA
* * * * * * * * * ** *
187352 TCAATTATGTGGTTAT-AGACCAATTTACATTGCGTAATAATGCTTTTAAAGAAAAAGCTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTA
* * * ** * *****
187416 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTT-CTTCACATTTCTTC-AGGTTGACANNNNNN
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA-TTCAA
**** * * * * * **
187479 NNNNA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAACTCAATTTTCAAATTATAAA
128 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGATTAT-AA
* * *** * *
187543 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAATTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
190 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * *
187608 ATGAATGCCTTTTT-TGTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCCT-TTTTAACCAAA
255 ATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTGTTTTAACTAAA
* * *
187671 AATATAAAA-AAATAAAACTTAAAA
318 AATGTAAAAGAATTCAAA-TTAAAA
* * * * * * * * * *
187695 TTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGCTTTTTAAAAGTATGGGTAACAA
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* *
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** * ********* *
187823 TCA-AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNTAG-TTCATAAG
129 T-ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTATGGATT-ATAA-
** * * ** ** *
187886 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGGTTAAGTGAATATAAATGGACTTTT-TGTGCC
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* * * * ** *
187950 AAT-AGTTAG-CTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGACAGACATTCAATTATAGGCT-TTTCTAA-TC
254 AATGA-AT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAACT-
* *
188011 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
315 AAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAA
* * * *
188038 TCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GAGTGGCTA
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** * * * * *
188102 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATT
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* * * * * * ** *
188166 ATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAATATTCAACCTAAAATGGATTATGAGGTTATAAAACC
130 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTAT-AAACC
* * * * * *
188231 ATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGGCCATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATG
193 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
188296 AATGTCTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAA-TAAAAAATG
258 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATG
* * *
188360 CACAAAGAATTCAGATTTAAA
322 TA-AAAGAATTCAAATTAAAA
* * * * **
188381 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTAT
* * * * **
188446 AAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTTCTT-TTCGTTTCT-TGGGCTAGACATTCAAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCAT-GTTTCTCAAGG-TAGACATTCAAT
* * * * * *
188508 TATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAACTTGAGCTTAAAATCAATTATTAGG-TTATAAA
129 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA-T-GGATTATAAA
* * * ** *
188572 CCAATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTTGAAGCAATAAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCA
191 CC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * ** * * * * * *
188637 ATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTCACAATT-TATAATAATCTTTTTTAGCCAAAA
255 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * *
188701 ATGTGCAAAGAAGTCAAATTTAAA
319 ATGT-AAAAGAATTCAAATTAAAA
* * ** *
188725 TAAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGA-TCAATAAGGCTTCCGAAGGAATGGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTA
* * * * * *
188788 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTATTTTTCTCCACGTAGACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
188852 ATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAATTCAAGTTAAAATGAATTATGACATTATAAAACC
130 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTAT-AAACC
* * * * * * *
188917 ATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTGTAAATGGACTTTTATTGCCAATG
193 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
188982 AATG-CTTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTCTAGTTTGTTTTAACTAAAAATG
258 AATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG
* *
189046 TACAAAGCATTCCAACTT-AAA
322 TA-AAAGAATT-CAAATTAAAA
* * * *
189067 TGAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGC
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
189110 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3520, Mismatches: 830, Indels: 296
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Matches are distributed among these distances:
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346 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGATTATAAACCATT
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
AGAATTCAAATTAAAA
Found at i:185469 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 184270--189106 Score: 2572
Period size: 514 Copynumber: 9.4 Consensus size: 503
184260 NNNNNNNNNN
* * * * * **
184270 TCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGG-AAGCAACTATA
1 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGTAAGTGACTATA
* ** * * * * **
184333 AATGGACTTCTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATA
66 AATAGACTT-TTTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATA
* * * * * ** * * * *
184398 ATATGTTTTAATCAAAAATGTA-AAATAATT-TGATCTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAACTA
130 GTCTATTTTAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAAT-TT-AAATCAATTTTCA-TTTATAAA-TC
* * * **
184461 ATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
190 ATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTGTCAATG
* * * * * * * * **
184526 AATGC-CTTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGTTGATATTCAATTATAGCCTGTTTTAATAAAAAATG
253 -ATTCAC-TTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTACCAAAAATG
* * *
184590 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAACTCTGAG-ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
315 TA-AAA-AATTC-AACTTAAATCAATTAT-AGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * ** * *
184654 TTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAACGAATGCCTTTTTCCTT-ATGTT
376 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTT-CTTCATGTT
* * * *
184718 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
440 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
184782 TCAAATATG-GCATTCT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTG-AAGGTATGGTTAAC
1 TCAATTATGAG-GTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTTGAAAGGTA-AG-TGAC
* * * ** * *
184844 TATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGCTTTTTTATTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAT
62 TATAAATAGACTT-TTTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAAT
* * * ** *
184909 TCTAGTCTAATTTAACTAGAAATGTA-AAACAATTCATCTTAAAATCAATTATT-ATTTCATAAG
126 TATAGTCTATTTTAACTA-AAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TTCATTT-ATAA-
** ** * ** * * * *
184972 ATCATTTAAAGCAAGCGATAACGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTTTTTGTGCCA
187 ATCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTT-TGTCA
* * * * * **
185037 ATGGTTCACTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTAGGGTCTTTTTTACCAAAAAA
250 ATGATTCACTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTACC-AAAAA
* **
185102 TGTAAAACAATTCAACTTACAATCAATTTTAAG-ATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
313 TGTAAAA-AATTCAACTTA-AATCAATTAT-AGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
185166 CTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTTCTTCATGTT
375 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
185231 TCCCAAGACAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGGTTAAAAAAGTCAA-TCTAAAA
440 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAA
* *
185295 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTAAGTGACCAT
1 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-GTAAGTGACTAT
* * * * *
185360 AAATAAAGTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGATATTCAATTATA
65 AAATAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATA
* * * * * *
185425 GTCTCTTTTAGCTAAAACTATACAATGAATTGAAATTTAAATCAATTTTCATATTATAAAGCTAT
130 GTCTATTTTAACTAAAA-TGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTCAT-TTATAAATC-AT
* * * *
185490 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATAAA
192 TTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTGTCAAT-GA
* * * * *
185555 TGTCA-TTTTCCTTATTTTTCTCGACGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAGCCAAAAATGTG
254 T-TCACTTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTA-CCAAAAATGT-
* * * * * * * *
185619 AAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAGTGAGGCCTTT
316 AAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * *
185684 GAAGGTATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATGAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTC
380 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* ** * *
185748 AAGGCAGACATTCAATTCTAGTCTACTTCAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
444 AAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
185808 TCAGTTATTA-GTTCATAAGACCATTTAAAGCA-AGTAA-AATGGCTTTCGAAGGCGTGAGTGAC
1 TCAATTATGAGGTT-ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAA-GGCTTTTGAAAG-GTAAGTGAC
* *
185870 TATAAATAGACTTTCTTTACCAATGAATACCTTTTTCC-TCATGTTTCAT-AAGGTTGACATTCA
