Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402279.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5361.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10800
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 2736 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1401 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 852--2123 Score: 919
Period size: 343 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
842 NNNNNNNNNN
* *
852 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAATCTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGCTTATAAAA
** * * * **********
917 TCATTTAAACTTATTAATATGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAA
65 AAATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCAA
* * * *
982 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTGTCA-AGGTAGAAATTCAATTATATTCTACTTTAATTAAAAA
129 TGGATATCTTTTTCTTCATG-TT-TCAGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAA
* *
1046 TGA-AAGAAAATTCAACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
192 T-ATAA-AAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
********** * * * * * * *
1110 CNNNNNNNNNNATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTTTTACCGATGGATGTCTTTTTCTTCATGT
255 CTTTCGAAGGTACGGGTGACTATAAATGGA-TATTTCTTACCAATGAATATATTTTCCTTCATGT
* *********
1174 TTCTC-ANNNNNNNNNNTCA
319 TTCCCGA-GAAAGGTTTTCA
* *
1193 ATTATAACCTGTTTCAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGCTTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAAT--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGCTTATAA
* * *
1258 AAAAATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTGTTCTTGCC
63 AAAAATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCC
* *
1323 AATGGATAACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
127 AATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCA-GAGGTAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * *
1388 ATATATAAAAATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA-TCAAGTAATAAG
191 ATATA-AAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAG
* *
1452 GCTTTCGAAGGTACGGGTGACTGTAAATGGATATTTCTTGCCAATGAATATATTTTCCTTCATGT
254 GCTTTCGAAGGTACGGGTGACTATAAATGGATATTTCTTACCAATGAATATATTTTCCTTCATGT
*
1517 TTCCCGAGAAAGGTTTTTA
319 TTCCCGAGAAAGGTTTTCA
* * ** * * *
1536 ATTTTAATCTGTTTTAGTTAAAAATGTAAAAAAATTTTACCTAAAGGCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGCTTATAAA
* * **
1601 AATATTTAAAGC-GAGTAATAAGGTTTTCAAGGTTTGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCA
64 AAAATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCA
* * * * * * *
1665 ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTGTAATTTGTTTGAATAAAAAA
128 ATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CAGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAA
** * * * *
1730 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGC
192 TAT-AAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * ********** * * * * **
1795 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTT
256 TTTCGAAGGTACGGGTGACTATAAATGGATATTTCTTACCAATGAATATATTTTCCTTCATGTTT
* * ** *
1860 CTCTAGGTAGGCATTT-A
321 CCCGAGAAAGG-TTTTCA
* * * ********* *
1877 ATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAATTATGAGCTTATAAA
** * * * * * *
1942 ACTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGATGACTATGAAGAGACTTTTCTTGCT
64 AAAATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCC
* * * *
2006 AAAGGATATATTTTT-TTCCATGTTTCTTGAGGTA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATACA
127 AATGGATATCTTTTTCTT-CATGTTTC-AGAGGTAGAA-ATTCAATTATAATCTATTTTAATA-A
* * * * * *
2069 AAATTATAAAAAAACTCTACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TCATTTAAA
188 AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACT-ATTTAAA
2124 CCAAATAATA
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 160, Indels: 46
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 290 0.39
342 146 0.20
343 307 0.41
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
ATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGCTTATAAAAA
AATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCAATG
GATATCTTTTTCTTCATGTTTCAGAGGTAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATA
AAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
AAGGTACGGGTGACTATAAATGGATATTTCTTACCAATGAATATATTTTCCTTCATGTTTCCCGA
GAAAGGTTTTCA
Found at i:1462 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 753--2144 Score: 1004
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
743 NNNNNNNNNN
* * * **
753 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
* ** ********** *
818 CCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGNNNNNNNNNNATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATCTAAAA
66 TCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* *
882 AACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAA-TCATTT
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT
* * * * **********
923 AAA-CTTATTAATATGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGGAT
1 AAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * * ** *
987 ATCTTTTTCTTCACGTTTGTCAAGGTAGAAATTCAATTATATTCTACTTTAATTAAAAATGA-AA
65 ATCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAA
* ** * *
1051 GAAAATTCAACTTAAACCCAATTATGAGATTACAAAATTATTT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ********** * * * *
1094 AAAGTGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCGATGGATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
