Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402303.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5385.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7292
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Warning! 271 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:443 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13--2017 Score: 1819
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 169
3 ATAATTGTTA
* * * * * * *
13 GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAATGATAAGAAAAGTACATTTGTAATCACCC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
78 ATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG
66 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
143 AATTTTTCACATTCTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATT
131 AATTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * ** *
183 GTCT-GCTTTAGCAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATT-AGTGAGGAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 GTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
246 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGT
64 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
311 TGAATTGTTTTACATTTTTTTTGAAAACATATTATAATTGAAT
129 TGAATT-TTTTACATTTTTGTT-AAAACAGATTATAATTGAAT
* ** ** * *
354 GTTTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATAT-ATTGGA-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
417 TCGA-GCCTTTAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGG
64 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
481 ATAAATTGTCTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAGT
128 TTGAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
524 -TCCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATCCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAATCACC
1 GT-CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * * * * *
588 CATATCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTGTAGGCT
65 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
* *
653 T-AATTTGTTTACACTTTTGATTAAAACAGATTATAATT-ATAA
129 TGAATTT-TTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGA-AT
* * * * * *
695 GTCTACCTTAAGAAACATCAAGAAAAAGTCATTCAATGACAAGAAAAGTACATTTGTAATCACCC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
760 ATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGATT
66 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT
* * * *
824 GAATTGTCTTACATTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGAGT
130 GAATT-TTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
865 GTCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
930 ATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAATATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
66 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
994 AAAGTTTATTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTG-TT
130 GAA-TTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
1036 AGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAATAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACC
1 -GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** *
1101 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTTA-TTACTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
65 CATGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
1165 TAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-ATT
129 TGAAT-TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * ** * * ** *
1207 AGTCTGCGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCAAAGATAAGAAAGGTATATTTATAGTCACT
1 -GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ** * *
1272 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGTT
65 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
1337 GAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATT-TAAATTGAAT
130 GAAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTAT-AATTGAAT
** * * * * * * * *
1379 GTCTGTCTCAACAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
1444 ATACCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GGATCTTATAACCTTAAAAATGATTTTAAGTT
66 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
1508 GAAATTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAAT
130 G-AATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
1550 GTTTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT
1 GTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
1614 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTT
65 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
1679 AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
130 GAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * *
1721 GTTTACCTTGGGAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * * * *
1786 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTG
66 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
1851 AA---TGT---TTTTTGTTAAAACAAATTATGATTGAAT
131 AATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * ** * * * * *
1884 GTCTTCCTTAATAAACATTTAGAAAAACCCTTTCACT-AGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** * * * * *
1948 TATACCTTCAAAA-CCTTAATACTCATTTTAAATGATTTTGTAACCTCAAAATTAATTTTAAGTT
65 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
2012 GAATTT
130 GAATTT
2018 CTTTCGTATT
Statistics
Matches: 1516, Mismatches: 268, Indels: 107
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 44 0.03
163 79 0.05
164 5 0.00
167 2 0.00
169 17 0.01
170 387 0.26
171 818 0.54
172 157 0.10
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
Found at i:2879 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2374--3111 Score: 742
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