62 TATAAATAGACTTT-TTTACCAATGAATGCC-TTTTCCTTCACGTTTC-TCAAGGTTGACATTCA
* * * * *
185933 ATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAA
124 ATTATAGTCTATTTTAACT-AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTCA-TTTAT-A
* * *
185998 AATAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC
186 AATCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTGTC
* * * * *
186063 AATGAATGC-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCACA
249 AATG-ATTCAC-TTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTACCAAA
* * * * *
186127 AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTGTGGCATTTTAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAG
311 AATGT-AAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
186192 GCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATTAATGCTTTTTTCTTCACG
374 GC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
186257 TTTCTCATGGTAGACAATCAATTCTAGTAC-GTTTTCAACCAAAAATGTAAAAATATTGAAATTA
438 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGT-CTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
186321 AAA
501 AAA
* * ** * * * * *
186324 TCAATTATTA-TTTCATAGGATCATTTAAAGCA-AGTAATAAAGCTGTCG-AAGGCTTGAGTGAC
1 TCAATTATGAGGTT-ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG--TAAGTGAC
* * ** * * * * * ** *
186386 TATATATAGACTTTTTGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAAC
62 TATAAATAGACTTTTT-TACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAAT
* * * * * *
186451 TATAGGT-TTTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTACAATCAATTTTGAGATTATAA
126 TATA-GTCTATTTTAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTA-AATCAATTTTCA-TTTATAA
* * ** * * *
186513 AGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
187 A-TCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTGTC
* * * * ** * * * **
186578 AATGA-ACACCCTTTT-CTTCACGTTCCCCAAGACAGACATGCAATTATAATCTGTTTTAATGAA
249 AATGATTCA--CTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTACCAA
* * * * * * * * *
186641 AAAGGTCAAAAATTTAGTCTAAAATCAATTATGAG-ATTGTAAAACCATTTAAAATGACTAATAA
310 AAATGTAAAAAATTCA-ACTTAAATCAATTAT-AGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * * *
186705 GGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATGAAG-TTTTTTTACTAATAAATGCCTTTTTCTTCAC
373 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
* * ** * * * * ** *
186769 GTTTCACGAGATTA-ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAACTATACAATGAA-TCGAAAT
437 GTTTCTCAAG-GCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACT
*
186832 TTAAA
499 TAAAA
* * * * * * * ** **
186837 TGAATTTTGAGAG-TATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTCTGAACGAATGGGTGAGAA
1 TCAATTATGAG-GTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-GTAAGTGACTA
* * * * * ** *
186901 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTATTTTTCTCGA-GTTAGACATTCAATT
64 TAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTT-GACATTCAATT
* * * * * *
186965 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGGC-TTTATAAAA
127 ATAGTCTATTTTAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-T-TCATTTAT-AAA
* * * * * *********
187028 CCATTTAAAGAGAGTAGTGAA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNCA
188 TCATTTAAAGTGAGTAAT-AACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG--CTTTTTTGTCA
* * * * * * * *
187092 ATGAATGC-TTTTTCCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTTAGTTCTAGTCAGTTTTAACCAAAA
250 ATG-ATTCACTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TTTTTTACCAAAA
* * * * * *
187156 ATGTATAAAGAATTGTAATTTAAATCGATTTTCA-TATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
312 ATGTA-AAA-AATT-CAACTTAAATCAATTAT-AGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * ** * * **
187220 GGCTTTTAAAGAAATAGGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATG
373 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATG
* * * * * * * * *
187285 TTTCTCGA-GCTAGACATTCAATTATAATATATTCTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTGAGCTTA
438 TTTCTCAAGGC-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
*
187349 AAG
501 AAA
* * * ** * * **
187352 TCAATTATGTGGTTAT-AGACCAATTTACATTGCGTAATAATGCTTTT-AAAGAAAAAGCTGACT
1 TCAATTATGAGGTTATAAAACC-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-GTAAG-TGACT
* * * * * *****
187415 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTTC-AGGTTGACANNNNNN
63 ATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTC-TCAAGGTTGACA-TTCAA
**** * * * *
187479 NNNNA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAACTCAATTTTCAAATTATAAA
125 TTATAGTCTATTTTAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTC-ATTTAT-AA
* * * * *** **
187543 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAATTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
187 ATCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-TTGTCA
* ** * *
187608 ATGAATGC-CTTTTTTGTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCCTTTTTAACCAAAA
250 ATG-ATTCAC-TTTTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTTTTTTACCAAAA
* ** * * * *
187672 ATATAAAAAAATAAAACTTAAAATTAATTAT-GACATTATAAAACCATTTAAAATGACTAATAAG
312 ATGT-AAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAG-CATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * *
187736 GCTTTTTAAAAGTATGGGTAACAATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTCTCTTCA
374 GC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATACCTTTT-TCTTCA
* * * ** *
187799 TGTTTCTCTAGGTAGACATACAATTCA-AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGAAAATTCAACTT
436 TGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT-ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
**
187863 AANNN
500 AA-AA
******* * * * * *
187868 NNNNNNNT-A-GTTCATAAGACCATTTAAAGCA-AGTAATAAAGCTTTCGAAGGGTTAAGTGAAT
1 TCAATTATGAGGTT-ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-TAAGTGACT
* * * * * * * ***
187930 ATAAATGGACTTTTTGTGCCAAT-AGTTAG-CTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGACAGACATTCAA
63 ATAAATAGACTTTTT-TACCAATGA-AT-GCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAA
* * * * * * *
187993 TTATAGGCT-TTTCTAATCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
125 TTATAGTCTATTT-TAA-CTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTCA-TTTATAA
* * * * * *
188056 AGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC
187 A-TCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTT-TTGTC
* * * * * * * *
188121 AATGA-ACACCCTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
249 AATGATTCA--CTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTACCAA
* * * ** * *
188184 AAAGGTCAAAATATTCAACCTAAAATGGATTATGAG-GTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
310 AAATGT-AAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTAT-AGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * ** *
188248 AGCCTTTTGAAAGAATGGGTGGCCATAAATAGAG-TTTTCTTGCCAATGAATGTCTGTTTCTTCA
372 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * ** * *
188312 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATAAAAAATGCACAAAGAATTCAGA-T
436 TGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCA-ACT
*
188376 TTAAA
499 TAAAA
* * * * *
188381 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGG-AATGGGCGACT
1 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGTAA---GTGACT
* * * * ** ** *
188444 ATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTTTCGTTTCT-TGGGCTAGACATTCAA
63 ATAAATAG-ACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGG-TTGACATTCAA
* * * * * ** * *
188507 TTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATA-AAACAACTTGAGCTTAAAATCAATTATT-AGGTTATA
125 TTATAGTCTATTTTAACT-AAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATT-TTCA-TTTATA
* * * * * ** * *
188570 AACCAATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTTGAAGCAATAAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGC
186 AATC-ATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTT-TTGT
* * * ** * * *
188635 CAATGAAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTCACAATT-TATAATAATCTTTTTTAGCCA
248 CAATGATTCA-CTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCTTTTTTA-CCA
* * * * * *
188698 AAAATGTGCAAAGAAGTCAAATTTAAATAAATTTTGAG-ATTAT-AAACCATTTAAAGTGA-TCA
309 AAAATGT--AAAAAATTC-AACTTAAATCAATTAT-AGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGT-A
** * ** *
188760 ATAAGGCTTCCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
369 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTT
* * * * * * * * *
188825 TATTTTTCTCCACGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAATTCAAGT
434 CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
188890 TAAAA
499 TAAAA
* ** * * * * *
188895 TGAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTG-AAGGTATGTGTGACTG
1 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGTA--AGTGACTA
* * * * ** * * *
188959 TAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGCTTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTC
64 TAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTA
* * * * * * * * *
189024 TAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGCATTCCAACTTAAATGAATTTTGAGATTATAAAACC
128 TAGTCTATTTTAACT-AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTCA-TTTAT-AAATC
* *
189089 TTTTAAATTGAGTAATAA
190 ATTTAAAGTGAGTAATAA
189107 GGCATNNNNN
Statistics
Matches: 3384, Mismatches: 753, Indels: 374
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
511 30 0.01
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517 17 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGTAAGTGACTATA
AATAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAG
TCTATTTTAACTAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTCATTTATAAATCATTTAA
AGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTTTGTCAATGATTCACTT
TTCCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAATCAATTATAGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
TGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
Found at i:187452 original size:857 final size:857
Alignment explanation
Indices: 184270--189109 Score: 1951
Period size: 857 Copynumber: 5.7 Consensus size: 857
184260 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * ** *
184270 TCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA---GCAACTAT
1 TCAATTTTGAGAGTATAAAACAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTCTGAACGAATGGGTGACAAT
* * * * * *
184332 AAATGGACTTCTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * * **
184397 AATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAATAATTTGATCTTAAAATCAATTAT-G-AGGTTATAAACT
131 AGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTTTA-AAAC-
* * * * *
184460 AATTTAAATTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
193 CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAA
* * * * * * * **
184524 TGAATGCCTTTTTCC-TCACGTTTCTTAAGGTTGATATTCAATTATAG-CCTGTTTT-AATAAAA
258 TGAATG-CTTTTTCCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACAATCAATTCTAGTAC-GTTTTCAACCAAA
* * * * * * * **
184586 AATGTACAAAGA-ATTCAAATTTAAATCAACTCTGAGATT-ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
321 AATGTA-AAA-ATATTGAAATTAAAATCAATTATTA-TTTCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * ** * * * * *
184649 AAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAACGAATGCCTTTTTCCTT
383 AAAGC-TGTCAAAGAATAGAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTT
* * * * * * * * * *
184713 -ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-GGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAAC
446 CATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAACTATAGAT-TATTCTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * ** ** *
184776 TTAAAATCAAATATG-GCATTCTAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGA-AGGTATG
510 TTACAATCAATTATGAG-ATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATA-A
* * * * * ** ** * *** **
184838 GTTAACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGCTTTTTTATTCACGTTTTTCAAGGTAGACA
573 G-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGACA
* * * ** * * * * * *
184903 TTCAATTCTAGTCTAATTTAACT-AGAAATGTAAAACAATTCA-TCTTAAAATCAATTATTA-TT
637 TGCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAAGGTCAAA-AATTTAGTC-TAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * ** **
184965 TCATAAGATCATTTAAAGCAAG-C-GATAACGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTT
699 T-GTAAAACCATTTAAA--ATGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATAGACTT
* ** * * * * * * ** *** *
185028 T-TTGTGCCAAT-GGTTCACTTTTGCTTCATGTTCCCCAAG-GCAGACATTCAATTAGGGTCTTT
761 TCTT-TACCAATAAATAC-CTTTTTCCTCACGTTTCACAAGATTA-ACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
185090 TTTACCAAAAAATGTA-AAACAATTC-AACTTACAA
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* * * * * * * *
185124 TCAATTTTAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAATGGGTGACTA
1 TCAATTTTGAGAGTATAAAACAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTCTGAACG-AATGGGTGACAA
* ** * * * * ** *
185188 TAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAGACGTTCAATT
65 TAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
185252 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAGGTTAAAAAAGTCAA-TCTAAAATCAATTATGAG-GTTATAAAA
129 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATG-GCATTTTAAAA
* * * * *
185315 CCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGC-TTTTGAAAG-ATTAAGTGACCATAAATAAAG-TTTT-TTG
192 CCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTA-TGAGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTA
* * * * * * * * * *
185375 CTAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTTGATATTCAATTATAGT-C-TCTTTTAGCT
254 CCAATGAATGCTTTTTCCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACAATCAATTCTAGTACGT-TTTCAACC
* * * * * * **
185438 AAAACTAT-ACAATGAATTGAAATTTAAATCAATT-TTCATATT-ATAAAGCTATTTAAAGTGAG
318 AAAAATGTAAAAAT--ATTGAAATTAAAATCAATTATT-AT-TTCATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * * * * * * ** * * * *
185500 TAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-GGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATAAATGTCATTTT
379 TAATAAAGC-TGTCAAAGAATAGAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGGC-TTTT
* * * * * * * * * * * ** * *
185564 CCTT-ATTTTTCTCGACGTAGACATTCAATTATA-CTCTGTTTTAGCCAAAAATGTGAAAATATT
442 GCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAACTATAGAT-TATTCTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *** * * * * * ***
185627 GAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAGTGAGGCCTTTGAAGGTA
506 CAACTTACAATCAATTATGAG-ATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAA
* * *** * * ** ** * * *
185691 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGA
570 TAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGA
* * * ** * * * * * * *
185756 CATTCAATTCTAGTCTACTTCAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAGTTATTAG
635 CATGCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAAGGT-CAAAAATTTAGTC-TAAAATCAATTATGAG
* * *** * * * ** *
185819 -TTCATAAGACCATTTAAAGCAAGTAA-AATGGCTTTCGAAGGCGTGAGTGACTATAAATAGACT
697 ATT-GTAAAACCATTTAAAATGACTAATAA-GGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATAGACT
* * * * *
185882 TTCTTTACCAATGAATACCTTTTTCCTCATGTTTCATAAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTT
760 TTCTTTACCAATAAATACCTTTTTCCTCACGTTTCACAAGATTAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
185947 TAATTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
825 TAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAA
* * * ** *
185980 TCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTAT
1 TCAATTTTGAGAGTATAAAACAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTCTGAACGAATGGGTGACAAT
* * *
186045 AAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * *
186110 AGTCTGTTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTGTGGCATTTTAAAATCAT
131 AGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTTTAAAACCAT
* *
186175 TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATTA
196 TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGA
* *
186240 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGTAGACAATCAATTCTAGTACGTTTTCAACCAAAAATGT
261 ATGCTTTTTCCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACAATCAATTCTAGTACGTTTTCAACCAAAAATGT
** *
186305 AAAAATATTGAAATTAAAATCAATTATTATTTCATAGGATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTGT
326 AAAAATATTGAAATTAAAATCAATTATTATTTCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTGT
* ** * * * * ** **
186370 CGAAGGCTTGAGTGACTATATATAGACTTTTTGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCCC
391 CAAAGAATAGAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCC
* * *
186435 AAGGCAGACATTCAACTATAGGTTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAAT
456 AAGGCAGACATTCAACTATAGATTATTCTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAAT
* * *
186500 TTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGAGTGACTATAAATA
521 TATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATAAGTGACTATAAATA
*
186565 GACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATGCAATTATAATCT
586 GACTTTTCTTGCCAATAAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATGCAATTATAATCT
186630 GTTTTAATGAAAAAGGTCAAAAATTTAGTCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAA
651 GTTTTAATGAAAAAGGTCAAAAATTTAGTCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAA
* * * *
186695 TGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAAT-GAAGTTTTTTTACTAATAAATGCCT
716 TGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATAG-ACTTTCTTTACCAATAAATACCT
* * * * * *
186759 TTTTCTTCACGTTTCACGAGATTAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAACTATACAATGA
780 TTTTCCTCACGTTTCACAAGATTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGA
186824 A-TCGAAATTTAAA
845 ATTC-AAATTTAAA
* * * *
186837 TGAATTTTGAGAGTATAAAACCATTT-AATGTGAGTAATAAGGCTTCTGAACGAATGGGTGAGAA
1 TCAATTTTGAGAGTATAAAACAATTTCAA-GTGAGTAATAACGCTTCTGAACGAATGGGTGACAA
** * *
186901 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTATTTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* *
186966 TAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGGC-TTTATAAAACC
130 TAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTT-TAAAACC
* **********
187030 ATTTAAAGA-GAGTAGTGAA-GC-TTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GGANNNNNNNNNNC
194 ATTTAAA-ATGAGTAAT-AAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACC
* * * *
187091 AATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTTAGTTCTAGT-CAGTTTT-AACCAA
256 AATGAATGCTTTTTCCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACAATCAATTCTAGTAC-GTTTTCAACCAA
* * * **
187154 AAATGTATAAAGA-ATTGTAATTTAAATCGATT-TTCATATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
320 AAATGTA-AAA-ATATTGAAATTAAAATCAATTATT-AT-TTCATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * *
187216 ATAAGGCTTTTAAAGAAATAG-GCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
381 ATAAAGCTGTCAAAG-AATAGAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTGCT
* * * * *
187280 TCATGTTTCTCGA-GCTAGACATTCAATTATA-ATATATTCTAA-CAAAAAATGTAAAAGAATTT