* ********* * * *
1159 TCTTTTTCTTCATGTTTCTCANNNNNNNNNNTCAATTATAACCTGTTTCAATAAAAAAATGTAAA
66 TCTTTTTCTTCATGTTTCTGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAA
* * **
1224 AAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGCTTATAAAAAAATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* *
1266 AAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGGAT
1 AAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * *
1330 AACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATATA
65 ATCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * * *
1395 AAAATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * *
1437 AAATCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTACGGGTGACTGTAAATGGA-TATTTCTTGCCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGAT
* * * ** *** * * * * *
1501 ATATTTTCCTTCATGTTTCCCGAGAAAGGTTTTTAATTTTAATCTGTTTTAGTTAAAAATGTAAA
65 ATCTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
** * ** *
1566 AAAATTTTACCTAAAGGCAATTATGAGATTATAAAAATATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ** * * *
1608 AAAGCGAGTAATAAGGTTTTC-AAGGTTTGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCAATGAATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * * *
1672 TCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTGTAATTTGTTTGAATAAAAAATATAAAA
66 TCTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* *
1737 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAGTATAAAACTATTT
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ********** *
1778 AAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCCCAATGGATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
** * * * *
1843 TCTTTTTCTTCACATTTCTCTAGGTAGGCATTTAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
66 TCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* **********
1908 TAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACTATTT
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * *
1949 AAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGATGACTATGAA-GAGACTTTTCTTGCTAAAGGAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * *
2013 ATATTTTT-TTCCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATACAAAATTATA
65 ATCTTTTTCTT-CATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATATA
* * *
2077 AAAAAACTCTACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TCATTT
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT
* * * *
2121 AAACCAAATAATAAGGCTTCCGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
2145 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 278, Indels: 42
0.74 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 222 0.24
171 511 0.55
172 185 0.20
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
TCTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
Found at i:1879 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1192--2144 Score: 971
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
1182 NNNNNNNNTC
* * * * *
1192 AATTATAACCTGTTTCAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGCTTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAGCAATTATGAGATTATA
* * * * *
1257 AAAAAATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTGTTCTTG
64 AAAATATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTG
* * *
1321 CCAATGGATAACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
128 CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * * *
1386 AAATATATAAAAATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAATCAAGTAATAA
193 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * **
1451 GGCTTTCGAAGGTACGGGTGACTGTAAATGGATATTTCTTGCCAATGAATATATTTTCCTTCATG
258 GGCTTTCGAAGGCACGGGTGACTATAAATGGATATTTCTTCCCAATGAATATATTTTCCTTCACA
**
1516 TTTCCCGAGAAAGGTTTTT
323 TTTCCCGAGAAAGGCATTT
* * * **
1535 AATTTTAATCTGTTTTAGTTAAAAATGTAAAAAAATTTTACCTAAAGGCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA-GCAATTATGAGATTATAA
* **
1600 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTC-AAGGTTTGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCC
65 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCC
* ** * * *
1664 AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTGTAATTTGTTTGAATAAAAA
130 AATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * *
1729 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGG
195 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* ********** * * *
1794 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATT
260 CTTTCGAAGGCACGGGTGACTATAAATGGATATTTCTTCCCAATGAATATATTTTCCTTCACATT
* * **
1859 TCTCTAGGTAGGCATTT
325 TCCCGAGAAAGGCATTT
* * * *********
1876 AATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-CTAAAGCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
1941 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGATGACTATGAAGAGACTTTTCTTGCT
65 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCC
* * * *
2006 AAAGGATATATTTTT-TTCCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATACAA
130 AATGGATATCTTTTTCTT-CATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AA
* * * * *
2070 AATTATAAAAAAACTCTACTTAAAATCAATTATGAG-GTTATAAAA-TCATTTAAACCAAATAAT
193 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAG-TATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAAT
*
2133 AAGGCTTCCGAA
256 AAGGCTTTCGAA
2145 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 106, Indels: 16
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 276 0.56
342 140 0.28
343 80 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAGCAATTATGAGATTATAAA
AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCA
ATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGCACGGGTGACTATAAATGGATATTTCTTCCCAATGAATATATTTTCCTTCACATTT
CCCGAGAAAGGCATTT
Found at i:3356 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2923--3912 Score: 858
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
2913 NNNNNNNNNA
* *
2923 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* * ****
2988 GCATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGCCTTCGANNNN
66 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
****** * *
3052 NNNNNNAGTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGG
131 CTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
* * * *
3093 GTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGA-T-T-ATTGAATGTGTACCTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* *
3154 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTC-ATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
66 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
3218 CTTATTAGTAATTTTTACATGGTTTTGGAATCTCATAATTGG
131 CTTATTACT-A-CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
* * *
3260 GTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAGGTGTACCTCGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* * * * * * * *
3325 ACGTTAAGAAAAAGATATCCCTTGACAAGAAAAGTTC-ATGTATCGTCACTCATGTCTTTGAAAG
66 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-TCAATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
3389 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGT
130 CCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
* * * * * * * *
3431 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTTTATTTAAACAGATTCTAATTGAATATCTACTTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* ** ** * * ** * *
3496 ACGTGAAGAAAAAGCGA-CTCATT-GCTTGGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCTATGCATTCGAAA
66 ACATGAAGAAAAAGATATC-CATTGGC-AAGAAAAGTCAATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
3559 GCCATATTACT-CGATTTAAATGATTTTATAACCTTATAATTGA
129 GCCTTATTACTAC--TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
* * * *
3602 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTT-TCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
1 TTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTAT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAG
* * * * *
3666 AAACATGAAGAAAAA-AAATCTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATTA-TCACCCATGCCTTTGGA
64 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATGTA-TAGTCACCCATGCCTTCGAA
* *
3729 AGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGG
128 AGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
* ********* * * *
3773 TTTTCAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTGTTATT-AAACTATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG
1 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAG
* * * * *
3837 AAACATGAAAAAAAAGATATCCATCT-GCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGGCTTTGAA
64 AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT-TGGCAAGAAAAGTCAATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
3901 AGCCTTATTACT
128 AGCCTTATTACT
3913 CGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 130, Indels: 49
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 54 0.08
167 65 0.10
168 24 0.04
169 25 0.04
170 21 0.03
171 330 0.50
172 144 0.22
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCAATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
Found at i:5896 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5616--6095 Score: 491
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
5606 NNNNNNNNNN
** * * *
5616 ATTTTAAGTTGAGTTTTTGCACATTTTTATTAAAACAGATTATAATAGAATGTGTACCTCAAGAA
1 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
* * * * *
5681 ACGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGAAATTAAAA-TCCATTTATAGGCACCCATACCTTTGAAAG
66 ACGTGAAGAAAAAGATATCT-TTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG
* * * *********
5745 CCTTATTATTTGGTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCATAATTG
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATACTCTCATAATTG
* *
5786 ATTTTAAGTCGAGTTTTTTTACATGTTTTATTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
* * * * *
5851 AACATGAAGGAAAAGATATCCTTTAGTAAGAAAAGTCTC-TTTATAGTCATCCATGCCTTTGGAA
65 AACGTGAAGAAAAAGATAT-CTTTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
5915 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTG
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTG
* * * * * * *
5957 ATTCTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGCTTACAT-AGAG
1 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCA-AG
* * * *
6021 AAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
64 AAACGTGAAGAAAAAGATA-TCTTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
6086 GCCTTATTAC
128 GCCTTATTAC
6096 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 47, Indels: 17
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 27 0.11
171 221 0.87
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
ACGTGAAGAAAAAGATATCTTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTG
Found at i:6657 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6273--7722 Score: 574
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
6263 NNNNNNNAAA
* * * * * *
6273 TCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATACTCTTA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* * * * * *