2364 NNNNNNNNNN
* *
2374 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * *
2439 AAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACA--TGAAGAAAAACCCGTTCATTGGTAAGA
64 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAA-ATGTGAAG-AAAACCCATTCATTGATAAGA
* *
2502 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTGTTACT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
2545 TACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTT--TTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTT-A
* * * * * *
2606 AAATAGATTATAATAGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAA
64 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAG-AAAACCCATTCATTGATAAGAAA
* * * * *
2671 AGTCCGTTAATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAAT
128 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * **
2713 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTACA-TTTGGGTTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAG-TTA
* * ** * ** *
2777 AAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTCTGAAAACAT-T-AAGAAAACCCCATTCATTGGGAACA
64 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAA-ATGTGAAGAAAA-CCCATTCATTGATAAGA
* *
2840 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CTTTCAAAAGCCTTATTACT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * *
2884 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
2949 ATAGATTATGATTGAATGTTTGCCTTGGAAAATGTGAAGAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGT
66 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAGT
* * ** *
3014 CCAGTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACT
131 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * ** * * *
3053 CACTTCAAATAGCTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGATGAATTTTCTTACATTTTT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTT
3112 GGCAAGAAAA
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 82, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 6 0.01
167 72 0.15
168 66 0.14
169 88 0.19
170 70 0.15
171 151 0.32
172 10 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:3108 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2436--3109 Score: 858
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 338
2426 ATATTTTTAG
* * * * * *
2436 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCGTTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGGAAC
*
2501 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATGGTTTAATAAT
66 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTAATAAT
2566 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTAAAAATAGATTATAATAGAATGTTTAC
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTAAAAATAGATTATAATAGAATGTTTAC
* * * *
2631 CTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCGTTAATAGTCACTCAAGCCT
196 CTTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCGTTAATAGTCACCCAAGCCT
* * * * * * *
2696 TCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATT
261 TCAAAAGCCTTACTAATCACTTCAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACATGAATATT
2761 TTTACATTTGGGT
326 TTTACATTTGGGT
* * *
2774 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTCT-GAAAACATTAAGAAAACCCCATTCATTGGGAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCT-TAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGGAA
* * * * *
2838 CAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
65 CAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTAAT
* * *
2902 AATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTAGTT-AAAATAGATTATGATTGAA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ATTTTT--TTAAAAATAGATTATAATAGAA
* ** *
2965 TGTTTGCCTTGGAAAATGTGAAG-AAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAGTT-ATAGTTAC
189 TGTTTACCTTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-GTTAATAGTCAC
** * ** **
3028 CCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATAGCTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGA
253 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTAATCACTTCAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACA
3093 TGAAT-TTTCTTACATTT
318 TGAATATTT-TTACATTT
3110 TTGGCAAGAA
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 40, Indels: 16
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 81 0.28
339 63 0.22
340 100 0.35
341 41 0.14
342 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGGAAC
AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTAATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTAAAAATAGATTATAATAGAATGTTTAC
CTTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCGTTAATAGTCACCCAAGCCT
TCAAAAGCCTTACTAATCACTTCAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACATGAATATT
TTTACATTTGGGT
Found at i:3220 original size:109 final size:110
Alignment explanation
Indices: 2994--3197 Score: 266
Period size: 109 Copynumber: 1.9 Consensus size: 110
2984 GAAGAAAAGC
* *
2994 CATTTATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTC
1 CATTT-TTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTACTACTCACTTC
* ** *
3059 AAATAGCTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGATGAATTTTCTTA
65 AAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTCTCA
* * * * *
3105 CATTTTTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
1 CATTTTTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCA
* * *
3169 AACAGTTTTGTAATCTCATATTTGATTTT
66 AACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT
3198 GAGTTACATT
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 13, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
109 59 0.74
110 16 0.20
111 5 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (110 bp):
CATTTTTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCA
AACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTCTCA
Found at i:3351 original size:279 final size:279
Alignment explanation
Indices: 2839--3392 Score: 679
Period size: 279 Copynumber: 2.0 Consensus size: 279
2829 CATTGGGAAC
* ** ** **
2839 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAA
* ** * * *
2904 TCTCATAATTTATTTTAAGTTAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATGATTGAATGTT
66 TCTCATAATTTATTTTAAGTTAATTCTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTC
* ** * * * *
2969 TGCCTTGGAAAATGTGAAGAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTTACCCATTC
131 TGACTACGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGC
* * ** *
3034 CTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATAGCTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGA-TGAAT
196 CTTCAAAAGACTTACTACTCACTTCAAATAGCTTTATAAACTCATAATTCATTTTA-GATTGAAT
3098 TTTCTTACATTTTTGGCAAG
260 TTTCTTACATTTTTGGCAAG
* * * *
3118 AAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAA
*
3182 TCTCAT-ATTTGATTTTGAGTTACATTCTTTCACATTTTTCA-TTAAAATAGATTATAATTAAAT
66 TCTCATAATTT-ATTTTAAGTTA-ATTCTTTCACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTAAAT
*
3245 GTCT-ACTACGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACC
128 GTCTGACTACGA-AAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACC
* * * * *
3308 CATGCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTCATTTTAGATT
191 CATGCCTTCAAAAGACTTACTACTCACTTCAAATAGCTTTATAAACTCATAATTCATTTTAGATT
*
3373 GAATTTTCTTGCATTTTTGG
256 GAATTTTCTTACATTTTTGG
3393 TTAAAGCAAG
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 37, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
277 4 0.02
278 67 0.29
279 138 0.59
280 23 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (279 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAA
TCTCATAATTTATTTTAAGTTAATTCTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTC
TGACTACGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGC
CTTCAAAAGACTTACTACTCACTTCAAATAGCTTTATAAACTCATAATTCATTTTAGATTGAATT
TTCTTACATTTTTGGCAAG
Found at i:3502 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3113--7292 Score: 2206
Period size: 171 Copynumber: 24.4 Consensus size: 168
3103 TACATTTTTG
* * ** * * * * *
3113 GCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTT
* * * * *
3177 TGTAATCTCATATTTGATTTT-GAGTT-ACATTCTTTCACATTTTTCA-TTAAAA-TAGATTATA
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGA-ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAG-TTATA
* * * * *
3238 ATTAAATGTCT-ACTACGAGAAAC-GTGAAGATAAAGCCATTCATT
126 ATTGAATGTTTGCCTA--AGAAACAG-GAAGAAAAACCCATTCATT
* * *
3282 GACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
1 G-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
* * * * * * *
3346 TTATAAACTCATAATTCATTTTAGATTGAATTTTCTTGCATTTTTGGTTAAAGCAAGTTATAAAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATT
* * ** *
3411 -AAGTGTCTGCCTGAAGAAACAGGAAGCAAAAGTCATTTATT
129 GAA-TGTTTGCCT-AAGAAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
** **** * * * * *
3452 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTATTTTAAAAGTCTTATTACTCTCTTTCAGTGGTT
1 -GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
* *
3517 TATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATAAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAAT
* * * *
3580 TGATTGTTTGTCTTAAAAAAC-GTGAAGAAATACCCATTCATT
128 TGAATGTTTG-CCTAAGAAACAG-GAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * *
3622 GGCAACAAATGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGATT
1 -GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TT
* * * ** *
3687 TTATAATCACACAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATT
* * *
3752 GAATGTTTTCCCTAGGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTT
129 GAATG-TTTGCCTAAGAAACAGGAAGAAAAACCCATTCA-TT
** * * * *
3794 GCTCGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTT
* * *
3859 TATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACATA-TTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AGTTATAATT
* * * *
3923 GAATGTTTGCCTTAGAAAACGGGAAGAAAAAGCTATTCATT
129 GAATGTTTGCCTAAG-AAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
* * ** *
3964 GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAAGT
1 G-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT--GT
* * * * *
4029 TTTATAATCTCATAATCGATTGTA-AGTTGAATTTTTTTAAATTTTT-GATCAAAATATA-TTAT
63 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA-AGTTAT
* * ** * *** * *
4091 AATTAAATGTTTTCCTTGGTAAAC-GTGAAGCAAAAGTTATTGATG
125 AATTGAATGTTTGCCTAAG-AAACAG-GAAGAAAAACCCATTCATT
* ** * * * ** *
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1 G-CA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * *
4200 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTAATATTTTT-GATTAAAGC-AGATTAT
63 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAAG-TTAT
* * * * * *
4262 AATTGAATATCTGTCTTGAA-AAATATGAAGAAAATA--TATTCATT
125 AATTGAATGTTTG-CCT-AAGAAACAGGAAGAAAA-ACCCATTCATT
* * ** * * *
4306 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
1 -GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
* * * * * * * * *
4371 ATGTAATCTCACATTTGATTTTA-AGTTAAATTCTTTTACATTTTTACTTGAAA-TAGATTATAA
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAA
* * * * * * *
4434 TTGAAGGTCTGTC-ATAGAAAACATGAAGACAAAGCTATTCATT
127 TTGAATGTTTGCCTA-AG-AAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * *
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1 G-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * *
4541 TGTACAATCTCATAATTAATTTTAGGTT-AATTTTTTTTTACATTTTT-GATTCAAAC-AGATTA
63 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAA--TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAAG-TTA
* * * * ***
4603 TAATTGACTGTTTTCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTGATTCATT
124 TAATTGAATGTTTGCCT-AAGAAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * ** ** *
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1 G-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
* * * *
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64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAAT
* * ** **
4778 TGAATGTTTACCTCAAGAATCATAAAGAAAAAGTCATTCATT
128 TGAATGTTTGCCT-AAGAAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * * *
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1 -GCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-
* * * * * *
4883 TTTTATAACCTCA-AGATTCATTTTA-AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTACTTAAAA-TAGATTG
62 TTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTA
* * ** * *
4944 TAATTGAATCTTTGCC-ATTGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATT
124 TAATTGAATGTTTGCCTA-AG-AAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * * *
4990 AGCAACAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGATAGTT
1 -GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
* * ** * * *
5055 TTATAAACTCATAATGGATTTTAGGCTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAGT
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* ** * *
5119 TGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
128 TGAATGTTTGC-CTAAGAAACAGGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * ** **
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1 G-CAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * **
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* * ** *
5287 AATTGAATGTTTACCTTGAGAAACACAAAGAAAAACCTTATTATCATCTTTT
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* ** **
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1 -GCA-AGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G
* * * * * * *
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* * ** ** * **
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* * ** * * * *
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* * * *
5573 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATA-TTA
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* * * * * * ** *
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* ** * * *
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1 -GCA-AGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G
* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * **
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* * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** **
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* *
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* *
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* *
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* * * ** *
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* * * *
7115 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTGAAAC-AGATTA
63 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTA
** * * *
7178 TAATTGAATGTTTAAC-ATAGTAAA-TGTGAAGAAAAAGCCATTTATT
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* * * * * * **
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1 -GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
7289 TTAT
64 TTAT
Statistics
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168 3 0.00
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Consensus pattern (168 bp):
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Found at i:4007 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3115--7292 Score: 3242
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3105 CATTTTTGGC
* ** * * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** **** * * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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*
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323 GAAAAAGCCATTCA-TTGCT
* * *
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* * * *
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* * * * *
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131 TGTTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** * * * *
3991 TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAAGTTTTATAATCTCATAATCGATTGTAAGT
196 TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
* * * * * * * *
4056 TGAATTTTTTTAAATTTTTGATCAAAATATATTATAATTAAATGTTTTCCTTGGTAAACGTGAAG
260 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAGG-AAACATGAAG
* ** * *
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324 AAAAAGCCATTCATTG-CT
** * * * * *
4139 ATA-AAAAGTCCACCTATAATTACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
4203 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTT-GATTAAAGCAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTG
* * ** ** * *
4267 AATATCTGTCTT-GAAAAATATGAAGAAAATA--TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
129 AATGTTTACCTTAG-AAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * *
4329 CA-CTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATGTAATCTCACATTTGATTTT
192 CACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * * * * * *
4393 AAGTTAAATTCTTTTACATTTTTACTTGAAATAGATTATAATTGAAGGTCTGTCATAGAAAACAT
256 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTTCCTAGGAAACAT
* * *
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320 GAAGAAAAAGCCATTCATTGCT
* * * * *