445 TCATGTTCCCCAAGGC-AGACATTCAACTATAGAT-TATTCTAATC-AAAAATGTAAAA-AAATT
* * * * * * * * * *
187342 GAGCTTA-AAGTCAATTATGTGGTTATAGA-CCAATTTACATTGCGTAATAATGCTTTTAAAGAA
506 CAACTTACAA-TCAATTATGAGATTATAAAGCC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAA
*** * * ** **
187405 A-AAGCTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTTC-AGGT
569 ATAAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAACACCCTTTTCTTCAC-GTTCCCCAAGAC
* ********** ** * * * * * *
187468 TGACANNNNNNNNNNATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAT-TTAACTCAATTTT
632 AGACATGCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAAGGT-CAAA-AATT-TAGTCTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * * * * * *
187532 CAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAATTGACTATAAATGGGC
694 GAGATTGTAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATAGAC
* * ** * * * * * *
187597 TTT-TCTTACCAATGAATGCCTTTTTTGTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCCT-
759 TTTCT-TTACCAATAAATACCTTTTTCCTCACGTTTCACAAGATTAACATTCAATTATAAT-CTG
* * * *
187660 TTTTAACCAAAAATATA-AAA-AAATAAAACTTAAAA
822 TTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAA-TTTAAA
* * * * * * * * * * * * * *
187695 TTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGCTTTTTAAAAGTATGGGTAACAA
1 TCAATTTTGAGAGTATAAAACAATTTCAAGTGAGTAATAACGC-TTCTGAACGAATGGGTGACAA
* * * * *
187760 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTCTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATACAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTT-TCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* ** * ********* * * *
187824 CA-AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNTAG--TTCATAAG
129 -ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTATGGCATT-TTAAA
*** * * * *
187886 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGC-TTTCGAAGGGT-TAAGTGAATATAAAT-GGACTTTT-TGT
191 ACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTGAA-GGTATGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCT-T
* * * * * * * ** * * *
187947 GCCAAT-AGTTAGC-TTTTGCTTCATGTTCCCCAAGACAGACATTCAATTATAG-GC-TTTTCTA
253 ACCAATGA-AT-GCTTTTTCCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACAATCAATTCTAGTACGTTTTC-A
* * * * * * **
188008 ATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATT-ATAAAGCCATTTAAAGTGA
315 ACCAAAAATGTAAAAATATTGAAATTAAAATCAATTATT-A-TTTCATAAAACCATTTAAAGCAA
* * ** * * * * * ***
188071 GTAATAAGGCTTTTGAAGAA-ATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACACCCTTT
378 GTAATAAAGCTGTCAAAGAATA-GAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAA-TGGCTTT
* * * * * * * * *
188135 T-CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATTATA-ATCTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAATAT
441 TGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAACTATAGAT-TATTCTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* * ** * * * *
188198 TCAACCTAAAATGGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAA-GA
505 TCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAACAA
** * * * * *** * * * * **
188262 ATGGGTGGCCATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAA-TGTCTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
569 ATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAACACCCT-TTTCTTCACGTTCCCCAAGACA
* * * * ** * * *
188326 GACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATAAAAAATGCACAAAGAATTCAGAT-TTAAATCAATTTTG
633 GACATGCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAA-GGTCAAA-AATTTAG-TCTAAAATCAATTATG
* * ** * * * *
188390 AGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGCGACTATAAAT-GAA
695 AGATTGTAAAACCATTTAAAATGACTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAGTGACCATAAATAG-A
* * * * ** *** ** * *
188453 CTTT-TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTTTCGTTTC-TTGGGCTAGACATTCAATTATAGTTT
758 CTTTCT-TTACCAATAAATACCTTTTTCCTCACGTTTCACAAGATTA-ACATTCAATTATAATCT
* * ** *
188516 GTTTTAACTAAAAATATA-AAACAACTTGAGCTTAAAA
821 GTTTTAACTAAAAATATACAAAGAA-TTCAAATTTAAA
* * * * * * **
188553 TCAATTATT-AG-GTTATAAACCAATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTTGAA-GCAATAAGTGAC
1 TCAATT-TTGAGAG-TATAAAACAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTCTGAACG-AATGGGTGAC
* * * * * * ** *
188615 CATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTCACAATT-TA
63 AATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAA
* * * * * * * * * * * *
188679 TAATAATCTTTTTTAGCCAAAAATGTGCAAAGAAGTCAAATTTAAATAAATTTTGAG-ATTAT-A
127 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTTTAA
* ** * * * *
188742 AACCATTTAAAGTGA-TCAATAAGGC-TTCCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
190 AACCATTTAAAATGAGT-AATAAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
* * ** * * *
188805 TCAATGAATGCCTTTTT-CTTTATTTTTCTCCA-CGTAGACATTCAATTATAGT-CTGTTTT-AA
254 CCAATGAATG-CTTTTTCCTTCACGTTTCT-CAGGGTAGACAATCAATTCTAGTAC-GTTTTCAA
* * * * * * * *
188866 CAAAAAATGTGAAACA-ATTCAAGTTAAAATGAATTATGACATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAG
316 CCAAAAATGT-AAAAATATTGAAATTAAAATCAATTATTA-TTTCATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * * ** * * * * * * **
188929 TAGTGAGGCTTTTGAAG-GTATGTGTGACTGTAAATGGACTTTTATTGCCAATGAAT-GCTTTTT
379 TAATAAAGCTGTCAAAGAATA-GAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGGC-TTTT
* * * * * * * * * * **
188992 GCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTCTAGTTTGTTTTAA-CTAAAAATGTACAAAGCAT
442 GCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAACTATAGATTATTCTAATC-AAAAATGTA-AAAAAAT
* * * * *
189056 TCCAACTTA-AATGAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGC
505 T-CAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
189110 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3138, Mismatches: 698, Indels: 296
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
852 1 0.00
853 4 0.00
854 61 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (857 bp):
TCAATTTTGAGAGTATAAAACAATTTCAAGTGAGTAATAACGCTTCTGAACGAATGGGTGACAAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTTTAAAACCAT
TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGA
ATGCTTTTTCCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACAATCAATTCTAGTACGTTTTCAACCAAAAATGT
AAAAATATTGAAATTAAAATCAATTATTATTTCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTGT
CAAAGAATAGAGCGACTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCC
AAGGCAGACATTCAACTATAGATTATTCTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAAT
TATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAACAAATAAGTGACTATAAATA
GACTTTTCTTGCCAATAAACACCCTTTTCTTCACGTTCCCCAAGACAGACATGCAATTATAATCT
GTTTTAATGAAAAAGGTCAAAAATTTAGTCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAA
TGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACCATAAATAGACTTTCTTTACCAATAAATACCTT
TTTCCTCACGTTTCACAAGATTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAA
TTCAAATTTAAA
Found at i:193442 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 193107--198816 Score: 4843
Period size: 171 Copynumber: 33.5 Consensus size: 170
193097 AAAAGCCAAC
* * * *** * **
193107 CATTGGCACA-AAAAGTCGATTTAGAGACACTCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
193171 TGGTCTTATGAA-CTAATAAATGATTTTAAGATGAATTGTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACT
65 TGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * **
193235 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * * * * * * * * * *
193278 TATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACATTCAAAACCCTTGTTAGTCGCTTTCAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * **
193343 GGTTTTATAATGC-CATAATCGATTTGAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTCATTAAAACAGACTA
66 GGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * *
193407 TAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATT
129 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
193449 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTCTGAAAA-CCTTATTACTCAC-TTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * * *
193512 TGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTGAACATTTTTAGTTAAAACATATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * * *
193577 ATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGTCATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* *
193619 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAA
* * * * * * *
193683 TTGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAATTTGATTTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAATAGACT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * **
193748 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AAATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
193790 CATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATAT-CTTTAAAAGCCTCATTACTCACGTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * ** *
193854 TGATGTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTCATTAAAACATACT
65 TGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
**
193918 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
193961 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAACGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
194026 GGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTGAAAACGGACC
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * *
194090 ATAATGGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
194133 CAATAGG-AA-AAAAGCTCCATTTATGGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 C-ATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * ** * * *
