Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402331.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5411.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1713
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Found at i:315 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--1713 Score: 1513
Period size: 170 Copynumber: 10.1 Consensus size: 172
* * * * * *
1 TTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATATTTATACATTTTTGGTT-AAATATATTGTAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* * * * * * * * * * * **
65 CTGAATGTTTGCCTTAGAAAATGTCAAGCAAAAGTCAACCA-TGGGATAGAAAAGTTAATTTAT-
66 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTATA
* * **
128 GTTCATTAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAAGG
131 G-TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* * * *** * * *
171 TTTTATATGCTCATCATTTATTTTAAGTTCTTTTTTTTTTACGTTTTTGGTTTAAATATATTATA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATA
* * * * *
236 ATTGAATCTTTACCTCAGGAAACGTGAAACAAAAGCTATCCATTAGTA-AGAAAAG-CCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTAT
* * **
299 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTCCAAAAGG
130 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* * * * * *
342 TCTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTAAGAATTTTTTACATTGTTAGTTAAAATATGTTATAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* ** * * * * * *
407 TTCAATAACTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTA-AAGAGAAAAGTTCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
471 ATCACGCAAGCCTCTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
131 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* *
513 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGCT-AAATATGATATAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* * * * *
577 TTGAATGGT-TGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-AGAGAAAAGTCCATTTTT
66 TTGAAT-GTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
640 AGTCACTCAAGTCTTTAAAAGCGTTATTACTCACCTTAAATGG
130 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* *
683 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATGTTATA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATA
* * * *
747 ATTGAATGATGT--CTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-AAGAGAAAAGTCCATTTA
65 ATTGAATG-TCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTA
* *
809 TAG----T-----CTTT-CAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-G
129 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGG
* * * *
843 TTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTGAAAATATGTTACAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* * * * * * * * *
908 TTGAATGTCTGCCTT-GAAAAATGCGAAGAAAAAGCCAACCA-TGGGAGAGGAAAGTCCATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
971 GGTCATTAAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
130 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* * * * * * * *
1014 TTTTATATGCTCATCATTTATTTTAAGTTTGATTTTTTTTGCATTTGTGGTTTAAATATGTTGTA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATA
** * * * * *
1079 ATCAAATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-A-AAAAGAAGTACATTTA
65 ATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAA-AAGTCCATTTA
* * * * **
1142 TAGTCACTCTAGCCTTTGAAA-CTTTATTACTCGATTAAAAAAA
129 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* * * * * * * * *
1185 TTTTATATTCTTATAATTGATTTGAAGTCAAATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATTTGCTATAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* * * * * *
1250 TTGAATGTCAACCTTGGGCAACGTGAAGCAAAAGCCATTCA-TAATAGAGAAAAGTTCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTATA
** * * *
1314 GTTGCTCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACTTGCTTTTAATA-G
131 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAAAGG
* * * **
1356 TTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* ** ** *
1421 TTGAATGTCTTCCTTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCA-AGAAAAG-CCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTATA
* *
1484 GTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGG
131 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* * * * *
1526 -TTTATATTCTCATAATTGATTTTAATTTGGAATTTGTTACATTTTTTGTTAAAATATGTTATAA
1 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* *** *
1590 TTGATTGT-TTGTTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GATA-AGAAAAGT-CATTTA
66 TTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-TAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
1651 TAGTTACTTAAGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGA
129 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
1695 TTTTATATTCTCATAATTG
1 TTTTATATTCTCATAATTG
Statistics
Matches: 1244, Mismatches: 255, Indels: 88
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 87 0.07
161 43 0.03
165 1 0.00
166 1 0.00
168 5 0.00
169 145 0.12
170 434 0.35
171 376 0.30
172 144 0.12
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAGAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
Found at i:1370 original size:673 final size:674
