Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402329.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_541.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17574
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 5618 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1152 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 916--1239 Score: 396
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
906 GTCTCAAGAG
* * * * * *
916 ACGTGAAGAAATAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCGATGCCTTCGAAAGC
1 ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGC
* *
981 CTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATTAGTGTTAAGTTGAACGTTTTTATATT
66 CTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATTACTGTTAAGTTGAACGTTTTTACATT
*
1046 TGTTATTAAAACAGATTATAATTGANNNNNNNNNNTGAGAA
131 TATTATTAAAACAGATTATAATTGA----------TGAGAA
* * * *
1087 ACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGC
1 ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGC
* * * * *
1152 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAGTTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATT
66 CTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATTACTGTTAAGTTGAACGTTTTTACATT
1217 TATTATTAAAACAGATTATAATT
131 TATTATTAAAACAGATTATAATT
1240 ACATGTTTAC
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 18, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 135 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGC
CTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATTACTGTTAAGTTGAACGTTTTTACATT
TATTATTAAAACAGATTATAATTGATGAGAA
Found at i:2753 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2485--2798 Score: 315
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
2475 TTATAAGTAC
* *
2485 TTTTAAGTTGAACCTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA
1 TTTTAAGTTGAACCTTTTTATATTGTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
********** * * *
2550 ACATAAAGAAAAAGANNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAATC
66 ACATAAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGACCTTCAAAAGC
2615 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTNNNNNNNNNNTTAA
131 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTT----------TTAA
* * *
2656 TTTTTAGTTGAACTTTTTTATATTGTTTATTAAAACAGATTATAATT-ATATGTTTACCTTGAGA
1 TTTTAAGTTGAACCTTTTTATATTGTTTATTAAAACAAATTATAATTGA-ATGTTTACCTTGAGA
* * * * *
2720 AACTTGAAGAAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAG
65 AACATAAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGACCTTCAAAAG
2785 CCTTATTACTCGCT
130 CCTTATTACTCGCT
2799 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 23, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 118 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTTAAGTTGAACCTTTTTATATTGTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
ACATAAAGAAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGACCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTTTAA
Found at i:3576 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3162--4645 Score: 986
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
3152 NNNNNNNNNN
* * * *
3162 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGATTTAAATGCTTTTTTAATGTTATAATTAG
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-ATTTTTAATCTTATAATTAG
3227 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACCAA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-
65 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA--AATTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* *
3290 AACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
128 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
3332 ATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAAGGTTTTTAAATCTTATAATTAG
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTT-AATCTTATAATTAG
* * *
3397 TTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGTTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAA
65 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAA-TTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA
*********
3462 ACATGAAGAAAAAGATAT-CANNNNNNNNNNAAAGTCCATTT
129 ACATGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
3503 ATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAACCTCATAATTG
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGATT-TTTAATCTTATAATTA
* * * **
3567 GGTTTAAGTTGAA-TTGTTTTATAATTTTTA-TAAAAACATATTATAATTGAACGTTTGCCTCAA
64 GTTTTAAGTTGAACTT-TTTTATATTTTTTATTAAAAA-AT-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * **********
3630 GAAACCTGAATAAAAAGATATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNN
126 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
3674 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGTCTTCTTACTCGGTTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAATTAG
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTTAATCTTATAATTAG
********** * * *
3739 TTTTAAGTTNNNNNNNNNNATATTTTTTATTAAAATAGA-TTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGA
65 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-A-ATTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* * *
3803 AACATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
128 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
3845 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATACTTAA
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTTAATCTTATAATTAG
* ********* *
3910 TTTTAAGTAGAACTTTTTTATATTTTTNNNNNNNNNNGA-TTATAATT-AAT-TATCTG-CTTTA
65 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTT--TATTAAAAAATTTATAATTGAATGT-T-TGCCTTGA