194196 ATGGTTTTTTAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTA-ACTTTTCAAGTTAGAACAAAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTT-TGGTTAAAACAGAC
* * * **
194260 TATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAGGGTGTT
127 TATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
194304 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
194369 GG-CTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * **
194433 AATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCAAC
130 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * **
194474 CATTGGCACA-AAAGGTCCATTTATAGTCACTC-TAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ** * *
194537 ATAGTTTTAAAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
** *
194602 AGCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGGTATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAG-AAAAAGGCATT
* ** * * *
194646 CATTGCCAAGAAAAG-CTCATTTATAACCAC-CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTCAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * ** * *
194709 ATGGTTTTATAATATGAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCCCACATTTTTAGTTAAAACAGAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* ** * * **
194774 TATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* *
194818 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
194882 TTGG-TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTTAAATTGTTTTTGCAATTTTGGTTAAAAC-G
65 -TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AG-TTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
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125 -ACTATAATTGAATGTCT-ACCT-TGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * ** *
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1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
195056 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * *
195121 TAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
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* * * *
195163 CATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCGCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * * * *
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66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * **
195293 AATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAGGGTGTT
130 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
195334 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCATGTTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
195399 AGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGGCTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * **
195463 AATTGAATGTCTGCCTT-AGGGAACATGAAGCAAAAGCCAAC
130 AATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * ********** **
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1 CATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
** * * * * * *
195568 TAATTTTATGAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTAAAAATAAACT
65 TGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * *
195632 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATGT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAT-T
* * * *
195675 -ATTTGCAAGAAAA-TCCCAGTTATAGTCAC-CTATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* ********** * * * * * *
195737 ATAGNNNNNNNNNNTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTTGTTGAAACTGAC
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * ** * * *
195802 TAGAATTGATTGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
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* * * * *
195846 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATAT-CTT-TAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAA
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** * * * *
195909 TGACTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-ATTGAAATAGACT
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** * * * * * * **
195972 ATAATTGAATGTCTGTCTTGGGGAATGTGAAGCAAAAGCCAAC
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * ** * **
196015 CATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
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196079 TGGTCTTATGAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGGTCAAAACAAACT
65 TGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * * *
196143 AGAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAA-ACATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-AAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
196186 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCAAAAACCCTTGTTATTCGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
** * **
196250 ATGGTTTTATAATGC-CATAATCAATTTTAAGTTGAATTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT
64 ATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * * *
196314 ATAATT-AATGCCTATCTCGACAAACGTAAAGAAAAAGACATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
196356 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
196421 GGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTG
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * *
196486 TAATTGAATATCAACCTTGAGGAACGTGAAG-AAAAGGCATT
129 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
196527 CATTGGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAATCCTTATTACTCAATTTCAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAA
* * * * * *
196592 TAG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTGAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-GTAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
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* * * * * **
196827 AATTGAATGTTTACCTTGGGGAACGTAAAGGAAAAGCCAAC
130 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* ** * *
196868 CATTGGCACA-AAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAA
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* * * *
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* ** * *
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* * * * *
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1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-A
* * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * **
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* ** **
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* * *
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* * * *
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128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
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* * * *
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* * *
197850 TATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACGTAAAGAAAAAGACATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* *** * *
197894 CATTGACAAGAAAAGAATATTTATAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAACT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * * *
198131 AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTCTGGTGAGAACGGATTAT
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* * * **
198196 AATTAAATGTCTGCC-T--------T-AAGAAAAGGGTGTT
130 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* ** * * ** * *
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1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
198292 GGCTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAAGCTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTAT
* * * * * * * * **
198354 AATTAAATATCTACCTTGGGGAACATGAAGTAAAAGCCAAC
130 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* ** * * **
198395 CATTAGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
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* * * *
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* * * *
198523 AGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
198566 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAAC-CATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
** **********
198630 ATAATTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGAC
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** * **
198694 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGATATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
* * *
198738 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
198802 TGATTTTATAATCTC
65 TGGTTTTATAATCTC
198817 NNNNNNNNNN
Statistics
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157 1 0.00
158 28 0.01
159 6 0.00
160 17 0.00
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175 1 0.00
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GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
Found at i:193845 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 193143--198816 Score: 4829
Period size: 341 Copynumber: 16.6 Consensus size: 338
193133 ACACTCAAGG
* ** * * * * *
193143 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATGAA-CTAATAAATGATTTTAAGATGAAT
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* * * *
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** * * * * * * * * * *
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129 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * **
193337 TTCAATGGTTTTATAATGC-CATAATCGATTTGAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTCATTAAAAC
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* *
193464 TCTATTTATAGTCACTCATT
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* * * *
193484 CCTCTGAAAA-CCTTATTACTCAC-TTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA
1 -CT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
