Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402328.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5409.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1749
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Found at i:364 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 41--1743 Score: 1662
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 171
31 ACATCTCTCT
** * * * * *
41 AGGTAGACATTCAATTATGGTCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * * * * ** *
105 TACGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTGATAAAGCTTTTGAACGAATGGGTTTCTATAAATA
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
170 GA-TATTTTTTGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTGTTG
130 GACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * ** **
212 AGGCAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
277 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTATGAAGGTATGGGTGACTGTAAATGG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
342 ACTTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTTCCGTTTCTTG
131 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * *
383 AGGTTGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
448 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
512 GACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTCTTCTTCACATTTCTCG
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * * * *
554 AGGTAGACATTCAATTGTAATCTTTTTTAACCAAAAATTTTTAAAAAACT-ATATTTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAA
* ** * *
618 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAAT
64 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *
683 GGACTTTTCTT-CCAAATAAATGACTTTTT-TTATATGTTTCTTG
129 GGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTT-TACGTTTCTTG
** * * *
726 AGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
790 ATGTA-ATTAGAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTG
66 TTG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * *
854 GACATATCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * * *
896 AGGTAGACATTCAATTTTAATCTTTTTTAACTAAAATTGTATAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * * * *
961 GTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCGGTCACTATAAATG
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
1026 GAATTTTCTTACTAATGATTGTCTTTTT-TTCACATTTCTTA
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* ** * * * *
1067 AGGTAGACATTCAATTATAGTCCATTTTTACCAAAAATGTAAAAAAACTT-TACATAAAATAAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
1131 TATGAAATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAA--
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
1194 GACATTTTC-TGCCAATGAATACTTTTTTTTTTACATTTCTTG
130 GAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * ** *
1236 AGGCAAACATTCAACAATAATCTGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
1301 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAA-GATATGGGTGACTGTAAATG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
1365 AACTTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCCTTTTTC-TTCTCGTTACTCG
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-C-TTTACGTT-TC--T--T-G
* *
1414 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
1479 TTGAGATTATAAAACTC-TTTAAAGTGCATAATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGATTATAAATG
66 TTGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
1543 GACATTTCTTGCTAATGACTGCCTTCTTCTTCACATTTCTCG
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * * * * *
1585 AGGTAGACATTCAATTATAGTTTTTTTTAACCAAAAATTTTAAAAAACT-ATATTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAAT
* * * *
1649 TTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGACA-AATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAAT
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-ATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *
1713 TGACTTTTCTT-CTAAATGAATGGCTTTTTCT
129 GGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCT
1744 ATATGT
Statistics
Matches: 1249, Mismatches: 245, Indels: 76
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.02
169 116 0.09
170 220 0.18
171 509 0.41
172 234 0.19
173 7 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
176 5 0.00
177 4 0.00
178 130 0.10
179 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
Done.