6338 TAATT-CATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TTATTCAAACATATTACAATTGAATGTCT
66 TAATTGC-TTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTATTA-T--AACATATTAAAATTAAAAGCCT
* * *
6401 ACCTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGCATAG
127 ACCTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTGGCAAGAAAAG
** * * *
6445 TCCATTTGTAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
**
6510 TAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTATTATAACAGT-TTAAAATTAAAAGCCTTTC
66 TAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTATTATAACA-TATTAAAATTAAAAGCCTACC
* *
6574 TC-GAGAAACATGAAGGAAAAGATAATCATTGGTAAGAAAAG
130 TCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTGGCAAGAAAAG
*********** **
6615 TCCATTTACAGTCACNNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
6680 CAATTGATTTTAGGTAAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATA-TTTTTATTATAACATATTAAAATTAAAAGCCTACC
* * * * * *
6745 T-TGAGAAATATAAAGAAAATA-CT-ATCCATCGACAAAAAAAG
130 TCTG-GAAACATGAAGAAAA-AGATAAT-CATTGGCAAGAAAAG
* * ** * ********** * *
6786 TCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTTGAGAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGATTTTATAAGCTC
1 TCCATTTACAGTCACCCA-CGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTC
** * ** * * * * *
6850 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTT-TT-TAAAATAGGTTATAATTAAATGTCT
65 ATAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATATT-TTTATTATAACATA--TTAAAATTAAAAGCCT
* * * *
6913 ACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATCCATCGACAAGAAAAG
127 ACCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATAAT-CATTGGCAAGAAAAG
* ** * * * * *
6957 TCTATTTATTGTCACCCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* ** ** * * * * * ** * * * *
7022 TAGTTGGC-TTTAAATTGAATATTTTTATATTTTTTATCAAAACAGAATATTATTGAATGTCTGC
66 TAATT-GCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATA-TTTTTATTATAACATATTAAAATTAAAAGCCTAC
* *
7086 CT-TGAGAAACATGAAGAAAAA-A-AATCCATTGGAAAGAAAAA
129 CTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATAAT-CATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * * * *
7127 TCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGGAAGCCTTATTATTTGGTTTAAATTATTTTATAACCTCA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* * ** * * * **
7192 TAATTGATTTTAAGTCGAGTTTTTTTATATTTTTTATTA-AAGCATATTATAATTGAACA-TTTA
66 TAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATA-TTTTTATTATAA-CATATTAAAATT-AAAAGCCTA
** * * *
7255 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAG
128 CCTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTGGCAAGAAAAG
* ********** * * * ** *
7298 TCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* ** * * * * * * *
7363 TAATTGGC-TTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATT-TAAAATGATTATAATTGAATGTCTA
66 TAATT-GCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATA-TTTTTATTATAACAT-ATTAAAATTAAAAGCCTA
* * ** * *
7426 CCTTTAGAAACGCGAAGAAAAATAT-ATCCATTGGTAAGAAAAG
128 CCTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATAAT-CATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * * * *
7469 TCCATTTATAGTAACACATGTCTTCAAAAGCATTATTGCCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCN
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
********* * * * * *
7534 NNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TTATTCAA-ATAGATTACAATTGAATA-TC
66 TAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTATTA-T-AACAT--ATTAAAATT-AAAAGCC
* * * * ** *
7596 T-CTCTCGGGAAACATGATGAAAAATATACTCATTGGTGAGAATAG
126 TAC-CTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTGGCAAGAAAAG
** * * * * *
7641 TTTATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* *
7706 TAATTACCTTTAGGTAA
66 TAATTGCTTTTAGGTAA
7723 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 280, Indels: 78
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
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173 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCA
TAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTATTATAACATATTAAAATTAAAAGCCTACCT
CTGGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTGGCAAGAAAAG
Found at i:6877 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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6263 NNNNNNNAAA
* * * * * *
6273 TCCATTTATAGTCACACAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATACTCTT
1 TCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * * *
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* * * * ** *
6402 CCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGCATAG
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* * ** * * *
6445 TCCATTTGTAGTCACCCA-CGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCT
1 TCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCT
* * ** * * * * * * *
6508 CATAATTGCTTTTAGGTAAAATTTTTTTATA-TTTTTATTATAACAGTTTAAAATTAAAAGCCTT
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * ** *
6572 TCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGATAAT-CATTGGTAAGAAAAG
129 CCTTGAGAAACATGAA-GAAAA-A-CATCCATCGACAAAAAAAG
* *********** * *
6615 TCCATTTACAGTCACNNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * ** * * *
6680 CAATTGATTTTAGGTAAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* *
6745 TTGAGAAATATAAAGAAAATACTATCCATCGACAAAAAAAG
131 TTGAGAAACATGAAGAAAA-AC-ATCCATCGACAAAAAAAG