193547 TTATTTGAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAG-AA
64 TT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * *
193611 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC
127 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
193676 TTTAAAATTGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAATTTG-ATTTCTTTGTACATTTTTTGTTAA
192 TTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTT-TTT-TACATTTTTGGTTAA
* * *
193740 AATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAG
254 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAG
*
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* * * *
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* * ** *
193890 GTTTTCACATTTTTCA-TTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAA
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* * *
193954 AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAACGCCTTATTACTCAC
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* *
194019 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTGAAA
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* * * ** * *
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255 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTC-ATTGGCAAGAAAA
* *
194146 GCTCCATTTATGGTCACTCATT
318 G-TCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *
194168 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
1 C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
194233 GTTTTA-ACTTTTCAAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAA
65 TTTTTACA-TTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAA
* ** * *
194296 AGGGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
127 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
194361 CTTTAAATGG-CTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * ** ** *
194425 AAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCAACCATTGGCACA-AAAGG
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* **
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319 TCCATTTATAGTCAC-CCATT
** * **
194510 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTAAAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
194574 TGTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTAGCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAA
65 T-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* * ** * *
194639 AGGTATTCATTGCCAAGAAAAG-CTCATTTATAACCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCA
128 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *** *
194703 CTTCAAATGGTTTTATAATATGAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCCCACATTTTTAGTTAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** *
194768 ACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
255 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
194833 TCTATTTATAGTCATCCATT
319 TCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
194853 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTG-GTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTTA
1 -CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AG-TTG
* * * * *
194916 AATTGTTTTTGCAATTTTGGTTAAAAC-GTATTATAGTTGAATGTCTGA-CTCT-AGAAACGTGA
62 AA-T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCT-ACCT-TGAGAAACGTGA
* * ** *
194978 AGAAAAAGGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTTTTTTAAAAGCCTTATT
122 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
195043 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAG
186 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTT-TACATTTTTGG
* *
195108 TTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
250 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAG
* *
195173 AAAACTCCATTTATAGTCGCCCATT
314 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
195198 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAT
1 C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
195262 TTTTTTGACGTTTCT-GATGAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAA
64 TTTTTT-ACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* ** * * * * *
195326 AGGGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCATGTTACTCA
127 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
195391 CTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** ** * *
195456 -AGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGGAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCGTA-AAAA
256 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAG-AAAAAACATTCATTGGC-AAGAAAA
****
195518 GTCCATTTATAGTCACTCNNNN
318 GTCCATTTATAGTCAC-CCATT
****** ** * *
195540 NNNNNNAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATGAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
195604 TTTTTTACAATTTTAGTAAAAATAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
64 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
195669 -GCATGT-ATTTGCAAGAAAA-TCCCAGTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCA
129 GGCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ********** * *
195731 CTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTTGTTGAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * **
195796 ACTGACTAGAATTGATTGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
255 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAG
*
195861 TCTATTTATAGTCACCCATAT
319 TCCATTTATAGTCACCCAT-T
* * * * *
195882 CTT-TAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTTAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * ** * * * *
195945 TTTTTTACATTTTTA-TTGAAATAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGGAATGTGAAGCAAAA
64 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * ** * **
196009 GCCAACCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGC
129 GGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * *
196073 TTTAAATGGTCTTATGAA-CT-AATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGGTCAAA
192 TTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAA-AATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
196136 ACAAACTAGAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAG
255 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
196201 TCCATTTATAGTCACCTATAC
319 TCCATTTATAGTCACCCAT-T
* * * * * **
196222 CTTCAAAAACCCTTGTTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATCAATTTTAAGTTGAA
1 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
196286 TTGTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATT-AATGCCTATCTCGACAAACGTAAAGAAAA
64 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
196349 AGACATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
196414 TTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAA
192 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * ** * *
196479 CAGATTGTAATTGAATATCAACCTTGAGGAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGGAACAAAAGTC
256 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
196544 CATTTATAGTCACTCATT
321 CATTTATAGTCACCCATT
* * * * * * * *
196562 CATTCAAAATCCTTATTACTCAATTTCAATTAGTTTATAGTCTCATAATTGATTTGAAGTTTAAA
1 C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* * * * *
196627 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-GTATTATAATTAAATGTTTAGCTTGAGAAATGTGAAGAAA
64 -TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * * *
196691 AAGGCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTAGTTATAGTCGCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAT
127 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
196756 TTTAAATGATTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-
192 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * ** ** *
196820 AGGCTATAATTGAATGTTTACCTTGGGGAACGTAAAGGAAAAGCCAACCATTGGCACA-AAAGGT
257 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAACATTCATTGGCA-AGAAAAGT
* **
196884 CCATTTATAGTCACTCAAGC
320 CCATTTATAGTCAC-CCATT
* * * * *
196904 CTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATAC-CATAATTAATTTTAAGTTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * * *
196968 TTTTTCTCATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATAAAGGAAAA
65 TTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
197033 GGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCCTTATTGCTCACT
129 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
197098 TTAAGA-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT-GTTGAAA
193 TTAA-ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTT-AAA
* * * * * ** * *
197161 ACAGACCATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGACATTCAATGATATGAAAAC
255 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAG
197225 TCCATTTAT-GATCACCCATT
319 TCCATTTATAG-TCACCCATT
* * * *
197245 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
1 C-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
197310 TTTTTGACCTTTCTAGTTAGAACAGATTATAATCGAATGTCTA-TTTTAGGAAACGTGAAG-AAA
65 TTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAA
* *
197373 AGGGAGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTC
128 AGGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
197437 ACTTTATATGGCTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
190 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** **
197502 AAAG-CTATAATTCAATCTTTACCTTG-GAGAACGTAAAGGAAAAGCCAACCATTGGCACA-AAA
255 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA-AACATGAA-GAAAAAACATTCATTGGCA-AGAAA
* * **
197564 GGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
317 AGTCCATTTATAGTCAC-CCATT
** * * *
197587 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATGAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
