Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402291.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5373.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 634
Length: 1058
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Found at i:287 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1058 Score: 1082
Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
* * *
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTTTTAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
* * *
66 GATTTTAAGTTTAAATTTATTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCG
66 GATTTTAAATTTAAATTT-TTT-TAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
130 AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCTTTGGTAGGAAAAG-CTCAT
129 AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CAT
* * * *
173 TTATAGTTACCGATT-CTTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
*
237 TG-TTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
65 TGATTTTAAATTTAAATTTTTT-TA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
301 AAGAAACATGAAGAAAATGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
128 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * * * * *
345 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAAACTTAGTACTCGCTATAAA-AGGTTTTGTAATATCATATT
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
409 TGATTTT-AAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
65 TGATTTTAAATTTAAATTTTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
** * * *
473 AGAAATGTCAAGAAAAAAG-CATTTATTGGTAAGAAAAGTCCAT
129 AGAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
516 TTATAGTCGCTCATTGCTCCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * *
581 GATTTTAAGTTCAAAGTTATTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAACTTGA
66 GATTTTAAATTTAAATTTTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * *
646 GAAACATGAAG-AAAAGTATATTCATTGGCAATAAAAGTTCAT
130 GAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
688 TTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGTCTTAGTACTCACTGTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * ** *
752 TGATTTT-AAGTTGAA-TTGTTTATATTTTTGGTTAAAGTAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG
65 TGATTTTAAATTTAAATTTTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
** * * * *
815 AGAAATGTCAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTAT
129 AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
858 TTATAGTCACCCATTGCTTCGAAAGCCTCATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * **
923 AATTTTAAGTTCAAATTTATTTGT-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGTTTC
66 GATTTTAAATTTAAATTT-TTT-TAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTC
*** *
987 -AGAAGTGTGAAGAAAAAAG-CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCAT
128 GAGAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
1030 TTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTT
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 142, Indels: 42
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 134 0.19
171 161 0.22
172 411 0.57
173 16 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAATTTAAATTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:720 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1--1054 Score: 1275
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 342
* * * * * * * *
1 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAGTTTTAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAGTACTCACTATAAA-AGGTTTTATAATATCATAAT
* *
65 TGATTTTAAGTTTAAATT-TATTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCT
65 TGATTTTAAG-TTGAATTGT-TTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * * * *
128 CGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCT-TTGGTAGGAAAAG-CTCATTTATAGTTACCGATT-CT
127 CGAGAAATGTCAAGAAAAAGACATT-TATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACC-ATTGC-
* * * * **
190 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATTTGAATT
188 TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATT
* * *
254 TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAT
253 TATT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAACATGAAGAAAA-
*
319 GTCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
316 GTATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
345 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAAACTTAGTACTCGCTATAAAAGGTTTTGTAATATCATATTT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAGTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATATCATAATT
* *
410 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* *
475 AAATGTCAAGAAAAA-AGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTGCTCCAAA
131 AAATGTCAAGAAAAAGA-CATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTGCTTCAAA
*
539 AGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTATTTA
194 AGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTA
* * *
604 CATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAGTATATTC
259 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAACATGAAGAAAAGTATATTC
* *
669 ATTGGCAATAAAAGTTCAT
324 ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
688 TTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGTCTTAGTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAGTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATATCATAATT
* ** *
753 GATTTTAAGTTGAATTG-TTTATATTTTTGGTTAAAGTAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * * *
817 AAATGTCAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCGAAA
131 AAATGTCAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTGCTTCAAAA
* * * **
882 GCCTCATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTATTTGT
195 GCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTAC
* ** * *** * *
947 ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGTTTCAGAAGTGTGAAGAAAA-AAGCATTC
260 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAACATGAAGAAAAGTA-TATTC
*
1011 GTTGGCAAGAAAAGTCCAT
324 ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
1030 TTATAGTCACCCATTACTTCAAAAG
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1055 CCTT
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 85, Indels: 28
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 254 0.42
343 280 0.46
344 77 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAGTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATATCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAATGTCAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTGCTTCAAAAG
CCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAACATGAAGAAAAGTATATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCAT
Done.