********** *
6786 TCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTGAGAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGATTTTATAAGCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * * *
6851 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTT-TTAAAATAGGTTATAATTAAATGTCTAC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* *
6915 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATCGACAAGAAAAG
130 CTTGAGAAACATGAAG-AAAA-ACATCCATCGACAAAAAAAG
* * * * * *
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1 TCCATTTATAGTCACCCATAGC-TTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCT
* ** * * * * *
7020 CATAGTTGGCTTTAAATTGAATATTTTTATATTTTTTATCAAAACAGAATATTATTGAATGTCTG
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* *
7085 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAATCCATTGGA-AAGAAAAA-
129 CCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACATCCA-TCGACAA-AAAAAG
* * * * *
7127 TCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCG-GAAGCCTTATTATTTGGTTTAAATTATTTTATAACCT
1 TCCATTTATAGTCACCCATAGCTTT-GAG-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * * ** * *
7190 CATAATTGATTTTAAGTCGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCATATTATAATTGAACATTTA
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
** * * * * *
7255 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT-TAGCAAGAAAAG
129 CCTTGAGAAACATGAAG-AAAA-ACATCCATCGA-CAAAAAAAG
*********** * * * * * *
7298 TCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
** * * * *
7363 TAATTGGCTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTTAAAA-TGATTATAATTGAATGTCTAC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* ** * * ** *
7427 CTTTAGAAACGCGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAG
130 CTTGAGAAACATGAAG-AAAA-ACATCCATCGACAAAAAAAG
* * ** * * * *
7469 TCCATTTATAGTAACACAT-GTCTTCAAAAGCATTATTGCCCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCT
1 TCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCT
7532 C
64 C
7533 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 232, Indels: 63
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 271 0.33
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172 98 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
TTGAGAAACATGAAGAAAAACATCCATCGACAAAAAAAG
Found at i:7127 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7101--7132 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
7091 GAAACATGAA
7101 GAAAAAAAATCCATTG
1 GAAAAAAAATCCATTG
7117 GAAAGAAAAATCCATT
1 GAAA-AAAAATCCATT
7133 TATAGTCACC
Statistics
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0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.56, C:0.12, G:0.12, T:0.19
Consensus pattern (16 bp):
GAAAAAAAATCCATTG
Found at i:7276 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6273--7480 Score: 922
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
6263 NNNNNNNAAA
* * ** * * *
6273 TCCATTTATAGTCACACAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATACTCTT
1 TCCATTTATAGTCAC-CCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
*** * * * * * *
6337 ATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTCAAACATATTACAATTGAATGTCTA
65 ATAATTGGCTTTAAGTTGAATATTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * * *
6402 CCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGCATAGTCCATTTGTAGTCACCCA-CG
129 CCT-TGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATAG
** * * * * * * * ** * **
6465 CCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTAAAA
192 -CTTTGAGAGCCTTATTATTTGGTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTCGAA
* * * * * * * ** * * *
6529 TTTTTTTATATT-TTTATTATAACAGTTTAAAATTAAAAGCCTTTCTCGAGAAACATGAAGGAAA
255 TTTTTTTACATTCTTTTTTAAAATAG-TTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* *
6593 AGATAAT-CATTG-GTAAGAAAAG
319 AGA-CATCCA-TGAGCAAGAAAAG
* *********** *
6615 TCCATTTACAGTCACNNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * * * * * *
6680 CAATT-GATTTTAGGTAAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGC
66 TAATTGGCTTTAAGTTGAATA-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
6744 CTTGAGAAATATAAAGAAAATACTATCCA-TCGACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG
130 CTTGAGAAACATGAAGAAAA-AATATCCATTGGA-AAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATAG
********** * *
6807 CTTTGAGAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
192 CTTTGAGAGCCTTATTATTTGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTCGAATT
**
6872 TTTTTACATTCTTTTTTAAAATAGGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
257 TTTTTACATTCTTTTTTAAAATA-GTTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
6937 ACATCCATCGA-CAAGAAAAG
321 ACATCCAT-GAGCAAGAAAAG
* * *
6957 TCTATTTATTGTCACCCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * * *
7022 TAGTTGGCTTTAAATTGAATATTTTTATATTTTTTATCAAAACAGAATATTATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGGCTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
*
7087 TTGAGAAACATGAAGAAAAAAAATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTT
131 TTGAGAAACATGAAGAAAAAATATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATAGCTTT
* * *
7151 CG-GAAGCCTTATTATTTGGTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTCGAGTTTT
196 -GAG-AGCCTTATTATTTGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTCGAATTTT
*
7215 TTTATATT-TTTTATTAAAGCATA-TTATAATTGAACAT-T-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
