Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402312.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5394.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2819
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Warning! 37 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:540 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 347--2818 Score: 1689
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 168
337 NNNNNNNNNN
* * * *
347 ATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATAGGTAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCAC
1 ATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * * * *
412 CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTATAATCTCATAATTTATTTGAAGTT
65 CCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* **
477 AAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATGCTATAATTGA
130 GAA-TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGA
* * ** * * * *
518 ATGTATGCCTTAGTAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAG-AGAGAAAACTCCATTTATAGTAA
1 ATGTCTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * ** * * *
582 CTCATGTCTTCAAAAATATTATTACTGGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAG
64 CCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * *
647 TTG-ATTTTTTTATGTTTTCGATTAAAACGA-ATTACAATAGA
128 TTGAATTTTTTTACATTTT-TATTAAAA-TATATTATAATTGA
* * ** * * * * * *
688 ATATCT-ACTTCAAGAAATGTGGAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
1 ATGTCTGCCTT--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * * *
752 CTCATGTCTTCAAAAGTATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
64 CCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
817 TTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGA
128 TTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
* * * * ** * * *
859 ATATCTATCTTTGGAAACATGAACTAAAAGACATCCATT--TGAGAGAAAGTTCATTTATAGTCA
1 ATGTCT-GCCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA-AAAGTTCATTTATAGTCA
* *
922 CCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAAACTCATAATTGATTTTAAG
64 CCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
987 TTAAATTGTTTTTTACATTTTTAATTAAAATCTATTATAATTGA
128 TTGAA-T-TTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGA
* * * ** * * * *
1031 ATG-CTTGCCTTTGAAAACGTTAAGTGAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCA
1 ATGTC-TGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* *
1095 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
64 CCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1160 TTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
128 TTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGA
* * * ** * * * * **
1202 TTGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAACAGTCCATGTGGAGTCAC
1 ATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * *
1267 CCATGCCTTCGAAGGCATTATTACTTG-TTGTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
65 CCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT-TAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1331 GTAAATTATTTTTATATTTTTAGCTAAAATATATTATAATTGA
128 TTGAATT-TTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
* * * ** * * * * *
1374 TTATTTATCTT-GAGAA-GTGCAAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAGAGTTCATTTATAGT
1 ATGTCTGCCTTAGA-AACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGT
* * * * * * *
1436 CACTCATGCTTTCAAAAGTATTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTG
62 CACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
1501 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATAAAAATATATTATATTTGC
126 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * *
1545 ATGTTTGCCTCATGAAACGTAAAGTAAAAGCCA-TCGATTGGCACA-AAAA-ATCTATTTATAGT
1 ATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTA-AGAAAAGTTC-ATTTATAGT
** * * *
1607 CACTTGA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
62 CAC-CCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
1671 AAGCTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
125 AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
** * ** *
1716 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGCCAAGAAAAATTCATTTATAGTCAC
1 ATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
1781 TCATCCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTCATTTTAAAT
65 CCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
1846 TGATTTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATCGG
129 TGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * *
1887 CTGTCTACCTTGGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAAAAAAAG-TCTATTGATAGTC
1 ATGTCTGCCTTAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC
** ** * * * *
1950 ACCCATATCTTTAAAAGCATTATTAATTGCTTTAAATATTTTTCTAATCTCATAA-TGATTTTAA
63 ACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
2014 GTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTGTAATTGA
127 GTTGAATTT-TTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
** * ** *
2058 ATGTCTAGTATGAGAGAA-ATGAAG-AAAATTCATTCATTGG-AGAAAAAAGTTCATTTATAGTC
1 ATGTCT-GCCTTAGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * * * * * *
2120 ACTCATGACTTCGAAAGTATTATTATTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA
63 ACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
2185 GTTGAATGTTTTCACA-TTTTAGTTAAATTATATTTTGATTGA
127 GTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * *
2227 ATGTTTTCCTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCCTTGGCAAG-AAAGTTCATTTATAGTCAC
1 ATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
2291 TCAAGTTCATT-TAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGTTTTTGA
65 -CCA-TGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
** * * *
2355 A-TTGAATGTTTATTT-TGTTTTTGGTTTAAATAGATTATAATTGA
126 AGTTGAAT-TTT-TTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGA
* *** * * * * *
2399 AAGTCCAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 ATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
2464 CCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTTATAATCGATTTTAAGT
65 CCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** * *
2529 TCAATTCTTTCACATTTCTGGTTCAAATAGATTATAATTGA
129 TGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * ** * * * *
2570 CTATTTGCCTCTAGATATGTTAA-AAAAAGACTATTCATTCGTAAGAAAAG-TCTATTTATAATC
1 ATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC
* * * * *
2633 ACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T--TTTTAA
63 ACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
2695 GTTCAATTTTTTTCATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGA
127 GTTGAATTTTTTT-ACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
* * ** * *
2739 ATGTCTTCCTTAAGAAACAT-AAAAAAAAGCCATTCATT-AAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
1 ATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* *
2802 CACATGCCTTCAAAAGC
64 CCCATGCCTTCGAAAGC
2819 C
Statistics
Matches: 1818, Mismatches: 395, Indels: 179
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 62 0.03
169 107 0.06
170 390 0.21
171 819 0.45
172 323 0.18
173 113 0.06
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ATGTCTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
CATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
Found at i:1856 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 245--2819 Score: 1714