4480 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4545 CAATCTCATAATTAATTTTAGGTT-AATTTTTTTTTACATTTTT-GATTCAAACAGATTATAATT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * * ** *
4608 GACTGTTTTCCTCA-AGAAACATGAAAAAAAAGTGATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCGT
128 GAATGTTTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
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* * * * * * * *
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256 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT-AGGAAACAT
* *
4801 AAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-
320 GAAGAAAAAGCCATTCATT-GCT
* * * ** * * * * *
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1 AAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
4887 ATAACCTCA-AGATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTACTTAAAATAGATTGTAATTG
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
5077 AGGCTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGCTTTGGGAAACAT
256 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTC-CTAGGAAACAT
*
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* * * * ** *
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* * * * * **
5228 ACAATCTCATAATTGATTTTAGGATAAATTTTTTCACATTTTT-GATTAAAACAGATTGCAATTG
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* *
5292 AATGTTTACCTTGAGAAACAC--AAAGAAAAA-CCTTATTATCATCTTTTGGCACA-AAAAGTCC
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
5417 ATTAATTTTAGGTT-AAATTTTTT-CTATTTTTGATTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTGT-A
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* * * * *
5479 TTGGAAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTGAT
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* ** * * ** *
5512 AAGAAAAGTCAATTTATAGTTGTCTC-AGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGGTTT
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* * * * *
5576 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATT
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* * * * * * *
5640 GAATATCTACCTT-GAAAAGCAT-AATGCAAAAGTCATCCATTGGCATA-ACAAA-TCCATTTAT
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* * ** * * * *
5701 AGTCA-TTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGAT
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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192 CACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
6112 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACGT
256 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTAGGAAACAT
** *
6177 GAAGAAAAATTCATTCATTGTT
320 GAAGAAAAAGCCATTCATTGCT
* * * * ** * * *
6199 AAGAAATGTCCAATTATAGTTACTCATTCCTTGAAAAGCGC-TACTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
6263 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTAAGAGTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * * *
6327 AGTGTTTACCTTAGGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTTGTTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTC
129 AATGTTTACCTTA-GAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
6391 A-CTCATGTCTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTA
193 ACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * ** * * *
6455 ACTTCAATTTTTTTACTTTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAAGAT
257 GGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT-AGGAAACAT
6520 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCT
320 GAAGAAAAAGCCATTCATT-GCT
* * * *
6543 -AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCAAAGCCTTCGAAAA-TCTTATTGA-TCGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
6605 TATCATCTCATAATTCATTTTAAATTGTATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTC
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * *
6669 AATGTTTACATT-GAGAAACATGAAGTGAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGT
129 AATGTTTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
6732 CA-CTCAAGTCGTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-AGTTTTATAATATCATAATTGATTA
192 CACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * * * * *
6795 TAAGTTGAATGCTTTGACATTTTTAGTTAAAAGATATTATAATTGTATGTTTATCTTAGGAAACC
255 TAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTAGGAAACA
*
6860 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCT
319 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCT
6884 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
6947 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-ATAAAATAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * *
7011 AATGTTTGTCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATC-AGACAAGTCTATTTATAGT
129 AATGTTTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
7074 CATCC-ATGCCTTTAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
192 CA-CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
7138 AAGTTAAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACATAGTAAAT
256 AGGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTAGGAAAC
* * *
7203 GTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGT
318 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCT
* * * **
7227 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
7292 T
66 T
Statistics
Matches: 3072, Mismatches: 634, Indels: 260
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 114 0.04
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349 141 0.05
350 8 0.00
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Consensus pattern (341 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAGGAAACATGAAGAA
AAAGCCATTCATTGCT
Found at i:4483 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 3118--7292 Score: 3173