259 TTTACATTCTTTT-TTAAA--ATAGTTATAATT-AA-ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * *
7276 AGATATTCATTAGCAAGAAAAG
319 AGACATCCATGAGCAAGAAAAG
********** * * *
7298 TCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * * *
7363 TAATTGGCTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTTAAAA-TGATTATAATTGAATGTCTAC
66 TAATTGGCTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* ** * *
7427 CTTTAGAAACGCGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
130 CTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGT
7481 AACACATGTC
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 157, Indels: 52
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TCCATTTATAGTCACCCTCGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
TAATTGGCTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
TTGAGAAACATGAAGAAAAAATATCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATAGCTTT
GAGAGCCTTATTATTTGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTCGAATTTTTT
TACATTCTTTTTTAAAATAGTTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATC
CATGAGCAAGAAAAG
Found at i:9407 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9106--10800 Score: 1242
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 171
9096 NNNNNNNNAG
*** * ** * *
9106 AGCCTTATTACTTGGTTTAAAT-GATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAA-TTTTTTT
* * * ** * * * *
9170 ATATATATTT-TTAAAATAGATTATAATAAAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAATAT
64 ACAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
** *
9234 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCC-TCACCTTCGAA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAA
* * * * *
9278 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAGCTGGGTTT-AAGTTGAATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTA
* ** * * * *
9342 CATTTTTTGTTAAAACAGAAAATTATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGATATCC
65 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * *
9407 ATTGGAAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
** * * *
9449 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * * *
9514 ATTTTTTATTAAAGCA-AGTTATAATTGAATGTATGCC-TAAAAAATGGTGAAGAAAGAGATATC
66 ATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGATATC
* * * * *
9577 CATTGGCAAGAAAAGACTATTTATTGTCACTCATGCCTTCGAA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
* * * *
9620 AGCCTTATTAATCAGTTTAAAT-GATTTTATAAGCTCATAATGGATTTGAAGTTAAATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
9684 TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTGTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
65 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * * *
9749 ATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGCGTTCGGA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
* * * * *
9791 AGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTGTAATCTCGTAATTAGG-TTT-AAGTTGAA-TTTTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-T-GGATTTCAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
9853 ACTTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAGGTGTACCTTGAGAAACGCGAAGAAAAGGATATC
64 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
* * *
9918 CATTGGCAAGAAAAG-CCGTTTTATAGTCACCCATACCTTTGAN
129 CATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
********* * * ** * * *
9961 NNNNNNNNNACTCACTTTAAAT-GATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * * * * **
10025 C-GTTTTTACTT-AAACAGATTCTTATGGAATGTTTA-CTTCAAGAAATGTGAAGAAAATGCCAT
65 CATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * * * *
10087 TCATTGG-AAGGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTGGAA
128 CCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
* ** * *
10131 AGCCTTATTACTCGA-TTTAAAT-GATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTT
** * * * *
10194 TTATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGTAGAAGATATC
64 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
* * ***
10259 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGTTTTCGAA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
** * * * * * *********
10302 AGATTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAANNNNNNNNN
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * * *
10367 NTTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATTTCCA
66 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
* * * *******
10432 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCNNNNNNN
131 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
*** * * * ** * *
10473 NNNCTTATTAATCAGTTTAAAT-GATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * * * *
10537 TATTTTATATTAAAACAGATTATTATTGAATGTATTCCTCGAGAAACATGAAGAAAACG-TATCC
65 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * *
10601 ATTGACAACAAAAGT-CATTTATAATCACCCATGCCTTC-AA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
* * * * * * * *
10641 TAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATATGATAATTGGGTTT-AAGTTGAATCTTTTT
1 -AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TGGATTTCAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
10705 ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCTCT-AGAAACATGAAGTAAAAGATAT
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10769 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
Statistics
Matches: 1208, Mismatches: 279, Indels: 73
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 121 0.10
170 308 0.25
171 718 0.59
172 54 0.04
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
