Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402313.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5395.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5956
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.34
Warning! 810 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1168 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 887--1933 Score: 795
Period size: 170 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
877 GAAAAAGGCA
* * * * * *
887 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
952 ATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATATTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATT
* * * *
1017 AGAATTGATTGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAACAC
130 ATAATTGATTATTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAATCAC
* * * * *
1057 GTTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTG
1 -TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** **
1122 AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAATAGGT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATAT
** * * * *
1187 TATAATTGATTATTTTTCAT-GAAAACGTGAAGAACATGTCA-
129 TATAATTGATTATTTACCTTAGGAAATGTGAAGAA-A-ATCAC
**
1228 TTCATACGCAAGAAAAGT-TGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
1292 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-CTTTTGCTTAAAACATA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATA
* * * *
1356 TTATAATTAAATCTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGTCA-
128 TTATAATTGATTATTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAA-TCAC
* * * * * * *
1398 TTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAACTTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
1463 ATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-AGC
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA-T
* * * * * *
1527 TATAATTGAATTTTTTTTCCTT-GAAAAACGTAAAGAAAAAGC-C
129 TATAATTG-A-TTATTTACCTTAG-GAAATGTGAAG-AAAATCAC
* * * * * *
1570 ATTCATTGGCAAAAGAAAA-ACCATTTATAGTCA--C--TCATTCAAAATCTTTATTACTTGCTT
1 -TTCATTGGC--AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ** * *
1630 TAAATAGTTTTATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTAAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAATAG
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAT
* * * * * *
1694 ACTATAATAGAATATTAATCTCT-GGAAATGTGAAGAAAAGGGCA-
127 ATTATAATTGATTATTTACCT-TAGGAAATGTGAAGAAAA--TCAC
** ** * * * * * *
1738 TTTGTTGGTGAGAAAACTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCCAAAA-CGTTATTACTTGCTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
1802 AATGGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTTAA-TTGAA--TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
* * * * *
1864 TTATAATTGGA-TGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACCC
128 TTATAATT-GATTATTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAATCAC
* * * *
1906 ATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATA
1 -TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
1934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 141, Indels: 76
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.01
166 16 0.02
167 20 0.03
168 6 0.01
169 118 0.17
170 318 0.46
171 158 0.23
172 26 0.04
173 12 0.02
174 12 0.02
175 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTA
TAATTGATTATTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAATCAC
Found at i:1613 original size:340 final size:333
Alignment explanation
Indices: 873--1824 Score: 966
Period size: 340 Copynumber: 2.8 Consensus size: 333
863 NNNAAAAATA
* * *
873 TAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
1 TAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-TCATTCAAAAGCCTT
* * * *
938 ATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATATTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATA-TTTT
* * * * *
1003 TGTTAAAATATATTAGAATTGATTGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAA-ACACGTTCATTGGC
127 TGTTAAAATATATTATAATTAAAT-ATTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACA--TTCATT-GC
* * * * * *
1067 TAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGGTTTTG
188 TAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
1132 TAATCTCATAATTGACTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAATAGGTTATAATTGAT
252 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAACAAGCTATAATTGAT
1197 TATTTTTCATGAAAACG
317 TATTTTTCATGAAAACG
* * * * ** *
1214 TGAAGAACATGTCATTCA-TACGCAAGAAAAGTTGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TAAAGAAAAAGCCATTCATTA-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-TCATTCAAAAGCCT
* * * * *
1278 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTT
63 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTT
* * *
1343 TGCTTAAAACATATTATAATTAAATCTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGTCATTCATTGACT
127 TG-TTAAAATATATTATAATTAAATAT-TACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTG-CT
* * *
1408 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
189 AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * **
1473 AATCTCGTAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGCTATAATTGAA
253 AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAACAAGCTATAATTG-A
* *
1537 TTTTTTTTCCTTGAAAAACG
316 TTATTTTT-CATG-AAAACG
* * * *
1557 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAGAAAA-ACCATTTATAGTCA-C-TCATTCAAAATCTTT