Period size: 513 Copynumber: 8.1 Consensus size: 510
3108 TTTTGGCAAG
* ** * * * ** *
3118 AAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
3182 TCTCATATTTGATTTT-GAGTT-ACATTCTTTCACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAG-GTTGA-ATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * ** * * *
3245 GTCTA-CTACGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACC
128 GTTTATCT-TGAAAAATATGAAGA-AAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
3308 CATGCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTCATTTT-AGAT
191 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-T
* * * ** * * *
3372 TGAATTTTCTTGCATTTTTGGTTAAAGCA-AG-TTATAAAT-AAGTGTCTG-CCT-GAAGAAACA
255 TAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAA--ATAGATTATAATTGAA-TGTTTGTCATAG-A-AAACA
* * * * * * **** ** *
3432 GGAAGCAAAAGTCATTTATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTATTTTAAAAGTCT
315 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * *
3496 TATTACTCTCTTTCAGTGG-TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
379 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTT
* ** * * **
3560 T-AGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGT-CTTAAAAAACGTGAAGAAATACCCATTCATTG
444 TGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
*
3623 GCA-A
506 ACATA
* * * * ** * *
3627 CAAATGTCTATTTATAGTCA-TCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGATTTTAT
1 -AAAAGTCCATTTATAGTAACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3691 AATCACACAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TTATAATTGAA
* * * * ** *
3755 TGTTT-TCCCTAGGAAACA-A-GAAGAAAAACCCATTCATTTGCTCGAAAAGCCCATTTATAGTC
127 TGTTTAT--CT-TGAAAAATATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** *
3817 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTA
188 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTA
* * * * * * * * **
3881 GGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGGG
252 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCATAGAAAACATG
*
3946 AAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
317 AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
4011 TACTCGTTTTAAATAAGTTTTATAATCTCATAATCGATTGTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTG
382 TACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTG
* * * * * * * * *
4076 ATCAAAATATATTATAATTAAATGTTTTCCTTGGTAAACGTGAAGCAAAAGTTATTGATGGACAT
446 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAT
4141 A
510 A
** * * * *
4142 AAAAGTCCACCTATAATTACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
4207 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
4272 CTGTCTTGAAAAATATGAAGAAAATA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
130 TTATCTTGAAAAATATGAAGAAAA-ACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * *
4336 TCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATGTAATCTCACATTTGATTTTAAGTTAAA
194 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
* * * * *
4401 TTCTTTTACATTTTTACTTGAAATAGATTATAATTGAAGGTCTGTCATAGAAAACATGAAGACAA
259 TTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCATAGAAAACATGAAGAAAA
* * * *
4466 AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCC-ATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCG
324 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
4530 CTTTAAATGGTTGTACAATCTCATAATTAATTTTAGGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTGATTCA
388 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTAAATTTTTGATTAA
* ** * *
4594 AACAGATTATAATTGACTGTTTTCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGTGATTCATTGACA-A
451 AACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACATA
* * * *
4654 GAAAAGTCCATTTATCGTCAAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTATTAT
1 -AAAAGTCCATTTATAGT-AACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
4718 AATCTCGTAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
4782 TGTTTA-CCTCAAGAATCATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAGAAGTCTATTTATACTCA
127 TGTTTATCTTGAAAAAT-ATGAAGAAAAACT-ATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
4845 CCCATGT-TTTCAAAAGCTTTAGTGCTCGCTTTAGATGATTTTATAACCTCA-AGATTCATTTTA
189 CCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTAATTTTA
* * * * * * *
4908 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTACTTAAAATAGATTGTAATTGAATCTTTGCCATTGAAAACATA
252 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCATAGAAAACATG
* * * * * * * *
4972 AAGAAAAAGCCATTTATT-AGCAACAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTA
317 AAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * * * *
5036 TTACTCACTTTAGATAGTTTTATAAACTCATAATGGATTTTAGGCTGAATTTTCTTACATTTTTG
381 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTG
* * * * * *
5101 GTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA-
446 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAT
5165 A
510 A
* * * *
5166 GAAAAGTCTATTTATCA-TCAAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTATTA
1 -AAAAGTCCATTTAT-AGT-AACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * **
5229 CAATCTCATAATTGATTTTAGGATAAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAACAGATTGCAATTGAA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * **
5294 TGTTTACCTTGAGAAACACAAAGAAAAACCTTATTATCATCTTTTGGCACA-AAAAGTCCATTTA
127 TGTTTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAA-C-TA-T-TCA----TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTA
** ** * * * *
5358 TTA-TCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATTTTATAATTAA
183 -TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
* * * *