* *
3971 GGAACCATGAAGAAAAA-AAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
126 -GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ********** * * * *
4015 ATAGTCACCTATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAACCTCATAATTGG
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTTAATCTTATAATTAG
* * * * * * * **
4080 GTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATAAAAAAAGCTTATAATTGAACGTCTGCCTCAAGAA
65 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAA-TTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA
* * * *
4145 ACCTGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTC
129 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * ********* * * *
4186 ATTGTCACCCACGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAACCTCATAATTAA
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGATTTTTAATCTTATAATTAG
* * * * *
4251 TTTTAATTTGAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTTAGTGTCTGCCTTGAGA
65 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-A-ATTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* *
4314 TACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
128 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
4356 ACAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTTTAATCTTATAATTA
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA--TTTTTAATCTTATAATTA
********* *
4420 GTTTTAAGTTGAACTTTTTTATANNNNNNNNNNAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
64 GTTTTAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTTTTATTAAA-AAATTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
* * *
4484 AAACATAAAGAAGAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
127 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ********** * * * * *
4527 ATAGTCACCTATGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATGTCATACTTAA
1 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTTAATCTTATAATTAG
* * * *
4592 TTCTT-TGTTGAACTTTTTTATATTTATTATTAAAACAAATTATAATTGTATGTT
65 TT-TTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AATTTATAATTGAATGTT
4646 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 989, Mismatches: 284, Indels: 81
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 10 0.01
170 378 0.38
171 574 0.58
172 21 0.02
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTAATCTTATAATTAGT
TTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAATTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAC
ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:4387 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3162--4644 Score: 1123
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 340
3152 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * ** * *
3162 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGATTTAAATGCTTTTTTAATGTTATAATTAG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTGTATAACCTCATAATTAA
*
3227 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
66 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
* * *
3291 ACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGC
130 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
3356 CTTGTTACTCACTTTAAAAGGTTTTTAAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATATT
195 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATT
* * * **
3421 TTTTATTAAAAAAGTTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT-CANNN
260 TTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA-TT
*******
3485 NNNNNNNAAAGTCCATTT
324 GGCAAGAAAAGTCCA-TT
* * * **
3503 ATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAACCTCATAATTGG
1 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTGTATAACCTCATAATTAA
* * * * * * **
3568 GTTTAAGTTGAA-TTGTTTTATAATTTTTATAAAAACATATTATAATTGAACGTTTGCCTCAAGA
66 TTTTAAGTTGAACTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-
* * * **********
3632 AACCTGAATAAAAAGATATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
129 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * **********
3697 TCTTCTTACTCGGTTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTNNNNNNNNNNATAT
194 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATAT
* * * *
3762 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATAAAGAAAAATATATCCATT
259 TTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
3827 GGCAAGAAAAGTCCAATT
324 GGCAAGAAAAGTCC-ATT
* * * * * * *
3845 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATACTTAA
1 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTGTATAACCTCATAATTAA
* ********** * *
3910 TTTTAAGTAGAACTTTTTTATATTTTTNNNNNNNNNNGATTATAATT-AATTATCTG-CTTTAGG
66 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGA-G
* * * *******
3973 AACCATGAAGAAAAA-AAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCNNNNNNN
129 AA-CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAA
*** * * * * * * *
4037 NNNTTATTACTCGCTTTAAATGATTGTATAACCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
193 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
* * * * * * *
4102 ATTTTTATAAAAAAAGCTTATAATTGAACGTCTGCCTCAAGAAACCTGAACAAAAAGATATCCAT
258 TTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
*
4167 TGGTAAGAAAAGTCCATT
323 TGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * **********
4185 CATTGTCACCCACGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAACCTCATAATTA
1 -ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTGTATAACCTCATAATTA
* * * *
4250 ATTTTAATTTGAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTTAGTGTCTGCCTTGAGA
65 ATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