1 TAAAGAAAAAGCCATTCATTAGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATCATTCAAAAGCCTT
* * * *
1619 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTAATTCATTTTAAGTTAAATTGCTTTATATTTTTA
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTT-
* * * * ** *
1684 GTTAAAATAGACTATAA-TAGAATATTAATCTCT-GGAAATGTGAAGAAAAGGGCATTTGTTGGT
128 GTTAAAATATATTATAATTA-AATATT-ACCT-TAGGAAATGTGAAGAAAA-GACATTCATTGCT
* * * * * *
1747 GAGAAAACTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCCAAAACGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
189 -AGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
1812 TAATCTAATAATT
252 TAATCTCATAATT
1825 TATTTTTAAT
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 82, Indels: 41
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.01
339 70 0.14
340 235 0.46
341 154 0.30
342 6 0.01
343 22 0.04
344 12 0.02
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (333 bp):
TAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATCATTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGTT
AAAATATATTATAATTAAATATTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTGCTAGAAAAG
TCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAACAAGCTATAATTGATTATTTTTCA
TGAAAACG
Found at i:2326 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 2051--2353 Score: 362
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
2041 TTTTTTTACA
* * ** *
2051 ATTTT-AGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTGTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGTTATTTA
1 ATTTTAAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTAGTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA
* ** *
2115 TTAACAAGGAAAGTCCATTTATAGCTACCAATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAG
66 TTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAG
* *
2180 TTTTATAATCTCATAATTT
131 ATTTATAATCTCATAATTG
* * *
2199 ATTTTAAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAG-CTCAGAAAACGTAAA-AGAAAAGCCATT
1 ATTTTAAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TAGTCTCAAAAAACGTAAAGA-AAAAGCCATT
* * * * *
2262 CATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGCTATCC-ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAA
64 CATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTA-CCAATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
* *
2326 TGGATTTATAATCTCGTAATTG
128 TAGATTTATAATCTCATAATTG
2348 ATTTTA
1 ATTTTA
2354 GGTCGAATTG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 7
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 6 0.05
149 120 0.92
150 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (149 bp):
ATTTTAAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTAGTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA
TTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAG
ATTTATAATCTCATAATTG
Found at i:2907 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2218--3263 Score: 1094
Period size: 340 Copynumber: 3.1 Consensus size: 336
2208 TAAAATAGAT
* * * *
2218 TATAATTGAATGTCTAGC-TCAGAAAACGT-AAAAGAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAAA-AAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
2281 TTTATAG-CTA-TCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGATTTATAATCTCGTA
63 TTTATAGTC-ACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAGTA
* * * * *
2344 ATTGATTTTAGGTCGAATTGTTTCACATTTTTTG-TT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACTT
126 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
2407 CTAA-AAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATATTCACCTATGCCT
189 C-AAGAAACGTGAA-AAAAGAGTCATTCATTG-CTAGAAAAGTT-ATTTATA-GCACC-ATGCCT
* * * * *
2470 TCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTT
248 TCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
* *
2535 TTTAAATTTTTAGTTAAAACAA-A
313 TTTACATTTTTAGTTAAAACAAGC
* * *
2558 TAGAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAATAAAAAGCATTCATTGACAAGAAATGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAA-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* *
2623 TATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAGTAATTG
65 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAGTAATTG
* * * *
2688 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTACCTCAAGAA
130 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * *
2753 ACCTGAAAAAAGGGTCGTTCATTGGTAAAAAAGTCTATTTATAGCAATCCATTCCTTCAAAAGCC
195 ACGTGAAAAAAGAGTCATTCATTGCTAGAAAAGT-TATTTATAGC-A-CCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
2818 TCATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTACTCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTT
257 TTATTACTAGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* *
2883 TTGGCTAAAACAAGC
322 TTAGTTAAAACAAGC
* * * * * *
2898 TATAATTGAAAGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAATCATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* *
2963 TATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA-TAATT
65 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TAGTAATT
* * * * * * * *
3027 GATTTTAAGTTAAATGTTTTACCTTTTT-AGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTGCCTTATG
129 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
3091 AAACGT-AAAGAAGAAGTCATTTATTAACTAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAA
193 AAACGTGAAAAAAG-AGTCATTCATT-GCTAGAAAAGT-TATTTATAG-CA-CCATGCCTTCAAA
* * * *