5422 TTTTAGGTTAAA-TTTTTT-CTATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTGT-ATTGG
247 TTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTT-ACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCA-TAG
* * * * *** * * *
5483 AAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTTGTCTCAGTCTTTGAA
309 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAA
* * *
5548 AGCCTTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
374 AGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * *
5613 TATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAGCAT-AATGCAAAAGTCATC
438 AATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAA-CATGAA-GAAAAAGTCATT
*
5677 CATTGGCATA
501 CATTGACATA
* * * * * *
5687 ACAAA-TCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGGTTTTGTA
1 A-AAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
5751 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAGTTGACTG
65 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
** * * * * ** *
5816 TTTGCCTTGAGAAATATTAAAAAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCC
129 TTTATCTTGAAAAATA-T-GAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
5881 ATACCTCCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAGAATTAATTTTAGGTTG
192 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-
* * ** * * * * * * *
5946 AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTATTTGAATGTTT-ACATTGAGAA-ATGTAAA
256 AAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCATAGAAAACATG--AA
* * * * * * ** *
6009 GAAAAA-CTTATTTATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TTCAAGCCTTTAAAAGGCTTAT
319 GAAAAAGC-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * ** * * *
6072 TACTTGCTTTAAATCATTTTATAACCTTATAATTGGCTATAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
382 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGA
* * *
6137 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGT-CTTAGGAAACGTGAAGAAAAATTCATTCATTG--TT
447 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAT
6199 A
510 A
* * ** *
6200 AGAAATGTCCAATTATAGTTACTCATTCCTT-GAAAAGCGC-TACTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 A-AAA-GTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCG-AAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
6263 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTAAGAGTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTG
62 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * ** * *
6327 AGTGTTTACCTTAGGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTTGTTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTC
125 AATGTTTATCTT-GAAAAATATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
6391 ACTCATGT-CTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTA
188 ACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * * * * * *
6455 ACTTCAATTTTTTTACTTTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTG-CCTCAGGAAAGA
252 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTAC-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCAT-AGAAAACA
* * * **
6519 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCT-AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCAAAGCCTTCGAAAATCT
315 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
6583 TATTGA-TCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTCATTTTAAATTGTATTTTTTT-ACTTT
379 TATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTT
* * * * * * ** *
6646 TTTATTAAAATATATTATAATTCAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGTGAAAGCCA-TCTATTG
443 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTG
* *
6710 ATATG
506 ACATA
* * * * * * *
6715 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCGTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
6780 TATCATAATTGATTATAAGTTGAATGCTTTGACATTTTT-AGTTAAAAGATATTATAATTGTATG
66 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** *
6844 TTTATCTT-AGGAAACCTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 TTTATCTTGA-AAAATATGAAGAAAAACT-ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
6907 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
191 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* * *
6972 GAATTTTTTTACATTTTT-CAATAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTC-TCA-AGAAACGTGA
256 AAATTTTTTTACATTTTTAC-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCAT-AGA-AAACATGA
* * * ** **
7034 AGAAAAAGCCATTCATTGATCAGACAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATGCCTTTAAAAGTTTTAT
318 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
7098 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATATTTTT
382 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTAAATTTTT
* * * * * * ** * * **
7163 GGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACATAGTAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTA
445 GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACA
7228 -A
509 TA
* * * * *
7229 GAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATGGTTTTAT
1 -AAAAGTCCATTTATAGTAACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Statistics
Matches: 2913, Mismatches: 613, Indels: 273
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 13 0.00
511 124 0.04
512 539 0.19
513 830 0.28
514 573 0.20
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519 178 0.06
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521 9 0.00
522 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TATCTTGAAAAATATGAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
TTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCATAGAAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACATA
Done.