Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402265.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5349.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2379
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Found at i:286 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2379 Score: 2554
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
* * * *
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-ATTGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACAT
* * * * * * **
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65 TCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
130 TAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCATGAG
130 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
172 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTTGTTTC-CTAAGGTAGCCAA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACAT
* ** * * *
236 TCAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCCATTATG-GTATTA
65 TCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* * * *
300 TAAAAACATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTATGGG
129 TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * *
343 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * ** ** * *
408 CAATTCTAATCAATTTTAATAAATGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAAATATGAGATTATA
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
473 AAGCTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGTG
131 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * * * * *
514 TGACTAGAAATAGACTTTTGTTGCCACTAAATATCTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGCTAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * ** * * * **
579 TAATTATTA-CTTATTTTAACGAAAAATGTAAAACAATTCGACTTAAAATTAATTCCGAGATTAT
66 CAATTATTATC-TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
643 AAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGG
130 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * * *
685 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * * * * * * *
750 CAATTATAATATGTTTGAATAAAAAATATTAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATT
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
815 AAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
131 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * * * * *
856 TGAATATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTTTTCATGTTT-TCTAAGTTAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACAT
* * * *
920 TCAATTATTATTTATTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATT
65 TCAATTATTATCT-GTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * *
984 ATAAAAACATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGG
128 ATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * *** *
1028 TGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCCCATTTCTCGAGGTGGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
1093 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
1158 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGG
131 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
1199 AGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACAT
* * * * * * * **
1263 TTAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTTAGTTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
1328 AAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
130 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * * * *
1370 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAAGTAGATATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * ** * *
1435 CAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTGTGAGATTATA
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
1500 AAAA-AATTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCGTGGG
131 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
1540 TGGCTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT-AGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * * *
1604 TCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTA
65 TCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
1668 TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATGAGGGTTTTGAGGGCATGGG
129 TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * *
1711 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCACTGGATATCTTTTTTTTCATGTTTC-CTGAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACAT
* * ** * ** * *
1775 TCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGGTTAT
65 TCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** *
1840 AAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTGTCGG
130 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
1882 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCATCTTGTTTTTTGAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * ** * * * * *
1947 TAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTTAACAAATTCAACTTAAAATCCATTATAAAATTATA
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
2012 AAAATATTTCAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTATGGG
131 AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
2053 TTACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCTTGTTTCTCAAGATAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
2118 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATA
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
2183 AAGCA-ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
131 AA-AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * * *
2224 TGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGATATA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * *
2289 CAATTATAAACTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAA-TCTAATTTAAAATCAATTATAAGATTAT
66 CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
2352 AAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
130 AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
Statistics
Matches: 1826, Mismatches: 358, Indels: 49
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 198 0.11
171 1477 0.81
172 145 0.08
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
CAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
Done.