3155 AGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT-
253 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATGA-TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
*
3218 CATTGTTAGTTAAAACAAGC
317 CATTTTTAGTTAAAACAAGC
* *
3238 TATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAA
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA
3264 TGTAAAGAAA
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 97, Indels: 40
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.01
339 116 0.20
340 367 0.62
341 97 0.16
342 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAGTAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CGTGAAAAAAGAGTCATTCATTGCTAGAAAAGTTATTTATAGCACCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTAGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAACAAGC
Found at i:3233 original size:510 final size:509
Alignment explanation
Indices: 2272--3234 Score: 1122
Period size: 510 Copynumber: 1.9 Consensus size: 509
2262 CATTGACTAG
* * * *
2272 AAAAGTCCATTTATAGCTATCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGATTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGCAATCCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGATTTATAA
* * * * * * *
2337 TCTCGTAATTGATTTTAGGTCGAATTGTTTCACATTTTTTGTTAAATAGATTATAATTGAATGTC
66 TCTCATAATTGATTTTAGGTCAAATTGTTTCACATTTTTGGTAAAAAAGACTATAATTGAAAGTC
* * * * *
2402 TACTTCTAAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATATTCACCTATG
131 TACTTCGAAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATAGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATG
* * *
2467 CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAT
196 CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAA
* * *
2532 TTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAATAGAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAATAAAAA
261 TGTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAGAAAAA
* * * * *
2597 GCATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTT
326 GCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTT
* * * *
2662 TAAATGGTTTTATAATCTAGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACATA
391 TAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTAGATTAAAACATA
2727 TTAGAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACCTGAAAAAAGGGTCGTTCATTGGTAA
456 TTAGAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACCTGAAAAAAGGGTCGTTCATTGGTAA
* * * *
2781 AAAAGTCTATTTATAGCAATCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGCAATCCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGA-TTTATA
* * * *
2845 CTCTCATAATTGATTTT-GAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAG-CTATAATTGAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAG-GTCAAATTGTTTCACATTTTTGG-TAAAA-AAGACTATAATTGAA
* *
2908 AGTCTACCTT-GAAAAATATGAAGAAAAAA-TCATTCATAGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTC
127 AGTCTA-CTTCGAAAAACATGAAGAAAAAACT-ATTCATAGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC
* * * * * *
2970 ACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTA
189 AC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTA
* ** * * * * * * *
3034 AG-TTAAATGTTTTACCTTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-ATGAAACGT
253 AGCTGAAATGTTTTAAATTTTTAGTTAAAAC-AAATAGAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACAT
* * * ** * *
3097 -AAAGAAGAAGTCATTTATTAACTAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCTTT
316 GAAAGAAAAAG-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
3161 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-TCATTGTT
380 ATAACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAT-ATT-TT
3225 AG-TTAAAACA
443 AGATTAAAACA
3235 AGCTATAATT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 67, Indels: 25
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 3 0.01
509 122 0.33
510 240 0.64
511 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
AAAAGTCCATTTATAGCAATCCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGATTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGGTCAAATTGTTTCACATTTTTGGTAAAAAAGACTATAATTGAAAGTC
TACTTCGAAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATAGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAA
TGTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAGAAAAA
GCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTAGATTAAAACATA
TTAGAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACCTGAAAAAAGGGTCGTTCATTGGTAA
Found at i:3271 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2199--3275 Score: 900
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
2189 CTCATAATTT
* * * * * *
2199 ATTTTAAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTAGC-TCAGAAAACGTAAAAGAAAAGCCATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAATGT-AAAGAAAAGTCATT
* * * **
2262 CATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAG-CTATCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAA
63 CATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * ** **
2326 TGGATTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTCGAATTGTTTCAC
127 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTC
* * * * * **
2370 ATTTTTTGTT-AAA-TAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCTAAAAACGTGAAGAAAAAACTATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAATGTAAAGAAAAGTC-ATT
* * * *
2432 CATTGACTAGAAAAGT-TCATTTATATTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA
63 CATTGACTAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * * * *
2496 TGGTTTTGCAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTAA
127 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-C
* * * *
2540 ATTTTTAGTTAAAACAA-ATAGAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATG-AAATAAAAAG-CATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAA-ATGTAAA-GAAAAGTCATT
* * * * * * *
2602 CATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAAT
63 CATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
*
2667 GGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-
128 GGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TC
* * * *
2709 ATTTTT-GATTAAAACATA-TTAGAATTGATTGTCTACC-TCAAGAAACCTG-AAA-AAAGGGTC
1 ATTTTTAG-TTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAA--TGTAAAGAAA-AGTC
* * * * * *
2769 GTTCATTG-GTAAAAAAGTCTATTTATAG-CAATCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTT
60 ATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
2832 AAATGATTTTGTACTCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAC
124 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-C
* * * * * * *
2879 ATTTTTGGCTAAAACAAGCTATAATTGAAAGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAATCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAG-AAAAGTCATTCA
* * * * * *
2944 TAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGG
65 TTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
3009 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTAC
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
* * * * * *
3049 CTTTTTAGTTAAAAC-GGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-ATGAAACGTAAAGAAGAAGTCATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAATGTAAAGAA-AAGTCATT
* * * * * *
3112 TATTAACTAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT
63 CATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
3177 AGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
* * * *
3219 ATTGTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAATGTAAAGAAAAG
1 ATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAGAAAAG
3276 GGCATTTGTT
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ATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAGAAAAGTCATTCAT
TGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
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3464 NNNNNNTTTG
* * * * ** * *
3474 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGCTGTAATTAA
1 TAATCTCATAATT-ATTTTTAA-CTAAATAATTTTAAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * ** * * * * *
3538 ATGTTTGTCTCAAAAAATATGAATAAAAAGCTATTCATTG-GTAGGGAAAGTCCATTTATAGCTA
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* * * *
3602 CAAATTCC-TTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
128 CCAATACCTTTTAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
3645 TAAT-TCCATAATTTATTTTAAATTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGA
1 TAATCT-CATAA-TTATTTTTAACTAAATAATTTTAAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
********** *
3709 ATGTCTACCTCGNNNNNNNNNNAG-AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
64 ATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
* *
3773 CCAATGCCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
128 CCAATACCTTTTAAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * *
3817 TAATCTCATAATTGATTTTTGACTAAATCGTTTCACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATT-ATTTTTAACTAAATAATTTTAAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * *
3882 TGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
65 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
* ** * **
3947 TATACCTTCGAAAAGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCG
130 AATACCTTTTAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
3988 TAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATATTTTTAAATGTTTAGTTAAAATAGA-TATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTATTTTTAA-CTAAATAATTTTAAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
4052 TGTCTAGCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAAC-ATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGT
65 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAACTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGT
4113 CACCNNNNNN
Statistics
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TAATCTCATAATTATTTTTAACTAAATAATTTTAAATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCA
ATACCTTTTAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
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Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
3464 NNNNNNTTTG
* * * ** * *
3474 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGCTGTAATTAAA
1 TAATCCCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** ** * ** * * *
3539 TGTTTGTCTCAAAAAATATGAATAAAAAG-CTATTCATTG-GTAGGGAAAGTCCATTTATAGCTA
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* * *
3602 CAAATTCCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTA
128 CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* * ** * * *
3645 TAATTCCATAATTTATTTTAAATTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAA
1 TAATCCCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ********** * *
3710 TGTCTACCTCGNNNNNNNNNNAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
66 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAG-CACC
* * * * *
3775 AATGCCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