Found at i:10244 original size:511 final size:505
Alignment explanation
Indices: 9106--10800 Score: 1639
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 505
9096 NNNNNNNNAG
* * *
9106 AGCCTTATTACTTG-GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTT
1 AGCCTTATTACTCGACTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTT
* * ** * * *
9170 ATATATATTT-TTAAAATAGATTATAATAAAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAATAT
65 ATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
** * * *
9234 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCC-TCACCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
129 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * **
9298 ATAGTTTTGTAATCTCATAGCTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAAA
193 ATAGTTTTGTAATCTCATA-ATTGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT
* * * * **
9363 ATTATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAATCTATTT
257 ATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGCCT-TTT
* ** * *
9428 ATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
321 ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAA
* * * * *
9493 TTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCA-AGTTATAATTGAATGTATGCCT-AAAA
386 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAA-CAGA-TTATTATTGAATGT-TTCCTCAAGA
* * *
9556 AATGGTGAAGAAAGAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATTGTCACTCATGCCTTCGAA
447 AAT-GTGAAGAAA-AG-TATCCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAA
* * ** *
9620 AGCCTTATTAATC-AGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATGGATTTGAAGTTAAATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCGACTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * *
9684 TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTGTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
66 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * *
9749 ATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGCGTTCGGAAGCCATATTACTCACTTTAAATA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
9814 ATTTTGTAATCTCGTAATTAGGTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTATTAAAATAGATTATA
196 GTTTTGTAATCTCATAATT-GGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATA
* ** *
9878 ATTGAAGGTGTACCTTGAGAAACGCGAAGAAAAGGATATCCATTGGCAAGAAAAGCCGTTTTATA
260 ATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGCC-TTTTATA
* ********** *
9943 GTCACCCATACCTTTGANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTT
324 GTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTT
* * * * *
10008 TAAGTTGAGTTTTTTTACGTTTTTACTTAAACAGATTCTTATGGAATGTTTACTTCAAGAAATGT
389 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAACAGATTATTATTGAATGTTT-CCTCAAGAAATGT
* * * *
10073 GAAGAAAATGCCATTCATTGGAAGGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTGGAA
452 GAAGAAAA-G-TATCCATTGGAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAA
* * *
10131 AGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
1 AGCCTTATTACTCGACTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
10195 TATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGTAGAAGATATCC
66 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * ** ** * *
10260 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGTTTTCGAAAGATTTATTGCTCACTTTAAATG
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * ********** *
10325 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTTTTTATTAAAATAAATTATA
196 GTTTTGTAATCTCATAATTG-GTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATA
* * * *
10390 ATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATTTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
260 ATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-CCTTTTATA
* * ********** * * *
10455 ATCACTCATGCNNNNNNNNNNCTTATTAATCAGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTT
324 GTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTT
* * **
10520 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTATATTAAAACAGATTATTATTGAATGTATTCCTCGAGAAACA
389 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TATT-AAACAGATTATTATTGAATGT-TTCCTCAAGAAATG
* * * *
10585 TGAAGAAAACGTATCCATTGACAACAAAAGTC-ATTTATAATCACCCATGCCTTCAA
451 TGAAGAAAA-GTATCCATTG-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAA
* * * ** * *** * *
10641 TAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTGTAATATGATAATTGGGTTTAAGTTGAATCTTTTT
1 -AGCCTTATTACTCGACTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
10705 ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCTCT-AGAAACATGAAGTAAAAGATAT
65 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
10769 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 186, Indels: 47
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 8 0.01
511 413 0.42
512 317 0.33
513 183 0.19
514 52 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (505 bp):
AGCCTTATTACTCGACTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
GTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
TTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGCCTTTTATAGT
CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAACAGATTATTATTGAATGTTTCCTCAAGAAATGTGAAG
AAAAGTATCCATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAA
Found at i:10794 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 9120--10800 Score: 1699
Period size: 682 Copynumber: 2.5 Consensus size: 677
9110 TTATTACTTG
**
9120 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTTATATATATTT-TTAA