* *
4314 TACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
130 -ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
*
4379 CCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
194 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
********** * * * * * *
4443 NNNNNNNNNNAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGAAGAAGATATCAAT
258 TTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
4508 TGGCAAGAAAAGTCCATTT
323 TGGCAAGAAAAGTCCA-TT
* ********* * * * ** *
4527 ATAGTCACCTATGCNNNNNNNNNNC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATGTCATACTTA
1 ATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTGTATAACCTCATAATTA
* * * *
4591 ATTCTT-TGTTGAACTTTTTTATATTTATTATTAAAACAAATTATAATTGTATGT
65 ATT-TTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
4645 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 265, Indels: 37
0.74 0.23 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 42 0.05
341 522 0.61
342 289 0.34
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTGTATAACCTCATAATTAA
TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAA
CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTT
TTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
CAAGAAAAGTCCATT
Found at i:4569 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3162--4540 Score: 1415
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
3152 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
3162 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGATTTAAATGCTTTTTTAATGTTATAATTAG
1 ATAGTAACCCACGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAACCTCATAATTAG
*
3227 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
66 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
* *
3291 ACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGC
130 ACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
3356 CTTGTTACTCACTTTAAA-AGGTTTTTAAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
195 CTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATAT
* * * ***
3420 TTTTTATTAAAAAAGTTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCANNN
259 TTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGATATCAATT
*******
3485 NNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATGATT
323 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATGATT
* *
3550 GTATAACCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTTATAAAAACATATTATAATT
388 GTATAACCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTTATAAAAAAAGATTATAATT
* * * **********
3615 GAACGTTTGCCTCAAGAAACCTGAATAAAAAGATATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNN
453 GAACGTCTGCCTCAAGAAACCTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTC
* * * * * *
3674 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGTCTTCTTACTCGGTTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAATTAG
1 ATAGTAACCCACGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAACCTCATAATTAG
********** * * *
3739 TTTTAAGTTNNNNNNNNNNATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAA
66 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-A
* * *
3804 ACATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
130 ACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * * *
3869 CTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATACTTAATTTTAAGTAGAACTTTTTTATATT
195 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATT
********** * * * * *
3934 TTTNNNNNNNNNNGATTATAATT-AAT-TATCTG-CTTTAGGAACCATGAAGAAAAAAAATCCAT
260 TTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGT-T-TGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAGATATCAAT
*********
3996 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCNNNNNNNNNNT-TATTACTCGCTTTAAATGA
322 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCGAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATGA
* *
4060 TTGTATAACCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATAAAAAAAGCTTATAA
386 TTGTATAACCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTTATAAAAAAAGATTATAA
*
4125 TTGAACGTCTGCCTCAAGAAACCTGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTC
451 TTGAACGTCTGCCTCAAGAAACCTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTC
* * **********
4186 ATTGTCACCCACGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAACCTCATAATTA
1 ATAGTAACCCACGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAACCTCATAATTA
* * * * *
4250 ATTTTAATTTGAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTTAGTGTCTGCCTTGAGA
65 GTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
* * *
4314 TACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
130 -ACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
* * *
4379 CCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATAN
194 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATAT
********* * *
4444 NNNNNNNNNAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGAAGAAGATATCAATT
259 TTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAA-AAGATATCAATT
4509 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGC
323 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGC
4541 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 151, Indels: 26
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 182 0.26
512 378 0.54
513 141 0.20
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
ATAGTAACCCACGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAACCTCATAATTAG
TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAA
CATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTT
TTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATCAATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATGATTGTA
TAACCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTTATAAAAAAAGATTATAATTGAA
CGTCTGCCTCAAGAAACCTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTC
Found at i:5754 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 5732--5765 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
5722 GAGAAACATG
*
5732 ATTTAAATTTTATA
1 ATTTGAATTTTATA
5746 ATTTGAATTTTATA
1 ATTTGAATTTTATA
*
5760 ACTTGA
1 ATTTGA
5766 TACCTTCGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
ATTTGAATTTTATA
Found at i:13043 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12417--13253 Score: 582
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
12407 GCAGATAATT
* * * * * * *
12417 AATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAGTTCTACTTAAAA-CTAATTATGAGTTTAAA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTATA
* * ** * ** * ** * *
12480 AAAGCTTTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCAAAAGCATGTGTGATTCTAAATGGACTTTTCTTGC
65 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
12545 CAATGGATATCTCTTT-CTTCACT-TTTCTCGAGACAAACATTC
130 CAATGGATATCTTTTTCCTT-A-TGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* ********** **
12587 AATTATAATCTGTTTTAATANNNNNNNNNNAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** * * * *
12652 AAACTTTTCAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAAGCATGGGTTATTATAAATGAATTTTTC-TGA
66 AATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-
* * * * *********
12715 TCAATGAATATCTTTTT-CTTAACGTTTCTCGAGGNNNNNNNNN
129 CCAATGGATATCTTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* *
12758 NATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** *
12822 AATCATTCAAAG-AGAGTAAAAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AATCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
12886 CAATTGATATCTTTTTCCTTACGTTTCTTAAGGCCA-ACATTC
130 CAATGGATATCTTTTTCCTTATGTTTCTCAAGG-CAGACATTC
* * * *
12928 AATTATAATCTTTTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAATATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * **
12993 AATCATTTGAGGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTA
66 AATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
*
13058 AATGGATATCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
131 AATGGATATCTTTTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * ** * * ********
13099 AATTATAATCCAGTTTAATAAAAAATGCAAAAGAGTTCAAATTAAAATCAATTATGANNNNNNNN
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *
13164 NNTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTTGAAGGCA-CAGATGATTATAAATAGACTTTTCTTGC
66 AATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* *
13228 CAATGGATATCATTTTCTTTATGTTT
130 CAATGGATATCTTTTTCCTTATGTTT
13254 TTNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 157 0.30
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AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGGATATCTTTTTCCTTATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
Found at i:13106 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 12417--13155 Score: 757
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
12407 GCAGATAATT
* * * * *
12417 AATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAGTTCTACTTAAAA-CTAATTATGAGTTTAAAA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAGTTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTAAAA
* * * * * * * *
12481 AAGCTTTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCAAAAGCATGTGTGATTCTAAATGGACTTTTCTTGCC
65 AAGCATTCAAAGAGAGTAAAAAAGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ****
12546 AATGGATATCTCTTTCTTCACTTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATANNNN
130 AATGGATATCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
****** ** *
12611 NNNNNNAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTCAAGCAAGTAATAAGG
195 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTCAAGCAAGTAATAAGG
** * * * *
12676 TTTTCGAAAGCATGGGTTATTATAAATGAATTTTTCTGATCAATGAATATCTTTTTCTTAACGTT
260 TTTTCGAAAGCATCAGTGACTATAAATGAACTTTTCTGATAAATGAATATCTTTTTCTTAACGTT
* *********
12741 TCTCGAGGNNNNNNNNN
325 TCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
12758 NATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAGTTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAA
* ** *
12823 ATCATTCAAAGAGAGTAAAAAAGCTTTTGAAAGCATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
66 AGCATTCAAAGAGAGTAAAAAAGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
12888 ATTGATATCTTTTTCCTT-ACGTTTCTTAAGGCCAACATTCAATTATAATCTTTTTTACTAAAAA
131 ATGGATATCTCTTT-CTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * *
12952 ATATAAAAAAATTTAAATTAATATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAGGCAAGTAATAAGG
195 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTCAAGCAAGTAATAAGG
* * * *
13017 CTTTT-GAAGGCATCAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-TAAATGGATATCTTTTTCTTCATG
260 -TTTTCGAAAGCATCAGTGACTATAAATGAACTTTTC-TGATAAATGAATATCTTTTTCTTAACG
13080 TTTCTCAAGGTAGACATTC
323 TTTCTCAAGGTAGACATTC
* * **
13099 AATTATAATCCAGTTTAATAAAAAATGCAAAAGAGTTCAAATTAAAATCAATTATGA
1 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA-AGTTCAAATTAAAATCAATTATGA
13156 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 75, Indels: 9
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAGTTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAA
AGCATTCAAAGAGAGTAAAAAAGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGGATATCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
TATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTCAAGCAAGTAATAAGGT
TTTCGAAAGCATCAGTGACTATAAATGAACTTTTCTGATAAATGAATATCTTTTTCTTAACGTTT
CTCAAGGTAGACATTC
Found at i:13664 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13356--14141 Score: 677
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 168
13346 NNNNNNNNNN
* *
13356 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAG
* * * *
13421 ATATCCATTGAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCCT
65 ATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATG-CTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTT
*
13486 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAATTTGAAT
129 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* * * * **
13526 ATTTTTATATTTTTTATTAAGAA-AGATTATAATTGAATGTTGGCCTTAAAAAACGTGAGGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAA-AACAGATTATAATTGAATGTT-TCCTTGAGAAACGT-AAAAAAA
* * * * * *
13590 AGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCTTATAAAAGCTTTTTTACTCGC
63 AGATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCTT-TAAAAGCCTTATTACTTGC
* *
13655 TTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTTATTTGAAT
127 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* * *
13697 TTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAACGT-AAAAAAAA
* * * *
13761 GATATCCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAATAACCCATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGC
64 GATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCAT-GCTT-TAAAAGCCTTATTACTTGC
* * * * **
13825 TTGAAATGTTTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGCTGAAT
127 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
********* * * *
13867 TTTTTTATNNNNNNNNNNTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAAGTAAAGAAAG
1 TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACGTAAA-AAAA
* * * * * * *****
13932 AGATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTNNNNNN
63 AGATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCTTT-AAAAGCCTTATT-ACTTG
**** * * * * *
13997 NNNNAAA-GCTTTTTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTAGAAC
126 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTTGAAT
* * * * *
14039 TTTTTTATATATTTTATTAAAACAGATTGTAATT-AAT-TATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTGA-GAAACGT-AAAAAA
* * *
14102 AAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCC
62 AAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCC
14142 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 109, Indels: 37
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 184 0.38
171 185 0.38
172 111 0.23
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAGA
TATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
Found at i:13799 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13356--14141 Score: 668
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 168
13346 NNNNNNNNNN
*
13356 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATG-TTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
* * * *
13421 -ATATCCATTGAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCC
64 GATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATG-CTTTAAAAGCCTTATTACTTGCT
*
13485 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAATTTGAAT
128 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* * * * * **
13526 ATTTTTATATTTTTTATTAAGAAAGATTATAATTGAATGTTGGCCTTAAAAAACGTGAGGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAA-AAAGATTATAATTGAATGTT-TCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
* * * * * *
13591 GATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCTTATAAAAGCTTTTTTACTCGCT
64 GATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCTT-TAAAAGCCTTATTACTTGCT
* *
13656 TTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTTATTTGAAT
128 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* *
13697 TTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAA
* * * *
13761 GATATCCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAATAACCCATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGC
64 GATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCAT-GCTT-TAAAAGCCTTATTACTTGC
* * * * **
13825 TTGAAATGTTTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGCTGAAT
127 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
********* * * * *
13867 TTTTTTATNNNNNNNNNNTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAAGTAAAGAAAG
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* * * * * * *****
13932 AGATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTNNNNNN
63 AGATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCTTT-AAAAGCCTTATT-ACTTG
**** * * * * *
13997 NNNNAAA-GCTTTTTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTAGAAC
126 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTTGAAT
* * * * * *
14039 TTTTTTATATATTTTATTAAAACAGATTGTAATT-AAT-TATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTGA-GAAACGTAAAAAAA
* * *
14102 AAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCC
62 AAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCC
14142 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 110, Indels: 33
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 190 0.39
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Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTATATTTTTTATTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGA
TATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATGCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
Done.