197651 TATTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
65 T-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
197716 AGCATTCATTAGCAACAAAAAGTTCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAAGCCTTATTGCTCGC
129 GGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * * *
197781 TTTAAATGATTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTGGAAATTTTTTACGTTTTTGGTTATAA
192 TTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
197845 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGA
256 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGT
** *
197910 ATATTTATAGTCACTCATT
320 CCATTTATAGTCACCCATT
* * * * * * *
197929 CCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
1 -CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
197994 TCTTTGTA-AATTTTAGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAA
65 T-TTT-TACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * ** * *
198058 AAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTTACCCATTTTTTCATAAGCTTTATTACTCA
127 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * ** * * * * *
198123 CTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTCTGGTGAGAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *** * ** *
198188 CGGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAA-A-G--G-----GTGTTTATTGGCTGGAAAAGTT
256 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
198244 CATTTATAGTCACCCATTT
321 CATTTATAGTCACCCA-TT
* * * **
198263 TTTAAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAA-T
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
198326 TTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAAGCTATAATTAAATATCTACCTTGGGGAACATGAAGTAAAAG
66 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* ** * ** * * **
198390 CCAACCATTAGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
130 GCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
198454 TTAAATGGTCTTATGAAT-T-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAA
193 TTAAATGGTTTTAT-AATCTCAA-AATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * *
198517 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
256 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
198582 CCATTTATAGTTAACCATAC
320 CCATTTATAGTCACCCAT-T
* *
198602 CTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********** ** * *
198666 GTTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAA
64 -TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
** * * *
198731 AGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTC
128 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
198796 TTTAAATGATTTTATAATCTC
192 TTTAAATGGTTTTATAATCTC
198817 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4271, Mismatches: 878, Indels: 364
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 4 0.00
329 156 0.04
330 13 0.00
331 1 0.00
332 16 0.00
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334 2 0.00
338 1 0.00
339 43 0.01
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343 809 0.19
344 200 0.05
345 233 0.05
346 51 0.01
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATT
Found at i:198652 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 198267--198814 Score: 507
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
198257 CCATTTTTTA
* * **
198267 AAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * *
198330 ACATTTTTGGTTAAAA-AAAGCTATAATTAAATATCTACCTTGGGGAACATGAAGTAAAAGCCAA
65 ACATGTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACAT
* * * *
198394 CCATTAGCACA-AAAAGTCCATTTATAG-TCACTCA-AGCTTTC
129 TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTTAAC-CATA-CCTTC
* * * * **
198435 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATGAATTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AATCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* *
198500 TACATGTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATAAAGAAAAA-AGCA
64 TACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGA-CA
198564 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATACCTTC
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATACCTTC
*
198606 AAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTT
1 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
********** ** ** *
198671 TTACATNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGATA
63 TTACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACA
* * * *
198736 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATTCCTTC
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATACCTTC
* *
198778 AAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATC
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
198815 TCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 56, Indels: 22
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 28 0.09
169 21 0.07
170 2 0.01
171 118 0.38
172 142 0.46
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATACCTTC
Found at i:199762 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 198969--199977 Score: 824
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
198959 NNNNNNNNTC
** * * *
198969 ATAATTGATTTTAAGCTCAAATTGTTTTGA-ATTTTT-AGTTAAAACATACCATAATTGAATGTC
1 ATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* ** * * **
199032 TAGCTCGAGAAACAT-AATGAAAAAG-ATTTTCATT-AGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCGTCC
63 TACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGCA--TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
199094 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
124 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-A
* * * * *
199142 A-AATTGATTTAAATTTGAATTTCTTGTACAGTTTT-AGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * * * **
199205 ATCTCATGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTAGGGTCACCCATTC
64 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * *
199270 TTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTT
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA
* * * * * * * *
199313 ATAATCGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * * ** *
199378 CTT-GGAAACATGAAG-AAAAGGGTGTGCATTGAAAAGAAAAGTCCATATAGAGTCACTTATTTC
66 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCAT-T-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* *
199441 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-A
* * * * *
199484 A-AATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAGAAA-AGGCTATAATTGATTGTCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA-AAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * ** * ** * * ** **
199547 CCTTAGGGAATGTGAAGCAAAAGCCAACCACTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAAC
65 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
199611 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATTAAT-TA
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTA
* * * * *
199654 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGACTAGAATTGAATGTCGAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
199719 CTTAAGAAACATGAAGGGAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATACCT
66 CTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
199784 TCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATGC-C
130 TC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTA
** * * * * *
199826 ATAATTGATTCGAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
199891 C-TAGACAAACATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCT
66 CTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
199955 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
199978 TTGGCCAAAA
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 141, Indels: 53
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.01
170 152 0.23
171 256 0.38
172 250 0.37
173 4 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA
Found at i:199979 original size:119 final size:121
Alignment explanation
Indices: 199866--200094 Score: 318
Period size: 121 Copynumber: 1.9 Consensus size: 121
199856 TTTTTGGTTG
* * * * *
199866 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGACAAACAT-AAAAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTAGAAAAACATGAAAAAAAAAGACAATCATTGACAAGAA
* *
199929 AAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTTGGCCA
66 AAGCCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTTGGCCA
* * *
199985 AAACAGATTATAATTGAATGTGAACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGACAATCATTGACAAGAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTAGAAAAACATGAAAAAAAAAGACAATCATTGACAAGAA
* * * *
200050 AAGTCTATTTATAGTCACCCGTCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
66 AAGCCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
200095 ATTTAAATTG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 14, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 33 0.35
120 9 0.10
121 52 0.55
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (121 bp):
AAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTAGAAAAACATGAAAAAAAAAGACAATCATTGACAAGAA
AAGCCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTTGGCCA
Found at i:200231 original size:292 final size:291
Alignment explanation
Indices: 199705--200269 Score: 748
Period size: 292 Copynumber: 1.9 Consensus size: 291
199695 AAGAGACTAG
** *
199705 AATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGGGAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
199770 TGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATGCCATAATTGAT
66 AGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTAGATTTAAAAGGTTTTATAATCCCATAATTGAT