Alignment explanation
Indices: 282--1708 Score: 1515
Period size: 673 Copynumber: 2.1 Consensus size: 674
272 TATCCATTAG
* * * ** * * *
282 TAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTCCAAAAGGTCTTA
1 TAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* ** * ** * * * * *
347 TATTCTCAAAATTGATTTTAAGTAAGA-ATTTTTTACA-TTGTTAGTTAAAATATGTTATAATTC
66 TATGCTCATCATTTATTTTAAGTTTGATTTTTTTTGCATTTG-TGGTTTAAATATGTTGTAA-TC
** ** *** * * *
410 -AATAACTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAAAGAGAAAAGTTCATTTATAATC
129 AAATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAGAGAAAAGTACATTTATAATC
* * *** *
474 ACGCAAGCCTCTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
194 ACGCAAGCCTCTAAAAGCCTTATTACTCGATTAAAAAAATTTTATATTCTCATAATTGATTTGAA
* * * * **
539 GTTAGATTTTTTTACATTTTTGGCTAAATATGATATAATTGAATGGTTGCCTTGGGAAACATGAA
259 GTCAAATTTGTTTACATTTTTAGCTAAATATGATATAATTGAATGGTAACCTTGGGAAACATGAA
* * * **
604 GCAAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACTCAAGTCTTTAAAAGCGTTATTA
324 GCAAAAGCCATCCATATGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCATATTA
* * * *
669 CTCACCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTT
389 CTCACCTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTT
** *
734 AAAACATGTTATAATTGAATGAT-GT-C-TAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-AAGA
454 AAAACATACTATAATTGAATG-TCGTCCTTAA-AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAA-A
* * *
795 GAAAAGTCCATTTATAG-T-CTTT-CAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTTAT
516 GAAAAG-CCATTTATAGCTACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTATATTCTCAT
* *
857 AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTGAAAATATGTTACAATTGAATGTCTGCCT
579 AATTGATTTTAAGTTAGAATTTGTTACATTTATGGTGAAAATATGTTACAATTGAATGTCTG-CT
*
922 T-GAAAAATGCGAAGAAAAAGCCAACCATGGGA
643 TCGAAAAACGCGAAGAAAAAGCCAACCAT-GGA
* * * *
954 -GAGGAAAGTCCATTTATGGTCA-TTAAAGCCTTTGAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
1 TAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTT-AAGCCTTTGAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGATT
1016 TTATATGCTCATCATTTATTTTAAGTTTGATTTTTTTTGCATTTGTGGTTTAAATATGTTGTAAT
63 TTATATGCTCATCATTTATTTTAAGTTTGATTTTTTTTGCATTTGTGGTTTAAATATGTTGTAAT
1081 CAAATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAA-A-AAGAAGTACATTTATA
128 CAAATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-AAGAGAA-AAGTACATTTATA
* * * * * * *
1144 GTCACTCTAGCCTTTGAAA-CTTTATTACTCGATTAAAAAAATTTTATATTCTTATAATTGATTT
191 ATCACGCAAGCCTCTAAAAGCCTTATTACTCGATTAAAAAAATTTTATATTCTCATAATTGATTT
* * * * *
1208 GAAGTCAAATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATTTGCTATAATTGAAT-GTCAACCTTGGGCAAC
256 GAAGTCAAATTTGTTTACATTTTTAGCT-AAATATGATATAATTGAATGGT-AACCTTGGGAAAC
* * * ** *
1272 GTGAAGCAAAAGCCATTCATAAT-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTTGAAAGCC
319 ATGAAGCAAAAGCCATCCAT-ATGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCC
** * * *
1336 ATATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATATTTTTACATTT
383 ATATTACTCACCTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTT
* * *
1401 TTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
448 TTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCGTCCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* **
1466 CAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTAT
513 AAAGAAAAGCCATTTATAG---CT--A--CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTAT
* * * * * * *
1531 ATTCTCATAATTGATTTTAATTTGGAATTTGTTACATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGATT
571 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTGTTACATTTATGGTGAAAATATGTTACAATTGAAT
* * * * * * *
1596 GTTTGTTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
636 GTCTGCTTCGAAAAACGCGAAGAAAAAGCCAACCATGGA
* * *
1635 TAAGAAAAGTCATTTATAGTTACTTAAGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTA
1 TAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
*
1700 TATTCTCAT
66 TATGCTCAT
1709 AATTG
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 112, Indels: 49
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
671 8 0.01
672 131 0.21
673 252 0.41
674 39 0.06
675 4 0.01
677 1 0.00
681 57 0.09
682 102 0.17
683 20 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (674 bp):
TAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
TATGCTCATCATTTATTTTAAGTTTGATTTTTTTTGCATTTGTGGTTTAAATATGTTGTAATCAA
ATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAGAGAAAAGTACATTTATAATCAC
GCAAGCCTCTAAAAGCCTTATTACTCGATTAAAAAAATTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGT
CAAATTTGTTTACATTTTTAGCTAAATATGATATAATTGAATGGTAACCTTGGGAAACATGAAGC
AAAAGCCATCCATATGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCATATTACT
CACCTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAA
AACATACTATAATTGAATGTCGTCCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAA
GCCATTTATAGCTACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTATATTCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAGAATTTGTTACATTTATGGTGAAAATATGTTACAATTGAATGTCTGCTTCGAAAAA
CGCGAAGAAAAAGCCAACCATGGA
Done.