1 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATAT-T-TTTATTAA
** * * * *
9184 AATAGATTATAATAAAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGATAAGAAAA
63 AATAGATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGTATCCATTGACAAGAAAA
* *
9249 GTCCATTTATTGTCACCC-TCACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTGTAATC
127 GT-CATTTATAGTCACCCAT-ACCTTC-AAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTGTAATC
** * * ** *
9312 TCATAGCTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAAAATTATTGAATGTGT
188 TCATAATTGGGTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATTATTGAATGTTT
* * *
9377 GCCT-TGAGAAACATGCAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCATG
252 GCCTCT-AGAAACATGAAG-AAAAGATATCCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
9441 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAT
314 CATTGGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAGTTAAAT
* * * *
9506 TTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAAGTTATAATTGAATGTATGCCTAAAAAATGGTGAAGAAAGA
379 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAGATATAATTGAATGTATACCTAAAAAATCGTGAAGAAAGA
* * ** * * *
9571 GATATCCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAGT
444 GATATCCATTAGCAAGAAAAGACCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTATTAATCACT
*
9636 TTAAATGATTTTATAAGCTCATAATGGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
509 TTAAATGATTTTATAACCTCATAATGGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * *
9701 TATTATAATTGAATGTGTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
574 AATTATAATTGAATGTGTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
9766 ATGTATAGTCACCCATGCGTTCGGAAGCCATATTACTCA
639 ATGTATAATCACCCATGCGTTCGGAAGCCATATTAATCA
* * * * * ** *
9805 CTTTAAATAATTTTGTAATCTCGTAATTAGGTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTATTAAAA
1 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTATTAAAA
* * ** * * *
9869 TAGATTATAATTGAAGGTGTACCTTGAGAAACGCGAAGAAAAGGATATCCATTGGCAAGAAAAGC
65 TAGATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATCCATTGACAAGAAAAGT
* * ********** * * * * *
9934 CGTTTTATAGTCACCCATACCTTTGANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAA
129 C-ATTTATAGTCACCCATACC-TTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
*** * * * * * *
9999 AATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTT-TACGTTTTTACTT-AAACAGATTCTTATGGAATGTTTACT
192 AATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAACAGATTATTATTGAATGTTTGCC
* ** ** * *
10062 TCAAGAAATGTGAAGAAAATGCCATTCATTGGAAGGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATT
255 TCTAGAAACATGAAGAAAA-GATATCCATTGGAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATT
* *
10127 GGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
318 GGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAGTTAAATTTTT
** * * * *
10192 TTTTATTTTTTATTAAAAC-AGAATATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-CGTGAAG-TAGAAG
383 TTACATTTTTTATTAAAACAAG-ATATAATTGAATGTATACC-TAAAAAATCGTGAAGAAAG-AG
* ** * **
10254 ATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGTTTTCGAAAGATTTATTGCTCACTT
445 ATATCCATTAGCAAGAAAAGACCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTATTAATCACTT
* * * ********** *
10319 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTTTTTATTAAAATAA
510 TAAATGATTTTATAACCTCATAATGGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAA
* * *
10384 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATTTCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
575 ATTATAATTGAATGTGTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ********** *
10449 TTTATAATCACTCATGCNNNNNNNNNNCTTATTAATCA
640 TGTATAATCACCCATGCGTTCGGAAGCCATATTAATCA
10487 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTATATTAAAA
1 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TATTAAAA
* * * * * *
10552 CAGATTATTATTGAATGTATTCCTCGAGAAACATGAAGAAAACGTATCCATTGACAACAAAAGTC
65 TAGATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
10617 ATTTATAATCACCCATGCCTTCAATAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATATGATAA
130 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAA-AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
* * *
10682 TTGGGTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCTCT
194 TTGGGTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATTATTGAATGTTTGCCTCT
*
10747 AGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
258 AGAAACATGAAG-AAAAGATATCCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
Statistics
Matches: 778, Mismatches: 195, Indels: 49
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.00
681 66 0.08
682 494 0.63
683 177 0.23
684 5 0.01
685 33 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (677 bp):
GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATCCATTGACAAGAAAAGTCA
TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
GGGTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATTATTGAATGTTTGCCTCTAGA
AACATGAAGAAAAGATATCCATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTGGAAAGCC
TTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTT
TTTATTAAAACAAGATATAATTGAATGTATACCTAAAAAATCGTGAAGAAAGAGATATCCATTAG
CAAGAAAAGACCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTATTAATCACTTTAAATGATTTT
ATAACCTCATAATGGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGA
ATGTGTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAATCAC
CCATGCGTTCGGAAGCCATATTAATCA
Done.