Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402316.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5398.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:317 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2968 Score: 2450
Period size: 171 Copynumber: 17.4 Consensus size: 171
* * *
1 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGC-TTCTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGC
* * * *
65 ATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGG-A
65 ATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCA
* * * *
128 AGATATTTAATTATAATCTATTCTAACTAAAAATATAAAAAAAT
129 A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* ** * *
172 TCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
237 TGATTGATTATAAATGAATTTTTCTTGTTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAGGGCAAA
66 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * * * *
302 CATTCAATCATAATCTGTTTTTAC-AAAAAAAGTAAACAACT
131 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAAT
* * * *
343 TCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAGAC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * ** * * * * *
407 ACGATTGACTATAAATGGGCATTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCACATTTCTCAAGGTAA
65 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAA
* * * *
472 ACA-TCTAATTATCATTTGTTTTAA-TGAAAACTAGAAACAAAAT
130 ACATTC-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAA-AAAAT
* * * * * *
515 TCAACTTAAAAT-AACTTATAAGATTACAAAATCGTTTAAAGTGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
** * * * * * * * * * *
578 ATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAGTTGGCTTTCGCTTTATGTTTC-CTAGGGAA
65 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCA
* * *
642 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
129 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* ** * * * *
685 TCAACTTGAAATCAATTACAAGGTTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
750 TGAGTGGCTATAAATGACCTTTTCTTGTCAATGCATGGGTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAA
66 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * ** * *
815 CAATCAATTATAATCTCTTTTAAGAAAAAATGTAAACAAAT
131 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
856 TAAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCGAAAGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
*** * * * ** *
921 TGAGTGACTATAAATGGTGTTTTCGTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCACA
66 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* *
986 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATATGAAAAAACT
131 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAAAT
* * * * *
1028 T-ATCTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGC
* * * * ** * * * * * *
1091 ATAAGTGAGTATAAATAAAGTTTTCTTACCAATGGTTGGCTTCTGTTTCACGTTTCTTAGGGTAA
65 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAA
* * *
1156 ATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAACAT
130 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * * * *
1197 TCAACTGAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGACTAATAAGACTTTCTAAAGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
1262 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTAACATTTCTTAAGG-AAG
66 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAA-
* * * *
1326 ATATTTAATTATAATCTGTTTTAAC--CAAATGTAAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
1366 TTAACTTAAAATC-ATATATGGGATTATAAAATCATTTAAAGC-AATAATAAAGC-TTCTGAATG
1 TCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGG
* * * ** * * *
1428 CATCAATGACTATAAATGGACTTTTGGTGTCAA-GTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGT
64 CATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATG-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGC
* * ** * *
1492 AAACAGTCAATTATAATATGTTTTAGTTAAAAATGTAAAAACAT
128 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
1536 TCAACTTAAAATCAATTAGGA-ATTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAGGGGCTTTCAAAGG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
1600 CATGATTGACT-TAAAT-AGACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTGTCGCATCACGTTTCTCAAGGT
64 CATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGC
*
1663 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAT-TAAAAAAA-
128 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * ** * * *
1704 TCAA-TTAAAAATTAATTATGAGAATATCAAACCATTTGGAGCGACTAATAGGGTTTTCGAAGGC
1 TCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * *
1768 AAGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGTTTTAC-TTTTTCTAAGGT
65 ATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGC
* * * * *
1831 AGACATTCAATTATAATATGTTTGAACTAAAAGTATAAACAAAT
128 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * * * * **
1875 TCAACTTAAAAAATGAAATATAACATTACAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTAAAAGG
1 TCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
1940 CATGAGTGAGTATAAA-GAAACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACCTTTCTTGAA-G
64 CATGAGTGACTATAAATG-AACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGG
* * **
2003 -AAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAAT
127 CAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