130 AATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * ** * * * *
3817 TAATCTCATAATTGATTTT-TGACTAAATCGTTTCACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
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*
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* * * * **
3944 ACCTATACCTTCGAAAAG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCG
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* * * * * *
3988 TAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATATTTTTAAATGTTTAGTTAAAATAGA-TATAATTGAA
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* * * * * * *
4052 TGTCTAGCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAG-CACC
********** *
4117 NNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTG
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* * * * *
4158 TAATCCCGTAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAAAATTGA
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* * * * * * *
4223 TTATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCGTTCATT-AGTAAAAAAAGTCTATTTATAGCAA
65 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGC-A
*
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4319 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 133, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGCACCA
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
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4653 TTATTACTCG
** * * * * * *
4663 TTTTAAAAAGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGCTGAATTGTTTCACCTTTTTTATTAAAA
1 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTCAACTTTTTGACTAAAA
* * * * * *
4728 CAGATTATAATTGAATGTCTACGTTTAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACTAGAAAAA-
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
4919 TTTGAAGAACATGAAGAAAAAAC-ATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCC
259 CTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCC
4983 TCAAAAGCC
324 TCAAAAGCC
* *
4992 TTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATAC-T
1 TT----------TTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTCA-ACTT
* * * **
5056 TTTGGCTAAAACATATTAAAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATTATTCATTGA
55 TTTGACTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCATTCATTGA
********** * *
5121 CAAAAAAAAGTCTATTTATGGTAACCNNNNNNNNNNAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTT
120 CAAAAAAAAGTCTATTTATGGTAACCTATGCCTTCGAAAGACTCATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * * *
5186 TATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAAGCTATAATTG
185 CATAATCTCATAATTAATTTTAAGATAAATGTTTTTAAATTTTTAGCTAAAACAAGATATAATTG
*
5251 AATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
250 AATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** *
5316 TGCATACCTTCAAAAGCC
315 CCCATACCCTCAAAAGCC
5334 TT
1 TT
5336 ATTACTCGCT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 57, Indels: 19
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
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CAGATTAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCATTCATTGACAAAAAAAAGT
CTATTTATGGTAACCTATGCCTTCGAAAGACTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCAT
AATTAATTTTAAGATAAATGTTTTTAAATTTTTAGCTAAAACAAGATATAATTGAATGTCTACCT
TGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTC
AAAAGCC
Found at i:5334 original size:171 final size:170
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Indices: 4823--5371 Score: 478
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
4813 CTTCGAACAA
* ** * *
4823 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATTTTTTAAATTT
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* ** * *
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66 TTAGCTAAAACAAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTGG
* * * *
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131 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATACCCTCAAAAGC
********** * * * *
4991 CTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATACT
1 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAA-TTTTTTAAATT
* * * * * * * *
5056 TTTGGCTAAAACATA-TTAAAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAATTATTCATT
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* * * * *********
5119 GACAAAAAAAAGTCTATTTATGGT-AACCNNNNNNNNNNAAAGC
129 G-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATACCCTCAAAAGC
* * * *
5162 CTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATT
1 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAAT-TTTTTAAATT
* *
5227 TTTAGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATAG
65 TTTAGCTAAAACAAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTG
* ** *
5292 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATACCTTCAAAAGC
130 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATACCCTCAAAAGC
*
5333 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
5372 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 92, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
168 36 0.13
169 25 0.09
170 36 0.13
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Consensus pattern (170 bp):
CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTAAATTT
TTAGCTAAAACAAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTGG
AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATACCCTCAAAAGC
Done.