Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402264.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5347.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1962
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 151 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:310 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1365 Score: 1219
Period size: 172 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
* * * * * *
1 TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATAATGAGATTAG
1 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** *
66 AAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAACAGACTTTTTTTT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTT
** * *
130 GTTAATGAATGCCTTTTCCTTCA-GATTTCTCAAGGTAAACAT
130 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * *
172 TCGATTATAGTCTAATTTAAGAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTAT
1 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
237 AAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGTTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** *
302 CCAATGAATG-CTTTTTCCTTCA---TGCTTGAGATAGACAT
131 CCAATGAATGCCTTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * * * *
340 TCAATTATAATCTATTTTGACCAAAAATGTTAAACAAATTGAAATTAGAATCAATTTTGAGAGTG
1 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * ** *
405 TTAAGCCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATG-GATTACTGT-AATTAACTTTTT
65 TAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC
*** * *
467 TTGCCAATGAATATATTTTTCTTTACGTTTCTCCAGGTAGACAT
128 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * * *
511 TCAATTATTA-TATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAGTTCAGCTTAAAATCAGTTATGAGATTA
1 TCAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
575 TAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGTTTTTTGAAGGAATGAGTGACCATAAAT-TAGCTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCT
* ** * *
639 T-CTCAATGTATGGATTTTTCTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCAT
129 TGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CAT
* * * * *
682 TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATGTAAAACAATTCAACATAAAATCAACTATGAGATTA
1 TCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
747 TAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACAATAAATAGACTTTTTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
811 TACCAATAAATCCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACAT
129 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * * *
854 TCAACTATAATATCTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAGTA
1 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** *
919 TAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAA-GAGACTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCT
* * *
983 TGTCAATGAATG-CTTTTTCTTTAC-ATTCTTCAAGGTAGACAAT
129 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGAC-AT
* *
1026 T-AACTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
1089 TTAAACTAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AAAAGCAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** *
1153 TGTCAATGAATGCCTTTTTCATCACGTTTCTTAATATACACAT
129 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * *
1196 TCAATTATATTCTATTTTGATAAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATGT-TGAGAT
1 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT-TATGAGAT
* * * *
1260 TATAAAGCCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGAAATTG-GTGACTAT-AATGGACTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * **
1323 CTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGAC
127 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
1366 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 189, Indels: 73
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 61 0.06
169 71 0.07
170 161 0.17
171 278 0.29
172 329 0.34
173 63 0.07
174 4 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
Found at i:1053 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1--1355 Score: 1433
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 507
* * * * * * *
1 TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATAATGAGATTAG
1 TCAACTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
66 AAAACCATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAACAGACTTTTTTTTG
65 AAAACCATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTG
* * * * * *
131 TTAATGAATGCCTTTTCCTTCA-GATTTCTCAAGGTAAACATTCGATTATAGTCTAATTTAAGAA
129 TCAATGAATGCCTTTTTCTACACG-TTTCTCAAGGT-AACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAA
* * * *
195 AAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAATAAT
192 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
259 AAGGTTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCA
255 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTT-CTTCA
* ** * * * * * * *
324 --TGCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACCAAAAATGTTAAACAAATTGAAATTA
319 CTTTCTCAAGATAGACATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTGAAATTA
* * * * *
387 GAATCAATTTTGAGAGTGTTAAGCCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGATTAC
384 AAATCAATTTTGAGAGTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGATGAC
* ** * * * *
452 TGTAATTAACTTTTTTTGCCAATGAATATATTTTTCTTTACGTTTCTCCAGGTAGACAT
449 TATAAAGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * *
511 TCAATTATTA-TATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAGTTCAGCTTAAAATCAGTTATGAGATTA
1 TCAACTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** *
575 TAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGTTTTTTGAAGGAATGAGTGACCATAAATTAG-CTTTTCT
64 TAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA-TAGACTTTTCT
* * ** *
639 TCTCAATGTATGGATTTTTCTACACGTTTCCCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATA
127 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-
* *
704 AAAAAATGTAAAACAATTCAACATAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAA
190 AAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
769 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAATAAATAGACTTTTTTTACCAATAAATCCCTTTTTCTTC
254 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTTC
* * *
834 ACGTTTCTCAATG-TAGACATTCAACTATAATATCTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAAATTGAAC
318 AC-TTTCTCAA-GATAGACATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTGAAA
* * * *
898 TTAAAATCAATTTTGAGAGTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGA
381 TTAAAATCAATTTTGAGAGTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATG-GA
* *
963 -GACTATAAAGAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACA-TTCTTCAAGGTAGACAA
445 TGACTATAAAGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTTACATTTC-TCAAGGTAGAC-A
1025 T
507 T
1026 T-AACTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAACTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
1090 TAAACTAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AAAAGCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-AGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * *
1154 GTCAATGAATGCCTTTTTC-ATCACGTTTCTTAATATACACATTCAATTATATTCTATTTTGATA
128 GTCAATGAATGCCTTTTTCTA-CACGTTTCTCAAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATA
* * * * * * *
1218 AAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATGTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTG
191 AAAAATGT--AAAACAATTCAACTTAAAATCAAT-ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * *
1283 ATAAGGCTTTTAAAGAAATTGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTT
253 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTCTT
1347 CACATTTCT
317 CAC-TTTCT
1356 TGAGGTAGAC
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 125, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 107 0.15
511 149 0.21
512 9 0.01
513 20 0.03
514 305 0.44
515 100 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
TCAACTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
AATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAA
TGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTCTTCACTTTCTC
AAGATAGACATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTGAAATTAAAATCAA
TTTTGAGAGTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGATGACTATAAAG
AACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACAT
Done.