** * *
2048 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
2113 TGAATGACTATAAAT-AGACTTTTCATGTCAATGAATAGCTTTGGCTTCACGTTTC-CTAAGGC-
66 TGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCA
* * * *
2175 AA-A-T--ATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAT
129 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
** * * *
2214 TCAACTTCAAAAATCAATTATGAGACGACAAAACTC-TTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAG
1 TCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * **
2278 GCATGAGTGACTATCAATGGACTTTTTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGTTTTATATTT-TCTAAG
63 GCATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAG
* * * * *
2342 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
126 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * ** *
2388 TCAACTTAAAAAATCAATTATGAAATTAGAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTTACGG
1 TCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * *
2453 TATGAGGGA-TGATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGC
64 CATGAGTGACT-ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGC
* * * * *
2517 AAACATTTAGTCATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAAC
128 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAAAT
* * * * *
2562 TGAACTGAAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * *
2627 ATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTTTCAGTGGTTGGCTTTCGCTGCATGTTTC-CTAATGTA
65 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCA
* * * ** * *
2690 AATATTCAATCATAATTTGTTGAAACCAAAAATATAAAAGAAT
129 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
2733 TCAGCTTGAGAAATCAATTGTCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTGTCAAAGG
1 TCAACTT-A-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * **
2798 CATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGAGGCA
64 CATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCA
* * * *
2863 AACATTCAATAATAATTTATTTTAACTAAAAATA-AAGAAATAT
129 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA-AAAAAT
* ** * * *
2906 TCAACTTAAAATTAGCTATGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
2969 TGATAACTCT
Statistics
Matches: 2235, Mismatches: 479, Indels: 166
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 38 0.02
167 31 0.01
168 249 0.11
169 97 0.04
170 235 0.11
171 932 0.42
172 207 0.09
173 322 0.14
174 123 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
Found at i:1091 original size:513 final size:515
Alignment explanation
Indices: 1--2962 Score: 2735
Period size: 513 Copynumber: 5.8 Consensus size: 515
* ** *
1 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGC-TTCTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGC
* * * *
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGG-AA
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTAA
* * * * *
129 GATATTTAATTATAATCTATTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TCAAAATCAATTATGA
130 -ATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTACGA
** * * * * * * * *
193 GATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGATTGATTATAAATGAATTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
258 TTCTTGTTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAGGGCAAACATTCAATCATAATCTGTTTT
259 TTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * *
323 TACAAAAAAAGTAAACAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAATTTATAAAACTATTTAAAGTGAG
324 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAC
** * * * *
388 TAATAGGGCTTTCG-AAGACACGATTGACTATAAATGGGCATTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG
389 TAATAAAGCTTTCGAAAG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG
* ** * * * * * * *
452 TTTCACATTTCTCAAGGTAAACA-TCTAATTATCATTTGTTTTAATGAAAACTA-GAAACAAAAT
453 CTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTC-AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATGAAA-AAACT
* * * * *
515 TCAACTTAAAAT-AACTTATAAGATTACAAAATCGTTTAAAGTGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
** * * * * * * *
578 ATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAGTTGGCTTTCGCTTTATGTTTCCTAGGGAAA
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTAA
* * * *
643 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-GAAATCAATTACAAG
130 ATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTACGAG
* * * * *
707 GTTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGGCTATAAAT-GACCTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * * *
771 TTCTTGTCAATGCATGGGTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAACAATCAATTATAATCTCTTTT
259 TTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * **
836 AAGAAAAAATGTAAACAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAA-TCATTTAAAGTGA
324 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACT-ATTTAAAGTGA
* ** * *
900 CTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGTGTTTTCGTCTCAATGGATGGCTTTTG
388 CTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG
* * *
965 CTTCATGTTTCTTGAGGCACACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATGAAAAAACT
453 CTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATGAAAAAACT
* * * *
1028 T-ATCTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * *
1091 ATAAGTGAGTATAAATAAAGTTTTCTTACCAATGGTTGGC-TTCTGTTTCACGTTTCTTAGGGTA