Period size: 343 Copynumber: 7.5 Consensus size: 338
235 NNNNNNNTCA
* * * * * * *
245 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAGTCGATTTTAA-CTGA
1 AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-
********** *
309 AAT-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGA
65 AATGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGA
* * * * *
372 AAAAG-TCATTCATAGGTAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
129 AAAAGAT-ATTCAT-TGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
436 TCACTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTTATTTGAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTCATT
192 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-ATT
** * * * ** * * *
500 AAAATATGCTATAATTGAATGTATGCCTTA-GTAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGAG-AG
255 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCATG-AAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-G-GCAA
* * *
563 AAAACTCCATTTATAGTAACTC
317 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* ** * * * *
585 ATGTCTTCAAAAATATTATTACTGGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTG
1 A-GCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** *
650 -AT-TTTTT-TATGTTTTCGATTAAAAC-GAATTACAATAGAATATCT-ACTTCAAGAAATGTGG
65 AATGTTTTTATAT-TTTTAG-TTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACATGA
* * * * * **
710 AGAAAAAG-TCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGTCTTCAAAAGTATTAT
126 AGAAAAAGAT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
774 TACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTA
189 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * ** ** * *
838 GTTAAAATATATTATAATTGAATATCTATCT-TTGGAAACATGAACTAAAAGACATCCATTTG-A
253 -TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAT-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* *
901 GAGAAAGT-TCATTTATAGTCACCC
316 -AAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC
* * * *
925 ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTA
1 A-GCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
990 AATTGTTTTTTACATTTTTAATTAAAATC-TATTATAATTGAATG-CTTGCCTT-TGAAAACGTT
65 AA-TG-TTTTTATATTTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAAG-AAACATG
** * * * * *
1052 AAGTGAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
125 AAGAAAAAGATATTCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
1117 TACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGG
189 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-A
* * * ** *
1182 TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAG
253 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA-
* * * ** *
1247 AACAGTCCATGTGGAGTCACCC
317 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * * * *
1269 ATGCCTTCGAAGGCATTATTACTTG-TTGTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGT
1 A-GCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * ** * *
1333 AAATTATTTTTATATTTTTAGCTAAAATATATTATAATTGATTATTTATCTTGAG-AA-GTGCAA
64 GAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATG--A
* * * * * * * **
1396 AGCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAGAGTTCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGTATTATT
126 AGAAAAAGATATTCATTGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * *
1461 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCAT
190 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AT
* * * * * * * * *
1526 AAAAATATATTATATTTGCATGTTTGCCTCATGAAACGTAAAGTAAAAGCCATCGATTGGCACAA
254 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AA
* *
1591 AAAATCTATTTATAGTCACTTG
318 AAAGTCTATTTATAGTCAC-TC
* * * * *
1613 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
1 AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
1678 ATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAA
66 ATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAA
* * * *
1743 AAGATATTTATTGCCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCATCCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
131 AAGATATTCATTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
1808 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTCATTTTAAATTGATTTTTTTTATATTTTTAGTTCAAA
195 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAA
* * ** *
1873 TAGATTATAATCGGCTGTCTACCT--TGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTAAAAAA
259 TATATTATAATTGAATGTCTACCTCAT-G-AAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGC--AAAAA
* *
1935 AGTCTATTGATAGTCACCC
320 AGTCTATTTATAGTCACTC
** * * * ** *
1954 ATATCTTTAAAAGCATTATTAATTGCTTTAAATATTTTTCTAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTG
1 A-GCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
2018 AATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTGTAATTGAATGTCTAG--TATGAGAGAA-ATGA
65 AATGT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCT-TAAGA-AACATGA
* * * * **
2080 AG-AAAA-TTCATTCATTGGAGAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGACTTCGAAAGTATTAT
126 AGAAAAAGAT-ATTCATTGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
2143 TATTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTCACA-TTTTA
189 TACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * *** * * *
2206 GTTAAATTATATTTTGATTGAATGTTTTCCTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCCTTGGCAA
253 -TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
*
2271 GAAAGT-TCATTTATAGTCACTC
317 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC
* * * * *
2293 AAG--TTCATTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGTTTTTGAA
1 -AGCCTTCA---AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AA
* * * * * * *** *
2356 -TTGAATGTTTATTTTGTTTTTGGTTTAAATAGATTATAATTGAAAGTCCAACTCAAGAAACATG
61 GTTGAATGTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATG
* * * * * * * *
2420 AAGAAAAA-ACCATTCATTAGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTA
125 AAGAAAAAGA-TATTCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * * *
2484 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTTATAATCGATTTTAAGTTCAATTCTTTCACATTTCTG
188 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TT
* * * * * * * * * * * * *
2549 GTTCAAATAGATTATAATTGACTATTTGCCTC-TAGATATGTTAA-AAAAAGACTATTCATTCGT
252 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAT-GAAATGTGAAGAAAAAG-CCATCCATTGGC
* *
2612 AAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCTT
315 AA-AAAAGTCTATTTATAGTCA--CTC
* * *
2639 A-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-T--TTTTAAGTTCA
1 AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
2700 ATTTTTTTCATATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAGAAACAT-AAAAA
66 ATGTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAA
** ** * * * *
2764 AAAGCCATTCATTAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACACATGCCTTCAAAAGCC
130 AAAGATATTCATTGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
Statistics
Matches: 1751, Mismatches: 396, Indels: 177
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 3 0.00
339 80 0.05
340 225 0.13
341 360 0.21
342 429 0.25
343 527 0.30
344 114 0.07
345 4 0.00
346 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAA
AAGATATTCATTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATA
TATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAGTCTA
TTTATAGTCACTC
Done.