* * * *
199835 TCGAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGACAAA
131 TCGAAGCTAAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGACAAA
*
199900 CATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCT
196 CATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
199965 TATTACTCACTTTTTGGCCAAAACAGATTAT
261 TATTACTCACTTTTTGGCCAAAACAGATTAT
199996 AATTGAATGT-GAACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAAGACAATCATTGACAAGAAAAGTCTATT
1 AATTGAATGTCG-ACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAAG-CAATCATTGACAAGAAAAGTCTATT
* * * *
200059 TATAGTCACCCGTCCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCA-ATTTAAATTGG-TTTATAA-CCTCATA
63 TATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACT-AGATTTAAA-AGGTTTTATAATCC-CATA
** * *
200120 ATTGATTTTAAGCTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCT
125 ATTGATTCGAAGCTAAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * * * * * *
200185 CA-AGAAATGTAAAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCTTTT
189 -AGACAAACATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
200249 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
253 AAAAGCCTTATTACTCACTTT
200270 GAATAGTTTT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 29, Indels: 15
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
290 2 0.01
291 78 0.33
292 156 0.66
293 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (291 bp):
AATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
AGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTAGATTTAAAAGGTTTTATAATCCCATAATTGAT
TCGAAGCTAAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGACAAA
CATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTTTGGCCAAAACAGATTAT
Found at i:200427 original size:634 final size:632
Alignment explanation
Indices: 199444--200610 Score: 1395
Period size: 634 Copynumber: 1.8 Consensus size: 632
199434 TTATTTCTTC
* * ** *
199444 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAACTCAAATTGTTT
* * * * * * *
199509 TACTTTTTTGATTAGAAAAGGCTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGGAATGTGAAGCAAAAGCCAA
66 TACTTTTTAGATTAGAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTAAAGCAAAAGCCAA
** * *
199574 CCACTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
131 CCACTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
199639 TGGTCTTATTAATTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGACTA
196 TAGTCTTATTAATTAATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTATACATTTTTCATTAAAAGAGACTA
* * *
199704 GAATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAGGGAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
261 GAATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTA
* *
199769 TTGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAA-AGGTTTTATAATGCC-ATAA-
326 TGGCCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATA-GTTTTATAA--CCTATAAC
199830 T-TGATTCGAAGTTAAAATTTTTT-ACATTTTTGGTT-GAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTAC
387 TGTG-TT-GAAGTT-AAATTTTTTGACATTTTTGGTTAG-AACAGATTATAATTGAATAG-CTAC
199891 CTAGACAAACATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
447 CTAGACAAACATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA-TTATAGTCACCCATTCC-T
199956 CGAAAG-CCTTATTACTCACTTTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGTGAACCTTGAAAAAC
510 CGAAAGCCCTTATTACTCACTTTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGTGAACCTTGAAAAAC
200020 ATGAAGAAAAAAGACAATCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTCCCTTT
575 ATGAAGAAAAAAGACAATCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTCCCTTT
*
200078 AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTGG-TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTCAAATTGT
1 AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAA-TGGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA-CTCAAATTGT
200142 TTTACATTTTTAG-TTA-AAACAGACTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAATGTAAAG-AAAA
64 TTTAC-TTTTTAGATTAGAAA-AGACTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAATGTAAAGCAAAA
** ** * * ** * *
200203 GGTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
126 GCCAACCACTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
200267 TTTGAATAGTTTTA-TAATCTCAA-AATTGATTTAAATTTGAATTGTTTATACATTTTT-AGTTC
190 TTTAAATAGTCTTATTAAT-T-AATAATTGATTTAAAGTTAAATT-TTTATACATTTTTCA-TTA
* * * *
200329 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
251 AAAGAGACTAGAATTGAATGTCGACCTTA-AGAAACATGAAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGA
* *
200392 AAACTCTATTTATGGCCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAA
314 AAACTCTATTTATGGCCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
200456 CCTTATAACTGTGTTTAGGTTGAATTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATAG
379 CC-TATAACTGTGTTGAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATAG
* * ** * * * * * * * * * *
200521 CTGCCTTGGGAAAGATGAAGAAAAGGTGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTATAGTCACTCTTTT
443 CTACCTAGACAAACATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTATAGTCACCCATTC
200586 CTCGAAAGCCCTTATTACTCACTTT
508 CTCGAAAGCCCTTATTACTCACTTT
200611 AAATGGCTGT
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 64, Indels: 45
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
632 9 0.02
633 43 0.10
634 246 0.55
635 140 0.31
636 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (632 bp):
AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAACTCAAATTGTTT
TACTTTTTAGATTAGAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTAAAGCAAAAGCCAA
CCACTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTCTTATTAATTAATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTATACATTTTTCATTAAAAGAGACTA
GAATTGAATGTCGACCTTAAGAAACATGAAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTA
TGGCCACCCATACCTTCAAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAACCTATAACTGTG
TTGAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATAGCTACCTAGACAAA
CATAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTATAGTCACCCATTCCTCGAAAGCCCTT
ATTACTCACTTTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGTGAACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA
AGACAATCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTCCCTTT
Found at i:200454 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 199985--200964 Score: 718
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 169
199975 TTTTTGGCCA
* ** * * * *
199985 AAACAGATTATAATTGAATGTGAACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGACAATCATTGACAAGAA
1 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
200050 AAGTCTATTTATAGTCACCCGTCCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTGGTTTATAAC
65 AAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAC
* * **
200114 CTCATAATTGATTTTAAGCTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTT
129 CTCAAAATTGATTTAAAG-TTGAATT-TTTTACATTTTTAGTT
* ** * **
200157 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCA-AGAAATGTAAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGA
1 -AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * *
200220 AAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAAT
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAC
*
200285 CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTT
129 CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTT
* *
200328 CAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
1 -AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
200393 AACTCTATTTATGGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAACC
65 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * *
200458 TTATAACTGTG-TTT-AGGTTGAATTTTTTGACTTTTTTGGTT
130 TCA-AAAT-TGATTTAAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTT
* * * * * *** *
200499 AGAACAGATTATAATTGAATAG-CTGCCTTGGGAAAGATGAAG-AAAAGGTGTTCATTGGTAAGA
1 A-AACAGACTATAATTGAAT-GTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * *
200562 AAAGTCCA-TTATAGTCACTC-TT-TTCTCGAAAGCCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTGTATA
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT-TCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* *
200624 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATT
127 ACCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TT
* ** * * * * * * * ** *
200668 ATAAAAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAACTTGAAGTAAAAGCCAACCATTGAACAA-A
1 A-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGA
* * ** ** * * ** * *
200732 AAAGTCCATTTGTTGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAAT-GATCTTATGA
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT-A
* *
200796 A-CT-AATAATTTG-TTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTTA-TT
127 ACCTCAA-AA-TTGATTTAAAGTTGAATTTT-TTACA-TTTTTAGTT
* * ** *
200839 AAAACATACTAGAATTTTATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAGAAAAG-TATTCATTGGCAAGA
1 -AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGA-AAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
200903 AAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTTAAAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATGGTTTTA
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
200965 AAATGCCATA
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 132, Indels: 69
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 16 0.02
169 88 0.14
170 74 0.12
171 281 0.44
172 137 0.21
173 39 0.06
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCT
CAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
Done.