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTC-GCTTCACGTTTCCTAAGGTA
* * * * *
1155 AATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAACATTCAAC-TGAAAATCAATTACGA
129 AATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTACGA
* * * *
1218 GATTATAAAACCATTTCAAGTGACTAATAAGACTTTCT-AAAGCATGAGTGACTATAAATGGACT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
1282 TTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTAACATTTCTTAAGG-AAGATATTTAATTATAATCTGTT
258 TTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTT
* * **
1346 TTAAC--CAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-ATATATGGGATTATAAAA-TCATTTAAAG
322 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAAATTATAAAACT-ATTTAAAG
* * * * * ** *
1407 -CAATAATAAAGC-TTCTGAATGCATCAATGACTATAAATGGACTTTTGGTGTCAA-GTGATGGC
385 TGACTAATAAAGCTTTC-GAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG-GATGGC
* * * * * *
1469 TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAGTCAATTATAATATGTTTTAGT-TAAAA-ATGTAAAA
448 TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATGAAAAA
1532 ACAT
513 AC-T
* * ** * * *
1536 TCAACTTAAAATCAATTAGGA-ATTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAGGGGCTTTCAAAGG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGG
* * * *
1600 CATGATTGACT-TAAATAGACTTTTC-TAGTCAATGGATGGCTGTCGCATCACGTTT-CTCAAGG
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-TCAATGGTTGGCTTTCGCTTCACGTTTCCT-AAGG
* * * *
1662 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAT-TAAAAAAA-TCAA-TTAAAAATTAATTAT
127 TAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTAC
* * ** * * *
1723 GAGAATATCAAACCATTTGGAGCGACTAAT-AGGGTTTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATAGA
192 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
1787 CTTTTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGTTTTAC-TTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATG
256 CTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * * *
1851 TTTGAACTAAAAGTATAAACAAATTCAACTTAAAAAATGAAATAT-AACATTACAAAACTATTTA
320 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACTATTTA
* * * *
1915 AAGCGACTAATAAAGCTTT-AAAAGGCATGAGTGAGTATAAA-GAAACTTTTCTTATCAATGGAT
382 AAGTGACTAATAAAGCTTTCGAAA-GCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGGAT
* ** * * **
1978 GGTTTTTGCTTCACCTTTCTTGAA-G-AAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAAGGT-
445 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATG
*
2040 AAAAAAAT
508 AAAAAACT
* * *
2048 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * ** * * *
2113 TGAATGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGAATAGCTTTGGCTTCACGTTTCCTAAGG-CAA
66 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAA
* * * * *
2177 -A-T--ATTATAATATGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTCAAAAATCAATTATGAG
131 TATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAAATCAATTACGAG
** * *
2238 ACGACAAAACTC-TTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTT
195 ATTATAAAAC-CATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-T
* * * * * *
2302 TTTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGTTTTATATTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
258 TTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
2366 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAATCAATTATGAAATTAGAAAACCATTTAAAG
322 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAG
* ** ** * * * * *
2431 CGACTAATAAAGCTTTTTACGGTATGAGGGA-TGATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATAGCT
385 TGACTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCT
* ** * * * * *
2495 TTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTTAGTCATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
449 TTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-GAAAAA
2560 AC-
513 ACT
* * * * *
2562 TGAACTGAAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
2627 ATGAGTGACTATAAAT-GAAC-TTTCTTTTCAGTGGTTGGCTTTCGCTGCATGTTTCCTAATGTA
65 ATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTA
* * * ** * * * *
2690 AATATTCAATCATAATTTGTTGAAACCAAAAATATAAAAGAATTCAGCTTGAGAAATCAATTGTC
129 AATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAAATCAATT-AC
* ** *
2755 -AGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTGTCAAAGGCATGAGAGACTATAAATGGAC
192 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * *
2819 TTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATAATAATTTATT
257 TTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * ** *
2884 TTAACTAAAAA--TAAAGAAATATTCAACTTAAAATTAGCTATGAATTTATAAAACTATTTAAAG
322 TTAACAAAAAATGTAAA-AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAG
* *
2947 TGAGTAATAAGGCTTT
385 TGACTAATAAAGCTTT
2963 TGAAGGTGAT
Statistics
Matches: 2009, Mismatches: 356, Indels: 164
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 1 0.00
506 9 0.00
507 141 0.07
508 31 0.02
509 211 0.11
510 73 0.04
511 57 0.03
512 390 0.19
513 696 0.35
514 99 0.05
515 76 0.04
516 46 0.02
517 4 0.00
518 76 0.04
519 99 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (515 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAA
TATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTACGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
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Done.